CN114126648A - 用SIRPα Fc融合体组合免疫检查点抑制剂治疗癌症的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了治疗个体的癌症(例如非小细胞肺癌(NSCLC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌、原发性或转化的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或惰性淋巴瘤)的方法，其包括向所述个体施用(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗癌抗体(例如抗PD1抗体、抗HER2抗体或抗CD20抗体)。还提供了相关的试剂盒药物组合物。

Description

用SIRPα Fc融合体组合免疫检查点抑制剂治疗癌症的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年5月31日提交的美国临时申请号62/855,821和2020 年5月8日提交的美国临时申请号63/022,187的优先权，它们各自的内容通过引用整体并入本文。
在ASCII文本文件上提交序列表
以下关于ASCII文本文件的提交的内容通过引用整体并入本文：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：757972001040SEQLIST.TXT，记录日期： 2020年5月26日，大小：333KB)。
技术领域
本发明涉及治疗癌症的方法，其包括将包含SIRPα D1结构域变体和Fc 结构域变体的多肽(例如融合多肽)与治疗性抗体联合施用。
背景技术
许多癌症即使在用可用的治疗剂治疗时也具有较差的预后。例如，在先前基于铂的疗法中失败的接受PD-1和PD-L1检查点抑制剂的患有转移性疾病的非小细胞肺癌(NSCLC)患者，具有约一年的中值总体存活率(Garon等人, New Engl J Med(2015)372:2018-28；Herbst等人,Lancet(2016)387:154 0-50；Fehrenbacher等人,Lancet(2016)387(10030):1837-46)，并且半数以上患有晚期疾病的NSCLC患者具有17.7％的总体5年存活率(美国癌症统计工作组，可在网站www(dot)cdc(dot)gov/uscs获得)。同样，美国胃癌患者的总体5年存活率为30.4％(美国癌症统计工作组)。在患有复发性惰性淋巴瘤的患者中，随后的复发通常伴随渐增的侵袭性组织学和10年30％的转化风险而在一个系列中发生(Montoto等人,J Clin Oncol(2007)25(17):2426-33)。此外，对于具有复发性侵袭性组织学的患者，治愈是罕见的，并且需要新的挽救方案(Larouche等人,J Clin Oncol(2010)28(12):2094-100)。CD20阳性非霍奇金淋巴瘤(NHL)是全球第10大最常见的癌症，也是癌症死亡的第10 个主要原因，在世界范围内每年造成199,670人死亡(世界卫生组织2016(a)，可在网站globocan(dot)iarc(dot)fr/Pages/fact_sheets_cancer(dot)aspx获得)。估计在美国有超过35,000人患有转移性HNSCC，其中在2019年诊断的所有阶段的新发病例超过50,000例。诊断为局部疾病的患者的五年存活为84％，但诊断为转移性疾病的患者的五年存活降低至仅39％。本领域需要新的治疗方法以提供额外的治疗选择并改善这些患者的结果。
肿瘤细胞操纵骨髓区室以逃避抗肿瘤宿主免疫反应(Gabrilovich等人, Nat RevImmunol(2012)12(4):253-68)。例如，虽然在正常细胞表面上表达的 CD47结合巨噬细胞上的SIRPα并提供“不要吃我”信号，但还发现肿瘤细胞过表达CD47以逃避免疫监视的巨噬细胞组分(Oldenborg,ISRN Hematol (2013)614619)。
巨噬细胞介导的癌细胞破坏需要破坏“不要吃我”信号(例如CD47- SIRPα)和激活“吃我”信号。两种组分单独都不足以引发针对肿瘤细胞的最大吞噬反应。如上所述，CD47通过其与巨噬细胞上的SIRPα的相互作用提供基本的“不要吃我”信号。促吞噬“吃我”信号可以通过与其激活的Fcγ受体结合而提供给相同的巨噬细胞。例如，促吞噬“吃我”信号可以通过抗肿瘤抗体与巨噬细胞上的Fc受体的结合来提供。
本文引用的所有参考文献，包括专利申请、专利出版物和 UniProtKB/Swiss-Prot登录号均通过引用整体并入本文，如同每个单独的参考文献被具体和单独地指示为通过引用并入。
发明内容
提供了一种治疗个体的非小细胞肺癌(NSCLC)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b) 抗PD-1抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、 G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引； (ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat 的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人 IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、 F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，个体的 NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)，
还提供了一种用于制备用于治疗个体的NSCLC的药物的包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽，其中所述药物用于(诸如被配制用于) 与抗PD1抗体组合使用，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，个体的NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。
还提供了一种组合物(诸如药物组合物)，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述组合物与抗PD1抗体组合用于治疗个体的 NSCLC(例如，用于治疗个体的NSCLC的方法)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人 IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、 L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，个体的NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。
在一些实施方案中，先前的CPI(免疫检查点抑制剂疗法)包含一种或多种选自由以下组成的组的药剂：纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗和西米普利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体阻断PD-1 和PD-L1之间的相互作用。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗。在一些实施方案中，派姆单抗通过静脉(IV)输注每3周一次(Q3W)以200mg 的剂量施用于个体。
还提供了一种治疗个体的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗PD-1抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。
还提供了一种用于制备用于治疗个体的HNSCC的药物的包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽，其中所述药物用于(诸如被配制用于) 与抗PD1抗体组合使用，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。
还提供了一种组合物(诸如药物组合物)，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述组合物与抗PD1抗体组合用于治疗个体的HNSCC(例如，用于治疗个体的HNSCC的方法)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。
