CZ369698A3 - Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku ß3 lidského G-proteinu k diagnóze nemocí - Google Patents

Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku ß3 lidského G-proteinu k diagnóze nemocí Download PDF

Info

Publication number
CZ369698A3
CZ369698A3 CZ983696A CZ369698A CZ369698A3 CZ 369698 A3 CZ369698 A3 CZ 369698A3 CZ 983696 A CZ983696 A CZ 983696A CZ 369698 A CZ369698 A CZ 369698A CZ 369698 A3 CZ369698 A3 CZ 369698A3
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
ser
alas
leo
glee
asp
Prior art date
Application number
CZ983696A
Other languages
English (en)
Other versions
CZ292691B6 (cs
Inventor
Winfried Dr. Med. Siffert
Original Assignee
Winfried Dr. Med. Siffert
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Winfried Dr. Med. Siffert filed Critical Winfried Dr. Med. Siffert
Publication of CZ369698A3 publication Critical patent/CZ369698A3/cs
Publication of CZ292691B6 publication Critical patent/CZ292691B6/cs

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Description

Použití genetické modifikace pro podjednotku b-3 lidského G-proteinu k určení rizika vývinu poruchy spojené s disregulací G-proteinu spočívá v porovnání sekvence genu pro podjednotku b-3 lidského G-proteinu s danou sekvencí, přičemž zvýšené riziko vývinu choroby nastává v případě, že v pozici 825 je přítomen thymin.
CZ 3696-98 A3
• · ·· ·· ·· ·· • · · · · ·
Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu k diagnóze nemocí
Oblast techniky
Vynález popisuje způsob diagnózy nemocí za využití genetické analýzy, především analýzy genů kódujících podjednotky lidských proteinů vázajících nukleotidy guaninu (Gproteiny).
Dosavadní stav techniky
Heterotrimerní proteiny vázající nukleotidy guaninu (Gproteiny) jsou velmi důležité při přenosu signálu uvnitř buňky. Zprostředkovávají přenos extracelulárních signálů po stimulaci hormonálních receptorů a dalších receptorů, které po aktivaci procházejí konformační změnou. Ta vede k aktivaci G-proteinů, které mohou následně aktivovat nebo inhibovat intracelulární efektory (například iontové kanály, enzymy). Heterotrimerní G-proteiny jsou složené ze tří podjednotek α, β a γ. K dnešnímu dni bylo biochemickými a molekulárně biologickými metodami charakterizováno několik různých podjednotek a, 5 podjednotek β a okolo 12 podjednotek γ (Birnbaumer L. a Birnbaumer Μ., Signál transduction by G proteins: vydáno v roce 1994, J. Recept. Res. 15:213 až 252, 1995; Offermanns S. a Schultz G., Complex Information Processing by the transmembrane signaling systém involving G proteins. Naunyn Schmiedebergs Arch. Pharmacol. 350:329 až 338, 1994; Núrnberg B., Gudermann T. a Schultz G., Receptors and G proteins as primary components of transmembrane signál transduction. 2. část G proteins: structure and function. J.
• ·· ·· β Β · Β · ·· • · · · · · · ···· • · · Β · · BBBB ·· · » * · ·· ······ • · · · · · · · Β
ΒΒΒ ΒΒ ΒΒ ΒΒ ·· ··
Mol. Med. 73:123 až 132, 1995; Neer E. J., Heterotrimeric G proteins: Organizers of Transmembrane Signals. Cell 80:249 až 257, 1995; Rens-Domiano S. a Hamm Η. E., Structural and functional relationships of heterotrimeric G-proteins. FASEB J. 9:1059 až 1066, 1995).
Aktivace určitých podjednotek a prostřednictvím receptorů může být inhibována preinkubací s toxinem černého kašle (PTX-pertussis toxin). Mezi tyto podjednotky zahrnujeme především a izoformy ail, ai2 a ai3 a různé podjednotky ao. G-proteiny těchto typů jsou také označovány jako PTXsenzitivní G-proteiny.
Podstata vynálezu
Bylo zjištěno, že genetická modifikace v genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu je vhodná pro diagnózu nemocí. Tato genetická modifikace je obzvláště vhodná pro určování rizika vývinu poruchy spojené s poruchou regulace funkce G-proteinu.
Vynález rovněž popisuje způsob použitelný k určení relativního rizika vývinu nemocí spojených s poruchou regulace funkce G-proteinu u pacienta, kde tento způsob zahrnuje srovnání sekvence genu podjednotky β3 lidského G-proteinu pacienta se sekvencí genu zobrazenou jako SEK. ID. Č.:l. Přítomnost thyminu (T) v pozici 825 signalizuje u pacienta zvýšené riziko výskytu nemoci.
