DE4327165A1 - Debranching-Enzyme und deren kodierende DNA-Sequenzen, geeignet zur Veränderung des Verzweigungsgrades von Amylopektin - Stärke in Pflanzen - Google Patents
Debranching-Enzyme und deren kodierende DNA-Sequenzen, geeignet zur Veränderung des Verzweigungsgrades von Amylopektin - Stärke in PflanzenInfo
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- C12N9/2451—Glucanases acting on alpha-1,6-glucosidic bonds
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft DNA-Sequenzen, die auf dem kodogenen Strang
pflanzliche Debranching-Enzyme kodieren, deren in transgenen Pflanzen
gebildeten Transkripte neue Proteine mit der enzymatischen Aktivität von
Debranching-Enzymen kodieren, die in transgenen Pflanzen den
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke reduzieren und DNA-Sequenzen, die
auf dem kodogenen Strang pflanzliche Debranching-Enzyme kodieren, deren in
transgenen Pflanzen gebildeten Transkripte die Synthese von Proteinen mit der
enzymatischen Aktivität von Debranching-Enzymen verhindern, was in den
transgenen Pflanzen den Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke steigert, sowie
Plasmide, auf denen diese DNA-Sequenzen lokalisiert sind, die in Pflanzenzellen
und Pflanzen eingebracht werden können.
Die Erfindung betrifft desweiteren ein Verfahren zur Herstellung von gentechnisch
veränderten Pflanzen, deren Amylopektin-Stärke modifiziert ist, und die aus diesen
Pflanzen erhaltbare modifizierte Stärke.
Polysaccharide wie Stärke sind neben Ölen, Fetten und Proteinen die wesentlichen
nachwachsenden Rohstoffe aus Pflanzen.
Ein entscheidender Faktor, der der Verwendung von nachwachsenden Rohstoffen
im Wege steht, ist der Mangel an Stoffen, die in Form, Struktur oder sonstigen
physikalisch-chemischen Parametern den Erfordernissen der chemischen Industrie
genau entsprechen. Um eine Anwendung von nachwachsenden Rohstoffen in
möglichst vielen Einsatzgebieten zu ermöglichen, ist es insbesondere wichtig, eine
große Stoffvielfalt zu erreichen. Bezogen auf Polysaccharide bedeutet dies, daß
beispielsweise möglichst viele unterschiedliche Stärkeformen bereitgestellt werden
müssen. Hierbei ist sowohl an stark verzweigte Formen zu denken, die in ihren
chemischen Eigenschaften durch eine hohe Oberflächenreaktivität gekennzeichnet
sind, wie auch an gering verzweigte Typen, die sich durch eine hohe Einheitlichkeit
im Aufbau auszeichnen. Einheitlichkeit im Aufbau ist eine wichtige Voraussetzung für
hocheffiziente Reaktionsführung bei chemischen Synthesen.
SEQ ID NO: 1
ART DER SEQUENZ: Aminosäuresequenz
SEQUENZLÄNGE: 21 Aminosäuren
TOPOLOGIE: linear
ART DES MOLEKÜLS: Peptid
URSPRÜNGLICHE HERKUNFT
ORGANISMUS: Solanum tuberosum
EIGENSCHAFTEN: Debranching-Enzym
SEQ ID NO: 1
SEQUENCE TYPE: amino acid
SEQUENCE LENGH: 21 amino acids
TOPOLOGY: linear
MOLECULE TYPE: peptide
ORIGINAL SOURCE
ORGANISM: Solanum tuberosum
PROPERTIES: debranching enzyme
ART DER SEQUENZ: Aminosäuresequenz
SEQUENZLÄNGE: 21 Aminosäuren
TOPOLOGIE: linear
ART DES MOLEKÜLS: Peptid
URSPRÜNGLICHE HERKUNFT
ORGANISMUS: Solanum tuberosum
EIGENSCHAFTEN: Debranching-Enzym
SEQ ID NO: 1
SEQUENCE TYPE: amino acid
SEQUENCE LENGH: 21 amino acids
TOPOLOGY: linear
MOLECULE TYPE: peptide
ORIGINAL SOURCE
ORGANISM: Solanum tuberosum
PROPERTIES: debranching enzyme
SEQ ID NO: 2
ART DER SEQUENZ: Aminosäure
SEQUENZLÄNGE: 20 Aminosäuren
TOPOLOGIE: linear
ART DES MOLEKÜLS: Peptid
URSPRÜNGLICHE HERKUNFT
ORGANISMUS: Solanum tuberosum
EIGENSCHAFTEN: Debranching-Enzym
SEQ ID NO: 2
SEQUENCE TYPE: amino acid
SEQUENOE LENGH: 20 amino acids
TOPOLOGY: linear
MOLECULE TYPE: peptide
ORIGINAL SOURCE
ORGANISM: Solanum tuberosum
PROPERTIES: debranching enzyme
ART DER SEQUENZ: Aminosäure
SEQUENZLÄNGE: 20 Aminosäuren
TOPOLOGIE: linear
ART DES MOLEKÜLS: Peptid
URSPRÜNGLICHE HERKUNFT
ORGANISMUS: Solanum tuberosum
EIGENSCHAFTEN: Debranching-Enzym
SEQ ID NO: 2
SEQUENCE TYPE: amino acid
SEQUENOE LENGH: 20 amino acids
TOPOLOGY: linear
MOLECULE TYPE: peptide
ORIGINAL SOURCE
ORGANISM: Solanum tuberosum
PROPERTIES: debranching enzyme
Obwohl die Stärke ein Polymer aus chemisch einheitlichen Grundbausteinen, den
Glukosemolekülen, darstellt, ist sie ein komplexes Gemisch aus sehr
unterschiedlichen Molekülformen, die sich hinsichtlich ihres Polymerisationsgrades
und des Auftretens von Verzweigungen der Glukoseketten unterscheiden. Stärke
stellt daher keinen einheitlichen Rohstoff dar. Insbesondere unterscheidet man die
Amylose-Stärke, ein im wesentlichen unverzweigtes Polymer aus α-1,4 glykosidisch
verknüpften Glukosemolekülen, von der Amylopektin-Stärke, die ihrerseits ein
komplexes Gemisch aus unterschiedlich verzweigten Glukoseketten darstellt. Die
Verzweigungen kommen durch das Auftreten von zusätzlichen α-1,6 glykosidischen
Verknüpfungen zustande.
In typischen Pflanzen für die Stärkeproduktion, wie zum Beispiel Mais oder Kartoffel,
kommen die beiden Stärkeformen in einem Verhältnis von etwa 25 Teilen Amylose
zu 75 Teilen Amylopektin vor.
Im Hinblick auf die Einheitlichkeit eines Grundstoffes wie Stärke für seine
Anwendung im industriellen Bereich werden Pflanzen benötigt, die beispielsweise
nur noch die Komponente Amylopektin enthalten oder Pflanzen, die nur noch die
Komponente Amylose enthalten. Im Hinblick auf die Vielseitigkeit des Rohstoffs
Stärke werden Pflanzen benötigt, die unterschiedlich stark verzweigte Amylopektin-
Formen bilden. Es besteht daher ein großes Interesse an Enzymen des
Stärkestoffwechsels, die den Verzweigungsgrad der Stärkemoleküle modifizieren
können, bzw. an Gensequenzen, die zur genetischen Veränderung von Pflanzen
genutzt werden können, um in Pflanzen unterschiedliche Stärkeformen
synthetisieren zu können.