在一些实施方案中，患有HNSCC的个体接受先前的免疫检查点抑制剂 (例如本文所述的免疫检查点抑制剂)疗法。在一些实施方案中，此类个体被认为/称为“经历检查点抑制剂的”。在一些实施方案中，患有HNSCC的个体未接受先前的免疫检查点抑制剂疗法。在一些实施方案中，此类个体被认为 /称为“未经历检查点抑制剂的”。在一些实施方案中，先前的铂疗法包含一种或多种选自由以下组成的组的治疗剂：顺铂、卡铂和奥沙利铂。在一些实施方案中，抗PD-1抗体阻断PD-1和PD-L1之间的相互作用。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗。在一些实施方案中，派姆单抗通过静脉(IV) 输注每3周一次(Q3W)以200mg的剂量施用(诸如被配制用于施用)于个体。
提供了一种治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗HER2抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A 和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv) 包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的胃癌/GEJ癌在先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗和/或先前用抗HER2抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体是人。
还提供了一种用于制备用于治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部 (GEJ)癌的药物的包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，其中所述药物用于(诸如被配制用于)与抗HER2抗体组合使用，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ IDNO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A 突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、 E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和 N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的胃癌/GEJ癌在先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗和/或先前用抗HER2 抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体是人。
还提供了一种组合物(诸如药物组合物)，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述组合物与抗HER2抗体组合用于治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌(例如，用于治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌的方法)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A 和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv) 包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的胃癌/GEJ癌在先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗和/或先前用抗HER2抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体是人。
在一些实施方案中，先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗或先前用抗HER2 抗体的治疗包含一种或多种选自由以下组成的组的治疗剂：曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、5-氟尿嘧啶、卡培他滨、玛格妥昔单抗和FOLFOX。在一些实施方案中，抗HER2抗体是曲妥珠单抗。在一些实施方案中，曲妥珠单抗以8 mg/kg的初始剂量和对于每个后续剂量6mg/kg的剂量施用(诸如被配制用于施用)于个体，并且其中曲妥珠单抗通过IV输注每3周一次(Q3W)施用于个体。
提供了一种治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性 NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。
还提供了一种用于制备用于治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的药物的包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，其中所述药物用于(诸如被配制用于)与抗CD20抗体组合使用，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、 L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。
还提供了包含一种组合物(诸如药物组合物)，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述组合物与抗CD20抗体组合用于治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)(例如用于治疗侵袭性NHL的方法)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A 突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、 P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引； (iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、 delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。
在一些实施方案中，侵袭性NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，例如原发性(denovo)DLBCL或转化的DLBCL。在一些实施方案中，先前对侵袭性NHL的治疗包括利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、吉西他滨、来那度胺、泼尼松、泼尼松龙、依托泊苷、丙卡巴肼、表柔比星、苯达莫司汀、顺铂、奥沙利铂、阿糖胞苷、异环磷酰胺、卡铂、地塞米松、美司钠、卡莫司汀、美法仑、甲强龙、甲基-乙二醛-双(脒基腙)、噻替派、甲氨蝶呤、依鲁替尼、奥比妥珠单抗(obinituzumab)、替沙来塞(tisagenlecleucel)、阿卡他近(axicabtagene)、维布妥昔单抗(brentuximab vedotin)及其组合。在一些实施方案中，抗CD20抗体是利妥昔单抗。在一些实施方案中，利妥昔单抗通过IV输注以375mg/m2的剂量施用(诸如被配制用于施用)于个体，其中利妥昔单抗每周一次施用(诸如被配制用于施用)于个体，持续四周，并且此后每月一次。
提供了一种治疗个体的惰性淋巴瘤的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85 的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A 和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含 A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU 索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、 L235A、delG236和N297A突变的人IgG4Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性和/或难治性的，并且其中所述个体是人。
还提供了包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，其用于制备用于治疗个体的惰性淋巴瘤的药物，其中所述药物与抗CD20抗体组合使用(例如配制用于使用)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性和/或难治性的，并且其中所述个体是人。