Nalezená genetická modifikace je situována v genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu. Tento gen byl popsán v článku Levine a další, Proč. Nati. Acad. Sci USA 87:2329 až 2333, 1990. Kódující oblast obsahuje kodon pro serin (TCC) v pozici 275, zatímco u pacientů se zvýšeným rizikem • ·· ·· ···· ·· ·· ···· · · · · ·· · ··· · · · · · · · • · · · · · · · ······ • · · ···· · · ····· · · · · · · ·· nemoci spojené s poruchou funkce G-proteinu se v této pozici nachází triplet TCT, který rovněž kóduje serin. Genetickou modifikací je záměna báze v pozici 825, kde je cytosin (C) nahrazen thyminem (T). Avšak tato záměna báze je „tichá na úrovni aminokyselin, což znamená, že nevede k zavedení jiné aminokyseliny v této pozici. Sekvence nalezená u pacientů se zvýšeným rizikem nemoci je v seznamu sekvencí zobrazena jako SEK. ID. Č.:1.
Nalezená genetická modifikace se obvykle vyskytuje v heterozygotní formě.
Poruchy spojené s poruchou funkce regulace G-proteinu jsou definovány jako nemoci, při kterých se G-protein podílí na přenosu signálu, ale nevykonává tuto svoji funkci fyziologickým způsobem.
Tato porucha regulace může mít mnoho příčin, jako například změnu strukturního genu nebo změněnou expresi genu.
Mezi tyto poruchy patří kardiovaskulární onemocnění, metabolické poruchy a poruchy imunitního systému.
Kardiovaskulárními onemocněními, které mohou být zmíněny , j sou:
Hypertenze, gravidní hypertenze (gestóza, hypertenze v těhotenství), nemoc srdečních věnčitých tepen, lokalizovaná a/nebo nelokalizovaná ateroskleróza, stenóza krevních cév, restenóza po revaskularizačních procedurách (např. PTCA-perkutánní transluminální koronární angioplastikas nebo bez implantovaného stentu), sklon k mrtvicím nebo trombózám a zvýšená agregace krevních destiček.
Metabolickými poruchami, které mohou být zmíněny, jsou:
Syndrom látkové výměny, inzulínová rezistence a hyperinzulinémie, diabetes II. typu, diabetické komplikace (např. nefropatie, neuropatie, retinopatie atd.), poruchy metabo3 • ·· ·· ···· ·· ·· ···· ·· · · · · · ··· · · · ···· • · ··· · ·· ······ • · · ···· · ·
999 99 99 99 99 . 99 lizmu lipidů, poruchy centrální chemorecepce (C02 tolerance, acidózní tolerance, syndrom náhlého úmrtí kojenců (SIDS)).
Poruchami imunitního systému, které mohou být zmíněny, jsou:
Snížená síla imunitní odpovědi organizmu (tvorba imunoglobulinů, agresivita T-buněk a NK-buněk), obecně snížená schopnost proliferace včetně snížené schopnosti hojit zranění, sklon ke vzniku nádorů a proliferace zahrnující možnost metastázování zhoubně přeměněných buněk, doba trvání latentní fáze po nákaze HIV, než se nemoc stane klinicky pozorovatelnou, Kaposiho sarkom, sklon k cirhóze jater, transplantační tolerance a odmítnutí transplantátu.
Ve výhodném provedení vynálezu je využití genetické mutace zvláště vhodné pro stanovení rizika vývinu hypertenze.
Vynález se dále týká přípravy transgenních zvířat nesoucích výše popsanou genetickou mutaci. Transgenní zvířata tohoto typu jsou velmi důležitá, zvláště jako živočišný model pro výzkum a léčbu poruch popsaných výše. Odborníkům j sou dobře známy způsoby přípravy transgenních zvířat.
Použití vynálezu pro stanovení relativního rizika vývinu nemoci předpokládá odebrání vzorku, který obsahuje genetickou informaci, z organizmu pacienta. Toho je zpravidla dosaženo odebráním krve, ze které je izolována nukleová kyselina.
Z izolované nukleové kyseliny pacienta je určena struktura genu pro podjednotku β3 G-proteinu a jeho sekvence je porovnána se sekvencí zobrazenou jako SEK. ID. Č.:l.
Struktura genu může být určena metodou sekvenování nukleové kyseliny. To může být provedeno bud' přímo z genomové DNA anebo po amplifikaci nukleové kyseliny například technikou polymerázové řetězové reakce (PCR).
• ·· ·· ···· fcfc ·· • · · · ·· · fcfcfcfc ··· · · · fcfcfcfc ·· · · · · · · ······ • · · fcfcfc· · · • fcfc fcfc fcfc fcfc fcfc fcfc
