ES2551713T3 - Procedimientos para el diagnóstico o pronóstico de cáncer colorrectal - Google Patents

Procedimientos para el diagnóstico o pronóstico de cáncer colorrectal Download PDF

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Abstract

Se describen unos autoanticuerpos frente a diversas proteínas útiles como biomarcadores para el diagnóstico, pronóstico o monitorización de la evolución de un cáncer colorrectal (CCR).

Description

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El término "autoanticuerpo frente a la proteína MAPKAPK3", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un autoanticuerpo capaz de reaccionar con la proteína MAPKAPK3 o con una variante o con un fragmento de dicha proteína, siempre y cuando dicha variante o dicho fragmento sea funcionalmente equivalente es decir, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. En una realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3 es una IgG; en otra realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3 es una IgM.
El término "autoanticuerpo frente a la proteína FGFR4", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un autoanticuerpo capaz de reaccionar con la proteína FGFR4 o con una variante o con un fragmento de dicha proteína, siempre y cuando dicha variante o dicho fragmento sea funcionalmente equivalente es decir, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. En una realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína FGFR4 es una IgG; en otra realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína FGFR4 es una IgM.
El término "autoanticuerpo frente a la proteína STK4", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un autoanticuerpo capaz de reaccionar con la proteína STK4 o con una variante o con un fragmento de dicha proteína, siempre y cuando dicha variante o dicho fragmento sea funcionalmente equivalente es decir, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. En una realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína STK4 es una IgG; en otra realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína STK4 es una IgM.
El término "autoanticuerpo frente a la proteína ACVR2B ", tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un autoanticuerpo capaz de reaccionar con la proteína ACVR2B o con una variante o con un fragmento de dicha proteína, siempre y cuando dicha variante o dicho fragmento sea funcionalmente equivalente es decir, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. En una realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína ACVR2B es una IgG; en otra realización particular, dicho autoanticuerpo para la proteína ACVR2B es una IgM.
El término “cáncer colorrectal” o “CCR”, también llamado cáncer de colon, tal como se utiliza en el presente documento, incluye cualquier tipo de neoplasias del colon, recto y apéndice, así como subtipos histológicos que se dan típicamente en el cáncer de colon, por ejemplo, carcinoma celular transicional, carcinoma de células escamosas y adenocarcinoma, cualquier subtipo clínico, por ejemplo, de superficie, cáncer muscular invasivo o enfermedad metastásica, o cualquier estadio de TNM incluyendo tumores T0-T4, N0-N2 y M0-M1. Los pacientes se pueden clasificar en diferentes grupos con respecto al estadio del tumor. La clasificación de cáncer de colon es una estimación de la penetración de un cáncer particular. Se lleva a cabo por propósitos de investigación, propósitos diagnósticos y para determinar el mejor procedimiento de tratamiento. El sistema de clasificación de cánceres colorrectales depende del grado de invasión local, del grado de nódulos linfáticos implicados y de si existen metástasis distales. El sistema de clasificación más común es el sistema TNM (para tumores/nódulos/metástasis), del “American Joint Committee on Cancer” (AJCC). El sistema de TNM asigna un número basado en tres categorías. “T” indica el grado de invasión de la pared intestinal, “N” el grado de implicación de los nódulos linfáticos y “M” el grado de metástasis. El estadio más amplio de cáncer se menciona usualmente como un número I, II, III, IV derivado del valor de TNM formando un clúster por el pronóstico, un número más alto indica un cáncer más avanzado y un pronóstico peor. Los detalles del sistema se indican en la tabla 1.
Tabla 1
Sistema TNM para la clasificación de CCR
Estadio de AJCC
Estadio de TNM Criterios de los estadios de TNM para CCR
Estadio 0
Tis N0 M0 Tis: el tumor confinado en la mucosa; cáncer in situ.
Estadio I
T1 N0 M0 T1: el tumor invade la mucosa.
Estadio I
T2 N0 M0 T2: el tumor invade los músculos actuales.
Estadio II-A
T3 N0 M0 T3: el tumor invade la capa subserosa o por debajo (otros órganos no implicados).
Estadio II-B
T4 N0 M0 T4: el tumor invade órganos adyacentes o perfora el peritoneo visceral.
Estadio III-A
T1-2 N1 M0 N1: metástasis de 1 a 3 nódulos linfáticos regionales. T1 o T2.
Estadio III-B
T3-4 N1 M0 N1: metástasis de 1 a 3 nódulos linfáticos regionales. T3 o T4.
Estadio III-C
Cualquier T, N2, M0 N2: metástasis de 4 o más nódulos linfáticos regionales. Cualquier T.
Estadio IV
Cualquier T, cualquier N, M1 M1: presencia de metástasis distales. Cualquier T, cualquier N.
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equivalente.
El término "gen MAPKAPK3", tal y como se utiliza en el presente documento, se refiere al gen o a la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína MAPKAPK3, como se define en el presente documento e incluye además, por extensión, la secuencia de ácidos nucleicos que codifica un fragmento de dicha proteína MAPKAPK3 funcionalmente equivalente.El término "gen FGFR4", tal y como se utiliza en el presente documento, se refiere al gen
o a la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína FGFR4, como se define en el presente documento e incluye además, por extensión, la secuencia de ácidos nucleicos que codifica un fragmento de dicha proteína FGFR4 funcionalmente equivalente.
El término “gen STK4”, tal y como se utilizada en el presente documento, se refiere al gen o a la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína STK4, como se define en el presente documento e incluye además, por extensión, la secuencia de ácidos nucleicos que codifica un fragmento de dicha proteína STK4 funcionalmente equivalente.
El término "gen ACVR2B ", tal y como se utiliza en el presente documento, se refiere al gen o a la secuencia de ácido nucleico que codifica para la proteína ACVR2B, como se define en el presente documento e incluye además, por extensión, la secuencia de ácidos nucleicos que codifica un fragmento de dicha proteína ACVR2B funcionalmente equivalente.
