CN117070652A - 用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 - Google Patents
用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117070652A CN117070652A CN202310192526.3A CN202310192526A CN117070652A CN 117070652 A CN117070652 A CN 117070652A CN 202310192526 A CN202310192526 A CN 202310192526A CN 117070652 A CN117070652 A CN 117070652A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- pennisetum
- american
- probe
- seed
- yield
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000209046 Pennisetum Species 0.000 title claims abstract description 42
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 33
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 21
- 235000007195 Pennisetum typhoides Nutrition 0.000 claims abstract description 17
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 12
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 12
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 10
- 244000038248 Pennisetum spicatum Species 0.000 claims abstract 6
- 230000008641 drought stress Effects 0.000 claims description 15
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 6
- 238000003973 irrigation Methods 0.000 claims description 6
- 230000002262 irrigation Effects 0.000 claims description 6
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 6
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 5
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 4
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 claims description 3
- 239000003086 colorant Substances 0.000 claims description 3
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 3
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 claims description 3
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims description 3
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 claims description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 abstract description 3
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 abstract description 2
- 244000115721 Pennisetum typhoides Species 0.000 description 11
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 11
- 244000062720 Pennisetum compressum Species 0.000 description 10
- 238000011161 development Methods 0.000 description 8
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 7
- 238000011160 research Methods 0.000 description 6
- 244000025254 Cannabis sativa Species 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 210000005069 ears Anatomy 0.000 description 2
- 239000004459 forage Substances 0.000 description 2
- 239000011325 microbead Substances 0.000 description 2
- 241000209140 Triticum Species 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 230000009418 agronomic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 1
- 235000015278 beef Nutrition 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 230000008094 contradictory effect Effects 0.000 description 1
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 239000013505 freshwater Substances 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000004460 silage Substances 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了提供一种用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法。该探针组可以用于鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，通过确定待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，可以实现鉴定或辅助鉴定美洲狼尾草籽粒产量变化以及筛选或辅助筛选具有不同籽粒产量特征的美洲狼尾草种质；还可以鉴定或辅助鉴定美洲狼尾草生殖生长过程相关的单核苷酸多态性。适合在生物技术领域推广运用。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法。
