CN114214343A - 一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列 - Google Patents

一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列,包括融合转录本的HPV16、HPV58和HPV45特异性mRNA序列。本发明通过三代测序方法得到HPV基因与宿主基因组整合后表达的融合基因转录本,不同于现有技术中单一病毒蛋白编码mRNA片段,本发明得到的是HPV整合导致的转录本情况,其中包括了多个病毒蛋白的编码基因,更有利于直观的检测HR‑HPV感染情况。

Description

一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列
技术领域
本发明属于高危型HPV检测领域,特别涉及一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列。
背景技术
高危型HPV(High risk human papillomavirus,HR-HPV)感染是宫颈癌发生的必要条件,是宫颈癌发生的主要原因。在2017年一项纳入51021人的研究中,HR-HPV的总体感染率为21.69%,约占全体女性的1/5。有研究表明,HR-HPV的基因组整合是诱导宫颈癌发生的关键因素,并与患者临床不良预后相关。其中,高危型HR-HPV与患者基因外显子整合可形成融合转录本是诱导高级别子宫颈上皮内病变(High Grade Squamous IntraepithelialLesion,HSIL)和宫颈癌发生的关键因素。在HSIL和宫颈癌组织中检测到大量的高危HPV基因整合位点,并非所有整合位点均可引起癌症发生,高危HPV基因整合诱导的HPV-人融合转录本是致癌的关键因素。融合转录本诱发病毒癌蛋白E6和E7表达和翻译增加,细胞周期控制关键蛋白TP53和pRB失活,进一步导致癌症发生。融合转录本可能使整合的HPV16形成一种超增强因子样元素,从而驱动病毒癌基因的转录,在整合位点附近表达大量编码病毒E6/E7癌基因。由于融合转录本更稳定,半衰期延长,病毒癌蛋白水平持续升高,从而推动致癌过程。总之,高危HPV与人基因整合诱导产生的融合转录本是致癌的关键因素,伴有病毒癌蛋白表达水平增高和被整合基因沉默或功能失调。
目前,在庞大的HR-HPV感染的人群中确定是否有宫颈癌癌前病变(HSIL)及更高级别的病变的发生只能依靠阴道镜下活检。这不仅给患者带来了创伤和痛苦,也耗费了大量的检查成本。新兴的检查手段如DNA超甲基化检测、整合位点的杂交捕获技术也因检测位点不统一、检测成本高等原因难以在临床推广应用。
因此诊断效能高、经济成本低的针对HR-HPV感染患者是否发生癌前病变的分流检测手段仍有待开发。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列,是通过三代测序方法得到HPV基因与宿主基因组整合后表达的融合基因转录本。
本发明提供了一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列,包括融合转录本的HPV16、HPV58和HPV45特异性mRNA序列。
所述融合转录本的HPV16特异性mRNA序列如SEQ NO.1所示;所述融合转录本的HPV58特异性mRNA序列如SEQ NO.2所示;所述融合转录本的HPV45特异性mRNA序列如SEQNO.3所示。
所述特异性mRNA序列均为不完整的E6^完整的E7^不完整的E1模式。
所述特异性mRNA序列通过三代测序方法获得。
本发明还提供了包括一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列的检测试剂盒。
有益效果
本发明通过三代测序方法得到HPV基因与宿主基因组整合后表达的融合基因转录本,不同于现有技术中单一病毒蛋白编码mRNA片段,本发明得到的是HPV整合导致的转录本情况,其中包括了多个病毒蛋白的编码基因,更有利于直观的检测HR-HPV感染情况。
附图说明
图1为本发明mRNA序列的模式示意图;
图2和图3为反转录及荧光定量PCR的实验结果。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。此外应理解,在阅读了本发明讲授的内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
实施例1
一、样本DNA的准备:
对12位HSIL或宫颈癌患者的病变组织和正常宫颈组织样本的全长转录本进行三代测序,其中1例HPV阴性,1例HPV58阳性,2例HPV45阳性,9例HPV16阳性(有1例患者为HPV16、HPV45混合感染)。收集人宫颈癌样本(HSIL或宫颈癌、癌旁组织),分别提取RNA并使用标准方法进行纯化。
二、文库构建和测序:
①cDNA样本制备:第一链cDNA合成使用ClontechSMARTer PCR cDNA合成试剂盒。首先将CDS Primer IIA退火至转录物的polyA+尾部,然后用SMARTScribeTM ReverseTranscriptase进行第一链合成。将第一链产物用Elution Buffer(EB)稀释至合适的体积,随后用于大规模PCR。使用1000ng总RNA用于第一链合成,使用1X AMPure PB珠子纯化方法构建Iso-Seq文库。
②大规模PCR:在循环数优化的基础上对cDNA进行PCR扩增以产生足够量的用于SMRTbell文库构建的双链cDNA产物。所采用的反应体系为:5XPrimeSTARGXLBuffer 10ul;Dilutedfirst-strandcDNA 10ul;dNTPMix 4ul;5’PCRPrimerIIA 1ul;去酶水24ul以及PrimeSTAR GXL DNA Polymersae 1ul;将50μL等分试样转移到16个PCR管中,在以下条件下循环反应(使用加热盖):初始变性:98℃ 30秒;在以下温度和时间下16个循环:98℃ 10秒;65℃,持续15秒;68℃,10分钟;最终延期:68℃,5分钟。
③样本纯化:使用AMPE纯化方法,1X和0.40X。使用1X AMPure PB珠将Fraction 1(6个试管池×50μL)纯化两次。使用0.40X AMPure PB珠子将Fraction 2(10个试管池×50μL)纯化一次。
④DNA损伤修复:在LoBind微量离心管中,加入以下试剂:cDNA 2.5ug,DNA DamageRepair Buffer 5.0ul,NAD+0.5ul,ATP high 5.0ul,dNTP 0.5ul,DNA Damage Repair Mix2.0ul并加水至50ul。通过移液或轻弹管将反应混合均匀,在微量离心机中快速旋转,旋转管内容物。在37℃孵育20分钟,然后将反应物返回到4℃放置1分钟。通过以下体系进行末端修复:上一步骤中的cDNA 50.0ul,EndRepairMix 2.5ul至总体系52.5ul,通过移液或轻弹管将反应混合均匀,在微量离心机中快速旋转,旋转管内容物。在25℃孵育5分钟,将反应返回至4℃。连接反应及样本纯化按照Sequel样本要求说明书进行,并上机测序。
三、序列比对:
对获得的序列信息进行处理并质量控制后,通过IGV软件与人基因组Dec.2013(GRCh38/hg38)和HPV病毒序列信息库(VIPR,Virus Pathogen Resource)进行比对,获得人和病毒相应基因的位置信息,判断并整合融合转录本mRNA的信息。
四、比对结果:
①HPV16:
9例HPV16感染患者中有4例检测出HPV16与人基因的融合;其中6例诊断为HSIL的患者样本中检出1例,3例宫颈癌患者样本中全部检出。
融合转录本的HPV16特异性mRNA序列为:
HPV16 E6*(226^409)+E7+E1(880^),如SEQ NO.1所示。
②HPV58
1例HPV58感染患者中有HPV58与人基因的融合。
融合转录本的HPV58特异性mRNA序列为:
HPV58 E6*(232^510)+E7+E1(898^),如SEQ NO.2所示。
③HPV45
2例HPV45感染患者中1例为宫颈癌患者,检测出HPV45与人基因的融合;
融合转录本的HPV45特异性mRNA序列为:
HPV45 E6*(230^413)+E7+E1(929^),如SEQ NO.3所示。
四、检测验证:
根据患者的病毒融合转录本序列,在Primer-BLAST引物设计数据库中(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)设计引物如下用于后续研究:F:ACAATGGCGGATCCAGAAGT;R:TGAGTCCATTCATGTCTCCAGC。
试验选择高危感染患者500人进行了针对脱落细胞样本RNA的特异性mRNA序列检测及分流,其中:TCT正常者249人,ASCUS 201人,LSIL184人,HSIL+116人,实时荧光定量PCR实验步骤如下:
①核酸提取试剂盒准备:Qiagen 80204AllPrep DNA/RNA Mini Kit试剂盒
1.蛋白酶K溶液(20mg/ml):蛋白酶K中加入1.1ml蛋白酶K溶解液(溶解后于-20℃保存);
2.Carrier RNA溶液(1ug/ml):加入洗脱液NFW 310ul,后分装为50ul保存于-80℃;
3.加入无水乙醇稀释NW1和NW2(按照标签所示);并于室温下保存;
4.剧烈摇晃纳米磁珠MB 1-2min,使其充分分散。
②样本准备:
1.取患者的脱落细胞学样本(-80℃),解冻后震荡15s,取500-1000ul至1.5ml离心管中,12,000rpm离心5min,弃上清。
2.加入200ml无菌生理盐水,涡旋混匀至细胞充分悬浮,获得样本液。
3.按核酸提取或纯化试剂盒说明书操作步骤提取核酸,阴性对照取200ul同步提取。
③核酸提取:
1.配制核酸提取混合液:
试剂 体积/样(A)
蛋白酶K溶解液 20ul
纳米磁珠MB 20ul
Carrier RNA 2ul
2.向每1.5ml EP管中分别加入400ul病毒裂解液MLB,核酸提取混合液44ul和样本液(阴性对照)200ul,涡旋振荡10s混匀;
3.50-55℃振荡温育15min,简短离心以收集附着在管壁及管盖上的液体;
4.将离心管放置在磁力架上,静置10min以吸附磁珠,待磁珠完全吸附时小心除去液体;
5.将离心管从磁力架下取下,加入600ul洗涤液NW1,涡旋混匀;
6.将离心管放置于磁力架上静置5min,待磁珠完全吸附时小心除去液体。
7.将离心管从磁力架上取下,加入600ul洗涤液NW2,涡旋混匀;
8.将离心管放置于磁力架上静置5min,待磁珠完全吸附时小心除去液体。
9.重复8~9步骤1次,离心后液体尽量去除干净。
10.将离心管放置于磁力架上,室温晾干5min(注意把握时机);
11.将离心管从磁力架上取下,加入45ul洗脱液NFW,涡旋混匀15s,孵育3min;
12.将离心管放置于磁力架上,静置2min,待磁珠完全吸附时小心将核酸溶液转移至新的离心管中,并放置于适当条件下保存。
⑤反转录及荧光定量PCR:
Takara RR037A PrimeScriptTM RT reagent Kit(Perfect Real Time)按照说明书要求进行去除基因组DNA及反转录cDNA,并进行荧光定量PCR,采用ABI7500和TB
Figure BDA0003354752860000051
Premix Ex TaqTM II(Tli RNaseH Plus)进行反应,得到结果如图2和3所示。结果显示,在肿瘤患者中有明显高表达的特异性mRNA片段(5-40倍相对于正常患者),以<30个CT值为截断值,相比于TCT结果,以病理活检结果为金标准做ROC曲线,对HSIL及以上病变的诊断得到结果显示特异性mRNA诊断的AUC为0.78,高于TCT的0.63,相比于TCT有显著优势。
序列表
<110> 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)
<120> 一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列
<130> 1
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 595
<212> DNA
<213> mRNA序列()
<400> 1
atgtttcagg acccacagga gcgacccaga aagttaccac agttatgcac agagctgcaa 60
acaactatac atgatataat attagaatgt gtgtactgca agcaacagtt actgcgacgt 120
gaggtgtatt aactgtcaaa agccactgtg tcctgaagaa aagcaaagac atctggacaa 180
aaagcaaaga ttccataata taaggggtcg gtggaccggt cgatgtatgt cttgttgcag 240
atcatcaaga acacgtagag aaacccagct gtaatcatgc atggagatac acctacattg 300
catgaatata tgttagattt gcaaccagag acaactgatc tctactgtta tgagcaatta 360
aatgacagct cagaggagga ggatgaaata gatggtccag ctggacaagc agaaccggac 420
agagcccatt acaatattgt aaccttttgt tgcaagtgtg actctacgct tcggctgtgc 480
gtacaaagca cacacgtaga cattcgtact ttggaagacc tgttaatggg cacactagga 540
attgtgtgcc ccatctgttc tcagaaacca taatctacca tggctgatcc tgcag 595
<210> 2
<211> 512
<212> DNA
<213> mRNA序列()
<400> 2
atgttccagg acgcagagga gaaaccacgg acattgcatg atttgtgtca ggcgttggag 60
acatctgtgc atgaaatcga attgaaatgc gttgaatgca aaaagacttt gcagcgatct 120
gagggcgctg tgcagtgtgt tggagacccc gacgtagaca aacacaagtg taacctgtaa 180
caacgccatg agaggaaaca acccaacgct aagagaatat attttagatt tacatcctga 240
accaattgac ctattctgct atgagcaatt atgtgacagc tcagacgagg atgaaatagg 300
cttggacggg ccagatggac aagcacaacc ggccacagct aattactaca ttgtaacgtg 360
ttgttacact tgtagcacca cggttcgttt gtgtatcaac agtacaacaa ccgacgtacg 420
aaccctacag cagctgctta tgggcacatg taccattgtg tgccctagct gtgcacagca 480
ataaacacca tctgcaatgg atgaccctga ag 512
<210> 3
<211> 645
<212> DNA
<213> mRNA序列()
<400> 3
atggcgcgct ttgacgatcc aaagcaacga ccctacaagc taccagattt gtgcacagaa 60
acgaatacat cactacaaga cgtatctatt gcctgtgtat attgcaaagc aacattggaa 120
cgcacagagg tgcctgcggt gccagaaacc attgaaccca gcagaaaaac gtagacacct 180
taaggacaaa cgaagattcc acaacatagc tggacagtac cgagggcagt gtaatacatg 240
ttgtgaccag gcacggcaag aaagacttcg cagacgtagg gaaacacaag tatagcaata 300
agtatgcatg gaccccggca acactgcaag aaattgtatt gcatttggaa cctcagaatg 360
aattagatcc tgttgacctg ttgtgttacg agcaattaag cgagtcagag gaggaaaacg 420
atgaagcaga tggagttagt catgcacaac taccagcccg acgagccgaa ccacagcgtc 480
acaaaatttt gtgtgtatgt tgtaagtgtg acggcagaat tgagcttaca gtagagagct 540
cggcagatga ccttagaaca ctacagcagc tgtttttgag caccttgtcc tttgtgtgtc 600
cgtggtgtgc aactaaccaa taatctacaa tggcggatcc agaag 645

Claims (6)

1.一组高危型HPV整合所致的宫颈癌中特异表达的mRNA序列,其特征在于:包括融合转录本的HPV16、HPV58和HPV45特异性mRNA序列。
2.根据权利要求1所述的mRNA序列,其特征在于:所述融合转录本的HPV16特异性mRNA序列如SEQ NO.1所示;所述融合转录本的HPV58特异性mRNA序列如SEQ NO.2所示;所述融合转录本的HPV45特异性mRNA序列如SEQ NO.3所示。
3.根据权利要求1所述的mRNA序列,其特征在于:所述特异性mRNA序列均为不完整的E6^完整的E7^不完整的E1模式。
4.根据权利要求1所述的mRNA序列,其特征在于:所述特异性mRNA序列通过三代测序方法获得。
5.一种如权利要求1所述的mRNA序列在高危型HPV中的应用。
6.一种包括如权利要求1所述的mRNA序列的检测试剂盒。
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