CN117321206A - Il-34反义剂及其使用方法 - Google Patents
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Abstract
本文公开了与IL‑34互补的多核苷酸,包括IL‑34反义寡核苷酸和IL‑34siRNA,以及用于治疗与IL‑34活性或表达增加相关的炎性疾病,如炎性肠病和/或纤维化的方法。还公开了含有与IL‑34互补的多核苷酸例如IL‑34反义寡核苷酸或IL‑34siRNA的药物组合物,可用于治疗炎性疾病和/或纤维化,以及制备用于治疗炎性疾病和/或纤维化的含有所公开的多核苷酸的药物。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2021年5月17日提交的美国临时申请第63/201,887号的权益和优先权,出于所有目的,特此将该申请的公开内容通过引用以其整体并入。
背景
白细胞介素-34(IL-34)是最近发现的与巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF,也称为MCSF1和MCSF-1)功能重叠的细胞因子,巨噬细胞集落刺激因子是类风湿性关节炎等骨退行性疾病中炎症和破骨细胞生成的介质。炎性疾病,无论是急性还是慢性,是一个仍未被完全了解的重要的疾病类别。
例如,类风湿性关节炎(RA)是一种关节和骨骼的慢性自身免疫和炎性紊乱,在美国有大约130万患者。在患有RA的人群中,与RA相关的劳动能力丧失普遍率在美国为约35%,总体医疗费用超过193亿美元。骨关节炎(OA)是关节的一种慢性炎性疾病,包括机械磨损和覆盖在关节骨上的光滑软骨关节表面的破坏。OA是最常见的关节炎形式,在美国有3250万成年人受到影响,总体医疗费用超过1360亿美元。目前还没有治愈RA或OA的药物。
炎性肠病是一种胃肠道慢性炎性紊乱,在美国大约有140万患者患有该病。它是美国五种最常见的胃肠道疾病负担之一,总体医疗费用超过17亿美元。在美国,每年炎性肠病有超过700,000例门诊,100,000例住院治疗,并且119,000名患者失能。目前还没有治愈的药物,因此疾病管理需要终生护理。
两种最常见的炎性肠病形式是克罗恩病和溃疡性结肠炎。虽然克罗恩病可以影响整个胃肠道,但它主要影响回肠(小肠的远端或下部)和大肠。溃疡性结肠炎主要影响结肠和直肠。炎性肠病的病因尚不完全清楚,尽管环境和遗传因素二者都被认为在该疾病中发挥作用。环境组成部分可能包括肠道菌群改变,肠道菌群受暴露于摄入的食物和药物的影响。
炎性肠病伴随腹痛、呕吐、腹泻、直肠出血、严重痛性痉挛(severe cramp)、肌肉痉挛、体重减轻、营养不良、发热和贫血。患有炎性肠病患者也可能患有皮肤病变、关节痛、眼部炎症和肝紊乱,并且患有溃疡性结肠炎的儿童可能患有发育缺陷。虽然很少致命,但这些症状会降低患者的生活质量。
因此,迫切需要开发治疗炎性紊乱如类风湿性关节炎、骨关节炎或炎性肠病的可靠方法。还需要鉴定为遍及广泛患者的症状提供有效和长期的缓解并且不伴随负面副作用或炎症和缓解循环(cycles of inflammation and remission)的治疗方法。
概述
本申请提供了与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的组合物,以及使用该组合物的方法。
在某些实施方案中,本文公开了多核苷酸,其包含根据以下的核苷酸序列:(a)5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3)或(b)5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ IDNO:5),其中所述核苷酸序列中的至少一个胞苷是化学修饰的,并且至少一个核苷是2’-O-(2-甲氧基乙基)(2’-MOE)核苷;或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,多核苷酸中不超过10个核苷酸是化学修饰的。在一些实施方案中,多核苷酸包含六个2’-MOE核苷。在一些实施方案中,多核苷酸包含八个2’-MOE核苷。在一些实施方案中,多核苷酸包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:(a)5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;(b)5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;(c)5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及(d)5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ IDNO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,多核苷酸与IL-34互补。在一些实施方案中,多核苷酸是IL-34反义寡核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸是IL-34siRNA。在一些实施方案中,所述多核苷酸中的至少一个核苷间连键(linkage)选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键和氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组。在一些实施方案中,多核苷酸中的至少一个核苷间连键是硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,多核苷酸中的所有核苷间连键都是硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,多核苷酸的长度为20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸的长度为20个核苷酸,或者长度为20-25个、20-30个、20-35个、25-30个、25-35个或30-35个核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸的长度不超过20个、25个或30个核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸的长度是20至25个核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸的长度为20个核苷酸。
在某些实施方案中,本文公开了药物组合物,包含(a)本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,和(b)药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中,药物组合物适用于局部(topical)、肠胃外、口服、肺部、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。
在某些实施方案中,本文公开了治疗有相应需要的患者的炎性疾病的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,炎性疾病与IL-34表达的改变有关。在一些实施方案中,该方法抑制患者细胞中炎性细胞因子的产生。在一些实施方案中,该方法减少或抑制患者细胞中IL-34介导的炎症反应。在一些实施方案中,该方法减少或抑制患者细胞中IL-34介导的巨噬细胞集落刺激因子受体(M-CSFR-1)信号传导。在一些实施方案中,细胞是肠细胞。在一些实施方案中,细胞是肠基质细胞。在一些实施方案中,细胞形成肠纤维化狭窄(intestinal fibrostricture)的一部分。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了预防或治疗与有相应需要的患者中IL-34表达的改变相关的癌症的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,癌症具有增加的IL-34表达。在一些实施方案中,癌症是结肠癌。
在某些实施方案中,本文公开了减少或消除患有炎性疾病的患者中纤维化狭窄的方法,该方法包括施用有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,纤维化狭窄位于肠内。在一些实施方案中,炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病、干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。在一些实施方案中,炎性疾病是炎性肠病。在一些实施方案中,炎性肠病选自由克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、显微镜结肠炎、溃疡性直肠炎、乙状直肠结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。在一些实施方案中,炎性肠病是炎性克罗恩病。在一些实施方案中,炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了用于预防或治疗纤维化的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用治疗有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,纤维化是肠纤维化。在一些实施方案中,纤维化是肺纤维化。在一些实施方案中,纤维化是滑膜纤维化。在一些实施方案中,纤维化选自由肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化和肾源性系统性纤维化组成的组。在一些实施方案中,患者还患有克罗恩病。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了预防或治疗肠纤维化的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用药学有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,患者还患有克罗恩病。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了预防或治疗肺纤维化的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用药学有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,患者还患有克罗恩病。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了预防或治疗滑膜纤维化的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用药学有效量的本文公开的多核苷酸,或其药学上可接受的盐,或本文公开的药物组合物。在一些实施方案中,多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。在一些实施方案中,多核苷酸通过口服施用。在一些实施方案中,患者是人类。
在某些实施方案中,本文公开了本文公开的多核苷酸或其药学上可接受的盐在制造用于治疗炎性疾病的药物中的用途。在一些实施方案中,炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病、干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。在一些实施方案中,炎性疾病是类风湿性关节炎或骨关节炎。在一些实施方案中,炎性疾病是炎性肠病。在一些实施方案中,炎性肠病选自由克罗恩病、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、显微镜结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。在一些实施方案中,炎性肠病是炎性克罗恩病。在一些实施方案中,炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。
在某些实施方案中,本文公开了本文公开的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用作药物。
在某些实施方案中,本文公开了本文公开的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗炎性疾病。在一些实施方案中,炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病、或干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。在一些实施方案中,炎性疾病是炎性肠病。在一些实施方案中,炎性肠病选自由克罗恩病、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。在一些实施方案中,炎性肠病是炎性克罗恩病。在一些实施方案中,炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。
在某些实施方案中,本文公开了本文公开的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗纤维化。在一些实施方案中,纤维化是肠纤维化。在一些实施方案中,纤维化是肺纤维化。在一些实施方案中,纤维化是滑膜纤维化。在一些实施方案中,纤维化选自由以下组成的组:肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化和肾源性系统性纤维化。
附图简述
图1显示了IL-34ASO对培养的HT-29细胞中IL-34表达的调节的结果。通过实时PCR评估IL-34RNA转录物。将水平对β-肌动蛋白归一化。(CTR=加扰ASO,1=SEQ ID NO:17,2=SEQ ID NO:19,3=SEQ ID NO:42,4=SEQ ID NO:43)。数值为四个实验的平均值±SEM。使用单因素方差分析和Dunnett事后检验比较组间差异。IL-34ASO vs CTR,***P<0.001。
图2显示了IL-34ASO对培养的AGS细胞中IL-34表达的调节的结果。通过实时PCR评估IL-34RNA转录物。将水平对β-肌动蛋白归一化。(CTR=加扰ASO,1=SEQ ID NO:17,2=SEQ ID NO:19,3=SEQ ID NO:42,4=SEQ ID NO:43)。数值为四个实验的平均值±SEM。使用单因素方差分析和Dunnett事后检验比较组间差异。IL-34ASO vs CTR,***P<0.001。
图3显示了IL-34ASO对UC患者来源的LPMC中IL-34表达的调节的结果。通过实时PCR评估IL-34RNA转录物。将水平对β-肌动蛋白归一化。(CTR=加扰ASO,1=SEQ ID NO:17,2=SEQ ID NO:19,3=SEQ ID NO:42,4=SEQ ID NO:43)。数值为四个实验的平均值±SEM。使用单因素方差分析和Dunnett事后检验比较组间差异。IL-34ASO vs CTR,***P<0.001。
详述
本文特别公开了与IL-34核酸互补并包含一个或更多个化学修饰的核苷的多核苷酸或其一部分(例如,IL-34反义寡核苷酸),包含所述寡核苷酸的组合物以及使用所述组合物治疗、减少或抑制疾病或紊乱例如自身免疫性或炎性疾病(例如,类风湿性关节炎(RA)、骨关节炎(OA)、克罗恩病或溃疡性结肠炎)或纤维化的方法。
定义
如本文所用,“寡核苷酸”或“多核苷酸”可互换使用,并且指短DNA或RNA分子。在一些实施方案中,寡核苷酸包含2’-脱氧核糖核苷酸(寡脱氧核糖核苷酸),其可以在磷酸主链或2’糖位置被修饰。在一些实施方案中,本公开内容的寡核苷酸具有一种或更多种硫代磷酸酯(PS)主链修饰,其中磷酸酯主链中的一个或更多个非桥接氧原子被硫原子替换。在一些实施方案中,“硫代磷酸酯寡核苷酸”或“PS寡核苷酸”具有至少一个为O,O-连接的硫代磷酸酯连键(即硫代磷酸酯连键)的核苷间连键。在一些实施方案中,PS寡核苷酸具有的所有核苷间连键都是O,O-连接的硫代磷酸酯连键(即硫代磷酸酯连键)。
如本文所用,“反义治疗剂”是一类可以用来抑制基因表达的基于核酸的化合物。反义治疗剂可以是基于单链或双链脱氧核糖核酸(DNA)的、基于核糖核酸(RNA)的、基于混合DNA和RNA的或DNA/RNA化学类似物的化合物。在一些实施方案中,反义治疗剂包含反义寡核苷酸。一般来说,反义治疗剂被设计为包含与从给定基因转录的mRNA或前体mRNA序列互补或接近互补,以促进反义治疗剂与前体mRNA或mRNA之间的结合的核苷酸序列。不受理论的约束,人们认为,在大多数情况下,反义治疗剂通过与mRNA或前体mRNA结合而起作用,从而抑制蛋白质翻译,改变前体mRNA到成熟mRNA的剪接,和/或导致mRNA的破坏。在大多数情况下,反义治疗剂核苷酸序列与靶基因或mRNA的有义序列的部分互补。
如本文所用,“IL-34反义治疗剂”是包含与IL-34基因有义序列、IL-34前体mRNA有义序列和/或IL-34mRNA有义序列或其一部分互补的寡核苷酸序列的基于寡核苷酸的化合物。本文描述的IL-34反义治疗剂也可以是能够结合IL-34基因有义序列、IL-34前体mRNA有义序列和/或IL-34mRNA有义序列或其一部分的基于核苷酸化学类似物的化合物。在一些实施方案中,IL-34反义治疗剂可以包含IL-34反义寡核苷酸、IL-34shRNA、IL-34siRNA、IL-34PNA、IL-34LNA、miRNA和IL-34吗啉代寡聚物。
如本文所用,“反义寡核苷酸”(ASO)是包含与靶RNA序列例如编码靶蛋白(例如IL-34)的mRNA互补的序列的基于短合成寡核苷酸的序列。不受特定理论的约束,反义寡核苷酸序列可以与mRNA分子中的互补区域杂交,从而产生双链杂合体(hybrid),其可以导致普遍存在的催化酶(诸如RNA酶H)的激活,这些催化酶降解DNA/RNA杂合链(hybrid strands),从而阻止蛋白翻译。不受理论的约束,本文提供的反义寡核苷酸可以与其作为RNA或DNA的靶序列杂交。因此,在一些实施方案中,如果提供DNA序列作为靶,则相应的RNA序列(包含尿嘧啶而不是胸腺嘧啶)被包含在如本文所述的ASO中。在一些实施方案中,本文所述的ASO包含化学修饰的核苷。
本文描述的反义寡核苷酸中包含的核苷酸的数量可以变化。ASO的长度通常在8个至50个核苷酸之间,例如长度为20个核苷酸。在一些实施方案中,反义寡核苷酸的长度为15-20个、15-25个、15-30个、15-35个、20-25个、20-30个、20-35个、25-30个、25-35个或30-35个核苷酸。在特定实施方案中,反义寡核苷酸的长度为15-25个核苷酸。在特定实施方案中,反义寡核苷酸的长度为20-25个核苷酸。在一些实施方案中,反义寡核苷酸的长度为15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个或35个核苷酸。在一些实施方案中,本文描述的反义寡核苷酸包含最大数目的核苷酸。在一些实施方案中,反义寡核苷酸的长度不超过15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、30个或35个核苷酸。
如本文使用的“化学修饰的核苷”意指除腺苷、胞苷、胸苷、鸟苷或尿苷以外的任何核苷。化学修饰的核苷可以包含修饰的糖部分和/或修饰的核碱基。在一些实施方案中,公开的化学修饰的核苷可以是锁核酸(LNA),例如LNA胞苷、LNA胸苷、LNA腺苷或LNA鸟苷。在一些实施方案中,化学修饰的核苷包含2’-O-甲基(“2’-OME”)核糖核苷,例如2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基胸苷、2’-O-甲基尿苷和/或2’-O-甲基腺苷。在其他实施方案中,化学修饰的核苷包含5-甲基嘧啶,例如5-甲基胞嘧啶;和/或5-甲基嘌呤,例如5-甲基鸟嘌呤。在一些实施方案中,化学修饰的核苷可以包含以下任何化学修饰的核苷:5-甲基-2’-O-甲基胞苷、5-甲基-2’-O-甲基胸苷、5-甲基胞苷、5-甲基尿苷和/或5-甲基-2’-脱氧胞苷。在本文公开的一些实施方案中,化学修饰的核苷可以包含稳定的末端5’-磷酸或5’-磷酸的抗磷酸酶类似物,例如5’-甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯类似物、5’-E-乙烯基膦酸酯(5’-E-VP)、5’-硫代磷酸酯和5’-C-甲基类似物;2’-O-甲基核糖核苷,例如2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基尿苷、2’-O-甲基胸苷和2’-O-甲基腺苷;5-甲基嘧啶,例如5-甲基胞嘧啶;5-甲基嘌呤,例如5-甲基鸟嘌呤;5-甲基-2’-O-甲基胞苷;5-甲基-2’-O-甲基胸苷;5-甲基胞苷;5-甲基尿苷;或5-甲基2’-脱氧胞苷。
此外,在一些实施方案中,本文描述的化学修饰的核苷包含2’-O-(2-甲氧基乙基)(“2’-MOE”)核苷、2’-脱氧-2’-氟核苷、2’-氟-β-D-阿拉伯核苷、桥接核苷、LNA核苷、限制性乙基(cET)核苷、三环-DNA(tcDNA)核苷、2’-O,4′-C-乙烯连接核酸(ENA)核苷和/或肽核酸(PNA)。
