Aufgabe
der vorliegenden Erfindung war es deshalb, weitere gegebenenfalls
verbesserte mutierte Proteinvarianten für eine γ-Glutamylkinase zur Verfügung zu
stellen, die in einem technischen Prozess zur fermentativen Herstellung
von L-Prolin vorteilhaft zum Einsatz kommen können.
Diese
und weitere nicht näher
genannte, sich jedoch in naheliegender Weise aus dem Stand der Technik
ergebende Aufgaben, werden durch die Angabe der γ-Glutamylkinasen des Anspruchs
1 gelöst.
Anspruch 2 ist auf bevorzugte Enzyme dieser Gattung gerichtet. Anspruch
3 betrifft die diese Enzyme codierenden Nukleotidsequenzen, während Anspruch
4 auf rekombinant hergestellte Vehikel gerichtet ist, die die eben
genannten Nukleotidsequenzen aufweisen. Anspruch 5 schließlich betrifft
ein erfindungsgemäßes Herstellerverfahren
für L-Prolin
unter Zuhilfenahme der angesprochenen Enzyme.
Dadurch,
dass man eine γ-Glutamylkinase
(ProB-Genprodukt), welche an Aminosäureposition 149 oder vergleichbarer
Position eine andere proteinogene Aminosäure aufweist als Glycin, bereitstellt,
gelangt man besonders überraschend
dafür aber
nicht minder vorteilhaft zur Lösung
der gestellten Aufgabe. γ-Glutamylkinasen
mit einer entsprechenden Mutation helfen gegenüber den Wildtyp-Enzymen, L-Prolin
in verbesserter Art und Weise in einem technischen fermentativen
Herstellprozess zu produzieren. Mit den Methoden der Erfindung kann
die Leistung der Wirtsorganismen bzw. des Fermentationsprozesses
bezüglich
eines oder mehrerer der Parameter ausgewählt aus der Gruppe der Produkt-Konzentration
(Produkt pro Volumen), der Produkt-Ausbeute (gebildetes Produkt
pro verbrauchter Kohlenstoff-Quelle) und der Produkt-Bildung (gebildetes
Produkt pro Volumen und Zeit) oder auch anderer Prozess-Parameter und Kombinationen
davon um mindestens 0,5%, mindestens 1%, mindestens 1,5% oder mindestens
2% bezogen auf den Ausgangstamm bzw. Elternstamm bzw. den Fermentationsprozess
unter Verwendung derselben verbessert werden.
Vorzugsweise
werden γ-Glutamylkinase
bereitgestellt, bei denen sich an der erfindungsgemäß bezeichneten
oder vergleichbaren Aminosäuresäureposition
eine Aminosäure,
bevorzugt L-Aminosäure,
ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus Lys, Asn, Arg, Ser, Thr, Ile, Met,
Glu, Asp, Ala, Val, Gln, His, Pro, Leu, Tyr, Trp, Cys oder Phe befindet.
(Die genannten Aminosäuren
enschließlich
des Glycins werden in der Fachwelt auch als proteinogene Aminosäuren bezeichnet.)
Ganz besonders bevorzugt ist der Austausch Glycin gegen L-Asparaginsäure an Position
149 (G149D) in besagtem Enzym. Äußerst bevorzugt
ist eine wie oben dargestellte erfindungsgemäße γ-Glutamylkinase, deren Länge 369 ± 40, vorzugsweise ±20, mehr
bevorzugt ±10 und
ganz besonders bevorzugt ±5
Aminosäuren
oder ±3
Aminosäuren
beträgt.
Es ist bekannt, dass wirtseigene Enzyme, sogenannte Aminopeptidasen,
die N-terminale Aminosäure
Methionin des gebildeten Proteins abspalten können. Es ist weiterhin bekannt,
dass durch Abspaltung von einer (1) oder zwei (2) maximal drei (3) Aminosäuren vom
C-terminalen Ende des Proteins die Enzymaktivität nicht oder höchstens
unwesentlich beeinträchtigt
wird. Die Länge
des Enzyms kann jedoch durch Anhängen
von bestimmten Fusionsproteinen vergrößert sein (s.u.).
Umfasst
ist dabei auch die Aminosäuresequenz
der SEQ ID NO.: 2, vorzugsweise 4, oder eine Sequenz, die zu mindestens
90% identisch mit diesen ist, wobei für die Sequenzen gilt, dass
an Position 149 oder vergleichbarer Position der erfindungsgemäße Aminosäureaustausch
des Glycins gegen eine andere insbesondere die als bevorzugt genannten
Aminosäuren
vorhanden ist. Von der Erfindung sind also auch solche Enzyme umfasst,
die die vorstehend genannten Identitätswerte auf Aminosäureebene
im Vergleich zur SEQ ID NO.: 2, vorzugsweise 4, aufweisen. Diese
können
ebenfalls aus natürlichen
Quellen stammen. Andererseits können
sie durch rekombinante DNA-Technologie dergestalt verändert worden
sein, dass für
den Fachmann vorhersehbar die enzymatische Aktivität erhalten
oder im wesentlichen erhalten bleibt (vgl. beispielsweise Sambrook
et al, „Molecular
Cloning, A Laboratory Handbook",
2. Auflage 1989, CSH Press, Cold Spring Harbor, Ausubel et al. „Current
Protocols in Molecular Biology",
John Wiley & Sons,
NY 2001). So können
Aminosäuren,
die sich nicht im aktiven Zentrum befinden und von denen prima facie
nicht erwartet wird, dass der Austausch durch eine „gleichartige" Aminosäure zu einer
wesentlich veränderten
dreidimensionalen Struktur führt,
durch eine „gleichartige" Aminosäure ausgetauscht
werden. Beispielsweise kann erwartet werden, dass bestimmte Aminosäuren mit
nicht polaren Seitenketten (gleichartige Aminosäuren), z.B. Isoleucin durch
Valin, ausgetauscht werden können,
ohne das dies einen (wesentlichen) Einfluss auf die biologische
bzw. enzymatische Funktion des Enzyms, im Sinne der Erfindung auf
die enzymatische Aktivität
hätte.
Auf der Basis seines Fachwissens kann der Fachmann entsprechende
Schlussfolgerungen auch für
den Austausch anderer Aminosäurearten
(zum Beispiel den Ersatz basischer Aminosäuren durch andere basische
Aminosäuren
oder von Aminosäuren
mit ungeladenen polaren Seitenketten durch andere Aminosäuren aus
dieser Gruppe) erstellen.
Ebenfalls
bevorzugt ist eine γ-Glutamylkinase,
welche mindestens die Aminosäuresequenz
entsprechend den Positionen oder vergleichbaren Positionen 145 bis
154, mehr bevorzugt 130 bis 169 und ganz besonders bevorzugt 110
bis 189 von SEQ. ID NO.: 2, vorzugsweise 4, aufweist, wobei die
Länge der
Aminosäuresequenz
der γ-Glutamylkinase
den oben angegebenen Werten entsprechen kann.