背景技术
美洲狼尾草为重要的暖季型一年生禾本科牧草，也是世界上六大禾谷类作物之一。它具有高蛋白、高籽实、产量高的特点。此外，美洲狼尾草的抗逆性极强，能在炎热干旱等土地贫瘠地区正常生长结实，在全球的种植面积约为2900万hm2(2017年)。其在我国则是重要的饲草，是草食家畜和食草淡水鱼类的优质饲料和青饵料。以美洲狼尾草作为亲本的杂交狼尾草，普遍种植于南方各省，是单产最高的多年生牧草。随着人民生活水平不断提高，我国牛羊肉、牛奶等草畜产品消费大幅增加。作为畜牧业的重要基础，牧草的需求量也相应地大幅增加。然而，我国牧草产业发展远落后于发达国家，每年都需要从国外大量进口草种和干草，才能满足需求。由于牧草严重短缺，有的地方甚至出现了把灌浆期小麦用作青贮饲料的极端现象，导致“人畜争粮”矛盾出现。因此，提高美洲狼尾草的籽粒产量追求更高的产量，是解决此矛盾的迫切需求。目前决定籽粒产量的重要三因素包括穗粒数、亩穗数和粒重。其中，穗粒数作为禾本科牧草产量的重要决定性因素之一，已成为当下产量性状广泛研究的焦点。
近年来，除了“人畜争粮”矛盾问题外，全球干旱胁迫也日益严峻。而植物在干旱胁迫条件下会导致减产和其他一系列性状。在这种条件下，如何保障植物在干旱条件下籽粒产量亦是当前牧草育种亟待解决的问题。目前，解析植物调控穗粒数及干旱胁迫对穗粒数影响的相关研究逐渐增多，这些研究为高产牧草新品种的选育及草地畜牧业稳态持续发展提供了有力支撑。但随着相关研究的大量开展，如何快速高效地鉴定植物籽粒产量相关性状成为当前科学研究的限速问题。
目前，随着大量分子标记的开发以及生物信息学的迅猛发展,应用关联分析方法发掘植物数量性状基因已成为目前国际植物基因组学研究的热点之一。关联分析是以连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)为基础的，连锁不平衡是不同基因座位上等位基因的非随机组合，是针对表型和基因型的变异进行直接分析，进一步将某些基因定位的方法。但是该方法具有一定的缺点，因为其主要是通过对单一的参考基因组和单核苷酸多态性(SNP)进行分析。植物种内多态性高，单一个体的参考基因组不能涵盖该物种的所有遗传信息。如果仅使用单一的参考基因组进行遗传驯化变异等的研究，可能会丢失很多有意的遗传密码信息，因为很多特有的序列都不在参考基因组上。同时，随着基因组测序技术的不断发展，使得泛基因组(Pan-genome)的应用逐渐广泛。泛基因组即某一物种全部基因的总称，在研究同一物种中差异巨大的不同亚种或者变种具有巨大的优势。泛基因组除了可以提供SNP(单核苷酸多态性，SNP)，还提供大量的SV(基因组结构性变异，Structural variation，简称SV)信息，SV对基因组的影响比SNP大，更能用于解释农艺性状群体多样性的特征。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组。
本发明解决其技术问题所采用的技术方案为：该用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，包括探针1和探针2，所述探针1采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组重测序数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:1所示的基因型并人工合成探针1，所述探针探针2采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组SV数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:2所示的基因型并人工合成探针2。
进一步的是，所述PGLA1540130位点位于5号染色体，所述5号染色体的位置为81，045，297。
本发明还提供了一种用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法，其鉴定方法包括以下步骤：
1)、提取待鉴定美洲狼尾草品种基因组DNA；
2)、加入用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，进行等位基因特异性延伸和连接酶连接，得到一段包含PGLA1540130位点和地址序列的片段；
3)、将步骤2)得到的片段进行PCR扩增后与芯片进行杂交；
4)、芯片扫描，利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果，从而确定待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:1，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有高籽粒产量的特性、在干旱生长条件下会导致其籽粒产量降低的特性，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有低籽粒产量的特性、在干旱生长条件下籽粒产量升高的特性；所述正常生长条件是指正常灌溉，所述干旱条件是指早期干旱胁迫和\或晚期干旱胁迫。
进一步的是，在步骤3)中，所述PCR扩增的体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP。
本发明的有益效果在于：本发明所述的用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组可以用于鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，通过确定待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:1，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有高籽粒产量的特性、在干旱生长条件下会导致其籽粒产量降低的特性，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有低籽粒产量的特性、在干旱生长条件下籽粒产量升高的特性；所述正常生长条件是指正常灌溉，所述干旱条件是指早期干旱胁迫和\或晚期干旱胁迫，可以实现鉴定或辅助鉴定美洲狼尾草籽粒产量变化以及筛选或辅助筛选具有不同籽粒产量特征的美洲狼尾草种质；还可以鉴定或辅助鉴定美洲狼尾草生殖生长过程相关的单核苷酸多态性。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明。
该用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，包括探针1和探针2，所述探针1采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组SV数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:1所示的基因型并人工合成探针1，所述探针探针2采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组SV数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:2所示的基因型并人工合成探针2。
PGLA1540130变异位点位于5号染色体，基因PMA5G03691.1附近，属于大片段插入变异，其基本信息见表1；
