DK2580351T3 - Kombinatoriel sekvens-stregkoder til høj højgennemløbsscreening - Google Patents

Kombinatoriel sekvens-stregkoder til høj højgennemløbsscreening Download PDF

Info

Publication number
DK2580351T3
DK2580351T3 DK11738836.3T DK11738836T DK2580351T3 DK 2580351 T3 DK2580351 T3 DK 2580351T3 DK 11738836 T DK11738836 T DK 11738836T DK 2580351 T3 DK2580351 T3 DK 2580351T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
adapter
nucleotide sequence
dna
sample
ligated
Prior art date
Application number
DK11738836.3T
Other languages
English (en)
Inventor
Eijk Michael Josephus Theresia Van
Der Poel Henricus Johannes Adam Van
Original Assignee
Keygene Nv
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Keygene Nv filed Critical Keygene Nv
Application granted granted Critical
Publication of DK2580351T3 publication Critical patent/DK2580351T3/da

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C12Q1/6855—Ligating adaptors

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (11)

1. Fremgangsmåde til identificering af prøveoprindelsen af adapter-ligerede og/eller amplificerede prøve-DNA'er omfattende trinnene: a) at tilvejebringe en første og en anden nukleotidsekvensidentifikator, hvor hver nukleotidsekvensidentifikator er en nukleotidsekvens af mindst et nu-kleotid; b) at tilvejebringe adaptere og/eller amplifikationsprimere, hvor mindst en første adapter eller amplifikationsprimer omfatter den første nukleotidsekvensidentifikator, og en anden adapter eller amplifikationsprimer omfatter den anden nukleotidsekvensidentifikator, og hvor eventuelt yderligere adapter- eller amplifikationsprimere er tilvejebragt omfattende en yderligere nukleotidsekvensidentifikator; c) at tilvejebringe en flerhed af prøve-DNA'er; d) at udføre ligering og/eller amplifikationsreaktioner på prøve-DNA'erne under anvendelse af adapterne og/eller amplifikationsprimere, til tilvejebringelse af adapter-ligerede og/eller amplificerede fremstillede template-DNA'er til høj-gennemløbssekventering, hvor en fremstillet enkeltstrenget template-DNA omfatter, ud over en sekvens, der indfanges og/eller amplificeres fra prøve-DNA'et, en unik kombination af den første og den anden nukleotidsekvensidentifikator og et første og et andet sekventeringsprimer-bindingssted, og hvor det første sekventeringsprimer-bindingssted befinder sig 3' fra den første nukleotidsekvensidentifikator, og det andet sekventeringsprimer-bindings-sted befinder sig 3' fra den anden nukliotidsekvensidentifikator; e) at bestemme mindst sekvensen af den første og den anden nukleotidsekvensidentifikator, hvor den første nukleotidsekvensidentifikatorsekvens bestemmes i en første sekventeringsreaktion med højt gennemløb under anvendelse af en første sekventeringsprimer, der hybridiserer til det første sekven-teringsprimer-bindingssted, og den anden nukleotidsekvensidentifikatorse-kvens bestemmes i en anden sekventeringsreaktion med højt gennemløb under anvendelse af en anden sekventeringsprimer, der hybridiserer til det andet sekventeringsprimer-bindingssted, og f) at bestemme, baseret på den unikke kombination af den første og den anden nukleotidsekvensidentifikator, prøveoprindelsen af de adapter-ligerede og/eller amplificerede prøve-DNA'er.
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til identificering afprøveoprindelsen af amplificerede prøve-DNA'er, hvor: - i trin b), første og anden amplifikationsprimere tilvejebringes, idet hver første primer omfatter en første nukleotidsekvensidentifikator, og hver anden primer omfatter en anden nukleotidsekvensidentifikator; - i trin d), hver prøve-DNA amplificeres med et unikt par af en første og anden amplifikationsprimer til tilvejebringelse af amplificerede fremstillede template-DNA'er; og - fremgangsmåden eventuelt yderligere omfatter et trin med pooling af mindst en del af de amplificerede fremstillede template-DNA'er efter trin d) og før trin e).
3. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til identificering afprøveoprindelsen af adapter-ligerede prøve-DNA'er, hvor: - i trin b), første og anden adaptere tilvejebringes, idet hver første adapter omfatter en første nukleotidsekvensidentifikator, og hver anden adapter en anden nukleotidsekvensidentifikator; - fremgangsmåden yderligere omfatter et trin med fragmentering af hver prøve-DNA efter trin c) og før trin d); - i trin d), et unikt par af en første og anden adapter ligeres til hver fragmenterede prøve-DNA til tilvejebringelse af adapter-ligerede template-DNA'er til høj-gennemløbssekventering; og - fremgangsmåden eventuelt yderligere omfatter et trin med pooling af mindst en del af de adapter-ligerede template-DNA'er opnået i trin d) før trin e).
4. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til identificering afprøveoprindelsen af amplificerede adapter-ligerede prøve-DNA'er, hvor: - i trin b), første, anden og eventuelt yderligere adaptere, og første og anden amplifikationsprimere tilvejebringes, idet hver første adapter omfatter en første nukleotidsekvensidentifikator, hver anden adapter omfatter en anden nu-kleotidsekvensidentifikator, og hver yderligere adapter omfatter en yderligere nukleotidsekvensidentifikator; - fremgangsmåden yderligere omfatter trinnet med at amplificere hver prøve-DNA med et par af en første og anden amplifikationsprimer til tilvejebringelse af amplikoner før trin d); - fremgangsmåden eventuelt yderligere omfatter et fragmenteringstrin efter amplifikationstrinnet og før trin d); - i trin d), den første, anden og eventuelt yderligere adaptere ligeres til de eventuelt fragmenterede amplikoner til tilvejebringelse af amplificerede og adapter-ligerede template-DNA'ertil højgennemløbssekventering; og - fremgangsmåden eventuelt yderligere omfatter et pooling-trin i trin d) efter ligering af den første adapter og før ligering af den anden adapter.
5. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til identificering afprøveoprindelsen af amplificerede adapter-ligerede prøve-DNA'er, hvor: - i trin b), første adaptere, første amplifikationsprimere og eventuelt anden adaptere og/eller anden amplifikationsprimere tilvejebringes, idet hver første adapter omfatter en første nukleotidsekvensidentifikator, og hver første primer omfatter en anden nukleotidsekvensidentifikator, idet hver eventuel anden adapter omfatter en tredje nukleotidsekvensidentifikator, og hver eventuel anden amplifikationsprimer omfatter en fjerde nukleotidsekvensidentifikator; - fremgangsmåden yderligere omfatter et trin med fragmentering af hver prøve-DNA før trin d) - i trin d), DNA-fragmenterne ligeres med mindst en første adapter, og eventuelt med en anden adapter, til tilvejebringelse af adapter-ligerede DNA-frag-menter, hvor adapter-ligerede DNA-fragment amplificeres med en første amplifikationsprimer og en anden amplifikationsprimer til tilvejebringelse af amplificerede adapter-ligerede template-DNA'er til højgennemløbssekventering; og eventuelt - fremgangsmåden yderligere omfatter et trin med pooling af mindst en del af de amplificerede adapter-ligerede template-DNA'er før trin e).
6. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til identificering afprøveoprindelsen af adapter-ligerede og amplificerede prøve-DNA'er, hvor: - i trin b), første og anden amplifikationsprimere og første og eventuelle anden adaptere tilvejebringes, idet hver første primer omfatter en første nukleotidse-kvensidentifikator, idet hver første adapter omfatter en anden nukleotidse-kvensidentifikator, idet hver anden primer eventuelt omfatter en tredje nu-kleotidsekvensidentifikator, og hver anden adapter omfatter en fjerde nu-kleotidsekvensidentifikator; - i trin d), hver prøve-DNA er amplificeret med et par af en første og anden amplifikationsprimer til tilvejebringelse af amplikoner, hvor amplikonerne eventuelt er fragmenterede, og hvor de, eventuelt fragmenterede, amplikoner ligeres med mindst en første adapter og eventuelt en anden adapter til opnåelse af adapter-ligerede og amplificerede template-DNAer til højgennemløbsse-kventering; og - fremgangsmåden yderligere omfatter pooling af mindst en del af de adapter-ligerede og amplificerede template-DNA'er før trin e).
7. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor den enkeltstrengede template-DNA omfatter i en 3' til 5' retning af det første se-kventeringsprimer-bindingssted, den første nukleotidsekvensidentifikator, sekvensen, der indfanges og/eller amplificeres fra prøve-DNA'et, det andet se-kventeringsprimer-bindingssted og den anden nukleotidsekvensidentifikator.
8. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor der, ud over den første og anden nukleotidsekvensidentifikator, anvendes yderligere nukleotidsekvensidentifikatorer til bestemmelse af prøveoprindelsen af den adapter-ligerede og/eller amplificerede prøve-DNA.
9. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor identifikatoren ikke indeholder to på hinanden følgende identiske baser.
10. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor to identifikatorer er forskellige med mere end en nukleotid.
11. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor to identifikatorer er forskellige med mere end to nukleotiderog ikke indeholder to på hinanden følgende identiske baser.
DK11738836.3T 2010-06-09 2011-06-08 Kombinatoriel sekvens-stregkoder til høj højgennemløbsscreening DK2580351T3 (da)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US35291010P 2010-06-09 2010-06-09
US45700510P 2010-12-06 2010-12-06
PCT/NL2011/050411 WO2011155833A2 (en) 2010-06-09 2011-06-08 Combinatorial sequence barcodes for high throughput screening

