CN1871356B - 用于递送干扰性rna的逆转录病毒载体 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及逆转录病毒载体和慢病毒载体,其包含用于RNA聚合酶的启动子、多接头和编码目标基因特异的小发夹RNA(shRNA)的核酸。将所述shRNA导入细胞后,通过RNA干扰诱导目标基因信使RNA的降解。
Description
发明领域
本发明总体上涉及用于将干扰性RNA递送入细胞的逆转录病毒载体。
发明背景
RNA干扰(RNAi)指的是这样一种现象,即由于存在的双链RNA(dsRNA)具有与目标基因的一部分相同或十分相似的序列,导致了从该目标基因转录的信使RNA(mRNA)的降解(Sharp 2001)。Fjose等人提出了RNA干扰的机制[Fjose等人,RNA Interference:Mechanisms and Applications(RNA干扰:机制和应用)。Biotechnology Annual Review(生物技术年鉴),Vol.7,pp.10-57(2001)]。起先,由一条有义链(sense strand)和一条反义链(antisensestrand)构成一条双链RNA(dsRNA)序列,其中该有义链与目标基因相同或十分相似,且与该目标基因转录产生的mRNA互补;该反义链则与该有义链互补。因此,该反义链具有与该目标基因转录产生的mRNA的一部分相同或十分相似的序列。
然后,RNAi核酸酶将该dsRNA切割为长度介于18-25个核苷酸之间的短的dsRNA,并与自目标基因转录产生的mRNA结合。此后,具有解旋酶(helicase)活性的RNAi酶催化短的dsRNA与mRNA之间的交换,使得该dsRNA的反义链与mRNA退火,置换了该dsRNA的“反义链”,而且使mRNA在其末端被切断。结果,该mRNA被破坏,而且未发生该mRNA分子的翻译过程。此外,该短dsRNA的有义链继续保持与RNAi核酸酶的结合,作为产生新反义链的模板而形成新的dsRNA分子,用于破坏自目标基因转录产生的另一mRNA。如此,RNAi显示了催化活性(Id.)。
RNAi特异性敲低(knock-down)目标基因表达的能力具有明显的益处。 例如,RNAi可用于产生这样的动物,所述动物模拟真正基因“剔除”的动物,以便研究基因的作用。另外,RNAi可用于治疗由于某一特定基因或一组基因的异常表达、或由于某一发生突变或多态现象的基因的表达而引起的疾病或病症。例如,它可以抑制某些导致癌症的基因(例如癌基因)。此外,还可以抑制某些病毒基因,以及某些导致遗传疾病如肌强直性营养不良(myotonic dystrophy)、囊肿性纤维化(cystic fibrosis)、阿尔茨海默氏症(Alzheimer’s Disease)和帕金森氏症(Parkinson’s Disease)等疾病的突变基因。其对于环加氧酶(cyclooxygenase)或细胞因子(cytokines)等基因的抑制作用也可应用于治疗炎症,例如关节炎。
因此,为了利用干扰性RNA来调节尤其是向下调节细胞内特定目标基因的表达,需要有一种能将异源RNA递送入细胞的载体。
本文中关于任何参考资料的引述,不应被解释为是承认这些参考资料是本申请的“现有技术”。
发明概述
本发明提供了一种有用的、前所未知的逆转录病毒载体,该载体可将异源RNA递送入细胞,利用RNA的干扰作用调节特定蛋白的表达。
广义地说,本发明可延伸至将目标基因特异性插入片段导入细胞从而调节目标基因表达的逆转录病毒载体。本发明的逆转录病毒载体含有启动子、多接头(polylinker)、以及含有双链RNA的目标基因特异性插入片段,其中该双链RNA包括有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该反义部分则与该有义部分互补。如此,双链RNA的有义部分和反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
许多启动子都可应用于本发明的逆转录病毒载体。应用于本发明的逆转录病毒载体的启动子的一个具体例子是U6启动子,其序列为:
ttcccatgattccttcatatttgcatatacgatacaaggctgttagagagataattagaattaatttgactgtaaacacaaagatattagtacaaaatacgtgacgtagaaagtaataatttcttgggtagtttgcagtttttaaaattatgttttaaaatggactatcatatgcttaccgtaacttgaaagtatttcgatttcttgcctttatatatcttgt ggaaaggacgaaacaccg(SEQ ID NO:7).
应用于本发明的逆转录病毒载体的另一启动子区域是H1启动子,其核苷酸序列为:
-1
ccctttctcaccagagtatgtcttgaatattctaagggtttaggtttctgtaaagtgcaaataccactaaagggtcttgtgtatcgctgtacgtttataa-100(SEQ ID NO:14).
同样地,也有许多多接头可方便地应用于本发明的逆转录病毒载体。应用于本发明的逆转录病毒载体的多接头的例子为:
(a)aattc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:1);
(b)aattc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:2);
(c)gatcc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:3);
(d)gatcc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:4);
(e)aattc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:5);以及
(F)gatcc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:6).
对于本发明的慢病毒(Lentivirus)逆转录病毒载体来说,该多接头序列可含有AgeI限制性位点和EcoRI限制性位点,从而可插入如下所示的目标基因插入片段:
AgeI +1 茎环终 止子 EcoRI
CCGGT G(20个或20个以上碱基)TTCAAGAGA(21个碱基)TTTTT GGAA G
A C(20个或20个以上碱基)AAGTTCTCT(21个碱基)AAAAA CCTT CTTAA
该插入片段含有AgeI和EcoRI这两个限制性位点。上述“20个或20个以上碱基”可以是目标基因插入片段之双链核苷酸序列的反义链或有义链。自 然,“21个碱基”也可以是有义链或反义链。但关键的是,这两条链互补并退火而使得该双链RNA折回自身。此外,上述插入片段中之9碱基茎环仅是一个例子,其它大小的茎环也可方便地应用于本发明。
此外,在本发明的逆转录病毒载体中,目标基因特异性插入片段中双链RNA的有义部分和反义部分之长度可以变化。例如,这些部分的长度可以是19-30个核苷酸,特别地是19-25个核苷酸,更特别地是19-23个核苷酸。
