FI100057B - Papillomaviruksen genomista johdettuja DNA-sekvenssejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin - Google Patents

Papillomaviruksen genomista johdettuja DNA-sekvenssejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin Download PDF

Info

Publication number
FI100057B
FI100057B FI875082A FI875082A FI100057B FI 100057 B FI100057 B FI 100057B FI 875082 A FI875082 A FI 875082A FI 875082 A FI875082 A FI 875082A FI 100057 B FI100057 B FI 100057B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
dna
hpv
fragment
dna fragment
recombinant dna
Prior art date
Application number
FI875082A
Other languages
English (en)
Swedish (sv)
Other versions
FI875082A0 (fi
FI875082A (fi
Inventor
Stewart Cole
Rolf E Streeck
Original Assignee
Hoffmann La Roche
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hoffmann La Roche filed Critical Hoffmann La Roche
Publication of FI875082A0 publication Critical patent/FI875082A0/fi
Publication of FI875082A publication Critical patent/FI875082A/fi
Application granted granted Critical
Publication of FI100057B publication Critical patent/FI100057B/fi

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • C12Q1/708—Specific hybridization probes for papilloma
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2710/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA dsDNA viruses
    • C12N2710/00011—Details
    • C12N2710/20011—Papillomaviridae
    • C12N2710/20022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Description

