CN117004737A - 一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的snp分子标记、检测引物及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的SNP分子标记、检测引物及其应用。所述的SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记是：SEQ ID NO.1所示序列的第301碱基位置的C/C基因型或G/G基因型；或第302碱基位置的T/T基因型或C/C基因型。根据本发明提供的方法，有利于快速检测大口黑鲈子代的生长速度，缩短优良大口黑鲈品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。
Description
技术领域
本发明属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的SNP分子标记、检测引物及其应用。
背景技术
大口黑鲈(Micropterus salmoides)，俗称加州鲈，原产于北美洲，因其生长快、味道鲜美，于1983年作为名特优水产品种引进我国。2021年，其全国养殖产量超过70万吨，已成为我国重要的淡水经济鱼类。目前我国大口黑鲈养殖面临种质退化、病害频发，优良苗种短缺等问题，因此良种繁育对大口黑鲈养殖产业的健康发展具有重要意义。
优鲈3号是以2012年从美国引进的大口黑鲈北方亚种和大口黑鲈“优鲈1号”群体为基础群体，以摄食人工配合饲料条件下的生长速度和易驯化摄食配合饲料为目标性状，采用群体选育技术，经连续4代选育而成。在人工配合饲料喂养时一龄大口黑鲈“优鲈3号”生长速度(体重)比平均提高17.1％，比大口黑鲈引进群体提高33.92％-38.82％。
分子设计育种是现代化、高效化的遗传育种测率，其通过揭示控制表型的功能基因及其分子标记，定向设计选育出目标种质。SNP(Single Nucleotide Polymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性，是目前应用最广、最新的分子标记。使用分子标记进行后备亲本选择，能更快速地提升子代的经济性状。
发明内容
本发明旨在提供一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用。
本发明的第一个目的是提供一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记为：SEQ IDNO.1所示序列的第301碱基位置的G/G基因型或者C/C基因型；或第302碱基位置的T/T基因型或C/C基因型。
优选地，第301碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于G/G基因型个体；第302碱基位置的T/T基因型在相同的养殖条件下生长速度显著的高于C/C基因型个体。
本发明的第二个目的是提供一种上述的SNP分子标记的检测引物对，其包括：
上游引物g.MsSNP-F：5’-TCTACCAGTATGCGTTATT-3’；
下游引物g.MsSNP-R：5’-TCTGTTTGTGGAGTAGCG-3’。
本发明的第三个目的是提供一种检测试剂盒，其包括上述的SNP分子标记的检测引物对。
本发明的第四个目的是提供上述的SNP分子标记、上述的SNP分子标记的检测引物对或上述的试剂盒在大口黑鲈“优鲈3号”选育中的应用。
本发明的第五个目的是提供上述的SNP分子标记、上述的SNP分子标记的检测引物对或上述的试剂盒在检测大口黑鲈“优鲈3号”生长速度中的应用。
本发明的第六个目的是提供一种检测大口黑鲈“优鲈3号”生长速度的方法，其包括如下步骤：提取待测大口黑鲈“优鲈3号”的基因组DNA；以基因组DNA为模板，用上述的SNP分子标记的检测引物对进行PCR扩增；测序；根据测序结果确定SNP分子标记的基因型，再判断该待测大口黑鲈“优鲈3号”的生长速度。
优选地，所述的根据测序结果确定SNP分子标记的基因型，再判断该待测大口黑鲈“优鲈3号”的生长速度为：第301碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于G/G基因型个体；第302碱基位置的T/T基因型在相同的养殖条件下生长速度显著的高于C/C基因型个体。
优选地，所述的待测大口黑鲈“优鲈3号”为养殖1.5个月以上的大口黑鲈“优鲈3号”。
优选地，所述的PCR扩增，其反应程序为：95℃预变性4分钟，95℃变性30秒、52℃-57℃退火20秒、72℃延伸1分钟、循环35次，最后72℃延伸10分钟。
本发明的优点：
快速生长是大口黑鲈“优鲈3号”的重要经济性状，在大口黑鲈良种选育工作中，可利用本发明的SNP分子标记和方法对后备亲本群体进行筛选，及早排除生长缓慢的大口黑鲈亲本个体，将有助于快速增强大口黑鲈子代的生长速度。根据本发明提供的方法，有利于快速提升大口黑鲈子代的生长速度，缩短优良对虾品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。
本发明公开的大口黑鲈SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用方法，是目前已知的常规知识或方法无法预测的，本发明的SNP分子标记可用于检测大口黑鲈“优鲈3号”的生长性状，根据本发明提供的方法，可筛选生长更迅速的后备亲本，有利于快速提升大口黑鲈“优鲈3号”子代的生长速度，缩短快速生长大口黑鲈品系的选育周期。
具体实施方式
以下实施例是对本发明的进一步说明，而不是对本发明的限制。
实施例1：
用于分析的大口黑鲈“优鲈3号”为全同胞家系，家系来自佛山市三水白金水产种苗有限公司，鱼苗破卵4天后开始养殖。采用常规养殖方法，在相同的条件下养殖1.5个月后，随机选取72尾个体进行体重测量，剪取尾鳍后按照天根海洋动物组织基因组提取试剂盒(TIANGEN，天根生化科技有限公司)提取大口黑鲈“优鲈3号”基因组DNA。
