CN114945667A - 核酸和细胞保存剂组合物以及使用方法 - Google Patents

核酸和细胞保存剂组合物以及使用方法 Download PDF

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CN114945667A CN202180008615.7A CN202180008615A CN114945667A CN 114945667 A CN114945667 A CN 114945667A CN 202180008615 A CN202180008615 A CN 202180008615A CN 114945667 A CN114945667 A CN 114945667A
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C·威卡尔特
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Abstract

描述了核酸和细胞保存剂组合物。还描述了保存血液或其他生物样品中的核酸和/或细胞的方法,以及用于保存血液或其他生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒。这些保存剂组合物、方法和试剂盒能够从大量生物样品中分离基因组和无细胞DNA和RNA,这些基因组和无细胞DNA和RNA表现出良好的产率、纯度、完整性以及在RNA存在的情况下的可扩增性。

Description

核酸和细胞保存剂组合物以及使用方法
背景技术
许多基于核酸的测试用于分析DNA和RNA的序列、结构或表达的变化,以用于各种诊断目的。事实上,核酸是非侵入性生物医学研究的常见检查目标。然而,在已经采集生物样品后,该样品中的这些核酸,例如RNA和DNA,无论是细胞核酸/基因组核酸还是无细胞核酸,都开始降解。此外,在采集血液或其他生物样品的几分钟内就开始发生基因诱导和基因转录物的降解,这使得在采集样品时难以准确分析样品的基因表达。并且,一般而言,该血液或其他生物样品越新鲜,该样品的核酸的质量就越好。当要分析受试者血液或生物样品的核酸时,这就带来问题。通常情况下,血液和其他生物样品的采集地点和时间与它们的分析地点和时间不同。因此,血液或其他生物样品采集以后,需要在可以进行分析之前对其进行储存和运输。由于采集后的血液和其他生物样品中的核酸会迅速降解,因此需要一种方法来保存样品中存在的这些核酸,以确保这些样品的核酸在进行分析时具有高质量。
在血液或其他生物样品中的无细胞核酸情况下,采集和分析的不同地点和时间会导致额外的问题:细胞裂解。采集的样品中的细胞裂解可能导致无细胞核酸特征受到细胞核酸的污染,从而难以准确分析该生物样品中的这些无细胞核酸。采集血液或其他生物样品后不久就会开始发生细胞裂解。当这些样品需要在进行分析之前储存较长一段时间,这就带来问题。因此,还需要保存血液和其他生物样品,使得保持其核酸的无细胞特征。
同样,针对基于细胞(例如生物样品中的循环肿瘤细胞)检测或分析的诊断应用,以完整的形式保存那些细胞非常重要。
发明内容
在一个方面,本披露涉及一种核酸和细胞保存剂组合物,其包含:
a.渗透剂中的一种或多种;
b.酶抑制剂中的一种或多种;
c.任选地代谢抑制剂中的一种或多种;
d.任选地血浆扩容剂;以及
e.选自以下的试剂中的一种或多种:羟乙基淀粉、N-乙烯基吡咯烷酮(NVP)的聚合物、聚蔗糖、蛋白质胶体、非蛋白质合成胶体、乙烯二醇、丙二醇、水溶性聚合物和羧甲基纤维素或其盐。
在另一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸的方法,该方法包括将本披露的保存剂组合物与该生物样品组合的步骤。
在一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的细胞的方法,该方法包括将本披露的保存剂组合物与该生物样品组合的步骤。
在另外的方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,该试剂盒包括:
a.本文披露的保存剂组合物;以及
b.任选地,所述保存剂组合物的使用说明。
在另一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,该试剂盒包括:
a.任选地含有预定量的任选的抗凝剂的血液或其他生物样品采集管;
b.含有预定量的本文披露的保存剂组合物的注射器;以及
c.任选地,可附接到所述注射器的针头。
在另外的方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,该试剂盒包括:
a.任选地含有预定量的抗凝剂的血液或其他生物样品采集管;以及
b.含有预定量的本文披露的保存剂的安瓿,其中所述安瓿包括可移除的封盖,并且其中所述安瓿被配置为在使用者移除封盖时接收分配装置。
在另一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,该试剂盒包括任选地含有预定量的抗凝剂和本文披露的保存剂组合物的采集管。
在本披露的一个方面,这些核酸是无细胞(“cf”)DNA。在本披露的另一个方面,这些核酸是细胞(即,基因组的或“g”)DNA。
在本披露的一个方面,这些核酸是无细胞(“cf”)RNA。在本披露的另一个方面,这些核酸是细胞(即,基因组的或“g”)RNA。
在本披露的另一个方面,这些细胞是干细胞、骨细胞、血细胞(例如,红细胞和/或白细胞)、肌肉细胞、脂肪细胞、皮肤细胞、神经细胞、内皮细胞、生殖细胞、胰腺细胞、癌细胞、肿瘤细胞、或循环肿瘤细胞。在一些实施例中,这些细胞是实验室衍生或经修饰的细胞。
具体实施方式
定义
除非本文另有定义,否则本申请中使用的科技术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。在有冲突的情况下,以本说明书(包括定义)为准。
在整个本申请及其各种实施例和方面,词语“包括/包含(comprise)”或变形,例如“包括/包含(comprises)”或“包括/包含(comprising)”将被理解为允许包括所陈述的整数或多个整数的组,但不排除任何其他整数或多个整数的组。
术语“包括(including)”或“包括(includes)”用于表示“包括但不限于”。“包括”和“包括但不限于”可以互换使用。
术语“例如(e.g.)”或“例如(for example)”后面的任何一个或多个实例并不意味着对本披露的详尽说明或限制。
除非上下文另有要求,否则单数术语应包括复数,并且复数术语应包括单数。
冠词“一个/一种(a/an)”、和“该/所述(the)”在本文中用于指代冠词的语法对象中的一个或多于一个(即,至少一个)。
本文披露的所有范围应理解为涵盖其中包含的任何和所有子范围。例如,所陈述的“1到10”的范围应被认为包括最小值1和最大值10之间(包括最大值和最小值在内)的任何和所有子范围;也就是说,所有子范围都以最小值1或更大值开始,例如1到6.1,并以最大值10或更小值结束,例如5.5到10。当在组分的重量百分比的上下文中使用时,术语“约”意指所述数字的+/-10%。
本披露的每个实施例都可以单独使用或与本披露的一个或多个其他实施例组合使用。
本文描述了示例性方法和材料,应该理解的是也可以在各种方面和实施例的实践或测试中使用与本文所述的方法和材料相似或等同的方法和材料。材料、方法和实例仅是说明性的,而非旨在限制。
为了更容易理解本披露,首先定义某些术语。这些定义应根据本披露的其余部分如本领域普通技术人员所理解的那样来阅读。除非另有定义,否则本文所使用的所有技术和科学术语都具有与本领域普通技术人员通常理解的相同含义。在整个详细描述中阐述了附加定义。
如本文所用,术语“渗透剂”是指产生高渗溶液,且在一些实施例中为等渗溶液的试剂。这些渗透剂的实例包括但不限于高渗或等渗盐溶液,包括但不限于含有例如钠、钾、镁和钙盐的溶液,乳酸林格氏液,乙酸林格氏液,以及氨基酸,山梨糖醇,甘油,甘露糖醇,糖类(如蔗糖或葡萄糖),酒石酸,和葡糖二酸或它们中的任何一种的盐。不希望受理论束缚,该一种或多种渗透剂用于增加血液或其他生物样品中的渗透压,导致水从存在于该血液或生物样品中的细胞中释放以抵消不平衡。这导致细胞收缩,从而使它们对细胞裂解具有更强的抵抗力,否则细胞裂解会导致该生物样品的无细胞核酸被细胞核酸污染,或者这些细胞更不容易进行测定和分析。另外,据认为该任选的血浆扩容剂将增强这种效果。
如本文所用,术语“酶抑制剂”是指这样的试剂,该试剂单独或在本披露的保存剂组合物中与金属离子(例如,像钙、镁、锰或锌)产生复合物以降低血液凝固、抑制核酸酶和/或减少酶促细胞裂解。本披露的酶抑制剂的实例包括但不限于乙二胺四乙酸(EDTA)、羟乙基乙二胺三乙酸(HEDTA)、二硫苏糖醇(DTT)、乙二醇-双(β-氨基乙基醚)-N,N,N',N'-四乙酸(EGTA)、柠檬酸、草酸盐、金精三羧酸(ATA)、酒石酸、葡糖二酸、或它们中的任何一种的盐,包括但不限于钠盐和钾盐。不希望受理论束缚,核酸酶的抑制将防止或减少该生物样品中无细胞核酸的降解。本披露的酶抑制剂抑制的酶的实例包括但不限于溶葡萄球菌酶、消解酶、蛋白酶、聚糖酶、或已知诱导细胞裂解的其他酶,从而起到保存血液或其他生物或实验室衍生样品的细胞的作用。
如本文所用,术语“代谢抑制剂”是指这样的试剂,该试剂单独或在本披露的保存剂组合物中抑制细胞过程,例如细胞呼吸、细胞代谢和代谢功能。本披露的代谢抑制剂被认为通过抑制细胞代谢功能并且抑制细菌生长来减缓细胞生长,从而减少无细胞核酸的降解。本披露的代谢抑制剂的实例包括但不限于叠氮化钠、硫汞撒、proclin、或双氯苯双胍已烷。
如本文所用,术语“血浆扩容剂”是指产生高胶或高渗溶液的试剂。血浆扩容剂的实例包括但不限于甘油、淀粉、蛋白质胶体(例如,白蛋白、卵清蛋白、和明胶)和非蛋白质胶体(例如,羟乙基淀粉)。不希望受理论束缚,本披露的组合物的一个或多个血浆扩容剂也用于增加血液或其他生物样品中的渗透压,导致水从这些细胞中释放以抵消不平衡。这导致细胞收缩,从而使它们对细胞裂解具有更强的抵抗力,否则细胞裂解会导致该生物样品的无细胞核酸被细胞核酸污染,或者这些细胞更不容易进行测定和分析。
如本文所用,术语“高渗盐溶液”是指盐浓度高于生理盐浓度的盐溶液。高渗盐溶液的实例包括但不限于2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、12%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%和25%的NaCl溶液。高渗盐溶液还可以通过除NaCl以外的盐(包括但不限于KCl、CaCl2和KNO3)来表征。
如本文所用,术语“等渗盐溶液”是指盐浓度等于生理盐浓度的盐溶液,因此没有净水运动或细胞大小的变化。等渗盐溶液的实例包括但不限于0.5%、0.7%、和1%的NaCl溶液。等渗盐溶液还可以通过除NaCl以外的盐(包括但不限于KCl、CaCl2和KNO3)来表征。
如本文所用,“聚蔗糖”是指由蔗糖与表氯醇聚合形成的水溶性高分子量蔗糖聚合物。例如,聚蔗糖400和聚蔗糖70。
如本文所用,“蛋白质胶体”是指其中一种或多种蛋白质分散在溶液中的混合物。本披露的蛋白质胶体的实例包括但不限于白蛋白、卵清蛋白、或明胶。白蛋白可以以例如人血清白蛋白(HAS)、牛血清白蛋白(BSA)或卵清蛋白的形式提供。明胶的实例包括但不限于脲联明胶(例如,
Figure BDA0003736220290000061
)、琥珀酰明胶(例如,
Figure BDA0003736220290000062
)、和氧化聚明胶。
如本文所用,术语“非蛋白质胶体”是指其中一种或多种大分子或超微粒子分散在溶液中的混合物。非蛋白质胶体的实例包括但不限于支链淀粉的支链天然聚合物(例如羟乙基淀粉(HES))和多糖(诸如葡聚糖,例如葡聚糖40和/或葡聚糖70)。
如本文所用,“水溶性聚合物”是指可溶于水溶液的聚合物。水溶性聚合物的实例包括但不限于聚丙烯酰胺、聚丙烯酸酯、聚葡萄糖、聚甘氨酸、聚乙烯亚胺、聚赖氨酸、聚乙二醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯醇、聚丙烯酸、N-(2-羟丙基)甲基丙烯酰胺的聚合物、二乙烯基醚-马来酸酐的聚合物、聚噁唑啉、聚磷酸盐、聚磷腈、黄原胶、果胶、壳聚糖衍生物、葡聚糖、角叉菜胶、瓜尔胶、纤维素醚、羧甲基纤维素钠、羟丙基纤维素、羟丙甲纤维素、透明质酸、白蛋白、淀粉、或淀粉基衍生物。对于本披露的水溶性聚合物的其他非限制性实例,参见Betageri,G.V.,Kadajji,V.G.,Polymers[聚合物],2011,3,第1972-2009页。
如本文所用,术语“核酸”包括核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)两者。RNA和/或DNA可以是直链的或支链的、单链或双链的或片段化的。RNA和DNA可以是细胞RNA(即,基因组RNA)、细胞DNA(即,基因组DNA)、无细胞RNA、无细胞DNA或其组合。核酸存在于生物样品中,特别是血液样品中。
如本文所用,术语“生物样品”是指从生物源获得的样品,包括实验室衍生或实验室修饰的细胞,该实验室衍生或实验室修饰的细胞包括核酸和/或细胞。生物样品可以是细胞样品、培养物样品或组织样品。另外,生物样品可以源自体液,例如血液、血浆、血清、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、羊水、或细胞培养基。
如本文所用,术语“保存剂”是指添加到生物样品中的组合物,该保存剂抑制、防止、或减缓该样品中核酸的降解和/或细胞裂解。
如本文所用,术语“所处理的生物样品”是指已与如本披露中所述的保存剂组合物组合的生物样品。
如本文所用,术语“细胞”是指可以在血液或其他生物样品中存在的任何细胞。各种类型的细胞,包括但不限于干细胞、骨细胞、血细胞(例如,红细胞或白细胞)、肌肉细胞、脂肪细胞、皮肤细胞、神经细胞、内皮细胞、生殖细胞、胰腺细胞、癌细胞、肿瘤细胞、循环肿瘤细胞(CTC)和实验室衍生和/或经修饰的细胞。
本披露的保存剂组合物
本披露的组合物可用于生物样品中核酸和/或细胞的保存和稳定。当将本披露的保存剂组合物添加到含有核酸和/或细胞的生物样品中时,与未处理的生物样品相比,该样品中核酸的降解和/或细胞裂解被降低、减缓或防止,从而允许经由本领域已知的常规技术对核酸和/或细胞进行后续分离和更准确的分析。另外,本披露的保存剂组合物抑制、减缓、或降低细胞裂解,从而允许样品中的无细胞核酸在很长一段时间内保持更一致的量和特性。所处理的生物样品中细胞裂解的降低也降低了核酸酶的释放,从而进一步防止或降低样品中核酸和/或细胞的降解。可由本披露的组合物保存的核酸包括RNA、DNA或其组合。RNA和DNA可以是细胞的、无细胞的或其组合,即细胞RNA、细胞DNA、无细胞RNA、无细胞DNA、或其组合。优选地,DNA和/或RNA是无细胞DNA和/或RNA。使用本披露的组合物和方法减少其裂解的这些细胞可以是但不限于干细胞、骨细胞、血细胞、肌肉细胞、脂肪细胞、皮肤细胞、神经细胞、内皮细胞、生殖细胞、胰腺细胞、癌细胞、肿瘤细胞、循环肿瘤细胞和实验室衍生或经修饰的细胞。
在一个方面,本披露的保存剂组合物包含:
a.渗透剂中的一种或多种;
b.酶抑制剂中的一种或多种;
c.任选地代谢抑制剂中的一种或多种;
d.任选地血浆扩容剂;以及
e.选自以下的试剂中的一种或多种:羟乙基淀粉、N-乙烯基吡咯烷酮(NVP)的聚合物、聚蔗糖、蛋白质胶体、非蛋白质合成胶体、乙烯二醇、丙二醇、水溶性聚合物和羧甲基纤维素或其盐。
不希望受理论束缚,该一种或多种试剂选自羟乙基淀粉、N-乙烯基吡咯烷酮(NVP)的聚合物、聚蔗糖、蛋白质胶体、非蛋白质合成胶体、乙烯二醇、丙二醇、水溶性聚合物和羧甲基纤维素或其盐,用作拥挤试剂,迫使细胞脱离溶液,从而防止或减少细胞裂解和随后的细胞降解或细胞核酸释放到样品中,否则可能会污染(例如)样品中的无细胞核酸。随后可以经由本领域已知的常规方法分离和更准确地分析核酸和/或细胞。
在一些实施例中,该一种或多种试剂以该组合物的按重量计约10%至按重量计约50%的量存在。例如,在一些实施例中,该一种或多种试剂以该组合物的按重量计约10%至约40%、或按重量计约15%至约35%、或按重量计约20%至约30%的量存在。
在一些实施例中,该一种或多种试剂是蛋白质胶体。
在一些实施例中,该一种或多种试剂是非蛋白质胶体。
在一些实施例中,该一种或多种试剂是水溶性聚合物。
在一些实施例中,该一种或多种渗透剂以该组合物的按重量计约0.5%至约20%的量存在于本披露的保存剂组合物中。在一些实施例中,该渗透剂以该组合物的按重量计约1%至约15%、或约1%至约20%、或约0.5%至约10%的量存在。
在一些实施例中,该一种或多种渗透剂是高渗或等渗盐溶液,包括但不限于含有钠、钾、镁和钙的溶液,乳酸林格氏液,乙酸林格氏液,氨基酸,山梨糖醇,甘油,甘露糖醇,糖类(例如蔗糖或葡萄糖),酒石酸,或葡糖二酸或它们中的任何一种的盐。
在一些实施例中,该一种或多种酶抑制剂以该组合物的按重量计约0.5%至约30%、在一些方面以该组合物按重量计约0.5%至约5%、并且在其他方面以该组合物按重量计约1%至约30%的量存在于本披露的保存剂组合物中。在一些实施例中,该一种或多种酶抑制剂以该组合物的按重量计约1%至约20%的量存在。在另一个实施例中,该酶抑制剂以该组合物的按重量计约1%至约10%的量存在。
在一些实施例中,该一种或多种酶抑制剂是乙二胺四乙酸(EDTA)、羟乙基乙二胺三乙酸(HEDTA)、二硫苏糖醇(DTT)、乙二醇-双(β-氨基乙基醚)-N,N,N',N'-四乙酸(EGTA)、柠檬酸、草酸盐、金精三羧酸(ATA)、酒石酸、葡糖二酸、或它们中的任何一种的盐。这些盐包括但不限于钠盐和钾盐或它们的混合物。
在一些实施例中,该一种或多种任选的代谢抑制剂以该组合物的按重量计约0.01%至约10%的量存在于本披露的保存剂组合物中。在另一个实施例中,该任选的代谢抑制剂以该组合物的按重量计约0.01%至约5%的量存在。在另一个实施例中,该任选的代谢抑制剂以该组合物的按重量计约0.01%至约2%的量存在。
在一些实施例中,该一种或多种任选的代谢抑制剂是叠氮化钠、硫汞撒、proclin或双氯苯双胍已烷。
在一些实施例中,该任选的血浆扩容剂以该组合物的按重量计约0.5%至约40%,例如以该组合物的按重量计约0.5%、约1%,约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%或约40%的量存在于本披露的保存剂组合物中。
在一些实施例中,该任选的血浆扩容剂是甘油、淀粉、蛋白质胶体(例如,白蛋白、卵清蛋白、和明胶)或非蛋白质胶体(例如,羟乙基淀粉)。
在一些实施例中,本披露的保存剂组合物中的一种或多种组分可以起到保存剂组合物的组分中的一种或多种的作用或功能。例如,酒石酸或葡糖二酸或其盐可以作为酶抑制剂、渗透剂、或两者存在于本披露的组合物中。作为另外的实例,人血清白蛋白可以作为一种或多种试剂、任选的血浆扩容剂、或两者存在于本披露的组合物中。作为另外的实例,甘油可以作为一种或多种试剂、渗透剂、低分子量体积排除剂、血浆扩容剂存在于本披露的组合物中,或者可以提供这些功能中的一些或全部。
根据本披露的保存剂组合物可以呈冻干粉剂、颗粒、片剂的形式,或作为溶液的形式存在(例如,其中保存剂组合物在合适的媒介物中重构)。冻干粉剂、颗粒、和/或片剂可以直接添加到生物样品中,或者可以在添加到生物样品中之前重构。冻干粉剂、颗粒、和/或片剂可以例如通过将该组合物溶解在合适的媒介物中来重构。合适的媒介物包括但不限于水、盐水、林格氏溶液、植物来源的固定油类、脂肪酸的甘油单酯和甘油二酯、乙醇、甘油、丙二醇、和本披露的任选的血浆扩容剂。可替代地,可以该生物样品直接添加到冻干粉剂、颗粒、片剂或重构组合物(即,溶液)中。作为另一个实例,当生物样品来源于体液时,该体液可以用作溶解保存剂组合物的可接受的媒介物。例如,保存剂组合物的冻干粉剂、颗粒、和/或片剂形式可以与体液组合,从而被该体液溶解。在一些实施例中,在将生物样品采集在管或容器中之前,该采集管或容器含有呈冻干粉剂、颗粒、片剂或溶液的保存剂组合物。
在一些实施例中,本披露的保存剂组合物呈水溶液的形式。该水溶液可以与生物样品组合,或该生物样品可以与该水溶液组合。
保存生物样品的核酸和/或细胞的方法
在一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的方法,该方法包括将本披露的保存剂组合物与该生物样品组合。在一些实施例中,该生物样品是细胞样品或组织样品。在一些实施例中,该生物样品源自体液,例如血液、血清、血浆、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、羊水或细胞培养基。在一些实施例中,该生物液是血液。该生物样品可以包括细胞,或者可以是无细胞的。
在另一个方面,本披露的保存剂组合物降低或抑制生物样品中的细胞裂解。因此,在一个方面,本披露涉及一种用于保存生物样品中的细胞的方法,该方法包括将本披露的保存剂组合物与该生物样品组合。在一些实施例中,该生物样品是细胞样品或组织样品。在一些实施例中,该生物样品是细胞样品,该细胞样品源自体液,例如血液、血清、血浆、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、羊水或细胞培养基、或实验室衍生或经修饰的细胞。在一个优选的实施例中,该生物液是血液,例如全血或其部分。
生物样品可以以多种方式与本披露的保存剂组合物组合。例如,可以将生物样品采集到合适容器中,然后将保存剂组合物例如经由注射器或移液管添加到该容器中。可替代地,可以在采集生物样品之前将保存剂组合物添加到用于生物样品采集的合适容器中。在一些实施例中,将保存剂组合物添加到生物样品中。在一些实施例中,将生物样品添加到保存剂组合物中。
本披露还考虑了其中将保存剂组合物的组分同时或分开添加到生物样品中的方法。因此,在一些实施例中,本披露涉及保存生物样品中的核酸和/或细胞的方法,该方法包括以任何顺序或同时使生物样品与一种或多种渗透剂、一种或多种酶抑制剂、任选地一种或多种代谢剂,任选地血浆扩容剂,和一种或多种以下的试剂接触以提供经处理的生物样品,其中该试剂选自羟乙基淀粉、N-乙烯基吡咯烷酮(NVP)的聚合物、聚蔗糖、蛋白质胶体、非蛋白质合成胶体、乙烯二醇、丙二醇、水溶性聚合物和羧甲基纤维素或它们中的任何一种的盐。在一些实施例中,用于采集生物样品的合适容器已经含有保存剂组合物中的一种或多种组分,并且在采集该生物样品时依次或同时将剩余组分添加到该生物样品中。例如,可以使用已经含有合适的酶抑制剂(例如,酒石酸,或EDTA或其盐,或葡糖二酸)的采血管来采集生物样品。在采集到生物样品之后,可以将剩余组分(即,渗透剂、任选的一种或多种代谢抑制剂、任选的血浆扩容剂、和一种或多种试剂)添加到生物样品中。在另一个实施例中,在已经采集到生物样品之后,将保存剂组合物的组分依次或同时添加到生物样品中。在一些实施例中,在容器用于采集样品之前,该保存剂组合物的所有必需组分以及任选地可选组分存在于该容器中。
在一些实施例中,待用于样品采集的容器含有冻干粉剂形式的保存剂组合物。在一些实施例中,待用于样品采集的容器含有颗粒形式的保存剂组合物。在一些实施例中,待用于样品采集的容器含有片剂形式的保存剂组合物。在一些实施例中,待用于样品采集的容器含有保存剂组合物和合适的媒介物。在一些实施例中,待用于样品采集的容器含有作为水溶液的保存剂组合物。在另一个实施例中,待用于血液样品采集的容器还包含抗凝剂。抗凝剂的实例包括但不限于EDTA(其也可以起到酶抑制剂的作用)、柠檬酸钠、柠檬酸茶碱腺苷双嘧达莫(CTAD)、肝素锂、肝素钠、氟化钠、酸柠檬酸-葡萄糖溶液(ACD)、和聚茴香脑磺酸钠。在一些实施例中,合适容器是抽真空的血液样品采集管。
可以与生物样品组合的保存剂组合物的量可以由本领域技术人员通过常规实验确定。在一些实施例中,保存剂组合物与生物样品的比率可以为约1:10v/v至约1:1v/v。在一些实施例中,保存剂组合物与生物样品的比率为约1:8v/v至约1:2v/v。在一些实施例中,保存剂组合物与生物样品的比率为约1:6v/v至约1:3v/v。在一些实施例中,保存剂组合物与生物样品的比率为约1:5v/v至约1:4v/v。
在已经储存生物样品之后,可以使用本领域技术人员已知的方法(包括提取、离心和色谱法)从生物样品中分离核酸和/或细胞用于分析。本领域技术人员将认识到有许多方法可用于从生物样品中分离核酸和/或细胞。
使用本披露的保存剂组合物保存的核酸和/或细胞可以在各种温度条件下储存很长一段时间后从经处理的生物样品中分离出来。在一些实施例中,已经与本披露的保存剂组合物接触的生物样品可以在环境条件下、或低温下储存至少1天、至少1周、至少2周、至少3周或至少4周。在一些实施例中,本披露的组合物允许生物样品(即,生物样品中的核酸和/或细胞)在约-20℃至约30℃的温度范围内保存很长一段时间。在一些实施例中,该保存剂组合物能够在环境温度下将生物样品(即,生物样品中的核酸和/或细胞)保存至少1周、至少2周、至少3周或至少4周。在一些实施例中,该保存剂组合物能够在环境温度下将生物样品保存至少2周。在一些实施例中,本披露的保存剂组合物能够在4℃下将生物样品(即,生物样品中的核酸和/或细胞)保存至少1周、至少2周、至少3周或至少4周。在一些实施例中,本披露的保存剂组合物能够在-20℃下将生物样品(即,生物样品中的核酸和/或细胞)保存至少1周、至少2周、至少3周或至少4周。
使用本披露的组合物和方法保存的核酸(RNA和DNA)表现出良好的产率、纯度、完整性和RNA可扩增性。
用于提供本披露的保存剂组合物的试剂盒
根据本披露的保存剂组合物可以作为待用户接收的试剂盒的一部分提供。该试剂盒允许本披露的一种或多种保存剂组合物易于与生物样品组合,使得存在于该生物样品中的核酸和/或细胞被保存很长一段时间,例如至少1周、至少2周、至少3周或至少4周。可以提供保存剂组合物,使得在采集生物样品后将该保存剂组合物与生物样品组合。可替代地,提供该保存剂组合物,使得该保存剂组合物在采集生物样品时与该生物样品组合。
在一个实施例中,本披露涉及一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒。在一些实施例中,该试剂盒包含如本披露所述的保存剂组合物;以及任选地,所述保存剂组合物的使用说明。
在一些实施例中,该保存剂组合物在分配装置中作为水溶液提供。在一些实施例中,该分配装置是注射器。该分配装置中保存剂的量可以是预定量,使得与生物样品组合的保存剂组合物的比率能够将该样品的核酸和/或细胞保存很长一段时间。该试剂盒可以进一步包括可附接到所述注射器的针头。在一些实施例中,该试剂盒用于保存血液样品中的核酸和/或细胞,并且进一步包括任选地含有预定量的抗凝剂的采血管。
在一些实施例中,该保存剂组合物在密封安瓿中提供,其中所述安瓿包括可移除的封盖,并且其中所述安瓿被配置为在使用者移除封盖时接收分配装置。在一些实施例中,该分配装置是移液管或注射器。在一些实施例中,该试剂盒用于保存血液样品中的核酸和/或细胞,并且进一步包括含有预定量的抗凝剂的采血管。
在另外的实施例中,该试剂盒专用于保存血液样品中的核酸和/或细胞,并且包括采血管,该采血管任选地含有预定量的抗凝剂、和本披露的保存剂组合物。
等效物
前述描述和以下实例详述了本披露的某些特定实施例,并描述了如诸位发明人所设想的实施本披露的最佳模式。然而,应当理解无论前述内容如何详细地出现在文本中,本披露都可以以多种方式实施,并且本披露应当根据所附实施例及其任何等效物来解释。
尽管已经参考多种应用、方法、化合物、和组合物描述了本披露,但是应当理解,在不背离本文披露的情况下可以进行多种改变和修改。提供以下实例以更好地说明本披露并且不旨在限制本文所呈现的教导的范围。尽管已经根据这些示例性实施例描述了本披露,但是本领域技术人员将容易理解,这些示例性实施例的许多变化和修改是可能的,而无需进行额外的实验。所有此类变化和修改都在当前披露的范围内。
实例
实例1-环境温度下RNA的保存
将来自两个供体的血液样品采集到六个血液样品采集管中以评估根据本披露的保存剂组合物保存RNA的能力。将来自每个供体的第一血液样品采集到含有2mL组合物1的采血管中。将来自每个供体的第二血液样品采集到含有2mL组合物2的采血管中。将来自每个供体的第三血液样品采集到含有2mL组合物3的采血管中。将来自每个供体的第四血液样品采集到含有2mL组合物4的采血管中。将来自每个供体的第五血液样品采集到涂覆有EDTA的采血管中。将来自每个供体的第六血液样品采集到普通的采血管中作为对照。
组合物1(含有代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、和按重量计1%的硫汞撒、以及余量的水。
组合物2(不含代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、以及余量的水。
组合物3(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计1%的硫汞撒、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
组合物4(不含代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
这些样品在室温下储存28天。在室温下储存7天、14天、21天和28天后,立即从所有四个样品中分离RNA。使用本领域已知的提取和分离技术从样品中分离RNA。
使用琼脂糖凝胶电泳分析来自四个样品的RNA的完整性。比较这些条带,并且证实来自经保存的血液样品(样品1-4)的RNA在室温下储存7天、14天、21天和28天后被保存,但是来自样品5和样品6的RNA在同一时间段内被降解。
实例2-无细胞DNA的保存
将来自两个供体的血液样品采集到六个血液样品采集管中以评估根据本披露的保存剂组合物保存cf DNA的能力。将来自每个供体的第一血液样品采集到含有2mL组合物1的采血管中。将来自每个供体的第二血液样品采集到含有2mL组合物2的采血管中。将来自每个供体的第三血液样品采集到含有2mL组合物3的采血管中。将来自每个供体的第四血液样品采集到含有2mL组合物4的采血管中。将来自每个供体的第五血液样品采集到涂覆有EDTA的采血管中。将来自每个供体的第六血液样品采集到普通的采血管中作为对照。
组合物1(含有代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、和按重量计1%的硫汞撒、以及余量的水。
组合物2(不含代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、以及余量的水。
组合物3(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计1%的硫汞撒、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
组合物4(不含代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
储存7天、14天、21天和28天后,立即处理每个样品。将来自每个样品的血浆通过离心进行分离,然后转移到新试管中。然后使用本领域技术人员已知的技术分离样品DNA。
使用Alu 247(247bp的片段)和Alul 15(115bp的片段)基因靶标的实时PCR扩增分析该DNA。Alu 247用于检测细胞DNA的存在,并且Alu 15用于检测无细胞DNA。Alu 247的增加表明发生了细胞裂解,导致细胞外DNA被细胞DNA污染。在发生细胞裂解的情况下,所观察的Alu 247基因靶标的循环阈值(Ct)降低。
评估实时PCR实验产生的循环阈值(Ct)的值,并且证明保存剂能够在环境温度下保存该生物样品长达28天储存期,并且细胞裂解减少(样品1-4)。相比之下,缺乏保存剂的样品证明随着时间的推移Ct值降低,这表明细胞裂解发生得更快,导致细胞DNA污染了无细胞DNA(样品5和样品6)。
实例3-经处理的生物样品与未经处理的生物样品中细胞裂解的测定
将来自两个供体的血液样品采集到六个血液样品采集管中以评估根据本披露的保存剂组合物保存RNA的能力。将来自每个供体的第一血液样品采集到含有2mL组合物1的采血管中。将来自每个供体的第二血液样品采集到含有2mL组合物2的采血管中。将来自每个供体的第三血液样品采集到含有2mL组合物3的采血管中。将来自每个供体的第四血液样品采集到含有2mL组合物4的采血管中。将来自每个供体的第五血液样品采集到涂覆有EDTA的采血管中。将来自每个供体的第六血液样品采集到普通的采血管中作为对照。
组合物1(含有代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、和按重量计1%的硫汞撒、以及余量的水。
组合物2(不含代谢抑制剂,不含血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、以及余量的水。
组合物3(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计1%的硫汞撒、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
组合物4(不含代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计25%的羟乙基淀粉、按重量计5%的KNO3、按重量计5%的酒石酸、按重量计15%的人血清白蛋白、以及余量的水。
储存7天、14天、21天和28天后,立即处理每个样品。将来自每个样品的血浆通过离心进行分离,然后转移到新试管中。
通过测量分离血浆中游离血红蛋白的吸收(414nm处的吸收)来确定细胞裂解。用组合物1-4处理的样品显示出低血红蛋白吸收值,这表明保存剂组合物正在防止细胞裂解。相比之下,仅含有EDTA的样品和对照样品证明随时间的推移血红蛋白吸收增加,这表明发生了细胞裂解。
实例4-其他保存剂组合物
用以下保存剂组合物重复上述实例1-3中的实验。这些组合物保存生物样品中的DNA和RNA的能力通常类似于实例1-3的组合物保存生物样品中的DNA和RNA的能力。
按重量计30%的羟乙基淀粉、按重量计20%的山梨糖醇、按重量计0.5%的双氯苯双胍已烷、按重量计2%的葡糖二酸、按重量计15%的人血清白蛋白、余量为水。
按重量计10%的聚蔗糖400、按重量计20%的甘露糖醇、按重量计1%的Proclin、按重量计5%的酒石酸、余量为水。
按重量计25%的卵清蛋白、按重量计10%的KNO3溶液、按重量计7%的酒石酸、按重量计30%的gelofusine、余量为水。
按重量计20%的丙二醇、按重量计7%的赖氨酸、按重量计2%的葡糖二酸、按重量计2%的硫汞撒、余量为水。
按重量计45%的葡聚糖、按重量计3%的精氨酸、按重量计15%的酒石酸、按重量计2%的硫汞撒、余量的水。
按重量计15%的聚乙烯吡咯烷酮、按重量计15%的甘油、按重量计10%的葡糖二酸、按重量计35%的人血清白蛋白、余量的水。
按重量计35%的聚乙二醇、按重量计2%的KNO3、按重量计20%的酒石酸、按重量计5%的双氯苯双胍已烷、余量的水。
按重量计25%的乙烯二醇、按重量计5%的甘露糖醇、按重量计5%的葡糖二酸、按重量计10%的酒石酸、按重量计5%的Haemaccel、余量的水。
按重量计20%的gelofusine、按重量计5%的精氨酸、按重量计7%的葡糖二酸、余量为水。
按重量计30%的黄原胶、按重量计7%的甘油、按重量计30%的葡糖二酸、按重量计0.25%的硫汞撒、余量的水。
实例5-保存剂组合物的其他实施例
制备了本披露的保存剂组合物的其他实施例。
组合物5(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计26.2%的PEG 8000、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计2.44%的3Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物6(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计26.2%的PEG 8000、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物7(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计15%的葡聚糖40、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.5%的3K-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物8(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计15%的葡聚糖70、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.5%的3K-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物9(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计15%的PVP10、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计2.5%的3K-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物10(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计15%的PVP40、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计2.5%的3K-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物11(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计10%的聚蔗糖PM400、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物12(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计10%的聚蔗糖PM400、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.5%的3K-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物13(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计26.2%的PEG 8000、按重量计0.7%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物14(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计2%的1-乙烯基-2-吡咯烷酮(NVP)、按重量计0.05%的苯硼酸、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物15(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计2%的羧甲基纤维素、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、以及余量的水。
组合物16(含有代谢抑制剂,含有血浆扩容剂):按重量计10%的聚蔗糖PM400、按重量计5.72%的NaCl、按重量计0.02%的NaN3、按重量计1.24%的2Na-EDTA、按重量计1.26%的4Na-EDTA、按重量计0.67%的甘油、按重量计0.5%的D-葡萄糖二酸单钾盐、按重量计0.001%的精胺(99mM原液)、按重量计0.0007%的亚精胺(138mM原液)、按重量计0.0008%的丁二胺二盐酸盐(124mM原液)、以及余量的水。
实例6-分离的gDNA和RNA的分析
将来自多种供体的血液样品采集到血液样品采集管中以评估根据本披露的保存剂组合物的其他实施例保存DNA和RNA的能力。通过将血液样品添加到含有2mL保存剂组合物的试管中来测试实例5的多种保存剂组合物。
使用本领域已知的提取和分离技术从样品中分离gDNA和RNA。一种这样的gDNA提取方法涉及使用Omega BioTeck的
Figure BDA0003736220290000211
血液&组织DNA HDQ 96试剂盒。一种这样的RNA提取方法涉及使用基于贝克曼库尔特(Beckman Coulter)的RNAdvance Blood试剂盒的程序。
在第0天抽取血液,在第1天分析分离的gDNA和RNA。分析核酸的数量、纯度和完整性以及RNA的可扩增性以评估保存剂组合物的特性。
使用Qubit Broad Range DNA分析法和/或RNA分析法鉴定分离的(多个)核酸的数量或产率。
核酸的纯度通过A260/A280和A260/A230的Nanodrop读数测量。当A/260/A280为约1.8且A260/A230>2时,认为该DNA是纯的。当A/260/A280为约2且A260/A230>1时,认为该RNA是纯的。
gDNA完整性
gDNA的完整性通过长DNA片段和短DNA片段的qPCR来分析,并通过长片段与短片段的比率来表征。当该比率>0.8时,认为DNA是完整的。
制备10倍稀释系列的gDNA用于标准曲线。将gDNA样品的浓度稀释至10ng/μL。通过将5μL的100μM正向引物、5μL的100μM反向引物与90μL的无核酸酶的水混合,制备浓度为5μM的正向和反向引物混合物。
分别用1μL的标准品或DNA样品和8μL的无核酸酶的水在混合物#1进行1次反应,和1μL的引物混合物和10μL的2XqPCR SYBR Green主混合物(赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher Scientific))在混合物#2中进行1次反应来制备两种单独的混合物。将9μL的混合物#1和11μL的混合物#2添加到96孔光学板的孔中以运行实时PCR。下表列出了热循环条件。
Figure BDA0003736220290000221
RNA完整性
通过生物分析仪使用琼脂糖凝胶电泳分析样品中RNA的完整性,并通过RNA完整性数目(RIN)来表征。RIN是总RNA质量的目标度量,范围从10(高度完整的RNA)到1(完全降解的RNA)。在将该样品加载到生物分析仪之前,将RNA样品稀释至30ng/μL(基于Qubit Quant计算)。
RNA可扩增性
通过RT-qPCR分析来自这些样品的RNA的可扩增性。
制备已知浓度的对照总RNA的系列稀释液用于标准曲线。将RNA样品的浓度稀释至5ng/μL。将RNA样品通过逆转录(RT)转化为cDNA。针对所有样品和标准制备了SSIV VILO主混合物和水的主混合物。将18μL的主混合物和2μL的标准物或经稀释的RNA样品添加到96孔光学板的孔或无RNA酶的试管中。将板或试管轻弹、旋转并离心,然后放入热循环仪中运行以下条件以获得cDNA:25℃持续10min/50℃持续10min/85℃持续5min/4℃保持。
通过将5.5μL的主混合物和4.5μL的cDNA添加到96孔光学板的孔中进行BRCA1和ACTB 20X TaqMan基因表达分析以用于实时PCR。下表列出了热循环条件。
Figure BDA0003736220290000231
使用实例5的组合物保存的血液样品中gDNA的特性
观察到从血液样品中提取的gDNA的产率在20μg/mL至60μg/mL(血液和PBS)的范围内,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5至16的试管中。考虑到从不同供体采集的血液样品的已知变异性,这通常是很好的恢复。
因为观察到大多数A260/A280比率在1.8至1.95范围内,并且观察到大多数A260/A230比率在2.0到2.5的范围内,所以从血液样品中提取的gDNA的纯度通常很高,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5-16的试管中。
因为观察到来自qPCR分析的长片段与短片段的比率(222bp/90bp)接近1,所以从血液样品中提取的gDNA的完整性通常很高,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5-16的试管中。
使用实例5的组合物保存的血液样品中RNA的特性
观察到从血液样品中提取的RNA的产率在2-11μg/mL(血液和PBS)的范围内,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5-16的试管中。考虑到从不同供体采集的血液样品的已知变异性,这是很好的恢复。
因为观察到大多数A260/A280比率在1.75至2.35范围内,并且观察到大多数A260/A230比率在0.8至1.9的范围内,所以从血液样品中提取的RNA的纯度通常很高,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5-16的试管中。
因为观察到大多数样品的RIN>5且优选地>7,所以从血液样品中分离的RNA的RIN通常较高,其中该血液样品保存在含有多种单独组合物5-16的试管中。
分离的RNA的可扩增性通常较好,对于ACTB,所观察到的PCR量在5-20ng,优选地8-20ng范围内,对于BRCA 1,所观察到的PCR量在0.3-1ng,优选地0.6-1ng范围内。

Claims (55)

1.一种保存剂组合物,所述保存剂组合物包含:
a.渗透剂中的一种或多种;
b.酶抑制剂中的一种或多种;
c.任选地代谢抑制剂中的一种或多种;
d.任选地血浆扩容剂;以及
e.选自以下的试剂中的一种或多种:羟乙基淀粉、N-乙烯基吡咯烷酮(NVP)的聚合物、聚蔗糖、蛋白质胶体、非蛋白质合成胶体、乙烯二醇、丙二醇、水溶性聚合物和羧甲基纤维素或其盐。
2.根据权利要求1所述的保存剂组合物,其中所述一种或多种试剂以所述组合物的按重量计约10%至约50%的量存在。
3.根据权利要求1或2所述的保存剂组合物,其中所述蛋白质胶体选自白蛋白、卵清蛋白、或明胶胶体。
4.根据权利要求3所述的保存剂组合物,其中所述白蛋白包括人血清白蛋白(HSA)、牛血清白蛋白(BSA)或卵清蛋白。
5.根据权利要求3所述的保存剂,其中所述明胶胶体是脲联明胶、琥珀酰明胶、或氧化聚明胶。
6.根据权利要求1或2所述的保存剂组合物,其中所述非蛋白质胶体是羟乙基化淀粉(HES)或葡聚糖。
7.根据权利要求1或2所述的保存剂组合物,其中所述水溶性聚合物是聚丙烯酰胺、聚丙烯酸酯、聚葡萄糖、聚甘氨酸、聚乙烯亚胺、聚赖氨酸、聚乙二醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯醇、聚丙烯酸、N-(2-羟丙基)甲基丙烯酰胺、二乙烯基醚-马来酸酐、聚噁唑啉、聚磷酸盐、聚磷腈、黄原胶、果胶、壳聚糖衍生物、葡聚糖、角叉菜胶、瓜尔胶、纤维素醚、羧甲基纤维素钠、羟丙基纤维素、羟丙甲纤维素、透明质酸、白蛋白、淀粉、或淀粉基衍生物。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的保存剂组合物,其中所述一种或多种渗透剂是高渗或等渗盐溶液,包括但不限于含有钠、钾、镁和钙的溶液,乳酸林格氏液,乙酸林格氏液,氨基酸,山梨糖醇,甘油,甘露糖醇,如蔗糖或葡萄糖的糖类,酒石酸,和葡糖二酸或它们中的任何一种的盐。
9.根据权利要求8所述的保存剂组合物,其中所述渗透剂以所述组合物的按重量计约0.5%至约10%的量存在。
10.根据权利要求9所述的保存剂组合物,其中所述渗透剂以所述组合物的按重量计约1%至约20%的量存在。
11.根据权利要求9所述的保存剂组合物,其中所述渗透剂以所述组合物的按重量计约0.5%至约10%的量存在。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的保存剂组合物,其中所述一种或多种酶抑制剂是乙二胺四乙酸(EDTA)、羟乙基乙二胺三乙酸(HEDTA)、二硫苏糖醇(DTT)、乙二醇-双(β-氨基乙基醚)-N,N,N',N'-四乙酸(EGTA)、柠檬酸、草酸盐、金精三羧酸(ATA)、酒石酸、葡糖二酸、或它们中的任何一种的盐,包括但不限于钠盐和钾盐。
13.根据权利要求12所述的保存剂组合物,其中所述酶抑制剂以所述组合物的按重量计约0.5%至约30%的量存在。
14.根据权利要求13所述的保存剂组合物,其中所述酶抑制剂以所述组合物的按重量计约1%至约30%的量存在。
15.根据权利要求13所述的保存剂组合物,其中所述酶抑制剂以所述组合物的按重量计约0.5%至约5%的量存在。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的保存剂组合物,其中所述一种或多种任选的代谢抑制剂是叠氮化钠、硫汞撒、proclin、或双氯苯双胍已烷。
17.根据权利要求16所述的保存剂组合物,其中所述代谢抑制剂以所述组合物的按重量计约0.01%至约10%的量存在。
18.根据权利要求17所述的保存剂组合物,其中所述代谢抑制剂以所述组合物的按重量计约0.01%至约5%的量存在。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的保存剂组合物,其中所述任选的血浆扩容剂是甘油、蛋白质胶体(例如,白蛋白、卵清蛋白、和明胶)或非蛋白质胶体(例如,羟乙基淀粉)。
20.根据权利要求19所述的保存剂组合物,其中所述血浆扩容剂以所述组合物的按重量计约0.5%至约40%的量存在。
21.根据权利要求20所述的保存剂组合物,其中所述血浆扩容剂以所述组合物的按重量计约1%至约40%的量存在。
22.根据权利要求19所述的保存剂组合物,其中:
a.所述蛋白质胶体是白蛋白、卵清蛋白或明胶;并且
b.所述非蛋白质胶体是羟乙基淀粉。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的保存剂组合物,所述保存剂组合物呈冻干粉剂形式。
24.根据权利要求1-22中任一项所述的保存剂组合物,所述保存剂组合物呈水溶液形式。
25.根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物,所述保存剂组合物进一步包含生物样品。
26.根据权利要求25所述的保存剂组合物,其中所述生物样品源自体液。
27.根据权利要求26所述的保存剂组合物,其中所述体液是血液、血浆、血清、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、羊水或细胞培养基。
28.根据权利要求27所述的保存剂组合物,其中所述体液是全血或其部分。
29.根据权利要求26所述的保存剂组合物,其中所述生物样品是实验室衍生或经修饰的细胞。
30.根据权利要求25-29中任一项所述的保存剂组合物,其中所述生物样品包括核酸,该核酸选自RNA、DNA或其组合的组。
31.根据权利要求30所述的保存剂组合物,其中所述核酸为无细胞RNA、无细胞DNA或其组合。
32.根据权利要求30所述的保存剂组合物,其中所述核酸为细胞RNA、细胞DNA或其组合。
33.根据权利要求25-32中任一项所述的保存剂组合物,其中所述保存剂组合物与所述生物样品的比率为约1:10v/v至约1:1v/v。
34.根据权利要求33所述的保存剂组合物,其中所述保存剂组合物与所述生物样品的比率为约1:5v/v至约1:4v/v。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的保存剂组合物,其中所述组合物能够在环境温度下将生物样品中的所述核酸和/或细胞保存至少2周。
36.一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的方法,所述方法包括将根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物与所述生物样品组合的步骤。
37.根据权利要求36所述的方法,其中所述生物样品源自体液。
38.根据权利要求37所述的方法,其中所述体液是血液、血浆、血清、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、或羊水。
39.根据权利要求38所述的方法,其中所述体液是全血或其部分。
40.根据权利要求36-39中任一项所述的方法,其中所述细胞是干细胞、骨细胞、血细胞、肌肉细胞、脂肪细胞、皮肤细胞、神经细胞、内皮细胞、生殖细胞、胰腺细胞、癌细胞、肿瘤细胞、循环肿瘤细胞或实验室衍生或经修饰的细胞。
41.根据权利要求36-40中任一项所述的方法,其中所述核酸为RNA、DNA或其组合。
42.根据权利要求41所述的方法,其中所述核酸为无细胞RNA、无细胞DNA或其组合。
43.根据权利要求41所述的方法,其中所述核酸为细胞RNA、细胞DNA或其组合。
44.根据权利要求36-43中任一项所述的方法,其中所述保存剂组合物与所述生物样品的比率为约1:10v/v至约1:1v/v。
45.根据权利要求36-44中任一项所述的方法,其中所述保存剂组合物与所述生物样品的比率为约1:5v/v至约1:4v/v。
46.一种用于保存生物样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,所述试剂盒包括:
a.根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物;以及
b.任选地,所述保存剂组合物的使用说明。
47.根据权利要求46所述的试剂盒,其中所述生物样品源自体液。
48.根据权利要求47所述的试剂盒,其中所述体液是血液、血浆、血清、尿液、唾液、粪便、母乳、眼泪、汗液、脑脊液、滑液、精液、阴道液、腹水、或羊水。
49.一种用于保存血液样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,所述试剂盒包括:
a.含有预定量的任选的抗凝剂的采血管;
b.含有预定量的根据权利要求1-22或24中任一项所述的保存剂组合物的注射器;以及
c.任选地,可附接到所述注射器的针头。
50.一种用于保存血液样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,所述试剂盒包括:
a.任选地含有预定量的抗凝剂的采血管;以及
b.含有预定量的根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物的密封安瓿,其中所述安瓿包括可移除的封盖,并且其中所述安瓿被配置为在使用者移除所述封盖时接收分配装置。
51.一种用于保存血液样品中的核酸和/或细胞的试剂盒,所述试剂盒包括采血管,所述采血管含有预定量的任选的抗凝剂和根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物。
52.根据权利要求46-51中任一项所述的试剂盒,其中所述核酸为RNA、DNA或其组合。
53.根据权利要求52所述的试剂盒,其中所述核酸为无细胞RNA、无细胞DNA或其组合。
54.根据权利要求52所述的试剂盒,其中所述核酸为细胞RNA、细胞DNA或其组合。
55.一种用于保存生物样品中的细胞的方法,所述方法包括将根据权利要求1-24中任一项所述的保存剂组合物与所述生物样品组合的步骤。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116569917A (zh) * 2023-07-13 2023-08-11 九天览月生物科技(天津)有限公司 一种细胞、细胞保存液、保存方法及应用
CN116569916B (zh) * 2023-07-13 2023-11-28 九天览月生物科技(天津)有限公司 一种冻存细胞、细胞冻存液、冻存方法及应用

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2024054494A1 (en) * 2022-09-06 2024-03-14 Sio2 Medical Products, Inc. Preservative composition for biological markers and biological samples and methods of use

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7029840B2 (en) * 2000-11-15 2006-04-18 Becton, Dickinson And Company Method for preservation of cells and nucleic acid targets
EP3594361A1 (en) * 2012-03-28 2020-01-15 Longhorn Vaccines and Diagnostics, LLC Compositions and methods for the collection and isolation of nucleic acids from biological specimens suspected of containing mycobacterium tuberculosis
CN105158455B (zh) * 2015-09-17 2018-10-16 深圳市钠科生物有限公司 一种提高样品检测精度和准确性的生物样品采集方法、装置、系统、生物样品稳定试剂及应用

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116569917A (zh) * 2023-07-13 2023-08-11 九天览月生物科技(天津)有限公司 一种细胞、细胞保存液、保存方法及应用
CN116569917B (zh) * 2023-07-13 2023-11-28 九天览月生物科技(天津)有限公司 一种细胞、细胞保存液、保存方法及应用
CN116569916B (zh) * 2023-07-13 2023-11-28 九天览月生物科技(天津)有限公司 一种冻存细胞、细胞冻存液、冻存方法及应用

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