El término "identidad", aplicado a la comparación entre las secuencias aminoacídicas de dos proteínas, tal y como se utiliza en el presente documento, hace referencia a la proporción de aminoácidos idénticos entre dos secuencias de aminoácidos que se comparan. El grado de identidad usualmente se expresa como un porcentaje ((%) de identidad) puede identificarse fácilmente por un experto en la materia, por ejemplo, con la ayuda de un programa informático apropiado para comparar secuencias; por medio de ilustración no limitada, el grado de identidad entre dos secuencias aminoacídicas puede determinarse por procedimientos convencionales, por ejemplo, por medio de procedimientos y algoritmos de computadoras conocidos por el experto en la técnica; por medio de ilustración, el grado de identidad entre dos secuencias aminoacídicas se puede determinar por medio de usar el algoritmo BLAST (BLAST Manual, Altschul et al., NCBI NIM Bethesda, Md. 20894, Altschul et al., J. Mol. Biol 1990; 215: 403-410).
El término “inmunoensayo”, tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a cualquier técnica analítica que basada en la reacción de conjugación entre un antígeno, por ejemplo, una proteína o un fragmento adecuado del mismo y un anticuerpo que reconoce dicho antígeno. A modo de ilustración, dicha proteína puede ser una proteína seleccionada del grupo de proteínas que consiste en las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B
o de las proteínas mencionadas en las tablas 2 y 3. Alternativamente se pueden usar fragmentos de dichas proteínas, es decir, fragmentos de proteínas susceptibles de reconocerse por anticuerpos que reconocen las proteínas en cuestión; a modo de ilustración, dichos fragmentos de proteínas pueden ser fragmentos de las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, o de las proteínas mencionadas en las tablas 2 y 3, susceptibles de reconocerse por los autoanticuerpos que reconocen dichas proteínas.
El término “marcador”, tal como se utiliza en el presente documento, se refiere a un reactivo indicador que permite detectar un complejo de tipo antígeno-anticuerpo, tal como una enzima que cataliza una reacción detectable, un compuesto que genera una señal cuando ello forma parte de dicho complejo, etc. A modo de ilustración no limitante, dicho marcador puede ser una enzima (por ejemplo, peroxidasa, glucosidasa, fosfatasa alcalina, glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, β-galactosidasa, β-glucosidasa, β-glucuronidasa, etc.), un compuesto fluorescente o fluoróforo (por ejemplo, fluoresceína, rodamina, etc.), un compuesto (quimio)luminiscente (por ejemplo, dioxetanos, acridinio, fenantridinio, rutenio, luminol, etc.), un elemento radiactivo (azufre, yodo, etc.), etc. En una realización particular, dicho marcador es una peroxidasa. La selección de un marcador particular no es crítica, siempre y cuando sea capaz de producir una señal por sí mismo o conjuntamente con una o más sustancias adicionales.
El término ”metástasis”, tal como se utiliza en el presente documento, se refiere pero no está limitado al procedimiento en el que un tumor, en este caso CCR, se extiende a los tejidos del organismo diferente del sitio primario de origen del tumor.
El término ”muestra biológica”, tal como se utiliza en el presente documento, se refiere pero no está limitado a tejidos y/o fluidos biológicos de un sujeto, obtenidos mediante cualquier procedimiento conocido por un experto en la materia que sirva para llevar a cabo cualquiera de los procedimientos de la presente invención; es decir, dicha muestra biológica puede ser una muestra susceptible de contener anticuerpos, por ejemplo, autoanticuerpos para proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B, así como las proteínas mencionadas en las tablas 2 y 3, o susceptibles de contener los productos de expresión (ARN o proteínas) de los genes que codifican las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B. A modo de ilustración, dicha muestra biológica puede ser una muestra sanguínea, de orina, de saliva, de suero, de plasma, un frotis bucal o bucofaríngeno, un espécimen quirúrgico, un espécimen obtenido de una biopsia o autopsia, etc.
El término “nivel”, tal como se utiliza en el presente documento, se refiere generalmente a una cantidad cuantificable, semicuantificable o relativa de un producto, por ejemplo, autoanticuerpos, productos de expresión de los genes, etc., así como a cualquier otro valor o parámetro relacionado con dicho producto de expresión o que puede derivarse del
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metilación. De acuerdo con la presente invención, dichas variantes se reconocen por anticuerpos para la proteína en cuestión.
Procedimiento de detección de autoanticuerpos
La descripción describe un procedimiento para la detección de un autoanticuerpo para una proteína, de ahora en adelante “procedimiento de detección de autoanticuerpos”, que comprende
a) poner en contacto una muestra biológica con dicha proteína o con un fragmento de la misma susceptible de ser reconocida por dicho autoanticuerpo; y
b) detectar la formación de un complejo de autoanticuerpo-proteína, o un fragmento de la misma, susceptible de ser reconocido por dicho autoanticuerpo;
en el que dicha proteína está seleccionada del grupo que consiste en las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4, ACVR2B y combinaciones de las mismas.
La muestra biológica será generalmente una muestra susceptible de contener anticuerpos de un sujeto, y se puede obtener por procedimientos convencionales conocidos por las personas expertas en la técnica, dependiendo de la naturaleza de la muestra. En una realización particular, dicha muestra biológica es una muestra de sangre, plasma o suero, que se puede obtener por cualquier procedimiento convencional, por ejemplo, por medio de una extracción de sangre, etc. La sangre es opcionalmente el fluido biológico óptimo a usarse en procedimientos no invasivos para rastreo masivo para propósitos diagnósticos en poblaciones de sujetos grandes y por otro lado, la circulación de la sangre facilita el contacto de la sangre con todos los tejidos del cuerpo humano, incluyendo el contacto con tejido tumoral y sus antígenos representativos en el caso de pacientes con cáncer.
El procedimiento de detección de autoanticuerpos se puede llevar a cabo generalmente por medio de un inmunoensayo; ejemplos no limitantes ilustrativos de inmunoensayos conocidos en el estado de la técnica incluyen realización de inmunoblot, ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA), inmunoensayo lineal (LIA), radioinmunoensayo (RIA), inmunofluoresecencia (IF), inmunohistoquímica (IHQ) o microarrays de proteína, etc.
