ES2927050T3 - Anticuerpos específicos de tumor y usos de los mismos - Google Patents
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Abstract
Se proporcionan anticuerpos aislados, y fragmentos y derivados de los mismos, que se unen a antígenos tumorales. También se proporcionan composiciones y agentes de administración que incluyen los anticuerpos descritos y fragmentos y derivados de los mismos; células que producen lo mismo; métodos para producir los mismos; métodos de uso de los mismos para detectar, dirigir y/o tratar tumores y/o células metastásicas derivadas de los mismos y/o células madre tumorales; y métodos para predecir la recurrencia del cáncer en un sujeto. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)
Description
DESCRIPCIÓN
Anticuerpos específicos de tumor y usos de los mismos
CAMPO TÉCNICO
[0001] El objeto descrito en la presente se refiere a anticuerpos aislados, o fragmentos de los mismos, que se unen a antígenos presentes en tumores, y métodos de uso para los mismos tal como se define en las reivindicaciones adjuntas.
[0002] En algunas formas de realización, el tema descrito en la presente se refiere a anticuerpos aislados, o fragmentos de los mismos, que se unen al miembro de la familia de mucina epitelial MUC1, y a métodos para usar el mismo para detectar, apuntar y tratar tumores y células tumorales incluidas, entre otras, células tumorales circulantes (CTC) y células madre cancerosas (CMC).
ANTECEDENTES
[0003] El cáncer de páncreas es la cuarta y quinta causa principal de muerte relacionada con el cáncer para hombres y mujeres, respectivamente, después de los cánceres de pulmón, colon y próstata en hombres y cánceres de pulmón, mama, colon y ovario en mujeres. Los pacientes suelen presentarse con enfermedad avanzada, lo que dificulta el tratamiento. La cirugía es la única terapia curativa, sin embargo, la recurrencia local de la enfermedad con o sin diseminación a órganos distantes ocurre en más del 80% de los pacientes. Los intentos de mejores modalidades terapéuticas son necesarios para mejorar el resultado en esta enfermedad.
[0004] Con frecuencia, la transformación neoplásica conduce a alteraciones en la expresión de varios polipéptidos en las células tumorales. Por ejemplo, ciertas mucinas y formas mutadas de polipéptidos del oncogén K-ras se sobreexpresan en el 90 % de los adenocarcinomas ductales pancreáticos (en lo sucesivo denominados "PDA"), y han sido objetivos de intervenciones terapéuticas. Sin embargo, hasta la fecha, las vacunas que se dirigen a estos polipéptidos no han tenido un éxito clínico particular. Las vacunas no han logrado generar memoria inmunológica a largo plazo, probablemente debido, al menos en parte, a que los tumores se adaptan de manera que les permite escapar del reconocimiento inmunológico y la muerte. Se han probado clínicamente varios agentes que pueden modular la tolerancia inmunológica, pero solo con respuestas modestas, quizás debido a que una cantidad insuficiente de los agentes llega al sitio del tumor y/o porque los agentes mismos se han asociado con efectos secundarios no deseados, como los que pueden resultar de su unión a las células normales.
[0005] Además, es un gran desafío en oncología no solo tratar la enfermedad primaria de un paciente, sino también prevenir la aparición de metástasis. Actualmente se cree que la enfermedad metastásica podría resultar de la migración de células tumorigénicas, frecuentemente denominadas células madre tumorales o células madre cancerosas, desde el sitio del tumor primario a otros sitios, donde pueden infiltrarse en el sitio y formar nuevos tumores (ver p. ej., Bonnet & Dick, 1997; Reya et al., 2001; Al-Hajj et al., 2003; Pardal et al., 2003; Dontu et al., 2004; Singh et al., 2004; Brabletz et al., 2005). Como resultado, sería beneficioso poder identificar y eliminar estas células si estuvieran presentes en un paciente.
[0006] Kirschenbaum et al., Molecular Urology, 1999, vol.3, n° 3, 163 - 167, describe que la expresión de MUC1, medida usando un anticuerpo anit-MUC1, en el carcinoma de próstata se correlaciona con el grado y estadio del tumor. No hay divulgación para usar el anticuerpo TAB-004.
[0007] Por lo tanto, existe la necesidad de nuevas composiciones y métodos que no se practican en el cuerpo humano o animal para detectar, dirigir y tratar tumores y células derivadas de los mismos.
RESUMEN
[0008] Este resumen enumera varias formas de realización del objeto actualmente divulgado y, en muchos casos, enumera variaciones y permutaciones de estas formas de realización. Este resumen es simplemente un ejemplo de las numerosas y variadas formas de realización. La mención de una o más características representativas de una forma de realización dada también es ejemplar. Dicha forma de realización puede existir típicamente con o sin las características mencionadas; asimismo, esas características se pueden aplicar a otras formas de realización del objeto de la presente invención, tanto si se enumeran en este resumen como si no. Para evitar repeticiones excesivas, este resumen no enumera todas las combinaciones posibles de tales características.
[0009] En diversas formas de realización, el objeto descrito en la presente proporciona lo siguiente: anticuerpos aislados, así como fragmentos de los mismos, que se unen específicamente a mucina-1 (MUC1) y/o polipéptidos del oncogén K-ras mutado como se define en la reivindicación 1.
[0010] Ácidos nucleicos aislados que codifican los anticuerpos aislados de la materia presentemente divulgada y/o subsecuencias de los mismos como se define en las reivindicaciones 1 y 18.
[0011] Anticuerpos, tales como anticuerpos monoclonales y/o péptidos, fragmentos de los mismos, que se unen
específicamente a tumores tales como tumores epiteliales, incluidos tumores pancreáticos, tumores de ovario, tumores de mama, tumores colorrectales y lesiones metastásicas derivadas de los mismos.
[0012] Los anticuerpos, así como sus fragmentos, que se unen específicamente a un epítopo presente dentro de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-rasG12D mutado, en algunas formas de realización a un epítopo presente dentro de un polipéptido MUC1 humano. El epítopo está presente en cualquiera de las SEQ ID NO: 1-3.
[0013] Anticuerpos, así como fragmentos de los mismos, que se unen específicamente a MUC1 (en algunas formas de realización, humano MUC1) y K-rasG12D mutado creado utilizando lisados de proteínas de un modelo de ratón que presenta MUC1 y K-rasG12D mutado como antígenos asociados a tumores.
[0014] Moléculas quiméricas que comprenden anticuerpos, así como fragmentos de los mismos, unidos a efectores y/o agentes inmunomoduladores, donde los anticuerpos, o sus fragmentos, se unen específicamente a epítopos presentes dentro de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido de K-ras mutado. En algunas formas de realización, los efectores se seleccionan del grupo que consiste en etiquetas de epítopo, segundos anticuerpos (o fragmentos de los mismos), etiquetas, citotoxinas, liposomas, radionúclidos, fármacos, profármacos y quelatos, y además en los que el agente inmunomodulador se selecciona de, por ejemplo, los agentes enumerados en la Tabla 3.
[0015] Anticuerpos, así como fragmentos de los mismos, acoplados a un agente inmunomodulador; por ejemplo, los agentes inmunomoduladores enumerados en la Tabla 3.
[0016] Anticuerpos, así como fragmentos de los mismos, acoplados a agentes de diagnóstico.
[0017] Anticuerpos, así como fragmentos de los mismos, preparados en composiciones que comprenden uno o más vehículos y/o excipientes farmacéuticamente aceptables.
[0018] Los métodos para inducir respuestas inmunitarias se describen, pero no se reivindican per se, que en algunas formas de realización comprenden introducir los anticuerpos, fragmentos y/o derivados de los mismos, y/o las composiciones descritas en el presente documento, en un sujeto tal como, entre otros, a un humano.
[0019] Métodos para detectar células cancerosas, que comprenden introducir en un sujeto tal como, entre otros, un anticuerpo humano, o un fragmento del mismo, acoplado a un marcador detectable que se une específicamente a un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, como se define en la reivindicación 11.
[0020] Células de hibridoma que producen los anticuerpos, fragmentos y/o derivados del objeto de la presente descripción, tales como, entre otros, anticuerpos monoclonales que se unen específicamente a un polipéptido MUC1, un polipéptido K-rasG12D mutado, o ambos.
[0021] Vacunas contra cánceres epiteliales que comprenden los anticuerpos y/o fragmentos de la materia presentemente descrita y uno o más vehículos y/o excipientes farmacéuticamente aceptados, que opcionalmente comprenden además uno o más agentes inmunomoduladores.
[0022] Más particularmente, el objeto descrito en la presente proporciona anticuerpos aislados, o fragmentos de los mismos, que comprenden las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004 como se define en la reivindicación 1. En algunas formas de realización, los anticuerpos aislados, o los fragmentos de los mismos, son policlonales. En algunas formas de realización, los anticuerpos aislados, o sus fragmentos, son monoclonales. En algunas formas de realización, los anticuerpos aislados, o sus fragmentos, son humanos o humanizados. En algunas formas de realización, los anticuerpos aislados, o sus fragmentos, se seleccionan del grupo que consiste en (a) un anticuerpo monoclonal producido por la línea celular de hibridoma TAB-004 depositada en la Colección Americana de Cultivos Tipo (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110-2209, EE. UU., como número de acceso PTA-11550 el 16 de diciembre de 2010; (b) anticuerpos quiméricos, o fragmentos de los mismos; (c) anticuerpos humanizados, o fragmentos de los mismos; (d) anticuerpos humanos, o fragmentos de los mismos; (e) anticuerpos de cadena sencilla, o fragmentos de los mismos; y (f) fragmentos Fab, en los que los anticuerpos quiméricos, los anticuerpos humanizados, los anticuerpos humanos, los anticuerpos monocatenarios o los fragmentos Fab comprenden las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización de los anticuerpos aislados, o sus fragmentos, las CDR comprenden una o más de las siguientes: (i) la CDR1 de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 8; (ii) la cadena pesada CDR2 comprende SEQ ID NO: 9; (iii) la cadena pesada CDR3 comprende SEQ ID NO: 10; (iv) la cadena ligera CDR1 comprende SEQ ID NO: 11; (v) la cadena ligera CDR2 comprende SeQ ID NO: 12; y (vi) CDR3 de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 13. En algunas formas de realización de los anticuerpos aislados, o sus fragmentos, la región variable de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 5 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y/o la región variable de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 7 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
[0023] El objeto descrito en la presente también proporciona composiciones que comprenden los anticuerpos descritos en la presente, o los fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1, y uno más vehículos y/o excipientes farmacéuticamente aceptables. En algunas formas de realización, uno o más vehículos y/o excipientes farmacéuticamente
aceptables son aceptables para su uso en un ser humano.
[0024] El objeto descrito en la presente también proporciona composiciones que comprenden los anticuerpos descritos en la presente, o los fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1, conjugados con un agente activo. En algunas formas de realización, el agente activo se selecciona del grupo que consiste en una molécula radiactiva, un radionúclido, una molécula sensibilizadora, un reactivo de formación de imágenes, un radioisótopo, una toxina, una citotoxina, un agente antiangiogénico, un agente antitumoral, un agente quimioterapéutico, un inmunomodulador, una citocina, un grupo indicador y combinaciones de los mismos. En algunas formas de realización, el radioisótopo se selecciona del grupo que consiste en 10B, 211At, 212Pb, 212Bi, 125I, 131I, 35S y 3H. En algunas formas de realización, el inmunomodulador se selecciona del grupo que consiste en un inhibidor de indolamina 2,3-dioxigenasa (IDO), opcionalmente, 1-metil-DL-triptófano (1MT); un antagonista del receptor EP2/EP4; un inhibidor de ciclooxigenasa, opcionalmente indometacina; y un activador de células dendríticas, opcionalmente oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN).
[0025] El objeto actualmente divulgado también proporciona kits que comprenden los anticuerpos actualmente divulgados, o los fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1. En algunas formas de realización, los kits actualmente divulgados comprenden instrucciones para uso de los anticuerpos descritos en la presente, o fragmentos de los mismos.
[0026] El objeto de la presente invención también proporciona vehículos de suministro para su uso en el suministro dirigido de agentes activos a las células tumorales. Los vehículos de administración comprenden uno o más agentes de direccionamiento que comprenden los anticuerpos divulgados actualmente, o los fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1. En algunas formas de realización, el agente activo comprende una molécula radiactiva, un radionúclido, una molécula sensibilizadora, un reactivo de formación de imágenes, un radioisótopo, una toxina, una citotoxina, un agente antiangiogénico, un agente antitumoral, un agente quimioterapéutico, un inmunomodulador, una citocina, un grupo indicador o una combinación de los mismos.
[0027] El objeto actualmente divulgado también proporciona células aisladas que producen los anticuerpos actualmente divulgados, o los fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1. En algunas formas de realización, la célula aislada es un hibridoma que produce los anticuerpos actualmente divulgados. En algunas formas de realización, el hibridoma es una línea celular de hibridoma con el número de acceso ATCC PTA-11550 depositado en la American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110-2209, EE. UU., el 16 de diciembre de 2010 bajo los términos del Tratado de Budapest.
[0028] El objeto descrito en la presente también proporciona métodos para detectar la presencia de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado en una muestra biológica, como se define en la reivindicación 9. El método comprende: poner en contacto la muestra biológica con uno o anticuerpos aislados descritos más actualmente, o fragmentos de los mismos como se define en la reivindicación 1; y detectar la presencia de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado al que se une el anticuerpo monoclonal TAB-004 en la muestra biológica. En algunas formas de realización, los anticuerpos aislados, o sus fragmentos como se define en la reivindicación 1, se unen a un epítopo que está presente dentro de un polipéptido de mucina (MUC1) y/o un epítopo que está presente dentro de un polipéptido K-ras, opcionalmente un polipéptido K-ras mutante.
[0029] El objeto de la presente divulgación también proporciona métodos para producir un anticuerpo o un fragmento del mismo como se define en la reivindicación 1. El método comprende cultivar una célula aislada del objeto de la presente divulgación o un hibridoma del objeto de la presente divulgación en condiciones tales que se exprese dicho anticuerpo, o el fragmento del mismo; y recuperar el anticuerpo o el fragmento o derivado del mismo de la célula o el hibridoma y/o del entorno en el que crece la célula o el hibridoma.
[0030] El objeto descrito en la presente también proporciona métodos in vitro para detectar un tumor y/o una célula cancerosa en un sujeto como se define en la reivindicación 11. Los métodos comprenden poner en contacto una muestra biológica aislada del sujeto con una composición que comprende un anticuerpo divulgado actualmente, o un fragmento del mismo, en condiciones suficientes para que el anticuerpo divulgado actualmente, o su fragmento, se una a un epítopo presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica; y detectar la unión del anticuerpo actualmente descrito, o su fragmento, al epítopo, en el que la detección es indicativa de la presencia de un tumor y/o una célula cancerosa en el sujeto, como se define en la reivindicación 11. En algunas formas de realización, el tumor y/o la célula cancerosa es un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que opcionalmente expresa MUC1, un K-ras mutante o ambos. En algunas formas de realización, el anticuerpo divulgado actualmente, o el fragmento o derivado del mismo, se conjuga con un marcador detectable que comprende un agente de formación de imágenes, que en algunas formas de realización se selecciona del grupo que consiste en iones paramagnéticos, radiactivos y fluorogénicos. En algunas formas de realización, el agente radiactivo de formación de imágenes se selecciona del grupo que consiste en emisores gamma, emisores de positrones y emisores de rayos X. En algunas formas de realización, el agente radiactivo de formación de imágenes se selecciona del grupo que consta de 43K, 52Fe, 57Co, 67Cu, 67Ga, 68Ga, 77Br, 81Rb/ 81MKr, 87MSr, 99mTc, 111In, 113In, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 131I, 132I, 197Hg, 203Pb y 206Bi. En algunas formas de realización, la muestra biológica es una muestra de sangre o una fracción derivada de la misma.
[0031] El objeto descrito en la presente también proporciona una composición para usar en un método para tratar un tumor en un sujeto como se define en la reivindicación 12. En algunas formas de realización, la composición para usar comprende administrar al sujeto una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo como se define en la reivindicación 1, conjugado con un agente activo, por lo que el agente activo entra en contacto con el tumor para tratarlo de ese modo, como se define en la reivindicación 12. En algunas formas de realización, el agente activo comprende un agente terapéutico, opcionalmente un agente quimioterapéutico, una toxina, un agente radioterapéutico o una combinación de los mismos. En algunas formas de realización, el agente quimioterapéutico se selecciona del grupo que consiste en un fármaco antitumoral, una citocina, un antimetabolito, un agente alquilante, una hormona, metotrexato, doxorrubicina, daunorrubicina, arabinósido de citosina, etopósido, 5-fluorouracilo, melfalán, clorambucilo, mostaza nitrogenada, ciclofosfamida, cis-platino, vindesina, alcaloides de la vinca, mitomicina, bleomicina, purotionina, macromomicina, derivados de 1,4-benzoquinona, trenimon, esteroides, aminopterina, antraciclinas, demecolcina, etopósido, mitramicina, doxorrubicina, daunomicina, vinblastina, neocarzinostatina, macromicina, a-amanitina y combinaciones de los mismos. En algunas formas de realización, la toxina se selecciona del grupo que consiste en veneno de víbora de Russell, factor IX activado, factor X activado, trombina, fosfolipasa C, factor de veneno de cobra, ricina, cadena A de ricina, exotoxina de Pseudomonas, toxina diftérica, ribonucleasa pancreática bovina, proteína antiviral de hierba carmín, abrina, cadena A de abrina, gelonina, saporina, modecina, viscumina, volkensina y combinaciones de los mismos. En algunas formas de realización, el agente radioterapéutico se selecciona del grupo que consiste en 47Sc, 67Cu, 90Y, 109Pd, 123I, 125I, 131I, 186Re, 188Re, 199Au, 211At, 212Pb, 212Bi, 32P, 33P, 71Ge, 77As, 103Pb, 105Rh, 111Ag, 119Sb, 121Sn, 131Cs, 143Pr, 161Tb, 177Lu, 191Os, 193MPt y 197Hg.
[0032] El objeto descrito en la presente también proporciona un anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo, para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente en un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende las regiones determinantes de complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004 para usar en un método para suprimir el crecimiento tumoral en un sujeto, que comprende administrar a un sujeto que tiene un tumor una cantidad eficaz de un anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo, que comprende las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004, como se define en la reivindicación 13. En algunas formas de realización, el tumor es un tumor del páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada de los mismos, que opcionalmente expresa MUC1, un K-ras mutante o ambos. En algunas formas de realización, las CDR de TAB-004 comprenden uno o más de los siguientes: CDR1 de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 8; la cadena pesada CDR2 comprende SEQ ID NO: 9; la cadena pesada CDR3 comprende SEQ ID NO: 10; la cadena ligera CDR1 comprende SEQ ID NO: 11; la cadena ligera CDR2 comprende SEQ ID NO: 12; y/o CDR3 de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 13. En algunas formas de realización, la región variable de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 5 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4, y/o la variable de cadena ligera la región comprende SEQ ID NO: 7 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
[0033] Con respecto al anticuerpo, o fragmento del mismo para uso en los métodos de tratamiento descritos en el presente documento, en algunas formas de realización los métodos comprenden además administrar al sujeto uno o más tratamientos antitumorales adicionales. En algunas formas de realización, uno o más tratamientos antitumorales adicionales se seleccionan del grupo que consiste en radioterapia, quimioterapia, una inmunoterapia adicional, una terapia antiinflamatoria y combinaciones de los mismos. En algunas formas de realización, la terapia antiinflamatoria comprende administrar al sujeto un inhibidor de ciclooxigenasa, opcionalmente un inhibidor específico de ciclooxigenasa-2. Una o más terapias antitumorales adicionales comprenden la administración de gemcitabina (4-amino-1-(2-desoxi-2,2-difluorop-D-eritro-pentofuranosil)pirimidin-2(1 H)-on-2',2'-difluoro-2'-desoxicitidina) y celecoxib (4-[5-(4-metilfenil)-3-(trifluorometil)pirazol-1-il]bencenosulfonamida), o sales farmacéuticamente aceptables de uno o ambos, al sujeto.
[0034] El objeto descrito en la presente también proporciona métodos para purificar células madre cancerosas como se define en la reivindicación 15. El método comprende proporcionar una población de células que se sospecha que comprende células madre cancerosas; identificar una subpoblación de células que se unen a un anticuerpo, o un fragmento del mismo, que comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004; y purificar la subpoblación. En algunas formas de realización, la población de células comprende células circulantes aisladas de un sujeto que tiene un tumor y/o un cáncer, como se define en la reivindicación 15. En algunas formas de realización, los métodos descritos en la presente comprenden además la eliminación de células de linaje positivo (lin+) de la población de células antes del paso de identificación y/o después del paso de purificación.
[0035] El objeto descrito en la presente también proporciona una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente en un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido Kras mutado, que comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 y un agente activo, para usar en un método para dirigir agentes activos a células madre cancerosas circulantes en sujetos, como se define en la reivindicación 16, que comprende poner en contacto las células madre cancerosas circulantes con una composición que comprende un anticuerpo divulgado actualmente, o un fragmento del mismo, que comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 y uno o más agentes activos, en el que opcionalmente uno o más agentes activos comprenden un agente terapéutico, opcionalmente un agente quimioterapéutico, una toxina, un agente radioterapéutico o una combinación de los mismos, tal como se define en reivindicación 16. En algunas formas de realización, el agente terapéutico comprende un inmunomodulador, en el que opcionalmente el inmunomodulador se selecciona del grupo p que consiste en donde el inmunomodulador se selecciona del grupo que consiste en un inhibidor de indolamina 2,3-dioxigenasa (IDO), opcionalmente, 1-metil-DL-triptófano (1MT); un antagonista del receptor EP2/EP4; y un activador de
células dendríticas, opcionalmente oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN).