自然,许多基因都可以是本发明的逆转录病毒载体的目标基因。目标基因的具体例子可以是与某种具体疾病或病症相关的基因,例如p53、Mat8等致癌基因。目标基因也可以是神经退化性疾病或病症的相关基因,例如与阿尔茨海默氏症相关的突变型淀粉样蛋白前体(mutated amyloidprecursor protein)基因或突变型早老蛋白(presenilin)基因。目标基因还可以是编码离子通道蛋白的基因或编码激素的基因等。实际上,人们欲阻断其表达的任何基因都可以作为本发明的逆转录病毒载体的目标基因。在下述的具体例子中,目标基因是p38。
许多逆转录病毒都可应用于本发明的逆转录病毒载体。例如,本发明的逆转录病毒载体可由下列逆转录病毒构建而成:HIV、MoMuLV(莫洛尼鼠白血病病毒)、MSV(莫洛尼鼠肉瘤病毒)、HaSV(哈威肉瘤病毒)、SNV(脾坏死病毒)、RSV(劳氏肉瘤病毒)、弗兰德(Friend)病毒、鼠干细胞病毒(MSCV)、慢病毒、或如WO95/02697专利所公开的缺陷型逆转录病毒载体。以上仅是举几个例子。具体应用于本发明的一种逆转录病毒是鼠干细胞病毒(MSCV)。另一种是经修饰的慢病毒,其中,(a)内源性CMV启动子已被去除;(b)与REV应答元件(RRE)结合的REV元件被插入该病毒。
此外,本发明的逆转录病毒载体还可含有报告基因,如hrGFP、Blasti、Hygro、Puro和eGFP-Puro融合蛋白等。
在另一实施方案中,本发明可延伸至被本发明的逆转录病毒载体感染的细胞。这种感染可以发生在体外(in vitro)、体内(in vivo),或取体内细胞经体外感染后再输回体内(ex vivo)。
本发明可进一步延伸至将双链RNA导入细胞以改变目标基因表达的经修饰的慢病毒载体,其中:
(a)该慢病毒的内源性CMV启动子已被去除,该经修饰的慢病毒载体含有以下部分:
(i)与REV应答元件(RRE)结合的插入REV元件;
(ii)U6启动子序列:
ttcccatgattccttcatatttgcatatacgatacaaggctgttagagagataattagaattaatttgactgtaaacacaaagatattagtacaaaatacgtgacgtagaaagtaataatttcttgggtagtttgcagtttttaaaattatgttttaaaatggactatcatatgcttaccgtaacttgaaagtatttcgatttcttgcctttatatatcttgtggaaaggacgaaacaccg(SEQ ID NO:7);以及
(iii)多接头区域;
(iv)含有上述双链RNA的目标基因插入片段,
其中该双链RNA包括有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该反义部分则与该有义部分互补。如此,双链RNA的有义部分和反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
许多的多接头区域都可应用于本发明的经修饰的慢病毒载体。具体例子包括,但当然不仅限于如下序列:
(a)aattc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:1)
(b)aattc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:2);
(c)gatcc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:3);
(d)gatcc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:4)
(e)aattc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:5);以及
(f)gatcc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a (SEQ ID NO:6),以上仅是举几个例子。
在本发明的经修饰的慢病毒逆转录病毒载体中,该多接头序列可含有AgeI限制性位点和EcoRI限制性位点,从而可插入如下所示的目标基因插入片段:
AgeI +1 茎环 终止子 EcoRI
CCGGT G(20个或20个以上碱基)TTCAAGAGA(21个碱基)TTTTT GGAA G
A C(20个或20个以上碱基)AAGTTCTCT(21个碱基)AAAAA CCTT CTTAA
该插入片段含有AgeI和EcoRI这两个限制性位点。上述“20个或20个以上碱基”可以是目标基因插入片段之双链核苷酸序列的反义链或有义链。自然,“21个碱基”也可以是有义链或反义链。但关键的是,这两条链互补并退火而使得该双链RNA折回自身。此外,上述插入片段中之9碱基茎环仅是一个例子,其它大小的茎环也可方便地应用于本发明。
此外,本发明的经修饰的慢病毒可任选地包括报告基因,如Blasti、hrGFP、萤光素酶等。
本发明专利申请书所述之经修饰的慢病毒的具体例子是:
(a)pLenti-U6-Blasti,它含有SEQ ID NO:8的核苷酸序列(图1);以及
(b)pLenti-U6-hrGFP,它含有SEQ ID NO:9的核苷酸序列(图2)。
此外,本发明可延伸至一种调节细胞中目标基因的表达的方法,包括用本发明的逆转录病毒载体来感染细胞。在本发明的逆转录病毒载体中,基因插入片段之双链RNA的有义区域与该目标基因的反义链互补,目标基因插入片段之双链RNA的反义区域与双链RNA的有义区域互补,使得该双链RNA的有义区域和反义区域退火,而且该双链RNA折回自身。
本发明还可延伸至将双链RNA导入细胞以改变目标基因的表达的鼠干细胞病毒(MSCV)载体。该载体含有:
(a)启动子;
(b)多接头区域;
(c)含有双链RNA的目标基因插入片段,该双链RNA包括有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该反义部分 与有义部分互补,使得该有义部分和反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
许多启动子序列都可应用于本发明的MSCV逆转录病毒载体。这类启动子序列的一个具体例子是如下的U6启动子序列:
ttcccatgattccttcatatttgcatatacgatacaaggctgttagagagataattagaattaatttgactgtaaacacaaagatattagtacaaaatacgtgacgtagaaagtaataatttcttgggtagtttgcagtttttaaaattatgttttaaaatggactatcatatgcttaccgtaacttgaaagtatttcgatttcttgcctttatatatcttgtggaaaggacgaaacaccg(SEQ ID NO:7).
另一个应用于本发明的启动子是H1启动子(SEQ ID NO:14)。
此外,许多的多接头区域都可应用于本发明的MSCV逆转录病毒载体。具体例子包括,但当然不仅限于如下序列:
(a)aattc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:1)
(b)aattc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:2);
(c)gatcc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:3);
(d)gatcc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:4)