还提供了包含多肽的组合物(诸如药物组合物)，所述多肽包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体，其与抗CD20抗体组合用于治疗个体的惰性淋巴瘤(例如，用于治疗个体的惰性淋巴瘤的方法)，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性和/或难治性的，并且其中所述个体是人。
在一些实施方案中，惰性淋巴瘤是惰性非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，惰性NHL是边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤。在一些实施方案中，先前对惰性淋巴瘤的治疗包括利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、吉西他滨、来那度胺、泼尼松、泼尼松龙、依托泊苷、丙卡巴肼、表柔比星、苯达莫司汀、顺铂、奥沙利铂、阿糖胞苷、异环磷酰胺、卡铂、地塞米松、美司钠、卡莫司汀、美法仑、甲强龙、甲基-乙二醛-双(脒基腙)、噻替派、甲氨蝶呤、依鲁替尼、奥比妥珠单抗、替沙来塞、阿卡他近、维布妥昔单抗、氟达拉滨、米托蒽醌、依维莫司、硼替佐米、那维克拉及其组合。在一些实施方案中，抗CD20抗体是利妥昔单抗。在一些实施方案中，利妥昔单抗通过IV输注以375mg/m2的剂量施用(诸如被配制用于施用)于个体，其中利妥昔单抗每周一次施用(诸如被配制用于施用)于个体，持续四周，并且此后每月一次。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(诸如使用此类多肽制造的药物或包含此类多肽的药物组合物) 例如通过IV输注以10mg/kg或15mg/kg的剂量每周一次(QW)施用(诸如被配制用于施用)于个体。
在本文任一方法的一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NOL:81的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQID NO:136的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽形成同源二聚体。
在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽 (诸如使用此类多肽制造的药物或包含此类多肽的药物组合物)以10mg/kg的剂量每周一次(QW)施用(诸如被配制用于施用)于个体。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(或由其制造的药物或包含此类多肽的药物组合物)通过IV输注施用(诸如被配制用于施用)于个体。
还提供了一种试剂盒，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(诸如使用此类多肽制备的药物或包含此类多肽的药物组合物)，所述试剂盒用于根据本文所述的方法与派姆单抗组合用于治疗有需要的个体 (例如人类个体)的非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中，所述SIRPα D1 结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，个体的NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于通过IV输注以200mg的剂量每3周一次(Q3W)施用派姆单抗的说明书。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于例如通过IV输注以10mg/kg的剂量每周一次施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
还提供了一种试剂盒，其包含含有SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(诸如使用此类多肽制备的药物或包含此类多肽的药物组合物)，所述试剂盒用于根据本文所述的方法与派姆单抗组合用于治疗有需要的个体 (例如人类个体)的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)。在一些实施方案中，所述 SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A 突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、 E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和 N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在铂疗法后已经进展。在一些实施方案中，个体接受了先前的免疫检查点抑制剂疗法。在一些实施方案中，个体未接受先前的免疫检查点抑制剂疗法。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于通过IV输注以200mg的剂量每3周一次(Q3W)施用派姆单抗的说明书。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于例如通过IV输注以10mg/kg的剂量每周一次施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
本文还提供了一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含 SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与曲妥珠单抗组合用于根据本文所述的方法治疗有需要的个体(例如人类个体)的HER2 阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌。在一些实施方案中，所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、 L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且所述个体的HER2阳性胃癌 /GEJ癌在先前的基于氟嘧啶的疗法或先前的抗HER2抗体的治疗后已经进展。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于以8mg/kg的初始剂量和对于每个后续剂量以6mg/kg的剂量施用曲妥珠单抗的说明书，并且其中曲妥珠单抗通过IV输注每3周一次(Q3W)施用于个体。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于例如通过IV输注以10mg/kg的剂量每周一次施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
提供了一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与利妥昔单抗组合用于根据本文所述的方法治疗有需要的个体(例如，人类个体)的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法。在一些实施方案中，侵袭性NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，例如原发性 DLBCL或转化的DLBCL。在一些实施方案中，侵袭性NHL是套细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，试剂盒还包含通过IV输注以375mg/m2的剂量施用利妥昔单抗的说明书，其中利妥昔单抗每周一次施用于所述个体，持续四周，并且此后每月一次。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于例如通过IV 输注以10mg/kg或15mg/kg的剂量每周一次施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