Struktura genu může být určena buď na úrovni genomové DNA anebo na úrovni mRNA nebo cDNA.
Ve výhodném provedení je sekvence stanovena po amplifikaci cDNA metodou PCR. Primery vhodné pro metodu PCR mohou být odborníky snadno vyvozeny ze sekvencí zobrazených jako SEK. ID. Č.:l. Ve výhodném provedení je v každém případě vybrán primer vázající se k řetězci a ke komplementárnímu řetězci před a za příslušnou pozicí 825.
Pro srovnávání genů mohou být použity i další metody, například metoda selektivní hybridizace nebo metoda mapování restrikčními enzymy. Změna báze C-->T v pozici 825 (popsaná výše) vede k zániku restrikčního místa pro enzym Dsa I, který je obecně používán pro zjištění tohoto genetického polymorf i zrnu.
Má-li pacient v pozici 825 thymin (T), je u něj vyšší riziko onemocnění než u pacienta s cytosinem (C) v této pozici.
Vynález je dále ilustrován na následujících příkladech.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1
Detekce genetické modifikace u pacientů trpících hypertenzí prováděná sekvenováním
V předběžných výzkumech byl u pacientů s esenciální (primární) hypertenzí zjištěn zvýšený sklon k aktivaci PTXsenzitivních G-proteinů. Detekci lze provést v imortalizovaných buňkách, které mají jako fenotypický markér zvýšenou aktivitu Na/H měničů. Zvýšený sklon k aktivaci PTX-senzitivních G-proteinů má vážné důsledky pro • 44 ······ 44 ··
4 * 44 4 4944 • 49 44 4 ···· buněčné funkce. Mezi tyto řadíme zvýšenou tvorbu molekul intracelulárních druhých poslů (např. inositol-1,4,5trifosfát), zvýšené uvolňování intracelulárních iontů Ca2+, zvýšenou tvorbu imunoglobulinů a zvýšenou rychlost buněčného růstu. Jelikož tyto změny mohou být detekovány v imortalizovaných buňkách i po dlouhodobé kultivaci buněk, lze předpokládat, že tato modifikace je geneticky neměnná (Rosskopf D., Frómter E. a Siffert W., Hypertensive sodiumproton exchanger phenotype persists in immortalized lymphoblasts from essential hypertensive patients-a cell culture model for human hypertension. J. Clin. Invest. 92:2553 až 2559, 1993; Rosskopf D., Hartung K., Hense J. a Siffert W., Enhanced immunoglobulin formation of immortalized B cells from hypertensive patients. Hypertension 26:432 až 435,
1995; Rosskopf D., Schróder K.-J. a Siffert W., Role of sodium-hydrogen exchange in the proliferation of immortalised lymphoblasts from patients with essential hypertension
and normotensive subjects. Cardiovasc. Res . 29:254 až 259,
1995; Siffert W., Rosskopf D. , Moritz A., Wieland T., Kal-
denberg-Stasch S. , Kettler N. , Hartung K., Beckmann S . a
Jakobs K. H., Enhanced G protein activation in immortalized lymphoblasts from patients with essential hypertension. J. Clin. Invest. 96:759 až 766, 1995).
Z imortalizovaných buněčných linií odvozených z buněk pacientů trpících hypertenzí byla za použití standardních metod připravena RNA, která byla reverzní transkriptázou přepsána do cDNA. Použitím metody polymerázové řetězové reakce (PCR) byla namnožena cDNA genu pro podjednotku β3 Gproteinu a byla zjištěna její sekvence. Při této PCR byly použity následující oligonukleotidové primery:
5'-TGG GGG AGA TGG AGC AAC TG a
5'-CTG CTG AGT GTG TTC ACT GCC.
Porovnáním sekvence cDNA z buněk pacientů trpících hypertenzí se sekvencí publikovanou v práci Levine a další (Levine M. A., Smallwood P. M., Moen P. T., Jr., Helman L.
J. a Ahn T. G., Molecular cloning of β3 subunit, a third form of the G protein β-subunit polypeptide. Proč. Nati. Acad. Sci. USA 87(6):2329 až 2333, 1990) byly zjištěny následující rozdíly: nukleotid 825 cytosin (C) v oblasti kódující sekvence je nahrazen thyminem (T) (nukleotid 1 odpovídá bázi A ve startovním kodonu ATG). Tato záměna báze vede k tichému polymorfizmu, tzn. aminokyselina kódovaná příslušným tripletem bází (serin) není při srovnání s původní sekvencí změněna. Nalezená sekvence DNA je popsaná jako SEK.
ID. Č.:1.
Příklad 2
Detekce genetické modifikace u pacientů trpících hypertenzí prováděná pomocí restrikční enzymové analýzy
