ES2271940T3 - Secuencias nucleotidicas que codifican regiones variables de cadenas alfa de los receptores de linfocitos humanos asi como sus aplicaciones. - Google Patents
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Abstract
LA PRESENTE INVENCION SE REFIERE A NUEVAS SECUENCIAS NUCLEOTIDICAS QUE CODIFICAN REGIONES VARIABLES DE CADENAS ALFA DE LOS RECEPTORES DE LOS LINFOCITOS T HUMANOS, A LOS SEGMENTOS PEPTIDICOS CORRESPONDIENTES Y A LAS APLICACIONES DE DIAGNOSTICO Y DE TERAPIA.
Description
Secuencias nucleotídicas que codifican regiones
variables de cadenas alfa de los receptores de linfocitos humanos
así como sus aplicaciones.
La presente invención se refiere a una secuencia
nucleotídica nueva que codifica una región variable de la cadena
\alpha de los receptores de las células T, al segmento peptídico
correspondiente y a las aplicaciones diagnósticas y
terapéuticas.
Se sabe que los receptores que reconocen los
antígenos en la superficie de los linfocitos T maduros (denominados
de aquí en adelante receptores de las células T) poseen una
estructura que tiene una cierta analogía con los de las
inmunoglobulinas. Así, comprenden estructuras heterodiméricas que
comprenden cadenas glicoproteicas \alpha y \beta o cadenas
glicoproteicas \gamma y \delta (véanse Meuer et al. (1),
Moingeon et al. (2), Brenner et al. (3), Bank et
al. (4)).
El conjunto de los receptores de las células T
debe poder hacer frente a la inmensa diversidad de determinantes
antigénicos. Esto se obtiene por recombinación genética de los
diferentes segmentos discontinuos de los genes que codifican las
diferentes regiones estructurales de los receptores de las células
T. Así, los genes comprenden los segmentos V (segmentos variables),
opcionalmente los segmentos D (segmentos de diversidad), los
segmentos J (segmentos de unión) y los segmentos C (segmentos
constantes). Durante la diferenciación de las células T, los genes
específicos se crean por recombinación de los segmentos V, D y J
para los locus \beta y \delta y los segmentos V y J para los
locus \alpha y \gamma. Estas combinaciones específicas así como
el emparejamiento de dos cadenas crean la diversidad combinatoria.
Esta diversidad se amplifica mucho mediante dos mecanismos
adicionales, a saber, la unión imprecisa de los segmentos
V-D-J o V-J y la
adición de nucleótidos correspondientes a la región N (Davis et
al. (5)).
Actualmente se conoce un determinado número de
segmentos génicos V. Estos segmentos se han agrupado en
sub-familias en función de la similitud de las
secuencias. Por definición, los segmentos que presentan más del 75%
de similitud en la secuencia nucleotídica se han considerado como
miembros de la misma sub-familia (Crews et
al. 6)). Así, los segmentos génicos V\alpha conocidos se han
clasificado en 22 sub-familias de las que 14 tienen
un solo miembro (véanse Concannon et al. (7), Kimura et
al. (8), Wilson et al. (9)).
Por otro lado, se han descrito aproximadamente
60 segmentos génicos J\alpha (9).
Por otro lado, hemos descrito recientemente en
el documento WO 90/06758 anticuerpos monoclonales dirigidos frente
a segmentos específicos de las partes variables de los receptores de
las células T, principalmente de las cadenas \beta y \delta.
Estos anticuerpos monoclonales son útiles no solamente como
herramientas de diagnóstico sino también como herramientas
terapéuticas, por ejemplo frente a la artritis reumatoide.
También hemos descrito la utilización de
péptidos sintéticos correspondientes a las regiones variables de
las cadenas \alpha o \beta en el tratamiento de enfermedades
auto-inmunes (23 y 24).
Se sabe, por otro lado, que existen variaciones
de un individuo a otro en la expresión de los diferentes segmentos
variables del receptor T en el ser humano (27 y 28).
La presente invención pretende enriquecer el
conjunto de los segmentos génicos que codifican las regiones
variables de las cadenas en los receptores de las células T
proporcionando un segmento génico nuevo V\alpha.
La presente invención tiene así por objeto una
secuencia nucleotídica que codifica una región variable de la
cadena \alpha de los receptores de los linfocitos T humanos,
correspondiente al ADNc que comprende la secuencia nucleotídica del
segmento V\alpha que corresponde a 20 SEQ ID N° 1 y las secuencias
que difieren en uno o varios nucleótidos.
La presente invención también tiene más
especialmente por objeto:
- -
- Una secuencia nucleotídica que codifica una región variable de la cadena \alpha de los receptores de los linfocitos T humanos correspondiente al ADNc correspondiente a toda o parte de la secuencia nucleotídica del segmento V\alpha que corresponde a la secuencia 1 a 200 de SEQ ID N° 1.
Por la expresión "secuencias nucleotídicas
correspondientes a los ADNc correspondientes a toda o parte de las
secuencias nucleotídicas", se designan también tanto las
secuencias completas como los fragmentos de estas secuencias
incluidos los fragmentos cortos (oligonucleótidos) que encuentran
aplicación como sondas (que comprenden generalmente al menos 10
nucleótidos) o como cebador (que comprende generalmente al menos 15
nucleótidos). De manera general, la invención engloba el conjunto
de oligonucleótidos nuevos que son fragmentos de la secuencia
V\alpha según la invención.
En relación a las secuencias que difieren en uno
o dos nucleótidos, éstas se corresponden con las variaciones
observadas experimentalmente durante la determinación de la
secuencia nucleotídica de varios ADNc.
La presente invención también tiene por objeto
los péptidos codificados por las secuencias nucleotídicas según la
invención así como los alelos y los derivados de éstas que poseen la
misma función.
De manera general, la presente invención engloba
los péptidos constituidos por o que comprenden una secuencia
peptídica codificada por las secuencias nucleotídicas según la
invención así como los fragmentos de estos péptidos. También
engloba los péptidos que difieren de éstos en uno o varios
aminoácidos y que poseen la misma función. Estos péptidos pueden
corresponder a modificaciones tales como las conocidas con las
muteínas o a variaciones alélicas. En efecto, se ha mostrado en
particular que determinados segmentos génicos que codifican las
regiones variables de las cadenas del receptor T en el ser humano
estaban sometidos a un fenómeno de polimorfismo genético denominado
variación alélica (25). La presente invención engloba los péptidos
que provienen de este fenómeno.
