FR2649720A1 - Recombinant gene which encodes a protein such as urate oxidase - Google Patents
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Abstract
Description
Gêne recombinant codant pour une protéine telle que l'urate oxydase.Recombinant gene encoding a protein such as urate oxidase.
L'invention concerne un nouveau gêne recombinant codant pour une protéine telle que L'urate oxydase qui catalyse La dégradation d'un métabolite, un vecteur d'expression portant ce gène, des micro-organismes procaryotes transformés par ce vecteur d'expression, ainsi qu'une nouvelle protéine recombinante obtenue à L'aide de ce gène et un médicament contenant cette dernière. The invention relates to a new recombinant gene coding for a protein such as urate oxidase which catalyzes the degradation of a metabolite, an expression vector carrying this gene, prokaryotic microorganisms transformed with this expression vector, and that a new recombinant protein obtained using this gene and a drug containing the latter.
L'urate oxydase (EC 1.7.3.3.), également dénommé uricase, est une enzyme de La voie de dégradation des purines. Cette enzyme n'existe pas chez les primates (comme l'Homme), les oiseaux, quelques reptiles ni chez la plupart des insectes. Certains chiens (comme le daLmatien) en sont également dépourvus. Urate oxidase (EC 1.7.3.3.), Also known as uricase, is an enzyme in the purine degradation pathway. This enzyme does not exist in primates (such as humans), birds, some reptiles or most insects. Some dogs (like daLmatien) are also lacking.
Chez l'homme, les bases puriques, adénine et guanine, sont converties en xanthine. La xanthine est oxydée par La xanthine oxydase pour former t'acide urique selon la réaction xanthine + H20 + O2
acide urique + 2 . In humans, purine bases, adenine and guanine, are converted to xanthine. Xanthine is oxidized by Xanthine oxidase to form uric acid according to the xanthine + H2O + O2 reaction
uric acid + 2.
Le radical 0 . substrat de la superoxyde dismutase, est transformé par cette dernière en peroxyde d'hydrogène
L'acide urique, métabolite présent dans le sang, se trouve normalement essentiellement sous forme de sel monosodique soluble. Toutefois, il peut arriver que, chez certaines personnes,
L'acide urique précipite et forme des calculs. L'hyperuricémie, augmentation de la quantité d'acide urique en circulation dans le sang, cause Le dépôt d'acide urique dans les tissus cartilagineux, ce qui entrain La goutte. L'hyperuricémie peut également avoir des conséquences sur Les reins : un excès d'acide urique dans L'urine.The radical 0. superoxide dismutase substrate is converted by the latter into hydrogen peroxide
Uric acid, a metabolite present in the blood, is normally found essentially as a soluble monosodium salt. However, it can happen that, in some people,
Uric acid precipitates and forms stones. Hyperuricemia, an increase in the amount of uric acid circulating in the blood, causes the deposition of uric acid in the cartilaginous tissues, which causes gout. Hyperuricemia can also have consequences on the kidneys: an excess of uric acid in the urine.
et dans tes reins peut conduire à une néphrolithiase à acide urique, c'est-å-dire à l'accumulation de calculs rénaux qui sont trés douloureux et peuvent endommager le rein. Ces calculs sont composés d'acide urique éventuellement associé avec des sels phosphates et oxalates.and in your kidneys can lead to uric acid nephrolithiasis, that is to say the accumulation of kidney stones that are very painful and can damage the kidney. These calculations are composed of uric acid possibly associated with phosphate salts and oxalates.
La surproduction d'acide urique peut avoir des origines diverses défauts métaboliques congénitaux, syndrome de Lesch-Nyhan, L'inges tion en excès de purine ou de protéines, traitements avec des drogues uricosuriques etc. (Gutman, AB et YU, T.F. (1968) Am. J.The overproduction of uric acid can be caused by various congenital metabolic defects, Lesch-Nyhan syndrome, excessive intakes of purine or proteins, treatments with uricosuric drugs, etc. (Gutman, AB and YU, T.F. (1968) Am. J.
Med. 45 - 756-779).Med. 45-756-779).
L'urate oxydase, enzyme qui catalyse la dégradation de
L'acide urique en allantoine (composé beaucoup plus soluble que l'acide urique, ne cristallisant pas aux concentrations atteintes dans les liquides biologiques), présente donc un intérêt thérapeutique. Utilisée en injection, elle présente un grand nombre d'avantages dans le traitement de l'hyperuricémie et des néphroli- thiases : rapidité de l'effet hypo-uricémiant (diminution de
L'ordre de 50 X de lthyperuricémie en moins de 24 h), meilleure protection du rein contre les lithiases par rapport à d'autres drogues comme l'allopurinol (inhibiteur de la xanthine oxydase), etc.Urate oxidase, an enzyme that catalyzes the degradation of
Uric acid in allantoin (a much more soluble compound than uric acid, which does not crystallize at the concentrations reached in biological fluids), is therefore of therapeutic interest. Used in injection, it has a large number of advantages in the treatment of hyperuricemia and nephrolithiasis: speed of the hypo-uricemic effect (decrease of
The order of 50% of the hyperuricemia in less than 24 hours), better protection of the kidney against lithiases compared to other drugs such as allopurinol (xanthine oxidase inhibitor), etc.
L'urate oxydase utilisée actuelLement comme médicament est obtenue selon un procédé comprenant la culture d'un mycélium d'Aspergillus flavus et l'isolement de L'urate oxydase par extraction du milieu de culture ainsi que plusieurs étapes de purification de cette protéine. Ce procédé, qui permet l'obtention d'urate oxydase de grande pureté, présente toutefois des inconvénients. En effet, la physiologie et surtout la génétique d'A. flavus ne sont pas aisément travaillables (WOLOSHUK et al, (1989) Applied environ. The urate oxidase presently used as a medicament is obtained by a process comprising the cultivation of an Aspergillus flavus mycelium and the isolation of urate oxidase by extraction of the culture medium as well as several steps of purification of this protein. This method, which allows obtaining high purity urate oxidase, however, has disadvantages. Indeed, the physiology and especially the genetics of A. flavus are not readily workable (WOLOSHUK et al., (1989) Applied approx.
microbiol. vol. 55, p. 86-90). IL n'est donc pas possible d'obtenir des souches qui produisent cette enzyme en quantités importantes.Microbiol. flight. 55, p. 86-90). It is therefore not possible to obtain strains that produce this enzyme in large quantities.
D'autre part, A. flavus est susceptible de produire des aflatoxines, lesquelles sont parfois difficiles à séparer. Il convient donc de vérifier que te produit purifié est exempt de ces toxines.On the other hand, A. flavus is likely to produce aflatoxins, which are sometimes difficult to separate. It should therefore be checked that the purified product is free of these toxins.
Il existe donc un besoin pour des outils et des techniques de génie génétique permettant de s'affranchir de- ces inconvénients. There is therefore a need for tools and techniques of genetic engineering to overcome these disadvantages.
La demanderesse a construit une bibliothèque d'ADNc à partir des ARN messagers d'une souche d'A. flavus cultivée dans des conditions de production d'urate oxydase, de laquelle elle a isolé, à l'aide de deux sondes construites sur la base de la séquence partielle de L'urate oxydase d'A. flavus déterminée expe;rimentate- ment, puis séquencé un ADNc codant pour L'urate oxydase. Elle a ensuite construit un vecteur d'expression comprenant cet ADNc, transformé une souche d'E. coli K12 avec ce dernier, cultivé celleci et vérifié que le lysat des cellules contenait une protéine recombinante de la masse moléculaire attendue, qui possède une activité urate oxydase (capacité de dégrader L'acide urique). The Applicant has constructed a cDNA library from the messenger RNAs of an A strain. flavus grown under urate oxidase production conditions, from which it was isolated, using two probes constructed on the basis of the partial sequence of A. urate oxidase. flavus determined experimentally and then sequenced a cDNA encoding urate oxidase. She then constructed an expression vector comprising this cDNA, transformed a strain of E. coli. coli K12 with the latter, cultured it and verified that the cell lysate contained a recombinant protein of the expected molecular weight, which has a urate oxidase activity (ability to degrade uric acid).
L'invention concerne donc un gène recombinant caractérisé en ce qu'il comporte une séquence d'ADN qui s'hybride avec une sonde de formule
T C D1 A T D2 T C D3 A A D4 T A D5 T G dans laquelle les symboles D1, D2, D3, D4 et D5 représentent respectivement (A, G ou T), (T ou C), (G ou A) (G ou A) et (G ou
A) ainsi qu'avec une sonde de formule
A E1 E2 A A E3 C C C C A E4 A A E5 T G dans laquelle les symboles E1, E2, E3, E4 et E5 représentent respectivement (G ou A), (G ou A), (A, G, C ou T), (G ou A) et (T ou C) et code pour une protéine d'un poids moléculaire apparent d'environ 33 kDa, qui catalyse la dégradation d'un métabolite.The invention therefore relates to a recombinant gene characterized in that it comprises a DNA sequence which hybridises with a probe of formula
TC D1 AT D2 TC D3 AA D4 AT D5 TG in which the symbols D1, D2, D3, D4 and D5 respectively represent (A, G or T), (T or C), (G or A) (G or A ) and (G or
A) as well as with a probe of formula
A E1 E2 AA E3 CCCCA E4 Y E E5 TG in which the symbols E1, E2, E3, E4 and E5 respectively represent (G or A), (G or A), (A, G, C or T), (G or A) and (T or C) and encodes a protein of apparent molecular weight of about 33 kDa, which catalyzes the degradation of a metabolite.
De préférence ce métabolite est l'acide urique. Preferably this metabolite is uric acid.
Un gène recombinant particulièrement apprécié est celui codant pour la protéine de séquence primaire ci-après
MetSerAlaValLysAlaALaArgTyrGly LysAspAsnValArgValTyrLysValHis
LysAspGluLysThrGlyValGlnThrVal TyrGluMetThrValCysValLeuLeuGlu
GlyGluIleGluThrSerTyrThrLysAla AspAsnSerValIleValAlaThrAspSer
IleLysAsnThrIleTyrIleThrAlaLys GlnAsnProValThrProProGluLeuPçe
GlySerIlELeuGlyThrHisPheIleGlu LysTyrAsnHisIleHisAlaAlaHisVal AsnfleValCysHisArgTrpThrArgMet AspIleAspGlyLysProHisProHisSer
PheIleArgAspSerGluGluLysArgAsn ValGlnValAspValValGluGlyLysGly
IleAspIleLysSerSerLeuSerGlyLeu ThrValLeuLysSerThrAsnSerGlnPhe
TrpGlyPheLeuArgAspGluTyrThrThr LeuLysGluThrTrpAspArgIleLeuSer ThrAspValAspAlaThrTrpGlnTrpLys AsnPheSerGlyLeuGlnGluValArgSer
HisValProLysPheAspAlaThrTrpAla ThrAlaArgGluValThrLeuLysThrphe AlaGluAspAsnSerAlaSerValGlnAla ThrMetTyrLysMetAlaGluGlnIleLeu AlaArg6lnGlnLeuIleGluThrValGlu TyrSerLeuProAsnLysHisTyrPheGlu
IleAspLeuSerX1HisLysGlyLeuGln AsnThrGlyLysAsnAlaGluValPheAla ProGlnSerAspProAsnGlyLeuIleLys CysThrValGlyArgSerSerLeuLysSer
LysLeu dans laquelle X1 représente Trp ou Gly.A particularly preferred recombinant gene is that encoding the primary sequence protein hereinafter
MetSerAlaValLysAlaALaArgTyrGly LysAspAsnValArgValTyrLysValHis
LysAspGluLysThrGlyValGlnThrVal TyrGluMetThrValCysValLeuLeuGlu
GlyGluIleGluThrSerTyrThrLysAla AspAsnSerValIleValAlaThrAspSer
IleLysAsnThrIleTyrIleThrAlaLys GlnAsnProValThrProProGluLeuPce
GlySerIlELeuGlyThrHisPheIleGlu LysTyrAsnHisIleHisAlaAlaHisVal AsnfleValCysHisArgTrpThrArgMet AspIleAspGlyLysProHisProHisSer
PheIleArgAspSerGluGluLysArgAsn ValGlnValAspValValGluGlyLysGly
IleAspIleLysSerSerLeuSerGlyLeu ThrValLeuLysSerThrAsnSerGlnPhe
TrpGlyPheLeuArgAspGluTyrThrThr LeuLysGluThrTrpAspArgIleLeuSer ThrAspValAspAlaThrTrpGlnTrpLys AsnPheSerGlyLeuGlnGluValArgSer
HisValProLysPheAspAlaThrTrpAla ThrAlaArgGluValThrLeuLysThrphe AlaGluAspAsnSerAlaSerValGlnAla ThrMetTyrLysMetAlaGluGlnIleLeu AlaArg6lnGlnLeuIleGluThrValGlu TyrSerLeuProAsnLysHisTyrPheGlu
IleAspLeuSerX1HisLysGlyLeuGln AsnThrGlyLysAsnAlaGluValPheAla ProGlnSerAspProAsnGlyLeuIleLys CysThrValGlyArgSerSerLeuLysSer
LysLeu in which X1 represents Trp or Gly.
De préférence X1 représente Trp. Preferably X1 represents Trp.