Es ist bereits bekannt, daß für bestimmte Pflanzenspezies, beispielsweise den Mais,
durch Mutagenese, bei der einzelne Gene der Pflanze inaktiviert werden, Sorten
erzeugt werden können, die nur noch Amylopektin enthalten. Für Kartoffel wurde
durch chemische Mutagenese bei einer haploiden Linie ebenfalls ein Genotyp
erzeugt, der keine Amylose bildet (Hovenkamp-Hermelink et al., 1987, Theor Appl
Genet 75 : 217-221). Haploide Linien, bzw. die daraus entwickelten homozygoten
diploiden oder tetraploiden, sind landwirtschaftlich aber nicht einsetzbar. Für die
landwirtschaftlich interessanten heterozygot tetraploiden Linien ist die Mutagenese-
Technik nicht anwendbar, da wegen des Vorliegens von vier verschiedenen
Erbgutkopien eine Inaktivierung aller Kopien eines Gens technisch nicht möglich ist.
Aus Visser et al. (1991, Mol Gen Genet 225 : 289) ist bekannt, daß durch antisense-
Inhibition des Gens für die Stärkekorn-gebundene-Stärkesynthase in Kartoffelsorten
erzeugt werden können, die weitgehend reine Amylopektinstärke bilden.
Aus der WO 92/14827 ist ein Verzweigungsenzym der Kartoffel bekannt. Dieses
Enzym wird als Q-Enzym von Solanum tuberosum bezeichnet. Weiterhin ist bekannt,
daß mit Hilfe von DNA-Sequenzen, die die Information für das in der WO 92/14827
beschriebene Verzweigungsenzym der Kartoffel enthalten, transgene Pflanzen
hergestellt werden können, bei denen das Amylose/Amylopektin-Verhältnis der
Stärke verändert ist.
Während für andere Spezies, z. B. Mais das Vorkommen mehrerer Q-Enzyme
bekannt ist (Singh & Preiss, 1985, Plant Physiol 79 : 34-40), ist nicht bekannt, ob
neben dem aus der WO 92/14827 bekannten Verzweigungsenzym der Kartoffel
weitere Enzyme an der Synthese von verzweigter Stärke in Kartoffel beteiligt sind.
Neben den Q-Enzymen, die Verzweigungen in Stärkemoleküle einführen, kommen
in Pflanzen Enzyme vor, die Verzweigungen auflösen. Diese auch als Debranching-
Enzyme bekannten Proteine werden je nach Substratspezifität in drei Gruppen
eingeteilt:
Die Pullulanasen, die neben Pullulan auch Amylopektin nutzen, kommen bei Mikroorganismen, z. B. Klebsiella, und Pflanzen vor. In Pflanzen werden sie auch als R-Enzyme bezeichnet.
Die Isoamylasen, die nicht mit Pullulan, wohl aber mit Glykogen und Amylopektin arbeiten, kommen ebenfalls bei Mikroorganismen und Pflanzen vor. Eine Isoamylase von Mais wird von Manners & Rowe (1969, Carbohydr. Res. 9 : 107) beschrieben, eine Isoamylase von Kartoffel beschreiben Ishizaki et al. (1983, Agric Biol Chem 47: 771-779).
Die Amylo-1,6-Glukosidasen sind bei Säugern und Hefen beschrieben und nutzen Grenzdextrine als Substrat.
Die Pullulanasen, die neben Pullulan auch Amylopektin nutzen, kommen bei Mikroorganismen, z. B. Klebsiella, und Pflanzen vor. In Pflanzen werden sie auch als R-Enzyme bezeichnet.
Die Isoamylasen, die nicht mit Pullulan, wohl aber mit Glykogen und Amylopektin arbeiten, kommen ebenfalls bei Mikroorganismen und Pflanzen vor. Eine Isoamylase von Mais wird von Manners & Rowe (1969, Carbohydr. Res. 9 : 107) beschrieben, eine Isoamylase von Kartoffel beschreiben Ishizaki et al. (1983, Agric Biol Chem 47: 771-779).
Die Amylo-1,6-Glukosidasen sind bei Säugern und Hefen beschrieben und nutzen Grenzdextrine als Substrat.
In Zuckerrübe konnte von Li et al. (1992, Plant Physiol 98 : 1277-1284) neben fünf
Endo- und zwei Exoamylasen nur ein Debranching-Enzym des Pullulanase-Typs
nachgewiesen werden. Dieses Enzym, das eine Größe von ca. 100 kDa und ein
pH-Optimum von 5,5 aufweist, ist im Chloroplasten lokalisiert.
Ein Debranching-Enzym aus Spinat, das Pullulan als Substrat nutzt, bei der Reaktion
mit Amylopektin jedoch eine dreifach geringere Aktivität aufweist, beschreiben
Ludwig et al. (1984, Plant Physiol 74 : 856-861).
Bei der landwirtschaftlich wichtigen stärkespeichernden Kulturpflanze Kartoffel wurde
die Aktivität eines Debranching-Enzyms 1951 von Hobson et al. (1951, J Chem Soc
1451) untersucht. Es gelang der Nachweis, daß das entsprechende Enzym anders
als das Q-Enzym keine kettenverlängernde Aktivität besitzt und lediglich α-1,6
glykosidische Bindungen hydrolysiert. Das Enzym konnte jedoch weder genauer
charakterisiert werden, noch gelang die Beschreibung von DNA-Sequenzen, die ein
Protein mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms kodieren.
Es sind bisher keine DNA-Sequenzen bekannt, die ein Protein mit der
enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms aus Pflanzen kodieren, die bei
Einführung in das pflanzliche Genom den Stoffwechsel der Pflanze derart verändern,
daß der Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke gesteigert oder reduziert ist.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, DNA-Sequenzen, die auf dem
kodogenen Strang Debranching-Enzyme kodieren, Plasmide, mit denen diese
DNA-Sequenzen in Pflanzenzellen bzw. Pflanzen eingeführt werden können
Pflanzenzellen, aus denen ganze Pflanzen regeneriert werden können und Pflanzen,
die die Herstellung von Amylopektin-Stärke mit gesteigertem oder reduziertem
Verzweigungsgrad ermöglichen, bereitzustellen.
Es werden nun die Identifikation und Reinigung von Debranching-Enzymen sowie
Peptidsequenzen dieser Enzyme und deren Verwendung zur Beschreibung von
DNA-Sequenzen, die in transgenen Pflanzen Transkripte bilden, die Proteine mit der
enzymatischen Aktivität von Debranching-Enzymen kodieren, oder die in transgenen
Pflanzen Transkripte bilden, die die Synthese von Proteinen mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen verhindern und Plasmide und Pflanzenzellen
zur Herstellung dieser transgenen Pflanzen beschrieben.
Es werden ferner transgene Pflanzen, die DNA-Sequenzen enthalten, die Proteine
mit der enzymatischen Aktivität von Debranching-Enzymen kodieren, die den
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke reduzieren und transgene Pflanzen, die
DNA-Sequenzen enthalten, die die Synthese von Proteinen mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen verhindern, was den Verzweigungsgrad der
Amylopektin-Stärke steigert, beschrieben.
Es werden
- a) zunächst Proteine mit der Aktivität eines Debranching-Enzyms bis zur Homogenität aufgereinigt (s. Ausführungsbeispiel 1),
- b) von dem gereinigten Enzym Peptidsequenzen durch Proteinsequenzierung ermittelt (s. Ausführungsbeispiel 2),
- c) diese Peptidsequenzen zur Klonierung von cDNA-Sequenzen aus einer cDNA-Bibliothek genutzt, wobei sowohl immunologische als auch molekulargenetische Methoden zum Einsatz kommen (s. Ausführungsbeispiel 3 und 4) und schließlich
- d) diese DNA-Sequenzen in Plasmide eingeführt, die eine Transformation von Pflanzenzellen und die Regeneration von transgenen Pflanzen ermöglichen (s. Ausführungsbeispiel 5).