La secuencia nucleotídica según la invención se
obtuvo según las etapas siguientes:
- -
- aislamiento de los ARN de linfocitos periféricos de un individuo;
- -
- obtención del ADN complementario mediante la transcriptasa inversa y un cebador A específico de la región C\alpha (SEQ ID N° 21);
- -
- amplificación génica (mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa Anclada o A-PCR) mediante una ADN polimerasa, un cebador poli C (SEQ ID N° 22) y un cebador B específico de la región C\alpha (SEQ ID N° 23);
- -
- nueva amplificación mediante A-PCR mediante ADN polimerasa y un cebador C específico de la región C\alpha (SEQ ID N° 24);
- -
- inserción en un vector plasmídico;
- -
- transformación de un anfitrión bacteriano con el vector recombinante;
- -
- cribado de las colonias bacterianas recombinantes con un oligonucleótido D específico de C\alpha (SEQ ID N° 25) marcado;
- -
- extracción de los plásmidos de las colonias positivas,
- -
- y secuenciación de los fragmentos de ADN que contienen la región C\alpha.
La presente invención puede reproducirse
principalmente por amplificación génica biespecífica (reacción en
cadena de la polimerasa o PCR) partiendo de linfocitos periféricos
que expresan ARNm que incluyen el segmento variable correspondiente
a la secuencia ID N° 1 de la invención o alternativamente aplicando
esta técnica de PCR al ADN genómico de cualquier célula somática de
un individuo en riesgo. La invención también puede reproducirse
preparando las secuencias génicas anteriores mediante síntesis
química de los oligonucleótidos.
Los péptidos según la invención pueden obtenerse
mediante síntesis peptídica clásica. También pueden obtenerse
mediante la aplicación de técnicas conocidas de ingeniería genética
que comprenden la inserción de una secuencia de ADN que codifica un
péptido según la invención en un vector de expresión tal como un
plásmido y la transformación de células con este vector de
expresión.
La presente invención también tiene, por lo
tanto, por objeto los plásmidos y los vectores de expresión que
comprenden una secuencia de ADN que codifica un péptido según la
invención así como los anfitriones transformados con este
vector.
La presente invención también tiene por objeto
los anticuerpos, y principalmente los anticuerpos monoclonales,
dirigidos frente a un determinante antigénico que pertenece a o que
comprende un péptido según la invención.
Los anticuerpos monoclonales pueden obtenerse
mediante todas las técnicas que permiten la producción de moléculas
de anticuerpos a partir del cultivo de líneas celulares. Estas
técnicas comprenden las diferentes técnicas que utilizan
hibridomas.
La producción de anticuerpos puede obtenerse en
el animal mediante inmunización de los animales por inyección de
los péptidos o de los fragmentos según la invención, sean naturales,
recombinantes o sintéticos, opcionalmente después de acoplamiento
con un agente inmunógeno tal como la anatoxina tetánica, o por
inyección de linfocitos T humanos que expresan las secuencias
correspondientes en su superficie, incluidas las células
recombinantes transfectadas con las secuencias codificadoras
correspondientes.
La presente invención también tiene por objeto
los hibridomas que producen anticuerpos monoclonales dirigidos
frente a los polipéptidos según la invención.
La presente invención también engloba los
fragmentos y los derivados de los anticuerpos monoclonales según la
invención que son reactivos con las regiones variables definidas de
los receptores de las células T. Estos fragmentos son
principalmente los fragmentos F(ab')2 que pueden obtenerse
por degradación enzimática de las moléculas de anticuerpos con
pepsina, los fragmentos Fab' que pueden obtenerse por reducción de
los puentes disulfuro de los fragmentos F(ab')2 y los
fragmentos Fab que pueden obtenerse por degradación enzimática de
las moléculas de anticuerpos con papaína en presencia de un agente
reductor. Estos fragmentos también pueden obtenerse por ingeniería
genética.
Los derivados de los anticuerpos monoclonales
son por ejemplo los anticuerpos o los fragmentos de estos
anticuerpos a los que están unidos marcadores tal como un
radioisótopo. Los derivados de los anticuerpos monoclonales también
son los anticuerpos o los fragmentos de estos anticuerpos a los que
están unidos moléculas activas desde un punto de vista terapéutico,
principalmente compuestos citotóxicos.
Los productos de la invención encuentran varios
tipos de aplicaciones en el campo del diagnóstico y en el campo de
la terapéutica.
Los oligonucleótidos contenidos en las
secuencias nucleotídicas según la invención pueden utilizarse para
constituir sondas de detección (generalmente al menos 10
nucleótidos) capaces de hibridarse a una región variable de la
cadena \alpha o cebadores para la amplificación de ADN (que
comprenden generalmente al menos 15 nucleótidos y preferentemente
al menos 17 nucleótidos) capaces de unirse a una secuencia que se
quiere amplificar.
Así, los oligonucleótidos encuentran una
aplicación en el diagnóstico de los trastornos inmunitarios
detectando la presencia de secuencias de ácidos nucleicos homólogas
de un gen que codifica las regiones variables de las cadenas
\alpha de los receptores de las células T en el ARNm de una
muestra de un paciente. Pueden utilizarse diferentes métodos para
establecer un vínculo entre la expresión de los genes de las células
T y una enfermedad. Estos métodos compren-
den:
den:
- a-
- producción y análisis de bancos de expresión de ADN obtenidos a partir de células T ligadas a la enfermedad para determinar la frecuencia de genes dominantes;
- b-
- análisis de muestras de ADN genómico mediante transferencia Southern para determinar si existen polimorfismos genéticos o reordenaciones de los genes que codifican los receptores de las células T;
- c-
- análisis de muestras mediante la obtención de ADNc, amplificación por PCR e hibridación con sondas marcadas;
- d-
- hibridación in situ de células T sin cultivo previo de las células T.
Los cebadores encuentran una aplicación en las
reacciones de PCR en un método tal como el definido
anteriormente.
Los anticuerpos monoclonales, los fragmentos o
los derivados de estos anticuerpos según la invención,
principalmente los anticuerpos anti V\alpha, pueden utilizarse
para estudiar las respuestas inmunitarias de tipo T, por ejemplo en
el campo de las enfermedades auto-inmunes, de la
cancerología, de la alergia, del transplante y de las enfermedades
infecciosas. En particular, puede estudiarse el conjunto de los
diferentes segmentos variables del receptor T, ya se trate de
células T sanguíneas o tisulares. De manera general, las técnicas
utilizadas pueden ser métodos in vitro o in vivo.