En la etapa a) del procedimiento de detección de autoanticuerpos una muestra biológica en la que la presencia de autoanticuerpos para las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B se va a analizar se pone en contacto con dichas proteínas o con fragmentos de las mismas susceptibles de reconocerse por dichos autoanticuerpos, en condiciones que permiten la formación de un complejo autoanticuerpo-proteína, o fragmento de la misma, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. Si la muestra biológica contiene autoanticuerpos para dichas proteínas, entonces dicho complejo autoanticuerpo-proteína, o fragmento de la misma, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo se formará, de otro modo, dicho complejo no se formará. Las condiciones adecuadas para la formación de un complejo autoanticuerpo-proteína, o fragmento de la misma, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo que se dan se conocen por los expertos en la técnica.
Aunque dichas proteínas (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B) podrían estar conjuntamente en un mismo medio, en la práctica es ventajoso para dichas proteínas estar separadas entre sí. Dichas proteínas pueden estar en solución o en suspensión en un medio adecuado, o pueden alternativamente depositarse o estar soportadas en un soporte (por ejemplo, una placa de microvaloración, perlas (magnéticas o no magnéticas), columnas, matrices, membranas, etc. Estos materiales se pueden usar en las formas adecuadas, tales como películas, láminas, placas, etc., o pueden usarse para revestir vehículos inertes (por ejemplo, papel, vidrio, películas de plástico, etc.). En una realización particular, dicha muestra biológica se pone en contacto con dichas proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B o con fragmentos de las mismas susceptibles de reconocerse por dichos autoanticuerpos, separados unos de otros y depositados en un soporte adecuado.
En una realización particular, los anticuerpos para dichas proteínas se identifican independientemente, mientras que en otra realización particular los autoanticuerpos para dichas proteínas se identifican simultáneamente.
En una realización particular, la muestra biológica a estudiarse se pone en contacto con una proteína individual seleccionada de entre las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B, o con un fragmento de las mismas susceptible de reconocerse por dichos autoanticuerpos, separados unos de otros, opcionalmente depositados en un soporte adecuado, para el propósito de identificar autoanticuerpos para dichas proteínas.
La etapa b) del procedimiento de detección de autoanticuerpos comprende determinar la formación de un complejo autoanticuerpo-proteína, o fragmento de la misma, susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo. Esta etapa puede llevarse a cabo por procedimientos convencionales conocidos por los expertos en la técnica, en la detección de la formación de complejos anticuerpo-antígeno (en este caso, autoanticuerpo-proteína o fragmento de la misma susceptible de reconocerse por dicho autoanticuerpo).
En una realización particular, a modo de ilustración no limitante para la detección de dicho complejo, se pueden añadir un conjugado que comprende un anticuerpo que reconoce el autoanticuerpo y un marcador (anticuerpo secundario marcado) en condiciones que permiten la formación de un complejo (complejo autoanticuerpo-proteína, o fragmento
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SRC, MAPKAPK3 SRC, FGFR4 SRC, STK4 SRC, ACVR2B
5 MAPKAPK3, FGFR4 MAPKAPK3, STK4 MAPKAPK3, ACVR2B FGFR4, STK4 FGFR4, ACVR2B
10 STK4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3 Pim1, SRC, FGFR4 Pim1, SRC, STK4 Pim1, SRC, ACVR2B
15 Pim1, MAPKAPK3, FGFR4 Pim1, MAPKAPK3, STK4 Pim1, MAPKAPK3, ACVR2B Pim1, FGFR4, STK4 Pim1, FGFR4, ACVR2B
20 Pim1, STK4, ACVR2B SRC, MAPKAPK3, FGFR4 SRC, MAPKAPK3, STK4 SRC, MAPKAPK3, ACVR2B SRC, FGFR4, STK4
25 SRC, FGFR4, ACVR2B SRC, STK4, ACVR2B 20 MAPKAPK3, FGFR4, STK4 MAPKAPK3, FGFR4, ACVR2B MAPKAPK3, STK4, ACVR2B
30 FGFR4, STK4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4 Pim1, SRC, MAPKAPK3, STK4 Pim1, SRC, MAPKAPK3, ACVR2B Pim1, SRC, FGFR4, STK4
35 Pim1, SRC, FGFR4, ACVR2B
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En una realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B se detecta y opcionalmente se cuantifica; en otra realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B se detecta y opcionalmente se cuantifica y además el nivel de autoanticuerpos para una o más de las siguientes proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4 y/o STK4, de acuerdo con las combinaciones previamente mencionadas. Adicionalmente, si se desea, el nivel de autoanticuerpos para otras proteínas, por ejemplo, para proteínas potencialmente útiles en el diagnóstico de CCR, tales como CEA, etc., se pueden detectar y opcionalmente determinar.
En una realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína Pim1, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 o el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B, preferiblemente, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 o el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B se detecta y opcionalmente se cuantifica.
En otra realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 y el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B y opcionalmente, el nivel de autoanticuerpos para la proteína FGFR4 se detecta y opcionalmente se cuantifica.
En una realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína Pim1, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 o el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B y opcionalmente, el nivel de autoanticuerpos para la proteína FGFR4 se detecta y opcionalmente se cuantifica.
Dentro del procedimiento de la presente invención, los datos obtenidos por el procedimiento de obtención de datos 1 relativos a la detección y opcionalmente, cuantificación de anticuerpos para una o más de las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B, se pueden usar en el diagnóstico, pronóstico o monitorización del progreso de la enfermedad, particularmente cáncer colorrectal (CCR) en un sujeto.
En otro aspecto, la invención se refiere a un procedimiento de obtener datos en una muestra biológica de un sujeto, de ahora en adelante “procedimiento de obtener datos 2 de la invención”, que comprende detectar el producto de expresión del gen Pim1 y el producto de expresión de al menos otro gen, en el que dicho gen está seleccionado del grupo constituido por los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B y si se desea, cuantificar el nivel de expresión de dicho producto de expresión de dicho gen en dicha muestra biológica en el que dicha muestra biológica comprende células tumorales de cáncer colorrectal.
