Die Zellen des Monozyten / Makrophagen-Systems
sind an der Aktivierung und Aufrechterhaltung von Entzündungskaskaden
im Blut und im Gewebe z . B . im Rahmen der rheumatoiden Arthritis
und bei anderen chronisch entzündlichen
Erkrankungen, aber auch bei autoaggressiven Erkrankungen wesentlich
beteiligt. Bei diesen Erkrankungen sind Monazyten und Makrophagen
hoch aktiviert, zeigen Veränderungen
im Besatz ihrer Oberflächen-Moleküle, treten
mit anderen Zellen in Kontakt und sezernieren bestimmte Botenstoffe
wie u. a. TNF-alpha, die dafür
sorgen, den Entzündungsvorgang
zu unterhalten. TNF-alpha ist ein von Monozyten / Makrophagen, Lymphozyten
und Mastzellen gebildetes Zytokin mit Einfluss auf Entzündung, Sepsis,
Lipid- und Proteinstoffwechsel,
Blutbildung, Angiogenese, Wund heilung und Immunabwehr, das aber
auch zytolytische bzw. zytostatische Wirkung auf Tumorzellen hat.
Bei entzündlichen Erkrankungen zeigen
Monozyten Makrophagen ein charakteristisches, pathologisch verändertes
Genexpressionsmuster mit deutlichen Abweichungen im Vergleich zu
gesunden Probanden. Mit dem Fachmann bekannten bioinformatischen
Methoden wie z. B. der Signifikanz- und Clusteranalyse lassen sich
u. a. Gene mit ähnlichem
Verhalten und hoch- oder niederregulierte Gene aus den Hybridisierungsmustern
eines Nukleinsäurearrays
bestimmen.
Die zunehmende Verfügbarkeit
der Hochdurchsatz-Verfahren in Form von Nukleinsäurearrays, die exponentiell
anwachsenden Informationen zum humanen Genom und der Genexpression,
sowie die globale Vernetzung von Datenbanken mit strukturierten
biomedizinischen Informationen wird die Betrachtungsweise chronisch
entzündlicher
und entzündlich-rheumatischer
Krankheitsbilder grundlegend verändern.
Aus dem verbesserten Verständnis
der molekularen Grundlagen der zell-, gewebs- und krankheitsspezifischen
Genexpression lassen sich die molekularen Abläufe definieren und tragen dazu
bei, eine frühere
Diagnose und verbesserte Prognose zu erlauben. Zum anderen gewährleisten
Mikroarray-Technologien effektivere Therapieformen für die rheumatoide
Arthritis und für
andere chronisch entzündliche
Erkrankungen zu entwickeln und ermöglichen ein schnelles Screeningsystem.
Ferner erlauben diese multiplen Verfahren die Entwicklung von pharmazeutischen
und biologisch wirksamen Medikamenten (Biologicals) zu beschleunigen
und die Testphasen der Medikamentenwirkung, wie auch die Beurteilung
der Medikamenten Nebenwirkungen schneller beurteilen zu können. Aus
diesem Grund stellt dieses Verfahren einen volkswirtschaftlichen
und wirtschaftlichen Gewinn dar.
Die Mikroarray Technologie stellt
eine Miniaturisierung analytischer Verfahren auf der Basis der DNA- bzw.