A cause de la dégénérescence du code génétique, il existe un grand nombre de séquences d'ADN codant pour une protéine dont La séquence répond à la formule donnée ci-dessus. Parmi celles-ci une séquenc-e préférée est la suivante :
ATGTCTGCGG TAAAAGCAGC GCGCTACGGC AAGGACAATG TTCGCGTCTA
CAAGGTTCAC AAGGACGAGA AGACCGGTGT CCAGACGGTG TACGAGATGA
CCGTCTGTGT GCTTCTGGAG GGTGAGATTG AGACCTCTTA CACCAAGGCC
GACAACAGCG TCATTGTCGC AACCGACTCC ATTAAGAACA CCATTTACAT
CACCGCCAAG CAGAACCCCG TTACTCCTCC CGAGCTGTTC GGCTCCATCC
TGGGCACACA CTTCATTGAG AAGTACAACC ACATCCATGC CGCTCACGTC
AACATTGTCT GCCACCGCTG GACCCGGATG GACATTGACG GCAAGCCACA
CCCTCACTCC TTCATCCGCG ACAGCGAGGA GAAGCGGAAT GTGCAGGTGG
ACGTGGTCGA GGGCAAGGGC ATCGATATCA AGTCGTCTCT GTCCGGCCTG
ACCGTGCTGA AGAGCACCAA CTCGCAGTTC TGGGGCTTCC TGCGTGACGA
GTACACCACA CTTAAGGAGA CCTGGGACCG TATCCTGAGC ACCGACGTCG
ATGCCACTTG GCAGTGGAAG AATTTCAGTG GACTCCAGGA GGTCCGCTCG
CACGTGCCTA AGTTCGATGC TACCTGGGCC ACTGCTCGCG AGGTCACTCT
GAAGACTTTT GCTGAAGATA ACAGTGCCAG CGTGCAGGCC ACTATGTACA
AGATGGCAGA GCAAATCCTG GCGCGCCAGC AGCTGATCGA GACTGTCGAG
TACTCGTTGC CTAACAAGCA CTATTTCGAA ATCGACCTGA GCTGGCACAA
GGGCCTCCAA AACACCGGCA AGAACGCCGA GGTCTTCGCT CCTCAGTCGG
ACCCCAACGG TCTGATCAAG TGTACCGTCG GCCGGTCCTC TCTGAAGTCT
AAATTG. Because of the degeneracy of the genetic code, there are a large number of DNA sequences encoding a protein whose sequence corresponds to the formula given above. Among these, a preferred sequence is the following:
ATGTCTGCGG TAAAAGCAGC GCGCTACGGC AAGGACAATG TTCGCGTCTA
CAAGGTTCAC AAGGACGAGA AGACCGGTGT CCAGACGGTG TACGAGATGA
CCGTCTGTGT GCTTCTGGAG GGTGAGATTG AGACCTCTTA CACCAAGGCC
GACAACAGCG TCATTGTCGC AACCGACTCC ATTAAGAACA CCATTTACAT
CACCGCCAAG CAGAACCCCG TTACTCCTCC CGAGCTGTTC GGCTCCATCC
TGGGCACACA CTTCATTGAG AAGTACAACC ACATCCATGC CGCTCACGTC
AACATTGTCT GCCACCGCTG GACCCGGATG GACATTGACG GCAAGCCACA
CCCTCACTCC TTCATCCGCG ACAGCGAGGA GAAGCGGAAT GTGCAGGTGG
ACGTGGTCGA GGGCAAGGGC ATCGATATCA AGTCGTCTCT GTCCGGCCTG
ACCGTGCTGA AGAGCACCAA CTCGCAGTTC TGGGGCTTCC TGCGTGACGA
GTACACCACA CTTAAGGAGA CCTGGGACCG TATCCTGAGC ACCGACGTCG
ATGCCACTTG GCAGTGGAAG AATTTCAGTG GACTCCAGGA GGTCCGCTCG
CACGTGCCTA AGTTCGATGC TACCTGGGCC ACTGCTCGCG AGGTCACTCT
GAAGACTTTT GCTGAAGATA ACAGTGCCAG CGTGCAGGCC ACTATGTACA
AGATGGCAGA GCAAATCCTG GCGCGCCAGC AGCTGATCGA GACTGTCGAG
TACTCGTTGC CTAACAAGCA CTATTTCGAA ATCGACCTGA GCTGGCACAA
GGGCCTCCAA AACACCGGCA AGAACGCCGA GGTCTTCGCT CCTCAGTCGG
ACCCCAACGG TCTGATCAAG TGTACCGTCG GCCGGTCCTC TCTGAAGTCT
AAATTG.
L'invention concerne également un vecteur d'expression qui porte, avec les moyens nécessaires à son expression, Le gène recombinant défini précédemment. The invention also relates to an expression vector which carries, with the means necessary for its expression, the recombinant gene defined above.
Pour une expression dans les micro-organismes procaryotes, en particulier dans Escherichia coli, La séquence codante doit être insérée dans un vecteur d'expression comportant notamment un promoteur efficace, suivi d'un site de fixation des ribosomes en amont du gêne à exprimer, ainsi qu'une séquence d'arrêt de transcription efficace en aval du gêne à exprimer. Ce plasmide doit également comporter une origine de réplication et un marqueur de sélection. Toutes ces séquences doivent être choisies en fonction de la cellule hôte. For expression in prokaryotic microorganisms, in particular in Escherichia coli, the coding sequence must be inserted into an expression vector comprising in particular an effective promoter, followed by a ribosome binding site upstream of the gene to be expressed, as well as an efficient transcription stop sequence downstream of the gene to be expressed. This plasmid must also include an origin of replication and a selection marker. All these sequences must be chosen according to the host cell.
Pour une expression dans Les cellules eucaryotes telles que les cellules animales, notamment dans les cellules d'ovaires de hamster chinois CHO, la séquence codante est insérée dans un plasmide (par exemple dérivé du pBR 322) comportant deux unités d'expression. Une première unité dans laquelle est inséré le gène d'intérêt devant un promoteur efficace (par exemple le promoteur précoce de SV40 > . La séquence autour de L'ATG d'initiation est de préférence choisie En fonction de la séquence consensus décrite par
KOZAK (M. KOZAK (1978) Celui., 15, 1109-1123).Une séquence intronique, par exemple t'intron de l'a-globine de souris, peut être insérée en amont du gène d'intérêt ainsi qu'une séquence comportant un site de polyadénylation, par exemple une séquence de polyadénylation du Sv40, en aval du gène d'intérêt. La deuxième unité d'expression comporte un marqueur de sélection (par exemple une séquence d'ADN) codant pour la dihydrofolate réductase (enzyme ci-après abrégée DHFR). Le plasmide est transfecté dans Les ceLluLes eucaryotes, par exemple les cellules CHO DHFR (incapables d'exprimer la DHFR). Une lignée est sélectionnée pour sa résistance au méthotréxate et exprime à un niveau suffisant le gène d'intérêt.For expression in eukaryotic cells such as animal cells, especially in CHO Chinese hamster ovary cells, the coding sequence is inserted into a plasmid (e.g. derived from pBR 322) having two expression units. A first unit in which the gene of interest is inserted in front of an effective promoter (for example the SV40 early promoter.) The sequence around the initiation ATG is preferably chosen according to the consensus sequence described by
KOZAK (M. KOZAK (1978), 15, 1109-1123). An intronic sequence, for example an intron of mouse α-globin, can be inserted upstream of the gene of interest as well as an sequence comprising a polyadenylation site, for example a Sv40 polyadenylation sequence, downstream of the gene of interest. The second expression unit comprises a selection marker (for example a DNA sequence) coding for dihydrofolate reductase (abbreviated enzyme DHFR). The plasmid is transfected into eukaryotic cells, for example CHO DHFR cells (unable to express DHFR). A line is selected for its resistance to methotrexate and expresses at a sufficient level the gene of interest.
Pour une expression dans les cellules eucaryotes telles que la levure, par exemple Saccharomyces cerevisiae, iL convient d'insérer La séquence codante entre d'une part des séquences reconnues comme promoteur efficace, d'autre part un terminateur de transcription. L'ensemble promoteur-séquence cùdante-términateur, appelé cassette d'expression, est cloné soit dans un vecteur multicopie pour la levure, soit intégré en multicopie dans le génome de la levure. L'intérêt de la levure est de présenter une machinerie ceLlulaire proche de celle de L'hôte naturel, A. flavus. For expression in eukaryotic cells such as yeast, for example Saccharomyces cerevisiae, the coding sequence should be inserted between, on the one hand, sequences recognized as an effective promoter, on the other hand a transcription terminator. The promoter-sequence sequence-terminator, called expression cassette, is cloned either in a multicopy vector for yeast, or integrated in multicopy in the genome of the yeast. The interest of yeast is to present a cellular machinery close to that of the natural host, A. flavus.
L'invention concerne également une nouvelle protéine recombinante de séquence ci-après :
SerAlaValLYsAlaAlaArgTyrGly LysAspAsnValArgValTyrLysValHis LysAspGluLysThrGLyVaLGLnThrVal TyrGluMetThrValCysVaLLeuLeuGLu
GlyGluIleGluThrSerTyrThrLysAla AspAsnSerValIleValAlaThrAspSer
IleLysAsnThrIleTyrIleThrAlaLys GlnAsnProValThrProProGluLeuPhe GlySerIleLeuGLyThrHisPheILeGlu LysTyrAsnHisIleHisAlaAlaHisVaL
AsnIleValCysHisArgTrpThrArgMet AspIleAspGlyLysProHisProHisSer
PheIleArgAspSerGlyGluLysArgAsn ValGlnValAspValValGluGlyLysGly
IleAspIleLysSerSerLeuSerGlyLeu ThrValLeuLysSerThrAsnSerglnPhe
TrpGlyPheLeuArgAspGluTyrThrThr LeuLysGluThrTrpAspArgîleLeuSer ThrAspValAspAlaThrTrpClnTrpLys AsnPheSerGlyLeuGlnGluValArgSer HisValProLysPheAspAlaThrTrpAla ThrAlaArgGluvalThrLeuLysThrPhe
AlaGluAspAsnSerAlaSerValGlnAla ThrMetTyrLysMetAlaGluGlnIleLeu
AlaArgGlnGlnLeuIleGluThrValGlu TyrSerLeuProAsnLysHisTyrPheGlu
IleAspLeuSerTrpHisLysGlyLeuGln AsnThrGlyLysAsnAlaGluValPheAla ProGlnSerAspProAsnGlyLeuIleLys CysThrValGlyArgSerSerLeulysSer. The invention also relates to a novel recombinant protein sequence as follows:
SerAlaValLYsAlaAlaArgTyrGly LysAspAsnValArgValTyrLysValHis LysAspGluLysThrGLyVaLGLnThrVal TyrGluMetThrValCysVaLLeuLeuGLu
GlyGluIleGluThrSerTyrThrLysAla AspAsnSerValIleValAlaThrAspSer
IleLysAsnThrIleTyrIleThrAlaLys GlnAsnProValThrProProGluLeuPhe GlySerIleLeuGLyThrHisPheILeGlu LysTyrAsnHisIleHisAlaAlaHisVaL
AsnIleValCysHisArgTrpThrArgMet AspIleAspGlyLysProHisProHisSer
PheIleArgAspSerGlyGluLysArgAsn ValGlnValAspValValGluGlyLysGly
IleAspIleLysSerSerLeuSerGlyLeu ThrValLeuLysSerThrAsnSerglnPhe
TrpGlyPheLeuArgAspGluTyrThrThr LeuLysGluThrTrpAspArgîleLeuSer ThrAspValAspAlaThrTrpClnTrpLys AsnPheSerGlyLeuGlnGluValArgSer HisValProLysPheAspAlaThrTrpAla ThrAlaArgGluvalThrLeuLysThrPhe
AlaGluAspAsnSerAlaSerValGlnAla ThrMetTyrLysMetAlaGluGlnIleLeu
AlaArgGlnGlnLeuIleGluThrValGlu TyrSerLeuProAsnLysHisTyrPheGlu
IleAspLeuSerTrpHisLysGlyLeuGln AsnThrGlyLysAsnAlaGluValPheAla ProGlnSerAspProAsnGlyLeuIleLys CysThrValGlyArgSerSerLeulysSer.
LysLeu précédée éventuellement d'une méthionine.LysLeu possibly preceded by a methionine.
En effet, la protéine codée par Les séquences d'ADNc données ci-dessus peut subir une maturation par la méthionyl-aminopeptidase, qui la clive de son résidu méthionine amino-terminal. Indeed, the protein encoded by the cDNA sequences given above can be processed by methionyl aminopeptidase, which cleaves it from its amino-terminal methionine residue.
L'invention a également trait au médicament contenant la protéine définie ci-dessus. The invention also relates to the medicament containing the protein defined above.
L'invention sera mieux comprise à l'aide des exemples ciaprès :
une grande partie de l'ensemble des techniques ci-après, bien connues de L'homme de l'art, est exposée en détail dans
L'ouvrage de Maniatis et al : "Molecular cloning : a laboratory manual" publié en 1984 par les éditions Cold Spring Harbor Press à
New York.The invention will be better understood using the following examples:
much of the following set of techniques, well known to those skilled in the art, is set forth in detail in
Maniatis et al: "Molecular cloning: a laboratory manual" published in 1984 by Cold Spring Harbor Press at
New York.