表1、PGLA1540130变异位点基本信息
基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:1的核苷酸序列为：C
基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2的核苷酸序列如下所示：
CTGTTGGGGAATTCAGGAAAACCCGTCACCCTCGAAACGTCGAAGTTTTAACGGAATTCTCAAAGCATGTTTTTCAGGAGCAGGGAATTCGCGATTCTCGGAAGTCTGGAACCTGCGGAGTCTCGAATTCGCGAATGTGCAGAGTTCGGGAATCTTGATTCGGTGAGGAGGCGGAGTCATGAACATGCGGAAGCCCGGAATCTCAACTGTTGATGGTCCGAACTTCGGGGATTTGCCGATTCGGGAATCTGATGAAAACTCTGTTCGGGACTCAGGCGCAAGGACACGCACGAACCTGCTGGGAAGCAAGAGCCACTTCGGGAATCTGTAGAAGACCTGGTTCAGGAATTTCGGGCGAAGACATTCATAAATCACGGGAGAAGCAAAGTCAAAGTTGTAGTCCCAAAAAGTCCGGGTTTAGAGTGTGAACTAGTGGCAGACTTGTAAATGTGCAAGGGGGGAAAAGACATTCTTGTGTGTGTTCACATTAAGAATATTCTCCGAGCCCGAGGGTGTTATCGGAATGTAAAAGTCCCTTCGTCTCCCTATAAAAGGGGGCGCGAGGGCACGTGTAAACGGATTCAGACTTTTTTGGAACTTGTGCTATTCGCAGAGGGAATCACAGTCTCTTTGCGCTCTAACTTTGTACTTGAACGTGTTGAGAACTCATACTTGTGTTAGGGAGGTTATCCGAATTTTTCGGGTATTCCCCAACAG
本发明还提供了一种用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法，其鉴定方法包括以下步骤：
1)、提取待鉴定美洲狼尾草品种基因组DNA；
2)、加入用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，进行等位基因特异性延伸和连接酶连接，得到一段包含PGLA1540130位点和地址序列的片段；
3)、将步骤2)得到的片段进行PCR扩增后与芯片进行杂交；所述PCR扩增的体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP；所述芯片为美国Illumina公司产品，芯片上具有微珠，微珠表面连接有所述地址序列的互补序列；
4)、芯片扫描，利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果，从而确定待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:1，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有高籽粒产量的特性、在干旱生长条件下会导致其籽粒产量降低的特性，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有低籽粒产量的特性、在干旱生长条件下籽粒产量提升的特性；所述正常生长条件是指正常灌溉，所述干旱条件是指早期干旱胁迫和\或晚期干旱胁迫。
实施例1
采用上述用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法对在正常灌溉条件下生长的150个美洲狼尾草种质基于PGLA1540130位点的基因型进行鉴定，其鉴定结果如下表2所示：
表2
由表2可知，150个美洲狼尾草种质中有88个品种基PGLA1540130位点的基因型为SEQ ID No:1型，这88个种质平均籽粒产量指数为1562.80；有62个品种基于PGLA1540130位点的基因型为SEQ ID No:2型，平均籽粒产量指数为1095.11，显著性检验P<0.05。
实施例2
采用上述用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法对在早期干旱胁迫和晚期干旱胁迫条件下生长的150个美洲狼尾草种质基于PGLA1540130位点的基因型进行鉴定，其鉴定结果如下表3所示：
表3
由表3结果显示，150个美洲狼尾草种质中有88个品种基PGLA1540130位点的基因型为SEQ ID No:1型，这88个种质在干旱早期平均籽粒产量指数为1226.47，在干旱晚期平均籽粒产量指数为1079.54，整个生长发育时期平均籽粒产量指数为1153.01；有62个种质基于PGLA1540130位点的基因型为SEQ ID No:2型，在干旱早期平均籽粒产量指数为1318.76，在干旱晚期平均籽粒产量指数为1246.58，整个生长发育时期平均籽粒产量指数为1282.67。干旱处理条件下基因型为SEQ ID No:2的品种籽粒产量更高。
由表2和表3可知，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQIDNo:1，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有高籽粒产量的特性、在干旱生长条件下会导致其籽粒产量降低的特性，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有低籽粒产量的特性、在干旱生长条件下籽粒产量提升的特性；所述正常生长条件是指正常灌溉，所述干旱条件是指早期干旱胁迫和\或晚期干旱胁迫。
Claims (4)
1.用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，其特征在于：包括探针1和探针2，所述探针1采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组重测序数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:1所示的基因型并人工合成探针1，所述探针探针2采用如下方法得到：首先，收集美洲狼尾草的全基因组SV数据集，然后筛选PGLA1540130位点核苷酸序列如序列表SEQ ID No:2所示的基因型并人工合成探针2。
2.如权利要求1所述的用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，其特征在于：所述PGLA1540130位点位于5号染色体，所述5号染色体的位置为81，045，297。
3.用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法，其特征在于包括以下步骤：
1)、提取待鉴定美洲狼尾草品种基因组DNA；
2)、加入用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组，进行等位基因特异性延伸和连接酶连接，得到一段包含PGLA1540130位点和地址序列的片段；
3)、将步骤2)得到的片段进行PCR扩增后与芯片进行杂交；
4)、芯片扫描，利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果，从而确定待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点的基因型，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:1，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有高籽粒产量的特性、在干旱生长条件下会导致其籽粒产量降低的特性，若待鉴定美洲狼尾草品种基于PGLA1540130位点基因型为SEQ ID No:2，则表明该美洲狼尾草品种在正常生长条件下具有低籽粒产量的特性、在干旱生长条件下籽粒产量升高的特性；所述正常生长条件是指正常灌溉，所述干旱条件是指早期干旱胁迫和\或晚期干旱胁迫。
4.如权利要求1所述的用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的鉴定方法，其特征在于：在步骤3)中，所述PCR扩增的体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202310192526.3A CN117070652A (zh) | 2023-03-02 | 2023-03-02 | 用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202310192526.3A CN117070652A (zh) | 2023-03-02 | 2023-03-02 | 用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117070652A true CN117070652A (zh) | 2023-11-17 |
Family
ID=88718122
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202310192526.3A Pending CN117070652A (zh) | 2023-03-02 | 2023-03-02 | 用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117070652A (zh) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102586449A (zh) * | 2012-03-06 | 2012-07-18 | 中国农业大学 | 一种利用issr分子标记技术鉴定狼尾草属牧草的方法 |
| WO2017062618A1 (en) * | 2015-10-06 | 2017-04-13 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Plants with improved agronomic characteristics |
-
2023
- 2023-03-02 CN CN202310192526.3A patent/CN117070652A/zh active Pending
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102586449A (zh) * | 2012-03-06 | 2012-07-18 | 中国农业大学 | 一种利用issr分子标记技术鉴定狼尾草属牧草的方法 |
| WO2017062618A1 (en) * | 2015-10-06 | 2017-04-13 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Plants with improved agronomic characteristics |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| RAJEEV K VARSHNEY 等: "Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments", NATURE BIOTECHNOLOGY, vol. 35, no. 10, 18 September 2017 (2017-09-18), pages 969 - 976 * |
| 白淑娟 等: "宁杂4号美洲狼尾草选育研究", 杂粮作物, no. 01, 25 February 2002 (2002-02-25), pages 19 - 22 * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108060261B (zh) | 一种对玉米snp标记组合进行捕获测序的方法及其应用 | |
| CN111996262B (zh) | 奶水牛产奶性状相关snp的获得方法与应用 | |
| CN114150070B (zh) | 与鸡生长及屠宰性状相关的snp分子标记、检测引物、试剂盒及育种方法 | |
| CN110592251A (zh) | 一个甘蓝型油菜开花期性状的主效qtl位点、snp分子标记开发及应用 | |
| CN110894542A (zh) | 一种鉴别水稻gs5基因和glw7基因类型的引物及其应用 | |
| CN110541041B (zh) | 与中国家马矮小性状相关的snp标记及其应用 | |
| CN101113470A (zh) | Slc39a7基因作为猪脂肪沉积性状的遗传标记及应用 | |
| CN113293226B (zh) | 一种玉米开花期及叶片数相关基因的分子标记的应用 | |
| CN116356038A (zh) | 一种筛选具有快速生长性能的红鳍东方鲀个体的育种方法 | |
| CN109797242B (zh) | 鉴定小麦产量相关性状的分子标记与方法 | |
| CN113699246B (zh) | 一种影响猪饲料转化效率性状的snp分子标记及其用途 | |
| CN110527739B (zh) | 甘蓝型油菜种子硫苷含量的主效qtl位点、snp分子标记及其应用 | |
| CN114214431B (zh) | 一种分子标记在猪繁殖性状关联分析中的应用 | |
| CN114107551B (zh) | 鉴别或辅助鉴别大豆蛋白含量的分子标记及其应用 | |
| CA2473263A1 (en) | Novel calpastatin (cast) alleles | |
| CN115852033A (zh) | 提高稻米品质的gs3基因和gw5基因的分子标记 | |
| CN117070652A (zh) | 用于鉴定美洲狼尾草籽粒产量的探针组以及鉴定方法 | |
| CN114250305B (zh) | 一种基于glrx3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用 | |
| CN112501342A (zh) | 一种大麦休眠基因mkk3的kasp功能分子标记及应用 | |
| CN116606916B (zh) | 基于snp位点鉴定、筛选或控制小麦每穗小穗数的方法 | |
| CN116640878B (zh) | 基于多-单-合-标-证之新模式开发的小麦每小穗小花数qtl的分子标记及其应用 | |
| CN116855592B (zh) | 基于a583g snp位点鉴定、筛选或控制小麦千粒重的方法 | |
| KR20130050832A (ko) | 토종닭 순계와 실용계의 유전적 특성 및 품종식별력 분석 방법 | |
| CN111893196B (zh) | 与苏姜猪生产性状相关的mc4r基因分子标记及其制备方法和应用 | |
| CN110484651B (zh) | 一种小麦产量相关基因TaNRT2-6D中的分子标记及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |