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GEBIET DER
ERFINDUNG
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Die
vorliegende Erfindung betrifft einen Vektor zur Pflanzentransformation
und insbesondere einen binären
BAC-Vektor und Verwendungsmöglichkeiten
des Vektors.
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HINTERGRUND
DER ERFINDUNG
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Das
Hauptproblem, dem sich Pflanzenmolekularbiologen und Pflanzenzüchter heute
gegenüber sehen,
besteht darin, wie landwirtschaftlich wichtige Gene, die nur durch
ihren Phänotyp
bekannt sind, zu identifizieren sind. Obwohl positionelles Klonieren und
Transposon-Tagging die Identifizierung von Pflanzengenomklonen durch
Beobachten eines Phänotyps
ermöglichten,
ist es ein technisch schwieriges und arbeitsintensives Verfahren.
Bisher wurden nur einige wenige größere Pflanzengene dieses Typs kloniert
(Martin et al, 1993, Bent et al, 1994, Jones et al, 1994, Whitham
et al, 1994).
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Pflanzenzüchter bauten
immer auf die genetische Variation für klassische Zuchtprogramme.
Um möglichst
effektiv zu sein, müssen
moderne Pflanzenzüchter
die Molekularbiologie von Genen, die für die Landwirtschaft wichtig
sind, kennen. Wenn die für ein
gewünschtes
Merkmal codierenden Gene kloniert wurden, ist es nun in einigen
Fällen
möglich,
klassische Zuchttechniken zu umgehen und dieses Merkmal durch Pflanzentransformation
direkt einzuführen. In
Zukunft kann es sogar möglich
sein, gewünschte Merkmale
aus Spezies, die nicht kreuzkompatibel sind, einzuführen, eine
Sache, die durch klassische Pflanzenzucht nicht erreicht werden
kann. Die Klonierung von landwirtschaftlich wichtigen Genen eröffnet auch
neue Forschungsbereiche in der Pflanzenbiolo gie.
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Als
die Idee einer positionellen Kartierung zum ersten Mal aufkam, wurde
Chromosome Walking zur Verknüpfung überlappender
Genomklone in der interessierenden Region als Notwendigkeit angesehen.
Bei Feldfruchtpflanzen besteht die Tendenz, dass sie relativ große Genome
und hohe Mengen repetitiver DNA besitzen, Merkmale, die Chromosome Walking
langwieriger und komplizierter machen. Glücklicherweise führte die
jüngste
Entwicklung von Verfahren, die die Identifizierung von eng mit einem Gen
verknüpften
Molekülmarkern
ermöglichen,
zum Konzept des Chromosome Landing.
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Chromosome
Landing beruht auf der Tatsache, dass es nicht mehr so schwierig
ist, Marker, die eng mit einem interessierenden Gen verbunden sind, auch
in einem Gen, das nicht gut charakterisiert ist, zu erhalten. RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)- und AFLP (Amplified Fragment
Length Polymorphism)-Verfahren können
in Kombination mit der Analyse naher isogener Linien oder massiger
abgetrennter Elemente zur Identifizierung von Molekülmarkern,
die sich sehr nahe an einem interessierenden Gen befinden, verwendet
werden (Williams et al, 1990, Zabeau und Vos, 1992, Martin et al,
1991, Michelmore et al, 1991). Eine Genombibliothek kann dann unter
Verwendung von Markern, die das Gen flankieren, zur Identifizierung
potentieller Klone durchmustert werden.
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Derzeit
besteht die bedeutendste Hürde,
die zur Verwendung von positioneller Klonierung in breitem Maßstab verbleibt,
darin, wie zu verifizieren ist, dass ein potentieller Klon tatsächlich das
interessierende Gen trägt.
Bisher bestand der Ansatz darin, eine Reihe von Subklonen eines
Yeast Artificial Chromosome (YAC) (Burke et al, 1987) oder eines
Bacterial Artificial Chromosome (BAC), von denen angenommen wurde,
dass sie ein interessierendes Gen enthalten, zu erzeugen. Jeder
dieser Subklone muss dann individuell in Pflanzen transformiert
werden, um das Vorhandensein (oder Nichtvorhandensein) des Gens
durch Testen transgener Pflanzen auf den erwarteten Phänotyp zu
identifizieren. Dies ist nicht nur sehr zeitaufwendig, sondern auch
ein risikobehaftetes Projekt, da ein gegebener Subklon nur einen
Teil des Zielgens enthalten kann und daher ein negatives Ergebnis
der Transformations/Komplementierungsexperimente ergeben kann. Wenn
das Zielgen eine große
Zahl von Introns und daher Strecken über ein großes Segment genomischer DNA
enthält,
ist dann keiner der Subklone ausreichend groß, um das gesamte Gen zu enthalten.
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Was
am stärksten
benötigt
wird, ist eine Technologie, die dieses Hindernis der Genverifizierung
umgehen kann. Die Möglichkeit
zur Übertragung
großer
DNA-Konstrukte auf Pflanzen würde
die erforderliche Subklonierungsmenge von einem YAC- oder BAC-Bibliothek-Vektor
mit hohem Molekulargewicht vor dem Fortschreiten zur Pflanzentransformation
verringern. Ein Vektor einer Bibliothek mit hohem Molekulargewicht,
der zur direkten Transformation von Pflanzen verwendet werden kann,
wäre ideal. Tatsächlich ist
die Entwicklung einer Technologie zur Transformation von Pflanzen
mit DNA von hohem Molekulargewicht für die Klonierung von QTLs (Quantitative
Trait Loci), die den Hauptteil von landwirtschaftlich wichtigen
Genen ausmachen, entscheidend.
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Keine
der existierenden Vektoren für
Genombibliotheken mit hohem Molekulargewicht sind zur Pflanzentransformation
geeignet. Eine Reihe von Cosmid-Bibliotheksvektoren (maximale Insertgröße 46 kb),
die zur Agrobacterium-vermittelten Pflanzentransformation geeignet
sind, wurden von Ma et al (1992) konstruiert. Die geringe Insertgröße macht
sie jedoch für
Genome, die viel größer als
Arabidopsis sind, we niger geeignet. Während Arabidopsis ein attraktives
Modellsystem ist, da dessen Genomgröße klein ist, etwa 100 Megabasenpaare
(Mbp) beträgt, besitzen
andere höhere
Pflanzen 4-20fach größere Genome
(Bennet und Smith, 1976). Die ersten Pflanzengenombibliotheken mit
höherem
Molekulargewicht wurden in YAC-Vektoren konstruiert. Das Pto-Krankheit-Resistenzgen von
Tomaten (Martin et al, 1992) und das RPS2-Krankeit-Resistenzgen von Arabidopsis
(Bent et al, 1994) wurden ausgehend von YAC-Bibliotheken kloniert.
Jedoch ist eine YAC-Bibliothek eine größere Investition im Hinblick auf
Konstruktion, Aufrechterhaltung und Verwendung, und einige YAC-Bibliotheken
wurden von Deletionen, Umlagerungen und Chimären heimgesucht (Anderson,
1993).
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Vor
kurzem wurden BAC-Bibliotheken für Sorghum
(Woo et al, 1994) und für
Reis (Whang und Ronald, 1994) mit durchschnittlichen Insertgrößen von
etwa 180 kb konstruiert. Es zeigte sich, dass BAC-Bibliotheken leichter
als YAC-Bibliotheken zu konstruieren, zu durchmustern und aufrechtzuerhalten
sind.
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Agrobacterium
tumefaciens ist ein natürlich vorkommendes
Pflanzentransformationssystem (siehe allgemein die Übersicht
bei Kado, 1991; und Zambryski, 1988). Vor kurzem zeigten Miranda
et al, dass mindestens 170 kb von dem Ti-Plasmid von Agrobacterium auf ein Pflanzengenom übertragen
werden konnten (Miranda et al, 1992). Weitere binäre Vektoren
für eine
Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation sind in McBride
und Summerfelt (1990), Plant Molecular Biology, 14: 269–276, offenbart
und diskutiert. Das sehr spannende Potential für eine Agrobacterium-vermittelte
Transformation von Pflanzen mit Konstrukten mit hohem Molekulargewicht
besteht darin, dass gezeigt wurde, dass A. tumefaciens dessen T-DNA
auf das Pflanzengenom in linearer Weise überträgt. Es wäre ein riesiger Vorteil, wenn trans gene
Pflanzen erzeugt werden könnten,
die das gesamte Genombibliothekinsert (intakt) in dem Pflanzengenom
tragen. Ein linearer Transfer würde
die Möglichkeit
gekürzter
Gene, ausgenommen an den Grenzen der Inserts, beseitigen und die
Einführung sehr
großer
Pflanzengene (wenn sie existieren) oder von Genclustern ermöglichen.
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Die
Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation ist die am breitesten
verwendete Technik zur Einführung
neuer genetischer Information in Pflanzenzellen. Die Agrobacterium-vermittelte
Transformation ist routinemäßig in Arten
wie Tabak, Petunia und Tomate verwendbar und beträchtliche
Anstrengungen wurden in die Anwendung dieser Technik auf Hauptfeldfruchtarten
(Übersicht
bei van Wordragen und Dons, 1992) und Monokotylenarten gesteckt.
