CN114364389A - 用于治疗炎性和免疫疾病的组合物和方法 - Google Patents

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G·麦肯奇
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Abstract

本发明提供可用于尤其是治疗或预防疾病或疾患的组合物、方法、策略、药盒和制品，所述疾病或疾患是诸如可能与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调相关的疾病或疾患。在一些方面，本发明提供益生元(例如人乳寡糖的混合物)和益生菌菌株(诸如能够内化和消耗所述益生元的菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种)的协同组合。

Description

用于治疗炎性和免疫疾病的组合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求下列文献的优先权：2019年9月24日提交申请的美国临时申请号62/905,256，标题为“Compositions and Methods for Treatment of Graft Versus HostDisease”、2020年5月20日提交申请的美国临时申请号63/027,739，标题为“Compositionsfor Treatment of Hyperammonemia”、2020年5月22日提交申请的美国临时申请号63/028,743，标题为“Compositions and Methods for Treatment of Inflammatory and ImmuneDisease”和2020年7月17日提交申请的美国临时申请号63/053,224，标题为“Compositionsand Methods for Treatment of Inflammatory and Immune Disease”，所述申请各自的内容以引用的方式整体并入。
序列表以引用的方式并入
本申请以电子格式连同序列表一起提交。所述序列表以创建于2020年9月21日，标题为PROL03703WOSEQLIST_ST25的文件提供，其大小为153千字节。所述为电子格式的序列表中的信息以引用的方式整体并入。
技术领域
本发明提供可用于尤其是治疗或预防疾病、病症或疾患的组合物、方法、策略、药盒和制品，所述疾病、病症或疾患是可能与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调相关的疾病、病症或疾患，诸如移植物抗宿主病(GVHD)。在一些方面，本发明提供益生元(例如人乳寡糖的混合物)和益生菌菌株(诸如能够内化和消耗所述益生元的菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.infantis))的协同组合。
背景技术
微生物组被认为是人类健康的关键调节剂，诸如它被认为在某种程度上是人体的“必需器官”。对大多数个体而言，在身体上或体内(诸如肠道中)发现的微生物菌落通常是良性或有益的。这些有益且大小合适的微生物菌落具有一系列有用且必要的功能，诸如帮助消化或防止病原微生物生长。微生物组组成改变(诸如由病原微生物的存在或扩增或微生物群落多样性丧失所造成的改变)可导致微生态失调的状态。虽然在各种疾病中已有微生物组微生态失调的描述，但安全地促进“健康”微生物组一直有困难，特别是在那些脆弱或免疫受损的受试者中。此外，微生物组在健康个体中可能会有所不同，这添加了对如何定义“健康”微生物组的困惑，更不用说促进或发展“健康”的微生物组。本领域需要用于安全地治疗或改善微生物组的微生态失调，以及涉及可能与微生态失调相关的炎症、感染、过敏或免疫功能失调的病症或疾病的组合物和方法。
发明内容
本文提供组合物、药盒和制品，及其使用方法，所述组合物、药盒和制品含有一种或多种益生元(例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖)，以及一种或多种能够消耗所述益生元的细菌益生菌菌株的混合物。所提供的组合物、药盒和制品在治疗或预防，诸如涉及炎症、免疫功能失调、过敏或肠道微生物组微生态失调的疾病或疾患上特别有用。在一些方面，所提供的组合物、药盒和制品可用于治疗或预防移植物抗宿主病(GVHD)。
本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述一种或多种人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
在特定的实施方案中，益生菌菌株能够内化一种或多种人乳寡糖。在某些实施方案中，细菌益生菌菌株包含双歧杆菌属的细菌菌株。在一些实施方案中，细菌益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种(B.longum subsp.longum)、短双歧杆菌(B.breve)或两歧双歧杆菌(B.bifidum)。在特定的实施方案中，细菌益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种。
本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，所述方法包括向受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。在某些实施方案中，所述益生元混合物包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖。
本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，所述方法包括向受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)双歧杆菌属的益生菌菌株。
在一些实施方案中，疾病、病症或疾患包含肥胖、II型糖尿病、慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、传染病支配、肠切除或与慢性腹泻相关的疾患中的一种或多种。在特定的实施方案中，疾病、病症或疾患包含肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻(celiac disease)、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征、结肠袋炎(pouchitis)或胃淋巴瘤中的一种或多种。在某些实施方案中，疾病、疾患或病症是移植物抗宿主病。
在一些实施方案中，受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植。本文提供预防或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病的发病率或严重性的方法，其中受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植，所述方法包括向受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。在特定的实施方案中，疾病、疾患或病症与感染相关联。在某些实施方案中，感染包含细菌感染或肠道支配。
本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的感染的方法，所述方法包括向受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中感染包含细菌感染或肠道支配。
在一些实施方案中，细菌感染或肠道支配包含由以下的一种或多种物种、亚种或菌株引起的感染或肠道支配：气单胞菌(Aeromonas)、芽孢杆菌(Bacillus)、布劳特氏菌(Blautia)、博德特氏菌(Bordetella)、疏螺旋体(Borrelia)、布鲁氏菌(Brucella)、伯克霍尔德氏菌(Burkholderia)、弯曲杆菌(Campylobacter)、衣原体(Chlamydia)、嗜衣原体(Chlamydophila)、柠檬酸杆菌(Citrobacter)、梭菌(Clostridium)、棒状杆菌(Corynebacterium)、柯克斯体(Coxiella)、埃立克体(Ehrlichia)、肠杆菌(Enterobacter)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、肠球菌(Enterococcus)、埃希氏菌(Escherichia)、Faecalicatena、弗朗西斯氏菌(Francisella)、嗜血杆菌(Haemophilus)、螺旋杆菌(Helicobacter)、Hungatella、克雷伯氏菌(Klebsiella)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、军团菌(Legionella)、钩端螺旋体(Leptospira)、李斯特菌(Listeria)、摩根氏菌(Morganella)、分枝杆菌(Mycobacterium)、支原体(Mycoplasma)、奈瑟氏菌(Neisseria)、东方体(Orientia)、邻单胞菌(Plesiomonas)、变形杆菌(Proteus)、假单胞菌(Pseudomonas)、立克次氏体(Rickettsia)、沙门氏菌(Salmonella)、志贺氏菌(Shigella)、葡萄球菌(Staphylococcus)、链球菌(Streptococcus)、密螺旋体(Treponema)、弧菌(Vibrio)或耶尔森氏菌(Yersinia)，任选以下中的一种或多种：嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、肉毒梭菌(Clostridiumbotulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)、肠聚集性大肠杆菌(enteroaggregative Escherichia coli)、肠出血性大肠杆菌(enterohemorrhagic Escherichia coli)、肠侵袭性大肠杆菌(enteroinvasiveEscherichia coli)、肠致病性大肠杆菌(enteropathogenic E.coli)、肠产毒性大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli)、大肠杆菌0157:H7、幽门螺旋杆菌(Helicobacterpylori)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellia pneumonia)、单核细胞增生性李斯特菌(Lysteriamonocytogenes)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、伤寒沙门氏菌(Salmonellatyphi)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、创伤弧菌(Vibrio vulnificus)或小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)。
在特定的实施方案中，细菌感染或肠道支配包含由以下中的一种或多种引起的感染或肠道支配：粪厌氧棒状菌(Anaerostipes caccae)、人结肠厌氧棍状菌(Anaerotruncuscolihominis)、长双歧杆菌、布劳特氏菌物种(Blautia spp.)、白痢丁酸球菌(Butyricicoccus pullicaecorum)、穗状丁酸弧菌(Butyrivibrio crossotus)、己酸菌(Caproiciproducens)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、克氏柠檬酸杆菌(Citrobacter koseri)、阿尔氏梭菌(Clostridium aldenense)、天门冬型梭菌(Clostridium asparagiforme)、鲍氏梭菌(Clostridium bolteae)、柠檬酸梭菌(Clostridium citroniae)、梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)、拉瓦梭菌(Clostridium lavalense)、系结梭菌(Clostridium nexile)、包氏梭菌(Clostridiumpopuleti)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、伴生粪球菌(Coprococcus comes)、规则粪球菌(Coprococcus eutactus)、产甲酸多尔氏菌(Dorea formicigenerans)、长多尔氏菌(Dorea longicatena)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcusfaecium)、大肠埃希氏菌(Escherichia coli)、产乙醇杆菌(Ethanoligenens)、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、凸腹真杆菌(Eubacteriumventriosum)、惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)、普拉栖粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、Faecalicatena、普氏黄腐菌(Flavonifractor plautii)、Hungatella、产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)、颤杆菌(Oscillibacter)、肉桂乳头杆菌(Papillibacter cinnamivorans)、乳头杆菌(Papillibacter)、奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、假黄腐菌(Pseudoflavonifractor)、人罗斯氏菌(Roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(Roseburiaintestinalis)、食葡糖罗斯氏菌(Roseburia inulinivorans)、粪瘤胃球菌(Ruminococcusfaecis)、乳酸瘤胃球菌(Ruminococcus lactaris)、扭矩瘤胃球菌(Ruminococcustorques)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、孢杆菌(Sporobacter)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)、澳洲链球菌(Streptococcus australis)、星座链球菌(Streptococcus constellatus)、嵴链球菌(Streptococcus cristatus)、戈登链球菌(Streptococcus gordonii)、婴儿链球菌(Streptococcus infantis)、中间链球菌(Streptococcus intermedius)、缓症链球菌(Streptococcus mitis)、变形链球菌(Streptococcus mutans)、寡发酵链球菌(Streptococcus oligofermentans)、口腔链球菌(Streptococcus oralis)、副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)、栖口腔链球菌(Streptococcus peroris)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、假肺炎链球菌(Streptococcus pseudopneumoniae)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、血链球菌(Streptococcus sanguinis)、远缘链球菌(Streptococcus sobrinus)、苏黎世链球菌(Streptococcus tigurinus)、前庭链球菌(Streptococcus vestibularis)、变形罕见小球菌(Subdoligranulum variabile)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)或互营球菌属物种(Syntrophococcus sp.)。
在某些实施方案中，细菌感染或肠道支配包含由耐药细菌引起的感染或肠道支配。在一些实施方案中，耐药细菌包含以下中的一种或多种：耐抗生素细菌(ARB)、耐抗生素变形菌门、耐碳青霉烯(Carbapenem)肠杆菌科(CRE)、产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科(ESBL-E)、耐氟喹诺酮肠杆菌科、耐超广谱β-内酰胺肠球菌(ESBL)、耐万古霉素肠球菌(VRE)、多重耐药性大肠杆菌或多重耐药性克雷伯氏菌。
在特定的实施方案中，受试者已经历或将经历回肠贮袋-肛管吻合术(ilealpouch-anal anastomosis)(IPAA)手术，并且其中疾病、疾患或病症包括结肠袋炎。本文提供预防或降低有需要的受试者的结肠袋炎的发病率或严重性的方法，其中受试者已经历或将经历回肠贮袋-肛管吻合术(IPAA)手术，所述方法包括向受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中感染包含细菌感染。
在某些实施方案中，益生元混合物包含至少10种人乳寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物包含至少50种人乳寡糖。在某些实施方案中，益生元混合物包含至少50种人乳寡糖。
在一些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b或二唾液酸基乳-N-四糖。在特定的实施方案中，所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b和二唾液酸基乳-N-四糖。在某些实施方案中，所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b。
在一些实施方案中，益生元混合物是、来源于或包含来自汇集的人乳的浓缩渗透物，其中所述渗透物获自人脱脂乳的超滤，其中所述人脱脂乳通过从汇集的人乳去除乳脂获得，并且其中所述汇集的人乳从多个人乳供体的乳汁汇集。
本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，所述方法包括向受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物是、来源于或包含浓缩的人乳渗透物，其中所述人乳渗透物获自人脱脂乳的超滤，所述人脱脂乳获自汇集的人乳，并且其中所述汇集的人乳从多个人乳供体的乳汁汇集；以及(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
在特定的实施方案中，汇集的人乳从至少25个、50个或100个人乳供体的乳汁汇集。在某些实施方案中，益生元混合物包含至少一种合成的人乳寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株经口施用。在特定的实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在同一天施用至少一天。在某些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在同一天施用至少连续三天。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在同一天施用至少连续七天。
在特定的实施方案中，所述方法至少包括第一治疗阶段和第二治疗阶段，其中所述第一治疗阶段包括在同一天向所述受试者施用益生元混合物和益生菌菌株至少一天，并且其中所述第二治疗阶段在所述第一治疗阶段结束后，任选地紧接所述第一治疗阶段的后开始，并且包括施用益生元混合物至少一天，其中在所述第二治疗阶段期间不施用益生菌菌株。
在某些实施方案中，所述第二治疗阶段包括每天向受试者施用益生元混合物至少连续三天。在一些实施方案中，所述第二治疗阶段包括每天向受试者施用益生元混合物至少连续七天。在特定的实施方案中，所述第一治疗阶段的长度介于3至14天之间，并且其中所述第二治疗阶段的长度介于3至14天之间。在某些实施方案中，所述第一治疗阶段的长度为约7天，并且其中所述第二治疗阶段的长度为约7天。在一些实施方案中，益生菌菌株以每天至少5×106个菌落形成单位(CFU)的量施用。在特定的实施方案中，益生菌菌株以每天至少8×107个菌落形成单位(CFU)的量施用。在某些实施方案中，益生元混合物以每天至少500mg的总人乳寡糖的量施用。在一些实施方案中，益生元混合物以每天介于0.5g至25g、1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至25g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖的量施用。
在特定的实施方案中，益生元混合物和/或益生菌菌株经肠溶衣施用。在某些实施方案中，所述方法还包括施用组胺-2受体拮抗剂，其中所述组胺-2受体拮抗剂在施用所述益生菌菌株之前至少1小时施用，任选地其中所述组胺-2受体拮抗剂是法莫替丁(famotidine)。
在一些实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用质子泵抑制剂。在特定的实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用苯并咪唑衍生物。在某些实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用奥美拉唑(omeprazole)。在一些实施方案中，益生菌菌株和益生元混合物两者均不含或基本上不含苯并咪唑衍生物。
在特定的实施方案中，受试者是至少6个月、12个月、2岁、5岁、12岁或18岁的人受试者。在某些实施方案中，受试者是儿童、青少年或成人的人受试者。在一些实施方案中，受试者是成人。
本文提供益生元混合物和至少一种益生菌菌株用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的用途，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
本文提供用于制造药物的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，所述药物用于治疗或预防与以下中的一种或多种相关的疾病、病症或疾患：肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且其中所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
本文提供药盒，其包含至少一种细菌益生菌菌株和益生元混合物，所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖，其中所述益生菌菌株能够内化并消耗所述一种或多种人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生菌菌株包含双歧杆菌菌株。在某些实施方案中，益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种菌株。在一些实施方案中，益生元混合物包含至少2种、至少5种、至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少125种或至少150种人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。在某些实施方案中，益生元混合物不含或基本上不含非人乳寡糖的寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物是、获自或包含来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物。在特定的实施方案中，益生菌菌株掺入一个或多个单独的益生菌剂量，并且其中益生元混合物掺入一个或多个单独的益生元剂量。在某些实施方案中，一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少1×103个菌落形成单位(CFU)。在一些实施方案中，一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少8×107个菌落形成单位(CFU)。在特定的实施方案中，一个或多个益生元剂量包含介于500mg至25g之间的总人乳寡糖。在某些实施方案中，一个或多个单独的益生元剂量包含每天介于0.5g至25g、1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至25g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖。在一些实施方案中，一个或多个单独的益生元剂量包含少于0.1％的乳糖。本文还提供制品，其包含本文所述的药盒和使用说明，其中所述使用说明描述本文提供的任何方法。
本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用包含寡糖的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。本文还提供降低有需要的受试者的氨水平或量的方法，其包括向受试者施用包含寡糖的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。
在特定的实施方案中，所述方法还包括施用能够消耗所述混合物的每种寡糖的细菌益生菌菌株。在某些实施方案中，受试者患有以下病症、处于患有以下病症的风险中或疑似患有以下病症：高氨血症、肝性脑病或尿素循环障碍。在一些实施方案中，益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖(HMO)。在特定的实施方案中，益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是人乳寡糖(HMO)。在某些实施方案中，益生元混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种寡糖。在特定的实施方案中，包含氮的益生元混合物中的寡糖重量百分比小于50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％。在某些实施方案中，混合物不含或基本上不含包含氮的寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物中按重量计少于50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％的寡糖是包含五个或更多个单糖残基的寡糖。
在特定的实施方案中，益生元混合物不含或基本上不含包含五个或更多个单糖残基的寡糖。在某些实施方案中，益生菌菌株是双歧杆菌菌株，任选地是长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种、短双歧杆菌或两歧双歧杆菌菌株。在一些实施方案中，益生菌菌株能够内化所述混合物的寡糖。
本文提供治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用(i)包含寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌。本文还提供减少有需要的受试者内氨的方法，其包括向受试者施用(i)寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖(HMO)；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生细菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌菌株。
在特定的实施方案中，益生菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种菌株。在某些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖或6'-唾液酸基乳糖。在一些实施方案中，益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。在特定的实施方案中，益生元混合物的寡糖由或基本上由以下组成：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。在某些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖或二岩藻糖基乳糖。在一些实施方案中，益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。在特定的实施方案中，混合物的寡糖由或基本上由以下组成：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。
本文提供治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的益生元混合物，以及ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。本文还提供治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的益生元混合物，以及ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。在某些实施方案中，受试者患有肝性脑病、疑似患有肝性脑病或处于患有肝性脑病的风险中。在一些实施方案中，受试者患有尿素循环障碍、疑似患有尿素循环障碍或处于患有尿素循环障碍的风险中。
本文提供用于治疗有需要的受试者微生态失调的方法，其中所述微生态失调是肠道微生物组的微生态失调，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述混合物的人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
本文还提供预防或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病(GVHD)的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述混合物的人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
本文另外提供预防或降低有需要的受试者中与炎症、免疫功能失调或过敏相关的疾病、病症或疾患的发病率或严重性的方法，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述混合物的人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
在一些实施方案中，受试者患有以下疾病、疑似患有以下疾病或处于患有以下疾病的风险中：肥胖、II型糖尿病、慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、传染病支配、肠道切除和/或与慢性腹泻相关的疾患。在某些实施方案中，受试者患有以下疾病、疑似患有以下疾病或处于患有以下疾病的风险中：肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征、结肠袋炎或胃淋巴瘤。在特定的实施方案中，受试者患有以下疾病、疑似患有以下疾病或处于患有以下疾病的风险中：与细菌、病毒或寄生虫感染或过度生长相关的疾病、病症或疾患。在一些实施方案中，疾病、疾患或病症与由耐药细菌造成的感染相关。
本文还提供预防或降低有需要的受试者结肠袋炎的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已经历或将经历回肠贮袋-肛管吻合术(IPAA)手术，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述混合物的人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
在某些实施方案中，益生元混合物包含至少5种、至少10种、至少25种、至少30种、至少50种、至少100种或至少150种人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物是、来源于或包含来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物。在某些实施方案中，汇集的人乳从至少25个、50个或100个单独供体的乳汁汇集。
在特定的实施方案中，所述至少一种细菌益生菌菌株包含双歧杆菌属的细菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种细菌益生菌菌株包含短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种。在某些实施方案中，所述至少一种细菌益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种。
本文提供预防或降低有需要的受试者移植物抗宿主病(GVHD)的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含至少25种人乳寡糖的益生元混合物和长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
在特定的实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株经口施用。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在同一天施用至少连续三天。在某些实施方案中，所述方法至少包括第一治疗阶段和第二治疗阶段，其中所述第一治疗阶段包括在同一天向受试者施用益生元混合物和益生菌菌株至少连续三天，并且其中所述第二治疗阶段紧接在第一治疗阶段结束之后开始并且包括施用益生元混合物至少连续三天。
在特定的实施方案中，第一治疗阶段的长度介于3至14天之间，并且其中第二治疗阶段的长度介于3至14天之间。在一些实施方案中，第一治疗阶段的长度为约7天，并且其中第二治疗阶段的长度为约7天。在某些实施方案中，益生菌菌株以每天至少5×106个菌落形成单位(CFU)的量施用。在特定的实施方案中，益生菌菌株以每天至少8×107个菌落形成单位(CFU)的量施用。在一些实施方案中，益生元混合物以每天至少500mg的总人乳寡糖的量施用。在某些实施方案中，益生元混合物以每天介于1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖的量施用。在特定的实施方案中，益生元混合物和/或益生菌菌株经肠溶衣施用。在某些实施方案中，所述方法还包括施用质子泵抑制剂，其中所述质子泵抑制剂在施用益生菌菌株之前至少1小时施用。在一些实施方案中，受试者为至少6个月、12个月、2岁、5岁、12岁或18岁。在某些实施方案中，受试者是儿童、青少年或成人。
在一些实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用质子泵抑制剂或抗酸剂之一或两者。在某些实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用质子泵抑制剂或包含碳酸氢盐的抗酸剂。在特定的实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用包含苯并咪唑衍生物的质子泵抑制剂。在一些实施方案中，受试者在施用益生菌菌株之前至少约1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用包含奥美拉唑的质子泵抑制剂。在某些实施方案中，在施用一种或多种益生菌时，受试者的胃具有任选地低于7、介于1至7之间、介于2至5之间、介于1至4之间、或介于1.5至3.5之间的酸性pH。在特定的实施方案中，一种或多种益生菌和益生元混合物两者均不含或基本上不含某些或全部的质子泵抑制剂和抗酸剂。
本文提供药盒，所述药盒包含一种或多种细菌益生菌菌株和包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物，其中所述一种或多种益生菌菌株能够内化并消耗所述一种或多种人乳寡糖。在某些实施方案中，一种或多种益生菌包括双歧杆菌益生菌。在特定的实施方案中，一种或多种益生菌包括以下的菌株中的一种或多种：短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌长亚种或长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，益生元混合物包含至少2种、至少5种、至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少125种或至少150种不同的人乳寡糖。在某些实施方案中，益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物不含或基本上不含非人乳寡糖的寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物是、获自或包含来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物。
在某些实施方案中，将一种或多种益生菌掺入一个或多个单独的益生菌剂量中，并且将益生元混合物掺入一个或多个单独的益生元剂量中。在特定的实施方案中，一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少1×103个菌落形成单位(CFU)。在一些实施方案中，一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少8×107个菌落形成单位(CFU)。在某些实施方案中，一个或多个益生元剂量包含介于500mg至25g之间的总人乳寡糖。在特定的实施方案中，一个或多个单独的益生元剂量包含介于1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖。在一些实施方案中，一个或多个单独的益生元剂量包含少于0.1％的乳糖。在某些实施方案中，药盒包含一个或多个单独的质子泵抑制剂剂量。
在某些实施方案中，本文提供包含本文提供的任何药盒和使用说明的制品，其中所述使用说明描述本文所述的任何方法。
本文提供可用于尤其是治疗或预防移植物抗宿主病(GVHD)或相关疾患和病症的组合物、方法、策略、药盒和制品。在一些方面，所提供的组合物、方法、药盒或制品是或包含益生元(诸如人乳寡糖的混合物)和至少一种益生细菌菌株。在一些方面，益生细菌菌株能够内化并代谢人乳寡糖。在特定的实施方案中，向有需要的受试者施用至少一种益生菌菌株和寡糖可降低或预防GVHD的发病率或严重性。
本文提供预防或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病(GVHD)的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已经历或将经历同种异体移植，所述方法包括向所述受试者施用非消化性碳水化合物的混合物和细菌益生菌菌株，所述细菌益生菌菌株能够消耗所述混合物的非消化性碳水化合物。
在特定的实施方案中，所述混合物包含至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少150种或至少200种不同的非消化性碳水化合物。在某些实施方案中，所述非消化性碳水化合物是寡糖。在一些实施方案中，所述非消化性碳水化合物是人乳寡糖。
本文进一步提供预防或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病(GVHD)的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已接受或将接受同种异体移植，所述方法包括向所述受试者施用HMO的混合物和双歧杆菌属的细菌益生菌菌株。
在一些实施方案中，所述益生菌菌株是短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种或长双歧杆菌长亚种菌株。在某些实施方案中，所述益生菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种。在特定的实施方案中，所述混合物包含至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少150种或至少200种不同HMO。
在一些实施方案中，所述混合物和益生菌菌株在植入嗜中性粒细胞时开始施用，紧接在与移植相关所采取的抗生素方案完成后。在某些实施方案中，所述混合物和益生菌菌株经口施用。在特定的实施方案中，所述混合物和益生菌菌株每天经口施用两次。在一些实施方案中，所述混合物的施用剂量介于或介于约3g/天至18g/天之间(包括端值在内)。在某些实施方案中，所述混合物的施用剂量为或为约12.5g/天。
在特定的实施方案中，益生菌菌株以介于或介于约104单位/天至1012单位/天之间的剂量施用。在一些实施方案中，益生菌菌株以109单位/天或约109单位/天的剂量施用。在某些实施方案中，混合物和益生菌菌株在治疗期间每天施用两次。在特定的实施方案中，治疗期为或持续7天至180天(包括端点值)。在一些实施方案中，治疗期为或持续至少7天、14天、21天、28天、30天、60天、90天或120天。
在某些实施方案中，混合物和益生菌菌株之一或两者包含肠溶衣。在特定的实施方案中，所述方法还包括施用质子泵抑制剂。在一些实施方案中，施用混合物和益生菌菌株可治疗、改善或减少个体的微生态失调。
本文还提供药盒，所述药盒包含至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少150种或至少200种不同HMO的混合物和长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中混合物和益生菌菌株适合经口施用。
此外，本文提供预防或降低有需要的受试者的结肠袋炎的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已经历或将经历IPAA手术，所述方法包括向所述受试者施用非消化性碳水化合物的混合物和能够消耗所述混合物的非消化性碳水化合物的细菌益生菌菌株。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含有(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述一种或多种人乳寡糖的细菌益生菌菌株。在特定的实施方案中，本文提供根据本发明使用的制剂，其中(i)益生元混合物和(ii)益生菌菌株同时、分开或依序施用于受试者。
在一些实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
在多个实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含有(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)双歧杆菌属的益生菌菌株。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病的发病率或严重性的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中所述受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植。
在特定的实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的感染的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中所述感染包含细菌感染。
在一些实施方案中，本文提供用于预防或降低有需要的受试者的结肠袋炎的发病率或严重性的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中所述感染包含细菌感染。
在特定的实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含有(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物是、来源于或包含浓缩的人乳渗透物，其中所述人乳渗透物获自人脱脂乳的超滤，所述人脱脂乳的超滤获自汇集的人乳，并且其中所述汇集的人乳从多个人乳供体的乳汁汇集；和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
在一些实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含益生元混合物和至少一种益生菌菌株，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的组合物或制剂，所述疾病、病症或疾患与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调中的一种或多种相关联，所述组合物或制剂包含益生元混合物和至少一种益生菌菌株，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且其中所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
在一些实施方案中，本文提供用于治疗高氨血症的包含寡糖的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。
在特定的实施方案中，本文提供用于降低有需要的受试者的氨水平或量以治疗高氨血症的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗或预防高氨血症的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌。
在一些实施方案中，本文提供用于减少有需要的受试者的氨以治疗高氨血症的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖(HMO)；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生细菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌菌株。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗或预防高氨血症的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的益生元混合物和ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
在特定的实施方案中，本文提供用于治疗或预防高氨血症的组合物或制剂，所述组合物或制剂包含有(i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的益生元混合物和ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
附图说明
图1提供了显示出在不同时间点从在存在HMO的混合物(HMO)的情况下孵育的长双歧杆菌婴儿亚种(BI)、粪便微生物群(microbiota)(粪便)或两者(BI/粪便)培养物中收集的600nm(OD600)处的光密度测量值的图。对照包括未接种的培养物(未接种的)和/或在不存在碳源(无糖)的情况下孵育的培养物。
图2提供了显示出在如第1图中描述的类似培养条件下，不同时间点的靶向长双歧杆菌婴儿亚种的qPCR的结果的图。所述检测极限(LOD)为502拷贝/mL培养物。
图3A和图3B示出了显示出以浓度1μg/mL(图3A)或0.5μg/mL(图3B)的各种酸性还原化合物孵育长双歧杆菌婴儿亚种三小时后以及在单独的缓冲液中孵育之前(仅缓冲液T0)或孵育三小时后(仅缓冲液T180)的厌氧菌落形成单位(CFU)计数的图。
图4A至图4H示出了显示出与浓度500μg/mL(图4A和图4E)、250μg/mL(图4B和图4F)、125μg/mL(图4C和图4G)、62.5μg/mL(图4D和图4H)的各种酸性还原化合物或与媒介物对照孵育24小时后的OD600测量结果(图4A至图4D)或靶向长双歧杆菌婴儿亚种的qPCR的结果的图。
图5示出了显示出靶向长双歧杆菌婴儿亚种的qPCR的结果的图，所述长双歧杆菌婴儿亚种来自个别无菌小鼠在不同时间点的粪便粒。无菌小鼠的实验组包括接受来自健康成人供体的粪便的FMT并用HMO治疗的无菌小鼠(空心圆)；接受来自健康成人供体的粪便的FMT并用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗的无菌小鼠(实心三角形)；接受来自健康人类婴儿供体的粪便的FMT并用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗的无菌小鼠(空心菱形)；和接受长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗，但无FMT的无菌小鼠(实心方块)。
图6A和6B示出了实验设计的总结(图6A)和靶向屎肠球菌的qPCR的实验结果(图6B)。如图6A所示，在第-7至第1天用媒介物或氨苄青霉素(ampicillin)治疗小鼠；在第0天接种屎肠球菌或媒介物；在第0-7天施用长双歧杆菌婴儿亚种或媒介物，并在第0-13天施用HMO或媒介物。图6B示出了靶向屎肠球菌的qPCR的结果，所述屎肠球菌来自在第0至第14天每天从个别小鼠收集的粪便。所示出的结果是如下述小鼠的结果：接种屎肠球菌，但未施用氨苄青霉素、HMO或长双歧杆菌婴儿亚种的小鼠(实心圆)；施用氨苄青霉素并接种屎肠球菌的小鼠(空心正方形)；施用氨苄青霉素和长双歧杆菌婴儿亚种并接种屎肠球菌的小鼠(实心三角形)；以及施用氨苄青霉素、HMO和长双歧杆菌婴儿亚种并接种屎肠球菌的小鼠(空心倒三角形)。
具体实施方式
本文提供组合物、药盒和制品及其使用方法。在某些实施方案中，所提供的组合物、药盒和制品含有一种或多种益生元(例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖)和至少一种能够消耗所述一种或多种益生元的益生菌菌株，例如双歧杆菌(诸如长双歧杆菌婴儿亚种)。在某些方面，所提供的组合物、药盒和制品在治疗或预防与炎症、过敏或免疫功能失调相关的疾病或疾患上特别有用。在一些方面，所提供的组合物、药盒和制品可向受试者施用以治疗或预防例如肠道微生物组的微生态失调，以及可能来源于或引起微生态失调的疾病或病症。在一些实施方案中，所提供的组合物、药盒和制品可用于治疗或预防移植物抗宿主病(GVHD)。
在某些方面，健康人体代谢的维持取决于整个人胃肠道中的细菌、古细菌、病毒、真菌和宿主真核细胞之间的共生联盟。例如，微生物群落可提供有助于食物消化、异形生物质代谢和产生多种生物活性分子的酶促机制和代谢途径。对微生物组的干扰可导致微生物失衡(微生态失调)，其特征为微生物群组成的菌门水平发生变化，包括专性厌氧菌表现显著减少以及兼性厌氧菌的相对丰度增加。虽然微生态失调与多种疾病和疾患相关联，但微生态失调很难治疗成功，特别是在脆弱或免疫受损的患者中。
所提供的组合物、方法、药盒和制品解决这些需求。具体地说，本发明包括益生元(诸如人乳寡糖)和益生菌(诸如消耗人乳寡糖的益生菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subspecies(subsp.)infantis)(本文中也称为长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.infantis)或婴儿双歧杆菌(B.infantis))的特定组合，所述组合对治疗、改善或降低肠道微生物组微生态失调特别安全且有效，并且能有效治疗、改善或预防可能伴随微生态失调的疾病或病症，包括，但不限于与免疫病症、炎性病症或感染相关的疾病。
在多个方面，所提供的益生元和益生菌的组合具有相对于针对微生物组的替代治疗的多种优势。例如，在一些方面，所提供的益生元(例如人乳寡糖)提供用于所提供的益生菌菌株的选择性碳和/或能量来源，所述益生菌菌株可以是通常不存在于健康成人微生物组中的有益的细菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。因此，相对于诸如粪便移植物的治疗，益生菌在受试者的微生物组中的植入、扩增和存在可通过同时或后续施用所提供的益生元来控制。例如，在一些方面，益生菌的扩增可通过增加或延长施用所提供的益生元来增加。在一些方面，益生菌存在于受试者的微生物组中的持续时间可通过撤回或终止施用益生元来控制，不需要任何抗生素。
在某些方面，施用所提供的益生元和益生菌可促进能够促进或允许受试者的微生物组内其他有益微生物群的生长或扩增和/或预防潜在致病菌的生长或扩增的环境。例如，在一些方面，所提供的益生元和益生菌施用一段限定期间，在此期间益生菌可，诸如通过影响pH和/或产生短链脂肪酸来产生或促进可损害致病微生物群生长，同时促进有益的微生物群的环境。在某些方面，在这样的一段期间过后可撤回施用益生元，从而减少受试者的微生物组中所提供的益生菌的存在。在一些此类方面，即使当无法再检测到所提供的益生菌时可持续扩大有益的微生物群的存在以维持这种健康的环境，从而持续促进健康的微生物组和/或预防终止施用所提供的益生元和益生菌的后微生态失调。
在一些方面，益生菌菌株是或包括长双歧杆菌婴儿亚种。在婴儿中，母乳喂养可能导致长双歧杆菌婴儿亚种扩增，并随后减少其他潜在的有害物种，例如肠杆菌科的物种或菌株。然而，长双歧杆菌婴儿亚种通常不存在于健康的成人微生物组中，人乳寡糖通常也不存在于成人饮食中。在某些方面，在本发明之前也不清楚植入长双歧杆菌婴儿亚种对成人健康可能有什么益处(如果有的话)。本发明(至少部分地)涉及当将长双歧杆菌婴儿亚种与人乳寡糖一起施用时，长双歧杆菌婴儿亚种确实可植入成人肠道微生物组中的惊人发现。通过这种方式植入长双歧杆菌婴儿亚种可产生令人惊讶的对成人疾病和病症的有益效果，所述有益效果至少部分通过减少有害细菌物种、增加短链脂肪酸的产生和减少炎症或促炎因子中的一种或多种产生。
在一些实施方案中，本文提供益生元(例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖)和益生菌(例如双歧杆菌的菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种)的组合。在一些实施方案中，这种益生元和益生菌组合协同地(i)促进益生菌的植入和扩增；(ii)改进、降低、治疗或改善微生态失调；(iii)促进肠道微生物组的多样性(例如α和/或β多样性)；(iv)促进短链脂肪酸的产生；和/或(v)减少、改进、治疗或改善炎症或与自身免疫或超免疫相关的疾患。在某些方面，此类效果尤其可通过以下方法实现：产生乳酸或乙酸；降低肠道pH；和/或交叉喂养由益生元选择性地促进的益生菌的丁酸产生者。
在一些实施方案中，益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)能够内化益生元混合物的寡糖或非消化性碳水化合物，诸如内部代谢或水解全部或一些益生元混合物。在一些方面，能够内化非消化性碳水化合物和寡糖的益生菌菌株可具有内源性运输或输入分子，以及糖基水解酶以解构具有某些特定糖苷键的寡糖，例如在人乳寡糖中发现的键联。在一些方面，内化和代谢寡糖或非消化性碳水化合物的能力可允许这些益生菌菌株唯一成功定殖在施用HMO的受试者的肠道中，例如由于具有合适大小和组成的HMO仅能唯一被这些细菌消耗。因为寡糖在细胞内被内化，所以单糖分解产物不会扩散或不会被其他细菌消耗。因此，在一些实施方案中，益生元混合物(例如人乳寡糖)选择性地促进至少一种益生菌菌株相对于其他细菌(例如存在于肠道和/或微生物组中的细菌)的生长和扩增。
在某些实施方案中，益生元混合物的非消化性碳水化合物或寡糖被益生菌菌株内化和代谢。在一些方面，非消化性碳水化合物或寡糖在细菌细胞内部分解，使得在一些方面，单糖或其他寡糖分解产物不会扩散到其他细菌和/或不会被其他细菌利用。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是能够内化混合物的寡糖的双歧杆菌菌株。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
在一些方面，所提供的混合物的优点是寡糖(例如HMO)选择性地促进人体内肠道或人体内微生物组中的益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)生长和扩增。在某些情况下，特定的实施方案设想益生菌菌株可在一些环境中(诸如在体外测定中或在非人动物体内的肠道或微生物组中)，但不在人类肠道或微生物组中消耗或内化某些寡糖。因此，在一些实施方案中，尽管许多种类的寡糖可促进益生菌菌株在体外生长，但所提供的非消化性碳水化合物的混合物促进益生菌在人体内的肠道中植入、生长和扩增。
在某些方面，所提供的组合物和方法通过一种或多种益生菌菌株和被所述益生菌选择性地消耗的益生元的组合，从而促进或有利于所述益生菌在受试者(例如成年受试者)的肠道微生物组中植入以成功治疗患有与微生态失调有关或相关的病症或疾病的受试者。令人意外地，施用本文提供的益生元组合物引起益生菌植入和/或扩增，这可在施用益生菌后数天检测到。因此，在某些实施方案中，所提供的益生元组合物令人意外地有效支持益生菌在受试者的肠道微生物组中植入、生长、扩增和/或持续存在。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗疾病或疾患(例如与炎症、免疫功能失调、肠道微生物组微生态失调相关的疾病或疾患)的改进的策略，所述策略通过将益生菌与益生元(例如碳来源，其被通常存在于健康或微生态失调的人肠道微生物组中的益生菌选择性地利用)配对施用来进行。特定的方面设想这种策略可通过益生细菌和被所述益生菌选择性地消耗的益生元的任何组合来实现，前提是所述益生菌具有一种或多种本文所讨论的特性，例如制造SCFA、调节pH等，所述特性被认为可用来治疗、降低或改善肠道微生物组微生态失调，或例如与微生态失调相关的疾患或疾病、炎症或免疫功能失调，而益生元被所述益生菌选择性地消耗。某些实施方案设想本文中未明确公开的另外的益生元/益生菌组合可通过常规方法和技术连同本文提供的指导来鉴定。
在某些实施方案中，对具有酸性pH(例如胃pH小于7、小于6、1至5或1.5至3.5)的受试者和/或对未施用或未用抗酸剂或质子泵抑制剂治疗的受试者施用一种或多种益生菌菌株。特定的实施方案设想降低胃的酸度和/或提高胃的pH可能损害、降低或阻止长双歧杆菌婴儿亚种在受试者的肠道微生物组中植入和/或扩增的概率。
本文还提供可用于尤其是治疗或预防有需要的受试者的GVHD或相关疾患和病症的组合物、方法、药盒和制品。在某些方面，本文提供一种或多种细菌益生菌菌株，例如能够消耗或代谢寡糖的双歧杆菌，诸如长双歧杆菌婴儿亚种。在某些实施方案中，向受试者施用至少一种细菌益生菌菌株和寡糖之一或两者以治疗、修补、补救、改善或预防GVHD或与GVHD相关的一种或多种症状。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢存在于混合物中的一种或多种寡糖。
在一些方面，同种异体移植，诸如造血干细胞移植(HSCT)或骨髓移植(BMT)是患有高风险造血恶性肿瘤、血液缺乏和其他免疫疾病的患者的关键治疗。在同种异体HCT(allo-HCT)中，来源于供体的T细胞可能会将宿主组织识别为外来物，引起移植物抗宿主病(GVHD)，这是发病率和死亡率的主要促成原因。肠道是受GVHD影响最严重的器官之一。在某些方面，一些最近的研究表明细菌(特别是肠道微生物群)在HSCT结果和GVHD发展中的重要性。丧失肠细菌多样性在HSCT过程中很常见并且这种丧失与广谱抗生素方案以及GVHD的发展相关联。丧失肠道多样性和属于变形菌门和肠球菌属的机会性病原体过度生长也与治疗相关的死亡率增加有关，包括GVHD、感染和同种异体HSCT(allo-HSCT)后的器官衰竭。
所提供的发明解决这些需求。施用所提供的益生元和益生菌组合物可治疗、改善或预防与GHVD相关的微生态失调，而无需粪便移植或其他可能冒着将潜在的病原性微生物群引入已经免疫受损的受试者的风险的治疗。
出于所有目的，本申请中提及的所有出版物，包括专利文件、科学文章和数据库以引用的方式整体并入，其程度如同每个单独的出版物都以引用的方式单独并入。如果本文阐述的定义与那些以引用的方式并入本文的专利文件、申请、公布的申请和其他出版物中阐述的定义相反或不一致，则本文所阐述的定义优先于以引用的方式并入本文的定义。
本文所使用的章节标题仅出于组织目的而不应被解释为限制所描述的主题。
I.组合物、药盒和制品
本文提供包含至少一种益生细菌菌株(本文也称为细菌益生菌菌株、益生菌菌株或益生菌)和一种或多种益生元之一或两者的组合物、药盒和制品。在某些实施方案中，益生元是或包括两种或更多种个别益生元种类的混合物(本文中也称为益生元混合物)。在一些实施方案中，益生元是或包括非消化性碳水化合物，诸如寡糖，例如人乳寡糖。在一些实施方案中，所提供的组合物、药盒和制品是或包括至少一种益生菌菌株和益生元混合物两者。
在某些实施方案中，益生菌菌株和益生元混合物包含在分开的组合物中，例如被分开施用于受试者。因此，在某些实施方案中，本文提供包括以下(i)和(ii)的药盒和制品：(i)是或包括至少一种益生菌菌株的组合物和(ii)是或包括益生元混合物的组合物。本文还提供是或包括一种或多种组合物的药盒和制品，所述一种或多种组合物各自同时含有至少一种益生菌菌株和益生元混合物。
在某些实施方案中，所提供的组合物、药盒和制品含有或包括本文所述(诸如在章节I-A中)的任何非消化性碳水化合物，例如HMO的益生元混合物。在特定的实施方案中，所提供的组合物、药盒和制品含有或包括本文所述(诸如在章节I-B中)的任何益生菌菌株，例如双歧杆菌的益生菌菌株。在一些实施方案中，所提供的药盒和制品还可包括标签或使用说明。在一些实施方案中，此类标签或使用说明可描述本文提供的任何用途或方法，诸如章节Ⅱ中所描述的那些。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化益生元混合物的一些或全部益生元，例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株和益生元混合物(例如人乳寡糖)被配制以促进至少一种益生菌菌株在体内(例如在人的肠道中)生长或扩增。在某些实施方案中，混合物的益生元选择性地或专门充当至少一种益生菌菌株的碳源。在一些实施方案中，混合物的益生元选择性地或专门充当益生菌菌株的能量来源。
多个实施方案设想施用益生元混合物和一种或多种益生菌菌株可协同预防或降低受试者的疾病、病症或疾患(例如炎性或自身免疫相关疾病、病症或疾患)的可能性、概率或风险，其预防或降低的程度高于基于单独施用一种或多种益生菌菌株或益生元混合物时所预期的程度。
在某些实施方案中，施用益生元混合物和一种或多种益生菌菌株可协同预防或降低微生态失调，例如人肠道微生物组的微生态失调的可能性、概率或风险，其预防或降低的程度高于基于单独施用一种或多种益生菌菌株或益生元混合物时所预期的程度。在一些实施方案中，施用益生元混合物和一种或多种益生菌菌株可协同治疗、降低或改善微生态失调，和/或可能与微生态失调相关的疾病、病症或疾患的一种或多种症状，其治疗、降低或改善的程度高于基于单独施用一种或多种益生菌菌株或益生元混合物时所预期的程度。特定的实施方案设想微生态失调的程度以及微生态失调降低或减少的程度可由本领域的技术人员通过常规方法(包括但不限于常规遗传技术(例如16S测序))来测定不同微生物群属、物种和/或菌株的存在、部分或量。
特定的实施方案设想施用益生元混合物和一种或多种益生菌菌株可协同预防或降低受试者(例如已经历或将经历同种异体移植的受试者)GVHD发病的可能性、概率或风险，例如其预防或降低的程度高于基于单独施用益生菌菌株或混合物时所预期的程度。在特定的实施方案中，设想施用益生菌菌株和益生元混合物可协同降低、改善、治疗、减轻或预防与GVHD相关的一种或多种症状的严重性，例如其降低、改善、治疗、减轻或预防程度高于基于单独施用益生菌菌株或益生元混合物时所预期的程度。
A.)益生元混合物
在一些实施方案中，益生元混合物是非消化性碳水化合物(例如寡糖，诸如人乳寡糖(HMO))的混合物，所述益生元混合物促进至少一种益生菌菌株，例如在体内(诸如在人体肠道中和/或在人体肠道微生物组内)生长或扩增。在某些实施方案中，益生元混合物，例如非消化性碳水化合物(诸如HMO)的益生元混合物促进(例如选择性地或专门)微生物组内至少一种益生菌菌株的定殖、扩增、延伸或增加存在。在特定的实施方案中，益生元混合物，例如非消化性碳水化合物(诸如HMO)的益生元混合物促进双歧杆菌益生菌菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种，例如在体内(诸如在人体肠道中)生长或扩增。在某些实施方案中，益生元混合物是寡糖(例如HMO)的混合物，其促进(例如选择性地或专门)微生物组内一种或多种双歧杆菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)的定殖、扩增、延伸或增加存在。
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括非消化性碳水化合物的混合物。在多个实施方案中，益生元混合物是或包括寡糖的混合物。在特定的实施方案中，益生元混合物是一种或多种人乳寡糖的混合物。
在一些实施方案中，益生元混合物的非消化性碳水化合物是或包括寡糖。在特定的实施方案中，非消化性碳水化合物是或包括乳寡糖。在某些实施方案中，非消化性碳水化合物是或包括人乳寡糖(HMO)。在一些实施方案中，益生元混合物是非消化性碳水化合物的混合物，非消化性碳水化合物是或包括人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物是人乳寡糖的混合物，诸如获自或来源于渗透物的人乳寡糖，所述渗透物是，例如来源于或获自汇集的人乳的渗透物(例如，诸如本文所述的渗透物或通过本文所述的方法(诸如在章节I-A-(i)中所描述的方法)产生的渗透物)。
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括一种或多种寡糖。在一些实施方案中，寡糖能够被一种或多种双歧杆菌菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种的菌株内化。在一些实施方案中，寡糖可包括一种或多种的果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、反式半乳寡糖(TOS)、葡糖寡糖、木寡糖(XOS)、壳寡糖(COS)、大豆寡糖(SOS)、异麦芽寡糖(IMOS)或其衍生物。在某些实施方案中，此类衍生物包括那些具有可能增加寡糖被益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)消耗、代谢和/或内化(诸如通过运输或输入)的可能性或概率的修饰。此类修饰可包括但不限于岩藻糖基化或唾液酸化。在一些实施方案中，寡糖可包括能够被一种或多种双歧杆菌的菌株、物种或亚种(例如长双歧杆菌婴儿亚种)代谢、消耗和/或内化的以下中的一种或多种：FOS、GOS、TOS、葡糖寡糖、XOS、COS、SOS、IMOS或衍生物或前述中的任一种或全部。在某些实施方案中，混合物的寡糖包括一种或多种诸如通过用水解纤维或多糖的酶处理而从以下获得或衍生的寡糖：抗性淀粉、果胶、车前子、阿拉伯半乳聚糖、葡甘露聚糖、半乳甘露聚糖、木聚糖、低聚乳果糖(lactosucrose)、乳果糖、乳糖醇和各种其他类型的树胶，诸如塔拉胶(tara gum)、阿拉伯胶、角豆、燕麦、竹、柑橘纤维。在一些实施方案中，一种或多种通过这些方法获得的寡糖可被至少一种双歧杆菌菌株(诸如长双歧杆菌婴儿亚种)消耗、代谢和/或内化。
在某些实施方案中，益生元混合物包含一种或多种寡糖，所述寡糖是或包括在哺乳动物乳汁中发现的寡糖。在一些实施方案中，哺乳动物乳寡糖可被双歧杆菌的某些菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)内化和代谢。在某些实施方案中，混合物的全部或部分寡糖是哺乳动物乳寡糖。在一些实施方案中，混合物的全部寡糖都是哺乳动物乳寡糖。在某些实施方案中，哺乳动物乳寡糖来源于包括但不限于以下动物的乳汁或在以下动物的乳汁中发现：狗、猫、骆驼、山羊、奶牛、牦牛、水牛、马、驴、瘤牛、绵羊、驯鹿、长颈鹿、大象、非人灵长类动物或人。
在一些实施方案中，益生元混合物的全部或部分寡糖是人乳寡糖，例如至少25％、50％、75％、90％、95％或99％的寡糖，所述寡糖的百分比按i)存在于所述混合物中的寡糖种类的百分比计或ii)按所述益生元混合物中的寡糖的总重量计。在某些实施方案中，益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是人乳寡糖。在一些方面，HMO是存在于母乳中或在母乳中发现的寡糖。在某些方面，所有HMO均由五种单糖葡萄糖(Glc)、半乳糖(Gal)、N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc)、岩藻糖(Fuc)和唾液酸(Sia)构成，其中N-乙酰神经氨酸(Neu5Ac)是主要(若非唯一)的唾液酸形式。在某些方面，HMO生物合成似乎遵循基本蓝图：所有HMO的还原端均含有乳糖(Galβ1-4glc)，其可通过添加β1-3-或β1-6连接的乳-N-二糖(Galβ1-3glcNAc-，1型链)或N-乙酰乳糖胺(Galβ1-4glcNAc-，2型链)来延长。用乳-N-二糖延长似乎会终止了所述链，然而N-乙酰乳糖胺可通过添加所述两种二糖中的一种来进一步延伸。两个二糖单元之间的β1-6键联引入链分支。支链结构被称为异-HMO；无支链的线性结构被称为对-HMO。乳糖或延长的寡糖链可在α1-2、α1-3或α1-4键联中被岩藻糖基化和/或在α2-3或α2-6键联中被唾液酸化。特定的实施方案设想HMO结构是已知且可识别的，并且描述于，例如Bode,Glycobiology(2012)22(9):1147-1162；Prudden等人PNAS(2017)114(27):6954-6959；Kobata,Pro.Jpn.Acad.,Ser B(2010)86:731-747；和Smilowitz等人Annu Rev Nutr.(2014)34:143-169中。
在一些实施方案中，益生元混合物不是人乳(例如母乳或全脂人乳)。在某些实施方案中，益生元混合物可能来源于或获自人乳，诸如用一个或多个步骤来分离或去除宏量营养素，例如脂肪、蛋白质和/或碳水化合物，同时保留人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物不是人乳强化剂，例如每100mL益生元混合物具有少于2g的蛋白质和/或每100mL益生元混合物具有少于3g的脂肪。在多个实施方案中，益生元混合物是或包括少于2％、1.5％、1％、0.5％或0.1％蛋白质(按重量/体积或w/v计)。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括少于3％、2.5％、2％、1.5％、1％、0.5％或0.1％脂肪(w/v)。在某些实施方案中，益生元混合物基本上由人乳寡糖组成。
在某些实施方案中，益生元混合物是混合物，所述混合物是或包括至少一种HMO。在一些实施方案中，益生元混合物是HMO的混合物，所述HMO的混合物是或包括多种HMO的混合物。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括多种不同的个别HMO(例如具有不同的个别化学式或化学结构的HMO)、具有约或具有至少2、3、5、10、25、50、75、100、125、150种不同的个别HMO(例如具有不同的个别化学式或化学结构的HMO)。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括多种、具有约或具有至少10、25、50、75、100、125、150种不同的个别HMO。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括多种、具有约或具有至少25种不同的个别HMO。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括多种、具有约或具有至少80种不同的个别HMO。特定的实施方案设想技术人员可例行测定寡糖是否是HMO，诸如寡糖是否具有与人乳中发现的寡糖一致的化学式和结构。
在某些实施方案中，益生元混合物含有一种或多种合成的HMO，例如从人乳以外的来源获得、纯化或合成的HMO。在一些方面，已知合成的HMO以及用于合成寡糖和HMO的方法，并且包括但不限于描述于以下专利中的那些：PCT公布号WO2017101958、WO2015197082、WO2015032413、WO2014167538、WO2014167537、WO2014135167、WO2013190531、WO2013190530、WO2013139344、WO2013182206、WO2013044928、WO2019043029、WO2019008133、WO2018077892、WO2017042382、WO2015150328、WO2015106943、WO2015049331、WO2015036138和WO2012097950，所述专利各自以引用的方式整体并入本文。
在一些实施方案中，益生元混合物是HMO的混合物，其是或获自人乳或其级分。在某些实施方案中，HMO的混合物是或获自人脱脂乳的超滤渗透物。在一些实施方案中，HMO的混合物(例如人乳渗透物)是或获自本文所述的方法，例如在章节I-A-(i)中描述的方法。在某些实施方案中，益生元混合物是浓缩的人乳渗透物，诸如美国专利号8,927,027或PCT申请号WO 2018053535(其以引用的方式并入本文)中描述的那些。
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括含有多种人乳寡糖的浓缩的人乳渗透物。在某些实施方案中，浓缩的人乳渗透物包括多种不同的个别HMO(例如具有不同个别化学式或化学结构的HMO)、具有约或具有至少1、2、3、5、10、25、50、75、100、125、150种不同的个别HMO。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括多种不同的个别HMO、具有约或具有至少10、25、50、75、100、125、150种不同的个别HMO。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括多种不同的个别HMO、具有约或具有至少25种不同的个别HMO。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括多种不同的个别HMO、具有约或具有至少80种不同的个别HMO。
在一些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一些或全部：2'-岩藻糖基乳糖、3'-岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖、6'-唾液酸基乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b和二唾液酸基乳-N-四糖。在特定的实施方案中，混合物包含以下全部：2'-岩藻糖基乳糖、3'-岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖、6'-唾液酸基乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b和二唾液酸基乳-N-四糖。
在某些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一些或全部：2-岩藻糖基乳糖、乳-N-四糖、3-唾液酸基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II和6'-唾液酸基乳糖。在特定的实施方案中，益生元混合物包含以下中的一些或全部：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b。
在某些实施方案中，益生元混合物包含以下中的一些或全部：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖a、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b、乳二岩藻四糖(LD)、6'半乳糖基乳糖、3'半乳糖基乳糖、3-唾液酸基-3-岩藻糖基乳糖、唾液酸基岩藻糖基乳-N-四糖、唾液酸基乳-N-岩藻五糖V、二唾液酸基-乳-n-岩藻五糖II、二唾液酸基-乳-n-岩藻五糖V、乳-N-新二岩藻六糖II、3-岩藻糖基-唾液基乳-N-四糖c、对-乳-N-新六糖、乳-N-八糖、乳-N-新八糖、乳-N-新六糖、乳-N-岩藻五糖V、异-乳-N-八糖、对-乳-N-八糖、乳-十二糖和唾液酸基-乳-N-岩藻五糖I。
在某些实施方案中，益生元混合物含有至少10、25、50、100、125或150种HMO，其包括以下全部：2-岩藻糖基乳糖、乳-N-四糖、3-唾液酸基-乳糖、3-岩藻糖基-乳糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II和6'-唾液酸基乳糖。在特定的实施方案中，益生元混合物含有至少25、50、100、125或150种HMO，其包括以下全部：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b。在特定的实施方案中，益生元混合物含有至少25、50、100、125或150种HMO，其包括以下全部：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖a、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b、乳二岩藻四糖(LD)、6'半乳糖基乳糖、3'半乳糖基乳糖、3-唾液酸基-3-岩藻糖基乳糖、唾液酸基岩藻糖基乳-N-四糖、唾液酸基乳-N-岩藻五糖V、二唾液酸基-乳-n-岩藻五糖II、二唾液酸基-乳-n-岩藻五糖V、乳-N-新二岩藻六糖II、3-岩藻糖基-唾液基乳-N-四糖c、对-乳-N-新六糖、乳-N-八糖、乳-N-新八糖、乳-N-新六糖、乳-N-岩藻五糖V、异-乳-N-八糖、对-乳-N-八糖、乳-十二糖和唾液酸基-乳-N-岩藻五糖I。
在某些实施方案中，相较于通常在人乳中发现的益生元混合物，所述益生元混合物具有增加的一种或多种HMO的量、水平或浓度。在一些实施方案中，相较于通常在人乳中发现益生元混合物，所述益生元混合物具有增加的一种或多种HMO的量、水平或浓度。在特定的实施方案中，相较于通常在未处理的人乳渗透物(例如从汇集的人脱脂乳进行超滤所产生的渗透物(诸如本文中所述的渗透物)，或通过本文所述的方法(例如在章节I-A-(i)中描述的方法)所产生的渗透物)中发现的益生元混合物，所述益生元混合物具有增加的一种或多种HMO的量、水平或浓度。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括至少25、50、75、100、125、150种不同的HMO，所述HMO在汇集的人乳(例如从至少10、25、50或100个个别供体汇集)或获自汇集的人乳的渗透物(例如从超滤的人脱脂乳产生的渗透物)中发现、存在于其中或在其中检测到。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括至少50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或99.9％的不同HMO，所述HMO在汇集的人乳或获自汇集的人乳的渗透物中发现、存在于其中或在其中检测到。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括至少50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或99.9％的个别HMO，所述HMO可在人乳样品之间发现、存在于其中或在其中检测到。在一些实施方案中，HMO的益生元混合物是或包括与在汇集的人乳或获自汇集的人乳的渗透物中发现、存在于其中或在其中检测到的相同或基本上相同的HMO。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括由人全脂乳或脱脂乳进行超滤所产生的人乳渗透物，所述人全脂乳或脱脂乳由从至少10、25、50或100个个别人乳供体收集的乳汁汇集而成，所述乳汁的汇集进一步，例如通过纳米过滤或反渗透进行浓缩以增加总HMO的浓度(例如按w/w计)。在一些实施方案中，总HMO的浓度增加到至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％。在某些实施方案中，总HMO的浓度增加到至少5％(w/w)。在某些实施方案中，总HMO的浓度增加到介于8％至12％(w/w)之间。
在某些实施方案中，益生元混合物不含或基本上不含非HMO的寡糖。
用于本文所公开的方法的HMO的益生元混合物可根据本领域已知的方法(包括但不限于从人乳中化学合成和纯化或浓缩)获得。例如从人乳中获得HMO的益生元混合物的方法描述于下文中并详述于PCT公布号WO/2010/065652和WO/2018/053535中，所述公布的内容在此以引用的方式整体并入。
在一些实施方案中，益生元混合物是HMO的混合物，所述HMO是或来源于浓缩的超滤的人乳渗透物(例如本文所述或通过本文所述的方法(诸如在章节I-(A)-(i)中所描述的方法)制造的任何超滤的人乳渗透物)。
在一些实施方案中，所提供的益生元混合物是HMO的混合物，其具有的特征在结构上和功能上基本上类似于在整个人乳群中所观察到的HMO特征。也就是说，在一些方面，由于益生元混合物可从来源于供体汇集库，而非个别供体的人乳来源获得，因此HMO的组群将比任一典型的个体中的HMO的组群更加多样化，并且相对于在由任何特定个体产生的人乳中发现或通常发现的HMO谱，其将代表或更精确代表在人乳中发现的HMO谱。
在一些实施方案中，相较于在来自个别供体的人乳中发现的不同个别HMO的数量，益生元混合物是或包括较大量的不同个别HMO。在某些实施方案中，益生元混合物包括的个别HMO比在来自个别供体的人乳中发现的不同个别HMO的数量多至少1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45或50个。在特定的实施方案中，相较于在来自个别供体的多个人乳样品中发现的不同个别HMO的平均数或中位数数量，益生元混合物是或包括较大量的不同个别HMO。在某些实施方案中，益生元混合物包括的个别HMO比在来自个别供体的人乳中发现的不同个别HMO的数量多至少1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45或50个。
在一些方面，HMO多样性中的最大变量之一来源于母亲的Lewis血型，具体地说，她是否具有活性岩藻糖基转移酶2(FUT2)和/或岩藻糖基转移酶3(FUT3)基因。当具有活性FUT2基因时，产生α1-2连接的岩藻糖，而当FUT3基因处于活跃状态时，所述岩藻糖残基是α1-4连接的。一般而言，这种“分泌型状态”的结果是“分泌型”(即，具有活性FUT2基因的那些)产生主要是α1-2连接的寡糖的更加多样化的HMO特征，而“非分泌型”(即，不具有活性FUT2基因的那些)可包含更多不同的群体，例如α1,-4连接的寡糖(与分泌型相比)，但所包含的多样性整体减少，因为它们无法合成分泌型的HMO所有组成部分的主要组分。在一些实施方案中，益生元混合物包括包含α1-2连接的岩藻糖的人乳寡糖和包含α1-4连接的岩藻糖的人乳寡糖。
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括至少5％的总HMO(w/w)。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、15％、20％、25％或50％的总HMO(w/w)。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括5％至15％、7.5％至12.5％、8％至12％、8.5％至11％或8.4％至10.6％的总HMO(w/w)。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括8.5％至11％的总HMO(w/w)。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括8.4％至10.6％的总HMO(w/w)。
在一些实施方案中，益生元混合物的pH在4.0至5.5之间。在某些实施方案中，益生元混合物具有少于10％、5％、1％或0.1％的乳糖(w/w)。在一些实施方案中，益生元混合物具有少于10％、5％、1％或0.1％的葡萄糖(w/w)。在特定的实施方案中，益生元混合物具有少于10％、5％、1％或0.1％的半乳糖(w/w)。在某些实施方案中，益生元混合物具有少于10％的半乳糖、少于10％的葡萄糖和少于0.1％的乳糖。
在一些实施方案中，益生元混合物是液体制剂。在一些实施方案中，益生元混合物呈粉末形式，例如冻干或喷雾干燥型组合物。
i).产生益生元混合物的方法
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括从超滤渗透物获得或纯化的人乳寡糖(HMO)，所述超滤渗透物来自捐赠的人乳。在一些实施方案中，渗透物经浓缩以增加HMO的浓度。在某些实施方案中，捐赠的人乳经汇集以提供人乳汇集库。在一些实施方案中，人乳的汇集库包含来自两个或更多个(例如十个或更多个)供体的乳汁。在某些实施方案中，汇集的人乳含有来自至少50、75、100、150或200个个别供体的乳汁。在某些实施方案中，汇集的人乳含有来自至少100个个别供体或100至300个个别供体的人乳。在一些实施方案中，汇集的人乳含有来自至少十个、至少二十五个、至少五十个、至少七十五个、至少一百个或至少一百五十个个别人乳供体。
在一些实施方案中，包含或包括在益生元混合物中的一种或多种人乳寡糖是合成的人乳寡糖，诸如来源于非人乳来源的那些，例如以寡糖形式或来自转基因微生物的前体形式衍生或获得和/或经由化学合成。在一些方面，合成的寡糖和HMO，以及用于合成寡糖和HMO的方法和技术是已知的，并且包括但不限于描述于以下公布中的那些：PCT公布号WO2017101958、WO2015197082、WO2015032413、WO2014167538、WO2014167537、WO2014135167、WO2013190531、WO2013190530、WO2013139344、WO2013182206、WO2013044928、WO2019043029、WO2019008133、WO2018077892、WO2017042382、WO2015150328、WO2015106943、WO2015049331、WO2015036138和WO2012097950，所述公布各自以引用的方式整体并入本文。
在一些实施方案中，益生元混合物是或包括渗透物，例如来自汇集的人乳的浓缩的超滤渗透物。在一些实施方案中，渗透物(例如浓缩的超滤渗透物)含有至少10、25、30、50、75、100、125、150种不同的个别HMO种类(例如具有不同的个别化学式或化学结构的HMO)。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括含有至少25、50或100种不同HMO的浓缩的渗透物。在特定的实施方案中，渗透物含有至少50种HMO，所述HMO包括以下全部：2'-岩藻糖基乳糖、3'-岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖、6'-唾液酸基乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b。
在一些方面，渗透物所含有的HMO的特征在结构上和功能上基本上类似于在整个人乳群体中所观察到的HMO的特征或排列。在某些实施方案中，由于渗透物来源于供体汇集库而非个别供体，因此HMO的特征或排列将比任一典型个体中的特征或排列更加多样化。在特定的实施方案中，渗透物包括从分泌型和非分泌型母亲产生的HMO。在一些实施方案中，渗透物含有或包括α1-2连接的HMO和α1,-4连接的HMO。
在某些实施方案中，渗透物包括约或至少0.1％、0.5％、1.0％、1.5％、2.0％、2.5％、3.0％、4.0％、5.0％、7.5％或10％或更多(w/w)的人乳寡糖。在一些实施方案中，渗透物组合物被冻干或冷冻干燥或以其他方式制成粉末。在一些实施方案中，渗透物组合物是水性混合物。
在某些实施方案中，益生元混合物从人乳渗透物(例如来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物)产生。在一些实施方案中，益生元混合物含有或与人乳渗透物(例如来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物)一起配制。在一些实施方案中，浓缩的超滤渗透物可根据本领域已知的任何合适的方法或技术制备。在一些方面，合适的方法和技术包括美国专利号8,927,027和PCT公布号WO2018053535(在此以引用的方式整体并入)中所描述的那些。用于产生人乳组合物的示例性方法和技术简单汇总在本文中。
在某些实施方案中，益生元混合物是或包括人乳渗透物，例如通过将人脱脂乳超滤获得的渗透物。在特定的实施方案中，渗透物是浓缩的超滤人乳渗透物，例如如本文所述，例如如在章节I-A-(i)-(a)中所描述进行超滤和浓缩。在某些实施方案中，益生元混合物是、包括或来源于浓缩的超滤的人乳渗透物(其是或包括介于84g/L至106g/L或介于约84g/L至106g/L之间的HMO(w/v))、至少10种的HMO(其包括以下全部：2'-岩藻糖基乳糖、3'-岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖、6'-唾液酸基乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻-六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b或二唾液酸基乳-N-四糖。在某些实施方案中，人乳渗透物是或包括不超过1％乳糖(按重量/重量或w/w计)，不超过15％葡萄糖(w/w)，不超过15％半乳糖(w/w)，每100g不超过250mg钙，每100g不超过250mg钾，每100g不超过100mg镁，每100g不超过100mg钠和/或每100g不超过250mg磷。
a).从人乳加工的超滤渗透物
在一些实施方案中，将收到的供体乳冷冻，并在需要时解冻和汇集。在一些实施方案中，再通过本文所讨论的一种或多种方法筛选供体乳，例如以鉴定污染物。
在一些实施方案中，将汇集的乳汁过滤，例如通过约200微米的过滤器过滤。在一些实施方案中，将汇集的乳汁加热，例如在约63℃或更高的温度加热约30分钟或更久。在一些实施方案中，将乳汁转移至分离器(例如离心机)以将乳脂与脱脂乳分离。在一些实施方案中，可再次将乳脂分离以产生更多的脱脂乳。在一些实施方案中，在超滤之前先将所需量的乳脂添加至脱脂乳中。在某些实施方案中，收集未通过过滤器的物质作为滞留物级分，并收集通过过滤器的物质作为渗透物级分。
在一些实施方案中，脱脂级分接受超滤处理。在一些实施方案中，使用介于1kDa至1000kDa之间的过滤器进行超滤以获得富含蛋白质的滞留物和含有HMO的渗透物。此过程的细节可在例如US8,545,920；7,914,822；7,943,315；8,278,046；8,628,921；和9,149,052(所述专利各自在此以引用的方式整体并入)中找到。在一些实施方案中，使用介于1kDa至100kDa之间、5kDa至50kDa之间或10kDa至25kDa之间的过滤器进行超滤。在某些实施方案中，过滤器为约或至少5kDa、10kDa、20kDa、25kDa、50kDa或100kDa。在一些实施方案中，脱脂级分使用约10kDa的过滤器进行超滤。在某些实施方案中，脱脂级分使用约25kDa的过滤器进行超滤。在特定的实施方案中，脱脂级分使用约50kDa的过滤器进行超滤。
在一些实施方案中，经超滤的渗透物经历用于减少乳糖的过程。在某些实施方案中，提供用于产生具有实质上降低的乳糖量的纯化的HMO组合物的方法。在某些实施方案中，实质降低包括或需要通过生化和/或酶促法从富含乳糖的人乳渗透物级分去除乳糖，而不会损失人乳渗透物的产量或改变人乳渗透物的HMO含量的分子特征。并且，在特定的实施方案中，如果使用酶促消化来减少乳糖，则不会留下残留的去活化的外来蛋白质。在某些实施方案中，超滤后，约或至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、99.9％或99.99％的存在于渗透物中的乳糖被去除，例如通过酶促消化。在某些实施方案中，渗透物在酶促消化后不含或基本上不含乳糖。
在某些实施方案中，用于从人乳渗透物减少乳糖的过程包括以下一个或多个步骤a)调整渗透物混合物的pH；b)加热调整pH的混合物；c)在加热的渗透物混合物中添加乳糖酶以产生渗透物/乳糖酶混合物并孵育一段时间；d)从混合物去除乳糖酶并过滤混合物以去除乳糖酶；并且e)将人乳寡糖浓缩。在一些实施方案中，步骤(a)-(c)的执行顺序可能有变化。因此，在一些方面，可以(a)-(b)-(c)；(a)-(c)-(b)；(c)-(b)-(a)；(c)-(a)-(b)；(b)-(a)-(c)；或(b)-(c)-(a)的顺序执行所述步骤，从而，例如可在加热混合物之前或在加热过程中的任何时间点添加乳糖酶。类似地，并且也仅用于举例，可在调整pH之前加热混合物。此外，可将几个步骤组合成单一步骤，例如“酶促消化乳糖”或“乳糖酶消化乳糖”涉及所描述的步骤(a)-(c)。这些步骤可以任何顺序同时或连续执行。因此，如本文所使用的“乳糖消化”是指以任何顺序连续或同时执行的至少这三个步骤。
在某些实施方案中，渗透物的pH被调整至pH约3至约7.5。在一些实施方案中，pH被调整至pH约3.5至约7.0。在特定的实施方案中，pH被调整至pH约3.0至约6.0。在某些实施方案中，pH被调整至pH约4至约6.5。在一些实施方案中，pH被调整至pH约4.5至约6.0。在特定的实施方案中，pH被调整至pH约5.0至约5.5。在某些实施方案中，pH被调整至pH约4.3至约4.7，优选4.5。pH可通过添加酸或碱来调整。在一些实施方案中，pH通过添加酸，例如HCl来调整。在特定的实施方案中，pH通过添加1N HCl并混合一段时间，例如约15分钟来调整。
在一些实施方案中，将调整pH的渗透物加热至温度为约25℃至约60℃。在某些实施方案中，将渗透物加热至温度为约30℃至约55℃。在一些实施方案中，将渗透物加热至温度为约40℃至约50℃。在一些实施方案中，将渗透物加热至温度为约40℃至约60℃、45℃至约55℃、47℃至约53℃或49℃至约51℃。在某些实施方案中，将渗透物加热至温度为约48℃至约50℃。在一些实施方案中，将渗透物加热至温度为约50℃。在一些实施方案中，将渗透物加热至低于或等于约40℃的温度。
在特定的实施方案中，在调整pH、加热的渗透物中添加乳糖酶以产生渗透物/乳糖酶混合物。在某些实施方案中，渗透物/乳糖酶混合物中的乳糖被分解成单糖。在某些实施方案中，乳糖酶以约0.1％w/w至约0.5％w/w的浓度添加。在某些实施方案中，乳糖酶以约0.1％w/w、或0.2％或0.3％或0.4％或0.5％w/w的浓度添加。许多可使用的乳糖酶是可商购获得的。因此，乳糖酶可来源于任何来源(例如真菌或细菌来源)。
在一些实施方案中，将调整pH、加热的渗透物与乳糖酶一起孵育约5至约225分钟。在某些实施方案中，孵育时间为约15分钟至约90分钟。在一些实施方案中，孵育时间为约30分钟至约90分钟。在特定的实施方案中，孵育时间为约60分钟。一些方面设想孵育时间取决于多种因素，包括但不限于所使用的酶的来源、混合物的温度和pH以及所使用的酶的浓度。因此，在一些实施方案中，可调整与乳糖酶的孵育时间以将这些变量作为例行考虑的因素。虽然此处提供的pH、温度和酶孵育条件是用于本文所述的方法的最佳选择，但本领域的技术人员将理解可对这些变量中的一种或多种进行修改，以取得类似结果。例如，如果使用少于本文所述的约0.1％w/w至约0.5％w/w的酶，则可能需要延长孵育时间以实现相同水平的乳糖消化。也可同时对温度和pH变量进行类似的调整。
在某些实施方案中，孵育后，将渗透物/乳糖酶混合物冷却至约20℃至约30℃的温度。在特定的实施方案中，将渗透物/乳糖酶混合物冷却至约25℃的温度。
在一些实施方案中，将渗透物/乳糖酶混合物澄清以去除不溶性组分。在某些实施方案中，在pH和温度变化的整个过程中可形成不溶性物质。因此，在一些实施方案中，使混合物澄清以，例如通过深度过滤器去除这些不溶性组分可能是必要的或有益的。所述过滤器可以是0.1至10微米过滤器。在一些实施方案中，过滤器是约1至约5微米过滤器。可选地，可通过离心过程或离心和膜过滤的组合来实现去除不溶的组成分。如本文中所述，澄清步骤对制备多样性HMO组合物而言不是必需的，相反这种任选的步骤帮助获得更纯化的渗透组合物。此外，澄清步骤对于过滤膜的可重复使用性而言是重要的，因此对所述方法的可扩展性而言是重要的。一些方面设想如果未经充分澄清，则需要实质上更多的过滤材料，这增加以临床规模产生渗透物组合物的难度和费用。然而，可理解的是，根据配制和应用，此阶段可或多或少形成严格澄清，以或多或少产生纯化的渗透物组合物。例如，对于打算冻干的制剂而言，沉淀的矿物质的问题可能不再是个问题。
在某些实施方案中，从澄清的渗透物/乳糖酶混合物中去除使用过的和过量的乳糖酶。然而，可能在某些情况下，去活化的外来蛋白质将不会带来任何生物学风险，因此去除乳糖酶或甚至是去活化的添加步骤可能不是必要的。在一些实施方案中，使用过和过量的乳糖酶被去活化，例如通过高温、压力或两者。在一些实施方案中，去活化的乳糖酶并未从组合物中去除。
然而，在其他实施方案中，将需要进一步纯化以去除外来蛋白质。在此类实施方案中，乳糖酶的去除可通过超滤来完成。在一些实施方案中，超滤可使用超滤膜来完成，例如使用截留分子量≤50,000道尔顿(例如BIOMAX-50K)、≤25,000道尔顿(例如BIOMAX-25K)或≤10,000道尔顿(例如BIOMAX-10K)的膜来完成。在一些实施方案中，截留分子量小于或等于约10kDa。在某些实施方案中，截留分子量小于或等于约25kDa。在特定的实施方案中，截留分子量小于或等于约50kDa。
在某些实施方案中，通过比初始膜小的膜进行额外的超滤，例如用截留分子量≤50,000、≤25,000或≤10,000道尔顿的膜。在一些实施方案中，用截留分子量介于10kDa至50kDa、1kDa至10kDa、1kDa至5kDa或2kDa至3kDa之间的膜进行额外的超滤。在某些实施方案中，用截留分子量介于2kDa至3kDa之间的膜进行额外的超滤。在某些实施方案中，不进行额外的超滤。在一些实施方案中，进行额外的过滤步骤，诸如以帮助渗透产物的整体纯度，诸如通过帮助去除较小的潜在的生物活性和/或免疫原性因子。
在一些实施方案中，将已经历过至少一轮，并且在一些情况下两轮或更多轮超滤(或乳糖酶去除方法)的澄清混合物进一步过滤，以纯化和浓缩人乳寡糖并减少矿物质和单糖含量。
在一些实施方案中，可使用纳米滤膜来完成过滤。在一些实施方案中，所述膜的截留分子量≤1,000道尔顿。在某些实施方案中，所述膜的截留分子量介于1kDa至1,000kDa之间。在某些实施方案中，所述膜的截留分子量小于600Da。在某些实施方案中，所述膜的截留分子量介于400Da至500Da之间。在一些方面，额外的纳米过滤去除单糖、矿物质，特别是钙和较小的分子以产生最终纯化的HMO组合物，例如浓缩的超滤的人乳渗透物。
在一些实施方案中，可采取额外或替代的步骤以去除矿物质。此额外的步骤可包括例如将加热(≥40℃)或冷藏/冷冻和解冻的浓缩的超滤渗透物(例如HMO浓缩物)离心、膜澄清(≤0.6微米)或组合离心和膜过滤。在一些实施方案中，将从这些额外或替代的步骤收集的上清液或滤液使用纳米滤膜进一步浓缩。在一些实施方案中，纳米过滤包含通过截留分子量≤600道尔顿的膜过滤。在一些实施方案中，这些额外步骤可在所述过程的任何阶段执行，包括但不限于在巴氏杀菌之前或之后。
在一些实施方案中，可将纳米过滤膜的物理性质修饰(诸如化学修饰)以选择性地浓缩唾液酸化的HMO来允许，例如在优选浓缩唾液酸化的HMO的情况下，更有效率地从HMO浓缩物中去除中性HMO。
在某些实施方案中，可将渗透物进一步加工，例如浓缩或稀释。在一些实施方案中，渗透物可通过合适方法(诸如纳米过滤、反渗透或干燥，例如冻干)浓缩。在一些实施方案中，通过本文的方法制造的纯化的HMO组合物可被冻干或冷冻干燥或以其他方式制成粉末。
在一些实施方案中，渗透物(诸如通过本领域已知的任何方式)处理以减少生物负荷。在一些实施方案中，对纯化的HMO组合物进行巴氏杀菌。在一些方面，巴氏杀菌在≥63℃的温度下进行至少30分钟。在巴氏杀菌后，将组合物冷却至约25℃至约30℃，并通过0.2微米过滤器澄清以去除任何残留的沉淀物质。
在某些实施方案中，益生元混合物是从人乳获得的浓缩的超滤渗透物或与其一起配制。在特定的实施方案中，益生元混合物是从汇集的人乳(例如从至少50、100或150个供体汇集的乳汁)获得的浓缩的超滤渗透物或与其一起配制。在一些实施方案中，益生元混合物与已进行超滤的来自汇集的人脱脂乳的渗透物一起配制。在某些实施方案中，乳糖在配制成益生元混合物之前去除，例如经由酶促方式降解。
b.)获得汇集的人乳
在一些实施方案中，渗透物获自从多个合格的人乳供体汇集的人乳。本文简单地描述用于获得、测试和鉴定合格所述汇集的人乳的过程。
在一些实施方案中，人乳由供体提供，并且供体在任何乳汁加工之前经过预筛选和批准。在某些方面，使用各种技术来识别和鉴定合格的合适供体。在一些实施方案中，可能的供体必须获得其医师和其孩子的儿科医生允许(release)以作为批准过程的一部分。尤其是，这有助于确保供体并未患有慢性病并且其孩子不会因捐赠而受苦。用于鉴定是否合格和监测乳汁收集和分配的方法和系统描述于，例如美国专利8,545,920；7,943,315；9,149,052；7,914,822和8,278,046中，所述专利以引用的方式整体并入本文。供体可能会或可能不会因其捐赠而获得补偿。
在某些实施方案中，供体筛选包括全面的生活方式和病史调查表，所述病史调查表包括处方药和非处方药的评价、滥用药物的测试和某些病原体的测试。在一些实施方案中，生物样品，例如血液样品和/或乳汁样品可通过任何合适的常规技术，例如qPCR或ELISA来筛选是否存在传染剂，诸如细菌或病毒。此类传染剂可包括但不限于人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)、HIV-2、人类嗜T淋巴细胞病毒1型(HTLV-I)、HTLV-II、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)和梅毒。
在一些实施方案中，供体可在一段时间内持续提供样品，例如约或至少一个月、三个月、六个月、一年或一年以上。在一些实施方案中，在所述期间内，可重新鉴定供体的合格性。在一些方面，未重新鉴定合格性或不符合资格的供体将被推迟到所述供体重新被鉴定合格性或合格的时间，或者如果重新鉴定合格性的筛选的结果证明有必要，则将其永久推迟。在后一种情况下，所述供体提供的所有剩余乳汁将从库存中移出并销毁或仅用于研究目的。
在一些实施方案中，一旦供体已经被批准就可以对捐赠的人乳进行供体身份匹配，以确保捐赠的乳汁从合格供体，而非由其他供体挤出的，例如当乳汁由在乳库设施之外的供体挤出时。在特定的实施方案中，可对供体的乳汁采样检测遗传标记(例如DNA标记)，以确保所述乳汁确实来自被批准的供体。此类受试者识别技术是本领域已知的(参见，例如美国专利号US 7,943,315，所述专利以引用的方式整体并入本文)。在一些实施方案中，可储存(例如在–20℃或更低的温度下)并隔离乳汁，直到收到测试结果。
还对乳汁进行病原体测试。在一些实施方案中，对乳汁进行遗传筛选，例如通过聚合酶链反应(PCR)以鉴定，例如病毒(诸如HIV-1、HBV和HCV)。在一些实施方案中，还可使用经由培养来筛选各种细菌物种、真菌和霉菌的微生物套组来检测污染物。在一些实施方案中，可测试微生物套组的有氧菌计数、蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、假单胞菌、大肠菌、金黄色葡萄球菌、酵母和霉菌。在一些实施方案中，病原体筛选可在巴氏杀菌之前和之后进行。
除了筛检病原体外，还可对供体乳汁进行滥用药物测试(例如，包括但不限于可卡因、鸦片、合成的阿片类药物(例如羟考酮/羟吗啡酮)甲基苯丙胺、苯二氮杂卓、苯丙胺和THC)和/或掺杂物，诸如非人蛋白质。在某些实施方案中，可使用ELISA来测试乳汁中的非人蛋白质，诸如牛蛋白质，以确保，例如未将牛乳或牛乳婴儿配方奶粉添加至人乳中，例如当供体因捐赠而获得捐赠补偿时用来增加捐赠数量。
在某些实施方案中，掺杂物可包括添加至人乳捐赠物中的任何非人乳流体或填充剂，从而使所述捐赠物不再是未掺杂的、纯净的人乳。待筛检的特定掺杂物包括非人乳和婴儿配方奶粉。在特定的实施方案中，所筛检的掺杂物包括牛奶、牛奶配方奶粉、山羊奶、豆奶和大豆配方奶粉。在一些实施方案中，本领域的技术人员已知和常规采用的方法可适于检测人乳样品中的非人乳蛋白，例如牛乳和大豆蛋白。具体地说，利用特异于未在人乳中发现的掺杂物中所找到的蛋白质的抗体来进行的免疫测定(例如酶联免疫吸附测定(ELISA)、蛋白质印迹或免疫印迹)可用于检测所述蛋白质是否存在于人乳样品中。
B.)益生菌
在特定的实施方案中，本文提供是或包括至少一种细菌益生菌菌株(例如双歧杆菌的菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种)的组合物。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)包含或包括在与寡糖的混合物(例如本文，诸如章节I-A中描述的混合物)的相同组合物中。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株，例如至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)包含或包括在与混合物分开的组合物中。
在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢非消化性碳水化合物，例如寡糖，诸如HMO。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢寡糖，诸如HMO。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够利用益生元混合物的益生元(例如HMO)作为碳源。在特定的实施方案中，HMO优先被至少一种益生菌菌株消耗或代谢(例如与存在于肠道或微生物组中的其他微生物或细菌相比)。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢混合物的一种或多种益生元，包括本文所述的任何混合物的益生元(例如在章节I-A中)。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢混合物的全部或基本上全部的寡糖。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢HMO。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够在消耗或代谢HMO之前内化HMO。特定的实施方案设想消耗或代谢HMO的益生菌菌株是已知的，并且可通过常规技术鉴定，诸如Gotoh等人Sci Rep.2018Sep 18；8(1):13958(其以引用的方式整体并入本文)中描述的那些。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株含有一种或多种能够水解混合物的益生元的酶。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株含有一种或多种能够水解人乳寡糖的酶。在特定的实施方案中，一种或多种酶水解外部寡糖，例如在益生菌细胞外部的寡糖，诸如HMO。在一些实施方案中，一种或多种酶水解在寡糖，诸如在益生菌细胞内部或在益生菌细胞内的人乳寡糖。在某些实施方案中，一种或多种酶水解内化的人乳寡糖。
在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株含有一种或多种能够水解一种或多种HMO的酶。在特定的实施方案中，一种或多种酶水解外部HMO。在一些实施方案中，一种或多种酶水解益生菌细胞外部的HMO。在一些实施方案中，一种或多种酶在内部水解HMO。在特定的实施方案中，一种或多种酶水解益生菌细胞内的HMO。在某些实施方案中，一种或多种酶水解内化的HMO。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化人乳寡糖。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株在水解人乳寡糖之前内化所述人乳寡糖。在多个实施方案中，至少一种益生菌选择性地或专门利用人乳寡糖作为碳源。因此，在某些实施方案中，如果已向受试者施用至少一种益生菌和/或已将至少一种益生菌移植在，例如受试者的微生物组(诸如肠道微生物组)内，则当向受试者施用人乳寡糖和/或由受试者摄入人乳寡糖时，至少一种益生菌会存在于所述受试者的微生物组内、在其中扩增或增加量，并且在某些实施方案中，当不再摄入或施用人乳寡糖时，至少一种益生菌将不再存在于受试者的微生物组内和/或量减少。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化寡糖，诸如消耗或代谢寡糖。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化混合物的一种或多种寡糖，包括本文中(诸如在章节I-A中)所描述的任何寡糖或混合物的寡糖。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化HMO。
在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是以下中的一种或多种：双歧杆菌、乳杆菌、梭菌、真杆菌或链球菌菌株，例如能够消耗或代谢HMO的益生菌菌株。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是或包括至少一种双歧杆菌菌株，诸如但不限于青春双歧杆菌(B.adolescentis)、动物双歧杆菌(B.animalis)(例如动物双歧杆菌动物亚种(B.animalissubsp.animalis)或动物双歧杆菌乳酸亚种(B.animalis subsp.lactis))、两歧双歧杆菌(B.bifidum)、短双歧杆菌(B.breve)、链状双歧杆菌(B.catenulatum)、长双歧杆菌(B.longum)(例如长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.infantis)或长双歧杆菌长亚种(B.longum subsp.longum)、假链状双歧杆菌(B.pseudocatanulatum)、假长双歧杆菌(B.pseudolongum)；和/或至少一种乳杆菌菌株，诸如嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、胃窦乳杆菌(L.antri)、短乳杆菌(L.brevis)、干酪乳杆菌(L.casei)、切罗氏乳杆菌(L.coleohominis)、卷曲乳杆菌(L.crispatus)、弯曲乳杆菌(L.curvatus)、德氏乳杆菌(L.delbrueckii)、发酵乳杆菌(L.fermentum)、格氏乳杆菌(L.gasseri)、约氏乳杆菌(L.johnsonii)、粘膜乳杆菌(L.mucosae)、戊糖乳杆菌(L.pentosus)、植物乳杆菌(L.plantarum)、罗伊氏乳杆菌(L.reuteri)、鼠李糖乳杆菌(L rhamnosus)、清酒乳杆菌(L.sakei)、唾液乳杆菌(L.salivarius)、副干酪乳杆菌(L.paracasei)、北里乳杆菌(L.kisonensis)、类食品乳杆菌(L.paralimentarius)、恶臭乳杆菌(L.perolens)、艾比氏乳杆菌(L.apis)、甘氏乳杆菌(L.ghanensis)、糊精乳杆菌(L.dextrinicus)、哈尔滨乳杆菌(L.harbinensis)；和/或至少一种拟杆菌菌株，诸如普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)或非毒性脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)；和/或至少一种梭菌菌株，诸如艰难梭菌(C.difficile)或产气荚膜梭菌(C.perfringens)；和/或至少一种真杆菌菌株，诸如直肠真杆菌(E.rectale)；和/或至少一种链球菌物种，诸如嗜热链球菌(S.thermophilus)；和/或至少一种栖粪杆菌菌株，诸如普拉栖粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)，和/或至少一种片球菌菌株，诸如微细片球菌(P.parvulus)、罗莉片球菌(P.lolii)、乳酸片球菌(P.acidilactici)、阿根廷片球菌(P.argentinicus)、克劳森片球菌(P.claussenii)、戊糖片球菌(P.pentosaceus)或斯氏片球菌(P.stilesii)；和/或至少一种乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)菌株。在一些实施方案中，一种或多种益生菌可含有多于一种菌株，诸如两种或更多种本文列出的任一物种。如本文所用，除非另外指定，否则术语“长双歧杆菌婴儿亚种”和“婴儿双歧杆菌”可互换使用。除非另外指定，否则本文中术语“长双歧杆菌长亚种”和“长双歧杆菌”也可互换使用。
在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株是以下中一种或多种：长双歧杆菌婴儿亚种、两歧双歧杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、普拉栖粪杆菌、直肠真杆菌、嗜酸乳杆菌、德氏乳杆菌、乳酸乳球菌或嗜热链球菌，例如能够消耗或代谢HMO的益生菌菌株。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株是以下中一种或多种：长双歧杆菌婴儿亚种、两歧双歧杆菌、脆弱拟杆菌或普通拟杆菌，例如能够消耗或代谢HMO的益生菌菌株。
在特定的实施方案中，给定的益生菌菌株的物种或亚种可通过常规技术鉴定。例如，在一些实施方案中，物种或亚种通过评估一种或多种基因与细菌物种或亚种的已知成员的对应序列的序列相似性来鉴定。在某些实施方案中，如果益生菌菌株的16S基因的全部或一部分与物种范围内的已知菌株的16S基因的全部或一部分具有至少97％序列同一性，则所述益生菌株属于所述物种或亚种。在特定的实施方案中，如果益生菌菌株的16S基因的全部或一部分与物种范围内的已知菌株的16S基因的全部或一部分具有至少97％序列同一性，则所述益生菌株属于所述物种或亚种。示例性的全部或一部分16S序列汇总在表1中。
表1：示例性16S序列
Figure BDA0003540140380000541
Figure BDA0003540140380000551
在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-55中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-16或43-46中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-7、11、12、17、24或43-47中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-7、11、44或45中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-16中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-7中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。
在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株是或包括长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。在特定的实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：1-7中任一个的核酸序列具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％同一性的核酸序列。在特定的实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括长度为至少200、300、400、500、600、700、800、900、1,000、1,200或1,500个核苷酸的核酸序列，所述核酸序列与列示于SEQ ID NO：59-78中的核酸序列具有至少60％、70％、80％、90％、95％、99％或99.9％序列同一性。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：59-78中的核酸序列具有至少60％、70％、80％、90％、95％、99％或99.9％序列同一性的核酸序列。在某些实施方案中，所述长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ IDNO：59-69中的核酸序列具有至少70％、80％或90％序列同一性的核酸序列。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：70-74中的核酸序列具有至少80％、85％或90％序列同一性的核酸序列。在特定的实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：75-78中的核酸序列具有至少90％、95％或99％序列同一性的核酸序列。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：59-78中的核酸序列的一种或多种具有至少90％、95％或99％序列同一性的核酸序列。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括SEQ ID NO：59-78中的一个或多个中的核酸序列。在特定的实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括与列示于SEQ ID NO：59-78中的全部核酸序列具有至少90％、95％或99％序列同一性的核酸序列。在多个实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株具有或包括列示于SEQ IDNO：59-78中的核酸序列。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株是或包括能够消耗、代谢和/或内化HMO的双歧杆菌或拟杆菌的菌株。在一些方面，HMO不能被宿主(例如哺乳动物，诸如人)或大多数细菌(包括许多致病菌物种和成人微生物组中常见的大多数细菌)代谢。在特定的方面，一些双歧杆菌的菌株、物种或亚种，诸如长双歧杆菌婴儿亚种或拟杆菌具有能够降解HMO的特定α和β键的酶促活性。在不同HMO结构中可找到五种单糖，葡萄糖、半乳糖、N-乙酰葡萄糖胺、岩藻糖和唾液酸(本文中也称为N-乙酰神经氨酸)。一些双歧杆菌的菌株、物种或亚种能够在细胞内完全降解HMO。此类双歧杆菌具有编码特定的转运蛋白(例如ABC转运蛋白，诸如描述于Sela等人PNAS(2008)105(48)18964-18969；Schell,等人PNAS.(2002)99(22):14422–14427和LoCascio等人Appl Environ Microbiol.(2010)76(22):7373-81中的那些，所述文献以引用的方式并入本文)的基因，所述特定的转运蛋白选择性地运输或输入HMO和HMO降解所必需的酶(α-岩藻糖苷酶、α-唾液酸酶、β-半乳糖苷酶和β-N-六糖胺酶)。其他双歧杆菌菌株，诸如例如两歧双歧杆菌在外部或细胞外降解HMO，诸如例如通过乳-N-二糖苷酶，其可从HMO裂解出乳-N-二糖I(LNB)。然后通过转运蛋白将LNB内化，并被LNB磷酸化酶降解。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株是至少一种细菌菌株，其具有一个或多个编码转运蛋白(例如ABC转运蛋白)的全部或一部分的基因，所述ABC转运蛋白能够内化寡糖(诸如HMO)。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株是具有一个或多个编码一种或多种酶的基因的细菌，所述一种或多种酶是，例如α-岩藻糖苷酶、α-唾液酸酶、β-半乳糖苷酶和β-N-六糖胺酶，其能够降解寡糖(诸如HMO)。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是至少一种双歧杆菌或拟杆菌属的菌株，所述菌株具有一个或多个编码转运蛋白(例如ABC转运蛋白)的全部或一部分的基因，所述ABC转运蛋白能够内化寡糖(例如HMO)。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种。特定的实施方案设想长双歧杆菌婴儿亚种是已知的并且可由本领域技术人员使用常规技术容易地鉴定。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种，包括其基因组和生物学，是已知的并且例如，已描述于，包括Sela等人PNAS(2008)105(48)18964-18969；Underwood等人,Pediatr Res.(2015)77(0):229-235(所述文献以引用的方式并入本文)中。在某些实施方案中，双歧杆菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种可使用已知的选择性微生物培养基(例如De Man、Rogosa和Sharpe琼脂(MRS))分离，所述选择性微生物培养基任选地与莫匹罗星(mupirocin)或O'Sullivan等人,J Appl Microbiol.2011Aug；111(2):467-73(所述文献以引用的方式并入本文)中所描述的那些组合。在一些实施方案中，用于分离双歧杆菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种的合适来源是已知的并且包括从母乳喂养的婴儿获得的粪便样品。在某些实施方案中，细菌菌落可通过常规生化技术(诸如PCR)来鉴定或表征。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种通过诸如Lawley等人,PeerJ.2017May 25；5:e3375中所描述的taqman qPCR来鉴定，例如用正向引物序列ATACAGCAGAACCTTGGCCT(SEQ ID NO：56)、反向引物序列GCGATCACATGGACGAGAAC(SEQ ID NO：57)和探针序列[FAM染料]-TTTCACGGA-[ZEN淬灭剂]-TCACCGGACCATACG-[3IABkFQ淬灭剂](SEQ ID NO：58)进行鉴定。在一些方面，当提供HMO作为唯一碳源时，可通过观察生长情况来确认菌株是长双歧杆菌婴儿亚种，诸如用Gotoh等人Sci Rep.2018Sep 18；8(1):13958(所述文献以引用的方式并入本文)中描述的测定。
C.)质子泵抑制剂
在特定的实施方案中，所提供的组合物、药盒或制品含有向有需要的受试者施用的益生菌菌株和益生元混合物。在一些此类实施方案中，有需要的受试者患有疾患、疾病或病症(例如移植物抗宿主病)，所述疾患、疾病或病症的症状可包括、关于或类似于胃部不适、胃灼热或胃食管返流病。在特定的实施方案中，受试者可服用一种或多种减少或防止胃酸产生的剂。
在一些实施方案中，含有至少一种益生菌菌株的组合物、药盒或制品还包括减少或防止胃酸产生和/或增加或中和胃pH的剂。在某些实施方案中，例如与在不存在剂的情况下施用益生菌菌株相比，所述剂提升、增加或增强至少一种益生菌菌株将成功移植或定殖在受试者的肠道或受试者的肠道微生物组内的可能性。在特定的实施方案中，所述剂不是奥美拉唑或其衍生物。
在某些实施方案中，所述剂以足以降低或阻止胃壁细胞的H+-K+ATP酶活性的量施用。在某些实施方案中，所述剂以足以降低胃液酸度和/或升高或中和胃pH的量施用。
特定的实施方案设想施用能升高或中和胃pH的剂可防止或减少经口施用益生菌菌株的死亡、去活化或降解。在某些实施方案中，所述剂可以是质子泵抑制剂(PPI)。示例性PPI化合物及其合成方法包括美国专利号4,544,750；4,758,579；5,045,552；5,374,730和5,386,032，所述专利以引用的方式并入本文。
在特定的实施方案中，所述剂不是质子泵抑制剂(PPI)，例如奥美拉唑或其衍生物。
在某些实施方案中，所述剂是或包括一种或多种H2组胺受体拮抗剂(本文中也称为H2受体拮抗剂或“H2拮抗剂”)。在一些实施方案中，所述H2受体拮抗剂是或包括能够阻断组胺对胃壁细胞的作用并由此减少由这些细胞产生的酸的化合物。H2受体拮抗剂包括但不限于西咪替丁(cimetidine)
Figure BDA0003540140380000591
法莫替丁
Figure BDA0003540140380000592
尼扎替丁(nizatidine)
Figure BDA0003540140380000593
和雷尼替丁(ranitidine)
Figure BDA0003540140380000594
及其医药上可接受的盐、各种晶体形式和前药形式。在某些实施方案中，所述剂是或包括雷尼替丁、西咪替丁、尼扎替丁、法莫替丁、其医药上可接受的盐、异构体及其衍生物、其单一对映体及其组合。在本发明的某些优选实施方案中，H2-受体拮抗剂式法莫替丁或其医药上可接受的盐。在特定的实施方案中，所述剂是或包括法莫替丁。
在特定的实施方案中，所述剂不是苯并咪唑衍生物。苯并咪唑衍生物(本文中也称为苯并咪唑或取代的苯并咪唑)包括但不限于奥美拉唑、兰索拉唑(lansoprazole)、右兰索拉唑(dexlansoprazole)、埃索美拉唑(esomeprazole)、替莫拉唑(timoprazole)、吡考拉唑(picoprazole)、泮托拉唑(pantoprazole)、雷贝拉唑(rabeprazole)、噻二唑(thiadiazole)和噻唑(thiazole)及咪唑并吡啶(imidazopyridine)衍生物。在一些实施方案中，所述剂不是东托拉唑(dontoprazole)、埃索美拉唑、赫贝拉唑(habeprazole)、羟基奥美拉唑(hydroxyomeprazole)、奥美拉唑、兰索拉唑、来明拉唑(leminoprazole)、泮托拉唑、帕利拉唑(pariprazole)、沛利拉唑(periprazole)、雷索拉唑(ransoprazole)、雷贝拉唑(rabeprazole)、泰妥拉唑(tenatoprazole)或泰妥拉唑；或上述剂的任一种或全部的游离碱、游离酸、盐、水合物、酯、酰胺、对映体、异构体、互变异构体、多晶型物、前药或活性代谢物。活性代谢物可包括但不限于羟基-奥美拉唑、羟基兰索拉唑、奥美拉唑羧酸、去甲基泮托拉唑及其光学纯异构体。在特定的实施方案中，所述剂不是奥美拉唑。
在特定的实施方案中，含有至少一种益生菌菌株的组合物、药盒或制品包括可减少或防止胃酸产生和/或提高或中和胃pH的剂。特定的实施方案设想奥美拉唑或苯并咪唑衍生物通常可抑制一种或多种益生菌菌株生长、活力、扩增或植入。因此，在一些实施方案中，含有至少一种益生菌菌株的组合物、药盒或制品包括用于升高或中和胃pH的剂，所述剂不是或不包括奥美拉唑或苯并咪唑衍生物。
D.)示例性组合物、药盒和制品
在一些实施方案中，本文提供组合物、药盒或制品，所述组合物、药盒或制品是或包括益生元(例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖的益生元混合物)和至少一种益生菌(例如双歧杆菌菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种)的组合。在某些方面，益生元混合物和/或益生菌菌株可配制为药物组合物或营养组合物。在一些实施方案中，本文提供包括益生元混合物和益生菌的组合物。在特定的实施方案中，益生菌菌株可配制为药物组合物或营养组合物。在某些实施方案中，益生元混合物和至少一种益生菌包含在分开的组合物中。在一些实施方案中，本文提供是或包括分开的益生元和益生菌组合物的药盒或制品。
在一些实施方案中，本文提供药盒或制品，所述药盒或制品是或包括是益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)的组合物以及是或包括至少一种益生细菌菌株的组合物。在某些实施方案中，益生菌菌株能够消耗(例如水解)包含在益生元混合物中的益生元。在特定的实施方案中，益生菌菌株能够内化和消耗(例如水解)益生元混合物的益生元。在多个实施方案中，益生菌菌株能够内化和消耗(例如水解)人乳寡糖，例如益生元混合物的人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生菌菌株能够在体内，诸如人肠道内消耗、内化和/或水解益生元。
在特定的实施方案中，根据本发明使用的制剂是或包括用于同时、分开或依序向受试者施用的(i)益生元混合物和(ii)益生菌菌株。在某些实施方案中，益生元混合物是或包括一种或多种人乳寡糖，并且至少一种益生菌菌株是或包括表1中所列的任何益生菌菌株。在多个实施方案中，至少一种益生菌是或包括双歧杆菌菌株并且益生元是或包括人乳寡糖的混合物。在特定的实施方案中，双歧杆菌菌株是或包括长双歧杆菌婴儿亚种并且益生元混合物是或包括具有至少5、10、25、50或100种人乳寡糖的混合物和/或是或包括来自超滤的人脱脂乳的浓缩超滤渗透物，诸如本文所述的渗透物或通过本文所述的方法(例如章节I-A-(i)中所描述的方法)产生的渗透物。
在某些实施方案中，益生元混合物是或包括一种或多种人乳寡糖并且至少一种益生菌菌株是或包括表1中所列的任何益生菌菌株。在多个实施方案中，至少一种益生菌是或包括双歧杆菌菌株并且益生元是或包括人乳寡糖的混合物。在某些实施方案中，双歧杆菌菌株是或包括以下菌株：短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种或长双歧杆菌长亚种。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括具有至少5、10、25、50、100、125或150种人乳寡糖的混合物。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括一种或多种合成的人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括浓缩的人乳渗透物，例如本文所述的浓缩的人乳渗透物和/或通过本文中所述的方法(诸如章节I-A-(i)中所描述的方法)产生的浓缩的人乳渗透物。
Ⅱ.治疗方法
在特定的实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者的一种或多种疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方案中，所述方法是或包括用于向受试者施用益生元混合物(诸如任何本文中所述的益生元混合物(例如章节I-A中所描述的益生元混合物))和至少一种益生菌菌株(诸如本文中所述，例如章节I-B中所描述的益生菌菌株，或表1中所列的益生菌菌株)的步骤。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者的一种或多种疾病、病症或疾患的方法，所述一种或多种疾病、病症或疾患与或可能与微生态失调(例如肠道微生物组的微生态失调)相关联。在一些方面，肠道微生物组涉及或与许多生理功能相关联，包括消化、代谢、萃取营养素、合成维生素、预防病原体定殖和免疫调节。在一些此类方面，肠道微生物组的组成和生物多样性的替换或改变可能会加剧各种代谢状态、胃肠道病症和其他病理生理条件或可能与其相关联。在一些方面，具有炎性成分或与感染、过敏或免疫功能失调相关的成分的疾患、疾病或病症可能因微生态失调而加剧或可能具有微生态失调对病理的潜在贡献。因此，在某些方面，用所提供的益生元和益生菌组合物靶向微生物组可成功治疗、缓解或预防多种疾患、疾病和病症。
在一些实施方案中，本文提供用于治疗、减轻、改善或预防微生态失调的方法。在特定的实施方案中，所述方法是或包括向受试者施用益生元混合物(诸如任何本文所述的益生元混合物，例如章节I-A中描述的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(诸如本文所述，例如章节I-B中所描述的益生菌菌株，或表1中所列的益生菌菌株)的步骤。在一些实施方案中，一种或多种疾病或疾患是、包括微生态失调(例如肠道微生物组的微生态失调)或与其相关联。在某些实施方案中，微生物组是人肠道微生物组。在某些实施方案中，微生物组是成年人的肠道微生物组。
在一些实施方案中，所述方法是或包括向受试者施用益生元混合物(诸如任何本文所述的益生元混合物，例如章节I-A中描述的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(诸如本文所述的益生菌菌株，例如章节I-B中描述的益生菌菌株，或表1中所列的益生菌菌株)的步骤。在某些实施方案中，一种或多种疾病或疾患是、包括炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组的微生态失调或与其相关联。在某些实施方案中，一种或多种疾病或疾患是、包括微生态失调或与其相关联。在某些实施方案中，一种或多种疾病或疾患是、包括炎症或与其相关联。在特定的实施方案中，一种或多种疾病或疾患是、包括自身免疫疾病或与其相关联。在特定的实施方案中，一种或多种疾病或疾患是过敏或与其相关联。在某些实施方案中，施用益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)以预防疾病、病症或疾患。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株预防本文所述(例如章节II-B中所描述)的疾患。在特定的实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株可降低疾病、病症或疾患和/或经历与所述疾病、病症或疾患相关的一种或多种症状的风险、可能性或概率。在一些实施方案中，与替代治疗或不进行治疗相比，或与单独施用益生菌菌株或益生元混合物相比，风险、可能性或概率降低至少10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、99％或99.9％。
如本文所用，“受试者”和“有需要的受试者”可互换使用。在特定的实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是婴儿、儿童、少年或成人。在某些实施方案中，受试者至少1个月、3个月、6个月、12个月、18个月或24个月大。在某些实施方案中，受试者至少1岁、2岁、5岁、10岁、12岁、16岁或至少18岁。在一些实施方案中，受试者至少12岁。在某些实施方案中，受试者至少18岁。在一些实施方案中，受试者是成人。在某些实施方案中，受试者是老年人，例如至少65或75岁。
A.)治疗方案
在一些实施方案中，将益生元混合物(例如HMO)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)一起施用于受试者。在某些实施方案中，将益生元混合物和至少一种益生菌菌株一起施用于受试者一次。在特定的实施方案中，将益生元混合物和至少一种益生菌菌株一起施用于受试者多次。在一些实施方案中，益生元混合物和至少一种益生菌菌株每月施用一次、两次、三次、四次、五次或超过五次；每周施用一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次或超过七次；或每天施用一次、两次或超过两次。在一些实施方案中，在持续、持续约或持续至少一周、两周、三周、四周、五周、十周、一个月、两个月、三个月、六个月、十二个月、十八个月、一年、两年、三年、四年、五年或超过五年的方案中多次施用混合物和至少一种益生菌菌株。在特定的实施方案中，将益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)在有需要的受试者进行同种异体移植(例如同种异体BMT或HSCT)之后施用于受试者。在一些实施方案中，受试者接受使用抗生素的治疗，并且将益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)在使用抗生素的治疗完成后立即施用于受试者。
在特定的实施方案中，将益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)分开施用于受试者。在某些实施方案中，在同一治疗方案期间一起施用和分开施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物(例如非消化性碳水化合物的益生元混合物)。例如，在一些实施方案中，首先在至少一个或多个治疗日内一起施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物，然后在后续的一个或多个治疗日内单独施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物之一或两者。在某些情况下，首先在治疗方案期间(诸如在初始或第一治疗阶段期间)将至少一种益生菌菌株与益生元混合物一起施用，并且稍后在所述方案中在不存在至少一种益生菌菌株的情况下施用混合物(诸如在第二或后续的治疗阶段期间)。
在某些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株一起或分开施用一段时间，诸如在治疗方案中。在一些实施方案中，施用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)可允许植入和扩增益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)。在某些实施方案中，益生菌菌株对受试者的微生物组(例如肠道微生物组)而言是外源的。在特定的实施方案中，益生菌菌株在施用前不存在于受试者的微生物组内。在某些实施方案中，益生元混合物与至少一种益生菌菌株同时施用和/或在至少一种益生菌菌株之后施用。在一些实施方案中，在施用益生元混合物的期间内，至少一种益生菌菌株存在于受试者的微生物组内和/或在受试者的微生物组内扩增。在某些实施方案中，当结束、停止或终止施用益生元混合物时，微生物组内的至少一种益生菌菌株的存在或量减少。在特定的实施方案中，当终止或结束施用益生元混合物时，益生菌菌株不存在和/或无法检测到。在某些实施方案中，益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)暂时存在并且可通过施用益生元混合物进行调控。
在一些实施方案中，益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)提供对益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)而言是选择性或专门的能量和/或碳源，从而促进益生菌菌株的生长或扩增，例如在体内肠道中或微生物组内。在某些实施方案中，非消化性碳水化合物的混合物和至少一种益生菌菌株以足以使益生菌菌株在受试者的微生物组内生长、扩增或自我建立的方式施用。在特定的实施方案中，施用混合物和益生菌菌株导致肠道中的乳酸或短链脂肪酸(SCFA)水平协同增加，例如高于基于单独施用混合物或益生菌菌株时所预期的水平。
在某些实施方案中，益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)的扩增、水平或量可通过施用益生元混合物来调控。因此，在一些方面，向受试者施用益生菌菌株，并可调整同时施用或随后施用益生元混合物以提供治疗反应，例如以促进有益微生物群生长或扩增。在一些实施方案中，使用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)治疗的剂量和/或持续时间可取决于几种因素，包括疾病的严重性和反应性、施用途径、治疗时程(数天至数月至数年)，以及改善疾病的时间。
在某些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在一个或多个治疗阶段期间施用，诸如在治疗方案期间施用。在一些实施方案中，所述方法或治疗方案是或包括治疗阶段，在所述治疗阶段期间施用益生元混合物和至少一种益生菌两者。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在在治疗阶段期间分开施用，例如在分开的剂量中。在某些实施方案中，治疗阶段包括施用至少一种益生菌菌株或益生元混合物之一，而非两者。在一些实施方案中，在治疗阶段期间每天施用益生元混合物至少一次、两次或三次。在某些实施方案中，在治疗阶段期间每天施用至少一种益生菌至少一次、两次或三次。在一些实施方案中，在治疗阶段期间每天施用益生元混合物两次，并且每天施用益生菌菌株一次。在一些实施方案中，紧接在其中施用益生菌菌株和益生元混合物两者的治疗阶段之后是其中仅施用益生元混合物的治疗阶段，例如以延长益生菌菌株保持定殖在受试者的肠道内和/或肠道微生物组内的持续时间。
在一些实施方案中，所述方法或治疗方案是或包括多于一个治疗阶段。例如，在一些实施方案中，所述方法或治疗方案包括第一或初始治疗阶段和第二或接续的治疗阶段，所述第一或初始治疗阶段包括施用益生菌菌株或益生元混合物和益生菌菌株两者，所述第二或接续的治疗阶段包括施用益生元混合物。在一些实施方案中，另外的治疗阶段发生在第一或初始治疗阶段之前，由此在至少一种益生菌菌株的任何施用之前施用益生元混合物。在一些实施方案中，第一或初始治疗阶段持续至少一天或持续至少两天、三天、四天、五天、七天、十天、十二天、十四天或持续至少一周、两周、三周、四周、六周、八周、十周、十二周或至少一个月、两个月、三个月、六个月或十二个月。在某些实施方案中，第二或后续治疗阶段持续至少一天或持续至少两天、三天、四天、五天、七天、十天、十二天、十四天或持续至少一周、两周、三周、四周、六周、八周、十周、十二周或至少一个月、两个月、三个月、六个月或十二个月。在特定的实施方案中，第一或初始治疗阶段持续至少约七天，并且第二或后续的治疗阶段持续约七天。在某些实施方案中，所述方法或治疗方案包括另外的治疗阶段，例如其中施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株之一或两者的第三或第四治疗阶段。在一些实施方案中，治疗阶段可以是连续的，例如使得下一治疗阶段在较早的治疗阶段结束后的第二天开始，或者可以间隔开，例如间隔一天或多天或一周或多周。
在某些实施方案中，益生元混合物每天施用持续至少2、3、4、5、7、10、14、21或28天，例如连续每天施用。在某些实施方案中，益生元混合物的施用量为每天至少0.001g、0.01g、0.1g、1g、2g、3g、4g、5g、6g、7.5g、8g、9g、10g、12g、16g、18g、20g、25g或50g，例如益生元(诸如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖)的总重量。在特定的实施方案中，益生元混合物的施用量为每天至少0.001g、0.01g、0.1g、1g、2g、3g、4g、5g、6g、7.5g、8g、9g、10g、12g、16g、18g、20g、25g或50g总人乳寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物每天施用的量为0.1g至50g、0.5g至25g、1g至20g、2g至18g、1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至20g或17g至19g的总人乳寡糖。在一些实施方案中，益生元混合物每天施用的量为、为约或为至少2g、4.5g、6g、9g、12g、16g或18g的总人乳寡糖。
在特定的实施方案中，益生菌菌株每天施用持续至少2、3、4、5、7、10、14、21或28天，例如连续每天施用。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株的施用量为每天至少1×101、1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108或5×108个菌落形成单位(CFU)。在多个实施方案中，至少一种益生菌菌株的施用量为每一剂量至少1×101、1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108或5×108个菌落形成单位(CFU)。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株的施用量为每天1×106至1×1012、5×106至1×1010、1×107至1×109或1×107至1×108个CFU。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株每剂量或每天的施用量为、为约或为至少5×106个菌落形成单位(CFU)。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株每剂量或每天的施用量为、为约或为至少8×107个菌落形成单位(CFU)。
在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株的每一剂量都是肠溶包衣的，例如以防止益生菌被胃酸破坏或死亡。在一些实施方案中，至少一种益生菌的剂量与用于减少胃酸产生或中和胃酸的剂一起施用或在其之后施用。
在一些实施方案中，所述剂是质子泵抑制剂(PPI)。在某些实施方案中，PPI以足以降低或阻止胃壁细胞的H+-K+ATP酶活性的量施用。特定的实施方案设想施用PPI来防止或减少经口施用的益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)的死亡、去活化或降解。
特定的实施方案设想一些PPI可减少至少一种益生菌菌株的移植、生长、活力或扩增。某些实施方案设想作为苯并咪唑衍生物的PPI(本文中也称为取代的苯并咪唑)可抑制或减少至少一种益生菌菌株的移植、生长、扩增或活力。多个实施方案设想作为奥美拉唑或包括奥美拉唑的PPI可抑制或减少至少一种益生菌菌株的移植、生长、扩增或活力。
在某些实施方案中，受试者患有疾患、疾病或病症，例如移植物抗宿主病，所述疾患、疾病或病症具有的症状可包括、关于或类似于胃部不适、胃灼热或胃食管反流病。在特定的实施方案中，受试者可服用一种或多种减少或防止胃酸产生和/或增加或中和胃pH的剂。在某些此类实施方案中，受试者在使用至少一种益生菌菌株治疗之前、期间或之后用不是PPI或不包括PPI的剂治疗。在一些此类实施方案中，受试者在使用至少一种益生菌菌株治疗之前、期间或之后用不是或不包括苯并咪唑衍生物的药剂治疗。在一些实施方案中，受试者在使用至少一种益生菌菌株治疗之前、期间或之后用不是或不包括奥美拉唑的药剂治疗。在某些实施方案中，在开始使用至少一种益生菌菌株治疗之前至少4周、3周、2周、1周、10天、7天、5天、3天、2天、1天、48小时、36小时、24小时、18小时、12小时或6小时不向受试者施用苯并咪唑衍生物或奥美拉唑。在一些实施方案中，在使用益生菌菌株的治疗方案的最终剂量之后至少24小时、36小时、48小时、1天、2天、3天、5天、7天、10天、1周、2周、3周、4周、6周、8周、1个月、2个月或3个月不向受试者施用苯并咪唑衍生物或奥美拉唑。
在一些实施方案中，益生菌菌株的一个或多个剂量在没有PPI的情况下施用。在特定的实施方案中，益生菌菌株的一个或多个剂量与不是奥美拉唑的剂一起施用。在一些实施方案中，在施用(i)PPI；(ii)苯并咪唑衍生物；和/或(iii)奥美拉唑或全部上述三种的1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周、4周、6周、8周、10周或12周内或施用的约1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周、4周、6周、8周、10周或12周内不施用至少一种益生菌菌株的剂量。
在某些实施方案中，益生菌菌株的一个或多个剂量与不是苯并咪唑衍生物的、可增加或中和胃pH的剂，例如H2组胺受体拮抗剂一起施用。在某些实施方案中，H2组胺受体拮抗剂，例如法莫替丁在施用益生菌菌株之前至少48小时、36小时、24小时、18小时、12小时、8小时、6小时、3小时、2小时、1小时、60分钟、30分钟或15分钟施用。在特定的实施方案中，H2组胺受体拮抗剂，例如法莫替丁在施用益生菌菌株之前至少约1小时施用。
在一些实施方案中，向受试者施用至少一种益生菌菌株，益生菌菌株能够消耗或代谢益生元混合物的一些或全部寡糖(例如HMO)。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化混合物中的一些或全部寡糖。在一些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)的时机或给药可实现益生菌菌株在体内(例如在受试者的微生物组中)生长或扩增。在某些实施方案中，例如与存在于肠道或微生物组中的其他细菌菌株相反，施用的寡糖(例如HMO)选择性地或专门充当至少一种益生菌菌株的碳源。在一些实施方案中，例如与存在于肠道或微生物组中的其他细菌菌株相反，混合物的寡糖选择性地或专门充当至少一种益生菌菌株的能量来源。
在某些实施方案中，在第一或初始治疗阶段期间(例如至少1、3、7或14天)向受试者施用(例如至少每天一次)至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)和益生元混合物(例如人乳寡糖)两者，然后在随后的治疗阶段期间施用单独的益生元混合物，例如从而紧接在第一或初始治疗阶段后发生。在一些实施方案中，施用益生元混合物可延长益生菌菌株在受试者的肠道和/或微生物组内定殖的持续时间。
在一些实施方案中，所述方法是或包括向受试者，例如有需要的受试者(诸如将或已经历同种异体移植，例如同种异体BMT或HSCT的受试者)施用非消化性碳水化合物的混合物，以扩增或保持在受试者肠道或微生物组中的益生菌菌株的量、生长或存在。在一些实施方案中，益生菌菌株已被施用于受试者。在一些实施方案中，益生菌菌株被或将被施用于受试者。在某些实施方案中，益生菌菌株对受试者的微生物组而言是外源的，例如在初次施用益生菌菌株之前，益生菌菌株不存在于受试者的肠道或微生物组中或无法在其中检测到。
B.)疾患、疾病和病症
在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者中与微生态失调或可能与微生态失调，例如肠道微生物组微生态失调相关的一种或多种疾病、病症或疾患的方法。在某些实施方案中，施用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可用于治疗、改善、补救或预防疾病、病症或疾患，诸如肥胖、炎性肠病(IBD)、乳糜泻、肠易激综合征(IBS)、结肠癌、糖尿病、肝病、囊性纤维化和过敏。
在某些实施方案中，向受试者施用益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)以治疗、改善、补救或预防与微生态失调(例如肠道微生物组的微生态失调)相关、关于微生态失调或由微生态失调引起的胃肠道疾患、疾病或病症。在某些实施方案中，胃肠道疾患、疾病或病症是或包括以下中的一种或多种：慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、肠切除和/或与慢性腹泻相关的疾病。在某些实施方案中，胃肠道疾患、疾病或病症是或包括以下中的一种或多种：肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)(包括克罗恩病(Crohn's disease)和结肠炎)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征和胃淋巴瘤。在某些实施方案中，胃肠道疾患、疾病或病症与细菌、病毒或寄生虫感染或过度生长相关联。在特定的实施方案中，疾病或病症与由耐药细菌(例如耐万古霉素肠球菌(VRE))引起的感染相关联。在特定的实施方案中，施用至少一种益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可预防、减轻或改善胃肠道疾患的一种或多种症状。
在一些实施方案中，向患有免疫功能失调的受试者施用益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)。在一些实施方案中，受试者是免疫受损的。在某些实施方案中，所述施用可预防、减少、治疗或改善免疫受损的受试者中的感染。在一些实施方案中，所述施用可预防、减少、治疗或改善致病菌过度生长或致病菌支配。在一些实施方案中，免疫受损的受试者已接受一种或多种癌症治疗。在一些实施方案中，所述治疗是或包括化学疗法。在某些实施方案中，所述治疗是或包括同种异体移植，例如造血干细胞移植或骨髓移植。在某些实施方案中，免疫受损的受试者在ICU、已接受器官移植、是老年人(例如至少65或75岁)和/或已接受长期的抗生素治疗(例如至少2、3、4、6、8、10或12周，或至少1、2、3、6、12、18或24个月)。在某些实施方案中，例如与施用替代治疗和/或未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，所述施用可预防或降低、预防或降低约或预防或降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的全身感染的概率或可能性。
在特定的实施方案中，施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株以治疗或预防致病菌过度生长或支配(本文中也称为肠道支配)。在一些方面，致病菌的支配是指所述细菌物种(例如致病物种)的存在量相对于存在于受试者的肠道或肠道微生物组中的细菌而言为至少1％、5％、10％、20％或30％。特定的实施方案设想过度生长或支配可通过本领域的常规技术，诸如包括但不限于PCR或高通量测序来测定。
在某些实施方案中，向患有、疑似患有、处于患有微生态失调(例如肠道微生物组的微生态失调)的风险中的受试者施用益生元混合物，例如HMO的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在某些实施方案中，益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种的暂时存在、植入或扩增可减轻、减少或改善所述微生态失调。特定的实施方案设想益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种的存在、植入或扩增可创造、促进或产生一种环境和/或一种或多种条件，所述环境和/或一种或多种条件可(i)促进有益的微生物组的存在、生长或扩增；(ii)减少致病微生物群的存在、生长或扩增；(iii)促进存在于所述微生物组内的微生物群的多样性；或(iv)(i)至(iii)中的任一项或全部。
在某些实施方案中，施用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和至少一种细菌益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可减少受试者肠道中致病菌的存在或丰度。在某些实施方案中，施用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和至少一种细菌益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可减少致病分类群(例如肠杆菌科、肠球菌、葡萄球菌)对肠道的支配。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)在肠道或微生物组中生长可减少致病分类群的丰度、水平、活性或存在。在某些实施方案中，例如与施用之前相比或与未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者的肠道或微生物组相比，施用益生元混合物(例如HMO的益生元混合物)和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种可减少致病菌和/或致病分类群的丰度、水平、活性或存在约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％或100％。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)在肠道或微生物组中生长可增加肠道内至少一种短链脂肪酸(例如乙酸或丁酸)的量、水平、存在或浓度。
在某些实施方案中，向处于感染或肠道支配(例如由致病菌引起)的风险下的受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，例如与一般群体相比，受试者具有增加的感染或肠道支配风险。在某些实施方案中，受试者是免疫受损的、经历延长的抗生素治疗方案(例如持续至少2、3、4、5、6、8、10或12周或2、3、6、12、18或24个月)、是老年人、住院(例如在重症监护室(ICU)中)、已接受器官移植和/或免疫受抑制的。在某些方面，受试者将经历或已接受医疗程序，诸如可能增加感染风险、可能性或概率的外科手术或化疗。
在某些实施方案中，施用益生菌菌株和益生元混合物可降低由致病菌引起感染的风险、可能性或概率，例如与替代治疗或无治疗相比，或与单独施用益生菌菌株或益生元混合物相比，降低至少10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、99％或99.9％。在一些实施方案中，在医疗程序(例如外科手术或化疗)之前至少1小时、2小时、3小时、4小时、6小时、8小时、12小时、18小时、24小时、1天、2天、3天、4天、5天、7天、10天、1周、2周、4周、6周、一个月或两个月施用益生元混合物和益生菌菌株至少一次。在特定的实施方案中，在医疗程序(例如外科手术或化疗)期间施用益生元混合物和益生菌菌株至少一次。在某些实施方案中，在医疗程序(例如外科手术或化疗)之后至少1小时、2小时、3小时、4小时、6小时、8小时、12小时、18小时、24小时、1天、2天、3天、4天、5天、7天、10天、1周、2周、4周、6周、一个月或两个月施用益生元混合物和益生菌菌株至少一次。
致病菌可包括对胃肠道，例如从食道到直肠具有致病性的已知微生物。在一些实施方案中，致病菌是或包括一种或多种变形菌物种、亚种或菌株。在某些实施方案中，致病菌可包括但不限于以下的一种或多种物种、亚种或菌株：厚壁菌(Firmicutes)、梭菌(Clostridium)、肠杆菌科、肠球菌、葡萄球菌、棒状杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、葡萄球菌、弯曲杆菌(例如空肠弯曲杆菌)、梭菌(Clostridia)、大肠杆菌、耶尔森氏菌、霍乱弧菌、鸟分枝杆菌副结核亚种(Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis)、猪痢疾短螺旋体(Brachyspira hyodysenteriae)或胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis)。在特定的实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可降低或减少肠道内致病菌的存在、生长或丰度。
在一些实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可损害一种或多种病原体的生长。此类通过所提供的方法治疗的病原体包括但不限于嗜水气单胞菌、芽孢杆菌，例如蜡样芽孢杆菌、双歧杆菌、博德特氏菌、疏螺旋体、布鲁氏菌、伯克霍尔德菌、艰难梭菌、弯曲杆菌，例如胎儿弯曲杆菌和空肠弯曲杆菌、衣原体、嗜衣原体、梭菌，例如肉毒梭菌、艰难梭菌和产气荚膜梭菌、棒状杆菌、柯克斯体、埃立克体、肠杆菌科，例如耐碳青霉烯肠杆菌科(CRE)和产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科(ESBL-E)、耐氟喹诺酮肠杆菌科、肠球菌，例如耐万古霉素肠球菌属物种、耐超广谱β-内酰胺肠球菌(ESBL)和耐万古霉素肠球菌(VRE)、埃希氏菌(Escherichia)，例如肠聚集性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、肠产毒性大肠杆菌(诸如但不限于LT和/或ST)、大肠杆菌0157：H7和多重耐药性大肠杆菌、弗朗西斯氏菌、嗜血杆菌、螺旋杆菌，例如幽门螺旋杆菌、克雷伯氏菌，例如肺炎克雷伯氏菌和多重耐药性菌克雷伯氏菌、军团菌、钩端螺旋体、李斯特菌，例如单核细胞增生性李斯特菌、摩根氏菌、分枝杆菌、支原体、奈瑟氏菌、东方体、类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)、耐抗生素性蛋白菌、变形杆菌、假单胞菌、立克次氏体、沙门氏菌，例如副伤寒沙门氏菌、沙门氏菌属物种(Salmonella spp.)和伤寒沙门氏菌、志贺氏菌，例如志贺氏菌属物种(Shigella spp.)、葡萄球菌，例如金黄色葡萄球菌和葡萄球菌属物种(Staphylococcus spp.)、链球菌、密螺旋体、弧菌，例如霍乱弧菌、副溶血弧菌、弧菌属和创伤弧菌，以及耶尔森氏菌，例如小肠结肠耶尔森氏菌。一种或多种病原体中的至少一种可以是耐抗生素性细菌(ARB)，例如耐抗生素性蛋白菌、耐万古霉素肠球菌(VRE)、耐碳青霉烯肠杆菌科(CRE)、耐氟喹诺酮肠杆菌科或产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科(ESBL-E)。
在一些实施方案中，所述疾患、疾病或病症是自身免疫病症的免疫功能失调。在一些实施方案中，自身免疫病症包括但不限于急性播散性脑脊髓炎(acute disseminatedencephalomyelitis)(ADEM)、急性坏死性出血性脑白质炎、爱迪生氏病(Addison'sdisease)、无丙种球蛋白血症(agammaglobulinemia)、斑秃(alopecia areata)、淀粉样变性(amyloidosis)、强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis)、抗GBM/抗TBM肾炎、抗磷脂综合征(APS)、自身免疫性血管性水肿、自身免疫性再生障碍性贫血、自身免疫性自主神经失调(autoimmune dysautonomia)、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性高脂血症、自身免疫性免疫缺陷、自身免疫性内耳疾病(AIED)、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性胰腺炎、自身免疫性视网膜病变、自身免疫性血小板减少性紫癜(thrombocytopenic purpura)(ATP)、自身免疫性甲状腺疾病、自身免疫性荨麻疹、轴突和神经元神经病、巴娄病(Balo disease)、白塞病(Behcet's disease)、大疱性天疱疮(bullous pemphigoid)、心肌病、Castleman病、乳糜泻、恰加斯病(Chagas disease)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病(CIDP)、慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)、查格-施特劳斯综合征(Churg-Strauss syndrome)、瘢痕性天疱疮/良性粘膜天疱疮(cicatricialpemphigoid/benign mucosal pemphigoid)、克罗恩病、柯根氏综合征(Cogan'ssyndrome)、冷凝集素病、先天性心脏传导阻滞、柯萨奇心肌炎(Coxsackie myocarditis)、CREST病、原发性混合性冷球蛋白血症(essential mixed cryoglobulinemia)、脱髓鞘性神经病(demyelinating neuropathy)、疱疹样皮炎(dermatitis herpetiformis)、皮肌炎、德维克氏病(Devic's disease)(视神经脊髓炎)、盘状狼疮(discoid lupus)、德勒斯勒氏综合征(Dressler's syndrome)、子宫内膜异位(endometriosis)、嗜酸性食道炎、嗜酸性筋膜炎(eosinophilic fasciitis)、结节性红斑(erythema nodosum)、实验性过敏性脑脊髓炎、伊文氏综合征(Evans syndrome)、纤维化性肺泡炎、巨细胞性动脉炎(颞动脉炎)、巨细胞性心肌炎、肾小球性肾炎、古德帕斯丘氏综合征(Goodpasture's syndrome)、肉芽肿性多血管炎(granulomatosis with polyangiitis)(GPA)、格雷夫斯病(Graves'disease)、格林-巴利综合征(Guillain-Barre syndrome)、桥本氏脑炎(Hashimoto's encephalitis)、桥本氏甲状腺炎、溶血性贫血、类过敏性紫癜(Henoch-Schonlein purpura)、妊娠疱疹、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫斑(idiopathic thrombocytopenic purpura)(ITP)、IgA肾病、IgG4相关性硬化性疾病、免疫调节性脂蛋白、包涵体肌炎(inclusion bodymyositis)、间质性膀胱炎、幼年型关节炎、幼年特发性关节炎、幼年型肌炎、川崎氏综合征(Kawasaki syndrome)、兰伯特-伊顿综合征(Lambert-Eaton syndrome)、白血球破碎性脉管炎、扁平苔藓(lichen planus)、硬化性苔藓(lichen sclerosus)、木样结膜炎(ligneousconjunctivitis)、线性IgA病(LAD)、狼疮(全身性红斑性狼疮)、慢性莱姆病、梅尼埃病(Meniere's disease)、显微多发性血管炎(microscopic polyangiitis)、混合性结缔组织病(MCTD)、穆伦氏溃疡(Mooren's ulcer)、穆-哈二氏病(Mucha-Habermann disease)、多发性硬化症、重症肌无力、肌炎、发作性睡病(narcolepsy)、视神经脊髓炎(neuromyelitisoptica)(Devic氏)、中性粒细胞减少症、眼部瘢痕性类天庖疮(ocular cicatricialpemphigoid)、视神经炎、阵复发性风湿病(palindromic rheumatism)、PANDAS(链球菌相关性小儿自身免疫性神经精神疾病)、副肿瘤性小脑变性、阵发性睡眠性血红蛋白尿(PNH)、帕罗综合征(Parry Romberg syndrome)、牧师-特纳综合征(Parsonage-Turner syndrome)、扁平部炎(pars planitis)(周边葡萄膜炎)、天庖疮(pemphigus)、周围神经病变、静脉周脑脊髓炎(perivenous encephalomyelitis)、恶性贫血(pernicious anemia)、POEMS综合征、结节性多动脉炎、I型、II型和III型自身免疫性多腺综合征、风湿性多肌痛、多肌炎、心肌梗塞后综合征、心包切开术后综合征(postpericardiotomy syndrome)、孕激素性皮炎(progesterone dermatitis)、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎、牛皮癣、牛皮癣性关节炎、特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis)、坏疽性脓皮症(pyodermagangrenosum)、纯红细胞再生障碍(pure red cell aplasia)、雷诺现象(Raynaud'sphenomenon)、反应性关节炎、反射性交感神经失养症、赖特氏综合征(Reiter'ssyndrome)、复发性多软骨炎、不安腿综合征、腹膜后纤维化、风湿热、类风湿性关节炎、结节病(sarcoidosis)、施密特综合征(Schmidt syndrome)、巩膜炎(scleritis)、硬皮病(scleroderma)、薛格连氏综合征(Sjogren's syndrome)、精子睾丸自身免疫性、僵人综合征(stiff person syndrome)、亚急性细菌性心内膜炎(SBE)、苏萨克氏综合征(Susac'ssyndrome)、交感性眼炎、高安氏动脉炎(Takayasu's arteritis)、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、血小板减少性紫瘢(TTP)、托洛萨-亨特综合征(Tolosa-Hunt syndrome)、横贯性脊髓炎、1型糖尿病、哮喘、溃疡性结肠炎、未分化的结缔组织病(UCTD)、葡萄膜炎、血管炎、囊泡性皮肤病、白斑(vitiligo)和韦格纳肉芽肿病(Wegener's granulomatosis)。
在一些实施方案中，所述疾患、疾病或病症是腹泻疾病，包括但不限于急性血性腹泻(例如痢疾)、急性水性腹泻(例如霍乱)、检查点抑制剂相关结肠炎、由食物中毒引起的腹泻、持续腹泻和旅行者腹泻。
在一些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防各种已知由肠道微生物组微生态失调所导致或与其相关或伴随其发生的胃肠道疾病。在某些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可减少GI免疫活化和/或炎症。在一些实施方案中，GI免疫活化和炎症可通过本领域已知的常规方法评估。在一些实施方案中，所述疾患、疾病或病症是炎性肠病(IBD)或相关疾病，包括但不限于白塞病、胶原性结肠炎、克罗恩病、改道性结肠炎(diversion colitis)、暴发性结肠炎、中间结肠炎、左侧结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、全结肠炎、结肠袋炎、消化道乙状结肠炎、短肠综合征、溃疡性结肠炎和溃疡性直肠炎。
在多个实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防各种血流感染(BSI)。在某些实施方案中，施用益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防导管或血管内管线感染(例如中心导管感染)。在一些实施方案中，施用益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防慢性炎性疾病。
在特定的实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防脑膜炎；肺炎，例如呼吸机相关性肺炎；皮肤和软组织感染；手术部位感染；尿路感染(例如耐抗生素性尿路感染和导管相关性尿路感染)；伤口感染；和/或耐抗生素性感染以及抗生素敏感性感染。
在某些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防与“肠脑轴”相关的疾病或病症，包括神经退行性、神经发育和神经认知障碍，诸如厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、抑郁症、帕金森氏症和精神分裂症。在某些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可减轻与厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、抑郁症、帕金森氏症和/或精神分裂症相关的一种或多种症状。
在一些实施方案中，施用至少一种益生菌菌株和益生元混合物可治疗或预防抗癌疗法的副作用和/或增加抗癌治疗剂和/或抗癌疗法的功效。在一些实施方案中，所述抗癌疗法是外科手术、放射疗法、化疗(包括激素疗法)和/或靶向疗法(包括免疫疗法)。说明性化疗剂提供于本文其他各处。在特定的实施方案中，免疫疗法结合和/或识别肿瘤细胞抗原和/或癌细胞抗原，例如CTLA-4、PD-1、PD-L1或PD-L2。在一些实施方案中，免疫疗法包含施用可瑞达(Keytruda)(帕博利珠单抗(Pembrolizumab))、欧狄沃(Opdivo)(纳武利尤单抗(Nivolumab))、益伏(Yervoy)(伊匹单抗(Ipilimumab))、泰圣奇(Tecentriq)(阿特珠单抗(atezolizumab))、巴文西亚(Bavencio)(阿维鲁单抗(avelumab))和英飞凡(Imfinzi)(度伐鲁单抗(durvalumab))。
在一些实施方案中，受试者是抗癌疗法难以治愈的和/或对抗癌疗法无反应。在某些实施方案中，益生菌菌株和益生元混合物可治疗在接受抗癌疗法约12周后呈现出对所述抗癌疗法无治愈反应、有限反应或无反应、甚至恶化的受试者。因此，在一些方面，所提供的本发明的益生菌菌株和益生元混合物可挽救抗癌疗法难以治愈的和/或对抗癌疗法无反应的受试者。在某些实施方案中，受试者是针对检查点分子，例如CTLA-4、PD-1、PD-L1和/或PD-L2的治疗所难以治愈的和/或对所述治疗无反应。在特定的实施方案中，针对检查点分子的治疗包括施用可瑞达(帕博利珠单抗)、欧狄沃(纳武利尤单抗)、益伏(伊匹单抗)、泰圣奇(阿特珠单抗)、巴文西亚(阿维鲁单抗)和英飞凡(度伐鲁单抗)。
在一些实施方案中，向免疫受损的受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在某些实施方案中，所述施用可预防、减少、治疗或改善免疫受损受试者的感染。在一些实施方案中，所述施用可预防、减少、治疗或改善致病菌的过度生长或支配。在一些实施方案中，免疫受损的受试者已接受一种或多种癌症治疗。在一些实施方案中，所述治疗是或包括化疗。在某些实施方案中，所述治疗是或包括同种异体移植，例如造血干细胞移植或骨髓移植。在某些实施方案中，例如与替代治疗或单独使用益生菌菌株或益生元混合物的治疗相比，所述施用可预防或减少、预防或减少约、或预防或减少至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的全身性感染的概率或可能性。
在某些实施方案中，向患有败血症或处于败血症的风险中的受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，例如与未施用益生元混合物或至少一种益生菌的受试者(例如患有败血症或处于败血症的风险中的受试者)相比，败血症的概率或可能性降低或减少至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％。在某些实施方案中，与未施用益生元混合物和至少一种益生菌的受试者(例如罹患败血症或处于败血症的风险中的受试者)相比，施用益生元混合物和至少一种益生菌可使受试者在6个月、12个月、18个月、1年、2年、5年、10年和/或20年内的生存期改善或增加、改善或增加约、或改善或增加至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％、100％、或高1倍、2倍、3倍、4倍或5倍。
在特定的实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可预防、减轻、减少、补救或改善与胃肠道疾患、疾病或病症相关的一种或多种症状。在某些实施方案中，与胃肠道疾患、疾病或病症相关的一种或多种症状可包括但不限于腹泻、发烧、疲劳、腹痛和绞痛、便血、口疮、体重减轻、瘘管、炎症(皮肤、眼睛或关节炎症)、肝或胆管发炎、生长迟缓(在儿童中)。在特定的实施方案中，例如与未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，施用益生元混合物和至少一种益生菌可使受试者经历与胃肠道疾患、疾病或病症相关的一种或多种症状的风险或概率降低、降低约或降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％。在某些实施方案中，例如与未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可使缓解的概率或可能性增加、增加约、或增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、100％或1倍、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍或100倍。在一些实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可增加在，例如从施用开始或终止的12周、10周、8周、6周、4周或少于4周内缓解的可能性或概率。
在多个实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、肠切除和/或与慢性腹泻相关的疾患。根据特定的实施方案，所述病理选自由以下组成的组：肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征和胃淋巴瘤。在另一实施方案中，所述疾病或病症与细菌、病毒或寄生虫感染或过度生长相关联，例如由耐药细菌引起。在一些实施方案中，与未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可使慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、肠切除、和/或慢性腹泻治愈或缓解的概率或可能性增加、增加约或增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、100％、或1倍、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍或100倍。在一些实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可增加在，例如从施用开始或终止的12周、10周、8周、6周、4周或少于4周内治愈或缓解的可能性或概率。
在某些实施方案中，向受试者施用益生菌菌株和益生元混合物以治疗、预防或改善过敏。在一些实施方案中，过敏是食物过敏。在某些实施方案中，食物过敏是或包括哺乳动物响应于摄入的材料或食物抗原(在本领域中也称为“食物过敏原”)而引发的慢性或急性免疫超敏反应(例如I型超敏反应)。食物过敏的鉴定和诊断在本领域普通技术人员中是常规的。食物过敏可包括但不限于对坚果、花生、贝类、鱼、奶、蛋、小麦或大豆的过敏。
在一些实施方案中，施用益生菌菌株和益生元混合物以治疗或改善过敏，例如食物过敏。在某些实施方案中，例如，与使用益生菌菌株和益生元混合物进行任何治疗之前的过敏反应相比，益生菌菌株和益生元混合物降低或减少对过敏原的过敏反应的严重程度。在某些实施方案中，例如，与使用益生菌菌株和益生元混合物治疗之前观察到的症状或临床表现相比，益生菌菌株和益生元混合物减弱或降低对随后暴露于过敏原的过敏(例如食物过敏)的一种或多种症状或临床表现的严重性或强度。在一些实施方案中，过敏的症状或临床表现可包括但不限于皮疹、湿疹、特应性皮炎、荨麻疹(hives)、荨麻疹(urticaria)、血管性水肿、哮喘、鼻炎、喘息、打喷嚏、呼吸困难、气道肿胀、呼吸急促、其他呼吸道症状、腹痛、绞痛、恶心、呕吐、腹泻、黑便、心动过速、低血压、晕厥、癫痫发作和过敏性休克。
在特定的实施方案中，向受试者(例如处于患有或发展出过敏风险中的受试者)施用益生菌菌株和益生元混合物，以预防或降低或减少经历过敏反应的概率或可能性。在某些实施方案中，施用益生菌菌株和益生元混合物降低了在接下来的一个月、3个月、6个月、12个月、18个月、一年、2年、3年、5年、10年或20年内发生过敏反应的可能性或概率。在一些实施方案中，与未施用益生菌菌株和益生元混合物的具有类似风险特征的受试者相比，发展出过敏的概率或可能性降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或99％。在一些实施方案中，例如，与将过敏原暴露于未施用益生菌菌株和益生元混合物的患有相同或类似过敏的受试者相比，施用益生菌菌株和益生元混合物降低了在接下来的一个月、3个月、6个月、12个月、18个月、一年、2年、3年、5年、10年或20年内暴露于过敏原后过敏反应的一种或多种症状或临床表现的严重程度。
在一些实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防结肠袋炎。在某些方面，结肠袋炎是发生在用于治疗溃疡性结肠炎或某些其他疾病的外科手术期间产生的囊袋内层中的炎症。在一些实施方案中，所述外科手术是或包括去除患病的结肠或其部分。在某些实施方案中，所述外科手术是J袋手术(回肠肛管吻合术(ileoanalanastomosis)-IPAA)。
在一些实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防有需要的受试者(例如接受IPAA手术的受试者)的结肠袋炎。在特定的实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可预防、降低、减少、补救或改善与结肠袋炎相关的一种或多种症状。在某些实施方案中，与结肠袋炎相关的一种或多种症状可包括但不限于大便频率增加、里急后重(tenesmus)、排便时费力、便血、失禁、睡眠期间废物渗漏、腹部绞痛、骨盆或腹部不适或尾骨疼痛。在某些实施方案中，与更严重的结肠袋炎相关的症状包括但不限于发烧、脱水、微生态失调、疲劳、缺铁性贫血或关节痛。在特定的实施方案中，与未施用至少一种益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可使受试者经历结肠袋炎的风险或概率降低、降低约或降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。
在多个实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、肠切除和/或与慢性腹泻相关的疾患。此类病理包括但不限于：肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征和胃淋巴瘤。在一些实施方案中，所述疾病或病症与细菌、病毒或寄生虫感染或过度生长相关联，例如由耐药细菌引起。在一些实施方案中，与未施用益生菌菌株和益生元混合物的受试者和/或施用替代疗法的受试者相比，施用益生元混合物和益生菌菌株可使慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、肠切除和/或慢性腹泻治愈或缓解的概率或可能性增加、增加约或增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、100％、或1倍、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍或100倍。在一些实施方案中，与未施用益生菌菌株和益生元混合物的受试者和/或施用替代疗法的受试者相比，施用益生元混合物和益生菌菌株可增加在，例如从施用开始或终止的12周、10周、8周、6周、4周或少于4周内缓解的可能性或概率。
在一些实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防结肠袋炎。在某些方面，结肠袋炎是发生在用于治疗溃疡性结肠炎或某些其他疾病的外科手术期间所产生的囊袋内层中的炎症。在一些实施方案中，所述外科手术是或包括去除患病的结肠或其部分。在某些实施方案中，所述外科手术是J袋手术(回肠肛管吻合术-IPAA)。
在一些实施方案中，向受试者施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、改善、补救或预防有需要的受试者(例如已接受IPAA手术的受试者)的结肠袋炎。在特定的实施方案中，施用益生元混合物和益生菌菌株可预防、降低、减少、补救或改善与结肠袋炎相关的一种或多种症状。在某些实施方案中，与结肠袋炎相关的一种或多种症状可包括但不限于大便频率增加、里急后重、排便时费力、便血、失禁、睡眠期间废物渗漏、腹部绞痛、骨盆或腹部不适或尾骨疼痛。在某些实施方案中，与更严重的结肠袋炎相关的症状包括但不限于发烧、脱水、微生态失调、疲劳、缺铁性贫血或关节痛。在特定的实施方案中，与未施用益生菌菌株和/或益生元混合物的受试者相比，施用益生元混合物、益生菌菌株和细菌疗法可使受试者经历结肠袋炎的风险或概率降低、降低约或降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。
在一些实施方案中，受试者是重症监护室(ICU)中的患者。在一些实施方案中，受试者是器官移植接受者。在一些实施方案中，受试者是老年患者(例如，至少65、70、75、80或85岁)。在一些实施方案中，受试者已接受长期的抗生素治疗(例如，至少2、3、4、5、6、8、10或12周，或至少1、2、3、6、12、18或24个月)。在一些实施方案中，受试者是广谱抗生素治疗的接受者。在一些实施方案中，受试者是胃肠外营养(例如全胃肠外营养或部分胃肠外营养)接受者或最近接受者(例如在至少1、2、3、4、5、6或7天内，或在至少1、2、3或4周内)。在一些实施方案中，受试者是肠内营养接受者。
i.)GVHD
在特定的实施方案中，本文提供预防或降低有需要的受试者内移植物抗宿主病(GVHD)的发病率或严重性的方法。在某些实施方案中，所提供的方法可预防或降低已接受或将接受同种异体干细胞移植的受试者中GVHD的发病率或严重性。在一些实施方案中，所提供的HMO混合物被配制成用于向已进行、正进行或将进行同种异体移植，例如BMT或HSCT的受试者施用。在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株被配制成用于向已进行、正进行或将进行同种异体移植的受试者施用。在某些实施方案中，所述方法是或包括向受试者施用益生元混合物(诸如任何本文所述的，例如章节I-A中所描述的益生元混合物)和至少一种益生菌菌株(诸如本文所述，例如章节I-B中所描述的益生菌菌株，或表1中所列的益生菌菌株)的步骤。
在某些实施方案中，所述方法是或包括施用非消化性碳水化合物或HMO的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，所述方法包括施用非消化性碳水化合物或HMO的益生元混合物(诸如本文所述的，例如章节I-A中所描述的那些益生元混合物中的任一种)和施用至少一种益生菌菌株，例如双歧杆菌(诸如本文所述，例如章节I-B中所描述那些益生菌菌株中的任何一种或多种)。在某些实施方案中，益生元混合物，例如HMO和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种分开施用，诸如在不同时间或在分开的组合物、制剂或剂量中施用。在特定的实施方案中，益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物，和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种一起施用，诸如同时或在相同的组合物、制剂或剂量中。
在某些实施方案中，施用非消化性碳水化合物的益生元混合物以治疗、预防、改善、降低或减少有需要的受试者的GVHD。在一些实施方案中，施用益生菌菌株和非消化性碳水化合物的混合物以治疗、预防、改善、减轻或减少有有需要的受试者的GVHD。在某些实施方案中，受试者是哺乳动物。在特定的实施方案中，受试者是人。在某些实施方案中，受试者是人类婴儿、儿童、青少年或成人。在特定的实施方案中，受试者处于或被疑似处于患有GVHD的风险中。在一些实施方案中，所述GHVD与同种异体移植相关联或伴随同种异体移植，诸如同种异体骨髓移植(BMT)或同种异体造血干细胞移植(HSCT)。
在一些实施方案中，向已进行或将进行同种异体干细胞移植的受试者施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株。在某些实施方案中，所述同种异体移植是骨髓移植(BMT)。在特定的实施方案中，所述同种异体移植是造血干细胞移植(HSCT)。在特定的实施方案中，受试者在进行同种异体干细胞移植前的12周、8周、6周、4周、3周、2周、14天、12天、10天、7天、5天、4天、3天、2天或1天内施用益生元混合物或至少一种益生菌菌株的第一剂量。在某些实施方案中，益生元混合物或至少一种益生菌菌株的第一剂量在接受同种异体干细胞移植前的12周、8周、6周、4周、3周、2周、14天、12天、10天、7天、5天、4天、3天、2天或1天内施用。
在一些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者的GVHD的方法。在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者中与GVHD相关联或伴随GVHD的疾患或疾病的方法。在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防、减轻、减少或改善有需要的受试者的与GVHD相关的一种或多种症状的严重性或存在，或与GVHD相关或伴随GVHD的疾病或疾患的方法。
在特定的实施方案中，施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株可降低或减少经历GVHD的概率或可能性。在某些实施方案中，例如，与未施用益生元混合物或至少一种益生菌的受试者相比，所述概率或可能性降低或减少至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％。在某些实施方案中，例如，与未施用益生元混合物或至少一种益生菌的受试者相比，在20年、10年、7年、5年、2年或1年内或在受试者的一生中经历GVHD的概率或可能性降低或减少。
在某些实施方案中，施用益生元混合物，例如HMO和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以减少或降低与同种异体移植(例如BMT或HSCT)或与GVHD相关的死亡率。在一些实施方案中，施用益生元混合物，例如HMO和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以增加接受同种异体移植(例如BMT或HSCT)的受试者的生存期。在特定的实施方案中，施用益生元混合物，例如HMO和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以改善或增加受试者在6个月、12个月、18个月、1年、2年、5年、10年和/或20年内或更久的生存期，与未施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株的受试者(例如接受同种异体移植(例如BMT或HSCT)的受试者)相比，生存期增加、增加约或增加至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％、100％或1倍、2倍、3倍、4倍或5倍。
在一些实施方案中，施用益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、预防、改善、降低或减少经历一种或多种症状(例如与GHVD相关或伴随GHVD的症状)的严重性、发生率或可能性。在特定的实施方案中，所述GVHD为急性GVHD。在一些实施方案中，所述GVHD是慢性GVHD。在特定的实施方案中，所述GVHD是或包括但不限于皮疹，诸如有烧灼感或瘙痒感；起泡，例如皮肤起泡；皮肤剥落；恶心；呕吐；腹部绞痛；食欲不振；腹泻；和黄疸。在一些实施方案中，所述GVHD的症状是或包括但不限于口干、口腔溃疡、进食困难、牙龈疾病、蛀牙、皮疹、瘙痒感、皮肤增厚和拉紧、黄疸、皮肤颜色改变、脱发、白发早发、毛发脱落、食欲不振、无法解释的体重减轻、恶心、呕吐、腹泻、胃痛、呼吸急促、呼吸困难、持续或慢性咳嗽、喘息、肝功能受损、腹部肿胀、肌肉无力、肌肉痉挛和关节僵硬。在特定的实施方案中，与未施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株的受试者(例如已进行或将进行同种异体移植的受试者)中所观察到的一种或多种症状相比，施用益生元混合物，例如HMO和至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种可治疗、预防、改善、减轻或减少一种或多种症状的严重性、发生率或可能性。在一些方面，症状的存在、发生率和严重性可由技术人员(例如医护人员)例行进行识别、鉴定或评分。
在某些实施方案中，所提供的方法是或包括向将进行或已进行同种异体移植，例如BMT或HSCT的受试者施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株。在某些实施方案中，益生元混合物是人乳寡糖的混合物。在特定的实施方案中，益生元混合物是浓缩的渗透物，例如从汇集的人乳(诸如本文所述的或通过本文所述的方法，例如章节I-A-(i)中所描述的方法产生的汇集的人乳)的超滤脱脂乳获得的浓缩渗透物。在某些实施方案中，益生菌混合物是或包括至少10、25、50或80种不同的人乳寡糖。在某些方面，至少一种益生菌菌株为双歧杆菌。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种。在某些实施方案中，施用人乳寡糖的益生元混合物和长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株可降低或减少经历GVHD的概率或可能性。在一些实施方案中，施用人乳寡糖的益生元混合物和长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株可降低与GVHD相关的一种或多种症状的发病率或严重性。
C.示例性方法和特征
在一些实施方案中，本文提供施用益生元(例如非消化性碳水化合物，诸如人乳寡糖的益生元混合物)和至少一种益生菌(例如双歧杆菌菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种)以治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与以下中的一种或多种相关联：炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调。在某些实施方案中，益生菌菌株能够消耗(例如水解)包含在益生元混合物中的益生元。在特定的实施方案中，益生菌菌株能够内化和消耗(例如水解)益生元混合物的益生元。在多个实施方案中，益生菌菌株能够内化和消耗(例如水解)人乳寡糖，例如益生元混合物的人乳寡糖。在特定的实施方案中，能够消耗、内化和/或水解益生元的益生菌菌株能够在体内(诸如在人肠道内)消耗、内化和/或水解所述益生元。
在某些实施方案中，所提供的方法是或包括施用益生元混合物和至少一种益生菌菌株，所述益生元混合物是或包括一种或多种人乳寡糖，所述至少一种益生菌菌株是或包括表1中列出的益生菌菌株中的任一种。在多个实施方案中，所述方法是或包括施用双歧杆菌的益生菌菌株和人乳寡糖的混合物，以治疗或预防与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调相关的疾病、病症或疾患。在某些实施方案中，所述方法是或包括施用以下益生菌菌株：短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种或长双歧杆菌长亚种。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括至少5、10、25、50、100、125或150种人乳寡糖的混合物。在一些实施方案中，益生元混合物是或包括合成的人乳寡糖。在特定的实施方案中，益生元混合物是或包括浓缩的人乳渗透物，例如本文所述的(诸如章节I-A-(i)中所描述的)浓缩的人乳渗透物。
在一些实施方案中，本文提供通过施用长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株和具有至少5、10、25、50、100种人乳寡糖的益生元混合物来治疗或预防与炎症、感染、过敏、免疫功能失调或肠道微生物组微生态失调相关的疾病、病症或疾患的方法。在某些实施方案中，益生元混合物是本文所述的(诸如章节I-A-(i)中所描述的)浓缩的人乳渗透物，例如包含至少50或100种人乳寡糖的浓缩的人乳渗透物。在某些实施方案中，所述疾病、病症或疾患是本文所述的(例如章节II-B中所描述的)任何疾病、病症或疾患中的一种或多种。
在某些实施方案中，所提供的方法是或包括施用长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株和具有至少10、25、50、100种人乳寡糖的益生元混合物。在某些实施方案中，益生元混合物是本文所述的(诸如章节I-A-(i)中所描述的)浓缩的人乳渗透物，例如包含至少50或100种人乳寡糖的浓缩的人乳渗透物。在某些实施方案中，所述疾病、病症或疾患是本文所述的(例如章节II-B中所描述的)任何疾病、病症或疾患中的一种或多种。
特定的实施方案设想益生菌菌株和益生元混合物可治疗或改善微生态失调。在某些实施方案中，设想校正或恢复患有关于微生态失调、与微生态失调相关或伴随微生态失调的疾患、疾病或病症的受试者的健康微生物组将可改善所述疾患、疾病或病症的一种或多种症状，和/或治愈所述疾患、疾病或病症或触发其缓解。在一些实施方案中，治疗或改善微生态失调包括以下中的一种或多种：增加受试者微生物组的微生物多样性(例如α多样性)、消除一种或多种病原体或致病共生菌(pathobiont)的过度生长或肠道支配、减少一种或多种病原体存在或定殖于受试者的肠道或微生物组内、增强肠道粘膜屏障或抑制GI炎症。某些实施方案设想与治疗或改善的微生态失调相关的特征可由技术人员例行评估。
在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株可在治疗方案的过程中施用，所述治疗方案可具有多于一个治疗阶段。在一些实施方案中，初始或第一治疗阶段是或包括其中一天或多天施用益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物在初始或第一治疗阶段期间与益生菌菌株在同一天施用。在某些实施方案中，一个或多个后续治疗阶段是或包括其中一天或多天施用益生元混合物但不施用益生菌菌株。在特定的实施方案中，在初始或第一治疗阶段期间具有超过10、25或50种人乳寡糖的益生元混合物，例如浓缩的人乳渗透物(诸如本文所述的或通过本文所述的方法，例如章节I-A-(i)中所描述的方法产生的浓缩的人乳渗透物)与长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株在同一天施用。在某些实施方案中，一个或多个后续治疗阶段是或包括其中一天或多天施用益生元混合物但不施用长双歧杆菌婴儿亚种。
特定的实施方案设想所提供的方法的有效性至少部分与不同组合物之间的交互作用，例如协同交互作用有关。例如，在某些方面，所提供的方法比使用替代治疗(例如替代药物、替代益生菌或替代益生元)或单独使用益生元混合物或益生菌菌株治疗所预期的更成功地在更高程度上校正或改善微生态失调和相关病症。在某些实施方案中，施用长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株和人乳寡糖的混合物比使用替代治疗(例如替代药物、替代益生菌或替代益生元)或使用单独的长双歧杆菌婴儿亚种或人乳寡糖治疗所预期的更成功地在更高程度上校正或改善微生态失调和相关病症。
某些实施方案设想益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物在体内被益生菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种选择性地消耗。在一些此类实施方案中，益生元混合物直接促进益生菌生长和扩增，同时最低限度地促进存在于宿主微生物组或肠道中的其他微生物群生长或扩增。在某些实施方案中，可调整益生元混合物的时机或剂量以影响益生菌菌株在体内的丰度。在特定的实施方案中，人寡糖的混合物直接促进长双歧杆菌婴儿亚种益生菌菌株的生长和扩增，同时最低限度地促进存在于宿主的微生物组或肠道中的其他微生物群的生长或扩增。在某些实施方案中，可调整人乳寡糖的时机或剂量以影响所述长双歧杆菌婴儿亚种益生菌菌株在体内的丰度。
在特定的方面，益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种能够产生诸如乙酸和乳酸的因子，所述因子以抑制致病菌生长且有利于有益细菌生长的方式来影响肠道环境。在一些方面，由存在于宿主微生物组内的微生物群(例如丁酸产生者)消耗这些因子可导致其他因子(例如丁酸)产生，所述产生的丁酸将进一步影响微生物组周围的环境，诸如通过促进肠表皮的健康、改善宿主免疫功能和抑制病原体分类群来影响。因此，在一些方面，益生元混合物的时机或施用。在某些方面，益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物的施用剂量和/或时机可影响、控制或定制在受试者的微生物组内产生的因子的产生。因此，在一些方面，益生元混合物(例如人乳寡糖的益生元混合物)、益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)与受试者微生物组内的微生物群之间的相互作用可将校正宿主微生物组内的微生态失调的潜力最大化。
在一些实施方案中，益生菌菌株能够消耗或代谢一些或全部的益生元混合物，例如HMO的益生元混合物，此外，例如相对于存在于微生物组中的其他细菌，益生元混合物在体内被益生菌菌株选择性地利用。因此，在一些方面，所提供的方法的优点是益生元混合物选择性地喂养益生菌菌株，因此使其他细菌对所述益生元的利用最小化，从而允许所述益生元与所述益生菌菌株之间的交互作用受到控制。例如，在某些实施方案中，益生元混合物含有人乳寡糖，所述人乳寡糖通常不存在于成人饮食中，并且因此通常不供应给成人微生物组，并且在特定的实施方案中，益生菌菌株是能够消耗HMO并且通常无法在成人微生物组中检测到的长双歧杆菌婴儿亚种。因此，在特定的方面，益生元混合物和益生菌菌株的组合大大降低无意地促进致病菌的生长导致的不良或不利影响的风险。
在一些方面，益生元混合物和益生菌菌株的组合(例如人乳寡糖和长双歧杆菌婴儿亚种的组合)通过与肠道微生物群的其他成员交互共生(例如通过产生乙酸和乳酸)而间接导致丁酸产生。在某些方面，微生物组内的丁酸产生使受试者受益。然而，为了使这种治疗的益处最大化，则丁酸产生者将必须存在于受试者的微生物组中。在某些方面，微生态失调的微生物组可能并非如此。因此，在一些方面，所述细菌疗法至少部分用来提供来自健康微生物组的丁酸产生细菌，从而使益生元/益生菌组合的益处最大化。因此，在某些方面，益生元混合物、益生菌菌株和细菌疗法全部三者的组合可改善所述方法的临床结果、一致性和安全性。
Ⅲ.治疗或预防高氨血症的组合物和方法
本文还提供可用于尤其是治疗或预防有需要的受试者的高氨血症或相关的疾患和病症的组合物、方法、药盒和制品。在一些方面，本文提供具有低氮含量的益生元混合物。在一些实施方案中，益生元混合物的一些、大部分或全部非消化性碳水化合物或寡糖缺乏或未掺入一个或多个含氮残基，例如N-乙酰基葡糖胺残基或化学基团，例如N-乙酰基。在某些方面，含有低氮的益生元混合物与本文所述的能够消耗或代谢寡糖的细菌(例如双歧杆菌，诸如长双歧杆菌婴儿亚种)益生菌菌株一起施用或另外施用。在某些实施方案中，向受试者施用至少一种细菌益生菌菌株和寡糖之一或两者以治疗、修补、补救、改善或预防高氨血症或与高氨血症相关的一种或多种症状。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株能够消耗或代谢存在于混合物中的一种或多种寡糖。
氨是剧毒的并且在代谢过程中产生。在哺乳动物中，健康肝脏通过将氨转化成无毒分子(例如尿素或谷氨酰胺)并防止过量的氨进入全身循环来保护人体免于积累过多的氨。高氨血症的特征在于排毒减少和/或氨产生增加。在健康个体中，尿素循环通过将氨酶催化地转化为尿素来去除氨的毒素，然后尿素在尿中被去除。氨解毒能力降低可能由其中尿素循环酶存在缺陷的尿素循环障碍(UCD)引起，诸如精氨琥琥珀酸尿症、精氨酸酶缺乏症、氨基甲酰磷酸合成酶缺乏症、瓜氨酸血症、N-乙酰谷氨酸合成酶缺乏症和鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症。此外，数种非UCD病症，诸如肝性脑病、门体分流和有机酸病症也会引起高氨血症。高氨血症可产生神经系统表现，例如癫痫发作、共济失调、中风样病变、昏迷、精神病、视力丧失、急性脑病、脑水肿，以及呕吐、呼吸性碱中毒、体温过低或死亡。
目前用于高氨血症和相关疾患或疾病(诸如肝性脑病和UCD)的疗法旨在减少过多的氨，但普遍被视为次优的。例如，肝性脑病与由于混乱和记忆力丧失所导致的正常认知功能受损相关联，这会使患有肝性脑病的个体极难执行重复的复杂任务，诸如准备和及时采用其治疗剂方案。因此，对罹患肝性脑病的个体而言执行需要依从性的各种任务极度困难，包括准备治疗剂(即混合溶液)和记得采用所述治疗剂。此外，目前可用的治疗，诸如乳果糖和利福昔明(Rifaximin)会有患者可能难以忍受的副作用，诸如包括但不限于腹泻、恶心、呕吐、胀气、胃痛和腹部不适。另外，乳果糖(一种传统治疗方法)对大多数个体来说是不合乎口味的。因此，肝性脑病患者对治疗方案的依从性相对较差。因此，非常需要用于与高氨血症相关的病症(包括肝性脑病)的有效、可靠和/或长期治疗。
在一些实施方案中，提供解决这些需求的组合物、方法、技术、药盒和制品。在一些方面，与已知的现有治疗相比，施用低氮益生元混合物(例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物)和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者可有效减少氨的水平，并且在特定的方面显示出氨的减少改善。在某些方面，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物可减少受试者的氨的量或水平，同时具有较少或甚至没有那些可能伴随已知的替代治疗的不良副作用。因此，本发明的组合物、方法、技术、药盒和制品提供用于高氨血症和相关疾患，诸如肝性脑病或UCD的改进的治疗。
在某些方面，氨是肠道微生物组的主要代谢产物。大部分氨的产生是由于尿素分解或氨基酸的发酵性代谢。因此，在一些方面，微生物组可被视为氨的主要来源，包括在高氨血症或相关的疾患和病症的情况下。在特定的方面，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株，例如本文所述(诸如章节I-B中所描述)的益生菌菌株可通过改变微生物组的组成和/或代谢活性来减少氨的存在、产生、量和/或累积。在一些方面，低氮益生元混合物和益生菌菌株减少微生物组产生氨。在某些方面，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种可增加微生物组内氨的消耗。在特定的方面，低氮益生元混合物和益生菌菌株可增加微生物组内氮源(诸如氨基酸，例如谷氨酰胺)的消耗。在一些情况下，低氮益生元混合物和益生菌菌株可降低谷氨酰胺的水平并因此防止谷氨酰胺分解代谢为谷氨酸和氨。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物被或能够被利用作为肠道中共生生物的碳源，而非作为氮源。在某些实施方案中，至少一部分低氮益生元混合物的寡糖或非消化性碳水化合物缺乏氮或某些含氮残基(例如N-乙酰葡糖胺残基或N-乙酰-神经胺酸残基)。在特定的方面，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物可促进消耗氨的微生物或细菌的生长或扩增。在一些方面，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物可促进消耗氮源，诸如氨基酸(例如谷氨酰胺)的微生物或细菌的生长或扩增，而没有或基本上没有产生氨。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物可减少产生氨的细菌(诸如肠杆菌科和其他具有脲酶活性的菌株)的量、水平或存在。
在特定的实施方案中，向已施用、正施用或将施用至少一种细菌益生菌菌株的受试者施用低氮益生元混合物。在一些实施方案中，低氮益生元混合物，例如缺乏氮或含有低氮的人乳寡糖的益生元混合物被或能够被利用作为至少一种细菌益生菌菌株(例如在肠道或微生物组中)的碳源，而非作为氮源。在某些实施方案中，至少一部分低氮益生元混合物的非消化性碳水化合物或寡糖缺乏氮或某些含氮残基(例如N-乙酰葡糖胺残基或N-乙酰-神经胺酸残基)。在某些方面，当向施用益生菌菌株的相同受试者施用时，低氮益生元混合物可促进益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)生长或扩增。在一些方面，这种生长伴随益生菌菌株的氮清除活性。在一些实施方案中，益生菌菌株通过利用氨作为氮源直接降低，例如肠道中的氨或氨基酸的水平，或间接地，诸如通过耗尽可用的氨基酸或替代氮源，从而增加微生物组中其他细菌对氨或氮源的利用来降低，例如肠道中的氨或氨基酸的水平。
在一些实施方案中，益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种的植入、生长或扩增可减少产生氨的细菌(例如肠杆菌科和其他具有脲酶活性的细菌物种、亚种或菌株)的数量、浓度或存在。在某些实施方案中，益生菌菌株是本文所述(诸如章节I-B中所描述)的益生菌菌株中的任何一种或多种。在某些实施方案中，益生菌菌株是或包括长双歧杆菌婴儿亚种。
在一些方面，所提供的混合物的优点是低氮益生元混合物的非消化性碳水化合物或寡糖在体内选择性促进人肠道或人微生物组中至少一种益生菌菌株的生长和扩增。在一些情况下，特定的实施方案设想至少一种益生菌菌株可消耗或内化一些环境(诸如体外测定或非人动物体内的肠道或微生物组)，而非人类肠道或微生物组中的某些寡糖。因此，在一些实施方案中，虽然许多种寡糖可促进所提供的至少一种益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种在体外生长，但所提供的低氮益生元混合物可促进其在人体内肠道中生长和扩增。
在一些实施方案中，本文提供可用于尤其是治疗或预防高氨血症或相关的疾患和病症的组合物、方法、药盒和制品。在一些方面，所提供的组合物、方法、药盒或制品是或包括低氮寡糖益生元混合物和至少一种益生细菌菌株。在一些方面，益生细菌菌株能够内化和代谢寡糖。在某些方面，寡糖含有少量氮，例如低于足以充当益生细菌的唯一氮源的量。在特定的实施方案中，向有需要的受试者施用至少一种益生菌菌株和寡糖可减少或防止，例如肠道中氨的量或水平增加。
在某些实施方案中，本文提供包含低氮寡糖益生元混合物的组合物或药盒；其中(i)益生元混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。在某些实施方案中，所述组合物或药盒进一步包含至少一种能够消耗所述混合物中每种寡糖的细菌益生菌菌株。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株能够内化所述混合物中的每种寡糖。
在一些实施方案中，本文提供包含低氮寡糖益生元混合物的组合物或药盒，其中：(i)所述混合物的每种寡糖是人寡糖(HMO)；(ii)所述混合物的每种寡糖包含两个或更少个氮原子；和(iii)所述混合物中包含一个或两个氮原子的寡糖的重量百分比低于25％、20％、10％、5％或1％。
在某些实施方案中，本文提供包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖，3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖和长双歧杆菌婴儿亚种菌株的组合物或药盒。在特定的实施方案中，本文提供包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖，以及至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株的组合物。
在一些实施方案中，所述药盒内的组合物用于制造药物，所述药物用于治疗或预防有需要的受试者的高氨血症或减少有需要的受试者的氨。
在特定的实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用本文所述的组合物或本文所述药盒的组合物中的一种或多种。在一些实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用低氮寡糖益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。在某些实施方案中，本文提供降低有需要的受试者的氨的水平或量的方法，其包括向有需要的受试者施用低氮寡糖益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。在某些实施方案中，所述方法还包括施用至少一种细菌益生菌菌株，所述细菌益生菌菌株能够消耗益生元混合物的每种寡糖。
在某些实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用(i)低氮寡糖益生元混合物，其中所述混合物中全部或基本上全部的寡糖是不掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖(HMO)，和(ii)至少一种细菌益生菌菌株，其中所述至少一种益生细菌菌株是至少一种能够消耗HMO的双歧杆菌菌株。在特定的实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用(i)低氮寡糖益生元混合物，其中所述混合物中全部或基本上全部的寡糖是不掺入N-乙酰氨基葡糖残基的人乳寡糖(HMO)，和(ii)至少一种细菌益生菌菌株，其中所述至少一种益生细菌菌株是至少一种能够内化HMO的双歧杆菌菌株。
在一些实施方案中，本文提供减少有需要的受试者的氨的方法，其包括向受试者施用(i)低氮寡糖益生元混合物，其中所述混合物中全部或基本上全部的寡糖是不掺入N-乙酰葡萄糖胺残基的人乳寡糖(HMO)，和(ii)至少一种细菌益生菌菌株，其中所述至少一种益生细菌菌株是至少一种能够内化HMO的双歧杆菌菌株。
在某些实施方案中，至少一种益生细菌菌株和低氮益生元混合物之一或两者是肠溶包衣的。
在某些实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的低氮益生元混合物和至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
在某些实施方案中，本文提供治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的低氮益生元混合物和至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
在特定的实施方案中，本文提供制品，其包含本文所述的组合物或药盒中的任一种和使用说明。在某些实施方案中，所述使用说明描述本文所述的方法的任一种。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖(HMO)。在一些实施方案中，所述混合物中全部或基本上全部的寡糖是HMO。在某些实施方案中，所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡萄糖胺残基的寡糖。在特定的实施方案中，所述混合物中不含或基本上不含掺入N-乙酰葡萄糖胺残基或N-乙酰神经氨酸残基的寡糖。在一些实施方案中，所述混合物中的含氮寡糖的重量百分比少于50％。在某些实施方案中，所述混合物中的含氮寡糖的重量百分比少于40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％。在特定的实施方案中，所述混合物不含或基本上不含包含氮的寡糖。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种不同寡糖(例如缺乏氮或含有低氮的寡糖)。在某些实施方案中，所述混合物中包含超过5个单糖残基的寡糖的重量百分比少于50％。在特定的实施方案中，所述混合物中包含5个或更多个单糖残基的寡糖的重量百分比少于40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％。在一些实施方案中，所述混合物不含或基本上不含包含氮的寡糖。在某些实施方案中，所述组合物不含或基本上不含包含5个或更多个单糖残基的寡糖。
在特定的实施方案中，益生元混合物的每种寡糖的分子量低于或低于约1,000g/mol。在一些实施方案中，所述混合物的每种寡糖的分子量低于或低于约750g/mol。
在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株是双歧杆菌菌株，任选地是短双歧杆菌、两歧双歧杆菌或长双歧杆菌。在某些实施方案中，至少一种益生菌菌株是至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖、二岩藻糖基乳糖、乳-N-四糖(LNT)和乳-N-新四糖(LNnT)中的一种或多种。在一些实施方案中，低氮益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖或6'-唾液酸基乳糖中的一种或多种。在某些实施方案中，益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物由或基本上由2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖组成。在一些实施方案中，低氮益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖或二岩藻糖基乳糖中的一种或多种。在某些实施方案中，益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。在特定的实施方案中，所述混合物的寡糖由或基本上由2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖组成。
在特定的实施方案中，包含至少一种益生菌菌株和低氮寡糖益生元混合物的培养物中氨/氮消耗的速率比包含益生菌菌株和至少50、100或150种来源于汇集的人乳或浓缩的超滤人乳渗透物的HMO的组合的细胞培养物中氨/氮消耗的速率高至少10％，并且其中所述混合物中的氮的重量百分比少于所述组合的氮的重量百分比。
在一些实施方案中，有需要的受试者患有高氨血症、处于患有高氨血症的风险中或疑似患有高氨血症。在某些实施方案中，有需要的受试者患有肝性脑病、疑似患有肝性脑病或处于患有肝性脑病的风险中。在特定的实施方案中，有需要的受试者患有尿素循环障碍、疑似患有尿素循环障碍或处于患有尿素循环障碍的风险中。
A.)低氮益生元混合物
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物几乎不含有氮或不含有氮，因此，在某些方面，其对益生菌菌株或肠道微生物组而言不是重要氮源。在一些实施方案中，低氮益生元混合物，例如，缺乏或含有低氮的人乳寡糖的低氮益生元混合物可促进益生菌菌株，例如在体内(诸如在人体肠道中)生长或扩增。在某些实施方案中，低氮益生元混合物，例如选择性地或专门地促进益生菌菌株在微生物组内定殖、扩增、延伸或增加存在。在一些实施方案中，低氮益生元混合物选择性地为益生菌菌株提供碳源，但不提供氮源。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物促进本文所述，例如表1中所描述的细菌益生菌菌株和/或双歧杆菌，诸如双歧杆菌婴儿亚种在体内，诸如人体肠道中生长或扩增。在某些实施方案中，低氮益生元混合物促进，例如选择性地或专门地促进本文所述，例如表1中所描述的细菌益生菌菌株和/或双歧杆菌，诸如双歧杆菌婴儿亚种在微生物组内定殖、植入、扩增、延伸或增加存在。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物是至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少二十种、至少五十种或至少一百种非消化性碳水化合物(例如不含氮或氮含量低的碳水化合物)的混合物。在某些实施方案中，低氮益生元混合物是至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少二十种、至少五十种或至少一百种寡糖(例如不含氮或氮含量低的寡糖)的混合物。在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种寡糖(例如不含氮或氮含量低的寡糖)，所述寡糖获自乳汁，例如人乳。在某些实施方案中，所述混合物是或包括一种或多种寡糖(例如不含氮或氮含量低的寡糖)，所述寡糖是合成的例如以化学方式或通过发酵合成的寡糖。在特定的实施方案中，所述混合物是或包括一种或多种合成的人乳寡糖。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物的寡糖或非消化性碳水化合物能够被益生菌菌株内化并代谢。在某些实施方案中，低氮益生元混合物的寡糖或非消化性碳水化合物能够被一种或多种双歧杆菌菌株、物种或亚种内化和代谢。在一些实施方案中，低氮益生元混合物的寡糖或非消化性碳水化合物能够被表1中所列的一种或多种菌株、物种或亚种内化和代谢。在某些实施方案中，所述混合物的全部或部分寡糖或非消化性碳水化合物缺乏或不掺入一个或多个含氮残基，诸如N-乙酰葡糖胺残基。在一些实施方案中，所述混合物的全部或部分寡糖或非消化性碳水化合物不掺入N-乙酰乳糖胺、乳-N-二糖或唾液酸。在某些实施方案中，所述混合物的全部或部分寡糖或非消化性碳水化合物缺乏N-乙酰基。在特定的实施方案中，所述混合物的全部或部分寡糖或非消化性碳水化合物缺乏氮。在某些实施方案中，所述混合物的全部或部分寡糖或非消化性碳水化合物(i)能够被双歧杆菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种的菌株、物种或亚种内化和代谢，并且(ii)缺乏或不掺入或含有N-乙酰氨基葡萄糖残基、N-乙酰基或氮。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种寡糖。在一些实施方案中，所述寡糖可被本文所述，例如表1中所描述的细菌益生菌菌株和/或双歧杆菌，诸如双歧杆菌婴儿亚种内化。在一些实施方案中，所述寡糖可包括一种或多种的果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、反式半乳寡糖(TOS)、葡糖寡糖、木寡糖(XOS)、壳寡糖(COS)、大豆寡糖(SOS)、异麦芽寡糖(IMOS)或其衍生物。在某些实施方案中，此类衍生物包括具有修饰的那些衍生物，所述修饰可增加至少一种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)消耗、代谢和/或内化(诸如通过运输或输入)所述寡糖的可能性或概率。此类修饰可包括但不限于岩藻糖基化或唾液酸化。在一些实施方案中，所述混合物的寡糖可包括以下中的一种或多种：FOS、GOS、TOS、葡糖寡糖、XOS、COS、SOS、IMOS或衍生物、或前述中的任一种或全部，所述寡糖能被一种或多种双歧杆菌的菌株、物种或亚种，例如长双歧杆菌婴儿亚种代谢、消耗和/或内化。在某些实施方案中，所述混合物的寡糖包括一种或多种诸如通过用水解纤维或多糖的酶处理而从以下获得或衍生的寡糖：抗性淀粉、果胶、车前子、阿拉伯半乳聚糖、葡甘露聚糖、半乳甘露聚糖、木聚糖、低聚乳果糖、乳果糖、乳糖醇和各种其他类型的树胶，诸如塔拉胶、阿拉伯胶、角豆、燕麦、竹、柑橘纤维。在一些实施方案中，通过这些方式获得的混合物的一种或多种寡糖能够被益生菌菌株，至少一种双歧杆菌菌株，诸如长双歧杆菌婴儿亚种消耗、代谢和/或内化。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种在哺乳动物乳汁中发现的寡糖。在某些实施方案中，所述哺乳动物乳寡糖来源于或发现于乳汁中，所述乳汁包括但不限于来自骆驼、山羊、奶牛、牦牛、水牛、马、驴、瘤牛、绵羊、驯鹿、长颈鹿、大象、非人灵长类动物或人的乳汁。在一些实施方案中，低氮益生元混合物的全部或一部分寡糖，例如至少25％、50％、75％、90％、95％或99％的所述寡糖是人乳寡糖，所述百分比i)按存在于所述混合物中的寡糖物种的百分比计或ii)按所述混合物中的寡糖的总重量计。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部的寡糖是人乳寡糖。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物的寡糖，例如人乳寡糖的长度在三至二十个单糖残基之间。在特定的实施方案中，所述混合物的全部或一部分寡糖长度少于二十、十八、十六、十四、十二、十、九、八、七、六、五或四个单糖残基。在特定的实施方案中，全部或一部分寡糖的长度在三至二十、三至十五、三至十、三至八、三至五或三至四个单糖残基之间(两个端值均包括在内)。在特定的实施方案中，所述混合物的全部寡糖的长度都在三至五个单糖残基之间。在某些实施方案中，全部寡糖的长度都在三至四个单糖之间。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物的寡糖，例如人乳寡糖的分子量介于或介于约300kDa至5,000kDa之间。在某些实施方案中，所述寡糖的全部或一部分(例如至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或99.9％)的分子量为、为约或小于5,000kDa、4,000kDa、3,000kDa、2,500kDa、2,000kDa、1,800kDa、1,600kDa、1,500kDa、1,400kDa、1,200kDa、1,000kDa、900kDa、800kDa、750kDa、600kDa或500kDa。在特定的实施方案中，全部或一部分寡糖的分子量为、为约或小于2,500kDa。在某些实施方案中，所述混合物的全部或一部分寡糖的分子量为、为约或小于1,500kDa。在一些实施方案中，全部或一部分寡糖的分子量为、为约或小于1,000kDa。在特定的实施方案中，全部或一部分寡糖的分子量为、为约或小于750kDa。在特定的实施方案中，全部或一部分寡糖的分子量介于或介于约300kDa至5000kDa、400kDa至1500kDa、450kDa至1000kDa或450kDa至750kDa之间。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物不会向益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)提供足够量的氮以充当益生菌菌株在体内(例如人体肠道中)的氮源。在特定的实施方案中，所述混合物的寡糖中的一种或多种缺乏N-乙酰葡糖胺残基。在一些实施方案中，全部或基本上全部的寡糖缺乏N-乙酰葡糖胺残基。在某些实施方案中，所述寡糖中的一种或多种缺乏N-乙酰基。在一些实施方案中，全部或基本上全部的寡糖缺乏N-乙酰基。在某些实施方案中，所述寡糖中的一种或多种缺乏氮。在一些实施方案中，全部或基本上全部的寡糖缺乏氮。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物的氮含量低。在一些实施方案中，所述低氮含量为每克混合物中的氮为、为约或少于0.1g、0.01g、0.001g、0.1mg、0.01mg、0.001mg、0.1ng、0.01ng、0.001ng、0.1pg、0.01pg、0.001pg、0.1fg、0.01fg或0.001fg。在某些实施方案中，所述低氮含量为每克混合物的氮含量少于0.01g。在一些实施方案中，所述低氮含量为每克混合物的氮含量少于1mg。在特定的实施方案中，所述低氮含量为每克混合物的氮含量少于1ng。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物为每克寡糖(例如人乳寡糖)包括少于0.1g、0.01g、0.001g、0.1mg、0.01mg、0.001mg、0.1ng、0.01ng、0.001ng、0.1pg、0.01pg、0.001pg、0.1fg、0.01fg或0.001fg的氮。在某些实施方案中，低氮益生元混合物为每克寡糖包括少于0.01g的氮。在一些实施方案中，低氮益生元混合物为每克寡糖包括少于25mg的氮。在一些实施方案中，低氮益生元混合物为每克寡糖包括少于5mg的氮。
在某些实施方案中，所述低氮含量的氮重量或质量或包括的氮重量或质量为、为约或少于低氮益生元混合物的总重量或质量的5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、0.01％、0.005％、0.0001％、0.00005％或0.00001％。在一些实施方案中，所述低氮含量的氮重量或质量为、为约或少于所述混合物的总重量或质量的0.05％。在特定的实施方案中，所述低氮含量的氮重量或质量为、为约或少于所述混合物的总重量或质量的0.05％。在特定的实施方案中，所述低氮含量的氮重量或质量为、为约或少于所述混合物的总重量或质量的0.01％。在一些实施方案中，所述低氮含量的氮重量或质量为、为约或少于所述混合物的总重量或质量的0.001％。
在某些实施方案中，所述低氮含量为每摩尔所述混合物中的寡糖(例如人乳寡糖)的氮含量少于50、少于25、少于10、少于9、少于8、少于7、少于6、少于5、少于4、少于3、少于2、少于1或少于0.5、0.1、0.01、0.001、0.0001或0.00001摩尔。在某些实施方案中，每摩尔所述混合物的寡糖中的氮含量少于一摩尔。在特定的实施方案中，每摩尔所述混合物的寡糖中的氮含量少于0.1摩尔。在一些实施方案中，每摩尔所述混合物的寡糖中的氮含量少于0.01摩尔。在一些实施方案中，低氮益生元混合物在每摩尔所述混合物的寡糖中所包括的氮少于50、少于25、少于10、少于9、少于8、少于7、少于6、少于5、少于4、少于3、少于2、少于1、或少于0.5、0.1、0.01、0.001、0.0001或0.00001摩尔。在某些实施方案中，低氮益生元混合物在每摩尔所述混合物的寡糖中所包括的氮少于一摩尔。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物在每摩尔所述混合物的寡糖中所包括的氮少于0.1摩尔。在一些实施方案中，低氮益生元混合物在每摩尔所述混合物的寡糖中所包括的氮少于0.01摩尔。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种寡糖(例如人乳寡糖)，所述寡糖缺乏N-乙酰葡糖胺残基、N-乙酰基或氮。在一些实施方案中，所述混合物中缺乏N-乙酰葡糖胺残基的寡糖的部分为、为约或至少为所述混合物的25％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.9％或99.99％(例如按重量计)。在某些实施方案中，所述混合物中缺乏N-乙酰基的寡糖的部分为、为约或至少为所述混合物的25％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.9％或99.99％(例如按重量计)。在特定的实施方案中，所述混合物中缺乏氮的寡糖的部分为、为约或至少为所述混合物的25％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.9％或99.99％(例如按重量计)。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种寡糖(例如人乳寡糖)，所述寡糖不含有或掺入N-乙酰葡糖胺残基、N-乙酰基或氮。在一些实施方案中，所述混合物中含有或包括N-乙酰葡糖胺残基的寡糖部分为、为约或少于所述混合物的60％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％、1％、0.1％或0.01％(例如按重量计)。在一些实施方案中，所述混合物中含有或掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖含有或掺入少于七个、六个、五个、四个、三个或两个N-乙酰氨基葡糖残基。在某些实施方案中，所述混合物中含有或掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖含有两个或更少个N-乙酰葡糖胺残基。在某些实施方案中，所述混合物中含有N-乙酰葡糖胺残基的寡糖仅含有单一N-乙酰氨基葡糖残基。
在特定的实施方案中，所述混合物中含有N-乙酰基的寡糖(例如人乳寡糖)部分为、为约或少于所述混合物的60％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％、1％、0.1％或0.01％(例如按重量计)。在一些实施方案中，所述混合物中含有N-乙酰基的寡糖含有或含有少于七个、六个、五个、四个、三个、两个或一个N-乙酰基。在某些实施方案中，所述混合物中含有N-乙酰基的寡糖含有两个或更少个N-乙酰基。在某些实施方案中，所述混合物中含有N-乙酰基的寡糖含有单一N-乙酰基。
在某些实施方案中，所述混合物中含有氮的寡糖(例如人乳寡糖)部分为、为约或少于所述混合物的60％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％、1％、0.1％或0.01％(例如按重量计)。在一些实施方案中，所述混合物中含有氮的寡糖含有或含有少于七个、六个、五个、四个、三个、两个或一个氮原子。在某些实施方案中，所述混合物中含有氮的寡糖含有两个或更少个氮原子。在某些实施方案中，所述混合物中含有氮的寡糖含有单一氮原子。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物，例如不具有氮或低氮的非消化性碳水化合物(诸如人乳寡糖)的低氮益生元混合物不含或基本上不含N-乙酰葡糖胺残基。在某些实施方案中，低氮益生元混合物不含或基本上不含N-乙酰基。在某些实施方案中，低氮益生元混合物(例如HMO)不含或基本上不含氮。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部的寡糖缺乏N-乙酰葡糖胺残基。在某些实施方案中，全部或基本上全部的寡糖缺乏N-乙酰基。在某些实施方案中，全部或基本上全部的寡糖缺乏氮。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部的寡糖是缺乏N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部的寡糖是缺乏N-乙酰基的人乳寡糖。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部的寡糖是缺乏氮的人乳寡糖。
在某些实施方案中，所述混合物的全部或一部分非消化性碳水化合物或寡糖是人乳寡糖或其衍生物。在某些实施方案中，人乳寡糖衍生物是或包括已经过修饰以去除氮或含氮基团(例如N-乙酰基)的人乳寡糖。在某些实施方案中，所述混合物的全部或一部分寡糖或非消化性碳水化合物是人乳寡糖或其衍生物，所述寡糖或其衍生物，例如每一个分子含有不超过20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个氮原子。在特定的实施方案中，所述混合物的全部寡糖或非消化性碳水化合物是含有不超过5个氮原子的人乳寡糖或其衍生物。在一些实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是具有不超过2个氮原子的人乳寡糖或其衍生物。在一些实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是具有一个或没有氮原子的人乳寡糖或其衍生物。在特定的实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是缺乏氮的人乳寡糖。
在一些实施方案中，所述混合物的全部或一部分寡糖所具有的氮的摩尔百分比少于20％、15％、10％、5％、2.5％、1％、0.1％或0.01％。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部寡糖所具有的氮的摩尔百分比少于20％、15％、10％、5％、2.5％、1％、0.1％或0.01％。在某些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部寡糖所具有的氮的摩尔百分比少于5％。在一些实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部寡糖所具有的氮的摩尔百分比少于2.5％。在特定的实施方案中，所述混合物的全部或基本上全部寡糖所具有的氮的摩尔百分比少于1％。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物所具有的氮的摩尔百分比少于20％、10％、5％、2.5％、1％、0.1％、0.01％或0.0001％。在一些实施方案中，低氮益生元混合物所具有的氮的摩尔百分比少于2.5％。在某些实施方案中，低氮益生元混合物所具有的氮的摩尔百分比少于1％。在某些实施方案中，低氮益生元混合物所具有的氮的摩尔百分比少于0.1％。
在某些实施方案中，所述混合物的全部或一部分非消化性碳水化合物或寡糖是人乳寡糖或其衍生物，所述人乳寡糖或其衍生物具有不超过20个、不超过10个、不超过8个、不超过6个、不超过5个、不超过4个或不超过3个单糖残基。在特定的实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是具有不超过五个单糖残基的人乳寡糖或其衍生物。在一些实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是具有不超过四个单糖残基的人乳寡糖或其衍生物。在一些实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是具有三至五个单糖残基的人乳寡糖或其衍生物。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种含有两个或更少个氮原子的人乳寡糖。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物是或包括一种或多种具有三至五个单糖残基的人乳寡糖糖。在一些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是含有零至两个氮原子的人乳寡糖。在一些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是含有零至一个氮原子的人乳寡糖。在某些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是含有三至五个单糖残基的人乳寡糖。在特定的实施方案中，所述混合物的全部非消化性碳水化合物或寡糖是含有零至两个氮原子和三至五个单糖残基的人乳寡糖。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、6'-唾液酸基-N-乙酰乳糖胺(6'-SLN)、二岩藻糖基乳-N-六糖(DFLNH(a))、二岩藻糖基-乳-N-六糖b(DFLNH(b))、二岩藻糖基乳糖(DFL)、二唾液酸基乳-N-四糖(DSLNT)、岩藻糖基-对-乳-N-六糖(FpLNH)、乳二岩藻糖基四糖(LDFT)、乳-N-二岩藻糖基六糖I(LNDFHI)、乳-N-二岩藻糖基六糖II(LNDFH II)、乳-N-岩藻糖基五糖I(LNFP I)、乳-N-岩藻糖基五糖II(LNFP II)、乳-N-岩藻糖基五糖III(LNFP III)、乳-N-岩藻糖基五糖V(LNFP V)、乳-N-六糖(LNH)、乳-N-新六糖(LNnH)、乳-N-新四糖(LNnT)、乳-N-四糖(LNT)、岩藻糖基-乳-N-六糖(FLNH)、LS-四糖a(LST a)、LS-四糖b(LST b)、LS-四糖c(LST c)、单岩藻糖基乳-N-六糖III(MFLNH-III)、唾液酸基-3-岩藻糖基乳糖(3'-S,3'-FL)、唾液酸基-N-乙酰乳糖胺(3'-SLN)或三岩藻糖基乳-N-六糖(TFLNH)。
在一些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是或选自以下：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、6'-唾液酸基-N-乙酰乳糖胺(6'-SLN)、二岩藻糖基乳-N-六糖(DFLNH(a))、二岩藻糖基乳-N-六糖b(DFLNH(b))、二岩藻糖基乳糖(DFL)、二唾液酸基乳-N-四糖(DSLNT)、岩藻糖基-对-乳-N-六糖(FpLNH)、乳二岩藻糖基四糖(LDFT)、乳-N-二岩藻糖基六糖I(LNDFH I)、乳-N-二岩藻糖基六糖II(LNDFH II)、乳-N-岩藻糖基五糖I(LNFP I)、乳-N-岩藻糖基五糖II(LNFP II)、乳-N-岩藻糖基五糖III(LNFP III)、乳-N-岩藻糖基五糖V(LNFP V)、乳-N-六糖(LNH)、乳-N-新六糖(LNnH)、乳-N-新四糖(LNnT)、乳-N-四糖(LNT)、岩藻糖基-乳-N-六糖(FLNH)、LS-四糖a(LST a)、LS-四糖b(LST b)、LS-四糖c(LST c)、单岩藻糖基乳-N-六糖III(MFLNH-III)、唾液酸基-3-岩藻糖基乳糖(3'-S,3'-FL)、唾液酸基-N-乙酰乳糖胺(3'-SLN)或三岩藻糖基乳-N-六糖(TFLNH)。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、乳-N-新四糖(LNnT)。在一些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖是2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)和乳-N-新四糖(LNnT)。在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、乳-N-四糖(LNT)。在特定的实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是或选自以下：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、乳-N-四糖(LNT)。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、二岩藻糖基乳糖，乳-N-四糖(LNT)或乳-N-新四糖(LNnT)。在特定的实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是或选自以下：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、二岩藻糖基乳糖、乳-N-四糖(LNT)和乳-N-新四糖(LNnT)。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、LS-四糖a(LST a)、LS-四糖b(LST b)或LS-四糖c(LST c)。在某些实施方案中，所述混合物的非消化性碳水化合物或寡糖全部是或选自以下：2'-岩藻糖基乳糖(2'-FL)、3-岩藻糖基乳糖(3'-FL)、3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)、6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)、LS-四糖a(LST a)、LS-四糖b(LST b)和LS-四糖c(LST c)。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖或6'-唾液酸基乳糖。在某些实施方案中，所述混合物的全部寡糖选自2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物是或包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖或二岩藻糖基乳糖中的一种或多种。在某些实施方案中，所述混合物的全部寡糖选自2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖或二岩藻糖基乳糖。
在某些实施方案中，低氮益生元混合物是，例如基本上由2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖组成的混合物。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物是，例如基本上由2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖组成的混合物。
B.)可用于治疗高氨血症的益生菌菌株
在特定的实施方案中，益生菌菌株是本文所述(诸如章节I-B中所描述)的益生菌菌株。在某些实施方案中，可用于治疗高氨血症或相关病症或疾患的益生菌菌株是或包括本文所述(诸如章节I-B中所描述)的任何益生菌菌株。在一些实施方案中，长双歧杆菌婴儿亚种和低氮益生元混合物可用于治疗或预防有需要的受试者的高氨血症。
C.)示例性组合物、药盒和制品
在一些实施方案中，所提供的组合物、药盒或制品包括低氮益生元混合物，例如如本文所述(诸如章节III-A中所描述)的低氮益生元混合物。在一些实施方案中，所述低氮含量可能至少部分由于(i)含有氮或含有氮原子的官能团或单糖残基的寡糖的比例低，例如少于50％、25％、10％或1％(按重量或数目计)，(ii)寡糖的尺寸相对较小，例如使得所述混合物仅包含具有五个或更少个单糖残基的寡糖，(iii)所述混合物的寡糖内的氮原子对所述寡糖的总数的摩尔比低，例如每摩尔总寡糖的氮低于1、0.1或0.01摩尔，或(iv)前述的任一或所有组合。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物不含或基本上不含含有氮的寡糖。在某些实施方案中，低氮益生元混合物是或包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的混合物。在某些实施方案中，所述组合物是或包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的混合物。在某些方面，低氮益生元混合物可被配制为药物组合物或营养组合物。
在某些实施方案中，本文提供包括低氮益生元混合物的药盒。在一些实施方案中，所述药盒包括本文所述(例如章节III-A中所描述)的低氮益生元混合物。在某些实施方案中，所述药盒包括不含氮或氮含量低的人乳寡糖。在一些实施方案中，所述药盒包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的混合物。在特定的实施方案中，所述药盒包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的混合物。
在一些实施方案中，所提供的组合物是或包括本文所述(例如章节III-A中所描述)的低氮益生元混合物和至少一种本文所述(例如章节I-B或III-B中所描述)的细菌益生菌菌株。在一些实施方案中，益生菌菌株包括至少一种能够消耗或代谢人乳寡糖的双歧杆菌的菌株、物种或亚种，例如长双歧杆菌婴儿亚种。益生菌菌株可被配制为药物组合物或营养组合物。
在特定的实施方案中，本文提供药盒，所述药盒包括低氮益生元混合物和至少一种益生细菌菌株。在一些实施方案中，所述药盒包括本文所述(例如章节III-A中所描述)的低氮益生元混合物和本文所述(例如章节I-B或III-B中所描述)的益生菌菌株。在一些实施方案中，益生菌菌株和低氮益生元混合物一起包含或配制在同一组合物内。在特定的实施方案中，至少一种益生菌菌株和低氮益生元混合物是分开的，例如已配制或制备成分开的组合物，使得例如所述混合物和益生菌菌株可分开施用于受试者，例如在不同的时间或天数。在一些实施方案中，所述药盒包括至少一种能够内化具有低氮含量的HMO和HMO的混合物的双歧杆菌属的菌株、物种或亚种。在特定的实施方案中，所述药盒包括至少一种长双歧杆菌婴儿亚种菌株和2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的混合物。在某些实施方案中，所述药盒包括至少一种长双歧杆菌婴儿亚种的菌株和2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的混合物。
在一些实施方案中，本文所述的组合物或药盒包括在制品中。在某些实施方案中，所述制品包括标记或使用说明以用于向，例如熟练的医师和/或受试者或患者提供用于施用低氮益生元混合物(例如不含氮或氮含量低的人乳寡糖的低氮益生元混合物)和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)的使用说明。在一些实施方案中，所述标记或使用说明提供用于执行本文所述(例如章节III-D中所描述)的任何方法的使用说明。
D.)用于治疗高氨血症的方法
在一些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者的高氨血症的方法。在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防或改善有需要的受试者中与高氨血症相关或伴随高氨血症的疾患或疾病的方法。在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防、减轻、减少或改善有需要的受试者中与高氨血症相关的一种或多种症状的严重性或存在，或与高氨血症相关或伴随高氨血症的疾病或疾患的方法。在特定的实施方案中，本文提供用于减少或降低有需要的受试者的氨的方法。
在某些实施方案中，所述方法是或包括向受试者施用低氮益生元混合物，例如不含氮或氮含量低的人乳寡糖的低氮益生元混合物。在特定的实施方案中，所述方法包括施用低氮益生元混合物(诸如任何本文所述，例如章节III-A中所描述的那些低氮益生元混合物)。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物可实现共生菌在体内，例如受试者的微生物组内生长或扩增。在特定的实施方案中，所述混合物的寡糖选择性地或专门充当共生菌的碳或能量来源，所述共生菌消耗氨或消耗其他氮源(诸如氨基酸)，而不会产生或基本上不会产生氨。
在某些实施方案中，向受试者，例如患有或疑似患有高氨血症的受试者施用益生元混合物(例如具有低氮含量的人乳寡糖的益生元混合物)。在特定的实施方案中，所述混合物的寡糖不会向受试者的微生物组提供足够的氮源。
在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物(例如不含氮或氮含量低的人乳寡糖的益生元混合物)可降低或减少受试者的血浆氨水平。在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、预防、改善、减轻或减少经历一种或多种症状(例如与高氨血症相关或伴随高氨血症的症状)的严重性、发生率或可能性。在一些实施方案中，施用寡糖(例如HMO)的混合物以减少或降低与高氨血症相关的死亡率。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物以增加受试者(例如患有高氨血症、UCD或肝性脑病的受试者)的生存期。
在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物(例如不含氮或氮含量低的人乳寡糖的低氮益生元混合物)可降低或减少存在于微生物组中的产生或能够产生氨的细菌的水平、量、活性(例如氨产生或脲酶活性)或数目。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物可增加微生物组中清除、利用、代谢、吸收、消耗和/或耗尽氨的细菌的水平、量、活性或数目。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物可增加、促进、升高或加速微生物组的活性以清除、利用、代谢、吸收、消耗和/或耗尽氨。
在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物以治疗、预防、改善、降低或减少与高氨血症相关或伴随高氨血症的疾病或病症的一种或多种症状的严重性。
在一些实施方案中，所述方法是或包括施用低氮益生元混合物(例如不含氮或氮含量低的人乳寡糖的益生元混合物)和本文所述(诸如章节IB或III-B中所描述的益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种)。在一些实施方案中，所述方法包括施用低氮益生元混合物(诸如任何本文所述，例如章节III-A中所描述的那些低氮益生元混合物)和施用益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)。在某些实施方案中，低氮益生元混合物和益生菌菌株分开施用，诸如在不同时间或以分开的组合物、制剂或剂量施用。在特定的实施方案中，低氮益生元混合物和益生菌菌株一起施用，诸如同时或以相同的组合物、制剂或剂量施用。
在一些实施方案中，低氮益生元混合物和益生菌菌株协同施用。在特定的实施方案中，当低氮益生元混合物在未施用任何益生菌菌株的情况下施用时，未观察到或无法检测到益生菌菌株的生长或扩增。在某些实施方案中，当益生菌菌株在未施用任何低氮益生元混合物的情况下施用时，未观察到或无法检测到益生菌菌株的生长或扩增。在某些实施方案中，与基于当单独施用至少一种益生菌或混合物时所观察到的降低所预期的程度相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株可较大程度地降低受试者的氨水平或量。
在特定的实施方案中，低氮益生元混合物并未向益生菌菌株(例如在体内，诸如在人微生物组或肠道中)提供足够的氮源。在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)导致益生菌菌株在体内(诸如在人体肠道中)生长或扩增。在一些实施方案中，益生菌菌株在体内生长或扩增可降低，例如人体肠道或微生物组中氨的量或浓度。在某些方面，益生菌菌株利用氨作为氮源。在特定的实施方案中，益生菌菌株利用替代氨的可用氮源，诸如氨基酸，从而减少其他细菌的可用氮源，并且在某些实施方案中，增加存在于肠道或微生物组中的其他细菌对氨的消耗。
在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物以治疗、预防、改善、降低或减少有需要的受试者的高氨血症。在一些实施方案中，施用益生菌菌株和低氮益生元混合物以治疗、预防、改善、降低或减少有需要的受试者的高氨血症。在某些实施方案中，受试者是哺乳动物。在特定的实施方案中，受试者是人。在某些实施方案中，受试者是人类婴儿、儿童、青少年或成人。在特定的实施方案中，受试者是患有、疑似患有高氨血症或处于患有高氨血症风险中的人。在一些实施方案中，高氨血症由排毒减少和/或氨产生增加引起、与排毒减少和/或氨产生增加相关联或伴随排毒减少和/或氨产生增加。
在一些实施方案中，所述方法是或包括向受试者，例如有需要的受试者(诸如患有或疑似患有高氨血症或相关疾患或病症的受试者)施用低氮益生元混合物以扩增或保持受试者的肠道或微生物组中的益生菌菌株的量、生长或存在。在一些实施方案中，已向受试者施用益生菌菌株。在一些实施方案中，向或将向受试者施用益生菌菌株。在某些实施方案中，益生菌菌株对受试者的微生物组而言是外源的，例如在初次施用益生菌菌株之前，益生菌菌株不存在于受试者的肠道或微生物组中。
在一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或处于患有肝性脑病的风险中。在一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或处于患有下列疾病的风险中：甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、酒精相关性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、自身免疫性肝炎、胆管疾病(例如原发性胆汁性硬化(PBC)或原发性硬化性胆管炎(PSC))、代谢疾病(诸如血色素沉着病或威尔逊病(Wilson disease)和α-1抗胰蛋白酶缺乏症)。在某些实施方案中，受试者患有或处于患有与以下中的一种或多种疾病相关或伴随其的高氨血症或肝性脑病的风险中：乙型肝炎、丙型肝炎、酒精相关性肝病、NAFLD、NASH、自身免疫性肝炎、胆管疾病(例如PBC或PSC)或代谢疾病(例如血色素沉着病或威尔逊病和α-1抗胰蛋白酶缺乏症)。
在一些实施方案中，受试者患有或处于患有与氨的排毒减少相关或由氨的排毒减少所引起或伴随氨的排毒减少的高氨血症的风险中。在一些实施方案中，排毒减少由尿素循环障碍(UCD)引起或伴随尿素循环障碍(UCD)或与尿素循环障碍(UCD)相关联。在某些实施方案中，排毒减少由肝脏活性降低引起或伴随肝脏活性降低或与肝脏活性降低相关联，诸如与肝脏旁路术(例如开放性肝管)；和/或谷氨酰胺合成酶不足相关联。在一些实施方案中，高氨血症与肝脏病症相关联或由肝脏病症引起或伴随肝脏病症，所述肝脏病症是诸如肝性脑病、急性肝衰竭或慢性肝衰竭。在一些实施方案中，高氨血症与诸如亨廷顿病(Huntington's Disease)的神经退行性病症相关联或由其引起或伴随。
在特定的实施方案中，受试者患有UCD、处于患有UCD的风险中或疑似患有UCD。在一些方面，用于患有UCD的受试者的当前治疗需要实质改进的饮食，所述饮食由必须仔细监测的蛋白质限制组成。用于患有UCD的受试者的治疗可能需要补充氨清除药物(诸如苯丁酸钠、苯甲酸钠和苯丁酸甘油酯)，所述氨清除药物在某些情况下必须每天施用三至四次。这些药物的副作用包括恶心、呕吐、烦躁、食欲不振和厌食。在儿童中，食物和药物的递送可能需要通过外科手术在胃中植入胃造口管，或手动将鼻胃管通过鼻子插入胃中。当这些治疗选项无效，则可能需要进行肝脏移植。
在一些实施方案中，向受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种之一或两者，而无需限制或减少蛋白质的饮食。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种之一或两者可减少未接受限制饮食(例如具有限制或减少蛋白质的饮食)的受试者的氨，例如血浆氨水平。
在某些实施方案中，UCD是精氨琥珀酸尿症、精氨酸酶缺乏症、氨基甲酰磷酸合成酶缺乏症、瓜氨酸血症、N-乙酰谷氨酸合成酶缺乏症或鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物以治疗、预防、改善、减轻或减少患有或疑似患有UCD的受试者的高氨血症。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物以降低患有或疑似患有UCD的受试者的氨水平，例如血浆氨水平和/或存在于肠道中的氨。在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、预防、改善、减轻或减少患有或疑似患有UCD的受试者的高氨血症。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以降低患有或疑似患有UCD的受试者的氨水平，例如血浆氨水平和/或存在于肠道中的氨。
在一些实施方案中，向具有或疑似具有增加的氨产生的受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，所述增加的氨产生由感染、药物或医疗的作用、神经源性膀胱或肠道细菌过度生长引起或与之相关联或伴随。
在一些实施方案中，受试者患有或疑似患有与高氨血症相关的疾病、病症或疾患。在一些实施方案中，所述疾病、病症或疾患是肝脏疾病，诸如肝性脑病、急性肝功能衰竭或慢性肝功能衰竭；有机酸病症；异戊酸尿症；3-甲基巴豆酰甘氨酸尿症；甲基丙二酸血症；丙酸尿症；脂肪酸氧化缺陷；肉碱循环缺陷；肉碱缺乏症；β-氧化缺乏症；赖氨酸尿酸蛋白不耐受；吡咯啉-5-羧酸酯合成酶缺乏症；丙酮酸羧化酶缺乏症；鸟氨酸氨基转移酶缺乏症；碳酸酐酶缺乏症；高胰岛素血症-高氨血症综合征；线粒体疾病；丙戊酸盐疗法；天冬酰胺酶疗法；全胃肠外营养；使用含甘氨酸溶液的膀胱镜检查；肺/骨髓移植后；门体分流；尿路感染；输尿管扩张；多发性骨髓瘤；或化疗。
在一些实施方案中，高氨血症的诊断信号是血浆氨浓度至少或至少约50pmol/L、80pmol/L、150pmol/L、180pmol/L或200pmol/L。在一些方面，健康受试者(例如未患有或未疑似患有高氨血症的人受试者)的血浆氨浓度低于或低于约50pmol/L。在特定的实施方案中，向血浆氨水平为、为约或高于50pmol/L的受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种之一或两者。在一些实施方案中，向血浆氨水平为、为约或高于50pmol/L的受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在特定的实施方案中，向受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种之一或两者以将血浆浓度降至低于或低于约50pmol/L。在某些实施方案中，向受试者施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以将血浆浓度降至低于或低于约50pmol/L。
在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物和一种或多种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者可降低或减少受试者的血浆氨浓度。在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种可降低或减少受试者的血浆氨浓度。在某些实施方案中，所述血浆氨水平降低或减少、降低或减少约或降低或减少至少1pmol/L、5pmol/L、10pmol/L、20pmol/L、30pmol/L、40pmol/L、50pmol/L、100pmol/L或至少200pmol/L。
在一些实施方案中，与未经治疗或对照组受试者相比，施用所提供的低氮益生元混合物和一种或多种细菌益生菌菌株之一或两者可将受试者的氨水平降低至少或至少约10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多。在一些实施方案中，通过比较受试者在施用药物组合物之前和之后的氨水平来测量降低程度。在一些实施方案中，治疗或缓解高氨血症的方法可使所述疾患或病症的一种或多种症状改善至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种之一或两者可降低或减少受试者的血浆氨浓度。
在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种以治疗、预防、改善、降低或减少经历一种或多种症状的严重程度、发生率或可能性，所述症状与，例如高氨血症、UCD或肝性脑病相关联或伴随。在特定的实施方案中，所述症状是或包括困惑、注意力下降、记忆力减退、情绪波动、性格改变、行为不当、难以完成简单的思维作业(例如简单或基本算术)、睡眠模式改变、精细运动技能受损(例如写作困难)、言语含糊、困惑、焦虑、失去方向感(例如关于时间和地点)、摇晃手臂或手(拍打)或语言受损。在某些实施方案中，所述症状包括严重症状，诸如无反应性或昏迷。在特定的实施方案中，与未施用低氮益生元混合物和/或益生菌菌株的受试者(例如患有高氨血症、UCD或肝性脑病的受试者)中所观察到的一种或多种症状相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可治疗、预防、改善、降低或减少一种或多种症状的严重性、发生或可能性。在某些实施方案中，与施用前在受试者中所观察到的相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可治疗、防止、改善、降低或减少一种或多种症状的严重性、发生率或可能性。在一些方面，症状的存在、发生和严重性可由技术人员(例如医护人员)例行进行识别、鉴定或评分。
在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)以减少或降低与高氨血症、UCD或肝性脑病相关的死亡率。在一些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)以增加受试者(例如患有高氨血症、UCD或肝性脑病的受试者)的生存期。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可使受试者在6个月、12个月、18个月、1年、2年、3年、4年或5年内的生存期比未施用低氮益生元混合物和/或益生菌菌株的受试者(例如患有高氨血症、UCD或肝性脑病的受试者)改善或增加、改善或增加约或改善或增加至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％、100％或1倍、2倍、3倍、4倍或5倍。
在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和细菌益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可减少微生物组中产生或能够产生氨的细菌的水平、量或数目。在特定的实施方案中，益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)在肠道或微生物组中生长可减少产生氨的细菌(诸如肠杆菌科和其他具有脲酶活性的菌株)的量、水平、活性或存在。在某些实施方案中，例如与施用前相比或与未施用益生菌菌株和/或寡糖混合物的受试者相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可将肠杆菌科细菌的量、水平、活性或存在减少、减少约或减少至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％或100％。在特定的实施方案中，例如与施用前相比或与未施用益生菌菌株和/或寡糖混合物的受试者相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可将尿素酶活性或氨产生的量、水平或存在减少、减少约或减少至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％、95％或100％。
在某些实施方案中，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者的受试者比施用乳果糖或利福昔明的受试者经历较少的副作用或经历较不严重的副作用。在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物之一或两者和低氮益生元混合物和益生菌菌株之一或两者的受试者不会经历以下中的一种或多种：腹泻、恶心、呕吐、胀气、胃痛或腹部不适。在特定的实施方案中，例如与施用乳果糖或利福昔明的受试者相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者的受试者经历腹泻、恶心、呕吐、胀气、胃痛或腹部不适的发作的频率较低或较不严重。
在一些实施方案中，相对于施用替代治疗(例如乳果糖或利福昔明)的受试者，向受试者(例如患有、疑似患有或处于患有高氨血症或相关疾患的风险中的受试者)施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者可使受试者经历的感染较少或感染较不严重。在特定的实施方案中，相对于施用替代治疗(例如乳果糖或利福昔明)的受试者，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者的受试者的微生物组中的微生物的多样性增加。在一些实施方案中，与施用替代治疗(例如乳果糖或利福昔明)的受试者相比，施用低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)之一或两者的受试者具有增加或改善的屏障功能，例如肠道屏障功能。特定的实施方案设想所述屏障功能可由本领域的技术人员，诸如但不限于卫生保健提供者例行进行评估。在一些方面，微生物组的微生物多样性改善或屏障功能增加或改善可降低与高氨血症和其他肝脏病症相关的感染的发病率、频率或严重性。
在一些实施方案中，与存在于人乳中的HMO相比，低氮益生元混合物的氮含量低。含有存在于人乳(例如浓缩的人乳渗透物)中的HMO的组合物是已知的并且已描述于，例如美国专利号8,927,027和PCT申请号WO 2018053535中，所述专利以引用的方式并入。在一些方面，所述混合物的低氮含量(例如相对于在人乳中发现的HMO)有助于减少肠道或微生物组内产生的氨。在特定的实施方案中，例如与施用前或与施用益生菌菌株和人乳中发现的HMO相比，施用益生菌菌株(例如长双歧杆减少菌婴儿亚种)和低氮益生元混合物可导致肠道或微生物组内氨的产生减少至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。在某些实施方案中，例如与施用前或与施用益生菌菌株和人乳中发现的HMO相比，施用益生菌菌株(例如长双歧杆减少菌婴儿亚种)和低氮益生元混合物可导致氨的产生率至少降低，或至少降低约5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。
在某些方面，微生物组中氨的产生可例行在细胞培养中建模，例如诸如Jacobson等人Cell Host and Microbe(2018)；24(2):296-307；Sorbara等人,Journal ofExperimental Medicine(2018)；DOI:10.1084/jem.20181639)中所描述的体外细胞培养模型。在一些实施方案中，所述细胞培养在模拟全部或一部分人胃肠道的生物反应器中进行。在一些实施方案中，所述细胞培养物含有来自健康受试者的微生物组样品的细菌。在某些实施方案中，所述细胞培养物含有来自患有高氨血症、UCD或肝性脑病的受试者的微生物组样品。在某些实施方案中，与存有益生菌菌株和人乳中发现的HMO相比，此类培养物中存有一种或多种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)和低氮益生元混合物伴随着较少的氨产生或降低的氨产生率。在特定的实施方案中，与存有益生菌菌株和人乳中发现的HMO的相比，此类培养物中存有一种或多种益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)和低氮益生元混合物显示出氨的产生减少至少或至少约5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。在一些实施方案中，此类培养物中存有益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)和低氮益生元混合物显示出氨的产生率降低至少或至少约5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％。
在特定的实施方案中，施用所提供的低氮益生元混合物和细菌益生菌菌株(可增加微生物组中可清除、利用、代谢、吸收、消耗和/或耗尽氨的细菌的水平、量或数目。在一些实施方案中，施用所提供的低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)可增加、促进、升高或加速微生物组清除、利用、代谢、吸收、消耗和/或耗尽氨的活性。
在特定的实施方案中，施用低氮益生元混合物和细菌益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)以治疗、预防、改善、降低或减少与高氨血症相关或伴随着高氨血症的疾病或病症的一种或多种症状的严重性。在一些实施方案中，所述病症是尿素循环障碍，诸如精氨琥珀酸尿症、精氨酸酶缺乏症、氨基甲酰磷酸合成酶缺乏症、瓜氨酸血症、N-乙酰谷氨酸合成酶缺乏症和鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症。在替代的实施方案中，所述病症是肝脏病症，诸如肝性脑病、急性肝衰竭或慢性肝衰竭；有机酸病症；异戊酸尿症；3-甲基巴豆酰甘氨酸尿症；甲基丙二酸血症；丙酸尿症；脂肪酸氧化缺陷；肉碱循环缺陷；肉碱缺乏症；β-氧化缺乏症；赖氨酸尿酸蛋白不耐受；吡咯啉-5-羧酸酯合成酶缺乏症；丙酮酸羧化酶缺乏症；鸟氨酸氨基转移酶缺乏症；碳酸酐酶缺乏症；高胰岛素血症-高氨血症综合征；线粒体疾病；丙戊酸盐疗法；天冬酰胺酶疗法；全胃肠外营养；使用含甘氨酸溶液的膀胱镜检查；肺/骨髓移植后；门体分流；尿路感染；输尿管扩张；多发性骨髓瘤；化疗；感染；神经源性膀胱；或肠道细菌过度生长。在一些实施方案中，所述症状可包括但不限于癫痫、共济失调、中风样病变、昏迷、精神病、视力丧失、急性脑病、脑水肿、呕吐、呼吸性碱中毒和体温过低。
在一些实施方案中，在施用所提供的寡糖和益生菌菌株之前、期间和之后可在生物样品，诸如血液、血清、血浆、尿液、粪便、腹膜液、肠粘膜刮屑、从组织收集的样本和/或从以下中的一种或多种的内容物收集的样本中测量受试者的氨水平：胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠和肛管。在一些实施方案中，所述方法可包括施用本发明的组合物以将受试者的氨水平降低至无法检测的浓度或降低至低于受试者治疗之前的氨浓度的约1％、2％、5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、75％或80％。
在某些实施方案中，当在与寡糖混合物相同的治疗方案中施用时，益生菌菌株在微生物组内生长、扩增或建立，而无需事先治疗或施用抗生素。
在一些实施方案中，将低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)一起施用于受试者。在某些实施方案中，将所述混合物和益生菌菌株一起一次施用于受试者。在特定的实施方案中，将所述混合物和益生菌菌株一起多次施用于受试者。在一些实施方案中，所述混合物和益生菌菌株每月施用一次、两次、三次、四次、五次或五次以上；每周施用一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次或七次以上；或者每天施用一次、两次或两次以上。在一些实施方案中，所述混合物和益生菌菌株在持续、持续约或持续至少一周、两周、三周、四周、五周、十周、一个月、两个月、三个月、六个月、十二个月、十八个月、一年、两年、三年、四年、五年或五年以上的方案期间多次施用。
在特定的实施方案中，将低氮益生元混合物和益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)分别施用于受试者。在某些实施方案中，在同一治疗方案期间，益生菌菌株和低氮益生元混合物(例如长双歧杆菌婴儿亚种)一起和分开施用。例如，在一些实施方案中，首先将益生菌菌株和低氮益生元混合物一起施用，然后分开施用益生菌菌株和所述混合物之一或两者。在一些情况下，在治疗方案期间，首先将益生菌菌株与低氮益生元混合物一起施用，并且随后在所述方案中，在不存在益生菌菌株的情况下施用所述混合物。
在一些实施方案中，向受试者施用一次益生菌菌株(例如长双歧杆菌婴儿亚种)。在特定的实施方案中，向受试者施用益生菌菌株多次。在一些实施方案中，益生菌菌株每月施用一次、两次、三次、四次、五次或五次以上；每周施用一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次或七次以上；或者每天施用一次、两次或两次以上。在一些实施方案中，益生元混合物和益生菌菌株在持续、持续约或持续至少一周、两周、三周、四周、五周、十周、一个月、两个月、三个月、六个月、十二个月、十八个月、一年、两年、三年、四年、五年或五年以上的方案期间多次施用。
在某些实施方案中，向受试者施用一次低氮益生元混合物。在特定的实施方案中，向受试者施用多次低氮益生元混合物。在一些实施方案中，低氮益生元混合物每月施用一次、两次、三次、四次、五次或五次以上；每周施用一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次或七次以上；或每天施用一次、两次或两次以上。在一些实施方案中，低氮益生元混合物在持续、持续约或持续至少一周、两周、三周、四周、五周、十周、一个月、两个月、三个月、六个月、十二个月、十八个月、一年、两年、三年、四年、五年或五年以上的方案期间多次施用。
在某些实施方案中，本文提供用于治疗、预防、消除、改善、减少或减轻有需要的受试者的高氨血症的方法，所述方法通过施用本文所述(诸如章节III-A中所描述)的低氮益生元混合物和至少一种本文所述(诸如章节I-B中所描述)的益生细菌菌株进行。在一些实施方案中，本文提供用于治疗、预防、消除、改善、减少或减轻有需要的受试者的与高氨血症相关、伴随高氨血症或由高氨血症引起的疾患或病症，或与所述疾患或病症相关的一种或多种症状的方法，所述方法通过施用本文所述的低氮益生元混合物和本文所述的益生细菌菌株进行。在特定的实施方案中，本文提供用于降低或减少有需要的受试者的氨的水平或量(例如血浆氨浓度)的方法。
在一些实施方案中，益生菌菌株和低氮益生元混合物之一或两者与减少或防止胃酸产生的剂一起施用。在某些实施方案中，所述剂是质子泵抑制剂(PPI)。在某些实施方案中，所述PPI以足以降低或防止胃壁细胞的H+-K+ATP酶活性的量施用。特定的实施方案设想施用PPI可防止或减少经口施用的益生菌菌株的死亡、去活化或降解。
在一些实施方案中，所述PPI是东托拉唑、埃索美拉唑、赫贝拉唑、羟基奥美拉唑、奥美拉唑、兰索拉唑、来明拉唑、泮托拉唑、帕利拉唑、沛利拉唑、雷索拉唑、雷贝拉唑、泰妥拉唑或泰妥拉唑；或上述剂的任一种或全部的游离碱、游离酸、盐、水合物、酯、酰胺、对映体、异构体、互变异构体、多晶型物、前药或活性代谢物。活性代谢物可包括但不限于羟基-奥美拉唑、羟基兰索拉唑、奥美拉唑羧酸、去甲基泮托拉唑及其光学纯异构体。示例性PPI化合物及其合成方法包括美国专利号4,544,750；4,758,579；5,045,552；5,374,730和5,386,032中所描述的那些，所述专利以引用的方式并入本文。
在一些实施方案中，所施用的低氮益生元混合物选择性地或专门向益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种提供能量和/或碳源，使得其可促进益生菌菌株，例如在体内肠道中或微生物组内生长或扩增。在某些实施方案中，低氮益生菌混合物和益生菌菌株以足以使益生菌菌株在受试者的微生物组内生长、扩增或建立自身的方式施用。
在某些实施方案中，所提供的方法是或包括施用低氮益生元混合物和至少一种能够内化寡糖(例如HMO)的双歧杆菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种。在一些实施方案中，至少一种双歧杆菌菌株与具有低氮含量的低氮益生元混合物一起施用。因此，在某些实施方案中，双歧杆菌的生长或扩增导致双歧杆菌本身或微生物组的其他细菌对氨的利用或消耗增加。在特定的实施方案中，施用双歧杆菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种和低氮益生元混合物可降低受试者的氨水平或量。
在一些实施方案中，向受试者施用低氮益生元混合物或具有低氮含量的HMO以促进益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种的生长、扩增或建立和/或以降低受试者的氨水平或量。在某些实施方案中，所述低氮含量可能至少部分是由于(i)含有氮或含有氮原子的官能团或单糖残基的HMO的比例低，例如少于25％、10％或1％(按重量或数目计)，(ii)HMO的尺寸相对较小，例如使得所述混合物仅包含具有五个或更少个单糖残基的HMO，(iii)所述混合物的HMO内的氮原子对所述寡糖的总数的摩尔比低，例如每摩尔总寡糖的氮低于1、0.1或0.01摩尔，或(iv)前述的任一或所有组合。
在一些实施方案中，向受试者施用长双歧杆菌婴儿亚种的菌株和HMO的混合物，从而减少受试者中氨的量或水平，所述HMO是或包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。在特定的实施方案中，受试者患有高氨血症。在某些实施方案中，受试者患有UCD。在某些实施方案中，受试者患有肝性脑病。
在特定的实施方案中，对受试者施用长双歧杆菌婴儿亚种的菌株和HMO的混合物，从而减少有需要的受试者中氨的量或浓度，所述HMO是或包括2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。在特定的实施方案中，受试者患有高氨血症。在某些实施方案中，受试者患有UCD。在某些实施方案中，受试者患有肝性脑病。
IV.制剂
在某些实施方案中，所提供的至少一种益生细菌(例如长双歧杆菌婴儿亚种)和所提供的益生元混合物(例如HMO)一起配制或分开配制，例如以用于施用人受试者。在一些实施方案中，至少一种益生细菌，例如长双歧杆菌婴儿亚种和益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物或低氮益生元混合物配制成为同一或分开的组合物，诸如药物或营养组合物。在某些实施方案中，所提供的至少一种益生细菌菌株和寡糖配制称为相同的药物组合物。
本文所述的组合物，例如益生元混合物和益生菌菌株之一或两者可使用一种或多种生理学上可接受的载剂(包含赋形剂和佐剂)以常规方式配制，所述生理学上可接受的载剂促进活性成分加工成用于药物用途的组合物。配制药物组合物的方法是本领域已知的(参见例如“Remington's Pharmaceutical Sciences”，Mack Publishing Co.,Easton,Pa.)。在一些实施方案中，本文所述的组合物经历制片、冻干、直接压制、常规混合、溶解、制粒、研磨、乳化、包封、包埋或喷雾干燥以形成片剂、颗粒、纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊、微片剂、小丸或粉末，其可经肠溶包衣或未经肠溶包衣。适当的制剂取决于施用途径。
本文所述的益生菌菌株和益生元混合物可配制成为任何合适剂型(例如用于口服施用的液体、胶囊、药袋、硬胶囊、软胶囊、片剂、肠溶包衣的片剂、悬浮粉末、颗粒剂或基质缓释制剂)和用于任何合适的施用类型(例如口服、局部、注射型、立即释出、脉冲释出、延迟释出或缓释)的药物组合物。所提供的至少一种益生细菌菌株的合适剂量范围可为约105至1012个细菌，例如为、为约或为至少105个细菌、106个细菌、107个细菌、108个细菌、109个细菌、1010个细菌、1011个细菌或1012个细菌。
在一些实施方案中，益生元混合物，例如人乳寡糖的益生元混合物或低氮益生元混合通常以每剂量约20mg至约20g的例如总益生元重(诸如总HMO重)施用于受试者。在某些实施方案中，每剂量为介于或介于约50mg与10g、100mg与7.5g、或500mg与5g、1g与2.5g、50mg与20g、100mg与15g、500mg与10g或1g与7.5g之间的益生元重。在一些实施方案中，在初始治疗阶段期间，给药量可更高；例如每剂量100mg至20g、100mg至30g、500mg至15g、1g至10g或2.5g至7.5克。在第二治疗阶段期间，给药量可减少；例如，在某些实施方案中，减至每剂量为20mg至10g、每剂量100mg至7.5g、每剂量500mg至2.5g、每剂量750mg至1.5g、每剂量20mg至20g、每剂量100mg至10g、每剂量500mg至7.5g或每剂量750mg至5g。在某些实施方案中，益生元混合物以每天5g或约5g的量施用于受试者。在一些实施方案中，益生元混合物的剂量至少每月施用一次，每周施用一次或每天施用一次。在一些实施方案中，益生元混合物的剂量每天至少施用一次、两次、三次、四次、五次、六次、八次、十次或十二次。
在一些实施方案中，药物组合物(例如含有至少一种益生细菌菌株和益生元混合物之一或两者的药物组合物)可每天、每周或每月施用一次或多次。至少一种益生细菌菌株和益生元混合物可一起或分开配制成包含一种或多种以下的药物组合物：药学上可接受的载剂、增稠剂、稀释剂、缓冲液、缓冲剂、表面活性剂、中性或阳离子脂质、脂质复合物、脂质体、渗透促进剂、载剂化合物和其他药学上可接受的载剂或剂。例如，药物组合物可包括但不限于添加碳酸氢钙、碳酸氢钠、磷酸钙、各种糖和淀粉类型、纤维素衍生物、明胶、植物油、聚乙二醇和表面活性剂(包括例如聚山梨醇酯20)。在一些实施方案中，益生菌菌株可配制在碳酸氢钠溶液中，例如1摩尔碳酸氢钠溶液(以缓冲酸性细胞环境，例如诸如胃)。益生菌菌株可以中性或盐形式施用和配制。药学上可接受的盐包括由阴离子形成的那些盐，诸如衍生自盐酸、磷酸、醋酸、草酸、酒石酸等的那些，以及由阳离子形成的盐，例如衍生自钠、钾、铵、钙、氢氧化铁、异丙胺、三乙胺、2-乙氨基乙醇、组氨酸、普鲁卡因，等的那些。
在一些实施方案中，含有所提供的至少一种益生细菌菌株和益生元混合物的药物组合物(例如一起或作为分开的组合物)可经口施用并配制为片剂、丸剂、糖衣丸、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、混悬液等。用于口服的药物组合物可使用固体赋形剂制造，任选地研磨所产生的混合物，若需要时添加合适的助剂后，将颗粒混合物加工处理以获得片剂或糖衣丸芯。合适的赋形剂包括但不限于填充剂，诸如糖类，包括乳糖、蔗糖、甘露糖醇或山梨糖醇；纤维素组合物，诸如玉米淀粉、小麦淀粉、稻米淀粉、马铃薯淀粉、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素钠；和/或生理上可接受的聚合物，诸如聚乙二醇(PEG)。还可添加崩解剂，诸如交联琼脂、海藻酸或其盐，诸如海藻酸钠。
片剂或胶囊剂可通过常规方式使用药学上可接受的赋形剂制备，所述药学上可接受的赋形剂是，诸如粘合剂(例如预凝胶化的玉米淀粉、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素、聚乙二醇、蔗糖、葡萄糖、山梨糖醇、淀粉、树胶和黄蓍胶)；填充剂(例如乳糖、微晶型纤维素或磷酸氢钙)；润滑剂(例如钙、铝、锌、硬脂酸、聚乙二醇、月桂基硫酸钠、淀粉、苯甲酸钠、硬脂酸镁、滑石粉或二氧化硅)；崩解剂(例如淀粉、马铃薯淀粉、淀粉乙醇酸钠、糖类、纤维素衍生物、二氧化硅粉)；或润湿剂(例如月桂基硫酸钠)。所述片剂可通过本领域众所周知的方法进行包衣。包衣壳可与，诸如选自以下(但不限于此)的膜一起呈现：聚交酯、聚乙醇酸、聚酐、其他可生物降解的聚合物、羟甲基丙烯酸酯-甲基丙烯酸甲酯(HEMA-MMA)、多层型HEMA-MMA-MAA、聚乙二醇/聚五甲基环五硅氧烷/聚二甲基硅氧烷(PEG/PD5/PDMS)、硅质胶囊、醋酸邻苯二甲酸纤维素、藻酸钙、k-角叉菜胶-刺槐豆胶凝胶珠、聚(丙交酯-共-乙交酯)、角叉菜胶、淀粉聚酐、淀粉聚甲基丙烯酸酯和肠溶衣聚合物。
在一些实施方案中，至少一种益生菌菌株和益生元混合物之一或两者是肠溶包衣的，诸如为了在通过胃的过程中保持活力、减少与小肠中的胆汁酸接触或用于释入肠道或肠道特定区域，例如大肠。从胃至结肠的典型pH特征为约1-4(胃)、5.5-6(十二指肠)、7.3-8.0(回肠)和5.5-6.5(结肠)。在某些疾病中，所述pH特征可加以修改。在一些实施方案中，所述包衣在特定的pH环境中降解以具体指定释出部位。在一些实施方案中，使用至少两种包衣。在一些实施方案中，所述外包衣和内包衣在不同pH水平下降解。
在一些实施方案中，至少一种益生细菌菌株和益生元混合物之一或两者与酸还原剂(诸如PPI或H2受体拮抗剂)的施用一起经口施用。在某些实施方案中，为约10mg至约3000mg的PPI的剂的剂量(诸如约或至少5mg、10mg、15mg、20mg、30mg、40mg、50mg、60mg、80mg、160mg或320mg)与口服施用的益生菌菌株和混合物之一或两者一起施用。在某些实施方案中，PPI与口服施用的至少一种益生菌菌株一起施用。在特定的实施方案中，H2受体拮抗剂与口服施用的至少一种益生菌菌株一起施用。
在某些实施方案中，将药物组合物配制成液体制剂。用于口服施用的液体制剂可以是溶液、糖浆、混悬液或在使用前以水或其他合适的媒介物构成的干燥产品。此类液体制剂可通过常规方式使用药学上可接受的剂制备，所述药学上可接受的剂是，诸如助悬剂(例如山梨糖醇糖浆、纤维素衍生物或氢化的食用脂肪)；乳化剂(例如卵磷脂或阿拉伯胶)；非水性媒介物(例如杏仁油、油性酯类、乙醇或分馏的植物油)；和防腐剂(例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯或山梨酸)。所述制剂还可适当地含有缓冲盐、调味剂、着色剂和甜味剂。用于口服施用的制剂可合适地配制用于缓慢释出、控制释出或缓释本文所述的细菌。
在一些实施方案中，益生菌菌株和益生元混合物之一或两者可配制成适合于向儿科受试者施用的组合物。如本领域所众所周知的，儿童在许多方面与成人不同，包括不同的胃排空率、pH、胃肠渗透性等。此外，儿科制剂的可接受性和偏好，诸如施用途径和口味属性对于取得可接受的儿科依从性至关重要。因此，在一个实施方案中，适用于施用儿科受试者的组合物可包括易于吞咽或可溶解的剂型，或更合乎口味的组合物，诸如具有添加的调味剂、甜味剂、味觉阻断剂或适合与食品(例如苹果酱)混合的组合物。在一个实施方案中，适用于施用儿科受试者的组合物也可适用于施用成年人。
在某些实施方案中，适用于向儿科受试者施用的药物组合物(例如含有益生菌菌株和益生元混合物之一或两者)可包括溶液、糖浆、混悬液、酏剂、用于复原为混悬液或溶液的粉末、可分散/泡腾片剂、可咀嚼片剂、软糖、棒棒糖、冰棒、糖锭、口香糖、口腔薄片、口腔崩解片剂、小药囊、软明胶胶囊、散装口服粉剂或颗粒剂。在一实施方案中，所述组合物是软糖，其由明胶基质制成，具有糖果的弹性、所需的耐嚼性和更长的储存寿命。在一些实施方案中，所述软糖还可包含甜味剂或调味剂。
在一些实施方案中，药物组合物(例如适用于施用儿科受试者的组合物)可包括调味剂。如本文所用，“调味剂”是提供制剂独特的味道和香气的物质(液体或固体)。调味剂还帮助改善所述制剂的适口性。调味剂包括但不限于草莓、香草、柠檬、葡萄、泡泡糖、樱桃和巧克力。
在特定的实施方案中，益生菌菌株和益生元混合物可，诸如与惰性稀释剂或可吸收的可食用载剂一起或分开经口施用。在一些方面，益生菌菌株和益生元混合物还可被包封在硬壳或软壳明胶胶囊、羟丙基甲基纤维素(HPMC)胶囊中、压制成片剂或直接掺入受试者的饮食中。在口服治疗性施用方面，益生菌菌株和益生元混合物可一起或分开与赋形剂合并，并以可摄入的片剂、含服片剂、糖锭、胶囊、驰剂、混悬液、糖浆、药片等形式使用。在一些方面，可能需要将药物组合物与防止益生菌菌株和/或益生元混合物去活化的材料一起包衣或共同施用。
在一些实施方案中，含有益生菌菌株和益生元混合物之一或两者的组合物可以是营养或可食用产品，例如食品或营养组合物。在一些实施方案中，所述组合物是营养组合物，诸如食品。在某些实施方案中，所述食品或营养组合物是或包括奶、浓缩奶、发酵奶(优格、酸奶、冷冻优格、乳酸菌发酵饮料)、奶粉、冰淇淋、奶油奶酪、干奶酪、大豆奶、发酵豆乳、蔬果汁、果汁、运动饮料、糕点、糖果、婴儿食品(诸如婴儿蛋糕)、营养食品、动物饲料或膳食补充剂。在一些实施方案中，所述营养组合物或食品是发酵食品，诸如发酵乳制品。在特定的实施方案中，所述发酵乳制品是优格。在某些实施方案中，所述发酵乳制品是奶酪、奶、奶油、冰淇淋、奶昔或开菲尔(kefir)。在一些实施方案中，本发明的益生菌菌株，例如长双歧杆菌婴儿亚种菌株组合在含有其他意图充当益生菌的活细菌细胞的制剂中。在一些实施方案中，所述食品是饮料。在一些实施方案中，所述饮料是以果汁为底质的饮料或含有植物或草药提取物的饮料。在某些实施方案中，所述食品或营养组合物是果冻或布丁。其他适用于施用本文提供的益生菌菌株和益生元混合物的食品是已知的，诸如美国申请号2015/0359894和2015/0238545中所描述的那些。在又一实施方案中，将本发明的药物组合物注射入食品(诸如面包、优格或奶酪)中、喷洒在或撒在所述食品上。
在一些实施方案中，包含益生菌菌株和益生元混合物之一或两者的组合物(例如药物组合物)经过配制以经由经肠溶包衣或未经肠溶包衣的纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊或微片剂来用于肠内施用、空肠内施用、十二指肠内施用、回肠内施用、胃分流施用或结肠内施用。所述组合物还可使用，例如常规栓剂基质(诸如可可脂或其他甘油酯)配制成直肠组合物，诸如栓剂或保留灌肠剂。所述组合物可以是在油性或水性媒介物中的混悬液、溶液或乳剂，并且可含助悬剂、稳定剂和/或分散剂。
在一些实施方案中，本文公开在单一剂型中含有益生菌菌株和益生元混合物之一或两者的药学上可接受的组合物。单一剂型可以是液体或固体形式。单一剂型可不经修饰直接施用于受试者，或可在施用前稀释或复原。在某些实施方案中，单一剂型可以大丸剂形式施用，例如单次注射、单一口服剂量，包括包含多个片剂、胶囊、丸剂等的口服剂量。在替代的实施方案中，单一剂型可通过，例如输注在一段期间内施用。
含有益生菌菌株和益生元混合物之一或两者的药物组合物的单一剂型可通过将所述药物组合物分成较小的等分、单剂量容器、单剂量液体形式或单剂量固体形式来制备，诸如可以是经肠溶包衣或未经肠溶包衣的片剂、颗粒、纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊、微片剂、小丸或粉末。固体形式的单剂量可在施用于受试者之前通过添加液体，通常是无菌水或盐水溶液来复原。
[1]在某些实施方案中，所述组合物可在控释或缓释系统中递送。在一个实施方案中，可使用泵来实现控释或缓释。在另一个实施方案中，可使用聚合材料来实现本公开的疗法的控释或缓释(参见例如美国专利号5,989,463)。用于缓释制剂的聚合物的实例包括但不限于聚((2-羟基甲基丙烯酸乙酯)、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(丙烯酸)、聚(乙烯-共-乙酸乙烯酯)、聚(甲基丙烯酸)、聚乙交酯(PLG)、聚酸酐、聚(N-乙烯基吡咯啶酮)、聚(乙烯醇)、聚(乙二醇)、聚丙交酯(PLA)、聚(丙交酯-共-乙交酯)(PLGA)和聚原酸酯。用于缓释制剂的聚合物可以是惰性的、无可浸出的杂质、在储存时稳定、无菌且可生物降解的。在一些实施方案中，控释或缓释系统可放置在预防或治疗靶标的附近，因而仅需要全身剂量的一部分。可使用本领域的技术人员已知的任何合适技术。
益生元混合物或益生菌菌株之一或两者的剂量方案可经调整以提供治疗反应，例如以改善或保持SCFA或乳酸生产。给药可以取决于几个因素，包括疾病的严重性和反应性、施用途径、治疗时程(数日至数月至数年)，以及改善疾病的时间。例如，可一次施用大丸剂或所述混合物和益生菌菌株之一或两者、可在预定的期间内施用数个分次剂量或可按照治疗情况依指示减少或增加剂量。剂量规格取决于活性化合物的独特特性和要实现的特定治疗效果。剂量值可能随要缓解的疾患的类型和严重程度而变化。对于任何特定受试者而言，可根据个体需要和治疗的临床医生的专业判断随时间调整具体剂量方案。本文提供的化合物的毒性和治疗功效可通过标准药学程序在细胞培养或动物模型中测定。例如，可测定LD50、ED50、EC50和IC50，并可计算毒性和治疗效果之间的剂量比(LD50/ED50)以作为治疗指数。可使用表现出毒性副作用的组合物并小心改进以将潜在的损伤最小化，以减少副作用。给药可首先从细胞培养测定和动物模型中估计。从体外和体内测定和动物研究中获得的数据可用于配制用于人类的剂量范围。
在一些实施方案中，成分(例如益生菌菌株、益生元混合物和药学上可接受的赋形剂)分开供应或一起混合在单位剂型中供应，例如以干燥冻干粉末或无水浓缩物形式在指明活性剂的量的密封容器(例如安瓿或小药囊)中供应。
药物组合物(例如含有益生元混合物和益生菌菌株之一或两者的药物组合物)可包装在密闭容器中，诸如指明剂的量的安瓿或小药囊。在一个实施方案中，药物组合物中的一种或多种以在密闭容器中的干燥无菌冻干粉末或无水浓缩物的形式提供并且可被复原(例如用水或盐水)成用于施用于受试者的合适浓度。在一个实施方案中，预防剂或治疗剂或药物组合物中的一种或多种以干燥无菌冻干粉末形式供应，所述干燥无菌冻干粉末储存在2℃至8℃之间的密闭容器中并在复原后的1小时内、3小时内、5小时内、6小时内、12小时内、24小时内、48小时内、72小时内或一周内施用。冻干剂型可包含防冻剂，主要是0-10％蔗糖(最佳0.5-1.0％)。其他合适的防冻剂包括海藻糖和乳糖。其他合适的增量剂包括聚右旋糖、糊精(例如麦芽糊精(例如天然麦芽糊精或抗性麦芽糊精))、菊粉、β-葡聚糖、抗性淀粉(例如抗性麦芽糊精)、水胶体(例如阿拉伯胶、果胶、瓜尔胶、藻酸盐、角叉菜胶、黄原胶和纤维素胶中的一种或多种)、玉米糖浆固体等和聚山梨醇酯80。另外的表面活性剂包括但不限于聚山梨醇酯20和BRIJ表面活性剂。药物组合物可制备成注射溶液形式并可进一步包含用来作为佐剂的剂，诸如用于增加吸收或分散的那些剂，例如透明质酸酶。
在一些实施方案中，药物组合物(例如含有益生菌菌株和益生元混合物之一或两者的药物组合物)与食物一起施用。在替代的实施方案中，药物组合物在进食之前或之后施用。药物组合物可与一种或多种饮食改进(例如低蛋白饮食和氨基酸补充品)组合施用。药物组合物的剂量和施用频率可基于症状的严重程度和疾病进展来选择。适当的治疗有效剂量和/或施用频率可由治疗的临床医生选择。
IV.定义
除非另外定义，否则本文中使用的所有技术术语、符号和其他技术和科学术语或术语旨在具有与要求保护的主题所属的领域中普通技术人员所通常理解的含义相同的含义。在某些情况下，为了清楚和/或易于参考，本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包括此类定义不必一定被解释为表示与本领域所通常理解的内容的实质区别。
如本文所用，单数形式“一个/种(a、an)”和“所述”包括复数指示物，除非上下文另外明确指出。例如，“一个/种”意指“至少一个/种”或“一个/种或多个/种”。应理解的是，本文所述的方面和变型包括“由方面和变型组成”和/或“基本上由方面和变型组成”。
在整个本公开中，要求保护的主题的各个方面以范围格式呈现。应理解的是，范围格式的描述仅是为了方便和简洁，而不应被解释为对要求保护的主题范围的刻板限制。因此，范围的描述应被认为已明确公开所有可能的子范围以及所述范围内的个别数值。例如，当提供数值范围时，应理解的是：在所述范围的上限和下限之间的每个中间值与指定的范围中的任何其他指定值或中间值均包含在要求保护的主题内。这些较小范围的上限和下限可独立包含在较小范围内，并且也包含在要求保护的主题内，但要遵守指定范围中任何具体排除的限制。当指定的范围包括限值之一或两者时，排除所述限值之一或两者的范围也包括在所描述或要求保护的主题中。无论范围的广度如何都适用。
在整个本公开中，除非另外指定，否则以“在两个端点之间”(例如“在A与B之间”)呈现或表示的范围应被理解为包括所述端点，例如“A”和“B”。
如本文所使用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应数值的通常误差范围。本文中对“约”值或参数的引用包括(并描述)针对所述值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。在一些实施方案中，“约”值意指在所述值的±25％、±10％、±5％、±1％、±0.1％或±0.01％的范围内。
如本文所使用的术语“药物组合物”意指，例如在要施用于哺乳动物(例如人)的药学上可接受的载剂中的混合物或制剂，所述混合物或制剂含有具体指定量，例如治疗有效量的活性成分(诸如人乳级分)。
如本文所使用的术语“药学上可接受的”是指在合理的医学判断范围内，适合于与哺乳动物，尤其是人的组织接触，而无过度毒性、刺激性、过敏反应和其他问题并发症，与合理的效益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。此类合理的效益/风险比可由技术人员例行测定。
“人乳寡糖”(本文也称为“HMO”)意指在人类母乳中发现的结构多样的未缀合的聚糖家族。如本文所使用的人乳寡糖包括在人乳中发现的寡糖，其在还原端含有乳糖并且通常在非还原端含有岩藻糖、唾液酸或N-乙酰葡糖胺(Morrow等人,J.Nutri.2005 135:1304-1307)。除非另外指定，否则人乳寡糖还涵盖在人乳中发现的3'-唾液酸基乳糖(3'-SL)和6'-唾液酸基乳糖(6'-SL)寡糖。
除非另外指明，一些人乳寡糖，例如“至少5种人乳寡糖”是指人乳寡糖的独特种类的数目，例如具有不同化学结构或化学式的人乳寡糖。
乳汁中的聚糖以寡糖形式、或与乳蛋白缀合(为糖蛋白)、或与脂质缀合(为糖脂)等形式被发现。HMO是构成人乳中第三大成分的游离聚糖，仅次于乳糖和脂质(Morrow,2005)。然而，大多数HMO无法被婴儿代谢并且可基本上完整的在婴儿粪便中找到。
如本文所使用的“基本上由...组成”是指含有特定列举的组分，同时排除其他主要生物活性因子的组合物。
如本文所使用的“益生菌”是指可赋予含有适量的微生物的宿主生物(例如哺乳动物，诸如人)健康益处的任何活的非致病性微生物，例如细菌。在一些方面，本领域的技术人员可轻易地鉴定被视为益生细菌的非致病性细菌的物种、菌株和/或亚型。益生细菌的实例可包括但不限于双歧杆菌、大肠杆菌、乳杆菌和酵母菌，例如两歧双歧杆菌、屎肠球菌、大肠杆菌尼斯勒菌株(Escherichia coli strain Nissle)、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus)、副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和布拉酵母菌(Saccharomyces boulardii)(Dinleyici等人,2014；美国专利号5,589,168；6,203,797；6,835,376)。益生菌可以是细菌的变体或突变株(Arthur等人,2012；Cuevas-Ramos等人,2010；Olier等人,2012；Nougayrede等人,2006)。
如本文所使用的“双歧杆菌(Bifidobacterium或Bifidobacteria)”是指革兰氏阳性、非运动性、厌氧菌属。在某些方面，双歧杆菌普遍定居于哺乳动物，包括人在内的胃肠道、阴道和口腔内。在某些方面，双歧杆菌是组成哺乳动物胃肠道微生物群的主要细菌菌属之一。在某些方面，一些或全部的双歧杆菌物种、亚种或菌株是益生菌。
如本文所使用的术语“微生态失调”是指受试者肠道或其他身体区域的微生物群的状态，其中微生物种群的正常多样性和/或功能被破坏。这种不健康状态可能是由于多样性降低、一种或多种病原体或致病有机体过度生长、仅当受试者中存在某些遗传和/或环境条件时共生生物才能够引起疾病或转变成不再为宿主受试者提供必要功能的生态微生物网，因此不再促进健康。根据非限制性实例，必要功能可包括增强肠粘膜屏障、直接或间接减少和消除入侵的病原体、增强特定物质的吸收以及抑制GI炎症。
如本文所用，除非另有说明，否则术语“肠道(gut)微生物组”和“肠道(intestinal)微生物组”可互换使用。
如本文所用，语“非消化性碳水化合物”中使用的“非消化性”是指所述碳水化合物不能被宿主或人受试者消化的事实。
术语“基本上”当用于，诸如短语“基本上全部”的给定物质中时可用于指所述物质(例如寡糖)包括不可避免的杂质，例如杂质不得超过制造、配制、运输和储存的标准技术可能不可避免的杂质。同样地，当用于短语“基本上不含”给定物质(或“基本上没有”或“基本上无任何”给定物质)中时可能意指所述给定物质不超过不可避免的例如杂质。
术语“内化”(诸如关于由细菌细胞内化寡糖)是指寡糖从所述细菌细胞外部转移至所述细菌细胞内部。除非另外指定，否则“寡糖的内化”是指所述完整寡糖的内化。
V.实施例
本发明所包含的以下实施例仅出于说明目的，而不意图用来限制本发明的范围。
实施例1：制造浓缩的HMO混合物
测试来自先前经筛选和批准的供体的人乳以验证供体身份，然后混合在一起以产生汇集的大量供体乳。在干净的室内环境中，进一步测试汇集的供体乳，包括特定的病原体和牛蛋白。在测试后，将汇集的供体乳通过200μm过滤器过滤，加热至至少63℃的温度持续30分钟，然后冷却至22℃至26℃之间。然后将汇集的人乳转移至离心机以将乳脂与脱脂乳分开。将所产生的脱脂乳通过具有10kDa膜的超滤系统进行加工处理并收集通过过滤器的物质作为渗透物级分。将渗透物冷冻并储存在大约-20℃下。在将其释出以供进一步处理之前测试每一批渗透物以确认质量参数，包括约0.2至0.4g/L总HMO的最低HMO浓度。
将多批合格的渗透物解冻并汇集。将汇集的渗透物的pH调整至4.5±0.2的目标pH。然后，将渗透物加热至大约50℃。在渗透物中加入浓度为0.1％w/w的乳酸酶并在大约50℃下孵育60分钟。然后将渗透物和乳糖酶混合物冷却至20℃至30℃，并通过深层过滤(Filtrox CH113P)进行澄清。将所得的深层过滤器滤液通过超滤垫板(Biomax-10K膜)处理以去除乳糖酶。然后，通过使用截留分子量估计为400至500道尔顿的膜(GE G-5UF)，通过纳米过滤将超滤的过滤液浓缩。然后，将浓缩的HMO组合物进行巴氏杀菌并通过0.2μm无菌过滤器澄清。然后，将此最终HMO组合物填入容器中并储存在≤-20℃下。HMO的最终浓度目标为84.5至105.4g/L并使用具有高效阴离子交换色谱-脉冲安培流检测法(HPAEC-PAD)，以可商购获得的标准进行量化。
实施例2：向健康成人受试者施用长双歧杆菌婴儿亚种和浓缩的HMO混合物
入组年龄在18至75岁之间的健康成年男性和女性作为研究对象以评价施用长双歧杆菌婴儿亚种益生菌和如实施例1中所述制备的浓缩的HMO混合物。接受长双歧杆菌婴儿亚种益生菌的受试者在临床研究前七天(第1-7天)每天服用具有至少8X107个CFU的长双歧杆菌婴儿亚种的剂量。一些受试者被分配在服用所述益生菌前1-2小时服用单一20mg剂量的含有奥美拉唑和碳酸氢钠的非处方质子泵抑制剂(ZEGERIDTM)。在研究前十四天(第1-14天)，被分配接受浓缩的HMO混合物的受试者每天服用两个剂量，每日总剂量为4.5g/天、9g/天或18g/天。其他小组的受试者在第1-7天服用PPI和长双歧杆菌婴儿亚种益生菌，在第1-14天服用18g/天的HMO，然后在研究的第29天开始重复此治疗方案。所述实验小组总结于表E1中。
表E1：实验小组
Figure BDA0003540140380001411
*第5组接受同一HMO、长双歧杆菌婴儿亚种和PPI给药方案两次。第一给药方案从第1-14天，而第二给药方案从第29-43天。
在整个研究的不同时间点从受试者收集生物样品(例如血液、尿液和粪便样品)。具体地说，在筛选(第0天)和整个研究期间的不同时间点收集粪便样本和血液样本。
制备用于微生物组分析的粪便样品以用于DNA提取。DNA提取后，使用物种特异性和菌株特异性定量PCR分析来分析样品，以评价长双歧杆菌婴儿亚种在摄入HMO期间和摄入HMO之后的定殖。所选的样品还可通过下一代DNA测序进行分析以测定在研究过程中每个受试者微生物组的分类学组成、α-和β-多样性和变化。方法可包括16S和/或鸟枪法宏基因组测序(metagenomic shotgun sequencing)和培养物特异性方法。
在收集后立即将粪便的等分试样冷藏，然后在24小时内冷冻在约-70℃或更低的温度下。将一些样品送至具有代谢组学能力的设施，诸如以测量短链脂肪酸的产生、HMO水平和/或其他微生物代产物。
使用在筛选(第0天)时收集的血液样品来测定受试者合格性和基线结果。在整个研究的不同时间点收集并测试血液样本以进行安全监控。可进行以下测试：具白细胞分类和血小板的CBC；用于肝功能检验的碱性磷酸酶、ALT、AST、LDH、总胆红素和结合型胆红素、白蛋白和总蛋白；电解质Na、K、Cl、HCO3和葡萄糖；总钙、镁和磷酸盐；用于肾功能检验的肌酐和BUN。还对血液进行免疫活性标记，包括但不限于TGFβ的测试。
使用用于物种和菌株的引物，通过定量PCR评价在基线和随后的研究点存在的肠道微生物组内的长双歧杆菌婴儿亚种的水平。通过鉴定测定来证明量化限值，所述鉴定测定证明检测下限以建立长双歧杆菌婴儿亚种中的最小对数倍变化。基线样品的结果可表明成年人并不具有可检测的长双歧杆菌婴儿亚种水平。结果可表明来自已施用长双歧杆菌婴儿亚种，但在施用长双歧杆菌婴儿亚种后的研究点未施用浓缩的HMO混合物剂量的受试者的样品中检测不到长双歧杆菌婴儿亚种。结果还可表明来自施用长双歧杆菌婴儿亚种，但未施用PPI的受试者的样品中检测不到长双歧杆菌婴儿亚种。可选地，结果可表明施用PPI会降低长双歧杆菌婴儿亚种的水平。同样地，结果可表明来自施用浓缩的HMO混合物，但未施用长双歧杆菌婴儿亚种益生菌的受试者的样品中检测不到长双歧杆菌婴儿亚种。
结果将表明来自施用长双歧杆菌婴儿亚种益生菌和浓缩HMO混合物的受试者的样本中至少一些存在长双歧杆菌婴儿亚种，并且可能表明关于微生物组的长双歧杆菌婴儿亚种的丰度方面，益生菌与混合物之间具有协同作用(例如长双歧杆菌婴儿亚种在一个或多个时间点的丰度将大于基于单独施用益生菌或混合物时所预期的丰度)。结果还可表明长双歧杆菌婴儿亚种的丰度在HMO给药方案期间增加，然后一旦不再施用HMO后在第14天减少。
将测量粪便微生物群中的变化以及肠道群落结构的动态变化。这些变化将利用关键细菌操作分类单元(OTU)的比例、各种分类群的相对丰度、多样性(α和β)和群落稳定性以及功能代谢组学变化，通过下一代测序来评价。结果可表明施用浓缩的HMO混合物或浓缩的HMO混合物和长双歧杆菌婴儿亚种益生菌两者可以可测量方式改变肠道群落结构。结果可表明所述变化在完成给药方案后持续存在。结果还可表明施用浓缩的HMO混合物会增加微生物组多样性，这可通过施用长双歧杆菌婴儿亚种益生菌进一步增加。完成给药方案之后的时间点可持续观察到微生物组多样性增加。
变形菌和肠球菌的活力变化将通过在选择性培养基上铺板来测定。这些测量值将预测在未来试验中成功抑制致病菌亲属。结果可表明与来自单独施用浓缩的HMO混合物或长双歧杆菌婴儿亚种益生菌的任一者的受试者的样品和/或在基线时采集的样品相比，来自施用浓缩的HMO混合物和长双歧杆菌婴儿亚种益生菌两者的受试者的样品中变形菌和肠球菌受到较大的抑制。
如果来自施用PPI的受试者的粪便中所观察到的长双歧杆菌婴儿亚种的水平高于来自未施用PPI的受试者的粪便中的水平，此类结果可表明需要保护长双歧杆菌婴儿亚种免于胃酸破坏以将生物体植入肠道微生物组中。结果可表明长双歧杆菌婴儿亚种植入需要防止暴露于生理pH的胃酸(例如pH 1.5至3.5的胃酸)。可选地，结果可表明施用PPI不会影响在粪便样本中检测到的长双歧杆菌婴儿亚种的水平。结果甚至可表明施用PPI会降低在粪便样本中检测到的长双歧杆菌婴儿亚种的水平，这与结合施用PPI会抑制、减少或防止长双歧杆菌婴儿亚种植入一致。
报告任何不良事件。结果可表明无重大不良事件的报告，因为长双歧杆菌婴儿亚种、HMO和PPI一般被认为是安全的。
实施例3：向健康成人受试者施用长双歧杆菌婴儿亚种和浓缩的HMO混合物。
进行类似于实施例2中描述的临床研究。在总共12名受试者中进行所述研究，表E1中所示的1-6组中各分配两名受试者。在第1-8天向受试者施用长双歧杆菌婴儿亚种和/或在第1-15天向受试者施用浓缩的HMO混合物和PPI之一或两者。如实施例2中所描述，在第1天施用长双歧杆菌婴儿亚种和/或浓缩的HMO混合物之前，以及在第5、8、15、22和29天从受试者收集粪便样品。
类似于实施例2中的描述，使用用于长双歧杆菌婴儿亚种的引物，通过粪便样品的定量PCR评价存在于研究点的肠道微生物组内的长双歧杆菌婴儿亚种的水平。结果总结于表E2中。
表E2：长双歧杆菌婴儿亚种qPCR结果汇总(按受试者分)
Figure BDA0003540140380001441
检测限值＝每个反应约10个拷贝。“-”表明处于或低于检测限值；“+”表明每个反应在10至10,000个拷贝之间；并且“++”表明每个反应超过10,000个拷贝。“N/A”表明由于受试者不依从而无法利用。
如表E2中所示，在第1天收集的任何基线样品中均无法通过qPCR检测到长双歧杆菌婴儿亚种，这与长双歧杆菌婴儿亚种不存在于大多数成人肠道菌群中植一致。在第1-8天的期间内每天向施用长双歧杆菌婴儿亚种的受试者施用益生菌，并且在第5天和第8天从全部这些受试者收集的粪便样本之一或两者中都可检测到长双歧杆菌婴儿亚种。从未施用益生菌的受试者收集的任何样品中均未检测到长双歧杆菌婴儿亚种。
第15天是施用长双歧杆菌婴儿亚种最后一个剂量后7天和施用浓缩的HMO混合物的最后一天，而第22天是施用长双歧杆菌婴儿亚种最后一个剂量后14天和施用浓缩的HMO混合物的最后一个剂量后7天。在第15天从四名受试者收集的粪便样本中检测到长双歧杆菌婴儿亚种，而接受18g/天HMO和长双歧杆菌婴儿亚种，但无PPI的两名受试者中可观察到最高水平的长双歧杆菌婴儿亚种。第22天从接受18g/天HMO和长双歧杆菌婴儿亚种，但无PPI的受试者收集的粪便样本中仍能检测到长双歧杆菌婴儿亚种。这些结果与施用浓缩的HMO混合物可支持长双歧杆菌婴儿亚种在受试者的肠道微生物组中植入和扩增，并且不再每天施用所述益生菌后仍持续存在一致。这些结果还与结合施用PPI将损害长双歧杆菌婴儿亚种植入一致。
本研究中入组大约48位其他受试者。将受试者分配至上述相同小组中，但具有以下改变。被分配接受长双歧杆菌婴儿亚种剂量和剂量为4.5和9g/天HMO的浓缩HMO混合物的受试者未施用PPI。被分配至第5组的受试者接受类似于实施例2中描述的HMO和长双歧杆菌婴儿亚种的两种给药方案(第1-14天和第29-43天的给药方案)，其中在第1-7天的第一给药方案期间，所述受试者接受ZEGRID，然后在第29-35天的第二给药方案期间不接受用于减少酸产生的药物或H2受体拮抗剂法莫替丁。结果可表明施用长双歧杆菌婴儿亚种加上剂量为18g或低于18g HMO的浓缩HMO混合物可导致在不同时间点，包括在研究的第8天后出现的时间点(例如第15天或之后)收集的粪便样本中可检测到长双歧杆菌婴儿亚种。结果还可表明施用法莫替丁不会损害长双歧杆菌婴儿亚种的植入或扩增，或者例如与未施用PPI的受试者相比，施用法莫替丁会增加长双歧杆菌婴儿亚种的植入、扩增或丰度。
实施例4：预防GVHD的治疗
接受同种异体造血干细胞移植(HSCT)的受试者接受包括施用非消化性碳水化合物的益生元混合物和双歧杆菌益生菌的治疗。非消化性碳水化合物的混合物是从汇集的乳汁获得的人乳寡糖(HMO)的混合物。所述混合物可含有至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少150种或至少200种不同的HMO种类。所述双歧杆菌益生菌可以是长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
非消化性碳水化合物(HMO)和双歧杆菌益生菌的混合物在植入中性粒细胞时(就在完成抗生素治疗方案后不久)施用。向受试者施用3.0g/天至18.0g/天(诸如12.5g/天)的非消化性碳水化合物和1×109个单位的双歧杆菌益生菌。每天经口施用所述治疗两次。
移植后大约180天，接受所述治疗的受试者经历(例如相对于在同种异体HSCT后未接受所述治疗的受试者)：
·需要抗生素的细菌性血流感染减少
·急性3级或4级GI GVHD比率降低
·CMV+和EBV+患者的病毒再活化减少
·由致病分类群(例如肠杆菌科、肠球菌、葡萄球菌)造成的肠道支配减少
·保存和恢复肠道微生物群多样性
·肠道屏障功能(通过循环LPS、可溶性CD14等测量)增强
·短链脂肪酸产生增加(例如血清中的乙酸、粪便中的丁酸)
可观察到或确定需要抗生素的细菌血流感染减少约35％。可观察到或确定急性3级或4级GVHD的比率降低约35％。可观察到或确定由于感染和GI GVHD导致的死亡率降低约20％。
总体而言，可观察到所述治疗可被良好耐受。未观察到由于双歧杆菌引起的感染或菌血症(双歧杆菌在人类中具有已知的安全性特征)。一些受试者可能报告在治疗过程中或治疗后腹部不适，这是暂时性的，不严重。在某些情况下，治疗期间的腹部不适可通过减少非消化性碳水化合物(HMO)的剂量来管理。在抗生素治疗期间使用所述治疗是禁忌的。
所述治疗不会改变同种异体HSCT的抗癌功效。
实施例5：预防结肠炎的治疗
患有溃疡性结肠炎受试者接受IPAA手术。类似于如实施例3中的描述，外科手术后立即向受试者施用非消化性碳水化合物的益生元混合物和双歧杆菌。
治疗后，接受所述治疗的受试者经历(例如相对于IPAA手术后未接受治疗的受试者)：
·6个月内结肠袋炎的发生率减少(这种减少可以是大约减少50％)
·大便次数和流动性减少
·显微镜下炎症缓解
·尿急、大小便失禁、腹痛和失血减少
可观察到或确定需要抗生素的细菌血流感染减少约35％。可观察到或确定急性3级或4级GI GVHD比率降低约35％。可观察到或确定由于感染和GI GVHD导致的死亡率降低约20％。
总体而言，观察到所述治疗耐受性良好。没有观察到由于双歧杆菌而引起的感染或菌血症(双歧杆菌在人类中具有已知的安全性特征)。一些受试者可能在治疗过程中或治疗后报告腹部不适，这是暂时性的，是严重。在某些情况下，治疗期间的腹部不适可通过减少非消化性碳水化合物(HMO)的剂量来管理。在抗生素治疗期间使用所述治疗是禁忌的。
实施例6：在存在获自健康成人粪便的微生物群的情况下，HMO刺激长双歧杆菌婴儿亚种在体外生长
将长双歧杆菌婴儿亚种和获自健康成人受试者的粪便的微生物群在耗尽碳的修饰的强化梭菌培养基(RCM)基础培养基中分开培养或一起培养。在存在或不存在浓度为2.5mg/mL(每mL的总HMO重)的HMO混合物的情况下下孵育细胞。类似于如实施例1中的描述，从人乳超滤渗透物制备HMO混合物，但加上去除单糖的额外步骤。
评估来自每种培养物的样品在不同时间点的生长。测量600nm处的光密度(OD600)以评估所述培养物中的总生物量。使用SEQ ID NO：56-58中所公开的引物和探针序列，以类似于如Lawley等人,PeerJ.2017年5月25日；5:e3375中描述的Taqman qPCR测定评估长双歧杆菌婴儿亚种的生长。
示例性实验的结果显示于图1和图2中。如图1所示，在与HMO一起孵育的培养物中，OD600值随时间增加的程度比对照组高，这与利用HMO作为碳源的生长一致。相比于单独的长双歧杆菌婴儿亚种或粪便微生物群的培养，含有长双歧杆菌婴儿亚种和粪便微生物群两者的共培养物显示出生物量增加最多，这与长双歧杆菌婴儿亚种和粪便微生物群的累加生长，或在存在HMO的情况下，长双歧杆菌婴儿亚种和粪便微生物群的组分间的协同交互作用一致。
如图2所示，长双歧杆菌婴儿亚种培养物中的长双歧杆菌婴儿亚种和与HMO一起孵育的具有粪便微生物群的共培养物中的长双歧杆菌婴儿亚种可通过qPCR来检测。长双歧杆菌婴儿亚种在单独培养时和与粪便微生物群一起培养时可观察到生长，这与长双歧杆菌婴儿亚种与肠道微生物群竞争利用HMO作为碳源的能力一致。在未接种的对照培养物中或在仅含有粪便微生物群的培养物中未检测到长双歧杆菌婴儿亚种。
实施例7：酸还原化合物对长双歧杆菌婴儿亚种的活力的影响
检查长双歧杆菌婴儿亚种在暴露于各种酸还原化合物后的活力。将苯并咪唑衍生性化合物奥美拉唑、埃索美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑和雷贝拉唑以及H2受体拮抗剂法莫替丁悬浮于浓度为1μg/mL和0.5μg/mL的柠檬酸盐缓冲液(pH 5)中。将数量为2.4×108个菌落形成单位(CFU)的长双歧杆菌婴儿亚种沉淀成小丸并重悬于每种柠檬酸盐缓冲液和药物溶液中。对照组包括单独添加到柠檬酸盐缓冲液中的2.4×108个CFU长双歧杆菌婴儿亚种。将细胞在37℃下孵育3小时，然后在厌氧条件下进行铺板。量化厌氧性CFU以评估活力。
示例性结果显示于图3A和图3B中。通常，与奥美拉唑和其他取代的苯并咪唑化合物一起孵育后，厌氧性CFU计数相对于仅含缓冲液的对照组而言降低，尽管与兰索拉唑一起孵育后CFU计数通常较高。与法莫替丁一起孵育导致与仅含缓冲液的对照组类似的CFU计数。总结，这些结果与长双歧杆菌婴儿亚种暴露于奥美拉唑和其他苯并咪唑化合物后活力受损一致。
实施例8：酸还原化合物对长双歧杆菌婴儿亚种的生长的影响
在各存在种酸还原化合物(包括质子泵抑制剂(PPI)化合物和H2受体拮抗剂)的情况下评估长双歧杆菌婴儿亚种的生长。通过在DMSO中添加10mg/mL的奥美拉唑、埃索美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑和法莫替丁来制备储存溶液。将所述储存溶液在PBS中以1:4稀释，然后以2倍系列稀释液添加至强化梭菌培养基(RCM)中。然后在所述培养基中接种5×105个菌落形成单位(CFU)的长双歧杆菌婴儿亚种并在37℃的厌氧条件下孵育。仅含媒介物的对照组由在RCM中孵育的5×105个CFU长双歧杆菌婴儿亚种组成，所述RCM具有与每个剂量的PPI条件相同量的PBS和DMSO。在不同时间点从细胞培养物中收集样品，并在600nm处评估光密度(OD600)，并且类似于如实施例2中的描述通过qPCR评估长双歧杆菌婴儿亚种的水平。
示例性结果显示于图4A至图4H中。孵育后24小时，在所有测试的剂量下，与法莫替丁一起孵育的细胞培养物具有与媒介物对照类似的OD600值(图4A至图4H)。相比之下，与500μg/mL或250μg/mL的奥美拉唑或其他取代的苯并咪唑化合物一起孵育的细胞培养物具有相比于媒介物对照降低的OD600值(图4A和图4B)。对于从与125μg/mL的PPI化合物一起孵育的细胞培养物收集的样品，仅兰索拉唑被观察到具有相对于媒介物对照而言降低的OD600值(图4C)。与媒介物对照相比，从与62.5μg/mL的PPI一起孵育的培养物中收集到的任何样品所观察到的OD600值并没有差异(图4D)。
通过qPCR测量孵育24小时后所收集到的样品中的长双歧杆菌婴儿亚种的量时可观察到类似结果(图4E至图4H)。与媒介物对照相比，在所有测试的剂量下，与法莫替丁一起孵育的细胞培养物具有类似的对应于长双歧杆菌婴儿亚种DNA的拷贝数，这与在这些条件下的类似生长一致。与媒介物对照相比，来自与500μg/mL、250μg/mL或125μg/mL的奥美拉唑或其他取代的苯并咪唑化合物一起孵育的细胞培养物的样品显示出长双歧杆菌婴儿亚种拷贝数减少的趋势(图4E至4G)，这与在这些条件下的受损生长一致。与62.5μg/mL取代的苯并咪唑一起孵育可产生与从媒介物对照观察到的类似的长双歧杆菌婴儿亚种拷贝数(图4H)。
总结，这些数据与暴露于高水平的奥美拉唑和其他苯并咪唑衍生物的双歧杆菌婴儿亚种的受损生长一致。
实施例9：长双歧杆菌婴儿亚种定殖在接种人化的肠道微生物组的小鼠
产生人化肠道微生物组的小鼠模型以评估在不同条件下植入长双歧杆菌婴儿亚种。每只无菌鼠各自接受单次来自健康成人或婴儿供体的粪便微生物群移植(FMT)(第-3天)。从人粪便样品制备FMT，所述人粪便样品在具有添加的葡萄糖以保持稳定性的盐水缓冲液中加工成10％浆液并贮存在-80℃下。接种前，将粪便样品在厌氧条件下解冻，离心以去除缓冲液和甘油，再单独重悬于盐水缓冲液中。通过口服管饲法向无菌小鼠施用体积为100μl的FMT。
FMT后三天开始(第0天)，每天两次向小鼠施用剂量为1×108个菌落形成单位(CFU)的长双歧杆菌婴儿亚种和20mg来自HMO混合物(如实施例1中的描述制备)的总HMO持续三天(第0天至第2天)。一组未接受FMT的无菌小鼠也接受使用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO的治疗。阴性对照组由接受来自健康成年人供体的FMT，但接受PBS媒介物来替代长双歧杆菌婴儿亚种和HMO的小鼠组成。在FMT当天(第-3天)和从第0天开始至第5天每天收集来自所有实验组的小鼠的粪粒。将DNA从粪粒中分离出来，并通过类似于如实施例6中的描述进行的qPCR来评估长双歧杆菌婴儿亚种的水平。
如图5所示，在来自接种长双歧杆菌婴儿亚种的小鼠的粪粒中检测到长双歧杆菌婴儿亚种，但在从阴性对照组的小鼠收集的粪便中未检测到。与长双歧杆菌婴儿亚种的定殖一致，这种检测持续至第5天，这是施用最后一次长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗后三天。相比于接受来自健康成人供体的FMT的小鼠的粪便，来自单定殖的小鼠(接受长双歧杆菌婴儿亚种，但无FMT的无菌小鼠)和接受来自健康婴儿供体的FMT的小鼠的粪便中检测出较高水平的长双歧杆菌婴儿亚种。这种趋势与一般观察结果一致，即，在具有较低微生物多样性的微生物组(诸如婴儿或微生态失调微生物组)内的益生菌菌株的扩增通常比具有高微生物多样性的健康成人微生物组内的益生菌菌株更多。
实施例10：向接种VRE菌株的小鼠施用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO
如图6A中的描绘进行实验。从第-7日开始用氨苄青霉素治疗C57BL6小鼠持续8天。第0天，通过口服管饲法向小鼠施用3.7×107个CFU的屎肠球菌接种物，这是耐万古霉素肠球菌(VRE)菌株。另外，在第0-7天，小鼠通过口服管饲法每天两次接受剂量为1×108个菌落形成单位(CFU)的长双歧杆菌婴儿亚种或PBS媒介物。第0-13天，小鼠还通过口服管饲法每天两次接受20mg的如实施例1中的描述制备的HMO剂量，或PBS媒介物。每天从笼子中取出粪粒直至第14天并进行DNA分离处理。类似于如Ubeda等人,J Clin Invest.2010；120(12):4332-4341中的描述，通过qPCR评估DNA以测定是否存在屎肠球菌。对照组包括接种屎肠球菌但未接受抗生素、长双歧杆菌婴儿亚种或HMO的剂量的小鼠，以及接受不同抗生素、HMO或媒介物的组合但未接种屎肠球菌的组。
如图6B所示，在接种后第0天的粪粒中可检测到屎肠球菌，这与屎肠球菌定殖在肠道微生物组内一致。未接种屎肠球菌的对照组通过qPCR并未检测到屎肠球菌。在抗生素治疗和接种屎肠球菌后仅接受媒介物治疗或长双歧杆菌婴儿亚种治疗，但未接受HMO的小鼠的粪粒中可检测到屎肠球菌持续至第14天，从仅具有媒介物的组中收集的粪粒中所观察到的屎肠球菌拷贝数最高。来自用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗的小鼠的粪粒中所观察到的屎肠球菌拷贝数较少，并且引人注意的是，第5天后无法检测到屎肠球菌。这些结果与用长双歧杆菌婴儿亚种和HMO治疗可消除屎肠球菌定殖一致。
VI.序列
Figure BDA0003540140380001531
Figure BDA0003540140380001541
序列表
<110> 普罗莱克塔生物科学公司(Prolacta Bioscience Inc.)
