CN117007815A - 一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 - Google Patents
一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117007815A CN117007815A CN202310901910.6A CN202310901910A CN117007815A CN 117007815 A CN117007815 A CN 117007815A CN 202310901910 A CN202310901910 A CN 202310901910A CN 117007815 A CN117007815 A CN 117007815A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- peptide
- acetylated
- exogenous
- enrichment process
- group
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 title claims abstract description 68
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 title claims abstract description 67
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 59
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 title claims abstract description 15
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 91
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 claims abstract description 25
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 claims abstract description 20
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 15
- 239000013558 reference substance Substances 0.000 claims abstract description 12
- 108091005601 modified peptides Proteins 0.000 claims abstract description 10
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims abstract description 6
- 238000002347 injection Methods 0.000 claims abstract description 4
- 239000007924 injection Substances 0.000 claims abstract description 4
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims abstract description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 17
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 17
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 16
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 6
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 6
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims description 5
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 claims description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000000155 isotopic effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000001948 isotopic labelling Methods 0.000 claims description 2
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 2
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 claims description 2
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000008267 milk Substances 0.000 claims description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 abstract description 2
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 10
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 9
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 5
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 3
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 3
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 description 2
- 238000011033 desalting Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 238000009777 vacuum freeze-drying Methods 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 102000005421 acetyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108020002494 acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- HQVFCQRVQFYGRJ-UHFFFAOYSA-N formic acid;hydrate Chemical compound O.OC=O HQVFCQRVQFYGRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001294 liquid chromatography-tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/62—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/62—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode
- G01N27/64—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode using wave or particle radiation to ionise a gas, e.g. in an ionisation chamber
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N30/62—Detectors specially adapted therefor
- G01N30/72—Mass spectrometers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N2030/022—Column chromatography characterised by the kind of separation mechanism
- G01N2030/027—Liquid chromatography
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2570/00—Omics, e.g. proteomics, glycomics or lipidomics; Methods of analysis focusing on the entire complement of classes of biological molecules or subsets thereof, i.e. focusing on proteomes, glycomes or lipidomes
Abstract
本发明公开了一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，包括以下步骤：1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含一条乙酰化修饰的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括乙酰化肽段富集的步骤；3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，计算不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的乙酰化富集过程是否合格。该方法能有效评价乙酰化肽段富集效率。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体地，涉及一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法。
背景技术
蛋白质乙酰化是众多修饰中最常见且重要的翻译后修饰之一，对细胞生命活动有重要的作用。蛋白质乙酰化作为一种重要的蛋白质翻译修饰类型，在乙酰基转移酶的催化下把乙酰基团被共价结合到底物蛋白质的赖氨酸残基上的过程，主要发生在蛋白质赖氨酸残基的ε-NH2位，乙酰化修饰在几乎所有的生物学过程中都起重要调控作用。乙酰化蛋白质组学是主要的研究手段，质谱法是鉴别蛋白乙酰化位点和定量乙酰化变化的关键工具。乙酰化肽段的富集对于成功的乙酰化肽质谱分析至关重要。目前蛋白质乙酰化主要检测方法有抗体富集方法、染色质免疫共沉淀(ChIP)、Western免疫印迹(Western Blot)、蛋白芯片等。
目前，蛋白质乙酰化富集的蛋白初始用量要求为蛋白浓度不少于5mg/mL，蛋白总量不少于4mg，富集后可得到约5μg肽段。由于大多数乙酰化肽段富集过程中并不做质控，只在质谱上机后通过鉴定数与富集效率判断此次实验是否成功，因此无法确定是样本本身乙酰化修饰蛋白量少还是富集过程导致的富集效率或鉴定数低。质控乙酰化肽段富集过程变得极为必要。
发明内容
发明目的：为解决上述技术问题，本发明提供了一种用于监测乙酰化蛋白质组学中，乙酰化肽段富集过程的方法。
技术方案：为达到上述发明目的，本发明采用如下技术方案：
一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，包括以下步骤：
1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含一条乙酰化修饰的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；
2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括乙酰化肽段富集的步骤；
3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的乙酰化富集过程是否合格。
该方法用以评估乙酰化肽段富集过程中，乙酰化富集效率及实验流程是否合格。
优选的，步骤1)中，所述乙酰化修饰位点选自分布在赖氨酸上的乙酰化修饰位点。每组中有乙酰化修饰位点的肽段，与其他组中有乙酰化修饰位点的肽段相比，序列一致的，乙酰化修饰位点也相同。
优选的，步骤1)中，所述同位素标记不同包括：一组中肽段没有同位素标记，其他各组中肽段有同位素标记，但各组用以标记的同位素不相同；或者各组中肽段都有同位素标记，但各组用以标记的同位素不相同。
优选的，步骤1)中，所述同位素标记中的同位素包括：12C、13C、14C、14N、15N、16O、18O、1H、2H。
优选的，步骤2)中，所述外源肽段参考品加入前进行准确定量，优选加入量一致，或者按比例进行加入。
优选的，步骤2)中，所述样品选自细胞、组织、血浆、血清、全血、尿液、脑脊液、唾液、淋巴液、胸腔积水、乳汁、组织液、微生物或植物。
优选的，步骤2)中，所述外源肽段参考品加入前进行准确定量，优选加入量一致，或者按比例进行加入。
作为具体实施方案，所述乙酰化肽段富集的步骤，包括乙酰化肽段富集的所有步骤或者部分步骤。即两组外源肽段参考品加入的时间点之间，有的可以包括乙酰化肽段富集的所有步骤，有的可以包括乙酰化肽段富集的部分步骤。
优选的，步骤3)中，所述检测的方法为质谱检测，如LC-MS/MS，MALDI-TOF。