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2580351T3 true DK2580351T3 (da) 2018-11-26

Family

ID=44583315

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK18189888.3T DK3425062T3 (da) 2010-06-09 2011-06-08 Stregkoder med kombinatorisk sekvens til høj gennemløbsscreening
DK11738836.3T DK2580351T3 (da) 2010-06-09 2011-06-08 Kombinatoriel sekvens-stregkoder til høj højgennemløbsscreening

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK18189888.3T DK3425062T3 (da) 2010-06-09 2011-06-08 Stregkoder med kombinatorisk sekvens til høj gennemløbsscreening

Country Status (8)

Country Link
US (1) US9080210B2 (da)
EP (3) EP2580351B1 (da)
JP (1) JP6110297B2 (da)
CN (1) CN102933721B (da)
DK (2) DK3425062T3 (da)
ES (2) ES2960184T3 (da)
FI (1) FI3425062T3 (da)
WO (1) WO2011155833A2 (da)

Families Citing this family (123)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2010242073C1 (en) 2009-04-30 2015-12-24 Good Start Genetics, Inc. Methods and compositions for evaluating genetic markers
US9085798B2 (en) 2009-04-30 2015-07-21 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
SI2556171T1 (sl) 2010-04-05 2016-03-31 Prognosys Biosciences, Inc. Prostorsko kodirane biološke analize
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US9163281B2 (en) * 2010-12-23 2015-10-20 Good Start Genetics, Inc. Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
US10011871B2 (en) 2012-02-17 2018-07-03 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for accurately identifying mutations
JP6375230B2 (ja) 2012-02-27 2018-08-15 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド 分子計数のための組成物およびキット
HUE051845T2 (hu) 2012-03-20 2021-03-29 Univ Washington Through Its Center For Commercialization Módszerek a tömegesen párhuzamos DNS-szekvenálás hibaarányának csökkentésére duplex konszenzus szekvenálással
US8209130B1 (en) 2012-04-04 2012-06-26 Good Start Genetics, Inc. Sequence assembly
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
IL305303A (en) 2012-09-04 2023-10-01 Guardant Health Inc Systems and methods for detecting rare mutations and changes in number of copies
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US9938578B2 (en) * 2012-09-24 2018-04-10 iRepertoire, Inc. Multiplex pyrosequencing using non-interfering noise cancelling polynucleotide identification tags
EP2746405B1 (en) * 2012-12-23 2015-11-04 HS Diagnomics GmbH Methods and primer sets for high throughput PCR sequencing
DE102013200309B3 (de) * 2013-01-11 2014-01-02 Technische Universität Dresden Verfahren zur Zusammenstellung eines Sets von Nukleinsäure-Barcodes sowie Verfahren zur Zuordnung von Nukleinsäuresequenzen nach der Sequenzierung
GB201302900D0 (en) * 2013-02-19 2013-04-03 Genome Res Ltd Nucleic acid marker molecules for identifying and detecting cross contaminationof nucleic acid samples
WO2014152155A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 The Broad Institute, Inc. Massively multiplexed rna sequencing
GB2528205B (en) * 2013-03-15 2020-06-03 Guardant Health Inc Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
DK3013983T3 (da) 2013-06-25 2023-03-06 Prognosys Biosciences Inc Spatialt kodede biologiske assays ved brug af en mikrofluidisk anordning
KR20230074639A (ko) 2013-08-28 2023-05-30 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 대량의 동시 단일 세포 분석
JP2017504307A (ja) 2013-10-07 2017-02-09 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド アレイ上のフィーチャーをデジタルカウントするための方法およびシステム
EP3068904A4 (en) 2013-11-11 2017-11-15 The Translational Genomics Research Institute Systems and methods for universal tail-based indexing strategies for amplicon sequencing
EP3068883B1 (en) * 2013-11-13 2020-04-29 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
JP6571665B2 (ja) 2013-12-28 2019-09-04 ガーダント ヘルス， インコーポレイテッド 遺伝的バリアントを検出するための方法およびシステム
WO2016040446A1 (en) 2014-09-10 2016-03-17 Good Start Genetics, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
US9938522B2 (en) 2014-09-25 2018-04-10 Genewiz, Inc. High throughput sequencing of end regions of long linear DNAs
CN105524983B (zh) * 2014-09-30 2019-06-21 大连晶泰生物技术有限公司 基于高通量测序的标记和捕获多个样本的一个或多个特定基因的方法和试剂盒
EP3237616A1 (en) * 2014-12-24 2017-11-01 Keygene N.V. Backbone mediated mate pair sequencing
EP4095261A1 (en) 2015-01-06 2022-11-30 Molecular Loop Biosciences, Inc. Screening for structural variants
EP3259372B1 (en) * 2015-02-17 2020-11-18 MGI Tech Co., Ltd. Dna sequencing using controlled strand displacement
ES2824700T3 (es) 2015-02-19 2021-05-13 Becton Dickinson Co Análisis unicelular de alto rendimiento que combina información proteómica y genómica
CN107208158B (zh) 2015-02-27 2022-01-28 贝克顿迪金森公司 空间上可寻址的分子条形编码
EP4180535A1 (en) 2015-03-30 2023-05-17 Becton, Dickinson and Company Methods and compositions for combinatorial barcoding
CN107532207B (zh) 2015-04-10 2021-05-07 空间转录公司 生物样本的空间区别、多重核酸分析
US10385387B2 (en) 2015-04-20 2019-08-20 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods for selectively amplifying and tagging nucleic acids
WO2016172373A1 (en) * 2015-04-23 2016-10-27 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for whole transcriptome amplification
WO2016196229A1 (en) 2015-06-01 2016-12-08 Cellular Research, Inc. Methods for rna quantification
US10513732B2 (en) * 2015-07-13 2019-12-24 New York University Sequencing methods and kits
JP6940484B2 (ja) 2015-09-11 2021-09-29 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド ライブラリー正規化のための方法および組成物
JP6560088B2 (ja) * 2015-09-30 2019-08-14 富士フイルム株式会社 プライマーの設計方法、ｄｎａ増幅方法および解析方法
EP3362074B1 (en) 2015-10-16 2023-08-09 President and Fellows of Harvard College Regulatory t cell pd-1 modulation for regulating t cell effector immune responses
CN108473984A (zh) * 2015-11-04 2018-08-31 阿特雷卡公司 用于分析与单个细胞相关联的核酸的核酸条形码的组合组
US11332784B2 (en) 2015-12-08 2022-05-17 Twinstrand Biosciences, Inc. Adapters, methods, and compositions for duplex sequencing
CN108603228B (zh) 2015-12-17 2023-09-01 夸登特健康公司 通过分析无细胞dna确定肿瘤基因拷贝数的方法
US20170191127A1 (en) * 2015-12-30 2017-07-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet partitioned pcr-based library preparation
EP3199642A1 (en) * 2016-02-01 2017-08-02 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Plant breeding using high throughput sequencing
EP3433365B1 (en) 2016-03-21 2023-08-02 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. T-cell exhaustion state-specific gene expression regulators and uses thereof
US11384382B2 (en) 2016-04-14 2022-07-12 Guardant Health, Inc. Methods of attaching adapters to sample nucleic acids
WO2017181146A1 (en) 2016-04-14 2017-10-19 Guardant Health, Inc. Methods for early detection of cancer
CN106555226B (zh) * 2016-04-14 2019-07-23 大连晶泰生物技术有限公司 一种构建高通量测序文库的方法和试剂盒
WO2017192387A1 (en) 2016-05-02 2017-11-09 Cellular Research, Inc. Accurate molecular barcoding
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
EP3465502B1 (en) 2016-05-26 2024-04-10 Becton, Dickinson and Company Molecular label counting adjustment methods
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
KR102638006B1 (ko) 2016-09-26 2024-02-20 셀룰러 리서치, 인크. 바코딩된 올리고뉴클레오티드 서열을 갖는 시약을 이용한 단백질 발현의 측정
CN109952612B (zh) 2016-11-08 2023-12-01 贝克顿迪金森公司 用于表达谱分类的方法
CN109906274B (zh) 2016-11-08 2023-08-25 贝克顿迪金森公司 用于细胞标记分类的方法
JP2020501601A (ja) * 2016-11-15 2020-01-23 クエスト ダイアグノスティックス インヴェストメンツ エルエルシー Ｍｉｔｒａチップ抽出を使用して嚢胞性線維症の変異を検出するための方法
CA3044035A1 (en) * 2016-11-15 2018-05-24 Quest Diagnostics Investments Llc Methods for detecting dna mutations using mitra tip extraction
WO2018132610A1 (en) 2017-01-13 2018-07-19 Cellular Research, Inc. Hydrophilic coating of fluidic channels
EP3577232A1 (en) 2017-02-01 2019-12-11 Cellular Research, Inc. Selective amplification using blocking oligonucleotides
WO2018183942A1 (en) 2017-03-31 2018-10-04 Grail, Inc. Improved library preparation and use thereof for sequencing-based error correction and/or variant identification
CN106834286B (zh) * 2017-04-05 2020-02-21 北京泛生子基因科技有限公司 一步法快速构建扩增子文库的引物组合
KR102438495B1 (ko) 2017-06-05 2022-09-01 백톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 단일 세포를 위한 샘플 인덱싱
US10633651B2 (en) * 2017-07-10 2020-04-28 Agilent Technologies, Inc. Assay methods and compositions for detecting contamination of nucleic acid identifiers
WO2019060716A1 (en) 2017-09-25 2019-03-28 Freenome Holdings, Inc. SAMPLE EXTRACTION METHODS AND SYSTEMS
KR20230028569A (ko) * 2017-11-06 2023-02-28 일루미나, 인코포레이티드 핵산 색인 기술
US11739367B2 (en) 2017-11-08 2023-08-29 Twinstrand Biosciences, Inc. Reagents and adapters for nucleic acid sequencing and methods for making such reagents and adapters
US11946095B2 (en) 2017-12-19 2024-04-02 Becton, Dickinson And Company Particles associated with oligonucleotides
CN108165646A (zh) * 2017-12-26 2018-06-15 河北省农林科学院谷子研究所 一种适用于谷子的简化基因组建库方法
WO2019213237A1 (en) 2018-05-03 2019-11-07 Becton, Dickinson And Company Molecular barcoding on opposite transcript ends
EP3788171B1 (en) 2018-05-03 2023-04-05 Becton, Dickinson and Company High throughput multiomics sample analysis
SG11202100141SA (en) 2018-07-12 2021-02-25 Twinstrand Biosciences Inc Methods and reagents for characterizing genomic editing, clonal expansion, and associated applications
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
US11639517B2 (en) 2018-10-01 2023-05-02 Becton, Dickinson And Company Determining 5′ transcript sequences
WO2020097315A1 (en) 2018-11-08 2020-05-14 Cellular Research, Inc. Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
WO2020100079A2 (en) * 2018-11-14 2020-05-22 Foresee Genomic Ltd Multimer for sequencing and methods for preparing and analyzing the same
WO2020123319A2 (en) 2018-12-10 2020-06-18 10X Genomics, Inc. Methods of using master / copy arrays for spatial detection
US11492660B2 (en) 2018-12-13 2022-11-08 Becton, Dickinson And Company Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11371076B2 (en) 2019-01-16 2022-06-28 Becton, Dickinson And Company Polymerase chain reaction normalization through primer titration
WO2020154247A1 (en) 2019-01-23 2020-07-30 Cellular Research, Inc. Oligonucleotides associated with antibodies
US20200318174A1 (en) 2019-04-03 2020-10-08 Agilent Technologies, Inc. Compositions and methods for identifying and characterizing gene translocations, rearrangements and inversions
WO2020214642A1 (en) 2019-04-19 2020-10-22 Becton, Dickinson And Company Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data
WO2020243579A1 (en) 2019-05-30 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
CN114051534A (zh) 2019-07-22 2022-02-15 贝克顿迪金森公司 单细胞染色质免疫沉淀测序测定
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
US11773436B2 (en) 2019-11-08 2023-10-03 Becton, Dickinson And Company Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing
EP4219754B1 (en) 2019-12-23 2024-05-15 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rna-templated ligation
EP4090763A1 (en) 2020-01-13 2022-11-23 Becton Dickinson and Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
ES2965354T3 (es) 2020-04-22 2024-04-12 10X Genomics Inc Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana
CN115605614A (zh) 2020-05-14 2023-01-13 贝克顿迪金森公司（Us） 用于免疫组库谱分析的引物
WO2021237087A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021236929A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
EP4162074B1 (en) 2020-06-08 2024-04-24 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
WO2021252591A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
AU2021294334A1 (en) 2020-06-25 2023-02-02 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of DNA methylation
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
JP2023543602A (ja) 2020-10-06 2023-10-17 キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ 標的化された配列付加
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
CN116635533A (zh) 2020-11-20 2023-08-22 贝克顿迪金森公司 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析
AU2021409136A1 (en) 2020-12-21 2023-06-29 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
WO2023034489A1 (en) 2021-09-01 2023-03-09 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) * 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
HU223760B1 (hu) 1991-09-24 2005-01-28 Keygene N.V. Szelektív restrikciós fragmentumsokszorosítás, általános módszer DNS-fingerprint analízisére
US5565340A (en) * 1995-01-27 1996-10-15 Clontech Laboratories, Inc. Method for suppressing DNA fragment amplification during PCR
EP1206577B1 (en) * 1999-08-13 2006-03-01 Yale University Binary encoded sequence tags
US20060263789A1 (en) 2005-05-19 2006-11-23 Robert Kincaid Unique identifiers for indicating properties associated with entities to which they are attached, and methods for using
ES2387878T3 (es) 2005-06-23 2012-10-03 Keygene N.V. Estrategias para la identificación de alto rendimiento y la detección de polimorfismos
US20090170713A1 (en) * 2005-09-29 2009-07-02 Keygene N.V. High throughput screening of mutagenized populations
JP5198284B2 (ja) * 2005-12-22 2013-05-15 キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ 高処理量配列決定技術を使用する転写産物の特徴づけのための改良された戦略
US20100069250A1 (en) * 2008-08-16 2010-03-18 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Digital PCR Calibration for High Throughput Sequencing

Also Published As

Publication number Publication date
EP2580351B1 (en) 2018-08-29
JP2013528058A (ja) 2013-07-08
EP3425062B1 (en) 2023-08-02
EP4242327A2 (en) 2023-09-13
ES2960184T3 (es) 2024-03-01
DK3425062T3 (da) 2023-09-04
EP4242327A3 (en) 2023-11-29
EP3425062A1 (en) 2019-01-09
JP6110297B2 (ja) 2017-04-05
EP2580351A2 (en) 2013-04-17
ES2697974T3 (es) 2019-01-30
FI3425062T3 (fi) 2023-09-01
CN102933721A (zh) 2013-02-13
WO2011155833A2 (en) 2011-12-15
US9080210B2 (en) 2015-07-14
CN102933721B (zh) 2015-12-02
US20130137587A1 (en) 2013-05-30
WO2011155833A3 (en) 2012-02-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DK2580351T3 (da) Kombinatoriel sekvens-stregkoder til høj højgennemløbsscreening
US20220186309A1 (en) Methods and compositions for nucleic acid sequencing
US9284606B2 (en) Method for genome sequencing using a sequence-based physical map
EP2379751B1 (en) Novel genome sequencing strategies
EP2513333A1 (en) Restriction enzyme based whole genome sequencing
US20130045894A1 (en) Method for Amplification of Target Nucleic Acids Using a Multi-Primer Approach