EXEMPLE 1 : Isolement des ARN messagers d'Aspergillus flavus
La souche d'A. flavus productrice d'urate oxydase a été cultivée dans des conditions de production d'urate oxydase, c'està-dire dans un milieu contenant de l'acide urique de composition suivante : glucose 15 g/l, MgSO4,7H2O 1 g/l, KH2PO4 0,75 g/k, CaCO3 1,2 g/l, acide urique 1,2 g/l, KOH 0,5 g/l, huile de soja 0,66 ml/l, FeSO4,7H20 10 mg/l, CuS04,5H20 1 mg/l, ZnS04,7H20 3 mg/l, MnSO4,H20 1 mg/l. EXAMPLE 1 Isolation of messenger RNAs of Aspergillus flavus
The strain of A. urate oxidase producing flavus was cultured under conditions of urate oxidase production, that is to say in a medium containing uric acid of the following composition: glucose 15 g / l, MgSO 4, 7H 2 O 1 g / l , KH2PO4 0.75 g / l, CaCO3 1.2 g / l, uric acid 1.2 g / l, KOH 0.5 g / l, soybean oil 0.66 ml / l, FeSO4.7H20 10 mg / l 1, CuSO 4, 5H 2 O 1 mg / l, ZnSO 4, 7H 2 O 3 mg / l, MnSO 4, H 2 O 1 mg / l.
Le milieu est ajusté à pH 7 avec H2SO4 1M et est stérilisé à 120 C pendant 80 min.The medium is adjusted to pH 7 with 1M H2SO4 and is sterilized at 120 ° C for 80 min.
Dans un erlenmeyer de 5 l on ensemence 1,5 l de milieu avec environ 1 à 3,107 spores. In a 5-liter Erlenmeyer flask, 1.5 l medium is seeded with about 1 to 3,107 spores.
La culture est incubée pendant environ 40 h à 30 C sous agitation (120 tr/min). Le mycélium est récupéré par fiLtration sur gaze, lavé avec de l'eau et congelé dans L'azote liquide. The culture is incubated for about 40 hours at 30 ° C. with stirring (120 rpm). The mycelium is recovered by filtration on gauze, washed with water and frozen in liquid nitrogen.
15 g de mycélium (poids humide) sont décongelés et resuspendus dans 45 ml de tampon de lyse puis repris dans un même volume de billes (0,45 m de diamètre). Le tampon de lyse est constitué de thiocyanate de guanidine 4 M, Tris-HCL 10 mM pH 7,6, EDTA 10 mM, ss- mercaptoéthanol 50 ml/l. La suspension mycélienne est broyée au broyeur Zellmühler (vibrogène) pendant 5 min. 15 g of mycelium (wet weight) are thawed and resuspended in 45 ml of lysis buffer and then taken up in the same volume of beads (0.45 m in diameter). The lysis buffer consisted of 4 M guanidine thiocyanate, 10 mM Tris-HCl pH 7.6, 10 mM EDTA, 50 ml / l ss-mercaptoethanol. The mycelial suspension is ground in a Zellmühler mill (vibrogene) for 5 min.
Le broyat est récupéré et les billes décantées. Le surnageant est prélevé (environ 45 ml) et ramené à 3 M final en chlorure de lithium et conservé à OOC. The ground material is recovered and the logs are decanted. The supernatant is removed (approximately 45 ml) and brought back to the final 3 M lithium chloride and stored at OOC.
Après deux jours, on le centrifuge pendant 60 min à 10 000 tr/min. Le surnageant est écarté qt le culot est repris dans 40 ml de LiCl 3M et recentrifugé à 10 000 tr/min pendant 1 h 30. After two days, it is centrifuged for 60 minutes at 10,000 rpm. The supernatant is discarded and the pellet is taken up in 40 ml of 3M LiCl and recentrifuged at 10,000 rpm for 1 hour 30 minutes.
On ajoute, la proétinase K (SIGMA), 40 g/ml du SDS (0,1 % P/V) et de L'EDTA à 20 mM. On incube à 370C pendant 3 h. On précipite avec 2 volumes d'éthanol, puis on effectue un Lavage à l'éthanol 70 X. On reprend le culot dans 0,5 ml de tampon TE (tris
HCI 10 mM EDTA, 1 mM pH 7,5), on extrait 2 fois au chloroforme, on précipite à l'éthanol. Les ARN sont conservés à -800C dans l'alcool. Proétinase K (SIGMA) was added with 40 g / ml of SDS (0.1% w / v) and 20 mM EDTA. Incubated at 370C for 3 h. The precipitate is precipitated with 2 volumes of ethanol, followed by washing with 70% ethanol. The pellet is taken up in 0.5 ml of TE buffer (tris
10 mM EDTA, 1 mM pH 7.5), extracted twice with chloroform, precipitated with ethanol. RNAs are stored at -800C in alcohol.
EXEMPLE 2 : Purification de la fraction poly A+ des ARN
Environ 1 mg d'ARN est précipité 20 min à 40C (15 000 tr/ min) puis lavé avec de I'éthanol 70 X puis séché.EXAMPLE 2 Purification of the poly A + fraction of RNAs
About 1 mg of RNA is precipitated for 20 minutes at 40 ° C. (15,000 rpm), then washed with 70% ethanol and then dried.
Le culot est repris dans 1 ml de tampon TE et resuspendu par agitation au vortex. L'oligo dT-cellulose type 3 (commercialisé par
Collaborative Research Inc, Biomedicals Product Division) est prépare suivant les recommandations du fabricant. L'ARN est déposé sur L'oligo dT, agité doucement pour resusprendre tes billes, puis chauffé pendant 1 min à 650C.The pellet is taken up in 1 ml of TE buffer and resuspended by vortexing. The oligo dT-cellulose type 3 (marketed by
Collaborative Research Inc., Biomedicals Product Division) is prepared according to the manufacturer's recommendations. The RNA is deposited on oligo dT, gently stirred to resuspend your beads, then heated for 1 min at 650C.
La suspension est ajustée à 0,5 M NaCI puis mise à agiter doucement pendant 10 min. La suspension est alors centrifugée pendant 1 min à 1 000 tr/min, le surnageant est éliminé, le culot est lavé 2 fois avec 1 ml de tampon TE contenant 0,5 M NaCI. Les surnageants sont éliminés. L'élution de La fraction polyadénylée des ARN (constituée des ARN messagers) est obtenue par suspension des billes dans 1 ml de tampon TE, puis chauffage de cette suspension à 600C pendant 1 min, suivie d'une agitation pendant 10 min sur plaque basculante. On centrifuge ensuite 1 min à 1 000 tr/min, ce qui permet de récupérer d'une part.le surnageant contenant des
ARNm libres en solution et d'autre part le culot de billes de celluLose.L'ensemble des opérations ci-dessus (ê partir de l'élution) est répété. Les surnageants ainsi obtenus sont rassemblés, on élimine l'excès de billes par centrifugation et on précipite le surnageant à I'éthanol contenant du NaCI suivant les techniques habituelles. (Maniatis : op. prec.).The suspension is adjusted to 0.5 M NaCl and then stirred gently for 10 min. The suspension is then centrifuged for 1 min at 1000 rpm, the supernatant is removed, the pellet is washed twice with 1 ml of TE buffer containing 0.5 M NaCl. Supernatants are eliminated. The elution of the polyadenylated fraction of the RNAs (consisting of the messenger RNAs) is obtained by suspending the beads in 1 ml of TE buffer and then heating this suspension at 600C for 1 min, followed by stirring for 10 min on a tilting plate. . It is then centrifuged for 1 minute at 1000 rpm, which makes it possible to recover, on the one hand, the supernatant containing
Free mRNA in solution and secondly the pellet of celluLose beads. All of the above operations (from elution) are repeated. The supernatants thus obtained are combined, the excess beads are removed by centrifugation and the supernatant is precipitated with ethanol containing NaCl according to the usual techniques. (Maniatis: op.cit.
EXEMPLE 3 : Constitution de la banque des ADNc
A partir des ARN messagers isoLés comme décrit dans
L'exemple précédent, on a réalisé une banque d'ADNc dans Le vecteur pTZ19R (commercialisé par PHARMACIA). Ce vecteur est un pLasmide comprenant un polylinker contenant des sites uniques de restriction.EXAMPLE 3 Constitution of the cDNA library
From isolated messenger RNAs as described in
The previous example, a cDNA library was made in the vector pTZ19R (marketed by PHARMACIA). This vector is a plasmid comprising a polylinker containing unique restriction sites.
La technique de clonage utilisée est celle décrite par
Caput et al, (technique de L'amorce-adapteur (Primer-adapter) : (Caput et al, Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) (1986) 83, 16701674)). The cloning technique used is that described by
Caput et al., (Primer-adapter technique): (Caput et al, Proc Natl Acad Sci (USA) (1986) 83, 16701674)).
Elle consiste d'une part à digérer le vecteur par Pstl, ajouter une queue de poLydC sur L'extrémité 3' protubérante, puis à digérer les plasmides ainsi obtenus par BamHI. Le fragment correspondant au vecteur est purifié sur colonne de Sépharose CL4B (Pharmacia). Il comprend donc une queue polydC à une extrémité, l'autre extrémité étant cohésive, du type BamHI. D'autre part, les
ARN messagers sont soumis à La transcription inverse à partir d'une amorce dont La séquence est la suivante 5' < GATCCGGGCCCT (12)) < 3.It consists on the one hand in digesting the vector with PstI, adding a polyhydric tail on the protruding 3 'end and then digesting the plasmids thus obtained with BamHI. The fragment corresponding to the vector is purified on a column of Sepharose CL4B (Pharmacia). It therefore comprises a polydC tail at one end, the other end being cohesive, of the BamHI type. On the other hand,
Messenger RNAs are reverse transcribed from a primer whose sequence is as follows: ## STR2 ##
Ainsi, Les ADNc présentent-ils à leur extrémité 5' la séquence
GATCC complémentaire de L'extrémité cohésive BamHI.Thus, the cDNAs have at their 5 'end the sequence
GATCC complementary to the BamHI cohesive end.
Les hybrides ARN-ADN obtenus par action de la transcriptase inverse sont soumis à une hydrolyse alcaline qui permet de se débarrasser de L'ARN. Les ADNc simple brin sont alors purifiés par 2 cycles sur colonne de Sépharose CL4B et soumis à un traitement à La terminal transférase de façon à ajouter des polydG en 3'. Les ADNc sont insérés sous forme simple brin dans Le vecteur préparé comme décrit plus haut. Un second oligonucléotide "l'adapter" complémentaire de l'amorce est nécessaire pour générer un site BamHI "ouvert" à
L'extrémité 5' des ADNc. Après hybridation du vecteur, de L'ADNc et de l'"adapter:", les molécules recombinantes sont circularisées par
L'action de la ligase du phage T4. Les régions simple brin sont alors réparées grâce à L'ADN polymérase du phage T4.The RNA-DNA hybrids obtained by the action of the reverse transcriptase are subjected to an alkaline hydrolysis which makes it possible to get rid of the RNA. The single-stranded cDNAs are then purified by 2 cycles on a Sepharose CL4B column and subjected to terminal transferase treatment so as to add 3 'polydGs. The cDNAs are inserted in single-stranded form into the vector prepared as described above. A second "adapting" oligonucleotide complementary to the primer is necessary to generate an "open" BamHI site at
The 5 'end of the cDNAs. After hybridization of the vector, the cDNA and the "adapter:", the recombinant molecules are circularized by
The action of T4 phage ligase. The single-stranded regions are then repaired by phage T4 DNA polymerase.
Le pool de plasmides ainsi obtenu sert à transformer La souche MC 1061 pour La résistance à L'ampicilline (Casabadan Chou et Cohen J.The plasmid pool thus obtained serves to transform strain MC 1061 for ampicillin resistance (Casabadan Chou and Cohen J.
Bact. (1980) 143 pages 9971-980).Bact. (1980) 143 pages 9971-980).
EXEMPLE 4 : Détermination de La séquence partielle de L'urate
oxydase
Une préparation d'urate oxydase d'A. flavus (SIGMA) a été repurifiée par chromatographie sur une colonne Red-agarose 120 (SIGMA), suivie d'une filtration sur un gel acrylamide-agarose
Ultrogel Aca 44 (IBF). EXAMPLE 4 Determination of the partial sequence of urate
oxidase
A urate oxidase preparation of A. flavus (SIGMA) was repurified by chromatography on a column Red-agarose 120 (SIGMA), followed by filtration on an acrylamide-agarose gel
Ultrogel Aca 44 (IBF).
Afin d'obtenir des informations sur la séquence des acides aminés de l'urate oxydase purifiée, permettant La synthèse des sondes nécessaires au clonage de L'ADNc, un séquençage aminoterminal direct de la protéine a été tenté. Ce dernier n'a pas abouti, probablement à cause d'un blocage amino-terminal de La protéine. In order to obtain information on the amino acid sequence of the purified urate oxidase, allowing synthesis of the probes necessary for cDNA cloning, direct aminoterminal sequencing of the protein was attempted. The latter did not succeed, probably because of an amino-terminal blockade of the protein.
La stratégie ci-après a donc été développée pour l'obtention de la séquence partielle de L'urate oxydase - coupure de la protéine par des enzymes protéolytiques (à l'aide des enzymes trypsine et protéase V8 de Staphylococcus auréus) - séparation des poLypeptides obtenus par HPLC phase inverse - séquençage des peptides purifiés. The following strategy was therefore developed for obtaining the partial sequence of urate oxidase - cleavage of the protein by proteolytic enzymes (using the trypsin and V8 protease enzymes of Staphylococcus aureus) - separation of the polypeptides obtained by reverse phase HPLC - sequencing of the purified peptides.
1) Hydrolyse de l'urate oxydase par la trypsine, purification et séquençage des peptides
I'urate oxydase à 9 mg/ml dans un tampon de carbonate d'ammonium 100 mM pH 8,9 a été digeré par la trypsine (Worthington,
TPCK) avec un rapport urate oxydase/trypsine de 30/1 en poids à 300C pendant 24 h.Après l'hydrolyse tryptique, 60 ;ig d'urate oxydase digérée ont été directement injectés sur une colonne HPLC phase inverse de silice greffée Brownlee G18 (colonne 10 x 0,2 cm), équilibrée en acétonitrile 1 X (v/v), acide trifluoroacétique 0,1 X (v/v) dans l'eau. Les peptides ont été ensuite élués par un gradient linéaire d'acétonitrile dans une solution d'acide trifluoroacétique (0,1 X v/v) dans l'eau variant de 1 X à 60 X d'acétonitrile en 60 min, avec un débit de 150 pL/min. Les peptides à la sortie de la colonne ont été détectés par mesure de la densité optique à 218 nm.1) Hydrolysis of urate oxidase by trypsin, purification and sequencing of peptides
9 mg / ml urea oxidase in 100 mM ammonium carbonate buffer pH 8.9 was trypsin-donated (Worthington,
TPCK) with a urate oxidase / trypsin ratio of 30/1 by weight at 300C for 24 h.After tryptic hydrolysis, 60 μg of digested urate oxidase was directly injected onto a Brownlee G18 grafted silica reverse phase HPLC column. (column 10 x 0.2 cm), equilibrated with acetonitrile 1 X (v / v), trifluoroacetic acid 0.1 X (v / v) in water. The peptides were then eluted by a linear gradient of acetonitrile in a solution of trifluoroacetic acid (0.1 X v / v) in water ranging from 1 X to 60 X of acetonitrile in 60 min, with a flow rate of 150 μl / min. The peptides at the outlet of the column were detected by measuring the optical density at 218 nm.
Le profil d'élution est présenté dans La figure 1, dans laquelle Les numéros suivant La lettre T (Trypsine) correspondent aux pics identifiés. The elution profile is shown in Figure 1, in which the numbers following the letter T (Trypsin) correspond to the identified peaks.
Chaque pic a été collecté et conservé à -200C jusqu'au moment de L'anaLyse sur un séquenceur de protéines (Le modèle 470 A d'Applied Biosystems), équipé d'un chromatographe (modèle 430 A d'Apptied Biosystems) qui analyse en continu Les dérivés phénylthiohydantoiques formés, après chaque cycle de dégradation. Each peak was collected and stored at -200C until analysis of a protein sequencer (Applied Biosystems Model 470A), equipped with a chromatograph (Apptied Biosystems model 430A) that analyzed continuously The phenylthiohydantic derivatives formed, after each cycle of degradation.
Le tableau (1) ci-après présente les séquences peptidiques des 9 pics identifiés.Table (1) below shows the peptide sequences of the 9 identified peaks.
2) Hydrolyse de l'urate oxydase par la protéase V8, purification et séquençage des peptides. 2) Hydrolysis of urate oxidase by V8 protease, purification and sequencing of peptides.
L'urate oxydase, à une concentration de 2 mg/ml dans un tampon acétate d'ammonium 100 mM pH 6,8, a été digérée par la protéase V8 de Staphylococcus auréus (Boehringer-Mannheim) avec un rapport urate oxydase/protéase V8 de 60/1 à 300C pendant 72 h. Urate oxidase, at a concentration of 2 mg / ml in a 100 mM ammonium acetate buffer pH 6.8, was digested with Staphylococcus aureus protease V8 (Boehringer-Mannheim) with a urate oxidase / protease V8 ratio. from 60/1 to 300C for 72 hours.
160 g d'urate oxydase digérée ont ensuite été injectés sur une colonne HPLC phase inverse de silice greffée Brownîee G18 (colonne 10 x 0,2 cm) ; particules (7 x 0,03 pm) équilibrée en acétonitrile 1 Z, acide trifluoroacétique 0,1 X (v/v) dans l'eau. Les peptides ont ensuite été élés par un gradient linéaire d'acétonitriîe dans une solution d'acide trifluoroacétique dans l'eau (0,1 X (v/v)) variant de 1 X à 60 X d'acétonitrile en 60 min, avec un débit de 150 ul/mI. Les peptides à la sortie de la colonne ont été détectés par mesure de la densité optique à 218 nm.160 g of digested urate oxidase were then injected onto a reversed phase HPLC column of G18 Brown grafted silica (10 x 0.2 cm column); particles (7 x 0.03 μm) equilibrated with 1% acetonitrile, 0.1% trifluoroacetic acid (v / v) in water. The peptides were then eluted by a linear gradient of acetonitrile in a solution of trifluoroacetic acid in water (0.1 X (v / v)) ranging from 1 X to 60 X acetonitrile in 60 min, with a flow rate of 150 μl / mI. The peptides at the outlet of the column were detected by measuring the optical density at 218 nm.
Le profil d'elution est présenté dans ta figure 2, dans laquelle les numéros suivant La Lettre V (protéase V8) correspondent aux pics identifiés. The elution profile is shown in FIG. 2, in which the numbers following the letter V (protease V8) correspond to the identified peaks.
Chaque pic a été collecté et conservé à -2O0C jusqu'au moment de l'analyse sur le séquenceur de protéines déjà mentionné. Each peak was collected and stored at -20 ° C until analysis on the protein sequencer already mentioned.
Le tableau (1) ci-après présente les séquences peptidiques des 5 pics identifiés. Table (1) below shows the peptide sequences of the 5 identified peaks.
TABLEAU (1)
TABLE (1)
<SEP> Séquençage <SEP> des <SEP> produits <SEP> obtenus <SEP> par <SEP> hydrolyse
<tb> <SEP> T <SEP> 17 <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys
<tb> <SEP> T <SEP> 20 <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Val
<tb> La <SEP> trypsine <SEP> T <SEP> 23 <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Ala
<tb> <SEP> T <SEP> 27 <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Ser
<tb> <SEP> T <SEP> 28 <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Lys
<tb> <SEP> T <SEP> 29 <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> His <SEP> - <SEP> Lys
<tb> <SEP> T <SEP> 31 <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Arg
<tb> <SEP> T <SEP> 32 <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Thr
<tb> <SEP> T <SEP> 33 <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Thr
<tb> <SEP> V <SEP> 1 <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Ser <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> His <SEP> - <SEP> Lys
<tb> A <SEP> L'aide <SEP> de <SEP> V <SEP> 2 <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Ser <SEP>
<SEP> Val <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Ala
<tb> la <SEP> protéase
<tb> <SEP> V8 <SEP> V <SEP> 3 <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Thr
<tb> <SEP> V <SEP> 5 <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Phe <SEP>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Arg
<tb> <SEP> V <SEP> 6 <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys
<tb>
EXEMPLE 5 : Criblage des bactéries
1) Préparation des sondes marquées
Deux pools de sondes déduites de séquences en aminoacides de la protéine ont été synthétisés 'à L'aide d'un synthétiseur d'ADN
Biosearch 4600.Le premier pool correspond à la séquence de résidus
His-Tyr-Phe-Glu-Ile-Asp (partie de la séquence de T 27), soit de 5' vers 3'
A T G G G
TCGAT TC AA TA TG
T C A A A
Ce pool est en fait constitué de 24 x 3 = 48 oligonucléotides différents représentant toutes Les combinaisons possibles.<SEP> Sequencing <SEP> of <SEP> products <SEP> obtained <SEP> by <SEP> hydrolysis
<tb><SEP> T <SEP> 17 <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys
<tb><SEP> T <SEP> 20 <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEA> Gly <SEP> - <SEA> Leu <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Val
<tb> The <SEP> trypsin <SEP> T <SEP> 23 <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP > Trp <SEP> - <SEP> Ala
<tb><SEP> T <SEP> 27 <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP><SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SE> Ser
<tb><SEP> T <SEP> 28 <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEA> - <SEA> Asp <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Lily
<tb><SEP> T <SEP> 29 <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SE> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SE> Ser <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> His <SEP> - <SEP> Lys
<tb><SEP> T <SEP> 31 <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Arg
<tb><SEP> T <SEP> 32 <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SE> Leu <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Thr
<tb><SEP> T <SEP> 33 <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Pro <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SE> Leu <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Thr
<tb><SEP> V <SEP> 1 <SEP> Tyr <SEP> - <SE> Leu <SEP> - <SEP><SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP><SEP> Lys - <SEP> His <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Ser <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> His <SEP> - <SEP> Lys
<tb> A <SEP> The help <SEP> of <SEP> V <SEP> 2 <SEP> Val <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Glu <SEP> - <SEA> Asp <SEP> - <SEP> Asn <SEP > - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEA> Ser <SEP>
<SEP> Val <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Ala
<tb> the <SEP> protease
<tb><SEP> V8 <SEP> V <SEP> 3 <SEP> Thr <SEP> - SEP> Ser <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Ala <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Asp <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Asn <SEP> - <SEP > Thr <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Tyr <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Thr
<tb><SEP> V <SEP> 5 <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEA> Ser <SEA> - <SEA> Leu <SEP> - <SEA> Ser <SEA> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEP> Thr <SEP> - <SEP > Asn <SEP> - <SEP> Ser <SEP> - <SEP> Gln <SEP> - <SEP> Phe <SEP> - <SEP> Trp <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Phe <September>
<SEP> Leu <SEP> - <SEP> Arg
<tb><SEP> V <SEP> 6 <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Asp <SEP> - <SEP> Ile <SEP> - <SEP> Lys <SEP> - <SEA> Ser <SEP> - <SEA> Ser <SEA> - <SEA> Leu <SEP> - <SEA> Ser <SEA> - <SEP> Gly <SEP> - <SEP> Leu <SEP>
<SEP> Thr <SEP> - <SEP> Val <SEP> - <SEP> Leu <SEP> - <SEP> Lys
<Tb>
EXAMPLE 5 Screening of Bacteria
1) Preparation of labeled probes
Two probe pools deduced from amino acid sequences of the protein were synthesized using a DNA synthesizer
Biosearch 4600. The first pool corresponds to the residue sequence
His-Tyr-Phe-Glu-Ile-Asp (part of the sequence of T 27), ie from 5 'to 3'
ATGGG
TCGAT TC AA TA TG
TCAAA
This pool consists of 24 x 3 = 48 different oligonucleotides representing all possible combinations.
Le deuxième pool correspond à la séquence en résidus aminoacides
Gln-Phe-Trp-Gly-Phe-Leu (partie de la séquence de V5), soit de 5' vers 3'
GG A G T
A AAGCCCCA' AA TG
AA C A C
T
Ce pool est constitué de 24 x 4 = 64 combinaisons.The second pool corresponds to the sequence of amino acid residues
Gln-Phe-Trp-Gly-Phe-Leu (part of the V5 sequence), from 5 'to 3'
GG AGT
AAGCCCCA 'AA TG
AA CAC
T
This pool consists of 24 x 4 = 64 combinations.
Les sondes sont marquées à La terminale désoxynucléotide transférase (TdT) (commercialisé par IBI, Inc).Probes are terminally labeled deoxynucleotide transferase (TdT) (commercially available from IBI, Inc.).
La réaction s'effectue sur 100 ng d'un mélange d'oligonucléotides en solution (100 mg/ml) dans du tampon de réaction "Cobalt" (fourni 10 fois concentrée par IBI inc. : 1,4 M de cocodylate de potassium-pH 7,2, 300 mM de dithiothréitol, 1 l d'enzyme désoxynucléotidyl-terminal-transférase (IBI inc) et 50 uCi de désoxycytidyttriphosphate dCTP marqué au P32. The reaction is carried out on 100 ng of a mixture of oligonucleotides in solution (100 mg / ml) in "Cobalt" reaction buffer (supplied 10 times concentrated by IBI inc .: 1.4 M potassium cocodylate). pH 7.2, 300 mM dithiothreitol, 1 l deoxynucleotidyl-terminal-transferase enzyme (IBI inc) and 50 μCi deoxycytidyttriphosphate dCTP labeled with P32.
La réaction se fait à 37 C pendant 10 min puis est arrêtée en ajoutant 1 ul d'EDTA 0,5 M.The reaction is carried out at 37 ° C. for 10 minutes and then is stopped by adding 1 μl of 0.5 M EDTA.
On extrait au phénol et on dialyse sur colonne de polyacrylamide
Biogel P 10 (Biorad : 150-1050). Extracted with phenol and dialyzed on a polyacrylamide column
Biogel P 10 (Biorad: 150-1050).
2) Hybridation et détection des colonies contenant l'ADNc de l'urate oxydase :
Environ 40 000 colonies sont criblées par la technique d'hybridation in situ mise au point par Grunstein et Hogness (1975,
Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.), 72 3961). Environ 6 000 bactéries sont étalées sur boites de Pétri de façon à obtenir des colonies isolées. Après incubation pendant 24 h à 370C, chaque boite est repliquée sur 2 filtres, chaque filtre étant destiné à être traité avec un des 2 pools de sondes, de façon que toutes les colonies obtenues soient testées avec les 2 pools de sondes en parallèle.2) Hybridization and colony detection containing the urate oxidase cDNA:
About 40,000 colonies are screened by the in situ hybridization technique developed by Grunstein and Hogness (1975,
Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 72,396). About 6,000 bacteria are plated on Petri dishes to obtain isolated colonies. After incubation for 24 h at 370 ° C., each dish is replicated on 2 filters, each filter being intended to be treated with one of the 2 probe pools, so that all the colonies obtained are tested with the 2 probe pools in parallel.