Přiložený obrázek zobrazuje srovnání genů z pacientů s normálním tlakem a pacientů se zvýšeným tlakem pomocí restrikční enzymové analýzy. cDNA genu pro β3 z buněk pacientů s normálním tlakem (NT) a pacientů se zvýšeným tlakem (HT), která byla amplifikována metodou PCR, byla podrobena restrikční enzymové analýze enzymem Dsa I. Reakční produkty byly rozděleny v agarózovém gelu, který je zobrazen na přiloženém obrázku.
Z obrázku je jasně patrné úplné rozštěpení cDNA genu β3 z buněk pacientů s normálním tlakem po štěpení restrikčním enzymem Dsa I. cDNA z buněk pacientů trpících hypertenzí je restrikčním enzymem Dsa I štěpena jen částečně. Mimo očekávaných produktů restrikčního štěpení byl rovněž přítomen i ·· ·· 9 9 9 9 9 9 · · • ·99 999
9
9 9 9 nerozštěpený produkt PCR. Pro porovnání velikosti byly na levou a pravou stranu gelu naneseny referenční fragmenty (markéry). Čtyři z pěti zde zobrazených sekvencí DNA z pacientů trpících hypertenzí vykazují záměnu báze popsanou výše a tato záměna se vyskytuje v heterozygotní formě.
• «· ·· 44 · · 44 44
4 4 4 · · 4 4 4 4 4
444 4 44 444 444
444444 4 4
44 44 44 44
SEZNAM SEKVENCÍ (1) OBECNE INFORMACE:
1. PŘIHLAŠOVATEL:
(A) Jméno: BASF Aktiengesellschaft (B) Ulice: Carl-Bosh-Strasse 38 (C) Město: Ludwigshaften (D) Stát: Spolková republika Německo (E) PSČ: D-67056 (F) Telefon: 0621/6048526 (G) Telefax: 0621/6043123 (H) Telex: 1762175170 (ii) NÁZEV VYNÁLEZU: Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu k diagnóze nemocí.
(iii) POČET SEKVENCÍ: 2 (iv) ADRESA PRO KORESPONDENCI:
(A) ADRESÁT: ČERMÁK-HOŘEJŠ-VRBA, Advokátní a patentová kancelář (B) ULICE: Národní 32 (C) MĚSTO: Praha 1 (D) STÁT: Česká Republika (E) PSČ: 116 66 (v) STROJNĚ ČITELNÁ FORMA:
(A) TYP MÉDIA: Floppy disk (B) POČÍTAČ: IBM PC kompatibilní (C) OPERAČNÍ SYSTÉM: PC-DOS/MS-DOS (D) SOFTWARE: Patentln Release č. 1.0, Verze č.
1.25
• • · 4 · 4444 • 4 44
• 4 4 • 4 4 4 • 4 4 «
4 4 • 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1
4 4 • • • 4 4 4 1
44« ·· • 4 • 4 4 4 4 4
(2) INFORMACE O SEK. ID. Č.:l:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1517 párů bázi
(B) TYP: nukleová kyselina
(C) POČET ŘETĚZCŮ: dva
(D) TOPOLOGIE: lineární
(ii) TYP MOLEKULY: cDNA pro mRNA
(iii) HYPOTETICKÝ: NE
(iv) ANTISENSE: NE
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS : Homo Sapiens
(ix) CHARAKTERISTICKÉ ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ : CDS
(B) UMÍSTĚNÍ: 1..1024
(xi) POPIS SEKVENCE: , SEK. ID. Č.:1:
ATG GGG GAG ATG GAG CAA CTG CGT CAG GAA GCG GAG CAG CTC AAG AAG 48
Met Gly Glu Met Glu Gin Leu Arg Gin Glu Ala Glu Gin Leu Lys Lys
1 5 10 15
CAG ATT GCA GAT GCC AGG AAA GCC TGT GCT GAC GTT ACT CTG GCA GAG 96
Gin Ile Ala Asp Ala Arg Lys Ala Cys Ala Asp Val Thr Leu Ala Glu
20 25 30
CTG GTG TCT GGC CTA GAG GTG GTG GGA CGA GTC CAG ATG CGG ACG CGG 144
Leu Val Ser Gly Leu Glu Val Val Gly Arg Val Gin Met Arg Thr Arg
35 40 45
CGG ACG TTA AGG GGA CAC CTG GCC AAG ATT TAC GCC ATG CAC TGG GCC 192
Arg Thr Leu Arg Gly His Leu Ala Lys Ile Tyr Ala Met His Trp Ala
50 55 60
ACT GAT TCT AAG CTG CTG GTA AGT GCC TCG CAA GAT GGG AAG CTG ATC 240
Thr Asp Ser Lys Leu Leu Val Ser Ala Ser Gin Asp Gly Lys Leu Ile
65 70 75 80
GTG TGG GAC AGC TAC ACC ACC AAC AAG GTG CAC GCC ATC CCA CTG CGC 288
Val Trp Asp Ser Tyr Thr Thr Asn Lys Val His Ala Ile Pro Leu Arg
85 90 95
TCC TCC TGG GTC ATG ACC TGT GCC TAT GCC CCA TCA GGG AAC TTT GTG 336
Ser Ser Trp Val Met Thr Cys Ala Tyr Ala Pro Ser Gly Asn Phe Val
1Q0 105 • • · · • · • · ··· ·· • • · .ilo ·· • · • · • · ·· · • · • '· • · ·· ·· «1 · · · ··· ··· • · ·· ··
GCA TGT GGG GGG CTG GAC AAC ATG TGT TCC ATC TAC AAC CTC AAA TCC 384
Ala Cys Gly Gly Leu Asp Asn Met Cys Ser Ile Tyr Asn Leu Lys Ser
115 120 125
CGT GAG GGC AAT GTC AAG GTC AGC CGG GAG CTT TCT GCT CAC ACA GGT 432
Arg Glu Gly Asn Val Lys Val Ser Arg Glu Leu Ser Ala His Thr Gly
130 135 140
TAT CTC TCC TGC TGC CGC TTC CTG GAT GAC AAC AAT ATT GTG ACC AGC 480
Tyr Leu Ser Cys Cys Arg Phe Leu Asp Asp Asn Asn Ile Val Thr Ser
145 150 155 160
TCG GGG GAC ACC ACG TGT GCC TTG TGG GAC ATT GAG ACT GGG CAG CAG 528
Ser Gly Asp Thr Thr Cys Ala Leu Trp Asp Ile Glu Thr Gly Gin Gin