如本文所用,“核苷间连键”意指核苷的3’位置和相邻核苷的5’位置之间的连接。“修饰的核苷间连键”是指核苷的3’位置和相邻核苷的5’位置之间非天然的连接。在一些实施方案中,修饰的核苷间连键包含但不限于:硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键、氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键或硼烷磷酸酯连键。
肽核酸(PNA)是短的、人工合成的聚合物,其具有类似于DNA或RNA的结构。PNA包含由重复的N-(2-氨基乙基)-甘氨酸单元组成的主链,这些单元通过肽键连接。
锁核酸(LNA)是包含一种或更多种修饰的RNA核苷酸的寡核苷酸序列,在修饰的RNA核苷酸中,核糖部分被额外的连接2’氧和4’碳的桥修饰。LNA被认为具有比类似的寡核苷酸序列更高的Tm。
吗啉寡聚物是包含附接到通过磷酸二酰胺基团连接的亚甲基吗啉环的主链的DNA碱基的寡核苷酸化合物。本发明的吗啉寡聚物可以设计成与特定的感兴趣的RNA序列(例如,感兴趣的IL-34mRNA或IL-34前体mRNA序列)结合,从而阻止基因表达。
小发夹RNA(shRNA)通常是具有发夹状结构的RNA分子,其可以用来使基因表达沉默。shRNA通常从编码shRNA序列的质粒表达,并可以从病毒载体表达,以允许慢病毒、腺病毒或腺相关病毒表达。不受理论的约束,人们认为shRNA通过利用RNA干扰(RNAi)过程抑制基因表达。简单地说,shRNA转录物由DrOsha和Dicer加工,并且然后装载到RNA诱导沉默复合物(RISC)上,允许靶向特定mRNA,并且降解mRNA或阻遏蛋白质翻译。
小干扰RNA(siRNA)是长度为约20-25个碱基对(但长度也可以是,例如,18-30个碱基对)的双链RNA分子,其利用RNAi机制(例如,DrOsha和RISC)来结合和靶向mRNA进行降解。siRNA不依赖于质粒或载体来表达,并且通常可以直接递送到靶细胞,例如通过转染。
微RNA(miRNA)是含有约22个核苷酸的在RNA沉默和基因表达的转录后调控方面发挥作用的小的非编码RNA分子。miRNA包含与mRNA序列的部分互补的序列。miRNA由表现出高度特异性茎环结构的长的单链RNA分子产生。人工miRNA通过将天然存在的miRNA序列中成熟的21个核苷酸序列替换为来自靶例如IL-34mRNA靶的21个核苷酸序列来设计。
如本文使用的“IL-34抑制剂”包含但不限于基于核苷酸的IL-34抑制剂(例如,IL-34小发夹RNA(shRNA)、IL-34微RNA(miRNA)、IL-34小干扰RNA(siRNA)和IL-34反义寡核苷酸,包括包含LNA核苷酸、肽核酸(PNA)和吗啉寡聚物的IL-34反义寡核苷酸),以及包含这样的化合物的组合物。在一些实施方案中,可以使用IL-34抑制剂降低IL-34水平(例如,IL-34mRNA或蛋白质水平)和/或活性(例如,生物活性,例如,IL-34受体刺激)。在一些实施方案中,IL-34抑制剂包括包含一种或更多种化学修饰的核苷的IL-34反义寡核苷酸。
如本文使用的,“IL-34反义寡核苷酸”或“IL-34ASO”被理解为指包含与从IL-34基因转录的mRNA分子中的核酸序列互补的核酸序列的寡核苷酸,或其一部分。更具体地说,这样的寡核苷酸可以与这样的mRNA或其一部分的编码区中的核酸序列互补。在一些实施方案中,IL-34反义寡核苷酸具有排他地或高度特异性地靶向IL-34基因、其RNA或蛋白质产物、或者活性或表达影响IL-34或其产物的活性或表达的另一分子实体的固有功能特性。在一些实施方案中,当将IL-34反义寡核苷酸引入细胞(例如免疫细胞,诸如PBMC、树突状细胞或B细胞)时,可以降低IL-34的表达。在一些实施方案中,IL-34反义寡核苷酸可以降低从该基因转录的mRNA的表达。在一些实施方案中,IL-34反义寡核苷酸可以降低由该基因编码的蛋白的表达。在一些实施方案中,IL-34反义寡核苷酸可以降低由该基因编码的蛋白从引入了IL-34反义寡核苷酸的细胞的分泌。在一些实施方案中,IL-34反义寡核苷酸包含SEQ IDNO:40-43的序列,或其药学上可接受的盐。
贯穿本说明书的描述和权利要求,词语“包含(comprise)”以及该词语的其他形式,诸如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”意指包括但不限于,并且不意图排除例如其他添加物、组分、整数或步骤。
“任选的”或“任选地”意指随后描述的事件或情况可以发生或可以不发生,并且该描述包括事件或情况发生的实例以及事件或情况不发生的实例。
除非另外特别说明,否则如本文使用的,术语“约”或“大约”,当用于提及定量值时,包括所列举的定量值本身。除非另有指示或从上下文中推断,否则如本文使用的,术语“约”或“大约”指与列举的定量值的±10%的变化。
本文使用的术语仅用于描述特定的实施方案的目的,并不意图限制本公开内容的范围。除非上下文另外清楚指明,否则如贯穿本公开内容使用的单数形式”一(a)”、”一(an)”和”该(the)”包括复数指代物。因此,例如,提及“一种组合物”包括多于一种这样的组合物以及单个组合物,并且提及“一种治疗剂”是提及本领域技术人员已知的一种或更多种治疗和/或药剂及其等同物,等等。除非另有指示,否则本文中使用的所有百分比和比率以重量计。
除非另外定义,否则本文使用的所有技术术语和科学术语具有与本公开内容所属技术领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。在冲突的情况下,将以本说明书为准。尽管与本文描述的方法和材料相似或等同的方法和材料可以用于实践或测试本公开内容,但下文描述了合适的方法和材料。
与IL-34互补的多核苷酸
本文特别公开了与IL-34互补的多核苷酸。在一些实施方案中,多核苷酸包括核苷酸序列:5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3),或5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5);5’-CTTTGGGCXGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:7);或5’-TCCATGACCXGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:8),其中X为5-甲基胞苷,所述核苷酸序列的至少一个胞苷是化学修饰的,并且至少一个核苷是2’-O-(2-甲氧基乙基)(2’-MOE)核苷,或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,多核苷酸包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:
a.5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
b.5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
c.5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
d.5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中,多核苷酸是IL-34反义寡核苷酸(ASO)。
在一些实施方案中,多核苷酸是siRNA。在一些实施方案中,siRNA是包含SEQ IDNO:3、5、7或8或SEQ ID NO:40-43中的任一种的核苷酸序列的IL-34siRNA。在一些实施方案中,多核苷酸是siRNA复合物的一部分。在一些实施方案中,siRNA是siRNA双链体。
在一些实施方案中,多核苷酸是IL-34抑制剂。在一些实施方案中,IL-34抑制剂是IL-34ASO或包含这样的IL-34ASO的组合物。在一些实施方案中,IL-34ASO是与IL-34转录物(例如,IL-34mRNA转录物)互补的短合成寡核苷酸序列或其一部分。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含与IL-34mRNA序列例如小鼠或人类IL-34mRNA序列的一部分互补的核苷酸序列。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含与IL-34基因序列例如小鼠或人类IL-34基因序列的一部分互补的核苷酸序列。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含与IL-34mRNA转录物变体的一部分互补或接近互补的核苷酸序列或其一部分,例如NCBI参考序列NM_001172771.1(SEQ ID NO:24)、NM_001172772.1(SEQ ID NO:25)、NM_152456.2(SEQ ID NO:26)、NM_152456.3(SEQ ID NO:44)、NM_001172771.2(SEQ ID NO:45)、NM_001393493.1(SEQ ID NO:46)、NM_001393495.1(SEQ ID NO:47)、NM_001172772.2(SE QID NO:48)、NM_001393494.1(SEQ ID NO:49)、NM_001393496.1(SEQ ID NO:50)、NM_001393497.1(SEQ ID NO:51)或NM_001393498.1(SEQ IDNO:52)的人类IL-34mRNA序列;或NCBI参考序列NM_001135100.2(SEQ ID NO:27)或NM_029646.3(SEQ ID NO:28)的小鼠IL-34mRNA序列。
在一些实施方案中,IL-34ASO可以靶向由一个或更多个物种的IL-34基因产生的IL-34mRNA,例如小鼠和人类IL-34mRNA转录物。例如,IL-34ASO可以靶向哺乳动物IL-34基因例如人类(即,智人(Homo sapiens))IL-34基因或小鼠(即,小家鼠(mus musculus))IL-34基因的IL-34mRNA。在特定实施方案中,IL-34ASO靶向人类IL-34mRNA。在一些实施方案中,IL-34ASO包含与IL-34基因或IL-34mRNA的核苷酸序列互补的核苷酸序列或其一部分。
在一些实施方案中,IL-34ASO包括但不限于包含以下核苷酸序列的IL-34ASO:5’-CTCACCAAGACCCACAG-3’(SEQ ID NO:1);5’-GGCTTTGGGCCGCACCAGCT-3’(SEQ ID NO:2);5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3);5’-TGGGCCGCACCAGCTTCAGG-3’(SEQ ID NO:4);5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5);5’-TGTTTCATGTACTGAAG-3’(SEQ ID NO:6);5’-CTTTGGGCXGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:7);或5’-TCCATGACCXGGAAGCAGTT-3’(SEQ IDNO:8),其中X为5-甲基胞苷。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含核苷酸序列5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQID NO:3)。在一些实施方案中,IL-34ASO包含核苷酸序列5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5)。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含化学修饰的核苷。在一些实施方案中,本文公开的化学修饰的核苷包括但不限于:锁核酸(LNA)核苷,例如,LNA胞苷、LNA胸苷、LNA腺苷或LNA鸟苷;具有稳定化末端5’-磷酸或5’-磷酸的抗磷酸酶类似物,例如,5’-甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯类似物、5’-E-乙烯基膦酸酯(5’-E-VP)、5’-硫代磷酸酯和5’-C-甲基类似物的核苷;2’-O-甲基核糖核苷,例如,2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基尿苷、2’-O-甲基胸苷和2’-O-甲基腺苷;5-甲基嘧啶,例如,5-甲基胞嘧啶;5-甲基嘌呤,例如,5-甲基鸟嘌呤;5-甲基-2’-O-甲基胞苷;5-甲基-2’-O-甲基胸苷;5-甲基胞苷;5-甲基尿苷;或5-甲基2’-脱氧胞苷。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含2’-O-甲基核糖核苷,例如2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基尿苷、2’-O-甲基胸苷和2’-O-甲基腺苷。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含核苷酸序列5’-CTTTGGGCXGCACCAGCTTC-3’(SEQID NO:7),其中X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,IL-34ASO包含核苷酸序列5’-TCCATGACCXGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:8),其中X为5-甲基胞苷。
在一些实施方案中,ASO包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。
在一些实施方案中,ASO具有与5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ IDNO:40)至少90%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有与5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40)至少95%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有根据5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40)的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。
在一些实施方案中,ASO具有与5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41)至少90%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有与5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41)至少95%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有根据5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41)的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷。
在一些实施方案中,ASO具有与5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQIDNO:42)至少90%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有与5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ IDNO:42)至少95%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有根据5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ IDNO:42)的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。
在一些实施方案中,ASO具有与5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43)至少90%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有与5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43)至少95%相同的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,ASO具有根据5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43)的序列,其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。在一些实施方案中,本文公开的预期组合物可以包含药学上可接受的盐。
在本文描述的一些实施方案中,IL-34ASO是gapmer化合物。gapmer化合物是包含修饰的核苷酸的5’和3’侧翼基团(称为区域A’和C’)的寡核苷酸序列。这些修饰的核苷酸的侧翼基团被认为保护核苷酸的内部基团(称为区域B’)免受核酸酶降解。5’和3’侧翼基团和内部基团一起形成(5’至3’)A’-B’-C’结构。核苷酸的内部基团的长度通常是6个至10个核苷酸。在一些实施方案中,寡核苷酸的内部基团的长度为10-14个分子。侧翼核苷酸的每个5’或3’基团的长度可以是3个、4个、5个、6个或更多个的核苷酸。gapmer化合物中侧翼核苷酸的5’和3’基团的长度可以是相同数目的核苷酸。修饰的核苷酸的侧翼基团包含,例如,2’-MOE、2’-OMe和LNA核苷酸。gapmer化合物序列还可以掺入修饰,包含修饰的核苷间连键(例如,硫代磷酸酯连键)、2’-MOE、2’-OMe、LNA核苷、PNA、5-甲基胞苷和本文描述的其他化学修饰的核苷。
在一些实施方案中,gapmer的长度为15-20、15-25、15-30、15-35、20-25、20-30、20-35、25-30、25-35或30-35个核苷酸。在特定实施方案中,反义寡核苷酸的长度为15-25个核苷酸。在特定实施方案中,反义寡核苷酸的长度为20-25个核苷酸。在一些实施方案中,反义寡核苷酸的长度为15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个或35个核苷酸。在一些实施方案中,gapmer的长度为20个核苷酸。
在一些实施方案中,区域A’由3或4个核苷酸类似物如2’-MOE组成,区域B’由12或14个DNA碱基组成,并且区域C’由3或4个核苷酸类似物如2’-MOE组成。这样的gapmer设计包括(A’-B’-C’)3-12-3、3-14-3、4-12-4和4-14-4。
在一些实施方案中,区域A’由5或6个核苷酸类似物如2’-MOE组成,区域B’由8或10个DNA碱基组成,并且区域C’由5或6个核苷酸类似物如2’-MOE组成。这样的gapmer设计包括(A’-B’-C’)5-10-5和6-8-6。
在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNNNNNNNNNNNNNNNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNNNNNNNNNNNNNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNxNNNNNNNNNNNxNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNxNxNNNNNNNNNxNxNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNxNxNxNNNNNNNxNxNxNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。
在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNNNNNXNNNNNNNNNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,X包含5-甲基胞苷,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNNNNXNNNNNNNNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,X包含5-甲基胞苷,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNNNNNNXNNNNNNNNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,X包含5-甲基胞苷,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。在一些实施方案中,ASO包含结构为5’-NxNxNxNxNNNNNXNNNNNNNxNxNxNx-3’的gapmer,其中N包含任何核苷酸或化学修饰的核苷酸,X包含5-甲基胞苷,并且Nx包含2’-O-甲基(“2’-OMe”)核糖核苷。
在一些实施方案中,IL-34ASO gapmer包括2’-MOE核苷,并且IL-34ASO的序列选自以下之一:
·5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
