CN116334298A - 一种六妹羊肚菌ssr分子标记、引物组及其应用 - Google Patents

一种六妹羊肚菌ssr分子标记、引物组及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明属于食用菌遗传学分析及育种技术领域，具体涉及一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用。本发明所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括37个SSR分子标记中的一种或多种：所述37个SSR分子标记通过7个六妹羊肚菌基因组的全基因组水平的比较分析得到；所述37个SSR分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.37所示。本发明所述37个SSR分子标记在20份六妹羊肚菌中表现出较高的多态性，且稳定性好，可以用于六妹羊肚菌的遗传多样性分析和种质鉴定，具有较好地应用价值。

Description

一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用
技术领域
本发明属于食用菌遗传学分析及育种技术领域，具体涉及一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用。
背景技术
羊肚菌是一种名贵的珍稀食用菌，不但味道鲜美、口感脆嫩，还富含多种生物活性成分，具有抗癌、抗肿瘤、抗疲劳、提高免疫力和保肝护肝等功效，深受人类的青睐。据统计，2021-2022年度，全国的羊肚菌栽培面积已达25万亩，是十年前的80余倍，栽培区域也遍布全国各地。然而由于羊肚菌菌种的不稳定性导致的70%的种植户无法稳定盈利。
六妹羊肚菌是目前大面积推行的羊肚菌栽培品种之一，具有抗温差波动能力强，适应性广和产量稳定的优势，近年来在全国各地推广较多。然而，由于前端的遗传育种研究基础薄弱，品种选育工作难以推进，且市场上品种的肆意传代导致的活力退化现象也常有发生，如相同的菌株在各地表现差异明显，甚至出现一些区域高产，一些区域绝收的极端案例。该现象的内因是品种权的保护问题，如何保障育种工作者的权益成为行业亟待解决的事情。
分子身份标签是通过DNA条形码技术，为每一个菌株构建一套独有的分子标记信息，以区分异己，实现菌种保护的目的。SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记是行业内外认可度较高的分子标记技术，其是基于基因组中的1-6个核苷酸的重复片段多态性设计，具有序列变异度高、稳定性高、共显性等优势，已在动物、植物和微生物中广泛使用，同时，SSR分子标记也广泛用于遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图的绘制、品种鉴定、谱系分析、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性等研究中。
传统的SSR标记开发借助常规的重复序列富集PCR扩增、ISSR（inter-simplesequence repeat）转化、EST-SSR（expressed sequence tag-simple sequence repeat）序列开发以及简单的依靠单一的基因组序列查找SSR位点进行开发检测。刘伟等（2018）曾基于粗柄羊肚菌的转录组数据分析了其SSR分布和序列特征分析（刘伟等.粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析.轻工学报，2017，32(02):33-39）。孟清等（2019）同样基于小海绵羊肚菌转录组数据进行SSR信息分析和分子标记的开发，其中随机筛选的12对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性，并对收集的19株羊肚菌进行了遗传多样性分析（孟清等.青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发.青海大学学报，2019，37(06):1-10）。Du et al.（2019）基于一个梯棱羊肚菌基因组数据的SSR特征分析，设计了一套适用于M. importuna，M. sextelata，M. eximia，M. exuberans，Mel-13和Mel-21的SSR分子标记，但该标记的多态性较低，22个SSR标记在6个种中只扩增得到了15-22个多态性位点（Du et al. Hybridization, characterization and transferability of SSRsin the genus Morchella. Fungal Biology. 2019,123(7): 528-538）。目前上述现有技术中针对梯棱羊肚菌、粗柄羊肚菌或小海绵羊肚菌开发的SSR标记的种间通用性较差，引物多态性较低，无法用于六妹羊肚菌的鉴定及遗传多样性的分析。
发明内容
本发明的目的通过7个六妹羊肚菌基因组比较分析，获得一套六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用，所述SSR分子标记多态性高，可以用于六妹羊肚菌的特异性遗传多样性分析。
本发明提供了一种六妹羊肚菌SSR分子标记，所述的六妹羊肚菌SSR标记位点通过7个六妹羊肚菌基因组的比较分析得到；所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括以下37个SSR分子标记中的一种或多种：Msex_82、Msex_713、Msex_709、Msex_692、Msex_658、Msex_650、Msex_621、Msex_620、Msex_615、Msex_576、Msex_558、Msex_553、Msex_548、Msex_546、Msex_54、Msex_523、Msex_519、Msex_5、Msex_491、Msex_49、Msex_455、Msex_426、Msex_367、Msex_332、Msex_279、Msex_247、Msex_246、Msex_235、Msex_213、Msex_209、Msex_194、Msex_193、Msex_177、Msex_173、Msex_159、Msex_116和Msex_10；
所述37个SSR分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO .1~SEQ ID NO .37所示。
优选的，所述六妹羊肚菌SSR多态性位点通过7个六妹羊肚菌全基因组水平的比较分析得到。
优选的，所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括37个SSR分子标记。
本发明还提供了用于扩增上述技术方案所述六妹羊肚菌SSR分子标记的引物组，所述引物组包括所述37个SSR分子标记的引物对，所述37个SSR分子标记的引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.38~SEQ ID NO.111所示。
本发明还提供了上述技术方案所述的六妹羊肚菌SSR分子标记或上述技术方案所述的引物组在六妹羊肚菌的遗传学分析、育种和种质鉴定中的一种或多种中的应用。
优选的，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析、聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种。
本发明还提供了一种用于六妹羊肚菌遗传学分析的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组和PCR扩增试剂。
本发明还提供了一种六妹羊肚菌的遗传学分析方法，包括如下步骤：
以上述技术方案所述的引物组对六妹羊肚菌基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
将所述扩增产物进行电泳检测，得到多态性扩增条带；
对所述多态性扩增条带进行遗传学分析。
优选的，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析和聚类分析。
优选的，所述遗传多样性分析包括：计算各SSR分子标记位点的等位基因、有效等位基因、私有等位基因和香农指数中的一种或多种。
有益效果：
本发明提供了一种六妹羊肚菌SSR分子标记，所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括以下37个SSR分子标记中的一种或多种：Msex_82、Msex_713、Msex_709、Msex_692、Msex_658、Msex_650、Msex_621、Msex_620、Msex_615、Msex_576、Msex_558、Msex_553、Msex_548、Msex_546、Msex_54、Msex_523、Msex_519、Msex_5、Msex_491、Msex_49、Msex_455、Msex_426、Msex_367、Msex_332、Msex_279、Msex_247、Msex_246、Msex_235、Msex_213、Msex_209、Msex_194、Msex_193、Msex_177、Msex_173、Msex_159、Msex_116和Msex_10；所述37个SSR分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO .1~SEQ ID NO .37所示。本发明所述37个SSR分子标记在20份六妹羊肚菌中表现出较高的多态性，且稳定性好，可以用于六妹羊肚菌的遗传多样性分析和种质鉴定，具有较好地应用价值。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。
图1为本发明实施例2中六妹羊肚菌SSR分子标记Msex_5引物组在两个羊肚菌菌株中的扩增示意图；
图2为本发明实施例3中20个六妹羊肚菌群体的37对SSR引物扩增指纹图谱；
图3为本发明实施例3中20个六妹羊肚菌菌株SSR扩增多态性的UPGMA聚类结果图；
图4为本发明实施例3中20个六妹羊肚菌菌株SSR扩增多态性的PCoA分析结果图。
具体实施方式
本发明提供了一种六妹羊肚菌SSR分子标记，所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括以下37个SSR分子标记中的一种或多种：Msex_82、Msex_713、Msex_709、Msex_692、Msex_658、Msex_650、Msex_621、Msex_620、Msex_615、Msex_576、Msex_558、Msex_553、Msex_548、Msex_546、Msex_54、Msex_523、Msex_519、Msex_5、Msex_491、Msex_49、Msex_455、Msex_426、Msex_367、Msex_332、Msex_279、Msex_247、Msex_246、Msex_235、Msex_213、Msex_209、Msex_194、Msex_193、Msex_177、Msex_173、Msex_159、Msex_116和Msex_10；
所述37个SSR分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO .1~SEQ ID NO .37所示。
在本发明中，所述六妹羊肚菌SSR分子标记优选包括37个SSR分子标记；所述37个SSR分子标记的信息优选包括：序列编号，SSR分子标记名称，SSR分子标记的简单重复序列、简单重复序列的重复数和包括SSR分子标记的从5’端至3’端的核苷酸序列，具体如下：
SEQ ID NO.1：Msex_82|AGCC|8
CCAGCCAGTTGTTGACCAGTTAGCTAACCAGCTGTTAGCCAGTTACTCGCCTGCTAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGACAACAGAGCAATGAACGCAAAAAGAAAATCAGCGCAAAGGAAAGAAGAAGAAGGAAAAACCAGACAAGTACGTACTGACTGCAGTACTATGTAAGCTGGCCGGTCA；
SEQ ID NO.02：Msex_713|TGTC|14
CACAATTGGGAGAGGCGGTACGATGATGCCAGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCCGTCTGTCTAGGTCTCTCTGTCTCTTCTCTGTAGACTCTTCTTAGACTGTATAATGTACTCTAGATAGCGGGTCTCTCTCCATCA；
SEQ ID NO.03：Msex_709|TGT|27
CTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGGCTGGAGAATACGACGACGGG；
SEQ ID NO.04：Msex_692|TGG|11