进一步的，步骤3)中，若在前加入的外源肽段参考品是在乙酰化肽段富集前或者富集开始时加入，在后加入的外源肽段参考品是在乙酰化肽段富集完成时或者富集完成后加入，则将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价整个乙酰化肽段富集过程是否合格。
进一步的，步骤3)中，所述在前加入的外源肽段参考品和在后加入的外源肽段参考品，若两者加入时间点之间仅包括乙酰化肽段富集过程的部分步骤，则将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价上述乙酰化肽段富集过程的部分步骤是否合格。
优选的，步骤3)中，所述提取处理数据，可以使用软件对肽段参考品的肽段进行定性定量数据提取，可使用部分先进质谱检测软件自带的实时鉴定方法，或在获得全数据后进行定性定量数据提取。
优选的，步骤3)中，所述提取处理数据，使用蛋白质组分析软件如：ProteomeDiscoverer、PEAKs、DIA-NN、Spectronaut、Maxquant、Skyline，将所有定性定量肽段数据进行导出，对导出数据进行手动或编程软件搜索并确定相应肽段丰度。
作为优选方案，当外源肽段参考品设置两组时，具体的方法如下：
1)准备两组外源肽段参考品A和B，A组和B组外源肽段参考品均包含一条乙酰化修饰位点的肽段，A组作为检测标品，B组中的肽段与A组中肽段序列对应相同，但同位素标记不同，作为标定标品，同位素标记为精氨酸(R)非重标(12C)与13C标记，其乙酰化修饰位点均为：赖氨酸上的乙酰化修饰位点；
2)将两组参考品分开使用，在进行乙酰化肽段富集前或富集中检测标品肽段组A混合加入样本中，富集完成后将标定标品肽段组B混合加入样本中，进样检测；
3)使用蛋白质组分析软件Proteome Discoverer，将所有定性定量肽段数据进行导出，对导出数据进行手动或编程软件搜索并确定相应肽段丰度，根据检测标品肽段组A与标定标品肽段组B比例计算得率，以评价乙酰化肽段富集过程是否合格，计算公式为：回收率＝检测标品肽段组A的肽段强度/标定标品肽段组B的肽段强度。
有益效果：与现有技术相比，本发明可以有效评估乙酰化肽段富集流程是否合格，本方法可以直观、定量评估乙酰化肽段富集流程对样本造成的影响，从而评估样本操作过程中乙酰化肽段的损失情况，进一步可以指导乙酰化肽段富集流程的改良，也可以用于评估不同乙酰化肽段富集方法对样本中乙酰化肽段富集效果。
附图说明
图1：为本发明评估方法的流程示意图。
图2：为实施例1的实验流程示意图。
具体实施方式
以下对本发明方案进行全面的描述，所述的实施案例是本发明中最优选实施方式，但本发明并不限于以下实施例。
实施例
1.设置一组肽段：TPVISGK(ace)PYEYR命名为检测标品肽段组A；
2.相应的同位素标记肽段(R用13C标记)：TPVISGK(ace)PYEYR(13C6)命名为
标定标品肽段组B；(标品肽段组A和标品肽段组B均通过生物公司定制合成)。
3.将检测标品肽段组A及标定标品肽段组B，各组中肽段均按照浓度1:1进行配比，检测标品肽段组A和标定标品肽段组B均稀释到浓度为20ng/μL；
4.在蛋白质组样品提取完成后，取4mg蛋白质组样品两组，分别加入100μg胰蛋白酶，用50mMNH4HCO3溶液补齐至800μL体系，37℃酶解过夜；
5.取SPE C18 1mL除盐柱，按如下顺序加入：甲醇1mL，0.1％甲酸1mL*2次，上样*2遍，0.1％甲酸1mL*3次，使用70％乙腈1mL洗脱样品；
6.将洗脱样品进行离心真空冷冻干燥；
7.向样品管中分别加入5μL 20ng/μL检测标品肽段组A，一组加入1.4mL IAP缓冲液(50mM MOPS/NaOH pH 7.2，10mM Na2HPO4，50mM NaCl)混匀，另一组加入
500μLIAP缓冲液混匀，分别作为样品1和样品2；
8.4℃10,000g离心5min后收集上清；
9.将抗体珠2,000g离心30s，去除珠子中的缓冲液，用1mL 1XPBS洗涤抗体珠4
次，每次洗涤后以2,000g离心30s，去除上清；
10.将步骤8的上清加入到抗体珠上，在4℃的旋转器上孵育2h；
11.2,000g离心30s，去除上清；
12.在抗体珠中加入1mL IAP缓冲液，倒置管混合5次，2,000g离心30s，去除上清；13.重复步骤13，总共IAP缓冲液洗两次；
14.向抗体珠中加入1mL 4℃预冷的质谱水，倒置管混合5次，2,000g离心30s，去除上清；
15.重复步骤15两次，总共水洗三次；
16.向抗体珠中加入55μL 0.15％ TFA，敲击管底几次，室温静置10min，每2-3min轻轻用移液器搅拌一次；
17.2,000g离心30s，收集上清；
18.向抗体珠中加入50μL 0.15％ TFA，重复步骤17的离心/洗脱步骤，将上清液与步骤
18收集的上清合并；
19.将合并后的上清使用SPE C18 1mL除盐柱，按如下顺序加入：甲醇1mL，0.1％甲
酸1mL*2次，上样*2遍，0.1％甲酸1mL*3次，使用70％乙腈1mL洗脱样品；20.将洗脱样品进行离心真空冷冻干燥；
21.向样品中分别加入5μL 20ng/μL标定标品肽段组B，加入15μL 0.1％甲酸水混匀；22.分别进样15μL至液相质谱进行150min DDA数据采集，液相质谱为ThermoU3000+HF进行检测；流动相A为2％乙腈、0.1％甲酸水溶液，流动相B为80％乙腈和0.1％甲酸水溶液；设置梯度为0-5min，3％ B，5-140min，3％-90％ B，140-150min，90％-3％ B；
23.本实例使用Proteome Discoverer软件对数据进行抽提，固定化修饰为半胱氨酸的烷基化修饰，可变修饰为赖氨酸乙酰化修饰，导出peptide定性定量数据表，从表中提
取得到两组肽段在2个样本中丰度如下表：
表1.3个肽段标品的定量信息
表2.样品1、2中抽提部分样品肽段定量信息
通过表1的肽段定量数据，发现样品1中赖氨酸乙酰化肽段定量回收率明显偏小；且通过表2，对比样品1与样品2中相同肽段定量值可知，样品1中的乙酰化肽段回收比例仅为样品2的60％左右，说明在使用抗体珠进行乙酰化肽段富集流程中，缩小富集体积可以增加富集效果。
Claims (9)
1.一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含一条乙酰化修饰的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；
2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括乙酰化肽段富集的步骤；
3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的乙酰化富集过程是否合格。
2.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤1)中，所述乙酰化修饰位点选自分布在赖氨酸上的乙酰化修饰位点；每组中有乙酰化修饰位点的肽段，与其他组中有乙酰化修饰位点的肽段相比，序列一致的，乙酰化修饰位点也相同。