100057 PAPILLOMAVIRUKSEN GENOMISTA JOHDETTUJA DNA-SEKVENS-
sejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin - DNASEKVENSSER deriverade frän genom av papillomavirus, DERAS ANVÄNDNING FÖR IN VITRO DIAGNOSTISKA 5 ÄNDAMÄL
Keksinnön kohteena on DNA-sekvenssejä, jotka on johdettu papillomavirusgenomista. Erityisesti keksinnön kohteena on DNA-rekombinantteja, kuten vektoreita, jotka on muunneltu tällaisilla 10 DNA-sekvensseillä siten, että kun mainitut DNA-rekombinantit viedään sopiviin isäntäsoluihin, joissa ne voivat replikoitua, niin mainitut DNA-sekvenssit voidaan ilmentää niitä vastaavina proteiineina. Edelleen keksinnön kohteena on itse prote-15 iinit, jotka voidaan puhdistaa ja käyttää immunogee- nisten ainekokoomuksien valmistukseen.
Erityisesti keksintö koskee DNA-tuotteita, jotka on saatu papillomaviruksesta, jota merkitään IP-2 (nyt uusi nimitys, HPV-33) eurooppalaisessa patenttiha-20 kemuksessa 85.402362.9, joka on jätetty marraskuu 29, 1985 ja joka esitetään tämän hakemuksen viitteenä. Mainitun viruksen DNA:n sisältävä plasmidi on talletettu CNCM-laitokseen ("Collection nationale de Culture de Micro-Organismes", Pasteur Institute, Paris) talletus-25 numerolla 1-450.
Papillomavirukset ovat papovavirusperheen jäseniä ja niiden genomissa on n. 7900 emäsparia (bp) , jotka muodostavat kovalenttisesti suljetun ympyränmuotoisen DNA-molekyylin. Ihmisen papillomavirukset (HPV) 30 luokitellaan niiden DNA-sekvenssihomologian (6) pohjal ta ja tähän mennessä on kuvattu melkein 40 tyyppiä. HPV:n biologiaa ja niiden yhteyttä ihmisten tauteihin on tutkittu perusteellisesti molekyylibiologian mene-telmäsovellutuksilla. Mahdollista HPV:iden osuutta 35 ihmisen syövässä on epäilty kasvaimista, jotka ovat muodostuneet genitaalisyylien (33) muuttumisesta pahan- 2 100057 laatuisiksi, todettujen HPV-DNA:iden perusteella. Kahden HPV-genomin, HPV-16 ja HPV-18 (3, 11) kloo naus kohdunkaulasyövästä on edelleen lisännyt tutkimusta tällä alalla sosio- ekonomisen merkittävyytensä 5 takia. Nämä virukset löytyivät enemmästä kuin 70 % tutkituista pahanlaatuisista genitaalikasvaimista ja monista muista määritettiin HPV-16-sukuisia sekvenssejä (3, 16, 33). Näiden joukkoon kuuluu HPV-33, joka äskettäin kloonattiin invasiivistä kohdunkaulasyövästä käyt-10 täen HPV-16:ta koettimena vähemmän rajoittavissa (1) olosuhteissa. Esillä olevissa tutkimuksissa olemme määrittäneet HPV-33 DNA-sekvenssin ja kuvanneet sen suhdetta HPV-16:een. Papillomaviruksien joukossa HPV-33 on ainutlaatuinen, koska siinä on 78 bp peräkkäistä 15 toistoa (tandem repeat), jotka vahvasti muistuttavat SV40 (4, 14) lisääjää (enhancer).
Keksintö pohjautuu myöhemmin kuvattavaan HPV-33 genomin kloonausmenetelmään, joka mahdollisti tiettyjen, erityisesti hybridisaatiokoettimina käyttö-20 kelpoisten DNA-sekvenssien identifioimisen, jotka ovat erityisen käyttökelpoisia ihmisen kudoksessa olevan HPV-33-sukuisten papillomaviruksien DNA-määrityksiin, joissa positiiviset vasteet voidaan yhdistää invasiivi-en kohdunkaulasyöpien mahdolliseen kehittymiseen isän-25 nässä.
Keksintöä selostetaan esimerkkien avulla viitaten piirustuksiin, joissa kuvat la ja Ib esittävät HPV-33 nukleotidisekvenssiä. Paikka 1 ympyränmuotoisessa genomissa vastaa 30 "Hpa-kaitäistä"-sekvenssiä, joka on löydetty HPV-6b kanssa samalle linjalle oikaisun avulla.
Kuva 2 esittää pääasiallisten lukukehyksien jakautumista HPV-33 genomissa. Lukukehykset identifioitiin vertailemalla muiden HPV-sekvenssien kanssa ja 35 lopetuskodonit on esitetty pystysuorina viivoina. Myös yksittäisten restriktiokohtien sijainti (S, Smal; E, EcoRV; B2, 3qlII; Bl, Bqll) ja todennäköiset polyadeny- 3 100057 laatiosignaalit (PA) varhaiselle ja myöhäiselle transkriptiolle on indikoitu. Näiden lisäksi kuusi muuta potentiaalia PA kohtaa (AATAAA) määritettiin paikoissa 862, 1215, 1221, 2666, 5837 ja 6239.
5 Kuva 3 esittää pääasiallisia ei-koodaavan alueen ominaisuuksia. Ei-koodaavan alueen leikkaus paikasta 7500 paikkaan 114 on esitetty. 78 bp peräkkäistoistot on yliviivattu ja alueet, jotka muistuttavat SV-40 lisääjän Z-DNA muodostavaa elementtiä, on esitet-10 ty. Potentiaalit promoottorielementit on merkitty tähdillä ja 12 bp palindomin 3 kopion sijainti on merkitty kahden pisteviivan väliin.
Edullisia sekvenssejä ovat kokonaisia proteiineja koodaavat sekvenssit, erityisesti ja vastaavasti 15 nukleotidisekvenssit, jotka omaavat myöhemmin taulukossa I esitettävät avoimet lukukehykset.
Olosuhteet, joissa DNA-sekvenssianalyysit suoritettiin, on määritelty otsikon "Materiaalit ja menetelmät" kohdalla. Tästä sekvenssianalyysista ilmen-20 neet johtopäätökset on esitetty otsikon "Keskustelua" kohdalla.
MATERIAALIT JA MENETELMÄT DNA-sekvenssianalyysi: 25 HPV-33:n, jonka sekvenssi määritettiin tässä kokeessa, lähde oli plasmidi pl5-5 (1), joka koostuu
Bglll linearisoidusta HPV-33 genomista, joka on kloonattu pBR322-johdannaisessa. Satunnaisten DNA-fragmenttien (400-800 bp) kirjasto valmistettiin 30 M13mp8:ssa (17) sonikoinnin ja pl5-5 pään kunnostuksen jälkeen, oleellisesti aiemmin kuvatun (28) mukaisesti. DNA-sekvenssin määritys suoritettiin dideoksi-ketjuterminaatiomenetelmällä (19, 20) Biggin et ai. (2) muunnoksien avulla. Suurin osa sekvensseistä johdettiin 35 tähän tapaan, vaikkakin osan ei-koodaavasta alueesta havaittiin olevan poissa tai aliedustettuna M13-kirjastossa (> 300 kloonia). Tämän alueen sekvenssi 4 100057 saatiin suoraan p!5-5:sta käyttäen Smith'n (24) menetelmää. Lyhyesti, restriktiofragmentteja, jotka oli eristetty 2 "komplementaarisesta" M13kloonista, käytettiin esi(prima)-DNA-synteesiin templaateilla, jotka oli 5 valmistettu pl5-5:sta, jotka oli linearisoitu restrik-tioetsyymillä ja sen jälkeen käsitelty endonukleaasi III:11a (200 yksikköä/pmol DNA, 1 h, 22°C) . Tietokoneanalyysi: DNA-sekvenssit käännettiin ja analysoitiin 10 Staden (26, 27) ohjelmilla, jotka olivat B. Caudronin modifioimia. Optimaaliset DNA- tai proteiinisekvenssi-rivit saatiin käyttämällä Wilbur ja Lipman (31) kehittämää algoritmiä.
15 TULOKSET JA KESKUSTELU
HPV-33 genominen järjestys: HPV-33 täydellinen 7909 nukleotidisekvenssi, joka oli määritetty M13 "haulikko"-kloonauksen/dideoksi-sekvenssinmäärityksen 20 avulla, on esitetty kuvassa 1. Jokainen paikka määritettiin keskimäärin 6.5 kertaa. Muiden papillomavirus-sekvenssien käytännön mukaisesti numerointi alkaa kohdasta, joka muistuttaa Hpal:lie tunnistussekvenssiä ei-koodaavassa alueessa.
25 Ei-informatiivisten kodonien (nonsense codons) (kuva 2) jakautumisanalyysi osoittaa, että, kuten kaikissa muissakin määritetyissä papillomaviruksissa, 8 pääasiallista avointa lukukehystä sijaitsee samassa säikeessä. Yhteisiin ominaisuuksiin HPV-33:lie ja 30 HPV-tyypille la, 6b ja 16 yhdessä puuvillahäntäkaniinin papillomaviruksen ja prototyyppihärän papillomaviruk-1 sen, BPV-1, (5, 7, 8, 13, 21, 22) kanssa kuuluu aikai sessa alueessa suurimpien avoimien lukukehyksien, El ja E2, päällekkäin meno ja E4:n sisällyttäminen E2:ta 35 koodaavaan alueeseen. On mielenkiintoista, että HPV-33 molekulaarisessa kloonauksessa käytetty Bglll kohta sijaitsee E1/E2 päällekkäin olevassa alueessa. Toinen 5 100057 yhteinen ominaisuus papillomaviruksille, paitsi BPV-1, on, että LI ja L2 luettavat rakenteet menevät päällekkäin. LI:ta seuraa 892 bp ei-koodaava alue, joka, analogisesti BPV-1 (15, 29) kanssa, epäilemättä sisältää 5 replikaation aloituksen ja erilaisia transkriptionaali-sia säätelyelementtejä. HPV-33 genomille tyypilliset ominaisuudet on esitetty taulukossa 1.
HPV-16 kanssa tehty nukleotidisekvenssivertailu:
Ainoastaan HPV-16:sta joka on onkogeeninen 10 papillomavirus ja joka on eristetty anogenitaaliaiueen kasvaimista, sekvenssi on myös täydellisesti määritelty (22). HPV-33 muistuttaa pääosaltaan HPV16:sta paitsi, että jälkimmäisessä on El luettava rakenne keskeytetty. Kaikki HPV-33:ssa olevat koodaavat sekvenssit, 15 paitsi E5, ovat hieman lyhyempiä kuin niiden HPV-16 vastineet. Tämä voi lisätä päätelmää, että sen ei-koodaava alue, LI ja E6 välissä (kuva 2), on 76 bp pidempi ja sen vuoksi pitää genomit lähes vakiona kooltaan .
20 Kun avoimia lukukehyksiä verrattiin pareittain (taulukko 2) havaittiin, että El, E2, E6, E7, LI ja L2 osoittivat 65 - 75 % homologiaa, kun taas E4 ja E5 olivat enemmän poikkeavia (n. 50 % homologia). Nämä tulokset mahdollistavat heterodupleksianalyysin, joka 25 on esitetty aiemmin (1) . Papillomavirus El geenituot-teiden vertaileva tutkimus (8) osoitti, että polypepti-di koostuu NH2-terminaalisesta segmentistä, jonka sekvenssi on erittäin vaihteleva, ja COOH-terminaalialueesta, jolla on hyvin säilynyt pri-30 määrirakenne. Pisin jakso, jolla on täydellinen sek-venssihomologia, on 33 nukleotidiä (paikat 1275-1307, kuva 1) löytyen läheltä El luettavan rakenteen 5 -päätä alueessa, joka koodaa polypeptidin vaihtelevaa aluetta. Useita muita täydellisen identiteetin (19-28 nu-35 kleotidiä) omaavia alueita havaittiin toisaalla El:ssa ja myös E2:ssa, L2:ssa ja Ll:ssa. Koska näin monia sekvenssejä ei löydetä muiden HPV:iden genomeista, 6 100057 kuten HPV-la ja HPV-6b, on mahdollista, että vastaavia oligonukleotidejä voidaan tuottaa ja käyttää diagnostisina hybridisaatiokoettimina tutkittaessa elävää kudos-materiaalia potentiaalisista, kasvaimia aiheuttavista 5 vaurioista.
Potentiaalit geenituotteet:
Papillomavirusgeenituotteet voidaan jakaa sellaisiin, joiden uskotaan esittävän puhtaasti rakenteellista osaa, LI ja L2, ja sellaisiin, joita tarvi-10 taan viraaliseen lisääntymiseen ja säilymiseen. Tulokset pääasiallisten lukukehyksien, jotka ovat peräisin HPV-33, -16 ja -6b, mahdollisten tuotteiden vertailusta on esitetty taulukossa 2. Kuten oli odotettua, on onkogeenisten HPV-33 ja -16 välillä vahvaa 15 identtisyyttä, erityisesti ehdotetuilla El-, E6-, E7-, L2- ja Ll-proteiineilla. Kun mukaan otetaan konservatiiviset korvautumiset, niin homologia LI polypeptidien välillä kasvaa 90 % saakka, mikä viittaa siihen, että vastaavien viruksien kuoriosien täytyy olla toisiinsa 20 antigeenisesti liittyneitä. Vastakohtana huomattavasti heikompaa homologiaa havaittiin, kun analyysi laajennettiin käsittämään hyvänlaatuisia genitaalisyyliä muodostavaan HPV-6b:hen (Taulukko 2). HPV-16 proteiinien vertailu vastaaviin HPV-6b proteiineihin osoitti 25 hieman suurempaa homologiaa kuin HPV-33 kohdalla, mikä viittaa läheisempään evoluutionaaliseen sukulaisuuteen. Ei-koodaava alue: HPV-33:n ei-koodaava alue omaa useita ainutlaatuisia ominaisuuksia ja muistuttaa vain vähän sen 30 homologia HPV-16:ssa. LI lopetuskodonin väliin sijoitettu ja oletetun polyadenylaatiosignaalin myöhemmälle transkriptille sisältävä 223 bp jakso (paikat 7097-7320, kuva 1) on epätavallisen T + G pitoinen (79 %). Tässä segmentissä on kaksi kopiota 19 bp suo-35 raa toistoa (yhdessä yhden huonosti yhteensopivan kanssa) ja 7 kopiota aihelmaa TTGTRTR (missä R on A tai G). Jälkimmäinen on myös havaittu 7 kertaa HPV-16:sta 7 100057 vastaavassa alueessa viitaten siihen, että se voi edustaa replikaatioon liittyvien proteiinien tunnistuskoh-taa. On huomattava, että alkavat replikaatiohaarat on paikallistettu BPV-1 genomin (29) tässä alueessa ja 5 että Epstein-Barr -viruksen replikaation aloituskohta koostuu toistuvien sekvenssien (32) perheestä.
12 bp palindromi (ACCG....CGGT), joka esiintyy ainoastaan ei-koodaavassa alueessa kaikissa tutkituissa papillomavirusgenomeissa, on äskettäin esitetty Dartman 10 et ai. (9) toimesta. Kolme kopiota löydettiin HPV-33 genomista (kuva 3) ja nämä olivat samoilla paikoilla myös HPV-16 ei-koodaavassa alueessa. Palindromin roolia mahdollisena valvontakohtana varhaiselle promoottorille ehdotettiin (4, 9, 15) ja sitä tukee epäsuorasti meidän 15 tuloksemme, että ei-koodaavat HPV:iden alueet, kuten HPV-33:n, eivät osoita tunnistuskohtien kasautunutta järjestelyä promoottori-spesifiselle, aktivaatioteki-jälle Spl(12). Tämä on selvästi ristiriidassa toisen papovaviruksen, SV40 (12, 14) tilanteeseen verrattuna.
20 HPV-33 huomattavin ominaisuus on täydellinen 78 bp peräkkäinen toisto, joka sijaitsee 200 bp jälkeen oletetun replikaatioaloituskohdan (kuva 3). Mitään toista tämän kokoista tai tällaista sekvenssin toistoa ei ole kuvattu muiden papillomaviruksien genomeis-25 sa. Oletettu aikainen promoottori HPV-33:lie sijaitsee n. 300 bp myötävirtaan peräkkäistoistosta ja tyypilliset promoottorielementit (4) voidaan identifioida (kuva 3). 78 bp toistojen koko, paikka ja järjestys HPV-33 genomissa viittaa siihen, että ne voivat toimia viraa-30 lisen transkription lisääjinä. Peräkkäistoistot 72, 73 ja 68 bp on paikallistettu lähellä SV40 (4, 14) aikaista promoottoria moloney-hiiren sarkoomaviruksen (10) LTR:ssa ja BK-viruksen genomissa (23); ja ne ovat osoittautuneet lisäävän transkriptiota Pölli riippuvis-35 ta promoottoreista cis-aktiiviseen tapaan. SV40 lisääjän (14, 30) mutageneesin ja karakterisoitujen transkriptionaalisten aktivaattoreiden sekvenssivertai- 8 100057 lujen avulla johdettiin yhdenmukainen lisääjäsekvens-si. Tätä rakennetta ei voitu määrittää 78 bp toistossa, mutta potentiaali Z-DNA muodostava alue paljastettiin. Z-DNA uskotaan vetävän säätelymolekyylejä eukari-5 oottisiin promoottoreihin ja Z-DNA vasta-aineen sitova kohta on osoitettu SV40 lisääjässä (18). Sekvenssi, johon tämä vasta-aine sitoutuu, on myös löydetty, huolimatta yksittäisestä yhteensopimattomuudesta, oletetussa HPV-33 lisääjässä (paikat 7520-7527, 7599-7606, 10 kuvat 1, 3).
Ehdotettu HPV-33 lisääjä ei osoita laajaa sekvenssihomologiaa hyvin karakteroituihin lisääjiin nähden eikä myös muihin papilloomavirussäätelyalueisiin nähden. Kuitenkin, äskettäin on esitetty, että lisääjän 15 kaltainen elementti sijaitsee BPV-l:n ei-koodaavassa alueessa ja se vaatii E2 tuotteen aktivoituakseen (25) . Nämä tulokset tukevat ehdotustamme, että 78 bp peräkkäistoistot voivat omata lisääjä-toiminnon ja ne voivat osoittaa, että suhteellisen alhainen homologia 20 (taulukko 2) HPV33:n ja -16:n E2 proteiinien välillä viittaa vastaavien lisääjä/säätelyalueiden spesifisyyteen .
Taulukot 1 ja 2, joihin on viitattu, esitetään seuraavassa: 25 TAULUKKO 1. HPV-33 genomin pääasialliset ominaisuudet
Avoin luet- Aloitus Ensimmäi- Lopetus- Molekyy- tava rakenne nen ATG kodoni lipaino
Ed 76 109 556 TGA 17 632 E7 543 573 864 TGA 10 825
El 867 879 2811 TGA 72 387 E2 2728 2749 3808 TAA 40 207 E4 3326 - 3575 TAG 9 452 E5 3842 - 4079 TAA 9 385 L2 4198 4210 5611 TAG 50 539 LI 5516 5594 7091 TAA 55 839 9 100057 a. Laskettu lähtien ensimmäisestä ATG:sta, missä tämä sijaitsee, tai avoimen lukukehyksen aloituksesta.
Taulukko 2. HPV proteiinien vertailu 5 HPV: t
Proteiini 33vl6 33v6b 16v6b E6 65(70) 36(51) 37 E7 61(69) 55(60) 56
El 61(69) 50(60) 53 E2 53(65) 46(58) 45 E4 52(55) 39(46) 48 E5 40(52) 39(43) 33 L2 64(66) 52(58) 53 LI 81(75) 68(69) 71 a- Ilmoitettuna % homologiana suoristamisen jälkeen ohjelman (31) avulla.
10 Arvot suluissa kuvaavat % nukleotidisekvenssiho- mologiaa.
Keksintö liittyy erityisesti sekvensseihin, jotka vastaavat avointa luettavaa rakennetta E6, E7, 15 El, E2, E4, E5, L2, LI.
.; Keksinnön tarkoituksena on edelleen tuoda esiin näiden sekvenssien käyttö hybridisaatiokoettimi-na, joko sellaisina koettimina, jotka ovat käyttökelpoisia myös muiden papillomavirusten, siten papilloma-20 virusryhmien, määritykseen - kuten koettimet, jotka sisältävät LI:ta vastaavia avoimia lukukehyksiä kokonaisuudessaan tai ko. rakenteiden osia - tai sellaisina koettimina, jotka ovat enemmän virusspesifisiä, so. koettimet, jotka sisältävät niitä vastaavan avoimen 25 lukukehyksen kokonaisuudessaan tai ko. rakenteen osan.
Edelleen keksintö liittyy muihin koettimiin, 10 100057 jotka määrittävät papillomaviruksien alaryhmiä, erityisesti koettimiin sellaisten virusten, jotka voidaan yhdistää sairauksien pääluokkiin, so. kasvaimiin liittyvät virukset, määritystä varten. Esimerkkinä maini-5 tuista koettimista voidaan mainita koetin, joka sisältää nukleotidien 1275 ja 1307 väliin sijoitetun sekvenssin kuvissa la ja Ib esitetyn nukleotidien numeroinnin mukaisesti.
Tarpeetonta sanoa, että keksintö käsittää myös 10 kaikki mainitut DNA-sekvenssit niiden ollessa leimattuna sopivalla leimalla, so. radioaktiivisella entsymaat-tisella tai immunofluorisoivalla leimalla.
Viraalisesta genomista johdetut DNA:t, jotka omaavat kemiallisella ryhmällä muunneltuja nukleotide-15 jä, jotka voidaan tunnistaa vasta-aineilla, muodostavat myös osan keksintöä. On tunnettua, että tällaiset DNA:t voidaan valmistaa nick-translaatiolla vastaavalla tavalla muunneltujen nukleotidien läsnäollessa. Nämä DNA:t muodostavat erityisen arvokkaiden hybridisaatio-20 koettimien ryhmän, jotka hybridisoituessaan DNA valmisteeseen, joka sisältää haetun komplementaarisen säikeen, voidaan määrittää edellä mainittujen vasta-aineiden avulla.
Keksintö liittyy myös per se diagnostisiin 25 menetelmiin. Sopivista menetelmistä on esitetty myöhem-min esimerkkejä.
Useita hybridisaatiomenetelmiä voidaan käyttää. Esimerkiksi täplähybridisaatiomenetelmä käsittää DNA-denaturaation jälkeen DNA-alikvootin jakamisen 30 filmikantajan päälle (nitroselluloosa tai Ge-nescreenplus), jokaisen filmin hybridisaation koettimen kanssa tavanomaisissa olosuhteissa ja radioaktiivisen hybridin määrityksen kontakti-valottamalla radiografi-nen filmi hybridisoidulla filmillä.'Toinen mahdollisuus 35 on replikoitu viljelmähybridisaatio, jossa DNA-fragmentit, jotka on saatu käsittelemällä DNA:ta restriktioentsyymeillä, erotetaan agaroosigeelielektro- 11 100057 foreesin avulla, fragmentit siirretään aikaalisen dena-turaation jälkeen filmien päälle (nitroselluloosa tai Genescreenplus) ja ne hybridisoidaan erilaisilla koet-timien seoksilla tavanomaisissa olosuhteis- 5 sa. Radioaktiivisten hybridien muodostuminen määritetään jälleen radiograafisten filmien kontaktin valotuk-sella hybridisaatiokantajafilmejä käyttäen.
Esim. keksinnön mukaisia koettimia voidaan käyttää relevanttien viruksien (tai näiden DNA) määri-10 tykseen valmisteissa, jotka sisältävät elävästä kudoksesta vioittumaa raaputtamalla saatuja soluja tai elävien kudosten leikkauksia, jotka on värjätty Carnoyse-oksella (etanoli, kloroformi, etikkahappo 6:3:1) ja saatettu paraffiiniin.
15 Edellä mainitut nukleotidisekvenssit voidaan viedä vektoreihin modifioitujen vektorien saamiseksi, jotka sopivaan isäntäsoluun vietynä kykenevät aikaansaamaan transkription ja, milloin on tarpeellista, translaation mainituille DNA-sekvensseille vastaavien 20 proteiinien tuottamiseksi, jotka proteiinit voidaan tämän jälkeen eristää isäntien solu-uutteesta. On ilmeistä, että ammattimies kykenee valikoimaan sopivat vektorit, erityisesti vektoreilla transformoitava isäntä huomioiden. Vektorit koostuvat esim. plasmideista 25 tai faageista, jotka voidaan valita niiden tunnistetusta kyvystä replikoitua vastaavissa prokarioottisissa soluissa (tai hiivasoluissa) ja niiden kyvystä aikaansaada niiden kantaman DNA-sekvenssin ilmentyminen.
Keksintö liittyy myös DNA-rekombinantteihin, 30 jotka sisältävät insertion, joka koostuu mistä tahansa edellä mainittuja avoimia luettavia rakenteita tai niiden osia vastaavista DNA-sekvensseistä ja jotka on muunneltu sopivasti insertion ilmentymisen aikaansaamiseksi eukarioottisissa soluissa, erityisesti tasaläm-35 pöisissä eläimissä. Sopivia DNA-rekombinantteja ovat geneettiset rakenteet, joissa mainittu insertio on sijoitettu viraalisen tai eukrioottisen promoottorin, 12 100057 jonka valittujen solujen polymeraasit kykenevät tunnistamaan, säätelyn alaiseksi ja joka lisäksi sisältää sopivia polyadenylaatiokohtia myötävirtaan mainitusta insertiosta.
5 Esimerkkinä mainittakoon, että keksintö liit tyy DNA-rekombinantteihin, jotka sisältävät minkä tahansa edellä mainitun avoimen luettavan insertion, joka on sijoitettu SV40 viruksen genomista johdetun promoottorin säätelyn alaiseksi. Tällaisia DNA-rekombinantteja 10 - tai -vektoreita - voidaan käyttää korkeimpien euka- riottisten solujen, erityisesti nisäkässolujen (esim. Vero-solujen) transformaatioon. Lisäksi keksintö liittyy edellä identifioitujen DNA-sekvenssien osiin, jotka samanlaisiin vektoreihin vietyinä kykenevät koodaamaan 15 osia vastaavista proteiineista, joilla osilla on samanlaisia immunologisia ominaisuuksia kuin vastaavalla proteiineilla, jotka on koodattu täydellisillä edellä mainituilla nukleotidisekvensseillä. Immunologisten ominaisuuksien samanlaisuus voidaan tunnistaa vastaavi-20 en, relevantin isännän avulla valmistettujen polypepti-dien kapasiteetin avulla, jotka on tarkoitettu vasta-aineiden tunnistettaviksi. Vasta-aineet on aiemmin muodostettu proteiineja, jotka on valmistettu soluilla, jotka aiemmin on transformoitu edellä mainittuja koko-25 naisia DNA sekvenssejä sisältävien vektoreiden avulla, vastaan.
On ilman muuta selvää, että keksintö liittyy myös mihin tahansa edellä mainituille nukleotidisek-vensseille läheisiin nukleotidisekvensseihin, joita 30 voidaan saada ainakin osittain synteettisesti ja joissa nukleotidit voivat vaihdella geneettisen koodin rajoitusten puitteissa laajuudessa, jossa nämä muutokset eivät muuta näin modifioitujen nukleotidisekvenssien koodaamaa polypeptidisekvenssiä oleellisesti.
35 Edelleen keksintö liittyy puhdistettuihin proteiineihin tai polypeptideihin sellaisenaan, kuten ne on saatavissa edellä esitetyin menetelmin. Nämä 13 100057 polypeptidit, tuotettuna sopivassa isännässä, voidaan saada joko soluista, esim. soluseinien rikkomisen jälkeen tai mainittujen solujen kasvualustasta proteiinien erittyessä mainittuun kasvualustaan; riippuen käytetys-5 tä solu-DNA-rekombinantti-järjestelmästä. Saatu poly-peptidi voidaan tämän jälkeen puhdistaa tavanomaisilla puhdistusmenetelmillä. On huomattava, että termillä "puhdistettu" tarkoitetaan sellaista puhtaustasoa, että kun suoritetaan elektroforeesi SDS-PAGE:ssa, niin puh-10 distetut proteiinit muodostavat yksittäisen havaittavan nauhan, esim. Western täplän avulla.
Viraalisia proteiineja, erityisesti rakenteellisia proteiineja, jotka on saatu esim. E. colissa mainittujen DNA sekvenssien ilmentymisen tuloksena, 15 voidaan käyttää in vitro papillomavirusten vastaisten vasta-aineiden määrityksessä, jotka papillomavirukset ovat todennäköisesti havaittavissa papillomaviruksella mahdollisesti infektoidun potilaan kudosnäytteistä.
Erityisen merkityksellisiä ovat geneettisesti 20 muunnellut proteiinit, jotka omaavat peptidisekvensse- jä, jotka voidaan johtaa LI ja L2 avoimista lukukehyksistä. Toinen kiintoisa peptidi on E6* proteiini (E6 tähti), jonka synteesi voidaan indusoida silmukoinnilla ja jota koodaa nukleotidisekvenssi, joka sijaitsee 25 nukleotidien 229 (luovuttajakohta) ja 404 : (vastaanottajakohta) välissä KPV 33 sekvenssissä (katso erityisesti kuva IA), jotka kohdat myös määrittävät HPV 33 E6 avoimessa luettavassa rakenteessa olevat oletetut silmukointikohdat. Tällaisten proteiinien vaimis-30 tusolosuhteita on esitetty julkaisussa Schnei- der-Gardicke ja Schwartz, Embo. J., _5, 2285 - 2292.