·5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷,
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第十七和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第四、第十八和第十九个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:40的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第十八和第十九个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:41的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-MOE核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第一、第十九和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:5的第二和第三个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:5的第四和第十七个核苷个各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;SEQ ID NO:5的第十八个核苷被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:42的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-MOE核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第一、第十九和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第二和第三个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:5的第十八个核苷被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:43的核苷酸序列的IL-34ASO。
例如,在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-MOE核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第十七和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第四、第十八和第十九个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:3的第五和第十六个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:16的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第十七和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第四、第十八和第十九个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:3的第五、第六和第十六个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷独立代替;SEQ ID NO:3的第十五个核苷被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:18的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第八、第十一、第十三、第十四、第十七和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:3的所有胸苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:3的所有鸟苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;SEQ ID NO:3的所有腺苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ IDNO:20的核苷酸序列的IL-34ASO。
在其它实施方案中,SEQ ID NO:3中在SEQ ID NO:16、18、20、40或41中任一种中被代替的核苷以外的一个或更多个核苷可以被2’-MOE核苷代替。仍然在其他实施方案中,SEQID NO:3可以在SEQ ID NO:16、18、20、40或41中任一种中被代替的位置以外的一个或更多个位置被2’-MOE核苷代替。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-MOE核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第一、第五、第十九和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:5的第二、第三和第十六个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:5的第四和第十七个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;SEQ ID NO:5的第十八个核苷被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:17的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第一、第五、第十九和第二十个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:5的第二、第三和第十六个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:5的第四和第十七个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;SEQ ID NO:5的第六、第十五和第十八个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:19的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第二、第三、第八、第九和第十六个核苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷代替;SEQ ID NO:5的所有胸苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷代替;SEQ ID NO:5的所有鸟苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷代替;SEQ ID NO:5的所有腺苷各自独立地被2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:21的核苷酸序列的IL-34ASO。
在其它实施方案中,SEQ ID NO:5中在SEQ ID NO:17、19、21、42或43中的任一种中被代替的核苷以外的一个或更多个核苷可以被2’-MOE核苷代替。在其他实施方案中,SEQID NO:5可以在SEQ ID NO:17、19、21、42或43中的任一种中被代替的位置以外的一个或更多个位置被2’-MOE核苷代替。
在一些实施方案中,本文描述的ASO包含至少一个修饰的核苷间连键。如本文所用,“核苷间连键”意指核苷的3’位置和相邻核苷的5’位置之间的连接。“修饰的核苷间连键”是指核苷的3’位置和相邻核苷的5’位置之间非天然的连接。在一些实施方案中,修饰的核苷间连键包括但不限于:硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键、氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键或硼烷磷酸酯连键。
在一些实施方案中,本文描述的ASO包含至少一个化学修饰的核苷和至少一个修饰的核苷间连键。在一些实施方案中,本文描述的ASO包含至少一个化学修饰的核苷或至少一个修饰的核苷间连键。
本文描述的IL-34ASO可以包含化学修饰的核苷,包括修饰的核糖核苷和修饰的脱氧核糖核苷。化学修饰的核苷包括但不限于2’-O-(2-甲氧基乙基)修饰,例如2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷、2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷、2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷、2’-O-(2-甲氧基乙基)尿苷和2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷。化学修饰的核苷还包括但不限于,锁核酸(LNA)、2’-O-甲基、2’-氟和2’-氟-β-D-阿拉伯糖核苷酸(FANA)修饰。可包含在本文描述的IL-34ASO中的化学修饰的核苷描述于Johannes和Lucchino,(2018)“Current Challenges inDelivery and Cytosolic Translocation of Therapeutic RNAs”Nucleic Acid Ther.28(3):178-93;Rettig和Behlke,(2012)“Progress toward in vivo use of siRNAs-II”MolTher.20:483-512;以及Khvorova和Watts,(2017)“The chemical evolution ofoligonucleotide therapies of clinical utility”Nat Biotechnol.,35(3):238-48,其中每一个的内容通过引用并入本文。在某些实施方案中,本公开内容提供了与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的混合形式,例如IL-34肽核酸(PNA)和IL-34锁核酸(LNA)的组合。
本文描述的IL-34ASO可以包含促进寡核苷酸末端5’-磷酸稳定的化学修饰和5’-磷酸的抗磷酸酶类似物。促进寡核苷酸末端5’-磷酸稳定的化学修饰或5’-磷酸的抗磷酸酶类似物包括但不限于5’-甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯类似物、5’-E-乙烯基膦酸酯(5’-E-VP)、5’-硫代磷酸酯和5’-C-甲基类似物。促进ASO末端5’-磷酸稳定的化学修饰和5’-磷酸的抗磷酸酶类似物在Khvorova和Watts,(2017)“The chemicalevolution of oligonucleotide therapies of clinical utility”Nat Biotechnol.,35(3):238-48中描述,其内容通过引用并入本文。
在本文描述的一些实施方案中,本文描述的IL-34ASO可以包含化学修饰的核苷,包括2’-O-甲基核糖核苷,例如2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基尿苷、2’-O-甲基胸苷和/或2’-O-甲基腺苷。本文描述的IL-34ASO可以包含一个或更多个化学修饰的核苷,其中化学修饰的核苷包含碱基,包括5-甲基嘧啶,例如5-甲基胞嘧啶,和/或5-甲基嘌呤,例如5-甲基鸟嘌呤。本文所述的IL-34ASO可包含以下任何化学修饰的核苷:5-甲基-2’-O-甲基胞苷、5-甲基-2’-O-甲基胸苷、5-甲基胞苷、5-甲基尿苷和/或5-甲基2’-脱氧胞苷。
在一些实施方案中,本文描述的IL-34ASO包含包括以下核苷酸序列的IL-34ASO:5’-CTCACCAAGACCCACAG-3’(SEQ ID NO:1),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键;5’-GGCTTTGGGCCGCACCAGCT-3’(SEQ ID NO:2),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键;5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键;5’-TGGGCCGCACCAGCTTCAGG-3’(SEQ ID NO:4),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键;5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键;或5’-TGTTTCATGTACTGAAG-3’(SEQ ID NO:6),其中至少一个核苷是化学修饰的核苷和/或至少一个连键是修饰的核苷间连键,或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,其中至少一个核苷是化学修饰的核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的第三个胞苷(从5’端开始)可被化学修饰的核苷代替。在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的第三个胞苷(从5’端开始)被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:7的核苷酸序列的IL-34ASO。在一些实施方案中,除SEQID NO:3的第三个胞苷(从5’端开始)以外的核苷被化学修饰的核苷代替,得到具有不同于SEQ ID NO:7的核苷酸序列的IL-34ASO。在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的第三个胞苷(从5’端开始)被不是5-甲基胞苷的化学修饰的核苷代替,得到具有不同于SEQ ID NO:7的核苷酸序列的IL-34ASO。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列,其中至少一个核苷是化学修饰的核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:5的第五个胞苷(从5’端开始)可被化学修饰的核苷代替。在一些实施方案中,SEQ ID NO:5的第五个胞苷(从5’端开始)被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:8的核苷酸序列的IL-34ASO。在一些实施方案中,除SEQID NO:3的第五个胞苷(从5’端开始)以外的核苷被化学修饰的核苷代替,得到具有不同于SEQ ID NO:8的核苷酸序列的IL-34ASO。在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的第五个胞苷(从5’端开始)被不是5-甲基胞苷的化学修饰的核苷代替,得到具有不同于SEQ ID NO:8的核苷酸序列的IL-34ASO。
本文描述的IL-34ASO还包括包含一个或更多个LNA核苷酸的IL-34ASO。例如,本文描述的IL-34ASO包括包含以下任一种的核苷酸序列的IL-34ASO:
·5’-cttTGGGCXGCACCAGCttc-3’(SEQ ID NO:9),其中c是LNA胞苷,t是LNA胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-ctttGGGCXGCACCAGcttc-3’(SEQ ID NO:10),其中c是LNA胞苷,t是LNA胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-cttTGGGCcgCACCAGCttc-3’(SEQ ID NO:11),其中c是LNA胞苷,t是LNA胸苷,并且g是LNA鸟苷;
·5’-cttTGGGCcGCACCAGCttc-3’(SEQ ID NO:12),其中c是LNA胞苷并且t是LNA胸苷;
·5’-ggcXGCACCAGCttc-3’(SEQ ID NO:13),其中c是LNA胞苷,t是LNA胸苷,g是LNA鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-cttTGGGCXGCACcag-3’(SEQ ID NO:14),其中c为LNA胞苷,t为LNA胸苷,g为LNA鸟苷,a为LNA腺苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
·5’-tgaCCXGGAAGCAgtt-3’(SEQ ID NO:15),其中a为LNA腺苷,t为LNA胸苷,g为LNA鸟苷,并且X为5-甲基胞苷,
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,其中至少一个核苷是LNA。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一和第二十个核苷各自独立地被LNA胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第十八和第十九个核苷各自独立地被LNA胸苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:9的核苷酸序列的IL-34ASO。
在另一实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第十七和第二十个核苷各自独立地被LNA胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第四、第十八和第十九个核苷各自独立地被LNA胸苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ IDNO:10的核苷酸序列的IL-34ASO。
在另一种实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第九和第二十个核苷各自独立地被LNA胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第十八和第十九个核苷各自独立地被LNA胸苷代替;并且SEQ ID NO:3的第十个核苷被LNA鸟苷代替,得到包含SEQ ID NO:11的核苷酸序列的IL-34ASO。
在另一种实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第九和第二十个核苷各自独立地被LNA胞苷代替;并且SEQ ID NO:3的第二、第三、第十八和第十九个核苷各自独立地被LNA胸苷代替,得到包含SEQ ID NO:12的核苷酸序列的IL-34ASO。
在其它实施方案中,SEQ ID NO:3中在SEQ ID NO:9、10、11或12中的任一种中被代替的核苷以外的一个或更多个核苷可以被LNA核苷酸代替。在其他实施方案中,SEQ ID NO:3可以在SEQ ID NO:9、10、11或12中的任一种中被代替的位置以外的一个或更多个位置被LNA核苷酸代替。
在特定实施方案中,IL-34ASO包含2’-MOE核苷并且IL-34ASO的序列选自以下之一:
·5’-CxTxTxTxGxGGCXGCACCAGxCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:16),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-TxCxCxAxTxGACCXGGAAGCxAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:17),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-CxTxTxTxGxGxGCXGCACCAxGxCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:18),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-TxCxCxAxTxGxACCXGGAAGxCxAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:19),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-CxTxTxTxGxGxGxCxXGxCxAxCxCxAxGxCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:20),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
·5’-TxCxCxAxTxGxAxCxCxXGxGxAxAxGxCxAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:21),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,并且X为5-甲基胞苷,
或其药学上可接受的盐。
另外,在一些实施方案中,IL-34ASO包含2’-OMe核苷并且IL-34ASO的序列选自以下之一:
·5’-CyTyTyTyGyGGCXGCACCAGyCyTyTyCy-3’(SEQ ID NO:22),其中Cy为2’-O-甲基胞苷,Ty为2’-O-甲基胸苷,Gy为2’-O-甲基鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
·5’-TyCyCyAyTyGACCXGGAAGCyAyGyTyTy-3’(SEQ ID NO:23),其中Cy为2’-O-甲基胞苷,Ty为2’-O-甲基胸苷,Gy为2’-O-甲基鸟苷,Ay为2’-O-甲基腺苷,并且X为5-甲基胞苷,
或其药学上可接受的盐。
例如,在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-OMe核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3(相对于5’端)的第一、第十七和第二十个核苷各自独立地被2’-O-甲基胞苷代替;SEQ ID NO:3的第二、第三、第四、第十八和第十九个核苷各自独立地被2’-O-甲基胸苷代替;SEQ ID NO:3的第五和第十六个核苷各自独立地被2’-O-甲基鸟苷代替;并且SEQ ID NO:3的第九个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:22的核苷酸序列的IL-34ASO。
在其它实施方案中,SEQ ID NO:3中在SEQ ID NO:22中被代替的核苷以外的一个或更多个核苷可以被2’-OMe核苷代替。在其他实施方案中,SEQ ID NO:3可以在SEQ ID NO:22中被代替的位置以外的一个或更多个位置被2’-OMe核苷代替。
在一些实施方案中,IL-34ASO包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列,其中至少一个核苷是2’-OMe核苷。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:5(相对于5’端)的第一、第五、第十九和第二十个核苷各自独立地被2’-O-甲基胸苷代替;SEQ ID NO:5的第二、第三和第十六个核苷各自独立地被2’-O-甲基胞苷代替;SEQ ID NO:5的第四和第十七个核苷各自独立地被2’-O-甲基腺苷代替;SEQ ID NO:5的第十八个核苷被2’-O-甲基鸟苷代替;并且SEQ ID NO:5的第十个核苷被5-甲基胞苷代替,得到包含SEQ ID NO:23的核苷酸序列的IL-34ASO。
在其它实施方案中,SEQ ID NO:5中在SEQ ID NO:23中被代替的核苷以外的一个或更多个核苷可以被2’-OMe核苷代替。在其他实施方案中,SEQ ID NO:5可以在SEQ ID NO:23中被代替的位置以外的一个或更多个位置被2’-OMe核苷代替。
本文描述的IL-34ASO可以包含其中一个或更多个寡核苷连键是修饰的核苷间连键的磷酸主链。例如,在一些实施方案中,本文描述的IL-34ASO可包含至少一个磷酸酯连键。本文描述的IL-34ASO可以包含选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键、氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组的一种或更多种修饰的核苷间连键。在本文描述的IL-34ASO的一些实施方案中,核苷酸序列的至少一个核苷间连键是硫代磷酸酯连键。例如,在本文描述的IL-34ASO的一些实施方案中,核苷酸序列的一个、两个、三个或更多个核苷间连键是硫代磷酸酯连键。在本文描述的IL-34ASO的优选实施方案中,核苷酸序列的所有核苷间连键是硫代磷酸酯连键。因此,在一些实施方案中,SEQ IDNO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的IL-34ASO的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的IL-34ASO的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。在另一实例中,在一些实施方案中,SEQ ID NO:7的IL-34ASO的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的IL-34ASO的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。例如,在一些实施方案中,SEQ IDNO:3的IL-34ASO的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。在另一实例中,在一些实施方案中,SEQ ID NO:7的IL-34ASO的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。
在一些实施方案中设想了,所公开的IL-34ASO或其药学上可接受的盐可以任选地具有至少一个修饰的核碱基(例如5-甲基胞嘧啶)和/或至少一个甲基膦酸酯核苷酸,其被放置在例如5’末端或3’末端中的仅一个处,或5’末端和3’末端两处,或沿着寡核苷酸序列放置。
设想的IL-34ASO可任选地包含至少一个修饰的糖。例如,构成寡核苷酸的至少一个核苷酸的糖部分是核糖,其中2’-OH基团可以被选自由以下组成的组的任一种基团代替:OR、R、R’OR、SH、SR、NH2、NR2、N3、CN、F、Cl、Br和I(其中R是烷基或芳基并且R’是亚烷基)。
反义寡核苷酸可以被设计成使得每种反义寡核苷酸的掺入核苷酸序列的靶向部分与IL-34mRNA序列或其部分;或与IL-34相互作用伴侣的mRNA序列或其一部分完全或几乎完全互补。这种互补或几乎互补的核苷酸序列的掺入允许人们工程化出针对特定的靶具有高度特异性的反义寡核苷酸。特异性可以经由参数(诸如解离常数)或其他标准(诸如蛋白或RNA表达水平的变化)的测量或其他测量IL-34活性或表达的测定来评估。在一些实施方案中,本文公开的IL-34ASO是IL-34抑制剂。
在一些实施方案中,本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分是包含IL-34小干扰RNA(siRNA)的IL-34抑制剂。
小干扰RNA(siRNA)是长度为约20-25个碱基对(但长度也可以是,例如,18-30个碱基对)的双链RNA分子,其利用RNAi机制(例如,DrOsha和RISC)来结合和靶向mRNA进行降解。siRNA不依赖于质粒或载体来表达,并且通常可以直接递送到靶细胞,例如通过转染。IL-34siRNA是包含与IL-34mRNA序列互补的RNA序列并阻止IL-34蛋白翻译的双链RNA序列。
在一些实施方案中,IL-34siRNA的长度为17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、20-25个、20-30个或25-30个核苷酸。在一些实施方案中,IL-34siRNA的长度为20-25个核苷酸。在一些实施方案中,IL-34siRNA的长度不超过20、25或30个核苷酸。
在一些实施方案中,本文描述的IL-34siRNA包括包含SEQ ID NO:1-23或SEQ IDNO:40-43中的任一种的核苷酸序列,例如SEQ ID NO:1-8中任一种的核苷酸序列的siRNA,或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中,IL-34包含修饰的核苷酸。在一些实施方案中,一个或更多个胞苷被5-甲基胞苷代替。
在一些实施方案中,本文描述的IL-34siRNA可以包含其中一个或更多个寡核苷连键是修饰的核苷间连键的磷酸主链。例如,在一些实施方案中,本文描述的IL-34siRNA可包含至少一个磷酸酯连键。本文描述的IL-34siRNA可以包含选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键、氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组的一种或更多种修饰的核苷间连键。在本文描述的IL-34siRNA的一些实施方案中,核苷酸序列的至少一个核苷间连键是硫代磷酸酯连键。例如,在本文描述的IL-34siRNA的一些实施方案中,核苷酸序列的一个、两个、三个或更多个核苷间连键是硫代磷酸酯连键。在本文描述的IL-34siRNA的优选实施方案中,核苷酸序列的所有核苷间连键是硫代磷酸酯连键。因此,在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中的任一种的IL-34siRNA的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的IL-34siRNA的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。在另一实例中,在一些实施方案中,SEQ ID NO:7的IL-34siRNA的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的IL-34siRNA的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。例如,在一些实施方案中,SEQ ID NO:3的IL-34siRNA中的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。在另一实例中,在一些实施方案中,SEQ ID NO:7的IL-34siRNA中的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。
肽核酸(PNA)是具有类似于DNA或RNA的结构的短的、人工合成的聚合物。PNA包含由重复的N-(2-氨基乙基)-甘氨酸单元组成的主链,这些单元通过肽键连接。本文描述的IL-34PNA可用作以高特异性结合IL-34RNA序列并抑制IL-34基因表达的反义治疗剂。
锁核酸(LNA)是包含其中核糖部分被额外的连接2’氧和4’碳的桥修饰的一个或更多个修饰的RNA核苷酸的寡核苷酸序列。LNA被认为具有比类似的寡核苷酸序列更高的Tm。本文描述的IL-34LNA可用作以高特异性结合IL-34RNA序列并抑制IL-34基因表达的反义治疗剂。
吗啉寡聚物是包含附接到通过磷酸二酰胺基团连接的亚甲基吗啉环的主链的DNA碱基的寡核苷酸化合物。本发明的吗啉寡聚物可以设计成与特定的感兴趣的IL-34RNA序列(例如,感兴趣的IL-34mRNA或IL-34前体mRNA序列)结合,从而阻止基因表达。本文描述的IL-34吗啉寡聚物可用作以高特异性结合IL-34mRNA序列并抑制IL-34基因表达的反义治疗剂。本文描述的IL-34吗啉寡聚物也可用于结合IL-34前体mRNA序列,改变IL-34前体mRNA剪接和IL-34基因表达。
小发夹RNA(shRNA)通常是可以用来使基因表达沉默的具有发夹状结构的RNA分子。shRNA通常从编码shRNA序列的质粒表达,并可以从病毒载体表达,以允许慢病毒、腺病毒或腺相关病毒表达。不受理论的约束,人们认为shRNA通过利用RNA干扰(RNAi)过程抑制基因表达。简单地说,shRNA转录物由DrOsha和Dicer加工,并且然后装载到RNA诱导沉默复合物(RISC)上,允许靶向特定mRNA,并且mRNA降解或阻遏蛋白质翻译。本文描述的IL-34shRNA可以抑制IL-34基因的表达。
微RNA(miRNA)是含有约22个核苷酸的在RNA沉默和基因表达的转录后调控方面发挥作用的小的非编码RNA分子。miRNA包含与mRNA序列的部分互补的序列。miRNA由表现出高度特异性茎环结构的长的单链RNA分子产生。人工miRNA通过将天然存在的miRNA序列中成熟的21个核苷酸序列替换为来自靶例如IL-34mRNA靶的21个核苷酸序列来设计。
在一些实施方案中,本文描述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包含促进寡核苷酸的末端5’-磷酸稳定的化学修饰和5’-磷酸的抗磷酸酶类似物。促进寡核苷酸末端5’-磷酸稳定的化学修饰或5’-磷酸的抗磷酸酶类似物包括但不限于5’-甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯、5’-亚甲基膦酸酯类似物、5’-E-乙烯基膦酸酯(5’-E-VP)、5’-硫代磷酸酯和5’-C-甲基类似物。促进ASO末端5’-磷酸酯稳定的化学修饰和5’-磷酸的抗磷酸酶类似物在Khvorova和Watts,(2017)“The chemical evolution of oligonucleotide therapies ofclinical utility”Nat Biotechnol.,35(3):238-48中描述,其内容通过引用并入本文。
在本文描述的一些实施方案中,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包含化学修饰的核苷,例如2’-O-甲基核糖核苷,例如2’-O-甲基胞苷、2’-O-甲基鸟苷、2’-O-甲基尿苷、2’-O-甲基胸苷和/或2’-O-甲基腺苷。本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包含一个或更多个化学修饰的碱基,包括5-甲基嘧啶,例如5-甲基胞嘧啶,和/或5-甲基嘌呤,例如5-甲基鸟嘌呤。本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包含以下任何化学修饰的核苷:5-甲基-2’-O-甲基胞苷、5-甲基-2’-O-甲基胸苷、5-甲基胞苷、5-甲基尿苷和/或5-甲基2’-脱氧胞苷。
2’-OMe核苷酸天然存在于tRNA和其他小RNA中。将2’-OMe核苷酸掺入寡核苷酸序列可防止核酸酶降解并增加抗水解的稳定性。在寡核苷酸中掺入2’-OMe修饰通常增加RNA-RNA双链体的Tm,每个添加增加1-4℃。
引入2’-MOE基团通常使所得的寡核苷酸的Tm增加约1.1℃并提高对核酸酶降解的抗性。此外,2’-MOE寡核苷酸常用于gapmer化合物中,以防止RNA酶H介导的靶mRNA链的降解。
本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包括其中一个或更多个寡核苷连键是磷酸连键的磷酸主链。本文描述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以包含修饰的寡核苷酸主链,其中核苷酸序列的一个或更多个核苷连键选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键、氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组。在本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的一些实施方案中,核苷酸序列的至少一个核苷间连键是硫代磷酸连键。例如,在本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的一些实施方案中,核苷酸序列的一个、两个、三个或更多个核苷间连键是硫代磷酸连键。在本文所述的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的一些实施方案中,核苷酸序列的所有核苷间连键都是硫代磷酸连键。因此,在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的一个或更多个核苷酸连键是硫代磷酸酯连键。例如,本文描述的IL-34siRNA可以包含1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或更多个硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中,SEQ ID NO:1-8中任一种的IL-34siRNA的所有核苷酸连键都是硫代磷酸酯连键。
自身免疫性和炎性疾病
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗自身免疫性或炎性疾病的方法,包括施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如,包含SEQ ID NO:40-43的ASO或其药学上可接受的盐)。在本公开内容的一些实施方案中,可以向有相应需要的患者施用有效量的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如IL-34反义寡核苷酸,以治疗炎性疾病,例如,抑制患有炎性疾病的患者的细胞中炎性细胞因子的产生,和/或减少或抑制IL-34介导的炎症应答。在某些实施方案中,本文公开了治疗有相应需要的患者中与IL-34活性相关的炎性紊乱的方法,包括向患者施用本文公开的反义化合物。
如本文使用的“炎性疾病”是指许多急性和慢性炎性紊乱,包括但不限于炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症(如牙周炎)、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌(例如,结直肠癌、结肠炎相关结肠癌、散发性结直肠癌)、冠状动脉病、干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病或自身免疫性疾病。
类风湿性关节炎(RA)的特征是影响多个关节的慢性滑膜炎症,导致关节周围的炎症、肿胀和疼痛。如果不进行治疗,RA会导致关节软骨损伤和受损软骨周围的骨侵蚀,并导致关节外病变。RA还会影响全身的其他组织,并导致皮肤、口腔、肺、心脏和眼睛等器官出现问题。在一些实施方案中,IL-34水平在活动性RA患者和炎性关节炎实验模型中增加。
本文提供了在有相应需要的受试者中治疗类风湿性关节炎、降低类风湿性关节炎发展风险或延迟类风湿性关节炎发作的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分)或其药物组合物。
骨关节炎(OA)是一种退行性关节疾病,其特征是部分或整个关节的疾病,涉及滑膜纤维化和炎症。OA与疼痛、痛觉过敏和僵硬的临床症状有关。滑膜的病理变化会加速OA的进展。
本文提供了在有相应需要的受试者中治疗骨关节炎或滑膜纤维化、降低骨关节炎或滑膜纤维化发展风险或延迟骨关节炎或滑膜纤维化的发作的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分)或其药物组合物。
在一些实施方案中,提供了在有相应需要的患者中治疗与狼疮相关的皮肤病变的方法,包括施用公开的多核苷酸或其药物组合物。在一些实施方案中,治疗与狼疮相关的皮肤病变包括至少一种选自以下的效果:减少皮肤病变的数量、降低皮肤病变的形成速度和减少皮肤病变的严重程度。提供了治疗患有狼疮和/或狼疮肾炎的患者的狼疮和/或狼疮肾炎的方法,包括施用公开的多核苷酸或其药物组合物。在一些实施方案中,提供了减缓与狼疮相关的肾脏状况进展的方法。
本文提供了在有相应需要的受试者中治疗CNS炎性疾病、降低CNS炎性疾病发展风险或延迟CNS炎性疾病发作的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分)或其药物组合物。可以用这种方式治疗的CNS炎性疾病包括多发性硬化、实验性自身免疫性脑脊髓炎、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症(ALS)和帕金森病。
本文还提供了在有相应需要的受试者中治疗自身免疫性疾病、降低自身免疫性疾病的发展风险或延迟自身免疫性疾病发作的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分)或其药物组合物。这些方法包括治疗患有自身免疫性疾病或处于发展自身免疫性疾病风险的受试者。可以用这种方式治疗的自身免疫性疾病包括类风湿性关节炎、骨关节炎、结肠袋炎、I型糖尿病、哮喘、慢性阻塞性肺疾病(COPD)和特发性肺纤维化。
炎性肠病
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗有相应需要的患者的炎性肠病的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如SEQ ID NO:40-43,或其药学上可接受的盐)或其药物组合物。在某些实施方案中,本文公开了包括施用所公开化合物的方法。如本文使用的“炎性肠病”是指许多慢性炎性疾病,包括克罗恩病、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎。克罗恩病和溃疡性结肠炎是炎性肠病的两种最常见形式。炎性肠病是消化系统的自身免疫性疾病。克罗恩病可以定位于胃肠道的任何部分,包括末端回肠,并且可以影响胃肠道的所有细胞类型。溃疡性结肠炎定位于结肠和直肠,并且仅影响黏膜的细胞。
炎性克罗恩病的特征是免疫应答异常,其引起胃肠道过度炎症。炎性克罗恩病最常影响肠壁,包括小肠和/或大肠的部分,例如回肠和结肠。炎性克罗恩病还与厚和肿胀组织的发展以及溃疡有关。在免疫系统功能中起作用的基因(例如,NOD2、ATG16L1、IL23R和IRGM)中的突变与克罗恩病相关,与适当的自噬相关的基因也与克罗恩病相关。
纤维狭窄性克罗恩病是克罗恩病的一种形式,包括胃肠道纤维狭窄性病变/纤维性狭窄的发生。纤维化狭窄更常与回肠而不是结肠的克罗恩病相关。炎症一般先于发展狭窄。狭窄可与以下任何症状相关:腹部痉挛、腹痛、腹部气胀和膨隆(abdominal bloatingand distension)、食欲不振、疲劳、恶心、呕吐和便秘。50%以上的克罗恩病患者经历纤维狭窄。
纤维化狭窄与细胞表面IL-17A受体表达和增加的胶原(包括I、III和V亚型胶原)产生有关。纤维化狭窄也与瘘管的共现有关。狭窄的组织学特征是存在炎性细胞和间充质细胞的混合物,并有过多的细胞外基质(ECM)沉积。激活的肠间充质细胞积累ECM组成部分,包括纤维连接蛋白和胶原(例如,III型和IV型胶原)。杂乱的平滑肌增殖和过多的ECM沉积被认为改变了狭窄的肠组织的力学特性,导致与纤维化狭窄相关的增加的肠道僵硬和狭窄。纤维化狭窄的存在导致肠壁黏膜层、黏膜下层和肌层的肠组织异常。
在一些实施方案中,细胞是肠细胞,例如,肠间质细胞、肠上皮细胞、肠干细胞、分泌细胞、肠细胞、杯形细胞、肠内分泌细胞、帕内特细胞、转运扩增细胞、微皱褶细胞、杯状细胞或簇状细胞。在一些实施方案中,细胞形成肠纤维化狭窄的一部分。在上述实施方案中,受试者可以是需要治疗炎性疾病或纤维化,例如炎性克罗恩病或纤维狭窄性克罗恩病的受试者。在一些实施方案中,本文描述的方法可用于抑制受试者细胞中一种或更多种胶原的表达,例如,I型胶原、II型胶原、III型胶原、IV型胶原、V型胶原、VI型胶原、VII型胶原、VIII型胶原、IX型胶原、X型胶原、XI型胶原、XII型胶原、XIII型胶原、XIV型胶原、XV型胶原、XVI型胶原、XVII型胶原、XVIII型胶原、XIX型胶原、XX型胶原、XXI型胶原、XXII型胶原、XXIII型胶原、XXIV型胶原、XXV型胶原、XXVI型胶原、XXVII型胶原、XXVIII型胶原或XXIX型胶原。例如,在本文描述的实施方案中,胶原是COL1A1、COL1A2II、COL2A1、COL3A1、COL4A1、COL4A2、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL5A1、COL5A2、COL5A3、COL6A1、COL6A2、COL6A3、COL6A5、COL7A1、COL8A1、COL8A2、COL9A1、COL9A2、COL9A3、COL10A1、COL11A1、COL11A2、COL12A1、COL13A1、COL14A1、COL15A1、COL16A1、COL17A1、COL18A1、COL19A1、COL20A1、COL21A1、COL22A1、COL23A1、COL24A1、COL25A1、EMID2、COL27A1、COL28A1或COL29A1。在特定的实施方案中,胶原是COL1A1(胶原1A)、COL3A1(胶原3A)或其混合物。
环境和遗传因素二者都被认为在炎性肠病中起作用,尽管这些因素的身份还没有充分地定义。例如,习惯性吸烟使发展克罗恩病的风险加倍。环境组成部分可能包括肠道菌群改变,肠道菌群受暴露于摄入的食物和药物的影响。
炎性肠病伴随包括以下的症状:腹痛、呕吐、腹泻、直肠出血、严重痛性痉挛、肌肉痉挛、体重减轻、营养不良、发热、贫血、皮肤病变、关节痛、眼部炎症、肝紊乱、关节炎、坏疽性脓皮病、原发性硬化性胆管炎和非甲状腺疾病综合征,并且在实施方案中也设想使用所公开的反义化合物治疗这些症状,例如治疗患有溃疡性结肠炎的儿童,该儿童也可能患有生长缺陷。
肠纤维化
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗有相应需要的患者的肠纤维化的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如SEQ ID NO:40-43,或其药学上可接受的盐)或其药物组合物。肠纤维化通常是肠道组织对炎症的反应的结果,诸如由炎性肠病(IBD)引起的慢性炎症。在IBD中,SMAD7的增加的水平阻断了经由TGF-β通路激活和Smad2/3磷酸化介导的抗炎基因表达。暴露于增加的TGF-β信号转导的肌成纤维细胞产生增加量的胶原。在克罗恩病的背景下,持续和慢性炎症促进纤维化过程,导致狭窄(包括小肠狭窄和结肠狭窄)的形成。
肠纤维化可以通过许多成像技术中的任何一种诸如造影增强超声波检查法来鉴定。参见,例如,Quaia等人.The value of small bowel wall contrast enhancementafter sulfur hexafluoride-filled microbubble injection to differentiateinflammatory from fibrotic strictures in patients with Crohn’sdisease.Ultrasound Med.Biol.38,1324–1332(2012);Nylund等人.Quantitativecontrast-enhanced ultrasound comparison between inflammatory and fibroticlesions in patients with Crohn’s disease.Ultrasound Med.Biol.39,1197–1206(2013);Stidham等人.Ultrasound elasticity imaging for detecting intestinalfibrosis and inflammation in rats and humans with Crohn’sdisease.Gastroenterology 141,819–826(2011)。也可以使用诸如磁化转移MRI的MRI技术。参见,例如,Maccioni等人.Value of T2-weighted magnetic resonance imaging inthe assessment of wall inflammation and fibrosis in Crohn’sdisease.Abdom.Imaging 37,944–957(2012);Adler等人.Magnetization transfer helpsdetect intestinal fibrosis in an animal model of Crohn disease.Radiology 259,127–135(2011);Pazahr等人.Magnetization transfer for the assessment of bowelfibrosis in patients with Crohn’s disease:initial experience.Magn.Reson.Mat.Phys.Biol.Med.26,291–301(2013)。
纤维化
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗有相应需要的患者的纤维化的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如SEQ ID NO:40-43,或其药学上可接受的盐)或其药物组合物。在某些实施方案中,本文公开了预防或治疗纤维化例如肝纤维化、肺纤维化、滑膜纤维化和/或肠纤维化的方法,它们构成了本公开内容的一部分。例如,提供了一种预防或治疗肝纤维化的方法,包括向有相应需要的患者施用本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分。可选择地,提供了一种预防或治疗肠纤维化的方法,包括向有相应需要的患者施用本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分。可选择地,提供了一种预防或治疗肺纤维化的方法,包括向有相应需要的患者施用本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分。可选择地,提供了一种预防或治疗滑膜纤维化的方法,包括向有相应需要的患者施用本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分。
使用上述方法治疗的患者可能具有或可能不具有可检测到的纤维化。在一些实施方案中,在施用IL-34反义寡核苷酸后,在例如1天、2天、1周、1个月或6个月或更长时间后,患者体内存在的纤维化量减少至少约5%、10%、20%、30%、40%甚至50%或更多。施用这种与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如IL-34反义寡核苷酸,可以例如至少每天一次。该化合物可口服施用。与未施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(如本文所公开的)的患者相比,由于施用本文公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(如IL-34反义寡核苷酸)而导致的患者纤维化临床表现的延迟可以是至少例如6个月、1年、18个月或甚至2年或更长时间。
有需要的患者可以具有已经发展成肝硬化的肝纤维化。处于肝纤维化风险的患者可以包括患有乙型肝炎、丙型肝炎或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的患者。NASH被包括在非酒精性脂肪性肝病(包括脂肪变性和肝硬化)的范围内。NASH是以肥胖症、2型糖尿病和血脂异常为特征的代谢综合征的组成部分,并且最终可导致肝细胞癌。
还提供了治疗与肝纤维化相关的紊乱的方法,诸如治疗以下至少一种紊乱:某些贮积病和先天性代谢缺陷错误,诸如α1-抗胰蛋白酶缺乏症、铜贮积病(例如威尔逊氏病)、果糖血症、半乳糖血症、糖原贮积病(例如III、IV、VI、IX和X型)、铁超负荷综合征(例如血色素沉着症)、脂质异常(例如戈谢氏病)、过氧化物酶体紊乱(例如泽尔韦格综合征)和酪氨酸血症;细菌感染(如布鲁氏菌病);寄生虫感染(如棘球蚴病);NASH;病毒感染(例如乙型肝炎或丙型肝炎,包括慢性乙型或丙型肝炎);巴德–基亚里综合征;心力衰竭;肝静脉闭塞病;和门静脉血栓形成。还设想了治疗先天性肝纤维化的方法。该组合物可以口服施用。
在肝纤维化的病例中牵涉滥用药物和/或酒精。本文设想了治疗有药物和/或酒精滥用史的患者的肝纤维化的方法。例如,有滥用以下至少一种的病史的患者:酒精、胺碘酮、氯丙嗪、异烟肼、甲氨蝶呤、甲基多巴、酚丁和甲苯磺丁脲。
处于肠道纤维化风险的患者可以包括患有溃疡性结肠炎、炎性肠病或克罗恩病的患者。处于风险中的患者还可以包括诊断为克罗恩病或结肠炎时年龄较早的患者,广泛和/或严重的结肠疾病的患者,存在原发性硬化性胆管炎的患者,和/或有癌症家族史的患者。
还提供了治疗与肠纤维化相关的紊乱的方法,诸如治疗溃疡性结肠炎、炎性肠病或克罗恩病中的至少一种。
本文设想了预防或治疗肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、特发性肺纤维化、滑膜纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化或肾源性系统性纤维化的方法,包括向有相应需要的患者施用包含与IL-34互补的多核苷酸或其一部分例如IL-34反义寡核苷酸例如本文公开的IL-34反义寡核苷酸的药物制品。
本发明的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,包括例如IL-34ASO,可以单独使用或彼此组合使用,由此至少两种本发明的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分在单一组合物中一起使用或作为治疗方案的一部分使用。本发明的与IL-34互补的多核苷酸或一部分也可与其它药物联合使用,用于治疗药物和/或酒精滥用、肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、特发性肺纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化或肾源性系统性纤维化、药物和/或酒精滥用。
癌症
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗有相应需要的患者的癌症的方法,包括施用公开的多核苷酸(例如,与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如SEQ ID NO:40-43,或其药学上可接受的盐)或其药物组合物。在一些实施方案中,癌症可以是原发性癌症或转移性癌症。在一些实施方案中,癌症是包含以异常水平表达IL-34的细胞的任何癌症。在一些实施方案中,癌症是与IL-34表达改变,例如IL-34表达增加相关的任何癌症。
治疗与评价
本文所述的“患者”或“受试者”是指任何处于炎性和/或纤维化疾病风险、患有或诊断为炎性和/或纤维化疾病的动物,包括但不限于哺乳动物、灵长类动物和人类。在某些实施方案中,患者可以是非人类哺乳动物,诸如猫、狗或马。患者可以是被诊断为具有发展炎性和/或纤维化疾病的高风险的个体、已被诊断为炎性和/或纤维化疾病的个体、先前患有炎性和/或纤维化疾病的个体、或对于炎性和/或纤维化疾病的症状或指征例如IL-34表达信号进行评价的个体。
如本文使用的“有需要的患者”是指患有炎性和/或纤维化疾病的任何症状或表现的患者、可能患有炎性和/或纤维化疾病的任何症状或表现的患者、或可能从本公开内容的用于治疗炎性和/或纤维化疾病的方法受益的任何患者。有需要的患者可以包括被诊断具有发展炎性和/或纤维化疾病风险的患者、过去曾患有炎性和/或纤维化疾病的患者、或先前已经接受过炎性和/或纤维化疾病治疗的患者。特别相关的是患有与增加的IL-34表达或活性水平相关的炎性和/或纤维化疾病的个体。
本文使用的术语“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”、“治疗(treating)”等通常指获得期望的药理学和/或生理学效果。该效果可以是预防性的(就完全或部分防止疾病或其症状而言)和/或可以是治疗性的(就部分或完全治愈疾病和/或归因于该疾病的副作用而言)。本文使用的术语“治疗”包括对哺乳动物,特别是人类的疾病的任何治疗,并且包括:(a)防止可能易患该疾病但尚未被诊断为患有该疾病的受试者发生该疾病;(b)抑制疾病,即防止疾病的严重性或范围增加;(c)缓解疾病,即导致疾病的部分或完全改善;或(d)防止疾病复发,即防止疾病在先前成功治疗疾病症状或治疗疾病后恢复到活动状态。
如本文使用的“有效量”或“药学有效量”是指当施用至患者时足以至少部分地治疗状况的剂的量。治疗有效量将取决于状况的严重程度、组分的施用途径以及治疗的患者的年龄、体重等而变化。因此,所公开的IL-34反义寡核苷酸的有效量是治疗患者炎性和/或纤维化疾病所必需的IL-34反义寡核苷酸的量,使得该剂的施用防止受试者发生炎性和/或纤维化疾病,防止炎性和/或纤维化疾病进展(例如,防止炎性肠病症状(诸如直肠出血、贫血或胃肠道炎症)的发作或症状加重),或者缓解或完全减轻炎性和/或纤维化疾病的一些或所有相关症状,例如引起疾病消退。
治疗效果可以通过与炎性和/或纤维化疾病相关的总体症状的评价、组织的组织学分析、生物化学测定、成像方法(诸如,例如磁共振成像)或其他已知方法来评价。例如,治疗效果可以通过在向患有炎性疾病的患者施用所公开的IL-34反义寡核苷酸后,分析疾病的总体症状(诸如腹痛、呕吐、腹泻、直肠出血、痛性痉挛、肌肉痉挛、体重减轻、营养不良、发热、贫血或与炎性疾病相关的总体病理的其他方面)的变化来评价。
治疗效果也可以在组织或细胞水平进行评价,例如,通过获得组织活检样品(例如胃肠组织活检样品)并评价总体组织或细胞形态或染色特性的方法。检查蛋白或RNA表达的生物化学测定也可用于评价治疗效果。例如,人们可以经由免疫细胞化学、免疫组织化学、蛋白质印迹或RNA印迹方法,或可用于评价RNA水平的方法诸如定量或半定量聚合酶链式反应,评价解离细胞或非解离组织中IL-34、IL-6、IL-8、TNF-α或指示炎性和/或纤维化疾病的另一蛋白质或基因产物的水平、炎性细胞因子产生或IL-34介导的炎症应答。人们也可以评价粪便物、血浆或血清中发现的有用生物标志物的存在或表达水平来评价疾病状态和治疗效果。
在评价治疗效果时,可以选择合适的对照以确保有效的评估。例如,人们可以将在向患有炎性和/或纤维化疾病的患者施用公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如反义寡核苷酸)后评价的症状与同一患者在治疗前或在治疗过程的较早时间点的那些症状或与另一未被诊断患炎性和/或纤维化疾病的患者进行比较。可选地,人们可以将施用公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)后胃肠组织的生化或组织学分析结果与来自同一患者或来自未被诊断患有炎症和/或纤维化疾病的个体或来自施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分之前的同一患者的胃肠组织的结果进行比较。此外,人们可以将施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)后的血液、血清、细胞或粪便样品与来自未被诊断患有炎症和/或纤维化疾病的个体或来自施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分之前的同一患者的可比样品进行比较。
IL-34抑制的验证可以通过直接或间接评估IL-34表达水平或活性来确定。例如,测量IL-34蛋白或RNA表达的生物化学测定可用于评价总体IL-34抑制。例如,人们可以通过蛋白质印迹测量胃肠组织中的IL-34蛋白水平以评价总体IL-34水平。人们也可以通过RNA印迹或定量聚合酶链式反应测量IL-34mRNA水平以确定总体IL-34抑制。人们也可以经由免疫细胞化学或免疫组织化学方法评价解离细胞、非解离组织、血液、血清或粪便物中的IL-34蛋白水平或指示IL-34信号传导活性的另一蛋白的水平。
IL-34抑制也可以通过测量参数诸如巨噬细胞或单核细胞产生或增殖,或测量与IL-34活性变化相关的其他参数的改变,包括MAP激酶磷酸化和IL-34受体-巨噬细胞集落刺激因子受体(M-CSFR-1,也称为MCSFR-1、M-CSFR1和CSF1R)信号传导激活的其他指标来间接评价。例如,人们可以测量用公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)治疗的患者细胞中活性MAPK1或MAPK3磷酸化的水平,作为细胞中IL-34活性的指示。人们还可以评价血浆、血液、粪便物或组织中发现的有用生物标志物的存在或表达水平以评价IL-34抑制的功效。
本文公开的治疗方法包括抑制炎性细胞因子产生的方法。“炎性细胞因子产生”是指启动和/或促进炎性细胞因子应答的细胞因子的表达。“炎性细胞因子应答”是指可以表征为粒细胞募集、淋巴细胞募集、全身性炎症(尤其是胃肠道或其一部分或多于一个部分)、发热、组织破坏、休克和/或死亡的免疫应答。炎性细胞因子应答可以表征为个体细胞因子与其同源细胞表面受体的结合(例如,IL-34与CSF1R的结合)以及随后改变细胞功能和基因表达的细胞内信号传导级联。炎性细胞因子包括但不限于IL-1、IL-6、IL-8、IL-34和TNF-α。炎性细胞因子的表达可发生在例如巨噬细胞、单核细胞、固有层单个核细胞或胃肠道的其他细胞或免疫系统的细胞中。抑制炎性细胞因子产生的方法包括降低患有炎性疾病的患者的一些或所有炎性细胞因子表达水平的方法。抑制炎性细胞因子产生的方法还包括降低患有炎性疾病的患者的细胞中一些或所有炎性细胞因子表达水平的方法。
本公开内容的抑制炎性细胞因子产生的方法包括减少或抑制IL-34介导的炎症应答的方法。如本文使用的“IL-34介导的炎症应答”是指由IL-34表达或IL-34信号传导活性启动、推动或促进的炎症应答。IL-34介导的炎症应答可导致包括但不限于IL-34、IL-6、IL-8或TNF-α的炎性细胞因子的表达,以及炎性细胞因子信号传导的激活。另外,IL-34介导的炎性应答可以表征为粒细胞募集、淋巴细胞募集、全身性炎症(尤其是胃肠道或其一部分或多于一部分)、发热、组织破坏、休克和/或死亡。IL-34介导的炎症应答也可以IL-34信号传导的激活为特征,例如,IL-34与CSF1R的结合和下游MAP激酶的磷酸化。减少或抑制IL-34介导的炎症应答是指减轻与IL-34介导的炎症应答相关的细胞和全身变化中的任一种或所有。例如,炎性细胞因子产生、免疫细胞募集或组织炎症的减少将指示IL-34介导的炎症应答的减少或抑制。
本公开内容还提供了抑制患有炎性和/或纤维化疾病的患者的细胞中的IL-34的方法。IL-34可以在IL-34表达或活性发生的任何细胞(包括胃肠道、免疫系统和血液的细胞)中进行抑制。胃肠道的细胞(包括肠壁、胃、十二指肠、空肠、大肠、小肠、回肠、结肠、直肠和肛管的细胞)包括柱状上皮细胞、肠间质细胞、黏膜上皮细胞、产酶细胞、颈黏液细胞、壁细胞、胃泌素细胞、杯形细胞、帕内特细胞、少黏膜细胞和绒毛吸收细胞。免疫系统的细胞包括白细胞、吞噬细胞(例如巨噬细胞、中性粒细胞和树突细胞)、单核细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、自然杀伤细胞、固有细胞(innate cell)、淋巴细胞、B细胞和T细胞。血细胞包括红血细胞(red blood cell)(红细胞(erythrocyte))和白血细胞(white bloodcell)(白细胞(leukocyte)、单核细胞和血小板)。
药物组合物和施用途径
在一些实施方案中,本文提供了包含与本文公开的IL-34互补的多核苷酸或其一部分或其药学上可接受的盐、和/或药学上可接受的赋形剂的药物组合物。
在一些实施方案中,多核苷酸是IL-34反义寡核苷酸(ASO)。在一些实施方案中,IL-34ASO是gapmer ASO。在一些实施方案中,IL-34ASO gapmer包括一个或更多个2’-MOE核苷。在一些实施方案中,IL-34ASO的序列选自以下之一:
·5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
·5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
·5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷。
如本文使用的术语“药物组合物”意指例如,待施用至哺乳动物(例如人类)以治疗炎性和/或纤维化疾病的包含药学上可接受的赋形剂中的指定量的治疗性化合物(例如治疗有效量的治疗性化合物)的混合物。
在一些实施方案中,公开的药物组合物可用于治疗或预防炎性疾病(例如,类风湿性关节炎或骨关节炎)。在一些实施方案中,公开的药物组合物可用于治疗或预防纤维化疾病。在一些实施方案中,公开的药物组合物可用于治疗或预防癌症。
如本文所用,“药学上可接受的赋形剂”是指有助于活性剂向受试者的施用和/或活性剂被受试者的吸收,并且可以被包括在本发明的组合物中而不会对患者造成显著的不良毒理学影响的物质。药学上可接受的赋形剂的非限制性实例包括水、NaCl、生理盐水溶液(诸如磷酸盐缓冲盐水溶液)、乳液(例如诸如油/水或水/油乳液)、乳酸林格氏溶液、生理蔗糖、生理葡萄糖、黏合剂、填充剂、崩解剂、润滑剂、包衣、甜味剂、香料、盐溶液(诸如林格氏溶液)、醇、油、明胶、糖类诸如乳糖、直链淀粉或淀粉、脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯基吡咯烷和色素等。这样的制品可以灭菌,并且如果需要,可以与助剂混合,例如润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂和/或芳香物质等,并且它们不会与本发明的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分发生有害反应。赋形剂的实例参见Martin,Remington’s Pharmaceutical Sciences,15th Ed.,Mack Publ.Co.,Easton,PA(1975)。
在一种实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物可以通过一种或几种途径施用,包括关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内。如本文使用的术语肠胃外包括皮下注射、胰腺内施用、静脉内、肌内、腹膜内、胸骨内注射或输注技术。在一些实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物通过关节内施用。在一些实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物通过直肠施用。在一些实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物通过皮下施用。在一些实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物通过口服施用。在一些实施方案中,公开的多核苷酸或其药物组合物可以通过肠胃外施用直接施用于胃肠系统或胃肠系统的特定区域(例如,回肠、结肠或直肠)。
本文公开的包含与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的药物组合物可以以剂量单位形式呈现,并且可以通过任何合适的方法制备。药物组合物应当被配制为与其预期的施用途径相容。可用制品可以通过制药领域熟知的方法制备。例如,参见Remington’sPharmaceutical Sciences,第18版(Mack Publishing Company,1990)。
药物制剂是例如无菌的。无菌可以通过例如过滤通过无菌滤膜来实现。在组合物是冻干的情况下,可以在冻干和重构之前或之后进行过滤灭菌。
肠胃外施用
本公开内容的药物组合物可以配制为用于肠胃外施用,例如配制为用于经由静脉内、肌内、皮下、病灶内或腹膜内途径注射。根据本公开内容,本领域技术人员将了解到含有公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的水性组合物例如水性药物组合物的制备。通常,这样的组合物可以制备为可注射剂(injectables)作为液体溶液或悬浮液;也可以制备为适合用于在注射前添加液体时制备溶液或悬浮液的固体形式;并且制品也可以被乳化。
适于注射使用的药物形式包括无菌水性溶液或分散体;包括芝麻油、花生油或含水丙二醇的制剂;和用于即时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉末。在所有情况下,该形式必须是无菌的、并且必须是达到存在易于注射能力的程度的流体。它在制造和储存条件下必须是稳定的,并且必须防止微生物诸如细菌和真菌的污染作用。
作为游离碱或药理学上可接受的盐的活性化合物的溶液可以在水中合适地与表面活性剂诸如羟丙基纤维素混合制备。分散体也可以在甘油、液体聚乙二醇及其混合物中以及在油中制备。另外,无菌的不挥发性油可用作溶剂或悬浮介质。出于此目的,可以使用包括合成的甘油单酯或甘油二酯在内的任何温和的不挥发性油。另外,脂肪酸诸如油酸可用于制备可注射剂。无菌可注射制品也可以是在无毒性的、肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌可注射溶液、悬浮液或乳剂,例如,作为在1,3-丁二醇中的溶液。可以使用水、林格氏溶液(U.S.P.)和等渗氯化钠溶液,以及可接受的媒介物和溶剂。在一种实施方案中,公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分可以悬浮在包含1%(w/v)羧甲基纤维素钠和0.1%(v/v)TWEENTM80的载体或赋形剂流体中。在通常的储存和使用条件下,这些制品包含防腐剂以防止微生物的生长。
可注射制品,例如无菌可注射的水性或油性悬浮液,可以根据已知技术使用合适的分散剂或湿润剂和助悬剂来配制。通常,分散体通过将各种灭菌的活性成分掺入到无菌媒介物中来制备,所述无菌媒介物包含基础分散介质和来自上文枚举的那些所需其他成分。本公开内容的无菌注射溶液可以通过将公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)根据需要与上述各种其它成分掺入所需量的适当溶剂中,然后过滤灭菌来制备。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下,优选的制备方法是真空干燥和冷冻干燥技术,所述技术从之前的活性成分加任何另外所需成分的无菌过滤的溶液产生其粉末。可注射制剂可以被灭菌,例如,通过过滤通过细菌截留滤器。
还设想了制备用于肌内注射的较浓缩或高度浓缩的溶液。在这方面,优选使用DMSO作为溶剂,因为这将导致极快的渗透,将高浓度的所公开的IL-34反义寡核苷酸递送至小区域。
适用于这样的溶液的防腐剂包括苯扎氯铵、苄索氯铵、氯丁醇、硫柳汞等。合适的缓冲剂包括硼酸、碳酸氢钠和碳酸氢钾、硼酸钠和硼酸钾、碳酸钠和碳酸钾、乙酸钠、磷酸二氢钠等,其量足以将pH保持在约pH 6和pH 8之间,并且例如约pH 7和pH 7.5之间。合适的张度剂是葡聚糖40、葡聚糖70、右旋糖、甘油、氯化钾、丙二醇、氯化钠等,使得溶液的氯化钠当量在0.9%±0.2%的范围内。合适的抗氧化剂和稳定剂包括亚硫酸氢钠、焦亚硫酸钠、硫代硫酸钠、硫脲等。合适的湿润剂和澄清剂包括聚山梨醇酯80、聚山梨醇酯20、泊洛沙姆282和泰洛沙泊。合适的增黏剂包括葡聚糖40、葡聚糖70、明胶、甘油、羟乙基纤维素、羟甲基丙基纤维素、羊毛脂、甲基纤维素、矿脂、聚乙二醇、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、羧甲基纤维素等。
口服施用
在一些实施方案中,本文设想了适于口服递送所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的组合物,例如包含肠溶包衣(例如抗胃包衣)的片剂,使得组合物可以将多核苷酸递送至例如患者的胃肠道。例如,这样的施用可以产生局部效应,基本上将与IL-34互补的多核苷酸或其一部分直接局部应用于患者胃肠道的受影响部分。在一些实施方案中,这样的施用可以基本上避免对与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的不必要的全身性吸收。
例如,提供了用于口服施用的片剂,其包含颗粒(例如,至少部分地由颗粒形成),所述颗粒包含公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸),例如包括SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的核苷酸序列的反义寡核苷酸,和药学上可接受的赋形剂。这样的片剂可以用肠溶包衣包覆。设想的片剂可以包括药学上可接受的赋形剂,诸如填充剂、黏合剂、崩解剂和/或润滑剂,以及着色剂、脱模剂、包衣剂、甜味剂、调味剂诸如冬青油(wintergreen)、橙味剂(orange)、木糖醇、山梨醇、果糖和麦芽糊精,以及芳香剂、防腐剂和/或抗氧化剂。
在一些实施方案中,设想的药物制剂包含颗粒内相,其包括公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸),例如包含SEQ ID NO:1-23或SEQ ID NO:40-43中任一种的核苷酸序列的反义寡核苷酸以及药学上可接受的盐,和药学上可接受的填充剂。例如,公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸),以及填充剂可以任选地与其他赋形剂混合在一起,并形成颗粒。在一些实施方案中,可以使用湿法制粒形成颗粒内相,例如将液体(例如水)添加到混合的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分和填充剂中,并且然后将该组合干燥、研磨和/或筛分以产生颗粒。本领域技术人员将理解,可以使用其他加工来实现颗粒内相。
在一些实施方案中,设想的制剂包含颗粒外相(extra-granular phase),颗粒外相可以包含一种或更多种药学上可接受的赋形剂,并且颗粒外相可以与颗粒内相混合以形成所公开的制剂。
所公开的制剂可以包括包含填充剂的颗粒内相。示例性填充剂包括但不限于纤维素、明胶、磷酸钙、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇、山梨醇、微晶纤维素、果胶、聚丙烯酸酯、右旋糖、乙酸纤维素、羟丙基甲基纤维素、部分预胶化淀粉、碳酸钙和其他物质,包括其组合。
在一些实施方案中,所公开的制剂可以包括包含黏合剂的颗粒内相和/或颗粒外相,黏合剂的通常作用是将药物制剂的成分保持在一起。本公开内容的示例性黏合剂可包括但不限于以下:淀粉、糖、纤维素或改性纤维素(诸如羟丙基纤维素)、乳糖、预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯烷酮、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、低取代的羟丙基纤维素、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、乙基纤维素、糖醇和其他物质,包括其组合。
设想的制剂,例如包含颗粒内相和/或颗粒外相的那些,可以包含崩解剂,诸如但不限于淀粉、纤维素、交联的聚乙烯吡咯烷酮、羟基乙酸淀粉钠、羧甲基纤维素钠、藻酸盐、玉米淀粉、交联羧甲基纤维素钠、交联的羧甲基纤维素、低取代的羟丙基纤维素、阿拉伯胶和其他物质,包括其组合。例如,颗粒内相和/或颗粒外相可以包含崩解剂。
在一些实施方案中,设想的制剂包含:颗粒内相,包含所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)和选自以下的赋形剂:甘露醇、微晶纤维素、羟丙基甲基纤维素和羟基乙酸淀粉钠或其组合;和颗粒外相,包含以下一种或更多种:微晶纤维素、羟基乙酸淀粉钠和硬脂酸镁或其混合物。
在一些实施方案中,设想的制剂可以包含润滑剂,例如,颗粒外相可以包含润滑剂。润滑剂包括但不限于滑石、硅石(silica)、脂肪、硬脂酸甘油酯(stearin)、硬脂酸镁、磷酸钙、二氧化硅(silicone dioxide)、硅酸钙、磷酸钙、胶体二氧化硅、金属硬脂酸盐(metallic stearates)、氢化植物油、玉米淀粉、苯甲酸钠、聚乙二醇、乙酸钠、硬脂酸钙、月桂基硫酸钠、氯化钠、月桂基硫酸镁、滑石和硬脂酸。
在一些实施方案中,药物制剂包含肠溶包衣。通常,肠溶包衣为口服药物形成控制药物沿消化道吸收所在的位置的屏障。肠溶包衣可以包含根据pH以不同速率崩解的聚合物。肠溶包衣可以包括,例如,邻苯二甲酸乙酸纤维素、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、乙酸琥珀酸纤维素、邻苯二甲酸羟丙基甲基纤维素、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物、C型甲基丙烯酸共聚物、聚乙酸乙烯邻苯二甲酸酯和邻苯二甲酸乙酸纤维素。
示例性的肠溶包衣包括AMB、/>级。在一些实施方案中,肠溶包衣按重量计可以占设想片剂的约5%至约10%、约5%至约20%、8%至约15%、约8%至约20%、约10%至约20%、或约12%至约20%、或约18%。例如,肠溶包衣可以包括丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物。
例如,在设想的实施方案中,提供了一种片剂,其包含或基本上由以下组成:按重量计约0.5%至约70%,例如约0.5%至约10%、或约1%至约20%的公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)或其药学上可接受的盐。这样的片剂可以包含例如按重量计约0.5%至约60%的甘露醇,例如按重量计约30%至约50%的甘露醇,例如按重量计约40%的甘露醇;和/或按重量计约20%至约40%的微晶纤维素或按重量计约10%至约30%的微晶纤维素。例如,所公开的片剂可以包括包含以下的颗粒内相:按重量计约30%至约60%、例如约45%至约65%、或可选地按重量计约5%至约10%的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸),按重量计约30%至约50%、或可选地约5%至约15%的甘露醇,约5%至约15%的微晶纤维素,约0%至约4%、或约1%至7%的羟丙基甲基纤维素,以及按重量计约0%至约4%、例如约2%至约4%的羟基乙酸淀粉钠。
在另一种设想的实施方案中,用于口服施用所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)的药物片剂制剂包含颗粒内相,其中颗粒内相包含所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分或其药学上可接受的盐(诸如钠盐)和药学上可接受的填充剂,并且也可以包含颗粒外相,颗粒外相可以包含药学上可接受的赋形剂诸如崩解剂。颗粒外相可以包含选自微晶纤维素、硬脂酸镁及其混合物的组分。药物组合物也可以包含按片剂重量计约12%至20%的肠溶包衣。例如,用于口服使用的药学上可接受的片剂可以包含按重量计约0.5%至10%的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)或其药学上可接受的盐、按重量计约30%至50%的甘露醇、按重量计约10%至30%的微晶纤维素,以及包含丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物的肠溶包衣。
在另外的实例中,用于口服使用的药学上可接受的片剂可以包括包含以下的颗粒内相:按重量计约5%至约10%的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)或其药学上可接受的盐、按重量计约40%的甘露醇、按重量计约8%的微晶纤维素、按重量计约5%的羟丙基甲基纤维素和按重量计约2%的羟基乙酸淀粉钠;包含以下的颗粒外相:按重量计约17%的微晶纤维素、按重量计约2%的羟基乙酸淀粉钠、按重量计约0.4%的硬脂酸镁;以及片剂上的包含丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物的肠溶包衣。
在一些实施方案中,药物组合物可以含有包含按重量计约13%或约15%、16%、17%或18%的例如的肠溶包衣(参见例如PCT公布第WO2010/054826号,其特此通过引用以其整体并入)。
包衣溶解并且释放活性成分的速率是包衣的溶解速率。在一种实施方案中,设想的片剂可具有以下溶解曲线:例如,当在37℃在pH为7.2的磷酸盐缓冲液中以100rpm在USP/EP 2型装置(桨)测试时,约120分钟至约240分钟后,例如约180分钟后,约50%至约100%的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分释放。在另一种实施方案中,设想的片剂可以具有以下溶解曲线:例如,当在37℃在pH为1.0的稀HCl中以100rpm在USP/EP 2型装置(桨)测试时,120分钟后,其中与IL-34互补的多核苷酸或其一部分基本上没有释放。在另一种实施方案中,设想的片剂可具有以下溶解曲线:例如,当在37℃在pH为6.6的磷酸盐缓冲液中以100rpm在USP/EP 2型装置(桨)测试时,30分钟后约10%至约30%,或不超过约50%的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分释放。
在一些实施方案中,设想的制剂,例如片剂,当口服施用于患者时,可导致患者体内与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)的最小血浆浓度。在另一种实施方案中,当口服施用至患者时,所公开的制剂被局部递送至患者的结肠或直肠,例如递送至患者的受影响或病变的部位。
在一些实施方案中,本文提供的方法还可以包括施用至少一种涉及治疗本文公开的疾病和紊乱的其他的剂。在一种实施方案中,设想的其他的剂可以共施用(例如顺序或同时地)。
设想的剂包括免疫抑制剂,包括糖皮质激素、细胞抑制剂、抗体、作用于免疫亲和蛋白(immunophilin)的剂、干扰素、阿片类药物、TNF结合蛋白、霉酚酸酯和小的生物学剂。例如,设想的免疫抑制剂包括但不限于:他克莫司、环孢菌素、吡美莫司、西罗莫司、依维莫司、霉酚酸、芬戈莫德、地塞米松、氟达拉滨、环磷酰胺、氨甲蝶呤、硫唑嘌呤、来氟米特、特立氟胺、阿那白滞素、抗胸腺细胞球蛋白、抗淋巴细胞球蛋白、莫罗单抗-CD3、afutuzumab、利妥昔单抗、teplizumab、依法利珠单抗(efalizumab)、达利珠单抗(daclizumab)、巴利昔单抗、阿达木单抗、英夫利昔单抗、certolizumab pegol、那他珠单抗(natalizumab)和依那西普。其他设想的剂包括抗生素、止泻剂、轻泻药、镇痛药、铁补充剂和钙或维生素D或B-12补充剂。
施用剂量和频率
在一些实施方案中,本文提供了用于治疗有相应需要的患者的纤维化,例如肺纤维化、滑膜纤维化或肠纤维化的药物组合物的示例性剂量,包括施用与IL-34互补的多核苷酸或其一部分,例如IL-34反义组合物(例如,包含SEQ ID NO:40-43的ASO或其药学上可接受的盐)。示例性制剂包括包含约35mg至约500mg的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)或基本上由约35mg至约500mg的所公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)组成的剂型。例如,本文设想了包含约35mg、40mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg、100mg、110mg、120mg、130mg、140mg、150mg、160mg、170mg、180mg、190mg、200mg或250mg的公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)的制剂。在一种实施方案中,制剂可以包含约40mg、80mg或160mg公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)。在一些实施方案中,制剂可包含至少100μg公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)。例如,制剂可以包含约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg、0.5mg、1mg、5mg、10mg、15mg、20mg或25mg公开的与IL-34互补的多核苷酸或其一部分(例如IL-34反义寡核苷酸)。施用的量将取决于例如以下的变量:疾病的类型和程度或待治疗的适应症、患者的整体健康状况和体型、与IL-34互补的多核苷酸或其一部分的体内效力、药物制剂和施用途径。初始剂量可以增加到超过上限水平,以便快速达到期望的血液水平或组织水平。可选地,初始剂量可以小于最佳剂量,并且在治疗过程期间可以逐渐增加剂量。可以优化人体剂量,例如,在设计为从40mg到160mg的常规I期剂量递增研究中。给药频率可以变化,这取决于诸如施用途径、剂量和所治疗的疾病等因素。示例性的给药频率是每天一次、每周一次和每两周一次。在一些实施方案中,给药为每天一次,持续7天。
诊断方法
本公开内容还提供了一种诊断患有炎症和/或纤维化疾病的患者的方法,该方法依赖于检测患者的一个或更多个生物样品中IL-34表达信号的水平。如本文所用,术语“IL-34表达信号”可以指IL-34基因表达或基因或基因产物活性的任何指示。IL-34基因产物包括RNA(例如mRNA)、肽和蛋白质。可评估的IL-34基因表达指标包括但不限于,IL-34基因或染色质状态、IL-34基因与调控基因表达的细胞组分的相互作用、IL-34基因产物表达水平(例如IL-34RNA表达水平、IL-34蛋白表达水平)或者IL-34RNA或蛋白与转录机制、翻译机制或翻译后加工机制的相互作用。IL-34基因产物活性的指标包括但不限于IL-34信号传导活性的评估(例如CSF1R激活或MAPK1/MAPK3磷酸化的评估)和IL-34受体结合(例如CSF1R结合)的评估。
IL-34表达信号的检测可以通过体内、体外或离体方法来完成。在优选的实施方案中,本公开内容的方法可以在体外进行。检测方法可以包括检测患者的血液、血清、粪便物、组织或细胞。检测可以通过测量整个组织、组织外植块、细胞培养物、解离的细胞、细胞提取物或体液(包括血液或血清)中的IL-34表达信号来实现。设想的检测方法包括测量IL-34基因产物表达水平的测定,诸如蛋白质印迹、FACS、ELISA、其他定量结合测定、细胞或组织生长测定、RNA印迹、定量或半定量聚合酶链式反应、医学成像方法(例如MRI)或免疫染色方法(例如免疫组织化学或免疫细胞化学)。
示例性实施方案列表
通过以下非限制性示例性实施方案进一步描述本发明:
实施方案1.一种多核苷酸,包含根据以下的核苷酸序列:
a.5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3),或
b.5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5),
其中所述核苷酸序列中的至少一个胞苷是化学修饰的,并且至少一个核苷是2’-O-(2-甲氧基乙基)(2’-MOE)核苷;
或其药学上可接受的盐。
实施方案2.实施方案1所述的多核苷酸,其中不超过10个核苷是化学修饰的。
实施方案3.实施方案1或2所述的多核苷酸,包含6个2’-MOE核苷。
实施方案4.实施方案1或2所述的多核苷酸,包含8个2’-MOE核苷。
实施方案5.实施方案1-4中任一项所述的多核苷酸,包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:
a.5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
b.5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
c.5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
d.5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;
或其药学上可接受的盐。
实施方案6.实施方案1-5中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸与IL-34互补。
实施方案7.实施方案1-6中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸是IL-34反义寡核苷酸。
实施方案8.实施方案1-7中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸是IL-34siRNA。
实施方案9.实施方案1-8中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸中的至少一个核苷间连键选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键和氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组。
实施方案10.实施方案9所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸中的至少一个核苷间连键是硫代磷酸连键。
实施方案11.实施方案1-10中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸中的所有核苷间连键都是硫代磷酸连键。
实施方案12.实施方案1-11中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸的长度为20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
实施方案13.实施方案1-11中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸的长度为20个核苷酸或长度为20-25、20-30、20-35、25-30、25-35或30-35个核苷酸。
实施方案14.实施方案1-13中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸的长度不超过20、25或30个核苷酸。
实施方案15.实施方案1-13中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸的长度为20至25个核苷酸。
实施方案16.实施方案1-13中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸的长度为20个核苷酸。
实施方案17.一种药物组合物,包含(a)实施方案1-16中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,和(b)药学上可接受的赋形剂。
实施方案18.实施方案17所述的药物组合物,其中所述药物组合物适用于局部、肠胃外、口服、肺部、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。
实施方案19.一种治疗有相应需要的患者的炎性疾病的方法,该方法包括向有相应需要的患者施用有效量的实施方案1-16中任一项的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或实施方案17-18中任一项的药物组合物。
实施方案20.实施方案19所述的方法,其中所述炎性疾病与改变的IL-34表达相关。
实施方案21.实施方案19或20所述的方法,其中所述炎性疾病与增加的IL-34表达相关。
实施方案22.实施方案19-21中任一项所述的方法,其中所述炎性疾病是类风湿性关节炎。
实施方案23.实施方案19-21中任一项所述的方法,其中所述炎性疾病是骨关节炎。
实施方案24.实施方案19-23中任一项所述的方法,其中所述方法抑制患者细胞中炎性细胞因子的产生。
实施方案25.实施方案19-24中任一项所述的方法,其中所述方法减少或抑制患者细胞中IL-34介导的炎症反应。
实施方案26.实施方案19-25中任一项所述的方法,其中所述方法减少或抑制患者细胞中IL-34介导的巨噬细胞集落刺激因子受体(M-CSFR-1)信号传导。
实施方案27.实施方案24-26中任一项所述的方法,其中所述细胞是肠细胞。
实施方案28.实施方案24-26中任一项所述的方法,其中所述细胞是肠基质细胞。
实施方案29.实施方案24-26中任一项所述的方法,其中所述细胞形成肠纤维狭窄的一部分。
实施方案30.一种减少或消除患有炎性疾病的患者的纤维化狭窄的方法,所述方法包括施用有效量的实施方案1-16中任一项的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或实施方案17-18中任一项的药物组合物。
实施方案31.实施方案27所述的方法,其中所述纤维化狭窄位于肠内。
实施方案32.实施方案30或31所述的方法,其中所述炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病或干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。
实施方案33.实施方案32所述的方法,其中所述炎性疾病是类风湿性关节炎。
实施方案34.实施方案32所述的方法,其中所述炎性疾病是骨关节炎。
实施方案35.实施方案32所述的方法,其中所述炎性疾病是炎性肠病。
实施方案36.实施方案32所述的方法,其中所述炎性肠病选自由克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。
实施方案37.实施方案30所述的方法,其中所述炎性肠病是炎性克罗恩病。
实施方案38.实施方案30所述的方法,其中所述炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。
实施方案39.一种用于预防或治疗纤维化的方法,所述方法包括向有相应需要的患者施用治疗有效量的实施方案1-16中任一项的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或实施方案17-18中任一项的药物组合物。
实施方案40.实施方案39所述的方法,其中所述纤维化是肠纤维化。
实施方案41.实施方案39所述的方法,其中所述纤维化是肺纤维化。
实施方案42.实施方案39所述的方法,其中所述纤维化是滑膜纤维化。
实施方案43.实施方案39所述的方法,其中所述纤维化选自由肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化和肾源性系统性纤维化组成的组。
实施方案44.实施方案39-43中任一项所述的方法,其中所述患者患有类风湿性关节炎。
实施方案45.实施方案39-43中任一项所述的方法,其中所述患者患有骨关节炎。
实施方案46.实施方案39-43中任一项所述的方法,其中所述患者患有克罗恩病。
实施方案47.实施方案19-46中任一项所述的方法,其中所述多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。
实施方案48.实施方案47所述的方法,其中所述多核苷酸通过关节内施用。
实施方案49.实施方案47所述的方法,其中所述多核苷酸通过直肠施用。
实施方案50.实施方案47所述的方法,其中所述多核苷酸通过口服施用。
实施方案51.实施方案1-17中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐在制造用于治疗炎性疾病的药物中的用途。
实施方案52.实施方案51所述的用途,其中所述炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病或干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。
实施方案53.实施方案51-52中任一项所述的用途,其中患者患有类风湿性关节炎。
实施方案54.实施方案51-52中任一项所述的用途,其中患者患有骨关节炎。
实施方案55.实施方案51-52中任一项所述的用途,其中患者患有克罗恩病。
实施方案56.实施方案52所述的用途,其中所述炎性疾病是炎性肠病。
实施方案57.实施方案56所述的用途,其中所述炎性肠病选自由克罗恩病、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。
实施方案58.实施方案57所述的用途,其中所述炎性肠病是炎性克罗恩病。
实施方案59.实施方案57所述的用途,其中所述炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。
实施方案60.实施方案1-17中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用作药物。
实施方案61.实施方案60所述的多核苷酸,用于治疗有相应需要的患者的炎性疾病。
实施方案62.实施方案61所述的多核苷酸,其中所述炎性疾病是类风湿性关节炎或骨关节炎。
实施方案63.实施方案1-17中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗炎性疾病。
实施方案64.用于实施方案63中实施的用途的多核苷酸,其中所述炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病或干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。
实施方案65.用于实施方案64中实施的用途的多核苷酸,其中炎性疾病是类风湿性关节炎。
实施方案66.用于实施方案64中实施的用途的多核苷酸,其中炎性疾病是骨关节炎。
实施方案67.用于实施方案64中实施的用途的多核苷酸,其中炎性疾病是炎性肠病。
实施方案68.用于实施方案67中实施的用途的多核苷酸,其中所述炎性肠病选自由克罗恩病、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎组成的组。
实施方案69.用于实施方案68中实施的用途的多核苷酸,其中炎性肠病是炎性克罗恩病。
实施方案70.用于实施方案68中实施的用途的多核苷酸,其中炎性肠病是纤维狭窄性克罗恩病。
实施方案71.实施方案1-17中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗纤维化。
实施方案72.用于实施方案71中实施的用途的多核苷酸,其中纤维化是肠纤维化。
实施方案73.用于实施方案71中实施的用途的多核苷酸,其中纤维化是肺纤维化。
实施方案74.用于实施方案71中实施的用途的多核苷酸,其中纤维化是滑膜纤维化。
实施方案75.用于实施方案71中实施的用途的多核苷酸,其中所述纤维化选自由肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化和肾源性系统性纤维化组成的组。
实施方案76.用于实施方案60-75中任一项实施的用途的多核苷酸,其中所述多核苷酸将通过关节内、直肠、局部、胃肠外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。
实施方案77.用于实施方案76中实施的用途的多核苷酸,其中所述多核苷酸将通过关节内施用。
实施方案78.用于实施方案76中实施的用途的多核苷酸,其中所述多核苷酸将通过直肠施用。
实施方案79.用于实施方案76中实施的用途的多核苷酸,其中所述多核苷酸将通过口服施用。
实施方案80.用于实施方案60-79中任一项实施的用途的多核苷酸,其中所述患者是人类。
实施例
本公开内容通过以下实施例进一步说明。实施例仅为说明目的而提供,并且不应被解释为以任何方式限制本公开内容的范围或内容。
实施例1:IL-34 3-14-3和4-12-4反义寡核苷酸的设计与鉴定
与小鼠和人类IL-34mRNA序列互补的SEQ ID NO:40-43的IL-34反义寡核苷酸由商业制造商设计和生产。
在HT-29人类细胞系和RAW 264.7小鼠细胞系中评估IL-34表达的敲低。将HT-29细胞(ATCC Manassas,Virginia,USA)在补充有10%FBS、1%P/S(均来自Lonza)的McCoy’s 5A(Lonza,Verviers,Belgium)中培养并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。将鼠RAW264.7巨噬细胞(ATCC Manassas,Virginia,USA)在含有10%FBS、1%P/S和1%非必需氨基酸(NEA)(均来自Lonza)的Dulbecco改良Eagle培养基(1g/L葡萄糖)中培养并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。鼠结肠癌细胞系MC-38(ABMGood,Richmond,Canada)在补充有10%FBS和1%P/S的DMEM培养基中培养并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
细胞不经处理,或者根据制造商的说明用特定的IL-34ASO或加扰的ASO使用Opti-MEM培养基和Lipofectamine 3000试剂(Life Technologies,Milan,Intely)转染。提取总RNA和蛋白质。
通过实时聚合酶链式反应(RT-PCR)评估HT-29细胞中的敲低。RT-PCR如下进行:将恒定量的RNA(0.5μg/样品)逆转录为互补DNA(cDNA)。然后使用以下方案扩增1μL cDNA/样品:在95℃变性1分钟;在60℃退火30秒,然后在72℃延伸30秒。使用以下引物序列:IL-34正向,5’-ACAGGAGCCGACTTCAGTAC-3’(SEQ ID NO:29);IL-34反向,5’-ACCAAGACCCACAGATACCG-3’(SEQ ID NO:30);β-肌动蛋白正向,5’-AAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACC-3’(SEQ ID NO:31);和β-肌动蛋白反向,5’-AGCCAGTCCAGACGCAGGAT-3’(SEQ ID NO:32)。相对于β-肌动蛋白mRNA表达计算mRNA表达。
用SEQ ID NO:40、41、42或43的人类IL-34ASO,或加扰的阴性对照寡核苷酸(SRCAS;5’-AACACGTCTATACGC-3’(SEQ ID NO:33))转染HT-29细胞24小时。通过RT-PCR评估IL-34转录物,并且将数值对β-肌动蛋白归一化。
还通过蛋白质印迹评估了HT-29细胞和RAW 264.7细胞中的敲低。蛋白质印迹如下进行:转染后,将细胞用含10mM HEPES(pH 7.9)、10mM KCl、0.1mM EDTA、0.2mM EGTA和0.5%Nonidet P40(补充有1mM二硫苏糖醇、10mg/ml抑肽酶、10mg/mL亮抑蛋白酶肽、1mM苯甲基磺酰氟、1mM Na3VO4和1mM NaF)的缓冲液在冰上裂解。将裂解物在4℃,12,000xg离心30min使其变澄清,并经10%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。使用小鼠抗人类IL-34抗体(1:1,000最终稀释;Abcam Cambridge,UK)与辣根过氧化物酶(HRP)缀合的二级IgG单克隆抗体(1:20,000最终稀释;Dako,Milan,Italy)检测IL-34。HRP反应用灵敏的增强化学发光试剂盒(Pierce,Rockford,IL)检测。经过分析,剥离印迹,并依次用小鼠抗人类β-肌动蛋白抗体(1:5,000最终稀释;Sigma-Aldrich)和HRP缀合的二级IgG单克隆抗体(1:20,000最终稀释;Dako)探测。
在纤维狭窄性克罗恩病和癌症相关成纤维细胞中进一步评估IL-34ASO对IL-34的敲低。从肠结肠癌或纤维狭窄性CD(FS CD)外植块分离肠成纤维细胞。使用新鲜的或在第3代和第8代之间的成纤维细胞。将成纤维细胞在补充有10%FBS、1%P/S(Lonza)的具有UltraGlutamine的DMEM高葡萄糖中进行培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。使用胰蛋白酶/EDTA溶液分离成纤维细胞,评估IL-34的敲低。
实施例2:IL-34gapmer反义寡核苷酸的设计与评价
本实施例描述了对与IL-34mRNA转录物互补的反义寡核苷酸(ASO)在HT-29和AGS胃肠癌细胞系以及从受溃疡性结肠炎(UC)影响的患者的发炎结肠组织分离的固有层单个核细胞(LPMC)中敲低IL-34表达的能力的评估。
设计了与人类、小鼠、食蟹猴(和其他物种)IL-34mRNA转录物互补的反义寡核苷酸。设计的ASO是单链寡脱氧核糖核苷酸,其靶向IL-34mRNA中的相同序列,并被修饰为具有完全硫代磷酸酯主链和在5’和3’末端具有2’-O-甲氧基乙基(2’-MOE)糖修饰。
如下所述,评估了四种不同的ASO(SEQ ID NO:17、19、42和43)。测试ASO的序列如表1所示,其中X=5-甲基胞苷;Cx=2’-O-MOE胞苷;Tx:=2’-O-MOE胸苷;Gx=2’-O-MOE鸟苷;并且Ax=2’-O-MOE腺苷。
表1
Seq ID NO: | 序列 | 描述 |
17 | 5’-TxCxCxAxTxGACCXGGAAGCxAxGxTxTx-3’ | 5-10-5MOE gapmer |
19 | 5’-TxCxCxAxTxGxACCXGGAAGxCxAxGxTxTx-3’ | 6-8-6MOE gapmer |
42 | 5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’ | 4-12-4MOE gapmer |
43 | 5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’ | 3-14-3MOE gapmer |
结肠直肠癌细胞系HT-29和胃癌细胞系AGS(ATCC,Manassas,USA)分别在补充有10%FBS、1%P/S(Lonza)的McCoy’s 5A和RPMI 1640培养基(Lonza,Verviers,Belgium)中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
固有层单个核细胞(LPMC)从取自溃疡性结肠炎(UC)患者的发炎结肠组织的活检样品分离,如先前在Dinallo等人,J Crohns Colitis.2019May 27;13(6):772-784中所描述的。将LPMC重悬于补充有10%FBS、1%P/S的RPMI 1640中,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。为了评估IL-34ASO下调IL-34表达的能力,根据制造商的说明,使用Opti-MEM培养基和Lipofectamine 3000试剂(Life Technologies,Milan,Italy)用测试IL-34ASO或相关加扰的反义寡核苷酸的对照(均以200nM的浓度使用)转染HT-29、AGS和UC患者来源的LPMC 24小时。最后,根据制造商的说明,使用PureLink mRNAMini试剂盒(Thermo FisherScientific,Waltham,USA)收集细胞并提取总RNA。将恒定量的RNA逆转录成互补DNA(cDNA),并使用以下方案通过实时PCR扩增:在95℃变性1分钟;在60℃退火30秒,然后在72℃延伸30秒。引物序列如下:IL-34:正向,5’-ACAGGAGCCGACTTCAGTAC-3’(SEQ ID NO:29);反向,5’-ACCAAGACCCACAGATACCG-3’(SEQ ID NO:30);β-肌动蛋白:正向,5’-AAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACC-3’(SEQ ID NO:31);反向,5’-AGCCAGTCCAGACGCAGGAT-3’(SEQ ID NO:32)。基于ΔΔCt算法计算相对于看家β-肌动蛋白基因的RNA表达。
图1、图2和图3显示了在用以下处理的条件下HT-29细胞、AGS细胞和LPMC中IL-34转录物的分析:CTR=加扰的ASO、1=SEQ ID NO:17、2=SEQ ID NO:19、3=SEQ ID NO:42、4=SEQ ID NO:43。结果显示,与对照相比,所有四种IL-34ASO都显著降低了HT-29细胞、AGS细胞和LPMC中的IL-34RNA转录物。数据表明,四种gapmer IL-34ASO能够有效下调人类癌症和免疫细胞中IL-34的表达,并可能在相关的临床前和临床环境中有用。
实施例3:IL-34反义寡核苷酸对IL-34表达的敲低
在HT-29细胞(人类结肠腺癌细胞系)、THP-1细胞(人类白血病单核细胞系)、RAW264.7细胞(鼠巨噬细胞系)和MC-38细胞(鼠结肠腺癌细胞系)中评估IL-34ASO敲低IL-34表达的能力。
HT-29细胞(ATCC HTB-38,Manassas,USA)在补充有10%胎牛血清(FBS)、1%青霉素/链霉素(P/S)的McCoy’s 5A和RPMI 1640培养基中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
THP-1细胞(ATCC TIB-202)在补充有10FBS和1%P/S的RPMI 1640培养基中生长。为了诱导巨噬细胞分化,用100ng/mL佛波醇12-肉豆蔻酸13-乙酸酯(PMA)处理细胞24小时,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
RAW 264.7细胞(ATCC TIB-71)在补充有10%FBS、1%P/S和1%非必需氨基酸(NEAA)(Lonza)的Dulbecco改良Eagle's培养基(DMEM)中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
MC-38细胞(ABMGood,Richmond,Canada)在补充有10%FBS和1%P/S的DMEM培养基中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
细胞不经处理,或者在存在或不存在特异性促炎刺激物如脂多糖(LPS)、肽聚糖(PGN)和poly I:C的情况下,使用Opti-MEM培养基和Lipofectamine 3000试剂,用测试IL-34ASO或加扰的ASO对照转染。
然后收集细胞并提取总RNA,用RT-qPCR进行如下分析:将恒定量的RNA逆转录成互补DNA(cDNA)。然后使用以下方案扩增1μL cDNA/样品:在95℃变性1分钟;在60℃退火30秒,然后在72℃延伸30秒。使用以下引物序列:IL-34正向,5’-ACAGGAGCCGACTTCAGTAC-3’(SEQID NO:29);IL-34反向,5’-ACCAAGACCCACAGATACCG-3’(SEQ ID NO:30);β-肌动蛋白正向,5’-AAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACC-3’(SEQ ID NO:31);以及β-肌动蛋白反向,5’-AGCCAGTCCAGACGCAGGAT-3’(SEQ ID NO:32)。基于ΔΔCt算法,相对于看家基因β-肌动蛋白mRNA表达计算mRNA表达。
通过如下进行的蛋白质印迹评估IL-34蛋白敲低:转染后,细胞在含有10mM HEPES(pH7.9)、10mM KCl、0.1mM EDTA、0.2mM EGTA和0.5%Nonidet P40,补充有1mM二硫苏糖醇、10mg/ml抑肽酶、10mg/ml亮肽素、1mM苯基甲基磺酰氟、1mM Na3VO4和1mM NaF的缓冲液中在冰上裂解。将裂解物在4℃,12,000xg离心30分钟使其澄清,并在10%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳上分离。使用小鼠抗人类IL-34抗体或兔抗人类IL-34抗体,联合辣根过氧化物酶(HRP)缀合的二级IgG单克隆抗体来检测IL-34。用灵敏的增强化学发光试剂盒检测HRP反应。分析后,剥离印迹并用小鼠抗β-肌动蛋白抗体,然后用HRP缀合的二级IgG单克隆抗体探测。使用计算机辅助扫描光密度测定来分析免疫反应条带的强度。
用IL-34ASO转染细胞的结果,导致IL-34RNA和蛋白表达降低。
实施例4:IL-34反义寡核苷酸敲低肠成纤维细胞中IL-34的表达
在结肠直肠癌(CRC)相关成纤维细胞和纤维狭窄性克罗恩病(FS CD)衍生的成纤维细胞中进一步评估IL-34ASO对IL-34的敲低。
从源于患有CRC和FS CD的患者的受影响组织的外植块分离人类肠成纤维细胞,并且表型分析如前所述。在所有实验中,使用新鲜或直到第8代的成纤维细胞,并使用胰蛋白酶/EDTA溶液分离细胞。人类成纤维细胞在补充有10%FBS、1%P/S的含有UltraGlutamine的DMEM高葡萄糖中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
细胞不经处理,或者用测试IL-34ASO或加扰的反义寡核苷酸对照转染。如实施例3所述,提取总RNA用于RT-qPCR分析。与对照相比,IL-34ASO导致IL-34RNA表达降低。
还评估了IL-34ASO对成纤维细胞中胶原合成的影响。简而言之,将5x104个成纤维细胞铺入12孔板的每个孔中,使其黏附24小时,并且然后不进行处理或用测试IL-34ASO或加扰的ASO对照转染24-48小时。转染效率通过蛋白质印迹来确定。48小时后,收集无细胞上清液,并通过市售ELISA试剂盒分析胶原含量。与对照相比,IL-34ASO减少了成纤维细胞中COL1A1和COL3A1蛋白二者的合成。
还评估了IL-34ASO对细胞死亡的影响。为了对细胞死亡进行评分,将成纤维细胞在PBS中洗涤,用FITC-膜联蛋白V抗体染色,并在4℃与5mg/mL PI一起孵育20分钟。使用流式细胞仪测量荧光。AV-/PI-细胞被认为是存活细胞,AV+/PI-细胞被认为是凋亡细胞,并且继发性坏死细胞通过AV+/PI+染色表征。用IL-34ASO转染FS CD成纤维细胞不影响细胞生存力。
用IL-34ASO敲低成纤维细胞中的IL-34导致胶原生成减少,而对细胞生存力没有显著影响。
实施例5:IL-34反义寡核苷酸对IL-34表达的敲低
本实施例说明了用IL-34反义寡核苷酸在体外敲低人类滑膜肉瘤细胞系SW982和人类成纤维细胞样滑膜细胞HFLS-RA中IL-34的表达。
SW982细胞在补充有100U/mL青霉素、100μg/mL链霉素和10%胎牛血清(FBS)的Leibovitz L15培养基中生长。细胞培养物保持在37℃、95%空气和5%CO2的加湿环境中。用10ng/ml TNFα预处理24小时诱导其活化。
HFSL-RA细胞在滑膜细胞生长培养基试剂盒(含有生长补充物的基础培养基)中培养,并在加湿培养箱中维持在37℃和5%CO2。
细胞不经处理,或者用测试IL-34ASO或加扰的反义寡核苷酸对照转染。如实施例3所述,提取总RNA用于RT-qPCR分析。如实施例3所述,通过蛋白质印迹评估IL-34蛋白敲低。
与对照相比,IL-34ASO导致IL-34RNA和蛋白质表达降低。
实施例6:IL-34反义寡核苷酸在结肠炎模型中的体内评估
本实施例说明了在TNBS诱导的结肠炎小鼠模型中,IL-34ASO在体内敲低IL-34。
将IL-34ASO溶解在磷酸盐缓冲盐水中。对于口服施用,将ASO用pH 9.5的碳酸氢盐溶液稀释;对于i.p.和直肠施用,将ASO在PBS中稀释。
7-9周龄的雌性Balb/c小鼠被用于TNBS诱导的结肠炎模型。为了在小鼠中诱导结肠炎,通过插入直肠的3.5F导管向轻度麻醉的小鼠施用2mg 45%乙醇中的2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)。将导管尖端插入肛门边缘近端4cm处,并将150μL液体缓慢滴入结肠,然后将小鼠保持垂直位置30秒。TNBS诱导24小时后,治疗组的小鼠接受试验IL-34ASO或对照。
每天记录体重变化以评估结肠炎的诱导和进展,并收集组织用于组织学研究和蛋白质分析。小鼠在第5天被安乐死。
对于组织学研究,将安乐死后从小鼠体内取出的组织固定在10%福尔马林溶液(Sigma Aldrich)中,包埋在石蜡中,切成组织切片,并用苏木精和伊红染色。使用不同的标准检查染色切片是否有结肠炎的证据,例如淋巴细胞浸润的存在、隐窝的伸长和/或变形、明显的溃疡和肠壁增厚。结肠的微观横截面上的炎症程度从0到4分级如下:
0:无炎症迹象;
1:低水平淋巴细胞浸润,在<10%的高倍视野(hpf)中可见浸润,未观察到结构变化;
2:中度淋巴细胞浸润,在<10%-25%的hpf中可见浸润,隐窝伸长,肠壁增厚,不延伸至黏膜层以外;
3:淋巴细胞高水平浸润,在<25%-50%的hpf中可见浸润,肠壁增厚,延伸至黏膜层以外;
4:淋巴细胞浸润程度显著,在>50%的hpf中可见浸润,血管密度高,隐窝伸长变形,透壁肠壁增厚伴溃疡。
用IL-34ASO治疗后,小鼠的结肠炎减轻。
实施例7:IL-34反义寡核苷酸在关节炎模型中的体内评估
本实施例说明了在胶原诱导的关节炎(CIA)动物模型中,IL-34反义寡核苷酸IL-34ASO在体内敲低IL-34的表达。
将IL-34ASO溶解在磷酸盐缓冲盐水中。对于口服施用,将ASO稀释在pH 9.5的碳酸氢盐溶液中;对于i.p.和直肠施用,将ASO在PBS中稀释。
使用8-12周龄的DBA/1小鼠。在第0天用完全弗氏佐剂(CFA)乳化的牛II型胶原攻击动物(0.1mg/0.1mL/小鼠,在尾部基部皮内(ID))并在第21天用IFA代替CFA乳化的胶原i.d.加强(0.1mg/0.1mL/小鼠)。第29天时根据两只后爪的体积,将动物分成每组10只。从第29天到第42天,通过关节内注射以不同的给药方案施用ASO和赋形剂。口服施用对照物地塞米松(0.3mg/kg)。在第21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41和43天,通过使用定性严重程度评分系统和用体积计测量的后爪体积(mL)来评估关节炎。可以进行的其他分析包括后爪收获和终止时的重量、生物标志物(蛋白质和/或mRNA)和组织病理学。
可选地,使用体重180±20g的雌性Lewis大鼠。在第1天用含有不完全弗氏佐剂的猪II型胶原攻击动物(0.2mg/0.2mL/大鼠,在尾部基部皮下(SC)),并在第7天加强(0.1mg/0.1mL/大鼠,SC)。第16天时根据两只后爪的体积,将动物分成每组6只,然后在第17天开始给药。口服施用对照物地塞米松(0.3mg/kg),从第17天到第30天连续14天每天一次。ASO和赋形剂通过关节内注射施用。在第1、7、10、14、16、18、20、22、24、26、28和30天,通过使用定性严重程度评分系统和用体积计测量的后爪体积(mL)来评估关节炎。可以进行的其他分析包括生物标志物(蛋白质和/或mRNA)和组织病理学。
用IL-34ASO治疗的动物显示关节炎减轻。
等同物
本公开内容可以在不脱离其主要特征的情况下以其他特定形式体现。因此,前述实施方案应被认为是说明性的,而不是对本文描述的公开内容的限制。本公开内容的范围由所附权利要求书指示,而不是前述描述,并且在权利要求书的等同的含义和范围内的所有变化都被意图包含在其中。
序列表
X为5-甲基胞苷;Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷;Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷;Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷;Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷;Ay为2’-O-甲基腺苷;Cy为2’-O-甲基胞苷;Gy为2’-O-甲基鸟苷;Ty为2’-O-甲基胸苷。
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Claims (35)
1.一种多核苷酸或其一部分,所述多核苷酸与IL-34互补,包含根据以下的核苷酸序列:
a.5’-CTTTGGGCCGCACCAGCTTC-3’(SEQ ID NO:3),或
b.5’-TCCATGACCCGGAAGCAGTT-3’(SEQ ID NO:5),
其中所述核苷酸序列中的至少一个胞苷是化学修饰的,并且至少一个核苷是2’-O-(2-甲氧基乙基)(2’-MOE)核苷;
或其药学上可接受的盐。
2.根据权利要求1所述的多核苷酸,其中不超过10个核苷是化学修饰的。
3.根据权利要求1或2所述的多核苷酸,包含6个2’-MOE核苷。
4.根据权利要求1或2所述的多核苷酸,包含8个2’-MOE核苷。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的多核苷酸,包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:
a.5’-CxTxTxTxGGGCXGCACCAGCxTxTxCx-3’(SEQ ID NO:40),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
b.5’-CxTxTxTGGGCXGCACCAGCTxTxCx-3’(SEQ ID NO:41),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,并且X为5-甲基胞苷;
c.5’-TxCxCxAxTGACCXGGAAGCAxGxTxTx-3’(SEQ ID NO:42),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Ax为2’-O-(2-甲氧基乙基)腺苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;以及
d.5’-TxCxCxATGACCXGGAAGCAGxTxTx-3’(SEQ ID NO:43),其中Cx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胞苷,Tx为2’-O-(2-甲氧基乙基)胸苷,Gx为2’-O-(2-甲氧基乙基)鸟苷,并且X为5-甲基胞苷;
或其药学上可接受的盐。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸是IL-34反义寡核苷酸。
7.根据权利要求1-5中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸是IL-34siRNA复合物的一部分。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸中的至少一个核苷间连键选自由硫代磷酸酯连键、二硫代磷酸酯连键、磷酸三酯连键、烷基膦酸酯连键、氨基烷基磷酸三酯连键、亚烷基膦酸酯连键、亚膦酸酯连键、磷酰胺连键和氨基烷基磷酰胺连键、硫代磷酰胺连键、硫羰烷基膦酸酯连键、硫羰烷基磷酸三酯连键、硫代磷酸酯连键、硒代磷酸酯连键和硼烷磷酸酯连键组成的组。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的多核苷酸,其中所述多核苷酸中的全部核苷间连键都是硫代磷酸酯连键。
10.一种药物组合物,包含(a)根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,和(b)药学上可接受的赋形剂。
11.一种治疗有相应需要的患者的炎性疾病的方法,所述方法包括向所述有相应需要的患者施用有效量的根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或根据权利要求10所述的药物组合物。
12.根据权利要求11所述的方法,其中所述炎性疾病与增加的IL-34表达相关。
13.根据权利要求11至13中任一项所述的方法,其中所述炎性疾病是类风湿性关节炎。
14.根据权利要求11至13中任一项所述的方法,其中所述炎性疾病是骨关节炎。
15.根据权利要求11至14中任一项所述的方法,其中所述方法(i)抑制所述患者的细胞中炎性细胞因子的产生;(ii)减少或抑制所述患者的细胞中IL-34介导的炎症反应;和/或(iii)减少或抑制所述患者的细胞中IL-34介导的巨噬细胞集落刺激因子受体(M-CSFR-1)信号传导。
16.根据权利要求11-15中任一项所述的方法,其中所述细胞是肠细胞(例如,肠基质细胞)和/或形成肠纤维狭窄的一部分。
17.一种减少或消除患有炎性疾病的患者的纤维化狭窄的方法,所述方法包括施用有效量的根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或根据权利要求10所述的药物组合物。
18.根据权利要求17所述的方法,其中所述纤维化狭窄位于肠内。
19.根据权利要求17或18所述的方法,其中所述炎性疾病选自由炎性肠病、类风湿性关节炎、银屑病、骨关节炎、结肠袋炎、糖尿病(I型和II型)、组织或器官排斥、多发性硬化、牙周炎症、牙周炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎、肝炎、鼻窦炎、结肠癌、结肠直肠癌、结肠炎相关性结肠癌、散发性结肠直肠癌、冠状动脉病、干燥综合征(SS)、肥胖症、慢性炎症、肺结节病、皮肤病变、CNS炎性疾病和自身免疫性疾病组成的组。
20.根据权利要求19所述的方法,其中所述炎性疾病是类风湿性关节炎。
21.根据权利要求19所述的方法,其中所述炎性疾病是骨关节炎。
22.根据权利要求19所述的方法,其中所述炎性疾病是炎性肠病(例如,克罗恩病、胃十二指肠克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、炎性克罗恩病、纤维狭窄性克罗恩病、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、白塞病、微观结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左侧结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎或未定型性结肠炎)。
23.根据权利要求22所述的方法,其中所述炎性肠病是炎性克罗恩病或纤维狭窄性克罗恩病。
24.一种用于预防或治疗纤维化的方法,所述方法包括向有相应需要的患者施用治疗有效量的根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,或根据权利要求10所述的药物组合物。
25.根据权利要求26所述的方法,其中所述纤维化是肺纤维化、滑膜纤维化或肠纤维化。
26.根据权利要求26所述的方法,其中所述纤维化选自由肾纤维化、心脏纤维化、心内膜心肌纤维化、骨髓纤维化、腹膜后纤维化和肾源性系统性纤维化组成的组。
27.根据权利要求24-26中任一项所述的方法,其中所述患者患有类风湿性关节炎。
28.根据权利要求24-26中任一项所述的方法,其中所述患者患有骨关节炎。
29.根据权利要求24-26中任一项所述的方法,其中所述患者患有克罗恩病。
30.根据权利要求11-29中任一项所述的方法,其中所述多核苷酸通过关节内、直肠、局部、肠胃外、口服、肺内、气管内、鼻内、透皮或十二指肠内施用。
31.根据权利要求11-30中任一项所述的方法,其中所述患者是人类。
32.根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐在制造用于治疗炎性疾病的药物中的用途。
33.根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用作药物。
34.根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗炎性疾病。
35.根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸或其药学上可接受的盐,用于治疗纤维化。
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