(e)aattc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:5);以及
(f)gatcc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:6),
以上仅是举几个例子。
本发明的MSCV逆转录病毒载体还可任选地包含报告基因,如Hygro、Puro、hrGFP、萤光素酶或eGFP-Puro融合蛋白。
本发明的MSCV逆转录病毒载体的具体例子包括:
(a)MSCV-U6-Hygro,它含有SEQ ID NO:10的核苷酸序列(图3);
(b)MSCV-U6-Puro,它含有SEQ ID NO:11的核苷酸序列(图4);以及
(c)MSCV-U6-hrGFP,它含有SEQ ID NO:12的核苷酸序列(图5);以上仅是举几个例子。
因此,本发明的一个方面是:提供一种具有基因目标插入片段的逆转录病毒载体,该插入片段可以折回自身而形成一双链体,其中该双链体的一条链是有义链,另一条链是反义链。当在细胞中加工该逆转录病毒载体时,该双链体从载体上被切下,而形成短的dsRNA,该短的dsRNA可作为干扰性RNA来调节目标基因的表达。
本发明的另一个方面是提供一种逆转录病毒载体,其中目标基因插入片段之有义链与目标基因相同或高度同源,而该目标基因与某种具体疾病或病症相关。这种逆转录病毒载体可方便地用于治疗与该目标基因的表达相关的疾病或病症。
本发明的又一个方面是提供一种被本发明的逆转录病毒载体感染的细胞。这种感染可以发生在体外(in vitro)、体内(in vivo),或取体内细胞经体外感染后再输回体内(ex vivo)。这种感染的结果是,细胞基因组中目标基因的表达受到了调节,尤其是向下调节。
本发明还有一个方面是提供一种用干扰性RNA调节细胞中目标基因的表达的方法。在这一方法中,细胞被本发明的逆转录病毒载体感染,所述载体含有目标基因插入片段,而该插入片段具有与目标基因相同或高度同源的有义链。
通过参考下列附图和本发明的详细说明,将能更好地理解本发明的这些方面和其它方面。
附图简述:
图1:本发明的经修饰的慢病毒载体pLenti-U6-Blasti的核苷酸序列,它含有Blasti报告基因和U6启动子序列。在细胞被该病毒载体感染之前,可将调节特定基因的目标基因插入片段容易地插入此病毒载体的多接头。
图2:本发明的经修饰的慢病毒载体pLenti-U6-hrGFP的核苷酸序列,它含有hrGFP报告基因和U6启动子序列。在细胞被病毒载体感染之前,可将调节特定基因的目标基因插入片段容易地插入此病毒载体的多接头。
图3:本发明的MSCV病毒载体MSCV-U6-Hygro的核苷酸序列,它含有Hygro报告基因和U6启动子序列。在细胞被病毒载体感染之前,可将调节特定基因的目标基因插入片段容易地插入此病毒载体的多接头。
图4:本发明的MSCV病毒载体MSCV-U6-Puro的核苷酸序列,它含有Puro报告基因和U6启动子序列。在细胞被病毒载体感染之前,可将调节特定基因的目标基因插入片段容易地插入此病毒载体的多接头。
图5:本发明的MSCV病毒载体MSCV-U6-hrGFP的核苷酸序列,它含有hrGFP报告基因和U6启动子序列。在细胞被病毒载体感染之前,可将调节特定基因的目标基因插入片段容易地插入此病毒载体的多接头。
图6:本发明的含有GFP报告基因的经修饰的慢病毒示意图。(1)是目标基因插入片段,即折回自身的双链RNA。
图7:将使用缺乏目标基因插入片段的本发明经修饰的慢病毒感染的细胞中p38的表达(对照)与具有这样的目标基因插入片段的本发明经修饰的慢病毒感染的细胞中p38的表达进行比较的Western印迹,其中所述目标基因插入片段设计为与该细胞之内源性p38基因的一部分互补。这一印迹结果清楚地显示,相对于在对照中的表达,本发明经修饰的慢病毒降低了p38的表达。
发明详述:
如上所解释,本发明可广义地延伸至一有用的、前所未知的逆转录病毒载体。它可用于将干扰性RNA递送入细胞,从而调节尤其是向下调节特定目标基因的表达。本发明的这一逆转录病毒载体包括:
(a)启动子,
(b)多接头区域,以及
(c)含有双链RNA的目标基因特异性插入片段,该双链RNA包括有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该 反义部分则与该有义部分互补,使得该有义部分与反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
在细胞内,折回自身的目标基因特异性插入片段被加工成短的dsRNA双链体,其有义链可用作干扰性RNA。所述干扰性RNA可调节、尤其是向下调节目标基因的表达。令人惊讶和出乎意料的是,用于感染细胞的本发明的逆转录病毒载体能在细胞终生向下调节目标基因的表达;与其相反的是,仅仅将裸siRNA插入细胞,裸siRNA通常只能在5-6天内向下调节目标基因的表达。
由于本发明的逆转录病毒载体能够向下调节目标基因的表达,该逆转录病毒载体可用于治疗多种与特定目标基因的表达有关、或与含有突变或多态现象的特定目标基因的表达有关的疾病或病症。
按照本发明,可以采用本技术领域内常规的分子生物学、微生物学,以及重组核酸分子技术。这类技术在文献中有详细的说明。例如,可参阅Sambrook,Fritsch&Maniatis,Molecular Cloning:ALaboratory Manual(分子克隆:实验室手册),Second Edition(1989)Cold Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,New York(herein″Sambrook等人,,1989″);DNA Cloning:APracticalApproach(DNA克隆:实用方法),Volumes I and II(D.N.Glover ed.1985);Oligonucleotide Synthesis(寡核苷酸合成)(M.J.Gait ed.1984);Nucleic Acis Hybridization(核酸杂交)[B.D.Hames&S.J.Higgins编著(1985)];Transcription And Translation(转录与翻译)[B.D.Hames&S.J.Higgins,编著(1984)];Animal Cell Culture(动物细胞培养)[R.I.Freshney,ed.(1986)];Immobiliz ed Cells And Enzymes(固定的细胞和酶)[IRL Press,(1986)];B.Perbal,APractical Guide ToMolecular Cloning(分子克隆实用指南)(1984);F.M.Ausubel等人(编著),Current Protocols in Molecular Biology(分子生物学最新方法),John Wiley&Sons,Inc.(1994).
因此,以下术语若在本文中出现时将具有下述定义。
“载体(vector)”是一种媒介,例如质粒、噬菌体、病毒或粘粒,用 于将基因材料导入细胞或有机体。
“异源”核酸分子指的是非天然存在于细胞内、或细胞内染色体位点上的核酸分子。
“核酸分子”或“核苷酸序列”可以互换使用,指的是核糖核苷(腺苷、鸟苷、尿苷或胞苷;“RNA分子”)或脱氧核糖核苷(脱氧酰苷、脱氧鸟苷、脱氧胸苷或脱氧胞苷;“DNA分子”)的磷酸酯聚合物,或其任何磷酸酯类似物,例如硫代磷酸酯和硫酯,可以是单链的形式,也可以是双链螺旋的形式。双链DNA-DNA、DNA-RNA和RNA-RNA螺旋的形式也是可能的。