Les filtres sont mis à hybrider avec un des 2 pools de sondes dans un tampon contenant 6 x SSC, 10 x Denhardt's et 100 g/ ml d'ADN de sperme de saumon soniqué et dénaturé (SIGMA). La,tempé- rature d'hybridation est de 420C et la durée de 16 h. La solution 6 x SSC s'obtient par dilution d'une solution 20 x SSC. La préparation du tampon 20 x SSC est décrite dans Maniatis, Fritsch et
Sambrook (op. cité). En résumé, ce tampon contient 175,3 g/l de NaCI ; 88,2 g/l de citrate de sodium et est ajusté à pH 7 par quelques gouttes de NaOH 10N. La solution 10 x Denhardt's contient 1 g de Ficoll, 1 g de polyvinylpyrrolidone, 1 g de sérum-albumine humaine pour 500 ml de volume final.The filters are hybridized with one of the 2 probe pools in a buffer containing 6 x SSC, 10 x Denhardt's and 100 g / ml of sonicated and denatured salmon sperm DNA (SIGMA). The hybridization temperature is 420.degree. C. and the duration is 16 hours. The 6 x SSC solution is obtained by diluting a 20 x SSC solution. The preparation of the 20 x SSC buffer is described in Maniatis, Fritsch and
Sambrook (op.cit.). In summary, this buffer contains 175.3 g / l of NaCl; 88.2 g / l of sodium citrate and is adjusted to pH 7 by a few drops of 10N NaOH. The 10 x Denhardt's solution contains 1 g of Ficoll, 1 g of polyvinylpyrrolidone, 1 g of human serum albumin per 500 ml of final volume.
Après Lavage dans la solution 6 x SSC à 42 C (3 h avec 5 changements de bain), les filtres sont essuyés au papier Joseph et mis en autoradiographie. Les filtres sont révélés après 16 h. il est apparu qu'une fraction d'environ 0,5 Z des colonies hybridait avec les 2 pools de sondes. After washing in the 6 × SSC solution at 42 ° C. (3 h with 5 bath changes), the filters are wiped with Joseph paper and subjected to autoradiography. The filters are revealed after 16 hours. it appeared that about 0.5% of the colonies hybridized with the 2 pools of probes.
5 colonies parmi celle-ci ont été reprises et purifiées. 5 of these colonies were taken and purified.
On a préparé l'ADN plasmidique de chacune de ces colonies, et l'on a analysé cet ADN par digestion avec soit BamHI, soit HindIII, soit à la fois BamHI et HindIII.Plasmid DNA was prepared from each of these colonies, and this DNA was analyzed by digestion with either BamHI or HindIII, or both BamHI and HindIII.
Après ana lyse sur gel d'agarose, il est apparu que les 5 plasmides obtenus sont linéarisês par BamHI et par HindIIi. Les doubles digestions permettent de libérer un fragment correspondant à l'intégralité de l'ADNc cloné. La taille de ce fragment est d'environ 1,2 Kb dans 3 cas, d'environ 0,9 Kb dans les 2 autres cas. Pour la détermination ci-après on a sélectionné un des fragments de 0,9 Kb et un des fragments de 1,2 Kb qui ont été réclonés (voir exemple 6 ci-après). After analysis on agarose gel, it was found that the plasmids obtained are linearised with BamHI and with HindIII. The double digestions make it possible to release a fragment corresponding to the entirety of the cloned cDNA. The size of this fragment is about 1.2 Kb in 3 cases, about 0.9 Kb in the other 2 cases. For the determination below, one of the 0.9 Kb fragments and one of the 1.2 Kb fragments which were recloned were selected (see Example 6 below).
EXEMPLE 6 : Détermination de la séquence de l'ADNc de L'urate
oxydase
On a recloné un des fragments de 0,9 Kb d'une part (clone 9A) et un des fragments de 1,2 Kb (clone 9C) d'autre part, dans I'ADN de la forme replicative de phage simple-brin M13. L'ADN des clones M13 contenant d'une 'part le fragment de 0,9 Kb et d'autre part Le fragment de 1,2 Kb a été soumis à une digestion exonucléasique de manière à générer une série de clones M13 chevauchants (procédure Cyclone I Biosystem" de I8I). Ces derniers ont été séquencés par la méthode des didéoxyribonucléotides (Sanger et al,
PNAS-U.S.A.-1977, 14, 5463-5467).EXAMPLE 6 Determination of the sequence of the urate cDNA
oxidase
One of the fragments of 0.9 Kb on the one hand (clone 9A) and one fragment of 1.2 Kb (clone 9C) was recloned on the other hand in the DNA of the single-stranded phage replicative form. M13. The DNA of the M13 clones containing, on the one hand, the 0.9 Kb fragment and, on the other hand, the 1.2 Kb fragment was subjected to exonuclease digestion so as to generate a series of overlapping M13 clones (procedure Cyclone I Biosystem (I8I), which were sequenced by the dideoxyribonucleotide method (Sanger et al.
PNAS-USA-1977, 14, 5463-5467).
La'séquence nucléotidique du clone 9C est représentée sur la figure 3 Laquelle indique également par une flèche + le début du clone 9A et par un symbole nucléotidique muni d'un astérisque * les nucléotides séquences du clone 9A non identiques à ceux du clone 9C (quand on fait correspondre les deux séquences). The nucleotide sequence of clone 9C is shown in FIG. 3, which also indicates with an arrow + the beginning of clone 9A and by a nucleotide symbol provided with an asterisk * the sequence nucleotides of clone 9A that are not identical to those of clone 9C ( when we match the two sequences).
On constate que
- la séquence nucléotidique du fragment le plus long (clone 9C) recouvre celle du fragment le plus court (clone 9A), a deux différences près (v figure 3). Une des différences est silencieuse, l'autre correspond à un changement d'un résidu tryptophane en résidu glycine. Ces différences peuvent être dues, soit à des différences dans les ARN messagers isolés, (Cf. exemple 2 cidessus), soit à des erreurs de la transcriptase inverse utilisée lors de la constitution de la banque des ADNc (Cf. exemple 3 cidessus).We observe that
the nucleotide sequence of the longest fragment (clone 9C) overlaps that of the shortest fragment (clone 9A), with two differences (v FIG. 3). One of the differences is silent, the other is a change from a tryptophan residue to a glycine residue. These differences may be due either to differences in the isolated messenger RNAs (see Example 2 above), or to the reverse transcriptase errors used in the constitution of the cDNA library (see Example 3 above).
Dans le cas du fragment le plus long, un codon ATG (en position 109 sur la figure 3) ouvre une phase ouverte correspondant à un polypeptide de 302 aminoacides, de masse moléculaire' voisine de 34240 Da, dont la séquence correspond à la séquence partielle de l'urate oxydase d'A. flavus purifiée (Cf. exemple 4). In the case of the longest fragment, an ATG codon (at position 109 in FIG. 3) opens an open phase corresponding to a polypeptide of 302 amino acids with a molecular mass of about 34240 Da, the sequence of which corresponds to the partial sequence. urate oxidase of A. purified flavus (see Example 4).
On a représenté sur la figure 4 la séquence d'ADN ouverte par le codon ATG et te polypeptide codé, ainsi que par des flèches en vis-à-vis avec le polypeptide codé les peptides séquencés (Cf. FIG. 4 shows the open DNA sequence by the ATG codon and the encoded polypeptide, as well as by arrows opposite the polypeptide encoded with the sequenced peptides (Cf.
exemple 4) obtenus par hydrolyse de l'urate oxydase d'A. flavus à l'aide de la trypsine et de la protéase Ve. Example 4) obtained by hydrolysis of A urate oxidase. flavus using trypsin and protease Ve.
On constate que la séquence du polypeptide se termine par le triplet Ser-Lys-Leu, typique des enzymes à localisation peroxisomale (Gould S.J. et al, J. Cell, Biology 108 (1989) 1657-1664). It is found that the polypeptide sequence ends with the Ser-Lys-Leu triplet, typical of peroxisomal localization enzymes (Gould S.J. et al., J. Cell, Biology 108 (1989) 1657-1664).
EXEMPLE 7 : Construction d'un vecteur d'expression de 1'ADNc de
l'urate oxydase
On a préparé le plasmide p466, vecteur d'expression dans
E. coli. Ce dernier comprend un fragment de pBR327 incluant l'origine de réplication et le gène de résistance à l'ampicilline, il comprend également un promoteur synthétique d'E. coli (R.EXAMPLE 7 Construction of an expression vector of cDNA
urate oxidase
Plasmid p466, an expression vector in
E. coli. The latter comprises a fragment of pBR327 including the origin of replication and the ampicillin resistance gene, it also comprises a synthetic promoter of E. coli (R.
RODRIGUEZ et M. CHAMBERLIN "Promoters-Structure ans function (1982)
Preager), une séquence de Shine-Dalgarno, suivi d'un polylinker présentant les sites uniques Ndel et Kpnl, un terminateur de transcription (dérivé du phage fd) et le gène lac i.RODRIGUEZ and M. CHAMBERLIN "Promoters-Structure ans function (1982)
Preager), a Shine-Dalgarno sequence, followed by a polylinker presenting the unique Ndel and KpnI sites, a transcription terminator (derived from phage fd), and the lac i gene.
Ce plasmide t été construit à partir d'un plasmide d'expression de l'hGH Enns E. coli (p462) par substitution d'un fragment portant le gene de l'hGH par 1'ADNc de l'urate oxydase. This plasmid was constructed from Enns E. coli hGH expression plasmid (p462) by substitution of a hGH gene-bearing fragment with urate oxidase cDNA.
La construction du plasmide p466 va maintenant être décrite plus en détail dans l'exposé ci-après dans lequel il sera fait référence aux figures 5, 6, 7, 8, 9. The construction of plasmid p466 will now be described in more detail in the following discussion in which reference will be made to FIGS. 5, 6, 7, 8, 9.
La figure 5 représente une carte de restriction du plasmide p163,1. Les différents segments de restriction sont marqués de manière arbitraire selon la légende ci-dessous
= Segment d'ADN issu du plasmide pBR322 = Localisation de l'origine de réplication (ORI) = Segment d'ADN contenant la séquence codant pour un
précurseur naturel de l'hGH
= Segment d'ADN du phage fd contenant un terminateur
de transcription = Segment d'ADN contenant un promoteur-opérateur
hybride tryptophane lactose UV5 = Segment d'ADN codant pour la !-lactamase (ApR
résistance à l'ampicilline).Figure 5 shows a restriction map of plasmid p163.1. The different restriction segments are marked arbitrarily according to the legend below
DNA segment from plasmid pBR322 = Localization of the origin of replication (ORI) = DNA segment containing the coding sequence for a
natural precursor of hGH
Phage fd DNA segment containing a terminator
of transcription = DNA segment containing a promoter-operator
tryptophan hybrid lactose UV5 = DNA segment encoding β-lactamase (ApR
ampicillin resistance).
La figure 6 représente la carte de restriction d'un plasmide pl60 dont les fragments PvuI-XhoI-BamHI(1) et PvuI-ORI-BamHI(2) proviennent respectivement des plasmides p163,1 et pBR327 et dont le petit fragment BamHI(2)-BamHI(1) est le fragment 3 décrit ciaprès.FIG. 6 represents the restriction map of a plasmid p160 whose PvuI-XhoI-BamHI (1) and PvuI-ORI-BamHI (2) fragments respectively originate from plasmids p163,1 and pBR327 and whose small BamHI fragment (2 BamHI (1) is the fragment 3 described below.
La figure 7 représente la carte de restriction du plasmide p373,2. Les différents segments de restriction sont marqués de maniere arbitraire'selon la légende ci-dessous
= Séquence PvuI-BamHI issue du plasmide pBR327 = Séquence PvuI-XhoI issue du plasmide p163,1 = Séquence XhoI-HincII issue du plasmide p163,1
Figure 7 shows the restriction map of plasmid p373,2. The different restriction segments are marked arbitrarily according to the legend below
PvuI-BamHI sequence derived from plasmid pBR327 = PvuI-XhoI sequence derived from plasmid p163.1 = XhoI-HincII sequence derived from plasmid p163.1
<tb> <SEP> ClaI <SEP> NdeI <SEP> Pstl
<tb> (Hindi) <SEP> Il <SEP> I
<tb>
Fragment 4 décrit ci-après
= Fragment 3 décrit ci-après = Segment d'ADN du phage fd contenant un terminateur
de transcription
La' figure 8 représente une carte de restriction du plasmide p462, le fragment synthétique BglII-HindIII défini ci apres étant représenté par
<tb><SEP> ClaI <SEP> NdeI <SEP> Pstl
<tb> (Hindi) <SEP> It <SEP> I
<Tb>
Fragment 4 described below
Fragment 3 described below = DNA segment of phage fd containing a terminator
of transcription
FIG. 8 represents a restriction map of the plasmid p462, the synthetic fragment BglII-HindIII defined below being represented by
La figure 9 représente une carte de restriction du plasmide p466, le fragment NdeI-KpnI comprenant le gène codant pour l'urate oxydase étant représente par
1) Construction du plasmide p373,2
La stratégie mise en oeuvre fait appel à des fragments obtenus à partir de plasmides préexistants accessibles au public et à des fragments préparés par voie de synthèse selon les techniques maintenant couramment utilisées. Les techniques de clonage employées sont celles décrites par T. MANIATIS EF, FRITSCH et J.FIG. 9 represents a restriction map of plasmid p466, the NdeI-KpnI fragment comprising the gene coding for urate oxidase being represented by
1) Construction of plasmid p373,2
The strategy used uses fragments obtained from publicly available pre-existing plasmids and fragments prepared by synthesis according to the techniques now commonly used. The cloning techniques employed are those described by T. MANIATIS EF, FRITSCH and J.