RNA-Hybridisierung
im Hochdurchsatz-Verfahren dar. Gleichzeitig können dadurch viele tausend
verschiedene DNA/DNA-(DNA/RNA-)
Wechselwirkungen innerhalb eines Testansatzes analysiert werden. mRNA-Expressionsprofile
werden mittels DNA-Arrays durch die Hybridisierung von markierten
cRNA oder cDNA-Proben bestimmt. Diese Technologien erfordern ein
hohes Maß an
Automatisierung und Standardisierung mit Aufbau und Nutzung entsprechender
Proben- und Datenbanken (Sequenzinformationen, Oligonukleotide). Die
derzeit verwendeten DNA-Arrays unterscheiden sich im Trägermaterial
(Nylonmembranen, Glasoberflächen,
Edelmetall bedampfte Glasoberflächen,
Kunststoffe), der Länge
bzw. der Herstellung der an den Träger immobilisierten DNA-Sequenzen
und der Markierungstechnik für
eine zu bindende Probe. In Analogie zu den Methoden der DNA-Hybridisierung
beim Southern-/Dot-Blot können
DNA-Sequenzen auf einem Filter punktförmig und in systematischer
Reihenfolge mit einem Druckkopf durch Spotting, durch Piezo-Druckverfahren (Tintenstrahltechnologie)
oder durch Photolithographie (chemische Direktsynthese auf dem Trägermaterial)
fixiert werden. Die DNA kann dabei eine cDNA, ein PCR-Produkt oder
ein synthetisch hergestelltes Oligonukleotid sein. Jede dieser aufgetragenen
Sequenzen ist damit einem spezifischen Ort in einer bekannten Anordnung
zugeteilt. Aus einer klinischen oder aber pharmazeutisch zu untersuchenden
Probe kann RNA aufgereinigt werden und nach Umschreibung durch reverse
Transkription mit den auf dem Array befindlichen komplementären Nukleinsäurensträngen die
in einer hohen genomweiten Anzahl oder aber einer bereits vorselektionierten
Anzahl aufgebracht sind hybridisiert werden. Die Markierung der
Probe erfolgt dabei mittels eingebauter radioaktiver Nukleotide, über Biotin-Streptavidin Wechselwirkungen,
Digoxigenin-Enzym Verstärkungen oder
aber über
direkte oder indirekte eingebaute Fluoreszenzfarbstoffe. Das Auslesen
der Information erfolgt über
die Intensität
der Radioaktivität
oder der Fluoreszenz an einem spezifischen Ort des Trägermaterials
und lässt
somit Rückschlüsse zu,
welche relative Menge an spezifisch gebundener DNA- bzw. RNA-Sequenz
in der markierten Probe vorhanden war.
Das An- und Abschalten von Genen
ist Grundlage aller biologischen Prozesse und außerdem eine extrem sensitive
Antwort auf veränderte äußere Bedingungen.
Mit der Extraktion von RNA aus einer biologischen Probe, dem Einwirken
von markierter cDNA oder RNA auf einen Nukleinsäure-Array (Hybridisierung)
und dessen Analyse ist innerhalb kürzester Zeit eine große Fülle von
Informationen über
den Zustand der Zellen in der biologischen Probe unter veränderten
Bedingungen möglich.
Die auf der Hybridisierung von Nukleinsäuren beruhende Technologie
hat den Vorteil einer extrem hohen Spezifität, Sensitivität und relativ
leichten, schnellen Durchführbarkeit.
Geschieht das An- oder Abschalten
von Genen in Monozyten/Makrophagen in nicht physiologischer Weise,
so kann es die Ursache von entzündlichen
Erkrankungen oder ein messbares Zeichen für diese sein. Die Therapie
mit anti-TNF wirksamen
Medikamenten sollte im Idealfall die pathologisch veränderte Genexpression
in den betroffenen Zellen auf das Niveau von gesunden Patienten
normalisieren.
Durch Untersuchung der Genexpressionsprofile
ist zu erwarten, dass eine neue molekulare Charakterisierung der
rheumatoiden Arthritis und anderer chronisch entzündlicher
Erkrankungen möglich
wird und damit eine Einteilung in Subgruppen nach pathophysiologischen
Besonderheiten erfolgt. Bei den entzündungshemmenden anti-TNF Therapien
stehen somit prognostische Vorhersagen in Aussicht über die
Agressivität
im weiteren Verlauf. Dies würde
bereits frühzeitig
Einfluß auf
die Wahl und Intensität
der medikamentösen
Therapie mit den bisher bekannten bei chronischen Entzündungen
verwendeten Medikamenten, aber auch mit biologisch wirksamen TNF-Blockern
ausüben.