Die in den Ausführungsbeispielen exemplarisch anhand der Kartoffel (Solanum
tuberosum) beschriebenen DNA-Sequenzen kodieren für ein pflanzliches
Debranching-Enzym, das den Verzweigungsgrad natürlich in Pflanzen enthaltener
Amylopektin-Stärke dahingehend modifiziert, daß der Verzweigungsgrad der
Amylopektin-Stärke, je nach Bedarf, gesteigert oder reduziert wird.
Von den kodogenen DNA-Sequenzen werden Protein-Sequenzen von Debranching-
Enzymen mit mindestens einer der Sequenzen
Seq ID No. 1
Seq ID No. 1
oder Seq ID No. 2
kodiert.
Transgene Pflanzen mit gesteigertem oder reduziertem Verzweigungsgrad der
Amylopektin-Stärke können über ein Verfahren hergestellt werden, das durch die
folgenden Schritte gekennzeichnet ist:
- a) Herstellung einer DNA-Sequenz mit folgenden Teilsequenzen:
- i) einem Promotor, der in Pflanzen aktiv ist und die Bildung einer RNA in vorgesehenen Zielgeweben oder Zielzellen sicherstellt,
- ii) einer Struktur-DNA-Sequenz, die die Transkription einer RNA erlaubt, die in transgenen Pflanzen eine neue Protein-Sequenz mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms kodiert, oder die die Transkription einer RNA erlaubt, die in transgenen Pflanzen die Synthese eines Proteins mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms verhindert,
- iii) eine 3′-nicht-translatierte Sequenz, die in Pflanzenzellen zur Beendigung der Transkription sowie zur Addition von poly-A Resten an das 3′-Ende der RNA führt,
- b) Transfer und Einbau der Struktur-DNA-Sequenz in das Genom einer Pflanzenzelle, unter Verwendung rekombinanter Plasmide und
- c) Regeneration von intakten, ganzen Pflanzen aus den transformierten Pflanzenzellen.
In der unter ii) genannten Protein-Sequenz des Debranching-Enzyms sind
vorzugsweise die Protein-Sequenzen Seq ID No. 1 und Seq ID No. 2 enthalten.
Rekombinante Plasmide gemäß Verfahrensstufe b) enthalten die DNA-Sequenzen,
die auf den kodogenen Strängen pflanzliche Debranching-Enzyme oder Fragmente
davon kodieren, wobei die von den DNA-Sequenzen abgeleiteten Transkripte in
transgenen Pflanzen die Synthese von neuen Proteinen mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen bewirken, die in den transgenen Pflanzen den
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke reduzieren oder die von den
DNA-Sequenzen abgeleiteten Transkripte in transgenen Pflanzen die Synthese
endogener Proteine mit der enzymatischen Aktivität von Debranching-Enzymen
verhindern, was in transgenen Pflanzen den Verzweigungsgrad der
Amylopektin-Stärke steigert.
Die durch das Verfahren erhältlichen transgenen Pflanzen mit gesteigertem oder
reduziertem Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke sind ebenfalls Gegenstand
der Erfindung.
Pflanzen, auf die das Verfahren zur Anwendung kommt, sind Nutzpflanzen wie z. B.
Mais, Weizen und Kartoffel.
Zur Identifikation einer neuen Struktur-DNA-Sequenz, enthaltend die Information zur
Synthese eines Proteins mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms
oder zur Unterdrückung der Bildung einer endogenen Aktivität eines Debranching-
Enzyms, wurden exemplarisch Proteinextrakte von Kartoffelpflanzen gewonnen. Für
den Nachweis der enzymatischen Aktivität des Debranching-Enzyms, wie in
Ausführungsbeispiel 1 beschrieben, wurde ein Färbetest ausgenutzt. Wenn
Proteinextrakte von Kartoffelpflanzen in nicht-denaturierenden, amylopektinhaltigen
Polyacrylamid-Gelen (PAAG) aufgetrennt werden, läßt sich durch anschließende
Jodfärbung ein Protein mit einer stärkemodifizierenden Aktivität nachweisen.
Während unverzweigte Amylose mit Jod einen blaufarbenen Komplex bildet, ergibt
Amylopektin eine rötlich-violette Färbung. In amylopektinhaltigen PAAG, die mit Jod
rötlich-violett färben, kommt es an Orten, an denen eine Debranching-Aktivität
lokalisiert ist, zu einer Farbverschiebung hin zu einer Blaufärbung des Gels, da die
Verzweigungen des violettfärbenden Amylopektins vom Enzym abgebaut werden.
Durch Abtrennung des Proteins von anderen mit Hilfe stufenweiser Ammonium
sulfat-Fällung und anschließender Affinitätschromatographie an immobilisiertem
β-Cyclodextrin wird das Protein erfindungsgemäß bis zur Homogenität gereinigt. Von
dem reinen Protein werden Peptidsequenzen bestimmt (s. Ausführungsbeispiel 2).
Dadurch werden erstmals Peptidsequenzen eines pflanzlichen Debranching-Enzyms
zugänglich. Die Peptidsequenzen des Debranching-Enzyms zeigen in einzelnen
Bereichen eine gewisse Homologie zu mikrobiellen Debranching-Enzymen, dies gilt
aber nicht für alle Domänen des Proteins. Das neue Debranching-Enzym aus
Solanum tuberosum repräsentiert daher einen bisher unbekannten Typus von
Debranching-Enzymen.
Die Peptidsequenzen des Debranching-Enzyms dienen erfindungsgemäß zur
Identifikation von DNA-Sequenzen in Pflanzen, die ein Peptid mit der Aktivität eines
Debranching-Enzyms kodieren. Hierbei können immunologische Verfahren
angewendet werden (s. Ausführungsbeispiel 3) oder es können molekulargenetische
Methoden zum Einsatz kommen (s. Ausführungsbeispiel 4).
Nachdem die DNA-Sequenzen, die ein neues Debranching-Enzym kodieren,
identifiziert sind, können sie durch Klonierung in Vektorplasmide in Bakterien
vermehrt werden. Beispiele für Vektoren sind pBR322, pUC-Serien, m13mp-Serien
usw. Die DNA Sequenz, die das neue Debranching-Enzym kodiert, kann mit linkern
versehen werden, die ein einfaches Umklonieren in andere Plasmide erlauben. Zum
Zwecke der Einführung in Pflanzen (s. Ausführungsbeispiel 5) können bevorzugt,
aber nicht ausschließlich, binäre Plasmide verwendet werden, die ein
Replikationssignal beispielsweise für Escherichia coli und für Agrobacterium
tumefaciens enthalten. Wenn diese binären Plasmide T-DNA-Elemente enthalten,
ist eine Übertragung der DNA-Sequenz eines neuen Debranching-Enzyms in das
Genom von dikotylen Pflanzen besonders einfach. Es stehen jedoch auch andere
Methoden zur Verfügung, beispielsweise die Transformation mit Hilfe ballistischer
Verfahren, die zur Transformation von Monokotylen eingesetzt wird (vgl. Potrykus,
1991, Ann Rev Plant Mol Biol Plant Physiol 42 : 205-225).
Um eine Expression des übertragenen Transgens in genetisch veränderten Pflanzen
sicherzustellen, wird die cDNA Sequenz des neuen Debranching-Enzyms an eine
Promotorsequenz fusioniert. Dabei kommen grundsätzlich alle Promotoren in
Betracht, die in Pflanzen aktiv sind. Präferentiell werden Promotoren eingesetzt, die
in den stärkespeichernden Organen der zu transformierenden Pflanzen aktiv sind.