En los métodos in vitro, las muestras
utilizadas pueden ser muestras de líquidos corporales o muestras de
tejidos. Las técnicas utilizadas pueden incluir principalmente la
citofluorometría de flujo para analizar los linfocitos T de la
sangre o marcajes con inmunoperoxidasa en cortes anatomopatológicos
para estudiar los linfocitos que infiltran los tejidos.
En los métodos in vivo, los anticuerpos,
sus fragmentos o sus derivados se administran por las vías
habituales, por ejemplo por vía intravenosa, y se detectan las
uniones inmunoespecíficas. Esto puede obtenerse, por ejemplo, en el
caso en el que se utiliza un anticuerpo marcado con un
radioisótopo.
Los oligonucleótidos contenidos en las
secuencias nucleotídicas según la invención pueden utilizarse en
terapéutica como oligonucleótidos antisentido. En efecto, se sabe
que es posible inhibir in vitro la expresión de un gen
transcrito en linfocitos humanos incubando estos linfocitos con un
oligonucleótido antisentido específico del gen en cuestión (26).
Estos oligonucleótidos antisentido comprenden generalmente al menos
10 y, preferentemente, al menos 16 nucleótidos. Estos
oligonucleótidos antisentido pueden ser principalmente las
secuencias inversas y complementarias correspondientes a los 20
nucleótidos en posición 5' respecto al sitio de inicio de la
traducción (ATG). El interés de una utilización in vitro de
los oligonucleótidos antisentido específicos de un segmento génico
V\alpha es abolir (o disminuir mucho) la expresión de un receptor
T que comprende este segmento V\alpha y, por lo tanto, obtener un
fenómeno de deleción clonal a nivel de la reactividad específica de
los linfocitos T. Los oligonucleótidos antisentido pueden
utilizarse no sólo in vitro en los linfocitos T humanos que
se vuelven a inyectar, sino también in vivo por inyección
local o sistémica preferentemente después de modificaciones para
incrementar la estabilidad in vivo y la penetración en el
interior de los linfocitos T de estos oligonucleótidos.
Los anticuerpos monoclonales según la invención,
principalmente los anticuerpos anti V\alpha, pueden utilizarse
para modular el sistema inmunitario. Así, los anticuerpos pueden
administrarse para bloquear la interacción de las células T
efectoras con su antígeno específico. También pueden administrarse
anticuerpos anti-receptores T unidos, por ejemplo,
a una molécula citotóxica o a un radioisótopo de manera que se
obtenga una deleción clonal, gracias a la fijación específica en
una cadena \alpha de un receptor de la célula T. Los anticuerpos
monoclonales según la invención pueden utilizarse en terapéutica a
concentraciones poco mitogénicas de manera que se activen de manera
específica determinados sub-conjuntos de células T o
pueden utilizarse a concentraciones mucho más elevadas para fijarse
a los receptores referidos y marcar así estos
sub-conjuntos en vista de su eliminación por el
sistema retículo-endotelial. Un criterio importante
para el tratamiento de una enfermedad es la aptitud de modular los
sub-conjuntos de células T ligados a una enfermedad.
La naturaleza exacta de esta modulación terapéutica, a saber,
bloquear o suprimir un sub-conjunto particular de
células T o al contrario estimular y activar un
sub-conjunto particular, dependerá de la enfermedad
en cuestión y del sub-conjunto específico de
células T referido.
Este tipo de tratamiento presenta una ventaja
respecto a los tratamientos actuales que utilizan anticuerpos tales
como el tratamiento con anticuerpos anti CD3 en pacientes que se han
sometido a un transplante renal y que tienen un problema de
rechazo, que se debe a que gracias a la invención no existirá la
modulación de la totalidad de la población de las células T sino
solamente del sub-conjunto de células T que expresan
la sub-familia \alpha particular de receptores de
células T.
Por otro lado, la respuesta de las células T es
frecuentemente oligoclonal, por lo que conviene generalmente
utilizar en terapéutica "mezclas" de varios anticuerpos.
Se pueden utilizar además anticuerpos anti
V\alpha para seleccionar in vitro los linfocitos T, por
ejemplo, pasándolos por una columna que contiene bolas que tienen
los anticuerpos. Esta separación de determinados linfocitos T puede
utilizarse en vista de cultivar estos linfocitos antes de
reinyectarlos al paciente.
Además, se puede utilizar en terapéutica toda o
parte de las secuencias peptídicas según la invención, es decir,
las secuencias peptídicas codificadas por las secuencias
nucleotídicas según la invención o los fragmentos de estas
secuencias (que comprenden generalmente al menos 8 a 10
aminoácidos). Estas secuencias o estos fragmentos, administrados al
ser humano o a un animal, pueden comportarse como un cebo, es decir,
que se fijarán al epítopo que contiene el antígeno perjudicial e
impedirán la reacción de las células T normales con el antígeno,
impidiendo así el desarrollo de una enfermedad agresiva contra los
determinantes propios. También pueden utilizarse como inmunógenos
en la fabricación de vacunas (opcionalmente después de acoplarse a
transportadores proteicos).
A continuación se describirá la presente
invención más detalladamente, en referencia a las Fig. adjuntas en
las que:
- las Fig. 1 A a E proporcionan de
manera alineada a la vez una secuencia V\alpha conocida y una
secuencia parcial de una extensión según la invención para las
secuencias respectivas SEQ ID N° 6 a 10, denominadas IGRa 08 a IGRa
12. En estas Figuras, la numeración de los nucleótidos comienza en
el codón ATG de iniciación (que está subrayado). Los puntos indican
los nucleótidos idénticos. Las secuencias que se supone son las
secuencias líder están remarcadas.
- La Fig. 2 proporciona alineadas las
secuencias nuevas J\alpha (SEQ ID N° 12, 13 y 15 a 20) denominadas
IGRJa 01, 02 y 04 a 09. En estas secuencias las señales de
recombinación de la línea germinal están subrayadas. Los
aminoácidos correspondientes a los codones altamente conservados
están marcados por encima de las secuencias. Los codones
correspondientes a una sustitución en una posición de un aminoácido
conservado están doblemente subrayados.
- La Fig. 3 proporciona los análisis
por transferencia Southern del ADN genómico tratado con una enzima
de restricción utilizando sondas específicas de las secuencias SEQ
ID N° 1 a 5. Las enzimas de restricción utilizadas son EcoRI
(columna R), Hind III (columna H) y Bam III (columna B). En esta
Figura, los triángulos marcan la posición de los fragmentos de ADN
que hibridan de manera específica con C\alpha.
- La Fig. 4 representa la detección
por autorradiografía de los transcritos amplificados de las cadenas
\alpha de TCR expresado por los linfocitos periféricos de un
individuo sano y del control \beta-actina,
co-amplificado.
Se utilizó como fuente de ARN los linfocitos
periféricos de un individuo. El ARN total se preparó según el
método del isotiocianato de guanidinio y cloruro de cesio (Chirgwin
(10)) o según el método en una sola etapa por extracción con
isotiocianato de guanidinio, fenol y cloroformo (Chomczynski
(11)).
La primera hebra de ADNc se sintetizó en un
volumen final de 50 microlitros a una temperatura de 42°C durante 1
hora utilizando 5 microgramos de ARN total, transcriptasa inversa y
un cebador A específico de la región C\alpha constituido por la
secuencia 5'-GTTGCTCCAGGCCACAGCACTG (SEQ ID N° 21).
Este material se purificó a continuación por extracción con
fenol/cloroformo y precipitación con acetato de amonio. Después de
seleccionar una fracción 0,45/1 kb en gel de agarosa, se realizó la
adición de un extremo dG en el hetero dúplex ARN/ADNc en un tampón
de adición CoCl2 con 14 unidades de desoxinucleotidil transferasa
terminal (Tdt) durante 30 mn a 37ºC. La reacción se paró
manteniendo a 70ºC durante 10 mn. Se añadió NaOH 1N (1/3 de volumen)
y la muestra se incubó a 50ºC durante 1 hora para hidrolizar el ARN
y se neutralizó con Tris HCl 2M pH 8 y HCl 1N. Después de extraer
con una mezcla fenol/cloroformo la primera hebra de ADNc con extremo
G se precipitó con etanol y se sometió a una amplificación
utilizando la técnica PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa
descrita por Saiki et al. (12)) en un volumen final de 100
microlitros que contiene 50 mM de KCl, 10 mM de
Tris-Cl pH 8,3, 1,5 mM de MgCl2, 0,1% (peso/
volumen) de gelatina, 200 micromoles de dNTP, 2,5 unidades de Taq
polimerasa y 100 picomoles de dos cebadores. Los dos cebadores
utilizados son, por una parte, un cebador poli-C
(5'-GCATGCGCGCGG CCGCG
GAGG-14C) (SEQ ID N° 22) descrito por Loh et al. (13) así como un cebador B específico de la región C\alpha (5'-GTCCATAGACCTC ATGTCCAGCACAG) (SEQ ID N° 23).
GAGG-14C) (SEQ ID N° 22) descrito por Loh et al. (13) así como un cebador B específico de la región C\alpha (5'-GTCCATAGACCTC ATGTCCAGCACAG) (SEQ ID N° 23).
Se realizan 25 ciclos de amplificación seguidos
de un periodo de 15 mn de elongación final a 72ºC. Cada ciclo
comprende una etapa de desnaturalización a 92ºC durante 1 minuto,
una etapa de hibridación a 55ºC durante 2 mn y un periodo de
elongación a 72ºC durante 4 mn. Los productos amplificados se
precipitan a continuación con etanol, se vuelven a poner en
suspensión en acetato de sodio 30 mM pH5, NaCl 50 mM, ZnC12 1 mM,
glicerol 5% en volumen y 1/10 de este material se purifica en
función del tamaño en un gel de agarosa con bajo punto de fusión
1%.
Una segunda fase de amplificación se realiza a
continuación directamente sobre aproximadamente el 10% de la banda
que contiene la agarosa siguiendo las mismas condiciones anteriores,
excepto en que se utiliza como cebador C específico de la región
C\alpha el cebador 5'-ATACACATCAGAATTC TTACTTTG
(SEQ ID N° 24). La mezcla de reacción se precipita con etanol y se
vuelve a poner en suspensión en 60 \mul de H2O.
1/3 del producto de la segunda amplificación se
digiere con Sac II, se separa en gel de agarosa 1% y se purifica
por adsorción en bolas de vidrio. El material se inserta en el
vector Bluescript SK+ (Stratagene, La Jolla, EEUU) y los
recombinantes obtenidos se utilizan para transformar las cepas
XL1-azul de E. Coli (Stratagene). Después de
poner en presencia de X-gal e IPTG, se hace un
ensayo en las colonias blancas utilizando una técnica "dot blot
(hibridación sobre mancha)" y como sonda un tercer
oligonucleótido específico de la región C\alpha
(5'-GTCACTGG ATTTAGAGTCT) (SEQ ID N° 25) marcado con
^{32}P. Se extrae el ADN plasmídico de las colonias positivas y
se secuencia en las dos hebras por el proceso didesoxi de
terminación de la cadena (Sanger et al. (14)) con la
Secuenasa 2,0 (United States Biochemicals, Cleveland, Estados
Unidos) siguiendo las recomendaciones del proveedor. Salvo por la
secuencia SEQ ID N° 5, todas las secuencias nucleotídicas se
determinaron en las dos hebras utilizando al menos dos clones
distintos de ADNc.
Las secuencias obtenidas se compararon con las
secuencias publicadas V\alpha y J\alpha utilizando el método
desarrollado por Lipman y Pearson (15). Los presuntos codones de
inicio se identificaron investigando la presencia de la secuencia
consenso Kozak para los sitios de iniciación de las traducciones en
las células eucariotas (Kozak (16)). La presencia de secuencias
líder hidrófobas del extremo N-terminal se descubrió
por análisis de la hidrofobicidad según el método descrito por Kyte
(17).
El ADN se extrajo de la línea celular
eritroleucémica humana K562 y se digirió con una de las enzimas de
restricción siguientes: EcoR I, BamH I o Hind III. El ADN (15
microgramos) se sometió a una electroforesis en agarosa 0,7% y se
transfirió a membranas de Nilón como describe Triebel et al.
(18). Las hibridaciones se realizaron a 65ºC con 6 x SSC, 0,5% de
SDS, 5 x Denhardt y 100 microgramos de ADN de esperma de salmón
desnaturalizado durante 16 horas. Las membranas se lavaron a 65ºC
con 2 x SSC, 0,2% de SDS.