[0036] El objeto descrito en la presente también proporciona un método in vitro para pronosticar la recurrencia del cáncer en un sujeto previamente tratado por el cáncer, como se define en la reivindicación 17, que comprende poner en contacto una muestra biológica que comprende células circulantes de un sujeto con cáncer con los anticuerpos actualmente descritos, o sus fragmentos, en condiciones suficientes para que los anticuerpos, o sus fragmentos, se unan a un epítopo presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica; e identificar en la muestra biológica una o más células circulantes que se unen al anticuerpo, o al fragmento del mismo, por lo que se pronostica la recurrencia de un cáncer en el sujeto, como se define en la reivindicación 17. En algunas formas de realización, la muestra biológica comprende una muestra de sangre, una muestra de linfa, o una fracción de la misma. En algunas formas de realización, el cáncer es un cáncer de páncreas o un cáncer de mama. En algunas formas de realización, los anticuerpos, o los fragmentos de los mismos, se seleccionan del grupo que consiste en anticuerpos monoclonales producidos por la línea celular de hibridoma TAB-004 depositada en la American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110-2209, EE. UU., el 16 de diciembre de 2010 bajo los términos del Tratado de Budapest, como Número de Acceso PTA-11550; anticuerpos quiméricos, o fragmentos de los mismos; anticuerpos humanizados, o fragmentos de los mismos; anticuerpos humanos, o fragmentos de los mismos; anticuerpos de cadena sencilla, o fragmentos de los mismos; y fragmentos Fab, y además en los que los anticuerpos quiméricos, los anticuerpos humanizados, los anticuerpos humanos, los anticuerpos monocatenarios o los fragmentos Fab comprenden las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización, las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 comprenden las siguientes secuencias de aminoácidos: la cadena pesada CDR1 comprende SEQ ID NO: 8; la cadena pesada CDR2 comprende SEQ ID NO: 9; la cadena pesada CDR3 comprende SEQ ID n O: 10; la cadena ligera CDR1 comprende SEQ ID NO: 11; la cadena ligera CDR2 comprende SEQ ID NO: 12; y la cadena ligera CDR3 comprende SEQ ID NO: 13. En algunas formas de realización, la región variable de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 5 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y/o la región variable de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 7 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
[0037] La materia presentemente desvelada también proporciona un método in vitro para pronosticar la progresión de un cáncer en un sujeto, como se define en la reivindicación 17, que comprende poner en contacto una muestra biológica que comprende células circulantes de un sujeto con un cáncer con un anticuerpo, o un fragmento del mismo, de la materia presentemente descrita en condiciones suficientes para el anticuerpo, o el fragmento del mismo, para unirse a un epítopo presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica; e identificar en la muestra biológica una o más células circulantes que se unen al anticuerpo, o al fragmento del mismo, por lo que se pronostica la progresión de un cáncer en el sujeto, como se define en la reivindicación 17. En algunas formas de realización, la muestra biológica comprende una muestra de sangre, una muestra de linfa, o una fracción de la misma. En algunas formas de realización, el cáncer es un cáncer de páncreas o un cáncer de mama. En algunas formas de realización, el anticuerpo, o el fragmento del mismo, se selecciona del grupo que consiste en un anticuerpo monoclonal producido por la línea celular de hibridoma TAB-004 depositada en la American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110 -2209, EE. UU., el 16 de diciembre de 2010 bajo los términos del Tratado de Budapest como Número de Adhesión PTA-11550 el 16 de diciembre de 2010; un anticuerpo quimérico, o un fragmento del mismo; un anticuerpo humanizado, o un fragmento del mismo; un anticuerpo humano, o un fragmento del mismo; un anticuerpo de cadena sencilla, o un fragmento del mismo; y un fragmento Fab, y además donde el anticuerpo quimérico, el anticuerpo humanizado, el anticuerpo humano, el anticuerpo monocatenario o el fragmento Fab comprende las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización, las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 comprenden las siguientes secuencias de aminoácidos: la cadena pesada CDR1 comprende SEQ ID NO: 8; la cadena pesada CDR2 comprende SEQ ID NO: 9; la cadena pesada CDR3 comprende SEQ ID n O: 10; la cadena ligera CDR1 comprende SEQ ID NO: 11; la cadena ligera CDR2 comprende SEQ ID NO: 12; y la CDR3 de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 13. En algunas formas de realización, la región variable de cadena pesada comprende SEQ ID NO: 5 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y/o la región variable de cadena ligera comprende SEQ ID NO: 7 o está codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6. En algunas formas de realización, la progresión del cáncer comprende la metástasis del cáncer en el sujeto.
[0038] El objeto descrito en la presente también proporciona moléculas de ácido nucleico aisladas que comprenden cualquiera de las SEQ ID ID NO: 4 y 6, y/o que codifican cualquiera de las SEQ ID NO: 5 y 7, como se define en la reivindicación 18. Descrito y no reivindicado per se son SEQ ID ID NO: 8-13. En algunas formas de realización, la molécula de ácido nucleico aislada está presente dentro de un vector, que en algunas formas de realización es un vector de expresión. En algunas formas de realización, la molécula de ácido nucleico aislada está presente dentro de un vector de expresión unido operativamente a una o más secuencias de nucleótidos adicionales que codifican subsecuencias de moléculas de anticuerpo de tal manera que tras la introducción del vector de expresión en un huésped apropiado, un anticuerpo recombinante intacto que comprende uno o más de SEQ ID NO: 5 y 7, o un fragmento del mismo, es expresado por la célula huésped.
[0039] Por lo tanto, es un objeto de la materia actualmente desvelada proporcionar anticuerpos aislados, y fragmentos de los mismos, que se unen a antígenos presentes en tumores, como se define en la reivindicación 1.
[0040] Un objeto de la materia actualmente desvelada que tiene como se ha indicado anteriormente, y que se logra en su totalidad o en parte mediante las composiciones y métodos descritos en este documento, otros objetos se harán evidentes a medida que avanza la descripción cuando se toman en relación con las Figuras adjuntas como se describe mejor a continuación.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
[0041]
Las Figuras 1A y 1B son una serie de microfotografías que representan la unión específica de un anticuerpo ejemplar del objeto de la presente invención a tumores pancreáticos humanos y de ratón. La tinción oscura en los paneles es indicativa de la unión positiva del anticuerpo ejemplar a las células presentes en la muestra. La Figura 1A es una serie de fotomicrografías que representan la unión del anticuerpo ejemplar a tumores humanos en las Etapas 0 (tejido pancreático normal como control negativo) y 2-4.
La Figura 1B es una serie de fotomicrografías que representan la unión de un anticuerpo ejemplar del sujeto actualmente divulgado a tumores espontáneos presentes en el páncreas de ratones transgénicos de 6, 16, 26 y 34 semanas de edad que portaban un transgén MUC1 humano y una mutación K-rasG12D.
Las Figuras 2A-2C son una serie de fotomicrografías que representan la unión específica de un anticuerpo ejemplar del objeto de la presente invención al tejido tumoral de mama humano (Figuras 2A y 2B) pero no al tejido mamario normal adyacente (Figura 2C).
La Figura 3 es un esquema (panel superior izquierdo) que muestra un enfoque para crear una línea de ratón transgénico triple que expresa la recombinasa Cre en todo el páncreas, un polipéptido del oncogén K-ras mutado y un polipéptido MUC1 humano. Este ratón desarrolla adenocarcinoma pancreático, cuyas células se usaron para generar la línea celular tumoral primaria KCM (panel inferior). La línea celular KCM se usó para probar la unión de un anticuerpo ejemplar de la materia presentemente divulgada (indicado en la Figura como "TAB" y en la presente descripción como "TAB-004") solo o conjugado con oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN). Se determinó que tanto anticuerpos conjugados como no conjugados unidos a la línea celular pancreática KCM con igual afinidad (panel superior derecho).
Las Figuras 4A y 4B son gráficos que muestran que un anticuerpo ejemplar del objeto de la presente invención (TAB-004) mejoró la citotoxicidad de las células asesinas naturales (NK) para destruir las células tumorales diana. La conjugación del anticuerpo con CpG ODN potenció aún más este efecto, demostrando así que el ejemplo de anticuerpo era capaz de potenciar una respuesta inmunitaria antitumoral in vivo.
La Figura 4A es un gráfico de líneas que muestra que el anticuerpo TAB-004 de ejemplo mejoró la lisis específica de las células tumorales KCM en varias proporciones efectoras (células NK) a diana (proporción E:T) en relación con un control negativo (menos el anticuerpo TAB-004).
La Figura 4B es un gráfico de barras que muestra que la conjugación del anticuerpo TAB-004 ejemplar con CpG ODN mejoró aún más la lisis específica de las células tumorales en varias proporciones E:T con respecto al anticuerpo no conjugado.
Las Figuras 5A y 5B ilustran los resultados de los experimentos diseñados para probar la capacidad de un anticuerpo ejemplar del objeto de la presente invención (TAB-004), y sus conjugados, para reducir el volumen tumoral de un tumor KCM establecido en ratones de MUC1 transgénicos (MUC1 Tg).
La Figura 5A es un gráfico lineal que muestra los volúmenes tumorales medidos (en mm medidos con calibradores digitales) en ratones tratados con solución salina tamponada con fosfato (PBS) sola (control negativo; cuadrados rellenos), ODN CpG solo (X), el TAB-004 no conjugado (círculos abiertos) o el conjugado TAB-004-CpG ODN (círculos rellenos).
La Figura 5B es un gráfico de barras que muestra los cambios en los volúmenes tumorales en ratones a los 19 y 27 días después de que se administrara el tratamiento final. Cabe destacar la observación de que a los 19 y 27 días después del tratamiento, los volúmenes tumorales en los ratones tratados con TAB-004-CpG ODN no habían aumentado en comparación con los ratones de control (es decir, PBS solo, CpG ODN solo o TAB-004 solo). *: p < 0,5. PBS solo (control negativo; barras blancas); CpG ODN solo (barras rayadas); anticuerpo TAB-004 no conjugado (barras negras); Conjugado TAB-004-CpG ODN (barras rayadas).
La Figura 6 es una representación esquemática de ejemplos de composiciones del objeto de la presente invención y ejemplos de usos de los mismos. ADCC - citotoxicidad mediada por células dependiente de anticuerpos; CDC - citotoxicidad dependiente del complemento; ADEPT: terapia con profármacos enzimáticos dirigidos por anticuerpos.
Las Figuras 7A y 7B son histogramas de separaciones de clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) de células CD133 (Figura 7A) versus CD24+/CD44+/EpCAM+ (Figura 7B) y la medida en que el anticuerpo TAB-004 descrito en este documento se une a estas poblaciones. El trazo de la izquierda en cada panel corresponde a la clasificación con un anticuerpo de control negativo y el trazo de la derecha en cada panel corresponde a la clasificación con el anticuerpo TAB-004.
Las Figuras 8A-8D son diagramas de dispersión FACS que muestran la unión del anticuerpo TAB-004 a un tumor pancreático ("Tumor 1") y tejido normal adyacente ("Normal") utilizando el anticuerpo TAB-004 y un anticuerpo dirigido contra el receptor 4 de quimiocinas CXC. (CXCR4). MUC1: anticuerpo TAB-004; CXCR4: anticuerpo anti-CXCR4; FL1-H: Tinción fluorescente 1 altura (Flourescein-FITC); FL2-H: Tinción fluorescente 2 altura (Ficoeritrina-PE); SSC-H: altura de dispersión lateral; FSC-H: altura de dispersión frontal; FL4-H: Tinción fluorescente 4 - altura (Aloficocianina-APC).
La Figura 8A es un diagrama de dispersión que muestra las distribuciones de células en ausencia de cualquiera de los anticuerpos. La Figura 8B es un diagrama de dispersión que muestra las distribuciones de células teñidas con un control de isotipo. La Figura 8C es una serie de diagramas de dispersión que muestran las distribuciones de células en tejido normal teñido con el anticuerpo TAB-004 frente a un anticuerpo CXCR4. La Figura 8D es una serie de diagramas de dispersión que muestran las distribuciones de células en tejido de adenocarcinoma pancreático teñido con el anticuerpo TAB-004 frente a un anticuerpo CXCR4
Las Figuras 9A-9C son una serie de gráficos FACS que muestran que el anticuerpo TAB-004 del objeto de la presente invención es superior a un anticuerpo EpCAM estándar para detectar células tumorales circulantes en pacientes con cáncer de páncreas. Células sin teñir (la mayoría de las líneas negras a la izquierda); células teñidas con EpCAM-PE (0,1 mg/ml) (líneas grises oscuras); células teñidas con TAB-004-PE (0,1 mg/ml) (líneas negras más a la derecha); TAB-004-PE (0,02 mg/ml) células teñidas (líneas de color gris claro); células teñidas con TAB-004-PE (0,004 mg/ml) (líneas grises medias). "-PE" indica que los anticuerpos se marcaron con ficoeritrina con fines de clasificación.
En la Figura 9A, el anticuerpo TAB-004-PE detectó células de la línea celular de cáncer de páncreas PANC1. En las Figuras 9B y 9C, las células tumorales circulantes presentes en la sangre de dos pacientes (paciente número 1 y paciente número 2, respectivamente) fueron detectadas por el anticuerpo TAB-004-PE (ver la línea negra más a la derecha en la Figura 9B y la derecha la mayoría de las líneas negras y grises claras en la Figura 9C), pero no el anticuerpo EpCAM-PE (ver las líneas grises claras en las Figuras 9B y 9C) que está actualmente en uso.
La Figura 10 es un gráfico de barras de una comparación del rendimiento de un anticuerpo específico para el antígeno CA 15-3 con TAB-004 en un inmunoensayo enzimático (EIA) para detectar células cancerosas en plasma. Recuadros blancos: anticuerpo TAB-004. Cajas negras: CA15-3. Línea discontinua: TAB-004 corte normal; línea punteada: CA 15-3 corte normal.
La Figura 11 es un gráfico de barras de una comparación del rendimiento de TAB-004 en un inmunoensayo enzimático (EIA) para detectar niveles de MUC1 desprendido en plasma de pacientes pancreáticos en función del estadio en comparación con un EIA basado en CA15-3. Recuadros blancos: anticuerpo TAB-004. Cajas negras: CA15-3.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LA LISTA DE SECUENCIAS
[0042] SEQ ID NO: 1 es una secuencia de aminoácidos de un producto del gen MUC1 humano. Corresponde a GENBANK® Número de acceso AAA60019.
[0043] SEQ ID NO: 2 es una secuencia de aminoácidos de un producto del oncogén K-ras humano. Corresponde a GENBANK® N2 de Acceso NP_004976.
[0044] La SEQ ID NO: 3 es una secuencia de aminoácidos de un péptido al que se puede unir el anticuerpo TAB-004 descrito en el presente documento en un ensayo ELISA. El péptido incluye así un epítopo al que se une específicamente el anticuerpo TAB-004.
[0045] Las SEQ ID NO: 4 y 5 son las secuencias de nucleótidos y de aminoácidos codificadas, respectivamente, de la cadena pesada del anticuerpo TAB-004 descrito en el presente documento.
[0046] Las SEQ ID NO: 6 y 7 son las secuencias de nucleótidos y de aminoácidos codificadas, respectivamente, de la cadena ligera del anticuerpo TAB-004 descrito en el presente documento.
[0047] Las SEQ ID NO: 8-10 son las secuencias de aminoácidos de CDR1, CDR2 y CDR3, respectivamente, de la cadena pesada del anticuerpo TAB-004 descrito en el presente documento.
[0048] Las SEQ ID NO: 11-13 son las secuencias de aminoácidos de CDR1, CDR2 y CDR3, respectivamente, de la cadena ligera del anticuerpo TAB-004 descrito en el presente documento.
DESCRIPCIÓN DETALLADA
[0049] El objeto de la presente invención se describirá ahora con más detalle en lo sucesivo con referencia a las Figuras y EJEMPLOS adjuntos, en los que se muestran formas de realización representativas del objeto de la presente invención. Sin embargo, el objeto de la presente descripción puede incorporarse de diferentes formas y no debe interpretarse como limitado a las formas de realización expuestas en el presente documento. Por el contrario, estas formas de realización se proporcionan para que esta descripción sea exhaustiva y completa, y transmita completamente el alcance del tema actualmente divulgado a los expertos en la técnica.
I. Definiciones
[0050] La terminología utilizada en el presente documento tiene el propósito de describir formas de realización particulares solamente y no pretende ser una limitación del objeto de la presente descripción.
[0051] Aunque se cree que los siguientes términos son bien entendidos por un experto normal en la técnica, las siguientes definiciones se exponen para facilitar la explicación del tema descrito en la presente.
[0052] Todos los términos técnicos y científicos utilizados en el presente documento, a menos que se defina lo contrario a continuación, pretenden tener el mismo significado que el entendido comúnmente por un experto en la materia. Las referencias a las técnicas empleadas en el presente documento pretenden referirse a las técnicas tal como se entienden comúnmente en la técnica, incluidas las variaciones de esas técnicas o las sustituciones de técnicas equivalentes que serían evidentes para un experto en la técnica. Si bien se cree que los siguientes términos serán bien entendidos por un experto en la materia, las siguientes definiciones se establecen para facilitar la explicación del objeto descrito en la presente.
[0053] Al describir el objeto de la presente invención, se entenderá que se describen varias técnicas y etapas. Cada uno de estos tiene un beneficio individual y cada uno también puede usarse junto con una o más, o en algunos casos todas, de las otras técnicas descritas.
[0054] Por consiguiente, en aras de la claridad, esta descripción se abstendrá de repetir todas las combinaciones posibles de los pasos individuales de manera innecesaria. Sin embargo, la memoria descriptiva y las reivindicaciones deben leerse con el entendimiento de que tales combinaciones están completamente dentro del alcance del objeto actualmente divulgado y reivindicado.
[0055] Siguiendo la convención tradicional en el derecho de patentes, los términos “un”, “una”, “el” y “ella” se refieren a "uno o más" cuando se usan en esta solicitud, incluidas las reivindicaciones. Por ejemplo, la frase "un anticuerpo" se refiere a uno o más anticuerpos, incluida una pluralidad del mismo anticuerpo. De manera similar, la frase "al menos uno", cuando se emplea aquí para referirse a una entidad, se refiere, por ejemplo, a 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100 o más de esa entidad, incluidos, entre otros, valores de números enteros entre 1 y 100 y mayores de 100.
[0056] A menos que se indique lo contrario, todos los números que expresan cantidades de los ingredientes, las condiciones de reacción, etc. utilizados en la memoria descriptiva y las reivindicaciones deben entenderse modificados en todos los casos por el término "aproximadamente". El término "alrededor de", tal como se usa en el presente documento cuando se refiere a un valor medible como una cantidad de masa, peso, tiempo, volumen, concentración o porcentaje, pretende abarcar variaciones de en algunas formas de realización ± 20 %, en algunas formas de realización ± 10 %, en algunas formas de realización ± 5 %, en algunas formas de realización ± 1 %, en algunas formas de realización ± 0,5 % y en algunas formas de realización ± 0,1 % de la cantidad especificada, ya que tales variaciones son apropiadas para realizar los métodos descritos y/o emplear las composiciones descritas. En consecuencia, a menos que se indique lo contrario, los parámetros numéricos establecidos en esta memoria descriptiva y las reivindicaciones adjuntas son aproximaciones que pueden variar dependiendo de las propiedades deseadas que se pretende obtener con el objeto de la presente descripción.
[0057] Como se usa en el presente documento, el término "y/o" cuando se usa en el contexto de una lista de entidades, se refiere a las entidades que están presentes individualmente o en combinación. Así, por ejemplo, la frase "A, B, C y/o D" incluye A, B, C y D individualmente, pero también incluye todas y cada una de las combinaciones y subcombinaciones de A, B, C y D.
[0058] El término "que comprende", que es sinónimo de "incluido", "que contiene" o "caracterizado por", es inclusivo o abierto y no excluye elementos adicionales no enumerados y/o pasos del método. "Que comprende" es un término de la técnica que significa que los elementos y/o pasos mencionados están presentes, pero que se pueden agregar otros elementos y/o pasos y aún así estar dentro del alcance de la materia relevante.
[0059] Como se usa en el presente documento, la frase "que consiste en" excluye cualquier elemento, paso o ingrediente que no se mencione específicamente. Cabe señalar que, cuando la frase "consiste en" aparece en una cláusula del cuerpo de una reclamación, en lugar de seguir inmediatamente al preámbulo, limita únicamente el elemento establecido en esa cláusula; otros elementos no están excluidos de la reivindicación en su conjunto.
[0060] Como se usa en el presente documento, la frase "que consiste esencialmente en" limita el alcance de la divulgación o reivindicación relacionada a los materiales y/o pasos especificados, además de aquellos que no afectan materialmente las características básicas y novedosas de la divulgación y/o objeto reivindicado. Por ejemplo, una composición farmacéutica puede "consistir esencialmente en" un agente farmacéuticamente activo o una pluralidad de agentes farmacéuticamente activos, lo que significa que el(los) agente(s) farmacéuticamente activo(s) mencionado(s) es(son) el(los) único(s) agente(s) farmacéuticamente activo(s) presente(s) en la composición farmacéutica. Se observa, sin embargo, que los vehículos, excipientes y/u otros agentes inactivos pueden y probablemente estarían presentes en dicha composición farmacéutica.
[0061] Con respecto a los términos "que comprende", "que consiste en" y "que consiste esencialmente en", donde uno de estos tres términos se usa en este documento, el objeto actualmente divulgado y reivindicado puede incluir el uso de cualquiera de los otros dos términos. Por ejemplo, en algunas formas de realización, el objeto de la presente descripción
se refiere a composiciones que comprenden anticuerpos. Sería entendido por un experto en la técnica después de la revisión de la presente descripción que la materia presentemente desvelada abarca composiciones que consisten esencialmente en los anticuerpos de la materia presentemente desvelada, así como composiciones que consisten en los anticuerpos de el tema actualmente divulgado.
[0062] El término "sujeto" como se usa en el presente documento se refiere a un miembro de cualquier especie de invertebrado o vertebrado. En consecuencia, el término "sujeto" pretende abarcar en algunas formas de realización a cualquier miembro del Reino Animalia, incluidos, entre otros, el phylum Chordata (p. ej., miembros de las Clases Osteichythyes (peces óseos), Amphibia (anfibios), Reptilia (reptiles), Aves (aves) y Mammalia (mamíferos), y todas las Órdenes y Familias incluidas en los mismos.
[0063] Las composiciones y los métodos del objeto de la presente descripción son particularmente útiles para los vertebrados de sangre caliente. Por lo tanto, en algunas formas de realización el objeto de la presente divulgación se refiere a mamíferos y aves. Más particularmente se proporcionan composiciones y métodos derivados de y/o para uso en mamíferos tales como humanos y otros primates, así como aquellos mamíferos de importancia debido a que están en peligro de extinción (como los tigres siberianos), de importancia económica (animales criados en granjas para el consumo humano) y/o importancia social (animales mantenidos como mascotas o en zoológicos) para los humanos, por ejemplo, carnívoros que no sean humanos (como gatos y perros), cerdos (cerdos, puercos y jabalíes), rumiantes (como vacas, bueyes, ovejas, jirafas, ciervos, cabras, bisontes y camellos), roedores (como ratones, ratas y conejos), marsupiales y caballos. También se proporciona el uso de los métodos y composiciones descritos en aves, incluidos aquellos tipos de aves que están en peligro de extinción, criadas en zoológicos, así como aves de corral y, más particularmente, aves domesticadas, por ejemplo, aves de corral, como pavos, pollos, patos, gansos, gallinas de Guinea y similares, ya que también son de importancia económica para los seres humanos. Por lo tanto, también se proporciona el uso de los métodos y composiciones descritos en ganado, incluidos, entre otros, cerdos domésticos (cerdos y puercos), rumiantes, caballos, aves de corral y similares.
[0064] De forma similar, todos los genes, nombres de genes y productos génicos descritos en el presente documento pretenden corresponder a homólogos y/u ortólogos de cualquier especie para la que sean aplicables las composiciones y los métodos descritos en el presente documento. Por lo tanto, los términos incluyen, pero no se limitan a genes y productos génicos de seres humanos y ratones. Se entiende que cuando se divulga un gen o producto génico de una especie en particular, esta divulgación pretende ser solo un ejemplo y no debe interpretarse como una limitación a menos que el contexto en el que aparece lo indique claramente. Así, por ejemplo, para los genes presentados en los números de acceso de GENBANK®: AAA60019 y NP_004976, las secuencias de aminoácidos humanos descritas pretenden abarcar genes homólogos y productos génicos de otros animales, incluidos, entre otros, otros mamíferos, peces, anfibios, reptiles y aves. También se incluyen todas y cada una de las secuencias de nucleótidos que codifican las secuencias de aminoácidos descritas, incluidas, entre otras, las descritas en las entradas correspondientes de GENBANK® (es decir, J05582.1 y NM_004985, respectivamente).
