CN117385053B - 一种与海水鲈鱼生长性状相连锁的分子标记位点 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种与鲈鱼生长性状相连锁的SNP位点,所述的SNP位点位于序列为SEQ ID NO:1的核苷酸片段的第111位,其碱基为C或A。本发明另一个方面提供一种筛选具有快速生长潜力的鲈鱼个体的方法,是通过检测上述的SNP位点来实现的。本发明筛选获得了与鲈鱼生长性状相关的SNP位点,其中该SNP位点的基因型为AA纯合型个体具有更显著的生长效果。因此通过筛选该SNP位点中具有基因型为AA型个体作为亲本进行育苗,从而提高养殖鲈鱼的经济效益。
Description
技术领域
本发明属于鱼类遗传选育技术领域,主要涉及一种与海水鲈鱼生长性状相连锁的SNP位点。
背景技术
鲈鱼(Lateolabrax maculatus),属硬骨鱼纲、鲈形目、鲈鱼种、鮨科,花鲈属,是我国养殖海水鲈鱼的主要品种。
目前鲈鱼自然资源量下降严重,虽然人工养殖规模在逐年增大,但在人工养殖过程中出现了种质退化现象。因此,选育出具有优良生长性状的鲈鱼品种是非常有必要的。
水产动物的常规育种方法主要有选择育种、杂交育种、雌(雄)核发育、人工诱导多倍体发育等,但是常规育种方法只是对不同家系群体进行表征(体重、体长、体全长)选择,并且需要较长的选择周期,并且养殖环境的不同也会对选择造成影响,导致选择结果可信度降低;而分子遗传学标记辅助选择技术是利用与目标性状基因紧密连锁的分子标记进行间接选择,是在分子水平对目标性状进行选择,不受环境影响,选择结果可靠,还可以根据遗传背景选择,减少连锁累赘,加速育种进程,因此分子标记辅助育种是一种快速获得理想家系、品系或品种的现代生物育种的理想方法。
SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)是指由于单个碱基的变化所引起DNA序列的改变,包括颠换、转换、插入和缺失。随着分子生物学技术的不断发展,不断涌现出新型SNPs基因分型技术,其中灵敏度高、高通量的基因分型方法,如温控高效液相色谱法、TaqMan探针法等。SNPs分子标记在禽畜及水产经济动物研究中已得到了广泛的应用,包括QTL定位、分子标记辅助选择等方面。作为新一代的遗传标记技术,SNPs将在水产经济动物遗传育种研究领域发挥巨大的作用。
发明内容
本发明的主要目的是提供一种与鲈鱼生长性状相连锁的SNP位点,所提供的SNP位点可用于选育具有快速生长性状的鲈鱼,从而为鲈鱼遗传选育提供有用的分子标记。
本发明首先提供一种与鲈鱼生长性状相关的SNP位点,所述的位点位于序列为SEQID NO:1的核苷酸片段的第111位,其碱基为C或A;
本发明提供的SNP位点用于选育具有快速生长潜力的鲈鱼个体。
本发明还提供用于检测上述SNP位点的引物对,所述的引物对,其中一种引物对的具体序列信息如下:
正向引物:5′-AACACCGAGGTGATGCTG-3′(SEQ ID NO:2),
反向引物:5′-CGCTCGCAGCCGGTCCTCCA -3′(SEQ ID NO:3),
本发明另一个方面提供一种筛选具有快速生长潜力的鲈鱼个体的方法,是通过检测上述的SNP位点来实现的;
所述的方法,是通过PCR扩增待检测的鲈鱼个体的基因组DNA,PCR产物进行基因测序分析后确定待检测的个体的基因型,来确定是否具有快速生长潜力的个体;
进一步的,所述的方法是筛选基因型为AA的个体。
本发明筛选获得了与鲈鱼生长性状相关的SNP位点,其中该SNP位点的基因型为AA纯合型个体具有更显著的生长效果。因此通过筛选该SNP位点中具有基因型为AA型个体作为亲本进行育苗,从而提高养殖鲈鱼的经济效益。
具体实施方式
本发明通过对生长速度快和生长速度慢的鲈鱼采用RNA-Seq技术筛选与生长性状相关基因,并从候选基因中鉴定与生长性状相关联的SNP标记,确定了核苷酸序列为SEQ IDNO:1鲈鱼的类脱碘酶基因中存在与鲈鱼生长性状相关联的SNP位点。
通过对序列为SEQ ID NO:1的鲈鱼类脱碘酶基因上连续设计多对引物对鲈鱼鱼苗与亲本进行PCR扩增,对其进行基因测序,其中一对引物(为SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的扩增的目的片段进行基因型分析时发现了一个SNP位点,共有三种3种基因型,通过Chromas和DNAMAN 8软件分析,筛查出一个SNP位点位于序列SEQ ID NO:1的片段的第402位碱基处。再通过SPSS软件分析不同基因型鲈鱼鱼苗个体的突变基因型频率与鲈鱼生长性状的相关性,发现基因型为AA纯合型个体的体重、体长、体全长显著高于CA与CC基因型个体对应生长性状的表型值(p<0.05)。
因此,生产中可优先选择该snp位点的AA基因型个体作为亲本或者进行规模养殖。
下面通过实施例对本发明做进一步说明。
实施例1:筛选目标基因的SNP位点