165 170 175
AAG ACT GTA TTT GTG GGA CAC ACG GGT GAC TGC ATG AGC CTG GCT GTG 576
Lys Thr Val Phe Val Gly His Thr Gly Asp Cys Met Ser Leu Ala Val
180 185 190
TCT CCT GAC TTC AAT CTC TTC ATT TCG GGG GCC TGT GAT GCC AGT GCC 624
Ser Pro Asp Phe Asn Leu Phe Ile Ser Gly Ala Cys Asp Ala Ser Ala
195 200 205
AAG CTC TGG GAT GTG CGA GAG GGG ACC TGC CGT CAG ACT TTC ACT GGC 672
Lys Leu Trp Asp Val Arg Glu Gly Thr Cys Arg Gin Thr Phe Thr Gly
210 215 220
CAC GAG TCG GAC ATC AAC GCC ATC TGT TTC TTC CCC AAT GGA GAG GCC 720
His Glu Ser Asp Ile Asn Ala Ile Cys Phe Phe Pro Asn Gly Glu Ala
225 230 235 240
ATC TGC ACG GGC TCG GAT GAC GCT TCC TGC CGC TTG TTT GAC CTG CGG 768
Ile Cys Thr Gly Ser Asp Asp Ala Ser Cys Arg Leu Phe Asp. Leu Arg
245 250 255
GCA GAC CAG GAG CTG ATC TGC TTC TCC CAC GAG AGC ATC ATC TGC GGC 816
Ala Asp Gin Glu Leu Ile Cys Phe Ser His Glu Ser Ile Ile Cys Gly
260 265 270
ATC ACG TCT GTG GCC TTC TCC CTC AGT GGC CGC CTA CTA TTC GCT GGC 864
Ile Thr Ser Val Ala Phe Ser Leu Ser Gly Arg Leu Leu Phe Ala Gly
275 280 285
TAC GAC GAC TTC AAC TGC AAT GTC TGG GAC TCC ATG AAG TCT GAG CGT 912
Tyr Asp Asp Phe Asn Cys Asn Val Trp Asp Ser Met Lys Ser Glu Arg
290 295 300
GTG GGC ATC CTC TCT GGC CAC GAT AAC AGG GTG AGC TGC CTG GGA GTC 960
Val Gly Ile Leu Ser Gly His Asp Asn Arg Val Ser Cys Leu Gly Val
305 310 315 320
ACA GCT GAC GGG ATG GCT GTG GCC ACA GGT TCC TGG GAC AGC TTC CTC 1008
Thr Ala Asp Gly Met Ala Val Ala Thr Gly Ser Trp Asp Ser Phe Leu
325 330 335
AAA ATC TGG AAC TGA G GAGGCTGGAG AAAGGGAAGT GGAAGGCAGT GAACACACTC 1064 Lys Ile Trp Asn *
340
AGCAGCCCCC TGCCCGACCC CATCTCATTC AGGTGTTCTC TTCTATATTC CGGGTGCCAT 1124
TCCCACTAAG CTTTCTCCTT TGAGGGCAGT GGGGAGCATG GGACTGTGCC TTTGGGAGGC 1184
AGCATCAGGG ACACAGGGGC AAAGAACTGC CCCATCTCCT CCCATGGCCT TCCCTCCCCA 1244
CAGTCCTCAC AGCCTCTCCC TTAATGAGCA AGGACAACCT GCCCCTCCCC AGCCCTTTGC 1304
AGGCCCAGCA GACTTGAGTC TGAGGCCCCA GGCCCTAGGA TTCCTCCCCC AGAGCCACTA 1364
CCTTTGTCCA GGCCTGGGTG GTATAGGGCG TTTGGCCCTG TGACTATGGC TCTGGCACCA 1424
CTAGGGTCCT GGCCCTCTTC TTATTCATGC TTTCTCCTTT TTCTACCTTT TTTTCTCTCC 1484
TAAGACACCT GCAATAAAGT GTAGCACCCT GGT 1517 • ♦♦ ·· ··»· ·« *· ·· · · · · · · · · » ··· ·· · · · · · ·· · · · · · * ··· ««. »····»· · « ··· ·· ·· ·· ·· ·· (2) INFORMACE O SEK. ID. Č.:2:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 341 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein
(xi) POPIS SEKVENCE: SEK, . ID. Č. :2 :
Met Gly Glu Met Glu Gin Leu Arg Gin Glu Ala Glu Gin Leu Lys Lys
1 5 10 15
Gin Ile Ala Asp Ala Arg Lys Ala Cys Ala Asp Val Thr Leu Ala Glu
20 25 30
Leu Val Ser Gly Leu Glu Val Val Gly Arg Val Gin Met Arg Thr Arg
35 40 45
Arg Thr Leu Arg Gly His Leu Ala Lys Ile Tyr Ala Met His Trp Ala
50 55 60
Thr Asp Ser Lys Leu Leu Val Ser Ala Ser Gin Asp Gly Lys Leu Ile
65 70 75 80
Val Trp Asp Ser Tyr Thr Thr Asn Lys Val His Ala Ile Pro Leu Arg
85 90 95
Ser Ser Trp Val Met Thr Cys Ala Tyr Ala Pro Ser Gly Asn Phe Val
100 105 110
Ala Cys Gly Gly Leu Asp Asn Met Cys Ser Ile Tyr Asn Leu Lys Ser
115 120 125
Arg Glu Gly Asn Val Lys Val Ser Arg Glu Leu Ser Ala His Thr Gly
130 135 140
Tyr Leu Ser Cys Cys Arg Phe Leu Asp Asp Asn Asn Ile Val Thr Ser
145 150 155 160
Ser Gly Asp Thr Thr Cys Ala Leu Trp Asp Ile Glu Thr Gly Gin Gin
165 170 175
Lys Thr Val Phe Val Gly His Thr Gly Asp Cys Met Ser Leu Ala Val
180 185 190
Ser Pro Asp Phe Asn Leu Phe Ile Ser Gly Ala Cys Asp Ala Ser Ala
195 200 205
Lys Leu Trp Asp Val Arg Glu Gly Thr Cys Arg Gin Thr Phe Thr Gly
210 215 220
His Glu Ser Asp Ile. Asn Ala Ile Cys Phe Phe Pro Asn Gly Glu Ala
225 230 235 240
Ile Cys Thr Gly Ser Asp Asp Ala Ser Cys Arg Leu Phe Asp Leu Arg
245 250 255
Ala Asp Gin Glu Leu Ile Cys Phe Ser His Glu Ser Ile Ile Cys Gly
260 265 270
Ile Thr Ser Val Ala Phe Ser Leu Ser Gly Arg Leu Leu Phe Ala Gly
275 280 285
Tyr Asp Asp Phe Asn Cys Asn Val Trp Asp Ser Met Lys Ser Glu Arg
290 295 300
Val Gly Ile Leu Ser Gly His Asp Asn Arg Val Ser Cys Leu Gly Val
305 310 315 320
Thr Ala Asp Gly Met Ala Val Ala Thr Gly Ser Trp Asp Ser Phe Leu
325 330 335
Lys Ile Trp Asn * 340 /
·· 0000 • ·
0000 • ·
00