Zum anderen ergeben sich hieraus weitere Ansatzpunkte, um die Therapieform
im Hinblick auf die potentiellen Nebenwirkungen durch Einflussnahme
dieser Medikamente zu gestalten und die Auswirkung der Nebenwirkungen
rechtzeitig abzuschätzen.
Durch anti-TNF gerichtete Therapien
bei der rheumatoiden Arthritis und anderen chronisch entzündlichen
oder autoaggressiven Erkrankungen wird zum einen eine potentielle
Entstehung neoplastischer Veränderungen
bis hin zur Tumorbildung diskutiert, zum anderen vermindert die
anti-TNF Therapie
die Immunabwehr, sodass bei den behandelten Patienten vermehrt Infektionen
auftreten, u. a. Tuberkulose.
Mit Hilfe von Nukleinsäure-Array-Systemen
kann die Expression tumorrelevanter Gene im Verlauf der anti-TNF
Behandlung überprüft und somit
frühzeitig
Hinweise auf mögliche
neoplastische Veränderungen
geben, so dass einer beginnenden Tumorentwicklung rechtzeitig entgegengesteuert
und die anti-TNF Therapie entsprechend angepasst oder falls nötig abgebrochen
werden kann.
Der Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde,
Mittel zur Überwachung
der Wirksamkeit sowie von Nebenwirkungen der anti-TNF Therapie zu
schaffen, aber auch die Feindiagnostik einer entzündlichen
Erkrankung und damit die Auswahl der für den jeweiligen Patienten
effektivsten Therapieform zu ermöglichen.
Eine weitere Aufgabe der vorliegenden Erfindung besteht darin, die
Wirksamkeit und Nebenwirkungen neuer anti-TNF gerichteter Pharmaka
im Rahmen von klinischen Studien zu verfolgen. Erfindungsgemäß wird ein
neuer Array geschaffen bestehend aus Oligo- oder Polynukleotidsonden,
die immobilisiert auf einem festen Träger aufgebracht sind. Verglichen
mit bisher bekannten genomweiten DNA-Chips ist der Vorteil der Erfindung
eine Kostenersparnis bei der Herstellung des Nukleinsäurearrays,
weil es überwiegend
nur Gene enthält,
die zur Lösung
der Aufgabe der Erfindung interessant sind, was den Aufwand der
Datenauswertung minimiert und damit verbilligt.
Erfindungsgemäß wird die Aufgabe durch einen
Nukleinsäure-Array
gelöst,
auf dessen Oberfläche
Sequenzen einer Auswahl oder aller der in den Tabellen 1 bis 6 genannten
selektiven Monozyten-Makrophagen-Gene aufgebracht sind. Anhand des
Gen- oder Sequenznamens oder der Accession-Nummer kann die Sequenz aus öffentlich
zugänglichen
Datenbanken, vorzugsweise GeneBank oder EMBL, ermittelt werden. Die
Sequenzen der aus dem Array befindlichen Nukleinsäuren können aus
Genen bestehen, deren Expressionsniveau durch eine anti-TNF wirksame
Therapie verändert
wird.
Gegebenenfalls können auf dem erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Array
weitere Gene vorhanden sein, vorteilhaft sol che, von denen bekannt
ist, dass sie in jeder Zelle exprimiert werden und zur Grundausstattung
der Zelle gehören.
Die Gene, die für
diese Nukleinsäuren
codieren, werden üblicherweise
als Haushalts- oder Housekeeping-Gene
bezeichnet und werden zur Normierung der erhaltenen Signale verwendet.
Das Array kann die genannten Sequenzen in Form von DNA, komplementärer RNA
oder chemisch modifizierten Nukleinsäuren, vorzugsweise PNA (protein
nucleic acid) enthalten.
Bei den Genen oder Gensequenzen kann
es sich um krankheits- und nebenwirkungsrelevante selektionierte
Gene der rheumatoiden Arthritis oder anderer chronisch entzündlicher
Erkrankungen handeln, vorzugsweise aus dem Monozyten/Makrophagen-Zellsystem.
Gegebenenfalls können
auf den Oberfläche
des Arrays auch Allele, Derivate und/oder Splicingvarianten der
Gen- oder Genteilsequenzen oder Oligomersequenzen vorliegen. Die Übereinstimmung
der Sequenzen auf dem Array mit den entsprechenden Sequenzen in
Tabelle 1-6 soll dabei mindestens 80 % in den Proteinkodierenden
Abschnitten der mRNA betragen.
Der Träger, auf den die Nukleinsäuren aufgetragen
werden, kann jeder Träger
sein, der normalerweise für
RNA- oder DNA Arrays verwendet wird. Die Verfahren zum Auftragen
und Immobilisieren der Nukleinsäuren
sind Stand der Technik und dem Fachmann bekannt. Zur Kopplung der
genannten Sequenzen kann der Träger
mit reaktiven Gruppen, Metallverbindungen oder Legierungen beschichtet
sein. Die Gene oder Gensequenzen können bespielsweise durch Spottingverfahren,
Immobilisierungsverfahren oder durch in-sito Syntheseverfahren von
Oligomeren oder spiegelbildlich in Form von RNA aufgebracht werden.
Das erfindungsgemäße Array kann beispielsweise
zur Messung der Monozyten/Makrophagen Aktivierung oder der Entzündungsaktivität im Blut
oder Zellgewebe bei entzündlichen
Erkrankungen, vorzugsweise der rheumatoiden Arthritis verwendet
werden. Das Array kann z. B. zur Früherkennung der genannten Erkrankungen
bei genetisch vorbelasteten Patienten verwendet werden, noch bevor
sich klinische Symptome manifestieren. Ein weiterer Einsatzbereich
ist die Feindiagnostik, vorzugsweise die Einteilung von Patienten
in Subgruppen, die jeweils eine unterschiedliche Therapie und unterschiedliche
Medikamente benötigen.
Das Array kann ferner zur Therapieüberwachung, zur Verfolgung
von Nebenwirkungen, zur Erstellung einer Prognose und zur Indentifizierung
neuer pharmazeutischer Targets bei den genannten Erkrankungen verwendet
werden.
Dazu werden den zu untersuchenden
Patienten Blut oder Gewebeproben entnommen, aus denen RNA mit bekannten
Standardtechniken isoliert und gegebenenfalls als Gesamt-RNA oder
Poly A+-RNA weiterverwendet wird. Mit reverser Transkriptase kann
die RNA in cDNA umgeschrieben und dabei mit einer Markierung versehen
werden, z. b. einem Fluoreszenzfarbstoff, einem radioaktiven Nuklid
oder einem Enzym wie alkalische Phosphatase. Daneben kann die RNA
direkt markiert oder unmarkiert zur Hybridisierung des Nukleinsäure-Arrays
eingesetzt werden. Nach Hybridisierung des Arrays mit den Nukleinsäureproben
und nachfolgenden Waschschritten kann die Bindung der Probe an die
auf dem Array befindlichen Sequenzen mit jedem geeigneten Verfahren
analysiert werden. Im Falle einer Fluoreszenzmarkierung sind dies
optische Verfahren, bei radioaktiv markieren Proben käme eine
Autoradiographie zur Anwendung und bei einer Enzymmarkierung entzymatische Nachweisverfahren,
z. B. die Umsetzung eines farblosen Substrates zu einem farbigen Produkt.
Ein inverser Nachweis von festphasengebundener
Total- oder mRNA mit den Sequenzen aus Tabelle 1-6 ist ebenfalls
möglich.