Vor kurzem wurde über
eine Agrobacterium-vermittelte Transformation von Reis berichtet (Hiei
et al, 1994).
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Jedoch
besteht immer noch Bedarf an einem Vektor zur Transformation von
Pflanzen mit DNA-Sequenzen mit hohem Molekulargewicht.
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ZUSAMMENFASSUNG
DER ERFINDUNG
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Dieser
Bedarf wird durch die Konstruktion eines neuen BAC-Bibliothek-Vektors,
der zur Agrobacterium-vermittelten Pflanzentransformation gestaltet wurde,
gemäß der vorliegenden
Erfindung erfüllt.
Da jeder BIBAC-Bibliothek-Klon als Plasmid in Escherichia coli existiert,
kann die DNA individueller Klone ohne weiteres durch Standardplasmidisolierungstechniken
isoliert werden. Diese Plasmid-DNA kann dann in Agrobacterium durch
Elektroporation eingeführt
werden. Alternativ können
BIBAC-Bibliothek-Klone von einem E. coli-Wirt auf Agrobacterium durch
Triparental Mating übertragen
werden.
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Die
Erfindung stellt einen Vektor zur Übertragung von heterologer
DNA in eine Pflanzenzelle bereit. Der Vektor umfasst ein Gerüst mit einem
ersten Replikationsstartpunkt mit der Fähigkeit, heterologe DNA als
Einzelkopie in einer Escherichia coli-Wirtszelle zu halten, und
einen zweiten Replikationsstartpunkt mit der Fähigkeit, heterologe DNA als
Einzelkopie in einer Agrobacterium tumefaciens-Wirtszelle zu halten.
Der Vektor umfass ferner eine singuläre Restriktionsendonukleaseschnittstelle
zur Insertion von heterologer DNA und linke und rechte Agrobacterium-T-DNA-Randsequenzen, die
die singuläre Restriktionsendonukleaseschnittstelle
flankieren. Die T-DNA-Randsequenzen ermöglichen die Einführung von
heterologer DNA, die sich zwischen den linken und rechten T-DNA-Randsequenzen
befindet, in eine Pflanzenzelle.
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Der
Vektor ermöglicht
die Konstruktion von Pflanzengenombibliotheken mit großen DNA-Inserts. Individuelle
Klone können
durch Transformation direkt in Pflanzen eingeführt werden.
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KURZE BESCHREIBUNG
DER ZEICHNUNGEN
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Diese
und andere Merkmale und Vorteile der vorliegenden Erfindung werden
aus der folgenden detaillierten Beschreibung bevorzugter Ausführungsformen
klar, wenn diese in Verbindung mit den beigefügten Zeichnungen gelesen wird,
wobei.
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1 die
Karte des BIBAC-Vektors zeigt; und
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2 die
Strategie zur Konstruktion des BIBAC-Vektors zeigt.
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DETAILLIERTE BESCHREIBUNG
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Der
Vektor der Bezeichnung BIBAC wurde als das Plasmid der Bezeichnung
pCH23 in den Escherichia coli-Stamm der Bezeichnung DH10B(pCH23)
gemäß den und
in Erfüllung
der Anforderungen des Budapest Treaty on the International Recognition
of the Deposit of Microorganisms for the Purposes of Patent Procedure
bei der American Type Culture Collection (ATCC), 12301 Parklawn
Drive, Rockville, Maryland 20852, unter der ATCC-Hinterlegungsnummer
69743 hinterlegt.
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Die
vorliegende Erfindung betrifft einen Vektor zur Übertragung heterologer DNA
in eine Pflanzenzelle. Der Vektor umfasst ein Gerüst mit zwei
Replikationsstartpunkten. Der erste Replikationsstartpunkt besitzt
die Fähigkeit,
die heterologe DNA als Einzelkopie in einer Escherichia coli-Wirtszelle zu halten.
Wie dies durchgängig
in dieser Anmeldung, falls nicht anders angegeben, verwendet wird,
bezeichnet das Halten einer Einzelkopie eine nichtreplizierende
Zelle, d. h. eine Zelle, die keine Zellteilung erfährt; während der
Zellteilung erhöht
sich die Kopienzahl pro Zelle auf nahezu zwei vollständige Kopien pro
Zelle. Der zweite Replikationsstartpunkt besitzt die Fähigkeit,
die heterologe DNA als Einzelkopie in einer Agrobacterium tumefaciens-Wirtszelle
zu halten.
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Der
Vektor umfasst auch eine singuläre Restriktionsendonukleaseschnittstelle
zur Insertion heterologer DNA. Das Vorhandensein von nur einer Schnittstelle
für eine
spezielle Restriktionsendonuklease in der den Vektor codierenden
DNA-Sequenz ist das Vorhandensein einer "singulären" Restriktionsendonukleaseschnittstelle.
Die spezielle Restriktionsendonuklease schneidet die DNA daher nur
an der einen Stelle oder "singulären Stelle". Heterologe DNA
bezeichnet DNA, die in der speziellen Wirtszelle, die durch den
Vektor transformiert wird, normalerweise nicht vorhanden ist.
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Der
Vektor umfasst auch linke und rechte Agrobacterium-T-DNA-Randsequenzen,
die die singuläre
Restriktionsendonukleaseschnittstelle flankieren (Peralta und Ream,
1985). Diese Randsequenzen ermöglichen
die Einführung
heterologer DNA, die zwischen den linken und rechten T-DNA-Randsequenzen
lokalisiert ist, in eine Pflanzenzelle.
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Das
stabile Halten von DNA mit hohem Molekulargewicht in Escherichia
coli und Agrobacterium tumefaciens wird ermöglicht, da diese DNA-Sequenzen
mit hohem Molekulargewicht von einem Einzelkopie-Plasmid getragen
werden. Mit Mehrfachkopien von derartigen großen DNA-Inserts wären die
instabilen Wirtszellen zur Pflanzentransformation nicht verwendbar.
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In
einer Ausführungsform
des Vektors der vorliegenden Erfindung, der als BIBAC-Vektor bezeichnet
wird, ist die singuläre
Restriktionsendonukleaseschnittstelle eine BamHI-Schnittstelle. Diese Schnittstelle befindet
sich zwischen den Agrobacterium tumefaciens-T-DNA-Randsequenzen,
wie auch ein Selektionsmarker für
den Einbau heterologer DNA in den Vektor (das sacB-Gen). Die BamHI-Schnittstelle
und das sacB-Gen sind so lokalisiert, dass, wenn heterologe DNA
an der BamHI-Stelle insertiert wird, das sacB-Gen inaktiviert wird.
Der BIBAC-Vektor umfasst den F-Replikationsstartpunkt von Escherichia
coli zum Halten der heterologen DNA als Einzelkopie in Escherichia
coli (Low, 1972) und den Ri-Replikationsstartpunkt von Agrobacterium
rhizogenes zum Halten der heterologen DNA als Einzelkopie in Agrobacterium
tumefaciens. Die linken und rechten T-DNR-Randsequenzen in dem BIBAC-Vektor
sind von der TL-DNA des Octopineplasmids pTiA6 abgeleitet.
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Der
BIBAC-Vektor umfasst auch einen Selektionsmarker zur Einführung der
heterologen DNA in die Bakterienzellen von Escherichia coli und
Agrobacterium tumefaciens. Der Bakterienselektionsmarker umfasst
das Kanamycinresistenzgen. Der BIBAC-Vektor umfasst auch einen Selektionsmarker zur
Einführung
der heterologen DNA in eine Pflanzenzelle. Dieser Selektionsmarker
muss zwischen den linken und rechten T-DNA-Randsequenzen lokalisiert sein,
da nur die von den Randsequenzen umfasste Region in die Pflanzenwirtszelle übertragen wird.
Daher muss der Pflanzenselektionsmarker zur Übertragung in die Pflanzenzelle
zwischen den T-DNA-Rändern liegen.
In dem BIBAC-Vektor geht der Pflanzenselektionsmarker auf die Kanamycinresistenz
(die durch das GUS-NPTII-Konstrukt
bereitgestellt wird). Andere geeignete Pflanzenselektionsmarker
umfassen Hygromycinresistenz (das HYG-Konstrukt) und Phosphinothricinresistenz
(bereitgestellt durch das BAR-GUS-Konstrukt).
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Der
BIBAC-Vektor umfasst auch einen Konjugationstansferstartpunkt (der
oriT-Startpunkt von Plasmid RK2). Dieser Startpunkt ermöglicht die Übertagung
heterologer DNA von einer Escherichia coli-Wirtszelle direkt zu
einer Agrobacterium tumefaciens-Wirtszelle durch bakterielle Konjugation.
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Der
Vektor wird zur Einführung
von heterologer DNA in eine Wirtszelle verwendet. Daher umfasst der
Vektor vorzugsweise heterologe DNA, die in die singuläre Restriktionsendonukleaseschnittstelle
insertiert wurde. DNA wird in den Vektor unter Verwendung von ohne
weiteres einschlägig
bekannten Standardklonierungsverfahren eingeführt. Dies umfasst allgemein
die Verwendung von Restriktionsenzymen (im Falle von BIBAC BamHI)
und DNA-Ligasen gemäß der Beschreibung
bei Maniatis et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold
Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York [1982].
Der Vektor kann zur Transformation einer Wirtszelle, wie Escherichia
coli, Agrobacterium tume faciens, und/oder einer Pflanzenzelle verwendet
werden.
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Es
gibt zahlreiche Verwendungsmöglichkeiten
des Vektors gemäß der vorliegenden
Erfindung. Eine Verwendungsmöglichkeit
ist die als Bibliothek-Klonierungsvektor. Genomische DNA von einer Pflanze
kann mit einer Restriktionsendonuklease (BamHI im Falle des BIBAC-Vektors)
geschnitten werden. Die Restriktionsfragmente, die gemeinsam das
gesamte Genom der Pflanze darstellen, werden dann in einen BIBAC-Vektor (der durch
Schneiden mit BamHI geöffnet
wurde) ligiert. Dies erzeugt eine Bibliothek im BIBAC-Vektor. (Siehe
allgemein: Current Protocols in Molecular Cloning, F. M. Ausubel
et al, Hrsg., Greene Publishing und Wiley Interscience, New York
(1989)).
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Zum
leichteren Arbeiten mit der Bibliothek wird der Vektor allgemein
in einer Bakterienwirtszelle gehalten. Escherichia coli ist eine
Standardbakterienwirtszelle zum Halten einer derartigen DNA-Bibliothek.
Die Vektor-DNA kann in die Bakterienwirtszelle durch verschiedene
einschlägig
bekannte Verfahren eingeführt
werden. Diese umfassen Elektroporation, Calciumchloridtransformation
und Transformation durch Partikelbeschuss. Die transformierten Bakterienzellen
können
durch ihre Fähigkeit,
auf verschiedenen selektiven Mitteln zu wachsen, identifiziert werden.
Daher können
Bakterienzellen, die den Vektor enthalten, durch deren Resistenz
gegenüber
Kanlamycin identifiziert werden. Das Vorhandensein von insertierter
heterologer DNA wird durch die Fähigkeit der
Bakterien, auf hohen Saccharosekonzentrationen zu wachsen, angezeigt.
Die Fähigkeit,
auf hohen Saccharosekonzentrationen zu wachsen, beruht auf der Inaktivierung
eines weiteren Selektionsmarkers, des sacB-Gens. Potentielle Klone,
die die gewünschte
heterologe DNA enthalten, können
durch Southern-Analyse (Southern, 1975) unter Verwendung von eng
verbundenen Molekülmarkern
oder heterologer DNA als Sonde identifiziert werden. Interessierende
Klone (Vektoren, die heterologe DNA enthalten) werden dann für weitere
Experimente verwendet.
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Der
Vektor oder ein abgeleiteter interessierender Klon (gemäß der obigen
Beschreibung) können
in Agrobacterium tumefaciens eingeführt werden. Diese Einführung kann
unter Verwendung von Fachleuten bekannten Verfahren, die Elektroporation oder
Teilchenbeschuss umfassen, durchgeführt werden. Ein weiteres Verfahren,
das zur Einführung
des Vektors in Agrobacterium tumefaciens verwendet werden kann,
ist Triparental Mating. Bei Triparental Mating werden den Vektor
enthaltende Escherichia coli, ein Helferplasmid enthaltende zweite
Escherichia coli und ein Agrobacterium kombiniert, was zur Einführung der
Vektor-DNA in das Agrobacterium führt. Die Agrobacterium-Zellen
werden dann unter Verwendung eines Selektionsmarkers (beispielsweise
Kanamycinresistenz im BIBAC-Vektor) auf das Vorhandensein der Vektor-DNA
in diesen durchmustert. Die die Vektor-DNA enthaltenden Zellen werden dann
für weitere
Experimente verwendet.
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Ein
Vektor oder ein abgeleiteter interessierender Klon (gemäß der obigen
Beschreibung) können
auch in eine Pflanzenzelle eingeführt werden. (Siehe allgemein:
Plant Molecular Biology Manual, 2. Auflage, S. B. Gelvin und R.
A. Schilperoort, Hrsg., Kluver Academic Press, Dordrecht, Niederlande (1994)).
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Ein
Verfahren zur Einführung
des Vektors oder Klons in eine Pflanzenzelle ist eine (stabile oder transiente)
Agrobacterium-vermittelte Transformation der Pflanzenzelle. Kurz
gesagt, wird das Gewebe von Pflanzen mit einem Inoculum des mit
dem Vektor (mit heterologer DNA in diesem) transformierten Agrobacterium
in Kontakt gebracht. Allgemein um fasst dieses Verfahren das Beimpfen
des Pflanzengewebes mit einer Suspension der Bakterien und das Inkubieren
des Gewebes auf Regenerationsmedium ohne Antibiotika bei 25–28°C während 48
bis 72 h.
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In
der Praxis kann das Verfahren der Agrobacterium-vermittelten Transformation
ein dreistufiges Verfahren umfassen. Die Vektor-DNA wird zunächst in
einer Escherichia coli-Wirtszelle
analysiert und dann in eine Agrobacterium tumefaciens-Wirtszelle
eingeführt,
die dann zur Agrobacteriumvermittelten Übertragung der T-DNA in dem
Vektor auf die Pflanzenzelle verwendet wird. Allgemein wird nur
ein Teil der T-DNA-Randsequenzen und dazwischen lokalisierte DNA
durch eine derartige Agrobacterium-vermittelte Übertragung in die Pflanzenzelle übertragen.
Daher sollte eine etwaige heterologe DNA zur Übertragung in die Pflanzenzelle
in dem Vektor zwischen den T-DNA-Randsequenzen lokalisiert sein.
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Ein
Standardverfahren zur T-DNA-Übertragung
ist das binäre
System. Der binäre
Vektor enthält die
T-DNA-Ränder,
die für
Ausschneiden und Integration benötigt
werden, mit heterologer DNA, die zwischen den Rändern insertiert ist. Die entscheidenden
vir-Gene des Ti-Plasmids besitzen trans-Wirkung und werden auf einem
getrennten Plasmid, das als Helferplasmid bezeichnet wird, geliefert.
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Die
Blatt-Plattentechnik kann in Verbindung mit der Agrobacterium-vermittelten
Transformation verwendet werden. Kurz gesagt, werden verletzte Pflanzenzellen
(wie Blätter,
Wurzeln und Stämme) kurz
mit Agrobacterium-Zellen kultiviert, um die Übertragung der T-DNA von dem
Agrobacterium zu der Pflanzenzelle zu initiieren. Nach mehreren
Tagen wird das Pflanzengewebe auf sprossinduzierendes Medium, das
ein selektives Mittel enthält, übertragen. Im
Falle des BIBAC-Vektors, der den GUS-NPTII-Pflanzenselektionsmarker enthält, wird
ein Kanamycin enthaltendes Medium verwendet. Nach der Bildung von
Sprossen werden die Sprosse auf ein Medium übertragen, das die Wurzelbildung
stimuliert.
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Ein
weiteres Verfahren zur Einführung
des Vektors oder Klons in eine Pflanzenzelle erfolgt durch Transformation
des Pflanzenzellkerns, beispielsweise durch Partikelbeschuss.
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Ein
weiteres Verfahren zur Einführung
des Vektors oder Klons in eine Pflanzenzelle erfolgt durch Transformation
von Pflanzenzellprotoplasten (stabil oder transient). Pflanzenprotoplasten
werden nur von einer Plasmamembran umhüllt und nehmen daher Makromoleküle, wie
heterologe DNA, auf. Diese technisch veränderten Protoplasten können die
Fähigkeit
besitzen, erneut ganze Pflanzen zu erzeugen. Geeignete Verfahren
zur Einführung
heterologer DNA in Pflanzenzellprotoplasten umfassen Elektroporation
und PEG-Transformation.
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Ein
weiteres Verfahren zur Einführung
des Vektors oder Klons in eine Pflanzenzelle erfolgt durch Transformation
von Pflanzenorganellen (wie Chloroplasten oder Mitochondrien), beispielsweise
durch Partikelbeschuss. Obwohl der Vektor sich in den Pflanzenorganellen
nicht repliziert, kann die heterologe DNA in das Genom durch Rekombination
eingebaut werden.
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Die
in dieser Anmeldung durchgängig
verwendete Elektroporation ist ein Transformationsverfahren, bei
dem allgemein eine hohe Konzentration von Vektor-DNA (die heterologe
DNA enthält)
zu einer Suspension von Wirtszellprotoplasten oder Bakterienzellen
gegeben wird und das Gemisch mit einem elektrischen Feld von 200
bis 600 V/cm geschockt wird. Nach der Elektroporation werden transformierte
Zellen durch Wachstum auf einem geeigneten Medium, das ein selektives
Mittel enthält,
identifiziert.