Näitä puhdistettuja polypeptidejä voidaan puolestaan käyttää vastaavien vasta-aineiden valmistukseen, joita voidaan käyttää diagnosoimaan in vitro 35 biologisissa nesteissä, erityisesti potilaan seerumissa tai kudosviljelmässä, olevien viraalisten polypeptidien läsnäolo. Kuten edellä, keksintö liittyy edellä mainit- 14 100057 tujen polypeptidien osiin, erityisesti sellaisiin osiin, jotka ovat samojen vasta-aineiden tunnistamia tai päinvastaisesti kykenevät aikaansaamaan in vivo täydellisen proteiinien tunnistavien vasta-aineiden 5 tuoton.
On ymmärrettävä, että keksintö liittyy myös spesifisesti erityisiin peptideihin, jotka ovat sellaisten DNA alueiden koodaamia, joihin on erityisesti viitattu edellä ja jotka on todettu erityisen mielen-10 kiintoisiksi.
Lisäksi keksintö liittyy isäntäsoluihin, jotka on transformoitu DNA-rekombinanteilla, jotka sisältävät edellä mainittujen erilaisten peptidien ilmentymisen aikaansaavia nukleotidisekvenssejä; ja jotka solut 15 kykenevät sopivassa kasvualustassa viljeltäessä tuotta maan mainittuja peptidejä.
Keksintö liittyy myös geenin sisäisiin sek-vensseihin, erityisesti 78 bp sekvenssiin. Tämä sekvenssi on erityisen mielenkiintoinen mahdollisena in-20 sertiona eukarioottivektoreissa, erityisesti sijoitet tuna vastavirtaan promoottorista ja myötävirtaan kohdasta, josta geenin transkriptio tai haetun nukeleoti-disekvenssin transkriptio alkaa relevantissa isännässä.
Kaikki esitetyt julkaisut on liitetty kirjal-25 lisuusviitteisiin. Erityisesti näihin julkaisuihin voidaan viitata tässä hakemuksessa käytettyjen ilmaisujen määrittelemiseksi. Siten ne muodostavat osan esillä olevaa keksintöä.
30 KIRJALLISUUSVIITTEET
1. 3eaudenon, S.
2. Biggin, M.D., T.J. Gibson, ja G.F. Hong. 1983 Buffer gradient gels and 35S label as an aid to rapid 35 DNA sequence determination.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 80_, 3963-3965.
15 100057 3. Boshart, M., L. Gissmann, H. Ikenburg, A. Klein-heinz, W. Scheurlen, ja H. Zur Hausen. 1984.
A new type of papilloma-virus DNA, its presence in 5 genital cancer biopsies and in cell lines derived from cervical cancer.
EMBO J. 3, 1151-1157.
4. Breathnach, R. ja P. Chambon. 1981.
10 Organization and expression of eukaryotic split genes coding for proteins.
Ann. Rev. Biochem. _50, 349-383.
5. Chen, Y., P.M. Howley, A.D. Levinson ja P.M. See-15 burg. 1982.
The primary structure and organization of the bovine papillomavirus (BPV) type 1 genome.
Nature 299, 529-534.
20 6. Coggin, J.R. ja H. Zur Hausen. 1979.
Workshop on papillomaviruses and cancer.
Cancer Res. 39, 545-546.
7. Danos, 0., M. Katinka, ja M. Yaniv. 1982.
25 Human papillomavirus la DNA sequence : a novel type of genome organization among papovaviridae.
EMBO J. 1, 231-236.
8. Danos, 0., I. Giri, F. Thierry ja M. Yaniv. 1984.
30 Papillomavirus genomes : sequences and consequences.
J. Investig. Dermatol. 8_3, 75-115.
9. Dartmann, K., E. Schwarz, L. Gissmann ja H. Zur Hausen. 1985.
35 The nucleotide sequence and genome organization of human papillomavirus type 11.
Virology. Painossa.
16 100057 10. Dhar, R., W.L. McClements, L.W. Enquist ja G. F. Vande-Woude, 1980.
Nucleotide sequence of integrated Moloney sarcoma provirus long terminal repeats and their host and viral 5 functions.
?roc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 3937-3941.
11. Durst, M., L. Gissmann, H. Ikenburg ja H. Zur Hausen 1983.
10 A new type of papillomavirus DNA from a cervical carcinoma and its prevalence in genital cancer biopsies from different geographic regions.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 80, 3812-3815.
15 12. Dynan, W.S. ja R. Tijan. 1985.
Control of eukaryotic messenger RNA synthesis by se-quence-specif ic DNA-binding proteins.
Nature 316, 774-778.
20 13. Giri, I., 0. Danos ja M. Yaniv. 1985.
Genomic structure of the cottontail rabbit (Shope) papillomavirus .
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78, 1580-1584.
25 14. Gruss, P., R. Dhar ja G. Khoury. 1981
Simian virus 40 tandem repeated sequences as an element of the early promoter.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78., 943-947.
30 15. Howley, P. Μ. , Y. C. Yang ja M. S. Rabson. 1985.
The molectllar biology of bovine papillomaviruses.
Ss, 67-81. Teoksessa P.W.J. Rigby and N.M. Wilkie (eds).
"Viruses and Cancer", Society for General Microbiology 35 Symposium, 3]_, Cambridge University Press, Cambridge.
16. Ikenburg, H., L. Gissmann, G. Gross, E.I. Grussen-dorf-Conen ja H. Zur Hausen. 1984 17 100057
Human Papillomavirus type-16 related DNA in genital Bowen's disease and in Bowenoid papulosis.
International Journal of Cancer 32_, 563-565.
5 17. Messing, J. ja J. Vieira. 1982.
A new pair of M13 vectors for selecting either DNA strand of double digest restriction fragments.
Gene 19, 269-276.
10 18. Nordheim, A. ja A. Rich. 1983.
Z-DNA Formation in the enhancer region of supercoiled SV4 0 .
ss. 45-50. Teoksessa Enhancers and Eukaryotic Gene
Expression, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring 15 Harbor, N.Y.
19. Sanger, F., S. Nicken, A.R. Coulson. 1977.
DNA sequencing with chain terminating inhibitors.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 7£, 5463-5467.
20 20. Sanger, F., A. R. Coulson, B.G. Barrel, A.J.H. Smith, B.A. Roe, 1980.
Cloning in single stranded bacteriophage as an aid to rapid DNA sequencing.
25 J. Mol. Biol. 143, 161-178.
21. Schwartz, E., M. Diirst, C. Demenkowski, 0. Latter-mann, R. Zech, E. Wolfsperger, S. Suhai ja H. Zur Hausen, 30 1983.
DNA sequence and genome organization of genital human papillomavirus type 6b.
EMBO J. 2, 2361-2368.
35 22. Seedorf, K., G. Krammer, M. Durst, S. Suhai ja W.G. Rowenkamp, 1985.
Human papillomavirus type 16 DNA sequence.
ia 100057 1 o
Virology 145, 181-185.
23. Seif, I., G. Khoury ja R. Dhar. 1979.
The genome of human papovavirus BKV.
5 Cell 18, 963-977.
24. Smith, A.J.H. 1979.
The use of exonuclease III for preparing single stranded DNA for use as a template in the chain terminator 10 sequencing method.
Nucleic Acids Res. 6, 831-848.
25. Spalholz, B.A., Y.C. Yang ja P.M. Howley. 1985. Transactivation of a bovine papillomavirus transcrip- 15 tional regulatory element by the E2 gene product.
Cell 42, 183-191.
26. Staden, R. 1979.
A strategy of DNA sequencing employing computer 20 programs.
Nucleic Acids Res. 6, 2601-2610.
27. Staden R. 1980.
A new computer method for the storage and manipulation 25 of DNA gel reading data.
Nucleic Acids Res. 3, 3673-3694.
28. Wain-Hobson, S., P. Sonigo, 0. Danos, S. Cole, ja M. Alizon.
30 1985.
Nucleotide sequence of the AIDS virus, LAV.
Cell 40, 9-17.
29. Waldeck, W., F. Rosl, ja H. Zentgraf. 1984.
35 Origin of replication in episomal bovine papilloma virus type 1 DNA isolated from transformed cells.
ΞΜΒΟ J. 3, 2173-2178.
19 100057 30. Weiher, H.f M. Konig, ja P. Gruss. 1983.
Multiple point mutations affecting the simian virus 40 enhancer.
5 Science 219, 626-631.
31. Wilbur, W.J. ja D.J. Lipman. 1983.
Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks.
10 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 726-730.
32. Yates, J., N. Warner, D. Reisman ja B. Sugden.
1984 .
A cis-acting element from the Epstein-Barr viral geno-15 me that permits stable replication of recombinant plasmids in latently infected cells.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 3806-3810.

