CN118222719A - Dis3l2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用 - Google Patents
Dis3l2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用,属于畜禽遗传育种、生物技术领域,所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记包括EL_dis3l2,SNP编号为rs317945242,所述EL_dis3l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。该遗传标记有助于从遗传上提升鸡蛋长径,将其应用于鸡的遗传育种,有利于改善鸡蛋长径,获得更长鸡蛋长径的蛋鸡品种。
Description
技术领域
本发明属于畜禽遗传育种、生物技术领域,特别涉及DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用。
背景技术
我国是世界第一蛋鸡生产和消费大国,蛋鸡存栏和鸡蛋产量长期保持在世界第一位置。我国蛋鸡育种起步相对较晚,蛋壳品质、饲料转化率等指标需积累新技术、新知识,实现蛋鸡育种新突破。
鸡蛋尺寸是影响消费者购买决策的关键因素,是鸡蛋分级的主要指标,也是蛋鸡育种的主选性状。衡量鸡蛋尺寸的指标主要有:重量、鸡蛋长径和鸡蛋长径。随着机器视觉技术在蛋品分析上的应用日益广泛,蛋鸡育种公司越发重视鸡蛋长径的选育。若能从遗传上改善鸡蛋长径,可以降低次品蛋比率。
发明内容
为了从遗传上提升鸡蛋长径尺寸,本发明提供了DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用,该遗传标记有助于从遗传上提升鸡蛋长径,将其应用于鸡的遗传育种,有利于改善鸡蛋长径,获得更长鸡蛋长径的蛋鸡品种。
本发明通过以下技术方案实现:
本发明提供DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用,所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记包括EL_dis3l2,SNP编号为rs317945242,所述EL_dis3l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
基于同一发明构思,本发明提供一种鸡蛋长径性状的早期选择方法,所述早期选择方法包括基于遗传标记EL_dis3l2的基因型对鸡蛋长径性状进行早期选择;
所述EL_dis3l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
进一步的,所述早期选择方法具体包括:
检测待测鸡EL_dis3l2的基因型;
基于所述EL_dis3l2的基因型对待测鸡鸡蛋长径性状进行早期选择;
其中,所述EL_dis3l2的GG基因型个体的鸡蛋长径大于GC基因型个体的鸡蛋长径,GC基因型个体的鸡蛋长径大于CC基因型个体的鸡蛋长径。
进一步的,所述检测待测鸡EL_dis3l2的基因型,具体包括:
以Pel_d2f和Pel_d2r为引物,对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行测序,获得待测鸡9号染色体正义链第15157480位的基因型;
其中,所述Pel_d2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述Pel_d2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
进一步的,所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
基于同一发明构思,本发明提供用于检测DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记的引物,所述引物包括Pel_d2f和Pel_d2r,所述Pel_d2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述Pel_d2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记包括EL_dis3l2,所述EL_dis3l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
基于同一发明构思,本发明提供用于检测DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记的引物在鸡遗传育种中的应用。
基于同一发明构思,本发明还提供一种试剂盒,所述试剂盒包含引物Pel_d2f和Pel_d2r。
基于同一发明构思,本发明还提供上述一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
本发明实施例中的一个或多个技术方案,至少具有如下技术效果或优点:
本发明DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用,所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记为EL_dis3l2,采用该遗传标记有助于从遗传上改善鸡蛋长径,将遗传标记EL_dis3l2应用于鸡的遗传育种,能够遗传上选育蛋鸡,改善鸡蛋长径,减少蛋鸡在产蛋后期出现的异常蛋问题,避免产蛋后期蛋壳品质下降,从而提高养殖收益。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案,下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其它的附图。
图1为鸡蛋长径关联遗传标记曼哈顿图;
图2为鸡蛋长径关联遗传标记QQ图;