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Der
ebenfalls durchgängig
in dieser Anmeldung verwendete Partikelbeschuss (auch als biolistische
Transformation bekannt) der Wirtszelle kann auf eine von mehreren
Wegen durchgeführt
werden. Der erste umfasst das Schießen von inerten oder biologisch
aktiven Partikeln auf Zellen. Diese Technik ist im US-Patent Nr.
4 945 050, 5 036 006 und 5 100 792, alle von Sandord et al, offenbart.
Allgemein umfasst dieses Verfahren das Schießen von inerten oder biologisch
aktiven Partikeln auf die Zellen unter Bedingungen, die das Durchdringen
der äußeren Oberfläche der
Zelle und den Einbau im Inneren derselben bewirken. Wenn inerte
Partikel verwendet werden, kann der Vektor in die Zelle durch Beschichten
der Partikel mit dem Vektor, der die heterologe DNA enthält, eingeführt werden.
Alternativ kann die Zielzelle vom Vektor derart umgeben werden,
dass der Vektor durch die Anregung des Partikels in die Zelle getragen
wird. Biologisch aktive Partikel (beispielsweise getrocknete Bakterienzellen,
die den Vektor und heterologe DNA enthalten) können ebenfalls in Pflanzenzellen
geschossen werden.
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Daher
kann der Vektor gemäß der vorliegenden
Erfindung zur Transformation einer Vielzahl von Wirtszellen auf
eine Vielzahl von Wegen verwendet werden. Speziell kann heterologe
DNA mit Codierung für
das gewünschte
Genprodukt in die singuläre Restriktionsendonukleaseschnittstelle
des BIBAC-Vektors
insertiert werden. Der die heterologe DNA enthaltende Vektor wird
zur Transformation von Escherichia coli und/oder zur Transformation
von Agrobacterium tumefaciens verwendet. Agrobacterium tumefaciens
wird dann zur Transformation von Pflanzenzellen verwendet. Die Einführung der
heterologen DNA in die Pflanzenzelle ermöglicht die Produk tion des Genprodukts,
das durch die heterologe DNA codiert wird, wenn die DNA in der Pflanzenzelle exprimiert
wird.
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Alternativ
kann ein gewünschtes
Genprodukt in einer Pflanzenzelle durch direktes Transformieren einer
Pflanzenzelle mit dem BIBAC-Vektor (mit heterologer DNA mit Codierung
für das
Genprodukt, die in die singuläre
Restriktionsendonukleaseschnittstelle insertiert ist), beispielsweise
durch biolistische Transformation, produziert werden. Dieses Verfahren
kann auch die heterologe DNA in die Pflanzenzelle einführen, was
die Produktion des Genprodukts, das durch die heterologe DNA codiert
wird, gestattet, wenn die DNA in der Pflanzenzelle exprimiert wird.
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Bei
Berücksichtigung
derartiger Verfahren kann der Vektor zur Klonierung von Pflanzengenen durch
deren Phänotyp
verwendet werden. Beispielsweise wird bestimmt, dass eine bestimmte
Pflanze gegenüber
einem Virus empfindlich ist, und die Existenz eines Gens mit Codierung
für Virusresistenz
angenommen. Eine Genombibliothek wird in dem BIBAC-Vektor erzeugt,
und der Vektor, der das DNA-Segment enthält, das potentiell das Virusresistenzgen
codiert, wird zur Transformation der Pflanze verwendet. Die transformierte
Pflanze wird dann dem Virus ausgesetzt. Das Fehlen phänotypischer
Merkmale, die für
eine Virusinfektion der Pflanze charakteristisch sind, zeigt an,
dass das Virusresistenzgen durch das spezielle heterologe DNA-Insert
in dem BIBAC-Vektor in die Pflanze übertragen wurde. Daher kann
die das Virusresistenzgen codierende Sequenz unter Verwendung des
BIBAC-Vektors zur
Klonierung von Genen durch deren Phänotyp identifiziert werden.
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Die
durchgängig
in dieser Anmeldung verwendete Transformation umfasst eine entweder
transiente oder stabile Transformation. Bei transienter Transformation
wird heterologe DNA in eine Wirtszelle eingeführt, ohne in die DNA der Wirtszelle
eingebaut zu werden (Einbau ist eine stabile Transformation). Im
Falle einer Pflanzentransformation kann DNA transient in die Pflanze
eingeführt
werden oder stabil eingeführt
werden (d. h. in das Pflanzenkerngenom, Chloroplastengenom oder
Mitochondriengenom eingebaut werden). Im Falle einer Agrobacterium-vermittelten
Pflanzentransformation wird heterologe DNA transient in die Pflanzenzelle
eingeführt
oder stabil in das Kerngenom der Pflanze eingeführt (d. h, eingebaut). Die
Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation baut heterologe
DNA nicht stabil in das Chloroplasten- oder Mitochondriengenom ein.
Die hier verwendete Transformation umfasst jede dieser Transformationsarten,
die für
eine spezielle Vektor/Wirt-Kombination verfügbar ist.
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Beispiel 1
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Konstruktion des BIBAC
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Die
Bibliotheksmerkmale des BIBAC basieren auf dem Bacterial Artificial
Chromosome (BAC)-Klonierungssystem gemäß der Beschreibung bei Shizuya
et al (1992). Ferner ist der Vektor ein binärer Vektor des "Standes der Technik" für eine Agrobacterium-vermittelte
Pflanzentransformation (Hoekema et al, 1983).
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Zwei
Hauptkomponentengruppen wurden in das BIBAC eingebaut. Die erste
Gruppe umfasst die Funktionen, die in dessen Bakterienwirten: E.
coli und A. tumefaciens erforderlich sind und Merkmale, die zur
Charakterisierung der Bibliothek dienen. Die zweite Gruppe umfasst
die Merkmale des BIBAC, die die Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation
erleichtern sollen. Eine Karte des BIBAC ist in 1 angegeben.
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Das
Gerüst
des BIBAC besitzt die minimale Region, die zur F-Faktor-Replikation
und Beibehaltung erforderlich sind (O'Conner et al, 1989). Die λ-cosN- und
P1-loxP-Stellen von pBAC108 werden ebenfalls in das BIBAC eingebaut.
Diese Stellen fungieren als singuläre Restriktionsstellen zur
Verankerung von einem Ende des Inserts und Erleichterung der Analyse
von partiellen Verdaus mit Restriktionsendonuklease(n). Die cosN-Stelle
kann mit der Bakteriophage-λ-Terminase (Rackwitz
et al, 1985), die loxP-Stelle durch Bakteriophage-P1-Cre-Protein
in Gegenwart des loxP-Oligonucleotids (Abremski et al, 1983) geschnitten
werden. Restriktionskarten der individuellen Klone können durch
indirekte Endmarkierung und anschließenden partiellen Verdau bestimmt werden
(Rackwitz et al, 1985; Abremski et al, 1983; Kohara et al, 1987).
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Ein
Marker, der eine positive Selektion auf Inserts bereitstellt, wird
in das BIBAC eingebaut. Dieser Marker ist das sacB-Gen von Bacillus
amyloliquifaciens (Tang et al, 1990), das das Protein Levansucrase
codiert. Levansucrase wurde zum ersten Mal als 50-kD-Protein identifiziert,
das von Bacillus subtilis nach einer Induktion durch Saccharose
sezerniert wurde. Das Enzym katalysiert die Transfructorylierung
von Saccharose zu verschiedenen Rezeptoren (Dedonder, 1966). Das
sacB-Strukturgen von B. subtilis wurde durch Gay et al (1983) kloniert.
Anschließend
wurde entdeckt, dass, wenn 5% Saccharose in Agarmedium vorhanden
ist, die Produktion von Levansucrase für E. coli, A. tumefaciens und
Rhizobium meliloti letal ist (Gay et al, 1985).
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Das
sacB-Gen wurde aus dem Bakteriophage-P1-Klonierungsvektor pRd10sacBII
(Pierce et al, 1992) subkloniert. (Die Codierungsregionen der B. amyloliquifaciens-
und B. subtilissacB-Gene zeigen auf Nukleotidebene 90% Identität.) Dieses
Konstrukt besitzt eine BamHI-Klonierungsstellenregion und einen
synthetischen E. coli-Promotor strangaufwärts des sacB-Strukturgens.
Die BamHI-Klonierungsstelle wird von T7- und SP6-RNR-Polymerasepromotoren, die
zur Erzeugung von RNA-Sonden für
Chromosome Walking verwendet werden können, flankiert. Die BamHI-Klonierungsstelle
ist für
das BIBAC singulär. Wenn
ein DNA-Fragment in die BamHI-Stelle insertiert wird, wird das sacB-Gen
inaktiviert und der Stamm ist lebensfähig, wenn er auf 5% Saccharose enthaltendem
Medium gezüchtet
wird. Das sacB-Gen wurde in pBAC108 zur Erzeugung von pCH1 eingeführt. Dieses
Konstrukt wurde in den E. coli-Stamm
DH10B durch Elektroporation eingeführt, und der gebildete Stamm
wurde auf Empfindlichkeit gegenüber
hohem Saccharosegehalt durch Ausplattieren einer Verdünnungsreihe
auf Standard-LB-Medium und auf 5% Saccharose enthaltendem LB getestet.