在适当的温度和溶液离子强度条件下,当一单链形式的核酸分子退火至另一核酸分子上时(参阅上述Sambrook等),则核酸分子“可杂交”至另一核酸分子,例如cDNA、基因组DNA、或RNA。该温度和离子强度条件决定了杂交的“严格度”。对于同源核酸分子的初步筛选,可使用对应于Tm为55℃的低严格杂交条件,例如,5x SSC,0.1%SDS,0.25%牛奶,而且无甲酰胺;或30%甲酰胺,5x SSC,0.5%SDS。中等严格杂交条件对应于较高的Tm,例如,40%甲酰胺和5x或6x SSC。高严格杂交条件对应于最高的Tm,例如,50%甲酰胺、5x或6x SSC。杂交要求两条核酸分子含有互补的序列,尽管取决于杂交的严格度,碱基之间不配对的情况还是可能的。核酸分子杂交的适当严格度取决于核酸分子的长度和互补程度,以及本技术领域内众所周知的变数。这两条核苷酸序列之间的相似性或同源性程度越高,含有这些序列的核酸杂交物的Tm值也就越大。核酸杂交的相对稳定性(对应于较高的Tm)按以下顺序递减:RNA:RNA,DNA:RNA,DNA:DNA。对于长度大于100个核苷酸的杂交物,已推导出了计算Tm的方程(参阅上述Sambrook等,9.50-0.51)。对于与较短的核酸分子即寡核苷酸的杂交,不配对的位置变得更为重要,而且寡核苷酸的长度决定了其特异性(参阅上述Sambrook等,11.7-11.8)。可杂交核酸分子的最短长度至少为约15个核苷酸;尤其是至少为约40个核苷酸;更特别地是至少为约30个核苷酸;更特别地是至少为约60个核苷酸,甚至更特别地是至少为100个核苷酸。
此外,如本文中所用,术语“标准杂交条件”指的是Tm为55℃,同时 使用上述条件。在一优选的实施方案中,Tm为60℃;在一更优选的实施方案中,Tm为65℃。
核酸分子“编码序列”或“有义链”是指真核基因组DNA分子中的核酸分子或其部分,它用一正确读框内遗传密码的密码子来编码多肽或多肽的一部分。在本技术领域内众所周知,下列密码子可互换使用以编码各种特定的氨基酸:
苯丙氨酸(Phe或F)UUU或UUC
亮氨酸(Leu或L)UUA或UUG或CUU或CUC或CUA或CUG
异亮氨酸(Ile或I)AUU或AUC或AUA
蛋氨酸(Met或M)AUG
缬氨酸(Val或V)GUU或GUA的GUC或GUG
丝氨酸(Ser或S)UCU或UCC或UCA或UCG或AGU或AGC
脯氨酸(Pro或P)CCU或CCC或CCA或CCG
苏氨酸(Thr或T)ACU或ACC或ACA或ACG
丙氨酸(ALA或A)GCU或GCG或GCA或GCG
酪氨酸(Tyr或Y)UAU或UAC
组氨酸(His或H)CAU或CAC
谷氨酰胺(Gln或Q)CAA或CAG
天冬酰胺(Asn或N)AAU或AAC
赖氨酸(Lys或K)AAA或AAG
天冬氨酸(Asp或D)GAU或GAC
谷氨酸(Glu或E)GAA或GAG
半胱氨酸(Cys或C)UGU或UGC
精氨酸(Arg或R)CGU或CGC或CGA或CGG或AGA或AGG
甘氨酸(Gly或G)GGU或GGC或GGA或GGG
色氨酸(Trp或W)UGG
终止密码子UAA(赭石密码子)或UAG(琥珀密码子)或UGA(乳白密码子)
应该理解的是,以上所定义的是RNA序列的密码子。其对应的DNA密码子含有取代U的T。
如本文中所用,与核苷酸序列有关的术语“一部分”指的是上述序列的一部分,其长度至少为19个相邻的核苷酸,但比整个核苷酸序列的长度短。
“启动子序列”或“启动子”是核酸分子的一个调控区域,它能在细胞内结合RNA聚合酶并启动下游(3’方向)编码序列的转录。在启动子序列内能发现转录启动位点(例如,可通过核酸酶S1作图法而方便地定义),以及负责结合RNA聚合酶的蛋白质结合域(共有序列)。应用于本发明的一个具体启动子序列包括具有以下核苷酸序列的U6启动子序列:
ttcccatgattccttcatatttgcatatacgatacaaggctgttagagagataattagaattaatttgactgtaaacacaaagatattagtacaaaatacgtgacgtagaaagtaataatttcttgggtagtttgcagtttttaaaattatgttttaaaatggactatcatatgcttaccgtaacttgaaagtatttcgatttcttgcctttatatatcttgtggaaaggacgaaacaccg(SEQ ID NO:7)
可用于本发明载体的启动子序列的另一例子是H1启动子(SEQ ID NO:14)。
如本文中所用,术语“多接头”或“多接头区域”可互换使用,指的是被插入本发明的逆转录病毒载体的核苷酸序列,且含有多个针对特定限制酶的限制位点。因此,通过使用特定的限制酶,可将核苷酸序列插入本发明的病毒载体。可用于本发明的病毒载体的多接头的具体例子包括,但绝不限于:
(a)aattc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaaa(SEQ ID NO:1)
(b)aattc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaaa(SEQ ID NO:2);
(c)gatcc gactggcacagcctccagg ttcaagaga cctggaggctgtgccagtc ttttt ggaa a(SEQ ID NO:3);
(d)gatcc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaaa(SEQ ID NO:4)
(e)aattc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaaa(SEQ ID NO:5);以及
(f)gatcc gactccagtggtaatctac ttcaagaga gtagattaccactggagtc ttttt ggaaa(SEQ ID NO:6)
在本发明的一具体实施方案中,例如,经修饰的慢病毒逆转录病毒载体中,该多接头序列可含有AgeI限制位点和EcoRI限制位点,从而可插入如下所示的目标基因插入片段:
AgeI +1 茎环 终止子 EcoRI
CCGGT G(20个或20个以上碱基)TTCAAGAGA(21个碱基)TTTTT GGAA G
A C(20个或20个以上碱基)AAGTTCTCT(21个碱基)AAAAA CCTT CTTAA
该插入片段含有AgeI和EcoRI这两个限制性位点。上述“20个或20个以上碱基”可以是目标基因插入片段之双链核苷酸序列的反义链或有义链。自然,“21个碱基”也可以是有义链或反义链。但关键的是,这两条链互补并退火退火而使得该双链RNA折回自身。此外,上述插入片段中之9碱基茎环仅是一个例子,其它大小的茎环也可方便地应用于本发明。
如本文中所用,术语“感染”指的是细胞受到本发明的逆转录病毒载体的污染,其中该细胞在其基因组内含有基因目标。因此,以具有适当目标基因插入片段的本发明的逆转录病毒载体感染细胞,将导致对被感染细胞内目标基因的表达的调节。
如本文中所用,术语“调节”指的是改变被感染细胞内目标基因的正常表达。该术语尤其指的是,与该细胞被本发明的逆转录病毒载体感染之前的目标基因的表达量相比,被感染细胞目标基因的表达量的降低;或与未被感染的对照细胞的目标基因的表达量相比,被感染细胞目标基因的表达量的降低。
逆转录病毒载体