还提供了一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与利妥昔单抗组合用于根据本文所述的方法治疗有需要的个体(例如，人类个体)的惰性淋巴瘤。在一些实施方案中，所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A 和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含 A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU 索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、 L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；并且所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性或难治性的。在一些实施方案中，惰性淋巴瘤是惰性非霍奇金淋巴瘤 (NHL)。在一些实施方案中，惰性NHL是边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤。在一些实施方案中，试剂盒还包含通过IV输注以375mg/m2的剂量施用利妥昔单抗的说明书，其中利妥昔单抗每周一次施用于所述个体，持续四周，并且此后每月一次。在一些实施方案中，试剂盒还包含用于例如通过IV输注以 10mg/kg或15mg/kg的剂量每周一次施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
在任一试剂盒的一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO: 85的氨基酸序列。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NOL:81的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQID NO:136的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1 结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽形成同源二聚体。在一些实施方案中，还包括用于以10mg/kg的剂量每周一次(QW) 向个体施用包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(或由其制备的药物或包含此类多肽的药物组合物)的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含用于通过IV输注向个体施用包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(或由其制备的药物或包含此类多肽的药物组合物)的说明书。
附图说明
图1A-1B描述了药物A是单体(图1A)和同源二聚体(图1B)。SIRPα D1 结构域变体以皮摩尔结合亲和力选择性结合CD47以阻断其与SIRPα的相互作用。药物A的分子量是典型抗体大小的一半，从而允许两倍摩尔浓度递送至肿瘤。修饰Fc结构域以消除与Fcγ受体的结合，从而使毒性最小化。药物A表现出抗体样药代动力学。
图2提供了实施例1中描述的临床研究的示意图。
图3A-3C显示了药物A+曲妥珠单抗在HER2阳性胃癌/GEJ癌扩展队列中的临床活性。图3A提供了肿瘤大小的变化，显示为相对于基线的百分比。 ORR＝总体反应率；DCR＝疾病控制率；mPFS＝中位无进展；CI＝置信区间。在图3B中提供了在研究过程中每个患者的肿瘤大小相对于基线的百分比变化。对于图3A-3B：包括在扩展阶段接受至少一次药物A剂量，进行基线评估和至少一次基线后疾病评估的患者；顶部虚线表示客观进展的阈值；底部虚线表示总体反应的阈值。图3C提供了在扩展阶段接受至少一次药物A剂量的每个入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1 版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人,European Journal of Cancer 45(2009) 228–247。)
图4A-4C显示了药物A+派姆单抗在HNSCC扩展队列中的临床活性。图4A提供了肿瘤大小的变化，显示为相对于基线的百分比。ORR＝总体反应率；DCR＝疾病控制率；mPFS＝中位无进展存活；CI＝置信区间；CP＝免疫检查点疗法；CPS＝PD-L1染色的组合阳性评分。在图4B中提供了在研究过程中每个患者的肿瘤大小相对于基线的百分比变化。对于图4A-4B：包括在扩展阶段接受至少一次药物A剂量，进行基线评估和至少一次基线后疾病评估的患者；顶部虚线表示客观进展的阈值；底部虚线表示总体反应的阈值。图 4C提供了在扩展阶段接受至少一次药物A剂量的每个入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人,European Journal of Cancer 45(2009)228–247。)
图5A-5C显示了药物A+派姆单抗在NSCLC扩展队列中的临床活性。图5A提供了肿瘤大小的变化，显示为相对于基线的百分比。DCR＝疾病控制率；mPFS＝中位无进展存活；CI＝置信区间；TPS＝PD-L1染色的肿瘤比例评分。在图5B中提供了在研究过程中每个患者的肿瘤大小相对于基线的百分比变化。对于图5A-5B：包括在扩展阶段接受至少一次药物A剂量，进行基线评估和至少一次基线后疾病评估的患者；顶部虚线表示客观进展的阈值；底部虚线表示部分反应的阈值。图5C提供了在扩展阶段接受至少一次药物 A剂量的每个入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST) 1.1版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人,European Journal of Cancer 45(2009) 228–247。)
图6A-6B提供了在研究过程中与派姆单抗或曲妥珠单抗组合施用的药物A的药代动力学和CD47靶标占据参数。如图6A所示，基于建立的群体PK 模型，药物A PK(药物A血清浓度)在预测的95％区间内。预测药物A(10 mg/kg QW)的稳态半衰期为约16天。药物A PK时间点包括在第1和第3周期中的密集采样，以及仅在此后的每个周期中的给药前和输注结束。图6B 显示当药物A与派姆单抗或曲妥珠单抗组合施用时，在整个药物A给药间隔中表达CD47的CD4+T细胞中维持接近完全的CD47靶标占据。TO＝靶标占据。
图7A-7C显示了用药物A与派姆单抗或曲妥珠单抗组合治疗的患者的抗肿瘤反应。图7A提供了用药物A+派姆单抗治疗的5名NSCLC患者、用药物A+派姆单抗治疗的6名HNSCC患者和用药物A+曲妥珠单抗治疗的1 名胃癌患者在治疗前后成对活检中的阳性瘤内CD68+(左)、CD163+(中)和 CD8+(右)细胞的百分比。治疗后肿瘤相关巨噬细胞和浸润淋巴细胞增加。在图7B中提供了来自用药物A+派姆单抗治疗的NSCLC PD-L1(-)患者的活检的图像，其显示在治疗之前和期间(C3＝第3周期)对CD68和CD8的染色。在图7C中提供了来自用药物A+派姆单抗治疗的HNSCC PD-L1(+)患者的活检的图像，其显示在治疗之前和期间(第3周期)对CD68和CD8的染色。在图7B-7C中：右侧的图显示了在研究过程中每位患者的肿瘤大小相对于基线的百分比变化；顶部虚线表示客观进展的阈值；底部虚线表示部分反应的阈值。CD68和CD163标记物表示巨噬细胞；CD8标记物表示T淋巴细胞。
图8提供了当与抗癌治疗性抗体诸如派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合施用时，药物A的抗肿瘤活性的提议机制的示意图。
图9A提供了显示药物A与派姆单抗组合在反应可评价的≥2L HNSCC 患者中的临床活性的示意图(包括经历检查点抑制剂的患者中的两个未经历检查点抑制剂的患者)。CPS＝组合阳性评分(即，PD-L1阳性染色细胞(肿瘤细胞、淋巴细胞和巨噬细胞)的数量除以活肿瘤细胞的总数，乘以100)。
图9B提供了显示用药物A和派姆单抗治疗的≥2L HNSCC患者的最佳总体反应和反应持续时间的示意图。
图10A提供了显示药物A与派姆单抗组合在反应可评价的≥2L NSCLC 患者中的临床活性的示意图。用*表示的患者显示变化大于80％。TPS＝肿瘤比例评分。图10B提供了显示用药物A和派姆单抗治疗的≥2L NSCLC患者的最佳总体反应和反应持续时间的示意图。
图11A提供了显示药物A与曲妥珠单抗组合在反应可评价的≥2L HER2+胃癌或HER2+GEJ癌患者中的临床活性的示意图。一名患者未显示临床进展。HER2评分反映肿瘤细胞的HER2表达水平。图11B提供了显示用药物 A和曲妥珠单抗治疗的≥2L HER2+胃癌或HER2+GEJ癌患者的最佳总体反应和反应持续时间的示意图。
图12提供了显示药物A与利妥昔单抗组合在具有复发性/难治性非霍奇金淋巴瘤的反应可评价的患者中的临床活性的示意图。用“∧”表示的患者表现出与基线相比可测量病变增加80％以上。用“*”表示的患者实现完全反应或代谢完全反应。用“mPR”表示的患者实现代谢部分反应。两名患者(10 mg/kg和15mg/kg药物A各1名)未显示临床进展。一名患有代谢性CR的患者(10mg/kg药物A)未在图中表示。
图13A提供了显示用10mg/kg药物A和利妥昔单抗治疗的复发性/难治性非霍奇金淋巴瘤患者的最佳总体反应和反应持续时间的示意图。图13B提供了显示用15mg/kg药物A和利妥昔单抗治疗的复发性/难治性非霍奇金淋巴瘤患者的最佳总体反应和反应持续时间的示意图。一名临床进展研究第8 天作为最佳反应的患者未显示。
具体实施方式
定义
术语“约”或“大致”是指在本领域普通技术人员确定的特定值的可接受误差范围内，其将部分取决于如何测量或测定该值，即测量系统的限制。例如，根据本领域的实践，“约”可意指在1个或多于1个标准偏差内。可替代地，“约”可意指给定值的至多20％、至多10％、至多5％或至多1％的范围。可替代地，特别是对于生物系统或方法，所述术语可以指在数值的数量级内，优选5倍内，更优选2倍内。在本申请和权利要求中描述特定值的情况下，除非另有说明，否则应假定术语“约”意指在特定值的可接受误差范围内。
这里使用的术语仅仅是为了描述特定的情况，而不是为了限制。如本文所用，单数形式“一(a)”、“一(an)”和“所述”也旨在包括复数形式，除非上下文另外明确指出。此外，就在详细说明或权利要求中使用术语“包括(including)”、“包括(includes)”、“具有(having)”、“具有(has)”、“具有(with)”或其变体而言，此类术语旨在以类似于术语“包含(comprising)”的方式为包含性的。
如本文所用，术语“治疗(treatment)”，“治疗(treating)”等是指出于获得效果的目的施用药剂或进行程序。在一些实施方案中，就完全或部分预防疾病或其症状而言，所述作用是预防性的。在一些实施方案中，就实施疾病或疾病症状的部分或完全治愈而言，所述效果是治疗性的。
如本文所用，术语“抗体”是指完整抗体；抗体片段，条件是它们表现出所需的生物活性(例如表位结合)；单克隆抗体；多克隆抗体；单特异性抗体；多特异性抗体(例如双特异性抗体)；以及抗体样蛋白。
如本文所用，术语“抗体可变结构域”是指抗体的轻链和重链的部分，其包括互补决定区(CDR，例如CDR L1、CDR L2、CDR L3、CDR H1、CDR H2 和CDR H3)和框架区(FR)的氨基酸序列。
如本文所用，术语“接头”是指两个元件(例如蛋白质结构域)之间的连接。在一些实施方案中，接头可以是共价键或间隔物。术语“间隔物”是指存在于两个多肽或多肽结构域之间以提供两个多肽或多肽结构域域之间的空间或灵活性(或空间和灵活性)的部分(例如，聚乙二醇(PEG)聚合物)或氨基酸序列 (例如，1-200个氨基酸序列)。在一些实施方案中，氨基酸间隔物是多肽的一级序列的一部分(例如，通过多肽骨架连接到间隔的多肽或多肽结构域)。
如本文所用，术语“有效量”是指在治疗患有疾病(诸如癌症，例如实体瘤或血液癌症)的患者中足以且有效实现所需治疗效果的多肽或含有本文所述多肽(例如具有SIRPαD1结构域的多肽或其变体)的药物组合物的量。在一些实施方案中，有效量的多肽将避免不良副作用。
如本文所用，术语“药物组合物”是指包含活性成分以及赋形剂或稀释剂 (或赋形剂和稀释剂两者)并且使活性成分能够通过合适的施用方法施用的医药或药物制剂。在一些实施方案中，本文公开的药物组合物包括与多肽相容的药学上可接受的组分。在一些实施方案中，药物组合物为用于口服施用的片剂或胶囊形式或用于静脉或皮下施用(例如通过注射)的水性形式。
如本文所用，术语“受试者”、“个体”和“患者”可互换使用以指脊椎动物，例如哺乳动物。哺乳动物包括但不限于鼠类、猿类、人类、农场动物、运动动物和宠物。也包括体内获得或体外培养的生物实体的组织、细胞及其后代。这些术语都不需要医学专业人员的监督。
如本文所用，术语“亲和力”或“结合亲和力”是指两个分子之间的结合相互作用的强度。通常，结合亲和力是指分子与其结合配偶体(诸如SIRPα D1 结构域变体和CD47)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另外指明，否则结合亲和力是指固有结合亲和力，其反映结合对成员之间的1:1相互作用。两个分子之间的结合亲和力通常由解离常数(KD)或缔合常数(KA)描述。彼此具有低结合亲和力的两个分子通常结合缓慢，倾向于容易解离，并且表现出大KD。彼此具有高亲和力的两个分子通常容易结合，倾向于保持结合更长，并表现出小KD。在一些实施方案中，使用已知的方法和技术，例如表面等离子体共振(SPR)测定两个相互作用分子的KD。KD可以计算为 koff/kon的比率。
如本文所用，术语“小于KD”是指数值上较小的KD值和相对于所述KD 值增加的结合亲和力。如本文所用，术语“大于KD”是指数值上较大的KD 值和相对于所述KD值降低的结合亲和力。
如本文所用，“联合”是指除另一种治疗形式之外还施用一种治疗形式。因此，“联合”是指在向个体施用其他治疗形式之前，期间或之后施用一种治疗形式。
概述
本文提供了治疗个体(例如人类个体)的癌症的方法，其包括向所述个体施用(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽(例如融合多肽)和 (b)治疗性抗体。在一些实施方案中，多肽包含本文所述的SIRPα D1结构域变体中的任一种(除非另外指明)。
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体的非小细胞肺癌(NSCLC)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗PD-1抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A 和delG236突变的人IgG4Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv) 包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，个体的NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。在一些实施方案中，个体未接受先前的CPI疗法。在一些实施方案中，个体是PD-L1阴性。在一些实施方案中，个体是PD-L1阳性。
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC) 的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc 结构域变体的多肽，和(b)抗PD-1抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含 SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是 (i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、 L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，个体接受了先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法(例如，用本文所述的免疫检查点抑制剂治疗)。在一些实施方案中，个体未接受先前的CPI疗法。在一些实施方案中，个体是PD-L1阴性。在一些实施方案中，个体是PD-L1 阳性。
在一些实施方案中，如果个体患有不表达PD-L1生物标记物或表达非常低水平的PD-L1的癌症，则所述个体是“PD-L1阴性”。在一些实施方案中，如果在来自个体的样品中的肿瘤细胞(TC)上(或中)未检测到PD-L1表达(例如，蛋白质表达)，如果在来自个体的样品中的肿瘤浸润免疫细胞(IC)上(或中) 未检测到PD-L1表达(例如，蛋白质表达)，或如果在来自个体的样品中的TC 和/或IC上(或中)以非常低的水平检测到PD-L1表达(例如，蛋白质表达)，则个体为“PD-L1阴性”或患有“PD-L1阴性癌症”。在一些实施方案中，如果例如从个体获得的样品中0％、小于约1％、小于约5％或小于约10％的肿瘤细胞(TC)和/或肿瘤浸润免疫细胞(IC)表达PD-L1，如使用用于测定个体的 PD-L1状态的测定(例如本文所述的测定)所确定的，则个体为PD-L1阴性。在一些实施方案中，个体或肿瘤可被认为是PD-L1阴性，因为其没有T细胞浸润。这样的测定是已知的并且由医学专业人员常规使用。