Dazu werden auf den RNA-Mikroarrays Blut- oder gewebsspezifische
RNA-Moleküle von
bis zu 500 Patienten gebunden. Der qualitative / quantitative Nachweis
der Transkriptmenge relevanter Gene erfolgt dann mit den in Tabelle
1-6 beschriebenen selektionierten Genen, Genabschnitten oder Oligomeren.
Die RNA-Proben werden auf Kopplungsträger gespottet und setzen sich
aus Total-RNA oder messenger-RNA zusammen. Die RNA dient dabei als
Target für
die aus DNR-Mikroarrays abgeleiteten hoch signifikant exprimierten
Gene nach Tabelle 1-6, die als markierte Sonden zur Hybridisierung
eingesetzt werden. Vorgeschlagen wird das Koppeln biotinylierter
RNA oder messenger-RNA auf Streptavidin beschichteten Glasträgern (Slides).
Nach Markierung der RNA mit Biotinderivaten, wird die RNA auf Poly-L-Lysin
behandelten vorzugsweise aber auf mit Streptavidin beschichteten
Glas- oder Plastikslides durch Spotting aufgebracht und getrocknet.
Eine Degradation der RNA wird so verhindert. Alternativ bietet sich
eine kovalente Kopplung der RNA durch Bindung an reaktive Trägermaterialien
an, die vorzugsweise durch UV-Bestrahlung katalysiert wird. Zusätzlich ist
eine multiple, gleichzeitige Markierung verschiedener Gene, Geneinheiten
oder Oligomere mit verschiedenen Markierungs-Spezies, z.B. Radioaktivität, Fluoreszein,
Digoxigenin und enzymatischen Markierungen vorteilhaft.
Parallel unterschiedliche Markierungen
der Sonden mit unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen sind möglich. Alternativ
sind enzymatische oder aber radioaktive Sonden markierungen zu nennen.
Zur Quantifizierung und Qualitätskontrolle
werden markierte Haushaltsgene (alpha-, beta, gamma-Aktin, GAPDH
usw.) eingesetzt. Bevorzugt wird der Nachweis hier parallel und
gleichzeitig mit maximal 50 Gensonden pro Ansatz gleichzeitig durchgeführt.
Neben der Vereinfachung der biometrischen
Analyse durch Kopplung von RNA Spezies an Trägermaterialien erlaubt dieses
System eine schnelle Diagnostik und bietet eine komplexe für den Patienten
individuell schnelle Diagnostik, Prognostik und Therapiesteuerung.
Insbesondere bei pharmakologischen Entwicklungsstrategien erlaubt
das System eine schnelle Durchführung
mit hohem Durchsatz.
Die folgenden Beispiele und Abbildungen
dienen nur zur Erläuterung
und beschränken
in keiner Weise den Umfang der Erfindung.
1. Isolierung von Monozyten
Im hier angewandten Verfahren wurde
die Auswahl selektiver hochreiner Monozyten des peripheren Blutes
benutzt, um eine Aussage Z.) zur Krankheitsspezifität, 2.) der
Anwendung des Therapeutikums anti-TNF-alpha, als "Biological", 3.)
im Vergleich zum Gesunden Probanden, als auch 4.) zur Bewertung
von anti-TNF-alpha relevanten gendiagnostischen Möglichkeiten,
zu ermöglichen.
Dabei wurden die peripheren Blut-Leukozyten aus peripherem Blut
durch eine Fikollgradienten-Dichtezentrifugation angereichert. Diese Fraktion,
die individuell unterschiedliche Zusammensetzung aus Monozyten (5-12%),
CD4+ T-Zellen (85-92 %), CD8+ T-Zellen (5-10%), NK-Zellen (2-5%),
basophilen und neutrophilen Granulozyten aufweist, wurde zur Gewinnung
spezifischer Monozytenfraktionen weiteren Reinigungsschritten unterzogen.
Hierbei kamen sowohl Negativ selektionen, bei denen sämtliche
andere Zellfraktionen über
magnetische Beads-Antikörper Wechselwirkungen
entfernt werden, als auch Positivselektionen durch CD14+ Markierung über magnetische Beads
oder aber FACS Zellsortierungsverfahren zum Einsatz. Bei beiden
Verfahren ergaben sich Monozyten-Zellreinheiten von ca. 96 %.
2. RNA-Gewinnung
Die reinen Monozytenfraktionen wurden
in RNA-Lysepuffer aufgenommen und die RNA dann über einen kommerziell erhältlichen
RNA Reinigungskit (Qiagen) gereinigt. Die RNA wurde über etablierte
cDNA Umschreibemethoden durch reverse Transkription in cDNA umgeschrieben
und dann einem weiteren linearen Amplifikationsschritt durch das
angewandte "Eberwine Protokoll" zur Herstellung von aRNA (amplifizierte RNA)
unterzogen. Die Quantität
und Qualität
der RNA, cDNA, und aRNA wurde jeweils durch Gelelektrophorese, photometrische
Bestimmung und über
Messungen mit dem Bioanalyzer 2100 (Fa. Agilent) verifiziert.
3. Affymetrix Chip Hybridisierung
Für
Expressionsanalysen werden im System der Firma Affymetrix spezifische
direkt aus Datenbanksequenzen abgeleitete Oligonukleotide als DNA-Proben
verwendet. Diese werden auf dem Array mit Targets aus fluoreszenz-markierten
revers transkribierten Proben in Form von cDNA oder mit linear amplifizierten
Proben in Form von aRNA hybridisiert.
Die Hybridisierung des genomweiten
Affymetrix-Arrays (U-133A)
und weitere Bearbeitung erfolgt maschinell unter Standardbedingungen
nach Angaben des Herstellers Affymetrix in einem speziellen Hybridisierungs-
und Waschgerätgerät mit den
speziellen Puffern. Genexpressionsmuster werden nach Hybridisierung über das
Verhältnis
der Fluoreszenzintensitäten
bei einer bestimmten Wellenlänge
erstellt. Solche Hochdurchsatz-Expressionsanalysen erlauben Vergleiche
der Expressionsmengen von Genen gleichzeitig in gesundem und krankem
Personen oder Vergleiche der Genexpression vor und nach Arzneimittelzugabe
zur Risikoabschätzung
(Pharma-/Toxikogenomik), zur Feindiagnostik und Abschätzung der
Komplexität
von Erkrankungen.
4. Datenauswertung
Zum Einsatz kamen dabei aRNA Proben
aus peripheren Blut-Monozyten
1.) gesunder Blutspender, 2.) chronisch aktiver Patienten mit rheumatoider
Arthritis vor Behandlung und 3.) nach Behandlung mit TNF-alpha Antikörpern. Der
Behandlungserfolg wurde über
laborklinisch eindeutige Parameter und nach den klinisch anzuwendenden
Kriterien der internationalen gültigen
Parameteruntersuchungen (ACR-Kriterien)
abgeschätzt.
Ziel und Zweck dieser Dreigruppenuntersuchung war es, charakteristische
Genexpressionen in folgenden Gruppendefinitionen festzustellen:
- 1.) Eine genregulatorische Krankheitsspezifität bei der
aktiven unbehandelten rheumatoiden Arthritis, im Vergleich zur Genexpression
gesunder Probanden.
- 2.) Eine genregulatorisch spezifische Interpretation der anti-TNF-alpha-Behandlung
zu charakterisieren und eine Bewertung der Behandlung im Vergleich
zur Genexpression der aktiven unbehandelten Krankheit und im Vergleich
zur Genexpression der gesunden Probanden durchzuführen,
- 3.) Die Bewertung von Nebenwirkungen durch das Medikament="Biological"
anti-TNF zu gewährleisten. Hierbei
wurde die spezifische Genexpression der anti-TNF-alpha behandelten
Patienten mit rheumatoider Arthritis mit der Genexpression der unbehandelten
selben Patienten, und der von gesunden Blutspender verglichen.