In
einer weiterhin bevorzugten Ausführungsform
enthalten die erfindungsgemäßen Enzyme
darüber hinaus
mindestens einen heterologen Aminosäureabschnitt, der diese Polypeptide
als Fusionsproteine kennzeichnet. Heterologe Bestandteile des erfindungsgemäßen Fusionsproteins
können beispielsweise
Tags (z. B. His-Tag oder Flag-Tag) sein, die bei der Aufreinigung
der erfindungsgemäßen Fusionsproteine
eingesetzt werden können.
In anderen Ausführungsformen
können
die heterologen Bestandteile eine eigene enzymatische Aktivität aufweisen.
In einem derartigen Fall sind die beiden enzymatischen Komponenten
vorzugsweise durch einen Linker wie einen flexiblen 6–10 Aminosäure langen
Glycin oder Glycin-Serin Linker verbunden, um die Funktionalität der Komponenten
zu gewährleisten.
Wie hier verwendet, kann der Begriff „heterolog" einerseits bedeuten, dass die Komponenten
des Fusionsproteins natürlicherweise
nicht zusammen kovalent verbunden vorkommen, andererseits, dass
die Komponenten aus verschiedenen Spezies stammen. Fusionsproteine
werden üblicherweise
durch rekombinante DNA-Technologie hergestellt (siehe Sambrook et
al., a.a.O.).
In
einer weiteren Ausgestaltung bezieht sich die vorliegende Erfindung
auf eine Nukleotidsequenz (Nucleinsäuresequenz) kodierend für eine wie
oben dargestellte erfindungsgemäße γ-Glutamylkinase.
Gegenstand der Erfindung sind demnach auch für das Enzym γ-Glutamylkinase kodierende,
replizierbare Nukleotidsequenzen, wobei die zugehörigen durch
diese Nukleotidsequenzen kodierten Aminosäuresequenzen an Position 149
oder vergleichbarer Position jede proteinogene Aminosäure aufweisen
können
ausgenommen Glycin.
Vorzugsweise
kodieren die erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen
für eine γ-Glutamylkinase,
wobei die zugehörige,
kodierte Aminosäuresequenz
an Position 149 oder vergleichbarer Position eine Aminosäure ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus Lys, Asn, Arg, Ser, Thr, Ile, Met, Glu,
Asp, Ala, Val, Gln, His, Pro, Leu, Tyr, Trp, Cys oder Phe enthält. Ganz
besonders bevorzugt ist eine solche Nukleotidsequenz, die für eine γ-Glutamylkinase
kodiert; welche an Position 149 oder vergleichbarer Position eine
L-Asparaginsäure aufweist.
Gegenstand
der Erfindung sind ebenfalls replizierbare Nukleinsäuresequenzen,
die für
eine γ-Glutamylkinase
kodieren, welche an Position 149 oder vergleichbarer Position den
erfindungsgemäßen Aminosäureaustausch
aufweist, wobei diese
- a) mindestens 70% identisch
zur Seq. ID NO.: 1, vorzugsweise SEQ. ID NO.: 3, sind, oder
- b) für
eine erfindungsgemäße γ-Glutamylkinase
kodieren, welche eine Länge
von 369 ± 40
Aminosäuren besitzt,
oder
- c) für
eine erfindungsgemäße γ-Glutamylkinase
kodieren, wobei diese mindestens von Position oder vergleichbaren
Position 145 bis 154 die Aminosäuresequenz
der SEQ. ID NO.: 2, vorzugsweise SEQ. ID NO.: 4, aufweist, oder
- d) für
eine erfindungsgemäße γ-Glutamylkinase
kodieren, wobei diese mindestens von Position oder vergleichbaren
Position 145 bis 154 die Aminosäuresequenz
der SEQ. ID NO.: 2, vorzugsweise SEQ. ID NO.: 4, aufweist und mit
der zu SEQ. ID NO.: 1 oder SEQ ID NO.: 3 komplementären Nukleotidsequenz
unter stringenten Versuchsbedingungen hybidisiert, oder
- e) für
das erfindungsgemäße Enzym γ-Glutamylkinase
kodierende, replizierbare Nukleotidsequenz, deren Basensequenz an
der Position 446 Adenin enthält,
wie in SEQ ID NO.: 3 dargestellt.
Vorzugsweise
sind ebenfalls replizierbare Nukleinsäuresequenzen, die für erfindungsgemäße γ-Glutamylkinasen kodieren,
welche eine Länge
von 369 ± 20,
mehr bevorzugt ±10
und ganz bevorzugt ±5
oder ±3, Aminosäureresten
besitzen, vom Anspruchsumfang umfasst.
Gegenstand
der Erfindung ist auch eine Nukleotidsequenz wie in SEQ. ID NO.:
1, vorzugsweise 3, dargestellt. Mitumfasst sind wie gesagt auch
solche Sequenzen, die zu dieser Sequenz eine Identität auf Nukleotidebene
aufweisen, die mindestens 70% beträgt. Ein Beispiel für eine Nukleotidsequenz,
die mindestens 70% identisch ist mit der von SEQ ID NO.: 3, ist
in SEQ ID NO.: 5 gezeigt. SEQ ID NO.: 6 zeigt die von SEQ ID NO.:
5 kodierte Aminosäuresequenz
der γ-Glutamylkinase.
Gegenstand
der Erfindung sind ebenfalls replizierbare Nukleinsäuresequenzen,
die für γ-Glutamylkinasen
kodieren, welche bevorzugt mindestens die Aminosäuresequenz entsprechend Position
130–169
oder vergleichbarer Position und ganz besonders bevorzugt Position
110 bis 189 von SEQ ID NO: 2, vorzugsweise 4, enthalten und mit
der zu SEQ ID NO: 1 oder SEQ ID NO.: 3 komplementären Nukleotidsequenz
unter stringenten Versuchsbedingungen hybridisieren.
Der
Begriff „komplementär" bedeutet erfindungsgemäß, dass
sich die Komplementarität über den
gesamten Bereich des erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküls ohne
Lücken
erstreckt. Mit anderen Worten ist es erfindungsgemäß bevorzugt,
dass die Komplementarität
sich zu 100% über
den gesamten Bereich der erfindungsgemäßen Sequenz, d.h. vom dargestellten
5'-Ende bis zum
dargestellten 3'-Ende,
insbesondere der Kodierregion (cds), erstreckt. In weiteren bevorzugten
Ausführungsformen
erstreckt sich die Komplementarität über einen Bereich von mindestens
19, bevorzugt mindestens 21 aufeinanderfolgenden Nukleotiden, die
bevorzugt nicht für
das aktive Zentrum der enzymatischen Aktivität kodieren.
Bevorzugt
sind solche Nukleinsäuresequenzen,
die aus coryneformen Bakterien, bevorzugt Corynebacterium glutamicum,
stammen. Nukleinsäuresequenzen
von Genen oder Allelen, die in der Population einer Art vorhanden
sind, werden in der Fachwelt auch als endogene Gene oder Allele
bezeichnet.
Einen
weiteren Gegenstand der vorliegenden Erfindung bilden rekombinante
(rec-) Vehikel, welche die erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen aufweisen.