Se utilizaron como sondas V\alpha específicas
las sondas obtenidas por amplificación de ADNc
V-J-C (> 500 pb) que comprenden
los fragmentos V\alpha correspondientes a las secuencias SEQ ID N°
1 a 5 utilizando como cebador el cebador poli-C y
el cebador C. Las sondas se purificaron en gel de agarosa 1%. Las
sondas de ADN marcadas con ^{32}P se prepararon a partir de los
fragmentos purificados en agarosa por el método de Feinberg
(19).
Utilizando el método A-PCR, se
clonaron y secuenciaron 308 ADNc que hibridan con la sonda
C\alpha. Entre éstos, 172 ADNc corresponden a las regiones
variables V-J-C\alpha únicas.
Las secuencias V\alpha y J\alpha descritas
figuran en la lista de las secuencias respectivamente en las SEQ ID
N°1 a 11 y SEQ ID N° 12, 13 y 15 a 20. Las secuencias SEQ ID N° 2 a
5 corresponden a las sub-familias nuevas
(denominadas respectivamente V\alpha 25, V\alpha 26, V\alpha
27 y V\alpha 29) mientras que las secuencias SEQ ID N° 1 y 6 a 11
corresponden a las extensiones de segmentos V\alpha conocidos.
Los análisis por transferencia Southern del ADN
de la línea germinal sometida a una digestión con endonucleasas,
utilizando las sondas V-J-C\alpha
que comprenden los fragmentos V\alpha correspondientes a las
secuencias SEQ ID N° 2 a 5 se realizaron en condiciones de
hibridación de "baja astringencia" para identificar el número
de segmentos génicos V\alpha que pertenece a cada familia y para
caracterizar los fragmentos de restricción del ADN que tienen estos
segmentos génicos V\alpha. Los resultados representativos se
muestran en la Figura 3.
Estos análisis muestran que la
sub-familia correspondiente a la secuencia SEQ ID N°
3 comprende al menos dos segmentos génicos mientras que las otras
secuencias (SEQ ID N° 2, N° 4 y N° 5) corresponden probablemente a
miembros únicos.
Los tamaños de los fragmentos de restricción del
ADN germinal son los siguientes:
SEQ ID N° 2: EcoR I 2,2 kb, Hind III 4,8 y 5,7
kb, BamH I 25 kb
SEQ ID N° 3: EcoR I 4,6 y 7,5 kb, Hind III 4,2 y
6,4 kb, BamH I 23 y 4,5 kb
SEQ ID N° 4: EcoR I 7,6 kb, Hind III 18 kb, BamH
I 9 y 0,9 kb
SEQ ID N° 5: ECOR I 5,9 y 4,8 kb, Hind III 6,6
kb, BamH I 6,5 kb.
SEQ ID N° 1 (IGR a 02) corresponde a una
extensión del extremo 5' de la secuencia LINV (171 pb)
(Mengle-Gaw (20)): Esta secuencia define la
sub-familia denominada provisionalmente V\alpha
w24.
SEQ ID N° 6 (IGR a 08): Esta secuencia
corresponde a una extensión del extremo 5' de la secuencia del clon
Va1 AE11 (Klein et al. (21)). Las dos secuencias alineadas
están representadas en la Figura 1A.
SEQ ID N° 7 (IGR a 09): Esta secuencia
corresponde a una extensión que codifica el extremo NH2 terminal de
la secuencia V\alpha2 AF110 (Klein ya citado). Las dos secuencias
alineadas están representadas en la Fig. 1B. La secuencia ID N° 7
corresponde a una secuencia consenso. Se observó en posición 206 la
existencia de una T en lugar de una
C.
C.
SEQ ID N° 8 (IGR a 010): Esta secuencia
corresponde a una extensión de la región 5' del clon V\alpha HAP35
(Yoshikai (22)). Las dos secuencias alineadas están representadas
en la Fig. 1C. La secuencia ID N° 8 corresponde a una secuencia
consenso. Se observó en posición 307 la existencia de una G en lugar
de una A y en posición 360 la existencia de una T en lugar de una
C.
SEQ ID N° 9 (IGR a 11): Esta secuencia
corresponde a una extensión del extremo 3' de la secuencia
V\alpha7 HAP12 (Yoshikai ya citado). La alineación de las
secuencias está representada en la Fig. 1D. La secuencia ID N° 9
corresponde a una secuencia consenso. Se observó en posición 86 la
existencia de una C en lugar de una T.
SEQ ID N° 10 (IGR a 12): Esta secuencia
comprende la región codificadora completa de un gen de la
sub-familia V\alpha 22 que anteriormente se
identificó por la secuencia parcial (113 pb) AC9 (Klein ya citado).
Las dos secuencias alineadas están representadas en la Fig. 1E.
SEQ ID N° 11 (IGR a 13): Esta secuencia
corresponde por una parte a los clones HAVT 32 y HAVT 35 (que
pertenecen a la sub-familia V\alpha 16 (8) y que
se han descrito como pseudogenes. De hecho, como consecuencia de la
adición de un nucleótido en posición 108, la SEQ ID N° 11 codifica
una región variable original de un receptor de los linfocitos T.
Por otro lado, esta secuencia es homóloga a una secuencia HSTCAYM
(Klein et al. (21)) en la parte codificadora. Sin embargo,
la secuencia SEQ ID N° 11 es la única completa y codificadora.
En la Fig. 2 se representa el conjunto de
secuencias nuevas J\alpha. Entre los 8 segmentos J\alpha, la
mayoría de ellos presenta una secuencia de aminoácidos altamente
conservada FGXGT de los segmentos J\alpha como describe Yoshikai
ya citado. Sin embargo, en el segmento IGRJa 07 el resto treonina
está reemplazado por un resto isoleucina.
Además, en el lugar del resto fenilalanina, se
encontró un resto cisteína en IGRJa 02G.
La expresión predominante de determinadas
sub-familias de V\alpha se ha estudiado ya
mediante una gama incompleta de oligonucleótidos. Así, Nitta et
al. (29) han descrito la expresión predominante de los genes
V\alpha 7 en los linfocitos que infiltran los tumores. Por otro
lado, Sottini et al. (30) han descrito en pacientes con
artritis reumatoide el estudio del conjunto de V\alpha.
Se describe una gama completa de
oligonucleótidos que permite el estudio a la vez de las
sub-familias V\alpha conocidas y de las
sub-familias V\alpha nuevas y que son totalmente
específicos de cada sub-familia. Los
oligonucleótidos, por lo tanto, se eligieron y sintetizaron con este
objetivo y se introdujeron, según la necesidad, modificaciones en
uno o dos nucleótidos respecto a las secuencias naturales para
reducir las reactividades cruzadas entre
sub-familias.