Die Bearbeitung und Messung der einzelnen
Genexpressionen innerhalb des genomweiten humanen Affymetrix-Arrays
(U-133A) erfolgte
innerhalb des zugehörigen
Affymetrix Hybridisierungs-/ Wasch- und Auslesegerät – System.
Die Auswertung vollzieht sich in 4 Schritten:
- 1.
Bestimmung der bei der Expressionsanalyse detektierten signifikanten
Gene, z. B. durch die „Fold-Change Method" oder
SAM („Significance
Analysis of Microarrays").
- 2. Separation der signifikanten Gene in verschiedene Sub-Populationen
auf der Grundlage der Untersuchung der Expressionseigenschaften
dieser Gene mittels Cluster-Analyse mit Verfahren wie „Hierarchical Clustering", „Self-Organizing
Maps" oder „k-Means-Clustering".
- 3. Auswertung des Verhaltens der signifikanten Gene innerhalb
der Cluster unter Einbeziehung der klinischen Informationen (rheumatoide
Arthritis (RA), anti-TNF-Therapie) und nach den Erfahrungswerten
von Spezialisten.
- 4. Zuordnung der beteiligten Gene nach biologischen Pathways.
Allgemeines Verhalten der signifikanten
Gene innerhalb der Cluster:
schematische
Darstellung der Clusteranalyse
1:
Das Genexpressionsverhalten eines
gesunden Normalspenders (NS) sowie und eines aktiven Patienten mit
rheumatoider Arthritis (RA) vor und nach einer anti-TNF-alpha Therapie
wurden mittels Clusteranalyse verglichen. Die Ergebnisse sind in
den 1 und 2 dargestellt.
Clusteranalyse
anhand realer Daten.
2:
Dargestellt sind die Genexpressionen
der Clusteranalyse (n=6 Cluster). Die Anzahl der beteiligten Gene
ist in Klammern wiedergegeben. Als Ergebnis der Clusteranalyse erhält man zusätzlich zum
durchschnittlichen Genexpressions-Verhalten aller in einem Cluster
befindlichen Gene ein Vertrauensintervall.
Die Cluster weisen dabei folgende
Charakteristiken auf:
CLUSTER-1: Die krankheitsspezische
Genexpression ist kleiner im Vergleich zum Gesunden, die anti-TNF-Behandlung ist
hier ohne genregulatorische Wirkung.
CLUSTER-2: Nebenwirkungen: Dargestellt
durch die Medikamentenwirkung der Anti-TNF-alpha Behandlung besteht
eine verminderte Expression der zugehörigen Gene beim behandelten
Patienten.
CLUSTER-3: Die krankeitsspezifische
Genexpression größer im Vergleich
zum Gesunden. Die anti-TNFalpha Behandlung zeigt einen positiven
Effekt.
CLUSTER-4: Die krankheitsspezifische
Genexpression ist kleiner im Vergleich zum Gesunden. Die anti-TNF-Behandlung zeigt
einen positiven Effekt.
CLUSTER-5: Nebenwirkungen: Dargestellt
durch die Medikamentenwirkung der anti-TNF-alpha Behandlung besteht
eine erhöhte
Expression der zugehörigen
Gene beim behandelten Patienten.
CLUSTER-6: Die krankheitsspezische
Genexpression ist größer im Vergleich
zum Gesunden. Die anti-TNFalpha Behandlung ist hier ohne genregulatorische
Wirkung.
In den Tabellen 1-6 sind die in den
oben beschrieben Clustern enthaltenen Gene zusammen mit der Affymetrix
Bezeichnung (links) und ihrer definierten GeneBank-Accession Nummer
inkl. einer Beschreibung aufgeführt.
