CN114736971B - 与雌鸽产蛋量相关的snp分子标记、试剂盒及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种与雌鸽产蛋量相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记位于雌鸽GnIH基因第2外显子上的212bp处，所述的GnIH基因第2外显子上的212bp处的碱基是G或C，本发明还提供了SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测雌鸽产蛋量性状的试剂盒中的应用和鉴定雌鸽产蛋量性状的试剂盒，最后提供了一种选育产蛋量较高的雌鸽的方法。利用本发明的与雌鸽繁殖相关的GnIH基因分子标记进行分子标记辅助选择，能有效的提高雌鸽的产蛋量。
Description
技术领域
本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与雌鸽产蛋量相关的分子标记、试剂盒及其应用。
背景技术
随着人民生活水平的提高，鸽业发展蒸蒸日上，鸽蛋作为高端消费品逐渐走上人民群众的餐盘。鸽产业面临的最大问题是鸽子产蛋量较其它禽类低，目前鸽蛋生产中需要对鸽进行配对，且雌鸽产蛋间隔较长达8天及以上，且每次仅产2枚蛋，大大的限制了鸽蛋产业的发展。生产中，由于鸽属晚成鸟，通常到5.5～6月龄方才产蛋，受制于其较长的产蛋间隔，及其配对生产模式，通常要较长的时间方能淘汰产蛋量低的雌鸽，且同时要淘汰一对。
利用分子标记进行早期选择，可以有效地节约饲养成本。促性腺激素抑制激素(GnIH)作为鸽下丘脑中的重要的繁殖调节肽，在雌鸽的产蛋过程中起着重要的调控作用，且目前鸽蛋生产中尚无该基因相关分子标记的研究和应用。
发明内容
本发明的主要目的就是针对现有技术中所存在的雌鸽产蛋率低的问题，提供了一种与雌鸽产蛋量相关的SNP分子标记、试剂盒及其应用。
本发明第一方面提供了一种与雌鸽产蛋量相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记位于雌鸽GnIH基因第2外显子上的212bp处，且所述的GnIH基因第2外显子上的212bp处碱基是G或C。
本发明第二方面提供检测上述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测雌鸽产蛋量性状的试剂盒中的应用。
较佳地，所述的试剂为能够扩增所述SNP分子标记的引物组合。
较佳地，所述的引物组合由具有SEQ_NO.1所示核苷酸的上游引物和具有SEQ_NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。
本发明的第三方面提供一种鉴定雌鸽产蛋量性状的试剂盒，所述的试剂盒包括能够检测上述的SNP分子标记的试剂。
本发明的第四方面提供一种选育雌鸽的方法，包括以下步骤：
(1)获得待测雌鸽的基因组DNA；
(2)检测所述基因组DNA中本发明第一方面所述SNP分子标记的基因型，选择CC和GC基因型，淘汰GG基因型雌鸽。
较佳地，步骤(2)中利用引物组合检测所述的SNP分子标记的基因型。
在本发明中，CC和GC基因型的雌鸽产蛋量较高，GG基因型的雌鸽产蛋量较少，所述产蛋量较高是指该基因型的雌鸽产蛋量显著高于产蛋量较少的基因型个体。
本发明相对于现有技术具有如下效果：
(1)利用本发明的与鸽繁殖相关的GnIH基因分子标记进行分子标记辅助选择，能有效的提高雌鸽的产蛋量；
(2)本发明同时提供了该SNP分子标记的序列及其鉴定方法，通过该分子标记和引物，利用直接测序技术建立快速高效的分子标记辅助育种技术，提高雌鸽产蛋量，并可进行雌鸽的早期选择，降低饲养成本，提高生产效益。
附图说明
图1为不同基因型雌鸽年产蛋数的表型值。
图2a～2c分别为不同基因型雌鸽的测序峰图。
图3为不同基因型雌鸽的产蛋数。
具体实施方式
为了使本发明实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解，下面结合具体图示，进一步阐述本发明。
为了研究雌鸽GnIH基因上SNP与雌鸽产蛋量之间关系，发明人对雌鸽GnIH编码区和调控区进行了多态位点的检测和关联分析，最终发现雌鸽GnIH基因外显子2上第212核苷酸处(编码区第353核苷酸处)的G>C突变与雌鸽产蛋量相关，从而完成本发明。
本发明的一些实施方案中，所述大量样本是指具有统计学意义的数量群体。本发明的一些具体实施中，所述样本量为78只。
实施例1雌鸽产蛋量的等位基因检测方法的建立
(1)采集同一批次白羽王鸽翅静脉血，利用酚-氯仿法进行基因组DNA的提取。通过标准的程序进行DNA质量和浓度检测等，最终选择以OD260/280比值在1.8-2.0之间的合格DNA样品进行后续试验。
(2)对GnIH基因外显子上的SNP标记位点的目的片段进行扩增，序列扩增的上下游引物为：
上游引物sGnIH-F：ttaaagataatgtcttggaagaaaagc(如SEQ_NO.1所示)
下游引物sGnIH-R：cctgaacatcttgaggcaga(如SEQ_NO.2所示)
(3)PCR扩增：
本实施例所用试剂来自南京诺唯赞公司，引物订购自上海英潍捷基公司，测序由上海生工公司完成。
以获得的白羽王鸽基因组DNA为模板，使用引物sGnIH-F和sGnIH-R进行PCR扩增。
扩增体系如下：
PCR反应程序如下：
PCR扩增产物经由1.2％琼脂糖凝胶电泳检测，检测结果如图1所示。
(4)测序与鉴定
PCR扩增产物sGnIH SEQ在上海生工公司进行Sanger测序，基因片段进行双向测序，将所有个体所得序列进行序列比对，得出对应的SNP标记位点。测序峰图如图2所示。
PCR扩增产物sGnIH SEQ如下所示(具体如SEQ_NO.3和SEQ_NO.4所示)：
注：上述序列中标注的X为突变位点，用加粗和下划线显示(括号中为突变碱基，为等位基因突变)，收尾加粗显示的部分为引物序列。
实施例2分子标记sGnIH_c353突变的效应分析
本发明提供的一个提高雌鸽产蛋量的SNP分子标记，以CC和GC基因型个体的年产蛋数较多，GG基因型个体的年产蛋数较少，如图3所示，因而在雌鸽的早期选育过程中选留CC和GC基因型的个体，淘汰GG基因型的个体。
利用本发明的与鸽繁殖相关的GnIH基因分子标记进行分子标记辅助选择，能有效的提高雌鸽的产蛋量；本发明同时提供了该SNP分子标记的序列及其鉴定方法，通过该分子标记和引物，利用直接测序技术建立快速高效的分子标记辅助育种技术，提高雌鸽产蛋量，并可进行雌鸽的早期选择，降低饲养成本，提高生产效益。
在此说明书中，本发明已参照其特定的实施例作了描述。但是，很显然仍可以作出各种修改和变换而不背离本发明的精神和范围。因此，说明书和附图应被认为是说明性的而非限制性的。
序列表
<110> 江苏省家禽科学研究所
<120> 与雌鸽产蛋量相关的SNP分子标记、试剂盒及其应用
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
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<210> 2
<211> 20
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Claims (2)
1.一种检测SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测雌鸽产蛋量性状的试剂盒中的应用，其特征在于，所述的SNP分子标记位于雌鸽GnIH基因第2外显子上的212bp处，所述的GnIH基因第2外显子上的212bp处的碱基是G或C，所述的试剂为能够扩增所述的SNP分子标记的引物组合，所述的引物组合由如SEQ_NO.1所示核苷酸序列的上游引物和如SEQ_NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。
2.一种选育雌鸽的方法，其特征在于，所述的方法包括以下步骤：
(1)获得待测雌鸽的基因组DNA；
(2)检测所述基因组DNA中SNP分子标记的基因型，选择CC和GC基因型，淘汰GG基因型雌鸽；
其中，所述的SNP分子标记位于雌鸽GnIH基因第2外显子上的212bp处，所述的GnIH基因第2外显子上的212bp处的碱基是G或C；
检测试剂为能够扩增所述的SNP分子标记的引物组合，所述的引物组合由如SEQ_NO.1所示核苷酸序列的上游引物和如SEQ_NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。
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