发明概述
本发明提供了一种从麦芽糖生产海藻糖的新微生物,司徒茨氏假单胞菌CJ38。根据布达佩斯条约,该菌株于1999年2月12日被保藏在韩国汉城的韩国微生物培养中心,保藏号为KCCM10150。由于在将麦芽糖转变成海藻糖时,该菌株不产生副产品如葡萄糖,因此,它是非常有价值的。本发明还提供了具有下列氨基酸序列的新的海藻糖合酶蛋白质:Met Ser Ile Pro Asp Asn Thr Tyr Ile Glu Trp Leu Val Ser Gln
5 10 15Ser Met Leu His Ala Ala Arg Glu Arg Ser Arg His Tyr Ala Gly
20 25 30Gln Ala Arg Leu Trp Gln Arg Pro Try Ala Gln Ala Arg Pro Arg
35 40 45Asp Ala Ser Ala Ile Ala Ser Val Trp Phe Thr Ala Tyr Pro Ala
50 55 60Ala Ile Ile Thr Pro Glu Gly Gly Thr Val Leu Glu Ala Leu Gly
65 70 75Asp Asp Arg Leu Trp Ser Ala Leu Ser Glu Leu Gly Val Gln Gly
80 85 90Ile His Asn Gly Pro Met Lys Arg Ser Gly Gly Leu Arg Gly Arg
95 100 105Glu Phe Thr Pro Thr Ile Asp Gly Asn Phe Asp Arg Ile Ser Phe
110 115 120Asp Ile Asp Pro Ser Leu Gly Thr Glu Glu Gln Met Leu Gln Leu
125 130 135Ser Arg Val Ala Ala Ala His Asn Ala Ile Val Ile Asp Asp Ile
140 145 150Val Pro Ala His Thr Gly Lys Gly Ala Asp Phe Arg Leu Ala Glu
155 160 165Met Ala Tyr Gly Asp Tyr Pro Gly Leu Tyr His Met Val Glu Ile
170 175 180Arg Glu Glu Asp Trp Glu Leu Leu Pro Glu Val Pro Ala Gly Arg
185 190 195Asp Ser Val Asn Leu Leu Pro Pro Val Val Asp Arg Leu Lys Glu
200 205 210Lys His Tyr Ile Val Gly Gln Leu Gln Arg Val Ile Phe Phe Glu
215 220 225Pro Gly Ile Lys Asp Thr Asp Trp Ser Val Thr Gly Glu Val Thr
230 235 240Gly Val Asp Gly Lys Val Arg Arg Trp Val Tyr Leu His Tyr Phe
245 250 255Lys Glu Gly Gln Pro Ser Leu Asn Trp Leu Asp Pro Thr Phe Ala
260 265 270Ala Gln Gln Leu Ile Ile Gly Asp Ala Leu His Ala Ile Asp Val
275 280 285Thr Gly Ala Arg Val Leu Arg Leu Asp Ala Asn Gly Phe Leu Gly
290 295 300Val Glu Arg Arg Ala Glu Gly Thr Ala Trp Ser Glu Gly His Pro
305 310 315Leu Ser Val Thr Gly Asn Gln Leu Leu Ala Gly Ala Ile Arg Lys
320 325 330Ala Gly Gly Phe Ser Phe Gln Glu Leu Asn Leu Thr Ile Asp Asp
335 340 345Ile Ala Ala Met Ser His Gly Gly Ala Asp Leu Ser Tyr Asp Phe
350 355 360Ile Thr Arg Pro Ala Tyr His His Ala Leu Leu Thr Gly Asp Thr
365 370 375Glu Phe Leu Arg Met Met Leu Arg Glu Val His Ala Phe Gly Ile
380 385 390Asp Pro Ala Ser Leu Ile His Ala Leu Gln Asn His Asp Glu Leu
395 400 405Thr Leu Glu Leu Val His Phe Trp Thr Leu His Ala Tyr Asp His