So sind es beim Mais die Maiskörner, während es bei der Kartoffel die Knollen sind.
Zur Transformation der Kartoffel kann insbesondere, aber nicht ausschließlich, der
knollenspezifische B33-Promotor (Rocha-Sosa et al., 1989, EMBO J 8 : 23-29)
eingesetzt werden. Zur Stabilisierung der vom Transgen gebildeten RNA wird an die
das Debranching-Enzym kodierende DNA Sequenz noch ein Terminations- und
Polyadenylierungssignal angehängt. Dies kann beispielsweise das Terminations
signal des Octopinsynthase Gens aus Agrobacterium tumefaciens sein.
Durch Fusion von Promotor, Struktur-DNA-Sequenz und Terminationssignal
entstehen Konstrukte, die zur Transformation von Pflanzen in geeignete Plasmide
integriert werden. Diese rekombinanten Plasmide sind ebenfalls Gegenstand der
vorliegenden Erfindung.
Die rekombinanten Plasmide werden zur Transformation von Pflanzenzellen
verwendet, aus denen ganze Pflanzen regeneriert werden können. Diese
Pflanzenzellen, die die erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen enthalten, sind
ebenfalls Gegenstand der Erfindung.
Die rekombinanten Plasmide können darüberhinaus zur Identifikation von
Nukleinsäure-Sequenzen, die Debranching-Enzymen kodieren, verwendet werden.
Infolge der Übertragung einer DNA-Sequenz, die aus Promotor, Kodierregion eines
neuen Debranching-Enzyms und Terminations-/Polyadenylierungssignal besteht,
kommt es in den transgenen Pflanzen zur Bildung einer RNA, die als Matrize für die
Synthese eines neuen Debranching-Enzyms dienen kann, oder die durch
Wechselwirkung mit einer endogenen mRNA eines Debranching-Enzyms dessen
Synthese unterdrückt. Welche Art von RNA vom Transgen transkribiert wird, hängt
von der Orientierung der DNA Sequenz des neuen Debranching-Enzyms relativ zum
Promotor ab. Wenn das 5′ Ende der DNA Sequenz des neuen Debranching-Enzyms
an das 3′ Ende des Promotors fusioniert ist, wird eine translatierbare mRNA gebildet,
die als Matrize für die Synthese eines Proteins mit der enzymatischen Aktivität eines
neuen Debranching-Enzyms dient. Wenn dagegen das 3′ Ende der DNA Sequenz
des neuen Debranching-Enzyms an das 3′ Ende des Promotors fusioniert wird,
entsteht eine antisense RNA, die die Translatierbarkeit der endogenen mRNA des
Debranching-Enzyms unterdrückt.
Im ersten Fall liegt in der Pflanze eine zusätzliche enzymatische Aktivität eines
Debranching-Enzyms vor. Dies führt dazu, daß der Verzweigungsgrad des von der
transgenen Pflanze gebildeten Amylopektins reduziert wird. Dadurch wird eine
Stärke zugänglich, die sich gegenüber der natürlich vorkommenden durch eine
stärker geordnete Raumstruktur sowie eine gesteigerte Einheitlichkeit auszeichnet,
was insbesondere günstige Auswirkungen auf die Filmbildungseigenschaften hat.
Im zweiten Fall wird eine endogene enzymatische Aktivität eines Debranching-
Enzyms unterdrückt. Dies führt zur Bildung von stark verzweigter Stärke in
transgenen Pflanzen. Stark verzweigtes Amylopektin hat eine besonders große
Oberfläche und eignet sich dadurch als Kopolymer in besonderem Maße. Ein starker
Verzweigungsgrad führt außerdem zu einer Verbesserung der Löslichkeit des
Amylopektins in Wasser. Diese Eigenschaft ist für bestimmte technische
Anwendungen sehr günstig. Besonders geeignet für die Produktion von stark
verzweigtem Amylopektin unter Ausnutzung der erfindungsgemäßen DNA-
Sequenzen des neuen Debranching-Enzyms ist Kartoffel, die Anwendung der
Erfindung ist aber nicht auf Kartoffel beschränkt.
Die in den transgenen Pflanzen gebildete modifizierte Stärke kann mit gängigen
Methoden aus den Pflanzen oder aus den Pflanzenzellen isoliert und nach der
Reinigung zur Herstellung von Nahrungsmitteln und industriellen Produkten
verarbeitet werden.
Fig. 1 zeigt die Aufreinigung des Debranching-Enzyms aus Solanum tuberosum.
Dabei bedeuten:
0 = Proteinextrakt eines Homogenats von Knollengewebe aus Solanum tuberosum.
Durchlauf = Durchlauf einer Affinitätschromatographie des Proteinextrakts an immobilisiertem β-Cyclodextrin.
β-Cyclodextrin = Elution der Affinitätschromatographie mit gelöstem β-Cyclodextrin in den Konzentrationen 1 mg/ml bzw. 10 mg/ml.
DBE = Debranching-Enzym aus Solanum tuberosum.
DE = Disproportionierendes Enzym aus Solanum tuberosum.
0 = Proteinextrakt eines Homogenats von Knollengewebe aus Solanum tuberosum.
Durchlauf = Durchlauf einer Affinitätschromatographie des Proteinextrakts an immobilisiertem β-Cyclodextrin.
β-Cyclodextrin = Elution der Affinitätschromatographie mit gelöstem β-Cyclodextrin in den Konzentrationen 1 mg/ml bzw. 10 mg/ml.
DBE = Debranching-Enzym aus Solanum tuberosum.
DE = Disproportionierendes Enzym aus Solanum tuberosum.
Fig. 2 zeigt das Plasmid pB33-R, bei dem es sich um ein Derivat des Plasmids
pBIN19 (Bevan, M.,1984, Nucl Acids Res 12 : 8711-8721) handelt.
Dabei bedeuten:
A = DraI/DraI-Fragment (Position -1512 bis +14) der Promotorregion des B33 Gens von Solanum tuberosum (Rocha-Sosa et al., EMBO J 8 : 23-29).
B = NotI/NotI-Fragment der cDNA mit der Kodierregion des Debranching- Enzyms von Solanum tuberosum in sense-Orientierung zum Fragment A.
C = Polyadenylierungssignal des Gens 3 der T-DNA des Plasmids pTiACH5 (Gielen et al., EMBO J 3 : 835-846), Nukleotide 11749 bis 11939, welches als PvuII/HindIII-Fragment aus dem Plasmid pAGV40 (Herrera- Estrella et al., 1983, Nature 303 : 209-213) isoliert und nach Addition eines SphI-Linkers an die PvuII-Schnittstelle zwischen die SphI- und die HindIII-Schnittstelle des Polylinkers von pBIN 19 kloniert wurde.
A = DraI/DraI-Fragment (Position -1512 bis +14) der Promotorregion des B33 Gens von Solanum tuberosum (Rocha-Sosa et al., EMBO J 8 : 23-29).
B = NotI/NotI-Fragment der cDNA mit der Kodierregion des Debranching- Enzyms von Solanum tuberosum in sense-Orientierung zum Fragment A.
C = Polyadenylierungssignal des Gens 3 der T-DNA des Plasmids pTiACH5 (Gielen et al., EMBO J 3 : 835-846), Nukleotide 11749 bis 11939, welches als PvuII/HindIII-Fragment aus dem Plasmid pAGV40 (Herrera- Estrella et al., 1983, Nature 303 : 209-213) isoliert und nach Addition eines SphI-Linkers an die PvuII-Schnittstelle zwischen die SphI- und die HindIII-Schnittstelle des Polylinkers von pBIN 19 kloniert wurde.