Claims (11)

1. Rekombinantti DNA, joka käsittää DNA:n, jolla on kuvissa la ja Ib esitetyn mukainen nukleotidi- 5 sekvenssi.
2. DNA fragmentti, joka sisältää avoimen luku-kehyksen, tunnettu siitä, että DNA fragmentti saadaan patenttivaatimuksen 1 mukaisesta rekombinantti DNA:sta ja valitaan fragmenttien ryhmästä, joka ovat 10 jonkin seuraavista, kuvien la ja Ib nukleotidinumeroin-timäärittelyä vastaavien nukleotidijaksojen mukaisia: 76 - 556, 543 - 864, 867 - 2811, 15 2728 - 3808, 3326 - 3575, 3842 - 4079, 4198 - 5611 ja 5516 - 7091.
3. DNA fragmentti, tunnettu siitä, että DNA fragmentti koodaa proteiinia ja saadaan patenttivaatimuksen 1 mukaisesta rekombinantti DNA:sta ja valitaan fragmenttien ryhmästä, jotka ovat jonkin seuraavista, kuvien la ja Ib nukleotidinumerointimääritte-25 lyä vastaavien nukleotidijaksojen mukaisia: 109 - 556, 573 - 864, 879 - 2811, 2749 - 3808, 30 3326 - 3575, 3842 - 4079, ^ 4210 - 5611 ja 5594 - 7091.
4. Patenttivaatimuksen 2 tai 3 mukainen DNA 35 fragmentti, tunnettu siitä, että DNA fragmentti on kloonattu fragmentti. 21 100057
5. DNA fragmentti, tunnettu siitä, että DNA fragmentti saadaan patenttivaatimuksen 1 mukaisesta rekombinantti DNA:sta ja että DNA fragmentti on seuraavan, kuvien la ja Ib nukleotidinumerointimää- 5 rittelyä vastaavan nukleotidijakson mukainen: 1275 - 1307.
6. DNA fragmentti, tunnettu siitä, että DNA fragmentti saadaan patenttivaatimuksen 1 mukaisesta rekombinantti DNA:sta ja että DNA fragmentti 10 on seuraavan, kuvien la ja Ib nukleotidinumerointimää-rittelyä vastaavan nukleotidijakson mukainen: 229 - 404.
7. Rekombinantti DNA, joka kykenee replikoitu-maan isäntäsolussa, erityisesti bakteerissa, kuten
15 E. colissa, tunnettu siitä, että rekombinantti DNA sisältää minkä tahansa patenttivaatimuksissa 1-5 määritellystä fragmentista koostuvan insertin fuusioituna sille vieraan DNA:n kanssa.
8. Patenttivaatimuksen 7 mukainen rekombinant- 20 ti DNA, tunnettu siitä, että rekombinantti DNA on vektori, jolloin mainittu insertti kykenee replikoituinaan vektorin kanssa.
9. DNA-hybridisaatiokoetin viraalisen DNA: n toteamiseksi, tunnettu siitä, että koetin 25 sisältää minkä tahansa patenttivaatimuksien 1-6 mukaisen fragmentin tai sen osan, tai koetin on muodostettu patenttivaatimuksen 7 tai 8 mukaisesta rekombinantti DNA:sta tai sen osasta.
10. Isäntäsolu, joka on transformoitu patent- 30 tivaatimuksen 7 tai 8 mukaisella rekombinantti DNA:11a.
11. Geenitekniikalla tuotettu peptidi, jonka aminohapposekvenssi on johdettavissa jonkin patenttivaatimuksista 1-6 mukaisesta DNA fragmentista. 22 1 0 0 0 5 7
FI875082A 1986-03-21 1987-11-17 Papillomaviruksen genomista johdettuja DNA-sekvenssejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin FI100057B (fi)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP86400609 1986-03-21
EP86400609 1986-03-21
PCT/EP1987/000158 WO1987005630A1 (en) 1986-03-21 1987-03-20 Determined dna sequences derived from a papillomavirus genome, their uses for in vitro diagnostic purposes and the production of antigenic compositions
EP8700158 1987-03-20