Claims (12)

  1. 000 00 00
    PATENTOVÉ NÁROKY
    1. Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu k určení rizika vývinu choroby.
  2. 2. Použití podle nároku 1, kde chorobou je porucha spojená s dysregulací G-proteinu.
  3. 3. Použití podle nároku 2, kde genetická modifikace se nachází v SEK. ID. č.: 1, v kodonu pro aminokyselinu 275.
  4. 4. Použití podle nároku 3, kde se v pozici 825 v SEK. ID. Č.: 1 vyskytuje substituce thyminu za cytosin.
  5. 5. Použití podle nároku 2, kde poruchou je kardiovaskulární onemocnění, metabolická porucha nebo imunologická choroba.
  6. 6. Použití podle nároku 2, kde poruchou je hypertenze.
  7. 7. Způsob určování relativního rizika vývinu poruchy spojené s dysregulací G-proteinu u subjektu, vyznačující se tím, že se sekvence genu pro podjednotku β3 lidského G-proteinu subjektu porovná se sekvencí genu popsanou jako SEK. ID. Č.:l a v případě, že je v pozici 825 přítomen thymin (T), přizná se subjektu zvýšené riziko vývinu choroby.
  8. 8. Způsob podle nároku 7, vyznačující tím, že porovnání genů se provádí sekvenováním.
    s e ·· ·♦·« • · · • ··· «· ···· ·· ·· » · · · · · · » · · · · · ♦ · · » · · · · · · · · · » · · ♦ · ·· »·· ·· ··
  9. 9. Způsob podle nároku 8, vyzn se t í m, že úsek genu obsahující pozici vlastní sekvenací amplifikuje.
    a č u j í c í 825 se před
  10. 10.
    tím,
    Způsob podle nároku 7, v y z že porovnání genů se provádí n a č u j í c hybridizací.
    se t použití
  11. 11. Způsob podle nároku 7, v y z í m, že porovnání genů se provádí restrikčních enzymů.
    n a č u j í štěpením za
  12. 12. Způsob podle nároku 11,vyznačuj ící
CZ19983696A 1996-05-14 1997-05-02 Způsob určování rizika vývinu poruchy CZ292691B6 (cs)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19619362A DE19619362A1 (de) 1996-05-14 1996-05-14 Verwendung einer Genveränderung im Gen für humanes G-Protein beta-3-Untereinheit zur Diagnostik von Erkrankungen
PCT/EP1997/002250 WO1997043442A1 (de) 1996-05-14 1997-05-02 VERWENDUNG EINER GENVERÄNDERUNG IM GEN FÜR DIE HUMANE G-PROTEIN β3-UNTEREINHEIT ZUR DIAGNOSTIK VON ERKRANKUNGEN

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CZ369698A3 true CZ369698A3 (cs) 1999-08-11
CZ292691B6 CZ292691B6 (cs) 2003-11-12

Family

ID=7794252

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ19983696A CZ292691B6 (cs) 1996-05-14 1997-05-02 Způsob určování rizika vývinu poruchy

Country Status (23)

Country Link
US (2) US6242181B1 (cs)
EP (1) EP0939833B1 (cs)
JP (1) JP2000509990A (cs)
KR (1) KR20000010988A (cs)
CN (1) CN1218515A (cs)
AT (1) ATE212066T1 (cs)
AU (1) AU732535B2 (cs)
BG (1) BG63214B1 (cs)
BR (1) BR9709245A (cs)
CA (1) CA2252921C (cs)
CZ (1) CZ292691B6 (cs)
DE (2) DE19619362A1 (cs)
EA (1) EA199800959A1 (cs)
HU (1) HUP9903661A3 (cs)
IL (1) IL126511A (cs)
NO (1) NO985280D0 (cs)
NZ (1) NZ332279A (cs)
PL (1) PL185779B1 (cs)
SK (1) SK282675B6 (cs)
TR (1) TR199802300T2 (cs)
UA (1) UA56164C2 (cs)
WO (1) WO1997043442A1 (cs)
ZA (1) ZA974102B (cs)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19637518A1 (de) * 1996-09-13 1998-04-09 Winfried Siffert PTX-sensitive G-Proteine, ihre Herstellung und Verwendung
US6653073B1 (en) * 1998-02-20 2003-11-25 City Of Hope Association of the serotonin transport (HTT) gene with cardiovascular disease and longevity
ATE317436T1 (de) * 1998-09-10 2006-02-15 Siffert Winfried Genveränderung im gen für die g$g(b)3- untereinheit des humanen g-proteins
CA2399141A1 (en) * 2000-02-03 2001-08-09 Snip Biotech Gmbh & Co. Kg Use of a mutation in the gene for the .beta.3-subunit of human g-protein
JP4140329B2 (ja) * 2002-09-25 2008-08-27 財団法人名古屋産業科学研究所 高血圧のリスク診断方法
EP2463384A3 (en) 2010-12-07 2013-03-13 Medtronic, Inc. Diagnostic kits, genetic markers and methods for SCD or SCA therapy selection
WO2019191010A1 (en) * 2018-03-27 2019-10-03 Aardvark Therapeutics Inc. Personalized treatment method for congestive heart failure