Fig. 3 zeigt das Plasmid pB33-R, bei dem es sich um ein Derivat des Plasmids
pBIN19 (Bevan, M. ,1984, Nucl Acids Res 12 : 8711-8721) handelt.
Es bedeuten:
A = DraI/DraI-Fragment (Position -1512 bis +14) der Promotorregion des B33 Gens von Solanum tuberosum (Rocha-Sosa et al., EMBO J 8 : 23-29).
B = NotI/NotI-Fragment der cDNA mit der Kodierregion des Debranching- Enzyms von Solanum tuberosum in antisense-Orientierung zum Fragment A.
C = Polyadenylierungssignal des Gens 3 der T-DNA des Plasmids pTiACH5 (Gielen et al. , EMBO J 3 : 835-846), Nukleotide 11749 bis 11939, welches als PvuII/HindIII-Fragment aus dem Plasmid pAGV40 (Herrera-Estrella et al., 1983, Nature 303 : 209-213) isoliert und nach Addition eines SphI- Linkers an die PvuII-Schnittstelle zwischen die SphI- und die HindIII- Schnittstelle des Polylinkers von pBIN 19 kloniert wurde.
A = DraI/DraI-Fragment (Position -1512 bis +14) der Promotorregion des B33 Gens von Solanum tuberosum (Rocha-Sosa et al., EMBO J 8 : 23-29).
B = NotI/NotI-Fragment der cDNA mit der Kodierregion des Debranching- Enzyms von Solanum tuberosum in antisense-Orientierung zum Fragment A.
C = Polyadenylierungssignal des Gens 3 der T-DNA des Plasmids pTiACH5 (Gielen et al. , EMBO J 3 : 835-846), Nukleotide 11749 bis 11939, welches als PvuII/HindIII-Fragment aus dem Plasmid pAGV40 (Herrera-Estrella et al., 1983, Nature 303 : 209-213) isoliert und nach Addition eines SphI- Linkers an die PvuII-Schnittstelle zwischen die SphI- und die HindIII- Schnittstelle des Polylinkers von pBIN 19 kloniert wurde.
Die nachfolgenden Ausführungsbeispiele erläutern den Gegenstand der Erfindung
ohne ihn einzuschränken, wobei die Identifikation und Reinigung von Debranching-
Enzymen am Beispiel des Branching-Enzyms der Kartoffel (Solanum tuberosum)
sowie die Isolation von cDNA-Sequenzen, die Debranching-Enzyme kodieren, und
die Konstruktion von binären Plasmiden, die für die Einführung der DNA-Sequenzen
in die Pflanze verwendet werden, gezeigt werden.
In analoger Verfahrensweise können auch Nutzpflanzen wie z. B. Mais und Weizen
transformiert werden.
Von Pflanzen der Spezies Solanum tuberosum werden Proteinextrakte aus
Knollengewebe gewonnen. Hierzu werden 820 g Knollengewebe in 1500 ml eines
Puffers aus 50 mM Natriumacetat pH 6,0; 2,5 mM 1,4-Dithio-DL-threitol; 1,5 mM
Mercaptoethanol; 0,4 mM PMSF und Spuren von Natriumbisulfit, Natriumsulfit und
Ascorbinsäure (jeweils Spatelspitzen) homogenisiert.
Von dem Homogenat (s. Spur 1 in Fig. 1) werden 50 µl in einem PAAG aufgetrennt.
Das Gel enthält 7,5% Acrylamid pH 8,6, das mit Methylenbisacrylamid bis zu einem
Grad von 1 : 75 vernetzt wird, sowie 1% Amylopektin. Das Puffersystem für die
Elektrophorese enthält Tris/Glycin pH 8,9. Nach dem Gellauf wird das Gel in 50 mM
Tris/Citrat pH 7,0; 2 mM Ascorbinsäure bei 22°C für 4 Stunden äquilibriert. Die
Färbung des Gels erfolgt mit Lugol′scher Lösung für 15 Minuten. Das Ergebnis der
Färbung ist in Fig. 1, Spur 1 gezeigt. Neben einer rötlich gefärbten Bande, die auf
die Aktivität eines Verzweigungen einführenden Enzyms (Branching-Enzym bzw.
disproportionierendes Enzym) zurückgeht, ist eine stark blau gefärbte Bande zu
erkennen. Die Blaufärbung kommt durch den enzymatischen Abbau von α-1,6
glykosidischen Verzweigungen des Amylopektins zustande, die für dessen rötliche
bzw. violette Farbe verantwortlich sind.
Einem nach Ausführungsbeispiel 1 gewonnenen Proteinextrakt aus Knollengewebe
von Solanum tuberosum wird bei 4°C unter Rühren kontinuierlich Ammoniumsulfat
bis zu einer Konzentration von 40% der Sättigungskonzentration zugesetzt. Die
hierbei einsetzende partiale Präzipitation von Proteinen wird unter Rühren für zwei
Stunden fortgesetzt, anschließend werden präzipitierte Proteine durch Zentrifugation
abgetrennt. Dem Überstand wird wie oben beschrieben Ammoniumsulfat bis zu
einem Wert von 50% der Sättigungskonzentration zugesetzt, wobei wiederum
Proteine ausgefällt werden. Diese Proteinfraktion wird durch Zentrifugation
abgetrennt und anschließend weiter fraktioniert.
Nach Auflösen des Präzipitats in 20 ml Acetatpuffer (s. Ausführungsbeispiel 1) und
12 stündiger Dialyse gegen bidestilliertes Wasser wird die Proteinlösung einer
Chromatographie unterzogen. Auf eine Sepharose 6B-Säule, an die β-Cyclodextrin
gekoppelt wurde, werden pro 30 ml Bettvolumen 500 mg Protein aus der
fraktionierten Ammonsulfatfällung aufgetragen. Anschließend wird mit Acetatpuffer
gewaschen, bis das Eluat keine Absorption bei 280 nm aufweist. Dann wird mit einer
β-Cyclodextrin-Lösung von 1 mg/ml Acetatpuffer eine Proteinfraktion mit geringer
Affinität zur stationären Phase eluiert, die verworfen wird. Bei einer Cyclodextrin-
Konzentration von 10 mg/ml Acetatpuffer wird das Debranching-Enzym von Kartoffel
eluiert (vgl. Fig. 1, Spur *).
Die an Debranching-Enzym hoch angereicherte Fraktion des Eluats wird einer
Elektrophorese in einem denaturierenden PAAG entsprechend der Vorschrift von
Laemmli (1970, Nature 227 : 680-685) unterzogen. Das nun denaturierte Protein wird
aus dem Gel ausgeschnitten. Nach Standardverfahren werden Peptidsequenzen
bestimmt.
Die Peptidsequenzen des Debranching-Enzyms aus Solanum tuberosum sind in
Seq-ID No. 1 und Seq-ID No. 2 wiedergegeben.