Auf 5% Saccharose enthaltendem LB ausplattierte Zellen zeigten eine
Plattierungseffizienz von weniger als 10–6 im
Vergleich zu auf Standard-LB-Medium ausplattierten Zellen. Daher
sollte das Ausplattieren einer potentiellen Bibliothek auf 5% Saccharose
primär
Genomklone ergeben.
-
Das
BIBAC besitzt die Replikationsstartpunktregion von dem Ri-Plasmid
von A. rhizogenes, dem Verursacher von Hairy Root Disease. Die Ti-
und Ri-Plasmide gehören
zu unterschiedlichen Inkompatibilitätsgruppen und können stabil
zusammen in einer Zelle gehalten werden (White and Nester, 1980; Constantino
et al, 1980). Dies ist wichtig, da viele zur Pflanzentransformation
verwendete A. tumefaciens-Stämme
ein entschärftes
Ti-Plasmid als das Virulenz-Helferplasmid enthalten. Es wurde gezeigt, dass
die minimale Ri-Startpunktregion, die in das BIBAC eingebaut wird,
zur Plasmidreplikation und stabilen Beibehaltung mit 1–2 Kopien
pro Zelle in A. tumefaciens ausreichend ist (Jouanin et al, 1985). (Die "2" Kopien pro Zelle werden hier umfasst,
um das Vorhandensein der duplizierten DNA während der Zell replikation abzudecken.)
Der minimale Ri-Startpunkt wurde von pLJbB11, das von Jouanin et
al (1985) charakterisiert wurde, subkloniert. Die oriT-Kassette
und der Ri-Startpunkt wurden aneinander angrenzend in pUC19 (Yanisch-Perron
et al, 1985) kloniert, um pCH9 zu erzeugen. Dies erfolgte derart,
dass die zwei Komponenten als einzige Einheit auf den Vektor übertragen
werden konnten.
-
Das
BIBAC besitzt einen Konjugationstransferstartpunkt (oriT), der von
dem Plasmid RK2 mit breitem Wirtsbereich der Inc-P-Gruppe abgeleitet
ist. Wenn alle anderen Transferfunktionen trans durch ein Helferplasmid
bereitgestellt werden, ermöglicht der
oriT den Konjugationstransfer etwaiger kovalent gebundener selbstreplizierender
DNA (Ditta et al, 1980). Der RK2-oriT des BIBAC wird von einer DNA-Kassette
in pNHKan-oriT, konstruiert von Hengen und Iyer (1992), subkloniert.
Das BIBAC kann durch Konjugation auf A. tumefaciens übertragen werden.
Der RK2-oriT wurde zum Bewirken des Konjugationstransfers der Chromosomen
von E. coli und Rhizobium meliloti verwendet (Yakobson und Guiney, 1984).
Daher ist ein Konjugationstransfer von DNA mit hohem Molekulargewicht
von E. coli zu A. tumefaciens möglich.
Alternativ können
BIBAC-Klone in Agrobacterium durch Elektroporation eingeführt werden.
Mozo und Hooykaas (1991) berichteten, dass Plasmide einer Größe von 250
kb in A. tumefaciens durch Elektroporation eingeführt werden
können.
-
Die
Merkmale, die in das BIBAC zur Erleichterung der Verwendung des
Vektors bei einer Pflanzentransformation eingebaut werden, sind:
A. tumefaciens-T-DNA-Ränder
und Pflanzenselektionsmarker. Es bestanden zwei Kriterien für die Wahl
der Ränder
des BIBAC: 1) die Pflanzentransformation möglichst effizient zu machen;
und 2) den Vektor mit entschärften
Ti-Plasmiden von A. tumefaciens, die Virulenzgene des Octopinetyps,
Nopalinetyps oder Supervirulenztyps tra gen, kompatibel zu machen.
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2 erläutert die
Konstruktion des BIBAC. Die rechten und linken Randsequenzen des
BIBAC sind von der TL-DNA des Octopineplasmids pTiA6 abgeleitet.
Die "Overdrive"-Sequenzen des rechten Randes
sind vorhanden (Peralta et al, 1986; van Haaren et al, 1987). Die
Ränder
in dem BIBAC wurden durch Pfu-Polymerase-PCR unter Verwendung von
Primern, die mit Cosmid pVK232 (Knauf und Nester, 1982) hybridisieren,
erzeugt. Das Plasmid pVK232 enthält
die gesamte TL-DNA von TiA6 (de Vos et al, 1981; Barker et al, 1983;
Gielen et al, 1984). Ein synthetischer Polylinker verbindet die Randsequenzen
und er ist so gestaltet, dass er singuläre Klonierungsstellen angrenzend
an die rechten und linken Randsequenzen bereitstellt, um die Einführung von
Pflanzenselektionsmarkern zu erleichtern. Diese werden als MSR (Marker
Site Right) und MSL (Marker Site Left) in 1 bezeichnet.
Die durch PCR erzeugten Ränder
und der Polylinker wurden zunächst
in pUC19 kloniert.
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Infolgedessen
werden die rechten und linken Ränder
und der Polylinker auf einem SalI-Fragment in pCH7 getragen. Dies
erfolgte zu Erleichterung der anschließenden Klonierung dieses Fragments
in die SalI-Stelle von mini-F-pMBO131.
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Das
sacB-Gen wurde in pCH7 durch Transformieren eines pcnB-Stamms von E. coli
und Inkubieren der Transformanten bei 30°C kloniert. Wenn ein Plasmid
des pUC-Typs bei 30°C
vermehrt wird, wird dessen Kopienzahl von 80 auf 20 Kopien pro Zelle
verringert (Lin-Chao et al, 1992). Die pcnB (Plasmid Copy Number)-Mutation
verringert die Kopienzahl von Plasmiden des ColE1-Typs von etwa
20 Kopien pro Zelle auf etwa 1 Kopie pro Zelle (Lopilato et al,
1986). Diese Bedingungen wurden verwendet, um das gewünschte Konstrukt
pCH10 zu erhalten. Wenn das SalI-Fragment von pCH10 in das mini-F zur Herstellung
von pCH13 eingeführt
wurde, wurden positive Klone ohne weiteres durch Screening auf den
sacB-Marker identifiziert. Das oriT/Ri-Startpunkt-Fragment wurde
dann in eine singuläre HpaI-Stelle,
die 35 Nucleotide von dem SalI-Rand des mini-F entfernt ist, zur
Herstellung von pCH16 eingeführt.
Vorversuche zeigten, dass Chloramphenicol kein verwendbarer Marker
für einige
Stämme von
Agrobacterium ist, weshalb eine Kanamycinresistenzgenkasette (Smith
und Crouse, 1989) in die PvuII-Stelle des Chloramphenicolgens des
mini-F kloniert wurde, um das Gerüst des BIBAC fertigzustellen.
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Die Übertragung
der T-DNA wird am rechten Rand initiiert und sie verläuft zum
linken Rand, so dass die Übertragung
des nahe dem linken Rand lokalisierten Pflanzenselektionsmarkers
die Übertragung
der gesamten T-DNA anzeigt. Daher ist es entscheidend, an der MSL
einen Pflanzenselektionsmarker zu haben. Falls gewünscht, kann
ein zweiter Pflanzenselektionsmarker an der MSR eingeführt werden.
Für einige
Anwendungen kann es günstig sein,
ein Ds-Element an der MSR einzuführen.
Das GUS-NPTII-Konstrukt (Datla et al, 1991) ist ein bifunktionales
Fusionspeptid zwischen E. coli-β-Glucuronidase
(GUS) und Neomycinphosphotransferase II (NPTII). Wenn dieses Konstrukt
in der Pflanze exprimiert wird, ist die transformierte Pflanze gegenüber Neomycin
resistent und sie kann auf die Expression des GUS-Gens getestet
werden (Jefferson et al, 1987). Dieses GUS-NPTII-Konstrukt wird auf einem EcoRI-HindIII-Fragment
getragen. Das Fragment wurde mit Klenow behandelt und in die Srf-I-Stelle an der MSL-Stelle
ligiert, um BIBAC1 zu erzeugen.
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Mehrere
BIBACs, die andere Pflanzenselektionsmarker tragen, wurden erzeugt.
BIBAC2 trägt das
BAR-GUS-Konstrukt an der MSL. Das BAR-GUS-Konstrukt (Fromm et al,
1990) ist ein bifunktionales Fusionspeptid zwischen dem Gen für Phosphino thricin-Acetyltransferase
(BAR), das Resistenz gegenüber
dem Herbizid Phosphinothricin verleiht, und dem GUS-Gen. Die GUS-NPTII-
und BAR-GUS-Konstrukte werden von einem starken doppelten CaMV-35S-Promotor
(Kay et al, 1987) und Terminationssequenzen, die von dem Nopalinsynthasegen
stammen, angetrieben. Zusätzlich
ist in dem GUS-NPTII-Konstrukt ein AMV (Alfalfa Mosaic Virus)-Enhancer
vorhanden.