在一些实施方案中，如果个体患有表达(例如在诊断测试中已显示表达) PD-L1生物标记物的癌症，则所述个体为“PD-L1阳性”。在一些实施方案中，所述个体为“PD-L1阳性”或患有“PD-L1阳性癌症”的癌症。在一些实施方案中，如果在来自个体的样品中的肿瘤细胞(TC)上(或中)检测到PD-L1表达(例如蛋白质表达)，或如果在来自个体的样品中的肿瘤浸润免疫细胞(IC)上(或中) 检测到PD-L1表达(例如蛋白质表达)，则个体为“PD-L1阳性”或患有“PD-L1 阳性癌症”。在一些实施方案中，个体的TC和/或IC表达低水平的PD-L1生物标记物。在一些实施方案中，个体的TC和/或IC表达高水平PD-L1生物标记物。在一些实施方案中，如果PD-L1生物标记物在超过0％的样品中、至少1％的样品中、至少5％的样品中或至少10％的来自个体的样品(例如来自个体的含有个体的TC和/或IC的样品)中存在(例如检测到)，如使用用于测定个体的PD-L1状态的测定(例如本文所述的测定)所确定的，则个体为“PD-L1阳性”或患有“PD-L1阳性癌症”的癌症。这样的测定是已知的并且由医学专业人员常规使用。在一些实施方案中，如果个体的肿瘤比例评分(TPS) 为≥50％(即，如果来自个体的样品中≥50％的活肿瘤细胞表达PD-L1，例如以任何水平)，则个体为“PD-L1”阳性或患有“PD-L1阳性癌症”。
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗HER2抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的胃癌/GEJ癌在先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗和/或先前用抗HER2抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体为人。
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤或“NHL”(例如，原发性或转化的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或套细胞淋巴瘤)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、 L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，复发性/难治性侵袭性 NHL是复发性/难治性DLBCL(例如，原发性或转化的DLBCL)。在一些实施方案中，复发性/难治性侵袭性NHL是复发性/难治性套细胞淋巴瘤(MCL)。
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体的惰性淋巴瘤的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，其中所述SIRPα D1结构域变体包含SEQ ID NO:81 或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；其中所述Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性和/或难治性的，并且其中所述个体是人。在一些实施方案中，惰性淋巴瘤(诸如复发性/难治性惰性淋巴瘤)是非霍奇金淋巴瘤(NHL)，例如复发性/难治性惰性NHL。在一些实施方案中，惰性NHL(例如，复发性/难治性NHL)是滤泡性淋巴瘤(例如，复发性/难治性滤泡性淋巴瘤)。在一些实施方案中，惰性NHL(例如，复发性/难治性NHL)是边缘区淋巴瘤(例如，复发性/难治性边缘区淋巴瘤)。
关于治疗方法和包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的多肽的进一步细节描述如下。还参见美国专利号10,259,859，其内容以引用的方式整体并入本文。
信号调节蛋白α(SIRP-α)D1结构域及其变体
在一些实施方案中，本文公开了包含信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体的多肽，所述变体包含SIRPα D1结构域或其片段，所述SIRPα D1结构域相对于野生型SIRPα D1结构域在残基80处包含氨基酸突变；并且相对于野生型 SIRPα D1结构域在选自由以下组成的组的残基处包含至少一个另外的氨基酸突变：残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66和残基92。
在一些实施方案中，本文还公开了包含Fc结构域变体的多肽，其中所述Fc结构域变体二聚体包含两个Fc结构域变体，其中每个Fc结构域变体独立地选自(i)由突变L234A、L235A、G237A和N297A组成的人IgG1 Fc区； (ii)由突变A330S、P331S和N297A组成的人IgG2Fc区；或(iii)包含突变 S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A的人IgG4 Fc区。
信号调节蛋白α(“SIRP-α”或“SIRP-alpha”)是属于Ig超家族的跨膜糖蛋白，其在骨髓细胞的膜上广泛表达。SIRPα与CD47相互作用，CD47是在体内许多细胞类型上广泛表达的蛋白质。SIRPα与CD47的相互作用防止“自身”细胞的吞噬，否则“自身”细胞可被免疫系统识别。已经观察到，肿瘤细胞上的高CD47表达可以在急性髓性白血病和几种实体瘤癌症中作为存活的负性预后因子。
天然SIRPα包含3个高度同源的免疫球蛋白(Ig)样细胞外结构域—D1、 D2和D3。SIRPα D1结构域(“D1结构域”)是指SIRPα的膜远端细胞外结构域并且介导SIRPα与CD47的结合。如本文所用，术语“SIRPα多肽”是指能够结合CD47的任何SIRPα多肽或其片段。存在至少十种野生型人SIRPα的变体。表1显示了十种天然存在的野生型人SIRPα D1结构域变体的D1结构域的氨基酸序列(SEQ ID NO:1-10)。在一些实施方案中，SIRPα多肽包含SIRPα D1结构域。在一些实施方案中，SIRPα多肽包含野生型D1结构域，诸如SEQ ID NO:1-10中提供的那些。在一些实施方案中，SIRPα多肽包含野生型人 SIRPα的D2或D3结构域(或D2和D3结构域两者)(参见表3)。
表1.野生型SIRPα D1结构域的序列
Figure BDA0003440597580000241
Figure BDA0003440597580000251
如本文所用，术语“SIRPα D1结构域变体”是指包含SIRPα D1结构域或 SIRPα多肽的CD47结合部分的多肽，其对CD47的亲和力高于野生型SIRPα。 SIRPα D1结构域变体相对于野生型SIRPα包含至少一个氨基酸取代、缺失或插入(或其组合)。
在一些实施方案中，本文公开的SIRPα D1结构域变体包含SIRPα D1结构域或其变体。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于SEQ ID NO: 1-10中所示的野生型D1结构域包含一个或多个氨基酸取代、插入、添加或缺失。表2列出了每个SIRPα D1结构域变体中的示例性氨基酸取代(SEQ ID NO:13-22)。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域多肽或SIRPα D1结构域变体包含D1结构域的片段。在一些实施方案中，SIRPα多肽片段或SIRPα D1结构域变体片段包含长度小于10个氨基酸、长度约10个氨基酸、长度约20 个氨基酸、长度约30个氨基酸、长度约40个氨基酸、长度约50个氨基酸、长度约60个氨基酸、长度约70个氨基酸、长度约80个氨基酸、长度约90 个氨基酸、长度约100个氨基酸、或长度多于约100个氨基酸的氨基酸序列。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域片段保留结合CD47的能力。
在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体的本公开多肽以比野生型人SIRPαD1结构域更高的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中， SIRPα D1结构域变体以天然存在的D1结构域的亲和力至少1倍(例如，至少1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、5倍或大于5倍)的亲和力结合人CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体以天然存在的D1结构域的亲和力至少1倍(例如，至少10倍、100倍、1000倍或大于1000倍)的亲和力结合人CD47。
如本文所用，术语“优化的亲和力”或“优化的结合亲和力”是指本文公开的多肽(包括SIRPα D1结构域变体)与CD47之间的优化的结合相互作用强度。例如，在一些实施方案中，多肽主要或以较高亲和力结合癌细胞上的 CD47，而基本上不结合或以较低亲和力结合非癌细胞上的CD47。在一些实施方案中，优化多肽和CD47之间的结合亲和力，使得与以最大亲和力结合的变体相比，相互作用不引起临床相关毒性或降低毒性。在一些实施方案中，为了实现本文提供的多肽与CD47之间的优化的结合亲和力，包含SIRPα D1 结构域变体的多肽被开发为对CD47的结合亲和力比最大可实现的结合亲和力更低。在一些实施方案中，本文公开的SIRPα D1结构域变体与啮齿动物、非人灵长类动物(NHP)和人CD47交叉反应。
