CN113249497B - 鳜鱼生长性状相关的snp分子标记、引物及应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记、引物及应用，所述分子标记是位于序列SEQ ID NO:1自5’端起第131位的SNPg.131G>A和150位的SNPg.150A>C。与现有技术相比，本发明具有以下优点：(1)本发明所述的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受鳜鱼的年龄、性别等限制，可用于鳜鱼的早期选育，显著促进鳜鱼的育种进程；(2)本发明采用两处SNP分子标记位点作为判断依据，且通过一对引物即可判断鳜鱼的生长性状，操作方便且结果准确可靠。

Description

鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记、引物及应用
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，涉及鳜鱼的遗传标记辅助育种方法，具体为鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记、引物及应用。
背景技术
鳜(Siniperca chuatsi)俗称桂花鱼、鳌花及花鲫等,属鲈形目(Perciformes)暖鲈科(Percichthyidae)鳜亚科(Sinipercinae)。因其肉质丰腴、无肌间刺、味道鲜美、胆固醇含量低及营养价值高等优点,在我国广泛养殖。据统计,我国鳜养殖量逐年递增,从2003--2019年间,国内鳜产量从15万t增至30多万t。鳜养殖主产区为广东、江西、湖北、安徽及江苏等多个省份,其中广东的鳜产量最高,约占全国总产量的30％。因其独特的摄食习性,鳜鱼的养殖多饲喂饵料鱼。鳜鱼主要采用规模化的养殖方式，这种养殖方式不仅会造成渔业资源的浪费、养殖水环境的污染,还会导致鳜抗病力的下降、疾病的频发等问题,严重制约着我国鳜养殖业的可持续发展。近年来出现生长速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象。良种问题已成为制约鳜鱼养殖业稳定发展的主要因素之一。因此，培育出具有生长快、产量高等优良生长性状的新品系是保障鳜鱼养殖业可持续发展的必要条件。
分子标记辅助选择育种是近年发展起来的一种结合传统遗传育种与现代分子生物学的鱼类遗传育种方法，是针对改良选育物种的重要经济性状，利用DNA分子标记对育种材料进行选择的育种方法。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，为鱼类育种开辟了一条新的途径，并表现出其独特的优越性。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记作为第三代分子标记具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点,已广泛应用于动植物分子育种研究领域。
发明内容
发明目的：
其一、提供一种与鳜鱼生长速度相关的SNP分子标记，即利用鳜鱼map1b基因编码区上与生长性状显著相关的两个SNP位点进行分子标记辅助育种；
其二、提供用于检测上述SNP分子标记的引物；
其三、提供以上分子标记及引物在选育鳜鱼优良生长性状中的具体应用方法。
技术方案：鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记，所述分子标记是位于序列SEQ IDNO:1自5’端起第131位的SNPg.131G>A和150位的SNPg.150A>C。
优选的，所述生长性状为鳜鱼的体重、体长和全长。
优选的，SNPg.131G>A位点的GG基因型个体的体重、体长和全长性状高于AA基因型个体；SNPg.150A>C位点的AA基因型个体的体重、体长和全长性状高于CC基因型个体。
以上所述鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记的扩增引物，引物序列为：
上游引物为SEQ ID NO:2，5’-CTCTGTGGGCAGAAAGCAGA-3’；
下游引物为SEQ ID NO:3，5’-GGCTTCCTGTCCGTCAAAGA-3’。
以上所述引物在制备检测鳜鱼生长性状分子标记的试剂盒中的应用。
以上所述试剂盒在鳜鱼体重、体长和全长性状选育中的应用。
优选的，采用所述试剂盒选育的方法包括以下步骤：
(1)选取鳜鱼群体，取出膜后养殖3个月的鳜鱼，测其体长、全长、头长、尾柄长、全长、尾柄高、体宽、吻长、眼径、眼间距和体重，剪取鱼体尾鳍置于95％乙醇中，-20℃保存；
(2)采用试剂盒提取尾鳍DNA；
(3)采用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的引物扩增步骤(2)提取的DNA，获取扩增产物；
(4)对步骤(3)获得的扩增产物进行测序，选取SEQ ID NO:1中第131位碱基为纯合GG和第150位碱基为纯合AA的个体。
本发明所述试剂盒的工作原理在于：本发明以鳜鱼map1b基因的单核苷酸多态位点为研究目标，发现位于map1b基因外显子区域的2个SNP位点(SNPg 131G>A和SNPg.150A>C)与鳜鱼生长显著相关，其中SNPg.131G>A位点的GG基因型个体的全长、体长、体重三个生长性状显著高于AA基因型(P<0.05)个体；SNPg.150A>C位点的AA基因型个体的全长、体长、体重三个生长性状显著高于CC基因型(P<0.05)个体。在以生长性状为选育指标的鳜鱼遗传育种研究过程中，可以优先选择SNPg.131位点基因型为GG且SNPg.150位点基因型为AA的个体为育种亲本，这对于鳜鱼优良生长性状新品系的选育具有重要的指导意义。