410 415 420Tyr His Tyr Lys Gly Gln Thr Leu Pro Gly Gly His Leu Arg Glu
425 430 435His Ile Arg Glu Glu Met Tyr Glu Arg Leu Thr Gly Glu His Ala
440 445 450Pro Tyr Asn Leu Lys Phe Val Thr Asn Gly Val Ser Cys Thr Thr
455 460 465Ala Ser Val Ile Ala Ala Ala Leu Asn Ile Arg Asp Leu Asp Ala
470 475 480Ile Gly Pro Ala Glu Val Glu Gln Ile Gln Arg Leu His Ile Leu
485 490 495Leu Val Met Phe Asn Ala Met Gln Pro Gly Val Phe Ala Leu Ser
500 505 510Gly Trp Asp Leu Val Gly Ala Leu Pro Leu Ala Pro Glu Gln Val
515 520 525Glu His Leu Met Gly Asp Gly Asp Thr Arg Trp Ile Asn Arg Gly
530 535 540Gly Tyr Asp Leu Ala Asp Leu Ala Pro Glu Ala Ser Val Ser Ala
545 550 555Glu Gly Leu Pro Lys Ala Arg Ser Leu Tyr Gly Ser Leu Ala Glu
560 565 570Gln Leu Gln Arg Pro Gly Ser Phe Ala Cys Gln Leu Lys Arg Ile
575 580 585Leu Ser Val Arg Gln Ala Tyr Asp Ile Ala Ala Ser Lys Gln Ile
590 595 600Leu Ile Pro Asp Val Gln Ala Pro Gly Leu Leu Val Met Val His
605 610 615Glu Leu Pro Ala Gly Lys Gly Val Gln Leu Thr Ala Leu Asn Phe
620 625 630Ser Ala Glu Pro Val Ser Glu Thr Ile Cys Leu Pro Gly Val Ala
635 640 645Pro Gly Pro Val Val Asp Ile Ile His Glu Ser Val Glu Gly Asp
650 655 660Leu Thr Asp Asn Cys Glu Leu Gln Ile Asn Leu Asp Pro Tyr Glu
665 670 675Gly Leu Ala Leu Arg Val Val Ser Ala Ala Pro Pro Val Ile
680 685另外,本发明还提供了具有下列核苷酸序列的新的海藻糖合酶基因:GATCGCTGGC GTACTGCAGG TAGAGCAGGC GCATCGGCCC CCAGGGCGCA TCGGCCGGCT 60CCGCTGTGCC CTGCTGGTTC ATGAAGCGGA CGAAGCGGCC ATCGCGGAAC CGTGGACGCC 120ATTCGGGGCT GTCCGGGTCG CGGCTGTCGG TGAGCGTGCG CCACAGGTCG CTGCGAAACG 180GCGGACCGCT CCAAAGCGCG CCGTGGATGG GATCGCCGAG CAGTTCGTGC AGCTCCCAGG 240AACGTTGCGA ATGCAGCGCG CCGAGGCTCA GGCCATGCAG ATACAGGCGC GGTCGGCGTT 300CGGCCGGCAG TTCGGTCCAG TAGCCATAGA TCTCGGCGAA TAGCGCGCGG GCCACGTCGC 360GGCCGTAGTC GGCCTCCACC AGCAGCGCCA GCGGGCTGTT CAGATAGGAG TACTGCAACG 420CCACGCTGGC GATATCGCCG TGGTGCAGGT ATTCCACTGC GTTCATCGCC GCCGGGTCGA 480TCCAGCCGGT ACCGGTGGGC GTCACCAGCA CCAGCACCGA TCGCTCGAAG GCGCCGCTGC 540GCTGCAGCTC GCGCAAGGCC AGACGCGCCC GCTGGCGCGG GGTCTCTGCC GCGCGCAGAC 600CGACGTAGAC CCGAATCGGC TCGAGCGCCG AGCGGCCGCT CAAGACGCTG ATATCCGCCG 660CCGACGGGCC GGAGCCGATG AACTCGCGGC CGGTGCGGCC CAGCTCCTCC CAGCGCAGCA 