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI875082A0 FI875082A0 (fi) 1987-11-17
FI875082A FI875082A (fi) 1987-11-17
FI100057B true FI100057B (fi) 1997-09-15

Family

ID=8196291

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI875082A FI100057B (fi) 1986-03-21 1987-11-17 Papillomaviruksen genomista johdettuja DNA-sekvenssejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin

Country Status (13)

Country Link
US (7) US5554538A (fi)
EP (1) EP0243221B1 (fi)
JP (2) JP2633275B2 (fi)
KR (1) KR930007580B1 (fi)
AT (1) ATE76429T1 (fi)
AU (1) AU615159B2 (fi)
DE (1) DE3779175D1 (fi)
DK (1) DK175314B1 (fi)
ES (1) ES2039254T3 (fi)
FI (1) FI100057B (fi)
GR (1) GR3005272T3 (fi)
NO (1) NO303287B1 (fi)
WO (1) WO1987005630A1 (fi)

Families Citing this family (52)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5876922A (en) 1985-07-31 1999-03-02 Institute Pasteur Papillomavirus probe and a process for in vitro diagnosis of papillomavirus infections
ES2039254T3 (es) * 1986-03-21 1995-04-01 Pasteur Institut Secuencias determinadas de adn, derivadas de un genoma de papilomavirus, sus usos con finalidades de diagnostico in vitro y la produccion de composiciones antigenas.
US4777239A (en) * 1986-07-10 1988-10-11 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Diagnostic peptides of human papilloma virus
FR2629458B2 (fr) * 1987-07-31 1991-08-09 Ire Celltarg Sa Nouvelles sondes d'acides nucleiques specifiques de differents types de virus de papillome humain
WO1989009940A1 (en) * 1988-04-04 1989-10-19 Oncor, Inc. Human papilloma virus typing method and nucleic acid probes used therein
FR2632956B2 (fr) * 1988-05-13 1991-07-12 Pasteur Institut Sondes a papillomavirus hpv49, hpv50, hpv54, hpv55; produits genetiquement et immunologiquement lies a ce papillomavirus hpv49, hpv50, hpv54, hpv55; procede de diagnostic in vitro d'infections a papillomavirus et d'immunisation in vivo contre ces papillomavirus
FR2631341B1 (fr) * 1988-05-13 1991-04-26 Pasteur Institut Sondes a papillomavirus hpv49, hpv50, hpv54, hpv55 et produits genetiquement et immunologiquement lies a ce papillomavirus hpv49, hpv50, hpv54, hpv55 et procede de diagnostic in vitro d'infections a papillomavirus et d'immunisation in vivo contre ces papillomavirus
CA1339729C (en) * 1988-10-26 1998-03-17 Wayne D. Lancaster Human papillomavirus type 52 dna sequences and methods for employing thesame
SE8803870D0 (sv) * 1988-10-28 1988-10-28 Medscand Ab Method for detection of human papillomavirus (hpv) for diagnostic purposes
DE3838269A1 (de) * 1988-11-11 1990-05-17 Behringwerke Ag Nachweis humaner papillomavirus dna und ihrer expression in zervix-abstrichen
JPH05501650A (ja) * 1989-12-01 1993-04-02 バイシス・インコーポレーテツド Ｈｐｖ転写物の検出
US5580970A (en) * 1989-12-01 1996-12-03 Amoco Corporation Detection of HPV transcripts
FR2656627B1 (fr) * 1989-12-28 1992-04-17 Pasteur Institut Sonde a papillomavirus (hvpv63), notamment pour le diagnostic in vitro d'infections a papillomavirus, pouvant s'accompagner de neoplasies genitales, et produits genetiquement et immunologiquement lies a ce papillomavirus.
SE9001705D0 (sv) * 1990-05-11 1990-05-11 Medscand Ab Saett foer diagnostik av virusbaerande tumoerer genom immunoassay
US5932412A (en) * 1990-05-11 1999-08-03 Euro-Diagnostica Ab Synthetic peptides in human papillomaviruses 1, 5, 6, 8, 11, 16, 18, 31, 33 and 56, useful in immunoassay for diagnostic purposes
CA2052413C (en) * 1990-09-28 2004-07-13 Jeffrey L. Joseph Nucleotides sequences useful as type-specific probes, pcr primers and lcr probes for the amplifications and detection of human papilloma virus, and related kits and methods
US6183746B1 (en) * 1997-10-09 2001-02-06 Zycos Inc. Immunogenic peptides from the HPV E7 protein
US6013258A (en) * 1997-10-09 2000-01-11 Zycos Inc. Immunogenic peptides from the HPV E7 protein
US7569344B2 (en) * 1998-10-26 2009-08-04 Ventana Medical Systems, Inc. Detection of human papilloma virus in papanicolaou (Pap) smears
WO2000061804A1 (en) * 1999-04-14 2000-10-19 Musc Foundation For Research Development Tissue-specific and pathogen-specific toxic agents and ribozymes
US20050100928A1 (en) * 1999-09-16 2005-05-12 Zycos Inc., A Delaware Corporation Nucleic acids encoding polyepitope polypeptides
US20060275784A1 (en) * 1999-10-26 2006-12-07 Ventana Medical Systems, Inc. Detection of Human Papilloma Virus in Papanicolaou (Pap) Smears
DE60141205D1 (de) * 2000-04-03 2010-03-18 Cytyc Corp Nachweis und typisierung des papillomavirus mittels pna-sonden
US6936443B2 (en) * 2000-04-03 2005-08-30 Cytyc Corporation Detection and typing of human papillomavirus using PNA probes
US7312041B2 (en) * 2001-02-16 2007-12-25 Arbor Vita Corporation Methods of diagnosing cervical cancer
US20040229298A1 (en) * 2000-11-11 2004-11-18 Lu Peter S. Methods and compositions for treating cervical cancer
US20030059806A1 (en) * 2001-01-05 2003-03-27 Science & Technology Corporation @ Unm Probes for the detection of human papillomavirus
CN100422342C (zh) 2002-01-07 2008-10-01 诺奇普公司 检测人乳头瘤病毒mRNA的方法
HUP0200981A3 (en) 2002-03-14 2004-06-28 Genoid Kft Pcr reactions with hybridizing probes using primers with broad genotype-specificity for detection of human papilloma-viruses and typing amplificates by using specifically hybridizing oligonucleotides
JP2005537028A (ja) * 2002-06-26 2005-12-08 ザ　ペン　ステート　リサーチ　ファウンデーション ヒト乳頭腫ウイルス感染症を治療する方法及び材料
CA2495449A1 (en) 2002-09-09 2004-03-18 Arbor Vita Corporation Methods of diagnosing cervical cancer
JP2006503914A (ja) * 2002-10-21 2006-02-02 エムジーアイ ファーマ バイオロジックス インコーポレイテッド ヒトパピローマウイルス媒介性疾患を治療するための組成物および方法
BRPI0414801A (pt) 2003-09-25 2006-11-14 Third Wave Tech Inc detecção de hpv
JP5030594B2 (ja) 2003-12-23 2012-09-19 アルボー ビータ コーポレーション Ｈｐｖの発癌性株に対する抗体およびそれらの使用方法
AU2005314061B2 (en) 2004-12-08 2010-01-28 Gen-Probe Incorporated Detection of nucleic acids from multiple types of human papillomaviruses
AU2005313858B2 (en) * 2004-12-10 2011-04-07 Genera Biosystems Limited Human papilloma virus (HPV) detection using nucleic acid probes, microbeads and fluorescent-activated cell sorter (FACS)
AU2006210792B2 (en) 2005-02-01 2012-07-26 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Papillomavirus L2 N-terminal peptides for the induction of broadly cross-neutralizing antibodies
US20070031826A1 (en) * 2005-08-05 2007-02-08 My Gene Diagnostic kit for determining the genotype of a human papilloma virus and method of using thereof
US7732166B2 (en) * 2005-11-15 2010-06-08 Oncohealth Corporation Detection method for human pappilomavirus (HPV) and its application in cervical cancer
US7972776B2 (en) * 2005-11-15 2011-07-05 Oncohealth Corporation Protein chips for HPV detection
US8080643B2 (en) * 2006-09-05 2011-12-20 Third Wave Technologies, Inc. HPV primers
US8278056B2 (en) * 2008-06-13 2012-10-02 Oncohealth Corp. Detection of early stages and late stages HPV infection
US8968995B2 (en) * 2008-11-12 2015-03-03 Oncohealth Corp. Detection, screening, and diagnosis of HPV-associated cancers
NZ580242A (en) * 2007-04-05 2012-02-24 Genera Biosystems Ltd Compositions and methods of detection of hpv infection
US8980562B1 (en) 2007-06-12 2015-03-17 Physicians Reference Laboratory Method of simultaneous detection and typing of human papilloma viruses
EP2427763A4 (en) 2009-05-07 2013-08-21 Oncohealth Corp IDENTIFICATION OF HIGH GRADE OR CIN2 FOR DETECTION, MONITORING AND DIAGNOSIS, AT EARLY STAGES AND ADVANCED STAGES, OF HUMAN PAPILLOMAVIRUS (HPV) AND HPV ASSOCIATED CANCERS
WO2011084598A1 (en) 2010-01-08 2011-07-14 Oncohealth Corporation High throughput cell-based hpv immunoassays for diagnosis and screening of hpv-associated cancers
WO2011094528A2 (en) 2010-01-29 2011-08-04 Qiagen Gaithersburg, Inc. Method of determining and confirming the presence of an hpv in a sample
EP2576840B1 (en) 2010-05-25 2018-10-17 QIAGEN Gaithersburg, Inc. Fast results hybrid capture assay and associated strategically-truncated probes
CN102229660B (zh) * 2011-05-25 2015-04-22 厦门大学 截短的人乳头瘤病毒33型l1蛋白
CN104076150A (zh) * 2013-03-28 2014-10-01 沈萍萍 一种hpv-e6蛋白的检测方法
US9936943B1 (en) 2014-08-07 2018-04-10 Nicholas MANCINI Suture passing surgical device with atraumatic grasper preventing accidental perforations