Als Vehikel kommen alle dem Fachmann für diesen Zweck in Frage kommenden
Ausführungsformen
in Betracht, insbesondere Vektoren und Wirtsorganismen.
Als
Wirtsorganismen sind diesbezüglich
Organismen wie z.B. Hefen wie Hansenula polymorpha, Pichia sp.,
Saccharomyces cerevisiae, Prokaryonten, wie E. coli, Bacillus subtilis,
coryneforme Bakterien, wie Corynebacterium glutamicum oder Eukaryonten,
wie Säugerzellen,
Insektenzellen oder Pflanzenzellen zu nennen. Diese reichern ggf.
bereits vor den Massnahmen der vorliegenden Erfindung L-Prolin in
ihren Zellen oder in dem sie umgebenden Fermentationsmedium an.
Der erfindungsgemäße Wirt
ist also in dieser bevorzugten Ausführungsform eine rekombinante
Zelle, die mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz oder
einem erfindungsgemäßen Vektor
(s.u.) transformiert oder transfiziert oder per Konjugation mit
diesen versehen wurde (die Begriffe „Transformation" und „Transfektion" und „Konjugation" werden gemäß dieser
Erfindung sinngleich verwendet). Die Transformation bzw. Transfektion
kann nach bekannten Methoden erfolgen, z.B. durch Calciumphosphat-Copräzipitation,
Lipofektion, Elektroporation, Partikelbeschuß oder virale Infektion. Die
erfindungsgemäße Zelle
kann die rekombinante Nukleinsäure
in extrachromosomaler oder chromosomal integrierter Form enthalten.
Mit anderen Worten kann die Transfektion/Transformation eine stabile oder
transiente Transfektion/Transformation sein. Die Verfahren zur Klonierung
sind dem Fachmann wohlbekannt (Sambrook, J.; Fritsch, E. F. und
Maniatis, T. (1989), Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press,
New York). Für
die rekombinanten Herstellungs- und Mutagenesemethoden können E.
coli-Stämme
benutzt werden. Dies sind unter anderem: E. coli XL1 Blue, NM 522,
JM101, JM109, JM105, RR1, DH5α,
TOP10 , HB101, BL21 codon plus, BL21 (DE3) codon plus, BL21, BL21
(DE3), MM294. Plasmide, mit denen das die erfindungsgemäße Nukleinsäure aufweisende
Genkonstrukt unter anderem in den Wirtsorganismus kloniert wird,
sind dem Fachmann ebenfalls bekannt (s.a. PCT/EP03/07148; s.u.).
Bei
der Gattung Corynebacterium als Wirt ist insbesondere die in der
Fachwelt bekannte Art Corynebacterium glutamicum zu nennen. Bekannte
Wildtypstämme
der Gattung Corynebacterium sind beispielsweise
Corynebacterium
glutamicum ATCC13032
Corynebacterium acetoglutamicum ATCC15806
Corynebacterium
acetoacidophilum ATCC13870
Corynebacterium effiziens DSM 44549
Corynebacterium
melassecola ATCC17965
Corynebacterium thermoaminogenes FERM
BP-1539
Brevibacterium flavum ATCC14067
Brevibacterium
lactofermentum ATCC13869 und
Brevibacterium divaricatum ATCC14020.
Angaben
zur taxonomischen Einordnung von Stämmen dieser Gruppe von Bakterien
findet man unter anderem bei Kämpfer
und Kroppenstedt (Canadian Journal of Microbiology 42, 989–1005 (1996))
und in der US-A-5,250,434. Seit einigen Jahren (Liebl et al., International
Journal of Systematic Bacteriology 41(2), 255–260 (1991)) werden coryneforme
Bakterien mit Artbezeichnung „Brevibacterium
flavum", „Brevibacterium lactofermentum" und „Brevibacterium
divaricatum" in
die Art Corynebacterium glutamicum eingeordnet. Coryneforme Bakterien
mit Artbezeichnung „Corynebacterium
melassecola" gehören ebenfalls
zur Art Corynebacterium glutamicum.
L-Prolin
produzierende Stämme
coryneformer Bakterien sind beispielsweise die in der
US 4,224,409 und
US 4,444,885 beschriebenen Stämme
Brevibacterium
lactofermentum NRRL B-11421,
Brevibacterium flavum NRRL B-11422,
Corynebacterium
glutamicum NRRL B-11423,
Microbacterium ammoniaphilum NRRL
B-11424,
Corynebacterium glutamicum ATCC 21157,
Corynebacterium
glutamicum ATCC 21158,
Corynebacterium glutamicum ATCC 21159,
Corynebacterium
glutamicum ATCC 21355,
Corynebacterium acetophilum FERM-P 4045,
Corynebacterium
acetoacidophilum FERM-P 4962,
Arthrobacter citreus FERM-P 4963,
und
Microbacterium ammoniaphilum FERM-P 4964.
In
den erfindungsgemäßen Vektoren
liegen die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen
bevorzugt in operativer Verknüpfung
mit einer Expressionskontrollsequenz vor, so dass sie in eine geeigneten
Wirtszelle transkribiert und gegebenenfalls translatiert werden
können.
Expressionskontrollsequenzen umfassen üblicherweise einen Promotor
und gegebenenfalls weitere regulatorische Sequenzen wie Operatoren
oder Enhancer. Weiterhin können
auch Translations-Initiationssequenzen vorhanden sein. Geeignete
Expressionskontrollsequenzen für
prokaryontische oder eukaryontische Wirtszellen sind dem Fachmann
bekannt (siehe z.B. Sambrook et al., a.a.O.). Der erfindungsgemäße rekombinante
Vektor kann weiterhin noch übliche
Elemente wie einen Replikationsursprung und ein Selektionsmarkergen
enthalten. Beispiele für
geeignete rekombinante Vektoren sind Plasmide, Cosmide, Phagen,
oder Viren (siehe z.B. Sambrook et al., supra).
Als
Plasmide kommen im Prinzip alle dem Fachmann für diesen Zweck zur Verfügung stehenden
Ausführungsformen
in Frage. Derartige Plasmide können
z. B. von Studier und Mitarbeiter (Studier, W. F.; Rosenberg A.
H.; Dunn J. J.; Dubendroff J. W.; (1990), Use of the T7 RNA polymerase
to direct expression of cloned genes, Methods Enzymol. 185, 61–89) oder
den Broschüren
der Firmen Novagen, Promega, New England Biolabs, Clontech oder
Gibco BRL entnommen werden. Weiter bevorzugte Plasmide und Vektoren
können
gefunden werden in: Glover, D. M. (1985), DNA cloning: a practical
approach, Vol. I–III,
IRL Press Ltd., Oxford; Rodriguez, R.L. und Denhardt, D. T (eds)
(1988), Vectors: a survey of molecular cloning vectors and their
uses, 179–204,
Butterworth, Stoneham; Goeddel, D. V. (1990), Systems for heterologous
gene expression, Methods Enzymol. 185, 3–7; Sambrook, J.; Fritsch,
E. F. und Maniatis, T. (1989), Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd
ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York. Plasmide, mit
denen die ins Auge gefassten Nukleinsäuresequenzen aufweisenden Genkonstrukte
in ganz bevorzugter Weise in den Wirtsorganismus kloniert werden
können,
sind oder basieren auf: pUC18/19 (Roche Biochemicals), pKK-177-3H
(Roche Biochemicals), pBTac2 (Roche Biochemicals), pCR (Invitrogen),
pKK223-3 (Amersham Pharmacia Biotech), pKK-233-3 (Stratagene) oder
pET (Novagen). Weitere bevorzugte Plasmide sind pBR322 (DSM3879),
pACYC184 (DSM4439) und pSC101 (DSM6202), welche von der DSMZ-Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Braunschweig,
Germany bezogen werden können.