Por medio del procedimiento de obtener datos 2 de la invención el nivel de un producto de expresión de el gen Pim1 y el nivel del producto de expresión de uno o más de los genes mencionados anteriormente puede detectarse e identificarse y si se desea, cuantificarse, permitiendo así la `posibilidad de establecer la presencia o ausencia de un producto de expresión del gen Pim1 y la presencia o ausencia de un producto de expresión uno o más de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B y donde sea apropiado si se desea, cuantificar el nivel de expresión de dicho producto de expresión.
La muestra biológica usada para poner en práctica el procedimiento de obtener datos 2 de la invención es una muestra biológica que comprende células tumorales CCR. A modo de ilustración no limitante, dicha muestra biológica que contiene células tumorales puede ser una muestra de un fluido biológico o, preferiblemente, una muestra de un tejido, por ejemplo, una biopsia tumoral, una biopsia de aspiración de aguja fina, etc. La muestra biológica puede ser, por ejemplo pero no limitada a, recién preparada, congelada, fijada o embebida en parafina.
En una realización particular, dicha muestra biológica es una biopsia tumoral que comprende células tumorales CCR a partir de un paciente que padece CCR o de una biopsia de tejido de colon o rectal de un sujeto en estudio para el propósito, por ejemplo, de evaluar si o si no él/ella padece CCR.
Los procedimientos para la detección y cuantificación de un producto de expresión de un gen son ampliamente conocidos por una persona experta en la técnica e incluyen un número de alternativas. Virtualmente cualquier procedimiento que permite la detección y, si se desea, la cuantificación de un producto de expresión de un gen seleccionado del grupo de genes que consiste en el Pim1, y uno o más de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, se pueden usar en poner en práctica el procedimiento de obtener datos 2 de la invención,
Así, en una realización particular, la detección del producto de expresión de un gen determinado (por ejemplo, Pim1 y uno o más de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B) se lleva a cabo analizando el nivel de ARNm derivado de su transcripción, en este caso, el análisis del nivel de ARNm se puede llevar a cabo, a modo de ilustración no limitante, por medio de un procedimiento de amplificación enzimática, por ejemplo, por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la transcripción reversa combinada con la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), la transcripción reversa combinada con la reacción en cadena de la ligasa (RT-LCR), o cualquier otro procedimiento de amplificación de ácidos nucleicos; microarrays de ADN preparados con oligonucleótidos depositados por cualquier mecanismo; microarrays de ADN preparados con oligonucleótidos sintetizados in situ por medio de fotolitografía o por cualquier otro mecanismo; hibridación in situ usando sondas específicas marcadas con cualquier procedimiento de marcaje; por medio de genes electroforesis, por medio de transferencia e hibridación de membranas con una sonda específica; por medio de resonancia magnética nuclear o cualquier otra técnica de formación de imágenes diagnósticas usando nanopartículas paramagnéticas o cualquier otro tipo de nanopartículas detectables funcionalizadas con anticuerpos o por cualquier otro medio. Adicionalmente, este procedimiento de obtener datos 2 de
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la invención puede incluir llevar a cabo una etapa de extracción para el propósito de obtener el ARN total, que se puede hacer por medio de técnicas convencionales (Chomczynski P., Biotechniques, 1993, 15: 532). Se puede encontrar información adicional sobre procedimientos para detectar y cuantificar los niveles de expresión de un producto de expresión un gen, por ejemplo, en Sambrook et al., 2001 “Molecular cloning: a Laboratory Manual”, 3ª edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y., vol. 1-3. En una realización particular del procedimiento de obtener datos 2 de la invención, la cuantificación de los niveles de expresión de los genes identificados anteriormente (Pim1, y uno o más de SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B) se lleva a cabo por medio de PCR cuantitativa múltiple por medio de un array de ADN o de ARN.
En otra realización particular, la detección y opcionalmente, la cuantificación del nivel de expresión de dicho producto de expresión del gen Pim1 y de uno o más de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B en la muestra a analizarse se lleva a cabo analizando el nivel de la proteína Pim1 y de una o más de las proteínas SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, o fragmentos de las mismas; en este caso el análisis del nivel de dichas proteínas se puede llevar a cabo, por medio de ilustración no limitante, por medio de un inmunoensayo, por medio de resonancia magnética nuclear o por medio de cualquier otra técnica adecuada conocida en el estado de la técnica. En una realización preferida, la determinación de la cantidad de la proteínas proteína Pim1 y de una o más de las proteínas SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, o de sus fragmentos, se lleva a cabo por medio de un inmunoensayo.
En una realización preferida particular, dicho inmunoensayo es un inmunoblot (Western blot o inmunodetección en membrana). Para este fin, brevemente, se obtiene un extracto de proteínas a partir de una muestra biológica aislada de un sujeto y se separan las proteínas mediante electroforesis en un medio de soporte capaz de retenerlas. Una vez separadas, las proteínas se transfieren a un soporte diferente o membrana donde pueden detectarse mediante el uso de anticuerpos específicos que reconocen a las proteínas en cuestión (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B) o a los fragmentos funcionalmente equivalentes de las mismas. Dicha membrana se hibrida con un primer anticuerpo específico (o anticuerpo primario) que reconoce a la proteína en cuestión (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2) o a un fragmento funcionalmente equivalente de la misma. La membrana se hibrida entonces con un segundo anticuerpo (o anticuerpo secundario) capaz de reconocer de manera específica al anticuerpo primario y que se encuentra conjugado o unido con un compuesto marcador. En una realización alternativa, es el anticuerpo que reconoce a la proteína Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B, o al fragmento funcionalmente equivalente de la misma, el que está conjugado o unido a un compuesto marcador y no es necesario el uso de un anticuerpo secundario. Se conocen en el estado de la técnica diferentes formatos, soportes y técnicas que se pueden emplear para llevar a cabo este aspecto preferido del procedimiento de obtener datos 2 de la invención.
En otra realización preferida particular, el inmunoensayo comprende un ensayo inmunohistoquímico. Las técnicas inmunohistoquímicas permiten la identificación, en muestras de tejidos, de determinantes antigénicos característicos. El análisis por medio de inmunohistoquímica (IHQ) se lleva a cabo en selección de tejidos, bien congelados o bien incluidos en parafina, a partir de una muestra biológica aislada de un sujeto. Estas secciones están hibridadas con un anticuerpo específico o anticuerpo primario que reconoce a anticuerpos específicos que reconocen a las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B, o a los fragmentos funcionalmente equivalentes de las mismas. A continuación las secciones se hibridan con un anticuerpo secundario capaz de reconocer de manera específica el anticuerpo primario y que se encuentra conjugado o unido con un compuesto marcador. En una realización alternativa, es el anticuerpo que reconoce a la proteína Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B, o al fragmento funcionalmente equivalente de las mismas el que está conjugado o unido a un compuesto marcador y no es necesario el uso de un anticuerpo secundario.
En una realización particular, el nivel de un producto de expresión de dos o más genes seleccionados del grupo que consiste en los genes Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B en los que uno de dichos productos de expresión es el producto de expresión del gen Pim1 se detecta y opcionalmente se cuantifica. A modo de ilustración, los productos de expresión de 2, 3, 4, 5 o 6 de dichos genes se pueden detectar y si se desea, se pueden cuantificar, en los que uno de dichos productos de expresión es un producto de expresión del gen Pim1.
En una realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1, el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B, preferiblemente, el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B ese detecta y opcionalmente se cuantifica.
En otra realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1, el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B y opcionalmente el nivel del producto de expresión del gen FGFR4 se detectan y opcionalmente se cuantifican.
Dentro del contexto de la presente invención, los datos obtenidos de acuerdo con el procedimiento de obtener datos 2 de la invención, relativos a la detección y opcionalmente, cuantificación de productos de expresión de los genes Pim1 y uno o más de, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B, se pueden usar en el diagnóstico, pronóstico o monitorización el progreso de las enfermedades, particularmente el cáncer colorrectal (CCR), en un sujeto.
Procedimientos de diagnóstico
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Pim1, SRC, STK4 Pim1, SRC, ACVR2B Pim1, MAPKAPK3, FGFR4 Pim1, MAPKAPK3, STK4 Pim1, MAPKAPK3, ACVR2B Pim1, FGFR4, STK4 Pim1, FGFR4, ACVR2B Pim1, STK4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4 Pim1, SRC, MAPKAPK3, STK4 Pim1, SRC, MAPKAPK3, ACVR2B Pim1, SRC, FGFR4, STK4 Pim1, SRC, FGFR4, ACVR2B Pim1, SRC, STK4, ACVR2B Pim1, FGFR4, STK4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3, STK4, ACVR2B Pim1, SRC, FGFR4, STK4, ACVR2B Pim1, MAPKAPK3, FGFR4, STK4, ACVR2B Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4, ACVR2B En una realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1 y el nivel de un producto de expresión
del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B, preferentemente el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B se cuantifica y compara con sus niveles de referencia.
En otra realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1, el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 y el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B y opcionalmente el nivel de un producto de expresión del gen FGFR4 se cuantifican y comparan con sus niveles de referencia.
El procedimiento de diagnóstico 2 de la invención permite diagnosticar si un sujeto padece CCR con un alto grado de fiabilidad dado que ello permite detectar correctamente dicha enfermedad (CCR) en al menos el 60 %, al menos el 70 %, al menos el 80 %, o al menos el 90 % de los sujetos de un grupo determinado o población analizado. Dicho procedimiento se puede usar en cualquier estadio del CCR. En una realización particular, el sujeto es un paciente que padece CCR en estadios iniciales, tales como estadios 0, I y II.
Procedimiento de pronóstico/monitorización
Las enseñanzas de la presente invención son también útiles para predecir o evaluar la respuesta a un tratamiento determinado. El tratamiento principal de CCR es típicamente tratamiento quirúrgico (cirugía), por ejemplo pero no limitado a, por medio de escisión o resección local. Algunos pacientes con CCR antes de cirugía reciben terapia “neocoadyuvante” para el propósito de reducir el tamaño del CCR, con el fin de permitir o facilitar la cirugía. Después de la cirugía, muchos pacientes reciben terapia coadyuvante para el propósito de evitar la recaída del cáncer en el colon, en el recto o en otro sitio. En el tratamiento de CCR, la terapia coadyuvante o neocoadyuvante puede consistir, por ejemplo pero no limitada a, en radioterapia, quimioterapia o terapia biológica. Algunos ejemplos de compuestos usados en quimioterapia o terapia biológica incluyen pero no se limitan a ácido fólico, fluorouracilo, irinotecán, oxaliplatina, leucovorina, levamisol, cetuximab o bevacirumab.
Por lo tanto, en otro aspecto, la invención se refiere a un procedimiento para evaluar el pronóstico o monitorizar el progreso de un paciente que padece cáncer colorrectal (CCR), de ahora en adelante “procedimiento de pronóstico 1
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de la invención”, que comprende comparar el nivel de un autoanticuerpo para la proteína Pim1 y el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína en el que dicho autoanticuerpo está seleccionado del grupo que consiste en un autoanticuerpo para la proteína SRC, un autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3, un autoanticuerpo para la proteína FGFR4, un autoanticuerpo para la proteína STK4 y un autoanticuerpo para la proteína ACVR2B, en una muestra biológica de dicho paciente que padece CCR, con el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo, en el que si el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo para la proteína Pim1, es mayor que el correspondiente nivel de referencia para dicho autoanticuerpo y en el que si el nivel de dicho autoanticuerpo para la proteína SRC, o de dicho autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3, o de dicho autoanticuerpo para la proteína FGFR4, o de dicho autoanticuerpo para la proteína STK4, en la muestra es mayor que el nivel de referencia correspondiente para dichos autoanticuerpos, y/o si el nivel del autoanticuerpo para ACVR2B en dicha muestra es menos que el nivel de referencia para dicho autoanticuerpo, entonces dicho paciente padece un CCR con un mal pronóstico o presenta un CCR con un progreso desfavorable.
El procedimiento de pronóstico 1 de la invención comprende determinar previamente el nivel de un autoanticuerpo para la proteína Pim1 y el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína, en el que dicho autoanticuerpo está seleccionado del grupo que consiste en un autoanticuerpo para la proteína SRC, un autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3, un autoanticuerpo para la proteína FGFR4, un autoanticuerpo para la proteína STK4 y un autoanticuerpo para la proteína ACVR2B, en una muestra biológica del paciente que padece CCR en cuestión. En una realización particular, dicha muestra biológica es una muestra de sangre, plasma o suero de dicho paciente que padece CCR para el propósito de evaluar la monitorización del progreso de la enfermedad (CCR). El nivel de dichos autoanticuerpos se puede determinar cómo se ha indicado anteriormente en relación con el procedimiento de detección de autoanticuerpos de la invención con el procedimiento de obtener datos 1 de la invención.
Una vez el nivel de los autoanticuerpos para la proteína Pim1 y el nivel de uno o más de los autoanticuerpos para las proteínas SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y/o ACVR2B, en dicha muestra biológica se determina, el procedimiento de pronóstico 1 de la invención comprende comparar el nivel de dicho autoanticuerpo (o de dichos autoanticuerpos) con el nivel de referencia para dicho(s) autoanticuerpo(s) (o con los niveles de referencia para los autoanticuerpos en cuestión), en el que si el nivel de dicho autoanticuerpo para la proteína Pim1 es mayor que el nivel de referencia correspondiente para dicho autoanticuerpo y en el que si el nivel de dicho autoanticuerpo para la proteína SRC, o de dicho autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3, o de dicho autoanticuerpo para la proteína FGFR4, o de dicho autoanticuerpo para la proteína STK4, en dicha muestra es mayor que el nivel de referencia correspondiente para dicho autoanticuerpo, después dicho paciente padece un CCR con un mal pronóstico o presenta un CCR con un progreso desfavorable.
En una realización particular de la invención, dicho nivel de referencia es el nivel o cantidad de autoanticuerpos para dichas proteínas (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B) en una muestra, preferiblemente de suero, a partir de sujetos que no presentan CCR. En otra realización particular de la invención, dicho nivel de referencia es el nivel o cantidad de autoanticuerpos para dichas proteínas (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B) en una muestra, preferentemente de suero, del mismo paciente que padece CCR previamente obtenido, por ejemplo antes de la administración de un tratamiento para CCR, para el propósito de ser capaces de evaluar la efectividad de dicho tratamiento. Generalmente se considera que el nivel de un autoanticuerpo para una proteína (por ejemplo, Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4 o STK4) en la muestra biológica del sujeto en estudio es “mayor” que el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo cuando el nivel de dicho autoanticuerpo en la muestra biológica del sujeto es al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más, el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo. De forma similar, se considerará generalmente que el nivel de un autoanticuerpo para una proteína (por ejemplo, ACVR2B) en la muestra biológica del sujeto en estudio es “menos” que el nivel de referencia de dicho producto de expresión de dicho gen cuando el nivel de dicho autoanticuerpo en la muestra biológica del sujeto es al menos 1,5 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más, menor que el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo.
En otra realización particular, el nivel de autoanticuerpos para dos o más proteínas del grupo que consiste en proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B en el que una de las proteínas es la proteína Pim1 en la muestra del sujeto a analizarse se cuantifica y los niveles obtenidos se comparan con los niveles de referencia de los autoanticuerpos para las correspondientes proteínas. A modo de ilustración, los autoanticuerpos para las proteínas seleccionadas 2, 3, 4, 5 y 6 del grupo que consiste en las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, como se mencionan en la lista mencionada anteriormente de combinaciones de proteínas se pueden cuantificar.
Así, en una realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína Pim1 y el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 o el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B, preferiblemente, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 o el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B se cuantifica y compara con sus niveles de referencia.
En otra realización particular, el nivel de autoanticuerpos para la proteína Pim1, el nivel de autoanticuerpos para la proteína MAPKAPK3 y el nivel de autoanticuerpos para la proteína ACVR2B, y opcionalmente el nivel de autoanticuerpos para la proteína FGFR4 se cuantifican y comparan con su nivel de referencia.
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tales como, por ejemplo, los siguientes productos de expresión se pueden cuantificar.
En una realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1 y el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B, preferentemente el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 o el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B se cuantifica y compara con
5 sus niveles de referencia.
En otra realización particular, el nivel de un producto de expresión del gen Pim1, el nivel de un producto de expresión del gen MAPKAPK3 y el nivel de un producto de expresión del gen ACVR2B y opcionalmente el nivel de un producto de expresión del gen FGFR4 se cuantifican y comparan con sus niveles de referencia.
El procedimiento de pronóstico 2 de la invención permite evaluar el pronóstico de un paciente que padece CCR, y/o
10 monitorizar el progreso de dicho paciente que padece CCR, es decir, si él tiene un buen pronóstico y progresará favorablemente o si él tiene un mal pronóstico y progresará desfavorablemente. Dicho procedimiento se puede usar en cualquier fase de CCR. En una realización particular, el sujeto es un paciente que padece CCR en estadios iniciales, tal como en estadios 0, I y II.
Procedimientos de diagnóstico de metástasis
15 Las técnicas de la presente invención son también útiles para analizar la probabilidad de que un paciente que padece CCR desarrolle una metástasis pulmonar o hepática.
Por lo tanto, la descripción describe a un “procedimiento para diagnosticar metástasis pulmonar en un paciente que padece cáncer colorrectal (CCR)” que comprende comparar el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína en una muestra de dicho paciente, en el que dicho paciente es una proteína seleccionada del grupo de proteínas
20 mencionadas en la tabla 2, con el nivel de referencia para dicho autoanticuerpo, en el que si el nivel de autoanticuerpo para dicha proteína en dicha muestra es mayor que el nivel de referencia para dicho autoanticuerpo, el paciente de CCR presenta metástasis pulmonar.