SAMBROOK, Cold Spring Harbor Laboratory (1982). La synthèse des oligonucléotides est réalisée à l'aide d'un synthétiseur d'ADN
Biosearch 4 600.SAMBROOK, Cold Spring Harbor Laboratory (1982). The synthesis of the oligonucleotides is carried out using a DNA synthesizer
Biosearch 4,600.
On a soumis le plasmide p163,1 (figure 5), décrit dans la demande de brevet EP-A-0245138 et déposée à la CNCM sous la référence I-530 le 17 février 1986, à une digestion par les enzymes
PvuI et BamHI. Ce plasmide contient le gène codant pour l'hGH. Le fragment PvuI-BamHI - ci-après fragment 1 - contenant le site d'action de l'enzyme de restriction XhoI, représenté sur la figure 5, a été purifié.Plasmid p163.1 (FIG. 5), described in patent application EP-A-0245138 and deposited at the CNCM under the reference I-530 on February 17, 1986, was subjected to digestion by enzymes.
PvuI and BamHI. This plasmid contains the gene coding for hGH. The PvuI-BamHI fragment - hereinafter fragment 1 - containing the site of action of the restriction enzyme XhoI, shown in FIG. 5, was purified.
De même, on a soumis le plasmide pBR327, bien connu de l'homme de l'art, (cf. SOBERON, X et al., Gene, 9 (1980) 287-305) à une digestion par les enzymes PvuI et BamHI. Le fragment PvuI-BamHI
- ci-après fragment 2 -, contenant l'origine de réplication, a été
purifié.Similarly, plasmid pBR327, well known to those skilled in the art (see Soberon, X et al., Gene, 9 (1980) 287-305), was digested with PuvI and BamHI enzymes. . The PvuI-BamHI fragment
- hereinafter fragment 2 -, containing the origin of replication, has been
purified.
Puis on a préparé le fragment 3, qui est un fragment
synthétique BamHI(1)-BamHI(2) contenant le gène lac i et son promo
teur dont la séquence est la suivante sur laquelle les deux ext ré-
mites du brin sont repérées par les nombres 1 et 2 pour préciser
l'orientation du fragment dans les plasmides décrits aux figures 6
et 7.Then we prepared fragment 3, which is a fragment
synthetic BamHI (1) -BamHI (2) containing the gene lac i and its promo
whose sequence is the following one on which the two ext
mites of the strand are identified by the numbers 1 and 2 to specify
the orientation of the fragment in the plasmids described in FIGS.
and 7.
FRAGMENT 3
BamHI(1) 5' GATCC GCGGAAGCAT AAAGTGTAAA GCCTGGGGTG CCTAATGAGT
GAGCTAACTT ACATTAATTG CGTTGCGCTC ACTGCCCGCT TTCCAGTCGG
GAAACCTGTC GTGCCAGCTG CATTAATGAA TCGGCCAACG CGCGGGGAGA
GGCGGTTTGC GTATTGGGCG CCAGGGTGGT TTTTCTTTTC ACCAGTGAGA
CGGGCAACAG CTGATTGCCC TTCACCGCCT GGCCCTGAGA GAGTTGCAGC
AAGCGGTCCA CGCTGGTTTG CCCCACCACC CGAAAATCCT GTTTGATGGT
GGTTAACGGC GGGATATAAC ATGAGCTGTC TTCGGTATCG TCGTATCCCA
CTACCGAGAT ATCCGCACCA ACGCGCAGCC CGGACTCGGT AATGGCGCGC
ATTGCGCCCA GCGCCATCTG ATCGTTGGCA ACCAGCATCG CAGTGGGAAC
GATGCCCTCA TTCAGCATTT GCATGGTTTG TTGAAAACCG GACATGGCAC
TCCAGTCGCC TTCCCGTTCC GCTATCGGCT GAATTTGATT GCGAGTGAGA
TATTTATGCC AGCCAGCCAG ACGCAGACGC GCCGAGACAG AACTTAATGG
GCCCGCTAAC AGCGCGATTT GCTGGTGACC CAATGCGACC AGATGCTCCA
CGCCCAGTCG CGTACCGTCT TCATGGGAGA AAATAATACT GTTGATGGGT
GTCTGGTCAG AGACATCAAG AAATAACGCC GGAACATTAG TGCAGGCAGC
TTCCACAGCA ATGGCATCCT GGTCATCCAG CGGATAGTTA ATGATCAGCC
CACTGACGCG TTGCGCGAGA AGATTGTGCA CCGCCGCTTT ACAGGCTTCG
ACGCCGCTTC GTTCTACCAT CGACACCACC ACGCTGGCAC CCAGTTGATC
GGCGCGAGAT TTAATCGCCG CGACAATTTG CGACGGCGCG TGCAGGGCCA
GACTGGAGGT GGCAACGCCA ATCAGCAACG ACTGTTTGCC CGCCAGTTGT
TGTGCCACGC GGTTGGGAAT GTAATTCAGC TCCGCCATCG CCGCTTCCAC
TTTTTCCCGC GTTTTCGCAG AACGTGGCT GGCCTGGTTC ACCACGCGGG
AAACGGTCTG ATAACAGACA CCGGCATACT CTGCGACATC GTATAACGTT
ACTGGTTTCA CATTCACCAC CCTGAATTGA CTCTCTTCCG GGCGCTATCA
TGCCATACCG CGAAAGGTTT TGCGCCATTC GATGGTGTCC G 3' BamHI(2)
Les fragments 1, 2 et 3 ont été alors ligués de manière à obtenir le plasmide p160 représenté sur la figure 6.FRAGMENT 3
BamHI (1) 5 'GATCC GCGGAAGCAT AAAGTGTAAA GCCTGGGGTG CCTAATGAGT
GAGCTAACTT ACATTAATTG CGTTGCGCTC ACTGCCCGCT TTCCAGTCGG
GAAACCTGTC GTGCCAGCTG CATTAATGAA TCGGCCAACG CGCGGGGAGA
GGCGGTTTGC GTATTGGGCG CCAGGGTGGT TTTTCTTTTC ACCAGTGAGA
CGGGCAACAG CTGATTGCCC TTCACCGCCT GGCCCTGAGA GAGTTGCAGC
AAGCGGTCCA CGCTGGTTTG CCCCACCACC CGAAAATCCT GTTTGATGGT
GGTTAACGGC GGGATATAAC ATGAGCTGTC TTCGGTATCG TCGTATCCCA
CTACCGAGAT ATCCGCACCA ACGCGCAGCC CGGACTCGGT AATGGCGCGC
ATTGCGCCCA GCGCCATCTG ATCGTTGGCA ACCAGCATCG CAGTGGGAAC
GATGCCCTCA TTCAGCATTT GCATGGTTTG TTGAAAACCG GACATGGCAC
TCCAGTCGCC TTCCCGTTCC GCTATCGGCT GAATTTGATT GCGAGTGAGA
TATTTATGCC AGCCAGCCAG ACGCAGACGC GCCGAGACAG AACTTAATGG
GCCCGCTAAC AGCGCGATTT GCTGGTGACC CAATGCGACC AGATGCTCCA
CGCCCAGTCG CGTACCGTCT TCATGGGAGA AAATAATACT GTTGATGGGT
GTCTGGTCAG AGACATCAAG AAATAACGCC GGAACATTAG TGCAGGCAGC
TTCCACAGCA ATGGCATCCT GGTCATCCAG CGGATAGTTA ATGATCAGCC
CACTGACGCG TTGCGCGAGA AGATTGTGCA CCGCCGCTTT ACAGGCTTCG
ACGCCGCTTC GTTCTACCAT CGACACCACC ACGCTGGCAC CCAGTTGATC
GGCGCGAGAT TTAATCGCCG CGACAATTTG CGACGGCGCG TGCAGGGCCA
GACTGGAGGT GGCAACGCCA ATCAGCAACG ACTGTTTGCC CGCCAGTTGT
TGTGCCACGC GGTTGGGAAT GTAATTCAGC TCCGCCATCG CCGCTTCCAC
TTTTTCCCGC GTTTTCGCAG AACGTGGCT GGCCTGGTTC ACCACGCGGG
AAACGGTCTG ATAACAGACA CCGGCATACT CTGCGACATC GTATAACGTT
ACTGGTTTCA CATTCACCAC CCTGAATTGA CTCTCTTCCG GGCGCTATCA
TGCCATACCG CGAAAGGTTT TGCGCCATTC GATGGTGTCCG 3 'BamHI (2)
Fragments 1, 2 and 3 were then ligated to obtain the plasmid p160 shown in FIG.
Ce plasmide a été soumis à une digestion partielle par les enzymes de restriction HincII et PstI. Le grand fragment
HincII-PstI, contenant L'origine de réplication et représenté sur la figure 6, a été ensuite Ligué au fragment 4, représenté ciaprès, qui est un fragment synthétique d'ADN portant une séquence codant pour les 44 premiers acides aminés d'un précurseur naturel de l'hGH et en amont de cette séquence des signaux de régulation.This plasmid was subjected to partial digestion with the restriction enzymes HincII and PstI. The big fragment
HincII-PstI, containing the origin of replication and shown in Figure 6, was then ligated to fragment 4, shown hereinafter, which is a synthetic DNA fragment carrying a coding sequence for the first 44 amino acids of a precursor of the hGH and upstream of this sequence of regulation signals.
FRAGMENT 4
FRAGMENT 4
-1 1
GAC AAC GCT ATG CTC CGC GCC CAT CGT CTG CAC CAG CTG GCC TTT GAC ACC TAC
CTG TTG CGA TAC GAG GCG CGG GTA GCA GAC GTG GTC GAC CGG AAA CTG TGG ATC
D N A M L R A H R L H Q L A F L T Y
PstI
CAG GAG m GAA GAA GCC TAT ATC CCA AAG GAA CAG AAG TAT TCA TTC CTG CA
GTC CTC AAA CTT CTT CGG ATA TAG GGT TTC CTT GTC TTC ATA AGT AAG G
Q E F E E A Y I P K E Q K Y S F
44
Dans ce fragment, Les acides aminés sont désignés par des lettres selon le code suivant : :
A = Alanine M = Méthionine
C = Cysteine N = Asparagine
D = Acide aspartique P = Proline
E = Acide glutamique Q = Glutamine
F = Phénylalanine R = Arginine
G = Glycine S = Sérine
H = Histidine T = Thréonine
I = Isoleucine V = Valine
K = Lysine W = Tryptophane
L = Leucine Y = Tyrosine
Sont successivement soulignées dans ce fragment les séquences -35 (TTGCTT) et -10 (TATAAT) de la séquence promotrice, et la séquence de Shine et Dalgarno bien connue de l'homme de l'art. -1 1
GAC AAC GCT ATG CTC CGC GCC CAT CGT CTG CAC CAG CTG GCC TTT GAC ACC TAC
CTG TTG CGA TAC GAG GCG CGG GTA GCA GAC GTG GTC GAC CGG AAA CTG TGG ATC
DNAMLRAHRLHQLAFLTY
Pst
GAAG GA GA GA GA GA TAT ATC CCA GA GA GAAG AAG TAT TCA TTC CTG CA
GTC CTC AAA CTT CTT CGG ATA TAG GGT TTC CTT GTC TTC ATA AGT AAG G
QEFEEAYIPKEQKYSF
44
In this fragment, the amino acids are designated by letters according to the following code:
A = Alanine M = Methionine
C = Cysteine N = Asparagine
D = Aspartic acid P = Proline
E = Glutamic acid Q = Glutamine
F = Phenylalanine R = Arginine
G = Glycine S = Serine
H = Histidine T = Threonine
I = Isoleucine V = Valine
K = Lysine W = Tryptophan
L = Leucine Y = Tyrosine
The sequences -35 (TTGCTT) and -10 (TATAAT) of the promoter sequence are successively underlined in this fragment, and the sequence of Shine and Dalgarno well known to those skilled in the art.
Le plasmide p380,1 a été ainsi obtenu. The plasmid p380.1 was thus obtained.
Le plasmide p380,1 a été ensuite soumis à une digestion par les enzymes de restriction Clal et NdeI de manière à en éliminer le petit fragment ClaI-NdeI du fragment 4 ci-dessus et à lui substituer le fragment CLaI-NdeI ci-après
CLaI 5' CGATAGCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACA
TATCGCATATTACACACCTTAACACTCGCCTATTGT
NdeI
ATTTCACACAGTTTTTCGCGAAGAAGGAGATATACA
TAAAGTGTGTCAAAAAGCGCTTCTTCCTCTATATGTAT 5'
Le plasmide résultant est le plasmide p373,2 (figure 7).Plasmid p380.1 was then digested with Clal and NdeI restriction enzymes so as to remove the small ClaI-NdeI fragment of fragment 4 above and to replace it with the ClaI-NdeI fragment below.
CLAI 5 'CGATAGCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACA
TATCGCATATTACACACCTTAACACTCGCCTATTGT
Nde
ATTTCACACAGTTTTTCGCGAAGAAGGAGATATACA
TAAAGTGTGTCAAAAAGCGCTTCTTCCTCTATATGTAT 5 '
The resulting plasmid is plasmid p373,2 (Figure 7).