如上所述,本发明延伸至将目标基因特异性插入片段导入细胞以改变目标基因表达的逆转录病毒载体,该载体包含:
(a)启动子;
(b)多接头区域;
(c)含有双链RNA的目标基因特异性插入片段,该双链RNA包括有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该反义部分则与该有义部分互补,使得该有义部分与反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
逆转录病毒是感染分裂细胞的整合病毒。逆转录病毒基因组包括两个LTR、一个包装序列和三个编码区域(gag、pol和env)。应用于本发明的逆转录病毒的具体例子包括、但绝不限于HIV、MoMuLV(莫洛尼鼠白血病病毒)、MSV(莫洛尼鼠肉瘤病毒)、HaSV(哈威肉瘤病毒)、SNV(脾坏死病毒)、RSV(劳氏肉瘤病毒)、弗兰德(Friend)病毒、以及如WO95/02697专利所公开的缺陷型逆转录病毒载体。该专利全文系作为参考引述在此。
一般而言,为了构建含有核酸序列的重组逆转录病毒,须构建含有核酸序列的质粒。在本发明的情况下,该核酸序列是含有如上所述目标基因特异性插入片段和多接头区域的RNA序列。该RNA序列还可任选地含有编码报告蛋白质的核酸。然后,这种构建被用于转染一包装细胞株,该细胞株能够反式提供该质粒所缺乏的逆转录病毒功能。一般而言,该包装细胞株从而能够表达gag、pol和env基因。这类包装细胞株在现有技术中已有所叙述,尤其是细胞株PA317(US4,861,719);PsiCRIP细胞株(WO90/02806)以及GP+envAm-12细胞株(WO89/07150)。在构建之后,本发明的逆转录病毒载体可通过本技术领域内一般技术人员所熟知的标准技术予以纯化。下文提供了关于本发明的逆转录病毒载体构建的详细叙述。
可用于本发明的逆转录病毒载体的一种特殊类型的逆转录病毒是经修饰的慢病毒,它能感染有丝分裂后细胞和/或非分裂细胞。这类细胞可以在肝脏和肌肉神经元内找到。在本发明的经修饰的慢病毒载体中,慢病毒的 内源性CMV启动子已被去除,而且REV元件被插入了该病毒。
可用于本发明的逆转录病毒载体的另一种逆转录病毒是鼠干细胞病毒(MSCV)。
通过感染、转染或转化导入本发明的逆转录病毒载体
本发明进一步延伸至被本发明的逆转录病毒载体感染的细胞,该被感染的细胞在其基因组内含有目标基因。因此,用本发明逆转录病毒载体感染的细胞可调节、尤其是降低细胞内目标基因的表达。这种感染可以发生在体外(in vitro)、体内(in vivo),或取体内细胞经体外感染后再输回体内(exvivo)。许多类型的细胞均可被本发明的逆转录病毒载体感染。例如,这样的细胞可以是原核细胞或真核细胞,例如,大肠杆菌类细胞如E.Coli,酵母细胞或哺乳动物细胞。此外,这样的细胞可获自生物样品,诸如头发或皮肤之类的样品或诸如血液、唾液或精液之类的体液等。但是,如上所述,重要的是该细胞在其基因组内含有目标基因。
使用本发明的逆转录病毒载体进行细胞的转化和转染时,可以任选地采用常规实验室技术。这些技术包括,例如转染、电穿孔、显微注射、转导、细胞融合、DEAE-葡聚糖、磷酸钙沉淀、脂质转染(溶酶体融合)、使用基因枪或DNA载体输送蛋白(参阅如,Wu等人,1992,J.Biol.Chem.267:963-967;Wu和Wu,1988,J.Biol.Chem.263:14621-14624;Hartmut等人,加拿大专利申请号2,012,311,1990年3月15日申请)。
自然,转染或转化也可以在体内发生。例如,本发明的逆转录病毒载体可以通过脂质转染而导入体内。脂质体已被用于在体外进行核酸的包装和转染。某些合成的阳离子脂质是专为限制脂质体介导的转染所遭遇的困难和危险而设计的。它们可用于制备在体内转染本发明的逆转录病毒载体的脂质体。这些阳离子脂类的应用可促进带负电核酸的包装,也能促进与带负电细胞膜的融合[Felgner和Ringold,Science 337:387-388(1989)]。为了将本发明的逆转录病毒载体导入特定的器官而使用体内脂质转染,具有一定的实用方面的优越性。脂质体能在分子水平上靶向特定的细胞就是一 方面的好处。很明显,针对特定细胞类型的转染,对于具有细胞异质性的器官,例如胰脏、肝脏、肾脏以及大脑等器官将是特别有益的。尤其是,这样的针对性转染对于本发明的经修饰的慢病毒载体是特别有用的,因为慢病毒能够感染可在肝脏和肌肉神经元内存在的有丝分裂后细胞和/或非分裂细胞。
含有本发明逆转录病毒载体的药物组合物
本发明还可延伸至药物组合物,其含有本发明的逆转录病毒载体以及用于导入本发明的逆转录病毒载体的可药用载体。如本文中所用,术语“可药用”指的是生理上可容忍的而且通常不会产生过敏或类似不利反应如反胃、头晕等现象的分子成分和组合物。优选地,如本文中所用,术语“可药用”意思是经联邦或州政府的监管机构批准或在美国药典或其它公认的药典中所列出可用于动物、尤其是人类的物质。术语“载体(carrier)”指的是与该化合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂、或运载体。这种药学载体可以是无菌的液体,例如水和油,包括那些来自石油、动物,植物或合成途径的油,例如花生油、豆油、矿物油、芝麻油等。水或水溶液、盐水溶液以及葡萄糖和甘油的水溶液,是作为载体的首选,尤其是当用于注射时。“雷氏药学大全”(E.W.Martin:Remington’s Pharmaceutical Sciences)叙述了某些适宜的药学载体。
本发明的药物组合物可通过注射或口服、或经由肺部、鼻腔或其它各种方式施用,而且可包括含有多种缓冲成分(如Tris-HCl、乙酸盐、磷酸盐)和具有多种pH值和离子强度的稀释剂;添加剂,例如洗涤剂和增溶剂(如吐温80、多乙氧基醚(Polysorbate 80));抗氧化剂(如抗坏血酸、偏亚硫酸氢钠);防腐剂(如硫柳汞、苯甲醇)以及填充物质(如乳糖、甘露醇);包括将该物质掺入聚合化合物如聚乳酸、聚甘醇酸等的颗粒制剂,或掺入脂质体。还可以使用醛醣酸(hylauronic acid)。这样的药物组合物可能会影响物理状态、稳定性,以及在体内释放的速率。可参阅例如“雷氏药学大全”(Remington’s Pharmaceutical Sciences),第18版(1990,Mack Publishing Co., Easton,PA 18042),p1435-p1712,其作为参考引述在此。该药物组合物可制成液体的形式,也可制成干粉,例如冻干的形式。
通过参考以下非限制性实施例,将能更好地理解本发明。这些实施例是作为本发明的示范而提供的。举出以下实施例是为了更充分地说明本发明一些优选的实施方案。然而,它绝不应被解释为是限制本发明的广阔范围。
实施例
将shRNA克隆入名为LUG的慢病毒载体内:
首先,获得发夹状短核苷酸序列之上段链和下段链(21碱基的有义链、9碱基的茎环以及21碱基的反义链)。可以自行制备或购自寡核苷酸供应商。然后,将这两种链置于96孔板的同一孔内。
然后,将上述的链50pmol/ul进行退火,并将0.05pmole退火后的链用于连接。寡核苷酸的上段链和下段链在96孔板的同一孔内被结合在一起。所有过程都是以96孔板高产模式进行的。