Tabla 2
Proteínas relacionadas con metástasis pulmonar
PROTEÍNA
NÚMERO DE ACCESO
PAK1
Q13153
HOMER2
Q9NSB8
IRAK4
QNWZ3
PRKD2
A0JLT6
AK075484
Q8N2G5
C2ORF13
Q8IWI9
PSCD3
Q75ML1
SH3BGL2
Q9UJC5
CDK2
P24941
DAPK2
Q1RMF4
TRPT1
Q86TN4
PDGFRB
P09619, B5A957, Q5UBV6
NEK1
Q96PY6
SOCS3
O14543
EPHA4
Q53TA0, C9JEM6, C9JIX8, Q584H6, C9JFX5
Bases de datos: UniProtKB/TrEMBL-UniProtKB/Swiss-Prot El procedimiento de diagnóstico de metástasis pulmonar en un paciente que padece CCR descrito en el presente
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documento comprende determinar previamente el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína seleccionada de entre las proteínas mencionadas en la tabla 2, en una muestra biológica del paciente que padece CCR en cuestión. En una realización particular, dicha muestra biológica es una muestra de sangre, plasma o suero de dicho paciente que padece CCR. El nivel de dichos autoanticuerpos puede determinarse como si se hubiera indicado previamente en relación con el procedimiento de detección de autoanticuerpos de la invención o en relación al procedimiento de obtener datos 1 de la invención pero aplicado sobre las proteínas de la tabla 2 en lugar de sobre las proteínas mencionadas en ello (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B).
Una vez el nivel de uno o más de los autoanticuerpos para dichas proteínas se determina en dicha muestra biológica, el procedimiento de diagnóstico de metástasis pulmonar en un paciente que padece CCR descrito en el presente documento comprende comparar el nivel de dicho autoanticuerpo (o autoanticuerpos) con el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo (o con los niveles de referencia para los autoanticuerpos en cuestión), en los que si el nivel de autoanticuerpo(s) para dicha(s) proteína(s) en dicha muestra es mayor que el nivel de referencia para dicho(s) autoanticuerpo(s), el paciente de CCR presenta metástasis pulmonar.
En una realización particular, dicho nivel de referencia es el nivel o cantidad de autoanticuerpos para dichas proteínas mencionadas en la tabla 2 en una muestra, preferiblemente de suero, de sujetos que no presentan CCR. En otra realización particular, dicha muestra es de pacientes que padecen CCR pero que no tienen metástasis. Ello generalmente considerará que el nivel de autoanticuerpo para una proteína (por ejemplo, las proteínas mencionadas en la tabla 2) en la muestra de los pacientes que padecen CCR a analizarse es “mayor” que el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo cuando el nivel de dicho autoanticuerpo en la muestra biológica del sujeto es al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más, el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo.
En una realización particular, solo el nivel de anticuerpos para una proteína individual de la tabla 2 en la muestra del paciente que padece CCR a analizarse se cuantifica y se compara con el nivel de referencia de autoanticuerpos para dicha proteína.
En otra realización particular, el nivel de anticuerpos para dos o más proteínas del grupo que consiste en, las proteínas mencionadas en la tabla 2 en la muestra del paciente que padece CCR a analizarse se cuantifica y los niveles obtenidos se comparan con los niveles de referencia de los autoanticuerpos para las proteínas correspondientes. A modo de ilustración los autoanticuerpos para 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 y 15 proteínas seleccionadas del grupo que consiste en las proteínas mostradas en la tabla 2 se pueden cuantificar.
El procedimiento de diagnóstico de metástasis pulmonar en un paciente que padece CCR descrito en el presente documento permite evaluar si el paciente de CCR presenta metástasis pulmonares.
La descripción también describe un “procedimiento para diagnosticar metástasis hepáticas en un paciente que padece cáncer colorrectal (CCR)” que comprende comparar el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína en una muestra de dicho paciente, en la que dicha proteína es una proteína seleccionada del grupo de proteínas mencionadas en la tabla 3, con el nivel de referencia para dicho autoanticuerpo, en el que si el nivel de autoanticuerpo para dicha proteína en dicha muestra es mayor que el nivel de referencia para dicho autoanticuerpo, el paciente de CCR presenta metástasis hepáticas.
Tabla 3
Proteínas relacionadas con metástasis pulmonar
PROTEÍNA
NÚMERO DE ACCESO
PHLDB1
Q96D60, Q96C94, Q86UU1
AKT3
Q56A86
PRKCH
P24723
MAPKAPK3
Q16644
C9ORF43
QBTAL5
EGFR
Q504U8, P00533, A2VCQ7, Q147T7
CAMKV
Q8NCB2 C9JSB2 C9J9B2 C9JNE8
THAP3
Q8WTV1
C15ORF3B
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EPB41L5
Q4ZG32 Q9HCM4 Q53RT1 Q53734
PGAM1
P18669
PADI4
Q9UM07 Q6EVJ4 Q6EVJ1 Q6EVJ5 Q6EVJ7 Q6EVJ2 Q6EVJ6
UBE2T
Q9NPD8
C9ORF78
Q9NZ63 Q6GVN4
WDR61
Q9GES3
PRKCB1
P05771 D3DWF5
PRKCD
C9J9P1 C9JZU8
ZAP70
P4303
ABL2
P42684 B5MEB6 DIMPS6
WEE1
P30291
DCAMKL2
Q8N568
TRIM21
P19474 Q5KPV5
El procedimiento de diagnóstico de metástasis hepática en un paciente que padece CCR comprende determinar previamente el nivel de al menos un autoanticuerpo para una proteína seleccionada de entre las proteínas mencionadas en la tabla 3, en una muestra biológica del paciente que padece CCR en cuestión. En una realización particular, dicha muestra biológica es una muestra de sangre, plasma o suero de dicho paciente que padece CCR. El nivel de dichos autoanticuerpos puede determinarse como si se hubiera indicado previamente en relación con el procedimiento de detección de autoanticuerpos de la invención o en relación al procedimiento de obtener datos 1 de la invención pero aplicado sobre las proteínas de la tabla 2 en lugar de sobre las proteínas mencionadas en ello (Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B).