CAACCCAGGCAGATCCGTACATACAGTGCCTTAGACAGAGGAGACAACCCACTCTACAGTATCAGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTGGTAGGTAAAAAAAACGGTTGTGGATAGCCACACACCGCAGGCATGCCCATCATTACCTCGCAGCT；
SEQ ID NO.05：Msex_658|TG|10
TGAACCCAGCGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGTACACGTTCTAGCTTATAATTAAGATCAGCTAACAGAGAAAAACTGTAGCCTTTACCTACTAATGCTTGACAGCAGATTTTGAGCGTGATAGAGAATCCTATCCTCTACTGTTCCAAATCTTATGCAACAGTCGCTTGAATCCG；
SEQ ID NO.06：Msex_650|TCT|14
AACGACCTCACACAGAGCAGCGATGCCTCTGTGGCCTGGGACAGCAGCACCCCAACTGCCCTGCAGGCCGACCTGAGCCACTACAAAGTGCGCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCATCATACAAAGCCCAAAAACTAAACCCCAGCCTGGATG；
SEQ ID NO.07：Msex_621|TC|15
TGCTGCTGCAGTGATTGAGACATTGGTACTGATTGGTATTGGTATATATAGCTAGGGTGGGGTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTCTCTCTCTATTTATTTATTTTCTTGAGAAGAGAAAAGAGGGACTTTACACGGTCG；
SEQ ID NO.08：Msex_620|TC|14
CCATCTCGTGTGAGCTGTGTGCTGTGAGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCTACAGAGAGACGAGGGAATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGGTCGTGTTCGTGGGTACCAAG；
SEQ ID NO.09：Msex_615|TAG|10
GCCTTGTGCCTTGCAGAAAATGTATCTGGTTATCTACCTATCTGCTGGATGGTCGATGAGATGTATAGAGCATCCAATTGCTATTACACTGCCAGTGCAACTAGCATCATTGGCTGTTTTGTCGGTGGTTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTACGTAGGCGTCGTTATCGTCT；
SEQ ID NO.10：Msex_576|TA|15
GCTTGTGGTCGTGAAGCATTTCAACAATGAAGATGTACGTATATATATATATATATATATATATATATACACCTACCCCAAGCTTTGTCTCCTGTTCTTCCATTTATCCTATATTAGTTCGTTAGTACACCTCAAAGTGTAATGGGACTACTTATTAACGGCGCCCATGTGA；
SEQ ID NO.11：Msex_558|GTG|6
TGACTGTAGTGGTGGGGTGAGGTGAGGTTAAGGTTGTGTTGGCAGCTGGGTGGCGGGTGGCGGGTGTGTGACTTGGTGCGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGGCGGTGTTGGTGGGTGTGGTGGGGAGTATTGG；
SEQ ID NO.12：Msex_553|GTG|26
AGGATCTGTGTTGTACGTCGTGTAGTGGAGCGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATAAAGAAGACTCCCTCACACACGTAGGCAACCAATGGGCGCTGCCCGCTTCTTAAGGCAACCAAGTGGTTGCGTCACATG；
SEQ ID NO.13：Msex_548|GTCT|9
CAGTCAGTGTCACGGATGGACTAGCTGAAGTAGAGTAGAATATTATATACAGTGACCCACGGACGCGCTCTTCCTCTTGGGGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTCCTTCGAATCCTTTCCACTTGCCTTCTTCTCTTCCTTCTCTTTCCCCCTCCTCCTATCGATTCCCCACTTGCTCACT；
SEQ ID NO.14：Msex_546|GTCT|10
AAAGAGGCAGAGCAGCTAGCAGCTAGCAGCTAGCAGCTAGCAGCAGGAAGGAGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCGTAGAAACAGCTATGGTCCAATGCACAATGGAATAAAACACCGCCCGT；
SEQ ID NO.15：Msex_54|AG|6
AGATGGGCAGCAGATCAACAATCAAGAGGAGTCAATTGAGATGAATGTAGGTACGAGCAGCTTAATGATTTCGACACCAATGGCGAAGAGAGAGAGATGTATTGTAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGCTCAATGGTCAACAGAGATCAATGGACGGAAGAGAGGGTCA；
SEQ ID NO.16：Msex_523|GGT|6
TGGTATACGGGAAGGTGGGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGCTCCCGCAGGGGGAGTGCAGAATATTACGGTTATCCAGCGTCGTGGGAGTGTGAAAAGAAGAAAGTGATGACAACGATGGTGGTGTGG；
SEQ ID NO.17：Msex_519|GGT|5
TGAGGAGAGGAGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGAGCTAGGAGGAGGAGGTGGTGGAGTGGAGGAGAATGTAGGAAGAGTGTTTAATAACGCACCTCGGGAGAAGAGGCTAGCCAGTTAGAAGAGCTGTGTGATGAGCTAAACAAGATAGTAGAGTCGAGAGCAAGACACAGACTCACGACACACGA；
SEQ ID NO.18：Msex_5|AAC|7
ATTTCGAGGACGGTGAGGTGCAGGTTGTCGAGGGGCATGAGCCAGATGTCTGGTCCGCAAGCTCGAGTTAGCAGGTGGTCCAATAATGAATATATAGCTCCAGCTAGCTATCCCCAACAATAACAACAACAACAACAACAACGAAAGAGCTACAAACCCGAGCAC；
SEQ ID NO.19：Msex_491|GGA|8
GGGCTCCAGAACCTGTTCTCGTTCCAGGAGAACACCATCCTGAAGGAGATTGTCAATAAGACGAATGTGGCCGAGTCGAAGGCGGGGGTTGCGGTGGCGGGGCTGGAGCTGGGCGGGTGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGTTTGAGGAGGATGTGGATGGCATGAATGCGTTGAATCAGTTGGCG；
SEQ ID NO.20：Msex_49|AG|13
ATCATTCCATGGCGGGTGTTCTGATCATCTTCGAGAAGTTTGGGTCTGGGGACGTCCGTTGGGGGCGTAGATTACCACTAGCTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGGTGCACGGTAGGTACCGTGCGAGTCTGCAATTACTATACTCCATAGCTAGCTAGAGCAGTAGTGGGCT；
SEQ ID NO.21：Msex_455|GCACCA|7
GTGAAGTGGGCATCATTCGCCCTCCTGCGCTCCCCGGCCAGCAGCAGGTCCTCGTCCTGCTCCTGCACGGTCGCGGCGGACGAGGACGCACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCGGGGCCAGCAGCGGCGGGGGCAAAGGCTTGACGGCCAAACACGGTGTGCTTGTTGTCGAGGTCGTCCT；
SEQ ID NO.22：Msex_426|GAG|6
GCACCAAGCAGCAGGATAGTGTTGTCGTAAAAGCAGAGCCGGAGGATGAAGGCGTTGTTGTCATCAAAGACGAACCAGAAGAAGAGACCACAGGACTAAAAGAAGAGAGCTCCGATGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGCACAAGGAAGAAGAGAGCGACGC；
SEQ ID NO.23：Msex_367|CTG|5
CTGTTGTTGCGCTTGGAGTGCGGCTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGGAGTGCGGCTTGCTGCTGGGTGAATTGCTGTTGCTGGAGGAATTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGTATTAGCATTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTGGGGCTTGCTGCTGGTATGGGTTGT；
SEQ ID NO.24：Msex_332|CT|16
TGCTGCTTCACCTCTACACGAAAGTCCTCACAGCTCTAGAAGGTATCATCATCAATCACTAGACGAAAGCAAACACTCACCTTTCCTGAATCACACACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTACTCTCTTACTTGCACACTCACAGTACCCA；
SEQ ID NO.25：Msex_279|CCGG|6
GGCCCTAAGTTGCTGTGGATTACCTCAATTAGCTTGATTAGCCCCAGCATTACCTGCTGGAGGATTAGCTTGATTAGCCCCAGCATTACCTACAGGAGGATTACCTCCCGGCCGGCCGGCCGGCCGGCCGGCTCCTGCGTCCATAAGTGCTAC；
SEQ ID NO.26：Msex_247|CCAGCC|7
CCGAACCTGTGGTTGAGGAGCCACCCCCACCACCACCTCCTCCACCAGCGCCGGAGCCGGAGCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCTCCCGAGCCAGCGCCACCAACCCCTCCGCCTCCCCCACCACCAGCACCAGCACCGGCTCCGCCGCCTGCCCATGTTGAGGTCGTGGTT；
SEQ ID NO.27：Msex_246|CCACTC|5
TAAAGCAAGCACCCACTCCACTCCCACTCCACTCCCACTCCCACTCCCACTCCCACTCAATCATCCAACGGCGAATAATCTCTCCCATCCTGCACCCCATCCCCCACACTATCCACCTTCAACAACAAATCCACACTCTCATCCCTCTCATCATCGCCATCATTCTCATGCGGCGACT；
SEQ ID NO.28：Msex_235|CCA|5
ATTACCATGAGCGCCCCATGACCTCCACCACCACCACCACTACCACCACCACCAATGACCTTGTTGTGCCACAACATCTCTCGCGCTCACCTCCTCTTCCACCACAAATGCTGGCATCCACGAGCCTGCGTCTTCCACCACGGTAAGCTAGCCTACTCGC；
SEQ ID NO.29：Msex_213|CAT|19
ACTTCGACCTGCAGTAACCCTTTTAGCTACAGTAATACTTTGTGTAGCAGTAATTTTACGTTTTTTGGTCCTGGCAAGGCCACCGCCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCGTCGTCGTCGTCTCTGCCATCATCCTCAGAGTCACTCTCGGG；
SEQ ID NO.30：Msex_209|CAGCCG|5
GATGGGGCAGAGGCTATTCCGCCGCCGCCATATGAGCGCCATCCAAACCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCCTCAGCTGACTGCATACCAGCAACAGCA；
SEQ ID NO.31：Msex_194|CAC|9
GTCTTTGTGCGAGCACCAAGCAAGGAACCACGAGCATAGTAACACTCAGCTCCCCCAACACCACCACCACCACCACCACCACCACCATTCCCATTCCCATTCCATTCCCATAACCATTCCCACCACACCACTACACCGCCACTCCCACAACCACCCACACCACCACAATCAA；
SEQ ID NO.32：Msex_193|CAC|8
GGCGCGTCTCAAAGGAAAAGAAACCCTATTCCAAACCCTTAATCTCTTGGCGGCCACCAACCACCACATCACATCCCACTTCAACCCCTCATTTGTTCCCCCTCTCAAAACCAACACCACCACCACCACCACCACCACACGGATACCTCAACTGCCCGTGAAG；
SEQ ID NO.33：Msex_177|CAA|5
TTCCAGGCTCAGATCAACCGCGGCATGAGCGTGCGCAACAACAACAACAACAGCAGCAGGTTCCCAATAGCGGGGCCGAAGGGGTACTACAGCGACACGGAG；
SEQ ID NO.34：Msex_173|CA|8
CACAGCACACTCTACGCAGAGTTGATGATATCCACAACTGCACACACACACACACACCCCGTTAGCCAACAAACCCCACACAAAGCGCATTCCGGGGAAAACTCACAGG；
SEQ ID NO.35：Msex_159|CA|10
ACCACACCTGCAACACCTACATACACTCACACACACACACACACACATACAACTCGCTCGCACCCCTCCCACCTCAGCATCCAGGCTTAGAACAGAATAGCCACGCTGCACGTGCTTGGATCGTCCCTATTCAGCCAATTAACGCTCCATAAGTGCGGTCGGAAGGGAACAAGGCCTTGA；
SEQ ID NO.36：Msex_116|AT|6
GCATAACGCCGCGCTATAACCGGCATATTATACCGAGCTATAATTCCAAAAGGCTGTAGAAAAAACATTTTGGGGGGGAAAAGACACTTGAGTACTTGGAAAAAAAAAGTAATGAACATAAATACATATATATATATATATATATATATATACATATACGATAAAGTAGTTTCTCGCACGCG；
SEQ ID NO.37：Msex_10|AAG|17
CAAACAAGGTGGCAGGAAGCTGTTGACTGACTGGCTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTCATGCCCCCGTGCCTTCTTGAATGCTGGTTGTGGTGGGGCGTGAGTGTGAGTAGTCAGAGCCTCCTCTCCTT。
本发明还提供了用于扩增上述技术方案所述六妹羊肚菌SSR分子标记的引物组，所述引物组包括所述37个SSR分子标记的引物对，所述37个SSR分子标记的引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.38~SEQ ID NO.111所示。
在本发明中，所述37个SSR分子标记的引物对的信息优选如表1和表2所示：
表1 37个SSR分子标记的引物对的核苷酸序列
Figure SMS_1
表2 37个SSR分子标记的引物对扩增产物的相关信息
Figure SMS_2
本发明还提供了上述技术方案所述的六妹羊肚菌SSR分子标记或上述技术方案所述的引物组在六妹羊肚菌的遗传学分析、育种和种质鉴定中的一种或多种中的应用，优选为遗传学分析。
在本发明中，本发明所述遗传学分析优选包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析、聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种，更优选为遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析和聚类分析。
本发明以所述六妹羊肚菌SSR分子标记为目标序列设计引物，以设计得到的引物组对六妹羊肚菌进行扩增，扩增结果稳定性好，多态性高，可以用于六妹羊肚菌的遗传学分析、育种和种质鉴定。
本发明还提供了一种用于六妹羊肚菌的遗传学分析的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组和PCR扩增试剂。本发明对所述PCR扩增试剂的来源和具体组分没有特殊限定，采用本领域中常规PCR扩增试剂即可，如本发明实施例中采用的PCR扩增试剂为购买于北京擎科生物科技有限公司的成品Mix（Tsingke TSE101，Mix Green）。
本发明还提供了一种六妹羊肚菌的遗传学分析方法，包括如下步骤：
以上述技术方案所述的引物组对六妹羊肚菌基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
将所述扩增产物进行电泳检测，得到多态性扩增条带；
对所述多态性扩增条带进行遗传学分析。
本发明以上述技术方案所述的引物组对六妹羊肚菌基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物。进行所述PCR扩增前，本发明优选提取六妹羊肚菌的基因组DNA。本发明对所述基因组DNA的提取方法没有特殊限定，采用本领域中常规基因组DNA的提取方法即可，如商用试剂盒或CTAB法，提取得到的基因组DNA稀释至25-50ng/μL。
得到所述六妹羊肚菌基因组DNA后，本发明以上述技术方案所述的引物组对六妹羊肚菌基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物。本发明所述PCR扩增的体系优选包括：Mix（green）17μL、10μM的正向引物 1μL、10μM的反向引物1μL、六妹羊肚菌基因组DNA 1μL。本发明所述PCR扩增程序优选包括：98℃预变性2min；98℃变性10s，60℃退火10s，72℃延伸10s，共35个循环；72℃终延伸5min。
得到所述扩增产物后，本发明将所述扩增产物进行电泳检测，得到多态性扩增条带。本发明所述电泳检测优选为毛细管电泳。本发明优选采用3730xl测序仪进行所述毛细管电泳。本发明对所述毛细管电泳的具体过程没有特殊限定，采用本领域常规毛细管电泳过程即可。
得到所述多态性扩增条带后，本发明优选对所述多态性扩增条带进行数据矫正及整理，建立原始数据矩阵。本发明优选采用GenAlEx软件进行所述数据矫正及整理，所述GenAlEx软件的版本优选为version 6.501，具体包括：将对每个六妹羊肚菌菌株的特异性条带以0和1的方式进行统计替换，1表示有条带，0表示没有条带。
得到所述原始数据矩阵后，本发明优选以所述原始数据矩阵进行遗传学分析。本发明所述遗传学分析优选包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析和聚类分析。
本发明所述遗传多样性分析优选包括计算各SSR分子标记位点的等位基因、有效等位基因、私有等位基因和香农指数中的一种或多种，更优选计算各SSR分子标记位点的等位基因、有效等位基因、私有等位基因和香农指数。本发明优选采用GenAlEx和Popgen32软件进行所述遗传多样性分析，所述GenAlEx软件的版本优选为version 6.501。
本发明优选采用STRUCTURE软件进行所述群体遗传结构分析，所述STRUCTURE软件的版本优选为version 2.3.3，具体优选包括采用马尔科夫链（Markov Chain MonteCarlo， MCMC）方法预设群体分组（K），依据等位基因频率对个体进行计算、抽样和分组。本发明所述群体遗传结构分析中的K值的范围优选为1~10，每个K值进行10次独立的runs，每个循环的重复抽样次数设置为100,000次。本发明优选于STRUCTURE HARVESTER（http://taylor0.biology.ucla.edu/struct_harvest/）网站中，参照Evanno et al.（Evanno G.,Regnaut S., Goudet J. 2005. Detecting the number of clusters of individualsusing the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology, 14:2611–2620.）的方法，计算最适K值。
本发明优选采用NTSYS软件进行所述聚类分析，具体优选包括：在NTSYS软件的similarity模块中获得相似性矩阵或距离矩阵，再在clustering模块中得到聚类树。
本发明所述基因流分析优选按Wright （Wright, S. 1931. Evolution inMendelian populations. Genetics 16: 97-159.）的公式来计算，所述公示具体为：Nm=0.25（1 - Gst）/Gst，其中Nm为基因流，Gst为遗传分化系数。
为了进一步说明本发明，下面结合附图和实施例对本发明提供的技术方案进行详细地描述，但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1 六妹羊肚菌全基因组水平的SSR分子标记开发及特征
37个六妹羊肚菌SSR分子标记的来源，步骤如下：
1）六妹羊肚菌2015-9号菌株基因组测序和de novo组装
本申请人早期基于二代和三代整合的基因组测序方案，获得了六妹羊肚菌2015-114菌株的基因组测序（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JAMGYU000000000/）（刘伟.梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究.华中农业大学，2020. DOI:10.27158/d.cnki.ghznu.2020.000544）。2015-114基因组大小52.997Mb，共包含28个contig，基因组N50 1.90Mb，BUSCO基因完整性评价显示达到了99.12%，表明这是一个高质量的六妹羊肚菌基因组。
2）六个六妹羊肚菌菌株基因组二代测序及基因组de novo组装
以二代Illumina HiSeq 4000 双末端PE500的测序方案，分别对六个六妹羊肚菌：20D02A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686507）、20D14A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686504）、20D16A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686502）、20D17A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686501）、20D20A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686498）和20D22A（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR16686495）进行测序，每个菌株分别测序4G的rawdata，使用二代基因组组装软件SPAde（v.3.15.3）分别对六个菌株进行基因组组装，SPAde具体参数：spades.py --isolate --pe-1 1 1.fastq --pe-2 1 2.fastq -t80 -k91 --cov-cutoff auto -m 1000-o./K91。
组装结果显示，六个菌株分别组装得到了52.19Mb、54.05Mb、52.64Mb、51.65Mb、52.01Mb和51.67Mb，与参考基因组2015-114的53.33Mb相比，近似一致，表明本文通过二代基因组的de novo组装获得了质量相当的完整基因组序列，可以确保用于比较基因组水平SSR标记开发的完整性和准确度。
3）六妹羊肚菌基因组范围内通用型SSR位点检测
以2015-114菌株的高质量基因组为参考，使用CandiSSR软件，整合20D02A、20D14A、20D16A 、20D17A 、20D20A和20D22A 的六套新组装的六妹羊肚菌基因组，进行六妹羊肚菌基因组通用型SSR分子标记的开发，脚本使用参数如下：CandiSSR.pl -i morexi.ctl -omorexi out -l 200 -t 100。
结果显示：在七个六妹羊肚菌基因组间，总计检测到共性SSR位点732个，剔除在任何一个基因组中有缺失的SSR位点后，共有595个候选SSR微卫星位点，重复单元为双碱基至六碱基重复，重复次数在5-37个之间。
4）六妹羊肚菌基因组范围内通用型SSR标记的开发
提取候选SSR位点上下游250bp序列，使用Primer3.0软件进行SSR引物的开发，设定候选引物退火温度60℃±3℃，PCR产物125bp-300bp，引物长度20bp±3bp，候选引物数量5条。结果显示，所有的候选SSR位点均可以成功设计得到相应的SSR引物。
结合PCR产物长度、多态性大小差异、引物的匹配度、候选位点多态性的标准差，引物在三个基因组中缺失率、物种间的可转移性，对前述的SSR位点和引物进行筛选，最终选择多态性最高、可转移性最好的37对引物对作为候选六妹羊肚菌通用型SSR引物，37个SSR位点的信息如上述具体实施方式部分所述；37对引物对的相关信息如上述表1~2所示，不再进行赘述。
实施例2 六妹羊肚菌群体的SSR分子标记多样性检测
六妹羊肚菌的37对SSR引物在六妹羊肚菌群体中的扩增检测，步骤如下：
供试六妹羊肚菌群体包含20个来源清晰的人工栽培菌株，所有菌株经过ITS-RPB1-RPB2-EF1a-LUS多基因系统发育树的构建确定其没分类地位，详情如表3所示。
表3 20个六妹羊肚菌群体样本信息特征
Figure SMS_3
按照3730xl测序仪的测序标准，引物合成添加FAM荧光信号，PCR产物通过3730xl测序仪进行检测，得到的数据进行Genemapper软件分析，根据分析结果，判断不同引物是否具体片段多态性。
PCR扩增体系：Mix(green) 17μL、10μM正向引物 1μL、10μM反向引物1μL、基因组DNA（gDNA）1μL。
PCR反应程序：98℃预变性2min；98℃变性10s、60℃退火10s、72℃延伸10s，共35个循环；72℃终延伸5min。
检测实例结果如图1所示，其为Msex_5 SSR标记对部分样品的扩增产物检测结果，同时所有的37对SSR引物均可以在20个六妹羊肚菌菌株中得到稳定的扩增产物，说明本发明设计的引物在六妹羊肚菌种群中具有高稳定性。37对SSR引物在20个六妹羊肚菌群体中，平均扩增得到1.9条多态性条带，最多的多态性条带数量达到5条。
实施例3 六妹羊肚菌群体的SSR遗传多样性分析
六妹羊肚菌群体SSR分子标记的遗传学分析，步骤如下：
1）数据矫正及整理：将每个个体的特异性条带以0和1的方式统计，1表示有条带，0表示没有条带，最终建立原始数据矩阵，如图2所示。数据的编辑和格式转化在GenAlExversion 6.501软件中进行。
2）遗传多样性分析：在GenAlEx version 6.501和Popgen32软件中，分别计算SSR位点的各项遗传多样性指标，包括观测等位基因（Na）、有效等位基因（Ne）、私有等位基因（Np）和香农指数（I）。
遗传多样性分析结果显示：37对引物在20个样本个体中共检测出73个等位基因位点，结果如表4所示：其中，最小等位基因数目为1（Msex_332、Msex_336、Msex_426、Msex_491、Msex_553、Msex_558），最大等位基因数目为5（Msex_658），平均等位基因数目为1.8904。有效等位基因（Ne，等位基因在群体中分布得越均匀，Ne越接近实际检测到的等位基因的个数）总数为58.8586，数值变化范围为1.0000（Msex_279、Msex_332、Msex_336、Msex_426、Msex_491、Msex_553、Msex_558）-1.9867（Msex_177、Msex_209），平均每个位点有效等位基因数目为1.6236。多样性指数（H）的数值范围为0.0000（Msex_279、Msex_332、Msex_336、Msex_426、Msex_491、Msex_553、Msex_558）-0.4967（Msex_177、Msex_209），平均值为0.3489。香农指数（I）的数值范围为0.0000（Msex_279、Msex_332、Msex_336、Msex_426、Msex_491、Msex_553、Msex_558）-0.6898（Msex_177、Msex_209），平均值0.5091。
表4 六妹羊肚菌37对通用性SSR引物的群体评价
Figure SMS_4
3）群体遗传结构分析：基于贝叶斯模型的群体聚类方法，本发明的群体遗传结构在STRUCTURE version 2.3.3 软件中进行。采用的马尔科夫链（Markov Chain MonteCarlo， MCMC）方法可以预设群体分组（K）同时根据等位基因频率对个体进行计算、抽样和分组。参数设置：设K值范围为1-10，每个K值进行10次独立的runs，每个循环的重复抽样次数设置为100,000次。最终，在STRUCTURE HARVESTER（http://taylor0.biology.ucla.edu/struct_harvest/）网站中，基于Evannoetal（2005）的方法，计算最适K值。
结果表明：在STRUCTURE HARVESTER中根据Evanno et al（2005）的方法计算得到的最适delta K值为2，表明3个群体中2个基因库的存在。结果显示，当K=2时，种群1的样本的基因组成主要来源于基因库2；种群2的样本的基因组成主要来源于基因库1和2；种群3的样本的基因组成主要来源于基因库1。
4）在NTSYS中计算得到相似性矩阵文件之后，基于相似性矩阵采用非加权组平均法（unweighted pair-group method with arithmetic means， UPGMA）分别建立个体的聚类树。具体方法：在NTSYS软件的在similarity模块中得到相似性矩阵或距离矩阵，再在clustering模块中得到聚类树。
聚类结果如图3所示，除两个内置阴性对照菌株HE_M925在37对引物中具有一致的扩增结果在100%的相似度下被聚类在一个分支外，其余的18个六妹羊肚菌菌株分别被聚类在不同的分支下，样品间的最低相似度为53%，最高约82.5%，表明供试的六妹羊肚菌群体间具有较高的遗传分化。
5）为了解野生群体间遗传关系，在Popgen32中对群体间的遗传距离（Nei，1972）进行计算。基于遗传距离和遗传相似矩阵，本发明构建了个体和群体的UPGMA树，进行聚类分析。
表5 群体间的遗传同一性（上三角）和遗传距离（下三角）
Figure SMS_5
由表5可以得出：基于个体的UPGMA图显示出组间和群体间的个体存在着较多的交叉混合，表明群体内存在较多的遗传变异，主坐标分析也支持三个群体的划分。
6）分子方差分析（AMOVA）和基因流估算：根据群体遗传结构分析结果，在GenAlExversion 6.501 软件中计算各群体间和群体内的变异、分化并进行显著性检验。基因流（Nm）按Wright （1931）的公式来计算：Nm= 0.25(1 - Gst)/Gst。
基于Nei的遗传距离，对20六妹羊肚菌菌株的SSR扩增多态性进行了主坐标分析，如图4所示，和群体结构分析结果相一致，整体可划分为3个类群。群体1和群体2之间具有较高的遗传相似度。
由以上结果可以得出：以本发明提供的六妹羊肚菌SSR分子标记及其所对应的引物组可以进行六妹羊肚菌的遗传学分析，尤其可以进行遗传多样性、群体遗传结构、聚类分析和基因流分析，具有很高的应用价值。
尽管上述实施例对本发明做出了详尽的描述，但它仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部实施例，人们还可以根据本实施例在不经创造性前提下获得其他实施例，这些实施例都属于本发明保护范围。

Claims (10)

1.一种六妹羊肚菌SSR分子标记，所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括以下37个SSR分子标记中的一种或多种：Msex_82、Msex_713、Msex_709、Msex_692、Msex_658、Msex_650、Msex_621、Msex_620、Msex_615、Msex_576、Msex_558、Msex_553、Msex_548、Msex_546、Msex_54、Msex_523、Msex_519、Msex_5、Msex_491、Msex_49、Msex_455、Msex_426、Msex_367、Msex_332、Msex_279、Msex_247、Msex_246、Msex_235、Msex_213、Msex_209、Msex_194、Msex_193、Msex_177、Msex_173、Msex_159、Msex_116和Msex_10；
所述37个SSR分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO .1~SEQ ID NO .37所示。
2.根据权利要求1所述的六妹羊肚菌SSR分子标记，其特征在于，所述六妹羊肚菌SSR多态性位点通过7个六妹羊肚菌全基因组水平的比较分析得到。
3.根据权利要求1所述的六妹羊肚菌SSR分子标记，其特征在于，所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括37个SSR分子标记。
4.用于扩增权利要求1或3所述六妹羊肚菌SSR分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括所述37个SSR分子标记的引物对，所述37个SSR分子标记的引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.38~SEQ ID NO.111所示。
5.权利要求1~3任一项所述的六妹羊肚菌SSR分子标记或权利要求4所述的引物组在六妹羊肚菌的遗传学分析、育种和种质鉴定中的一种或多种中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析、聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种。
7.一种用于六妹羊肚菌遗传学分析的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求4所述的引物组和PCR扩增试剂。
8.一种六妹羊肚菌的遗传学分析方法，其特征在于，包括如下步骤：
以权利要求4所述的引物组对六妹羊肚菌基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
将所述扩增产物进行电泳检测，得到多态性扩增条带；
对所述多态性扩增条带进行遗传学分析。
9.根据权利要求8所述的遗传学分析方法，其特征在于，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析和聚类分析。
10.根据权利要求9所述的遗传学分析方法，其特征在于，所述遗传多样性分析包括：计算各SSR分子标记位点的等位基因、有效等位基因、私有等位基因和香农指数中的一种或多种。
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Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109628625A (zh) * 2018-12-07 2019-04-16 广东东阳光药业有限公司 鉴定六妹羊肚菌的特异性引物、试剂盒、方法及其应用
CN114250152A (zh) * 2021-11-23 2022-03-29 贵州省土壤肥料研究所(贵州省生态农业工程技术研究中心)(贵州省农业资源与环境研究所) 一种六妹羊肚菌黔ms630及其应用
CN115927728A (zh) * 2022-11-22 2023-04-07 中华全国供销合作总社昆明食用菌研究所 用于鉴定六妹羊肚菌zjydj001菌株的ssr分子标记引物组合及方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109628625A (zh) * 2018-12-07 2019-04-16 广东东阳光药业有限公司 鉴定六妹羊肚菌的特异性引物、试剂盒、方法及其应用
CN114250152A (zh) * 2021-11-23 2022-03-29 贵州省土壤肥料研究所(贵州省生态农业工程技术研究中心)(贵州省农业资源与环境研究所) 一种六妹羊肚菌黔ms630及其应用
CN115927728A (zh) * 2022-11-22 2023-04-07 中华全国供销合作总社昆明食用菌研究所 用于鉴定六妹羊肚菌zjydj001菌株的ssr分子标记引物组合及方法

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
XI-HUI DU等: "Hybridization, characterization and transferability of SSRs in the genus Morchella", 《FUNGAL BIOL》, vol. 123, no. 7, pages 528 - 538 *
刘伟等: "梯棱羊肚菌全基因组 SNP/Indel 分析及基于 Indel 标记的遗传连锁图谱构建", 《菌物学报》, vol. 38, no. 12, pages 2195 - 2204 *
孟清;谢占玲;戴大日;王晓芳;陈薇;薛治峰;唐佳斌;: "青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发", 青海大学学报, no. 06, pages 1 - 10 *
杨燕;田鸿;张小平;毋校辉;罗金洲;: "基于ITS和ISSR的羊肚菌种质资源遗传多样性分析", 西南农业学报, no. 10, pages 2004 - 2009 *
马杰等: "基于转录组序列的羊肚菌EST-SSR标记开发与遗传多样性分析", 《江苏农业学报》, vol. 36, no. 5, pages 1282 - 1290 *

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