[0065] Los términos "cáncer" y "tumor" se usan indistintamente en el presente documento y pueden referirse tanto a tumores sólidos primarios como metastásicos y carcinomas de cualquier tejido en un sujeto, incluidos, entre otros, los de mama; colon; recto; pulmón; orofaringe; hipofaringe; esófago; estómago; páncreas; hígado; vesícula biliar; conductos biliares; intestino delgado; tracto urinario que incluye riñón, vejiga y urotelio; aparato genital femenino que incluye cuello uterino, útero, ovarios (p. ej., coriocarcinoma y enfermedad trofoblástica gestacional); tracto genital masculino incluyendo próstata, vesículas seminales, testículos y tumores de células germinales; glándulas endocrinas que incluyen tiroides, suprarrenales y pituitaria; piel (p. ej., hemangiomas y melanomas), huesos o tejidos blandos; vasos sanguíneos (p. ej., sarcoma de Kaposi); cerebro, nervios, ojos y meninges (p. ej., astrocitomas, gliomas, glioblastomas, retinoblastomas, neuromas, neuroblastomas, Schwannomas y meningiomas). Como se usa en el presente documento, los términos "cáncer" y "tumor" también pretenden referirse a tumores multicelulares así como a células neoplásicas o preneoplásicas individuales. En algunas formas de realización, un cáncer o un tumor comprende un cáncer o un tumor de un tejido epitelial tal como, pero sin limitación, un carcinoma.En algunas formas de realización, un tumor es un adenocarcinoma, que en algunas formas de realización es un adenocarcinoma de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo.
[0066] Como se usa aquí en el contexto de las moléculas, el término "efector" se refiere a cualquier molécula o combinación de moléculas cuya actividad se desea administrar/en y/o localizar en una célula. Los efectores incluyen, pero no se limitan a marcadores, citotoxinas, enzimas, factores de crecimiento, factores de transcripción, fármacos, etc.
[0067] Como se usa en el presente documento en el contexto de las células del sistema inmunitario, el término "efector" se refiere a una célula del sistema inmunitario que puede ser inducida para realizar una función específica asociada con una respuesta inmune a un estímulo. Los ejemplos de células efectoras incluyen, pero no se limitan a células asesinas naturales (NK) y células T citotóxicas (células Tc).
[0068] Como se usa en el presente documento, el término "vector de expresión" se refiere a una secuencia de ADN capaz de dirigir la expresión de una secuencia de nucleótidos particular en una célula huésped apropiada, que comprende un promotor unido operativamente a la secuencia de nucleótidos de interés que está unido operativamente a señales de terminación. Típicamente también comprende secuencias requeridas para la traducción adecuada de la secuencia de
nucleótidos. La construcción que comprende la secuencia de nucleótidos de interés puede ser quimérica. La construcción también puede ser una que se produzca de forma natural pero que se haya obtenido en una forma recombinante útil para la expresión heteróloga. En algunas formas de realización, el vector de expresión comprende una molécula de ácido nucleico aislada del objeto actualmente divulgado, que en algunas formas de realización comprende cualquiera de las SEQ ID ID NO: 4 y 6, o codifica cualquiera de las SEQ ID NO: 5 y 7-13. En algunas formas de realización, la molécula de ácido nucleico aislada presente dentro de un vector de expresión se une operativamente a una o más secuencias de nucleótidos adicionales que codifican subsecuencias de moléculas de anticuerpo de tal manera que tras la introducción del vector de expresión en un huésped apropiado, un anticuerpo recombinante intacto que comprende uno o más de SEQ ID NO: 5 y 7-13, o un fragmento del mismo, es expresado por la célula huésped.
[0069] Como se usa en el presente documento, el término "hibridoma" se refiere a una célula o línea celular que se produce en el laboratorio a partir de la fusión de un linfocito productor de anticuerpos y una célula cancerosa que no produce anticuerpos, generalmente una célula de mieloma o linfoma. Como sabrán los expertos en la técnica, un hibridoma puede proliferar y producir un suministro continuo de un anticuerpo monoclonal específico. Los métodos para generar hibridomas son conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Harlow & Lane, 1988).
[0070] Como se usa en el presente documento, los términos "unido operativamente" y "enlazado operativamente" se refieren a elementos reguladores de la transcripción (tales como, entre otros, secuencias promotoras, secuencias terminadoras de la transcripción, etc.) que están conectadas a una secuencia de nucleótidos (por ejemplo, una secuencia codificante o marco de lectura abierto) de tal manera que la transcripción de la secuencia de nucleótidos esté controlada y regulada por ese elemento regulador transcripcional. Similarmente, se dice que una secuencia de nucleótidos está bajo el "control transcripcional" de un promotor al que está unido operativamente. Las técnicas para unir operativamente una región promotora a una secuencia de nucleótidos son conocidas en la técnica.
[0071] Como se usa en el presente documento, el término "profármaco" se refiere a un análogo y/o precursor de un fármaco (p. ej., un agente citotóxico) que carece sustancialmente de la actividad biológica del fármaco (p. ej., una actividad citotóxica) hasta que se somete a un paso de activación. Los pasos de activación pueden incluir escisión enzimática, pasos de activación química tales como exposición a un reductor, y/o pasos de activación física tales como fotólisis. En algunas formas de realización, la activación ocurre in vivo dentro del cuerpo de un sujeto.
II. Anticuerpos y fragmentos de los mismos y métodos para producirlos
II.A. Generalmente
[0072] El objeto descrito en la presente proporciona en algunas formas de realización anticuerpos aislados, así como fragmentos de los mismos, que se unen a antígenos presentes en tumores tales como, entre otros, antígenos presentes en polipéptidos MUC1.
[0073] Como se usa en el presente documento, los términos "anticuerpo" y "anticuerpos" se refieren a proteínas que comprenden uno o más polipéptidos codificados sustancialmente por genes de inmunoglobulina o fragmentos de genes de inmunoglobulina. Los genes de inmunoglobulina generalmente incluyen los genes de la región constante kappa (k), lambda (A), alfa (a), gamma (y), delta (5), epsilon (e) y mu (p), así como una miríada de genes de la región variable de inmunoglobulina. Las cadenas ligeras se clasifican como k o A. En los mamíferos, las cadenas pesadas se clasifican como Y, m, a, 5 o e, que a su vez definen las clases de inmunoglobulinas, IgG, IgM, IgA, IgD e IgE, respectivamente. Otras especies tienen otros genes de cadenas ligeras y pesadas (p. ej., ciertas aves produjeron lo que se denomina IgY, que es un tipo de inmunoglobulina que las gallinas depositan en las yemas de sus huevos), que están abarcados de manera similar por el objeto de la presente descripción. En algunas formas de realización, el término "anticuerpo" se refiere a un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo que está presente en un antígeno tumoral que incluye, entre otros, un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutante. En algunas formas de realización, el término "anticuerpo" se refiere a un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo presente dentro de cualquiera de las SEQ ID NO: 1-3.
[0074] Se sabe que una unidad estructural típica de inmunoglobulina (anticuerpo) comprende un tetrámero. Cada tetrámero está compuesto por dos pares idénticos de cadenas polipeptídicas, cada par tiene una cadena "ligera" (peso molecular promedio de aproximadamente 25 kiloDalton (kDa)) y una cadena "pesada" (peso molecular promedio de aproximadamente 50-70 kDa). Los dos pares idénticos de cadenas polipeptídicas se mantienen unidos en forma dimérica mediante enlaces disulfuro que están presentes en la región de la cadena pesada. El extremo N de cada cadena define una región variable de aproximadamente 100 a 110 o más aminoácidos, principalmente responsable del reconocimiento del antígeno (a veces denominado "paratopo"). Los términos cadena ligera variable (Vl) y cadena pesada variable (Vh) se refieren a estas cadenas ligera y pesada, respectivamente.
[0075] Los anticuerpos existen típicamente como inmunoglobulinas intactas o como una serie de fragmentos bien caracterizados que pueden producirse por digestión con varias peptidasas. Por ejemplo, la digestión de una molécula de anticuerpo con papaína escinde el anticuerpo en una posición N-terminal con respecto a los enlaces disulfuro. Esto produce tres fragmentos: dos fragmentos "Fab" idénticos, que tienen una cadena ligera y el extremo N de la cadena pesada, y un fragmento "Fc" que incluye el extremo C de las cadenas pesadas que se mantienen unidas por enlaces disulfuro. La pepsina, por otro lado, digiere un anticuerpo C-terminal al enlace disulfuro en la región bisagra para producir
un fragmento conocido como fragmento "F(ab)’2”, que es un dímero de los fragmentos Fab unidos por el enlace disulfuro. El fragmento F(ab)’2 puede reducirse en condiciones suaves para romper el enlace disulfuro en la región bisagra, convirtiendo así el dímero F(ab)’2 en dos monómeros "Fab"'. El monómero Fab' es esencialmente un fragmento Fab con parte de la región bisagra (véase, por ejemplo, Paul, 1993, para una descripción más detallada de otros fragmentos de anticuerpos). Con respecto a estos diversos fragmentos, los fragmentos Fab, F(ab)’2 y Fab' incluyen al menos un dominio de unión a antígeno intacto (paratopo) y, por lo tanto, son capaces de unirse a antígenos.
[0076] Si bien se definen varios fragmentos de anticuerpos en términos de la digestión de un anticuerpo intacto, un experto apreciará que varios de estos fragmentos (incluidos, entre otros, los fragmentos Fab') se pueden sintetizar de novo químicamente o utilizando metodología del ADN recombinante. Por lo tanto, el término "anticuerpo", como se usa en este documento, también incluye fragmentos de anticuerpos producidos por la modificación de anticuerpos completos y/o sintetizados de novo usando metodologías de ADN recombinante. En algunas formas de realización, el término "anticuerpo" comprende un fragmento que tiene al menos un dominio de unión a antígeno (paratopo).
[0077] Los anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales. Como se usa aquí, el término "policlonal" se refiere a anticuerpos que están presentes juntos en una colección dada de anticuerpos y que se derivan de diferentes células productoras de anticuerpos (p. ej., células B). Los ejemplos de anticuerpos policlonales incluyen, pero no se limitan a aquellos anticuerpos que se unen a un antígeno particular y que se encuentran en la sangre de un animal después de que ese animal haya producido una respuesta inmunitaria contra el antígeno. Sin embargo, se entiende que también se puede preparar artificialmente una preparación policlonal de anticuerpos mezclando al menos dos anticuerpos no idénticos. Por lo tanto, los anticuerpos policlonales normalmente incluyen diferentes anticuerpos que se dirigen contra (es decir, se unen a) el mismo y/o diferentes epítopos (a veces denominados "determinante antigénico" o simplemente "determinante") de cualquier antígeno dado.
[0078] Como se usa en el presente documento, el término "monoclonal" se refiere a una sola especie de anticuerpo y/o una población sustancialmente homogénea de una sola especie de anticuerpo. Expresado de otra manera, "monoclonal" se refiere a anticuerpos individuales o poblaciones de anticuerpos individuales en los que los anticuerpos son idénticos en especificidad y afinidad excepto por posibles mutaciones naturales que pueden estar presentes en cantidades menores. Típicamente, un anticuerpo monoclonal (mAb o moAb) es generado por una única célula B o una célula progenie de la misma (aunque el objeto de la presente descripción también abarca anticuerpos "monoclonales" que se producen mediante técnicas de biología molecular como se describe en este documento). Los anticuerpos monoclonales (mAbs o moAbs) son muy específicos y, por lo general, se dirigen contra un solo sitio antigénico. Además, a diferencia de las preparaciones de anticuerpos policlonales, un mAb dado normalmente se dirige contra un solo epítopo en el antígeno.
[0079] Además de su especificidad, los mAbs pueden ser ventajosos para algunos fines porque pueden sintetizarse sin contaminarse con otros anticuerpos. Sin embargo, no debe interpretarse que el modificador "monoclonal" requiere la producción del anticuerpo mediante ningún método particular. Por ejemplo, en algunas formas de realización, los mAbs del objeto de la presente invención se preparan usando la metodología de hibridoma descrita por primera vez por Kohler et al., 1975, y en algunas formas de realización se obtienen usando métodos de ADN recombinante en células procariotas o eucariotas (ver, por ejemplo, patente de EE. UU. N° 4.816.567). Los mAbs también pueden aislarse de bibliotecas de anticuerpos de fagos utilizando las técnicas descritas, por ejemplo, en Clackson et al., 1991 y Marks et al., 1991.
[0080] Los anticuerpos, fragmentos, del objeto de la presente invención también pueden incluir anticuerpos quiméricos. Como se usa en el presente documento en el contexto de los anticuerpos, el término "quimérico" y sus variantes gramaticales se refiere a derivados de anticuerpos que tienen regiones constantes derivadas sustancial o exclusivamente de regiones constantes de anticuerpos de una especie y regiones variables derivadas sustancial o exclusivamente de la secuencia de la región variable de otra especie.
[0081] La región variable permite que un anticuerpo reconozca selectivamente y se una específicamente a epítopos en antígenos. Es decir, el dominio Vl y el dominio Vh, o subconjuntos de regiones determinantes de complementariedad (CDR) dentro de estos dominios variables, de un anticuerpo se combinan para formar la región variable que define un sitio de unión a antígeno tridimensional. Esta estructura de anticuerpo cuaternario forma el sitio de unión al antígeno presente al final de cada brazo del anticuerpo. Más específicamente, el sitio de unión al antígeno está definido por tres CDR en cada una de las cadenas Vh y Vl. En algunos casos (p. ej., ciertas moléculas de inmunoglobulina derivadas de especies de camélidos o modificadas a partir de inmunoglobulinas de camélidos), una molécula de inmunoglobulina completa puede consistir únicamente en cadenas pesadas sin cadenas ligeras (véase, por ejemplo, Hamers-Casterman et al., 1993).
[0082] En los anticuerpos naturales, hay seis CDR presentes en cada dominio de unión a antígeno que son secuencias cortas no contiguas de aminoácidos que se posicionan específicamente para formar el dominio de unión a antígeno a medida que el anticuerpo asume su configuración tridimensional en un medio acuoso. El resto de los aminoácidos en los dominios de unión al antígeno, denominadas regiones "marco", muestran menos variabilidad intermolecular. Las regiones marco adoptan en gran medida una conformación de hoja p y las CDR forman bucles que conectan y, en algunos casos, forman parte de la estructura de hoja p. Por lo tanto, las regiones del marco actúan para formar un andamio que proporciona el posicionamiento de las CDR en la orientación correcta por interacciones no covalentes entre cadenas. El dominio de unión al antígeno formado por las CDR posicionadas define una superficie complementaria al epítopo en el antígeno inmunorreactivo. Esta superficie complementaria promueve la unión no covalente del anticuerpo a su epítopo
afín. Los aminoácidos que comprenden las CDR y las regiones flanqueantes, respectivamente, pueden identificarse fácilmente para cualquier dominio variable de cadena ligera o pesada dado por un experto en la materia, ya que se han definido con precisión (véase, por ejemplo, Chothia & Lesk, 1987); Kabat et al., 1991; Martin, 1996; Johnson & Wu, 2000).
[0083] Un tipo particular de anticuerpo quimérico es un anticuerpo "humanizado", en el que los anticuerpos se producen sustituyendo las CDR de, por ejemplo, un anticuerpo de ratón, por las CDR de un anticuerpo humano (véase, por ejemplo, la solicitud de patente internacional PCT). Publicación N° WO 1992/22653). Por lo tanto, en algunas formas de realización, un anticuerpo humanizado tiene regiones constantes y regiones variables distintas de las CDR que se derivan sustancial o exclusivamente de las regiones correspondientes de un anticuerpo humano, y CDR que se derivan sustancial o exclusivamente de un mamífero que no es humano.
[0084] Los anticuerpos y los fragmentos del objeto de la presente invención también pueden ser anticuerpos de cadena sencilla y fragmentos de anticuerpos de cadena sencilla. Los fragmentos de anticuerpos monocatenarios contienen secuencias de aminoácidos que tienen al menos una de las regiones variables y/o CDR de los anticuerpos completos descritos en el presente documento, pero carecen de algunos o todos los dominios constantes de esos anticuerpos. Estos dominios constantes no son necesarios para la unión al antígeno, pero constituyen una parte importante de la estructura de los anticuerpos completos.
[0085] Los fragmentos de anticuerpos monocatenarios pueden superar algunos de los problemas asociados con el uso de anticuerpos que contienen una parte o la totalidad de un dominio constante. Por ejemplo, los fragmentos de anticuerpos de cadena sencilla tienden a estar libres de interacciones no deseadas entre las moléculas biológicas y la región constante de la cadena pesada y/u otras actividades biológicas no deseadas. Además, los fragmentos de anticuerpos monocatenarios son considerablemente más pequeños que los anticuerpos completos y, por lo tanto, se pueden caracterizar por una mayor permeabilidad capilar que los anticuerpos completos, lo que permite que los fragmentos de anticuerpos monocatenarios se localicen y se unan a los sitios de unión al antígeno objetivo de manera más eficiente. Además, los fragmentos de anticuerpos se pueden producir a una escala relativamente grande en células procarióticas, lo que facilita su producción. Además, el tamaño relativamente pequeño de los fragmentos de anticuerpos monocatenarios los hace menos propensos que los anticuerpos completos a provocar una respuesta inmunitaria en un receptor. Los fragmentos de anticuerpos monocatenarios del objeto de la presente invención incluyen, entre otros, anticuerpos variables de fragmentos monocatenarios (scFv) de los mismos tales como, entre otros, di-scFv en tándem, tri-scFv en tándem, diacuerpos, triacuerpos, tetracuerpos, minianticuerpos y minicuerpos.
[0086] Los fragmentos Fv corresponden a los fragmentos variables en los extremos N de las cadenas pesada y ligera de inmunoglobulina. Los fragmentos Fv parecen tener menor energía de interacción de sus dos cadenas que los fragmentos Fab. Para estabilizar la asociación de los dominios V h y V l , se pueden unir con péptidos (ver, por ejemplo, Bird et al., 1988; Houston et al., 1988), puentes disulfuro (ver, por ejemplo, Glockshuber et al., 1990), y/o mutaciones de "perilla en el agujero" (véase, por ejemplo, Zhu et al., 1997). Los fragmentos ScFv se pueden producir mediante métodos bien conocidos por los expertos en la técnica (véase, por ejemplo, Whitlow et al., 1991; Huston et al., 1993).
[0087] El scFv se puede producir en células bacterianas tales como E. coli o en células eucariotas. Una posible desventaja de scFv es la monovalencia del producto, que puede impedir una mayor avidez debido a la unión polivalente y su corta vida media. Los intentos de superar estos problemas incluyen bivalente (scFv)’2 producido a partir de scFv que contiene una cisteína C-terminal adicional por acoplamiento químico (ver, por ejemplo, Adams et al., 1993; McCartney et al., 1995) o por dimerización espontánea específica del sitio de scFv que contiene un residuo de cisteína C-terminal no apareado (véase, por ejemplo, Kipriyanov et al., 1995).
[0088] Alternativamente, se puede obligar a scFv a formar multímeros acortando el conector peptídico de 3 a 12 residuos para formar "diacuerpos" (véase, por ejemplo, Holliger et al., 1993). Reducir aún más el enlazador puede dar como resultado trímeros scFv ("triacuerpos"; véase, por ejemplo, Kortt et al., 1997) y tetrámeros ("tetracuerpos"; véase, por ejemplo, Le Gall et al., 1999). La construcción de moléculas scFv bivalentes también puede lograrse mediante fusión genética con motivos de dimerización de proteínas para formar "minianticuerpos" (ver, por ejemplo, Pack et al., 1992) y "minicuerpos" (ver, por ejemplo, Hu et al., 1996). Los tándems scFv-scFv ((scFv)2) se pueden producir uniendo dos unidades scFv mediante un tercer conector peptídico (véase, por ejemplo, Kurucz et al., 1995).
[0089] Los diacuerpos biespecíficos se pueden producir a través de la asociación no covalente de dos productos de fusión de cadena sencilla que constan del dominio V h de un anticuerpo conectado por un conector corto al dominio V l de otro anticuerpo (ver, por ejemplo, Kipriyanov et al., 1998). La estabilidad de dichos diacuerpos biespecíficos puede mejorarse mediante la introducción de puentes disulfuro o mutaciones de "perilla en el orificio" como se describió anteriormente en el presente documento o mediante la formación de diacuerpos de cadena sencilla (scDb) en los que dos fragmentos scFv híbridos están conectados a través de un conector peptídico (véase, por ejemplo, Kontermann et al., 1999).
[0090] Las moléculas biespecíficas tetravalentes se pueden producir, por ejemplo, fusionando un fragmento scFv con el dominio CH3 de una molécula de IgG o con un fragmento Fab a través de la región bisagra (véase, por ejemplo, Coloma et al., 1997). Alternativamente, se han creado moléculas biespecíficas tetravalentes mediante la fusión de diacuerpos monocatenarios biespecíficos (véase, por ejemplo, Alt et al., 1999). Las moléculas biespecíficas tetravalentes más pequeñas también se pueden formar mediante la dimerización de tándems scFv-scFv con un conector que contiene un
motivo hélice-bucle-hélice (minianticuerpos DiBi; véase, por ejemplo, Muller et al., 1998) o una molécula de cadena única que comprende cuatro anticuerpos. dominios variables (Vh y Vl) en una orientación que impide el emparejamiento intramolecular (diacuerpo en tándem; véase, por ejemplo, Kipriyanov et al., 1999).
[0091] Los fragmentos F(ab)’2 biespecíficos pueden crearse por acoplamiento químico de fragmentos Fab' o por heterodimerización a través de cremalleras de leucina (ver, por ejemplo, Shalaby et al., 1992; Kostelny et al., 1992). También están disponibles los dominios Vh y Vl aislados (véanse las patentes de EE. UU. números 6.172.197, 6.248.516 y 6.291.158).
[0092] El objeto de la presente invención también incluye equivalentes funcionales de los anticuerpos del objeto de la presente invención. Como se usa aquí, la frase "equivalente funcional" cuando se refiere a un anticuerpo se refiere a una molécula que tiene características de unión que son comparables a las de un anticuerpo dado. En algunas formas de realización, los anticuerpos quimerizados, humanizados y de cadena sencilla, así como sus fragmentos, se consideran equivalentes funcionales de los anticuerpos correspondientes en los que se basan. En algunas formas de realización, el objeto de la presente invención proporciona equivalentes funcionales del mAb TAB-004 descrito en la presente memoria.
[0093] Los equivalentes funcionales también incluyen polipéptidos con secuencias de aminoácidos sustancialmente iguales a la secuencia de aminoácidos de las regiones variables o hipervariables de los anticuerpos del objeto de la presente invención. Como se usa en el presente documento con respecto a las secuencias de ácidos nucleicos y/o aminoácidos, la frase "sustancialmente la misma" se refiere a una biosecuencia en algunas formas de realización con al menos el 80 %, en algunas formas de realización al menos el 85 %, en algunas formas de realización al menos aproximadamente el 90 %, en algunas formas de realización al menos el 91 %, en algunas formas de realización al menos el 92 %, en algunas formas de realización al menos el 93 %, en algunas formas de realización al menos el 94 %, en algunas formas de realización al menos el 95 %, en algunas formas de realización al menos el 96 %, en algunas formas de realización al menos el 97 %, en algunas formas de realización al menos el 98 % y en algunas formas de realización al menos aproximadamente el 99 % de identidad de secuencia con otro ácido nucleico y/o secuencia de aminoácidos, según lo determinado por el método de búsqueda FASTA de acuerdo con Pearson & Lipman, 1988. En algunas formas de realización, el cálculo del porcentaje de identidad se realiza sobre la longitud total de la secuencia de ácidos nucleicos y/o aminoácidos de un anticuerpo del objeto de la presente invención.
[0094] En algunas formas de realización, un equivalente funcional de una secuencia de nucleótidos es una secuencia que codifica la misma secuencia de aminoácidos (es decir, que incluye uno o más codones funcionalmente equivalentes). En la Tabla 1 se presenta una lista de codones funcionalmente equivalentes.
Tabla 1
Codones funcionalmente equivalentes
Aminoácidos Codones
Alanina (Ala o A) ACG; CCG; GGC; CGU
Cisteína (Cys o C) UGC; UGU
Ácido aspártico (Asp o D) GAC; GAU
Ácido glumático (Glu o E) GAA; GAG
Fenilalanina (Phe o F) UUC; UUU
Glicina (Gly o G) GGA; GCC; GGG; GGU
Histidina (His o H) CAC; CAU
Isoleucina (lie o I) AUA; AUC; AUU
Lisina (Lys o K) AAA; AAG
Metionina (Met o M) AUG
Asparagina (Asn o N) AAC;AAU
Prolina (Pro o P) CCA; CCC; CCG; CCU
Glutamina (Gin o Q) CAA; CAG
Treonina (Thr o T) ACA; ACC; ACG; ACU
Valina (Val o V) GUA; GUC; GUG; GUU
Triptófano (Trp o W) UGG
Tirosina (Tyr o Y) UAC; UAU
Leucina (Leu o L) UUA; UUG; CUA; CUC; CUG; CUU
Arginina (Arg o R) AGA; AGG; CGA; CGC; CGG; CGU
Serina) Ser o S) ACG; AGU; UCA; UCC; UCG; UCU
[0095] En algunas formas de realización, un equivalente funcional de una secuencia de aminoácidos dada es un aminoácido con una o más sustituciones de aminoácidos conservativas. La sustitución conservativa de aminoácidos se refiere a la sustitución de un aminoácido por otro aminoácido de la misma clase (p. e j, valina por glicina o arginina por lisina). Los polipéptidos que son funcionalmente equivalentes a la prouroguanilina y/o los fragmentos de prouroguanilina se pueden preparar utilizando mutagénesis aleatoria en los ácidos nucleicos codificantes mediante técnicas bien conocidas por los expertos en la materia. Sin embargo, es más probable que dichos polipéptidos se generen mediante
mutagénesis dirigida al sitio (nuevamente utilizando técnicas bien conocidas por los expertos en la materia). Estos polipéptidos pueden tener una funcionalidad aumentada o una funcionalidad disminuida.
[0096] Los equivalentes funcionales también pueden incluir fragmentos de anticuerpos que tienen características de unión iguales o comparables a las de un anticuerpo completo del objeto de la presente descripción. Dichos fragmentos pueden contener uno o ambos fragmentos Fab, el fragmento F(ab’)2, el fragmento F(ab'), un fragmento Fv o cualquier otro fragmento que incluya al menos un dominio de unión a antígeno. En algunas formas de realización, los fragmentos de anticuerpos contienen las seis CDR de un anticuerpo completo de la materia presentemente desvelada (p. ej., comprenden CDR que comprenden cada una de las SEQ ID NO: 8-13), aunque los fragmentos contienen menos de todas esas regiones, como tres, cuatro o cinco CDR también pueden ser equivalentes funcionales como se define en este documento. Además, los equivalentes funcionales pueden ser o pueden combinar miembros de cualquiera de las siguientes clases de inmunoglobulinas: IgG, IgM, IgA, IgD e IgE, y las subclases de las mismas, así como otras subclases que podrían ser apropiadas para sujetos no mamíferos (ej., IgY para pollos y otras especies de aves).
[0097] Los equivalentes funcionales también incluyen aptámeros y otras moléculas que no son anticuerpos, siempre que dichas moléculas tengan características de unión iguales o comparables a las de un anticuerpo completo del objeto de la presente invención.
[0098] En algunas formas de realización, los anticuerpos y fragmentos de los mismos se seleccionan del grupo que consiste en el anticuerpo monoclonal TAB-004 producido por la línea celular de hibridoma ATCC No. PTA-11550, así como anticuerpos quiméricos o fragmentos de los mismos, anticuerpos humanizados o fragmentos de los mismos, anticuerpos de cadena sencilla o fragmentos de los mismos, fragmentos Fab de los mismos, fragmentos F(ab)’2 de los mismos, fragmentos Fv de los mismos, y fragmentos Fab' de los mismos. En algunas formas de realización, los anticuerpos y fragmentos del objeto de la presente invención tienen las características de unión del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización, los anticuerpos y los fragmentos del objeto de la presente invención tienen al menos algunas y, en algunos casos, todas las características de unión del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización, los anticuerpos y fragmentos de la materia presentemente desvelada se unen a un epítopo presente dentro de cualquiera de las SEQ ID NO: 1-3, en algunas formas de realización un epítopo presente dentro de la SEQ ID NO: 3.
[0099] Como se usa en el presente documento, el término "TAB-004" se refiere a un mAb producido por una línea celular de hibridoma denominada "TAB-004" y que se depositó en la Colección Americana de Cultivos Tipo (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110- 2209, EE. UU., el 16 de diciembre de 2010 bajo el número de acceso PTA-11550 de conformidad con los términos del Tratado de Budapest. TAB-004 es un mAb del isotipo IgG que se ha encontrado que se une a un epítopo presente en un polipéptido de mucina-1 humana (MUC1). Más particularmente, en algunas formas de realización, TAB-004 puede unirse a un epítopo presente en SEQ ID NO: 3. El propio TAB-004 comprende las secuencias CDR descritas en SEQ ID NO. 8-13.
[0100] Como se usa en el presente documento, el término "MUC1" se refiere a una molécula definida como sigue. MUC1 es una de la familia de moléculas de mucina epitelial. MUC1 se expresa ampliamente en un gran número de cánceres epiteliales y está glicosilado de forma aberrante, lo que lo hace estructural y antigénicamente distinto del expresado por células no malignas (ver, por ejemplo, Barratt-Boyes, 1996; Price et al., 1998; Peterson et al., 1991). La forma dominante de MUC1 es una molécula de alto peso molecular compuesta por un gran dominio extracelular similar a la mucina altamente inmunogénico con un gran número de repeticiones en tándem de veinte aminoácidos, una región transmembrana y una cola citoplasmática (Quin et al., 2000; McGucken et al., 1995; Dong et al., 1997).
[0101] MUC1 se sobreexpresa y se glucosila de forma aberrante en la mayoría de los adenocarcinomas epiteliales, incluidos los de mama y páncreas. El adenocarcinoma de mama y páncreas no solo sobreexpresa MUC1 sino que también arroja MUC1 a la circulación. Los niveles séricos altos de MUC1 se asocian con enfermedad progresiva. MUC1 se ha explotado como biomarcador prospectivo debido a la naturaleza compleja y heterogénea de los epítopos expresados dentro del antígeno. MUC1 sintetizado por tejidos cancerosos suele mostrar un perfil de oligosacáridos aberrante, lo que dio lugar a la expresión de neomarcadores como sialil-Lea (ensayado en la prueba CA19-9), sialil-Lex y sialil-Tn (TAG-72), como así como los epítopos crípticos tales como Tn.
[0102] Además, debido a la glicosilación insuficiente, el núcleo peptídico de la mucina queda expuesto de tal manera que los epítopos dentro del núcleo que no son accesibles dentro de MUC1 derivado de tejido normal podrían servir como biomarcadores potenciales. Por lo tanto, las diferencias entre el tejido normal y el maligno pueden proporcionar epítopos distintos que pueden mostrar una mayor especificidad por los tejidos malignos. Actualmente, las pruebas para varios de estos epítopos están disponibles comercialmente para su uso en el manejo de pacientes, incluidos CA15-3 (Abbott Laboratories, Abbott Park, Illinoise, EE. UU.), CA 27-29 (Bayer Diagnostics, Tarrytown, Nueva York, EE. UU.) y CA19-9 (Panomics Inc, Redwood City, California, EE. UU.). Hasta el momento, ninguno ha demostrado tener un valor diagnóstico particular, probablemente debido, al menos en parte, a la baja especificidad, como se muestra en la Tabla 2.
Tabla 2
[0103] Recientemente, otro anticuerpo MUC1 conocido como PAM4 ha llamado la atención para su uso en el diagnóstico de cáncer de páncreas debido a su alta sensibilidad y especificidad para el cáncer de páncreas pero no para cualesquiera otros cánceres epiteliales como el cáncer de mama y de ovario (Gold et al., 2007).
[0104] En tejido epitelial normal, MUC1 se localiza en la región apical de las células. La transformación maligna da como resultado una regulación positiva de MUC1 por amplificación génica y/o una mayor activación transcripcional y la distribución de MUC1 en la superficie celular ya no se limita a la región apical (Bieche & Lidereau, 1997). Si bien la función de MUC1 aún espera aclaración, la alta expresión citoplasmática de MUC1 se ha asociado con un mal pronóstico en pacientes con cáncer de mama y/o de ovario.
[0105] También se ha demostrado que MUC1 desempeña un papel en la adhesión celular, la señalización celular y las respuestas inmunitarias (Quin et al., 2000; McGucken et al., 1995; Dong et al., 1997; Henderson et al., 1998). Un ejemplo no limitante de una secuencia de aminoácidos de un producto del gen MUC1 de humanos se presenta en SEQ ID NO: 1. Las secuencias de nucleótidos y aminoácidos de los productos del gen MUC1 de otras especies incluyen los números de acceso de GENBANK®: AAA39755, Q02496 y NP_038633 (ratón), NP_036734 (rata), NP_001181906 (perro), AAO63589 (cerdo) y NP_776540 (vaca).
[0106] Además, se ha determinado que TAB-004 se une a los polipéptidos K-ras y, en particular, a los polipéptidos K-ras mutantes. Como se usa en el presente documento, el término "K-ras" se refiere a un gen del oncogén K-ras y a los productos génicos del mismo (véase, por ejemplo, Kahn et al., 1987). Un producto del gen K-ras de ejemplo es un producto del gen K-ras humano que incluye, entre otros, el descrito como SEQ ID NO: 2, que corresponde al número de acceso de GENBANK® NP_004976.
[0107] Como se usa en este documento, el término "K-ras" también abarca formas mutadas de K-ras. Como se usa en el presente documento, los términos "K-ras mutado", "polipéptido K-ras mutante" y "proteína K-ras mutante" se usan indistintamente para referirse a un polipéptido K-ras que comprende al menos una mutación K-ras en comparación con a SEQ ID NO: 2. En algunas formas de realización, un polipéptido K-ras mutante comprende una mutación en el aminoácido número 12 o 13 del polipéptido maduro (es decir, la posición de aminoácido 13 o 14 de SEQ ID NO: 2 ya que el polipéptido maduro no incluiría el residuo de metionina en la posición 1 de SEQ ID NO: 2). En algunas formas de realización, un polipéptido K-ras mutante comprende una mutación seleccionada entre una mutación de glicina-12 a serina (denominada en el presente documento "G12S"), G12V, G12D, G12A, G12C, G13A y G13D. Un ejemplo representativo de un polipéptido K-rasG12D mutante al que se unen en parte los anticuerpos de la materia presentemente descrita se muestra en SEQ ID NO: 2 y se describe en Kahn et al., 1987. En algunas formas de realización, los anticuerpos y sus fragmentos de la materia presentemente desvelada, se unen a una parte de un polipéptido K-ras que comprende una mutación G12D (denominada en el presente documento "K-rasG12D mutante" o "K-rasG12D”). Los polipéptidos K-ras mutantes de ejemplo adicionales incluyen, pero no se limitan a variantes alélicas, variantes de corte y empalme, variantes de sustitución, variantes de deleción, variantes de inserción, polipéptidos de fusión, ortólogos y homólogos entre especies. En algunas formas de realización, un polipéptido K-ras mutante puede incluir uno o más residuos adicionales en el extremo C o N, tales como, entre otros, residuos de secuencia líder, residuos de direccionamiento, residuos de metionina amino terminal, residuos de lisina, etiqueta residuos y/o residuos de proteína de fusión.
II.B. Composiciones que comprenden anticuerpos y/o fragmentos de la materia descrita actualmente
[0108] La materia descrita actualmente también proporciona composiciones que comprenden los anticuerpos y/o fragmentos desvelados actualmente. En la Figura 6 se proporciona una representación esquemática de composiciones ejemplares del tema actualmente divulgado y ejemplos de usos para las mismas.
[0109] En algunas formas de realización, una composición del tema actualmente divulgado comprende los anticuerpos actualmente divulgados y/o fragmentos de los mismos y o más vehículos y/o excipientes farmacéuticamente aceptables. En algunas formas de realización, el(los) vehículo(s) y/o excipiente(s) es (son) farmacéuticamente aceptable(s) para su
uso en seres humanos. Las formulaciones adecuadas incluyen soluciones de inyección estériles acuosas y no acuosas que pueden contener antioxidantes, tampones, bacteriostáticos, antibióticos bactericidas y solutos que hacen que la formulación sea isotónica con los fluidos corporales del receptor previsto; y suspensiones estériles acuosas y no acuosas que pueden incluir agentes de suspensión y agentes espesantes. Las formulaciones se pueden presentar en envases monodosis o multidosis, por ejemplo, ampollas y viales sellados, y se pueden almacenar congeladas o liofilizadas (liofilizadas) y solo requieren la adición de un vehículo líquido estéril, por ejemplo, agua para inyecciones, inmediatamente antes de su uso. Algunos ejemplos de ingredientes son dodecilsulfato de sodio (SDS) en el rango de 0,1 a 10 mg/ml en algunas formas de realización, en algunas formas de realización alrededor de 2,0 mg/ml; y/o manitol u otro azúcar en el rango de 10 a 100 mg/ml en algunas formas de realización, en algunas formas de realización alrededor de 30 mg/ml; y/o solución salina tamponada por fosfato (PBS). Puede utilizarse cualquier otro agente convencional en la técnica teniendo en cuenta el tipo de formulación en cuestión.
[0110] Las composiciones de la materia objeto de la presente invención también pueden comprender un agente activo, en el que el agente activo comprende una fracción terapéutica, una fracción de diagnóstico y/o una fracción biológicamente activa. Como se usa en el presente documento, la frase "agente activo" se refiere a un componente de las composiciones descritas actualmente que proporciona un beneficio terapéutico a un sujeto, permite la visualización de células o tejidos en los que se acumulan las composiciones de la materia descrita actualmente, detección de epítopos a la que se unen los anticuerpos y fragmentos descritos en la presente, y/o mejora cualquiera de estas actividades. En algunas formas de realización, un agente activo del objeto de la presente descripción se selecciona del grupo que consiste en una molécula radiactiva (que incluye, entre otros, radionúclidos y radioisótopos), una molécula sensibilizadora, un agente de formación de imágenes u otro agente detectable, una toxina, una citotoxina, un agente antiangiogénico, un agente antitumoral, un agente quimioterapéutico, un inmunomodulador, una citocina, un grupo indicador y combinaciones de los mismos. Se entiende que estas categorías no pretenden ser mutuamente excluyentes, ya que algunas moléculas radiactivas, por ejemplo, también son agentes quimioterapéuticos, algunos inmunomoduladores son citoquinas, etc.
[0111] En algunas formas de realización, un agente activo comprende un quimioterapéutico. Los expertos en la técnica conocen diversos agentes quimioterapéuticos, que incluyen, entre otros, agentes alquilantes como mostazas nitrogenadas (p. ej., clorambucilo, ciclofosfamida, isofamida, mecloretamina, melfalán, mostaza de uracilo), aziridinas (p. ej., tiotepa), ésteres de metanosulfonato (p. ej., busulfano), nitrosoureas (p. ej., carmustina, lomustina, estreptozocina), complejos de platino (p. ej., cisplatino, carboplatino) y alquilantes biorreductores (p. ej., mitomicina C, procarbazina); agentes rompedores de cadenas de ADN (p. ej., bleomicina); inhibidores de la ADN topoisomerasa I (p. ej., camptotecina y sus derivados, incluidos, entre otros, 10-hidroxicamptotecina), inhibidores de la ADN topoisomerasa II (p. ej., amsacrina, dactinomicina, daunorrubicina, doxorrubicina, idarrubicina, mitoxantrona, etopósido, tenipósido, podofilotoxina); aglutinantes del surco menor de ADN (p. ej., plicamicina); antimetabolitos como antagonistas de folato (p. ej., metotrexato y trimetrexato), antagonistas de pirimidina (p. ej., fluorouracilo, fluorodesoxiuridina, CB3717, azacitidina, citarabina, floxuridina), antagonistas de purina (p. ej., mercaptopurina, 6-tioguanina, fludarabina, pentostatina), análogos modificados por azúcar (p. ej., cictrabina, fludarabina) e inhibidores de la ribonucleótido reductasa (p. ej., hidroxiurea); agentes interactivos con tubulina (p. ej., vincristina, vinblastina, paclitaxel); corticosteroides suprarrenales (p. ej., prednisona, dexametasona, metilprednisolona, prednisolona); agentes bloqueantes hormonales como estrógenos y compuestos relacionados (p. ej., etinilestradiol, dietilestilbesterol, clorotrianiseno, idenestrol), progestágenos (p. ej., caproato de hidroxiprogesterona, medroxiprogesterona, megestrol), andrógenos (p. ej., testosterona, propionato de testosterona, fluoximesterona, metiltestosterona), agentes de la hormona liberadores de la hormona luteinizante y/o antagonistas de la hormona liberadora de gonadotropina (p. ej., acetato de leuprolida; acetato de goserelina), agentes antiestrogénicos (p. ej., tamoxifeno), agentes antiandrógenos (p. ej., flutamida) y agentes antiadrenales (p. ej., mitotano, aminoglutetimida). Otros quimioterapéuticos incluyen, entre otros, taxol, ácido retinoico y derivados del mismo (p. ej., ácido 13-cis-retinoico, ácido todo-transretinoico y ácido 9-cis-retinoico), sulfatiazol, mitomicina C, ácido micofenólico, sulfadietoxano, y gemcitabina (4-amino-1-(2-desoxi-2,2-difluoro-p-D-eritropentofuranosil)pirimidin-2(1 H)-on-2',2'-difluoro-2'-desoxicitidina).
[0112] En algunas formas de realización, un agente activo comprende un agente antiangiogénico. Los expertos en la materia conocen diversos agentes antiangiogénicos e incluyen, entre otros, inhibidores y/o antagonistas de la familia del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y sus receptores (p. ej., bevacizumab y otros anticuerpos del factor de crecimiento antivasculares endoteliales (VEGF) y antagonistas de la neuropilina-1.
[0113] En algunas formas de realización, las composiciones de la materia presentemente desvelada se pueden usar con adyuvantes y/o inmunomoduladores adicionales. Como se usa en el presente documento, las frases "agente de modulación inmunitaria" y "agente de inmunomodulación" se refieren a moléculas capaces de modular las respuestas inmunitarias. Los inmunomoduladores ejemplares incluyen, entre otros, citocinas (incluidas, entre otras, las citocinas IFN-a, IFN-y, IL-2, IL-4, IL-6, TNF y otras citocinas que afectan a las células inmunitarias), Oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN), que funcionan como activador de células dendríticas (Rothenfusser et al., 2002), y los inmunomoduladores expuestos en la Tabla 3.
Tabla 3
[0114] Para aplicaciones terapéuticas, se administra a un sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una composición de la materia presentemente descrita. Una "cantidad terapéuticamente eficaz" es una cantidad de una composición suficiente para producir una respuesta tumoral biológica medible (como, por ejemplo, una respuesta inmunoestimuladora, antiangiogénica, una respuesta citotóxica, regresión tumoral y/o inhibición del crecimiento tumoral). Los niveles de dosificación reales de los ingredientes activos en una composición de la materia objeto de la presente invención pueden variar para administrar una cantidad de agente o agentes activos que sea eficaz para lograr la respuesta terapéutica deseada para un sujeto en particular. El nivel de dosificación seleccionado dependerá de una variedad de factores que incluyen la actividad de la composición, la formulación, la vía de administración, la combinación con otros fármacos o tratamientos, el tamaño y la longevidad del tumor, y la condición física y el historial médico previo del sujeto que se está tratando. En algunas formas de realización del objeto de la presente invención, se administra una dosis mínima y la dosis se aumenta en ausencia de toxicidad limitante de la dosis. La determinación y el ajuste de una dosis terapéuticamente eficaz, así como la evaluación de cuándo y cómo realizar dichos ajustes, son conocidos por los expertos en la técnica de la medicina.
[0115] Para aplicaciones de diagnóstico, se usa una cantidad detectable de una composición de la materia presentemente descrita en un método en el que dicha composición se administra a un sujeto. Una "cantidad detectable", como se usa aquí para referirse a una composición, se refiere a una dosis de tal composición que la presencia de la composición puede determinarse in vivo o in vitro. Una cantidad detectable variará de acuerdo con una variedad de factores, que incluyen, entre otros, las características químicas de la composición que se etiqueta, la etiqueta detectable, los métodos de etiquetado, el método de formación de imágenes y los parámetros relacionados con el mismo, el metabolismo del fármaco marcado en el sujeto., la estabilidad de la etiqueta (incluida, entre otras, la vida media de una etiqueta de radionúclido), el tiempo transcurrido después de la administración de la composición antes de la obtención de imágenes, la vía de administración, la condición física y el historial médico previo del sujeto, y el tamaño y la longevidad del tumor o tumor sospechado. Por lo tanto, una cantidad detectable puede variar y puede adaptarse a una aplicación particular. Después del estudio de la presente divulgación, está dentro de la experiencia de un experto en la técnica determinar tal cantidad detectable.
[0116] Como se usa en el presente documento, los términos "fracción detectable", "marca detectable" y "agente detectable" se refieren a cualquier molécula que pueda detectarse mediante cualquier fracción que pueda agregarse a un anticuerpo, o un fragmento del mismo, que permita para la detección del anticuerpo, fragmento, in vitro y/o in vivo. Los restos detectables representativos incluyen, entre otros, cromóforos, restos fluorescentes, enzimas, antígenos, grupos con reactividad específica, restos quimioluminiscentes y restos electroquímicamente detectables, etc. En algunas formas de realización, los anticuerpos están biotinilados.
[0117] En algunas formas de realización, un resto detectable comprende un fluoróforo. Se puede emplear cualquier fluoróforo con las composiciones de la materia presentemente descrita, siempre que la conjugación del fluoróforo dé como resultado una composición que sea detectable in vivo (p. ej., después de la administración a un sujeto) y/o in vitro, y además no afectar negativamente a la capacidad del anticuerpo, o del fragmento del mismo, para unirse a su epítopo. Los fluoróforos representativos incluyen, entre otros, ácido 7-dimetilaminocumarina-3-carboxílico, cloruro de dansilo, nitrobenzodiazolamina (NBD), cloruro de dabsilo, ácido cinámico, ácido carboxílico de fluoresceína, azul del Nilo, tetrametilcarboxirodamina, tetraetilsulfhodamina, 5-carboxi-X-rodamina (5-ROX) y 6-carboxi-X-rodamina (6-ROX). Se
entiende que estos fluoróforos representativos son solo ejemplos, y también se pueden emplear fluoróforos adicionales. Por ejemplo, allí la serie de tintes ALEXA FLUOR@ incluye al menos 19 tintes diferentes que se caracterizan por diferentes espectros de emisión. Estos tintes incluyen ALEXA FLUOR@ 350, 405, 430, 488, 500, 514, 532, 546, 555, 568, 594, 610, 633, 635, 647, 660, 680, 700 y 750 (disponibles de Invitrogen Corp., Carlsbad, California, Ee . UU.), y la elección del tinte que se empleará puede ser realizada por un técnico experto después de considerar la presente especificación basada en criterios que incluyen, entre otros, las composiciones químicas de la ALEXA FLUOR@ específica, si se van a emplear múltiples restos detectables y los espectros de emisión de cada uno, la técnica de detección a emplear, etc.
[0118] En algunas formas de realización, un resto detectable comprende un tinte de cianina. Los ejemplos no limitantes de colorantes de cianina que se pueden conjugar con los anticuerpos, fragmentos y/o derivados del objeto de la presente invención incluyen los ésteres de succinimida Cy5, Cy5.5 y Cy7, suministrados por Amersham Biosciences (Piscataway, New Jersey, EE. Estados Unidos de America).
[0119] En algunas formas de realización, un resto detectable comprende un tinte de infrarrojo cercano (NIR). Los ejemplos no limitantes de colorantes del infrarrojo cercano que se pueden conjugar con los anticuerpos, fragmentos y/o derivados del objeto de la presente invención incluyen NIR641, NIR664, NIT7000 y NIT782.
[0120] En algunas formas de realización, los anticuerpos biotinilados se detectan usando un anticuerpo secundario que comprende un grupo avidina o estreptavidina y también se conjuga con un marcador fluorescente que incluye, entre otros, Cy3, Cy5, Cy7 y cualquiera de las series ALEXA FLUOR®® de etiquetas fluorescentes disponibles de INVITROGEN™ (Carlsbad, California, EE. UU.). En algunas formas de realización, el anticuerpo, o fragmento del mismo, se marca directamente con un marcador fluorescente y las células que se unen al anticuerpo se separan mediante clasificación celular activada por fluorescencia. Las estrategias de detección adicionales son conocidas por el experto en la materia.
[0121] Para aplicaciones de diagnóstico (que incluyen, entre otras, aplicaciones de detección y aplicaciones de formación de imágenes), los anticuerpos del objeto de la presente invención pueden marcarse con un resto detectable. El resto detectable puede ser cualquiera que sea capaz de producir, directa o indirectamente, una señal detectable. Por ejemplo, un resto detectable puede ser un radioisótopo, como, entre otros, 3H, 14C, 32P, 35S, 125I o 131I; un compuesto fluorescente o quimioluminiscente tal como, entre otros, isotiocianato de fluoresceína, rodamina o luciferina; o una enzima, tal como, pero sin limitación, fosfatasa alcalina, p-galactosidasa o peroxidasa de rábano picante.
[0122] El objeto descrito en la presente proporciona además métodos para diagnosticar un tumor, en los que una muestra o biopsia tumoral se evalúa in vitro. En algunas formas de realización, un ligando de direccionamiento de la materia presentemente divulgada comprende un marcador detectable tal como un marcador fluorescente, un marcador de epítopo o un marcador radiactivo, cada uno descrito brevemente a continuación en el presente documento.
[0123] Fluorescencia. Se puede utilizar cualquier colorante fluorescente detectable, incluidos, entre otros, FITC (isotiocianato de fluoresceína), FLUOR X™, ALEXA FLUOR@, OREGON GREEN®, Tm R (tetrametilrodamina), ROX (X-rodamina), TEXAS RED®, b Od IPY® 630/650 y Cy5 (disponible de Amersham Pharmacia Biotech de Piscataway, Nueva Jersey, EE. UU., o de Molecular Probes Inc. de Eugene, Oregón, EE. UU.).
[0124] Un marcador fluorescente puede detectarse directamente usando espectros de emisión y absorbancia que son apropiados para el marcador particular usado. Se han desarrollado equipos de investigación comunes para la detección in vitro de fluorescencia, incluidos instrumentos disponibles de GSI Lumonics (Watertown, Massachusetts, EE. UU.) y Genetic MicroSystems Inc. (Woburn, Massachusetts, EE. UU.). La mayoría de los sistemas comerciales utilizan algún tipo de tecnología de escaneo con detección de tubo fotomultiplicador. Los criterios a considerar cuando se analizan muestras fluorescentes se resumen en Alexay et al., 1996.
[0125] Detección de una etiqueta epitópica. Si se ha usado un marcador de epítopo, se puede usar una proteína o compuesto que se une al epítopo para detectar el epítopo. Un marcador epitópico representativo es la biotina, que puede detectarse mediante la unión de un fluoróforo conjugado con avidina, por ejemplo, avidina-FITC. Como alternativa, el marcador se puede detectar mediante la unión de un conjugado de avidina-peroxidasa de rábano picante (HRP) y estreptavidina, seguido de detección colorimétrica de un producto enzimático de HRP. La producción de un producto/conjugado colorimétrico o luminiscente se puede medir utilizando un espectrofotómetro o un luminómetro, respectivamente.
[0126] Detección autorradiográfica. En el caso de un marcador radiactivo (p. e j, 131I o 99mTc), la detección se puede realizar mediante autorradiografía convencional o utilizando un generador de imágenes de fósforo, como saben los expertos en la técnica. Un método autorradiográfico preferido emplea placas de formación de imágenes de luminiscencia fotoestimulables (Fuji Medical Systems de Stamford, Connecticut, EE. UU.). Brevemente, la luminiscencia fotoestimulable es la cantidad de luz emitida por las placas de fósforo irradiadas después de la estimulación con un láser durante el escaneo. La respuesta luminiscente de las placas es linealmente proporcional a la actividad (Amemiya et al., 1988; Hallahan et al., 2001a).
[0127] Se puede emplear cualquier método conocido en la técnica para conjugar un anticuerpo con un resto detectable (ver, por ejemplo, Hunter et al., 1962; David et al., 1974; Pain et al., 1981); y Nygren, 1982.
[0128] Vehículos de fármacos. Las composiciones de la materia objeto de la presente invención pueden comprender además un vehículo de fármaco para facilitar la preparación y administración del fármaco. Se puede usar cualquier vehículo o vehículo de administración de fármacos adecuado, incluidos, entre otros, un vector de terapia génica (p. ej., un vector viral o un plásmido), una microcápsula, por ejemplo, una microesfera o una nanoesfera (Manome et al., 1994; Hallahan et al., 2001b; Saltzman & Fung, 1997), un péptido (patente de EE. UU. N° 6.127.339 y 5.574.172), un glucosaminoglucano (patente de EE. UU. N° 6.106.866), un ácido graso (patente de EE. UU. N° 5.994.392), una emulsión grasa (Patente de e E. UU. n.° 5.651.991), un lípido o derivado de lípido (patente de EE. UU. n.° 5.786.387), colágeno (patente de EE. UU. n.° 5.922.356), un polisacárido o derivado del mismo (patente de EE. UU. n.), una micela o conjugado polimérico (Goldman et al., 1997; Patentes de EE. UU. Nos 4.551.482; 5.714.166; 5.510.103; 5.490.840; y 5.855.900), y un polisoma (Patente de EE. UU. N° 5.922.545).
[0129] Conjugación de ligandos dirigidos. Los anticuerpos o fragmentos también pueden acoplarse a fármacos o portadores de fármacos utilizando métodos conocidos en la técnica, que incluyen, entre otros, conjugación con carbodiimida, esterificación, oxidación con peryodato de sodio seguida de alquilación reductora y reticulación con glutaraldehído (ver, por ejemplo, Goldman et al., 1997; Cheng, 1996; Neri et al., 1997; Nabel, 1997; Park et al., 1997; Pasqualini et al., 1997; Bauminger & Wilchek, 1980; Patente de EE. UU. n.° 6.071.890 y Patente Europea n.° 0439095.
[0130] Administración. Los métodos adecuados para la administración de una composición de la materia presentemente descrita incluyen, entre otros, la administración intravascular, subcutánea, intramuscular e intratumoral. En algunas formas de realización, se emplea la administración intravascular. Como se usa en el presente documento, las frases "administración intravascular" y "disposición intravascular" se refieren a la administración de una composición directamente en la red vascular de un sujeto. Técnicas que pueden emplearse para la administración intravascular. Los expertos en la técnica conocen la administración de composiciones, e incluyen, pero no se limitan a la administración intravenosa y la administración intraarterial. Se entiende que se puede elegir cualquier sitio y método para la administración intravascular, dependiendo al menos en parte de la especie del sujeto al que se va a administrar la composición. Para el suministro de composiciones a las vías pulmonares, las composiciones se pueden administrar como un aerosol o una pulverización gruesa.
III. Métodos para detectar epítopos en muestras biológicas
[0131] La presente invención también proporciona los anticuerpos, y/o sus fragmentos, de la materia presentemente descrita para su uso en imágenes in vivo, en los que un anticuerpo marcado con un resto detectable tal como un agente radio-opaco y/o un radioisótopo se administra a un sujeto, en algunas formas de realización mediante administración intravenosa, y se analiza la presencia y ubicación del anticuerpo marcado en el huésped. Esta técnica de imagen puede ser útil en la estadificación y tratamiento de neoplasias malignas.
[0132] Por lo tanto, en algunas formas de realización, una composición del objeto de la presente invención comprende un marcador que puede detectarse in vivo. El término ”in vivo” como se usa aquí para describir métodos de detección o formación de imágenes, se refiere a métodos generalmente no invasivos tales como métodos centellográficos, formación de imágenes por resonancia magnética, ultrasonido o fluorescencia, cada uno descrito brevemente a continuación. El término "métodos no invasivos" no excluye los métodos que emplean la administración de un agente de contraste para facilitar la formación de imágenes in vivo.
[0133] En algunas formas de realización, el resto detectable se puede conjugar o asociar de otro modo con un anticuerpo, o un fragmento del objeto de la presente invención, un agente terapéutico, de diagnóstico, un vehículo de fármaco o combinaciones de los mismos, como se establece con más detalle anteriormente. Tras la administración de la composición marcada a un sujeto, y después de un tiempo suficiente para la unión, puede visualizarse la biodistribución de la composición. El término "tiempo suficiente para la unión" se refiere a una duración temporal que permite la unión del agente marcado a una molécula diana inducida por radiación.
[0134] Formación de imágenes gammagráficas. Los métodos de formación de imágenes gammagráficas incluyen SPECT (tomografía computarizada por emisión de fotón único), PET (tomografía por emisión de positrones), imágenes de cámara gamma y exploración rectilínea. Una cámara gamma y un escáner rectilíneo representan cada uno instrumentos que detectan radiactividad en un solo plano. La mayoría de los sistemas SPECT se basan en el uso de una o más cámaras gamma que giran alrededor del objeto de análisis y, por lo tanto, integran la radiactividad en más de una dimensión. Los sistemas de PET comprenden una matriz de detectores en un anillo que también detecta la radiactividad en múltiples dimensiones.
[0135] Los instrumentos de formación de imágenes adecuados para practicar los métodos de detección y/o formación de imágenes del tema descrito en la presente, y las instrucciones para usar los mismos, están fácilmente disponibles de fuentes comerciales. Los sistemas PET y SPECT son ofrecidos por ADAC de Milpitas, California, EE. UU., y Siemens de Hoffman Estates, Illinois, EE. UU. También se pueden usar dispositivos relacionados para formación de imágenes centelleográficas, como un dispositivo de formación de imágenes por radio que incluye una pluralidad de sensores con estructuras de colimación que tienen un foco de fuente común.
[0136] Cuando se emplea formación de imágenes gammagráficas, el marcador detectable comprende en algunas formas
de realización un marcador de radionúclido, en algunas formas de realización un marcador de radionúclido seleccionado del grupo que consta de 18F, 64Cu, 65Cu, 67Ga, 68Ga, 77Br, 80mBr, 95Ru, 97Ru, 103Ru, 105Ru, 99MTc, 107Hg, 203Hg, 123I, 124I, 125I, 126I, 131I, 133I, 111In, 113mIn, 99mRe, 105Re, 101Re, 186Re, 188Re, 121mTe, 122mTe, 125mTe, 165Tm, 167Tm, 168Tm, y formas de nitruro u óxido derivadas de los mismos. En algunas formas de realización, el marcador de radionucleido comprende 131I o 99mTc.
[0137] Los métodos para el marcaje con radionúclidos de una molécula para ser utilizados de acuerdo con los métodos descritos son conocidos en la técnica. Por ejemplo, se puede derivatizar una molécula dirigida para que un radioisótopo se pueda unir directamente a ella (Yoo et al., 1997). Alternativamente, se puede agregar un enlazador para permitir la conjugación. Los conectores representativos incluyen pentaacetato de dietilentriamina (DTPA)-isotiocianato, clorhidrato de nicotinato de succinimidilo 6-hidrazinio (SHNH) y oxima de hexametilpropilenamina (HMPAO; Chattopadhyay et al., 2001; Sagiuchi et al., 2001; y patente de EE. UU. N° 6.024.938). Se pueden encontrar métodos adicionales en la Patente de EE. UU. No. 6.080.384; Hnatowich et al., 1996; y Tavitian et al., 1998.
[0138] Cuando el resto de marcaje es un radionúclido, se pueden agregar estabilizadores para prevenir o minimizar el daño radiolítico, como ácido ascórbico, ácido gentísico u otros antioxidantes apropiados, a la composición que comprende la molécula dirigida marcada.
[0139] Formación de imágenes por resonancia magnética (IRM). Las técnicas basadas en imágenes de resonancia magnética crean imágenes basadas en las tasas de relajación relativas de los protones del agua en entornos químicos únicos. Como se usa en este documento, el término "imágenes por resonancia magnética" se refiere a técnicas de fuentes magnéticas que incluyen imágenes por resonancia magnética convencional, imágenes por transferencia de magnetización (MTI), espectroscopia por resonancia magnética de protones (MRS), imágenes ponderadas por difusión (DWI) e imágenes por RM funcional (IRMf); véase, por ejemplo, Rovaris et al., 2001; Pomper & Port, 2000; y las referencias citadas allí).
[0140] Los agentes de contraste para formación de imágenes de fuentes magnéticas incluyen, entre otros, iones paramagnéticos o superparamagnéticos, partículas de óxido de hierro (Weissleder et al., 1992; Shen et al., 1993) y agentes de contraste solubles en agua. Los iones paramagnéticos y superparamagnéticos se pueden seleccionar del grupo de metales que incluyen hierro, cobre, manganeso, cromo, erbio, europio, disprosio, holmio y gadolinio. Los metales preferidos son hierro, manganeso y gadolinio; el más preferido es el gadolinio.
[0141] Los expertos en la técnica del marcaje de diagnóstico reconocen que los iones metálicos pueden unirse mediante restos quelantes, que a su vez pueden conjugarse con un agente terapéutico de acuerdo con los métodos del objeto de la presente invención. Por ejemplo, los iones de gadolinio son quelados por el ácido dietilentriaminopentaacético (DTPA). Los iones lantánidos son quelados por compuestos de tetraazaciclododocano. Véanse las Patentes de EE. UU. Nos 5.738.837 y 5.707.605. Alternativamente, un agente de contraste puede transportarse en un liposoma (Schwendener, 1992).
[0142] Las imágenes derivadas utilizando una fuente magnética se pueden adquirir utilizando, por ejemplo, un magnetómetro de dispositivo de interferencia cuántica superconductora (SQUID, disponible con instrucciones de Quantum Design de San Diego, California, EE. UU.; véase también la patente de EE. UU. N° 5.738.837).
[0143] Ultrasonido. Las imágenes por ultrasonido se pueden utilizar para obtener información cuantitativa y estructural de un tejido diana, incluido un tumor. La administración de un agente de contraste, como microburbujas de gas, puede mejorar la visualización del tejido objetivo durante un examen de ultrasonido. En algunas formas de realización, el agente de contraste puede dirigirse selectivamente al tejido diana de interés, por ejemplo, mediante el uso de un péptido para la administración guiada de fármacos (p. ej., administración de fármacos guiada por radiación) como se describe en el presente documento. Los agentes representativos para proporcionar microburbujas in vivo incluyen, entre otros, burbujas lipófilas o basadas en lípidos llenas de gas (p. ej., patentes de EE. UU. Nos 6.245.318; 6.231.834; 6.221.018; y 5.088.499). Además, el gas o el líquido pueden quedar atrapados en partículas inorgánicas porosas que facilitan la liberación de microburbujas en el momento de la entrega a un sujeto (Patentes de EE. UU. Nos 6.254.852 y 5.147.631).
[0144] Los gases, líquidos y combinaciones de los mismos adecuados para su uso con el objeto de la presente invención incluyen aire; nitrógeno; oxígeno; es dióxido de carbono; hidrógeno; óxido nitroso; un gas inerte como helio, argón, xenón o criptón; un fluoruro de azufre tal como hexafluoruro de azufre, decafluoruro de disulfuro o pentafluoruro de trifluorometilazufre; hexafluoruro de selenio; un silano opcionalmente halogenado tal como tetrametilsilano; un hidrocarburo de bajo peso molecular (por ejemplo, que contiene hasta 7 átomos de carbono), por ejemplo, un alcano como metano, etano, propano, butano o pentano, un cicloalcano como ciclobutano o ciclopentano, un alqueno como propeno o buteno, o un alquino tal como acetileno; un éter; una cetona; un éster; un hidrocarburo halogenado de bajo peso molecular (por ejemplo, que contiene hasta 7 átomos de carbono); o una mezcla de cualquiera de los anteriores. Los gases de hidrocarburos halogenados pueden mostrar una mayor longevidad y, por lo tanto, son los preferidos para algunas aplicaciones. Los gases representativos de este grupo incluyen decafluorobutano, octafluorociclobutano, decafluoroisobutano, octafluoropropano, octafluorociclopropano, dodecafluoropentano, decafluorociclopentano, decafluoroisopentano, perfluoropexano, perfluorociclohexano, perfluoroisohexano, hexafluoruro de azufre y perfluorooctainas, perfluorononanas; perfluorodecanos, opcionalmente bromados.
[0145] La unión de ligandos dirigidos a burbujas lipófilas se puede lograr a través de agentes de reticulación químicos de
acuerdo con métodos estándar de unión proteína-polímero o proteína-lípido (p. ej., a través de carbodiimida (EDC) o tiopropionato (SPDP)). Para mejorar la eficacia de la orientación, se pueden acoplar burbujas grandes llenas de gas a un ligando de orientación mediante un brazo espaciador flexible, como un polímero sintético ramificado o lineal (patente de EE. UU. N° 6.245.318). Se puede unir un ligando de direccionamiento a las partículas inorgánicas porosas mediante el recubrimiento, la adsorción, la formación de capas o la reacción de la superficie exterior de la partícula con el ligando de direccionamiento (patente de EE. UU. N° 6.254.852).
[0146] Se puede encontrar una descripción del equipo de ultrasonido y los métodos técnicos para adquirir un conjunto de datos de ultrasonido en Coatney, 2001; Lees, 2001; y las referencias citadas en el mismo.
[0147] Imágenes de fluorescencia. Los métodos de formación de imágenes no invasivos también pueden comprender la detección de un marcador fluorescente. Un fármaco que comprende un componente lipofílico (agente terapéutico, agente de diagnóstico, vector o vehículo de fármaco) se puede marcar con cualquiera de una variedad de tintes lipofílicos que son adecuados para la formación de imágenes in vivo (ver, por ejemplo, Heredia et al., 1991; Ragnarson et al., 1992; Fraser, 1996). Los marcadores representativos incluyen, entre otros, colorantes de carbocianina y aminoestirilo, preferiblemente carbocianinas de dialquilo de cadena larga (p. ej., Dil, DiO y DiD disponibles en Molecular Probes Inc. de Eugene, Oregón, EE. UU.) y colorantes de dialquilaminoestirilo. Las etiquetas fluorescentes lipófilas se pueden incorporar utilizando métodos conocidos por los expertos en la técnica. Por ejemplo, las soluciones de marcaje de células VYBRANT™ son eficaces para el marcaje de células cultivadas de otros componentes lipófilos (Molecular Probes Inc. de Eugene, Oregón, EE. UU.).
[0148] Un marcador fluorescente también puede comprender tintes de cianina sulfonados, incluidos Cy5.5 y Cy5 (disponibles de Amersham de Arlington Heights, Illinois, EE. UU.), IRD41 e IRD700 (disponibles de Li-Cor, Inc. de Lincoln, Nebraska), NIR-1 (disponible en Dejindo de Kumamoto, Japón) y LaJolla Blue (disponible en Diatron de Miami, Florida, EE. UU.; ver también Licha et al., 2000; Weissleder et al., 1999; Vinogradov et al., 1996).
[0149] Además, un marcador fluorescente puede comprender un quelato orgánico derivado de iones lantánidos, por ejemplo, quelatos fluorescentes de terbio y europio (patente de EE. UU. n° 5.928.627). Dichos marcadores se pueden conjugar o unir covalentemente a un fármaco como se describe en el mismo.
[0150] Para el uso mencionado anteriormente para la detección in vivo de un marcador fluorescente, se crea una imagen usando espectros de emisión y absorbancia que son apropiados para el marcador particular usado. La imagen se puede visualizar, por ejemplo, mediante espectroscopia óptica difusa. Los métodos y sistemas de formación de imágenes adicionales se describen en las Patentes de EE. UU. números 5.865.754; 6.083.486; y 6.246.901, entre otros lugares.
IV. Métodos para detectar y tratar tumores
[0151] La presente invención también proporciona los anticuerpos y/o fragmentos de la materia presentemente desvelada para su uso en imágenes in vivo de tumores, en los que una composición de la materia presentemente desvelada que ha sido marcada con una fracción de formación de imágenes tal como un agente radioopaco, un radioisótopo u otro agente de formación de imágenes se administra a un sujeto y se analiza la presencia y ubicación de la composición marcada de forma detectable en el sujeto. Esta técnica de imagen puede ser útil en la estadificación y tratamiento de neoplasias malignas. En algunas formas de realización, un anticuerpo se marca con cualquier resto que sea detectable in situ en un sujeto, por ejemplo, mediante resonancia magnética nuclear, radiología u otros métodos de detección conocidos en la técnica.