为了进行该退火反应,将5μl寡核苷酸混合物加入45μl退火混合物(40μl水+5μl NEB缓冲液2)。将该混合物在热循环仪内加热至98℃2分钟,再在实验桌上冷却至少2小时进行退火。然后将退火后的寡核苷酸稀释至1∶100,再将1μl稀释的退火后寡核苷酸即目标基因插入片段的双链DNA连接入逆转录病毒载体主链的多接头区域(预先用AgeI和EcoRI切割)。该连接过程于4℃温度下持续过夜。取2μl连接产物用于转化40μl的SURE细胞(Stratagene),将转化物在12孔的卡比西林(carbenicillin)(50微克/毫升)栅板上培养。于第二天,将菌落挑入超级汤-卡比西林(50微克/毫升)并送去进行HTP测序。然后小量制备该培养液并进行测序。测序后,大量制备阳性培养液以提供制备病毒用的DNA。
在293FT细胞内产生经修饰的慢病毒:
转染步骤:
在转染前一天,进行293FT细胞的胰蛋白酶化和细胞计数,在每个10厘 米培养皿内涂布5×106个细胞。将细胞置于10毫升含血清的生长培养基中。
按照以下步骤为每个转染样品制备DNA-Lipofectamine Z 2000复合体:
·在使用前轻轻地混合Lipofectamine 2000试剂,然后取36μl稀释于1.5毫升不含血清的Opti-MEM I培养液中。轻轻地混合且在室温下培养5分钟。
·培养5分钟后,将稀释的DNA与稀释的Lipofectamine 2000试剂合并。轻轻地混合。
·在室温下培养20分钟,以形成DNA-Lipofectamine 2000复合体。该溶液可能会呈现浑浊,但这并不妨碍转染。
4.将DNA-Lipofectamine 2000复合体滴加入每个培养皿内。来回摇晃该培养皿使其轻轻地混合。在CO2培养箱内于37℃培养该细胞过夜。
5.次日,除去含有DNA-Lipofectamine 2000复合体的培养液,而代之以完全培养基[即含有10%FBS、2mM L-谷氨酰胺、0.1mM MEM非必需氨基酸以及1%青霉素(penicillin)/链霉素(streptomycin)的D-MEM]。
熟悉此项技术者应该注意到,VSV G糖蛋白的表达引起了293FT细胞的融合,从而导致了多核融合细胞的出现。这种形态上的改变是正常的,且不会影响慢病毒的产生。还应注意的是,在实现本发明的过程中,你所接触的是具有感染性的材料。
6.在转染后48至72小时期间,将培养液移入15毫升无菌、加盖的锥形管内,以获取含有病毒的上清液。无论上清液是在转染后48小时还是72小时收集的,所能观察到的病毒产率方面的区别极小。
7.于+4℃以3000转/分钟离心15分钟以沉淀细胞碎片。
8.必要时可进行过滤。
9.吸取病毒上清液置于1毫升试剂瓶内。将病毒储备液储存于-80℃。
在GP2-293细胞内产生MSCV:
在含有10%FBS、100微克/毫升链霉素及100单位/毫升青霉素G的DMEM完全培养液中培养细胞。
从冷冻储备液繁殖细胞:
1.在37℃水浴中解冻试样瓶。
2.将细胞转入盛有9毫升经预热的完全培养液的离心管。
3.以每分钟1500转离心5分钟。
4.移去上清液。
5.仔细地将细胞重新悬浮在10毫升完全培养液中,并置于包被有多聚-D-赖氨酸的10厘米培养皿内。
6.在37℃与5%CO2条件下培养细胞。
在第一个星期内可使用包被有多聚-D-赖氨酸的培养皿,以促进解冻后的粘附。随后,可以在常规的培养皿内培养细胞。
培养包装细胞
1.吸取培养液,用经预热的PBS洗涤细胞一次。
2.于培养皿内加1毫升胰蛋白酶-EDTA。培养30秒钟至1分钟。
3.再加4毫升完全培养液以抑制胰蛋白酶。
4.用吸移管将培养液吸起、放下多次,使细胞重新悬浮。
5.将1毫升细胞移到含有9毫升完全培养液的10厘米培养皿内。
每过三天当细胞密度达80%时应该按1∶5比例将细胞分开。此外,细胞的胰蛋白酶化不应过度,因为其结果将使细胞趋于结块而且不能涂得很均匀。再者,切勿让细胞过分密集,因为这将影响它们的包装能力,传了40代以后的细胞不应再使用,因为它们的滴度被降低了。
GP2-293细胞的感染:
第1天:(下午3时左右)
在每个10厘米培养皿内放置3-3.9×106个细胞(使用包被有多聚-D-赖氨 酸的培养皿)。
第2天:(中午12时左右)
在感染前4小时,用10毫升新鲜培养液(无抗生素)再次培养细胞。
转染方法1(磷酸钙/HBS)
1.每转染一块10厘米培养皿,使用12微克表达载体(pMK0.1)(DNA1)和12微克VSV-G质粒(DNA2)。
2.在一支试管内加入:
12微克DNA1
12微克DNA2
本发明的逆转录病毒载体可作为dsDNA载体而存在,使它可在例如质粒内增殖。但是,当它被包装后,它是一种逆转录病毒,而且感染将导致病毒核蛋白核体(主要由gag衍生的蛋白质、RNA载体以及反转录酶蛋白质组成)的注入。反转录酶将本发明的逆转录病毒载体转化回DNA,并让它稳定地整合入已感染细胞的基因组内。而且,此被整合的(或瞬时转染的)DNA载体用作RNA聚合酶III的模板,它与U6启动子结合并从克隆进该载体的shDNA转录shRNA。上述DNA1是DNA载体(以递送shRNA),而DNA2是包装质粒。
水
2M CaCl2 62μl
总体积500μl
3.在另一支试管内,加入500μl的2X HBS。
4.在以涡旋方式混合的同时,以滴加方式将2X HBS加入此DNA/CaCl2 混合物。
5.在室温下培养20分钟。
6.轻轻地以涡旋方式混合此DNA/CaCl2混合物。
7.用吸移管以滴加方式将该混合物加至包装细胞。
8.来回摇晃该培养皿以使溶液分布均匀。
9.在37℃与5%CO2条件下培养细胞。
转染方法2(Lipofectamine 2000)
1.每转染一个10厘米培养皿,使用6微克表达载体(pMK0.1)和6微克VSV-G质粒。
2.在一支试管内加入DNA。
3.吸取Lipofectamine 200072μl,加入另一支试管内的1.5毫升无血清培养液(Optimem)。
4.轻轻地混合。在室温下培养5分钟。
5.将该Lipofecatamine/Optimem混合物加入DNA,轻轻地混合。
6.在室温下培养15分钟。
7.用吸移管以滴加方式将此DNA/Lipo/Optimem混合物加至包装细胞。
8.来回摇晃该培养皿以使溶液分布均匀。
9.在37℃与5%CO2条件下培养细胞。
勿让该转染复合体在细胞上滞留超过16个小时。
第3天:(上午)
1.吸取培养液。
2.用经预热的PBS轻轻地洗涤细胞一次。
3.按每个10厘米培养皿加5毫升完全培养液,以浓缩该病毒上清液。
4.在37℃与5%CO2条件下培养细胞。
第4天:(上午)
1.收集培养液,并以0.45微米针筒过滤器加以过滤。
2.分装该病毒,储存于-80℃。
3.用5毫升完全培养液再次培养细胞。
这就是所谓的“24小时病毒上清液”。24小时后从包装细胞株收集的病毒则为24小时病毒上清液。
第5天:(上午)
1.收集培养液,并以0.45微米针筒过滤器加以过滤。
2.分装该病毒,储存于-80℃。
3.将该培养皿丢弃。
这就是所谓的“48小时病毒上清液”。48小时后从包装细胞株收集的病 毒则为48小时病毒上清液。
对于亲嗜性病毒,则包装在EcoPack包装细胞株内。对于AN双嗜性病毒,则包装在AmphoPack包装细胞株内。对于多嗜性病毒,则包装在GP2-293包装细胞内(共转染病毒载体与VSV-G表达质粒)
结果
利用上述操作制备本发明的逆转录病毒载体,再用本发明的逆转录病毒载体来感染基因组内具有目标基因的细胞,成功地降低了该目标基因的表达。尤其是,使用了针对p38的目标基因插入片段,用于此目标基因插入片段的序列如下:
CCGGTGCAGGAGTTGAACAAGACAATACCTGATTGTCTTGTTCA
GCTCCTGCTTTTTGGAAG(SEQ ID NO:13).
图7清楚地显示,本发明的经修饰的慢病毒具有SEQ ID NO:13的双链RNA的目标基因插入片段,它是设计用来干扰细胞中p38的表达;相对于对照细胞中p38的表达,它明显地降低了细胞中p38的表达。
本发明的范围不受本文中所述诸具体实施方案的限制。确实,对于本技术领域内熟悉此项技术者来说,除了以上已经说明的内容以外,对本发明的各种修改也将通过以上说明及附图而变得显而易见。这类修改应属于所附的专利权要求范围之内。
应进一步理解的是,以上所提供的核酸或多肽的所有碱基或氨基酸的长度,以及所有的分子重量或分子质量的值,均是近似的,而且仅为说明的目的而提供。
此处引用了多种出版物,其公开的内容是作为整体而引述在此。
序列表
<110>安万特药物公司
<120>用于递送干扰性RNA的逆转录病毒载体
<130>USAV2002/0187 PCT
<140>未获得
<141>2004-10-22
<150>60/513,313
<151>2003-10-22
<160>14
<170>PatentIn版本3.2
<210>1
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>1
aattcgactg gcacagcctc caggttcaag agacctggag gctgtgccag tctttttgga 60
aa 62
<210>2
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>2
aattcgctgg gactcctttg catgttcaag agacatgcaa aggagtccca gctttttgga 60
aa 62
<210>3
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>3
gatccgactg gcacagcctc caggttcaag agacctggag gctgtgccag tctttttgga 60
aa 62
<210>4
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>4
gatccgctgg gactcctttg catgttcaag agacatgcaa aggagtccca gctttttgga 60
aa 62
<210>5
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>5
aattcgactc cagtggtaat ctacttcaag agagtagatt accactggag tctttttgga 60
aa 62
<210>6
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>多接头序列
<400>6
gatccgactc cagtggtaat ctacttcaag agagtagatt accactggag tctttttgga 60
aa 62
<210>7
<211>241
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>U6启动子序列
<400>7
ttcccatgat tccttcatat ttgcatatac gatacaaggc tgttagagag ataattagaa 60
ttaatttgac tgtaaacaca aagatattag tacaaaatac gtgacgtaga aagtaataat 120
ttcttgggta gtttgcagtt tttaaaatta tgttttaaaa tggactatca tatgcttacc 180
gtaacttgaa agtatttcga tttcttgcct ttatatatct tgtggaaagg acgaaacacc 240
g 241
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<211>6498
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>经修饰的慢病毒(pLenti-U6-Blasti)
<400>8
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<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>经修饰的慢病毒(pLenti-U6-hrGFP)
<400>9
aatgtagtct tatgcaatac tcttgtagtc ttgcaacatg gtaacgatga gttagcaaca 60
tgccttacaa ggagagaaaa agcaccgtgc atgccgattg gtggaagtaa ggtggtacga 120
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gcccaatacg caaaccgcct ctccccgcgc gttggccgat tcattaatgc agctggcacg 6480
acaggtttcc cgactggaaa gcgggcagtg agcgcaacgc aattaatgtg agttagctca 6540
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<210>10
<211>7244
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>MSCV载体(MSCV-U6-Hygro)
<400>10
tgaaagaccc cacctgtagg tttggcaagc tagcttaagt aacgccattt tgcaaggcat 60
ggaaaataca taactgagaa tagagaagtt cagatcaagg ttaggaacag agagacagca 120
gaatatgggc caaacaggat atctgtggta agcagttcct gccccggctc agggccaaga 180
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ccagggtgcc ccaaggacct gaaatgaccc tgtgccttat ttgaactaac caatcagttc 300
gcttctcgct tctgttcgcg cgcttctgct ccccgagctc aataaaagag cccacaaccc 360
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aagcctcttg ctgtttgcat ccgaatcgtg gactcgctga tccttgggag ggtctcctca 480
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gccgcgcgtc ttgtctgctg cagcgctgca gcatcgttct gtgttgtctc tgtctgactg 960
tgtttctgta tttgtctgaa aattagggcc agactgttac cactccctta agtttgacct 1020
taggtcactg gaaagatgtc gagcggatcg c tcacaacca gtcggtagat gtcaagaaga 1080
gacgttgggt taccttctgc tctgcagaat ggccaacctt taacgtcgga tggccgcgag 1140
acggcacctt taaccgagac ctcatcaccc aggttaagat caaggtcttt tcacctggcc 1200
cgcatggaca cccagaccag gtcccctaca tcgtgacctg ggaagccttg gcttttgacc 1260
cccctccctg ggtcaagccc tttgtacacc ctaagcctcc gcctcctctt cctccatccg 1320
ccccgtctct cccccttgaa cctcctcgtt cgaccccgcc tcgtatcctc cctttatcca 1380
gccctcactc cttctctagg cgccggaatt agatctttcc catgattcct tcatatttgc 1440
atatacgata caaggctgtt agagagataa ttagaattaa tttgactgta aacacaaaga 1500
tattagtaca aaatacgtga cgtagaaagt aataatttct tgggtagttt gcagttttta 1560
aaattatgtt ttaaaatgga ctatcatatg cttaccgtaa cttgaaagta tttcgatttc 1620
ttggctttat atatcttgtg gaaaggacga aacacctctg aggttaacgg atccgcggcc 1680
gcacgcgtct gtggaatgtg tgtcagttag ggtgtggaaa gtccccaggc tccccaggca 1740
ggcagaagta tgcaaagcat gcatctcaat tagtcagcaa ccaggtgtgg aaagtcccca 1800
ggctccccag caggcagaag tatgcaaagc atgcatctca attagtcagc aaccatagtc 1860
ccgcccctaa ctccgcccat cccgccccta actccgccca gttccgccca ttctccgccc 1920
catggctgac taattttttt tatttatgca gaggccgagg ccgcctctgc ctctgagcta 1980
ttccagaagt agtgaggagg cttttttgga ggcctaggct tttgcaaaaa gctcccggga 2040
tggtgagcaa gcagatcctg aagaacaccg gcctgcagga gatcatgagc ttcaaggtga 2100
acctggaggg cgtggtgaac aaccacgtgt tcaccatgga gggctgcggc aagggcaaca 2160
tcctgttcgg caaccagctg gtgcagatcc gcgtgaccaa gggcgccccc ctgcccttcg 2220
ccttcgacat cctgagcccc gccttccagt acggcaaccg caccttcacc aagtaccccg 2280
aggacatcag cgacttcttc atccagagct tccccgccgg cttcgtgtac gagcgcaccc 2340
tgcgctacga ggacggcggc ctggtggaga tccgcagcga catcaacctg atcgaggaga 2400
tgttcgtgta ccgcgtggag tacaagggcc gcaacttccc caacgacggc cccgtgatga 2460
agaagaccat caccggcctg cagcccagct tcgaggtggt gtacatgaac gacggcgtgc 2520
tggtgggcca ggtgatcctg gtgtaccgcc tgaacagcgg caagttctac agctgccaca 2580
tgcgcaccct gatgaagagc aagggcgtgg tgaaggactt ccccgagtac cacttcatcc 2640
agcaccgcct ggagaagacc tacgtggagg acggcggctt cgtggagcag cacgagaccg 2700
ccatcgccca gctgaccagc ctgggcaagc ccctgggcag cctgcacgag tgggtgtaag 2760
tcgacctgca gccaagctta tcgataaaat aaaagatttt atttagtctc cagaaaaagg 2820
ggggaatgaa agaccccacc tgtaggtttg gcaagctagc ttaagtaacg ccattttgca 2880
aggcatggaa aatacataac tgagaataga gaagttcaga tcaaggttag gaacagagag 2940
acagcagaat atgggccaaa caggatatct gtggtaagca gttcctgccc cggctcaggg 3000
ccaagaacag atggtcccca gatgcggtcc cgccctcagc agtttctaga gaaccatcag 3060
atgtttccag ggtgccccaa ggacctgaaa tgaccctgtg ccttatttga actaaccaat 3120
cagttcgctt ctcgcttctg ttcgcgcgct tctgctcccc gagctcaata aaagagccca 3180
caacccctca ctcggcgcgc cagtcctccg atagactgcg tcgcccgggt acccgtgtat 3240
ccaataaacc ctcttgcagt tgcatccgac ttgtggtctc gctgttcctt gggagggtct 3300
cctctgagtg attgactacc cgtcagcggg ggtctttcat gggtaacagt ttcttgaagt 3360
tggagaacaa cattctgagg gtaggagtcg aatattaagt aatcctgact caattagcca 3420
ctgttttgaa tccacatact ccaatactcc tgaaatagtt cattatggac agcgcagaag 3480
agctggggag aattaattcg taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga aattgttatc 3540
cgctcacaat tccacacaac atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc tggggtgcct 3600
aatgagtgag ctaactcaca ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc cagtcgggaa 3660
acctgtcgtg ccagctgcat taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc ggtttgcgta 3720
ttgggcgctc ttccgcttcc tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt cggctgcggc 3780
gagcggtatc agctcactca aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca ggggataacg 3840
caggaaagaa catgtgagca aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa aaggccgcgt 3900
tgctggcgtt tttccatagg ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat cgacgctcaa 3960
gtcagaggtg gcgaaacccg acaggactat aaagatacca ggcgtttccc cctggaagct 4020
ccctcgtgcg ctctcctgtt ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc gcctttctcc 4080
cttcgggaag cgtggcgctt tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt tcggtgtagg 4140
tcgttcgctc caagctgggc tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac cgctgcgcct 4200
tatccggtaa ctatcgtctt gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg ccactggcag 4260
cagccactgg taacaggatt agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca gagttcttga 4320
agtggtggcc taactacggc tacactagaa ggacagtatt tggtatctgc gctctgctga 4380
agccagttac cttcggaaaa agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa accaccgctg 4440
gtagcggtgg tttttttgtt tgcaagcagc agattacgcg cagaaaaaaa ggatctcaag 4500
aagatccttt gatcttttct acggggtctg acgctcagtg gaacgaaaac tcacgttaag 4560
ggattttggt catgagatta tcaaaaagga tcttcaccta gatcctttta aattaaaaat 4620
gaagttttaa atcaatctaa agtatatatg agtaaacttg gtctgacagt taccaatgct 4680
taatcagtga ggcacctatc tcagcgatct gtctatttcg ttcatccata gttgcctgac 4740
tccccgtcgt gtagataact acgatacggg agggcttacc atctggcccc agtgctgcaa 4800
tgataccgcg agacccacgc tcaccggctc cagatttatc agcaataaac cagccagccg 4860
gaagggccga gcgcagaagt ggtcctgcaa ctttatccgc ctccatccag tctattaatt 4920
gttgccggga agctagagta agtagttcgc cagttaatag tttgcgcaac gttgttgcca 4980
ttgctacagg catcgtggtg tcacgctcgt cgtttggtat ggcttcattc agctccggtt 5040
cccaacgatc aaggcgagtt acatgatccc ccatgttgtg caaaaaagcg gttagctcct 5100
tcggtcctcc gatcgttgtc agaagtaagt tggccgcagt gttatcactc atggttatgg 5160
cagcactgca taattctctt actgtcatgc catccgtaag atgcttttct gtgactggtg 5220
agtactcaac caagtcattc tgagaatagt gtatgcggcg accgagttgc tcttgcccgg 5280
cgtcaatacg ggataatacc gcgccacata gcagaacttt aaaagtgctc atcattggaa 5340
aacgttcttc ggggcgaaaa ctctcaagga tcttaccgct gttgagatcc agttcgatgt 5400
aacccactcg tgcacccaac tgatcttcag catcttttac tttcaccagc gtttctgggt 5460
gagcaaaaac aggaaggcaa aatgccgcaa aaaagggaat aagggcgaca cggaaatgtt 5520
gaatactcat actcttcctt tttcaatatt attgaagcat ttatcagggt tattgtctca 5580
tgagcggata catatttgaa tgtatttaga aaaataaaca aataggggtt ccgcgcacat 5640
ttccccgaaa agtgccacct gacgtctaag aaaccattat tatcatgaca ttaacctata 5700
aaaataggcg tatcacgagg ccctttcgtc tcgcgcgttt cggtgatgac ggtgaaaacc 5760
tctgacacat gcagctcccg gagacggtca cagcttgtct gtaagcggat gccgggagca 5820
gacaagcccg tcagggcgcg tcagcgggtg ttggcgggtg tcggggctgg cttaactatg 5880
cggcatcaga gcagattgta ctgagagtgc accatatgcg gtgtgaaata ccgcacagat 5940
gcgtaaggag aaaataccgc atcaggcgcc attcgccatt caggctgcgc aactgttggg 6000
aagggcgatc ggtgcgggcc tcttcgctat tacgccagct ggcgaaaggg ggatgtgctg 6060
caaggcgatt aagttgggta acgccagggt tttcccagtc acgacgttgt aaaacgacgg 6120
cgcaaggaat ggtgcatgca aggagatggc gcccaacagt cccccggcca cggggcctgc 6180
caccataccc acgccgaaac aagcgctcat gagcccgaag tggcgagccc gatcttcccc 6240
atcggtgatg tcggcgatat aggcgccagc aaccgcacct gtggcgccgg tgatgccggc 6300
cacgatgcgt ccggcgtaga ggcgattagt ccaatttgtt aaagacagga tatcagtggt 6360
ccaggctcta gttttgactc aacaatatca ccagctgaag cctatagagt acgagccata 6420
gataaaataa aagattttat ttagtctcca gaaaaagggg ggaa 6464
<210>13
<211>62
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>p38目标基因插入片段
<400>13
ccggtgcagg agttgaacaa gacaatacct gattgtcttg ttcagctcct gctttttgga 60
ag 62
<210>14
<211>100
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>H1启动子序列
<400>14
ccctttctca ccagagtatg tcttgaatat tctaagggtt taggtttctg taaagtgcaa 60
ataccactaa agggtcttgt gtatcgctgt acgtttataa 100
Claims (6)
1.用于携带双链RNA进入细胞从而调节具有有义链和反义链的目标基因表达的经修饰的慢病毒载体,其中:
(a)慢病毒的内源性CMV启动子已被去除,且所述经修饰的慢病毒载体含有:
(i)所插入的与REV应答元件(RRE)结合的REV元件;
(ii)如下所示的U6启动子序列:
ttcccatgattccttcatatttgcatatacgatacaaggctgttagagagataattagaattaatttgactgtaaacacaaagatattagtacaaaatacgtgacgtagaaagtaataatttcttgggtagtttgcagtttttaaaattatgttttaaaatggactatcatatgcttaccgtaacttgaaagtatttcgatttcttgcctttatatatcttgtggaaaggacgaaacaccg(SEQ ID NO:7);以及
(b)多接头区域,其包含如下所示的核苷酸序列:
gatcc gctgggactcctttgcatg ttcaagaga catgcaaaggagtcccagc ttttt ggaa a(SEQ IDNO:4)
其中,所述双链RNA包含有义部分和反义部分,其中该有义部分与目标基因反义链的一部分互补,该反义部分则与该有义部分互补,使得该有义部分与反义部分退火,而且该双链RNA折回自身。
2.权利要求1的经修饰的慢病毒载体,其还包含报告基因。
3.权利要求2的经修饰的慢病毒载体,其中所述报告基因选自Blasti和hrGFP。
4.权利要求3的经修饰的慢病毒载体,其中所述载体为pLenti-U6-Blasti,其含有SEQ ID NO:8的核苷酸序列。
5.经修饰的慢病毒pLenti-U6-Blasti,其包含SEQ ID NO:8的核苷酸序列。
6.用权利要求5的经修饰的慢病毒转化或转染的细胞。
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