<120> 用于治疗炎性和免疫疾病的组合物和方法
<130> PROL-037/03WO
<150> US 62/905,256
<151> 2019-09-24
<150> US 63/027,739
<151> 2019-05-20
<150> US 63/028,743
<151> 2019-05-22
<150> US 63/053,224
<151> 2019-07-17
<160> 78
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1452
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 1
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gctttgcttg gtggtgagag tggcgaacgg gtgagtaatg cgtgaccgac ctgccccata 120
caccggaata gctcctggaa acgggtggta atgccggatg ttccagttga tcgcatggtc 180
ttctgggaaa gctttcgcgg tatgggatgg ggtcgcgtcc tatcagcttg acggcggggt 240
aacggcccac cgtggcttcg acgggtagcc ggcctgagag ggcgaccggc cacattggga 300
ctgagatacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc 360
aagcctgatg cagcgacgcc gcgtgaggga tggaggcctt cgggttgtaa acctctttta 420
tcggggagca agcgtgagtg agtttacccg ttgaataagc accggctaac tacgtgccag 480
cagccgcggt aatacgtagg gtgcaagcgt tatccggaat tattgggcgt aaagggctcg 540
taggcggttc gtcgcgtccg gtgtgaaagt ccatcgctta acggtggatc cgcgccgggt 600
acgggcgggc ttgagtgcgg taggggagac tggaattccc ggtgtaacgg tggaatgtgt 660
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agcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacggtg 780
gatgctggat gtggggcccg ttccacgggt tccgtgtcgg agctaacgcg ttaagcatcc 840
cgcctgggga gtacggccgc aaggctaaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag 900
cggcggagca tgcggattaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctggg cttgacatgt 960
tcccgacgat cccagagatg gggtttccct tcggggcggg ttcacaggtg gtgcatggtc 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca accctcgccc 1080
cgtgttgcca gcggattgtg ccgggaactc acgggggacc gccggggtta actcggagga 1140
aggtggggat gacgtcagat catcatgccc cttacgtcca gggcttcacg catgctacaa 1200
tggccggtac aacgggatgc gacgcggcga cgcggagcgg atccctgaaa accggtctca 1260
gttcggatcg cagtctgcaa ctcgactgcg tgaaggcgga gtcgctagta atcgcgaatc 1320
agcaacgtcg cggtgaatgc gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca agtcatgaaa 1380
gtgggcagca cccgaagccg gtggcctaac cccttgtggg atggagccgt ctaaggtgag 1440
gctcgtgatt gg 1452
<210> 2
<211> 1537
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
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accgcccgtc aagtcatgaa agtgggcagc acccgaagcc ggtggcctaa ccccttgtgg 1440
gatggagccg tctaaggtga ggctcgtgat tgggactaag tcgtaacaag gtagccgtac 1500
cggaaggtgc ggctggatca cctcctttct acggaga 1537
<210> 3
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 3
cgctggcggc gtgcttacac atgcaagtcg aacgggatcc atcgggcttt gcttggtggt 60
gagagtggcg aacgggtgaa taatgcgtga ccgacctgcc ccatacaccg gaatagctcc 120
tggaaacggg tggtaatgcc ggatgttcca gttgatcgca tggtcttctg ggaaagcttt 180
cgcggtatgg gatggggtcg cgtcctatca gcttgacggc ggggtaacgg cccaccgtgg 240
cttcgacggg tagccggcct gagagggcga ccggccacat tgggactgag atacggccca 300
gactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgcaagcc tgatgcagcg 360
acgccgcgtg agggatggag gccttcgggt tgtaaacctc ttttatcggg gagcaagcgt 420
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<400> 4
tttgtggagg gttcgattct ggctcaggat gaacgctggc ggcgtgcttn acacatgcaa 60
gtcgaacggg atccatcggg ctttgcttgg tggtgagagt ggcgaacggg tgagtaatgc 120
gtgaccgacc tgccccatac accggaatag ctcctggaaa cgggtggtaa tgccgnatgt 180
tccagttgat cgcatggtct tctgggaaac tttcgcggta tgggatgggg tcgngtccta 240
tcagcttgac ggcggggtaa cggccnaccg tggcttcgac gggtagccgg cctgagaggg 300
cgaccggcca cattgggact gagatacggc ccagactcct acgggaggca gcngtgggga 360
atnttgcacn atgggcgcaa gcctgatgca gcgacgcngc gtgagggatg gaggcttcgg 420
gttgtaaacc tcttttntcg gggagcaagc ntnagtgagt tnacccnttg aatnagcacc 480
ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtagggtg cnagcgtnat ccggaattat 540
tgggcgtnaa gggctcgtag gcggttcgtc gcgtccggtg tgaaagtcca tcgcttaacg 600
gtggatccgc gccgggtacg ggcgggcttg agtgcggtag gggagactgg aattcccggt 660
gtaacggtgg aatgtgtaga tatcgggaag aacaccaatg gcgaaggcag gtctctgggc 720
ngttactgac gcttaggagc taaagcgttg ggagcgaaca ggattagata ccctggtagt 780
ccacgccgta aacggtggat gctggangng ggnnnnnttc cacgggnncc gtgtcggacg 840
aacgcgttaa gcatccngcc tngggagnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 900
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn aagaacctta 960
cctgggcttg acatgttccc gacgatccca gaggggnnnn nnnnnnnnng ggnnggtnna 1020
caggtggngc anggtcgtcg tcagcnngtg ncgngnnnnn nnnnnnnnag tcccgcaacg 1080
agcgcaacnc tcgcccngtg ttgccagcgg ntnntgccgg nnactcacgg gnnaccgccg 1140
gggttnactc ggaggaaggt ggggatgacg tcagatcatc atgcccntta cgtccagggc 1200
ttcacgcatg ctacaatggc cggtacaacg ggatgcgacg cggcgacgcg gagcggatcc 1260
ctgaaaaccn gnctcngttc ggatcgcagt ctgcnactcg actgcgtgaa ggcggagtcg 1320
ctagtaatcg cgaatcngcn gcgtcgcggt gaatgcgttc ccgggccttg tacacaccgc 1380
cnntcaagtc atnaaagtgg gcagcncccg aagccggtgg ccnaacccct ngtgggatng 1440
agccgtctaa ggtgaggc 1458
<210> 5
<211> 1515
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 5
tttgatcatg gctcaggatg aacgctggcg gcgtgcttaa cacatgcaag tcgaacggga 60
tccatcgggc tttgcttggt ggtgagagtg gcgaacgggt gagtaatgcg tgaccgacct 120
gccccataca ccggaatagc tcctggaaac gggtggtaat gccggatgtt ccagttgatc 180
gcatggtctt ctgggaaagc tttcgcggta tgggatgggg tcgcgtccta tcagcttgac 240
ggcggggtaa cggcccaccg tggcttcgac gggtagccgg cctgagaggg cgaccggcca 300
cattgggact gagatacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggcgcaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagggatg gaggccttcg ggttgtaaac 420
ctcttttatc ggggagcaag cgtgagtgag tttacccgtt gaataagcac cggctaacta 480
cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggt gcaagcgtta tccggaatta ttgggcgtaa 540
agggctcgta ggcggttcgt cgcgtccggt gtgaaagtcc atcgcttaac ggtggatccg 600
cgccgggtac gggcgggctt gagtgcggta ggggagactg gaattcccgg tgtaacggtg 660
gaatgtgtag atatcgggaa gaacaccaat ggcgaaggca ggtctctggg ccgttactga 720
cgctgaggag cgaaagcgtg gggagcgaac aggattagat accctggtag tccacgccgt 780
aaacggtgga tgctggatgt ggggcccgtt ccacgggttc cgtgtcggag ctaacgcgtt 840
aagcatcccg cctggggagt acggccgcaa ggctaaaact caaagaaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gcggagcatg cggattaatt cgatgcaacg cgaagaacct tacctgggct 960
tgacatgttc ccgacgatcc cagagatggg gtttcccttc ggggcgggtt cacaggtggt 1020
gcatggtcgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080
cctcgccccg tgttgccagc ggattgtgcc gggaactcac gggggaccgc cggggttaac 1140
tcggaggaag gtggggatga cgtcagatca tcatgcccct tacgtccagg gcttcacgca 1200
tgctacaatg gccggtacaa cgggatgcga cgcggcgacg cggagcggat ccctgaaaac 1260
cggtctcagt tcggatcgca gtctgcaact cgactgcgtg aaggcggagt cgctagtaat 1320
cgcgaatcag caacgtcgcg gtgaatgcgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaag 1380
tcatgaaagt gggcagcacc cgaagccggt ggcctaaccc cttgtgggat ggagccgtct 1440
aaggtgaggc tcgtgattgg gactaagtcg taacaaggta gccgtaccgg aaggtgcggc 1500
tggatcacct cctta 1515
<210> 6
<211> 658
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 6
ccatcgggct ttgcttggtg gtgagagtgg cgaacgggtg agtaatgcgt gaccgacctg 60
ccccatacac cggaatagct cctggaaacg ggtggtaatg ccggatgttc cagttgatcg 120
catggtcttc tgggaaagct ttcgcggtat gggatggggt cgcgtcctat cagcttgacg 180
gcggggtaac ggcccaccgt ggcttcgacg ggtagccggc ctgagagggc gaccggccac 240
attgggactg agatacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa 300
tgggcgcaag cctgatgcag cgacgccgcg tgagggatgg aggccttcgg gttgtaaacc 360
tcttttatcg gggagcaagc gtgagtgagt ttacccgttg aataagcacc ggctaactac 420
gtgccagcag ccgcggtaat acgtagggtg caagcgttat ccggaattat tgggcgtaaa 480
gggctcgtag gcggttcgtc gcgtccggtg tgaaagtcca tcgcttaacg gtggatccgc 540
gccgggtacg ggcgggcttg agtgcggtag gggagactgg aattcccggt gtaacggtgg 600
aatgtgtaga tatcgggaag aacaccaatg gcgaaggcag gtctctgggc cgttactg 658
<210> 7
<211> 1447
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 7
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc aagcttgctt 60
ggtggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat acaccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gttccagttg atcgcatggt cttctgggaa 180
agctttcgcg gtatgggatg gggtcgcgtc ctatcagctt gacggcgggg taacggccca 240
ccgtggcttc gacgggtagc cggcctgaga gggcgaccgg ccacattggg actgagatac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat 360
gcagcgacgc cgcgtgaggg atggaggcct tcgggttgta aacctctttt atcggggagc 420
aagcgtgagt gagtttaccc gttgaataag caccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 480
taatacgtag ggtgcaagcg ttatccggaa ttattgggcg taaagggctc gtaggcggtt 540
cgtcgcgtcc ggtgtgaaag tccatcgctt aacggtggat ccgcgccggg tacgggcggg 600
cttgagtgcg gtaggggaga ctggaattcc cggtgtaacg gtggaatgtg tagatatcgg 660
gaagaacacc aatggcgaag gcaggtctct gggccgttac tgacgctgag gagcgaaagc 720
gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacggt ggatgctgga 780
tgtggggccc gttccacggg ttccgtgtcg gagctaacgc gttaagcatc ccgcctgggg 840
agtacggccg caaggctaaa actcaaagaa attgacgggg gcccgcacaa gcggcggagc 900
atgcggatta attcgatgca acgcgaagaa ccttacctgg gcttgacatg ttcccgacga 960
tcccagagat ggggtttccc ttcggggcgg gttcacaggt ggtgcatggt cgtcgtcagc 1020
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aaccctcgcc ccgtgttgcc 1080
agcggattgt gccgggaact cacgggggac cgccggggtt aactcggagg aaggtgggga 1140
tgacgtcaga tcatcatgcc ccttacgtcc agggcttcac gcatgctaca atggccggta 1200
caacgggatg cgacgcggcg acgcggagcg gatccctgaa aaccggtctc agttcggatc 1260
gcagtctgca actcgactgc gtgaaggcgg agtcgctagt aatcgcgaat cagcaacgtc 1320
gcggtgaatg cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aagtcatgaa agtgggcagc 1380
acccgaagcc ggtggcctaa ccccttgtgg gatggagccg tctaaggtga ggctcgtgat 1440
tgggact 1447
<210> 8
<211> 1530
<212> DNA
<213> 青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)
<400> 8
tttgtggagg gttcgattct ggctcaggat gaacgctggc ggcgtgctta acacatgcaa 60
gtcgaacggg atcggctgga gcttgctccg gccgtgagag tggcgaacgg gtgagtaatg 120
cgtgaccgac ctgccccata caccggaata gctcctggaa acgggtggta atgccggatg 180
ctccagttgg atgcatgtcc ttctgggaaa gattctatcg gtatgggatg gggtcgcgtc 240
ctatcagctt gatggcgggg taacggccca ccatggcttc gacgggtagc cggcctgaga 300
gggcgaccgg ccacattggg actgagatac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg 360
ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagcgacgc cgcgtgcggg atgacggcct 420
tcgggttgta aaccgctttt gactgggagc aagcccttcg gggtgagtgt acctttcgaa 480
taagcaccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggtgca agcgttatcc 540
ggaattattg ggcgtaaagg gctcgtaggc ggttcgtcgc gtccggtgtg aaagtccatc 600
gcttaacggt ggatccgcgc cgggtacggg cgggcttgag tgcggtaggg gagactggaa 660
ttcccggtgt aacggtggaa tgtgtagata tcgggaagaa caccaatggc gaaggcaggt 720
ctctgggccg tcactgacgc tgaggagcga aagcgtgggg agcgaacagg attagatacc 780
ctggtagtcc acgccgtaaa cggtggatgc tggatgtggg gaccattcca cggtctccgt 840
gtcggagcca acgcgttaag catcccgcct ggggagtacg gccgcaaggc taaaactcaa 900
agaaattgac gggggcccgc acaagcggcg gagcatgcgg attaattcga tgcaacgcga 960
agaaccttac ctgggcttga catgttcccg acagccccag agatggggcc tcccttcggg 1020
gcgggttcac aggtggtgca tggtcgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct cgccctgtgt tgccagcacg tcgtggtggg aactcacggg 1140
ggaccgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg gggatgacgt cagatcatca tgccccttac 1200
gtccagggct tcacgcatgc tacaatggcc ggtacaacgg gatgcgacct cgtgaggggg 1260
agcggatccc ttaaaaccgg tctcagttcg gattggagtc tgcaacccga ctccatgaag 1320
gcggagtcgc tagtaatcgc ggatcagcaa cgccgcggtg aatgcgttcc cgggccttgt 1380
acacaccgcc cgtcaagtca tgaaagtggg tagcacccga agccggtggc ccaacctttt 1440
tggggggagc cgtctaaggt gagactcgtg attgggacta agtcgtaaca aggtagccgt 1500
accggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530
<210> 9
<211> 1459
<212> DNA
<213> 动物双歧杆菌动物亚种(Bifidobacterium animalis subsp. animalis)
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<222> (1394)..(1396)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1398)..(1398)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1411)..(1411)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1416)..(1416)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1429)..(1429)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1452)..(1452)
<223> n是a、c、g或t
<400> 9
ggttcgattc tggctcagga tgaacgctng cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg 60
natnctggnn gcctnnctgc cnggnngaga gtggcgaacg ggtgagtnat gcgtgaccaa 120
cctgccctgt gcaccggaat agctcctgga aacgngtggt aataccnnat ctccnccnac 180
cgcatggtgg nntgggaaat gctttttgcg gcatgggatg gngtcgcgtc ctatcagctt 240
gttggcgggg tgatggccca ccaaggcgtt gacgggnagc cggcctgaga gggtgaccgg 300
ccacnttggg actgagatac ggccnnnnct cctacgggag gcagcnntgg ggaatattgc 360
acaatgggcg caagcctgat gcagcgacgc cgcgtgcggg atggaggctt cgggttgtna 420
accgcntttg ttcnagggcn aggcacggct tcgggccgng ttgagtggat tgttcgaata 480
agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtnatacgt agggtgcnag cgttatccgg 540
atttnttggg cgtnaagggc tcgtaggcgg ttcgtcgcgt ccggtgtgaa agtccatcgc 600
taacggtgga tctgcgccgg gtacgggcgg gctggagtgc ggtaggggag actggaattc 660
ccggtgtaac ggtggaatgt gtagatatcg ggaagaacac caatggcgaa ggcaggtctc 720
tgggcngnta ctgacgctga ggagcnaaag cgtggggagc gaacaggatt ngatnccctg 780
gtngtccacg ccgtaaacgg tggatgctgg atgtggggcc ntttccacgg gtcctgtgtc 840
ggagccaacg cgttaagcat ccngcctggg gagtacggcc gcaaggctna aactnnnagn 900
nattgacggg ngccgcacna gcggnngagc atgcggattn attcgatgnn ncgcgaagna 960
ccttacctgg gcttgacatg tgccggatcg ccccggaaac gggnngtgnc ttcggggccg 1020
gttcacaggt ggngcatggt cgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttnagtcccg 1080
caacgngcgc naccctcgcc gcatgttgcc agcgggtnnt gccggnnact catgtgggac 1140
cgccggggtc nactcggagg aaggtgggga tgacgtcaga tcatcatgcc ccttncgtcc 1200
agggcttcnc gcatgctncn atggccggta caacgcgatg cgacacggtg acgtggggcg 1260
gatcgctgaa aaccngnctc ngttcggatc gcagtctgcn actcgactgc gtgaaggcgg 1320
agtcgctngt natcgcggat cagcaacgcc gcggtgaatg cgttcccggg ccttgtacnc 1380
accgcncntn nagnnntnaa agtgggtagc ncccgnagcc ggtggcccna ccctcgtggg 1440
gggagccgtc tnaggtgag 1459
<210> 10
<211> 1420
<212> DNA
<213> 动物双歧杆菌动物亚种(Bifidobacterium animalis subsp. animalis)
<400> 10
caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg aacgggatcc ctggcagctt 60
gctgtcgggg tgagagtggc gaacgggtga gtaatgcgtg accaacctgc cctgtgcacc 120
ggaatagctc ctggaaacgg gtggtaatac cggatgctcc gctccatcgc atggtggggt 180
gggaaatgct tttgcggcat gggatggggt cgcgtcctat cagcttgttg gcggggtgat 240
ggcccaccaa ggcgttgacg ggtagccggc ctgagagggt gaccggccac attgggactg 300
agatacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggcgcaag 360
cctgatgcag cgacgccgcg tgcgggatgg aggccttcgg gttgtaaacc gcttttgttc 420
aagggcaagg cacggtttcg gccgtgttga gtggattgtt cgaataagca ccggctaact 480
acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg tgcgagcgtt atccggattt attgggcgta 540
aagggctcgt aggcggttcg tcgcgtccgg tgtgaaagtc catcgcctaa cggtggatct 600
gcgccgggta cgggcgggct ggagtgcggt aggggagact ggaattcccg gtgtaacggt 660
ggaatgtgta gatatcggga agaacaccaa tggcgaaggc aggtctctgg gccgtcactg 720
acgctgagga gcgaaagcgt ggggagcgaa caggattaga taccctggta gtccacgccg 780
taaacggtgg atgctggatg tggggccctt tccacgggtc ccgtgtcgga gccaacgcgt 840
taagcatccc gcctggggag tacggccgca aggctaaaac tcaaagaaat tgacgggggc 900
ccgcacaagc ggcggagcat gcggattaat tcgatgcaac gcgaagaacc ttacctgggc 960
ttgacatgtg ccggatcgcc gtggagacgc ggtttccctt cggggccggt tcacaggtgg 1020
tgcatggtcg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080
ccctcgccgc atgttgccag cgggtgatgc cgggaactca tgtgggaccg ccggggtcaa 1140
ctcggaggaa ggtggggatg acgtcagatc atcatgcccc ttacgtccag ggcttcacgc 1200
atgctacaat ggccggtaca acgcggtgcg acacggtgac gtggggcgga tcgctgaaaa 1260
ccggtctcag ttcggatcgc agtctgcaac tcgactgcgt gaaggcggag tcgctagtaa 1320
tcgcggatca gcaacgccgc ggtgaatgcg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa 1380
gtcatgaaag tgggtagcac ccgaagccgg tggcccgacc 1420
<210> 11
<211> 1488
<212> DNA
<213> 两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)
<400> 11
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc aagcttgctt 60
ggtggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat gctccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gttccacatg atcgcatgtg attgtgggaa 180
agattctatc ggcgtgggat ggggtcgcgt cctatcagct tgttggtgag gtaacggctc 240
accaaggctt cgacgggtag ccggcctgag agggcgaccg gccacattgg gactgagata 300
cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgagg gatggaggcc ttcgggttgt aaacctcttt tgtttgggag 420
caagccttcg ggtgagtgta cctttcgaat aagcgccggc taactacgtg ccagcagccg 480
cggtaatacg tagggcgcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaaggg ctcgtaggcg 540
gctcgtcgcg tccggtgtga aagtccatcg cttaacggtg gatctgcgcc gggtacgggc 600
gggctggagt gcggtagggg agactggaat tcccggtgta acggtggaat gtgtagatat 660
cgggaagaac accgatggcg aaggcaggtc tctgggccgt cactgacgct gaggagcgaa 720
agcgtgggga gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac ggtggacgct 780
ggatgtgggg cacgttccac gtgttccgtg tcggagctaa cgcgttaagc gtcccgcctg 840
gggagtacgg ccgcaaggct aaaactcaaa gaaattgacg ggggcccgca caagcggcgg 900
agcatgcgga ttaattcgat gcaacgcgaa gaaccttacc tgggcttgac atgttcccga 960
cgacgccaga gatggcgttt cccttcgggg cgggttcaca ggtggtgcat ggtcgtcgtc 1020
agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctc gccccgtgtt 1080
gccagcacgt tatggtggga actcacgggg gaccgccggg gttaactcgg aggaaggtgg 1140
ggatgacgtc agatcatcat gccccttacg tccagggctt cacgcatgct acaatggccg 1200
gtacagcggg atgcgacatg gcgacatgga gcggatccct gaaaaccggt ctcagttcgg 1260
atcggagcct gcaacccggc tccgtgaagg cggagtcgct agtaatcgcg gatcagcaac 1320
gccgcggtga atgcgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcaagtcat gaaagtgggc 1380
agcacccgaa gccggtggcc taaccccttg tgggatggag ccgtctaagg tgaggctcgt 1440
gattgggact aagtcgtaac aaggtagccg taccggaagg tgcggctg 1488
<210> 12
<211> 1520
<212> DNA
<213> 短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)
<400> 12
ttcgattctg gctcaggatg aacgctggcg gcgtgcttaa cacatgcaag tcgaacggga 60
tccatcgggc tttgcttggt ggtgagagtg gcgaacgggt gagtaatgcg tgaccgacct 120
gccccatgca ccggaatagc tcctggaaac gggtggtaat gccggatgct ccatcacacc 180
gcatggtgtg ttgggaaagc ctttgcggca tgggatgggg tcgcgtccta tcagcttgat 240
ggcggggtaa cggcccacca tggcttcgac gggtagccgg cctgagaggg cgaccggcca 300
cattgggact gagatacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggcgcaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagggatg gaggccttcg ggttgtaaac 420
ctcttttgtt agggagcaag gcactttgtg ttgagtgtac ctttcgaata agcaccggct 480
aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggtgcaag cgttatccgg aattattggg 540
cgtaaagggc tcgtaggcgg ttcgtcgcgt ccggtgtgaa agtccatcgc ttaacggtgg 600
atccgcgccg ggtacgggcg ggcttgagtg cggtagggga gactggaatt cccggtgtaa 660
cggtggaatg tgtagatatc gggaagaaca ccaatggcga aggcaggtct ctgggccgtt 720
actgacgctg aggagcgaaa gcgtggggag cgaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
gccgtaaacg gtggatgctg gatgtggggc ccgttccacg ggttccgtgt cggagctaac 840
gcgttaagca tcccgcctgg ggagtacggc cgcaaggcta aaactcaaag aaattgacgg 900
gggcccgcac aagcggcgga gcatgcggat taattcgatg caacgcgaag aaccttacct 960
gggcttgaca tgttcccgac gatcccagag atggggtttc ccttcggggc gggttcacag 1020
gtggtgcatg gtcgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080
gcaaccctcg ccccgtgttg ccagcggatt gtgccgggaa ctcacggggg accgccgggg 1140
ttaactcgga ggaaggtggg gatgacgtca gatcatcatg ccccttacgt ccagggcttc 1200
acgcatgcta caatggccgg tacaacggga tgcgacagtg cgagctggag cggatccctg 1260
aaaaccggtc tcagttcgga tcgcagtctg caactcgact gcgtgaaggc ggagtcgcta 1320
gtaatcgcga atcagcaacg tcgcggtgaa tgcgttcccg ggccttgtac acaccgcccg 1380
tcaagtcatg aaagtgggca gcacccgaag ccggtggcct aaccccttgc gggagggagc 1440
cgtctaaggt gaggctcgtg attgggacta agtcgtaaca aggtagccgt accggaaggt 1500
gcggctggat cacctcctta 1520
<210> 13
<211> 1445
<212> DNA
<213> 链状双歧杆菌(Bifidobacterium catenulatum)
<400> 13
tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg gatccaggca gcttgctgcc 60
tggtgagagt ggcgaacggg tgagtaatgc gtgaccgacc tgccccatac accggaatag 120
ctcctggaaa cgggtggtaa tgccggatgc tccgactcct cgcatggggt gtcgggaaag 180
atttcatcgg tatgggatgg ggtcgcgtcc tatcaggtag tcggcggggt aacggcccac 240
cgagcctacg acgggtagcc ggcctgagag ggcgaccggc cacattggga ctgagatacg 300
gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc aagcctgatg 360
cagcgacgcc gcgtgcggga tgacggcctt cgggttgtaa accgcttttg atcgggagca 420
agccttcggg tgagtgtacc tttcgaataa gcaccggcta actacgtgcc agcagccgcg 480
gtaatacgta gggtgcaagc gttatccgga attattgggc gtaaagggct cgtaggcggt 540
tcgtcgcgtc cggtgtgaaa gtccatcgct taacggtgga tctgcgccgg gtacgggcgg 600
gctggagtgc ggtaggggag actggaattc ccggtgtaac ggtggaatgt gtagatatcg 660
ggaagaacac caatggcgaa ggcaggtctc tgggccgtta ctgacgctga ggagcgaaag 720
cgtggggagc gaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacgg tggatgctgg 780
atgtggggcc cgttccacgg gttccgtgtc ggagctaacg cgttaagcat cccgcctggg 840
gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaaga aattgacggg ggcccgcaca agcggcggag 900
catgcggatt aattcgatgc aacgcgaaga accttacctg ggcttgacat gttcccgaca 960
gccgtagaga tacggtctcc cttcggggcg ggttcacagg tggtgcatgg tcgtcgtcag 1020
ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caaccctcgc cctgtgttgc 1080
cagcacgtca tggtgggaac tcacggggga ccgccggggt caactcggag gaaggtgggg 1140
atgacgtcag atcatcatgc cccttacgtc cagggcttca cgcatgctac aatggccggt 1200
acaacgggat gcgacatggc gacatggagc ggatccctga aaaccggtct cagttcggat 1260
tggagtctgc aacccgactc catgaaggcg gagtcgctag taatcgcgga tcagcaacgc 1320
cgcggtgaat gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt caagtcatga aagtgggtag 1380
cacccgaagc cggtggccta accccttgtg ggatggagcc gtctaaggtg agactcgtga 1440
ttggg 1445
<210> 14
<211> 1464
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium longum subsp. longum)
<400> 14
tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg gatccatcag 60
gctttgcttg gtggtgagag tggcgaacgg gtgagtaatg cgtgaccgac ctgccccata 120
caccggaata gctcctggaa acgggtggta atgccggatg ctccagttga tcgcatggtc 180
ttctgggaaa gctttcgcgg tatgggatgg ggtcgcgtcc tatcagcttg acggcggggt 240
aacggcccac cgtggcttcg acgggtagcc ggcctgagag ggcgaccggc cacattggga 300
ctgagatacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc 360
aagcctgatg cagcgacgcc gcgtgaggga tggaggcctt cgggttgtaa acctctttta 420
tcggggagca agcgagagtg agtttacccg ttgaataagc accggctaac tacgtgccag 480
cagccgcggt aatacgtagg gtgcaagcgt tatccggaat tattgggcgt aaagggctcg 540
taggcggttc gtcgcgtccg gtgtgaaagt ccatcgctta acggtggatc cgcgccgggt 600
acgggcgggc ttgagtgcgg taggggagac tggaattccc ggtgtaacgg tggaatgtgt 660
agatatcggg aagaacacca atggcgaagg caggtctctg ggccgttact gacgctgagg 720
agcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacggtg 780
gatgctggat gtggggcccg ttccacgggt tccgtgtcgg agctaacgcg ttaagcatcc 840
cgcctgggga gtacggccgc aaggctaaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag 900
cggcggagca tgcggattaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctggg cttgacatgt 960
tcccgacggt cgtagagata cggcttccct tcggggcggg ttcacaggtg gtgcatggtc 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca accctcgccc 1080
cgtgttgcca gcggattatg ccgggaactc acgggggacc gccggggtta actcggagga 1140
aggtggggat gacgtcagat catcatgccc cttacgtcca gggcttcacg catgctacaa 1200
tggccggtac aacgggatgc gacgcggcga cgcggagcgg atccctgaaa accggtctca 1260
gttcggatcg cagtctgcaa ctcgactgcg tgaaggcgga gtcgctagta atcgcgaatc 1320
agcaacgtcg cggtgaatgc gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca agtcatgaaa 1380
gtgggcagca cccgaagccg gtggcctaac cccttgtggg atggagccgt ctaaggtgag 1440
gctcgtgatt gggactaagt cgta 1464
<210> 15
<211> 1513
<212> DNA
<213> 假链状双歧杆菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)
<400> 15
gtttcgattc tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg 60
gatccatcag gctttgcttg gtggtgagag tggcgaacgg gtgagtaatg cgtgaccgac 120
ctgccccata caccggaata gctcctggaa acgggtggta atgccggatg ctccgactcc 180
tcgcatgggg tgtcgggaaa gatttcatcg gtatgggatg gggtcgcgtc ctatcaggta 240
gtcggcgggg taacggccca ccgagcctac gacgggtagc cggcctgaga gggcgaccgg 300
ccacattggg actgagatac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360
acaatgggcg caagcctgat gcagcgacgc cgcgtgcggg atgacggcct tcgggttgta 420
aaccgctttt gatcgggagc aagccttcgg gtgagtgtac ctttcgaata agcaccggct 480
aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggtgcaag cgttatccgg aattattggg 540
cgtaaagggc tcgtaggcgg ttcgtcgcgt ccggtgtgaa agtccatcgc ttaacggtgg 600
atctgcgccg ggtacgggcg ggctggagtg cggtagggga gactggaatt cccggtgtaa 660
cggtggaatg tgtagatatc gggaagaaca ccaatggcga aggcaggtct ctgggccgtt 720
actgacgctg aggagcgaaa gcgtggggag cgaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
gccgtaaacg gtggatgctg gatgtggggc ccgttccacg ggttccgtgt cggagctaac 840
gcgttaagca tcccgcctgg ggagtacggc cgcaaggcta aaactcaaag aaattgacgg 900
gggcccgcac aagcggcgga gcatgcggat taattcgatg caacgcgaag aaccttacct 960
gggcttgaca tgttcccgac agccgtagag atatggcctc ccttcggggc gggttcacag 1020
gtggtgcatg gtcgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080
gcaaccctcg ccctgtgttg ccagcacgtc atggtgggaa ctcacggggg accgccgggg 1140
tcaactcgga ggaaggtggg gatgacgtca gatcatcatg ccccttacgt ccagggcttc 1200
acgcatgcta caatggccgg tacaacggga tgcgacacgg cgacgtggag cggatccctg 1260
aaaaccggtc tcagttcgga ttggagtctg caacccgact ccatgaaggc ggagtcgcta 1320
gtaatcgcgg atcagcaacg ccgcggtgaa tgcgttcccg ggccttgtac acaccgcccg 1380
tcaagtcatg aaagtgggta gcacccgaag ccggtggcct aaccctttgt ggatggagcc 1440
gtctaaggtg agactcgtga ttgggactaa gtcgtaacaa ggtagccgta ccggaaggtg 1500
cggctggatc acc 1513
<210> 16
<211> 1475
<212> DNA
<213> 假长双歧杆菌(Bifidobacterium pseudolongum)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (50)..(50)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (55)..(55)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (57)..(57)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (61)..(61)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (95)..(95)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (137)..(137)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (207)..(207)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (236)..(236)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (267)..(268)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (303)..(303)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (334)..(335)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (400)..(400)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (470)..(470)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (506)..(506)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (525)..(525)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (724)..(724)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (744)..(744)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (819)..(819)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (865)..(865)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (877)..(877)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (905)..(905)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (911)..(913)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (948)..(948)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1005)..(1005)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1118)..(1118)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1133)..(1133)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1136)..(1136)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1150)..(1150)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1169)..(1169)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1276)..(1276)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1367)..(1367)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1386)..(1387)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1393)..(1393)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1428)..(1428)
<223> n是a、c、g或t
<220>
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<222> (1453)..(1453)
<223> n是a、c、g或t
<400> 16
nntttgtgga gggttcgatt ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcn taacncntgc 60
nagtcgaacg ggatccatca agcttgcttg gtggngagag tggcgaacgg gtgagtaatg 120
cgtgaccgac ctgcccnata caccggaata gctcctggaa acgggtggta atgccggatg 180
ttccagttga tcgcatggtc ttctggnaaa gctttcgcgg tatgggatgg ggtcgngtcc 240
tatcagcttg acggcggggt aacggcnnac cgtggcttcg acgggtagcc ggcctgagag 300
ggngaccggc cacattggga ctgagatacg gccnngactc ctacgggagg cagcagtggg 360
gaatattgca caatgggcgc aagcctgatg cagcgacgcn gcgtgaggga tggaggcctt 420
cgggttgtaa acctctttta tcggggagca agcgagagtg agtttacccn ttgaataagc 480
accggctaac tacgtgccag cagccncggt aatacgtagg gtgcnagcgt tatccggaat 540
tattgggcgt aaagggctcg taggcggttc gtcgcgtccg gtgtgaaagt ccatcgctta 600
acggtggatc cgcgccgggt acgggcgggc ttgagtgcgg taggggagac tggaattccc 660
ggtgtaacgg tggaatgtgt agatatcggg aagaacacca atggcgaagg caggtctctg 720
ggcngttact gacgctgagg agcnaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacggtg gatgctggat gtggggccng ttccacgggt tccgtgtcgg 840
agctaacgcg ttaagcatcc cgccngggga gtacggncgc aaggctaaaa ctcaaagaaa 900
ttganggggg nnngcacaag cggcggagca tgcggattaa ttcgatgnaa cgcgaagaac 960
cttacctggg cttgacatgt tcccgacggt cgtagagata cggcntccct tcggggcggg 1020
ttcacaggtg gtgcatggtc gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca accctcgccc cgtgttgcca gcggattntg ccgggaactc acnggncacc 1140
gccggggttn actcggagga aggtggggnt gacgtcagat catcatgccc cttacgtcca 1200
gggcttcacg catgctacaa tggccggtac aacgggatgc gacgcggcga cgcggagcgg 1260
atccctgaaa accggnctca gttcggatcg cagtctgcaa ctcgactgcg tgaaggcgga 1320
gtcgctagta atcgcgaatc agcaacgtcg cggtgaatgc gttcccnggc cttgtacaca 1380
ccgccnntca agncatgaaa gtgggcagca cccgaagccg gtggcctnac cccttgtggg 1440
atggagccgt ctnaggtgag gctcgtgatt gggtc 1475
<210> 17
<211> 1478
<212> DNA
<213> 嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)
<400> 17
tcctggctca ggacgaacgc tggcggcgtg cctaatacat gcaagtcgag cgagctgaac 60
caacagattc acttcggtga tgacgttggg aacgcgagcg gcggatgggt gagtaacacg 120
tggggaacct gccccatagt ctgggatacc acttggaaac aggtgctaat accggataag 180
aaagcagatc gcatgatcag cttataaaag gcggcgtaag ctgtcgctat gggatggccc 240
cgcggtgcat tagctagttg gtagggtaac ggcctaccaa ggcaatgatg catagccgag 300
ttgagagact gatcggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360
cagtagggaa tcttccacaa tggacgaaag tctgatggag caacgccgcg tgagtgaaga 420
aggttttcgg atcgtaaagc tctgttgttg gtgaagaagg atagaggtag taactggcct 480
ttatttgacg gtaatcaacc agaaagtcac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat 540
acgtaggtgg caagcgttgt ccggatttat tgggcgtaaa gcgagcgcag gcggaagaat 600
aagtctgatg tgaaagccct cggcttaacc gaggaactgc atcggaaact gtttttcttg 660
agtgcagaag aggagagtgg aactccatgt gtagcggtgg aatgcgtaga tatatggaag 720
aacaccagtg gcgaaggcgg ctctctggtc tgcaactgac gctgaggctc gaaagcatgg 780
gtagcgaaca ggattagata ccctggtagt ccatgccgta aacgatgagt gctaagtgtt 840
gggaggtttc cgcctctcag tgctgcagct aacgcattaa gcactccgcc tggggagtac 900
gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg 960
gtttaattcg aagcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acatctagtg caatccgtag 1020
agatacggag ttcccttcgg ggacactaag acaggtggtg catggctgtc gtcagctcgt 1080
gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttgtcatta gttgccagca 1140
ttaagttggg cactctaatg agactgccgg tgacaaaccg gaggaaggtg gggatgacgt 1200
caagtcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtgc tacaatggac agtacaacga 1260
ggagcaagcc tgcgaaggca agcgaatctc ttaaagctgt tctcagttcg gactgcagtc 1320
tgcaactcga ctgcacgaag ctggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcac gccgcggtga 1380
atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagtctgc aatgcccaaa 1440
gccggtggcc taaccttcgg gaaggagccg tctaaggc 1478
<210> 18
<211> 1520
<212> DNA
<213> 胃窦乳杆菌(Lactobacillus antri)
<400> 18
ttgatcctgg ctcaggatga acgccggcgg tgtgcctaat acatgcaagt cgagcgcact 60
ggcccaactg aaatgacgtg cttgcacaga atggacgttg gattcccagt gagcggcgga 120
cgggtgagta acacgtgggc aacctgcccc aaagcggggg ataacatttg gaaacagatg 180
ctaataccgc ataagttgga aaaccacatg gttttcccat caaagatggt ttcggctatc 240
gctttgggat gggcccgcgg tgcattagct agttggtaag gtaacggctt accaaggcga 300
tgatgcatag ccgagttgag agactgatcg gccacaatgg aactgagaca cggtccatac 360
tcctacggga ggcagcagta gggaatcttc cacaatgggc gcaagcctga tggagcaaca 420
ccgcgtgagt gaagaagggt ttcggctcgt aaagctctgt tgttggagaa gaacgtgcgt 480
aagagtaact gtttacgcag tgacggtatc caaccagaaa gtcacggcta actacgtgcc 540
agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttatccgga tttattgggc gtaaagcgag 600
cgcaggcggt tgcttaggtc tgatgtgaaa gccttcggct taaccgaaga agtgcatcgg 660
aaaccgggcg acttgagtgc agaagaggac agtggaactc catgtgtagc ggtggaatgc 720
gtagatatat ggaagaacac cagtggcgaa ggcggctgtc tggtctgcaa ctgacgctga 780
ggctcgaaag catgggtagc gaacaggatt agataccctg gtagtccatg ccgtwaacga 840
tgagtgctag gtgttggagg gtttccgccc ttcagtgccg aagctaacgc attaagcact 900
ccgcctgggg agtacgaccg caaggttgaa actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa 960
gcggtggagc atgtggttta attcgaagct acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc 1020
ttgcgccaac ctcagagatg aggcgttccc ttcggggacg caaagacagg tggtgcatgg 1080
tcgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt 1140
tactagttgc cagcattcag ttgggcactc tagtgagact gccggtgaca aaccggagga 1200
aggtggggac gacgtcagat catcatgccc cttatgacct gggctacaca cgtgctacaa 1260
tggccggtac aacgagcagc taacccgcga gggtgtgcaa atctcttaaa gccggtctca 1320
gttcggactg cagtctgcaa ctcgactgca cgaagtcgga atcgctagta atcgcggatc 1380
agcatgccgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac accatggaak 1440
tttgcaatgc ccaaagtcag tggcctaacc attatggagg gasctgccta aggcagggca 1500
gatgactggg gtgaagtcgt 1520
<210> 19
<211> 1513
<212> DNA
<213> 短乳杆菌(Lactobacillus brevis)
<220>
<221> misc_feature
<222> (570)..(570)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (714)..(714)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (789)..(789)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (957)..(957)
<223> n是a、c、g或t
<400> 19
taagatgaga gtttgatcct ggctcaggac gaacgctggc ggcatgccta atacatgcaa 60
gtcgaacgag cttccgttga atgacgtgct tgcactgatt tcaacaatga agctagtggc 120
gaactggtga gtaacacgtg ggaaatctgc ccagaagcag gggataacac ttggaaacag 180
gtgctaatac cgtataacaa caaaatccgc atggattttg tttgaaaggt ggcttcggct 240
atcacttctg gatgatcccg cggcgtatta gttagttggt gaggtaaagg cccaccaaga 300
cgatgatacg tagccgacct gagagggtaa tcggccacat tgggactgag acacggccca 360
aactcctacg ggaggcagca gtagggaatc ttccacaatg gacgaaagtc tgatggagca 420
atgccgcgtg agtgaagaag ggtttcggct cgtaaaactc tgttgttaaa gaagaacacc 480
tttgagagta actgttcaag ggttgacggt atttaaccag aaagccacgg ctaactacgt 540
gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggcn agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc 600
gagcgcaggc ggttttttaa gtctgatgtg aaagccttcg gcttaaccgg agaagtgcat 660
cggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gacagtggaa ctccatgtgt agcngtggaa 720
tgcgtagata tatggaagaa caccagtggc gaaggcggct gtctagtctg taactgacgc 780
tgaggctcna aagcatgggt agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc atgccgtaaa 840
cgatgagtgc taagtgttgg agggtttccg cccttcagtg ctgcagctaa cgcattaagc 900
actccgcctg gggagtacga ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggccngca 960
caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gctacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 1020
atcttctgcc aatcttagag ataagacgtt cccttcgggg acagaatgac aggtggtgca 1080
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1140
tattatcagt tgccagcatt cagttgggca ctctggtgag actgccggtg acaaaccgga 1200
ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta 1260
caatggacgg tacaacgagt cgcgaagtcg tgaggctaag ctaatctctt aaagccgttc 1320
tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagtt ggaatcgcta gtaatcgcgg 1380
atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1440
gagtttgtaa cacccaaagc cggtgagata accttcggga gtcagccgtc taaggtggga 1500
cagatgatta ggg 1513
<210> 20
<211> 1517
<212> DNA
<213> 干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)
<400> 20
tcctggctca ggatgaacgc tggcggcgtg cctaatacat gcaagtcgaa cgagttttgg 60
tcgatgaacg gtgcttgcac tgagattcga cttaaaacga gtggcggacg ggtgagtaac 120
acgtgggtaa cctgccctta agtgggggat aacatttgga aacagatgct aataccgcat 180
aaatccaaga accgcatggt tcttggctga aagatggcgt caagctatcg cttttggatg 240
gacccgcggc gtattagcta gttggtgagg taacggctca ccaaggcgat gatacgtagc 300
cgaactgaga ggttgatcgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360
gcagcagtag ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc cgcgtgagtg 420
aagaaggctt tcgggtcgta aaactctgtt gttggagaag aatggtcggc agagtaactg 480
ttgtcggcgt gacggtatcc aaccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 540
taatacgtag gtggcaagcg ttatccggat ttattgggcg taaagcgagc gcaggcggtt 600
ttttaagtct gatgtgaaag ccctcggctt aaccgaggaa gcgcatcgga aactgggaaa 660
cttgagtgca gaagaggaca gtggaactcc atgtgtagcg gtgaaatgcg tagatatatg 720
gaagaacacc agtggcgaag gcggctgtct ggtctgtaac tgacgctgag gctcgaaagc 780
atgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtccatgc cgtaaacgat gaatgctagg 840
tgttggaggg tttccgccct tcagtgccgc agctaacgca ttaagcattc cgcctgggga 900
gtacgaccgc aaggttgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagca 960
tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaggt cttgacatct tttgatcacc 1020
tgagagatca ggtttcccct tcgggggcaa aatgacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc 1080
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccttatg actagttgcc 1140
agcattgagt tgggcactct agtaagactg ccggtgacaa accggaggaa ggtggggatg 1200
acgtcaaatc atcatgcccc ttatgacctg ggctacacac gtgctacaat ggatggtaca 1260
acgagttgcg agaccgcgag gtcaagctaa tctcttaaag ccattctcag ttcggactgt 1320
aggctgcaac tcgcctacac gaagtcggaa tcgctagtaa tcgcggatca gcacgccgcg 1380
gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgagagt ttgtaacacc 1440
cgaagccggt ggcgtaaccc ttttagggag cgagccgtct aaggtgggac aaatgattag 1500
ggtgaagtcg taacaag 1517
<210> 21
<211> 1564
<212> DNA
<213> 切罗氏乳杆菌(Lactobacillus coleohominis)
<400> 21
agtttgattc tggctcagga tgaacgccgg cggtgtgcct aatacatgca agtcgaacgc 60
gttggcccga ctgattgatg atgcttgcat cagattgacg acggtttact aacgagtggc 120
ggacgggtga gtaacacgta ggcaacctgc ccagaagcgg gggacaacat ttggaaacaa 180
gtgctaatac cgcataacaa cgaaaaccgc ctggttttcg tttaaaagat ggtttcggct 240
atcacttctg gatgggcctg cggcgcatta gctagttggt aaggtaacgg cttaccaagg 300
cagtgatgcg tagccgagtt gagagactga tcggccacaa tggaactgag acacgggcca 360
tactcctacg ggaggcagca gtagggaatc ttccacaatg ggcgcaagcc tgatggagca 420
acaccgcgtg agtgaagaag ggtttcggct cgtaaaactc tgttgttgaa gaagaacgtg 480
cgtgagagta actgttcacg cagtacggta ttcaaccaga aagtcacggc taactacgtg 540
ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaagcg 600
agcgcaggcg gttttctaag tctgatgtga aagccttcgg cttaaccgga gaagggcatc 660
ggaaactgga taacttgagt gcaagagagg acagtggaac tccatgtgta gcggtggaat 720
gcgtagatat atggaagaac accagtggcg aaggcggctg tctagcttgc aactgacgct 780
gaggctcgaa agcatgggta gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca tgccgtaaac 840
gatgagtgct aggtgttgga gggtttccgc ccttcagtgc cggagctaac gcattaagca 900
ctccgcctgg ggagtacgac cgcaaggttg aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac 960
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag ctacgcgaag aaccttacca ggtcttgaca 1020
tcttgcgcca acctcagaga tgaggcgttc ccttcgggga cgcaatgaca ggtggtgcat 1080
ggtcgtcgtc agctcgtgtt gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt 1140
gttactagtt gccagcattc agttgggcac tctagtgaga ctgccggtga caaaccggag 1200
gaaggtgggg acgacgtcag atcatcatgc cccttatgac ctgggctaca cacgtgctac 1260
aatgggcggt acaacgagca gcgaactcgc gagggtaagc taatctctta aaaccgttct 1320
cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagtcg gaatcgctag taatcgcgga 1380
tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatggg 1440
agtttgcaat gcccaaagcc ggtggcctaa ccttcgggaa ggagccgtct aaggcagggc 1500
agatgactgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtaggag aacctgcggc ttgatcacct 1560
tcat 1564
<210> 22
<211> 1518
<212> DNA
<213> 卷曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)
<400> 22
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc gagcggaact aacagattta 60
cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg agtaacacgt ggggaacctg 120
ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata ccggataaga aagcagatcg 180
catgatcagc ttttaaaagg cggcgtaagc tgtcgctatg ggatggcccc gcggtgcatt 240
agctagttgg taaggtaaag gcttaccaag gcgatgatgc atagccgagt tgagagactg 300
atcggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtagggaat 360
cttccacaat ggacgcaagt ctgatggagc aacgccgcgt gagtgaagaa ggttttcgga 420
tcgtaaagct ctgttgttgg tgaagaagga tagaggtagt aactggcctt tatttgacgg 480
taatcaacca gaaagtcacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc 540
aagcgttgtc cggatttatt gggcgtaaag cgagcgcagg cggaagaata agtctgatgt 600
gaaagccctc ggcttaaccg aggaactgca tcggaaactg tttttcttga gtgcagaaga 660
ggagagtgga actccatgtg tagcggtgga atgcgtagat atatggaaga acaccagtgg 720
cgaaggcggc tctctggtct gcaactgacg ctgaggctcg aaagcatggg tagcgaacag 780
gattagatac cctggtagtc catgccgtaa acgatgagtg ctaagtgttg ggaggtttcc 840
gcctctcagt gctgcagcta acgcattaag cactccgcct ggggagtacg accgcaaggt 900
tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960
agcaacgcga agaaccttac caggtcttga catctagtgc catttgtaga gatacaaagt 1020
tcccttcggg gacgctaaga caggtggtgc atggctgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080
ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgttattag ttgccagcat taagttgggc 1140
actctaatga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat 1200
gccccttatg acctgggcta cacacgtgct acaatgggca gtacaacgag aagcgagcct 1260
gcgaaggcaa gcgaatctct gaaagctgtt ctcagttcgg actgcagtct gcaactcgac 1320
tgcacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg gatcagcacg ccgcggtgaa tacgttcccg 1380
ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtctgca atgcccaaag ccggtggcct 1440
aaccttcggg aaggagccgt ctaaggcagg gcagatgact ggggtgaagt cgtaacaagg 1500
tagccgtagg agaactgc 1518
<210> 23
<211> 1734
<212> DNA
<213> 弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)
<400> 23
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc gagcggaact aacagattta 60
cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg agtaacacgt ggggaacctg 120
ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata ccggataaga aagcagatcg 180
catgatcagc ttttaaaagg cggcgtaagc tgtcgctatg ggatggcccc gcggtgcatt 240
agctagttgg taaggtaaag gcttaccaag gcgatgatgc atagccgagt tgagagactg 300
atcggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtagggaat 360
cttccacaat ggacgcaagt ctgatggagc aacgccgcgt gagtgaagaa ggttttcgga 420
tcgtaaagct ctgttgttgg tgaagaagga tagaggtagt aactggcctt tatttgacgg 480
taatcaacca gaaagtcacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc 540
aagcgttgtc cggatttatt gggcgtaaag cgagcgcagg cggaagaata agtctgatgt 600
gaaagccctc ggcttaaccg aggaactgca tcggaaactg tttttcttga gtgcagaaga 660
ggagagtgga actccatgtg tagcggtgga atgcgtagat atatggaaga acaccagtgg 720
cgaaggcggc tctctggtct gcaactgacg ctgaggctcg aaagcatggg tagcgaacag 780
gattagatac cctggtagtc catgccgtaa acgatgagtg ctaagtgttg ggaggtttcc 840
atggaagata ttgcaaatcc cgagcgtacc cggaaaattc tcaaacgtta cggctttaag 900
tttaaaaaga gcttaggcca aaacttctta accaacatcg ccattttgaa acaaattgtt 960
gaagctggtg atatcaccaa agatgacgat gtgattgaaa tcggccccgg aatcggttct 1020
ttaacggaac aaattgccag aaaagcgcac caggtcttga gttttgaaat tgatgaacgg 1080
ttaatgccgg tcttaaaaga tactttgaat cactaccata acgtcacgat tttaaaccaa 1140
gatattcttg aagcggattt aaaaacaatt atcgctgaac aattcgatgg taagcataat 1200
ctaaaaatcg ttgcgaactt accttattac attacgacgc caatcatgtt gcacttactt 1260
gaagcaggat tgccaattga ttgcatggtc ttaatgatgc aaaaggaagt ggcagaacgg 1320
atcaacgctg aacctggttc aaaggcttac ggctcattaa gtattgccgt tcaacttcat 1380
tcagaagtga acttagcctt tattgtgccc aagacagctt ttatgccaca accgaatgtt 1440
gattcagcga ttgttgaatt agtggggcgc aaagcaccgc ttgtaacagt tgctaatcaa 1500
accttatttg atcaattggt tcgtggcgca tttgcacaac gccgaaagac attatggaat 1560
aacttgcaaa atcaatttgg taaacaagat gaagtcaaag cagctttaac aacagcctta 1620
gaagcagtcg agattgcacc gagcgctcgt gctgaacaat tgagtatcca acaatttgcc 1680
caattaagcg atgtgctgaa taatcagcca attttttcta aaaaagctaa gtaa 1734
<210> 24
<211> 1515
<212> DNA
<213> 德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)
<400> 24
gaacgctggc ggcgtgccta atacatgcaa gtcgagcgag ctgaattcaa agatcccttc 60
ggggtgattt gttggacgct agcggcggat gggtgagtaa cacgtgggca atctgcccta 120
aagactggga taccacttgg aaacaggtgc taataccgga taacaacatg aatcgcatga 180
ttcaagtttg aaaggcggcg caagctgtca ctttaggatg agcccgcggc gcattagcta 240
gttggtgggg taaaggccta ccaaggcaat gatgcgtagc cgagttgaga gactgatcgg 300
ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtag ggaatcttcc 360
acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc cgcgtgagtg aagaaggttt tcggatcgta 420
aagctctgtt gttggtgaag aaggatagag gcagtaactg gtctttattt gacggtaatc 480
aaccagaaag tcacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg 540
ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagc gcaggcggaa tgataagtct gatgtgaaag 600
cccacggctc aaccgtggaa ctgcatcgga aactgtcatt cttgagtgca gaagaggaga 660
gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag 720
gcggctctct ggtctgcaac tgacgctgag gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta 780