La presente invención también tiene así por
objeto un oligonucleótido, utilizable como cebador para la
amplificación del ADN correspondiente a una región variable de la
cadena \alpha de los receptores de células T, (de secuencia SEQ
ID N° 49).
La presente invención también tiene por objeto
la utilización, como cebador para la amplificación del ADN
correspondiente a una región variable de la cadena de los receptores
de células T, de un oligonucleótido de secuencia SEQ ID N° 49.
La presente invención también tiene por objeto
un proceso de detección de secuencias nucleotídicas que codifican
los segmentos V\alpha de los receptores T o ADNc correspondientes
a los productos de transcripción de éstos, en una muestra
biológica, caracterizado porque comprende:
- a)
- amplificación del ADN con al menos un par de cebadores formado por un oligonucleótido de secuencia SEQ ID N° 49 y un oligonucleótido que pertenece al segmento C\alpha, y
- b)
- detección de las secuencias amplificadas con una sonda C\alpha.
El oligonucleótido que pertenece al segmento
C\alpha utilizado para la amplificación puede elegirse
principalmente entre las secuencias SEQ ID N° 55 y 56.
Para controlar la eficacia de la amplificación,
se opera ventajosamente en presencia de un par de cebadores control
y se detecta la secuencia control correspondiente amplificada
mediante una sonda control correspondiente.
Este par de cebadores control puede corresponder
a dos segmentos C\beta, por ejemplo los cebadores C\betaF y
C\betaK corresponden a las secuencias SEQ ID N° 61 y 62. Se
utiliza entonces una sonda de detección C\beta (correspondiente,
por ejemplo, a la secuencia SEQ ID N° 63). Este par de cebadores
también puede estar constituido por dos cebadores que pertenecen a
la \beta-actina, principalmente los
correspondientes a las secuencias SEQ ID N° 58 y 59. Se utiliza
entonces una sonda de detección correspondiente a una secuencia de
la \beta-actina, tal como la secuencia SEQ ID N°
60.
La presente invención también tiene por objeto
un kit de diagnóstico para llevar a cabo el proceso definido
anteriormente, que comprende:
- a)
- al menos un oligonucleótido de secuencia SEQ ID N° 49,
- b)
- un cebador C\alpha,
- c)
- una sonda C\alpha.
Dicho kit contiene ventajosamente además:
- d)
- un par de cebadores control,
- e)
- una sonda control.
En la información proporcionada en la lista de
las secuencias para las secuencias 26 a 60, las secuencias SEQ ID
N° 26 a 47 corresponden a las secuencias que pertenecen a los clones
de sub-familias conocidas Va1 a V\alpha 22
(accesibles en la base de datos EMBL) o a las secuencias que
difieren en uno o dos nucleótidos.
Las secuencias SEQ ID N° 49, 50, 51, 52 y 54
correspondientes a las secuencias que pertenecen a los clones de
sub-familias nuevas de la invención, corresponden a
las sub-familias denominadas provisionalmente
V\alpha w24, V\alpha w25, V\alpha w26, V\alpha w27 y
V\alpha w29 (indicando w que la designación está a la espera de
una designación definitiva).
Las secuencias SEQ ID N° 48 y 53 corresponden a
las secuencias que pertenecen a los clones respectivamente IGRa01 y
IGRa06 de sub-familias conocidas pero para las que
no se ha aprobado la designación definitiva (respectivamente
V\alpha w23 y V\alpha w28) en las que un elemento miembro ya se
ha descrito (respectivamente Hinkkanen A. et al. (31) y
Bernard O. et al. (32)). La secuencia completa de IGRa06 no
se ha publicado.
Las secuencias SEQ ID N° 55 y 56 son dos
ejemplos de oligonucleótidos que pueden utilizarse como cebadores
C\alpha para la amplificación.
La secuencia SEQ ID N° 57 es la secuencia de una
sonda C\alpha que puede utilizarse para la detección de los ADN
amplificados.
Las secuencias SEQ ID N° 58, 59 y 60 son
respectivamente las secuencias de un par de oligonucleótidos que
pertenecen a la secuencia de la \beta-actina que
pueden utilizarse para el control de la amplificación y la
secuencia de una sonda para detectar los ADN amplificados
correspondientes.
En la lista de las secuencias, la posición
indicada es la posición del extremo 5' a partir del sitio de
iniciación predicho de la traducción ATG. En el caso en el que las
secuencias están incompletas (región 5' desconocida), la posición
(marcada con un asterisco) se proporciona respecto al primer
nucleótido de la secuencia. Los nucleótidos subrayados corresponden
a los desapareamientos introducidos respecto a la secuencia
natural.
Los oligonucleótidos se sintetizaron en un
sintetizador de ADN automatizado Applied Biosystems 381 A utilizando
el método de la \beta-cianoetilfosforamidita
(Sinha et al. (33)) y siguiendo el protocolo recomendado por
el fabricante. Los oligonucleótidos se detritilaron en el equipo, se
separaron del soporte y se desprotegieron con amoniaco (a 60ºC
durante 5 horas). Los productos brutos se purificaron mediante
cromatografía de alta presión en fase inversa en una columna de
\mu-bondapak C 18 utilizando un gradiente de
acetonitrilo (9 a 15%) en un tampón acetato de trietilamonio 0,01 M
a pH 5,5.
La amplificación efectuada utilizando los
cebadores según la invención puede ser principalmente la técnica
por PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) tal como la descrita
por Saiki et al. (12) y las patentes de
EEUU-A-4 683 195, 4 683 202, 4 889
818.
Para la PCR, se puede utilizar un ADN de doble
hebra que se desnaturaliza o un ADNc obtenido a partir de ARN
mediante la transcriptasa inversa como se ha mencionado más
arriba.
El agente de polimerización es una ADN
polimerasa, principalmente la Taq polimerasa.
Generalmente, el ciclo de amplificación se
repite 25 a 40 veces.
Las sondas que se utilizan para la detección de
las secuencias amplificadas pueden obtenerse por marcaje de los
oligonucleótidos con un isótopo radiactivo, lo que da lugar a una
detección por autorradiografía, o por acoplamiento con una enzima
tal como la peroxidasa (sistema ECL Amersham), la fosfatasa alcalina
o la \beta-galactosidasa (sistema Tropix Ozyme),
lo que da lugar a una detección por quimioluminiscencia.
El ejemplo siguiente ilustra la realización del
proceso de detección según la invención.