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4358535A (en) * 1980-12-08 1982-11-09 Board Of Regents Of The University Of Washington Specific DNA probes in diagnostic microbiology
US4419446A (en) * 1980-12-31 1983-12-06 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Recombinant DNA process utilizing a papilloma virus DNA as a vector
FR2524487B1 (fr) * 1982-04-05 1985-11-22 Pasteur Institut Fragments d'adn codant pour des polypeptides contenant au moins un determinant antigenique des papillomavirus, notamment du type hpv 1a et polypeptides correspondants
US4748109A (en) * 1983-07-01 1988-05-31 Baird Phillip J Assay method and reagent to determine antibodies to papillomavirus virions
US5411857A (en) * 1985-07-31 1995-05-02 Institut Nationale De La Sante Probes for papillomaviruses and an in vitro diagnostic procedure for papilloma infections
CA1276575C (fr) * 1984-11-30 1990-11-20 Sylvie Beaudenon Sondes a papillomavirus et procede de diagnostic in vitro d'infections a papillomavirus
ATE79138T1 (de) * 1985-04-04 1992-08-15 Univ Georgetown Typenspezifische papillomavirus-dns-sequenzen und peptide.
FR2586428B1 (fr) * 1985-08-26 1988-11-25 Pasteur Institut Polypeptides et anticorps, caracteristiques du papillomavirus et leurs applications au diagnostic in vitro, a la prevention et/ou la lutte contre des infections a papillomavirus
ES2039254T3 (es) * 1986-03-21 1995-04-01 Pasteur Institut Secuencias determinadas de adn, derivadas de un genoma de papilomavirus, sus usos con finalidades de diagnostico in vitro y la produccion de composiciones antigenas.
US4849322A (en) * 1986-04-30 1989-07-18 E. I. Du Pont De Nemours And Company Positive-working color proofing film and process
DE3625257A1 (de) * 1986-07-23 1988-02-04 Behringwerke Ag Expressionsprodukte der menschlichen papillomviren typ 16 und 18, fuer diese proteine spezifische antikoerper und diese antikoerper bzw. entsprechende dna enthaltende diagnostika
US4849331A (en) * 1987-06-09 1989-07-18 Life Technologies, Inc. Human papillomavirus 44 nucleic acid hybridization probes and methods for employing the same
US4849334A (en) * 1987-06-09 1989-07-18 Life Technologies, Inc. Human papillomavirus 43 nucleic acid hybridization probes and methods for employing the same
US4849332A (en) * 1987-05-26 1989-07-18 Life Technologies, Inc. Human papillomavirus 35 nucleic acid hybridization probes and methods for employing the same
DE3722967A1 (de) * 1987-07-11 1989-01-19 Behringwerke Ag Monoklonale antikoerper gegen e7-protein des humanen papillomvirus typ 16, verfahren zu ihrer herstellung sowie ihre verwendung
FR2629458B2 (fr) * 1987-07-31 1991-08-09 Ire Celltarg Sa Nouvelles sondes d'acides nucleiques specifiques de differents types de virus de papillome humain
US5182377A (en) * 1988-09-09 1993-01-26 Hoffmann-La Roche Inc. Probes for detection of human papillomavirus
DE3935592A1 (de) * 1989-10-26 1991-05-02 Hella Kg Hueck & Co Verfahren und einrichtung zur regelung der innenraumtemperatur von kraftfahrzeugen
JPH05501650A (ja) * 1989-12-01 1993-04-02 バイシス・インコーポレーテツド Ｈｐｖ転写物の検出
FR2663040B1 (fr) * 1990-06-11 1995-09-15 Bio Merieux Procede de detection d'une sequence nucleotidique selon la technique d'hybridation sandwich.
CA2052413C (en) * 1990-09-28 2004-07-13 Jeffrey L. Joseph Nucleotides sequences useful as type-specific probes, pcr primers and lcr probes for the amplifications and detection of human papilloma virus, and related kits and methods
IT1244462B (it) * 1990-12-06 1994-07-15 Sclavo Spa Oligonucleotidi sintetici utili per la diagnosi di infezione da tipi diversi di virus del gruppo papilloma e loro utilizzazione

Also Published As

Publication number Publication date
ES2039254T3 (es) 1995-04-01
US6242250B1 (en) 2001-06-05
DE3779175D1 (de) 1992-06-25
AU615159B2 (en) 1991-09-26
US6107086A (en) 2000-08-22
DK175314B1 (da) 2004-08-16
US5876723A (en) 1999-03-02
NO303287B1 (no) 1998-06-22
JPS63502798A (ja) 1988-10-20
EP0243221A1 (en) 1987-10-28
JP2633275B2 (ja) 1997-07-23
US6344314B2 (en) 2002-02-05
AU7200787A (en) 1987-10-09
US20010049137A1 (en) 2001-12-06
US7063963B2 (en) 2006-06-20
NO874750L (no) 1987-11-13
EP0243221B1 (en) 1992-05-20
ATE76429T1 (de) 1992-06-15
NO874750D0 (no) 1987-11-13
US20040132012A1 (en) 2004-07-08
GR3005272T3 (fi) 1993-05-24
JPH09117294A (ja) 1997-05-06
JP2735537B2 (ja) 1998-04-02
US5648459A (en) 1997-07-15
KR930007580B1 (ko) 1993-08-13
DK605987A (da) 1987-11-18
US5554538A (en) 1996-09-10
WO1987005630A1 (en) 1987-09-24
FI875082A0 (fi) 1987-11-17
DK605987D0 (da) 1987-11-18
FI875082A (fi) 1987-11-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI100057B (fi) Papillomaviruksen genomista johdettuja DNA-sekvenssejä, niiden käyttö in vitro diagnostisiin tarkoituksiin
Cole et al. Genome organization and nucleotide sequence of human papillomavirus type 33, which is associated with cervical cancer
JP3056502B2 (ja) ヒトパピローマウイルス１６型のｅ７タンパク質上の免疫原性領域
JP2742257B2 (ja) 乳頭腫ウイルスに対するプローブ及び乳頭腫ウイルス感染の検出法
JP5616879B2 (ja) 酵母におけるｈｐｖ５８ｌ１の最適化発現
Fuchs et al. Epidermodysplasia verruciformis-associated human papillomavirus 8: genomic sequence and comparative analysis
JP2677548B2 (ja) １ａ型乳頭腫ウイルスゲノムのＬ１及びＬ２領域由来のＤＮＡ断片
US5665535A (en) Polypeptides encoded by DNA sequences derived from the genome of the papillomavirus HPV39, antibodies thereto, and their use in in vitro diagnosis
JP3207389B2 (ja) 乳頭腫ウィルス及びその診断方法
DK172647B1 (da) Samling af polypeptider og samling af antistoffer, som er karakteristiske for papillomavirus, og diagnostiske metoder, hvor
US5753233A (en) Seroreactive epitopes on proteins of human papilloma-virus (HPV) 18
CA1341329C (en) Determined dna sequences derived from a papilloma virus genome, their uses for in vitro diagnostic purposes and the production of antigenic compositions
EP1140974B1 (en) Neutralizing assay using human papillomavirus virus-like particles
Jochmus et al. Detection of antibodies to the E4 or E7 proteins of human papillomaviruses (HPV) in human sera by Western blot analysis: type-specific reaction of anti-HPV 16 antibodies
Hofmann et al. particles in Saccharomyces cerevisiae

Legal Events

Date Code Title Description
FG Patent granted

Owner name: F. HOFFMANN-LA ROCHE LTD.

MA Patent expired