Bevorzugte Promotoren sind beispielsweise der T7-Promotor, lac-Promotor, tac-Promotor,
trp-Promotor, rha-Promotor
und ara-Promotor.
Vorzugsweise
werden die erfindungsgemässen γ-Glutamylkinasen bzw.
die sie kodierenden Nukleinsäuren
in coryneformen Bakterien, vorzugsweise der Gattung Corynebacterium,
besonders bevorzugt der Art Corynebacterium glutamicum überexprimiert.
Unter Überexpression
versteht man eine Erhöhung
der intrazellulären
Konzentration oder Aktivität
der erfindungsgemäßen γ-Glutamylkinasen.
Durch
die Maßnahmen
der Überexpression,
wird die Aktivität
oder Konzentration des entsprechenden Proteins im allgemeinen um
mindestens 10%, 25%, 50%, 75%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400% oder
500%, maximal bis 1000% oder 2000%, bezogen auf die Aktivität oder Konzentration
des Proteins im Ausgangs-Mikroorganismus erhöht.
Zur
Erzielung einer Überexpression
kann die Kopienzahl der erfindungsgemäßen Gene beziehungsweise Allele
um mindestens eine (1) Kopie erhöht
werden, oder es kann die Promotor- und Regulationsregion oder die Ribosomenbindungsstelle,
die sich stromaufwärts
des Strukturgens befindet, mutiert werden. In gleicher Weise wirken
Expressionskassetten, die stromaufwärts des Strukturgens eingebaut
werden. Durch induzierbare Promotoren ist es zusätzlich möglich die Expression im Verlaufe
der fermentativen L-Prolin-Produktion
zu steigern. Durch Maßnahmen
zur Verlängerung
der Lebensdauer der m-RNA wird ebenfalls die Expression verbessert.
Weiterhin wird durch Verhinderung des Abbaus des Enzymproteins ebenfalls
die Enzymaktivität
verstärkt.
Die Gene oder Genkonstrukte können
entweder in Plasmiden mit unterschiedlicher Kopienzahl vorliegen
oder im Chromosom integriert und amplifiziert sein. Alternativ kann
weiterhin eine Überexpression der
betreffenden Gene durch Veränderung
der Medienzusammensetzung und Kulturführung erreicht werden.
Zur
Erhöhung
der Kopienzahl der erfindungsgemäßen proB-Allele eignen sich
Plasmide, die in coryneformen Bakterien repliziert werden. Zahlreiche
bekannte Plasmidvektoren wie z.B. pZ1 (Menkel et al., Applied and
Environmental Microbiology (1989) 64: 549–554), pEKEx1 (Eikmanns et
al., Gene 102: 93–98
(1991)) oder pHS2-1 (Sonnen et al., Gene 107: 69–74 (1991)) beruhen auf den
kryptischen Plasmiden pHM1519, pBL1 oder pGA1. Andere Plasmidvektoren
wie z. B. solche, die auf pCG4 (US-A 4,489,160), oder pNG2 (Serwold-Davis et al., FEMS
Microbiology Letters 66, 119–124
(1990)) oder pAG1 (US-A 5,158,891) beruhen, können in gleicher Weise verwendet
werden. Eine zusammenfassende Darstellung über Plasmidvektoren von Corynebacterium
glutamicum findet man bei Tauch et al. (Journal of Biotechnology
104 (1–3),
27–40
(2003).
Weiterhin
kann zur Erhöhung
der Kopienzahl das Verfahren der chromosomalen Genamplifikation
angewendet werden, so wie es beispielsweise von Reinscheid et al.
(Applied and Environmental Microbiology 60, 126–132 (1994)) zur Duplikation
bzw. Amplifikation des hom-thrB-Operons beschrieben wurde. Bei dieser
Methode wird das vollständige
Gen bzw. Allel in einen Plasmidvektor kloniert, der in einem Wirt
(typischerweise E. coli), nicht aber in C. glutamicum replizieren
werden kann. Als Vektoren kommen beispielsweise pSUP301 (Simon et
al., Bio/Technology 1, 784–791
(1983)), pK18mob oder pK19mob (Schäfer et al., Gene 145, 69–73 (1994)),
pGEM-T (Promega Corporation, Madison, WI, USA), pCR2.1-TOPO (Shuman,
Journal of Biological Chemistry 269: 32678–84 (1994); US-A 5,487,993),
pCR®Blunt
(Firma Invitrogen, Groningen, Niederlande; Bernard et al., Journal
of Molecular Biology, 234: 534–541
(1993)), pEM1 (Schrumpf et al., Journal of Bacteriology 173: 4510–4516 (1991))
oder pBGS8 (Spratt et al., Gene 41: 337–342 (1986)) in Frage. Der
Plasmidvektor, der das zu amplifizierende Gen bzw. Allel enthält, wird
anschließend
durch Konjugation oder Transformation in den gewünschten Stamm von C. glutamicum überführt. Die
Methode der Konjugation ist beispielsweise bei Schäfer et al.
(Applied and Environmental Microbiology 60, 756–759 (1994)) beschrieben. Methoden
zur Transformation sind beispielsweise bei Thierbach et al. (Applied
Microbiology and Biotechnology 29, 356–362 (1988)), Dunican und Shivnan
(Bio/Technology 7, 1067–1070
(1989)) und Tauch et al. (FEMS Microbiological Letters 123, 343–347 (1994))
beschrieben. Nach homologer Rekombination mittels eines "cross over"-Ereignisses enthält der resultierende
Stamm mindestens zwei Kopien des betreffenden Gens bzw. Allels.
Insbesondere kann auch die Methode der Tandem-Amplifikation wie
sie in der WO 03/014330 beschrieben oder die Methode der Amplifikation
durch Integration an einen gewünschten
Ort wie in der WO 03/040373 beschrieben zur Erhöhung der Kopienzahl um mindestens
1, 2 oder 3 verwendet werden.
Zur
Erzeugung des erfindungsgemäßen Aminosäureaustausches
in γ-Glutamylkinasen
(z.B. SEQ ID NO: 2) und weiterer erfindungsgemäßer proB-Mutationen, gekennzeichnet
durch einen Aminosäureaustausch an
Position 149, werden im Stand der Technik beschriebene Mutagenesemethoden
verwendet. Als Mutagenesemethoden kommen alle dem Fachmann für diesen
Zweck zur Verfügung
stehenden Methoden in Frage.
Für die Mutagenese
können
klassische in-vivo Mutageneseverfahren unter Verwendung mutagener Stoffe
wie beispielsweise N-Methyl-N'-Nitro-N-Nitrosoguanidin
oder ultraviolettes Licht verwendet werden. Die mutagenisierten
Zellen werden gegebenenfalls anschließend auf einem Minimalagar
aufgebracht, der 3,4-Dehydro-DL-Prolin in Konzentrationen von ca.
0,5–1
g/l, ca. 1–2
g/l oder ca. 2–3
g/l enthält.
Einzelne Mutanten werden isoliert und die Nukleotidsequenz des proB-Gens
bzw. Allels, gegebenenfalls nach vorangeschalteter Klonierung, bestimmt.
Weiterhin können
für die
Mutagenese in-vitro Methoden wie beispielsweise eine Behandlung
mit Hydroxylamin (Miller, J. H.: A Short Course in Bacterial Genetics.
A Laboratory Manual and Handbook for Escherichia coli and Related
Bacteria, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, 1992)
oder mutagene Oligonukleotide (T. A. Brown: Gentechnologie für Einsteiger,
Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg, 1993; Lehrbuch von Knippers
(„Molekulare
Genetik", 6. Auflage,
Georg Thieme Verlag, Stuttgart, Deutschland, 1995); Winnacker („Gene und
Klone", VCH Verlagsgesellschaft,
Weinheim, Deutschland, 1990); Hagemann („Allgemeine Genetik", Gustav Fischer
Verlag, Stuttgart, 1986)) oder die Polymerasekettenreaktion (PCR),
wie sie im Handbuch von Newton und Graham (PCR, Spektrum Akademischer
Verlag, Heidelberg, 1994) beschrieben ist, verwendet werden. Insbesondere
sind dies die Sättigungsmutagenese,
die Random-Mutagenesis, in vitro-Rekombinations-Methoden
sowie Site-Directed-Mutagenesis (Eigen, M. und Gardiner, W. (1984),
Evolutionary molecular engineering based on RNA replication, Pure
Appl. Chem. 56, 967–978;
Chen, K. und Arnold, F. (1991), Enzyme engineering for nonaqueous
solvents: random mutagenesis to enhance activity of subtilisin E
in polar organic media. Bio/Technology 9, 1073–1077; Horwitz, M. und Loeb, L.
(1986), Promoters Selected From Random DNA-Sequences, Proc Natl
Acad Sci USA 83, 7405–7409;
Dube, D. und L. Loeb (1989), Mutants Generated By The Insertion
Of Random Oligonucleotides Into The Active-Site Of The Beta-Lactamase
Gene, Biochemistry 28, 5703–5707;
Stemmer, P.C. (1994), Rapid evolution of a protein in vitro by DNA
shuffling, Nature 370, 389–391
und Stemmer, P.C. (1994), DNA shuffling by random fragmentation
and reassembly: In vitro recombination for molecular evolution.
Proc Natl Acad Sci USA 91, 10747–10751).
Bei
Verwendung von in-vitro Methoden wird das im Stand der Technik beschriebene
proB-Gen ausgehend von isolierter Gesamt-DNA eines Wildtypstammes
mit Hilfe der Polymerasekettenreaktion amplifiziert, gegebenenfalls
in geeignete Plasmidvektoren kloniert, und die DNA anschließend dem
Mutageneseverfahren unterworfen. Anleitungen zur Amplifikation von
DNA-Sequenzen mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) findet
der Fachmann unter anderem im Handbuch von Gait: Oligonucleotide
Synthesis: A Practical Approach (IRL Press, Oxford, UK, 1984) und
bei Newton und Graham: PCR (Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg,
Deutschland, 1994). In gleicher Weise können auch Methoden der in-vitro
Mutagenese verwendet werden wie sie beispielsweise in dem bekannten
Handbuch von Sambrook et al. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual,
2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor,
New York, USA, 1989) beschrieben sind. Entsprechende Methoden sind
auch kommerziell in Form sogenannter „kits" wie beispielsweise der von Papworth
et al. (Strategies 9(3), 3–4
(1996)) beschriebene „QuikChange
Site-Directed Mutagenesis Kit" der
Firma Stratagene (La Jolla, USA) verfügbar. Geeignete proB-Mutanten
werden anschließend
mit den oben beschriebenen Verfahren ausgelesen und untersucht.
Es
kann für
die Produktion von L-Prolin vorteilhaft sein, zusätzlich zur
Verwendung der erfindungsgemäßen γ-Glutamylkinasen,
welche ggf. überexprimiert
oder verstärkt
vorliegen können,
neben diesen gleichzeitig eines oder mehrere Enzyme der Prolin-Biosynthese
zu verstärken,
insbesondere zu überexprimieren. Die
Verwendung endogener Gene wird im allgemeinen bevorzugt.
Unter „endogenen
Genen" oder „endogenen
Nukleotidsequenzen" versteht
man die in der Population einer Art vorhandenen Gene beziehungsweise
Nukleotidsequenzen und Allele.
Der
Begriff "Verstärkung" beschreibt in diesem
Zusammenhang die Erhöhung
der intrazellulären
Aktivität
oder Konzentration eines oder mehrerer Enzyme oder Proteine in einem
Mikroorganismus, die durch die entsprechende DNA kodiert werden,
indem man beispielsweise die Kopienzahl des Gens bzw. der Gene erhöht, einen
starken Promotor verwendet oder ein Gen oder Allel verwendet, das
für ein
entsprechendes Enzym oder Protein mit einer hohen Aktivität kodiert
und gegebenenfalls diese Maßnahmen
kombiniert.
Durch
die Maßnahmen
der Verstärkung,
insbesondere Überexpression,
wird die Aktivität
oder Konzentration des entsprechenden Enzyms oder Proteins im allgemeinen
um mindestens 10%, 25%, 50%, 75%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400% oder
500%, maximal bis 1000% oder 2000% bezogen auf die des Wildtyp-Proteins
beziehungsweise der Aktivität
oder Konzentration des Proteins im Ausgangs-Mikroorganismus erhöht.
So
kann für
die Herstellung von L-Prolin zusätzlich
zur Verwendung der Variante des erfindungsgemäßen proB-Gens gleichzeitig
eines oder mehrere der Gene, ausgewählt aus der Gruppe
- • das
für die
Glutamat-Dehydrogenase (EC 1.4.1.4) kodierende gdh-Gen,
- • das
für die γ-Glutamylphoshat-Reduktase
(EC 1.2.1.41) kodierende proA-Gen,
- • das
für die
Pyrrolin-5-carboxylat-Reduktase (EC 1.5.1.2) kodierende proC-Gen,
und
- • das
für die
Ornithin-Cyclodeaminase (EC 4.3.1.12) kodierende ocd-Gen
verstärkt, insbesondere überexprimiert
werden.