有益效果：(1)本发明所述的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受鳜鱼的年龄、性别等限制，可用于鳜鱼的早期选育，显著促进鳜鱼的育种进程；(2)本发明采用两处SNP分子标记位点作为判断依据，且通过一对引物即可判断鳜鱼的生长性状，操作方便且结果准确可靠。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改和替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1
鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记，所述分子标记是位于序列SEQ ID NO:1自5’端起第131位的SNPg.131G>A和150位的SNPg.150A>C。所述生长性状为鳜鱼的体重、体长和全长。其中，SNPg.131G>A位点的GG基因型个体的体重、体长和全长性状高于AA基因型个体；SNPg.150A>C位点的AA基因型个体的体重、体长和全长性状高于CC基因型个体。SEQ ID NO:1的序列如下：
AGCAGACCTGCAGTTTGTTCCAGACATGTGGAGCATAAAACCTGAACGCTGCGTCTCCAGGTTTAGTTTTGACTCTGTGGGCAGAAAGCAGACCTGATCCCAGACCACCTGAGAGGTCTGGATGGTTCATGGCGTAGCAGGAGATCAGAAATGTATTTTGGCCCTGAACCATCCAGTGATTTATAAACCAACTGCAGCATTTTAAAATCAGCTCTTTGACGGACAGGAAGCCGGTGTAAAGACCTCAGAACTGGACTGATGAGATCCACTTTCTTGGTCTCAGTGAGGACGCGAGCAGCAGCGCTCTGGATGTAATTTATTTATTTCAGTTTCATTTTGTCACTCATCTGTGATATTTTGTGTTTCTCTGTGGTTCATGTTTTTGTATTAAATTAATATTTAGTATCTTTAATGTTTGTTTGTCAGTGGTTTTTATAGTATAATGTGTCAGGCTTCAAGTGAACGCATCTCAGTCTGTTCAGGCCCCATGTTCAAAGCAACTTACAGACAGTGCTTCTGCAAAATAAAGAAATACAGGAAATAATCCAAGCAGTAGTATCATATAGAATAAATACAACAGAAAGTTCACATTAGCTTTCTTAAAGATTTAAACCATTTTCAGAGCTGAAAACGTTTAATTAACCTTTAAATATCTCATATATATATTATATATATATGTTTAACTTGTGTAGCGTCTTGAACGTTTTTCGGTCTATTTTAAGCTCTTGAGGTTGAACACGGTGTCGGTGATGATTTCTCCTGAGCAGCACTTGAACGCCTCCTCTCCTCTGATTGGCCATCCTCCCTTCCGCTGCTCACTTCCCCTCTCTGATTGGCCGCCTCGTGTGCCAGTTAACACATTTTCCCGCCTCTGACACGAGCGGGCGGGGCCGGTGTTTGTGTCCGGGTGACGTCAGTAGTGGACTGTCCAAACCATGATGGCGGCGGCAGCAGCAGCGGAGCGGGGCGGTGGTCCCGGTTCTTCTCCTCCCGGCTCCTCCCGGCCTGCGGCGGCGGATTATTCGGTGTTGGTGGTAGTGGGCTCGCTGCGGCCCGCCGGCCTGTTGGAGCGGCTGCTGCGGCAGATAGACTCAGGTGTGCGGTGTTGGCCTGTGGATCTGGATGTTTCGGTTCTGGATCAGCAGCTGAAACTCTTCGTGTCGAGACACTCGGCCTTCCTGTCGGAGGACGTCCCAGGTCAGCGGACTCTGCAGCACAGCGGAGACCTTCTGGACACTCAGGTCGTGGTGAATCCAGCTCACGACTTCGTCTGCTCGGAGGTTCGGCGGCTGGTCTGTGATTCGTCCCGACACAAACTGTTGGTTCTGGCCGGTCAGTGTTTCGAAGACACCGGAGACATCGTGCTGCAGAAAGGCTGCTTCTCCCTCAAAAACTTCATCCACATATTTGCCGATGAAGAGGTTGGAGAGTTGTTGAGCTCTGCAGACCCGGCAGTGAAGGCCAGCCTCACCCTCAGCTGTCCAAACTATGGTCTTTGGAAAGACTCTGTGTTGGAGAAACATAACTTGCAGGACTTCATAAACATCCAGATCAACCCTCCGCTGGTTCTTCCAGAAATGGAGGGTCTACAGGAGTTCACGGAGTACCTGTCCGAGTCGTTGGAGCCTGAGTCACCCTTTGACCTTCTGGAGCCCCCAAGCACCGTTGGATTCCTAAAACTCTCGCGTCCCTGCTGCTACATCTTCCCCGGTGGGAGGGGGGACTCTGCCTTCTTTGCTGTTAACGGTTTTAACGTCCTGGTGAACGGAGGCTCCGATCCCCGCTCCTGCTTCTGGAAACTTGTTCGACACCTGGACAGAATCGACTCGGTGCTCCTGACTCACATCGGTGTGGACAGTCTCCCCGGGCTGAACAGTCTCCTGCAGAGGAAAGTAGCTGAGCAGGAGGAAGAGTCTGCTGGATCTCAGACTGAAGAGGACTGGATGAAAAACCTCATCTCCCCTGAGATCGGGGTGGTCTTCCTCAATGCTCCCGACAGATTGAAGTCCATACAGGGAGATCCCAGCGAGCTGCGGAGTTGTGACCAGGTGGCACTCACTCTGCAGCACCTACAAAGACTGGCAATCAAACCTGAACCTCTCAGCCGGTCCAACGTACCCAGTATAGAACCAGTTATCTTGTTTCAAAAGATGGGAGTTGGCCGTCTCGAGCTGTACACACTGAATCCAGTCAGTGGCAGCAAAAACCTTGAAGCTTTAATGCAGATTTGGCCAAACAATGAATCAAATGTAAAAGGCTCAGAACTTCCACTACCATGCCTTGTTTCCATTTGTGCTTTGCTGGTCTGGCATCCTTCCAGCCCCCAGGAGAAGATCATCCGTGTCCTTTTTCCAGGGTGCACACCGCAGACCAAAATTCTGGATGGACTTGAGAAACTCAAACATCTAGATTTCCTCAAACATCCGGTTTTGTGTTTGAAGGACCTAGAAACATCCAAAACTGAGAAACAACCAAAACGAGCAGAGAGTCGGGAAAGCCTTAAGTCCCAGTCTAAAGACTTCAGACCCAGTAGTGCCTTGCAGAAAGACAAGCTTGGACGAGTAGATGTCAAAAAACAGGAGGTGAAAATGAAGCCAAAGGCAGCAGGTGACACTACACCTAAAGAGAAGAAGGATGGGGAAGAAAAGCCCAAAGTAAAGGATGCAGACGCTAAATCAAAGCCACCGAAACCTGTTGAAAAGCTTGTTCCAAAGAAAGATGTGTCAAAAGAAGAGAAAAAGGAAGTAAAAAAGAAGGACGAGAAGGCCCCTGCTGCAGTTGCAAAGAAAGAAGAGAGTGGAGAGAAGAAGAAAGAAGCGGTAAAGAAGGAAACTCTAAGTACAAAACCAAAGAAAGACATCAAACCTGAACCAAAAAAAGACAGCAAGAAAGATGTAAAAACAGAGGAGAAGAAAACAGCAAAACCAGCTGTTAAAGAAGTGAAGAAAGCAACAAGTGCAGCATCAACAACAAGTACAGAACTAAAAAAAGCTTTGGGCAAGAGCGGGACTTTAAAGAAAGATGGTACTCTCCCAAAGAAAGACACTTCGAATAAAGGAACAAAAGGTAAGCCAGGTTCAAAGGATCAGGAAAACCAAAAGGAGGCAGATCGCTCCAAGGTGTCAACACCTGAAGACATGACGGCTGAATTTGAAAGACTTCGATTAGAAGATGACAATGGGAACAGCGGTCAAACCTCGAAGGTCACTGCCGTCATGAATTCTAATGGAGCAAAGGCCAATGGGAACCAGACCCCGACAGTCGAGAGTCCAGAGACGTTTCGCTGTATGGAGACAGACCAGGACATGCTCACCACCTCCTCACCTCTTGCCAAGACTCCGCAAGGTGATCTCAGTGTTAACTTTGATCTCACTCTGACTGCATACCAGCTGTTCGGGGGCGCCGTGAAAAACGGAACAGATGACATCTGCGTGAGCTTAGAGGAAAAAACTCTGGAGCTGGTCTCTCCTGCAGATTCTGCCTCAAACTGTGAAGGACATTCCCCTTTCTATCAGTCCCCTGAAGACGACATTCAGGGTTTAGTTGAGGACCGCAGGACCGGGGCAAGAGGATCCAGTCTGGGCTTCGAGGATTACAACCAGGGAGGTTCTTGTAGGACCTCTGATGTGAGCTCCCTGAGGGAAGGTCTGGAAAACTCCACATCCTCTCAGGACAAACAGTCCAGTCTTTTGATGCTCAGTCCTTTCAAAGACATTATGCCAGACTCCTCCCCCACCATGACCTCCATGCCGGCTGAAGTCGGCTCTCCTCACTCTACAGAAGTTGACGAATCCCTGTCTTTTTCTTTAGAGCAAATACTGCCACCCACTGCAGTGTCACCCAAAGGACCCATGGGAGACAGAGTCTACTCTAACGGACATGTGAGTGACTCGGACTCCAACACAGGGACGGCCTTACTTCTGAAATCAAACCATAATAGCCATTGTGGAAATGGATCGGAGGAACACATCCATGGGATGTCGGAACTCATCTCAGATGTTCCACATGATGTTGATCTCTGCTTGGTGTCGCCTTGTGAGTTCCAGCACCCCAAGACTCCAGAGAACCATCATCAGCAGCATGTTAGCTCTGGCCTCGCCACCGGTAACTCGCCAGACCTCTCCGACAACAACAACCACTCACAGGATCAAAGCAGCAGCGACTGCCCTTCAGCCTACAGCCAGGAAACTCCACCCTCCTCAGTTAGCGACTCCCTCCCGACAGCCACGGACTCTGACGTCCCCCCCAGTACAGAGGAATGTCCTTCTATCACAGCAGATATCGACTCTGATGATTCCAGTAGCCTTTTCCCGCCCAGTCATCCACAAGATCGTCCCAGTCAACACTACTCCCACATGGGAGGGCAGCTTTCCTCCCATGACCCGCCACCAGCCCCGGTCAAGGATTTGCCCCCGTTACCACCCCAGCCTGGAGCCTGCATGGCCGACACAGAGGCTGACGGTTCAAGCAAGAACCCGAAGAGTTCAGCTGCCAAGACCAAGAAACCGACAGGTACGACGCAGAAGGTGACCTCTGGAAGTACCGCAGCCCAGAACGTTAAGTCCAAAGCCGGCAGCTCCATGGGGTCACTAAAGATGGCCTCCAGCCTCGACACAAAGCCATCATCCCGAAATTCACTTGGAGGCTCCAGAATTGGAACTGCAAAGCCGTCATCCTCAGCTTCCAAAGCTGGAGCTTCCGAGGGTTCTGCGGTCTACGTGGACCTGGCCTACCTGCCGTCCGGCGGCGCCTCCTCCACCGTGGACCTGGAGTTTTTCAGACGTCTTCGCTCCTCGCATTACATCATCAGCGGAGACGATCCTGTGAAGGAGGTGGCGATGAGGAGCATCCTGGACGCTCTGCTGGAGGGGAAGAGCAGCTGGCCGGAGGTTCAGGTGACTCTGATCCCAACGTTTGATTCGCTGGCGATGCACGAGTGGTATCAGGAGACCCACGACAGGCAGAGGGAGCTGTCAATCACTGTGCTGGGCAGCAACAGCACCGTAGCCATGCAGGAAGAGACCTTCCAGGCCTGCAAGGTCGAGTTCTGATCCCCGAGCCTCGCCCGCTGAAAGCCCCGCCCACCTGACCTCTGCGCAGGTGGACGAGGAAACAAAGGAGACAGAGAGTAGACTTTTGTTGTTGCCACGGTTACATCCAGACCAGACCAGTGAAAGGTCTTGTTTATTCAGGTTTCCTTAAAAATCTGTCAGCTGAACCTGAAAGCCCCGCCCCCTTCAGTTGAGTCTGAGCATGCTCAGTTACTCCACGCACAGCTGTCACTGTGAGTCTGAAGGCTGATGAGACAGGAAGTCCAGTTTAAGGTTAAAGTGACATTATGTGAACGAGATGCTGATCTCTTAAATACGGTTTCCTTTACACATCCTGCACCTGTGTGACATCACTGCCCGGTCACCACCTGTCGCCTCCTCTCTGCTGGATCAGGACCTTCAGCTCACCTGCTAACAAACAGTAGCACATTAGCAGGAGGCTAGATATTAACACTAATGTCCCAATTTGATTCAATTTCAGTTCAAGAAGTAGATTTGATTCTTGAAGGCAGGGTCCCCGCGGTTCCTTAAAACGTCTCAAAACGTCTTAAATTCTAATCTGGAGCAGTGGTAACCACGGATTCAAGCGCTGCGCTAGCCCACCGAGTCGTACGCTGCAGCTGGCGGTTTGGCCGTAACGTTACGTACTAGAGATGATTTGTCTACTGCGAATGTGTCCGCTCTGCAGCGGTGGAGCGTAACGAAGGACATTTACTCAAGTATTGTACTTACTTTACAAATTCAGGGTACTTTGCTGCCGCTTTCTGCTTTCTACTCCGCTACATCAGAGGCAAATATTGTGCTTTTTACTGCACTACATTAGACGGCTTTAGTTACAGTTTTCATCCCCTTCCTGTCCAGTGGAAACCTCGTATCTCCAGGTG。
以上所述鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记的扩增引物，引物序列为：
上游引物为SEQ ID NO:2，5’-CTCTGTGGGCAGAAAGCAGA-3’；
下游引物为SEQ ID NO:3，5’-GGCTTCCTGTCCGTCAAAGA-3’。
以上所述引物在制备检测鳜鱼生长性状分子标记的试剂盒中的应用。
以上所述试剂盒在鳜鱼体重、体长和全长性状选育中的应用。
采用所述试剂盒选育的方法包括以下步骤：
(1)本实验所用鱼取自中国水产科学研究院淡水渔业研究中心实验基地，选取鳜鱼群体，取出膜后养殖3个月左右的鳜鱼，用游标卡尺和电子天平测其体长、全长、头长、尾柄长、全长、尾柄高、体宽、吻长、眼径、眼间距和体重，剪取鱼体尾鳍置于95％乙醇中，-20℃保存。
(2)采用试剂盒提取尾鳍DNA；具体步骤如下：
a、取15mg尾鳍，加入400μL ACL Solution，剪碎，再加10μL的ProteinaseK，震荡混匀1分钟，置于55℃裂解约2h，至裂解液澄清；
b、然后依次加入300μL Ext solution和300μL AB solution，用力摇匀，在12,000rpm离心5分钟；
c、将枪头穿过上层溶液深入到下层溶液中，将溶液仔细吸出到Gen Clean Column中，尽量避免吸到上层溶液及中间层的层淀；
d、8000rpm离心1分钟，取下Gen Clean Column，倒掉收集管中废液；
e、将Gen Clean Column放回收集管中，加入500μL Wash Solution，8,000rpm室温离心1分钟；
f、重复步骤e一次；