720ACGAGGCCCG GCTGCCGCTT TTCAGCGGCG AGGCCGGTGG CGCCGTCTCC GGTTCGATCA 780GGGCGTCGTA CTGCGCGAAG GATGCGTCCA GCATGCGCAG TGCCCGCGCC GCCAGCACAT 840CGCTGAGCAG CGACCAGAAC AGCGCCAGCG CCACCAGCAC GCCGATCACG TTGGCCAGGC 900GCCGTGGCAG CACGCGGTCG GCGTGCCGCG AGACGAAGCG CGACACCAGC CGATACAGAC 960GCGCCAGCGT CAGCAGGATG AGAAAGGTCG CCAGCGCGGT GAGAATGACT TCGAGCAGGT 1020GCGCACTGCT CACCGGCGGC ATGCCCATCA GCGCGCGTAC CGCGTTCTGC CAGCCGGCGA 1080CCTGGCTGAG GAAATACCCG GCCAGCAGCA GGCAGCCGAC CGCGATCAGC AGATTGACCC 1140GCTCGCGCTG CCAGCCTGGG CGCTCCGGCA GTTCCAGATA GCGCCACAGC CAGCGCCAGA 1200ACACGCCGAG GCCATAGCCC ACCGCCAGCG CCGCGCCGGC CAGCACGCCC TGGCTCAGCG 1260TCGAGCGCGG CAGCAGCGAT GGCGTCAGCG CCGCGCAGAA GAACAGCGTG CCCAGCAGCA 1320GGCCGAAACC GGACAGCGAG CGCCAGATAT AGAGGACGGG CAGGTGCAGC ATGAAGATCT 1380CCGCGGTCGG GTGACGGCGT CGCGCCTCGG CATATCGAGG CGTGTCCGGT CGTGCGGTTC 1440CCGTGATGGT CCGCAGCAGG CCAATCCGAT GCAACGATGG CCGAGCGGCC GACTCAAACG 1500TCTACATTTC CCTAGTGCTG CCGGAACCGA TCGCCG 1536ATG AGC ATC CCA GAC AAC ACC TAT ATC GAA TGG CTG GTC AGC CAG TCC 1584ATG CTG CAT GCG GCC CGC GAG CGG TCG CGT CAT TAC GCC GGC CAG GCG 1632CGT CTC TGG CAG CGG CCT TAT GCC CAG GCC CGC CCG CGC GAT GCC AGC 1680GCC ATC GCC TCG GTG TGG TTC ACC GCC TAT CCG GCG GCC ATC ATC ACG 1728CCG GAA GGC GGC ACG GTA CTC GAG GCC CTC GGC GAC GAC CGC CTC TGG 1776AGT GCG CTC TCC GAA CTC GGC GTG CAG GGC ATC CAC AAC GGG CCG ATG 1824AAG CGT TCC GGT GGC CTG CGC GGA CGC GAG TTC ACC CCG ACC ATC GAC 1872GGC AAC TTC GAC CGC ATC AGC TTC GAT ATC GAC CCG AGC CTG GGG ACC 1920GAG GAG CAG ATG CTG CAG CTC AGC CGG GTG GCC GCG GCG CAC AAC GCC 1968ATC GTC ATC GAC GAC ATC GTG CCG CCA CAC ACC GGC AAG GGT GCC GAC 2016TTC CGC CTC GCG GAA ATG CCC TAT GGC GAC TAC CCC GGG CTG TAC CAC 2064ATG GTG GAA ATC CGC GAG GAG GAC TGG GAG CTG CTG CCC GAG GTG CCG 2112GCC GGG CGT GAT TCG GTC AAC CTG CTG CCG CCG GTG GTC GAC CGG CTC 2160AAG GAA AAG CAC TAC ATC GTC GGC CAG CTG CAG CGG GTG ATC TTC TTC 2208GAG CCG GGC ATC AAG GAC ACC GAC TGG AGC GTC ACC GGC GAG GTC ACC 2256GGG GTC GAC GGC AAG GTG CGT CGC TGG GTC TAT CTG CAC TAC TTC AAG 2304GAG GGC CAG CCG TCG CTG AAC TGG CTC GAC CCG ACC TTC GCC GCG CAG 2352CAG CTG ATC ATC GGC GAT GCG CTG CAC GCC ATC GAC GTC ACC GGC GCC 2400CGG GTG CTG CGC CTG GAC GCC AAC GGC TTC CTC GGC GTG GAA CGG CGC 2448GCC GAG GGC ACG GCC TGG TCG GAG GGC CAC CCG CTG TCC GTC ACC GGC 2496AAC CAG CTG CTC GCC GGG GCG ATC CGC AAG GCC GGC GGC TTC AGC TTC 2544CAG GAG CTG AAC CTG ACC ATC GAT GAC ATC GCC GCC ATG TCC CAC GGC 2592GGG GCC GAT CTG TCC TAC GAC TTC ATC ACC CGC CCG GCC TAT CAC CAT 2640GCG TTG CTC ACC GGC GAT ACC GAA TTC CTG CGC ATG ATG CTG CGC GAA 2688GTG CAC GCC TTC GGC ATC GAC CCG GCG TCA CTG ATC CAT GCG CTG CAG 2736AAC CAT GAC GAG TTG ACC CTG GAG CTG GTG CAC TTC TGG ACG CTG CAC 2784GCC TAC GAC CAT TAC CAC TAC AAG GGC CAG ACC CTG CCC GCC GGC CAC 2832CTG CGC GAA CAT ATC CGC GAG GAA ATG TAC GAG CGG CTG ACC GGC GAA 2880CAC GCG CCG TAC AAC CTC AAG TTC GTC ACC AAC GGG GTG TCC TGC ACC 2928ACC GCC AGC GTG ATC GCC GCG GCG CTT AAC ATC CGT GAT CTG GAC GCC 2976ATC GGC CCG GCC GAG GTG GAG CAG ATC CAG CGT CTG CAT ATC CTG CTG 3024GTG ATG TTC AAT GCC ATG CAG CCC GGC GTG TTC GCC CTC TCC GGC TGG 3072GAT CTG GTC GGC GCC CTG CCG CTG GCG CCC GAG CAG GTC GAG CAC CTG 3120ATG GGC GAT GGC GAT ACC CGC TGG ATC AAT CGC GGC GGC TAT GAC CTC 3168GCC GAT CTG GCG CCG GAG GCG TCG GTC TCC GCC GAA GGC CTG CCC AAG 3216GCC CGC TCG CTG TAC GGC AGC CTG GCC GAG CAG CTG CAG CGG CCA GGC 3264TCC TTC GCC TGC CAG CTC AAG CGC ATC CTC AGC GTG CGC CAG GCC TAC 3312GAC ATC GCT GCC AGC AAG CAG ATC CTG ATT CCG GAT GTG CAG GCG CCG 3360GGA CTC CTG GTG ATG GTC CAC GAG CTG CCT GCC GGC AAG GGC GTG CAG 3408CTC ACG GCA CTG AAC TTC AGC GCC GAG CCG GTC AGC GAG ACC ATC TGC 3456CTG CCC GGC GTG GCG CCC GGC CCG GTG GTG GAC ATC ATT CAC GAG AGT 3504GTG GAG GGC GAC CTC ACC GAC AAC TGC GAG CTG CAG ATC AAC CTC GAC 3552CCG TAC GAG GGG CTT GCC CTG CGT GTG GTG AGC GCC GCG CCG CCG GTG 3600ATC TGA GCGC 3610CCTCTTCGCG CGCCCCGGGT CCGCCGCTAT AGTGCGCAGC GCCTGGGGCG CGCATTGCCC 3670TCGCCGTCGA GACCAGCCCG TGTCGTTCAC TTCGCTTTTC CGCCTTGCGC TGCTGCCGCT 3730GGCGCTGCTT GCCGCACCCG TCTGGGCGCA GACCGCCTGC CCGCCCGGCC AGCAGCCGAT 3790CTGCCTGAGC GGCAGCTGCC TCTGCGTGCC GGCCGCCGCC AGCGATCCAC AGGCGGTCTA 3850CGACCGCGTG CAGCGTATGG CTACGCTGGC CCTGCAGAAC TGGATCCAGC AGTCGCGCGA 3910CCGCCTGATG GCCGGCGGCG TCGAGCCGAT ACCGCTGCAC ATCCGCTCGC AGCTCGAGCC 3970GTATTTCGAT CTTGCCGTGC TGGAGAGTGC GCGGTACCGC GTCGGCGACG AGGTGGTGCT 4030GACTGCCGGC AACACCCTGC TGCGCAACCC GGACGTCAAT GCCGTGACCC TGATCGACGT 4090CATCGTCTTC CGCCACGAGG AGGATGCCCG GGACAACGTC GCGCTCTGGG CCCATGAGCT 4150CAAGCACGTC GAGCAATATC TGGACTGGGG CGTCGCCGAG TTCGCCCGGC GCTATACGCA 4210GGATTTCCGT GCCGTGGAGC GCCCGGCCTA TGCGCTGGAG CGTGAGGTGG AAGAGGCCCT 4270GCGCGAGACG CAGACGCGGC GCTGAGCGAG CTGATCGGTG CTGCTGCCCG CACTGGGCTG 4330AAGCCCACCA ATGACGCCGG CGAAAACGAA AAACCCCGCC GAGGCGGGGT TTCTGACGCG 4390GGTTGTGCGG TCAGCTCAGA ACGCCGGGAC CACGGCGCCC TTGTACTTTT CCTCGATGAA 4450CTGGCGTACT TGCTCGCTGT GCAGCGCGGC AGCCAGTTTC TGCATGGCAT CGCTGTCCTT 4510GTTGTCCGGA CGGGCGACCA GAATGTTCAC GTATGGCGAG TCGCTGCCCT CGATCACCAG 4570GGCGTCCTGG GTCGGGTTCA GCTTGGCTTC CAGCGCGTAG TTGGTGTTGA TCAGCGCCAG 4630GTCGACCTGG GTCAGCACGC GCGGCAGAGT CGCGGCTTCC AGTTCGCGGA TCTTGATCTT 4690CTTCGGGTTC TCGGCGATGT CTTCGGCGTG GCGGTGATGC CCGCGCCGTC CTTCAGACCG 4750ATC 4753
本发明还提供了携带具有上述核苷酸序列的海藻糖合酶基因的重组质粒。在优选的实施方案中,本发明提供了重组质粒pCJ104,其中将本发明海藻糖合酶基因的4.7kb Sau3AI DNA片段克隆到载体质粒pUC18中。这样可以有效且高水平表达海藻糖合酶基因。在更优选的实施方案中,本发明提供了重组质粒pCJ122,其中在载体质粒pUC18中含有本发明海藻糖合酶基因的2.5kb BamHI-BglII DNA片段,这样可以更高水平表达海藻糖合酶基因。
本发明提供了用重组质粒转化的大肠杆菌,所述重组质粒含有具有上述核苷酸序列的海藻糖合酶基因。在优选的实施方案中,本发明提供了用重组质粒pCJ104转化的大肠杆菌,这样可以高水平生产海藻糖合酶蛋白质。在更优选的实施方案中,本发明提供了用重组质粒pCJ122转化的大肠杆菌,这样可以以更高的水平生产海藻糖合酶蛋白质。
本发明提供了生产海藻糖的方法,该方法包括将具有上述氨基酸序列的海藻糖合酶蛋白质与麦芽糖溶液反应得到海藻糖。
本发明提供了生产海藻糖的方法,该方法包括破碎用含有海藻糖合酶基因的重组质粒转化的大肠杆菌,所述海藻糖合酶基因具上述核苷酸序列,然后将破碎的细胞与麦芽糖溶液反应得到海藻糖。在优选的实施方案中,本发明提供了生产海藻糖的方法,该方法包括破碎用质粒pCJ104转化的大肠杆菌,将破碎的细胞离心,然后将所得的上清液与麦芽糖溶液反应得到海藻糖。在更优选的实施方案中,本发明提供了生产海藻糖的方法,该方法包括破碎用质粒pCJ122转化的大肠杆菌,将破碎的细胞离心,然后将所得的上清液与麦芽糖溶液反应得到海藻糖。
发明详述
从土壤中分离了可通过海藻糖合酶从麦芽糖生产海藻糖的微生物,并鉴定其具有司徒茨氏假单胞菌的形态学和生理学特征。尚没有报道司徒茨氏假单胞菌可将麦芽糖转变成海藻糖。因此,我们分离的微生物可以被认为是一个新的司徒茨氏假单胞菌菌株并已命名为司徒茨氏假单胞菌CJ38。
我们用各种限制酶构建了本发明重组质粒pCJ104的限制图谱。已知两种海藻糖合酶基因序列(Biochim.Biophys.Acta 1996,1290,1-3和Biochim.Biophys.Acta 1997,1334,28-32)。将本发明与已知的限制图谱比较,表明pCJ104与已知的图谱不同。
来自已知微生物的海藻糖合酶蛋白质在N-末端相似。但是发现本发明海藻糖合酶蛋白质的N-末端序列与已知海藻糖合酶蛋白质的N-末端不同。结果列于下列表1。
表1海藻糖合酶蛋白质的N-末端序列
海藻糖合酶的来源 |
N-末端序列 |
已知微生物 |
栖热水生菌ATCC 33923 |
M-D-P-L-W-Y-K-D-A-V-I-Y-Q- |
脂肪杆菌R48 |
S-T-V-L-G-E-E-P-E-W-F-R-T-A-V-F-Y-E- |
恶臭假单胞菌H262 |
G-K-W-P-R-P-A-A-F-I-D- |
本发明的转化的大肠杆菌 |
S-I-P-D-N-T-Y-I-E-W-L-V- |
确定在本发明重组质粒pCJ104内的4.7kb Sau3AI片段的核苷酸序列和由其表达的海藻糖合酶蛋白质的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)。
另外,将本发明海藻糖合酶蛋白质的完整序列与Biochim.Biophys.Acta 1996,1290,1-3和Biochim.Biophys.Acta 1997,1334,28-32中公开的海藻糖合酶蛋白质的序列进行比较。比较结果表明它们之间没有相似性。
用含重组质粒pCJ104或pCJ122的破碎的大肠杆菌转化体完成酶促转变反应。结果,来自本发明破碎细胞的海藻糖合酶的滴度显著高于野生型司徒茨氏假单胞菌CJ38的滴度。
下列表2中列出了本发明所用和制备的质粒和微生物的特性和获得途径。
表2
微生物和质粒 |
特性 |
获得途径 |
司徒茨氏假单胞菌CJ38 |
生产本发明海藻糖合酶的野生型菌株 |
KFCC-10985 |
大肠杆菌NM522 |
hsdΔ5,Δ(lac-pro)[F’,Pro+,lacIqZΔM15] |
Amersham |
大肠杆菌ATCC3 5467 |
[malP,Q∷Tn5 ompBCS1 F-araD139A(argF-lac)205U169 rpsL150relA1 flbB5301 deoCl ptsF25] |
ATCC |
pCJ104 |
含4.7kb Sau3AI DNA片段(海藻糖合酶基因)的pUC18,Apr |
构建的 |
pCJ121 |
含3.35kb KpnI DNA片段(海藻糖合酶基因)的pUC18,Apr |
构建的(对照) |
pCJ122 |
含2.5kb BamHI-BglII DNA片段(海藻糖合酶基因)的pUC18,Apr |
构建的 |
pCJ123 |
含1.2kb BamHI-EcoRI DNA片段的pUC18 |
构建的(对照) |
pUC18和pUC19 |
Apr,2.7kb |
新英格兰生物实验室 |
营养培养基(0.3%肉汤,0.5%胨,pH 6.8)和LB培养基(1%胰蛋白胨,0.5%酵母提取物,1%NaCl,pH 7.0)分别用于培养司徒茨氏假单胞菌和大肠杆菌。为了培养通过电穿孔转化的细胞,使用SOC培养基(2%胰蛋白胨,0.5%酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4,20mM葡萄糖)。在克隆海藻糖合酶基因时使用MacConkey琼脂培养基(4%细菌培养用Macconkey琼脂基,2.0%麦芽糖,pH 7.0)。加入浓度为50mg/L的氨苄青霉素。在通过电穿孔转化大肠杆菌时使用Gene Pulser(Bio-Rad)。按照《分子克隆,实验室操作手册》(Molecular Cloning,Laboratory Manual,第2版,Sambrook,J.,E.F.Frishc和T.Maniatis)和《分子克隆技术指南》(Guide to Molecular Cloning Techniques,Methods in Enzymol.Vol.152,Berger,S.L,A.R.Kimme)中所述的方法完成本发明中使用的遗传操作。
酶促反应在pH 6.0-7.0,优选pH 7.0-10,温度4℃-45℃,优选20℃-40℃下完成。麦芽糖在浓度小于50%时可作为底物。海藻糖合酶可以纯的形式或在破碎细胞中使用。
下列实施例具体说明本发明。从前述和下列实施例可以确信本领域技术人员完全能够完成本发明。实施例1
筛选微生物
将一铂环从土壤中分离的微生物接种到含50毫升LB培养溶液(0.5%酵母提取物,1.0%细菌用胰蛋白胨,0.5%盐)的500毫升锥形烧瓶中,然后在28℃培养2天。将培养液在4℃、8000rpm下离心5分钟。收集细胞,然后用生理盐水洗涤。将洗涤过的细胞悬浮在10毫升磷酸盐缓冲液(10mM,pH 7.0)中。用超声仪将细胞破碎,然后将破碎的细胞在4℃、1200rpm离心20分钟,上清液作为粗的酶溶液。用Bredford方法确定粗酶溶液中的蛋白质浓度。将100微克蛋白质与20微升100mM麦芽糖和10微升100mM磷酸盐缓冲液(pH 7.0)混合。将蒸馏水加到混合物中直到总体积达到100微升,反应在30℃进行20小时。用TLC、HPLC和GC分析反应溶液中的糖。实施例2
用薄层层析分析海藻糖(图1)
反应完成后,将5微升反应溶液加到Kieselgel 60 TLC(Merck,Germany)上,放在含正丁醇-吡啶-水(7∶3∶1)溶剂体系的容器中展开样品。喷20%硫酸的甲醇溶液,然后在110℃干燥10分钟。由此确定样品中的糖。在所研究的至少1000种土壤微生物中,确定有两种可将麦芽糖转变成海藻糖。图1表示在反应前的样品中不存在海藻糖,但在反应完成后,在标准海藻糖样品的位点上可检测到糖。实施例3
用气相层析分析海藻糖(图2)
反应完成后,用减压干燥器将10微升反应溶液干燥。将干燥的产物溶解于20微升二甲基甲酰胺中,将所得溶液与相同体积的双(三甲基)三氟乙酰胺混合形成三甲基硅烷衍生物。将1微升样品用于GC分析。如图2所示,在与标准海藻糖样品相同的时间点观察到反应溶液的峰。实施例4
用高效液相层析分析海藻糖(图3)
反应完成后,将一半反应溶液与相同体积的苯酚混合除去蛋白质。将由此得到的样品溶液用于HPLC分析。在与标准海藻糖样品相同的时间点观察到样品的峰。将剩下的一半反应溶液加热到100℃,10分钟以除去酶活性。其与特异性作用于α-1,1-海藻糖的海藻糖酶(Sigma)在37℃反应10分钟。反应完成后,将溶液与相同体积的苯酚溶液混合以除去蛋白质。将由此所得的溶液用于HPLC,结果在与标准海藻糖相同的时间点不出现峰。实施例5
鉴定能够将麦芽糖转变成海藻糖的微生物
通过电子显微镜观察本发明的土壤微生物,所述微生物是带有鞭毛的棒形细菌。其通过O/F试验被鉴定为需氧细菌,并且是革兰氏阴性菌。表1中总结了所述微生物的生理学特征。将本发明微生物的这些特征与Bergy’s Manual of Systemic Bacteriology,1984和专利文献中描述的微生物进行比较,将本发明的微生物鉴定为司徒茨氏假单胞菌,因为其与该种微生物在生理学和形态学上最相近。
表1
DP3 -URE -MLT +INO -ARA -TLA - |
OFG+CIT+MAN+ADO-GLU- |
GC+MAL+XYL-COU-ARG- |
ACE-TDA-RAF-H2S-LYS- |
ESC-PXB-SOR-ONP-ORN- |
PLI-LAC-SUC-RHA-OXI- |
实施例6
克隆海藻糖合酶基因(图4)
(1)从司徒茨氏假单胞菌分离染色体DNA
让司徒茨氏假单胞菌在营养培养基中生长,在静止期早期,离心回收细胞。将回收的细胞用TE溶液(10mM Tris-HCl,pH 8.0,1mMEDTA,pH 8.0)洗涤两次。将洗涤的细胞悬浮在20毫升STE缓冲液(20%蔗糖,10mM Tris,pH 8.0,1mM EDTA,pH 8.0)中,将5mg/mL溶菌酶和RNase A加到悬浮液中。在37℃反应2小时。反应完成后,将SDS加到浓度为1%,然后在37℃继续反应30分钟。将该溶液与相同体积的苯酚反应4小时,然后离心。将5M NaCl加到所得的上清液中直到其浓度达到0.1M。用玻璃棒,加入2倍体积的无水乙醇得到染色体DNA。将染色体DNA用70%乙醇洗涤,然后溶于TE溶液用于接下来的试验。
(2)制备基因组文库
在37℃,将从司徒茨氏假单胞菌分离的纯染色体DNA用限制酶Sau3AI部分消化15-30分钟。加热使限制酶失活,完成琼脂糖凝胶电泳以得到3-10 kb DNA片段。如图5所示,将质粒pUC18用BamHI消化,然后用牛肠磷酸酶处理。将裂解的DNA与预先得到的3-10kbDNA片段混合,在15℃用T4 DNA连接酶连接16小时。将由此所得的重组体用于转化。按如下所述通过电穿孔完成转化。将大肠杆菌NM522在LB培养基中培养14-15小时。将所得的培养物接种在1升LB上以便开始在600nm的吸收值为0.07-0.1,然后进行培养直到吸收值为0.8。将细胞离心,然后悬浮在1升HEPES[N-(2-羟乙基)哌嗪-N-(2-乙烷磺酸)]缓冲液中。再将细胞离心,并悬浮在500毫升冷无菌去离子蒸馏水中。再将细胞离心,然后悬浮于20毫升10%甘油溶液。再将细胞离心,然后悬浮于2-3毫升10%甘油溶液以便将细胞浓度调整到2-4×1,010/ml。将细胞悬浮液快速冷冻,于-70℃保存。冷冻的细胞可在约一个月的时间使用,在此期间其转化频率不会降低。将40微升冷冻细胞悬浮液在冰中融解,将复原的悬浮液与已连接的DNA溶液混合。将混合物放在直径为0.2cm的基因脉冲仪杯中,将电场的电容和强度分别固定在25uF和12.5kV/cm。在电阻为200-400Ω通过一个电脉冲后,立即加入1毫升SOC培养基并在37℃培养1小时。在LB-氨苄青霉素琼脂培养基上对培养物划线,然后培养24小时得到至少5万个菌落。将这些菌落一起在LB肉汤中培养2小时。用碱溶解分离纯DNA,然后由此构建基因组文库。
(3)海藻糖合酶基因的克隆
通过电穿孔用上述得到的基因组文库转化不能以麦芽糖作为碳源的大肠杆菌ATCC35467。在含20g/L麦芽糖的MacConkey-氨苄青霉素琼脂培养基上对转化的细胞划线。在司徒茨氏假单胞菌的海藻糖合酶基因被导入大肠杆菌后,麦芽糖通过大肠杆菌中的海藻糖酶就转变成葡萄糖。由于所得葡萄糖被代谢,因此,pH降低,MacConkey琼脂培养基上菌落的颜色由黄色变成红色。该原理适用于本发明的克隆系统。将用基因组文库转化的大肠杆菌ATCC35467在MacConkey琼脂培养基上培养得到红色菌落。质粒DNA的分离表明其含有约4.7kbDNA片段。将该质粒命名为pCJ104。为了检测酶,培养大肠杆菌ATCC35467/pUC18(对照)、大肠杆菌ATCC35467/pCJ104和野生型司徒茨氏假单胞菌CJ38。使大肠杆菌细胞在LB培养基上生长直到静止期早期。使司徒茨氏假单胞菌CJ38在营养培养基上生长。离心分离细胞并破碎。在pH 8.5-9.0、温度为35℃,将破碎的细胞在缓冲液20mM二乙醇胺中与作为底物的20%麦芽糖反应。将1.0%三氯乙酸加到反应溶液中,然后离心,用高效液相层析检测麦芽糖和海藻糖的量。结果列于下列表3。
表3酶滴定
微生物 |
非酶活性(U*/mg蛋白质) |
培养物滴度(U/ml培养物溶液) |
司徒茨氏假单胞菌CJ38 |
0.1 |
0.023 |
大肠杆菌ATCC35467/pUC18 |
0 |
0 |
大肠杆菌ATCC35467/pCJ104 |
0.26 |
0.175 |
*U=μmol海藻糖/分钟实施例7
海藻糖合酶基因的限制图谱构建(图5)
用常规方法分离质粒pCJ104,然后用各种限制酶处理以构建限制图谱。
用约20种酶,例如AatII、BamHI、EcoRI、EcoRV、KpnI、NcoI、NdeI、PstI、SacI、SacII、SalI、SphI和XhoI对质粒pCJ104进行单、双和三消化。用琼脂糖凝胶电泳分析DNA片段,然后进行比较以构建限制图谱。实施例3
海藻糖合酶基因的亚克隆和酶检测
(1)海藻糖合酶基因的亚克隆(图6)
完成亚克隆以确定海藻糖合酶基因在4.7kb质粒pCJ104中的位点。将质粒pCJ104用KpnI裂解,然后分离出3.35kb片段。将该片段导入载体pUC18/KpnI/CIP中,用所得的重组体转化大肠杆菌NM522。构建了将3.35kb片段定向克隆到pUC18/KpnI中的重组质粒pCJ121。另外,用BamHI和BglII对质粒pCJ104进行双裂解。纯化由此得到的2.5kb BamHI-BglII片段,然后连接到pUC18/BamHI/CIP中,再用该重组体转化大肠杆菌NM522。构建了将2.5kb BamHI-BglII片段定向克隆到pUC18/BamHI中的重组质粒pCJ122。最后,用BamHI和EcoRI对质粒pCJ104进行双消化,纯化所得的1.2kb BamHI-EcoRI片段。将该片段连接到载体pUC18/BamHI/EcoRI中,然后用所得的重组体转化大肠杆菌NM522。构建重组质粒pCJ123。
用构建的各重组质粒转化大肠杆菌ATCC35467。将转化体在含2.0%麦芽糖(20g/L)的MacConkey-氨苄青霉素培养基上培养,观察由此形成的菌落颜色。观察到携带pCJ121和pCJ122的大肠杆菌ATCC35467形成红色菌落,但携带pCJ123的大肠杆菌ATCC35467由于不能分解麦芽糖而形成黄色菌落。因此,可以看出海藻糖合酶基因位于较长的2.5kb BamHI-BglII片段,而不是1.2kb BamHI-EcoRI片段上。
(2)滴定含亚克隆质粒的转化体的海藻糖合酶
将转化的大肠杆菌ATCC35467/pCJ121、ATCC35467/pCJ122和ATCC35467/pCJ123在LB-Ap培养基上培养至静止期早期。离心回收细胞,用适宜体积的20mM二乙醇胺溶液洗涤两次。将洗涤的细胞悬浮在适宜体积的20mM二乙醇胺溶液中,用超声仪破碎。将破碎的细胞离心,将由此得到的上清液用作酶液体。在35℃,将上清液与pH8.5-9.0的含20mM二乙醇胺的20%麦芽糖溶液反应。将1.0%三氯乙酸加到反应溶液中,离心并进行HPLC分析。将一单位酶活性定义为其每分钟产生1μmol海藻糖时的酶量。结果列于下列表5。
根据双滴定,大肠杆菌ATCC35467/pCJ122的酶滴度最高。在5升发酵罐中,于下列表6所列的条件下,高密度培养大肠杆菌ATCC35467/pCJ122。结果,非酶活性为5.0U/mg蛋白质,与在LB培养基中培养得到的相同,在高密度培养物中海藻糖合酶的滴度提高到30U/ml培养物(表5)。与野生型司徒茨氏假单胞菌相比,大肠杆菌ATCC35467/pCJ122的非酶活性和培养物滴度分别提高了50和约1300倍。
表5
微生物 |
非酶活性(U/mg蛋白质) |
5升发酵罐的培养物滴度(U/ml培养物) |
大肠杆菌ATCC35467/pCJ121 |
0.43 |
- |
大肠杆菌ATCC35467/pCJ122 |
4.95 |
30 |
大肠杆菌ATCC35467/pCJ 123 |
0 |
- |
表6
发酵培养基 |
g/L |
培养条件 |
甘油 |
50 |
pH 7.0 |
(NH4)2SO4 |
6 |
33℃ |
KH2PO4 |
2 |
800rpm |
MgSO4·7H2O |
1 |
1.0vvm |
酵母提取物 |
5 | |
痕量元素 |
1毫升 | |
氨基酸(苏氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、组氨酸、精氨酸) |
0.5 | |