Das entsprechend Ausführungsbeispiel 2 gereinigte Protein wird zur Immunisierung
von Kaninchen eingesetzt. Mit Hilfe der Seren von immunisierten Kaninchen werden
cDNA Bibliotheken, die für Transkripte des Knollengewebes von Solanum tuberosum
repräsentativ sind, nach cDNA Klonen durchmustert, die Sequenzen enthalten, die
für das Debranching-Enzym von Solanum tuberosum kodieren. Hierzu wird aus
Knollengewebe von Solanum tuberosum Gesamt-RNA nach Logemann et al. (1987,
Anal Biochem 163 : 16-20) präpariert. Von der Gesamt-RNA wird nach
Standardverfahren polyadenylierte mRNA präpariert, die nach dem von Gubler &
Hoffmann (1983, Gene 25 : 263) beschriebenen Verfahren zur Synthese von cDNA
eingesetzt wird. Die cDNA wird mit käuflichen EcoRI/NotI Adaptern ligiert und dann
in die EcoRI Schnittstelle des Expressionssystems Lambda ZAP II ligiert. Nach
Verpacken der Lambda-Phagen DNA in Phagenköpfe werden E. coli Zellen des
Stammes XL1-Blue infiziert und auf Medium in Petrischalen in einer Dichte von
25 000 pro ca. 75 cm² ausplattiert. Nach ca. 3 stündiger Inkubation werden in 10 mM
IPTG-Lösung getränkte Nitrozellulosefilter auf den lysierten Bakterienrasen
aufgelegt, die nach weiteren 3 Stunden abgenommen werden. Die Filter werden für
eine immunologische Sondierung nach entsprechend der in Ausführungsbeispiel 5
beschriebenen Western-Blot-Technik verwendet. Von den nach drei
Sondierungszyklen erhaltenen Phagenspezies, die die cDNA Sequenz des
Debranching-Enzyms von Solanum tuberosum enthalten, werden durch In-vivo-
Excision pBluescript-Plasmide erhalten. Die Sequenz der cDNA wird nach der
Methode von Sanger et al. (1977, Proc Natl Acad Sci USA 74 : 5463-5467) bestimmt.
Aus dem pBluescript-Plasmid, das die Sequenz des Debranching-Enzyms von
Solanum tuberosum enthält, kann die Insertion durch Schneiden mit entsprechenden
Restriktionenzymen isoliert und nach Standardverfahren in binäre Plasmide mit dem
Ziel der Transformation von Pflanzen umtransformiert werden (s. Ausführungsbei
spiel 5).
Die entsprechend Ausführungsbeispiel 2 gewonnen Peptidsequenzen werden zur
Ableitung von Oligonukleotidsequenzen verwendet, die unter Berücksichtigung der
Degeneriertheit des genetischen Codes Auszüge der DNA-Sequenz des
Debranching-Enzyms von Solanum tuberosum wiedergeben. Entsprechend den
abgeleiteten Oligonukleotidsequenzen werden synthetische Oligonukleotide nach
Standardverfahren synthetisiert. Diese werden zur Durchmusterung von cDNA
Bibliotheken, die für Transkripte des Knollengewebes von Solanum tuberosum
repräsentativ sind, eingesetzt.
Zunächst wird eine cDNA Bibliothek erstellt, indem aus Knollengewebe von Solanum
tuberosum Gesamt-RNA nach Logemann et al. (1987, Anal Biochem 163 : 16-20)
präpariert wird. Von der Gesamt-RNA wird nach Standardverfahren polyadenylierte
mRNA präpariert, die nach dem von Gubler & Hoffmann (1983, Gene 25 : 263)
beschriebenen Verfahren zur Synthese von cDNA eingesetzt wird. Die cDNA wird
mit käuflichen EcoRI/NotI Adaptern ligiert und dann in die EcoRI Schnittstelle der
DNA des Phagen Lambda Zap II ligiert. Nach Verpacken der Lambda-Phagen DNA
in Phagenköpfe werden E. coli Zellen des Stammes XL1-Blue infiziert und auf
Medium in Petrischalen in einer Dichte von 25 000 pro ca. 75 cm² ausplattiert. Nach
ca. 9 stündiger Inkubation werden Nylonmembranen auf den lysierten
Bakterienrasen aufgelegt, die nach 1 Minute abgenommen werden. Die Filter
werden für 1 Minute in 250 mM HCl inkubiert, für 5 Minuten in 0,5 M NaOH; 1,5 M
NaCl, dann für 5 Minuten in 1 M Tris/HCl ph 7,5. Nach Trocknung und Fixierung bei
80°C für 1 Stunde werden die Filter 4 Stunden lang in einem Puffer aus
2fach SSC (Natriumchlorid/Natriumcitrat)
10fach Denhardts Lösung
0,1% SDS (Natriumdodecylsulfat)
5 mM EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure)
50 mM Di-Natrium-Phosphat
250 µg/ml Heringsperma-DNA
50 µg/ml tRNA
inkubiert, bevor die radioaktiv endmarkierten Oligonukleotide zugesetzt werden. Nach 12stündiger Hybridisierung werden die Filter in 2fach SSC/0,5% SDS gewaschen und anschließend autoradiographiert.
2fach SSC (Natriumchlorid/Natriumcitrat)
10fach Denhardts Lösung
0,1% SDS (Natriumdodecylsulfat)
5 mM EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure)
50 mM Di-Natrium-Phosphat
250 µg/ml Heringsperma-DNA
50 µg/ml tRNA
inkubiert, bevor die radioaktiv endmarkierten Oligonukleotide zugesetzt werden. Nach 12stündiger Hybridisierung werden die Filter in 2fach SSC/0,5% SDS gewaschen und anschließend autoradiographiert.
Die Temperatur für Hybridisierung und Waschen der Filter berechnet sich wie folgt:
T+15 = 16,6×[Na+]+0,41×%GCOLIGONUCLEOTID+81,5 -675/LängeOLIGONUCLEOTID.
T+15 = 16,6×[Na+]+0,41×%GCOLIGONUCLEOTID+81,5 -675/LängeOLIGONUCLEOTID.
Aus den in Seq-ID No 1 bzw. Seq-ID No 2 wiedergegebenen Peptidsequenzen des
Debranching-Enzyms von Solanum tuberosum lassen sich geeignete
Oligonukleotidsequenzen berechnen. Um eine möglichst hohe
Hybridiserungstemperatur zu erhalten, die eine ausreichende Spezifität der
Hybridbildung gewährleistet, sollen möglichst lange Oligonukleotide verwendet
werden. Mit zunehmender Länge steigt jedoch der Degeneriertheitsgrad, d. h. die
Anzahl von Oligonukleotiden mit unterschiedlichen Sequenzkombinationen.
Degeneriertheitsgrade von bis zu 6000 können akzeptiert werden. Für die in Seq-ID
No 1 angegebene Peptidsequenz wurde die Sequenz für eine Oligonukleotidsonde
der Länge 26 bp abgeleitet. Das Oligonukleotid hat einen Degeneriertheitsgrad von
3072 bei einem GC-Gehalt von maximal 61% und minimal 38%. Dadurch ergibt sich
eine maximale Hybridisierungstemperatur von 56°C. Die Sequenzvorlage für die
Synthese der Sonde lautet:
In drei Sondierungscyclen werden Phagenspezies, die die cDNA Sequenz des
Debranching-Enzyms von Solanum tuberosum enthalten, vereinzelt und für die in
vivo Excision eines pBluescript Plasmids nach Standardverfahren eingesetzt. Als
Insertion eines pBluescript-Plasmids wird die Sequenz der cDNA nach der Methode
von Sanger et al. (1977, Proc Natl Acad Sci USA 74 : 5463-5467) bestimmt. Die
cDNA wird nach Standardverfahren (Sambrook et al., 1989, Molecular cloning: a
laboratory manual, 2. Aufl., Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY USA) aus dem
pBluescript-Derivat nach Verdauen mit EcoRI bzw. NotI isoliert und kann nach
Standardverfahren in binäre Plasmide mit dem Ziel der Transformation von Pflanzen
umtransformiert werden (s. Ausführungsbeispiel 5).
Für die Pflanzentransformation wurde die cDNA, die entsprechend
Ausführungsbeispiel 3 bzw. 4 als Insertion in pBluescript erhalten wurde, in einen
binären Vektor, der sich von pBIN19 (Bevan (1984) Nucl Acids Res 12 : 8711-8720)
ableitet, umkloniert. Dabei wurden zwei Konstruktionen erstellt: zum einen das
Plasmid pB33-R, zum anderen das Plasmid pB33-R-anti (vgl. Fig. 2 und Fig. 3). Die
beiden Konstrukte enthalten als Promotor für die Expression eines Transgens in
Pflanzen den B33 Promotor von Solanum tuberosum (Rocha-Sosa et al., EMBO J 8:
23-29). Während pB33-R die cDNA in sense Orientierung enthält, also zur Bildung
einer translatierbaren RNA in transgenen Pflanzen führt, stellt pB33-R-anti eine
antisense-Konstruktion zur Inhibition der Expression des endogenen Gens dar.
Die Konstrukte wurden wie folgt erstellt:
pB33-R: Der Promotor des B33 Gens von Solanum tuberosum wurde als DraI
Fragment (Position -1512 bis +14 nach Rocha-Sosa et al., EMBO J 8 : 23-29) nach
Abbau überstehender Enden mit Polymerase II in die SacI Schnittstelle des Plasmids
pUC19 kloniert. Als EcoRI/SmaI Fragment wurde die Promotorregion in den binären
Vektor pBIN19 kloniert, der das Terminationssignal des Octopinsynthase Gens aus
Agrobacterium tumefaciens in direkter Nachbarschaft zu einem Polylinker aus
M13mp19 enthält. Hierbei entstand pB33. In die SmaI-Schnittstelle von pB33 wurde
das aufgefüllte NotI Fragment der cDNA entsprechend Ausführungsbeispiel 3 bzw. 4
in sense Orientierung bezogen auf den Promotor (5′ Ende der cDNA an das 3′ Ende
des Promotors) kloniert. Dabei entstand pB33-R.
pB33-R-anti: in den binären Vektor pB33 wurde das aufgefüllte NotI Fragment der
cDNA in antisense Orientierung bezogen auf den Promotor (3′ Ende der cDNA an
das 3′ Ende des Promotors) kloniert. Dabei entstand pB33-R-anti.
Zur Transformation von Agrobacterium tumefaciens wird das binäre Plasmid durch
direkte Transformation nach der Methode von Höfgen & Willmitzer (1988, Nucl Acids
Res 16 : 9877) in die Zellen eingeführt. Die Plasmid-DNA transformierter
Agrobakterien wurde nach der Methode von Birnboim et al. (1979) Nucl Acids Res
7 : 1513-1523 isoliert und nach geeigneter Restriktionsspaltung gelelektrophoretisch
analysiert. Zur Transformation z. B. von Kartoffelpflanzen werden beispielsweise 10
kleine, mit einem Skalpell verwundete Blätter einer Sterilkultur in 10 ml MS-Medium
mit 2% Saccharose gelegt, welches 30-50 µl einer unter Selektion gewachsenen
Agrobacterium tumefaciens-Übernachtkultur enthält. Nach 3-5 minütigem, leichtem
Schütteln werden die Petrischalen bei 25°C im Dunkeln inkubiert. Nach 2 Tagen
werden die Blätter auf MS-Medium mit 1,6% Glukose, 2 mg/l Zeatinribose, 0,02 mg/l
Naphthylessigsäure, 0,02 mg/l Giberellinsäure, 500 mg/l Claforan, 50 mg/l
Kanamycin und 0,8% Bacto-Agar ausgelegt. Nach einwöchiger Inkubation bei 25°C
und 3000 Lux wird die Claforankonzentration im Medium um die Hälfte reduziert. Die
weitere Kultivierung erfolgte wie von Rocha-Sosa et al. (1989) EMBO J I 8 : 29
beschrieben.
Die Überprüfung des Erfolgs der genetischen Veränderung der Pflanzen ist durch
Analyse der Gesamt-RNA bezüglich des Auftretens einer mRNA, die das
Debranching-Enzym kodiert (im Falle der Transformation mit pB33-R), bzw.
bezüglich des Verschwindens der endogenen mRNA bei Transformation mit
pB33-R-anti möglich. Die Isolierung pflanzlicher Gesamt-RNA erfolgt nach Logemann et al.
(1987) Anal Biochem 163 : 16-20. Für die Analyse werden je 50 µg Gesamt-RNA mit
Hilfe von "Northern Blots" auf die Anwesenheit bzw. Abwesenheit des Transkripts
untersucht.
Zur Überprüfung des Vorhandenseins des Debranching-Enzyms in transgenen
Pflanzen erfolgt eine Extraktion von Gesamtprotein aus Pflanzengewebe und
anschließend eine "Western blot Analyse" mit dem in Ausführungsbeispiel 3
beschriebenen Antiserum aus Kaninchen. Hierzu werden Proteinextrakte mittels
Gelelektrophorese in SDS-PAAG nach Molekulargewicht getrennt. Nach SDS-PAAG
- Elektrophorese (PAGE) werden Proteingele für 15-30 Minuten in Transfer-Puffer
für Graphitelektroden (48 g/l Tris, 39 g/l Glycin, 0,0375% SDS, 20% Methanol)
äquilibriert und anschließend bei 4°C auf Nitrozellulose-Filter mit 1,3 mA/cm² für 1-2
Stunden transferiert. Das Filter wird für 30 Minuten mit 3% Gelatine in TBS-Puffer
(20 mM Tris/HCl pH 7,5; 500 mM NaCl) abgesättigt. Anschließend wird das Filter für
2 Stunden mit dem Antiserum in geeigneter Verdünnung (1 : 1000-10 000 in TBS
Puffer) bei Raumtemperatur inkubiert. Danach wird das Filter jeweils für 15 Minuten
mit TBS-, TTBS- (TBS-Puffer mit 0,1% Polyoxyethylen-(20)-Sorbitanmonolaurat)
und TBS-Puffer gewaschen. Nach dem Waschen wird das Filter für 1 Stunde bei
Raumtemperatur mit Alkalische-Phosphatase konjugierten Goat-anti-Rabbit (GAR)-
Antikörpern (1 : 7500 in TBS) inkubiert. Anschließend wird das Filter wie
obenstehend beschrieben gewaschen und in AP-Puffer (100 mM Tris/HCl pH 9,5,
100 mM NaCl, 5 mM MgCl₂) äquilibriert. Die Alkalische-Phosphatase Reaktion wird
durch Substratzugabe von 70 µl 4-Nitrotetrazolium (NBT)-Lösung (50 mg/ml NBT in
70% Dimethylformamid) und 35 µl 5-Brom-4-Chlor-3-Indolylphosphat (BCIP) (50 mg/ml
BCIP in Dimethylformamid) in 50 ml AP-Puffer gestartet. Nach 5 Minuten
können in der Regel erste Signale beobachtet werden.
Zur Bestimmung des Amylose/Amylopektin-Gehalts in der Stärke transgener
Kartoffelpflanzen werden Blattstückchen mit einem Durchmesser von 10 mm unter
Dauerlicht auf 6%iger Saccharoselösung 14 Stunden lang flotiert. Durch diese
Lichtinkubation wird eine stark erhöhte Stärkebildung in den Blattstückchen induziert.
Nach der Inkubation wird die Amylose- und Amylopektin-Konzentration nach
Hovenkamp-Hermelink et al. (1988, Potato Research 31 : 241-246) bestimmt.
Die Bestimmung des Verzweigungsgrades (α-1,6 glykosidische Bindungen), der
Kettenlänge sowie der Größe der Stärkekörner erfolgt nach Morrison et al. (1990,
Methods in Plant Biochemistry Academic Press lmtd. 2 : 323-352).
Claims (20)
1. DNA-Sequenzen, die auf dem kodogenen Strang pflanzliche Debranching-
Enzyme kodieren, dadurch gekennzeichnet, daß die von den Sequenzen in
transgenen Pflanzen gebildeten Transkripte neue Proteine mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen kodieren, die in den transgenen Pflanzen
den Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke reduzieren.