Los linfocitos periféricos de un individuo sano
se prepararon por centrifugación en un gradiente de densidad. El
ARN total se extrajo según el método en una sola etapa por
extracción con isotiocianato de guanidinio, fenol y cloroformo
(Chomczynski, 11). El ADN complementario se sintetizó en un volumen
final de 20 \mul a 42°C durante 1 hora utilizando 1 a 5 \mug de
ARN total, transcriptasa inversa y el cebador C\alpha B (1,25
\muM).
El material obtenido se calentó a 95ºC durante 3
minutos antes de ser sometido a una amplificación según la técnica
PCR utilizando en paralelo cada uno de los cebadores V\alpha
específicos correspondientes a las secuencias SEQ ID N° 26 a 54 y
el cebador C\alpha B específico de la región C\alpha (SEQ ID N°
56). Esta amplificación se realizó en un volumen final de 10 \mul
por tubo que contiene 50 mM de KCl, 10 mM de
tris-HCl pH 8,3, 1,5 mM de MgCl2 0,1%
(peso/volumen) de gelatina, 200 \muM de dNTP, 0,25 unidades de Taq
polimerasa y 0,25 \muM de cada cebador. En cada tubo, se realizó
una amplificación control a partir de 25 mM de un fragmento de ADN
de \beta-actina de 877 pares de bases preparado
por PCR y los cebadores Act 1 y Act 2 (SEQ ID N° 58 y 59)
específicos de la actina. Se realizaron 30 ciclos de amplificación
seguidos de una etapa de elongación final de 5 minutos a 72ºC. Cada
ciclo comprendió una etapa de desnaturalización a 94ºC durante 1
minuto, una etapa de hibridación a 65ºC durante 1 minuto y un
periodo de elongación a 72ºC durante 1 minuto.
Los productos obtenidos se separaron mediante
electroforesis en un gel de agarosa al 2%, se transfirieron a
membranas de nilón en un tampón alcalino y se hibridaron
simultáneamente con las sondas oligonucleótidos C\alpha C (SEQ ID
N° 57) y Act 3 (SEQ ID N° 60) marcadas con 32P con la enzima
polinucleotidil T4 quinasa. La hibridación se realizó a 42ºC
durante 16 horas en un tampón que contiene 6 x SSC, 0,5% SDS, 5 x
Denhart, 0,05% PO4H2Na y 100 \mug/ml de ADN de esperma de salmón
desnaturalizado. Las membranas se lavaron con 6 x SSC, 20 mM
PO4H2Na, dos veces a temperatura ambiente durante 5 minutos y una
vez a 50ºC durante 30 minutos y se sometieron a
autorradiografía.
Los resultados se muestran en la figura 4.
El control de actina (banda de 877 pares de
bases) permite verificar la amplificación en todos los pocillos.
Debajo de esta banda aparece una señal específica cuyo tamaño
corresponde al tamaño de los fragmentos amplificados
correspondientes, teniendo cada fragmento una longitud
correspondiente a la distancia entre la localización del
oligonucleótido específico V\alpha y el cebador C\alpha.
En el individuo ensayado, la Figura 4 evidencia
la expresión preferente de determinados segmentos génicos definidos
respecto a los demás. Por ejemplo, las sub-familias
V\alpha 27, 28 y 29 están menos representadas que las
sub-familias V\alpha 2, 3 y 6.
1. Meuer, S.C., et al., J. Exp.
Med. 1983. 157:705.
2. Moingeon, P., et al.,
Nature 1986a. 323:638.
3. Brenner, M.B., et al.,
Nature 1986. 322:145.
4. Bank, I., et al., Nature
1986. 322:179.
5. Davis, M.M., et al.,
Nature 1988. 334:395.
6. Crews, S., et al., Cell
1981. 25:59.
7. Concannon, P., et al., Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 1986. 83:6598.
8. Kimura, N., et al., Eur. J.
Immunol. 1987. 17:375.
9. Wilson, R.K., et al.,
Immunological Reviews 1988c. 101:149.
10. Chirgwin, J.M., et al.,
Biochemistry 1979. 18:5294.
11. Chomczynski, P. et al.,
Anal. Biochem. 1987, 162:156.
12. Saiki, R.K., et al.,
Science 1988. 239:487.
13. Loh, E.Y., et al.,
Science 1989. 243:217.
14. Sanger, F., et al., Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 1977. 74:5463.
15. Lipman, D.J., et al.,
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16. Kozak, M., Nucl. Acids Res.
1984. 12:857.
17. Kyte, J., et al., R.F., J.
Mol. Biol. 1982. 157:105.
18. Triebel, F., et al., J.
Immun. 1988. 140:300.
19. Feinberg, A.P., et al.,
Anal. Biochem. 1983. 132:6.
20. Mengle-Gaw, L., et
al., The EMBO Journal, 1987. 6:2273.
21. Klein, M.H., et al., Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 1987. 84:6884.
22. Yoshikai, Y., et al., J.
Exp. med. 1986. 164:90.
23. Naudenbark A., et al.,
Nature, 341, 541.
24. Janeway C., Nature, 341,
482.
25. Lin Y., J. Exp. Med., 171,
221.
26. Acha-Orbea H.,
EMBO Journal, 1990, 9, 12, 3815.
27. Kappler J., Science, 244,
811.
28. Choi, Y., PNAS, 86, 8941.
29. Nitta T. et al.,
Science 1990, 249, 672.
30. Sottini A. et al., Eur. J.
Immunol., 1991, 21, 461.
31. Hinkkanen A. et al.,
Immunogenetics, 1989, 29, 131.
32. Bernard O. et al.,
Oncogene, 1988, 2, 195.
33. Sinha N. et al., Nucleic
Acids Res. 1984, 12, 4539.