gataccctgg tagtccatgc cgtaaacgat gagcgctagg tgttggggac tttccggtcc 840
tcagtgccgc agcaaacgca ttaagcgctc cgcctgggga gtacgaccgc aaggttgaaa 900
ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa 960
cgcgaagaac cttaccaggt cttgacatcc tgcgctacac ctagagatag gtggttccct 1020
tcggggacgc agagacaggt ggtgcatggc tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg 1080
ttaagtcccg caacgagcgc aacccttgtc tttagttgcc atcattaagt tgggcactct 1140
agagagactg ccggtgacaa accggaggaa ggtggggatg acgtcaagtc atcatgcccc 1200
ttatgacctg ggctacacac gtgctacaat gggcagtaca acgagaagcg aacccgcgag 1260
ggtaagcgga tctcttaaag ctgttctcag ttcggactgc aggctgcaac tcgcctgcac 1320
gaagctggaa tcgctagtaa tcgcggatca gcacgccgcg gtgaatacgt tcccgggcct 1380
tgtacacacc gcccgtcaca ccatggaagt ctgcaatgcc caaagtcggt gggataacct 1440
tttaggagtc agccgcctaa ggcagggcag atgactgggg tgaagtcgta acaaggtagc 1500
cgtaggagaa ctgcg 1515
<210> 25
<211> 1502
<212> DNA
<213> 发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)
<400> 25
cggcggtgtg cctaatacat gcaagtcgaa cgcgttggcc caattgattg atggtgcttg 60
cacctgattg attttggtcg ccaacgagtg gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct 120
gcccagaagc gggggacaac atttggaaac agatgctaat accgcataac aacgttgttc 180
gcatgaacaa cgcttaaaag atggcttctc gctatcactt ctggatggac ctgcggtgca 240
ttagcttgtt ggtggggtaa cggcctacca aggcgatgat gcatagccga gttgagagac 300
tgatcggcca caatgggact gagacacggc ccatactcct acgggaggca gcagtaggga 360
atcttccaca atgggcgcaa gcctgatgga gcaacaccgc gtgagtgaag aagggtttcg 420
gctcgtaaag ctctgttgtt aaagaagaac acgtatgaga gtaactgttc atacgttgac 480
ggtatttaac cagaaagtca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg 540
gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agagagtgca ggcggttttc taagtctgat 600
gtgaaagcct tcggcttaac cggagaagtg catcggaaac tggataactt gagtgcagaa 660
gagggtagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa gaacaccagt 720
ggcgaaggcg gctacctggt ctgcaactga cgctgagact cgaaagcatg ggtagcgaac 780
aggattagat accctggtag tccatgccgt aaacgatgag tgctaggtgt tggagggttt 840
ccgcccttca gtgccggagc taacgcatta agcactccgc ctggggagta cgaccgcaag 900
gttgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960
gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt gacatcttgc gccaacccta gagatagggc 1020
gtttccttcg ggaacgcaat gacaggtggt gcatggtcgt cgtcagctcg tgtcgtgaga 1080
tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgttact agttgccagc attaagttgg 1140
gcactctagt gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggacgacg tcagatcatc 1200
atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga cggtacaacg agtcgcgaac 1260
tcgcgagggc aagcaaatct cttaaaaccg ttctcagttc ggactgcagg ctgcaactcg 1320
cctgcacgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc 1380
cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa agtcggtggg 1440
gtaacctttt aggagccagc cgcctaaggt gggacagatg attagggtga agtcgtaaca 1500
ag 1502
<210> 26
<211> 1573
<212> DNA
<213> 格氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)
<400> 26
gaaaatgaga gtttgatcct ggctcaggac gaacgctggc ggcgtgccta atacatgcaa 60
gtcgagcgag cttgcctaga tgaatttggt gcttgcacca gatgaaacta gatacaagcg 120
agcggcggac gggtgagtaa cacgtgggta acctgcccaa gagactggga taacacctgg 180
aaacagatgc taataccgga taacaacact agacgcatgt ctagagttta aaagatggtt 240
ctgctatcac tcttggatgg acctgcggtg cattagctag ttggtaaggt aacggcttac 300
caaggcaatg atgcatagcc gagttgagag actgatcggc cacattggga ctgagacacg 360
gcccaaactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcca caatggacgc aagtctgatg 420
gagcaacgcc gcgtgagtga agaagggttt cggctcgtaa agctctgttg gtagtgaaga 480
aagatagagg tagtaactgg cctttatttg acggtaatta cttagaaagt cacggctaac 540
tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggatt tattgggcgt 600
aaagcgagtg caggcggttc aataagtctg atgtgaaagc cttcggctca accggagaat 660
tgcatcagaa actgttgaac ttgagtgcag aagaggagag tggaactcca tgtgtagcgg 720
tggaatgcgt agatatatgg aagaacacca gtggcgaagg cggctctctg gtctgcaact 780
gacgctgagg ctcgaaagca tgggtagcga acaggattag ataccctggt agtccatgcc 840
gtaaacgatg agtgctaagt gttgggaggt ttccgcctct cagtgctgca gctaacgcat 900
taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc 960
ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc 1020
ttgacatcca gtgcaaacct aagagattag gtgttccctt cggggacgct gagacaggtg 1080
gtgcatggct gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca 1140
acccttgtca ttagttgcca tcattaagtt gggcactcta atgagactgc cggtgacaaa 1200
ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg 1260
tgctacaatg gacggtacaa cgagaagcga acctgcgaag gcaagcggat ctctgaaagc 1320
cgttctcagt tcggactgta ggctgcaact cgcctacacg aagctggaat cgctagtaat 1380
cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac 1440
catgagagtc tgtaacaccc aaagccggtg ggataacctt tataggagtc agccgtctaa 1500
ggtaggacag atgattaggg tgaagtcgta acaaggtagc cgtaggagaa cctgcggctg 1560
gatcacctcc ttt 1573
<210> 27
<211> 1487
<212> DNA
<213> 约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)
<400> 27
ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc gagcttgcct agatgatttt agtgcttgca 60
ctaaatgaaa ctagatacaa gcgagcggcg gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc 120
caagagactg ggataacacc tggaaacaga tgctaatacc ggataacaac actagacgca 180
tgtctagagt ttgaaagatg gttctgctat cactcttgga tggacctgcg gtgcattagc 240
tagttggtaa ggtaatggct taccaaggcg atgatgcata gccgagttga gagactgatc 300
ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt agggaatctt 360
ccacaatgga cgaaagtctg atggagcaac gccgcgtgag tgaagaaggg tttcggctcg 420
taaagctctg ttggtagtga agaaagatag aggtagtaac tggcctttat ttgacggtaa 480
ttacttagaa agtcacggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt aggtggcaag 540
cgttgtccgg atttattggg cgtaaagcga gtgcaggcgg ttcaataagt ctgatgtgaa 600
acgcttcggc tcaaccggag aattgcatca gaaactgttg aacttgagtg cagaagagga 660
gagtggaact ccatgtgtag cggtggaatg cgtagatata tggaagaaca ccagtggcga 720
aggcggctct ctggtctgca actgacgctg aggctcgaaa gcatgggtag cgaacaggat 780
tagataccct ggtagtccat gccgtaaacg atgagtgcta agtgttggga ggtttccgcc 840
tctcagtgct gcagctaacg cattaagcac tccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga 900
aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc 960
aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat ccagtgcaaa cctaagagat taggtgttcc 1020
cttcggggac gctgagacag gtggtgcatg gctgtcgtca gctcgtgtca tgagatgttg 1080
ggttaagtcc cgcaacgagc gcaacccttg tcattagttg ccatcattaa gttgggcact 1140
ctaatgagac tgccggtgac aaaccggagg aaggtgggga tgacgtcaag tcatcatgcc 1200
ccttatgacc tgggctacac acgtgctaca atggacggta caacgagaag cgaacctgcg 1260
aaggcaagcg gatctcttaa agccgttctc agttcggact gtaggctgca actcgcctac 1320
acgaagctgg aatcgctagt aatcgcggat cagcacgccg cggtgaatac gttcccgggc 1380
cttgtacaca ccgcccgtca caccatgaga gtctgtaaca cccaaagccg gtgggataac 1440
ctttatagga gtcagccgtc taaggtagga cagatgatta gggtgaa 1487
<210> 28
<211> 1507
<212> DNA
<213> 哈尔滨乳杆菌(Lactobacillus harbinensis)
<400> 28
gctggcggcg tgcctaatac atgcaagtcg aacgaggttt ggtcagtttg cggtggtgct 60
tgcatcacca attaccgatc aaaccgagtg gcggacgggt gagtaacacg tgggtaacct 120
gcccttcagc aggggataac atttggaaac agatgctaat accgtataac cacggagacc 180
gcatggtctc cgggtaaaag atggcgcaag ctatcactga aggatggacc cgcggcgtat 240
tagccagttg gtggggtaac ggcctaccaa agcgatgata cgtagccgac ctgagagggt 300
aatcggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtagggaa 360
tcttccacaa tggacgcaag tctgatggag caacgccgcg tgagtgaaga aggctttcgg 420
gtcgtaaaac tctgttattg aagaagaacg tgtgtgacag taactggtca tgcagtgacg 480
gtattcaatc agaaagtcac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg 540
caagcgttgt ccggatttat tgggcgtaaa gcgagtgcag gcggtctttt aagtctgatg 600
tgaaagcctt cggcttaacc gaagaagggc atcggaaact gggagacttg agtgcagaag 660
aggagagtgg aactccatgt gtagcggtga aatgcgtaga tatatggaag aacaccagtg 720
gcgaaggcgg ctctctggtc tgtaactgac gctgaggctc gaaagcgtgg gtagcaaaca 780
ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaagtgtt ggagggtttc 840
cgcccttcag tgctgcagct aacgcattaa gtattccgcc tggggagtac gaccgcaagg 900
ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg 960
aagcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acatcttctg ccaggctgag agatcagctg 1020
ttcccttcgg ggacagaatg acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat 1080
gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttatgatca gttgccagca ttcagttggg 1140
cactctggtc agactgccgg tgacaaaccg gaggaaggcg gggatgacgt caaatcatca 1200
tgccccttat gacctgggct acacacgtgc tacaatgggt ggtacaacga gcagcgagac 1260
cgcgaggtca agcgaatctc taaaaaccat cctcagttcg gattgcaggc tgcaactcgc 1320
ctgcatgaag ctggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcac gccgcggtga atacgttccc 1380
gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gagagtttgt aacacccaaa gccggtgaga 1440
caaccgcaag gagtcagccg tctaaggtgg gacaaatgat tagggtgaag tcgtaaacaa 1500
ggtaaca 1507
<210> 29
<211> 1568
<212> DNA
<213> 粘膜乳杆菌(Lactobacillus mucosae)
<400> 29
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgttggccc aactgattga acgtgcttgc acggacttga cgttggttta ccagcgagtg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gccccaaagc gggggataac atttggaaac 180
agatgctaat accgcataac aatttgaatc gcatgattca aatttaaaag atggcttcgg 240
ctatcacttt gggatggacc tgcggcgcat tagcttgttg gtagggtaac ggcctaccaa 300
ggctgtgatg cgtagccgag ttgagagact gatcggccac aatggaactg agacacggtc 360
catactccta cgggaggcag cagtagggaa tcttccacaa tgggcgcaag cctgatggag 420
caacaccgcg tgagtgaaga agggtttcgg ctcgtaaagc tctgttgtta gagaagaacg 480
tgcgtgagag caactgttca cgcagtgacg gtatctaacc agaaagtcac ggctaactac 540
gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat ccggatttat tgggcgtaaa 600
gcgagcgcag gcggtttgat aagtctgatg tgaaagcctt tggcttaacc aaagaagtgc 660
atcggaaact gtcagacttg agtgcagaag aggacagtgg aactccatgt gtagcggtgg 720
aatgcgtaga tatatggaag aacaccagtg gcgaaggcgg ctgtctggtc tgcaactgac 780
gctgaggctc gaaagcatgg gtagcgaaca ggattagata ccctggtagt ccatgccgta 840
aacgatgagt gctaggtgtt ggagggtttc cgcccttcag tgccgcagct aacgcattaa 900
gcactccgcc tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg 960
cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagctacgcg aagaacctta ccaggtcttg 1020
acatcttgcg ccaaccctag agatagggcg tttccttcgg gaacgcaatg acaggtggtg 1080
catggtcgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc 1140
cttgttacta gttgccagca ttcagttggg cactctagtg agactgccgg tgacaaaccg 1200
gaggaaggtg gggacgacgt cagatcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtgc 1260
tacaatggac ggtacaacga gtcgcgaact cgcgagggca agctaatctc ttaaaaccgt 1320
tctcagttcg gactgcaggc tgcaactcgc ctgcacgaag tcggaatcgc tagtaatcgc 1380
ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat 1440
gagagtttgc aacacccaaa gtcggtgggg taacccttcg gggagctagc cgcctaaggt 1500
ggggcagatg attagggtga agtcgtaaca aggtagccgt aggagaacct gcggctggat 1560
cacctcct 1568
<210> 30
<211> 1519
<212> DNA
<213> 戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)
<400> 30
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gaactctggt attgattggt 60
gcttgcatca tgatttacat ttgagtgagt ggcgaactgg tgagtaacac gtgggaaacc 120
tgcccagaag cgggggataa cacctggaaa cagatgctaa taccgcataa caacttggac 180
cgcatggtcc gagtttgaaa gatggcttcg gctatcactt ttggatggtc ccgcggcgta 240
ttagctagat ggtggggtaa cggctcacca tggcaatgat acgtagccga cctgagaggg 300
taatcggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca gcagtaggga 360
atcttccaca atggacgaaa gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtgaag aagggtttcg 420
gctcgtaaaa ctctgttgtt aaagaagaac atatctgaga gtaactgttc aggtattgac 480
ggtatttaac cagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg 540
gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttttt taagtctgat 600
gtgaaagcct tcggctcaac cgaagaagtg catcggaaac tgggaaactt gagtgcagaa 660
gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa gaacaccagt 720
ggcgaaggcg gctgtctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagtatg ggtagcaaac 780
aggattagat accctggtag tccataccgt aaacgatgaa tgctaagtgt tggagggttt 840
ccgcccttca gtgctgcagc taacgcatta agcattccgc ctggggagta cggccgcaag 900
gctgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960
gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt gacatactat gcaaatctaa gagattagac 1020
gttcccttcg gggacatgga tacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga 1080
tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttattatc agttgccagc attaagttgg 1140
gcactctggt gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc 1200
atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg agttgcgaac 1260
tcgcgagagt aagctaatct cttaaagcca ttctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg 1320
cctacatgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc 1380
cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa agtcggtggg 1440
gtaacctttt aggaaccagc cgcctaaggt gggacagatg attagggtga agtcgtaaca 1500
aggtagccgt agggagaac 1519
<210> 31
<211> 1517
<212> DNA
<213> 植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)
<400> 31
ckaacgcygg cggcgtgcct aatacatgca agtcgaacga actctggtat tgattggtgc 60
ttgcatcatg atttacattt gagtgagtgg cgaactggtg agtaacacgt gggaaacctg 120
cccaggaagc gggggataac acctggaaac akatgctaat accgcataac aacttggacc 180
gcatggtccg agtttgaaag atggcttcgg ctatcacttt tggatggycc cgcggcgtat 240
takctakatg gtggggtaac ggctcaccat ggcaatgata cgtacccgac ctgagagggt 300
aatcggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtagggaa 360
tcttccacaa tggacgaaag tctgatggag caacgccgcg tgagtgaaga agggtttcgg 420
ctcgtaaaac tctgttgtta aagaagaaca tatctgagag taactgttca ggtattgacg 480
gtatttaacc agaaagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg 540
caagcgttgt ccggatttat tgggcgtaaa gcgagcgcag gcggtttttt aagtctgatg 600
tgaaagcctt cggctcaacc gaagaagtgc atcggaaact gggaaacttg agtgcagaag 660
aggacagtgg aactccatgt gtagcggtga aatgcgtata tatatggaas aacaccagtg 720
gcgaaggcgg ctgtctggtt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagtatg ggtagcaaac 780
aggattagat accctggtag tccataccgt aaacgatgaa tgctaagtgt tggagggttt 840
ccgcccttca gtgctgcagc taacgcatta agcattccgc ctggggagta cggccgcaag 900
gctgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960
gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt gacatactat gcaaatctaa gagattagac 1020
gttcccttcg gggacatgga tacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga 1080
tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttattatc agttgccagc attaagttgg 1140
gcactctggt gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc 1200
atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg agttgcgaac 1260
tcgcgagagt aagctaatct cttaaagcca ttctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg 1320
cctacatgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc 1380
cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa agtcggtggg 1440
gtaacctttt aggaaccagc cgcctaaggt gggacagatg attagggtga agtcgtaaca 1500
aggtagccgt aggagaa 1517
<210> 32
<211> 1535
<212> DNA
<213> 罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)
<400> 32
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcagtgtgc ctaatacatg caagtcgtac 60
gcactggccc aactaattga tggtgcttgc tgaattgacg atggatcacc agtgagtggc 120
ggacgggtga gtaacacgta ggtaacctgc cccggagcgg ggaataacat ttggaaacag 180
atgctaatac cgcataacaa caaaagccgc atggtttttc tggaaagatg gctttggcta 240
tcactctggg atggacctgc ggtgcattta gctagttggt aaggtaacgg cttacccaag 300
gcgatgatgc atagccgagt tgagagactg atcggccaca atgggaactg agacacggtc 360
cataacttct acgggaggca gcagtaggga atcttccaca atgggcgcaa gctgatggag 420
caacaccgcg ttattaagaa agggtttcgg ccgcttaaac tctgttgttg gagaagaacg 480
tgcgttagag taactgttac gcagtgacgg tatccaacca gaaagtcacg gctaactacg 540
tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttatc cggatttatt gggcgtaaag 600
cgagcgcagg cggttgctta ggtctgatgt ggaaactcgg cttaaccgaa gaagtgcatc 660
ggaaaccggg cgacttgagt gcagaagagg acagtggaac tccatgtgta gcggtggaat 720
gcgtagatat atggaagaac accagtggcg aaggcggctg tctggtctgc aactgacgct 780
gaggctcgaa agcatgggta gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca tgccgtaaac 840
gatgagtgct aggtgttgga gggtttccgc ccttcagtgc ctgttctaac gcattaatgc 900
actccgcctg gggagtacga ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 960
caagcggtga agcatgtggt ttaattcgaa gctacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 1020
atcttgcgct aaccttagag ataaggcgtt cccttcgggg acgttaatga caggtggtgc 1080
atggtcgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1140
ttgttactag ttgccagcat taagttgggg actctagtga gactgccggt gacaaaccgg 1200
aggaaggtgg ggacgacgtc agatcatcat gccccttatg accctgggct acacacgtgc 1260
tacaatggac ggtacaacga gtcgcaaact cgcgagagta agctaatctc ttaaagccgt 1320
tctcagttcg gactgtaggc tgcaactcgc ctacacgaag tcggaatcgc tagtaatcgc 1380
ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat 1440
gggagtttgt aacgcccaaa gttcggtggc ctaaccttta tggacgggta ccctaaggcg 1500
ggacagatga tctggggtga agtcgtaaca aggta 1535
<210> 33
<211> 1521
<212> DNA
<213> 鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (407)..(407)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (655)..(655)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1476)..(1476)
<223> n是a、c、g或t
<400> 33
grtsaacgct sgcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gagttctgat tattgaaagg 60
tgcttgcatc ttgatttaat tttgaacgag tggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac 120
ctgcccttaa gtgggggata acatttggaa acagatgcta ataccgcata aatccaagaa 180
ccgcatggtt cttggctgaa agatggcgta agctatcgct tttggatgga cccgcggcgt 240
attagctagt tggtgaggta acggctcacc aaggcaatga tacgtagccg aactgagagg 300
ttgatcggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactct acgggaggca gcagtaggga 360
atcttccaca atggacgcaa gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtnaag aaggctttcg 420
ggtcgtaaaa ctctgttgtt ggagaagaat ggtcggcaga gtaactgttg tcggcgtgac 480
ggtatccaac cagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg 540
gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttttt taagtctgat 600
gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaagtg catcggaaac tgggaaactt gagtncagaa 660
gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa gaacaccagt 720
ggcgaaggcg gctgtctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcatg ggtagcgaac 780
aggattagat accctggtag tccatgccgt aaacgatgaa tgctaggtgt tggagggttt 840
ccgcccttca gtgccgcagc taacgcatta agcattccgc ctggggagta cgaccgcaag 900
gttgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960
gaagcaacgc gaagaacctt accaggtctt gacatctttt gatcacctga gagatcaggt 1020
ttccccttcg ggggcaaaat gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga 1080
tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatgact agttgccagc atttagttgg 1140
gcactctagt aagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc 1200
atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg agttgcgaga 1260
ccgcgaggtc aagctaatct cttaaagcca ttctcagttc ggactgtagg ctgcaactcg 1320
cctacacgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca cgccgcggtg aatacgttcc 1380
cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccga agccggtggc 1440
gtaacccttt tagggagcga gccgtctaag gtgggncaaa tgattagggt gaagtcgtaa 1500
caaggtagcc gtaggagaac c 1521
<210> 34
<211> 1561
<212> DNA
<213> 清酒乳杆菌(Lactobacillus sake)
<400> 34
aagtttgatt attgctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
cactctcgtt tagattgaag gagcttgctc ctgattgata aacatttgag tgagtggcgg 120
acgggtgagt aacacgtggg taacctgccc taaagtgggg gataacattt ggaaacagat 180
gctaataccg cataaaacct aacaccgcat ggtgtagggt tgaaagatgg tttcggctat 240
cactttagga tggacccgcg gtgcattagt tagttggtga ggtaaaggct caccaagacc 300
gtgatgcata gccgacctga gagggtaatc ggccacactg ggactgagac acggcccaga 360
ctcctacggg aggcagcagt agggaatctt ccacaatgga cgaaagtctg atggagcaac 420
gccgcgtgag tgaagaaggt tttcggatcg taaaactctg ttgttggaga agaatgtatc 480
tgatagtaac tgatcaggta gtgacggtat ccaaccagaa agccacggct aactacgtgc 540
cagcagccgc ggtaatacgt aggtggcaag cgttgtccgg atttattggg cgtaaagcga 600
gcgcaggcgg tttcttaagt ctgatgtgaa agccttcggc tcaaccgaag aagtgcatcg 660
gaaactggga aacttgagtg cagaagagga cagtggaact ccatgtgtag cggtgaaatg 720
cgtagatata tggaagaaca ccagtggcga aggcggatgt ctggtctgta actgacgctg 780
aggctcgaaa gcatgggtag caaacaggat tagataccct ggtagtccat gccgtaaacg 840
atgagtgcta ggtgttggag ggtttccgcc cttcagtgcc gcagctaacg cattaagcac 900
tccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca 960
agcggtggag catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat 1020
cctttgacca ctctagagat agagctttcc cttcggggac aaagtgacag gtggtgcatg 1080
gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccctta 1140
ttactagttg ccagcattta gttgggcact ctagtgagac tgccggtgac aaaccggagg 1200
aaggtgggga cgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgacc tgggctacac acgtgctaca 1260
atggatggta caacgagttg cgagaccgcg aggtttagct aatctcttaa aaccattctc 1320
agttcggatt gtaggctgca actcgcctac atgaagccgg aatcgctagt aatcgcggat 1380
cagcatgccg cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca caccatgaga 1440
gtttgtaaca cccaaagccg gtgaggtaac ccttcgggga gccagccgtc taaggtggga 1500
cagatgatta gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagag aacctgcggc tggatcacct 1560
c 1561
<210> 35
<211> 1542
<212> DNA
<213> 唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)
<400> 35
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaactttct tacaccgaat gcttgcrttc atcgtaagaa gttgagtggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtaacctgc ctaaaagaag gggataacac ttggaaacag gtgctaatac 180
cgtatatctc taaggatcgc atgatcctta gatgaaagat ggttctgcta tcgcttttag 240
atggacccgc ggcgtattaa ctagttggtg gggtaacggc ctaccaaggt gatgatacgt 300
agccgaactg agaggttgat cggccacatt gggactgaga cacggtccaa actcctacgg 360
gaggcagcag tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga 420
gtgaagaagg tcttcggatc gtaaaactct gttgttagag aagaacacga gtgagagtaa 480
ctgttcattc gatgacggta tctaaccagc aagtcacggc taactacgtg ccagcagccg 540
cggtaatacg taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaaggg aacgcaggcg 600
gtcttttaag tctgatgtga aagccttcgg cttaaccgga gtagtgcatt ggaaactgga 660
agacttgagt gcagaagagg agagtggaac tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat 720
atggaagaac accagtggcg aaagcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggttcgaa 780
agcgtgggta gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac gatgaatgct 840
aggtgttgga gggtttccgc ccttcagtgc cgcagctaac gcaataagca ttccgcctgg 900
ggagtacgac cgcaaggttg aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga 960
gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacca ggtcttgaca tcctttgacc 1020
acctaagaga ttaggctttc ccttcgggga caaagtgaca ggtggtgcat ggctgtcgtc 1080
agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt gttgtcagtt 1140
gccagcatta agttgggcac tctggcgaga ctgccggtga caaaccggag gaaggtgggg 1200
acgacgtcaa gtcatcatgc cccttatgac ctgggctaca cacgtgctac aatggacggt 1260
acaacgagtc gcaagaccgc gaggtttagc taatctctta aagccgttct cagttcggat 1320
tgtaggctgc aactcgccta catgaagtcg gaatcgctag taatcgcgaa tcagcatgtc 1380
gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag agtttgtaac 1440
acccaaagcc ggtggggtaa ccgcaaggag ccagccgtct aaggtgggac agatgattgg 1500
ggtgaagtcg taacaaggta gccgtaggag aacctgcggc tg 1542
<210> 36
<211> 1972
<212> DNA
<213> 副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)
<400> 36
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaactttct tacaccgaat gcttgcrttc atcgtaagaa gttgagtggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtaacctgc ctaaaagaag gggataacac ttggaaacag gtgctaatac 180
cgtatatctc taaggatcgc atgatcctta gatgaaagat ggttctgcta tcgcttttag 240
atggacccgc ggcgtattaa ctagttggtg gggtaacggc ctaccaaggt gatgatacgt 300
agccgaactg agaggttgat cggccacatt gggactgaga cacggtccaa actcctacgg 360
gaggcagcag tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga 420
gtgaagaagg tcttcggatc gtaaaactct gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg 480
caagtcgaac gagttctcgt tgatgatcgg tgcttgcacc gagattcaac atggaacgag 540
tggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac ctgcccttaa gtgggggata acatttggaa 600
acagatgcta ataccgcata gatccaagaa ccgcatggtt cttggctgaa agatggcgta 660
agctatcgct tttggatgga cccgcggcgt attagctagt tggtgaggta atggctcacc 720
aaggcgatga tacgtagccg aactgagagg ttgatcggcc acattgggac tgagacacgg 780
cccaaactcc tacgggaggc agcagtaggg aatcttccac aatggacgca agtctgatgg 840
agcaacgccg cgtgagtgaa gaaggctttc gggtcgtaaa actctgttgt tggagaagaa 900
tggtcggcag agtaactgtt gtcggcgtga cggtatccaa ccagaaagcc acggctaact 960
acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcaagcgtt atccggattt attgggcgta 1020
aagcgagcgc aggcggtttt ttaagtctga tgtgaaagcc ctcggcttaa ccgaggaagc 1080
gcatcggaaa ctgggaaact tgagtgcaga agaggacagt ggaactccat gtgtagcggt 1140
gaaatgcgta gatatatgga agaacaccag tggcgaaggc ggctgtctgg tctgtaactg 1200
acgctgaggc tcgaaagcat gggtagcgaa caggattaga taccctggta gtccatgccg 1260
taaacgatga atgctaggtg ttggagggtt tccgcccttc agtgccgcag ctaacgcatt 1320
aagcattccg cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc 1380
cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct taccaggtct 1440
tgacatcttt tgatcacctg agagatcagg tttccccttc gggggcaaaa tgacaggtgg 1500
tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1560
cccttatgac tagttgccag catttagttg ggcactctag taagactgcc ggtgacaaac 1620
cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg ctacacacgt 1680
gctacaatgg atggtacaac gagttgcgag accgcgaggt caagctaatc tcttaaagcc 1740
attctcagtt cggactgtag gctgcaactc gcctacacga agtcggaatc gctagtaatc 1800
gcggatcagc acgccgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc 1860
atgagagttt gtaacacccg aagccggtgg cgtaaccctt ttagggagcg agccgtctaa 1920
ggtgggacaa atgattaggg tgaagtcgta acaaggtagc cgtaggagaa cc 1972
<210> 37
<211> 1565
<212> DNA
<213> 北里乳杆菌(Lactobacillus kisonensis)
<400> 37
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgtcttggt tatcgaaggg aagtgcttgc atttccttga cttaacattg agacgagtgg 120
cgaactggtg agtaacacgt gggtaacctg cccttgaagt aggggataac acttggaaac 180
aggtgctaat accgtataac aaccaaagcc ccatgacttt ggtttaaaag atggcttcgg 240
ctatcacttt aggatggacc cgcggcgtat tagcttgttg gtgaggtaac ggctcaccaa 300
ggcaatgata cgtagccgac ctgagagggt aatcggccac attgggactg agacacggcc 360
caaactccta cgggaggcag cagtagggaa tcttccacaa tggacgaaag tctgatggag 420
caacgccgcg tgagtgatga agggtttcgg ctcgtaaaac tctgttgttg gagaagaacg 480
ggtgtgagag taactgttca catcgtgacg gtatccaacc agaaagccac ggctaactac 540
gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttgt ccggatttat tgggcgtaaa 600
gcgagcgcag gcggtttttt aggtctgatg tgaaagcctt cggcttaacc ggagaagtgc 660
atcggaaacc gggagacttg agtgcagaag aggacagtgg aactccatgt gtagcggtga 720
aatgcgtaga tatatggaag aacaccagtg gcgaaggcgg ctgtctggtc tgtaactgac 780
gctgaggctc gaaagcatgg gtagcgaaca ggattagata ccctggtagt ccatgccgta 840
aacgatgagt gctaagtgtt ggagggtttc cgcccttcag tgctgcagct aacgcattaa 900
gcactccgcc tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg 960
cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg atgctacgcg aagaacctta ccaggtcttg 1020
acatcttctg ccaacctaag agattaggcg ttcccttcgg ggacagaatg acaggtggtg 1080
catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc 1140
cttattgtta gttgccagca tttagttggg cactctagca agactgccgg tgacaaaccg 1200
gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtgc 1260
tacaatggac ggtacaacga gtcgcgaaac cgcgaggtca agctaatctc ttaaagccgt 1320
tctcagttcg gattgtaggc tgcaactcgc ctacatgaag ttggaatcgc tagtaatcgt 1380
ggatcagcat gccacggtga atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat 1440
gagagtttgt aacacccaaa gccggtgagg taaccttcgg ggaccagccg tctaaggtgg 1500
gacagatgat tagggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1560
cctcc 1565
<210> 38
<211> 1522
<212> DNA
<213> 类食品乳杆菌(Lactobacillus paralimentarius)
<400> 38
gacgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac gaaccatcct gaagattgaa 60
gcttgcttca tgattcagac cttggtgagt ggcggacggg tgagtaacac gtgggtaacc 120
tgcccagaag tgggggataa catttggaaa caagtgctaa taccgcataa caacttagat 180
cacatgatct ttgtttaaaa gatggttttg ctatctcttc tggatggacc cgcggcgtat 240
tagctagttg gtgaggtaat agctcaccaa ggcgatgata cgtagccgac ctgagagggt 300
aatcggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtagggaa 360
tcttccacaa tggacgaaag tctgatggag caatgccgcg tgagtgaaga aggttttcgg 420
atcgtaaaac tctgttgttg aagaagaaca tatgtgagag taactgttca cgtactgacg 480
gtattcaacc agaaagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg 540
caagcgttgt ccggatttat tgggcgtaaa gagaatgtag gcggtttatt aagtttgaag 600
tgaaagccct cggctcaacc gaggaagtgc ttcgaaaact ggtaaacttg agtgcagaag 660
aggaaagtgg aactccatgt gtagcggtgg aatgcgtaga tatatggaag aacaccagtg 720
gcgaaggcgg ctttctggtc tgtaactgac gctgagattc gaaagcatgg gtagcaaaca 780
ggattagata ccctggtagt ccatgccgta aacgatgagt gctaagtgtt ggagggtttc 840
cgcccttcag tgctgcagct aacgcattaa gcactccgcc tggggagtac gatcgcaaga 900
ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg 960
aagcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acataccatg aaaagcttag agataagtct 1020
ttcccttcgg ggacatggat acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat 1080
gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttattatca gttgccagca ttcagttggg 1140
cactctggtg agactgccgg tgataaaccg gaggaaggtg gggacgacgt caaatcatca 1200
tgccccttat gacctgggct acacacgtgc tacaatggtc ggtacaacgt gctgcgaact 1260
cgcgagggca agcaaatcac ttaaaaccga tctcagttcg gattgtaggc tgcaactcgc 1320
ctacatgaag ctggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc 1380
gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gagagtttgt aacacccaaa gtcggtgggg 1440
taacccttcg gggaactagc cgcctaaggt gggacaaatg attagggtga agtcgtaaca 1500
aggtagccgt aggagaacct gc 1522
<210> 39
<211> 1554
<212> DNA
<213> 恶臭乳杆菌(Lactobacillus perolens)
<400> 39
tggctcagga cgaacgctgg cggcgtgcct aatacatgca agtcgaacga ggtttgatca 60
gtttgcggtg gtgcttgcat caccaattac cgattaaacc gagtggcgga cgggtgagta 120
acacgtgggt aacctgccct tcagcagggg ataacatttg gaaacagatg ctaataccgt 180
ataaccacgg agaccgcatg gtctccgggt aaaagatggc gaaagctatc actgagggat 240
ggacccgcgg cgtattagcc agttggtggg gtaatggcct accaaagcga tgatacgtag 300
ccgacctgag agggtaatcg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360
ggcagcagta gggaatcttc cacaatggac gcaagtctga tggagcaacg ccgcgtgagt 420
gaagaaggct ttcgggtcgt aaaactctgt tattgaagaa gaacgtgtgt gagagtaact 480
gctcatgcag tgacggtatt caaccagaaa gtcacggcta actacgtgcc agcagccgcg 540
gtaatacgta ggtggcaagc gttgtccgga tttattgggc gtaaagcgag tgcaggcggt 600
tttttaagtc tgatgtgaaa gccttcggct taaccgaaga agtgcatcgg aaagtgggaa 660
acttgagtgc agaagaggag agtggaactc catgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatat 720
ggaagaacac cagtggcgaa ggcggctctc tggtctgtaa ctgacgctga ggctcgaaag 780
cgtgggtagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactaa 840
gtgttggggg gtttccgccc ctcagtgctg cagctaacgc attaagtatt ccgcctgggg 900
agtacgaccg caaggttgaa actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagc 960
atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc ttctgccaag 1020
ctgagagatc agccgttcct tcggggacag aatgacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc 1080
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccttatg attagttgcc 1140
agcattcagt tgggcactct agtcagactg ccggtgacaa accggaggaa ggcggggatg 1200
acgtcaaatc atcatgcccc ttatgacctg ggctacacac gtgctacaat gggtggtaca 1260
acgagcagcg agaccgcgag gtcaagcgaa tctctaaaaa ccatcctcag ttcggattgt 1320
aggctgcaac tcgcctacat gaagctggaa tcgctagtaa tcgcggatca gcacgccgcg 1380
gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgagagt ttgtaacacc 1440
caaagccggt aggacaaccg caaggagtca gccgtctaag gtgggacaaa tgattagggt 1500
gaagtcgtaa caaggtagcc gtaggagaac ctgcggctgg atcacctcct ttct 1554
<210> 40
<211> 1428
<212> DNA
<213> 艾比氏乳杆菌(Lactobacillus apis)
<400> 40
tgcagtcgag cgagcaagtt aaggaatact tcggtaggaa tttaatagcg cgagcggcgg 60
atgggtgagt aacacgtggg caacctgccc tttagcttgg gataccactt ggaaacaggt 120
gctaatacca aataagaagt aagagcgcat gctcaagcta tgaaaggcgg ctttcgagct 180
gtcactaaag gatgggcccg cggtgcatta gctagttggt aaggtaacgg cttaccaagg 240
caatgatgca tagccgagtt gagagactga tcggccacat tgggactgag acacggccca 300
aactcctacg ggaggcagca gtagggaatc ttccacaatg gacgcaagtc tgatggagca 360
acgccgcgtg agtgaagaag gttttcggat cgtaaagctc tgttgttggt gaagaaggac 420
atgggtagta actgatctat gtttgacggt aatcaaccag aaagtcacgg ctaactacgt 480
gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc 540
gaacgcaggc gggagaacaa gtcagctgtg aaagccctcg gcttaaccga ggaacggcaa 600
ctgaaactgt ttttcttgag tgcagaagag gagagtggaa ctccatgtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata tatggaagaa caccagtggc gaaggcggct ctctggtctg taactgacgc 720
tgaggttcga aagcatgggt agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc atgccgtaaa 780
cgatgagtgc taagtgttgg gaggtttccg cctctcagtg ctgcagctaa cgcattaagc 840
actccgcctg gggagtacga ccgcaaggtt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 960
atctagtgcc aaccctagag atagggtgtt tccttcggga acactaagac aggtggtgca 1020
tggctgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080
tattattagt tgccagcatt aagttgggca ctctaatgag actgccggtg acaaaccgga 1140
ggaaggtggg gacgacgtca agtcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta 1200
caatggttag tacaacgagg agcgaacctg tgaaggcaag cgaatctctt aaagctaatc 1260
tcagttcgga ttgcactctg caactcgagt gcatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg 1320
atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380
gagtttgtaa tacccaaagc cggtgagata acctgtaaag gagtcagc 1428
<210> 41
<211> 1460
<212> DNA
<213> 甘氏乳杆菌(Lactobacillus ghanensis)
<400> 41
gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgaacg aagttgtttt aactggtgct tgcaccgact 60
taaacaactg agtggcgaac gggtgagtaa cacgtgggta acctgcccca aagcggggga 120
taacatttgg aaacagatgc taataccgca taaccacaga aacctcatgg tttctgtgtc 180
aaagatggtt tcggctatca ctttgggatg gacccgcggc gtattagcta gttggtaagg 240
taacggctta ccaaggcaat gatacgtagc cgaactgaga ggttgatcgg ccacattggg 300
actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtag ggaatcttcc acaatggacg 360
aaagtctgat ggagcaacgc cgcgtgagtg aagaaggttt tcggatcgta aaactctgtt 420
gtcagagaag aacgtgtgcg agagtaactg ttcgtgcagt gacggtatct gaccagaaag 480
ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggat 540
ttattgggcg taaagggaac gcaggcggtt ttttaagtct gatgtgaaag ccttcggctt 600
aaccgaagtc gtgcattgga aactggagaa cttgagtgca gaagaggaga gtggaactcc 660
atgtgtagcg gtgaaatgcg tagatatatg gaagaacacc agtggcgaaa gcggctctct 720
ggtctgtaac tgacgctgag gttcgaaagc gtgggtagca aacaggatta gataccctgg 780
tagtccacgc tgtaaacgat gaatgctaag tgttggaggg tttccgccct tcagtgccgc 840
agctaacgca ttaagcattc cgcctgggga gtacgaccgc aaggttgaaa ctcaaaggaa 900
ttgacggggg cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960
cttaccaggt cttgacatct tctgcaagcc tgagagatca ggtgttccct tcggggacag 1020
aatgacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080
caacgagcgc aacccttatt gccagttgcc agcattcagt tgggcactct gacaagactg 1140
ccggtgacaa accggaggaa ggtggggatg acgtcaaatc atcatgcccc ttatgacctg 1200
ggctacacac gtgctacaat ggacgataca acgagttgct agaccgcgag gttaagctaa 1260
tctcttaaag tcgttctcag ttcggattgc aggctgcaac tcgcctgcat gaagtcggaa 1320
tcgctagtaa tcgcggatca gcatgccgcg gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc 1380
gcccgtcaca ccatgagagt ttgtaacacc caaagccggt ggggtaacca gtgggaacca 1440
gccgtctaag gtgggacaga 1460
<210> 42
<211> 1464
<212> DNA
<213> 糊精乳杆菌(Lactobacillus dextrinicus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (394)..(394)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (397)..(397)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (781)..(781)
<223> n是a、c、g或t
<400> 42
ctggcggcgt gcctaataca tgcaagtcga acgagtttgc ttttaatgaa ggcggtgctt 60
gcaccaactg atttaaaaat aaacgagtgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaaccta 120
ccctaaagtg ggggataaca tttggaaaca gatgctaata ccgcataata tcaaaaacca 180
catggttttt aattgaaaga cggcgtaagc tgtcactttt ggatggaccc gcggcgtatt 240
agctagttgg tgaggtaacg gctcaccaag gcgatgatac gtagccgacc tgagagggtg 300
atcggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtagggaat 360
cttccacaat ggacgaaagt ctgatggagc aacnccncgt gagtgaagaa ggttttcgga 420
tcgtaaaact ctgttattgg agaagaacgt atttggtagt aactggccag atagtgacgg 480
tatccaatca gaaagccacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc 540
aagcgttgtc cggatttatt gggcgtaaag cgagtgcagg cggtttttta agtctgatgt 600
gaaagccttc ggcttaaccg aagaaatgca ttggaaactg ggaaacttga gtgcagaaga 660
ggagagtgga actccatgtg tagcggtgaa atgcgtagat atatggaaga acaccagtgg 720
cgaaggcggc tctctggtct gtaactgacg ctgaggctcg aaagcgtggg tagcaaacag 780
nattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgagtg ctaagtgttg gagggtttcc 840
gcccttcagt gctgcagcta acgcattaag cactccgcct ggggagtacg accgcaaggt 900
tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960
agcaacgcga agaaccttac caggtcttga catctagcgc caatcctaga gataggacgt 1020
tcccttcggg gacgctaaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080
ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttattatcag ttgccagcat ttagttgggc 1140
actctggtga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat 1200
gccccttatg acctgggcta cacacgtgct acaatggcta gtacaacgag ttgcgagacc 1260
gcgaggtcaa gctaatctct aaaagctagt ctcagttcgg attgtaggct gcaactcgcc 1320
tacatgaagt tggaatcgct agtaatcgcg gatcagcacg ccgcggtgaa tacgttcccg 1380
ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg agagtttgta acacccgaag ccggtggagt 1440
aacccgtaag ggagctagcc gtct 1464
<210> 43
<211> 1499
<212> DNA
<213> 乳酸乳球菌(Lactobacillus lactis)
<400> 43
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagttgagc gatgaagatt ggtgcttgca 60
ccaatttgaa gagcagcgaa cgggtgagta acgcgtgggg aatctgcctt tgagcggggg 120
acaacatttg gaaacgaatg ctaataccgc ataacaactt taaacataag ttttaagttt 180
gaaagatgca attgcatcac tcaaagatga tcccgcgttg tattagctag ttggtgaggt 240
aaaggctcac caaggcgatg atacatagcc gacctgagag ggtgatcggc cacattggga 300
ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatggacga 360
aagtctgacc gagcaacgcc gcgtgagtga agaaggtttt cggatcgtaa aactctgttg 420
gtagagaaga acgttggtga gagtggaaag ctcatcaagt gacggtaact acccagaaag 480
ggacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtcccgagcg ttgtccggat 540
ttattgggcg taaagcgagc gcaggtggtt tattaagtct ggtgtaaaag gcagtggctc 600
aaccattgta tgcattggaa actggtagac ttgagtgcag gagaggagag tggaattcca 660
tgtgtagcgg tgaaatgcgt agatatatgg aggaacaccg gtggcgaaag cggctctctg 720
gcctgtaact gacactgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacgatg agtgctagat gtagggagct ataagttctc tgtatcgcag 840
ctaacgcaat aagcactccg cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt 900
gacgggggcc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct 960
taccaggtct tgacatactc gtgctattcc tagagatagg aagttccttc gggacacggg 1020
atacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca 1080
acgagcgcaa cccctattgt tagttgccat cattaagttg ggcactctaa cgagactgcc 1140
ggtgataaac cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg 1200
ctacacacgt gctacaatgg atggtacaac gagtcgcgag acagtgatgt ttagctaatc 1260
tcttaaaacc attctcagtt cggattgtag gctgcaactc gcctacatga agtcggaatc 1320
gctagtaatc gcggatcagc acgccgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc 1380
ccgtcacacc acgggagttg ggagtacccg aagtaggttg cctaaccgca aggagggcgc 1440
ttcctaaggt aagaccgatg actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaagg 1499
<210> 44
<211> 1510
<212> DNA
<213> 普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)
<400> 44
tattacaatg aagagtttga tcctggctca ggatgaacgc tagctacagg cttaacacat 60
gcaagtcgag gggcagcatg gtcttagctt gctaaggccg atggcgaccg gcgcacgggt 120
gagtaacacg tatccaacct gccgtctact cttggacagc cttctgaaag gaagattaat 180
acaagatggc atcatgagtc cgcatgttca catgattaaa ggtattccgg tagacgatgg 240
ggatgcgttc cattagatag taggcggggt aacggcccac ctagtcttcg atggataggg 300
gttctgagag gaaggtcccc cacattggaa ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg 360
cagcagtgag gaatattggt caatgggcga gagcctgaac cagccaagta gcgtgaagga 420
tgactgccct atgggttgta aacttctttt ataaaggaat aaagtcgggt atggataccc 480
gtttgcatgt actttatgaa taaggatcgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540
ggaggatccg agcgttatcc ggatttattg ggtttaaagg gagcgtagat ggatgtttaa 600
gtcagttgtg aaagtttgcg gctcaaccgt aaaattgcag ttgatactgg atatcttgag 660
tgcagttgag gcaggcggaa ttcgtggtgt agcggtgaaa tgcttagata tcacgaagaa 720
ctccgattgc gaaggcagcc tgctaagctg caactgacat tgaggctcga aagtgtgggt 780
atcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acacggtaaa cgatgaatac tcgctgtttg 840
cgatatactg caagcggcca agcgaaagcg ttaagtattc cacctgggga gtacgccggc 900
aacggtgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa 960
ttcgatgata cgcgaggaac cttacccggg cttaaattgc agatgaatta cggtgaaagc 1020
cgtaagccgc aaggcatctg tgaaggtgct gcatggttgt cgtcagctcg tgccgtgagg 1080
tgtcggctta agtgccataa cgagcgcaac ccttgttgtc agttactaac aggttccgct 1140
gaggactctg acaagactgc catcgtaaga tgtgaggaag gtggggatga cgtcaaatca 1200
gcacggccct tacgtccggg gctacacacg tgttacaatg gggggtacag agggccgcta 1260
ccacgcgagt ggatgccaat ccccaaaacc tctctcagtt cggactggag tctgcaaccc 1320
gactccacga agctggattc gctagtaatc gcgcatcagc cacggcgcgg tgaatacgtt 1380
cccgggcctt gtacacaccg cccgtcaagc catgggagcc gggggtacct gaagtgcgta 1440
accgcgagga gcgccctagg gtaaaactgg tgactggggc taagtcgtaa caaggtagcc 1500
gtaccggaag 1510
<210> 45
<211> 1529
<212> DNA
<213> 脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)
<400> 45
acaatgaaga gtttgatcct ggctcaggat gaacgctagc tacaggctta acacatgcaa 60
gtcgaggggc atcaggaaga aagcttgctt tctttgctgg cgaccggcgc acgggtgagt 120
aacacgtatc caacctgccc tttactcggg gatagccttt cgaaagaaag attaataccc 180
gatagcataa tgattccgca tggtttcatt attaaaggat tccggtaaag gatggggatg 240
cgttccatta ggttgttggt gaggtaacgg ctcaccaagc cttcgatgga taggggttct 300
gagaggaagg tcccccacat tggaactgag acacggtcca aactcctacg ggaggcagca 360
gtgaggaata ttggtcaatg ggcgctagcc tgaaccagcc aagtagcgtg aaggatgaag 420
gctctatggg tcgtaaactt cttttatata agaataaagt gcagtatgta tactgttttg 480
tatgtattat atgaataagg atcggctaac tccgtgccag cagccgcggt aatacggagg 540
atccgagcgt tatccggatt tattgggttt aaagggagcg taggtggact ggtaagtcag 600
ttgtgaaagt ttgcggctca accgtaaaat tgcagttgat actgtcagtc ttgagtacag 660
tagaggtggg cggaattcgt ggtgtagcgg tgaaatgctt agatatcacg aagaactccg 720
attgcgaagg cagctcactg gactgcaact gacactgatg ctcgaaagtg tgggtatcaa 780
acaggattag ataccctggt agtccacaca gtaaacgatg aatactcgct gtttgcgata 840
tacagtaagc ggccaagcga aagcattaag tattccacct ggggagtacg ccggcaacgg 900
tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggag gaacatgtgg tttaattcga 960
tgatacgcga ggaaccttac ccgggcttaa attgcagtgg aatgatgtgg aaacatgtca 1020
gtgagcaatc accgctgtga aggtgctgca tggttgtcgt cagctcgtgc cgtgaggtgt 1080
cggcttaagt gccataacga gcgcaaccct tatctttagt tactaacagg ttatgctgag 1140
gactctagag agactgccgt cgtaagatgt gaggaaggtg gggatgacgt caaatcagca 1200
cggcccttac gtccggggct acacacgtgt tacaatgggg ggtacagaag gcagctagcg 1260
ggtgaccgta tgctaatccc aaaatcctct ctcagttcgg atcgaagtct gcaacccgac 1320
ttcgtgaagc tggattcgct agtaatcgcg catcagccac ggcgcggtga atacgttccc 1380
gggccttgta cacaccgccc gtcaagccat gggagccggg ggtacctgaa gtacgtaacc 1440
gcaaggatcg tcctagggta aaactggtga ctggggctaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
ccggaaggtg cggctggaac acctccttt 1529
<210> 46
<211> 1462
<212> DNA
<213> 普拉栖粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)
<400> 46
gatcctggct caggcgaacg ctggcggcgc gcctaacaca tgcaagtcga acgagcgaga 60
gagagcttgc tttctcaagc gagtggcgaa cgggtgagta acgcgtgagg aacctgcctc 120
aaagaggggg acaacagttg gaaacgactg ctaataccgc ataagcccac gacccggcat 180
cgggtagagg gaaaaggagc aatccgcttt gagatggcct cgcgtccgat tagctagttg 240
gtgaggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc ggtagccgga ctgagaggtt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa 360
tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tggaggaaga aggtcttcgg attgtaaact 420
cctgttgttg aggaagataa tgacggtact caacaaggaa gtgacggcta actacgtgcc 480
agcagccgcg gtaaaacgta ggtcacaagc gttgtccgga attactgggt gtaaagggag 540
cgcaggcggg aaggcaagtt ggaagtgaaa tccatgggct caacccatga actgctttca 600
aaactgtttt tcttgagtag tgcagaggta ggcggaattc ccggtgtagc ggtggaatgc 660
gtagatatcg ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcctac tgggcaccaa ctgacgctga 720
ggctcgaaag tgtgggtagc aaacaggatt agataccctg gtagtccaca ctgtggccga 780
tgtttactag gtgttggagg attgacccct tcagtgccgc agttaacaca ataagtaatc 840
cacctgggga gtacgaccgc aaggttgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag 900
cagtggagta tgtggtttaa ttcgacgcaa cgcgaagaac cttaccaagt cttgacatcc 960
tgcgacgcac atagaaatat gtgtttcctt cgggacgcag agacaggtgg tgcatggttg 1020
tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttatggt 1080
cagttactac gcaagaggac tctggccaga ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg 1140
atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac ttgggctaca cacgtactac aatggcgtta 1200
aacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcag aaacaacgtc ccagttcgga 1260
ctgcaggctg caactcgcct gcacgaagtc ggaattgcta gtaatcgcag atcagcatgc 1320
tgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga gagccggggg 1380
gacccgaagt cggtagtcta accgcaagga ggacgccgcc gaaggtaaaa ctggtgattg 1440
gggtgaagtc gtaacaaggt ac 1462
<210> 47
<211> 1521
<212> DNA
<213> 直肠真杆菌(Eubacterium rectale)
<400> 47
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacttt atttgatttc cttcgggact gattattttg tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtaca gggggataac agttggaaac ggctgctaat 180
accgcataag cgcacggcat cgcatgatgc agtgtgaaaa actccggtgg tataagatgg 240
acccgcgttg gattagctag ttggtgaggt aacggcccac caaggcgacg atccatagcc 300
gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360
cagcagtggg gaatattgca caatgggcga aagcctgatg cagcgacgcc gcgtgagcga 420
agaagtattt cggtatgtaa agctctatca gcagggaaga taatgacggt acctgactaa 480
gaagcaccgg ctaaatacgt gccagcagcc gcggtaatac gtatggtgca agcgttatcc 540
ggatttactg ggtgtaaagg gagcgcaggc ggtgcggcaa gtctgatgtg aaagcccggg 600
gctcaacccc ggtactgcat tggaaactgt cgtactagag tgtcggaggg gtaagcggaa 660
ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720
tactggacga taactgacgc tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780
ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgttgg gaagcattgc ttctcggtgc 840
cgtcgcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900
gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960
aaccttacca agtcttgaca tccttctgac cggtacttaa ccgtaccttc tcttcggagc 1020
aggagtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080
ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag 1140
actgccaggg ataacctgga ggaaggcggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200
cttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaaagctg tgaagccgag 1260
caaatctcaa aaataacgtc tcagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320
ggaatcgcta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380
caccgcccgt cacaccatgg gagttgggaa tgcccgaagc cagtgaccta accgaaagga 1440
aggagctgtc gaaggcaggc tcgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500
gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521
<210> 48
<211> 1539
<212> DNA
<213> 嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)
<400> 48
atgggagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgtgcctaat acatgcaagt 60
agaacgctga agagaggagc ttgctcttct tggatgagtt gcgaacgggt gagtaacgcg 120
taggtaacct gccttgtagc gggggataac tattggaaac gatagctaat accgcataac 180
aatggatgac acatgtcatt tatttgaaag gggcaattgc tccactacaa gatggacctg 240
cgttgtatta gctagtaggt gaggtaatgg ctcacctagg cgacgataca tagccgacct 300
gagagggtga tcggccacac tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca 360
gtagggaatc ttcggcaatg ggggcaaccc tgaccgagca acgccgcgtg agtgaagaag 420
gttttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt caagaacggg tgtgagagtg gaaagttcac 480
actgtgacgg tagcttacca gaaagggacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata 540
cgtaggtccc gagcgttgtc cggatttatt gggcgtaaag cgagcgcagg cggtttgata 600
agtctgaagt taaaggctgt ggctcaacca tagttcgctt tggaaactgt caaacttgag 660
tgcagaaggg gagagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa tgcgtagata tatggaggaa 720
caccggtggc gaaagcggct ctctggtctg taactgacgc tgaggctcga aagcgtgggg 780
agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtgc taggtgttgg 840
atcctttccg ggattcagtg ccgcagctaa cgcattaagc actccgcctg gggagtacga 900
ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt 960
ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac atcccgatgc tatttctaga 1020
gatagaaagt tacttcggta catcggtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt 1080
cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc tattgttagt tgccatcatt 1140
cagttgggca ctctagcgag actgccggta ataaaccgga ggaaggtggg gatgacgtca 1200
aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta caatggttgg tacaacgagt 1260
tgcgagtcgg tgacggcgag ctaatctctt aaagccaatc tcagttcgga ttgtaggctg 1320
caactcgcct acatgaagtc ggaatcgcta gtaatcgcgg atcagcacgc cgcggtgaat 1380
acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga gagtttgtaa cacccgaagt 1440
cggtgaggta accttttgga gccagccgcc taaggtggga cagatgattg gggtgaagtc 1500
gtaacaaggt agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcac 1539
<210> 49
<211> 1436
<212> DNA
<213> 微细片球菌(Pediococcus parvulus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1345)..(1345)
<223> n是a、c、g或t
<400> 49
acatgcaagt cgaacgcact ttcgttgaat gaattagagg tgcttgcacc gaagatgatt 60
ttagctataa agtgagtggc gaacgggtga gtaacacgtg ggtaacctgc ccagaagtgg 120
gggataacac ctggaaacag atgctaatac cgcataacaa agtaaaccgc atggtttact 180
tttaaaagat ggcttcggct atcacttctg gatggacccg cggcgtatta gctagttggt 240
gagataaagg ctcaccaagg cagtgatacg tagccgacct gagagggtaa tcggccacat 300
tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtagggaatc ttccacaatg 360
gacgaaagtc tgatggagca acgccgcgtg agtgatgaag gctttagggt cgtaaaactc 420
tgttgttgga gaagaacgtg tgtgagagta actgctcatg cagtgacggt atccaaccag 480
aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc 540
ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggtcttttaa gtctaatgtg aaagccttcg 600
gcttaaccga agaagtgcat tggaaactgg aagacttgag tgcagaagag gacagtggaa 660
ctccatgtgt agcggtgaaa tgcgtagata tatggaagaa caccagtggc gaaggcggct 720
gtctggtctg taactgacgc tgaggctcga aagcatgggt agcgaacagg attagatacc 780
ctggtagtcc atgccgtaaa cgatgaatgc taagtgttgg agggtttccg cccttcagtg 840
ctgcagctaa cgcattaagc attccgcctg gggagtacga ccgcaaggtt gaaactcaaa 900
agaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gctacgcgaa 960
gaaccttacc aggtcttgac atcttctgcc aatctaagag attagacgtt cccttcgggg 1020
acagaatgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct tattattagt tgccagcatt aagttgggca ctctagtgag 1140
actgccggtg acaaaccgga ggaaggtggg gacgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200
cctgggctac acacgtgcta caatggacgg tacaacgagt tgcgagaccg cgaggtttag 1260
ctaatctctt aaaaccgttc tcagttcgga ctgcaggctg caactcgcct gcacgaagtt 1320
ggaatcgcta gtaatcgcgg atcancatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca 1380
caccgcccgt cacaccatga gagtttgtaa cacccaaagc cggtggagta accttc 1436
<210> 50
<211> 1540
<212> DNA
<213> 罗莉片球菌(Pediococcus lolii)
<400> 50
caagtcgaac gaacttccgt taattgatta tgacgtgctt gcactgaatg agattttaac 60
acgaagtgag tggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac ctgcccagaa gcaggggata 120
acacctggaa acagatgcta ataccgtata acagagaaaa ccgcctggtt ttcttttaaa 180
agatggctct gctatcactt ctggatggac ccgcggcgca ttagctagtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca aggcgatgat gcgtagccga cctgagaggg taatcggcca cattgggact 300
gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttccaca atggacgcaa 360
gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtgaag aagggtttcg gctcgtaaag ctctgttgtt 420
aaagaagaac gtgggtgaga gtaactgttc acccagtgac ggtatttaac cagaaagcca 480
cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tagggtaggt ggcaagcgtt atccggattt 540
attgggcgta aagcgagcgc aggcggtctt ttaagtctaa tgtgaaagcc ttcggctcaa 600
ccgaagaagt gcattggaaa ctgggagact tgagtgcaga agaggacagt ggaactccat 660
gtgtagcggt gaaatgcgta gatatatgga agaacaccag tggcgaaggc ggctgtctgg 720
tctgtaactg acgctgaggc tcgaaagcat gggtagcgaa caggattaga taccctgtta 780
gtaccctgct gtcaacgata agagtgatta ctaagtgttg gagggtttcc gcccttcagt 840
gctgcagcta acgcattaag ttatccgcct ggggagtacg accgcaaggt tgaaactcaa 900
agaattgacg ggggccgcac aagcgtggag catgtggtta attcgaagta cgcgaagaac 960
ttaccaggtc ttgacatctt tgccaaccta agagattagg cgttccttcg gggacagaat 1020
gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa 1080
cgagcgcaac ccttattact agttgccagc attcagttgg gcactctagt gagactgccg 1140
gtgacaaacc ggaggaaggt ggggacgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc 1200
tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg agtcgcgaaa ccgcgaggtt tagctaatct 1260
cttaaaacca ttctcagttc ggactgtagg ctgcaactcg cctacacgaa gtcggaatcg 1320
ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc 1380
cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa agccggtggg gtaacctttt aggagctagc 1440
cgtctaaggt gggacagatg attagggtga agtcgtaaca aggtagccgt aggagaacct 1500
gcggctggat cacctccttt ctaaggaata atacggaacc 1540
<210> 51
<211> 1540
<212> DNA
<213> 乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)
<400> 51
caagtcgaac gaacttccgt taattgatta tgacgtgctt gcactgaatg agattttaac 60
acgaagtgag tggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac ctgcccagaa gcaggggata 120
acacctggaa acagatgcta ataccgtata acagagaaaa ccgcctggtt ttcttttaaa 180
agatggctct gctatcactt ctggatggac ccgcggcgca ttagctagtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca aggcgatgat gcgtagccga cctgagaggg taatcggcca cattgggact 300
gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttccaca atggacgcaa 360
gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtgaag aagggtttcg gctcgtaaag ctctgttgtt 420
aaagaagaac gtgggtgaga gtaactgttc acccagtgac ggtatttaac cagaaagcca 480
cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tagggtaggt ggcaagcgtt atccggattt 540
attgggcgta aagcgagcgc aggcggtctt ttaagtctaa tgtgaaagcc ttcggctcaa 600
ccgaagaagt gcattggaaa ctgggagact tgagtgcaga agaggacagt ggaactccat 660
gtgtagcggt gaaatgcgta gatatatgga agaacaccag tggcgaaggc ggctgtctgg 720
tctgtaactg acgctgaggc tcgaaagcat gggtagcgaa caggattaga taccctgtta 780
gtaccctgct gtcaacgata agagtgatta ctaagtgttg gagggtttcc gcccttcagt 840
gctgcagcta acgcattaag ttatccgcct ggggagtacg accgcaaggt tgaaactcaa 900
agaattgacg ggggccgcac aagcgtggag catgtggtta attcgaagta cgcgaagaac 960
ttaccaggtc ttgacatctt tgccaaccta agagattagg cgttccttcg gggacagaat 1020
gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa 1080
cgagcgcaac ccttattact agttgccagc attcagttgg gcactctagt gagactgccg 1140
gtgacaaacc ggaggaaggt ggggacgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc 1200
tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg agtcgcgaaa ccgcgaggtt tagctaatct 1260
cttaaaacca ttctcagttc ggactgtagg ctgcaactcg cctacacgaa gtcggaatcg 1320
ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc 1380
cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa agccggtggg gtaacctttt aggagctagc 1440
cgtctaaggt gggacagatg attagggtga agtcgtaaca aggtagccgt aggagaacct 1500
gcggctggat cacctccttt ctaaggaata atacggaacc 1540
<210> 52
<211> 1492
<212> DNA
<213> 阿根廷片球菌(Pediococcus argentinicus)
<400> 52
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcacttccgt cgaatgattt 60
caaggtgctt gcaccgcgaa tgaaaatgac atgaagtgag tggcgaacgg gtgagtaaca 120
cgtgggtaac ctgcccagaa gtaggggata acacctggaa acagatgcta ataccgtata 180
atagagaaaa ccgcatggtt ttcttttgaa agatggctct gctatcactt ctggatggac 240
ccgcggcgta ttagctagtt ggtgaggtaa ckgctcacca aggcagtgat acgtagccga 300
cctgagaggg taatcggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360
gcagtaggga atcttccaca atggacgaaa gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtgaag 420
aagggtttcg gctcgtaaag ctctgttgtt aaagaagaac gtgggtaaga gtaactgttt 480
acccagtgac ggtatttaac cagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 540
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggtttct 600
taagtctaat gtgaaagcct tcggctcaac cgaagaagtg cattggaaac tgggaaactt 660
gagtgcagaa gaggatagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 720
gaacaccagt ggcgaaggcg gctatctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 780
ggtagcgaac aggattagat accctggtag tccatgccgt aaacgatgaa tgctaagtgt 840
tggagggttt ccgcccttca gtgctgcagc taacgcatta agcattccgc ctggggagta 900
cgaccgcaag gttgaaactc aaaagaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt 960
ggtttaattc gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt gacatcttct gccaatctaa 1020
gagattagac gttcccttcg gggacagaat gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg 1080
tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttattact agttgccagc 1140
atttagttgg gcactctagt gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggacgacg 1200
tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga tggtacaacg 1260
agttgcgaga ccgcgaggtt tagctaatct cttaaaacca ttctcagttc ggattgtagg 1320
ctgcaactcg cctacatgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg 1380
aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa 1440
agccggtggg gtaacctttt aggagctagc cgtctaaggt gggacagatg at 1492
<210> 53
<211> 1472
<212> DNA
<213> 克劳森片球菌(Pediococcus claussenii)
<400> 53
tgcaagtcga acgcatttcc gttaatagaa tcagaagtgc ttgcacggat agatgatttt 60
aacaatgaaa tgagtggcga acgggtgagt aacacgtggg taacctgccc agaagagggg 120
gataacactt ggaaacaggt gctaataccg cataataaag aaaaccgcat ggttttcctt 180
taaaagatgg tttcggctat cacttctgga tggacccgcg gcgtattagc tagttggtaa 240
ggtaaaggct taccaaggca gtgatacgta cccgacctga gagggtaatc ggccacattg 300
ggactgacac acggcccata ctcctacggg aggcagcaat agggaatctt ccacagtgga 360
cgaaagtctg atggagcaac gccgcgtgag tgaagaaggg tttcggctcg taaaactctg 420
ttgttaaaga agaacgtggg tgagagtaac tgttcaccca gtgacggtat ttaaccagaa 480
agccacggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt aggtggcaag cgttatccgg 540
atttattggg cgtaaagcga gcgcaggcgg tcttttaagt ctaatgtgaa agccttcggc 600
tcaaccgaag aagtgcattg gaaactggga gacttgagtg cagaagagga cagtggaact 660
ccatgtgtag cggtgaaatg cgtagatata tggaagaaca ccagtggcga aggcggctgt 720
ctggtctgta actgacgctg aggctcgaaa gcatgggtag cgaacaggat tagataccct 780
ggtagtccat gccgtaaacg atgaatacta agtgttggag ggtttccgcc cttcagtgct 840
gcagctaacg cattaagtat tccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga aactcaaaag 900
aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc tacgcgaaga 960
accttaccag gtcttgacat cttctgacat tctaagagat tagaagttcc cttcggggac 1020
agaatgacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc 1080
cgcaacgagc gcaaccctta ttactagttg ccagcattaa gttgggcact ctagtgagac 1140
tgccggtgac aaaccggagg aaggtgggga cgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgacc 1200
tgggctacac acgtgctaca atggatggta caacgagtcg cgaaaccgcg aggtttagct 1260
aatctcttaa agccattctc agttcggact gtaggctgca actcgcctac acgaagtcgg 1320
aatcgctagt aatcgcggat cagcatgccg cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca 1380
ccgcccgtca caccatgaga gtttgtaaca cccaaagccg gtggggtaac cttttaggag 1440
ctagccgtct aaggtgggac agatgattag gg 1472
<210> 54
<211> 1569
<212> DNA
<213> 戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (120)..(120)
<223> n是a、c、g或t
<400> 54
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaacttccgt taattgatta tgacgtactt gtactgattg agattttaac acgaagtagn 120
tggcgaacgg gtgagtaaca cgtgggtaac ctgcccagaa gtaggggata acacctggaa 180
acagatgcta ataccgtata acagagaaaa ccgcatggtt ttcttttaaa agatggctct 240
gctatcactt ctggatggac ccgcggcgta ttagctagtt ggtgaggtaa aggcccacca 300
aggcagtgat acgtagccga cctgagaggg taatcggcca cattgggact gagacacggc 360
ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttccaca atggacgcaa gtctgatgga 420
gcaacgccgc gtgagtgaag aagggtttcg gctcgtaaag ctctgttgtt aaagaagaac 480
gtgggtaaga gtaactgttt acccagtgac ggtatttaac cagaaagcca cggctaacta 540
cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa 600
agcgagcgca ggcggtcttt taagtctaat gtgaaagcct tcggctcaac cgaagaagtg 660
cattggaaac tgggagactt gagtgcagaa gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg 720
aaatgcgtag atatatggaa gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga 780
cgctgaggct cgaaagcatg ggtagcgaac aggattagat accctggtag tccatgccgt 840
aaacgatgat tactaagtgt tggagggttt ccgcccttca gtgctgcagc taacgcatta 900
agtaatccgc ctggggagta cgaccgcaag gttgaaactc aaaagaattg acgggggccc 960
gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt 1020
gacatcttct gacagtctaa gagattagag gttcccttcg gggacagaat gacaggtggt 1080
gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1140
ccttattact agttgccagc attaagttgg gcactctagt gagactgccg gtgacaaacc 1200
ggaggaaggt ggggacgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1260
ctacaatgga tggtacaacg agtcgcgaga ccgcgaggtt aagctaatct cttaaaacca 1320
ttctcagttc ggactgtagg ctgcaactcg cctacacgaa gtcggaatcg ctagtaatcg 1380
cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca 1440
tgagagtttg taacacccaa agccggtggg gtaacctttt aggagctagc cgtctaaggt 1500
gggacagatg attagggtga agtcgtaaca aggtagccgt aggagaacct gcggctggat 1560
cacctcctt 1569
<210> 55
<211> 1529
<212> DNA
<213> 斯氏片球菌(Pediococcus stilesii)
<400> 55
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gaacttccgt taattgatta 60
agcggtactt gtaccaattg agattttaac acgaagtgag tggcgaacgg gtgagtaaca 120
cgtgggtaay ctgcccagaa gtaggggata acacctggaa acagatgcta ataccgtata 180
atagagaaaa ccgcatggtt ttcttttgaa agatggctct gctatcactt ctggatggac 240
ccgcggcgca ttagctagtt ggtaaggtaa aggcttacca aggcagtgat gcgtagccga 300
cctgagaggg taatcggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360
gcagtaggga atcttccaca atggacgcaa gtctgatgga gcaacgccgc gtgagtgaag 420
aagggtttcg gctcgtaaag ctctgttgtt aaagaagaac gtgggtgaga gtaactgttc 480
acccagtgac ggtatttaac cagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 540
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggtcttt 600
taagtctaat gtgaaagcct tcggctcaac cgaagaagtg cattggaaac tgggagactt 660
gagtgcagaa gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 720
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 780
ggtagcgaac aggattagat accctggtag tccatgccgt aaacgatgaa tgctaagtgt 840
tggagggttt ccgcccttca gtgctgcagc taacgcatta agcattccgc ctggggagta 900
cgaccgcaag gttgaaactc aaaagaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt 960
ggtttaattc gaagctacgc gaagaacctt accaggtctt gacatcttct gacagtctaa 1020
gagattagag gttcccttcg gggacagaat gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg 1080
tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttattact agttgccagc 1140
atttagttgg gcactctagt gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggacgacg 1200
tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga tgatacaacg 1260
agtcgcgaaa ccgcgaggtt tagctaatct cttaaaatca ttctcagttc ggactgtagg 1320
ctgcaactcg ccyacacgaa gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg 1380
aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgagagtttg taacacccaa 1440
agccggtggg gtaacctttt aggagctagc cgtctaaggt gggacagatg attagggtga 1500
agtcgtaaca aggtagccgt aagaaaacc 1529
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 56
atacagcaga accttggcct 20
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 57
gcgatcacat ggacgagaac 20
<210> 58
<211> 27
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> FAM染料
<220>
<221> misc_feature
<222> (10)..(10)
<223> n = ZEN淬灭剂
<220>
<221> misc_feature
<222> (11)..(11)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(25)
<223> n = IABkFQ淬灭剂
<220>
<221> misc_feature
<222> (27)..(27)
<223> n是a、c、g或t
<400> 58
ntttcacgga ntcaccggac catacgn 27
<210> 59
<211> 1113
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 59
gtgataattg gaaaacgtct cggtgaagat cggttcaaat tttacaaaac cgtccttgcc 60
ggaaatacag atcagctgct attcgacgag gaatttaatg catggtttgt gttcaatgtg 120
cgtaaccttc atactttgat aagagatgag cggctcaaag ccaacactaa aactgtcata 180
gataaactcc ctctgaagat agaaactata cggacattaa agaattttta ttccaactgg 240
gttatgttca ccgacggaga gtctcataaa cagcttcgtc gcctagtggg aacaatcatt 300
aatactcgtt atcacgccat aaattacaca tggccgcaaa tcaataaaaa ttgtgacttc 360
actacagagt atgcaaggcc ttatgtgtac ggtatccttg ctcaactggt gggtgtctct 420
gtagaagaca tttcaagaat ggtctcggca tcggaaacca ttaactcgtt cttactgcgc 480
gaacggctta cgctagacga tatcgaacaa gtcgcgcatt caatcgaata cgcgtatcag 540
gttgtcaaag aaatcgaaga taagcatgta ggggagccgc tgtacatagg caacgaattg 600
cttgacttgc ctcaggagac acgatatccc ctcatcatta atctagtaac cgatggtttt 660
gccccattcg tagctgcgct tgatttcctg gcgttcaatc tgttgactca cccatattta 720
gaggaagagc tcaatgcaaa agcagggcaa atatcccttg aaagtcttcg gttgttccct 780
ccattcacga caataagcag gacatgcgtg catgaaatac cttttaagga aaaaattatt 840
agaccaaggc agttggtaat ttttgattta tacagcatta atcgcgaccc ggaagttttt 900
cccgatccgg aaaaatttaa ccttgagaac actgcaagag catactcctt tggggctgcg 960
cagcatctat gctccggaaa cccgctggtg agaaaagccc tggaacaagt aacgcgccaa 1020
agcgaatcac tatataaata caagatacag tcttattgct tcaaaaattc atacggtttt 1080
accgacatga atttgtctat tgaattaaaa taa 1113
<210> 60
<211> 333
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 60
atggaaccca tcaaagactg gctgaccggc ctcgaccgag aatccaaact gcagatcctc 60
gccgccgtcg aagtcctgaa agaacaagga cccaacctca gacgaccact ggtaggcaaa 120
atcgaaggct ccaaaatcaa atcgatgaag gaactccgac ccggctccgc aggcaaaagc 180
gaaatacgaa tactgttcgt gttcgacccg aaccggcagg cgataatgct cgtcggcgga 240
gacaagcaaa acaaatggtc gaaatggtac aaaacggcca taccggaagc ggaagaccgg 300
tatgaggcgt ggcttaaaca gaacaacaaa tga 333
<210> 61
<211> 1101
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 61
atggacgatg cgcagtacat gggactcgcg atcgagctgg cgaagcgagg ggccggatac 60
gtgaacccca atcccatggt cggcgcggtg atcgtcaagg acgatcggat catcgggcag 120
gggtatcacg agatgttcgg cggattgcac gccgagagga acgcgttgcg gcattgcacg 180
cagtcacccg ccggggcgac gttgtacgtc acgcttgagc cgtgctgcca ttacggcaaa 240
acgccgccat gcacggaggc gatcgtggaa agcggcatcg caagggtcgt cgtcggaacc 300
ttggactgca atcccgtggt gtccggcaag ggcgtgcgca tgctcgaaga ccacggcata 360
cgggtcgatg tgggggtgct ggccgacgag tgccggcatc tgatacgggt gttcagcaaa 420
tacatcacca cgcatacgcc gtatgtcatc atgaaatacg ccatgacgat ggacgggaag 480
atagcgaccc ataccaatca atcacggtgg atcagcggcg aggagtcgag gcgtcgggtc 540
catcagctcc gtcgatccgt cgcggcggtc atggtggggg tgaacacggt gatcgaggac 600
gacccgttgc tgacatgccg catggcacac ggaaggaacc cggttcgcgt cgtctgcgat 660
acgcgattga ggacgcccct cacctcgcgg atcgtgcaga cggcgaatga cgtcaggacc 720
tatatcgcca ccgcctgcga tgacgaacgc aaggcggagg actaccggcg gcacggctgc 780
gaaatactcg ccgtcggaag gaagggcgac cacgtcgatc tggcggacgt ggtgcggcgc 840
ctgggggata tgcagatgga cagcgtgctg ctggaaggcg ggagcgcgat gaattggagc 900
gccctcgaac agcggatcgt cgatgaggcg cacgtgtaca tcgcgccgaa gatattcggc 960
ggcaccgcga aaagcccggt gggcggccaa ggggtcgccc tgccttccga cgccgtcatg 1020
ctccggcccc gcgcctgctc ccgagtggga gaggattatc tggtggaaag cgaggtggtg 1080
tattcatgtt cacgggaata g 1101
<210> 62
<211> 1638
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 62
atgactttca tcaaacagat gatgccgcgt tatgtggcgt ctatgaccgc aggcatcgta 60
gcggcagcga tggccgcaac atgcgcgttt gcaccggtag cgaatgcgga cgccgtttct 120
ccgacacagg aaaccataca atcgaccggt cgccatttca tggtgtacta ccgcgcgtgg 180
cgtgatgtca cgatgaaggg tgtcaacacc gaccttccag acgataactg gatttcgatg 240
tacgatattc cgtacggcgt cgacgtggtc aatatattca gctatgttcc atcgggacag 300
gaagaacagg cgcaaccgtt ctacgataag ctcaaatctg attatgcacc gtacttgcat 360
tcgcgtggca tcaagctggt tcggggcatt gattacaccg gcgtggcggt caatggtttt 420
cgtactttca tgaaagagca gaacaaaacc gagagcgagg cgaccgaagc tgattatgat 480
gcctatgcta agcaagtaat cgataaatac atgatctccg ttggcttgga tggtctggat 540
atcgacatgg aggcgcaccc gaatgatgcc gatgtgaaga tctccgacaa tgtgattcgt 600
gcactgtcca aacacatcgg tcccaaatcc gccaagccgg ataccacgat gttcctttat 660
gacacgaatg gatcttatct caatccgttc aagaatgtgg cggaatgctt tgactacgtg 720
gcataccagc agtacggttc ttcctccgat cgcaccgcta gggccgccgc cgattatcag 780
ccttatatcg gcaacgagtt tgtgccgggc ctgacgttcc ccgaagaagg ggacatgaac 840
aatcgctggt atgatgccac cgagccgtat gaagaaagcc atttctatca agtggcgtca 900
tatgtgcgtg agcataatct tggcggcatg ttcgtttacg cgctcgaccg agacggtcgc 960
aactatgatg aagacctgcg tcggattgta ccgtccaact tgctgtggac caagaccgcc 1020
attgcggaga gcgagggcat ggcgttggat acggcaaaga ctgcagcgaa ccattacctt 1080
gatcgcatgt cgttgcgtca ggtgattgac gacaacgccg catccgcgga taaggcgcgg 1140
gatatggtgg ggaaggccgc taacctatac gagacaaata aagcagtcct tggtggtgac 1200
tacggagaag gtttctccaa cacatatgat ccgacattgg aagctggatt attagggatt 1260
gacatctccg tgttgcaaca gcagattgat aaatccagtg agatcattgg tgccgatacg 1320
gcggaatcgg atgcaaaaac tgcactccgt atggcacgtg atgccgccat cgatggtttg 1380
accggcaaga tctacacagc ggaccaagta tcagcgtggt cgcaggcatt gaaggcggcg 1440
cttgatgcca ccgtgccggt tccgacgcca gattccaccg atcagaatgg caaccgtgac 1500
aaggttacca atcacaaagt gcaaggccaa ccgaagcaac tgagtgcgac cggcatctcg 1560
acggatatta tcgttgccgt aggcgtgact cttgccatcg caggggtggc tctgtctcta 1620
tcacgtaagc tctcctga 1638
<210> 63
<211> 876
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 63
atgcagtacg ttaagggcac caatcaggaa ctattgacca catcaccgca gttccctgcc 60
ctggtcatcg cacatcaggg attcgacaaa gccaggttgc attggcatga aggcttcgag 120
gtggtatacg tccgacgctg tcgggccaca gtgatgaaag gcacccaacg ttcgatgcat 180
catgccggtg atgtagtact gattcctcca cgctgcctgc atagcatcga acttattcag 240
gatcttcggc aaccatcagc tgtaccgcag gcgctttccg taacgatctc gcccacggag 300
ttgctaccgt catatccgta tattacccaa atccaacaac agctggatta cgactacatt 360
ggcgaaaaag atcatcaaca attgctgaaa tgctgcgaac aaatgtttgc ggcactgatc 420
agtggcaagc agacacggtt ccttgaagcg aattcctggt tctacaccat gcttaccaat 480
gtttttgact acgccaaacc attggctgca gcgaaccaag aagacaccga ggatgaaacc 540
atactccagg atggacgagt cattagacga atacgccact acgtgcaacg tcattatcgc 600
gagcccctat ccaccgcaca ggtgtcgcag aaattcggat attcacgaga gcatttttca 660
aggatattca gcaaatattc tggagtgaca tttaaagact acgtaacgcg tgtacgtctg 720
ctggcggcct gcgatttgct caccaacacg gatatgccaa tcaatcaaat cgtccgggaa 780
tccggattcc ccagttctca aaccatgcga ggatcgtttg accgcgaatt cgcatgcacg 840
cccagcgaat atcgctctcg ttcgatggaa gaataa 876
<210> 64
<211> 696
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 64
atgaatacta acgatactta ttcgaaacgt cttattgatt cgctccacgg cacactgata 60
gtcagctgtc aagcatatcc cggcgagcca atgcggcatc ccgaaaccat ggcccaagtc 120
gctcaatcag tagtaatcgg cggcgctgcc gccattcgat gccaaggtct tgccgatatc 180
agcgccatca aaggccaagt aaaagttcca gtcatcggca tatggaagga aggcgataac 240
ggcgtataca tcacgccaac gttacgccac gccagagcct gcattatggc gggagccgac 300
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gattcccgcg ccaaaacaga aggaccggat tacgagctcc tcgctcaaat gctggagcgg 540
cacccccacg taccggtgat atgcgagggt aggatacata ctccgtccga tgcggccaaa 600
gccatagaaa tgggtgcctg ggcagccgta gtcggtaccg ccatcaccca ccccatgacg 660
ataacgtcat ggttcgccga tgcagtaagg tcctga 696
<210> 65
<211> 1020
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 65
atgagttttg caagcataat ccatcagcat acggtgatat ccgtggacat cggcggcacc 60
aaaatcgccg ctggtctcat gtgcgtagac ctcgacgaac aaggaagacc gcgggacatg 120
ccagcgttga ttcgacggta cgtcataccg acgaaagcac gtctcggcgg cacctccgta 180
ttgcaacgcg tcgttcaagc cattcgccag tgtctggacg atggtgagat tcctttccca 240
ctattgggga tcggtgtagc gagcgcagga gtcattgacg gcaacggttc ggtggtatca 300
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ttcaacgtgc ctgccatcgt catcggagat gttcaggcac acgcccttgg tgaagcgcac 420
tggggatgcg gacgacaata ccaatcacta ctggtcgccg ccatcggcac cggtatcgga 480
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 66
atggaagaga ggcgcgagaa gtcgattgcg gtgactgccc tgaatgaggg cgggggaggg 60
aaatctcatc gctcaggtcg atattccgcc gagcggcagc cccatgcgtg gctgttgctg 120
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 67
atgacggaga acgggatgat gaatacgaac aatactgtgt gcggcgcgaa ccatgacgga 60
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 68
atgctgaagg gaataccgcc gatcatacag cccgatctgc tgaagatact cagcgagatg 60
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 69
atgtccgtac gaaaaacgtc tatcatgtgc actatgggga acccaaatga aatcagactg 60
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<212> DNA
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atgagaacca tcaccagaag cgactatgcg ggcatgttcg ggccgaccac cggcgatcgg 60
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 71
atgacaagca catccatcaa tccggcgccg gtccgcggcg cggggtcgga cgacatcccg 60
ttcaacccga agctgaggca gaggaggagc gtgtccgact gggtcgtcga catcgtgatc 120
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<400> 72
atgtctgtgg tgaagcaggg tgaagtggtg gataacgcgt tggcggctcg ttccgcgccg 60
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 73
atgactgata cacatgattt cacgtcattg cccagattga accgcgcaga gcacggccgc 60
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actctcgcct atgtcggccc gctgttcggt catgagtcgg tggccgaggc catcgctgac 960
ccgcagctgc gggcatgggt gaatgaatgg tgggatctgg ccggatcata cctgtccgtc 1020
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<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 74
atggtatccg cgctcaatga agatcgccta ttcccaacgg atccggaaca acgtttaatc 60
gcacgtcgac tgtacgaggc aatcaaggat cgtcccatca tctcccctca cggacacgtc 120
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aacgagctcc ttgcctccga cgatttcacc acccgcaagc ttgtgaagcg tttcaacatc 480
ggcttcatct ccaccaccga tgaccccacc gatgacctgg tcctgcacga taaggtgcgc 540
gccgacgcca atttcccggc gcgtcttgca ccgtgtttcc gtccggatcg ctaccttgcg 600
gtcgatcgtg tggattgggc tcagctctgc gaccagctgg gtgaatcggc tggcgtaaac 660
accgccactt atgaaggatt cgtagaggcc atgcgccgtc gtcgtctgtt cttcaagcag 720
catggcgcag tcgccgccga ttacggtgtg gatccttcgc ttgacgaagt caattggtcc 780
ggcgacacca cacgcctgtc ggatgatgtg gcgattcgct tgtacaccaa ggctcgtagt 840
ggcagcctga cttccgatga ggcacgcaag ctgcacgccc atctgctcaa cgaccaggca 900
aagctcgcgc aggacgacgg tctggtaatg accttgcacc ccggcgtgat gcgcaaccac 960
taccgcaagc agctcgtcaa ctacggtccg gactgtggag cggattgccc gatgccggct 1020
gattgggctc actggctgcg ccccatgctc aacgaatacg gcgagaatcc tgatttccac 1080
cttgtggcat tcaccatgga tgagaccgca tactcccgcg agctcgctcc aatggcggca 1140
tactacccgg cgctgtacat cggagccccg tggtggttcc tggatgcgcc tgagccgatt 1200
ctgcgctact acgaggatgt cgttccgtac gctggtttcg ccaagctgtc gggattcatc 1260
gatgacaccc gtgcgctgtg ctccatcccc gcccgccacg acatgaaccg tcgtctgacc 1320
gcacgttaca tctccggtct ggtcgccgac caccggttga gttatgagga aggcgagcag 1380
atcgccattc gttccgtgga cggtcagcct tctgacgtgt tcaagctctg a 1431
<210> 75
<211> 1536
<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 75
atgggagata agaaacaact gcttgtgaac atggtcgcaa gtttggtgaa tttcacggtt 60
tccgttggaa tcggtctggt gcttacgcca tatatcgtgc gtagcatcgg cgctgaagcc 120
tatgggttcg tcggattggc gaacacgttc gtgagctatg cgcagctgct taccatcgca 180
ttgaattcgg tggccgggcg cttcatcacg gtcgcatacc atgaaggcga tgattccaag 240
gcgaacgggt attattcgtc tacgcttgcg gcaaacggcg tcatggtcgc catactggtg 300
gtcgtcgcgg ttccggtggt gacgttcctt gacaagctgg tgaacatctc tccacatctt 360
gtgggagacg tgaaggctct gttcgtcttc atattcctga atttcatgct ttcgaccatc 420
gccacggtgt attccgtcgc cacattcgtg aagaacaagc tgtatctgag cagtatcgcg 480
aatctcgcgt tttccttggt acgtgtggtg gccatggtcg cgcttttcgg gattctgccg 540
ccaaaggtct actacgtggg cttggccgta tgcttggcga cggcggtgat gacgctgatg 600
aatcgctcgt atacgcgcag attacttccc gacatttcct tcgacaggaa atcggtatcg 660
tggacgagca ttcgtgagat gctttccgcc ggcgtgtgga acgtggtcac gaaactccag 720
cagattatga tgttcggatt gcagttgctg gtggcgaacc tgatgatcag cccgtatctt 780
atgggtatgc tctccatcgc ccagaccgtt ccgaaccaga tcagcggact aatgtggact 840
gtgtcgagcc tgttttatcc tgaacagacg aaatactatg cgcagggcaa gcataaggaa 900
ctcatcgaag acctcaaatc gggcatgaag gtgaccggtt tcttcacgaa tattattttt 960
gtggcgatgc ttgttgcagg atatgatttc atgagtttgt ggcagcatgg tcaggatacg 1020
gagctgttgt atcagttgct tacccttacc atgctgggct tgctgatttc cggtgtcgct 1080
acgacgttgc agaatctgcc gctgatcgtc aaccgtttga agaagtattc tatcggatgg 1140
ctcgtctaca gtgcgatatc catggtcgtg ctgattgcct ttatcgaggt tcttccgaag 1200
tggggcgttt tcctcgtggc ggcgattccg cctctgtttg agattttggc aaatgtgaca 1260
ttcgtgcccg tttatgcctc cagatgcttg ggcatcggga aattcgagtt ctatcccatc 1320
tatattcggt acttcgcctc cacagcggtg gctgccgccg tctgctgggg aatcaggcat 1380
gtgttcgcgc tggtcgccaa tggctgggtc tcgttgattc tgacgtgttg cctgtatgca 1440
ttggtcacaa tgcttttgga tgtagtgttg ttgctcggaa agaaagaacg ttccatgttg 1500
gtaggtatgc tgaagaagaa gctacatatc aactag 1536
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 76
atgaccagca acgccatgtt cgaaggcgtg ttctgcccct ccatcaccat catgaacgcg 60
gacggaacca tagattacga caactggggc aagcacctcg accacctcgt cgacgcaggc 120
gtcgacggcg tgctgctgtt cggcagcatc ggcgaattct acgccatcga cgtcaagacg 180
aaggcggaag cggctcgctt cgccgtctcg aaggtcgccg gacgcatgaa ggtgctcgtc 240
ggcgtgggag acaccaacct ggacaacgtg aaggcgttgg cggcggaaag cgaagcggcc 300
ggagtcgacg cgctgctcgc cgtgtccccg tactatttcg gcccgtcccc ggattgcgcg 360
aaacggtact tctcggcggt ggccaaggcg acgaccctgc ccgtcatcct gtacaacttc 420
ccggcccgaa cgggcaacga cctcacgccc gagctggtgg ccgaactcgc cggcgagaac 480
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gcggccgtcc gcaaggtgaa cccgtcgttc agcgtgctgt ccggattcga cgaatactac 600
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gagacgttcg tcaaactgca ccgcgcatgg gaggccggcg accacgccgc ggtcgtcgaa 720
gcggccgagc gcgtctccta cctgatgcgc ctgtacgaca ccgccgacct gttcatcagc 780
gccatcaagg gcgcggtcaa ggccaaggga ctacccatcg acacgtccgt ccacgagccc 840
gccgtgcagc tgaccgacga gcagtatcgc accatccgcg ccatcctgga caagtga 897
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
<400> 77
atgacatttc ccgaaggatt ccagtttggt acggccacgg cctcgtatca gatcgaaggc 60
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gacatcgatt tgctcgccga tctgggcgtg gactcctacc gtctgtctgt ggccatgccg 240
cgtgtgatgc cgaccgagga cggcccggtc aacgaggagg gccttgacta ctacgagcgc 300
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ctgccgcagt acctcggcga tgggaacggt tggctcaacc gcgacaccgc ctacaaactg 420
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ttgaacgagc cgtggtgctc ctcctacctg agctacggcg ccaccgagca cgcacccggt 540
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atggcccagg cggtgcgtag cgaggtcggc gacaggtcgc agctgtcggt cacgctgaac 660
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gtgtggctcg acccgatgct gcgcggctac tacccgaacg agctgttcgc catcaccaag 780
ggcatctgcg attgggagtt cgtcaaggac ggcgacctcg aacagatcca tcagccgctg 840
gacgtgctcg gcatcaacta ctattcctcc ggcttggtca cgatgagcgg acgcccgcag 900
ttcccgcagt ccacgggccc gagcaccgcg cctggtgcca gcgacgtcga ctggctgccg 960
acgcccggcg agcacaccga catgggctgg aacatcgatc cgaagggcct atatgacctg 1020
ctgatgcgcg tgcataacga ttatccagag attccgctga tggtcaccga aaacggcatc 1080
gcggtcgagg gcggcgaccg ggtcgtcacc gaggcggatg gcaccaaggc cgtgcacgac 1140
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tactga 1266
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<212> DNA
<213> 长双歧杆菌婴儿亚种(bacterium longum subsp. infantis)
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atcatcacca tcgtgctttt tgcgctcgcc gtgttcgcct gctga 165

Claims (98)

1.一种用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)至少一种能够消耗所述一种或多种人乳寡糖的细菌益生菌菌株。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述益生菌菌株能够内化所述一种或多种人乳寡糖。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述细菌益生菌菌株包含双歧杆菌属的细菌菌株。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述细菌益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种、短双歧杆菌或两歧双歧杆菌菌株。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述细菌益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种。
6.一种用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含一种或多种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖。
8.一种用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)双歧杆菌属的益生菌菌株。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述疾病、病症或疾患包含以下中的一种或多种：肥胖、II型糖尿病、慢性炎性疾病、自身免疫疾病、感染、传染病支配、肠切除或与慢性腹泻相关的疾患。
10.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述疾病、病症或疾患包含以下中的一种或多种：肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)、短肠综合征(SBS)、乳糜泻、小肠细菌过度生长(SIBO)、胃肠炎、肠漏综合征、结肠袋炎或胃淋巴瘤。
11.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述疾病、疾患或病症是移植物抗宿主病。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植。
13.一种用于预防或降低有需要的受试者的移植物抗宿主病的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已接受或将接受同种异体造血干细胞移植，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
14.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述疾病、疾患或病症与感染相关联。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述感染包含细菌感染或肠道支配。
16.一种用于治疗或预防有需要的受试者的感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中所述感染包含细菌感染或肠道支配。
17.如权利要求15或16所述的方法，其中所述细菌感染或肠道支配包含由以下的一种或多种物种、亚种或菌株引起的感染或肠道支配：气单胞菌、芽孢杆菌、布劳特氏菌、博德特氏菌、疏螺旋体、布鲁氏菌、伯克霍尔德氏菌、弯曲杆菌、衣原体、嗜衣原体、柠檬酸杆菌、梭菌、棒状杆菌、柯克斯体、埃立克体、肠杆菌、肠杆菌科、肠球菌、埃希氏菌、Faecalicatena、弗朗西斯氏菌、嗜血杆菌、螺旋杆菌、Hungatella、克雷伯氏菌、毛螺菌科、军团菌、钩端螺旋体、李斯特菌、摩根氏菌、分枝杆菌、支原体、奈瑟氏菌、东方体、邻单胞菌、变形杆菌、假单胞菌、立克次氏体、沙门氏菌、志贺氏菌、葡萄球菌、链球菌、密螺旋体、弧菌属或耶尔森氏菌，任选以下中的一种或多种：嗜水气单胞菌、蜡样芽孢杆菌、胎儿弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、肉毒杆菌、艰难梭菌、产气荚膜梭菌、肠聚集性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、肠产毒性大肠杆菌、大肠杆菌0157:H7、幽门螺旋杆菌、肺炎克雷伯氏菌、单核细胞增生性李斯特菌、副伤寒沙门氏菌、伤寒沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌或小肠结肠炎耶尔森氏菌。
18.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中所述细菌感染或肠道支配包含由以下中的一种或多种引起的感染或肠道支配：粪厌氧棒状菌、人结肠厌氧棍状菌、长双歧杆菌、布劳特氏菌属物种、白痢丁酸球菌、穗状丁酸弧菌、己酸菌、弗氏柠檬酸杆菌、克氏柠檬酸杆菌、阿尔氏梭菌、天门冬型梭菌、鲍氏梭菌、柠檬酸梭菌、梭状梭菌、拉瓦梭菌、系结梭菌、包氏梭菌、共生梭菌、伴生粪球菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长多尔氏菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、大肠埃希氏菌、产乙醇杆菌属、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、凸腹真杆菌、惰性真杆菌、普拉栖粪杆菌、Faecalicatena、普氏黄腐菌、Hungatella、产酸克雷伯氏菌、肺炎克雷伯氏菌、嗜酸乳杆菌、摩氏摩根氏菌、颤杆菌、肉桂乳头杆菌、乳头杆菌属、奇异变形杆菌、假黄腐菌、人罗斯氏菌、肠道罗斯氏菌、食葡糖罗斯氏菌、粪瘤胃球菌、乳酸瘤胃球菌、扭矩瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、粘质沙雷氏菌、孢杆菌属、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、咽峡炎链球菌、澳洲链球菌、星座链球菌、嵴链球菌、戈登链球菌、婴儿链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变形链球菌、寡发酵链球菌、口腔链球菌、副血链球菌、栖口腔链球菌、肺炎链球菌、假肺炎链球菌、唾液链球菌、血链球菌、远缘链球菌、苏黎世链球菌、前庭链球菌、变形罕见小球菌、罕见小球菌属或互营球菌属物种。
19.如权利要求15至18中任一项所述的方法，其中所述细菌感染或肠道支配包含由耐药细菌引起的感染或肠道支配。
20.如权利要求15至19中任一项所述的方法，其中所述耐药细菌包含以下中的一种或多种：耐抗生素细菌(ARB)、耐抗生素变形菌门、耐碳青霉烯肠杆菌科(CRE)、产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科(ESBL-E)、耐氟喹诺酮肠杆菌科、耐超广谱β-内酰胺肠球菌(ESBL)、耐万古霉素肠球菌(VRE)、多重耐药性大肠杆菌或多重耐药性克雷伯氏菌。
21.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述受试者已经历或将经历回肠贮袋-肛管吻合术(IPAA)手术，并且其中所述疾病、疾患或病症包括结肠袋炎。
22.一种预防或降低有需要的受试者的结肠袋炎的发病率或严重性的方法，其中所述受试者已经历或将经历回肠贮袋-肛管吻合术(IPAA)手术，所述方法包括向所述受试者施用(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物和(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株，其中所述感染包含细菌感染。
23.如权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少10种人乳寡糖。
24.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。
25.如权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少50种人乳寡糖。
26.如权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少50种人乳寡糖。
27.如权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b或二唾液酸基乳-N-四糖。
28.如权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-二岩藻六糖I、乳二岩藻四糖、乳-N-岩藻五糖I、唾液酸基乳-N-四糖c、唾液酸基乳-N-四糖b和二唾液酸基乳-N-四糖。
29.如权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基-乳糖、3'-岩藻糖基-乳糖、3'-唾液酸基-乳糖、6'-唾液酸基-乳糖、乳-N-四糖、乳-N-新四糖、乳-N-岩藻五糖I、乳-N-岩藻五糖II、乳-N-岩藻五糖III、唾液酸基-乳-N-四糖b、唾液酸基-乳-N-四糖c、乳-N-二岩藻-六糖I、乳-N-二岩藻-六糖II、乳-N-六糖、对-乳-N-六糖、二唾液酸基乳-N-四糖、岩藻糖基-乳-N-六糖、二岩藻糖基-乳-N-六糖a和二岩藻糖基-乳-N-六糖b。
30.如权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物是、来源于或包含来自汇集的人乳的浓缩渗透物，其中所述渗透物获自人脱脂乳的超滤，其中所述人脱脂乳通过从汇集的人乳去除乳脂获得，并且其中所述汇集的人乳从多个人乳供体的乳汁汇集。
31.一种用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的方法，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，所述方法包括向所述受试者施用
(i)包含至少5种、至少10种、至少25种、至少50种或至少100种人乳寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物是、来源于或包含浓缩的人乳渗透物，其中所述人乳渗透物获自人脱脂乳的超滤，所述人脱脂乳获自汇集的人乳，并且其中所述汇集的人乳从多个人乳供体的乳汁汇集；以及
(ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
32.如权利要求30或31所述的方法，其中所述汇集的人乳从至少25个、50个或100个人乳供体的乳汁汇集。
33.如权利要求1至32中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少一种合成的人乳寡糖。
34.如权利要求1至33中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物和所述益生菌菌株经口施用。
35.如权利要求1至34中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物和所述益生菌菌株在同一天施用至少一天。
36.如权利要求1至35中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物和所述益生菌菌株在同一天施用至少连续三天。
37.如权利要求1至36中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物和所述益生菌菌株在同一天施用至少连续七天。
38.如权利要求1至37中任一项所述的方法，其中所述方法至少包括第一治疗阶段和第二治疗阶段，其中所述第一治疗阶段包括在同一天向所述受试者施用所述益生元混合物和所述益生菌菌株至少一天，并且其中所述第二治疗阶段在所述第一治疗阶段结束后或任选地紧接所述第一治疗阶段后开始，并且包括施用所述益生元混合物至少一天，其中在所述第二治疗阶段期间不施用所述益生菌菌株。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述第二治疗阶段包括每天向所述受试者施用所述益生元混合物至少连续三天。
40.如权利要求38或39所述的方法，其中所述第二治疗阶段包括每天向所述受试者施用所述益生元混合物至少连续七天。
41.如权利要求38至40中任一项所述的方法，其中所述第一治疗阶段的长度介于3至14天之间，并且其中所述第二治疗阶段的长度介于3至14天之间。
42.如权利要求38至41中任一项所述的方法，其中所述第一治疗阶段的长度为约7天，并且其中所述第二治疗阶段的长度为约7天。
43.如权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株以每天至少5×106个菌落形成单位(CFU)的量施用。
44.如权利要求1至43中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株以每天至少8×107个菌落形成单位(CFU)的量施用。
45.如权利要求1至44中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物以每天至少500mg的总人乳寡糖的量施用。
46.如权利要求1至45中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物以每天介于0.5g至25g、1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至25g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖的量施用。
47.如权利要求1至46中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物和/或所述益生菌菌株经肠溶衣施用。
48.如权利要求1至47中任一项所述的方法，其还包括施用组胺-2受体拮抗剂，其中所述组胺-2受体拮抗剂在施用所述益生菌菌株之前至少1小时施用，任选地其中所述组胺-2受体拮抗剂是法莫替丁。
49.如权利要求1至47中任一项所述的方法，其中所述受试者在施用所述益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用质子泵抑制剂。
50.如权利要求1至47中任一项所述的方法，其中所述受试者在施用所述益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用苯并咪唑衍生物。
51.如权利要求1至48中任一项所述的方法，其中所述受试者在施用所述益生菌菌株之前至少约6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、60小时、2天、3天、4天、5天、7天、10天、2周、3周或4周未曾施用奥美拉唑。
52.如权利要求1至51中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株和所述益生元混合物两者均不含或基本上不含苯并咪唑衍生物。
53.如权利要求1至52中任一项所述的方法，其中所述受试者是至少6个月、12个月、2岁、5岁、12岁或18岁的人受试者。
54.如权利要求1至53中任一项所述的方法，其中所述受试者是儿童、青少年或成人的人受试者。
55.如权利要求1至54中任一项所述的方法，其中所述受试者是成人。
56.益生元混合物和至少一种益生菌菌株用于治疗或预防有需要的受试者的疾病、病症或疾患的用途，所述疾病、病症或疾患与肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调中的一种或多种相关联，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
57.用于制造药物的益生元混合物和至少一种益生菌菌株，所述药物用于治疗或预防与以下中的一种或多种相关的疾病、病症或疾患：肠道微生物组微生态失调、炎症、感染、过敏或免疫功能失调，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖并且其中所述益生菌菌株能够消耗所述一种或多种人乳寡糖。
58.一种药盒，其包含至少一种细菌益生菌菌株和益生元混合物，所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖，其中所述益生菌菌株能够内化并消耗所述一种或多种人乳寡糖。
59.如权利要求58所述的药盒，其中所述益生菌菌株包含双歧杆菌菌株。
60.如权利要求58或权利要求59所述的药盒，其中所述益生菌菌株包含长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种、短双歧杆菌或两歧双歧杆菌菌株。
61.如权利要求58至60中任一项所述的药盒，其中所述益生元混合物包含至少2种、至少5种、至少10种、至少25种、至少50种、至少100种、至少125种或至少150种人乳寡糖。
62.如权利要求58至61中任一项所述的药盒，其中所述益生元混合物包含至少25种人乳寡糖。
63.如权利要求58至62中任一项所述的药盒，其中所述益生元混合物不含或基本上不含非人乳寡糖的寡糖。
64.如权利要求58至63中任一项所述的药盒，其中所述益生元混合物是、获自或包含来自汇集的人乳的浓缩超滤渗透物。
65.如权利要求58至64中任一项所述的药盒，其中所述益生菌菌株掺入一个或多个单独的益生菌剂量，并且其中所述益生元混合物掺入一个或多个单独的益生元剂量。
66.如权利要求65所述的药盒，其中所述一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少1×103个菌落形成单位(CFU)。
67.如权利要求65或66所述的药盒，其中所述一个或多个单独的益生菌剂量各自包含至少8×107个菌落形成单位(CFU)。
68.如权利要求65至67中任一项所述的药盒，其中所述一个或多个益生元剂量包含介于500mg至25g之间的总人乳寡糖。
69.如权利要求65至68中任一项所述的药盒，其中所述一个或多个单独的益生元剂量包含每天介于0.5g至25g、1g至5g、2g至3g、3g至6g、4g至5g、5g至10g、8g至10g、10g至20g、15g至25g、15g至20g或17g至19g之间的总人乳寡糖。
70.如权利要求65至69中任一项所述的药盒，其中所述一个或多个单独的益生元剂量包含少于0.1％的乳糖。
71.一种制品，其包含如权利要求58至70中任一项所述的药盒和使用说明，其中所述使用说明描述如权利要求1至55中任一项所述的方法。
72.一种治疗高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用包含寡糖的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。
73.一种降低有需要的受试者的氨水平或量的方法，其包括向所述受试者施用包含寡糖的益生元混合物，其中(i)所述混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖，或(ii)所述混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％。
74.如权利要求72或73所述的方法，其还包括施用能够消耗所述混合物的每种寡糖的细菌益生菌菌株。
75.如权利要求72至74中任一项所述的方法，其中所述受试者患有以下病症、处于患有以下病症的风险中或疑似患有以下病症：高氨血症、肝性脑病或尿素循环障碍。
76.如权利要求72至75中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含一种或多种人乳寡糖(HMO)。
77.如权利要求72至76中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是人乳寡糖(HMO)。
78.如权利要求72至77中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物不含或基本上不含掺入N-乙酰葡糖胺残基的寡糖。
79.如权利要求72至78中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种寡糖。
80.如权利要求72至79中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物中包含氮的寡糖的重量百分比少于50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％。
81.如权利要求72至80中任一项所述的方法，其中所述混合物不含或基本上不含包含氮的寡糖。
82.如权利要求72至81中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物中按重量计少于50％、40％、30％、25％、20％、10％、5％或1％的寡糖是包含五个或更多个单糖残基的寡糖。
83.如权利要求72至82中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物不含或基本上不含包含五个或更多个单糖残基的寡糖。
84.如权利要求72至83中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株是双歧杆菌菌株，任选地是长双歧杆菌婴儿亚种、长双歧杆菌长亚种、短双歧杆菌或两歧双歧杆菌菌株。
85.如权利要求72至84中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株能够内化所述混合物的寡糖。
86.一种治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用(i)包含寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌。
87.一种减少有需要的受试者的氨的方法，其包括向所述受试者施用(i)寡糖的益生元混合物，其中所述益生元混合物的全部或基本上全部寡糖是未掺入N-乙酰葡糖胺残基的人乳寡糖(HMO)；和(ii)细菌益生菌菌株，其中所述益生细菌菌株是能够内化HMO的双歧杆菌菌株。
88.如权利要求74至87中任一项所述的方法，其中所述益生菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种菌株。
89.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖或6'-唾液酸基乳糖。
90.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。
91.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物的寡糖由或基本上由以下组成：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖。
92.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含以下中的一种或多种：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖或二岩藻糖基乳糖。
93.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述益生元混合物包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。
94.如权利要求72至88中任一项所述的方法，其中所述混合物的寡糖由或基本上由以下组成：2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖。
95.一种治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用：i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖、二岩藻糖基乳糖、3'-唾液酸基乳糖和6'-唾液酸基乳糖的益生元混合物；以及ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
96.一种治疗或预防高氨血症的方法，其包括向有需要的受试者施用：i)包含2'-岩藻糖基乳糖、3-岩藻糖基乳糖和二岩藻糖基乳糖的益生元混合物；以及ii)长双歧杆菌婴儿亚种的益生菌菌株。
97.如权利要求72至96中任一项所述的方法，其中所述受试者患有肝性脑病、疑似患有肝性脑病或处于患有肝性脑病的风险中。
98.如权利要求72至96中任一项所述的方法，其中所述受试者患有尿素循环障碍、疑似患有尿素循环障碍或处于患有尿素循环障碍的风险中。
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Upadhyay et al. Clinical Benefits of Manipulating the Gut Flora

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