2. DNA-Sequenzen, die auf dem kodogenen Strang pflanzliche Debranching-
Enzyme kodieren, dadurch gekennzeichnet, daß die von den Sequenzen in
transgenen Pflanzen gebildeten Transkripte die Synthese von Proteinen mit der
enzymatischen Aktivität von Debranching-Enzymen verhindern, was in den
transgenen Pflanzen den Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke steigert.
3. DNA-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 und 2, dadurch gekennzeichnet, daß
von deren kodogenen Strängen Protein-Sequenzen von Debranching-Enzymen
mit der Peptidsequenz (Seq ID No. 1)
kodiert werden.
4. DNA-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 und 2, dadurch gekennzeichnet, daß
von deren kodogenen Strängen Protein-Sequenzen von Debranching-Enzymen
mit der Peptidsequenz (Seq ID No. 2)
kodiert werden.
5. Rekombinante Plasmide mit DNA-Sequenzen, die auf dem kodogenen Strang ein
pflanzliches Debranching-Enzym oder Fragmente davon kodieren, dadurch
gekennzeichnet, daß die von den DNA-Sequenzen abgeleiteten Transkripte in
transgenen Pflanzen die Synthese von neuen Proteinen mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen bewirken, die in transgenen Pflanzen den
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke reduzieren.
6. Rekombinante Plasmide mit DNA-Sequenzen, die auf dem kodogenen Strang ein
pflanzliches Debranching-Enzym oder Fragmente davon kodieren, dadurch
gekennzeichnet, daß die von den DNA-Sequenzen abgeleiteten Transkripte in
transgenen Pflanzen die Synthese endogener Proteinen mit der enzymatischen
Aktivität von Debranching-Enzymen verhindern, was in transgenen Pflanzen den
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke steigert.
7. Rekombinante Plasmide gemäß den Ansprüchen 5 und 6, dadurch
gekennzeichnet, daß vom kodogenen Strang die Protein-Sequenz (Seq ID No. 1)
kodiert wird.
8. Rekombinante Plasmide gemäß den Ansprüchen 5 und 6, dadurch
gekennzeichnet, daß vom kodogenen Strang die Protein-Sequenz (Seq ID No. 2)
kodiert wird.
9. Verfahren zur Herstellung transgener Pflanzen mit gesteigertem oder reduziertem
Verzweigungsgrad der Amylopektin-Stärke, dadurch gekennzeichnet, daß es die
folgenden Schritte umfaßt:
- a) Herstellung einer DNA-Sequenz mit folgenden Teilsequenzen:
- i) einem Promotor, der in Pflanzen aktiv ist und die Bildung einer RNA in vorgesehenen Zielgeweben oder Zielzellen sicherstellt,
- ii) einer Struktur-DNA-Sequenz, die die Transkription einer RNA erlaubt, die in transgenen Pflanzen eine neue Protein-Sequenz mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms kodiert, oder die die Transkription einer RNA erlaubt, die in transgenen Pflanzen die Synthese eines Proteins mit der enzymatischen Aktivität eines Debranching-Enzyms verhindert,
- iii) eine 3′-nicht-translatierte Sequenz, die in Pflanzenzellen zur Beendigung der Transkription sowie zur Addition von poly-A Resten an das 3′-Ende der RNA führt,
- b) Transfer und Einbau der Struktur-DNA-Sequenz in das Genom einer Pflanzenzelle, unter Verwendung rekombinanter Plasmide und
- c) Regeneration von intakten, ganzen Pflanzen aus den transformierten Pflanzenzellen.
10. Verfahren gemäß Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß in der unter ii)
genannten Protein-Sequenz des Debranching-Enzyms die Proteinsequenzen
Seq ID No. 1 oder Seq ID No. 2 enthalten sind.
11. Pflanzenzellen, enthaltend DNA-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 bis 4.
12. Verwendung von Pflanzenzellen gemäß Anspruch 11 zur Herstellung von
Pflanzen mit gesteigertem oder reduziertem Verzweigungsgrad der Amylopektin-
Stärke.
13. Transgene Pflanzen mit gesteigertem oder reduziertem Verzweigungsgrad
der Amylopektin-Stärke, erhältlich durch das Verfahren gemäß den Ansprüchen
9 und 10.
14. Pflanzen gemäß Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, daß es die
Nutzpflanzen Kartoffel, Mais und Weizen sind.
15. Verwendung von DNA-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 bis 4 zur
Herstellung von Pflanzen mit gesteigertem oder reduziertem Verzweigungsgrad
der Amylopektin-Stärke.
16. Verwendung von rekombinanten Plasmiden gemäß den Ansprüchen 5 bis 8 zur
Transformation von Pflanzenzellen mit dem Ziel, den Verzweigungsgrad der
Amylopektin-Stärke in den Zellen zu steigern oder zu reduzieren.
17. Verwendung von DNA-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 bis 4 zur
Identifikation von Nukleinsäure-Sequenzen, die Debranching-Enzyme kodieren.
18. Amylopektin-Stärke mit modifiziertem Verzweigungsgrad, isolierbar aus
Pflanzen gemäß den Ansprüchen 13 und 14.
19. Amylopektin-Stärke mit modifiziertem Verzweigungsgrad, isolierbar aus
Pflanzenzellen gemäß Anspruch 11.
20. Verwendung der Stärke gemäß den Ansprüchen 18 und 19 zur Herstellung von
Nahrungsmitteln und industriellen Produkten.
Priority Applications (10)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE4327165A DE4327165A1 (de) | 1993-08-09 | 1993-08-09 | Debranching-Enzyme und deren kodierende DNA-Sequenzen, geeignet zur Veränderung des Verzweigungsgrades von Amylopektin - Stärke in Pflanzen |
AU75352/94A AU693469B2 (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | Debranching enzymes and DNA sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
HU9600285A HUT73740A (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | Debranching enzymes and dna sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
US08/596,257 US6001628A (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | Debranching enzymes and DNA sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
PCT/EP1994/002623 WO1995004826A1 (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | Debranching enzymes and dna sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
IL11058394A IL110583A0 (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | DNA sequences coding for debranching enzymes, recombinant plasmids and plant cells containing them |
CA002169174A CA2169174A1 (en) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | Debranching enzymes and dna sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
JP7506224A JPH09501052A (ja) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | 植物におけるアミロペクチン澱粉の分枝の程度を変更するのに好適な,脱分枝酵素及びそれをコードするdna配列 |
EP94925439A EP0713531A1 (de) | 1993-08-09 | 1994-08-08 | 'debranching enzyme' und dafür kodierende dna-sequenzen, die für die veränderung des verzweigungsgrads der amylopektinsträrke in pflanzen geeignet sind |
US09/370,644 US6433253B1 (en) | 1993-08-09 | 1999-08-06 | Debranching enzymes and DNA sequences coding them, suitable for changing the degree of branching of amylopectin starch in plants |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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DE4327165A DE4327165A1 (de) | 1993-08-09 | 1993-08-09 | Debranching-Enzyme und deren kodierende DNA-Sequenzen, geeignet zur Veränderung des Verzweigungsgrades von Amylopektin - Stärke in Pflanzen |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
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DE4327165A1 true DE4327165A1 (de) | 1995-02-16 |
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Family Applications (1)
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DE4327165A Ceased DE4327165A1 (de) | 1993-08-09 | 1993-08-09 | Debranching-Enzyme und deren kodierende DNA-Sequenzen, geeignet zur Veränderung des Verzweigungsgrades von Amylopektin - Stärke in Pflanzen |
Country Status (8)
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US (2) | US6001628A (de) |
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