2) Construction du pLasmide p466 :
Le plasmide p373,2 a été soumis à une double digestion par les enzymes BgLII et HindIII. Le grand fragment issu de cette digestion a été purifié et ligué avec un fragment d'ADN synthétique, dont la séquence donnée ci-après est destinée à reconstituer la fin du gêne de L'hGH suivie en 3' des sites de clonage KpnI et
SnaBI.2) Construction of plasmid p466:
Plasmid p373.2 was double digested with BglII and HindIII enzymes. The large fragment resulting from this digestion was purified and ligated with a synthetic DNA fragment, whose sequence given below is intended to reconstitute the end of the hGH gene followed 3 'KpnI cloning sites and
SnaBI.
B
g
l
I
I
GATCTTCAAGCAGACCTACAGCAAGTTCGACACAAACTCACACAACGAT
----±--------±--------±--------±--------+ A TTCGTCTGGATGTCGTTCAAGCTGTGTTTGAGTGTGTTGCTA
GACGCACTACTCAAGAACTACGGGCTGCTCTACTGCTTCAGGAAGGACATGGACAAGGTC
---------±--------±--------±--------±--------±--------+
CTGCGTGATGAGTTCTTGATGCCCGACGAGATGACGAAGTCCTTCCTGTACCTGTTCCAG
F
S
P
I
GAGACATTCCTGCGCATCGTGCAGTGCCGCTCTGTGGAGGGCAGCTGTGGCTTCTAGTAA
---------±--------±--------±--------±--------±--------+ CTCTGTAAGGACGCGTAGCACGTCACGGCGAGACACCTCCCGTCGACACCGAAGATCATT
H
i
S n
K n d
p a i
n B I
I I I
GGTACCCTGCCCTACGTACCA ---------±--------±---
CCATGGGACGGGATGCATGGTTCGA
Ce fragment comprend les extrémités cohésives BglII et
HindIII. Le nouveau plasmide ainsi formé p462 (Cf.Fig. 8) comprend ainsi un site KpnI et un site NdeI qui vont servir au clonage du fragment portant L'ADNc de l'urate oxydase dans te vecteur d'expression.B
g
l
I
I
GATCTTCAAGCAGACCTACAGCAAGTTCGACACAAACTCACACAACGAT
---- ± -------- ± -------- ± -------- ± -------- + A TTCGTCTGGATGTCGTTCAAGCTGTGTTTGAGTGTGTTGCTA
GACGCACTACTCAAGAACTACGGGCTGCTCTACTGCTTCAGGAAGGACATGGACAAGGTC
--------- ± -------- ± -------- ± -------- ± -------- ± ---- ---- +
CTGCGTGATGAGTTCTTGATGCCCGACGAGATGACGAAGTCCTTCCTGTACCTGTTCCAG
F
S
P
I
GAGACATTCCTGCGCATCGTGCAGTGCCGCTCTGTGGAGGGCAGCTGTGGCTTCTAGTAA
--------- ± -------- ± -------- ± -------- ± -------- ± ---- ---- + CTCTGTAAGGACGCGTAGCACGTCACGGCGAGACACCTCCCGTCGACACCGAAGATCATT
H
i
S n
K nd
pai
n BI
III
GGTACCCTGCCCTACGTACCA --------- ± -------- ± ---
CCATGGGACGGGATGCATGGTTCGA
This fragment includes the BglII and
HindIII. The new plasmid thus formed p462 (see Fig. 8) thus comprises a KpnI site and an NdeI site which will be used to clone the fragment bearing the urate oxidase cDNA into the expression vector.
Le plasmide hybride dérivé de pTZl9R portant l'ADNc d'environ 1,2 Kb (clone 9C), de L'urate oxydase (voir exemple 3) comprend un site KpnI unique. Ce site est localisé quelques paires de bases en aval du site de clonage de L'ADNc. D'autre part L'ADNc de l'urate oxydase contient un site AccI situé à proximité de l'extrémité 5'. The hybrid plasmid derived from pTZ19R carrying the cDNA of about 1.2 Kb (clone 9C), urate oxidase (see Example 3) comprises a unique KpnI site. This site is located a few base pairs downstream of the cloning site of the cDNA. On the other hand, the urate oxidase cDNA contains an AccI site located near the 5 'end.
On a donc isolé et purifié le fragment AccI-KpnI comprenant la plus grande partie de cet ADNc. D'autre part on a synthétisé deux oligonucléotides complémentaires dont la séquence donnée ci-après 5' -TATGTCTGCGGTAAAAGCAGCGCGCTACGGCAAGGACAATGTTCGCGT
ACAGACGCCATTTTCGTCGCGCGATGCCGTTCCTGTTACAAGCGCAGA-5' est destinée à reconstituer l'extrémité 5' de l'ADNc. Ce fragment synthétique ainsi obtenu possède une extrémité NdeI et une autre AccII. Le fragment et la séquence synthétique ont été ligués avec le vecteur d'expression coupé par KpnI et par NdeI. Cette ligation à trois fragments permet d'obtenir Le vecteur d'expression nommé p466, de L'urate oxydase pour E. coli < Cf. figure 9).Ce plasmide a été soumis à une série d'hydrolyses enzymatiques par des enzymes de restriction, qui a permis de vérifier La présence des sites de restriction attendus, en particulier ceux portés par le gène codant pour l'urate oxydase.The AccI-KpnI fragment comprising the major part of this cDNA was therefore isolated and purified. On the other hand, two complementary oligonucleotides were synthesized, the sequence of which is given below: ## EQU2 ##
ACAGACGCCATTTTCGTCGCGCGATGCCGTTCCTGTTACAAGCGCAGA-5 'is intended to reconstitute the 5' end of the cDNA. This synthetic fragment thus obtained has one NdeI end and another AccII. The fragment and the synthetic sequence were ligated with the expression vector cut with KpnI and NdeI. This three-fragment ligation makes it possible to obtain the expression vector named p466, urate oxidase for E. coli (cf. FIG. 9). This plasmid was subjected to a series of enzymatic hydrolyses by restriction enzymes. , which made it possible to check the presence of the expected restriction sites, in particular those carried by the gene coding for urate oxidase.
Le plasmide p466 contient donc par construction un gène codant pour l'urate oxydase de séquence ci-après :
ATGTCTGCGG TAAAAGCAGC GCGCTACGGC AAGGACAATG TTCGCGTCTA
CAAGGTTCAC AAGGACGAGA AGACCGGTGT CCAGACGGTG TACGAGATGA
CCGTCTGTGT GCTTCTGGAG GGTGAGATTG AGACCTCTTA CACCAAGGCC
GACAACAGCG TCATTGTCGC AACCGACTCC ATTAAGAACA CCATTTACAT
CACCGCCAAG CAGAACCCCG TTACTCCTCC CGAGCTGTTC GGCTCCATCC
TGGGCACACA CTTCATTGAG AAGTACAACC ACATCCATGC CGCTCACGTC
AACATTGTCT GCCACCGCTG GACCCGGATG GACATTGACG GCAAGCCACA
CCCTCACTCC TTCATCCGCG ACAGCGAGGA GAAGCGGAAT GTGCAGGTGG AÇGTGGTCGA GGGCAAGGGC ATCGATATCA AGTCGTCTCT GTCCGGCCTG
ACCGTGCTGA AGAGCACCAA CTCGCAGTTC TGGGGCTTCC TGCGTGACGA
GTACACCACA CTTAAGGAGA CCTGGGACCG TATCCTGAGC ACCGACGTCG
ATGCCACTTG GCAGTGGAAG AATTTCAGTG GACTCCAGGA GGTCCGCTCG
CACGTGCCTA AGTTCGATGC TACCTGGGCC ACTGCTCGCG AGGTCACTCT
GAAGACTTTT GCTGAAGATA ACAGTGCCAG CGTGCAGGCC ACTATGTACA
AGATGGCAGA GCAAATCCTG GCGCGCCAGC AGCTGATCGA GACTGTCGAG
TACTCGTTGC CTAACAAGCA CTATTTCGAA ATCGACCTGA GCTGGCACAA
GGGCCTCCAA AACACCGGCA AGAACGCCGA GGTCTTCGCT CCTCAGTCGG
ACCCCAACGG TCTGATCAAG TGTACCGTCG GCCGGTCCTC TCTGAAGTCT
AAATTG. The plasmid p466 therefore contains, by construction, a gene coding for the urate oxidase of sequence hereinafter:
ATGTCTGCGG TAAAAGCAGC GCGCTACGGC AAGGACAATG TTCGCGTCTA
CAAGGTTCAC AAGGACGAGA AGACCGGTGT CCAGACGGTG TACGAGATGA
CCGTCTGTGT GCTTCTGGAG GGTGAGATTG AGACCTCTTA CACCAAGGCC
GACAACAGCG TCATTGTCGC AACCGACTCC ATTAAGAACA CCATTTACAT
CACCGCCAAG CAGAACCCCG TTACTCCTCC CGAGCTGTTC GGCTCCATCC
TGGGCACACA CTTCATTGAG AAGTACAACC ACATCCATGC CGCTCACGTC
AACATTGTCT GCCACCGCTG GACCCGGATG GACATTGACG GCAAGCCACA
CCCTCACTCC TTCATCCGCG ACAGCGAGGA GAAGCGGAAT GTGCAGGTGG AÇGTGGTCGA GGGCAAGGGC ATCGATATCA AGTCGTCTCT GTCCGGCCTG
ACCGTGCTGA AGAGCACCAA CTCGCAGTTC TGGGGCTTCC TGCGTGACGA
GTACACCACA CTTAAGGAGA CCTGGGACCG TATCCTGAGC ACCGACGTCG
ATGCCACTTG GCAGTGGAAG AATTTCAGTG GACTCCAGGA GGTCCGCTCG
CACGTGCCTA AGTTCGATGC TACCTGGGCC ACTGCTCGCG AGGTCACTCT
GAAGACTTTT GCTGAAGATA ACAGTGCCAG CGTGCAGGCC ACTATGTACA
AGATGGCAGA GCAAATCCTG GCGCGCCAGC AGCTGATCGA GACTGTCGAG
TACTCGTTGC CTAACAAGCA CTATTTCGAA ATCGACCTGA GCTGGCACAA
GGGCCTCCAA AACACCGGCA AGAACGCCGA GGTCTTCGCT CCTCAGTCGG
ACCCCAACGG TCTGATCAAG TGTACCGTCG GCCGGTCCTC TCTGAAGTCT
AAATTG.
(Les nucléotides différents des nucléotides de l'ADNc isolé d'A.(Nucleotides different from nucleotides of cDNA isolated from A.
flavus sont soulignés dans la séquence ci-dessus. Ces différences ont été introduites sur le fragment synthétique Acci-Kpni de façon à avoir en aval de L'ATG une séquence nucléotidique plus conforme à celles habituellement rencontrées dans un gène procaryote).flavus are underlined in the sequence above. These differences were introduced on the Acci-Kpni synthetic fragment so as to have downstream of the ATG a nucleotide sequence more in line with those usually encountered in a prokaryotic gene).
EXEMPLE 8 : Expression de l'ADNc de l'urate oxydase
La souche E. coli K12 RR1 (Bethesda research Lab. Inc.) a été transformée pour la résistance à l'ampicilline avec le plasmide p466 et avec un plasmide témoin négatif pBR322.EXAMPLE 8 Expression of the urate oxidase cDNA
E. coli strain K12 RR1 (Bethesda research Lab Inc.) was transformed for ampicillin resistance with plasmid p466 and with a negative control plasmid pBR322.
Des colonies résistantes à l'ampicilline ont été obtenues dans les 2 cas.Colonies resistant to ampicillin were obtained in both cases.
1 colonie de chaque type a été mise en culture dans du milieu (LB + ampicilline 100 ug/ml). Après une nuit à 370C sous agitation, les deux cultures ont été diluées 100 fois dans du milieu (LB + ampicilline 100 g/ml). Après I h de culture on y ajoute de L'IPTG (Isopropyl BDThiogalactoside) 1 mM pendant 3 h.1 colony of each type was cultured in medium (LB + ampicillin 100 μg / ml). After stirring for one night at 370 ° C., the two cultures were diluted 100 times in medium (LB + ampicillin 100 g / ml). After 1 h of culture is added IPTG (Isopropyl BDThiogalactoside) 1 mM for 3 h.
Immunodétection de l'urate oxydase par Western blot 1) Mode opératoire :
On prélève du milieu de culture obtenu après 3 h d'induction à L'IPTG une fraction aliquote correspondant à 0,2 ml à DO = 1. On centrifuge cette dernière et on élimine le surnageant. On soumet ensuite le culot à un Western blot, technique bien connue de l'homme de l'art, qui comprend les étapes suivantes - Solubilisation du culot par ébullition pendant 10 min dans un tampon dénommé tampon de charge constitué de Tris HCI 0,125 M pH 6,8 SDS 4 X, bleu de bromophénol 0,002 X, glycérol 20 X, p- mercaptoéthanol 10 Z (selon le protocole décrit par LAEMMLI (U.K. Immunodetection of urate oxidase by Western blot 1) Procedure:
From the culture medium obtained after 3 hours of induction with IPTG, an aliquot fraction corresponding to 0.2 ml of OD = 1 is taken. The latter is centrifuged and the supernatant is removed. The pellet is then subjected to a Western blot, a technique well known to those skilled in the art, which comprises the following steps: - Solubilization of the pellet by boiling for 10 min in a buffer called loading buffer consisting of Tris HCl 0.125 M pH 6.8 x 4 X SDS, 0.002 X bromophenol blue, 20 X glycerol, p-mercaptoethanol Z (according to the protocol described by LAEMMLI (UK)
LAEMMLI, Nature, 227 (1970), 680-685)), - séparation électrophorétique des différentes protéines contenues dans le solubilisat selon le protocole décrit par LAEMMLI (U.K.LAEMMLI, Nature, 227 (1970), 680-685)), electrophoretic separation of the different proteins contained in the solubilisate according to the protocol described by LAEMMLI (U.K.
LAEMMLI, Nature, 227 (1970), 680-685), - transfert desdites protéines contenues dans le gel sur un filtre de nitrocellulose (selon la technique de H. TOWBIN et al. Proc. LAEMMLI, Nature, 227 (1970), 680-685), - transfer of said proteins contained in the gel to a nitrocellulose filter (according to the technique of H. TOWBIN et al., Proc.
Natal. Acad. Sci. USA 76 (1979) 4350-4354),
Immunodétection, réalisée selon la technique de BURNETTE (W.W.Native. Acad. Sci. USA 76 (1979) 4350-4354),
Immunodetection, performed using the technique of BURNETTE (WW
BURNETTE Ana. Biochem. 112 (1981) 195-203), elle implique successivement
Le rinçage du filtre de nitrocellulose pendant 10 min avec un
tampon A (Tris-HCl 10 mM, NaCl 170 mM, KI 1 mM).BURNETTE Ana. Biochem. 112 (1981) 195-203), it involves successively
Rinse the nitrocellulose filter for 10 min with a
buffer A (10 mM Tris-HCl, 170 mM NaCl, 1 mM KI).
La mise en contact du filtre de nitrocellulose pendant 30 min
à 370C avec un tampon B (tampon A additionné de sérum
albumine bovine à raison de 3 g pour 100 mL).The contacting of the nitrocellulose filter for 30 minutes
at 370C with buffer B (buffer A plus serum
bovine albumin at a rate of 3 g per 100 ml).
. La mise en contact du filtre de nitrocellulose pendant 1 h à
370C avec un immunsérum (des anticorps polyclonaux reconnais
sant l'urate oxydase d'A. flavus).. The contacting of the nitrocellulose filter for 1 hour at
370C with antiserum (polyclonal antibodies recognize
the urate oxidase of A. flavus).
Le rinçage du filtre de nitrocellulose avec le tampon B. Rinsing the nitrocellulose filter with buffer B.
La mise en contact du filtre de nitrocellulose pendant 1 h à
37 C avec une solutin de protéine G arquée à L'iode 125 à
0,1 microcurie/ml.The contacting of the nitrocellulose filter for 1 hour at
37 C with a solution of protein G arched with iodine 125 to
0.1 microcurie / ml.
. Le rinçage du filtre avec le tampon A. . Rinsing the filter with buffer A.
. Le séchage du filtre entre deux feuilles absorbantes. . The drying of the filter between two absorbent sheets.
. La mise en contact d'un film. radiographique. . The contacting of a film. ray.
. La révélation du film. . The revelation of the film.
2) Résultats :
On constate que la souche transformée par le plasmide p466 surproduit une protéine de poids moléculaire apparent d'environ 33 KDa qui est reconnue par les anticorps dirigés contre l'urate oxydase d'A. flavus et qui est absente dans la souche témoin.2) Results:
It is found that the strain transformed with the plasmid p466 overproduces a protein of apparent molecular weight of about 33 KDa which is recognized by the antibodies directed against the urate oxidase A. flavus and which is absent in the control strain.
EXEMPLE 9 : Dosage de l'activité urate oxydase
On prélève du milieu de culture obtenu après 3 h d'induction à L'IPTG dans les conditions de culture décrites à l'exemple précédent une fraction aliquote correspondant à l'équivalent de 0,5 ml à DO = 1. On centrifuge cette dernière et on élimine te surnageant. On reprend les culots dans 1 ml de tampon TEA (Triéthanolamine) 0,05 M pH 8,9. La suspension cellulaire est soniquée 2 fois pendant 30 s dans la glace avec un sonicateur ultrasonic W10 (réglé à puissance 8 et intensité 4). Les extraits sont centrifugés à 10 000 g pendant 10 min, les surnageants sont utilisés pour Le dosage. EXAMPLE 9 Assay of the urate oxidase activity
From the culture medium obtained after 3 h of IPTG induction under the culture conditions described in the preceding example, an aliquot fraction corresponding to the equivalent of 0.5 ml at OD = 1 is taken. The latter is centrifuged. and we eliminate the supernatant. The pellets are taken up in 1 ml of 0.05M TEA buffer (Triethanolamine), pH 8.9. The cell suspension is sonicated 2 times for 30 seconds in the ice with ultrasonic sounder W10 (set at power 8 and intensity 4). The extracts are centrifuged at 10,000 g for 10 min, supernatants are used for the assay.
On effectue les opérations ci-dessus pour quatre colonies prises au hasard d'E. coli K12 transformé par le plasmide p466 (colonies À1, B1, C1 et D1) et une colonie transformée par le plasmide pBR322). The above operations are carried out for four colonies randomly selected from E. coli K12 transformed with the plasmid p466 (colonies A1, B1, C1 and D1) and a colony transformed with the plasmid pBR322).
1) Principe
On suit la transformation de L'acide urique en allantoine par la diminution de l'absorbance à 292 nm. La réaction est la suivante :
1) Principle
The transformation of uric acid to allantoin is followed by the decrease in absorbance at 292 nm. The reaction is as follows:
<tb> S; <SEP> 4 <SEP> Urate <SEP> oxydase <SEP> Yo
<tb> H2D <SEP> + <SEP> 02 <SEP> H20 <SEP> + <SEP> C 2 <SEP> -
Acide urique Allantoine
(absorbant à 292 nm) 2) Réactifs
a) Tampon TEA 0,05 M pH 8,9/EDTA - dissoudre 7,5 g de TEA (réactif pour analyse-Prolabo réf.<tb>S;<SEP> 4 <SEP> Urate <SEP> Oxidase <SEP> Yo
<tb> H2D <SEP> + <SEP> 02 <SEP> H20 <SEP> + <SEP> C 2 <SEP> -
Uric acid Allantoine
(absorbing at 292 nm) 2) Reagents
a) 0.05 M TEA buffer pH 8.9 / EDTA - dissolve 7.5 g of TEA (reagent for analysis-Prolabo ref.
287.46.266) dans 400 ml d'eau distillée, - dissoudre 0,372 g de Complexon III (Merck-réf. 8418) dans 50 ml d'eau distillée, - réunir les deux solutions et compléter à 500 ml (solution 1), - ajuster le pH de cette solution à 8,9 par HCl û,2N, - compléter à 1 000 ml avec de l'eau distillée (solution 2).287.46.266) in 400 ml of distilled water, dissolve 0.372 g of Complexon III (Merck-ref 8418) in 50 ml of distilled water, combine the two solutions and make up to 500 ml (solution 1), adjust the pH of this solution to 8.9 with 2N HCl, make up to 1000 ml with distilled water (solution 2).
b) Acide urique Solution stock - dissoudre 100 mg d'acide urique (Carbiochem réf. 6671) dans 50 ml de la solution 1, - ajuster par HCI 0,2N à pH 8,9, - compléter à 100 ml par de l'eau distillée. b) Uric acid Stock solution - dissolve 100 mg of uric acid (Carbiochem No. 6671) in 50 ml of solution 1, - adjust with 0.2N HCl to pH 8.9, - make up to 100 ml with distilled water.
La solution obtenue peut se conserver une semaine à 40C. The resulting solution can be stored for one week at 40C.
c) Acide urique Solution Substrat - prélever 1,5 ml de solution stock d'acide urique (carbiochem réf. c) Uric acid Solution Substrate - withdraw 1.5 ml uric acid stock solution (carbiochem ref.
6671) et diluer à 100 ml avec du tampon TEA/réactif pour analyse
Prolabo réf. 287.46.266).6671) and dilute to 100 ml with TEA buffer / reagent for analysis
Prolabo ref. 287.46.266).
Cette solution doit être utilisée dans la journée. This solution should be used during the day.
3) Mode opératoire
On introduit dans la cuve de quartz d'un spectrophotomètre réglé à 292 nm et thermostaté à 300C les volumes suivants : - 600 l d'acide urique solution substrat (préchauffés à 30 C), - 100 l des surnageants ci-dessus auxquels ont été ajoutés 200 l de TEA pH 8,9 (préchauffés à 3O0C). 3) Operating mode
The following volumes are introduced into the quartz vat of a spectrophotometer set at 292 nm and thermostated at 300 ° C.: - 600 l of uric acid substrate solution (preheated to 30 ° C.), - 100 l of the above supernatants to which added 200 l of TEA pH 8.9 (preheated to 3O0C).
On mélange et on lit le changement de densité optique toutes les 30 s pendant 5 min. On en déduit LE, variation de la densité optique par minute. The optical density change is mixed and read every 30 seconds for 5 minutes. LE is deduced, variation of the optical density per minute.
4) Résultats
L'activité A enzymatique urate oxydase exprimée en U/ml
DO 1 est calculée à partir de la mesure de #E à l'aide de la formule
A = #E x Vr x d
#I x VPE dans laquelle les symboles Vr, d, EI et VpE représentent respectivement le volume réactionnel (0,9 ml), Le taux de dilution (2), le coefficient d'extinction de l'acide urique à 292 nm (12,5) et le volume de la prise d'essai (0,1 ml).4) Results
Activity A enzymatic urate oxidase expressed in U / ml
DO 1 is calculated from the measure of #E using the formula
A = #E x Vr xd
#I x VPE in which the symbols Vr, d, EI and VpE respectively represent the reaction volume (0.9 ml), the dilution ratio (2), the extinction coefficient of uric acid at 292 nm (12 , 5) and the volume of the test sample (0.1 ml).
Les résultats obtenus sont rassemblés dans le tableau (II) ci-apres :
TABLEAU (II)
The results obtained are collated in Table (II) below:
TABLE (II)
<tb> <SEP> Souche <SEP> d'E. <SEP> coLi <SEP> K12 <SEP> Activité <SEP> urate <SEP> oxydase
<tb> <SEP> transformée <SEP> par <SEP> (U/ml <SEP> DO <SEP> 1)
<tb> pBR322 <SEP> < <SEP> 0,001
<tb> <SEP> coLonie <SEP> A1 <SEP> 0,086
<tb> <SEP> coLonie <SEP> B1 <SEP> 0,119
<tb> p466
<tb> <SEP> colonie <SEP> C1 <SEP> 0,135
<tb> <SEP> colonie <SEP> D1 <SEP> 0,118
<tb>
Il apparaît clairement sur le tableau ci-dessus que les cellules d'E. coli transformées par le-plasmide p466 sont capables en présence d'IPTG de produire une activité urate oxydase. <tb><SEP> Strain <SEP> of E. <SEP> coLi <SEP> K12 <SEP> Activity <SEP> urate <SEP> oxidase
<tb><SEP> transformed <SEP> with <SEP> (U / ml <SEP> DO <SEP> 1)
<tb> pBR322 <SEP><<SEP> 0.001
<tb><SEP> colony <SEP> A1 <SEP> 0.086
<tb><SEP> colony <SEP> B1 <SEP> 0.119
<tb> p466
<tb><SEP> colony <SEP> C1 <SEP> 0.135
<tb><SEP> colony <SEP> D1 <SEP> 0.118
<Tb>
It is clear from the table above that the cells of E. coli transformed with plasmid p466 are capable in the presence of IPTG to produce urate oxidase activity.
Claims (9)
Priority Applications (31)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
FR8909550A FR2649720A1 (en) | 1989-07-13 | 1989-07-13 | Recombinant gene which encodes a protein such as urate oxidase |
NZ234453A NZ234453A (en) | 1989-07-13 | 1990-07-11 | Recombinant dna encoding urate oxidase, and vector, host, protein and pharmaceutical compositions associated therewith |
IL95057A IL95057A (en) | 1989-07-13 | 1990-07-12 | Recombinant gene coding for a protein possessing urate oxidase activity |
PT94680A PT94680B (en) | 1989-07-13 | 1990-07-12 | PROCESS FOR OBTAINING A PROTEIN HAVING ACTIVITY OF URATO OXIDASE GENE RECOMBINANT THAT IS CODED BY EXPRESSION VECTOR CARRIER OF THIS GENE MICROORGANISMS PROCARIOTES AND EUKARIOT CELLS TRANSFORMED BY THIS EXPRESSION VECTOR |
IE255990A IE77158B1 (en) | 1989-07-13 | 1990-07-13 | Protein with urate oxidase activity recombinant gene coding therefor expression vector micro-organisms and transformed cells |
JP2510514A JP2664804B2 (en) | 1989-07-13 | 1990-07-13 | Urate oxidase active protein, recombinant gene encoding the same, expression vector, microorganism and transformed cell |
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ES90402023T ES2095243T3 (en) | 1989-07-13 | 1990-07-13 | URATO OXIDASE ACTIVITY PROTEIN; RECOMBINANT GENE CODE FOR THIS, VECTOR OF EXPRESSION, MICRO-ORGANISMS AND TRANSFORMED CELLS. |
MC@@@@D MC2145A1 (en) | 1989-07-13 | 1990-07-13 | PROTEIN HAVING URATE OXIDASE ACTIVITY, RECOMBINANT GENE ENCODING THE SAME, EXPRESSION VECTOR, MICROORGANISMS AND TRANSFORMED CELLS |
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