I - INFORMACIÓN GENERAL
(1) | SOLICITANTE: Sociedad denominada ROUSSEL UCLAF |
(2) | TÍTULO DE LA INVENCIÓN: |
\begin{minipage}[t]{150mm}Secuencias nucleotídicas que codifican regiones variables de las cadenas \alpha de los receptores de los linfocitos T humanos, segmentos peptídicos correspondientes y aplicaciones diagnósticas y terapéuticas.\end{minipage} | |
(3) | NÚMERO DE SECUENCIAS: 62 |
\vskip1.000000\baselineskip
II - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 1
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 371 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 02 | |
SECUENCIA V\alpha w24 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
III - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 2
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 400 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 03 | |
SECUENCIA V\alpha w25 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
IV - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 3
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 339 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 04 | |
SECUENCIA V\alpha w26 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
V - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 4
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 335 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 05 | |
SECUENCIA V\alpha w27 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
VI - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 5
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 361 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 07 | |
SECUENCIA V\alpha w29 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
VII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 6
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 569 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 08 | |
SECUENCIA V\alpha 1 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
VIII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 7
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 330 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
SECUENCIA CONSENSO | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 09 | |
SECUENCIA V\alpha 2 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
IX - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 8
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 400 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
SECUENCIA CONSENSO | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 10 | |
SECUENCIA V\alpha 5 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
X - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 9
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 386 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
SECUENCIA CONSENSO | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 11 | |
SECUENCIA V\alpha 7 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XI - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 10
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 383 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 12 | |
SECUENCIA V\alpha 22 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 11
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 364 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: IGR a 13 | |
SECUENCIA V\alpha 16 | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XIII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 12
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 264 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 01 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XIV - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 13
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 277 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 02 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
XVI - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 15
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 60 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 04 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XVII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 16
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 59 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 05 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
XVIII - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 17
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 60 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 06 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
XIX - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 18
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 56 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 07 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
XX - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 19
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 57 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULA: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 08 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
XXI - INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID N° 20
CARACTERÍSTICAS DE LAS SECUENCIAS | |
TIPO: nucleótido y su proteína correspondiente | |
LONGITUD: 50 pares de bases | |
NÚMERO DE CADENAS: simple | |
CONFIGURACIÓN: lineal | |
TIPO DE MOLÉCULAS: ADNc para ARNm | |
ORIGEN | |
ORGANISMO: humano | |
LÍNEA CELULAR: linfocitos T humanos | |
CARACTERÍSTICAS | |
NOMBRE DEL ADN: Ja 09 | |
SECUENCIA J\alpha | |
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA |
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
XXII - INFORMACIÓN PARA LAS SECUENCIAS SEQ ID N°
21 a 25
TIPO OLIGONUCLEÓTIDOS |
DESCRIPCIÓN DE LAS SECUENCIAS |
\vskip1.000000\baselineskip
XXIII - INFORMACIÓN PARA LAS SECUENCIAS SEQ ID
N° 26 a 63
TIPO OLIGONUCLEÓTIDOS |
DESCRIPCIÓN DE LAS SECUENCIAS |
Claims (23)
1. Secuencia nucleotídica que codifica
una región variable de la cadena \alpha de los receptores de los
linfocitos T humanos, correspondiente a un ADNc que comprende una
secuencia nucleotídica correspondiente a la secuencia SEQ ID N°
1.
2. Secuencia nucleotídica que codifica
una región variable de la cadena \alpha de los receptores de los
linfocitos T humanos correspondiente a la secuencia 1 a 200 de SEQ
ID N° 1.
3. Péptidos codificados por las
secuencias nucleotídicas tales como las definidas en cualquiera de
las reivindicaciones 1 a 2.
4. Vectores de expresión que comprenden
una secuencia de ADN que codifica uno de los péptidos tal como se
ha definido en la reivindicación 3.
5. Anfitriones no humanos transformados
con un vector según la reivindicación 4.
6. Anticuerpos dirigidos frente a un
determinante antigénico de uno de los péptidos definidos en la
reivindicación 3.
7. Anticuerpo según la reivindicación 6
que es un anticuerpo monoclonal.
8. Fragmento Fab, Fab' o F(ab')2
de un anticuerpo monoclonal según la reivindicación 7.
9. Anticuerpo monoclonal o fragmento de
éste según cualquiera de las reivindicaciones 7 u 8 a los cuales
están unidos un marcador detectable y/o al menos una molécula
terapéutica.
10. Hibridomas que producen un anticuerpo
según la reivindicación 7.
11. Composición de diagnóstico que
comprende uno o varios anticuerpos monoclonales o fragmentos de
éstos tales como los definidos en una cualquiera de las
reivindicaciones 7 a 9.
12. Composición terapéutica que comprende
uno o varios anticuerpos monoclonales o fragmentos de éstos tales
como los definidos en una cualquiera de las reivindicaciones 7 a
9.
13. Composición según la reivindicación 12
que comprende derivados que contienen una molécula citotóxica o un
radioisótopo.
14. Composición terapéutica que comprende
al menos uno de los péptidos definidos en la reivindicación 3.
15. Composición terapéutica que comprende
oligonucleótidos antisentido correspondientes a la secuencia de un
segmento V\alpha tal como la definida en la reivindicación 2.
16. Utilización, como cebadores para la
amplificación de ADN, de secuencias nucleotídicas de aproximadamente
al menos 17 nucleótidos comprendidas en la secuencia de un segmento
V\alpha tal como la definida en la reivindicación
2.
2.
17. Utilización, como sonda de detección,
de secuencias nucleotídicas de aproximadamente al menos 10
nucleótidos comprendidas en la secuencia de un segmento V\alpha
tal como la definida en la reivindicación 2.
18. Oligonucleótido, utilizable como
cebador para la amplificación del ADN correspondiente a una región
variable de la cadena \alpha de los receptores de células T, de
secuencia SEQ ID N° 49.
19. Utilización, como cebador para la
amplificación del ADN correspondiente a una región variable de las
cadenas \alpha de los receptores de células T, del oligonucleótido
según la reivindicación 18.
20. Proceso de detección de secuencia
nucleotídica que codifica un segmento V\alpha de los receptores T
o de ADNc correspondiente al producto de transcripción de ésta, en
una muestra biológica, caracterizado porque comprende:
- a)
- amplificación del ADN con al menos un par de cebadores formado por el oligonucleótido según la reivindicación 18 y un oligonucleótido que pertenece al segmento C\alpha, y
- b)
- detección de las secuencias amplificadas con una sonda C\alpha.
21. Proceso según la reivindicación 20,
caracterizado porque la amplificación se realiza en presencia
de un par de cebadores control y la detección mediante una sonda
control.
22. Kit de diagnóstico para realizar un
proceso según la reivindicación 20, caracterizado porque
comprende:
- a)
- al menos un oligonucleótido según la reivindicación 18,
- b)
- un cebador C\alpha,
- c)
- una sonda C\alpha.
23. Kit de diagnóstico para realizar un
proceso según la reivindicación 21, caracterizado porque
comprende:
- a)
- al menos un oligonucleótido según la reivindicación 18,
- b)
- un cebador C\alpha,
- c)
- un par de cebadores control,
- d)
- una sonda C\alpha,
- e)
- una sonda control.
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