[0152] Como tal, el objeto de la presente invención también proporciona una composición para usar en la detección de tumores en sujetos. En algunas formas de realización, los métodos actualmente divulgados comprenden (a) administrar al sujeto una composición que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la materia presentemente divulgada conjugado con un marcador detectable; y (b) detectar el marcador detectable para detectar así el tumor. En algunas formas de realización, el tumor es un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que opcionalmente expresa MUC1, un K-ras mutante o ambos.
[0153] En algunas formas de realización del objeto actualmente divulgado, el marcador detectable comprende un agente de formación de imágenes seleccionado del grupo que consiste en iones paramagnéticos, radiactivos y fluorogénicos que incluyen, entre otros, los expuestos con más detalle anteriormente. A la vista de la divulgación anterior, el agente radiactivo de formación de imágenes puede ser, por ejemplo, emisores gamma, emisores de positrones, emisores de rayos X o cualquier otro agente para el que esté disponible un método de detección. Entre los ejemplos de tales agentes radiactivos de imagen se incluyen 43K, 52Fe, 57Co, 67Cu, 67Ga, 68Ga, 77Br, 81Rb/81MKr 87MSr, 99MTc, 111In, 113In, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 131I, 132i, 197Hg, 203Pb y 206Bi, pero el objeto descrito actualmente no se limita solo a estos radioisótopos.
[0154] El objeto de la presente invención también proporciona una composición para usar en el tratamiento de tumores. Los métodos comprenden administrar al sujeto una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo de la materia presentemente desvelada conjugado con un agente activo, por lo que el agente activo entra en contacto con el tumor para así tratar el tumor, como se define en la reivindicación 12. Los agentes se describen en el presente documento e incluyen, entre otros, agentes terapéuticos, opcionalmente agentes quimioterapéuticos, toxinas, agentes
radioterapéuticos y combinaciones de cualquiera de los anteriores.
[0155] Por ejemplo, una composición de la materia presentemente desvelada puede comprender un anticuerpo, o un fragmento del mismo, como se desvela en el presente documento, conjugado con un agente quimioterapéutico. En algunas formas de realización, el agente quimioterapéutico se selecciona entre un fármaco antitumoral, una citocina, un antimetabolito, un agente alquilante, una hormona, metotrexato, doxorrubicina, daunorrubicina, arabinósido de citosina, etopósido, 5-fluorouracilo, melfalán, clorambucilo, una mostaza nitrogenada, ciclofosfamida, cis-platino, vindesina, alcaloides de la vinca, mitomicina, bleomicina, purotionina, macromomicina, derivados de 1,4-benzoquinona, trenimon, esteroides, aminopterina, antraciclinas, demecolcina, etopósido, mitramicina, doxorrubicina, daunomicina, vinblastina, neocarzinostatina, macromicina, a-amanitina y combinaciones de los mismos.
[0156] Además, una composición de la materia presentemente desvelada puede comprender un anticuerpo, o un fragmento del mismo, como se desvela en el presente documento, conjugado con una toxina. Los ejemplos de toxinas incluyen, entre otros, veneno de víbora de Russell, factor IX activado, factor X activado, trombina, fosfolipasa C, factor de veneno de cobra, ricina, cadena A de ricina, exotoxina de Pseudomonas, toxina diftérica, ribonucleasa pancreática bovina, proteína antiviral de hierba carmín, abrina, cadena A de abrina, gelonina, saporina, modecina, viscumina, volkensina y combinaciones de los mismos.
[0157] Las composiciones de la materia objeto de la presente invención también pueden comprender un anticuerpo, o un fragmento del mismo, como se describe aquí, conjugado con un agente radioterapéutico. Los ejemplos de agentes radioterapéuticos incluyen, entre otros, 47Sc, 67Cu, 90Y, 109Pd, 123I, 125I, 131I, 186Re, 188Re, 199Au, 211At, 212Pb, 212Bi, 32P, 33P, 71Ge, 77As, 103Pb, 105Rh, 111Ag, 119Sb, 121Sn, 131Cs, 143Pr, 161Tb, 177Lu, 191Os, 193MPt y 197Hg.
[0158] El objeto descrito en la presente también proporciona un anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo, para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente en un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende las regiones determinantes de la complementariedad (CDRs) del anticuerpo monoclonal TAB-004 para usar en un método para suprimir el crecimiento tumoral en un sujeto, como se define en la reivindicación 13. En algunas formas de realización, los métodos comprenden administrar a un sujeto que tiene un tumor una cantidad efectiva de un anticuerpo aislado, o fragmento del tema actualmente revelado. En algunas formas de realización, el anticuerpo o el fragmento del objeto de la presente invención se une a un epítopo presente en cualquiera de las SEQ ID NO: 1-3. En algunas formas de realización, el tumor es un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que en algunas formas de realización expresa MUC1, un K-ras mutante o ambos.
[0159] El objeto descrito en la presente también incluye el empleo de las composiciones y la composición para su uso en los métodos descritos en el presente documento como parte de una terapia de combinación. Como tal, la materia objeto de la presente descripción proporciona en algunas formas de realización la administración al sujeto de uno o más tratamientos antitumorales adicionales. Los tratamientos antitumorales ejemplares incluyen pero no se limitan a radioterapia, quimioterapia, una inmunoterapia adicional, una terapia antiinflamatoria y combinaciones de los mismos.
[0160] Por ejemplo, una terapia antiinflamatoria puede comprender administrar al sujeto un agente antiinflamatorio tal como, pero sin limitarse a, un fármaco antiinflamatorio no esteroideo (NSAID). Los NSAID ejemplares incluyen, pero no se limitan a inhibidores de ciclooxigenasa (p. ej., indometacina), particularmente inhibidores específicos de ciclooxigenasa-2 tales como, pero no se limitan a celecoxib y rofecoxib.
[0161] Las terapias combinadas también pueden incluir la administración de una o más terapias antitumorales adicionales tales como, entre otras, la administración de gemcitabina, que es 4-amino-1-(2-desoxi-2,2-difluoro-p-D-eritropentofuranosil)pirimidin-2(1H)-on-2',2'-difluoro-2'-desoxicitidina; celecoxib, que es 4-[5-(4-metilfenil)-3-(trifluorometil)pirazol-1-il]bencenosulfonamida, sus sales farmacéuticamente aceptables y/o sus combinaciones para el sujeto.
[0162] Las terapias de combinación también pueden incluir la administración de radiación ionizante al sujeto, antes, durante y/o después del ciclo de administración de cualquiera de las composiciones del objeto de la presente invención.
[0163] Para aplicaciones terapéuticas, los anticuerpos, fragmentos y/o conjugados de los mismos pueden administrarse a un sujeto, por ejemplo, en una forma de dosificación farmacéuticamente aceptable. Se pueden administrar por vía intravenosa en bolo o por infusión continua durante un período de tiempo, por vía intramuscular, subcutánea, intraarticular, intrasinovial, intratecal, oral, tópica o por inhalación. Los anticuerpos y/o conjugados también pueden administrarse por vía intratumoral, peritumoral, intralesional o perilesional, para ejercer efectos terapéuticos tanto locales como sistémicos, según se desee.
[0164] Los vehículos, diluyentes y/o excipientes farmacéuticamente aceptables adecuados son bien conocidos y pueden ser empleados por los expertos en la técnica según lo justifique la situación clínica. Los ejemplos de vehículos, diluyentes y/o excipientes adecuados incluyen: (1) solución salina tamponada con fosfato de Dulbecco, pH de alrededor de 7,4, que contiene alrededor de 1 mg/ml a 25 mg/ml de albúmina sérica humana, (2) solución salina al 0,9 % (0,9 % en p/v NaCl) y (3) dextrosa al 5% (p/v).
[0165] Cuando está presente en una forma de dosificación acuosa, en lugar de estar liofilizado, el anticuerpo normalmente se formulará a una concentración de aproximadamente 0,1 mg/ml a 100 mg/ml, aunque se permite una amplia variación fuera de estos rangos.
[0166] Para orientación adicional con respecto a la formulación y la dosis, véanse las Patentes de EE. UU. Nos 5,326,902; 5.234.933; Publicación Internacional PCT N° WO 1993/25521; Genaro, 1990; Goodman et al., 1996; Berkow et al., 1997; Speight et al., 1997; Duch et al., 1998; Ebadi, 1998; Katzung, 2001; Gennaro, 2003.
[0167] Las composiciones de la materia objeto de la presente invención pueden emplearse in vitro, in vivo o ex vivo.
[0168] Las composiciones de la materia presentemente desvelada pueden usarse para la detección y/o el tratamiento de un cáncer en el que la expresión de MUC1 o K-ras mutado está elevada. Los ejemplos de tales cánceres incluyen, pero no se limitan a cánceres de ovario, mama, pulmón, páncreas y próstata.
[0169] Para el tratamiento de una enfermedad, una dosificación apropiada de un anticuerpo, o fragmento del mismo, y/o un conjugado del mismo de la materia presentemente descrita puede depender del tipo de enfermedad a tratar, la gravedad y el curso de la enfermedad, si los anticuerpos y/o conjugados se administran con fines preventivos o terapéuticos, el curso de la terapia anterior, el historial clínico del paciente y la respuesta a los anticuerpos y/o conjugados, y la discreción del médico tratante. Los anticuerpos y/o conjugados de la materia objeto de la presente invención se pueden administrar a un sujeto de una sola vez o en el curso de varios o muchos tratamientos.
V. Métodos para detectar, purificar y seleccionar células tumorales y células madre cancerosas
[0170] El objeto de la presente invención también proporciona métodos para detectar, purificar y seleccionar células tumorales, células madre cancerosas o ambas aisladas de un sujeto usando los anticuerpos, o los fragmentos de los mismos, divulgados en este documento. El objeto de la presente descripción proporciona métodos para detectar células tumorales, células madre cancerosas o ambas mediante la detección de la unión de un anticuerpo, o un fragmento del mismo, a células tumorales, células madre cancerosas o ambos presentes en muestras biológicas aisladas de sujetos que tenían y /o tiene actualmente un cáncer, descrito en este documento. Las composiciones descritas en el presente documento que emplean marcadores detectables pueden emplearse para este propósito.
[0171] Además, el objeto actualmente divulgado proporciona métodos para purificar células madre cancerosas como se define en la reivindicación 15. En algunas formas de realización, los métodos comprenden (a) proporcionar una población de células sospechosas de comprender células madre cancerosas; (b) identificar una subpoblación de células que se unen a un anticuerpo, o un fragmento del mismo, que se une a un epítopo presente en cualquiera de las SEQ ID NO: 1 3; y (b) purificar la subpoblación. Con respecto a los métodos de purificación, en algunas formas de realización la población de células comprende células circulantes aisladas de un sujeto que tiene cáncer.
[0172] En algunas formas de realización, los métodos comprenden además eliminar células de linaje positivo (lin+) de la población de células antes del paso de identificación o eliminación de células lin+ de la subpoblación purificada. Los métodos para eliminar células lin+ de poblaciones celulares son conocidos en la técnica. Un método ejemplar es el siguiente:
las suspensiones de células individuales se aíslan de un sujeto (p. ej., de sangre, fluidos linfáticos, aspirados de médula ósea, etc.) o se preparan a partir de tejidos. En el caso de los tejidos, las secciones de un tejido sospechoso de tener células madre cancerosas (p. ej., tejido de adenocarcinoma pancreático) pueden homogeneizarse mecánicamente y digerirse con colagenasa IV y ADNasa durante 30 minutos a 37 °C. La sangre completa y la suspensión de células individuales del tumor pueden someterse a la depleción de células de linaje utilizando, por ejemplo, uno de los varios kits de depleción de células de linaje específicos de especie vendidos por Miltenyi Biotec (Bergisch Gladbach, Alemania), que eliminan las células que expresan el siguiente linaje antígenos: CD2, CD3, CD11b, CD14, CD15, CD16, CD19, CD56, CD123 y CD235a de las suspensiones celulares. A continuación, la subpoblación de linaje negativo puede cribarse utilizando citometría de flujo para células que expresan MUC1 utilizando, por ejemplo, el anticuerpo monoclonal TAB-004 del objeto de la presente invención. Se entiende que los pasos de las diversas selecciones se pueden realizar en cualquier orden. Si se desea, también se pueden emplear anticuerpos dirigidos contra los marcadores de células madre CD133 (AC133) y/o CD24+/CD44+.
[0173] El objeto descrito en la presente también proporciona una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente en un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido Kras mutado, que comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 y un agente activo, para usar en un método para dirigir un agente activo a una célula madre cancerosa circulante en un sujeto, como se define en la reivindicación 16. El método comprende poner en contacto una célula madre cancerosa (opcionalmente una célula madre cancerosa circulante) con una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo, del objeto de la presente invención y un agente activo. La composición entrega así el agente activo a la célula madre cancerosa. Cualquiera de los agentes activos descritos en el presente documento puede dirigirse a las células madre cancerosas empleando las composiciones y los métodos descritos en la presente. En algunas formas de realización, el agente activo comprende un agente terapéutico, un agente quimioterapéutico, una toxina, un agente radioterapéutico o una combinación de los mismos.
[0174] Por ejemplo, en algunas formas de realización, el agente terapéutico comprende un inmunomodulador, que en algunas formas de realización podría ser uno o más inhibidores de la indoleamina 2,3-dioxigenasa (IDO) (p. ej., 1-metil-DL-triptófano (1MT)) ; un antagonista del receptor EP2/EP4; un antagonista de CXCR4, un antagonista del receptor 1 del factor de crecimiento endotelial vascular, Celebrex, un antagonista de TGFpR1 y un activador de células dendríticas. En la Tabla 3 anterior se proporcionan ejemplos no limitantes de estos inmunomoduladores.
VI. Métodos para predecir la recurrencia y/o progresión del cáncer en un sujeto
[0175] A partir del año 2010, el cáncer de mama y el cáncer de páncreas son la tercera y cuarta causa principal de muertes relacionadas con el cáncer, respectivamente. El cáncer de mama es el cáncer más comúnmente diagnosticado entre las mujeres, pero aunque el cáncer de páncreas es menos común, tiene el peor pronóstico de todos los cánceres. El mal pronóstico asociado con el cáncer de páncreas se debe, al menos en parte, a la falta de métodos de detección temprana que den como resultado un diagnóstico de la enfermedad en un paso avanzada. Aunque la mamografía ha mejorado significativamente la detección temprana del cáncer de mama, no está exenta de deficiencias. Se pasan por alto hasta el 20% de los cánceres de mama, y los resultados falsos positivos pueden generar ansiedad y costosas pruebas adicionales. La falta de especificidad en el cribado mamográfico puede dar lugar al "sobrediagnóstico" de tumores benignos y al tratamiento innecesario.
[0176] Otra preocupación es la presencia de metástasis de tumores primarios a sitios distantes en pacientes, cuya presencia generalmente se correlaciona con un mal pronóstico y, como tal, impacta drásticamente el curso de la terapia administrada a los pacientes. Los métodos actuales que se pueden usar para detectar metástasis incluyen la tomografía computarizada (TC), la tomografía por emisión de positrones (PET) y la resonancia magnética nuclear (RMN). Estas modalidades son costosas, potencialmente peligrosas para el individuo, pueden carecer de especificidad y sensibilidad y, en general, son incapaces de detectar micrometástasis.
[0177] El control de la recurrencia en pacientes también puede ser necesario para adaptar apropiadamente tratamientos farmacológicos particulares. Para estos fines, pueden emplearse pruebas basadas en sangre para antígenos tumorales que incluyen, pero no se limitan a los antígenos tumorales CA 19-9, CA 15-3 y CA 27-29. Sin embargo, estas pruebas también suelen carecer de especificidad, ya que otras condiciones además del cáncer pueden conducir a la elevación de estos y otros "antígenos asociados a tumores" putativos. También con frecuencia, los niveles de expresión de estos marcadores son insuficientemente altos durante las primeras etapas del cáncer lo suficientemente en la progresión de un cáncer para detectar el cáncer antes de que aparezcan los síntomas. El desarrollo de metodologías para detectar específicamente el cáncer en una paso temprana, así como para detectar micrometástasis y recurrencia, sería beneficioso para mejorar los resultados en pacientes con cáncer de páncreas y de mama.
VI.A. Métodos para predecir la recurrencia del cáncer
[0178] En algunas formas de realización, el objeto actualmente divulgado también proporciona un método in vitro para predecir la recurrencia del cáncer en un sujeto, como se define en la reivindicación 17. Los métodos comprenden (a) una muestra biológica que comprende células circulantes aisladas de un sujeto con cáncer; (b) poner en contacto la muestra biológica con uno o más de los anticuerpos, o fragmentos del objeto de la presente invención; e (c) identificar en la muestra biológica una o más células circulantes que se unen a uno o más de los anticuerpos, o fragmentos del objeto descrito en la presente, por lo que se predice la recurrencia de un cáncer en el sujeto, como se define en la reivindicación 17. Con respecto a estos métodos, la identificación de células circulantes que se unen a los anticuerpos y/o fragmentos de la materia presentemente descrita puede ser indicativa de una recurrencia del cáncer de un sujeto cuando el sujeto había tenido previamente sido negativo para dichas células circulantes. En algunas formas de realización, la presencia de células circulantes que se unen a uno o más de los anticuerpos, o fragmentos de la materia presentemente descrita, indica que el sujeto tiene un mayor riesgo de enfermedad metastásica en relación con un sujeto que es negativo para tales células circulantes.
VI.B. Métodos para pronosticar la progresión del cáncer
[0179] El objeto actualmente divulgado también proporciona un método in vitro para pronosticar la progresión de un cáncer en sujetos, como se define en la reivindicación 17. El método comprende una muestra biológica que comprende células circulantes aisladas de un sujeto con un cáncer; poner en contacto la muestra biológica con el anticuerpo, o un fragmento del mismo, de la materia presentemente divulgada en condiciones suficientes para que el anticuerpo, o el fragmento del mismo, se una a un epítopo presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica; e identificar en la muestra biológica una o más células circulantes que se unen al anticuerpo, o al fragmento del mismo, por lo que se pronostica la progresión de un cáncer en el sujeto, como se define en la reivindicación 17. En algunas formas de realización, la muestra biológica comprende una muestra de sangre, una muestra de linfa, o una fracción de la misma. En algunas formas de realización, el cáncer es un cáncer de páncreas o un cáncer de mama.
[0180] En algunas formas de realización, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal producido por la línea celular de hibridoma TAB-004 depositada en la American Type Culture Collection (ATCC), 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia, 20110-2209, EE. UU., el 16 de diciembre de 2010 bajo los términos del Tratado de Budapest como Número de Acceso PTA-11550. En algunas formas de realización, el fragmento del mismo se selecciona del grupo que consiste en
un anticuerpo quimérico o un fragmento del mismo; un anticuerpo humanizado, o un fragmento del mismo; un anticuerpo humano, o un fragmento del mismo; un anticuerpo de cadena sencilla, o un fragmento del mismo; y un fragmento Fab, en el que el anticuerpo quimérico, el anticuerpo humanizado, el anticuerpo humano, el anticuerpo monocatenario o el fragmento Fab comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004, y además en el que el anticuerpo quimérico, el anticuerpo humanizado, el anticuerpo humano el anticuerpo, el anticuerpo monocatenario o el fragmento Fab comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004. En algunas formas de realización, las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 comprenden CDR1 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; CDR2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13.
[0181] Como se usa en el presente documento, la frase "pronóstico de la progresión de un cáncer" se refiere a evaluar los indicios de una enfermedad cancerosa en un momento dado y compararlos con los indicios de la enfermedad del cáncer tomada en un momento anterior, en donde la comparación es indicativa de una progresión del cáncer en el sujeto. En algunas formas de realización, la progresión del cáncer comprende la metástasis del cáncer en el sujeto.
[0182] Como tal, el anticuerpo, o el fragmento del mismo, del objeto de la presente invención puede emplearse para detectar la presencia de células tumorales circulantes (CTC) en la sangre u otras muestras biológicas de pacientes con cáncer, ya que la presencia de CTC puede ser un indicador importante del potencial de enfermedad metastásica y mal pronóstico. Actualmente, el sistema CELLSEARCH® (Veridex, LLC, Raritan, Nueva Jersey, EE. UU.) es el único método aprobado por la Administración de Drogas y Alimentos de los Estados Unidos (FDA) para medir las CTC en pacientes con cáncer metastásico de mama, colorrectal y de próstata. Este sistema se basa en la detección del marcador de superficie de células epiteliales EpCAM en CTC. En el cáncer de mama metastásico, se ha demostrado que la detección de CTC antes del inicio de la terapia de primera línea es altamente predictiva de la supervivencia libre de progresión y la supervivencia general. Los pacientes con >5 CTC por 7,5 ml de sangre al inicio y en el primer seguimiento (4 semanas) tenían un peor pronóstico que los pacientes con menos de cinco CTC (Cristofanilli et al., 2005). De manera similar, en el cáncer de páncreas, >1 CTC/7,5 ml de sangre se correlacionó con un mal pronóstico (Kurihara et al., 2008).
[0183] Sin embargo, la capacidad de las CTC para formar lesiones metastásicas reales permanece en duda. Dado que las células tumorales con fenotipos invasivos pierden varios antígenos epiteliales en un proceso de transformación llamado transición epitelial-mesenquimatosa (EMT), las CTC que expresan EpCAM actualmente son mínimamente predictivas de metástasis. De hecho, se ha informado una baja expresión de EpCAM por micrometástasis, y los intentos de aislar CTC usando anticuerpos contra EpCAM no han tenido éxito hasta la fecha. Dado que las células que expresan MUC1 tienen un alto potencial metastásico y se ha encontrado que MUC1 se expresa en las CTC, los anticuerpos divulgados actualmente y sus fragmentos, incluido, entre otros, el anticuerpo TAB-004, pueden servir como un predictor mejorado y altamente confiable de metástasis en comparación con estrategias basadas en intentar detectar CTC que expresan EpCAM.
VIII. Otros usos
[0184] Los anticuerpos de la materia objeto de la presente invención también pueden emplearse en varios métodos de ensayo, tales como, entre otros, ensayos de unión competitiva, ensayos sándwich directos e indirectos y ensayos de inmunoprecipitación (véase, por ejemplo, Zola, 1987; Harlow & Lane, 1988).
[0185] Los anticuerpos del objeto de la presente invención también son útiles como agentes de purificación por afinidad. En este proceso, se inmovilizan uno o más anticuerpos sobre un soporte adecuado (como, por ejemplo, una resina Sephadex o un papel de filtro, entre otros) utilizando métodos bien conocidos en la técnica. Véase, por ejemplo, Harlow & Lane, 1988.
EJEMPLOS
[0186] Los siguientes ejemplos proporcionan formas de realización ilustrativas. A la luz de la presente divulgación y el nivel general de experiencia en la técnica, los expertos apreciarán que los siguientes ejemplos pretenden ser solo ilustrativos y que se pueden emplear numerosos cambios, modificaciones y alteraciones sin apartarse del alcance de la materia actualmente divulgada.