图3为EL_dis3l2遗传标记与鸡蛋长径关联分析。
具体实施方式
下文将结合具体实施方式和实施例,具体阐述本发明,本发明的优点和各种效果将由此更加清楚地呈现。本领域技术人员应理解,这些具体实施方式和实施例是用于说明本发明,而非限制本发明。
在整个说明书中,除非另有特别说明,本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此,除非另有定义,本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾,本说明书优先。
除非另有特别说明,本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等,均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
本发明整体思路如下:
近年来,全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS)成为解析畜禽数量性状遗传结构强有力工具。利用GWAS方法研究碱基变异与表型值之间的关联,能够鉴别影响经济性状的遗传标记,特别适用于难于测量性状、生命体晚期性状、限性性状以及屠宰性状。若能通过全基因组关联分析筛选鸡蛋长径遗传标记,有助于通过遗传标记辅助育种或全基因组选择快速获取遗传进展。
基于此,本发明应用高密度芯片进行基因分型,然后进行全基因组关联分析,获得一个与鸡蛋长径关联的遗传标记,该标记位于基因DIS3L2第6内含子,命名为EL_dis3l2,可将其应用于鸡的遗传育种,有助于从遗传上提升鸡蛋长径。与候选基因关联分析相比,GWAS有效解决了群体分层问题,定位结果更可靠;与QTL连锁分析相比,GWAS标记密度高,可解析稀有、低频变异,可分析复杂性状的遗传结构,还可识别新型变异。高新技术的应用,是确保我们得到可靠遗传标记的前提。
下面将结合实施例及实验数据对本申请DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用进行详细说明。
实施例1
采集表型数据
试验数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。简言之,以绿壳蛋鸡与白来航鸡组建F2分离群体。F1群体由513只鸡组成,F2群体由1 744只鸡组成。试验鸡以三段式饲养,0~7周为育雏阶段,8~18周为育成阶段,18周之后为产蛋阶段。试验鸡只单独戴翅号、单笼饲养,笼具为三层阶梯式,饲喂常规饲料。产蛋期自由采食,以乳头饮水器供水。产蛋鸡饲料组分包括16.5%粗蛋白,11 511kJ/kg饲料代谢能。鸡舍以风机、湿帘降温,机械化喂料、清粪。按照江苏省家禽研究所制定的免疫程序进行常规免疫。试验鸡于32周龄测量鸡蛋长径,即以游标卡尺测量鸡蛋中间部位最大直径。
对系谱记录及生产数据进行初步筛选,去除明显错误、重复的数据后,去除离群值,整理成excel表格形式。数据清洗后,收集资源群体32周龄鸡蛋长径数据2372条。经单因素方差分析,确定将品种、批次、鸡舍列为固定效应。然后,用WOMBAT软件分析资源群体32周龄鸡蛋长径方差组分以及遗传参数。
实施例2
鸡蛋长径全基因组关联分析
以一次性注射器从试验鸡翅静脉采集血样2ml左右,置入BD抗凝管(苏州碧迪医疗器械有限公司),-70℃保存。从血液样品提取基因组DNA,经0.8%琼脂糖电泳检测以及紫外分光光度检测,合格后稀释DNA样品至50±5ng/μl,用于基因芯片分型。
利用昂飞公司的鸡高密度基因芯片600K ChickenGenotyping Array进行基因分型,参照芯片说明书进行数据的质量控制,主要包括:利用APT软件进行分型前的质量控制;用PLINK进行质量控制,剔除检出率低于0.97,偏离哈代温伯格平衡的SNP标记;以metrics.R、SNP_filter.R以及SNP CR、FLD信息分析,筛选SNP;以BEAGLE进行基因型填充。质控后剩余435867个SNPs和1512个样本用于后续分析。
全基因组关联分析之前先进行多维度主成分分析以消除假阳性,以前5个主成分作为协变量参数加入到遗传模型的固定效应。利用R脚本“simpleM"方法计算各SNPs位点独立检验估计,得到了59308个独立标记。利用Bonferroni进行校正,得到基因组显著阈值为8.43×10-7,基因组建议阈值为1.69×10-5。以混合线性模型分析实例1获得的鸡蛋长径伪表型值,获得各个SNPs标记显著性检验P值。线性模型的矩阵表达式为,
y=Wα+xβ+Gu+ε
其中y代表样本表型值向量;W代表协方差矩阵;G代表基因组遗传关系矩阵;α为截距向量;x标记的基因型向量;u为育种值;ε为残差。
对1512只鸡蛋长径进行全基因组关联分析,结果如图1、图2所示。由曼哈顿图可知,鸡的9号染色体存在基因组显著水平标记,具体定位到DIS3L2基因(见表1)。QQ图进一步验证GWAS结果可靠。以基因组遗传关系矩阵解析遗传参数,获得32周龄鸡蛋长径遗传力为0.45±0.05,其中EL_dis3l2遗传标记可解释2.38%的表型方差。将筛选到的鸡蛋长径32周龄统计鸡蛋长径数据遗传标记汇总:
表1基因组显著水平的遗传标记
表中:所述标记染色体物理位置参考鸡全基因组(bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b)。
实施例3
遗传标记的验证
应用上述SNP遗传标记对东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体进行关联分析。具体操作步骤如下:
1)PCR引物:从NCBI网站下载DNA模板序列信息,以primer premier软件设计PCR扩增引物,引物信息如表2所示。由生工生物工程(上海)股份有限公司合成PCR引物。
表2检测EL_dis3l2遗传标记所用扩增引物
2)基因组DNA提取:以酚仿法提取1429份血液样品基因组DNA,经紫外分光光度计检测、琼脂糖电泳检测合格后进行PCR扩增。
3)PCR扩增过程:
反应体系:10μl体系包括鉴定材料DNA模板50ng,正、反向引物各l0 ng,5μL 2×power Taq MasterMix,剩余体积用超纯水补足。
反应程序:首先94℃变性30s,依照表2所述温度退火30s,72℃延伸30s,共5个循环;接着94℃变性30s,依照表2所述温度退火30s,72摄氏度延伸30s,共30个循环;72℃延伸5min,4℃保存。
4)扩增产物送至测序公司进行序列多态性检测。
>EL_dis3l2
序列中,标注[]的为突变位点,括号中为等位基因变异,序列的首尾加粗显示为引物序列。
5)关联分析:受试个体均有基因型和表型数据,然后进行关联分析。分析结果如图3所示,GG基因型个体的鸡蛋长径比GC基因型个体的鸡蛋长径高0.8%,GC基因型个体鸡蛋长径比CC基因型个体的鸡蛋长径高1.2%。经单因素方差分析,三组基因型对应的鸡蛋长径差异显著。因此可以得出,遗传标记EL_dis3l2C可改善鸡蛋长径,建议用于蛋鸡育种。
通过全基因组关联分析,筛选得到与鸡蛋长径相关SNP遗传标记。验证实验表明,选择EL_dis3l2C遗传标记有效提高或降低鸡蛋长径。
上述引物组合可用于选育鸡蛋长径,也可用于制备试剂盒。
最后,还需要说明的是,术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含,从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素,而且还包括没有明确列出的其他要素,或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
尽管已描述了本发明的优选实施例,但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念,则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以,所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。
显然,本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样,倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内,则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
Claims (9)
1.DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用,其特征在于,所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记包括EL_dis3 l2,SNP编号为rs317945242,所述EL_dis3 l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
2.一种鸡蛋长径性状的早期选择方法,其特征在于,所述早期选择方法包括基于遗传标记EL_dis3 l2的基因型对鸡蛋长径性状进行早期选择;
所述EL_dis3 l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
3.根据权利要求2所述的一种鸡蛋长径性状的早期选择方法,其特征在于,所述早期选择方法具体包括:
检测待测鸡EL_dis3 l2的基因型;
基于所述EL_dis3 l2的基因型对待测鸡鸡蛋长径性状进行早期选择;
其中,所述EL_dis3 l2的GG基因型个体的鸡蛋长径大于GC基因型个体的鸡蛋长径,GC基因型个体的鸡蛋长径大于CC基因型个体的鸡蛋长径。
4.根据权利要求3所述的一种鸡蛋长径性状的早期选择方法,其特征在于,所述检测待测鸡EL_dis3 l2的基因型,具体包括:
以Pel_d2f和Pel_d2r为引物,对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行测序,获得待测鸡9号染色体正义链第15157480位的基因型;
其中,所述Pel_d2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述Pel_d2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
5.根据权利要求3或4所述的一种鸡蛋长径性状的早期选择方法,其特征在于,所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
6.用于检测DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记的引物,其特征在于,所述引物包括Pel_d2f和Pel_d2r,所述Pel_d2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述Pel_d2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述DIS3L2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记包括EL_dis3 l2,所述EL_dis3 l2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息9号染色体正义链第15157480位,位于基因DIS3L2第6内含子,此处碱基为G或C。
7.如权利要求6所述的引物在鸡遗传育种中的应用。
8.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含权利要求6所述的引物。
9.如权利要求8所述的试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
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