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Wenn
zwei Pflanzenselektionsmarker in einem BIBAC-Vektor gewünscht sind,
sollten die Promotoren und Transkriptionsterminationssequenzen der
zwei Konstrukte nicht-homolog sein. Dies dient zur Verhinderung
einer Sequenzredundanz in dem Vektor, die dessen Stabilität verringern
könnte.
Diese Warnung sollte auch für
den Fall beachtet werden, dass der Einbau eines anderen Pflanzenselektionsmarkers
gewünscht
wird. Ferner sollte jedes Paar von Pflanzenselektionsmarkern in
dem BIBAC so ausgerichtet werden, dass sie nicht konvergent transkribiert
werden, da diese Konfiguration die Transgenexpression beeinträchtigen
kann (Jones et al, 1992). In dem BAC, in dem die Marker durch 200
kb von Pflanzengenom-DNA getrennt sein können, ist es wahrscheinlich
kein Problem. Jedoch könnten Kontrollexperimente,
die den Vektor allein verwenden, beeinträchtigt werden.
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BIBAC3
trägt das
HYG-Konstrukt an der MSL zusätzlich
zu dem GUS-NPTII-Konstrukt an der MSR. Das Hygromycin-Phosphotransferase (HYG)-Konstrukt
ergibt Resistenz gegenüber
Hygromycin (Becker et al, 1992). Das HYG-Konstrukt besitzt einen
Nopalinsynthasepromotor und Terminatorsequenzen von pAg7. Jeder
andere Pflanzenselektionsmarker kann ohne weiteres an einer der
singulären
Polylinkerstellen eingeführt
werden. Natürlich darf
der Pflanzenselektionsmarker keine BamHI-Stelle aufweisen, so dass
die Bibliothek-Klonierungsstelle immer noch singulär ist.
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Beispiel 2
-
Testen des
BIBAC-Vektors
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BIBAC1
wurde für
erste Tests verwendet. Eine physikalische Karte von BIBAC1 wurde
erstellt, und der Vektor allein (ohne irgendein DNA-Insert) funktioniert
wie erwartet. Er repliziert in E. coli und A. tumefaciens und kann
dessen T-DNA auf
Tabak übertragen.
Heterologe DNA von Tomate und Hefe wurde in die BamHI-Stelle des
BIBAC-Vektors insertiert. Jeder gebildete Klon (der den Vektor und
die heterologe DNA umfasst) wurde dann in den Escherichia coli-Stamm
DH10B durch Elektroporation eingeführt. Der E. coli-Stamm DH10B
wurde in weitem Umfang zur Konstruktion von Genombibliotheken verwendet,
und die Stabilität
sollte für
die Mehrheit der BIBAC-Klone kein Problem sein. Der DH10B-Stamm
enthält
recA1, das die Stabilität
der Inserts erhöht,
sowie mcrA, mcrB, mcrC und mrr, die in Kombination die Restriktion
von DNA, die methylierte Cytosin- und Adeninreste enthält, verhindern. Das
heißt,
es sollte kein Problem sein, selbst stark methylierte Pflanzengenom-DNA
unter Verwendung dieses Stamms zu klonieren.
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Ein
Triparental Mating wurde dann mit den gebildeten Escherichia coli,
ein Helferplasmid pRK2073 (das Resistenz gegenüber Spectinomycin trägt (Leong
et al, 1982)) enthaltenden Escherichia coli und Agrobacterium tumefaciens
durchgeführt. Nach
der Übertragung
des Vektors auf Agrobacterium tumefaciens wurden Tabakpflanzen unter
Verwendung des im folgenden Beispiel 3 beschriebenen Verfahrens
transformiert.
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Transgene
Pflanzen wurden mit BIBAC1 in den Agrobacterium-Stämmen
EHA105 (Hood et al, 1993), der ein entschärftes Ti-Plasmid des supervirulenten Typs trägt, LBA4404
(Ooms et al, 1982), der ein entschärftes Ti-Plasmid des Octopinetyps trägt, GV3101
(Koncz und Schell, 1986), der pMP90, ein entschärftes Ti-Plasmid des Nopalintyps,
trägt,
und einem recA–-Stamm von A. tumefaciens,
UIA143 (Farrand et al, 1989), der mit pMP90 transformiert war, erhalten.
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Von
den ersten neun transgenen Pflanzen mit BIBAC1, die mittels PCR
auf das Vorhandensein eines für
die BIBAC1-T-DNA
singulären
Fragments durchmustert wurden, wurden alle neun positiv getestet.
Das PCR-Verfahren kann auch A. tumefaciens-Bakterien erfassen, die
mit dem Blattgewebe verbunden geblieben sind, sowie stabil transformierte
DNA erfassen. Zur Bestätigung
der PCR-Ergebnisse wird die genomische DNA von diesen Pflanzen einer
Southern-Analyse unter Verwendung der BIBAC1-T-DNA als Sonde unterzogen.
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Beispiel 3
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Transformation
von Tabakpflanzen
-
Agrobacterium-Stämme wurden
in Pflanzen durch Agrobacterium-vermittelte Transformation von Tabakblattstreifen
eingeführt.
Transformierte Pflanzen wurden durch Selektion auf Kanamycinresistenz identifiziert.
Vermutete transgene Pflanzen wurden mittels PCR durchmustert (Saiki,
1988).
-
Das
zur Agrobacterium-vermittelten Transformation verwendete Verfahren
ist die folgende Modifikation von Horsch et al (1985).
-
Agrobacterium-vermittelte
Blattexplantattransformation Tag 1
-
Von
jungen gesunden Pflanzen (beispielsweise Nicotiana tabacum (Tabak)
Petit Havana) werden junge Blätter
gesammelt. Eine gute grobe Abschätzung
der passenden Menge ist das Gewinnen einer ausreichenden Blattoberfläche, um
den Boden von 1 bis 2 Petrischalen von Standardgröße zu bedecken.
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Zu
einem Tiegel, der etwa 400 ml steriles destilliertes Wasser enthält, werden
40 ml Bleichmittel und 4 ml 5%iger SDS gegeben, wobei etwa 0,05%ige SDS
erhalten wird. Ein Rührstäbchen und
alle Blätter werden
in den Tiegel gegeben. Der Tiegel wird mit einem Deckel bedeckt.
Es wird 20 Minuten gerührt,
wobei die Geschwindigkeit so eingestellt wird, dass die Blätter nicht
beschädigt
werden.
-
In
einem Abzug mit steriler Luft werden die Blätter gespült, indem sie in einen Tiegel,
der 400 ml steriles destilliertes Wasser enthält, übertragen werden. Zur Übertragung
der Blätter
werden sterile Pinzetten verwendet. Die Blätter werden durch leichtes Schütteln des
Tiegels verwirbelt. Nach 5 min werden sie in einen zweiten Tiegel
mit sterilem destilliertem Wasser übertragen. Nach 5 min werden
sie in einen dritten Tiegel übertragen.
Die Blätter
können
in dieser letzten Spüllösung verbleiben,
bis sie in dem Abzug mit steriler Luft bearbeitet werden. Der Tiegel
bleibt mit einem Deckel verschlossen.
-
Das
folgende erfolgt in dem Abzug mit steriler Luft. Zur Herstellung
von Streifen werden die Blätter
in eine sterile Petrischale übertragen,
wobei sie in der Schale mit der Oberseite nach unten platziert werden
(d. h. die untere Epidermis oben). Während es an der Mittelrippe
mit sterilen Pinzetten gehalten wird, wird jedes Blatt unter Verwendung
eines sterilen Skalpells senkrecht zur Mittelrippe in zahlreiche
dünne Streifen
zerschnitten. Die Streifen sollten eine Breite von etwa 5 mm aufweisen.
-
Alternativ
können
aus oberflächensterilisierten
Samen unter sterilen Bedingungen gezüchtete Pflanzen direkt verwendet werden.
-
Fünf Streifen
werden mit der richtigen Seite nach oben auf jede von zwei Regenerationsplatten gesetzt.
Dies sind Kontrollen zur Überprüfung, ob sich
nicht-beimpfte Blätter
auf dem Medium ohne Antibiotika regenerieren. Es ist anzumerken,
dass 100 × 20
mm-Platten bei Explantaten verwendet werden, um Raum für Pflanzenwachstum
zu lassen. 100 × 26 mm-Platten
können
ebenfalls verwendet werden. (Standardbakterienplatten sind 100 × 15 mm).
-
Drei
Regenerationsplatten werden zur Verwendung zur Vorkultur von Explantaten
hergenommen. Etwa 15 Streifen werden mit der Oberseite nach unten
auf jede Platte gesetzt. Es wird mehr als das notwendige Material
vorkultiviert, da einiges davon kontaminiert oder geschädigt werden
kann.
-
Anmerkung:
Es spielt keine wirkliche Rolle, ob das Blattmaterial mit der Oberseite
nach unten oder mit der richtigen Seite nach oben vorkultiviert wird.
Das Protokoll gibt speziell die Oberseite nach unten an, da die
Unterseite üblicherweise
für eine Schädigung anfälliger ist.
Nach der Vorkultur, wenn der Zeitpunkt der Impfung ansteht, sind
Blattstreifen oder -scheiben mit geschädigter unterer Epidermis leicht
zu beobachten. Diese Blattexplantate werden verworfen.
-
Die
wie oben vorbereiteten Explantatplatten werden mit Parafilm verschlossen
und in einen beleuchteten Inkubator mit 25–28°C gegeben (einige Forscher führen die
Vorkultur im Dunkeln durch).
-
Nächster Tag (Tag 2)
-
Eine
einfachmarkierte LB-kan-Platte, die elektroporiertes Agrobacterium
enthält,
wird verwendet. Ausgehend von zwei einzelnen Kolonien wird eine
5-ml-Übernachtkultur
in LB-Medium, das
50 μg/ml
Kanamycin enthält,
gestartet. Wiederholung zur Herstellung eines zweiten Röhrchens.
Inkubation mit Schütteln
bei 30°C.
-
Nächster Tag (Tag 3)
-
Fünf Blattstreifen
werden mit der richtigen Seite nach oben auf jede der zwei Platten
mit Regenerationsmedium, das Carbenicillin plus Kanamycin oder Timentin
plus Kanamycin enthält,
gegeben. Kontrollen sind vorhanden, um zu testen, ob etwaiges nicht-geimpftes
Gewebe auf selektivem Medium wachsen und/oder Sprosse bilden kann.
-
Die
Blattexplantate von einigen Arten produzieren mehr Sprosse, wenn
sie mit der richtigen Seite nach oben platziert werden; daher die
Vorschriften, die Streifen auf den Regenerationsplatten mit der richtigen
Seite nach oben zu platzieren.
-
Um
die Schalen wird Parafilm gegeben.
-
Die Übernachtkultur
von Agrobacterium wird 1 : 10 durch Mischen von 2 ml mit 18 ml MSO-Medium
verdünnt.
Die Verdünnung
wird in eine sterile Petrischale gegossen.
-
Blattstreifen,
die offensichtlich geschädigt sind
oder nicht gequollen sind, werden von den Vorkulturschalen verworfen.
Die gesunden Streifen werden in die verdünnte Bakterienkultur gesetzt
und die Schale wird nicht mehr als 5 s leicht gedreht, so dass die
Schnittkanten feucht werden.
-
Warnung:
Das Blattgewebe darf in der Kultur nicht länger verbleiben, als notwendig
ist, um alle Wundränder
mit dem Inoculum zu befeuchten. Die Sättigung des Gewebes mit Bakterien
kann zu einer unheilbaren Infektion führen.
-
Das
Gewebe wird aus der Bakterienkultur entfernt und auf ein steriles
Whatman Nr. 1-Filterpapier gegeben, um einen Teil der überschüssigen Bakterienkultur
abzutupfen. Dann werden zehn Streifen mit der Oberseite nach unten
auf zwei Regenerationsplatten (ohne Antibiotika) gegeben.
-
Um
die Schalen wird Parafilm gegeben und die Schalen werden mit der
Deckelseite nach oben inkubiert.
-
(Einige
Labors finden es hilfreich, eine Ammenzellkultur zu verwenden, insbesondere
bei Pflanzenarten, die schwierig zu regenerieren sind. Sie setzen
1 bis 1,5 ml einer rasch wachsenden flüssigen Pflanzensuspensionskultur
einer Regenerationsplatte zu und bedecken diese vollständig mit
einem sterilen Whatman Nr. 1-Filterpapier. Das Filterpapier verhindert
eine Kontamination der Explantate mit den Zellen. Dann setzen sie
Blattstreifen oben auf das Filterpapier. Tabaksuspensionskulturzellen
werden häufig
verwendet, da diese Zellen in einem Medium gezüchtet werden, das kein 2,4-D
enthält.
2,4-D hemmt die Pflanzenregeneration, wenn es in der Ammenkultur
verwendet wird.)
-
Drei Tage später
-
Die
Blattstreifen und/oder -scheiben werden auf Regenerationsplatten,
die 500 μg/ml
Carbenicillin oder 100 μg/ml
Tementin zum Abtöten
der Bakterien und 300 μg/ml
Kanamycin zur Selektion auf transformierte Zellen, die Kanamycinresistenz
exprimieren, enthalten, übertragen.
Das Blattgewebe wird mit der richtigen Seite nach oben auf das Medium
gesetzt.
-
Noch
später
...
-
Sprosse
beginnen sich auf dem Blattgewebe nach 2 bis 3 Wochen in einer beleuchteten
Zuchtkammer bei 25–28°C zu bil den.
Nach 2 Wochen werden die Explantate auf frische Regenerationsplatten mit
Carbenicillin (oder Tementin) und Kanamycin übertragen.
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Die
Platten werden weiterhin häufig überprüft. Wenn
sich Callusauswüchse
bilden, werden diese (ohne das Blattgewebe) auf frische Regenerationsplatten
mit Carbenicillin und Kanamycin übertragen.
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Nach
etwa 1 bis 2 Wochen bilden sich Sprosse auf dem Callus. Wenn die
Sprosse so groß genug sind,
dass sie von dem Callus abgeschnitten werden können, wird dies getan und die
Sprosse werden auf Bewurzelungsmedium mit Carbenicillin plus Kanamycin
oder Tementin plus Kanamycin übertragen.
Es ist wichtig, eine Calluskontamination der Sprosse zu vermeiden,
da der Callus wahrscheinlich noch etwas Agrobacterium enthält. Eine
Verringerung oder das Weglassen von Kanamycin dient manchmal der
Beschleunigung des Bewurzelungsprozesses.
-
Die
Schalen werden weiterhin beobachtet. Wenn ein Wachstum von Agrobacterium
beobachtet wird, werden die Sprosse sofort auf frisches Bewurzelungsmedium
mit Carbenicillin oder Tementin plus Kanamycin übertragen. Wenn das Agrobacterium-Wachstum auf eine
kleine Zahl von Sprossen beschränkt
ist, werden nur die ohne ein sichtbares Herauswachsen von Agrobacterium
auf neues Medium übertragen
und die alte Schale verworfen.
-
Nach
der Bildung von Wurzeln werden die kleinen Pflanzen in Magenta-Boxen,
die Bewurzelungsmedium ohne Antibiotika enthalten, übertragen.
-
Wenn
Pflanzen 4 bis 5 Blätter
und Wurzeln einer Länge
von 3 bis 4 cm besitzen, können
sie in Erdreich getopft werden.
-
Beim
Austopfen wird das Agar von den Wurzeln entfernt. Jede neu ausgetopfte
Pflanze wird in einen Kunststoffbeutel gehüllt, der oben mit einer Fadenschleife
verschlossen wird. Der Beutel wird allmählich (über einen Zeitraum von etwa
2 Wochen) geöffnet
oder aufgeschnitten, um eine immer größere Öffnung herzustellen. Dann wird
der Beutel entfernt.
-
LISTE ANGEFÜHRTER LITERATURSTELLEN
-
- Abremski, K. et al. (1983). Studies of the properties of P1
site-specific recombination: evidence for topolgically unlinked
products following recombination. Cell 32, 1310–1311.
- Anderson, C. (1993). Genome shortcut leads to problems. Science
259, 1684–1687.
- Barker, R. F. et al. (1983). Nucleotide sequence of the T-DNA
region from the Agrobacterium tumefaciens octopine Ti plasmid pTil5955.
Plant Mol. Biol. 2, 335–350.
- Becker, D. et al. (1992). New plant binary vectors with selectable
markers located proximal to the left T-DNA border. Plant Mol. Biol.
20. 1195–1197.
- Bennett, M. D. and Smith, J. B. (1976). Nuclear DNA amounts
in angiosperms. Phil. Trans. Roy. Soc. Lond. 274, 224–274.
- Bent, A. F. et al. (1994). RPS2 of Arabidopsis thaliana: A leucine-rich
repeat class of plant disease resistance gene. Science 265, 1856–1860.
- Burke, D. et al. (1987). Cloning of large segments of exogenous
DNA into yeast by means of artificial chromosome vectors. Science
236, 806–812.
- Constantino, P. et al. (1980). Tumor formation and rhizogenicity
of Agrabacterium rhizogenes carrying Ti plasmids. Gene 31, 79–87.
- Datla, R. S. S. et al. (1991). A bifunctional fusion between β-glucuronidase
and neomycin phosphotransferase: a broad-spectrum marker enzyme
for plants. Gene 101, 239–246.
- Dedonder, R. (1966). Levansucrase from Bacillus subtilis. Meth.
Enzymol. 8, 500–505.
- de Vos, G. et al. (1981). Restriction endonuclease mapping of
the octopine tumor inducing plasmid pTiAch5 of Agrobacterium tumefaciens.
Plasmid 6, 249–253.
- Ditta, G. et al. (1980). Broad host range DNA cloning system
for gram-negative bacteria: Construction of a gene bank of Rhizobium
meliloti. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 77, 7347–7351.
- Farrand, S. K. et al. (1989). Construction of an Agrobacterium
tumefaciens C58 recA mutant. J. Bact. 171, 5314–5321.
- Fromm, M. E. et al. (1990). Inheritance and expression of chimeric
genes in the progeny of transgenic maize plants. Bio/Tech. 8, 833–839.
- Gay, P. et al. (1983). Cloning structural gene sacB, which codes
for exoenzyme levansucrase of Bacillus subtilis: Expression of the
gene in Escherichia coli. J. Bact. 153, 1424–1431.
- Gay, P. et al. (1985). Positive selection procedure for entrapment
of insertion sequence elements in gram-negative bacteria. J. Bact.
164, 918–921.
- Gielen, J. et al. (1984). The complete nucleotide sequence of
the TL-DNA of the Agrobacterium tumefaciens plasmid pTiAch5. EMBO
J. 3, 835–846.
- Hengen, P. N., und Iyer, V. N. (1992). DNA cassettes containing
the origin of transfer (oriT) of two broad-host-range transfer systems.
BioTech. 13, 56–62.
- Hiei, Y. et al. (1994). Efficient transformation of rice (Oryza
sativa L.) mediated by Agrobacterium and sequence analysis of the
boundaries of the T-DNA. Plant J. 6, 271–282.
- Hoekema, A. et al. (1983). A binary plant vector strategy based
on separation of vir- and T-region of the Agrobacterium tumefaciens
Ti-plasmid. Nature 303, 179–180.
- Hood, E. E. et al. (1993). New Agrobacterium helper plasmids
for gene transfer to plants. Transgenic Research 2, 208–218.
- Horsch, R. B. et al. (1985). A simple and general method for
transferring genes into plants. Science 227, 1229–1231.
- Jefferson, R. A, et al. (1987). GUS fusions: β-glucuronidase
as a sensitive and versatile gene fusion marker in higher plants.
EMBO J. 6, 3901–3907.
- Jones, J. D. G. et al. (1992). Effective vectors for transformation,
expression of heterologous genes, and assaying transposon excision
in transgenic plants. Transgenic Research 1, 285–297.
- Jones, D. A. et al. (1994). Isolation of the tomato Cf-9 gene for resistance
to Cladisporium fulvum by transposon tagging. Science 266, 789–794.
- Jouanin, L. et al. (1985). Localization and restriction maps
of the replication origin regions of the plasmids of Agrobacterium
rhizogenes strain A4. Mol. Gen. Genet. 201, 370–374.
- Kado, C. Y. (1991). Molecular mechanisms of crown gall tumorigenesis.
Critical Reviews in Plant Sciences 10, 1–32.
- Kay, R. et al. (1987). Duplication of CaMV 35S promoter sequences
creates a strong enhancer for plant genes. Science 236, 1299–1302.
- Knauf, V. C. and Nester, E. W. (1982). Wide host range cloning
vectors: a cosmid clone bank of an Agrobacterium Ti plasmid. Plasmid
8, 45–54.
- Kohara, Y. et al. (1987). The physical map of the whole E. coli
chromosome: application of a new strategy for rapid analysis and
sorting of a large genomic library. Cell 50, 495–548.
- Koncz, C. und Schell, J. (1986). The promoter of TL-DNA gene
5 controls the tissue-specific expression of chimaeric genes carried
by a novel type of Agrobacterium binary vector. Mol. Gen. Genet.
204, 383–396.
- Leong, S. A. et al (1982). Heme biosynthesis in Rhizobium. Identification
of a cloned gene coding for S-aminolevulinic acid synthetase from
Rhizobium meliloti. J. Biol. Chem. 257, 8724–8730.
- Lin-Chao, S. et al. (1992). High copy number of the pUC plasmid
results from a Rom/Rop-suppressible point mutation in RNAII. Molec.
Microbiol. 6, 3385–3393.
- Lopilato, J. et al. (1986). Mutations in a new chromosomal gene
of Escherichia coli K-12,pcnB, reduce plasmid copy number of pBR322
and its derivatives. Mol Gen. Genet. 205, 285–290.
- Low, K. B. (1972). Escherichia coli K-12 F-prime factors old
and new. Bacteriol. Rev. 36, 587–607.
- Ma, H. et al. (1992). Vectors for plant transformation and cosmid
libraries. Gene 117, 161–167.
- Martin, G. B. et al. (1991). Rapid identification of markers
linked to a pseudomonas resistance gene in tomato by using random
primers and near-isogenic lines-Proc.
Natl. Acad. Sci. USA. 88, 2336–2340.
- Martin, G. B. et al. (1992). Construction of a yeast artificial
chromosome library of tomato and identification of cloned segments
linked to two disease resistance loci. Mol. Gen. Genet. 233, 25–32.
- Martin, G. B. et al. (1993). Map-based cloning of a protein
kinase gene conferring disease resistance in tomato. Science 262,
1432–1436.
- Michelmore, R. W. et al. (1991). Identification of markers linked
to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: A rapid
method to detect markers in specific genomic regions by using segregating
populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88, 9828–9832.
- Miranda, A. et al. (1992). Agrobacterium tumefaciens transfers
extremely long T-DNAs by a unidirectional mechanism. J. Bact. 174,
2288–2297.
- Mozo, T., and Hooykaas, P. J. J. (1991). Electroporation of
megaplasmid into Agrobacterium Plant Mol. Biol. 16, 917–918.
- O'Conner, M.
et al. (1989). Construction of large DNA segments in Escherichia
coli. Science 244, 1307–1312.
- Ooms, G. et al. (1982). Octopine Ti-plasmid deletion mutants
of Agrobacterium tumefaciens with emphasis on the right side of.
the T-region. Plasmid 7, 15–29.
- Peralta, E. G. und Ream, L. W. (1985). T-DNA border sequence
required for crown gall tumorigenesis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA.
82, 5112–5116.
- Peralta, E. G. et al. (1986). Overdrive, a T-DNA transmission
enhancer on the A. tumefaciens tumor-inducing plasmid. EMBO J. 5,
1137–1142.
- Pierce, J. C. et al. (1992). A positive selection vector for
cloning high molecular weight DNA by the bacteriophage P1 system:
Improved cloning efficacy. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89, 2056–2060.
- Rackwitz, H. R. et al. (1985). Analysis of cosmids using linearization
by phage lambda terminase. Gene 40, 259–266.
- Saiki, R. K. (1988). Optimization of the polymerase chain reaction.
In: Current Communications in Molecular Biology: Polymerase Chain
Reaction, H. A. Erlich et al. Hrsg. (New York: Cold Spring Harbor
Laboratory Press), S. 25–30.
- Shizuya, H. et al. (1992). Cloning and stable maintenance of
300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using
an F-factor-based vector. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89, 8794–8797.
- Smith, M. L., and Crouse, G. F. (1989). Construction of linker-scanning
mutations using a kanamycin-resistance cassette with multiple symmetric
restriction sites. Gene 84, 159–164.
- Southern, E. M. (1975). Detection of specific sequences among
DNA fragments separated by gel electrophoresis. J. Mol. Biol. 98,
503–517.
- Tang, L. B. et al. (1990). Isolation and characterization of
levansucrase-encoding gene from Bacillus amyloliquefaciens. Gene
96, 89–93.
- van Haaren, M. J. J. et al. (1987). Overdrive is a T-region
transfer enhancer which stimulates T-strand production in A. tumefaciens.
Nucleic Acids Res. 15, 8983–8997.
- van Wordragen, M. F. und Dons, H. J. M. (1992). Agrobacterium
tumefaciens-mediated transformation of recalcitrant crops. Plant
Mol. Biol. Rep. 10, 1236.
- Wang, G. und Ronald, P. C. (1994) Construction of a bacterial
artificial chromosome (BAC) library for physical mapping and cloning
of a bacterial blight resistance gene Xa-21. Abstract P214 von "Second International
Conference on the Plank Genome",
San Diego, California, Januar 1994.
- White, F. F. und Nester, E. W. (1980). Relationship of plasmids
responsible for hairy root and crown gall tumorigenicity. J. Bact.
144, 710–720.
- Whitham, S. et al. (1994). The product of the tobacco mosaic
virus resistance gene N: Similarity to toll and the interleukin-1
receptor. Cell. 78, 1101–1115.
- Williams, J. G. K. et al. (1990). DNA polymorphisms amplified
by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids
Res. 18, 6531–6535.
- Woo, S.–S.
et al. Construction and characterization of a bacterial artificial
chromosome library for Sorghum bicolor. Abstract P223 von "Second International Conference
on the Plant Genome",
San Diego, California, Januar 1994.
- Yakobson, E. A. and Guiney, D. G. J. (1984). Conjugal transfer
of bacterial chromosomes mediated by the RK2 plasmid transfer origin
cloned into transposon Tn5. J. Bact. 160, 451–453.
- Zabeau, M. und Vos, P. (1992): Selective restriction fragment
amplification: a general method for DNA fingerprinting. (Übertragen
an Keygene N. V.) europäische
Patentanmeldung Nr. EP 91402542 ,
veröffentlicht
24, September 1991, niederländisches
Patent Nr. 0 534 858 A1, erteilt 31. März 1993.
- Zambryski, P. (1988). Basic processes underlying Agrobacterium-mediated
DNA transfer to plant cells. Ann. Rev. Genet. 22, 1–30.