Weiterhin
kann es für
die Produktion von L-Prolin vorteilhaft sein, neben der Verwendung
der erfindungsgemäßen Mutanten
des proB-Gens gleichzeitig eines oder mehrere der endogenen Gene,
ausgewählt aus
der Gruppe
- • das
für die
Threonin-Deaminase (EC 4.2.1.16) kodierende ilvA-Gen,
- • das
für die
Prolin-Dehydrogenase/Pyrrolin-5-Carboxylat-Dehydrogenase (EC 1.5.99.8) kodierende
putA-Gen,
- • das
für die
2-Ketoglutarat-Dehydrogenase (EC 1.2.4.2) kodierende sucA-Gen,
- • das
für die
Dihydrolipoamid-Succinyltransferase (EC 2.3.1.61) kodierende sucB-Gen,
und
- • das
für die
Acetylornithin-Aminotransferase (EC 2.6.1.11) kodierende argD-Gen
abzuschwächen, insbesondere
die Expression zu verringern.
Der
Begriff „Abschwächung" beschreibt in diesem
Zusammenhang die Verringerung oder Ausschaltung der intrazellulären Aktivität oder Konzentration
eines oder mehrerer Enzyme oder Proteine in einem Mikroorganismus,
die durch die entsprechende DNA kodiert werden, indem man beispielsweise
einen schwachen Promotor verwendet oder ein Gen bzw. Allel verwendet,
das für
ein entsprechendes Enzym mit einer niedrigen Aktivität kodiert
bzw. das entsprechende Gen oder Enzym oder Protein inaktiviert und
gegebenenfalls diese Maßnahmen
kombiniert.
Zur
Erzielung einer Abschwächung
können
entweder die Expression der Gene oder die katalytischen oder regulatorischen
Eigenschaften der Enzymproteine herabgesetzt oder ausgeschaltet
werden. Gegebenenfalls können
beide Maßnahmen
kombiniert werden.
Die
Genexpression kann durch geeignete Kulturführung oder durch genetische
Veränderung
(Mutation) der Signalstrukturen der Genexpression verringert werden.
Signalstrukturen der Genexpression sind beispielsweise Repressorgene,
Aktivatorgene, Operatoren, Promotoren, Attenuatoren, Ribosomenbindungsstellen,
das Startkodon und Terminatoren. Angaben hierzu findet der Fachmann
z.B. in der Patentanmeldung WO 96/15246, bei Boyd und Murphy (Journal
of Bacteriology 170: 5949–5952
(1988)), bei Voskuil und Chambliss (Nucleic Acids Research 26: 3584–3590 (1998),
bei Pátek
et al. (Microbiology 142: 1297–309
(1996) und Journal of Biotechnology 104: 311–323 (2003)) und in bekannten
Lehrbüchern
der Genetik und Molekularbiologie wie z.B. dem Lehrbuch von Knippers
(„Molekulare
Genetik", 6. Auflage,
Georg Thieme Verlag, Stuttgart, Deutschland, 1995) oder dem von
Winnacker („Gene
und Klone", VCH
Verlagsgesellschaft, Weinheim, Deutschland, 1990).
Ein
Beispiel für
die gezielte Regulation der Genexpression ist die Klonierung des
abzuschwächenden Gens
unter die Kontrolle eines durch Zugabe dosierter Mengen von IPTG
(Isopropyl-β-D-thiogalactopyranosid) induzierbaren
Promotors wie zum Beispiel des trc-Promotors oder des tac-Promotors. Hierzu
eignen sich Vektoren wie beispielsweise der Escherichia coli Expressionsvektor
pXK99E (WO0226787; hinterlegt gemäß Budapester Vertrag am 31.
Juli 2001 in DH5alpha/pXK99E als DSM14440 bei der Deutschen Sammlung
für Mikroorganismen
und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Deutschland)) oder pVWEx2
(Wendisch, Ph. D. thesis, Berichte des Forschungszentrums Jülich, Jül-3397,
ISSN 0994-2952, Jülich,
Deutschland (1997)), die eine IPTG-abhängige
Expression des klonierten Gens in Corynebacterium glutamicum ermöglichen.
Eingesetzt
wurde diese Methode beispielsweise in der Patentschrift WO02/26787
zur regulierten Expression des deaD-Gens durch Integration des Vektors
pXK99EdeaD in das Genom von Corynebacterium glutamicum und von Simic
et al. (Applied and Environmental Microbiology 68: 3321–3327 (2002))
zur regulierten Expression des glyA-Gens durch Integration des Vektors
pK18mobglyA' in
Corynebacterium glutamicum.
Eine
weitere Methode zur spezifischen Verringerung der Genexpression
ist die Antisense-Technik, wobei kurze Oligoribonukleotide oder
Oligodesoxyukleotide oder Vektoren zur Synthese längerer Antisense-RNA in
die Zielzellen gebracht werden. Die Antisense-RNA kann dort an komplementäre Abschnitte
spezifischer mRNAs binden und deren Stabilität verringern oder die Translatierbarkeit
blocken. Ein Beispiel hierzu findet der Fachmann bei Srivastava
et al. (Applied Environmental Microbiology 2000 Oct; 66 (10): 4366–4371).
Mutationen,
die zu einer Veränderung
bzw. Herabsetzung der katalytischen Eigenschaften von Enzymproteinen
führen,
sind aus dem Stand der Technik bekannt; als Beispiele seien die
Arbeiten von Qiu und Goodman (Journal of Biological Chemistry 272:
8611–8617
(1997)), Sugimoto et al. (Bioscience Biotechnology and Biochemistry
61: 1760–1762
(1997)) und Möckel
(Ph. D. thesis, Berichte des Forschungszentrums Jülich, Jül-2906,
ISSN09442952, Jülich,
Deutschland (1994)) genannt. Zusammenfassende Darstellungen können bekannten
Lehrbüchern
der Genetik und Molekularbiologie wie z.B. dem von Hagemann („Allgemeine
Genetik", Gustav
Fischer Verlag, Stuttgart, 1986) entnommen werden.
Als
Mutationen kommen Transitionen, Transversionen, Insertionen und
Deletionen in Betracht. In Abhängigkeit
von der Wirkung des Aminosäureaustausches
auf die Enzymaktivität
wird von Fehlsinnmutationen („missense
mutations") oder
Nichtsinnmutationen („nonsense
mutations") gesprochen.
Die Nichtsinnmutation führt
zu mindestens einem Stop-Kodon im Kodierbereich des Gens und damit
zu einem vorzeitigen Abbruch der Translation. Insertionen oder Deletionen
von mindestens einem Basenpaar in einem Gen führen zu Rasterverschiebungsmutationen
(„frame
shift mutations"),
in deren Folge falsche Aminosäuren
eingebaut werden oder die Translation vorzeitig abbricht. Deletionen
von einem oder mehreren Kodonen führen typischerweise zu einem
vollständigen
Ausfall der Enzymaktivität.