采用动物组织基因组DNA提取试剂盒从鲈鱼肌肉中提取基因组DNA。具体步骤如下:
取100mg鲈鱼肌肉用液氮磨至粉状,再加入500μL 60℃预热的CTAB提取缓冲液,同时加入10μL的30mg/mL的蛋白酶K,置于55℃水浴槽中进行水溶溶解,然后在4h过裂解至澄清。
然后在裂解提取液中加入等体积苯酚:氯仿(1:1),颠倒使液体混合均匀,然后在12000r/min离心10min,取上清液后再加入2μL的20m g/mL的RNase A酶,水浴10min,加入等体积氯仿离心,重复上步直至上清液澄清无浑浊,取上清用乙醇沉淀法回收DNA,晾干沉淀,加入20μL TE缓冲液溶解沉淀。
通过1%的琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测DNA质量和浓度,DNA样品保存于-20℃备用。
对序列为SEQ ID NO:1的鲈鱼类脱碘酶基因设计引物进行扩增,其引物序列信息如下:
正向引物:5′-AACACCGAGGTGATGCTG-3′(SEQ ID NO:2),
反向引物:5′-CGCTCGCAGCCGGTCCTCCA-3′(SEQ ID NO:3),
PCR反应体系为25μl,其中包含有2.5μl的10×buffer,2μl的dNTPs,上游引物1μl,下游引物(SEQ ID NO.3)1μl,基因组DNA1μl,Taq酶0.5μl,ddH2O补足至25μl。PCR程序为:94℃预变性5min,94℃变性30s,54℃退火30s,72℃延伸30s,35个循环,最后72℃延伸7min。将PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳检测。产物回收后,测序确定其扩增产物的序列正确。
实施例2:筛选生长性状相关的SNP位点
通过PCR和基因测序方法来确定序列为SEQ ID NO:1的鲈鱼类脱碘酶基因片段与生长性状关联的SNP位点。
将在山东滨州于相同的养殖管理和营养条件下长成随机选出日龄50天的鲈鱼鱼苗个体300尾,对300尾的鲈鱼个体的体重、体长、体全长的表型值进行测量和记录,同时采取肌肉组织用于基因组DNA的提取。
PCR反应及测序的具体条件如下:
1)PCR反应体系为25μl,其中包含有2.5μl的10×buffer,2μl的dNTPs,上游引物1μl,下游引物(SEQ ID NO.3)1μl,基因组DNA1μl,Taq酶0.5μl,ddH2O补足至25μl。PCR程序为:94℃预变性5min,94℃变性30s,54℃退火30s,72℃延伸30s,35个循环,最后72℃延伸7min。将PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳检测。产物回收后进行测序
2)将回收的PCR产物送至华大基因进行测序,将测序获得的序列信息使用Chromas和DNAMAN 8软件进行分析以确定具体的碱基突变位置。
利用SPSS22.0软件对SEQ ID NO:1的鲈鱼片段上的111位的SNP位点的基因型与鲈鱼的生长性状分别进行最小二乘的统计分析关联分析,计算该SNP位点基因型与生长性状的关联性(表1)。
表1:鲈鱼SNP多态性与生长性状的最小二乘分析(均值±标准差)
从表1的统计结果可以看出,基因型为AA纯合型个体的体重、体长、体全长显著高于CA、CC基因型个体生长性状的表型值(p<0.05)。
通过检测本发明的SNP位点所筛选的鲈鱼AA基因型个体作为亲本来进行育苗,其子一代的生长速度也显著高于CA、CC基因型的子代个体。
因此,本发明所提供的SNP位点可以作为一种分子标记来用于鲈鱼优良品种的选育。
Claims (2)
1.一种筛选具有高生长性状的鲈鱼个体的方法,其特征在于,所述的方法是通过检测SNP位点的基因型来筛选鲈鱼个体;
所述的SNP位点位于序列为SEQ ID NO:1的核苷酸片段的第111位,其碱基为C或A;
通过PCR扩增待检测的鲈鱼个体的DNA,对产物进行基因测序分析后筛选基因型为AA的个体,所述基因型为AA的个体的生长性状的表型值高于CA、CC基因型个体的生长性状的表型值,所述的生长性状为体重和体长;
所述的鲈鱼为Lateolabrax maculatus。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述的PCR扩增使用的引物对的正向引物的序列为SEQ ID NO.2,反向引物的序列为SEQ ID NO.3。
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Non-Patent Citations (2)
Title |
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Also Published As
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