利用本发明公开的检测引物(F：5’-TCTACCAGTATGCGTTATT-3’；R：5’-TCTGTTTGTGGAGTAGCG-3’)，对74尾大口黑鲈“优鲈3号”个体的SNP标记进行PCR检测，反应体系如表1所示，反应程序为：95℃预变性4分钟，(95℃变性30秒、60℃退火20秒、72℃延伸1分钟)×35个循环，最后72℃延伸10分钟。
表1PCR检测反应体系
对PCR产物进行测序，SNP标记的序列如SEQ ID NO.1所示，经个体基因型的统计，发现：第301碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于G/G基因型个体；第302碱基位置的T/T基因型在相同的养殖条件下生长速度显著的高于C/C基因型个体(表2)；
表2大口黑鲈“优鲈3号”SNP位点与生长性状的关联分析
SEQ ID NO.1
GCACGGCATTCAAGACGATCTCGTTGGATAGTTCAGAATATTTCCTGGTTAAAATCTTAACAGCACAATAAATGGTACTTTTGCTGAAAAGGTGGAGGAAGATTTCATGTTGAAGTCCAACTGAAGGCGTTACCTGTCAATCATCTGTTGTGCAGCCTTCTTTAAATCTTTAAATGACATCTGTCTTAAGCAAATTCTTATAAAAACGTGCCAACAAATAAGCACAGCAAAGCTGTGAGGAAAAGCATTACATGATATTTTCTGTACTGTAGCAACACACAGCCGGACCATACAACAGCTCTTCTGAGTGCAGGTGTGAAAGGTCAGCTGAAAGAATAAACATGCTCGTATTTTTCTTCAAGTCTTAGCAATCAGTGCACGAAAAAGTTGTCCGAAGACTAAAAAGTTGGAAGGGTTGCAGATGATGTTGTGGAAATCTTTTAACACCTCCCTTCAGAATCCCTGCAATGTCAAAGAATCACCCAGTTTATGAAACGCTACTCACCAAACAGAA
Claims (10)
1.一种大口黑鲈“优鲈3号”生长性状关联的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记为：SEQ ID NO.1所示序列的第301碱基位置的G/G基因型或者C/C基因型；或第302碱基位置的T/T基因型或C/C基因型。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，第301碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于G/G基因型个体；第302碱基位置的T/T基因型在相同的养殖条件下生长速度显著的高于C/C基因型个体。
3.一种权利要求1所述的SNP分子标记的检测引物对，其特征在于，包括：
上游引物g.MsSNP-F：5’-TCTACCAGTATGCGTTATT-3’；
下游引物g.MsSNP-R：5’-TCTGTTTGTGGAGTAGCG-3’。
4.一种检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对。
5.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对或权利要求4所述的试剂盒在大口黑鲈“优鲈3号”选育中的应用。
6.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对或权利要求4所述的试剂盒在检测大口黑鲈“优鲈3号”生长速度中的应用。
7.一种检测大口黑鲈“优鲈3号”生长速度的方法，其特征在于，包括如下步骤：提取待测大口黑鲈“优鲈3号”的基因组DNA；以基因组DNA为模板，用权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对进行PCR扩增；测序；根据测序结果确定SNP分子标记的基因型，再判断该待测大口黑鲈“优鲈3号”的生长速度。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的根据测序结果确定SNP分子标记的基因型，再判断该待测大口黑鲈“优鲈3号”的生长速度为：第301碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于G/G基因型个体；第302碱基位置的T/T基因型在相同的养殖条件下生长速度显著的高于C/C基因型个体。
9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的待测大口黑鲈“优鲈3号”为养殖1.5个月以上的大口黑鲈“优鲈3号”。
10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩增，其反应程序为：95℃预变性4分钟，95℃变性30秒、52℃-57℃退火20秒、72℃延伸1分钟、循环35次，最后72℃延伸10分钟。
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|---|---|---|---|---|
| CN118064605A (zh) * | 2024-03-18 | 2024-05-24 | 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 | 一种与大口黑鲈抗病性相关的分子标记及其检测引物、试剂盒和应用 |
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2023
- 2023-07-31 CN CN202310951013.6A patent/CN117004737A/zh active Pending
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| CN118064605A (zh) * | 2024-03-18 | 2024-05-24 | 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 | 一种与大口黑鲈抗病性相关的分子标记及其检测引物、试剂盒和应用 |
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