Anleitungen zur Erzeugung derartiger Mutationen gehören zum
Stand der Technik und können
bekannten Lehrbüchern
der Genetik und Molekularbiologie wie z.B. dem Lehrbuch von Knippers
(„Molekulare
Genetik", 6. Auflage,
Georg Thieme Verlag, Stuttgart, Deutschland, 1995), dem von Winnacker
(„Gene
und Klone", VCH
Verlagsgesellschaft, Weinheim, Deutschland, 1990) oder dem von Hagemann
(„Allgemeine
Genetik", Gustav
Fischer Verlag, Stuttgart, 1986) entnommen werden.
Durch
die Maßnahmen
der Abschwächung
wird die Aktivität
oder Konzentration des entsprechenden Proteins im allgemeinen auf
0 bis 75%, 0 bis 50%, 0 bis 25%, 0 bis 10%, 0 bis 5% oder 0 bis
1% der Aktivität oder
Konzentration des Wildtyp-Proteins, beziehungsweise der Aktivität oder Konzentration
des Proteins im Ausgangs-Mikroorganismus, herabgesenkt.
Die
erfindungsgemäß hergestellten
Mikroorganismen, welche ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung
sind, können
kontinuierlich oder diskontinuierlich im batch – Verfahren (Satzkultivierung)
oder im fed batch (Zulaufverfahren) oder repeated fed batch Verfahren
(repetitives Zulaufverfahren) zum Zwecke der Produktion von L-Prolin
kultiviert werden. Eine Zusammenfassung über bekannte Kultivierungsmethoden
ist im Lehrbuch von Chmiel (Bioprozesstechnik 1. Einführung in
die Bioverfahrenstechnik (Gustav Fischer Verlag, Stuttgart, 1991))
oder im Lehrbuch von Storhas (Bioreaktoren und periphere Einrichtungen
(Vieweg Verlag, Braunschweig/Wiesbaden, 1994)) beschrieben.
Das
zu verwendende Kulturmedium muss in geeigneter Weise den Ansprüchen der
jeweiligen Stämme
genügen.
Beschreibungen von Kulturmedien verschiedener Mikroorganismen sind
im Handbuch „Manual of
Methods for General Bacteriology„ der American Society for
Bacteriology (Washington D.C., USA, 1981) enthalten.
Als
Kohlenstoffquelle können
Zucker und Kohlehydrate wie z.B. Glucose, Saccharose, Lactose, Fructose,
Maltose, Melasse, Stärke
und Cellulose, Öle
und Fette, wie zum Beispiel Sojaöl,
Sonnenblumenöl,
Erdnußöl und Kokosfett,
Fettsäuren,
wie zum Beispiel Palmitinsäure,
Stearinsäure
und Linolsäure,
Alkohole wie zum Beispiel Glycerin und Ethanol, Zuckeralkohole wie
zum Beispiel Ribitol oder Mannitol und organische Säuren, wie
zum Beispiel Essigsäure
verwendet werden. Diese Stoffe können
einzeln oder als Mischung verwendet werden.
Als
Stickstoffquelle können
organische Stickstoff-haltige Verbindungen wie Peptone, Hefeextrakt, Fleischextrakt,
Malzextrakt, Maisquellwasser, Sojabohnenmehl und Harnstoff oder
anorganische Verbindungen wie Ammoniumsulfat, Ammoniumchlorid, Ammoniumphosphat,
Ammoniumcarbonat und Ammoniumnitrat verwendet werden. Die Stickstoffquellen
können
einzeln oder als Mischung verwendet werden.
Als
Phosphorquelle können
Phosphorsäure,
Kaliumdihydrogenphosphat oder Dikaliumhydrogenphosphat oder die
entsprechenden Natrium haltigen Salze verwendet werden. Das Kulturmedium
muß weiterhin Salze
von Metallen enthalten, wie zum Beispiel Magnesiumsulfat oder Eisensulfat,
die für
das Wachstum notwendig sind. Schließlich können essentielle Wuchsstoffe
wie Aminosäuren
und Vitamine zusätzlich
zu den oben genannten Stoffen eingesetzt werden. Dem Kulturmedium
können überdies
geeignete Vorstufen zugesetzt werden. Die genannten Einsatzstoffe
können
zur Kultur in Form eines einmaligen Ansatzes hinzugegeben oder in
geeigneter Weise während
der Kultivierung zugefüttert
werden.
Zur
pH – Kontrolle
der Kultur werden basische Verbindungen wie Natriumhydroxid, Kaliumhydroxid, Ammoniak
beziehungsweise Ammoniakwasser oder saure Verbindungen wie Phosphorsäure oder
Schwefelsäure
in geeigneter Weise eingesetzt. Zur Kontrolle der Schaumentwicklung
können
Antischaummittel, wie zum Beispiel Fettsäurepolyglykolester eingesetzt
werden. Zur Aufrechterhaltung der Stabilität von Plasmiden können dem
Medium geeignete selektiv wirkende Stoffe, wie zum Beispiel Antibiotika
hinzugefügt
werden. Um aerobe Bedingungen aufrechtzuerhalten, werden Sauerstoff
oder Sauerstoff-haltige Gasmischungen, wie zum Beispiel Luft in
die Kultur eingetragen. Die Temperatur der Kultur liegt normalerweise
bei 20°C
bis 45°C
und vorzugsweise bei 25°C
bis 40°C.
Die Kultur wird solange fortgesetzt, bis sich ein Maximum an L-Prolin
gebildet hat, beziehungsweise die Ausbeute oder Produktivität einen
gewünschten
optimalen Wert erreicht hat. Dieses Ziel wird normalerweise innerhalb
von 10 Stunden bis 160 Stunden erreicht.
Methoden
zur Bestimmung von L-Prolin sind aus dem Stand der Technik bekannt.
Die Analyse kann zum Beispiel so wie bei Spackman et al. (Analytical
Chemistry, 30, (1958), 1190) beschrieben durch Anionenaustausch-Chromatographie
mit anschließender
Ninhydrin-Derivatisierung und Detektion bei einer geeigneten Wellenlänge erfolgen.
Demgemäß bildet
eine nächste
Ausgestaltung der vorliegenden Erfindung ein Verfahren zur Herstellung
von L-Prolin durch
- a) Fermentation von Wirtsorganismen,
in welchen mindestens eine der erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen exprimiert
oder überexprimiert
wird, und
- b) Isolieren oder Sammeln des L-Prolins, gegebenenfalls mit
Bestandteilen aus der Fermentationsbrühe und/oder der Biomasse.
Vorzugsweise
wird ein Verfahren zur Herstellung von L-Prolin herangezogen, bei dem man folgende Schritte
durchführt:
- a) Fermentation coryneformer Bakterien, in
welchen mindestens eine der erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen exprimiert
oder überexprimiert
wird,
- b) Anreicherung des L-Prolins in der Fermentationsbrühe oder
in den Zellen der coryneformen Bakterien,
- c) Isolieren oder Sammeln des L-Prolins aus der Fermentationsbrühe, gegebenenfalls
- d) mit Bestandteilen aus der Fermentationsbrühe und/oder der Biomasse (> 0 bis < 100 Gew.-% Biomasse, vorzugsweise
10 bis 80 Gew.-%, mehr bevorzugt 20–60 Gew.-%).