g、取下Gen Clean柱，弃去收集管中的废液。将柱放回收集管中，12,000rpm室温离心1分钟，以除去残留Wash Solution；
h、将柱放入新的洁净1.5m L离心管中，在柱中央加入60μL Elution Buffer，室温放置2分钟，然后12,000rpm室温离心1分钟，离心管中的液体即为所提取的DNA，-20℃保存，1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA样品，紫外分光光度计检测浓度及纯度。
(3)采用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的引物扩增步骤(2)提取的DNA，获取扩增产物；
PCR反应体系为50μL：2×Taq Master Max 25μL，上下游引物各2μL，DNA模板1μL，灭菌水20μL；PCR反应共计35个循环，循环前95℃预变性5min，每个循环包括94℃变性30s，60℃退火28s，72℃延伸30s；循环结束后于72℃延伸5min；扩增产物用2％的琼脂糖凝胶进行电泳检测，检测合格后的PCR产物于-20℃保存用于后续的测序反应。
(4)对步骤(3)获得的扩增产物进行测序，选取SEQ ID NO:1中第131位碱基为纯合GG和第150位碱基为纯合AA的个体。具体为：对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP的基因型基于Hiseq2000高通量测序平台，对上述的鳜鱼159尾个体的PCR扩增产物于ABI3730测序仪上进行双向测序，基于测序结果，将鳜鱼SNP位点基因分型。
(5)SNP位点基因型与鳜鱼生长性状的相关性分析
基于表1的结果，采用SPSS18.0的一般线性模型中的多元方差分析和独立样本T检验检验各SNPs位点的基因型和各位点的等位基因与数量性状的相关分析，对于表达显著的SNPs位点，采用Ducan法进行多重比较分析。分析结果见表1。
表1鳜鱼SNP位点与表型性状的相关关系
Figure BDA0003145438590000071
Figure BDA0003145438590000081
由表1可知，在位点SNP1处，基因型为纯合GG时，鳜鱼的体重、体长和体高都显著高于基因型为AA和GA的个体(P<0.01)；在位点SNP2处纯合AA基因型的鳜鱼在体重、体长、体高都显著高于CC基因型个体(P<0.01)；进而证明SEQ ID NO:1所示核普酸序列(全长5935bp)第131位碱基G或A，和第150位碱基A或C，都与鳜鱼生长速度显著相关，为鳜鱼生长相关SNP标记，本发明的两个标记可用于鳜鱼生长相关性状选育。
序列表
<110> 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
<120> 鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记、引物及应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 5935
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
agcagacctg cagtttgttc cagacatgtg gagcataaaa cctgaacgct gcgtctccag 60
gtttagtttt gactctgtgg gcagaaagca gacctgatcc cagaccacct gagaggtctg 120
gatggttcat ggcgtagcag gagatcagaa atgtattttg gccctgaacc atccagtgat 180
ttataaacca actgcagcat tttaaaatca gctctttgac ggacaggaag ccggtgtaaa 240
gacctcagaa ctggactgat gagatccact ttcttggtct cagtgaggac gcgagcagca 300
gcgctctgga tgtaatttat ttatttcagt ttcattttgt cactcatctg tgatattttg 360
tgtttctctg tggttcatgt ttttgtatta aattaatatt tagtatcttt aatgtttgtt 420
tgtcagtggt ttttatagta taatgtgtca ggcttcaagt gaacgcatct cagtctgttc 480
aggccccatg ttcaaagcaa cttacagaca gtgcttctgc aaaataaaga aatacaggaa 540
ataatccaag cagtagtatc atatagaata aatacaacag aaagttcaca ttagctttct 600
taaagattta aaccattttc agagctgaaa acgtttaatt aacctttaaa tatctcatat 660
atatattata tatatatgtt taacttgtgt agcgtcttga acgtttttcg gtctatttta 720
agctcttgag gttgaacacg gtgtcggtga tgatttctcc tgagcagcac ttgaacgcct 780
cctctcctct gattggccat cctcccttcc gctgctcact tcccctctct gattggccgc 840
ctcgtgtgcc agttaacaca ttttcccgcc tctgacacga gcgggcgggg ccggtgtttg 900
tgtccgggtg acgtcagtag tggactgtcc aaaccatgat ggcggcggca gcagcagcgg 960
agcggggcgg tggtcccggt tcttctcctc ccggctcctc ccggcctgcg gcggcggatt 1020
attcggtgtt ggtggtagtg ggctcgctgc ggcccgccgg cctgttggag cggctgctgc 1080
ggcagataga ctcaggtgtg cggtgttggc ctgtggatct ggatgtttcg gttctggatc 1140
agcagctgaa actcttcgtg tcgagacact cggccttcct gtcggaggac gtcccaggtc 1200
agcggactct gcagcacagc ggagaccttc tggacactca ggtcgtggtg aatccagctc 1260
acgacttcgt ctgctcggag gttcggcggc tggtctgtga ttcgtcccga cacaaactgt 1320
tggttctggc cggtcagtgt ttcgaagaca ccggagacat cgtgctgcag aaaggctgct 1380
tctccctcaa aaacttcatc cacatatttg ccgatgaaga ggttggagag ttgttgagct 1440
ctgcagaccc ggcagtgaag gccagcctca ccctcagctg tccaaactat ggtctttgga 1500
aagactctgt gttggagaaa cataacttgc aggacttcat aaacatccag atcaaccctc 1560
cgctggttct tccagaaatg gagggtctac aggagttcac ggagtacctg tccgagtcgt 1620
tggagcctga gtcacccttt gaccttctgg agcccccaag caccgttgga ttcctaaaac 1680
tctcgcgtcc ctgctgctac atcttccccg gtgggagggg ggactctgcc ttctttgctg 1740
ttaacggttt taacgtcctg gtgaacggag gctccgatcc ccgctcctgc ttctggaaac 1800
ttgttcgaca cctggacaga atcgactcgg tgctcctgac tcacatcggt gtggacagtc 1860
tccccgggct gaacagtctc ctgcagagga aagtagctga gcaggaggaa gagtctgctg 1920
gatctcagac tgaagaggac tggatgaaaa acctcatctc ccctgagatc ggggtggtct 1980
tcctcaatgc tcccgacaga ttgaagtcca tacagggaga tcccagcgag ctgcggagtt 2040
gtgaccaggt ggcactcact ctgcagcacc tacaaagact ggcaatcaaa cctgaacctc 2100
tcagccggtc caacgtaccc agtatagaac cagttatctt gtttcaaaag atgggagttg 2160
gccgtctcga gctgtacaca ctgaatccag tcagtggcag caaaaacctt gaagctttaa 2220
tgcagatttg gccaaacaat gaatcaaatg taaaaggctc agaacttcca ctaccatgcc 2280
ttgtttccat ttgtgctttg ctggtctggc atccttccag cccccaggag aagatcatcc 2340
gtgtcctttt tccagggtgc acaccgcaga ccaaaattct ggatggactt gagaaactca 2400
aacatctaga tttcctcaaa catccggttt tgtgtttgaa ggacctagaa acatccaaaa 2460
ctgagaaaca accaaaacga gcagagagtc gggaaagcct taagtcccag tctaaagact 2520
tcagacccag tagtgccttg cagaaagaca agcttggacg agtagatgtc aaaaaacagg 2580
aggtgaaaat gaagccaaag gcagcaggtg acactacacc taaagagaag aaggatgggg 2640
aagaaaagcc caaagtaaag gatgcagacg ctaaatcaaa gccaccgaaa cctgttgaaa 2700
agcttgttcc aaagaaagat gtgtcaaaag aagagaaaaa ggaagtaaaa aagaaggacg 2760
agaaggcccc tgctgcagtt gcaaagaaag aagagagtgg agagaagaag aaagaagcgg 2820
taaagaagga aactctaagt acaaaaccaa agaaagacat caaacctgaa ccaaaaaaag 2880
acagcaagaa agatgtaaaa acagaggaga agaaaacagc aaaaccagct gttaaagaag 2940
tgaagaaagc aacaagtgca gcatcaacaa caagtacaga actaaaaaaa gctttgggca 3000
agagcgggac tttaaagaaa gatggtactc tcccaaagaa agacacttcg aataaaggaa 3060
caaaaggtaa gccaggttca aaggatcagg aaaaccaaaa ggaggcagat cgctccaagg 3120
tgtcaacacc tgaagacatg acggctgaat ttgaaagact tcgattagaa gatgacaatg 3180
ggaacagcgg tcaaacctcg aaggtcactg ccgtcatgaa ttctaatgga gcaaaggcca 3240
atgggaacca gaccccgaca gtcgagagtc cagagacgtt tcgctgtatg gagacagacc 3300
aggacatgct caccacctcc tcacctcttg ccaagactcc gcaaggtgat ctcagtgtta 3360
actttgatct cactctgact gcataccagc tgttcggggg cgccgtgaaa aacggaacag 3420
atgacatctg cgtgagctta gaggaaaaaa ctctggagct ggtctctcct gcagattctg 3480
cctcaaactg tgaaggacat tcccctttct atcagtcccc tgaagacgac attcagggtt 3540
tagttgagga ccgcaggacc ggggcaagag gatccagtct gggcttcgag gattacaacc 3600
agggaggttc ttgtaggacc tctgatgtga gctccctgag ggaaggtctg gaaaactcca 3660
catcctctca ggacaaacag tccagtcttt tgatgctcag tcctttcaaa gacattatgc 3720
cagactcctc ccccaccatg acctccatgc cggctgaagt cggctctcct cactctacag 3780
aagttgacga atccctgtct ttttctttag agcaaatact gccacccact gcagtgtcac 3840
ccaaaggacc catgggagac agagtctact ctaacggaca tgtgagtgac tcggactcca 3900
acacagggac ggccttactt ctgaaatcaa accataatag ccattgtgga aatggatcgg 3960
aggaacacat ccatgggatg tcggaactca tctcagatgt tccacatgat gttgatctct 4020
gcttggtgtc gccttgtgag ttccagcacc ccaagactcc agagaaccat catcagcagc 4080
atgttagctc tggcctcgcc accggtaact cgccagacct ctccgacaac aacaaccact 4140
cacaggatca aagcagcagc gactgccctt cagcctacag ccaggaaact ccaccctcct 4200
cagttagcga ctccctcccg acagccacgg actctgacgt cccccccagt acagaggaat 4260
gtccttctat cacagcagat atcgactctg atgattccag tagccttttc ccgcccagtc 4320
atccacaaga tcgtcccagt caacactact cccacatggg agggcagctt tcctcccatg 4380
acccgccacc agccccggtc aaggatttgc ccccgttacc accccagcct ggagcctgca 4440
tggccgacac agaggctgac ggttcaagca agaacccgaa gagttcagct gccaagacca 4500
agaaaccgac aggtacgacg cagaaggtga cctctggaag taccgcagcc cagaacgtta 4560
agtccaaagc cggcagctcc atggggtcac taaagatggc ctccagcctc gacacaaagc 4620
catcatcccg aaattcactt ggaggctcca gaattggaac tgcaaagccg tcatcctcag 4680
cttccaaagc tggagcttcc gagggttctg cggtctacgt ggacctggcc tacctgccgt 4740
ccggcggcgc ctcctccacc gtggacctgg agtttttcag acgtcttcgc tcctcgcatt 4800
acatcatcag cggagacgat cctgtgaagg aggtggcgat gaggagcatc ctggacgctc 4860
tgctggaggg gaagagcagc tggccggagg ttcaggtgac tctgatccca acgtttgatt 4920
cgctggcgat gcacgagtgg tatcaggaga cccacgacag gcagagggag ctgtcaatca 4980
ctgtgctggg cagcaacagc accgtagcca tgcaggaaga gaccttccag gcctgcaagg 5040
tcgagttctg atccccgagc ctcgcccgct gaaagccccg cccacctgac ctctgcgcag 5100
gtggacgagg aaacaaagga gacagagagt agacttttgt tgttgccacg gttacatcca 5160
gaccagacca gtgaaaggtc ttgtttattc aggtttcctt aaaaatctgt cagctgaacc 5220
tgaaagcccc gcccccttca gttgagtctg agcatgctca gttactccac gcacagctgt 5280
cactgtgagt ctgaaggctg atgagacagg aagtccagtt taaggttaaa gtgacattat 5340
gtgaacgaga tgctgatctc ttaaatacgg tttcctttac acatcctgca cctgtgtgac 5400
atcactgccc ggtcaccacc tgtcgcctcc tctctgctgg atcaggacct tcagctcacc 5460
tgctaacaaa cagtagcaca ttagcaggag gctagatatt aacactaatg tcccaatttg 5520
attcaatttc agttcaagaa gtagatttga ttcttgaagg cagggtcccc gcggttcctt 5580
aaaacgtctc aaaacgtctt aaattctaat ctggagcagt ggtaaccacg gattcaagcg 5640
ctgcgctagc ccaccgagtc gtacgctgca gctggcggtt tggccgtaac gttacgtact 5700
agagatgatt tgtctactgc gaatgtgtcc gctctgcagc ggtggagcgt aacgaaggac 5760
atttactcaa gtattgtact tactttacaa attcagggta ctttgctgcc gctttctgct 5820
ttctactccg ctacatcaga ggcaaatatt gtgcttttta ctgcactaca ttagacggct 5880
ttagttacag ttttcatccc cttcctgtcc agtggaaacc tcgtatctcc aggtg 5935
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ctctgtgggc agaaagcaga 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ggcttcctgt ccgtcaaaga 20

Claims (4)

1.鳜鱼生长性状相关的SNP分子标记的扩增引物，其特征在于，引物序列为：
上游引物为SEQ ID NO:2，5’-CTCTGTGGGCAGAAAGCAGA-3’；
下游引物为SEQ ID NO:3，5’-GGCTTCCTGTCCGTCAAAGA-3’；
所述SNP分子标记是位于序列SEQ ID NO:1自5’端起第131位的SNPg.131 G>A和150位的SNPg.150 A>C；
所述生长性状为鳜鱼的体重、体长和全长；
其中，SNPg.131 G>A位点的GG基因型个体的体重、体长和全长性状高于AA基因型个体；SNPg.150 A>C位点的AA基因型个体的体重、体长和全长性状高于CC基因型个体。
2.权利要求1所述引物在制备检测鳜鱼生长性状分子标记的试剂盒中的应用。
3.权利要求2所述试剂盒在鳜鱼体重、体长和全长性状选育中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，选育的方法包括以下步骤：
（1）选取鳜鱼群体，取出膜后养殖3个月的鳜鱼，测其体长、全长、头长、尾柄长、尾柄高、体宽、吻长、眼径、眼间距和体重，剪取鱼体尾鳍置于95％乙醇中，-20℃保存；
（2）采用试剂盒提取尾鳍DNA；
（3）采用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3的引物扩增步骤（2）提取的DNA，获取扩增产物；
（4）对步骤（3）获得的扩增产物进行测序，选取SEQ ID NO:1中第131位碱基为纯合GG和第150位碱基为纯合AA的个体。
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Assignee: Jiangsu Zhongshui Dongze Agricultural Development Co.,Ltd.

Assignor: FRESHWATER FISHERIES RESEARCH CENTER,CAFS

Contract record no.: X2024980007141

Denomination of invention: SNP Molecular Markers, Primers and Application Related to Growth Traits of Siniperca chuatsi

Granted publication date: 20230221

License type: Common License

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