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19637518A1 (de) * 1996-09-13 1998-04-09 Winfried Siffert PTX-sensitive G-Proteine, ihre Herstellung und Verwendung
ATE317436T1 (de) * 1998-09-10 2006-02-15 Siffert Winfried Genveränderung im gen für die g$g(b)3- untereinheit des humanen g-proteins

Also Published As

Publication number Publication date
NO985280L (no) 1998-11-12
SK282675B6 (sk) 2002-11-06
ATE212066T1 (de) 2002-02-15
PL330014A1 (en) 1999-04-26
CN1218515A (zh) 1999-06-02
IL126511A (en) 2003-11-23
US6242181B1 (en) 2001-06-05
WO1997043442A1 (de) 1997-11-20
HUP9903661A2 (hu) 2000-03-28
AU2890297A (en) 1997-12-05
EA199800959A1 (ru) 1999-06-24
US20020142311A1 (en) 2002-10-03
TR199802300T2 (xx) 1999-02-22
DE59706027D1 (de) 2002-02-21
BR9709245A (pt) 1999-08-10
PL185779B1 (pl) 2003-07-31
AU732535B2 (en) 2001-04-26
CA2252921C (en) 2008-07-08
CA2252921A1 (en) 1997-11-20
NZ332279A (en) 2000-04-28
BG102878A (en) 1999-05-31
BG63214B1 (bg) 2001-06-29
ZA974102B (en) 1998-11-13
EP0939833A1 (de) 1999-09-08
IL126511A0 (en) 1999-08-17
HUP9903661A3 (en) 2000-09-28
CZ292691B6 (cs) 2003-11-12
SK157398A3 (en) 2000-01-18
UA56164C2 (uk) 2003-05-15
EP0939833B1 (de) 2002-01-16
DE19619362A1 (de) 1997-11-20
NO985280D0 (no) 1998-11-12
JP2000509990A (ja) 2000-08-08
KR20000010988A (ko) 2000-02-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Frankel et al. Nucleotide sequences in mouse DNA and RNA specific for Moloney sarcoma virus.
US6372431B1 (en) Mammalian toxicological response markers
JP4382159B2 (ja) 医学的診断及び治療法のための神経細胞突起局在ｍＲＮＡの使用
US20100047777A1 (en) Methods for identifying mutations in coding and non-coding dna
CN101955943A (zh) 影响转录和对炎性和传染性疾病的敏感性的白细胞介素-1基因座的功能多态性
IL179751A (en) Method for detecting the presence of autism or predisposition to autism or to an autism spectrum disorder in a subject and method for selecting biologically active compounds on autism or on autism spectrum disorder
CZ369698A3 (cs) Použití genetické modifikace v genu pro podjednotku ß3 lidského G-proteinu k diagnóze nemocí
AU2005264056B2 (en) Novel allelic variant of CYP2C19 associated with drug metabolism
US6417342B1 (en) Macular degeneration diagnostics and therapeutics
US20040081981A1 (en) Method of detecting risk factor for onset of diabetes
US20220349008A1 (en) Novel genetic markers for postural orthostatic tachycardia syndrome (pots) and methods of use thereof for diagnosis and treatment of the same
US6251853B1 (en) PTX sensitive G proteins, the production and use thereof
US20050037369A1 (en) Panels of molecular targets differentially expressed during CD8+ T cell priming, and methods for therapy and diagnosis utilizing the same
US20090148430A1 (en) Human obesity susceptibilty gene encoding potassium ion channels and uses thereof
EP1311528A2 (en) Human cytidine monophosphate (cmp) kinase cdna
US20030027134A1 (en) Method of detecting risk factor for onset of diabetes
Ashley Jr Functional analysis of the murine and human FMR1 gene product, FMRP
Torres Physical mapping and mutation analysis of the Wolfram Syndrome gene
WO2000075294A1 (en) Glycogenin, glycogenin pseudogenes, and uses thereof to determine risk for developing type 2 diabetes
TW200300798A (en) Mutatant CYP2D6 genes
JP2004229650A (ja) 新規タンパク質及びそれをコードするｄｎａ
JP2004229652A (ja) 新規タンパク質及びそれをコードするｄｎａ

Legal Events

Date Code Title Description
PD00 Pending as of 2000-06-30 in czech republic
MM4A Patent lapsed due to non-payment of fee

Effective date: 20070502