Das
auf diese Weise hergestellte L-Prolin kann nach Maßgabe des
Fachmanns gesammelt und isoliert und gegebenfalls gereinigt werden.
Das
erfindungsgemäße Verfahren
dient zur fermentativen Herstellung von L-Prolin.
Unter
dem Ausdruck "vergleichbare
Position" wird erfindungsgemäß eine Position
verstanden, die durch Vergleich der Ausgangssequenz mit der Vergleichsequenz unter
Anwendung eines Sequenz-Vergleichs-Programms (BLAST, Altschul et
al. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403–10) bei der ins Auge gefassten
Position der Ausgangssequenz eine Aminosäuren-Position in der Vergleichssequenz
liefert, die sich von der zu vergleichenden Position um höchstens ±5, mehr
bevorzugt ±4,
weiter bevorzugt ±3,
noch weiter bevorzugt ±2,
extrem bevorzugt ±1
und äußerst bevorzugt
um keine Position unterscheidet.
Anleitungen
zur Hybridisierung findet der Fachmann unter anderem im Handbuch "The DIG System Users
Guide for Filter Hybridization" der
Firma Boehringer Mannheim GmbH (Mannheim, Deutschland, 1993) und
bei Liebl et al. (International Journal of Systematic Bacteriology
41: 255–260
(1991)). Die Hybridisierung findet unter stringenten Bedingungen
statt, das heißt,
es werden nur Hybride gebildet, bei denen Sonde, beispielsweise
die zu SEQ ID NO: 3 komplementäre
Nukleotidsequenz, und Zielsequenz, d. h. die mit der Sonde behandelten
Polynukleotide, mindestens 70% identisch sind. Es ist bekannt, dass
die Stringenz der Hybridisierung einschließlich der Waschschritte durch
Variieren der Pufferzusammensetzung, der Temperatur und der Salzkonzentration
beeinflusst bzw. bestimmt wird. Die Hybridisierungsreaktion wird
im Allgemeinen bei relativ niedriger Stringenz im Vergleich zu den
Waschschritten durchgeführt
(Hybaid Hybridisation Guide, Hybaid Limited, Teddington, UK, 1996).
Für die Hybridisierungsreaktion
kann beispielsweise ein Puffer entsprechend 5× SSC-Puffer bei einer Temperatur
von ca. 50°C–68°C eingesetzt
werden. Dabei können
Sonden auch mit Polynukleotiden hybridisieren, die weniger als 70%
Identität
zur Sequenz der Sonde aufweisen. Solche Hybride sind weniger stabil und
werden durch Waschen unter stringenten Bedingungen entfernt. Dies
kann beispielsweise durch Senken der Salzkonzentration auf 2× SSC und
gegebenenfalls nachfolgend 0,5× SSC
(The DIG System User's Guide for
Filter Hybridisation, Boehringer Mannheim, Mannheim, Deutschland,
1995) erreicht werden, wobei eine Temperatur von ca. 50°C–68°C, ca. 52°C–68°C, ca. 54°C–68°C, ca. 56°C–68°C, ca. 58°C–68°C, ca. 60°C–68°C, ca. 62°C–68°C, ca. 64°C–68°C, ca. 66°C–68°C eingestellt
wird. Vorzugsweise werden die Waschschritte bei Temperaturen von
ca. 62°C–68°C, besonders
bevorzugt ca. 64°C–68°C oder ca.
66°C–68°C durchgeführt. Es
ist gegebenenfalls möglich
die Salzkonzentration bis auf eine Konzentration entsprechend 0,2× SSC oder
0,1× SSC
zu senken. Durch schrittweise Erhöhung der Hybridisierungstemperatur
in Schritten von ca. 1–2°C von 50°C auf 68°C können Polynukleotidfragmente
isoliert werden, die beispielsweise mindestens 70% oder mindestens
80% oder mindestens 90% bis 95% oder mindestens 96% bis 98% oder
mindestens 99% Identität
zur Sequenz der eingesetzten Sonde besitzen. Weitere Anleitungen
zur Hybridisierung sind in Form sogenannter Kits am Markt erhältlich (z.B.
DIG Easy Hyb von der Firma Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Deutschland,
Catalog No. 1603558).
Von
den beanspruchten Polypeptiden (Aminosäuresequenzen) und den Nukleinsäuresequenzen
werden erfindungsgemäß auch solche
Sequenzen umfasst, die eine Homologie (auf Aminosäureebene)
bzw. Identität
(auf Nukleinsäureebene,
exclusive der natürlichen
Degeneration) größer als
70%, vorzugsweise 80%, mehr bevorzugt 85% (in Bezug auf die Nukleinsäuresequenz)
bzw. 90% (auch in Bezug auf die Polypeptide), bevorzugt größer als
91%, 92%, 93% oder 94%, mehr bevorzugt größer als 95% oder 96% und besonders bevorzugt
größer als
97%, 98% oder 99% (in Bezug auf beide Arten von Sequenzen) zu einer
dieser Sequenzen aufweisen, sofern die Wirkungsweise bzw. Zweck
einer solchen Sequenz erhalten bleibt. Der Ausdruck "Homologie" (oder Identität) wie hierin
verwendet, kann durch die Gleichung H (%) = [1 – V/X] × 100 definiert werden, worin
H Homologie bedeutet, X die Gesamtzahl an Nukleobasen/Aminosäuren der Vergleichssequenz ist
und V die Anzahl an unterschiedlichen Nukleobasen/Aminosäuren der
zu betrachtenden Sequenz bezogen auf die Vergleichssequenz ist.
Auf jeden Fall sind mit dem Begriff Nukleinsäuresequenzen, welche für Polypeptide
codieren, alle Sequenzen umfasst, die nach Maßgabe der Degeneration des
genetischen Codes möglich
erscheinen.
Die
prozentuale Identität
zu den Aminosäuresequenzen,
die in dieser Beschreibung durch SEQ ID Nummern beschrieben sind,
kann mit im Stand der Technik bekannten Verfahren vom Fachmann ohne
weiteres ermittelt werden. Ein geeignetes Programm, das erfindungsgemäß eingesetzt
werden kann, ist BLASTP (Altschul et al.. 1997. Gapped BLAST and
PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic
Acids Res. 25(17): 3389–3402.).
Die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz
kann ein DNA- oder ein RNA-Molekül
sein. Bevorzugt ist, dass die Nukleinsäuresequenz ein DNA- oder ein mRNA-Molekül ist. Erfindungsgemäß kann das
DNA-Molekül des weiteren
ein genomisches oder isoliertes DNA-Molekül sein. Ferner umfasst von
der Erfindung sind Ausführungsformen,
in denen das DNA-Molekül
ein PNA-Molekül
oder ein anderes Derivat eines DNA-Moleküls ist.
Die
in dieser Anmeldung genannten Mikroorganismen, welche mit einer
DSMZ-Nr. bezeichnet sind, können
von der Deutschen Sammlung für
Mikroorganismen und Zellkulturen, Mascheroder Weg 4, Braunschweig
(Deutschland) bezogen werden.