Una vez el nivel de uno o más de los autoanticuerpos para dichas proteínas se determina en dicha muestra biológica, el procedimiento de diagnóstico de metástasis hepática en un paciente que padece CCR descrito en el presente documento comprende comparar el nivel de dicho autoanticuerpo (o autoanticuerpos) con el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo (o con los niveles de referencia para los autoanticuerpos en cuestión), en los que si el nivel de autoanticuerpo(s) para dicha(s) proteína(s) en dicha muestra es mayor que el nivel de referencia para dicho(s) autoanticuerpo(s), el paciente de CCR presenta metástasis hepática.
En una realización particular de la invención, dicho nivel de referencia es el nivel o cantidad de autoanticuerpos para dichas proteínas mencionadas en la tabla 3 en una muestra, preferiblemente de suero, de sujetos que no presentan CCR. En otra realización particular, dicha muestra es de pacientes que padecen CCR pero que no tienen metástasis. Ello generalmente considerará que el nivel de autoanticuerpo para una proteína (por ejemplo, las proteínas mencionadas en la tabla 3) en la muestra de los pacientes que padecen CCR a analizarse es “mayor” que el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo cuando el nivel de dicho autoanticuerpo en la muestra biológica del sujeto es al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más, el nivel de referencia de dicho autoanticuerpo. En una realización particular, solo el nivel de anticuerpos para una proteína individual de las mencionadas en la tabla 3 en la muestra del paciente que padece CCR a analizarse se cuantifica y se compara con el nivel de referencia de autoanticuerpos para dicha proteína.
En otra realización particular, el nivel de anticuerpos para dos o más proteínas del grupo que consiste en, las proteínas mencionadas en la tabla 3 en la muestra del paciente que padece CCR a analizarse se cuantifica y los niveles obtenidos se comparan con los niveles de referencia de los autoanticuerpos para las proteínas correspondientes. A modo de ilustración los autoanticuerpos para 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 y 22 proteínas seleccionadas del grupo que consiste en las proteínas mostradas en la tabla 3 se pueden cuantificar.
El procedimiento de diagnóstico de metástasis pulmonar en un paciente que padece CCR descrito en el presente documento permite evaluar si el paciente de CCR presenta metástasis pulmonares.
Kits y aplicaciones
En otro aspecto, la invención se refiere a un kit, de ahora en adelante “kit de la invención” que comprende
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-los elementos necesarios para detectar al menos un autoanticuerpo para la proteína Pim1 y un autoanticuerpo seleccionado del grupo que consiste en un autoanticuerpo para la proteína SRC, un autoanticuerpo para la proteína MAPKAPK3, un autoanticuerpo para la proteína FGFR4, un autoanticuerpo para la proteína STK4 y un autoanticuerpo para la proteína ACVR2B, o alternativamente
-los elementos necesarios para detectar un producto de expresión del gen Pim1 y al menos un producto de expresión de un gen seleccionado del grupo que consiste en los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B.
En una realización particular, el kit de la invención comprende además los elementos necesarios para comparar la cantidad de autoanticuerpos para al menos una de las proteínas Pim1, SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B con una cantidad de referencia.
En otra realización particular, el kit de la invención comprende además los elementos necesarios para detectar y/o comparar la cantidad de autoanticuerpos para una proteína mencionada en la tabla 2 con una cantidad de referencia.
En otra realización particular, el kit de la invención comprende además los elementos necesarios para detectar y/o comparar la cantidad de autoanticuerpos para una proteína mencionada en la tabla 3 con una cantidad de referencia.
En otra realización particular, el kit de la invención comprende los elementos necesarios para detectar la cantidad del producto de expresión del gen Pim1 y para detectar la cantidad del producto de expresión de al menos uno de los genes seleccionados de la lista que comprende SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B en una muestra biológica aislada a partir de un sujeto. En una realización preferida de este aspecto de la invención, el kit de la invención comprende además los elementos necesarios para comparar la cantidad detectada del producto de expresión del gen Pim1 y para comparar la cantidad detectada del producto de expresión de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B con una cantidad de referencia.
El kit de la invención comprende además contener todos aquellos reactivos necesarios para detectar la cantidad de autoanticuerpos para la proteína Pim1 y para detectar la cantidad de autoanticuerpos para las proteínas SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 o ACVR2B, o para las proteínas mencionadas en las tablas 2 o 3, o del producto de expresión del gen Pim1 y de los genes SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, por medio de cualquiera de los procedimientos anteriormente descritos en el presente documento tales como, por ejemplo, pero no limitados a
a) la proteína Pim1 y las proteínas SRC, MAPKAPK3, FGFR4, STK4 y ACVR2B, y/o sus fragmentos o variantes funcionalmente equivalentes;
b) los anticuerpos capaces de reconocer específicamente las proteínas mencionadas en el párrafo a);
c) cebadores;
d) polimerasas;
e) sondas; o
f) controles positivos y/o negativos.
El kit de la invención puede incluir adicionalmente sin ningún tipo de limitación, tampones, agentes para evitar la contaminación, inhibidores de degradación de proteínas, etc. Además, el kit de la invención puede incluir todos los soportes y recipientes necesarios para comenzarla y optimizarla. Preferentemente, el kit comprende además las instrucciones para llevar a cabo el procedimiento de la invención.
En otro aspecto, la invención se refiere al uso del kit de la invención para:
-diagnosticar si un sujeto padece cáncer colorrectal (CCR); o para
-evaluar el pronóstico o rastrear el progreso de un paciente que padece CCR.
Ejemplos
Los siguientes ejemplos específicos que se proporcionan en este documento de patente sirven para ilustrar la naturaleza de la presente invención. Estos ejemplos se incluyen solamente con fines ilustrativos y no han de ser interpretados como limitaciones a la invención que se reivindica en el presente documento. Por tanto, los ejemplos descritos más adelante ilustran la invención sin limitar el campo de aplicación de la misma.
Ejemplo 1
Identificación de autoanticuerpos específicos de cáncer colorrectal (CCR)
Doce sueros de pacientes con CCR en estadios avanzados y que desarrollaron diferentes tipos de metástasis hepáticas (7 pacientes), de hígado y pulmón (4 pacientes) y de hígado y huesos (1 paciente) y 8 sueros de individuos sanos (es decir, de individuos sin CCR) (sueros control) se sometieron a prueba usando microarrays de proteínas de
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Claims (1)

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