EJEMPLO 1
Generación de ratones con adenocarcinoma pancreático que expresan MUC1 humano
[0187] En la Figura 3 se representa una estrategia para generar una línea de ratón transgénico triple que expresa MUC1 humano y desarrolla adenocarcinoma pancreático en desarrollo y adulto (Kawaguchi et al., 2002) se cruzaron con ratones LSL-KrasG12D/+, que contenían un alelo K-rasG12D transcripcionalmente inactivo que se activó en células que expresaban Cre (Jackson et al., 2001; Kawaguchi et al., 2002). La progenie que dio positivo tanto para P48Cre/+ como para LSL-KrasG12D/+ (denominados "ratones PDA") se aparearon con una línea de ratones transgénicos (MUC1.Tg) que portaban un transgén MUC1 humano y se mantuvieron como heterocigotos (ver Figura 3). Los ratones MUC1.Tg expresaron MUC1 humano, exhibieron tolerancia al compartimiento de células B y T, y fueron refractarios a la inmunización con la proteína
codificada por el transgén (Rowse et al., 1998). Dado que el transgén MUC1 humano fue impulsado por su propio promotor en estos ratones, sus niveles de expresión fueron específicos de tejido y apropiados. Se observaron superficies luminales de bajo nivel de tejido epitelial simple y una mayor expresión en tumores.
[0188] Los ratones que eran positivos para P48Cre/+, LSL-KrasG12D/+ y MUC1 humano (denominados aquí ratones "PDA.MUC1.Tg") portaban tres transgenes. Todos los ratones PDA x MUC1.Tg desarrollaron neoplasia intraepitelial pancreática (PanIN) en diferentes estadios, incluidos PanIN-IA, PanIN-IB, PanIN-2, PanIN-3 y adenocarcinoma (Tinder et al., 2008; Mukherjee et al., 2009). Las secciones representativas de varias edades del páncreas PDA x MUC1.Tg se muestran en la Figura 1B. Aproximadamente el 80% de estos ratones desarrollaron adenocarcinoma a las 26 semanas de edad y casi el 100% de los ratones desarrollaron adenocarcinoma a las 34 semanas de edad.
[0189] A partir de ratones PDA.MUC1.Tg (Figura 3) que expresaban MUC1 humano y antígenos tumorales K-rasG12D mutados, se prepararon lisados de proteínas para producir antisueros contra antígenos asociados a tumores expresados por los ratones transgénicos triples. Brevemente, se mezclaron 5 mg del lisado de proteínas con adyuvante de Freund incompleto (IFA) y se usaron para inmunizar ratones Balb/c. Los hibridomas se generaron mediante la fusión de células de bazo de ratones inmunizados con células de mieloma, y el anticuerpo TAB-004 se identificó mediante cribado de hibridomas. Se determinó que este anticuerpo monoclonal era del isotipo IgG. El anticuerpo purificado se unió a MUC1 glicosilado asociado al tumor.
[0190] El cribado de epítopos determinó que el anticuerpo monoclonal (mAb) TAB-004 descrito en el presente documento se unía a un epítopo presente en SEQ ID NO: 3. El anticuerpo reaccionó fuertemente con tejido tumoral aislado de páncreas humano (Figura 1B), mama humana (Figura 2A y 2B), pero no se unió apreciablemente al páncreas o al tejido mamario normal (véanse las Figuras 1A y 2C).
[0191] Curiosamente, el anticuerpo TAB-004 reaccionó de forma cruzada con K-ras mutado de tal manera que los tejidos tumorales que expresaban la mutación K-ras pero no el MUC1 humano también mostraron tinción positiva con el anticuerpo. Todas las lesiones metastásicas mostraron reactividad positiva y parecía que TAB-004 podía unirse a un epítopo presente dentro de un polipéptido K-ras mutado.
EJEMPLO 2
Clasificación FACS de células tumorales
[0192] El anticuerpo TAB-004 se probó con varias muestras para determinar su capacidad para unirse y clasificar células tumorales que estaban presentes en diferentes entornos y en diferentes condiciones usando clasificación de células activadoras de fluorescencia (FACS).
[0193] En un primer experimento, se empleó el anticuerpo TAB-004 para teñir células de poblaciones purificadas de células CD133+ y CD24+/CD44+/EpCAM+. Las secciones de adenocarcinomas pancreáticos se homogeneizan mecánicamente y se digieren en colagenasa IV y ADNasa durante 30 minutos a 37°C. La sangre completa y la suspensión de células individuales del tumor se sometieron al agotamiento de células de linaje utilizando el kit de agotamiento de células de linaje (Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Alemania, número de catálogo 130-092-211), eliminando así las células que expresan los siguientes antígenos de linaje: CD2, c D3, CD11b, CD14, CD15, CD16, c D19, CD56, CD123 y CD235a de las suspensiones celulares. Células de linaje negativo (lin-) de muestras de sangre o muestras de tumor de pacientes con cáncer de páncreas luego se analizaron usando citometría de flujo para células que expresan MUC1, usando el anticuerpo TAB-004, y los siguientes marcadores madre pancreáticos CD133 (AC133) o CD24+/CD44+.
[0194] Las Figuras 7A y 7B son histogramas de separaciones de clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) de células CD133+ (Figura 7A) y CD24+/CD44+/EpCAM+ (Figura 7B) y la medida en que el anticuerpo TAB-004 divulgada en este documento se ha unido a estas poblaciones.
[0195] A continuación, se empleó el análisis FACS para comparar la expresión de MUC1 usando el anticuerpo TAB-004 en células tumorales pancreáticas y normales aisladas de tejidos tumorales pancreáticos, y también la expresión de CXCR4, un polipéptido que se ha asociado con la movilidad de las células, incluidas las células cancerosas. Los resultados se muestran en la Figura 8.
[0196] En la Figura 8, se compararon las distribuciones de células en tejido pancreático histológicamente normal (Figura 8C) frente a tejido de adenocarcinoma pancreático adyacente (Figura 8D) teñidas con el anticuerpo TAB-004 frente a un anticuerpo CXCR4. Como puede verse, las células que eran positivas para MUC1 o para CXCR4 eran más abundantes en el tejido de adenocarcinoma pancreático que en el tejido pancreático adyacente histológicamente normal. Las Figuras 8A y 8B muestran los resultados de los controles negativos (Figura 8A - sin anticuerpo; Figura 8B - anticuerpo de control de isotipo).
[0197] Y finalmente, el anticuerpo TAB-004 se comparó con un anticuerpo EpCAM que se usa actualmente para detectar cánceres epiteliales. La Figura 9 proporciona una serie de gráficos FACS que muestran que el anticuerpo TAB-004 fue superior a un anticuerpo EpCAM estándar en la detección de células tumorales circulantes en pacientes con cáncer de
páncreas.
[0198] En primer lugar, se añadieron 250 células de la línea celular de cáncer de páncreas PANC1 por cada 700 ml de sangre a la sangre completa de un individuo de control normal, y las células PANC1 se tiñeron usando el anticuerpo TAB-004. Comparación de las líneas negra, gris claro y gris medio más a la derecha, que corresponden a tres concentraciones diferentes de anticuerpo TAB-004 que van desde 0,1 mg/ml a 0,004 mg/ml, con la línea gris oscura, que corresponde al anticuerpo EpCAM, muestra que las cuatro preparaciones fueron capaces de detectar las células PANC1 en estas preparaciones razonablemente bien.
[0199] A continuación, se probaron las capacidades de los anticuerpos TAB-004 y EpCAM para detectar células tumorales circulantes presentes en la sangre de dos pacientes (paciente número 1 y paciente número 2, respectivamente). Como se muestra en las Figuras 9B y 9C, hubo una diferencia claramente observable entre el anticuerpo TAB-004 y el anticuerpo EpCAM para detectar células tumorales circulantes en la sangre del paciente. En particular, el anticuerpo TAB-004-PE (ver la línea negra más a la derecha en la Figura 9B y las líneas negra y gris claro más a la derecha en la Figura 9C) pero no el anticuerpo EpCAM-PE (ver la línea gris oscura en las Figuras 9B y 9C) fue capaz de detectar estas células circulantes en la sangre de los pacientes, lo que sugiere que el TAB-004 era muy superior al anticuerpo EpCAM utilizado actualmente para este propósito.
EJEMPLO 3
Producción de conjugados TAB-004
[0200] El anticuerpo TAB-004 del objeto de la presente invención se conjugó con 1 -metil-DL-triptófano (1MT), un inhibidor de indolamina 2,3-dioxigenasa (IDO); un antagonista del receptor EP2/EP4; y oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN), que funcionan como activadores de células dendríticas (Rothenfusser etal., 2002). Los datos sobre el papel funcional del anticuerpo TAB-004 conjugado con CpG ODN se proporcionan en este documento como un ejemplo no limitante de la funcionalidad de los anticuerpos y conjugados del objeto de la presente invención.
[0201] El anticuerpo TAB-004 solo o conjugado con CpG ODN unido a una línea celular tumoral (denominada aquí línea celular "KCM"; véase la Figura 3) generada a partir de ratones transgénicos triples PDA.MUC1.Tg. Si bien los solicitantes no desean verse obligados por ninguna teoría particular de funcionamiento, parece que las células asesinas naturales activadas por anticuerpos (células NK) y la conjugación con CpG ODN mejoraron aún más la actividad lítica de las células NK contra sus objetivos, como las células YAC, así como las líneas de células KCM (ver Figura 4).
EJEMPLO 4
Actividad antitumoral in vivo del conjugado ODN TAB-004-CpG
[0202] Se inyectó a diez (10) ratones la línea celular de cáncer de páncreas establecida con KCM generada a partir de ratones transgénicos triples PDA.MUC1.Tg. Los grupos de tratamiento y el programa y la dosis se ilustraron en las Figuras 5A y 5B. Brevemente, se administraron por vía subcutánea 3 x 106 células tumorales KCM en la región del flanco de los ratones (n = 10 ratones) el día 0. En los días 4, 10 y 16, se administraron intratumoralmente (sin adyuvante) 50 gg de un conjugado TAB-004-CpG ODN a cada ratón. Se administraron las mismas cantidades de anticuerpo a un grupo de anticuerpo solo (TAB-004 no conjugado) para comparación. Los ratones se sacrificaron el día 20 y los tumores se recuperaron.
[0203] Como se muestra en la Figura 5, el tratamiento con el anticuerpo conjugado detuvo por completo el crecimiento de un tumor establecido que conducía a la erradicación completa. Los datos también mostraron que incluso después de la interrupción del tratamiento, los ratones tratados con el conjugado TAB-004-CpG ODN no volvieron a desarrollar tumores (consulte la Figura 5), lo que respalda el uso del TAB-004-CpG ODN conjugado como una vacuna para el cáncer tal como, pero sin limitación, cánceres epiteliales, particularmente cánceres de páncreas.
EJEMPLO 5
Clonación de anticuerpos, producción de anticuerpos recombinantes, confirmación de unión a antígenos y secuenciación de (CDR)
[0204] Para confirmar la capacidad del anticuerpo TAB-004 para unirse a MUC1 y determinar las secuencias de aminoácidos de las CDR, el ARN total se extrajo de la línea celular de hibridoma ATCC n.° PTA-11550 y se realizó una PCR de transcripción inversa (RT-PCR) utilizando conjuntos de cebadores específicos de cadena ligera y pesada de inmunoglobulina y un kit QIAGEN® OneStep RT-PCR. Para cada conjunto, se realizaron múltiples reacciones de RT-PCR de cadena pesada y de cadena ligera utilizando mezclas de cebadores directos degenerados que cubren las secuencias líder de las regiones variables. Los cebadores directos se usaron a diferentes concentraciones, mientras que los cebadores inversos (ubicados en las regiones constantes de los genes de cadena ligera o pesada) fueron 50 ng por reacción. Se emplearon las siguientes condiciones de RT-PCR:
Transcripción inversa: 30 minutos a 50°C;
Paso inicial de activación de PCR: 15 minutos a 95°C;
Ciclismo: 20 ciclos de 94°C durante 25 segundos;
54°C durante 30 segundos;
72°C durante 30 segundos;
Extensión final: 10 minutos a 72°C.
[0205] A continuación, se empleó PCR semianidada de segunda ronda. Los cebadores directos eran idénticos a los utilizados en la RT-PCR de primera ronda, aunque la cantidad de cada cebador se duplicó en relación con las condiciones de RT-PCR descritas anteriormente. Se usaron cebadores inversos semianidados específicos para secuencias de cadena pesada a 100 ng por reacción. Las condiciones de PCR empleadas fueron las siguientes:
Desnaturalización inicial de 5 minutos a 95°C;
Ciclismo: 25 ciclos de 95°C durante 25 segundos;
57°C durante 30 segundos;
68°C durante 30 segundos;
Extensión final: 10 minutos a 68°C.
[0206] Después de completar la PCR, las muestras de los productos de la PCR se separaron en geles de agarosa y se visualizaron los productos. Se subclonaron varios productos de PCR de cadenas pesadas y cadenas ligeras y se secuenciaron las regiones variables de las cadenas pesadas y ligeras. Las secuencias de nucleótidos resultantes, y las secuencias de aminoácidos codificadas por ellas, se muestran en SEQ ID NO: 4-7, y las secuencias de aminoácidos de las CDR deducidas de ellas se resumen en la Tabla 4.
Tabla 4
[0207] A continuación, se produjeron anticuerpos recombinantes por otra ronda de amplificación por RT-PCR del ARN total aislado de la línea celular de hibridoma ATCC N° PTA-11550 seguida de una segunda ronda de PCR semianidada como se establece aquí anteriormente. Las secuencias de cadena pesada amplificadas y las secuencias de cadena ligera se subclonaron individualmente en vectores de expresión de anticuerpos plasmídicos.
[0208] A continuación, los plásmidos de se transfectaron en células CHO y se produjeron IgG recombinantes que tenían un esqueleto de IgG1 humana. Se analizó la unión al antígeno de los sobrenadantes de células CHO transfectadas en formato ELISA de 96 pocillos. Varias muestras de sobrenadantes mostraron una unión muy fuerte, aunque las concentraciones de IgG recombinante en los sobrenadantes eran bajos (es decir, aproximadamente 10 ng/ml). Dada la concentración relativamente baja de anticuerpo en el sobrenadante, los resultados de ELISA indicaron que los anticuerpos recombinantes eran muy potentes.
[0209] Las secuencias de los insertos de los plásmidos de anticuerpos recombinantes se determinaron mediante secuenciación de ADN. Todos correspondían a una única secuencia de cadena pesada ya una única secuencia de cadena ligera. Se determinaron las secuencias de nucleótidos y aminoácidos de las regiones variables de las cadenas pesada y ligera, y las secuencias de CDR deducidas de ellas fueron las establecidas en SEQ ID NO: 8-13.
EJEMPLO 6
Comparación del rendimiento del anticuerpo TAB-004 con otras estrategias de detección basadas en antígenos tumorales en cánceres de mama y de páncreas
[0210] Las pruebas clínicas basadas en sangre para antígenos tumorales actualmente disponibles incluyen CA 15-3 y CA 27-29 para cáncer de mama cáncer y CA 19-9 para el cáncer de páncreas. Las condiciones no cancerosas o las enfermedades benignas pueden conducir a niveles elevados de estos antígenos tumorales, lo que afecta negativamente la capacidad de estos anticuerpos para detectar cánceres con precisión. Como resultado de esta baja especificidad, aún no se ha demostrado que estas pruebas tengan un valor diagnóstico significativo.
[0211] Con ese fin, se comparó la capacidad de TAB-004 para detectar niveles de MUC1 eliminado en el plasma de pacientes con los rendimientos de estos anticuerpos en muestras de plasma. Se optimizó un inmunoensayo enzimático (EIA) utilizando el anticuerpo TAB-004 para capturar y detectar los niveles de MUC1 diseminada presente en la circulación. Brevemente, una placa ELISA de 96 pocillos se revistió con 100 pl de anticuerpo TAB-004 a 50 pg/ml en PBS y se incubó durante la noche a 4 °C. Después de la incubación, se eliminó de la placa el exceso de anticuerpo de captura TAB-004. La placa se bloqueó con 200 pl de leche en polvo al 1% en PBS para evitar la unión no específica y se incubó durante 1 hora a 4°C. Las placas se lavaron extensamente (3 veces) con 250 ml de PBS que contenía TWEEN® -20 al 0,05% (v/v) utilizando un lavador de placas ELISA. Se preparó un estándar de MUC1 que usaba una preparación de polipéptido de 25 unidades de MUC1 TR en un rango de 0-2000 U/ml. El plasma de prueba se diluyó 1:2 y 1:10 en leche al 0,1% en PBS, y se añadieron 100 pl a los pocillos apropiados por triplicado, y las placas se incubaron durante 2 horas a 37°C.
[0212] A continuación, se lavaron las placas y se añadieron a cada pocillo 100 pl de un anticuerpo policlonal anti-MUC1 de conejo (Genway) a una dilución de 1:300.000 en leche al 0,1 % en PBS, y se incubó la placa durante 1 hora a 37°. C. El anticuerpo policlonal se lavó de los pocillos y se añadió anti-IgG de conejo de cabra marcada con peroxidasa de rábano picante a una dilución de 1:1.000 en leche al 0,1% en PBS y se incubó a 37°C durante 1 hora. Después de lavar las placas, se añadieron a los pocillos 100 pl de una solución que consistía en sustrato de peroxidasa (TMB), y las placas se incubaron a temperatura ambiente durante 30 minutos en la oscuridad. La reacción se detuvo mediante la adición de 25 pl de ácido sulfúrico 4,0 N y se leyó la densidad óptica a una longitud de onda de 450 nm utilizando un espectrofotómetro SPECTRA-MAX 250. Se generaron curvas estándar con análisis de regresión para determinar las concentraciones de las muestras desconocidas.
[0213] Se eligieron unidades arbitrarias (U)/ml basándose en un estándar de referencia inicial de MUC1. Se determinó un rango lineal de 50-800 unidades/ml de antígeno MUC1. Las variaciones intraensayo e interensayo se controlaron mediante la inclusión de muestras normales y anormales para garantizar que el equipo, el tecnólogo y los reactivos utilizados en la prueba funcionaran como se esperaba.
[0214] El ensayo EIA TAB-004 se comparó con muestras de cáncer de mama CA15-3 (Abbott Laboratories, Abbott Park, Illinois, EE. UU.). También se realizan comparaciones con CA27-29 (Bayer Diagnostics, Tarrytown, NY) para cáncer de mama y con CA19-9 (Panomics Inc, Redwood City, California, EE. UU.) para muestras de cáncer de páncreas mediante ensayos EIA. Se realizaron análisis estadísticos para evaluar la sensibilidad y la especificidad del EIA TAB-004 frente a los EIA disponibles comercialmente.
[0215] El TAB-004 EIA se empleó usando plasma de 36 pacientes con cáncer de mama, 24 pacientes con cáncer de próstata, 4 pacientes con cáncer de páncreas, 13 pacientes con cáncer de esófago, 12 controles normales, 3 pacientes con pancreatitis y 1 paciente diabético (pancreatitis y diabetes). hay dos condiciones que se sabe que se detectan como falsamente positivas usando los ensayos que prueban la presencia de los antígenos Ca 15-3, CA 27-29 y CA 19-9). La mayoría de las muestras de cáncer que se analizaron procedían de cánceres en paso tardía.
[0216] El valor de corte de <40 U/ml se alcanzó a partir de datos preliminares para pacientes normales (n = 12). Se encontraron valores de media y desviación estándar de 17,42 y 7,07 unidades/ml de plasma respectivamente (ver Figura 10). Al iniciar este estudio, planeamos usar un valor de menos de 40 unidades/ml de plasma como normal. Esto cubriría más del 99,8% de la población suponiendo una distribución normal. Planeamos refinar el valor de corte como parte de este estudio, dado que solo teníamos 12 muestras en nuestros datos preliminares, lo que probablemente haya inflado artificialmente la desviación estándar.
[0217] En este valor de corte de <40U/ml, ninguno de los plasmas sanos o de pancreatitis fue positivo, mientras que todo el plasma de las muestras de cáncer fue >40U/ml (véase la Figura 10). Los datos demostraron que, en comparación con un ensayo diseñado para detectar el antígeno CA 15-3, el ensayo EIA TAB-004 fue superior en la detección más específica y con mayor sensibilidad del antígeno tumoral en el plasma de pacientes con cáncer de mama en comparación con el plasma de pacientes normales. voluntarios Si bien no hubo falsos positivos con TAB-004, 5 de 12 pacientes normales produjeron resultados falsos positivos con el ensayo basado en CA15-3 (p = 0,031, usando la prueba de una cola; <31 U/ml, es el límite publicado valor para el ensayo basado en CA15-3). Todo el plasma de paciente de cáncer fue positivo para TAB-004 pero 3 de 36 muestras de plasma dieron falso negativo con CA-15-3 (<31U/ml). En general, la diferencia entre el plasma de cáncer versus el normal fue mucho mayor con TAB-004 en comparación con la prueba CA15-3 en pacientes con cáncer de mama. También hubo una superposición considerable entre el plasma normal y el canceroso cuando se usó la prueba CA 15-3, mientras que no hubo superposición cuando se usó la prueba TAB-004 (consulte la Figura 10).
[0218] Para evaluar adicionalmente el rendimiento del anticuerpo TAB-004 para evaluar el estadio de la enfermedad, se realizó el EIA TAB-004 en muestras de plasma de n = 5 pacientes con cáncer de páncreas en estadio 0, 2, 3 y 4. La Figura 11 muestra que las diferencias medias entre los ensayos TAB-004 y CA 15-3 fueron estadísticamente significativas para las 4 etapas del cáncer (paso 0 p = 0,049; paso 2 p = 0,008; paso 3 p = 0,017; y paso 4 p = 0,008). El ensayo TAB-004 proporcionó valores superiores a CA 15-3 para las 20 muestras. Además, los niveles del ensayo TAB-004 dependían del estadio del tumor, ya que aumentaban con la progresión de la enfermedad (p < 0,0001) a diferencia del ensayo CA 15-3, que no pudo predecir las diferencias entre los estadios 0, 2 y 3. Al comparar los datos de estadio recopilados en el rango normal que se encuentra en la Figura 10 (<40U/ml), parece que TAB-004 fue superior a CA 15-3 para diagnosticar estadio
2 y 3, ya que todos los pacientes en estadio 2 y estadio 3 mostraron TAB- 004 valores de ensayo por encima del rango normal, mientras que solo 2 de cada 10 estaban por encima de lo normal para el ensayo CA 15-3.
EJEMPLO 7
Niveles de correlación de MUC1 circulante con progresión y recurrencia de la enfermedad
[0219] Se emplea TAB-004 para evaluar su potencial para predecir con precisión la recurrencia y la progresión de la enfermedad. El plasma de n = 100 pacientes con cáncer de mama en estadios II y III/IV se evalúa antes del tratamiento y 6, 12 y 18 meses después del final del tratamiento estándar. La recurrencia en este grupo se evalúa a los 24 meses. El plasma de n = 50 pacientes con páncreas en los estadios 2, 3 y 4 se evalúa antes del tratamiento y 3, 6, 9 y 12 meses después del tratamiento estándar.
[0220] Recogida de muestras. El plasma se recolecta en las visitas de seguimiento de rutina. El estadio de la enfermedad se confirma mediante evaluación anatomopatológica y la recurrencia se confirma mediante técnicas de imagen estándar. Se mantienen bases de datos que detallan cualquier quimioterapia o terapia complementaria administrada a los pacientes con cáncer de páncreas.
[0221] Para el cáncer de mama, la tasa de recurrencia es generalmente mucho más baja en comparación con el cáncer de páncreas y, por lo tanto, se emplean números más bajos de pacientes con cáncer de páncreas (justificado estadísticamente a continuación). Los tiempos para recolectar plasma también difieren entre el cáncer de mama y el de páncreas debido al horario estándar de la visita de seguimiento.
[0222] Para pacientes con cáncer de páncreas, pocos pacientes en paso 3 y 4 generalmente sobreviven más de 6 meses a un año y, por lo tanto, no es posible esperar al final del tratamiento para recolectar muestras nuevamente debido a la alta tasa de mortalidad después del diagnóstico. Las muestras se recogen mientras los pacientes están en tratamiento. Para los pacientes que se someten a cirugía, las muestras se recolectan antes de la cirugía y 3, 6, 9 y 12 meses después de la cirugía, independientemente de su régimen de tratamiento. Para los pacientes que tienen cáncer no resecable, las muestras se recolectan en el momento del diagnóstico antes del inicio de la terapia y luego a los 3, 6, 9, 12 meses posteriores al diagnóstico, independientemente del régimen de tratamiento. Dado que se esperaría que la mayoría de los pacientes recurrieran dentro de un año, el ensayo se detiene a los 12 meses. En el caso de las pacientes con cáncer de mama, generalmente solo se espera que la paso III/IV recurra en 2 años. Sin embargo, a modo de comparación, se incluyen pacientes en estadio II. El plasma se recolecta antes del tratamiento y luego a los 6, 12 y 18 meses después del final del tratamiento.
[0223] Análisis y estadísticas: se realizan análisis para determinar la capacidad de los ensayos TAB-004 para predecir la recurrencia y/o muerte de pacientes con cáncer de mama. Los pacientes se dividen en aquellos que tienen una recurrencia durante el período de estudio y los que no. Las curvas operativas del receptor (ROC) se construyen para determinar si existe un punto de corte natural para TAB-004 para predecir la recurrencia. Para pacientes con recurrencia, el nivel anterior de TAB-004 se usa en el análisis, mientras que los valores finales de TAB-004 se usan para aquellos sin recurrencia. Por ejemplo, si la recurrencia ocurre a los 15 meses, entonces se usa el nivel TAB-004 a los 12 meses. Los modelos de riesgos proporcionales de Cox se realizan con el tiempo hasta la recurrencia como variable dependiente (resultado). El modelo de Cox es un procedimiento multivariado que da cuenta correctamente de los datos censurados y perdidos durante el seguimiento. La edad, el estadio del cáncer, el grado del cáncer y los valores TAB-004 se ingresan como predictores independientes. Si el ROC determina un punto de corte natural para predecir la recurrencia, entonces se ejecuta otro modelo de Cox con esta variable dicotómica (por encima o por debajo del punto de corte) reemplazando el valor real de TAB-004 en el modelo. Un valor de p estadísticamente significativo para la variable TAB-004 indica que TAB-004 es un predictor independiente de recurrencia cuando se ajusta por la edad del paciente, el estadio del cáncer y el grado del tumor. El conjunto anterior de análisis se repite con el tiempo hasta la recurrencia o la muerte como variable dependiente. Para los pacientes con cáncer en estadio 0, I y II, este mismo enfoque se usa para predecir el tiempo hasta el cáncer en estadio III/IV (metastásico).
[0224] Este conjunto de análisis también se realiza utilizando los datos de los pacientes con cáncer de páncreas. Con la tasa de mortalidad extremadamente alta para el cáncer de páncreas, puede ser difícil obtener estimaciones estables de los coeficientes en el modelo de Cox al predecir el tiempo hasta la recurrencia o el tiempo hasta la paso 4 de la enfermedad. Como tal, pueden ocurrir pocas recurrencias de cáncer o pocos casos de pacientes que progresan desde los estadios 2 o 3 al cáncer metastásico en estadio 4 durante el período de estudio.
EJEMPLO 8
Correlacionar los niveles de CTC positivas para TAB-004 con el pronóstico de la enfermedad y los niveles plasmáticos de TAB-004, y comparar los números y el potencial metastásico de las CTC aisladas con TAB- 004 frente a un anticuerpo EpCAM
[0225] Las células tumorales circulantes (CTC) se definen como células tumorales en el torrente sanguíneo. Actualmente, el sistema Veridex CELLSEARCH® es el único método aprobado por la FDA para medir las CTC en pacientes con cáncer
metastásico de mama, colorrectal y de próstata. Usando este sistema, las CTC en pacientes con cáncer de páncreas han mostrado una correlación entre las CTC < 1 y la supervivencia. Curiosamente, en este mismo estudio, se demostró que la presencia de CTC se correlaciona con niveles séricos aumentados del antígeno tumoral CA 19-9, lo que indica que los niveles séricos de antígenos tumorales también pueden ser predictivos de células tumorales en circulación. En pacientes con cáncer de mama metastásico, se encontró que < 5 CTC era un predictor independiente de supervivencia libre de progresión y supervivencia general. Además, los niveles de CTC en pacientes con cáncer de mama metastásico son una indicación anterior y más reproducible del estado de la enfermedad que los métodos de imagen actuales.
[0226] El método aprobado para la evaluación de CTC implica aislar células que expresan EpCAM de la sangre y luego validar estas células como CTC con la presencia de tinción de citoqueratina específica de epitelio, tinción de núcleo adecuada y ausencia de CD45 específico de leucocitos. Una advertencia a este método es la restricción a las células que expresan EpCAM. Los estudios han sugerido que las células que adquieren un fenotipo migratorio pierden sus características epiteliales y adquieren características mesenquimales, que fenotípicamente se ha demostrado que son las células responsables de la progresión tumoral agresiva. Como tal, es evidente que el aislamiento de CTC con EpCAM podría "perder" las CTC más potentes, las que poseen un fenotipo mesenquimatoso.
[0227] Los tumores primarios y metastásicos tanto de mama como de páncreas expresan altos niveles de MUC1 asociado al tumor reconocido por nuestro anticuerpo TAB-004. Por lo tanto, las CTC en estos pacientes deben ser reconocidas por el qnticuerpo TAB-004. En experimentos preliminares, los niveles de MUC1 se evaluaron utilizando el anticuerpo TAB-004. En primer lugar, se probó la capacidad de utilizar el sistema Veridex CELLSEARCH® para medir las CTC que expresan MUC1 utilizando muestras de sangre de 7,5 ml (análogas a muestras humanas) enriquecidas con células PANC1, que son una línea celular de cáncer de páncreas humano. Aproximadamente el 90% de las CTC (células EpCAM+) expresaron MUC1. Además, se recolectaron muestras de pacientes y se encontró que TAB-004 reconoce las CTC con una eficiencia de aproximadamente 33 % a 100 %. Por lo tanto, el uso del anticuerpo TAB-004 parece detectar con precisión las micrometástasis en pacientes con cáncer de páncreas y de mama.
REFERENCIAS
[0228] Todas las referencias enumeradas a continuación, así como todas las referencias citadas en la presente descripción, incluidas, entre otras, todas las patentes, solicitudes de patentes y publicaciones de las mismas, artículos de revistas científicas y entradas de bases de datos (p. ej., entradas de bases de datos GENBANK® y todas anotaciones disponibles en el mismo) complementan, explican, proporcionan antecedentes o enseñan metodología, técnicas y/o composiciones empleadas en este documento.
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SECUENCIAS
[0229]
SEQ ID NO: 1 : MTPGTQSPFFLLLLLTVLTWTGSGHASSTPGGEKETSATQRS
SVPSSTEKNAVSMTSSVLSSHSPGSGSSTTQGQDVTLAPATEPASGSAATWGQDVTS
VPVTRPALGSTTPPAHDVTSAPDNKPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHG
VTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP
AHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGST
APPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAP
GSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTR
PAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAP
DTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVT
SAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAH
GVTSAP DTRPAP GSTAP PAHGVTSAP DTRPAPG STAP PAHGVT SAPD TRPAPG S TAP
PAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGS
TAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPA
PGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDT
RPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSA
PDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGV
TSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPAHGVTSAPDNRPALGSTAPPV
HNVTSASGSASGSASTLVHNGTSARATTTPASKSTPFSIPSHHSDTPTTLASHSTKT
DASSTHHSSVPPLTSSNHSTSPQLSTGVSFFFLSFHISNLQFNSSLEDPSTDYYQEL
QRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVWQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKT
EAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAV
CQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSS
LSYTNPAVAAASANL
SEQ ID NO: 2 : MTEYKLVWGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQ WIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFED1HHYREQI KRVKD SEDVPMVLVGNKC DLP SRTVDTKQAQD LARS YGIPFIET SAKT RQGVD DAFY TLVREIRKHKEKMSKDGKKKKKKSKTKCVIM
[0230] SEQ ID NO: 3: STAPPVHNVTSAPDTRPAPGSTAPP
Claims (20)
1. Un anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente dentro de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, en donde dicho anticuerpo aislado, o fragmento del mismo es policlonal o monoclonal, y opcionalmente en donde dicho anticuerpo aislado, o fragmento del mismo, está humanizado, y en donde:
(i) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, comprende las regiones determinantes de complementariedad (CDR) de anticuerpo monoclonal TAB-004: CDR1 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; CDR2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13; o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende una región variable de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 5 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y una región variable de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 7 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
2. El anticuerpo aislado, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1, que se selecciona del grupo que consiste en un anticuerpo monoclonal producido por la línea celular de hibridoma TAB-004 depositado en la American Type Culture Collection (ATCC) como Número de Acceso PTA-11550 el 16 de diciembre de 2010; un anticuerpo quimérico, o un fragmento del mismo; un anticuerpo humanizado, o un fragmento del mismo; un anticuerpo de cadena sencilla, o un fragmento del mismo; y un fragmento Fab, en donde el anticuerpo quimérico, el anticuerpo humanizado, el anticuerpo monocatenario o el fragmento Fab comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004, y en donde:
(i) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, comprende las CDR de anticuerpo monoclonal TAB-004: CDR1 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; CDR2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13; o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende una región variable de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 5 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y una región variable de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 7 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
3. Una composición que comprende el anticuerpo, o un fragmento del mismo, de la reivindicación 1 y un vehículo farmacéuticamente aceptable, en donde opcionalmente el vehículo farmacéuticamente aceptable es aceptable para su uso en un ser humano.
4. Una composición que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 conjugado con un agente activo, en donde el agente activo se selecciona opcionalmente del grupo que consiste en
una molécula radiactiva;
un radionúclido;
una molécula sensibilizadora;
un reactivo de formación de imágenes;
un radioisótopo, opcionalmente 10B, 211At, 212Pb, 212Bi, 125I, 131I, 35S o 3H;
una toxina;
una citotoxina;
un agente antiangiogénico;
un agente antitumoral;
un agente quimioterapéutico;
un inmunomodulador, opcionalmente inhibidor de indolamina 2,3-dioxigenasa (IDO), opcionalmente 1-metil-DL-triptófano (1MT); un antagonista del receptor EP2/EP4; un inhibidor de ciclooxigenasa, opcionalmente indometacina; o un activador de células dendríticas, opcionalmente oligodesoxinucleótidos CpG (CpG ODN); una citocina;
un grupo de reporteros;
y combinaciones de los mismos.
5. Un kit que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 e instrucciones para su uso.
6. Un vehículo de administración para usar en el tratamiento del cáncer a través de la administración dirigida de un agente activo a una célula tumoral, comprendiendo el vehículo de administración un agente de direccionamiento que comprende el anticuerpo aislado, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1, en donde el agente activo comprende opcionalmente una molécula radiactiva, un radionúclido, una molécula sensibilizadora, un reactivo de imagen, un radioisótopo, una toxina, una citotoxina, un agente antiangiogénico, un agente antitumoral, un agente quimioterapéutico, un inmunomodulador, una citocina, un grupo informador, o una combinación de los mismos.
7. Una célula aislada que produce el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1.
8. Un hibridoma que produce el anticuerpo de la reivindicación 1, opcionalmente en donde el hibridoma es la línea celular de hibridoma Número de Acceso ATCC PTA-11550 depositado en la American Type Culture Collection el 16 de diciembre de 2010 bajo los términos del Tratado de Budapest.
9. Un método para detectar la presencia de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende:
(a) poner en contacto la muestra biológica con el anticuerpo aislado, o fragmento del mismo, de la reivindicación 1; y
(b) detectar la presencia de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado al que se une el anticuerpo monoclonal TAB-004 en la muestra biológica.
10. Un método para producir un anticuerpo o un fragmento del mismo, que comprende:
(a) cultivar la célula aislada de la reivindicación 7 o el hibridoma de la reivindicación 8 en condiciones tales que se exprese dicho anticuerpo, o el fragmento del mismo; y
(b) recuperar dicho anticuerpo o fragmento del mismo de la célula o el hibridoma y/o del entorno en donde crece la célula o el hibridoma.
11. Un método in vitro para detectar un tumor y/o una célula cancerosa en un sujeto utilizando el anticuerpo, o su fragmento, de la reivindicación 1, que comprende:
(a) poner en contacto una muestra biológica, opcionalmente una muestra de sangre o una fracción derivada de la misma, del sujeto con una composición que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 en condiciones suficientes para que el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 se una a un antígeno presente en un tumor y/o un cáncer celular, si está presente, en la muestra biológica; y (b) detectar la unión del anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 a la muestra biológica,
en donde la detección es indicativa de la presencia de un tumor y/o una célula cancerosa en el sujeto, y opcionalmente donde:
(i) el tumor y/o la célula cancerosa es un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que opcionalmente expresa MUC1, un K-ras mutante, o ambos, o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, se conjuga con un marcador detectable que comprende un agente de formación de imágenes seleccionado del grupo que consta de iones paramagnéticos, radiactivos y fluorogénicos, opcionalmente en donde el agente de formación de imágenes radiactivo se selecciona del grupo que consta de 43K, 52Fe, 57Co, 67Cu, 67Ga, 68Ga, 77Br, 81Rb/81MKr, 87MSr, 99MTc, 111In, 113In, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 13111321197Hg 203Pb y 206Bi
12. Una composición que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 conjugado con un agente activo que comprende un agente quimioterapéutico, una toxina, un agente radioterapéutico, o una combinación de los mismos, para usar en un método para tratar un tumor en un sujeto, en donde el agente activo entra en contacto con el tumor para así tratar el tumor y, opcionalmente, en donde:
(i) el agente quimioterapéutico se selecciona del grupo que consiste en un fármaco antitumoral, una citoquina, un antimetabolito, un agente alquilante, una hormona, metotrexato, doxorrubicina, daunorrubicina, arabinósido de citosina, etopósido, 5-fluorouracilo, melfalán, clorambucilo, mostaza nitrogenada, ciclofosfamida, cis-platino, vindesina, alcaloides de la vinca, mitomicina, bleomicina, purotionina, macromomicina, derivados de 1,4-benzoquinona, trenimon, esteroides, aminopterina, antraciclinas, demecolcina, mitramicina, daunomicina, vinblastina, neocarzinostatina, macromicina, a-amanitina y combinaciones de los mismos; o
(ii) la toxina se selecciona del grupo que consiste en veneno de víbora de Russell, factor IX activado, factor X activado, trombina, fosfolipasa C, factor de veneno de cobra, ricina, cadena A de ricina, exotoxina de Pseudomonas, toxina diftérica, ribonucleasa pancreática bovina, proteína antiviral de hierba carmín, abrina, cadena A de abrina, gelonina, saporina, modecina, viscumina, volkensina y combinaciones de los mismos; o (iii) el agente radioterapéutico se selecciona del grupo que consta de 47Sc, 67Cu, 90Y, 109Pd, 123I, 125I, 131I, 186Re, 188Re, 199Au, 211At, 212Pb, 212Bi, 32P, 33P, 71Ge, 77As, 103Pb, 105Rh, 111Ag, 119Sb, 121Sn, 131Cs, 143Pr, 161Tb, 177Lu, 191Os 193MPt y 197Hg
13. Un anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo, para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente en un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende las regiones determinantes de complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004 para uso en un método para suprimir el crecimiento tumoral en un sujeto, comprendiendo el método administrar a un sujeto portador de un tumor una cantidad eficaz de dicho anticuerpo aislado, o fragmento del mismo, que comprende las regiones determinantes de complementariedad (CDR) del anticuerpo monoclonal TAB-004, en donde el tumor es opcionalmente un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que además expresa opcionalmente MUC1, un K-ras mutante, o ambos,
y en donde:
(i) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004: cadena pesada CDR1 que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; CDR2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13; o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende una región variable de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 5 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y una región variable de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 7 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6.
14. La composición para usar según la reivindicación 12 o el anticuerpo aislado, o un fragmento del mismo, para usar según la reivindicación 13, que comprende además administrar al sujeto uno o más tratamientos antitumorales adicionales, opcionalmente en donde uno o más tratamientos antitumorales adicionales se seleccionan del grupo que consiste en radioterapia; quimioterapia; una inmunoterapia adicional; una terapia antiinflamatoria, que comprende opcionalmente administrar al sujeto un inhibidor de ciclooxigenasa, opcionalmente un inhibidor específico de ciclooxigenasa-2; y combinaciones de los mismos, opcionalmente en las que una o más terapias antitumorales adicionales comprenden administrar gemcitabina (4-amino-1 -(2-desoxi-2,2-difluoro-p-D-eritropentofuranosi/)pirimidin-2(1 H)-on-2',2'-difluoro-2'-desoxicitidina), celecoxib (4-[5-(4-metilfenil)-3-(trifluorometil)pirazol-1 -il]bencenosulfonamida), sales farmacéuticamente aceptables de los mismos, y /o combinaciones de los mismos al sujeto.
15. Un método para purificar una célula madre cancerosa, comprendiendo el método:
(a) proporcionar una población de células sospechosas de comprender células madre cancerosas, opcionalmente donde la población de células comprende células circulantes aisladas de un sujeto que tiene un tumor y/o un cáncer;
(b) identificar una subpoblación de células que se unen a un anticuerpo, o un fragmento del mismo que se une específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente dentro de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende las CDR de anticuerpo monoclonal TAB-004, y en donde:
(i) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004: CDR1 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; c Dr 2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13; o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende una región variable de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 5 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y una región variable de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 7 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6;
(c) purificar la subpoblación; y opcionalmente
(d) eliminar células de linaje positivo (lin+) de la población de células antes del paso de identificación y/o después del paso de purificación.
16. Una composición que comprende un anticuerpo, o un fragmento del mismo para unirse específicamente a un epítopo asociado a un tumor presente dentro de un polipéptido MUC1 y/o un polipéptido K-ras mutado, que comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004 y un agente activo, para su uso en un método de tratamiento del cáncer dirigiendo dicho agente activo a una célula madre cancerosa circulante en un sujeto, comprendiendo el método poner en contacto la célula madre cancerosa circulante con dicha composición, en la que:
(i) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, comprende las CDR del anticuerpo monoclonal TAB-004: CDR1 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 8; CDR2 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 9; CDR3 de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 10; CDR1 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 11; CDR2 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 12; y CDR3 de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 13; o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo comprende una región variable de cadena pesada que comprende SEQ ID NO: 5 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 4; y una región variable de cadena ligera que comprende SEQ ID NO: 7 o codificada por una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO: 6, y
en donde el agente activo comprende un agente terapéutico, opcionalmente seleccionado de un agente quimioterapéutico, una toxina, un agente radioterapéutico, o una combinación de los mismos, y además opcionalmente donde el agente terapéutico comprende un inmunomodulador, donde el inmunomodulador se selecciona opcionalmente del grupo que consiste en un inhibidor de indoleamina 2,3-dioxigenasa (IDO), opcionalmente, 1-metil-DL-triptófano (1MT); un antagonista del receptor EP2/EP4; y un activador de células dendríticas, opcionalmente oligodesoxinucleótidos CpG (CpG
ODN).
17. Un método in vitro para diagnosticar la recurrencia y/o progresión del cáncer en un sujeto previamente tratado por el cáncer, comprendiendo el método:
(a) poner en contacto una muestra biológica aislada que comprende células circulantes de un sujeto con cáncer con el anticuerpo, o fragmento del mismo, de la reivindicación 1 o la reivindicación 2 en condiciones suficientes para que el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 o la reivindicación 2 se una a un epítopo presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica;
(b) identificar en la muestra biológica una o más células circulantes que se unen al anticuerpo, o al fragmento del mismo, de la reivindicación 1 o la reivindicación 2,
por lo que se pronostica la recurrencia y/o progresión de un cáncer en el sujeto,
en donde opcionalmente:
(i) la muestra biológica aislada comprende una muestra de sangre, una muestra de linfa o una fracción de la misma; o
(ii) el cáncer es un cáncer de páncreas o un cáncer de mama.
18. Una molécula de ácido nucleico aislada que comprende SEQ ID NO: 4 y 6 o que codifica SEQ ID NO: 5 y 7.
19. La molécula de ácido nucleico aislada de la reivindicación 18, en la que la molécula de ácido nucleico aislada está presente dentro de un vector, opcionalmente un vector de expresión, y además opcionalmente dentro de un vector de expresión unido operativamente a una o más secuencias de nucleótidos adicionales que codifican subsecuencias de moléculas de anticuerpo de tal manera que tras la introducción del vector de expresión en un huésped apropiado, un anticuerpo recombinante intacto que comprende SEQ ID NO: 5 y 7, o un fragmento del mismo, es expresado por la célula huésped.
20. Un método para detectar un tumor y/o una célula cancerosa en un sujeto in vitro, que comprende:
(a) poner en contacto una muestra biológica, opcionalmente una muestra de sangre o una fracción derivada de la misma, aislada del sujeto con una composición que comprende el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 en condiciones suficientes para que el anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 se una a un antígeno presente en un tumor y/o una célula cancerosa, si está presente, en la muestra biológica; y
(b) detectar la unión del anticuerpo, o el fragmento del mismo, de la reivindicación 1 a la muestra biológica, en donde la detección es indicativa de la presencia de un tumor y/o una célula cancerosa en el sujeto, y opcionalmente donde:
(i) el tumor y/o la célula cancerosa es un tumor de páncreas, mama, ovario, colon o recto, y/o una célula metastásica derivada del mismo, que opcionalmente expresa MUC1, un K-ras mutante, o ambos, o
(ii) el anticuerpo, o el fragmento del mismo, se conjuga con un marcador detectable que comprende un agente de formación de imágenes seleccionado del grupo que consta de iones paramagnéticos, radiactivos y fluorogénicos, opcionalmente en donde el agente de formación de imágenes radiactivo se selecciona del grupo que consta de 43K, 52Fe, 57Co, 67Cu, 67Ga, 68Ga, 77Br, 81Rb/81MKr, 87MSr, 99MTc, 111In, 113In, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 13111321197Hg 203Pb y 206Bi
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