CN114921572B - 一种用于鉴别泰和乌鸡品种的snp分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种用于鉴别泰和乌鸡品种的SNP分子标记及其应用，涉及品种鉴别领域。本发明提供了一种用于鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡品种的SNP分子标记、引物组和试剂盒，本发明还提供了得到所述SNP分子标记的方法及根据所述的SNP分子标记、所述的引物组或所述的试剂盒在鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡品种或产品中的应用。本发明鉴别的13个SNP位点能够精确区分泰和乌鸡和白绒乌骨鸡、竹丝鸡配套系及其它中国地方乌骨鸡群体，同时还兼顾了西方肉鸡和蛋鸡配套系和中国地方非乌骨鸡群体。本发明中鉴别的泰和乌鸡特异性分子标记位点标记的数目有限，为应用过程中待测个体或产品样本的检测分型提供了便利。

Description

一种用于鉴别泰和乌鸡品种的SNP分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及品种鉴别领域，特别是一种用于鉴别泰和乌鸡品种的SNP分子标记及其应用。

背景技术

泰和乌鸡系江西省著名的地方鸡品种，同时也是国家珍稀的家禽遗传资源，属丝羽乌骨鸡品种，发源于泰和县武山汪陂涂村，始录史册于唐宋，名扬天下于康乾，至今已有2200多年历史。泰和乌鸡具有“十大”特征，丛冠、缨头、绿耳、丝羽、毛腿、五趾、胡须、乌皮、乌骨和乌肉。其体形娇小玲珑，外貌独特，集药用、滋补、观赏于一体，是药膳两用的珍贵禽类种质资源，极具经济价值。

据《中国畜禽遗传资源志(家禽志)》(国家畜禽遗传资源委员会，2011)记载，江西省泰和乌鸡和福建省白绒乌骨鸡同时具有“十全”特征，在《国家畜禽遗传资源品种名录(2021年版)》收录的“新兴竹丝鸡3号”配套系也具有大部分“十全”特征，因此仅仅依靠“十全”外观特征来区别泰和乌鸡几乎就不太可能。尤其是随着全国活禽市场关闭已成为优质鸡上市的一种趋势情况下，和泰和乌鸡同属于乌鸡系列的地方鸡种和培育品种为数众多，消费者很难依靠肉眼区分泰和乌鸡屠体、蛋等其他产品，这些因素使得高品质、药用性能强的纯正泰和乌鸡在市场上难以鉴别和区分，从而极大影响了泰和乌鸡产业化推广，因此亟待准确度高的泰和乌鸡品种鉴别技术的发掘。

到目前为止，现有技术关于丝羽乌骨鸡或泰和乌鸡身份的鉴别主要有：专利“一种鉴定泰和乌骨鸡特异性的分子标记”(专利号201610748925.3)，其基于鸡16号染色体上泰和乌鸡得一段缺失序列存在特异性，但其专利中所列举用于比较的其它鸡种均为非乌骨鸡系列，更不是丝羽乌骨鸡系列，因此该方法未进行泰和乌鸡和其它丝羽乌骨鸡群体，比如白绒乌骨鸡、竹丝鸡培育品种等，或是其它乌鸡品种间进行差异比较；专利“一种用于检测泰和乌鸡鸡蛋的引物、试剂盒及检测方法”(专利号201911318963.5)，该专利仅用以区别包括泰和乌鸡在内的有“丝羽”性状鸡与非丝羽鸡的鸡蛋，但是不能区别泰和乌鸡与白绒乌骨鸡、竹丝鸡、金阳丝毛鸡等包含丝羽性状鸡所产的鸡蛋；专利“一种鉴定丝羽乌骨鸡和竹丝鸡的分子标记及应用”(专利号202011041161.7)，该专利是基于线粒体上的丝羽乌骨鸡和竹丝鸡存在特异差异分子标记，但众所周知，线粒体体现的是母系遗传，因此，其并不能够全面反应品种间的独特差异。

综上可知，现有技术中关于泰和乌鸡品种的分子鉴别手段均存在一定的不确定性或局限性，亟需挖掘一种全面系统、特异性强且能够精确用于泰和乌鸡品种身份鉴别的分子标记及其检测方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴别泰和乌鸡品种的SNP分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明的方法能够快速的鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡品种或产品。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

技术方案一：一种用于鉴别泰和乌鸡的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点位于：鸡全基因组中1号染色体上的第124647615位、第132371827位、第132838411位、第133376355位和第133155027位；3号染色体上的第40090381位和第40137563位；4号染色体上的第75746999位和第75777777位；5号染色体上的第3753469位；13号染色体上的第18166784位、第18229694位和第18337506位。

进一步地，当所述SNP分子标记用于鉴别泰和乌鸡时，位于鸡全基因组中1号染色体上的第124647615位的优势碱基为G、第132371827位的优势碱基为T、第132838411位的优势碱基为T、第133376355位的优势碱基为T和第133155027位的优势碱基为C；位于鸡全基因组中3号染色体上第40090381位的优势碱基为T和第40137563位的优势碱基为A；位于鸡全基因组中4号染色体上第75746999位的优势碱基为T和第75777777位的优势碱基为G；位于鸡全基因组中5号染色体上第3753469位的优势碱基为T；位于鸡全基因组中13号染色体上第18166784位的优势碱基为A、第18229694位的优势碱基为C以及第18337506位的优势碱基为T。

进一步地，当所述SNP分子标记用于鉴别非泰和乌鸡时，位于鸡全基因组中1号染色体上的第124647615位的优势碱基为A、第132371827位的优势碱基为C、第132838411位的优势碱基为G、第133376355位的优势碱基为C和第133155027位的优势碱基为G；位于鸡全基因组中3号染色体上第40090381位的优势碱基为C和第40137563位的优势碱基为G；位于鸡全基因组中4号染色体上第75746999位的优势碱基为C和第75777777位的优势碱基为A；位于鸡全基因组中5号染色体上第3753469位的优势碱基为G；位于鸡全基因组中13号染色体上第18166784位的优势碱基为G、第18229694位的优势碱基为A以及第18337506位的优势碱基为G。

技术方案二：一种用于分别扩增所述的SNP分子标记的引物组，SEQ ID NO：1和2引物对用于扩增1号染色体上包含第124647615位的基因片段；SEQ ID NO：3和4引物对用于扩增1号染色体上包含第132371827位的基因片段；SEQ ID NO：5和6引物对用于扩增1号染色体上包含第132838411位的基因片段；SEQ ID NO：7和8引物对用于扩增1号染色体上包含第133376355位的基因片段；SEQ ID NO：9和10引物对用于扩增1号染色体上包含第133155027位的基因片段；SEQ ID NO：11和12引物对用于扩增3号染色体上包含第40090381位的基因片段；SEQ ID NO：13和14引物对用于扩增3号染色体上包含第40137563位的基因片段；SEQID NO：15和16引物对用于扩增4号染色体上包含第75746999位基因片段；SEQ ID NO：17和18引物对用于扩增4号染色体上包含第75777777位的基因片段；SEQ ID NO：19和20引物对用于扩增5号染色体上包含第3753469位的基因片段；SEQ ID NO：21和22引物对用于扩增13号染色体上包含第18166784位的基因片段；SEQ ID NO：23和24引物对用于扩增13号染色体上包含第18229694位的基因片段；SEQ ID NO：25和26引物对用于扩增13号染色体上包含第18337506位的基因片段。

技术方案三：一种用于鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡的试剂盒，包含所述的引物组。

技术方案四：一种用于鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡的方法，包括将待测样本的DNA用所述的SNP分子标记进行分析，根据SNP标记的信息来鉴别。

技术方案五：一种根据所述的SNP分子标记、所述的引物组或所述的试剂盒在鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡品种或产品中的应用。

进一步地，所述产品包括活禽、鸡肉和鸡蛋。

技术方案六：一种得到所述的SNP分子标记的方法，包括将不同鸡品种提取得到的DNA进行全基因组重测序，运用全基因组关联分析结合固定指数分析方法，筛选到所述的SNP分子标记；所述鸡品种包括：红色原鸡、隐性白羽肉鸡、白来航鸡、白壳蛋鸡、肉鸡B系、肉鸡A系、褐壳蛋、云南本地鸡、西双版纳斗鸡、旧院黑鸡、彭县黄鸡、米易鸡、沐川乌骨鸡、金阳丝毛鸡、峨眉黑鸡、天府乌骨鸡、石棉草科鸡、鲁西斗鸡、辽宁百日鸡、仙居鸡、溧阳鸡、北京油鸡、淮北麻鸡、五华黄鸡、杏花鸡、惠阳胡须鸡、怀乡鸡、麒麟鸡、正阳三黄鸡、浙川乌骨鸡、宁都黄鸡、广丰白耳黄鸡、余干乌骨鸡、修水黄羽乌鸡、泰和乌鸡、崇仁麻鸡、康乐黄鸡、安义瓦灰鸡、东乡绿壳蛋鸡、象洞鸡、德化黑鸡、河田鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡。

本发明公开了以下技术效果：

相较于单个分子标记而言，本发明鉴别的13个SNP分子标记具有特异性，且代表性极强：利用全球背景下的鸡种全基因组深度重测序信息，从全基因组水平筛选13个SNP位点作为泰和乌鸡特异性品种SNP位点。

本发明将所有代表丝羽乌骨鸡的群体基因组信息均纳入参考比较范围，鉴别的13个SNP标签位点能够精确区分泰和乌鸡和白绒乌骨鸡、竹丝鸡配套系及其它中国地方乌骨鸡群体，同时还兼顾了非乌骨鸡群体。相较于线粒体标记而言，本发明利用全基因组信息筛选到的13个SNP标记更具系统性、完整性和代表性。

本发明鉴别的泰和乌鸡特异性分子标记位点标记的数目有限，为应用过程中待测个体或产品样本的检测分型提供了便利。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为泰和乌鸡聚类分析结果，红色代表泰和乌鸡，黑色代表其他鸡种；

图2为PCA分析结果，TH为泰和乌鸡；NTH为非泰和乌鸡鸡种；

图3为全球鸡种PCA分析，其中TH为泰和乌鸡的全基因重测序个体；NTH为非泰和乌鸡品种；test为泰和乌鸡验证鸡群。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值，以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。

在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。

关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。

实施例1

1.1试验材料：以源自江西的8个地方鸡种(泰和乌鸡、东乡绿壳蛋鸡、崇仁麻鸡、宁都黄鸡、康乐鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡、余干乌骨鸡)和一个新发现江西地方鸡候选群体(修水黄羽乌鸡)、源自福建的3个地方鸡种(白绒乌骨鸡、德化黑鸡和象洞鸡)和源自广东的竹丝鸡培育品种为研究对象，采集上述鸡群中三代内均无血缘关系的个体翅静脉血，采用常规酚仿法提取DNA后，进行15×以上的全基因组重测序。

在此基础上，同时结合网上网络公共数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/；http://gsa.big.ac.cn/)下载的鸡重测序数据(10×以上)，共计533个鸡样本全基因组重测序信息合并分析，基因组重测序分析样品信息详见表1。重测序数据分析以GRCg6a为参考基因组，采用SAMTOOLS(mpileup-m 2-F 0.002-d 1000)进行SNP变异检测，使用plink过滤(参数为：--maf 0.05，--geno 0.1；--indep-pairwise 50 10 0.2)获得高质量不紧密连锁的位点。

表1本发明所用全基因组重测序分析样品信息

1.2试验方法：全基因组关联分析(GWAS)，运用PLINK软件对泰和乌鸡与非泰和乌鸡进行case-control分析；固定分化指数(Fst)分析，运用VCFTOOLS计算泰和乌鸡与非泰和乌鸡。对GWAS与Fst结果的共同top的位点进行筛选，top13的SNP位点(详见表2)分别位于：chr1、chr3、chr4、chr5、chr13上，用于鉴别泰和乌鸡与其他鸡种。运用13个SNP位点信息进行NJtree与PCA的结果如图1和2所示。NJtree是根据位点基因型信息构建邻接进化树，可以反应样品间的聚类关系。PCA为主成分分析，将数据降维处理来反应数据特征。从NJtree与PCA两项结果都可看到这13个SNP位点将泰和乌鸡与非泰和乌鸡分为两个不同的聚类，由此可见，利用此13个全基因组分布的SNP标记信息能够精确的区分泰和乌鸡和其它非泰和乌鸡品种。

表2 13个SNP位点信息在泰和乌鸡和非泰和乌鸡群体中优势等位基因信息

1.3大群验证：考虑到群体中部分位点中存在杂合情况，本发明用了13个分子标记的基因型去综合判断。为了检验该13个SNP位点精确鉴别泰和乌鸡的效应，本发明从泰和县另外选取150羽泰和乌鸡个体进行翅静脉血，采用常规酚仿法提取合格DNA后，进行平均测序深度为1×的全基因组重测序，测序数据经过质控和变异检测后，提取上述13个SNP位点进行位点分型，并与上述533个重测序数据的13个SNP位点数据集合并进行PCA分析，结果如图3所示，新增加的泰和乌鸡验证群体样本(test)在PC1水平上面仍然和原有的泰和乌鸡样本一致，同时和其它非泰和乌鸡样本的分布仍然在PC1水平上处在不同区域，表明本发明中的13个SNP标签位点能够精确的区分泰和乌鸡和非泰和乌鸡，也证明了13个标记是泰和乌鸡的特征位点，标记为杂合时不影响判断。

1.4对泰和乌鸡及其产品的分子鉴定方法，其步骤如下：

(1)采用酚仿法提取待测样本的DNA，样本选取可以是：血液(适宜鉴别活禽)、肉(适宜鉴别鸡肉)或卵黄膜(适用于鉴别蛋)；

(2)对提取的DNA样本进行泰和乌鸡标记SNP位点的基因分型和PCA分析。

鉴别已知的SNP位点基因型方法，可以针对该位点所在的一段目标序列设计相应的引物，将目标序列进行PCR扩增，根据扩增结果确定该SNP位点基因型；泰和乌鸡13个标记性SNP位点采用25μl反应体系，PCR详细信息如表3所示，表3中引物(5'-3')一列，当序列顺序为单数时为上游引物、双数时为下游引物，表4为SNP位点与其对应的基因片段。

表3 13个SNP位点PCR反应详细信息

表4 SNP位点与其对应的基因片段

以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。

序列表

<110> 江西农业大学

<120> 一种用于鉴别泰和乌鸡品种的SNP分子标记及其应用

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<170> SIPOSequenceListing 1.0

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ttctcttatt ttcatttaca aaagcacagg tcttctattt aaacaacatt gttcgaagca 720

atggtgttcc ctcttccttc ctttctgtca gcacagccat tccatatctc agtttcctga 780

ctctaaatgg atcacaggac ttatgaacac aagaatttac tgatgctttg tgtaccatta 840

ttttcaagtg tttttgcatt ctgcgtattt taggataaat gtgcaggtaa accagaaggg 900

atgaaaagtg attggctttt tgaatagatc gagagattac tgtctgccag ttctggacac 960

agcagaacaa gtagggctcg gactcttggt ta 992

<210> 31

<211> 845

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 31

tttcccgtat cactgtcaac acgagggcca ttgtaattta agagtattgg ctcatgctgt 60

tttttatgca attctttgaa agaaagttac tcaagccttg agacctgaga gaagcagctg 120

acccccacct caccacaacc tcctttcagg tcagcataga gtgtgatgac ttctcccctg 180

agcctcctct tctccagatt gaacaatccc agttccctca gctattctcc cataaaactt 240

gtgctccagg cacctcacac cctctttgcc cttctctgga cacactccag ggcctcaatg 300

tctttcttgt agcgaagggc cccaaactga acacagcact cgaggtacag ccacaccagg 360

attcacgttt caatccctgt cttgctgtaa gggcctgtgc ctgctgcccc agcaaatgcc 420

atccacaaca aatgcagtgc tgaaagagca ggccttaaca agtgcatagc tcagcaagta 480

atttatatac tctctgcaaa atctaataat gccttgcaaa acttggagtg ggaagctgaa 540

gccgctcgct gtgctgtaaa tcacgagagc aaaagagaaa gcggcccttg ccacctctac 600

agtcaccaca gctcccacac atctgaacac ccttagcgcc acagctggaa gtggtgccag 660

ggggctgagg aggagagcag atgctcccca gcatccccag cgtaggacaa gtcccagggg 720

agcacagcca ttcccagcac acgtgggctt tgccaaggga catatgtaag aaggctgctc 780

tgaaagtaat gcctcctgtt ttattacgtc agaggttgtt gctgttgata tgacagtagg 840

ggttg 845

<210> 32

<211> 638

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 32

tttgggtcat cttttcacgg ttagctttgg gattaagggg ggcctcagtg agcagggtgg 60

ggtgctcctc aggggccaca cgcagctcat tgtagaaggt gtggtgccag atcttctcca 120

tgtcgtccca gtttgtgatg atgccgtgtt caatggggta cttcagggtg aggatacctc 180

tcttgctctg agcttcatct cctacgtagg agtccttctg acccataccc accatgacac 240

cctgcaggag aggaaaacgg gggctcagcg acctctccac gggcagcagc gcgtccccgc 300

tccacacacg gggccgaggg accccacagg aagccccgag ggggccaaca tcgtacctgg 360

tggcggggcc ggcccacgat ggaagggaac acggccctgg gggcgtcatc cccggcgaag 420

ccagccttca ccaggccgga gccgttgtcg cacacgagcg cggtggtctc gtcctcgtca 480

cacatgttgc tggctgtctg cggggcacgg ggccgtgagg ctcagggtga cggcggggcc 540

cacggagggc ccacacgacg gccccgcgaa ggggcgccgg gcggcacggc acggcacggc 600

acggcacggc gcggtgccca cctacctgtg ctgactgc 638

<210> 33

<211> 666

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 33

gctcggtccc tactcttcta tcagaagagc taaaagctaa atttgacaca tgctgctgaa 60

acgcctcaaa ctgtgcttgc aacttagatt tcatattgat gccttaccaa agaaccattt 120

ttcactagat caatgtgaac tgtctgcata aaggtgagat atttttaagg tgaaatgcct 180

ggttttgaaa gcttcttttt tcagactgct gatttcgtag acatcagaga taagtatggt 240

aagtccttca gtgaaaacgt gaaatacagc catctcatac aggactcctc cctccccttt 300

ttctcccttc aactcttaac tgcaaagctg atgcaataga aagtggtgct ggcatcaaag 360

caaggagcta gaaatgagca tgtcttcagt caaatcactt ccaaagttac aatattaaag 420

gcatatcctg aattaattaa aaaaggggaa aaaaaggaaa aaacaaaaca aaaaagatga 480

gcatgtaaaa tttctgatga aaggaaattt ctgtttcaga gttaggaaaa ggctgaaaag 540

ttaccactgt atctaagttc tttctgaaaa agatgctttc tggaaaagat acacttaagc 600

agtatcaccc tctttctgaa gtgcagagaa aatcagtcta tgaacaataa cgaaacaagg 660

acccac 666

<210> 34

<211> 899

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 34

ctctgctgac tactgccatg ttatatccat catcatgggt gagaattggt aggttctgca 60

aatatttcca ttctccagtg aggagaagtc tccccagatg tgcggctgtt ttgtcacact 120

tctgtctccc atgaaatatg tgataaatcc tattggcagc agtaaaaaga tgagaaatat 180

tttgtggtgt tgtgtttgct tgcacaaata cacacacata catagacgta gtccaaattt 240

gaaacactaa gttcaaggtg aagcccagta aaattaatgg tagtttatgt atttttttca 300

gtttctttat aaccagtccc agctaactta ttccattaca aaacagaaca attcacagaa 360

agagcgagaa tttgtttctc tcttgacacg ctacataaga gtggtaactt ccatcacaaa 420

acctaaaagt gattatttct gaatctctca ataaatgatt atcccgctgt tcaaatctca 480

taataaatac tgcaggctgt ccacttagag cataagctta gctgaataag gtgtccatgg 540

ggcacaattt agtacagcaa gaatgtctga ctcaataaat gttgattgtt ttaacaaaag 600

tgtgcatgag atcagaatga caaatttgtc ctaggtaaaa tatcatgctt tttcctctaa 660

ccttttcttt aaaatgtaca tatacagaca tctagacaac tttgcctgtc aaaattttag 720

aaaacttcag agatttcata aaaaaataca tcaaccagaa ggcctgtatt tccagggagt 780

gtactatcat ggaaattaag atttagtgta tatacaaatt tttctttaca cgtagttcca 840

taggaaacac acccagcaac aggaagcagt aagaaaactt tcatccctaa gactgttgc 899

<210> 35

<211> 238

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 35

aattcctggc acagatggag ctctccaact gtatggaact tcctggtatt caaatgttta 60

ttaaaattaa cagtagcaga ctagatatct cagccaattc ttttcaaact cttgtctcca 120

attattaacg tcaacaacag tatcagctca gctcccgcga gcaggccaga aaattcttcc 180

ttgttctcat ttgtctcctg cacatcaact tttccaaata gggtgtagga actgctgt 238

<210> 36

<211> 957

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 36

ggaaatgagg aaaaggaaat tctatagcat tcctaagaga atcacagcag taattactat 60

aatgattact tttggacttg aaacaccagg gaaaaaaaaa gtccttatgt tgtatgaaaa 120

ttgcaagcag gcacacaaga aggatttaat gatatatcga ctcattttga gatatcggtt 180

tccacagaaa aggcaagtgc actgagaaca caaaacagct ttaacattgc agtcaaatgc 240

attctaagta ttgaaatata atcattgctt tcatttttca gcctaccaaa acttacaggt 300

ttatgttcat tacaccttgg caaagacaga taaaatagag actaagtatt caactattct 360

gtgaagatga aagagattgc caagctgcaa cagcatacaa ctatcaggca tgttctgata 420

gctatttatt ctacctatac tgactgcgat ccaaccactg aactaaaagt ggtccagcag 480

caattcctgg aaaatctgtt tggacaaacg tttaatacaa ggttcagtaa gatgaaattc 540

ctactatgag aaatcaagta gaaaagctag tcagaataaa aaatgacaaa agataaagtg 600

caagatttat caaaagtggt caatctgcac accttaagag ctataatcca tacaagataa 660

attgattcat aaattgatct caactgagaa tgccaaaaat tagtattaat agattgattt 720

caaaggcaat taagaaaagg ttggaaggag catttacaac tccttaccca tgtctctcat 780

ttttaatact gaaacatttt tgatgcagtg aaggcaagga tctaacaaag aggtgctaca 840

tggaacatgc aacaatgggc tgcacagcag gctccttcat ggatattaac ataaggaatg 900

tcctcatgaa aaaaaaaaaa acaacaaggg agactcattg gcttgttctg ctataag 957

<210> 37

<211> 937

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 37

cccttcctaa tgaactcctt aatgaggctc acagtctcct gctgacctcg aggcagcttc 60

cctttgccct tccacccctg ttccacccca tgctcgaccc atcatcccac agctcccatg 120

ggcagcagaa gcccctcaga gctgctccca taaggaaaca ggcactgatg gattgagccc 180

agcgtgaagg ctcttgctct cccagagcgg tataagatga gggcaaaggc aatgcttcca 240

tcagcaaaaa gatcatggac acagtggtaa taatccaccc tcgcacacat gcagtgtgtt 300

caaggtgtaa ataccacatt tgtgactgct gttcttgggg cagaggtttt tggatggagc 360

gttggctcac tgaccagcac agcaaaccac agccatggat ttgttgccta cagcacagtc 420

tggttgctgt aaatttccac catcaggcaa acaaactgct gccctgtcag ggggactctg 480

gaagcaagat tagagattag ttgaaatttt ctctagcaac tatagcaaaa aattttctat 540

taagtccaat acttcatgac ttttctagat gaaacctcct taccttacaa gagtagatga 600

cagcacacgg ccttctctcc cccccccctt ccctttgtta tttatcccac attacactgc 660

acagagcatc ccaaacacag ctaattgcca aggctcagcc cagccgccca gcaccaccag 720

tggtgcagct ccctacagca gccatgcagc gctgccactc acacagaggc tgatggcaca 780

gtgacaccca gagcatggag cagccgcagg gccagcagcg gggcagggtc tggcttcatg 840

caattcagaa ctttttccct tgtctatagg aagcctgcat gcctgagcac atggccatgc 900

aggatcaggc cctttacagc acagacaagg tcaagaa 937

<210> 38

<211> 800

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 38

cctcagcact tcggttgttg cagtgtctgt gggctaacag cactccagaa gcaagtattc 60

ctctttcctt tcctatggac cttctattaa actgtagcag tcaccacaaa tgcattagca 120

gacattccat atacagactc atgtttcagg gctttcagtt tacataagca ctgctctact 180

ctcaccacag gaagttttat ctctcagcga tactgtatgc acagacagag gacttgccca 240

gctctcctac agggcacgtt cacactccgt aaaacatgag gctctttcat tcagccctga 300

aaagaggaat taatagcaaa acccaaactg gcatcccact cacatgcagc tgccatcaca 360

tacagatggt aaatagagga aaaaacaaag cctctcccca aagttgctgc aggacctcca 420

tccatatggg ttctccatgt gcacatgtgc tttgtggttg catcccacat acatatccct 480

gtgagctgca gaaaaatgtc tgaatgttgg tgatgctcct ggcccccaag ccagcctgta 540

gcaattagac agatcaatac aatgggaaag gtgttacaac aaaggcatga tgacaaaagg 600

actggcacaa taaaaaggtg ttataaagaa aggaaagaag attgctcacc catatcagaa 660

gattccaggt tcataggaga aagcttcaac aaggaagaga tccttctcca gtggcagtca 720

gcccttaaat gaggtctaag agaggtgcag ccaggctcca acccggccaa tctcacagct 780

gaattgcctt cacctgtgct 800

<210> 39

<211> 621

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 39

acctgataga ctaatgggaa aattaagcat ttccttccca ccattggcac aaatgcaatt 60

tccttcctcg ctctcattag cacagtgttt atagaacccg acggcgctgg aggtggaagt 120

ctgttttctc caaagaacag gtaaaccaga acgtatggca aatccctccc gccccaatcc 180

ctcagtgaat gtgtttcagt cctgtcatgg aataattaac aaaggaacca aagaatcaag 240

tctggggtaa tgaaaaaaca tgaggagcta ttagggaact cagtaaaaag tctcaaggaa 300

agaagaaagg aatcactgga aatatggcac agaaaacttc agacaaaatg ttttggtttt 360

cacagaagaa ctgtgttcca caacaacaaa gaaaagccag aggacaccac tgataaacat 420

ttacattgtt gtacatctgc aaagtttctt tggaaatctt tcaaattgag acttttaaat 480

cagttctcca gtggaacgtc aaaaggtttc tcctggtctg taaaaccaag cacagaacag 540

gaacttctcc agaactgccc aggcagaaca tctcataagt gcacaggttt ccaaagacac 600

aaggtatcta ctcaggtcca t 621

Claims (3)

1.一种用于鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡的方法，其特征在于，包括对待测样本的DNA的13个SNP分子标记进行等位基因分型分析，根据13个SNP分子标记的等位基因信息来鉴别待测样本为泰和乌鸡或非泰和乌鸡；

所述13个SNP分子标记的SNP位点位于：鸡全基因组中1号染色体上的第124647615位、第132371827位、第132838411位、第133376355位和第133155027位；3号染色体上的第40090381位和第40137563位；4号染色体上的第75746999位和第75777777位；5号染色体上的第3753469位；13号染色体上的第18166784位、第18229694位和第18337506位，所述鸡全基因组以GRCg6a为参考；

所述SNP分子标记在泰和乌鸡和非泰和乌鸡群体中优势等位基因信息如下：

。

2.分型用于鉴别泰和乌鸡的13个SNP分子标记的引物组在鉴别泰和乌鸡和非泰和乌鸡品种或其产品中的应用，其特征在于，所述13个SNP分子标记的SNP位点位于：鸡全基因组中1号染色体上的第124647615位、第132371827位、第132838411位、第133376355位和第133155027位；3号染色体上的第40090381位和第40137563位；4号染色体上的第75746999位和第75777777位；5号染色体上的第3753469位；13号染色体上的第18166784位、第18229694位和第18337506位，所述鸡全基因组以GRCg6a为参考；

所述引物组中的SEQ ID NO：1和2引物对用于扩增1号染色体上包含第124647615位的基因片段；SEQ ID NO：3和4引物对用于扩增1号染色体上包含第132371827位的基因片段；SEQ ID NO：5和6引物对用于扩增1号染色体上包含第132838411位的基因片段；SEQ ID NO：7和8引物对用于扩增1号染色体上包含第133376355位的基因片段；SEQ ID NO：9和10引物对用于扩增1号染色体上包含第133155027位的基因片段；SEQ ID NO：11和12引物对用于扩增3号染色体上包含第40090381位的基因片段；SEQ ID NO：13和14引物对用于扩增3号染色体上包含第40137563位的基因片段；SEQ ID NO：15和16引物对用于扩增4号染色体上包含第75746999位基因片段；SEQ ID NO：17和18引物对用于扩增4号染色体上包含第75777777位的基因片段；SEQ ID NO：19和20引物对用于扩增5号染色体上包含第3753469位的基因片段；SEQ ID NO：21和22引物对用于扩增13号染色体上包含第18166784位的基因片段；SEQID NO：23和24引物对用于扩增13号染色体上包含第18229694位的基因片段；SEQ ID NO：25和26引物对用于扩增13号染色体上包含第18337506位的基因片段；

所述SNP分子标记在泰和乌鸡和非泰和乌鸡群体中优势等位基因信息如下：

。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述产品包括鸡肉和鸡蛋。

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