3.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤1)中，所述同位素标记不同包括：一组中肽段没有同位素标记，其他各组中肽段有同位素标记，但各组用以标记的同位素不相同；或者各组中肽段都有同位素标记，但各组用以标记的同位素不相同。
4.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤1)中，所述同位素标记中的同位素包括：12C、13C、14C、14N、15N、16O、18O、1H、2H。
5.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤2)中，所述样品选自细胞、组织、血浆、血清、全血、尿液、脑脊液、唾液、淋巴液、胸腔积水、乳汁、组织液、微生物或植物。
6.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤2)中，所述外源肽段参考品加入前进行准确定量，优选加入量一致，或者按比例进行加入；所述乙酰化肽段富集的步骤，包括乙酰化肽段富集的所有步骤或者部分步骤。
7.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤3)中，所述检测的方法为质谱检测。
8.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤3)中，若在前加入的外源肽段参考品是在乙酰化肽段富集前或者富集开始时加入，在后加入的外源肽段参考品是在乙酰化肽段富集完成时或者富集完成后加入，则将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价整个乙酰化肽段富集过程是否合格。
9.根据权利要求1所述的用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法，其特征在于，步骤3)中，所述在前加入的外源肽段参考品和在后加入的外源肽段参考品，若两者加入时间点之间仅包括乙酰化肽段富集过程的部分步骤，则将在前加入的外源肽段参考品的肽段丰度除以在后加入的外源肽段参考品的相同序列肽段的丰度，得到不同乙酰化修饰肽段的得率比值，以此评价上述乙酰化肽段富集过程的部分步骤是否合格。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202310901910.6A CN117007815A (zh) | 2023-07-21 | 2023-07-21 | 一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202310901910.6A CN117007815A (zh) | 2023-07-21 | 2023-07-21 | 一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117007815A true CN117007815A (zh) | 2023-11-07 |
Family
ID=88573798
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202310901910.6A Pending CN117007815A (zh) | 2023-07-21 | 2023-07-21 | 一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117007815A (zh) |
-
2023
- 2023-07-21 CN CN202310901910.6A patent/CN117007815A/zh active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN100558879C (zh) | 用质谱法高灵敏度定量肽 | |
| CN112225782B (zh) | 测定covid-19疫苗中结构蛋白含量的特异性肽段及方法 | |
| CN107402269B (zh) | 基于scx/sax混合填料的集成化蛋白质组学样品前处理平台及其应用 | |
| CN111896651B (zh) | 一种白眉蝮蛇蛇毒类凝血酶特征多肽及其应用 | |
| CN104198613A (zh) | 一种分析蛋白o-糖基化位点的方法 | |
| CN110261500B (zh) | 一种基于质谱的完整n-糖肽相对定量方法 | |
| CN111965295A (zh) | 一种基于液质联用技术验证的dna编码苗头化合物的鉴定方法 | |
| CN114705794B (zh) | 一种生物样本的蛋白质组学分析方法 | |
| CN108548876B (zh) | 一种改进的生物样本中磷酸化肽段的鉴定及定量方法 | |
| CN110678756B (zh) | 使用质谱法对低丰度多肽进行绝对定量的方法 | |
| CN113484449B (zh) | 一种高通量定量和定性分析蛋白质的方法 | |
| WO2023185840A1 (zh) | 一种基于质谱检测体液样本里中低丰度蛋白的方法 | |
| CN117007815A (zh) | 一种用于监测乙酰化蛋白质组学中乙酰化肽段富集过程的方法 | |
| CN113429474B (zh) | 一种基于特征性肽段标签鉴别植物蛋白肉样品掺假情况的方法 | |
| CN114216983B (zh) | 一种液相色谱串联质谱法检测动物性食品中咪多卡的残留量的方法 | |
| US20020155614A1 (en) | Peptide esterification | |
| CN116840333A (zh) | 一种用于监测甲基化蛋白质组学中甲基化肽段富集过程的方法 | |
| CN115184110A (zh) | 全类型生物蛋白质组学样本保存及自动化前处理方法 | |
| CN116908469A (zh) | 一种用于监测泛素化蛋白质组学中泛素化肽段富集过程的方法 | |
| CN116665782A (zh) | 一种用于监测磷酸化蛋白质组学中磷酸化肽段富集过程的方法 | |
| CN113588833B (zh) | 一种用于监测蛋白质组样品制备中蛋白酶解效率及误切率的参考品及其应用 | |
| CN113376280A (zh) | 一种同时检测尿液样本中94种氨基酸的方法 | |
| CN113376286B (zh) | 一种评估提取纯化方法亲疏水偏好性的方法 | |
| CN116858978B (zh) | 一种同时检测门冬胰岛素和德谷胰岛素的方法及其血浆样品处理方法 | |
| CN111024867A (zh) | 一类基于稳定同位素的高通量蛋白质组学定量试剂 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |