CN1315001A - 快速筛选分析物的方法 - Google Patents
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Abstract
一种快速筛选分析物如有潜力的候选药物的方法,包括下列步骤:同时将多种要筛选的分析物,加到一种或多种固体支持物(61)上,使得分析物之间互相分开;将该带有分析物的固体支持物,与半固体或液体培养基中的目标物接触,藉此该分析物从固体支持物(61)中释放至目标物中;以及测量分析物-目标物的相互作用。此方法可同时操作数千个不同的分析物。当分析物加到固体支持物(61)上时,分析物可在其上扩散,以便产生一浓度梯度,以及分析物的系列稀释,如果对候选药物需要剂量反应曲线的话。所述方法易自动化操作。
Description
发明领域
本发明涉及快速筛选大量分析物,包括快速筛选作为有潜力药物的液体状化学化合物的方法。
发明背景
目前作为药物使用的有潜力的化合物候选物的鉴定,是通过筛选程序和/或合理的药物设计而完成的。此药物设计观念起初提供了广泛的成功期望,但此方法在实践上尚未获成功,这主要是由于对分子构造和受体位点之间的关系,缺少充分的了解。
因此,化合物筛选仍是快速鉴定和选择作为候选药物的先导化合物的所选技术。目前使用各种高通量筛选(HTS)的方法从化合物中筛选出有潜力的候选药物。然而,由于无法取得可同时处理大量液体化合物的设备,HTS的速度和成本-效果受到限制。
在目前的HTS中,作为执行分析的标准装置,微滴定盘(microtitreplate)扮演中心角色。微滴定盘决定液体处理设备,例如,可程序化的液体处理工作台的设计,以及用于过滤、清洗、读取及其他涉及HTS的操作的微滴定盘周边也得以发展。
为了满足不断增加的高生产量需求,以微滴定盘为基础的装置已与自动化的操纵器结合为一体。微滴定盘的重要作用和持续增加的生产量需求,使更大和更复杂的HTS模件得以产生。该复杂的模件包括自动化的轨道,以接近更宽阔的表面、自动化和更大的微滴定盘培养箱以及储存丢弃物的装置。此外,需要复杂的操作程序及整合软件,来恰当管理所有的硬件成份。
微滴定盘的中心角色也决定典型筛选方法的其他方面,例如,化学资料库方面。传统上,化合物是在中心化学储藏库中得以合成、储存及登记,其中,新的化合物是在组织内部或外部的生物分析实验室的要求下得到发送。通常,每个新的化合物在每个新的分析之前,都必须秤重并溶解。因此,能分别得到并常规地获得化合物是必要的。因此,能分别得到并常规地获得化合物是必要的。受最新HTS系统的设计和容量所驱,正努力使化合物的物理储存条件适应微滴定盘的格式。因此,溶解于二甲基亚砜(DMSO)的化合物贮存液储存在微滴定盘格式中,这样每个化合物可通过其位置而定位。
HTS基础建设的基础仍是96孔的标准微滴定盘,并且,发展至今的大多数筛选系统,都使用此格式。
然而,高密度的微滴定盘(例如,384-、864-、1536-及9600孔的盘子)与大部分为96孔盘所设计的装置并不相容。由于筛选格式未来可能会有相当大的改变,因此筛选系统必须具有充分的弹性以适应这个挑战。
至今HTS发展的进度,由快速液体操作系统的发展决定,其可操作小量的液体,以便在微滴定盘格式中进行小型化分析,为处理不断增加的待筛选化合物,微滴定盘孔洞的数目已急剧增多,然而,随着孔洞数目的增加,孔洞的体积容量就会急剧减少。因此,很明显由于物理性限制,此趋势会变成一种自我限制的趋势,该物理性限制是由涉及一般组织培养的生物化学平衡所致,其中pH的控制、二氧化碳的交换、湿度和温度都非常重要,且这些参数在高密度微滴定盘所使用的狭小格体积中很难控制。
使用高密度微滴定盘格式的一个问题是,不可能轻松获得剂量反应曲线所要求的系列稀释。例如,不可能在这样的孔洞中进行系列稀释,因此系列稀释必须在孔洞的外部进行。然而,即使以这样的方式进行连续稀释时,操作者仍会有筛选过程中液体处理方面的问题。因此,对于连续稀释,操作者目前仅能有效地使用96孔的微滴定盘。另外,即使是在自动化控制之下处理化合物,在任何给定时间处理的化合物的数目,一般是8或12,最大值是96。
我们迄今没有发现任何可同时处理大量分析物的系统,以同时筛选100种或更多或甚至多达1000种的分析物,此后称为更大量的分析物。
因此,需要同时筛选大量分析物的方法,并且此方法可消除现今HTS系统的困难和限制。
也需要以简化的鉴别和取回HTS分析物的方式同时操作大量分析物的方法。
发明内容
本发明提供一种快速筛选分析物的方法,包括下列步骤:
(a)同时将多种要筛选的分析物,加到一种或多种的固体支持物上,使得分析物之间互相分开;
(b)将该带有分析物的固体支持物,与半固体或液体培养基中的目标物接触,藉此该分析物从固体支持物中释放至目标物;以及
(c)测量分析物-目标物的相互作用。
根据本发明的方法,可同时操作数千个不同的分析物。
优选地,根据本发明的方法,步骤(a)包括(ⅰ)在分别可鉴别的容器中处理分析物;以及(ⅱ)将分析物从容器转移至固体支持物,以这样的方式使每个容器的待转移内容物,与其他容器的内容物分开。
分别可鉴别的容器优选选自管子(包括毛细管)、笔(包括绘图笔)以及列印头(print nead),或任何可储存分析物并可直接将分析物加到所给的固体支持物上的容器。
此外,优选地,分别可鉴别的容器是一种毛细管的阵列(array),每一个毛细管可根据其在阵列中的位置而鉴别,其中,是通过经毛细管的开口端,将分析物分配来完成分析物至固体支持物的转移。
特别优选的阵列是在同轴或螺旋形阵列中处理的个别容器。
可通过将所述分析物从毛细管开口端分配刭固体支持物上来完成分析物到固体支持物的转移,毛细管和固体支持物可以直接接触,也可以不直接接触。
可以将多种数量的分析物移至固体支持物。因此,如果需要的话,通过改变转移液滴的大小,操作者可完成系列稀释。
毛细管中分析物的同时转移,可通过用压电(piezoeletric)元件施以刺激例如压力的改变来完成。或者,如果需要的话,操作者可使用高频率的条件,将液体柱打断成可分配至固体支持物的小滴。小滴的大小一般将是毫微升(nanolitre)或微微升(picolitre)的体积。
因此,操作者可根据本发明而完成一分析格式,其中,分析物并没有以其目前的分配量而吸取,而是从个别容器中直接加到分析培养基中。
应了解的是,此处所述的分别可鉴别的容器,提供了一种储存原料化合物的方法,该原料化合物可按照需要获得和使用。因此,分析物的应用单元可由组装在可定位部份中的个别可鉴别的容器所组成,其可作为一个整体自动收回,并且,分析物可直接从其中加到固体支持物。
例如,可鉴别容器的优选实施方案是毛细管,并且在溶液中的原料化合物,通过毛细管的作用而在多数这样的毛细管中吸收。
以这个方式,无限数目的毛细管可以不需要特别的能量而得以填满。用原料化合物溶液填满的毛细管,可储存在所需要的温度及条件下。
根据本发明的方法,可同时将大量的分析物加到固体支持物上。例如,如此处更详细所述,操作者可同时将大量等体积的10,000个或更多的化合物,从个别容器(例如毛细管)阵列中,加到一固体相上。可通过毛细管与固体支持物的接触时间来测定所传递的化合物的量。分析物的容器,也可以适当地是分别可定位的类似绘图笔的装置,以便在所选择的固体支持物上,同时绘制分析物的平行线。
在化合物传递之后,可将能以分离的点或线的形式进行处理的化合物留在固体相上以干燥。
在一实施方案中,固体支持物基本上是平坦的,盘状-、直角状-或方块状的形式。
固体支持物可包括,当分析物加在其上时,可使分析物自发性释放的材料。
或者,固体支持物可包括,当分析物加在其上时,可使分析物控制性释放的材料。
在每个例子中,此材料可以是该半固体的培养基。
优选地,当每个分析物加到固体支持物上时,分析物在固体支持物上扩散,以便产生一浓度梯度。
以这个方式,如果对候选药物需要剂量反应曲线的话,操作者可获得分析物的连续稀释,而不是只有简单的阳性或阴性(是/否)结果。
如同通过被动扩散产生浓度梯度一样,需要的话,利用在半固体的培养基或基质中分析物扩散延迟,还可消除物理性分离的需要(如在微滴定盘孔洞的例子),以及分析物连续稀释的必要性。
优选地,分析物所加到的固体支持物的表面,其中固体支持物选自聚合物、陶瓷、金属、纤维素以及玻璃。
此外,优选地,该半固体的培养基是在一载体上处理。
在另一实施方案中,固体支持物是弹性膜或胶布,在其上施加含目标物的半固体的培养基,由此,本方法可使用滚轮系统而自动化,经过本发明的各种步骤以使弹性膜或胶布前进。
在此实施方案中,载体可藉由另一层膜或胶布覆盖,并因此夹在固体支持物及覆盖层之间。
此外,固体支持物或覆盖层(如果存在的话),可提供磁轨以记录关于所加的分析物的资料,由此在自动化的方法中测量分析物-目标物相互作用的同时可读取并处理该资料。
在又一实施方案中,固体支持物本身是一探测器,或形成探测器的一部分。
在此实施方案中,固体支持物优选地是选择自二氧化硅晶片、带电荷的装置以及摄影底片。
固体支持物的表面可涂覆一层膜、分子单层、细胞单层或Langmuir—Blodgett膜。
所有的这些涂层都可用于控制加到其上的分析物的释放。
在另一实施方案中,固体支持物本身是一资料载体,带有电子、磁性或数字化形式的资料。
在又一实施方案中,固体支持物的表面是反射性的。例如,表面可以是光碟(CD)的反射表面。
根据本发明的方法,还包括将该光碟复制到一可写入光碟的步骤。
在另一实施方案中,半固体的培养基包括提供半固体或粘性液体环境的物质,把该分析物控制地释放至该目标物中。
优选地,提供半固体或粘性液体环境的物质,是选择自明胶(gelatin)、如琼脂和琼脂糖的多糖类以及如甲基纤维素和聚丙烯酰胺的聚合物或所谓的智能材料(intelligent)。这样的物质也可用于控制加到其上的分析物的释放。
所谓的智能材料是天然及合成的聚合物胶体,其可发生相转换及临界点现象,例如,环境中发生极微小的变化时相转换可伴发可逆的、不连续的数百倍大的体积改变这种反应。
所谓的智能材料的例子是聚合胶体形式的材料,更具体地是水合胶(hydrogels),其可吸收流体,并且遇到化学或物理刺激或触发时随即释放该流体。化学刺激的例子是pH或离子或溶剂组成物的改变,物理刺激的例子是特定波长或激光束的光、温度或小的电场的改变。
例如,含有N-异丙基丙烯酰胺(主成份)和光敏性生色团、铜的三钠盐的胶体,在可见光诱发下可发生相转换(Suzuki,A.及Tanaka,T.自然,1990,346:345-347)。
Snowden,M.J.等人,化学及工业杂志,7月,1996,531-534页描述了一系列恰当的热敏聚合物。
其他合适的胶体是由Gel Science公司(波士顿,马萨诸塞,美国)所销售的胶体,商标名为THERA GEL。
在又一实施方案中,步骤(a)及(b)是同时实施。
在仍是另一实施方案中,将每个分析物加到单一的固体支持物上。
在此实施方案中,固体支持物优选棒状或球形。
此外,优选地,每个带有分析物的固体支持物,在步骤(b)中与多隔间装置中的不同隔间的目标物相接触,更特别地,该隔间是在该装置中的排列的小孔洞。
在另一优选实施方案中,分析物容器是小的惰性固体支持物,其中分析物加到其表面上。将固体支持物浸泡到液体相或半固体相中,导致分析物从固体支持物中时间依赖性地释放到液体相或半固体相中。这样可得到分析物在液体相或半固体相中的微量稀释,而不需要使用液体操作装置。释放至液体相或半固体相分析物的最终浓度,是通过带有分析物的固体支持物与液体相或半固体相之间的接触时间来测定。
根据本发明的方法,用于快速筛选的分析物,优选选自化学化合物、抗原、抗体、DNA探针、细胞以及带有目标分析物的小珠和脂质体。
此外,优选地,当加到固体支持物时,分析物是溶解在有机或无机的溶剂中。
适合地,此溶剂包括所谓的对化学或物理参数有反应的智能材料,使得每个分析物在加到固体支持物及干燥之后,对该化学或物理参数产生液化反应。
一优选实施方案中的分析物是作为潜在的候选药物来筛选的化学化合物。
优选地,目标物选自原核细胞、真核细胞、病毒、分子、受体、及其组合。
此处所使用的化合物指任何合成、半合成或天然化合物或其组合。
在一实施方案中目标物是带有受体功能的细胞。
在一优选实施方案中,目标物是带有单一或多个受体构件的哺乳动物细胞。报告基因的活性及/或表达,受特定实验条件的影响,例如,化合物从固体支持物释放到半固体相的化合物的体外效应。
在此实施方案中所使用的培养单元,典型地是一般用于组织培养的培养箱类型。
用于测量化合物-细胞的相互作用的探测器单元,适合地是由结合有电视摄影机(例如,dage-MTI CCD72E)的倒置显微镜(例如,Zeiss Axiovert 100),以及具有KS 400基本软件和KS 400图解选项的电脑系统(例如,PC 300 MHz Pentium)所组成。倒置显微镜还可配备一修饰的扫描台,以符合所有结构的培养盘(从6孔洞到至多9600孔洞的格式)和其他如此所述的类型格式,并且配备一步进式马达(stepper motor),具有每一周期17,600阶的分辨率。KS 400套装软件提供简易的使用菜单,用以进入结构、校准和分析参数或资料分析说明书。
其他的探测工具包括使用电脑辅助的影像分析器。
在使用粘附细胞作为目标物的情况中,使这些细胞长满覆盖固体支持物的表面,或长满小珠的表面,然后均质化地悬浮于半固体相中。
此外,优选地,该分析物-目标物的相互作用,是通过使用一种或多种下列方法来测量:显微镜、比色法、萤光计法、发光计法、光密度计法、同位素法以及物理的测量。
例如,操作者可联合使用显微镜检与萤光。因此,显微镜可装配适合于步进式马达及摄影系统的落射式萤光(epifluorescence)。个人电脑可控制影像获取和分析。
应了解的是,根据本发明的方法,在含有试验性生物系统的半固体培养基中的主要化合物的扩散过程,与影像显微镜检系统是偶联的。本发明也可以观察并测定化合物对原核及真核细胞的功能效应。可使用包埋于半固体培养基中并且表达单一或多种报导基因的基因工程细胞完成观察,其表达的产物,是一符合高密度萤光影像显微镜检系统的波长性质的带有特定激发和发射波长的细胞内萤光发色团。
通过实施例,本发明的方法一般地包括下列步骤:
(a)直接将作为有潜力的候选药物的待筛选化合物,加到一固体支持物上;
(b)将含有感兴趣的目标物的半固体培养基,铺到带有化合物的支持物上;
(c)使化合物扩散至半固体培养基;
(d)培养;
(e)观察和记录化合物-目标物的相互作用。
通过实施例,如果操作者想要筛选有潜力的药物或药物组合物,用于HIV病毒感染个体的治疗(其具有所有的AIDS或ARC特征),则根据本发明适合的目标物是含有长末端重复(LTR)启动子(pLTR-EGFP-C1)的表达绿色萤光蛋白(GFP)的MT4基因工程细胞,其保藏于BCCM,保藏日1998年8月20日,保藏编号:LMBP 3879。
pLTR-EGFP-C1(4777碱基对)是以pEGFP-C1(Clontech)为基础。在pEGFP-Cl中,增强的绿色萤光蛋白(EGFP)的表达,是通过强大的人类巨细胞病毒(CMV)立早期启动子(589碱基对)控制的。在pLTR-EGFP-C1中,CMV启动子由在U3区域含有高诱导性启动子的HIV-l长末端重复LTR(652碱基对)所取代。
这样的细胞感染HIV时会由于LTR的活化及GFP的表达发出萤光。如果候选药物抑制HIV,例如,通过抑制病毒逆转录酶、蛋白酶或整合酶,萤光会减弱或完全消失,操作者在化合物-目标物相互作用区看到逐渐变黑的区域。
根据本发明的方法,步骤(b)一般包括适当的分析条件下,维持分析物及目标物在足够使固体支持物释放分析物并使该分析物扩散至含有目标物的液体相或半固体相中的时间内。维持适当的分析条件,包括维持正确的温度、渗透压、pH、张力及其类似的参数。这些条件还可由目标物的特性决定。
一般地,以哺乳动物细胞作为目标物时,温度的范围可从大约4℃到大约50℃,pH的范围可从大约6.5到大约7.5。从细胞-分析物最佳作用方式来选择渗透压和张力。在物理条件上的唯一限制是,所使用的条件不能对细胞存活性产生负面影响,也不能影响分析物-目标物的相互作用。
应了解的是,本发明的方法可在一完全整合的系统中执行。
本发明的方法便于资料处理单元的使用。恰当的此类单元包括具有化合物鉴定的化学化合物资料库数据、历史轨迹以及软件技术以便于在任何时间内获取和鉴别安装的资料库中的化合物。
在另一优选实施方案中,分析物的应用、分析物-目标物的相互作用、培养、探测及数据分析过程,是根据本发明的完整的筛选方法,由从头到尾完全自动化的方法连结起来的。根据本发明,快速筛选化合物的自动化方法的一典型实施例,包括下列步骤:
1.通过毛细管传递,产生化合物的分离的点或分离的线,而将化合物加到载体表面上,例如,透明膜或盒式磁带工业使用的信息载体;
2.干燥此载体的表面;
3.使包埋在固定厚度的半固体基质中的细胞,在透明膜的表面上形成一层;
4.将含有点状或线状化合物的载体表面,与作为半固体基质载体的膜表面接触;
5.将接触的膜表面缠绕;
6.培养缠绕的膜;
7.将膜松开,并暴露至探测和信息读取单元;
8.通过例如萤光显微镜影像分析系统,持续地读取暴露的膜;以及
9.数据分析。
外表面(不带有化合物或其没有接触半固体基质)可包含有关所加入的化合物性质的数字化资料,可在样品分析期间按步骤8所述同时读取该资料。以这个方式,可同时读取及处理生物性资料及化合物资料。
附图简述
图1显示如实施例1中所说明,细胞密度为105/毫升时,在半固体基质中化合物扩散的原理;
图2显示如实施例1中所说明,细胞密度为106/毫升时,在半固体基质中化合物扩散的原理;
图3显示如实施例1中所说明,细胞密度为107/毫升时,在半固体基质中化合物扩散的原理;
图4是如实施例2中所说明的毛细管支架装置(8×12);
图5显示如实施例3中所说明,在不含酚红、10%FCS(胎牛血清)及1%Pen-Strep(青霉素-链霉素)的RPMI(Rosemount ParkMemorial Institute)培养液中,表达GFP(绿萤光蛋白)的MT-4细胞(LTR启动子)所示的萤光,(a)不含HIV-1,(b)含有HIV-1;
图6(a)和(b)显示如实施例3中所说明,在半固体相(不含酚红、10%FCS、1%Pen-Strep及0.34%琼脂的RPMI培养液)中,表达GFP的MT4细胞(LTR启动子)所示的萤光,(a)不含HIV-1,(b)含有HIV-1;
图7(a)-(e)显示如实施例3中所说明,在RPMI培养液(不含酚红,并补充有10%FCS、1%Pen-Strep)中,表达GFP的MT4细胞(LTR启动子)所示的萤光,(a)不含HIV-1,(b)含有HIV-1,以及含有HIV-1和终浓度2-5μM,总体积为20μl的逆转录酶抑制剂AZT(c)、3TC(d)、以及Loviride(e);
图8(a)-(e)显示如实施例3中所说明,在RPMI培养液(不含酚红,并补充10%FCS及1%Pen-Strep)中,0.34%的琼脂半固体相表达GFP的MT4细胞(LTR启动子)所示萤光,(a)不含HIV-1,(b)含有HIV-1,以及含有HIV-1和逆转录酶抑制剂AZT(c)、3TC(d)、和Loviride(e),该抑制剂以产生2.5μM的最终浓度点在(1微升的贮存溶液)固体支持物的表面上,假设化合物在20微升的半固体相中完全扩散;
图9显示在如实施例3中所说明HIV-1感染过的MT4细胞与固体支持物混合时HIV-1感染过的细胞在半固体相(含0.34%琼脂糖的RPMI培养基,不含酚红,含有1%FCS和1%Pen-Strep中所示的萤光,在使用前该固体支持物加有1μl 2.5μM、250nM和2.5nM的逆转录酶抑制剂、干燥并置4℃一周。
图10显示如实施例3中所说明,当把培养基中的HIV-1感染的细胞,加到分别含有1微升2.5μM、250nM及2.5nM的反转录酶抑制剂AZT、3TC及Loviride的384孔组织培养盘中时,以HIV-1感染的MT-4细胞,在培养液(RPMI不含酚红,并补充10%FCS及1%Pen-Strep)中所示萤光;
图11是根据本发明的方法,带有点状化合物的固体支持物的示意图;
图12概要地显示在阵列中毛细管之间的距离,是如何地改变及适应本发明的方法的特定需求;
图13是根据本发明,在固体支持物上的半固体相中,钙的扩散形式;
图14显示使用本发明的方法,自动化线上高通量筛选的原理;
图15是一毛细管整理工具的详细分解示意图;
图16(a)-(e)显示图15的毛细管移动至一微滴定盘,用以充填;
图17显示图15毛细管的充填;
图18显示一螺旋装置,用于降低图15中毛细管之间的间隔;
图19显示图15的个别毛细管排成螺旋状阵列;
图20显示将图15的毛细管中的液体,释放至一固体支持物上的方式;
图21显示一样品沉积形式;
图22是一固体支持物与点在其上的分析物的平面图;
图23显示半固体相加到固体支持物上。
本发明的实施模式
将通过下列实施例进一步地说明本发明:实施例1化合物扩散以及与包埋在半固体培养基中的细胞的相互作用的原理
钙黄绿素(calcein),一种细胞生存的标记,以5mM的浓度溶解在二甲基亚砜(DMSO)中。将总体积容量为0.5微升的玻璃毛细管的顶端与聚苯乙烯表面接触,使得小滴的钙黄绿素溶液从毛细管传递到塑料表面。在液滴干燥之后,将半固体培养基中的20μl细胞悬液悬浮于不含酚红、补充有10%FCS、1%Pen-Strep和含有0.34%琼脂的RPMI1640培养基中的MT4细胞,在干燥的钙黄绿素位置上铺成一层。在37℃(潮湿空气及5%二氧化碳)培养2小时之后,可通过萤光显微镜及包埋的MT4细胞所产生的萤光显像,而观察到钙到半固体相中的扩散过程。图1、2和3显示了液滴的传送、干燥和平铺含有增加密度的包埋MT4细胞的半固体基质的方法。
根据这些结果,在固定密度的半固体基质中钙黄绿素扩散的距离,也是通过包埋细胞的数目来测定。实施例2在半固体基质中高密度化合物的添加及扩散的原理
一束以钙黄绿素充填并如图4所描绘放置(8×12)在一支架装置中的毛细管,与聚苯乙烯的表面接触,使得钙黄绿素滴从每个毛细管同时传递至聚苯乙烯的表面。支架装置一般是指10,并包括固定在平面12、13、用以维持毛细管11相互间所需要的关系的毛细管11。干燥之后,把RPMI1640培养基(补充10%FCS、1%Pen-Strep及0.34%琼脂)中MT4细胞的均质悬浮液,在此位置上铺成一层。在培养(潮湿空气及5%二氧化碳)2小时之后,发现包埋的MT4细胞的萤光可反映每个斑点半固定基质中钙黄绿素扩散的距离。实施例3化合物-目标物相互作用-抗HIV化合物对于半固体相中含有HIV-1的表达GFP的MT4细胞(LTR启动子)的萤光效应
将3种已知具有抗HIV-1活性的化合物(AZT、3TC及Loviride),点在(+/-1微升,如前所述,从贮存溶液中,以毛细管来点)透明的384孔聚苯乙烯组织培养盘的孔洞底表面上。将孔洞中的化合物干燥并储存在4℃。
一星期后,从组织培养瓶中收集MT4细胞,并以107/毫升(密度)悬浮于RPMI培养基中。再把此细胞悬浮液平均地分至4个管子中。然后将这些管子以450×g离心10分钟。把200微升在RPMI培养基中的HIV悬浮液,加到两管离心后所得到的细胞沉淀物中,37℃培养2小时。以相同的方式处理另外的两管,但不加入病毒。培养2小时之后,将琼脂溶液(39℃)以最终0.34%的浓度,加到含有细胞及HIV的一管,以及仅含细胞的一管中。接着,把20微升在琼脂中的细胞悬浮液及20微升细胞/病毒-琼脂悬浮液,加到如上所述含有点状化合物的384孔盘的不同孔洞中。
把200微升培养基和200微升含有病毒的培养基,分别加到剩下的两管细胞沉淀物中。在37℃培养2小时后,调整最终体积(使其与琼脂组成物的最终体积相同),并且将20微升非感染及感染的细胞悬浮液,加到如上所述含有点状化合物的384孔盘的孔洞中。
在加入HIV感染的细胞之前,将1微升体积的化合物,迅速加到孔洞中。总分析体积为20微升。
在3天的培养时间后,表达GFP的MT4细胞的萤光,通过萤光显微镜及培养盘的读数而评估。结果概述见图5-10。这些数据显示,把化合物加到固体支持物上(384孔微滴定盘的孔洞)之后,以及在4℃储存1星期之后,活性(这些化合物对HIV-1感染的保护效应)并不会于化合物在液相中的扩散过程相异。
此外,所得到的结果也显示,可在半固体相中观察到表达GFP的MT4细胞所反映出的逆转录酶抑制剂对HIV感染的浓度依赖性效应,使用半固体培养基并不会对化合物的特性和其对HIV-1 RT抑制的有效性产生影响。
本发明将通过下列仅为举例的实施方案的说明,并参考附图而更进一步地得到阐明。
参考图11,显示带有化合物21的固体支持物20,已将这些化合物从每束带有110支毛细管的196束毛细管阵列(未显示)中,点在固体支持物上,这样有21,560个化合物点在固体支持物20上。
图12显示为满足本发明筛选方案的特定需要在阵列中毛细管之间的距离的变化情况(1.414毫米、1毫米、2.236毫米、2毫米、3.623毫米、3毫米)。
图13是在固体支持物上的半固体相中,钙黄绿素的扩散形式。通过使用如图4所描绘的毛细管化合物支架装置,其毛细管中心点相距2毫米,将钙黄绿素点在聚苯乙烯的表面上。悬浮在半固体相(RPMI1640培养基,10%FCS、1%Pen-Strep、0.34%琼脂)中的覆盖的细胞密度是107细胞(MT4)/毫升。在2小时的培养期之后,通过萤光显微镜进行分析。
图14是根据本发明的方法,快速筛选化合物的自动化方法的示意图。带有以分离的点状或线状加在其表面31上的待筛选化合物、形式为膜或胶布的资料载体30与资料载体33的表面32接触,该载体也是膜或胶布的形式,并具有包埋在半固体基质中的目标物。接着,将相应的载体30、33缠绕,其表面31及32相接触,并在温度、湿度及二氧化碳控制的环境下培养,使化合物释放到载体33的表面32。接着松开载体,然后将载体33送至一般显示在34的分析和资料读取单元。
在下列图15-23中,相似的元件是以相同的参考数字代表。
参考图15,一般以40显示用于供应毛细管41的装置,从其供给点至带有固定间距的横断沟43的输送带42进行供应。输送带45逆时针移动时,毛细管41进入通道44,后者可容纳单层的毛细管41,并且输送带42以顺时针方向移动时,一次传递一个到沟43。毛细管41通过重力及输送带45的结合效应,单独地通过通道44。每次沟43位于末端46时,毛细管41就传递到那里。
参考图16(a)-(c)至图17,显示牵涉到将毛细管41转移至微滴定盘47用以充填的步骤。通过显示在48的夹住装置,将毛细管41从输送带42举起。夹住装置48包括两个伸长结构49,其通过施加侧力至毛细管,而从其间夹住多数毛细管41。以这个方式,把毛细管41从输送带42转移至微滴定盘47用以充填。在输送带42上的沟43的间隔,于在微滴定盘47中孔洞50的间隔是相同的。夹住装置48举起并输送以12管为一组的毛细管41,此数目于微滴定盘47的一列中孔油50的数目相对应。在输送步骤期间,夹住装置48旋转90°,使毛细管41的一端落到微滴定盘47的孔洞50中。
夹住装置48以及毛细管41可自由地沿着垂直轴移动,使毛细管41落至微滴定盘47的孔洞50中。毛细管41在孔洞50中停留的时间足以使在相应孔洞50中的液体通过毛细作用而被吸出。一旦给定的充填时间过去,毛细管41即被抽出,并且夹住装置48旋转90°,再次呈现水平方向。
在毛细管41充填之后,把该毛细管转移至螺旋或蠕动装置51,后者用于减少如图18所显示的毛细管41之间的间隔。将毛细管41传递至螺旋装置51的末端52。螺旋装置51的螺线53具有变化的螺距,在末端52大于末端54。随着螺旋装置51的旋转,毛细管41沿着其长度,以箭头的方向前进并且由于改变螺距也使其更接近。在末端54,毛细管41仅是通过螺线53的壁55而分开。
参考图19,毛细管41从螺旋装置51释放到胶布56上,后者具有一层粘剂,其中毛细管41与其邻接的侧边粘着在该粘剂上。胶布56以于毛细管41离开螺旋装置51的相同速率前进。然后胶布56逐渐地卷成一紧密包装的圆形阵列,如57所示。
参考图20,一般以60显示把阵列57的毛细管41中的液体,释放至固体支持物61表面的装置,并且此装置是相对可移动的。装置60包括一适于接受该阵列57的外罩62。外罩62连接到一气泵63上,并需要的话,通过产生一相对于外罩62外部的正压区,而迫使液体高于毛细管41,到固体支持物61的表面上。
图21显示在从毛细管41中添加分析物液滴之后,装置在固体支持物61上的毛细管41的阵列57,以及装置在该固体支持物61上的分离的点状斑64的形式。
图22是固体支持物61的平面图,显示所加的液体分析物的分离点状斑64的圆形排列形式。
参考图23,一般以70显示在液体分析物干燥之后,把在半固体相71中的目标物细胞,加到固体支持物61的表面72的装置。装置70包括臂73及列印头74。固体支持物61可自由转动,装置70可自由地在z平面及x或y平面移动,这样,通过臂73和固体支持物61的联合移动,对列印头74进行定位。
Claims (38)
1.一种快速筛选分析物的方法,包括下列步骤:
(a)同时将多种要筛选的分析物,加到一种或多种固体支持物上,使得分析物之间互相分开;
(b)将该带有分析物的固体支持物,与半固体或液体培养基中的目标物接触,藉此该分析物从固体支持物中释放至目标物;以及
(c)测量分析物-目标物的相互作用。
2.权利要求1的方法,其中步骤(a)包括(ⅰ)将分析物置于分别可鉴别的容器中;以及(ⅱ)将分析物从容器转移至固体支持物,以这样的方式使每个容器的待转移内容物,与其他容器的内容物分开。
3.权利要求2的方法,其中分别可鉴别的容器选自管子,如毛细管;笔,如绘图笔以及列印头。
4.权利要求3的方法,其中该分别可鉴别的容器是一种毛细管阵列,每一个可根据其在阵列中的位置而鉴别,其中,分析物至固体支持物的转移过程,是通过经毛细管的开口端将其分散而完成的。
5.权利要求1-4中任何一项的方法,其中该固体支持物是一基本上平坦的,盘状-、直角状-或方块状的形状。
6.权利要求5的方法,其中该固体支持物包括当把分析物加在其上时,可使分析物自发性释放的材料。
7.权利要求5的方法,其中该固体支持物包括当把分析物加在其上时,使分析物控制性地释放的材料。
8.权利要求6或7的方法,其中该材料是该半固体培养基。
9.上述任一项权利要求的方法,其中当把每个分析物加到固体支持物上时,分析物在固体支持物上扩散,以便产生一浓度梯度。
10.上述任一项权利要求的方法,其中该分析物所加到的固体支持物的表面选自聚合物、陶瓷、金属、纤维素以及玻璃。
11.上述任一项权利要求的方法,其中该半固体的培养基位于一载体上。
12.权利要求11的方法,其中该固体支持物形式是弹性膜或胶布,在其上,施加含目标物的半固体的培养基,藉此,本方法可通过使用滚轮系统经过本发明的各种步骤使弹性膜或胶布前进而实现自动化。
13.权利要求12的方法,其中该载体可由另一层膜或胶布而覆盖,藉此夹在固体支持物与覆盖层之间。
14.权利要求12-13的方法,其中该固体支持物或覆盖层(如果存在的话),可提供磁轨以记录关于所加的分析物的资料,藉此可在测量分析物-目标物相互作用的同时自动化读取并处理该资料。
15.权利要求1-10中任何一项的方法,其中该固体支持物本身是一探测器,或形成探测器的一部分。
16.权利要求15的方法,其中该固体支持物是选自二氧化硅晶片、带电荷的装置以及摄影底片。
17.上述任一项权利要求的方法,其中该固体支持物的表面可涂覆一层膜、分子单层、细胞单层或Langmuir-Blodgett膜。
18.上述任一项权利要求的方法,其中该固体支持物本身是一资料载体,其带有电子、磁性或数字化形式的资料。
19.上述任一项权利要求的方法,其中该固体支持物的表面是反射的。
20.权利要求19的方法,当从属于权利要求17时,其中该表面可以是光碟(CD)的反射表面。
21.权利要求20的方法,还包括将该光碟复制到一可写入的光碟的步骤。
22.上述任一项权利要求的方法,其中该半固体的培养基包括提供半固体或粘性液体环境的物质,使得该分析物可控制性地释放至该目标物中。
23.权利要求22的方法,其中该物质是选自明胶、多糖类例如琼脂和琼脂糖,以及聚合物如甲基纤维素和聚丙烯酰胺,或一所谓的智能材料。
24.上述任一项权利要求的方法,其中步骤(a)及(b)是同时地实施。
25.权利要求1的方法,其中每个分析物是加到单个固体支持物上。
26.权利要求25的方法,其中该固体支持物是棒状或球形。
27.权利要求25或26的方法,其中每个带有分析物的固体支持物,在步骤(b)中与一目标物,在多隔间装置的分离的隔间中接触。
28.权利要求27的方法,其中该隔间是在该装置中排列的小孔洞。
29.上述任一项权利要求的方法,其中该分析物是选自化学化合物、抗原、抗体、DNA探针、细胞以及带有分析物的小珠及脂质体。
30.权利要求29的方法,其中,当加到固体支持物时,分析物是溶解在有机或无机的溶剂中。
31.权利要求30的方法,其中该溶剂包括所谓的对化学或物理参数有反应的智能材料,这样该化学或物理参数使每个加到固体支持物上并干燥的分析物液化。
32.权利要求29-31的方法,其中该分析物是一化学化合物。
33.上述任一项权利要求的方法,其中该目标物是选自原核细胞、真核细胞、病毒、分子、受体、小珠及其组合。
34.权利要求33的方法,其中该目标物是带有报告功能的细胞。
35.权利要求34的方法,其中该分析物-目标物的相互作用,可通过分析物对细胞报告功能的效应来测量。
36.上述任一项权利要求的方法,其中该分析物-目标物的相互作用,是通过使用一种或多种下列方法而测量:显微镜法、比色法、萤光计法、发光计法、光密度计法、同位素法以及物理的测量。
37.权利要求1的方法,基本上如前所述参考附图并如附图所示。
38.权利要求1的方法,基本上如前所述参考所附的实施例。
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