如本文所用，术语“免疫原性”是指在宿主中引起免疫反应的蛋白质(例如治疗性蛋白质)的特性，就像它是外来抗原一样。蛋白质的免疫原性可以在体外以多种不同的方式测定，诸如通过体外T细胞增殖测定。
如本文所用，术语“最小免疫原性”是指经修饰(例如通过氨基酸取代)的蛋白质(例如治疗性蛋白质)的免疫原性低于(例如低至少10％、25％、50％或 100％)引入氨基酸取代之前的免疫原性(例如未修饰的蛋白质)。在一些实施方案中，修饰蛋白质(例如，治疗性蛋白质)以具有最小免疫原性并且即使它是外来抗原也不引起或引起非常少的宿主免疫反应。
在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体显示最小免疫原性。在一些实施方案中，施用于受试者的本公开的SIRPα多肽具有与受试者的生物样品中的SIRPα多肽相同的氨基酸序列，除了增加SIRPα D1结构域变体的亲和力的氨基酸改变之外。在一些实施方案中，与抗CD47抗体或野生型SIRPα相比，本文公开的多肽变体降低了副作用的风险。在一些实施方案中，与抗 CD47抗体或野生型SIRPα相比，本文公开的多肽变体降低贫血的风险。在一些实施方案中，本文公开的多肽变体在啮齿动物或非人灵长类动物(NHP) 研究中不引起急性贫血。
表2列出了SIRPα D1结构域变体中相对于每个D1结构域序列的特定氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包括表2中所列的一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个或更多个)取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多十四个氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多十个氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多七个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的SIRPα D1结构域变体与野生型D1结构域的序列具有至少90％(例如，至少92％、95％、97％或大于97％)氨基酸序列同一性。
在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体是嵌合SIRPα D1结构域变体，其包含两个或更多个野生型D1结构域或其变体的一部分(例如，一个野生型D1结构域或其变体的一部分和另一野生型D1结构域或其变体的一部分)。在一些实施方案中，嵌合SIRPα D1结构域变体包含野生型D1结构域或其变体的至少两个部分(例如，三个、四个、五个或更多个部分)，其中每个部分来自不同的野生型D1结构域。在一些实施方案中，嵌合SIRPα D1结构域变体进一步包括表2中所列的一个或多个氨基酸取代。
表2.SIRPα D1结构域变体中的氨基酸取代
Figure BDA0003440597580000271
Figure BDA0003440597580000281
Figure BDA0003440597580000291
Figure BDA0003440597580000301
Figure BDA0003440597580000311
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGNITPADAGTYYCX 12KX13RKGSPDDVEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:13)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:1的序列的野生型SIRPα D1 结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEGX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGNITPADAGTYYCX 12KX13RKGSPDDVEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:16)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:4的序列的野生型SIRPα D1 结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKFVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGNITPADAGTYYCX 12KX13RKGSPDDVEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:17)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:5的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFPIRIGNITPADAGTYYCX 12KX13RKGSPDDVEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:18)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:6的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRISNITPADAGTYYCX 12KX13RKGSPDDVEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:21)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:9的序列的野生型SIRPα D1 结构域包含至少一个氨基酸取代。
在任一上述实施方案中，多肽包含含有SEQ ID NO:13、16-18和21中任一个的序列的SIRPα D1结构域变体，其中X1是L、I或V。在任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中，X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是A、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中， X7是K或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是L、T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中，X12是V或I。在任一上述实施方案中，X13是F、L、V。在任一上述实施方案中，X14是F或V。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于包含SEQ ID NO:1、4-6 和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过六个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比包含SEQ ID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比包含SEQID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比包含SEQ ID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9 M、小于5x10-10M、小于1x10- 10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和 100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500 pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISNITPADAGTYYCX12KX13RKGSPDTEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:14)，其中X1为L、 I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S或F； X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:2的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILLCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPAR X6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISNITPADAGTYYCX12 KX13RKGSPDTEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:15)，其中X1为L、I 或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S或F； X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F or V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:3的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISNITPADAGTYYCX12KX13RKGSPDTEX14KSGAGTELSVRGKPS(SEQ ID NO:19)，其中X1为L、 I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S或F； X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:7的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含含有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISNITPADAGTYYCX12KX13RKGSPDTEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:22)，其中X1为L、 I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S或F； X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于包含SEQ ID NO:10的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在本公开的该方面的任一上述实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:14、15、19和22中任一个的序列，其中X1是L、I或V。在任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中，X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是V、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中，X7是K 或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是S、T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中，X12是V或I。在任一上述实施方案中，X13是F、L或V。在任一上述实施方案中，X14是F或V。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于包含SEQ ID NO:2、3、7 和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过六个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和 10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约100pM和 50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISNITPADAGTYYCX12KX13RKGSPDTEX14KSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:20)，其中X1为L、 I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为V或I；X13为F、L或V；并且X14为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一个实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:20的序列，其中X1是L、I 或V。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中，X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是A、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中，X7是K或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是S、T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中，X12是V或I。在任一上述实施方案中，X13是F、L或V。在任一上述实施方案中，X14是F或V。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过六个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于 5x10- 9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11 M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约 50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约 100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEX1X2QX3IQPDKX4VX5VAAGEX6X7X8LX9CTX10TSLX11PVGPIQWFR GAGPX12RX13LIYNQX14X1 5GX16FPRVTTVSX17X18TX19RX20NMDFX21IX22IX23NITPADAGTYYCX24KX25RKGSPDX26X27EX28KSGAGTELSVRX29KPS(SEQ ID NO:23)，其中X1为E或G；X2为L、I或V；X3为V、L或I；X4为S 或F；X5为L或S；X6为S或T；X7为A或V；X8为I或T；X9为H或R； X10为A、V、I或L；X11为I、T、S或F；X12为A或G；X13为E、V或L； X14为K或R；X15为E或Q；X16为H、P或R；X17为D或E；X18为S、L、 T或G；X19为K或R；X20为E或D；X21为S或P；X22为S或R；X23为S 或G；X24为V或I；X25为F、L、V；X26为D或不存在；X27为T或V； X28为F或V；并且X29为A或G；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO: 1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是L、I或V。在任一上述实施方案中，X3是V、L或I。在任一上述实施方案中，X4是S或F。在任一上述实施方案中，X5为L或S。在任一上述实施方案中，X6是S或T。在任一上述实施方案中，X7是A或V。在任一上述实施方案中，X8是I或T。在任一上述实施方案中，X9是H或R。在任一上述实施方案中，X10是A、 V、I或L。在任一上述实施方案中，X11是I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X12是A或G。在任一上述实施方案中，X13是E、V或L。在任一上述实施方案中，X14是K或R。在任一上述实施方案中，X15是E或Q。在任一上述实施方案中，X16是H、P或R。在任一上述实施方案中，X17是D 或E。在任一上述实施方案中，X18是S、L、T或G。在任一上述实施方案中，X19是K或R。在任一上述实施方案中，X20是E或D。在任一上述实施方案中，X21是S或P。在任一上述实施方案中，X22是S或R。在任一上述实施方案中，X23是S或G。在任一上述实施方案中，X24是V或I。在任一上述实施方案中，X25是F、L、V。在任一上述实施方案中，X26是D或不存在。在任一上述实施方案中，X27是T或V。在任一上述实施方案中，X28是F或V。在任一上述实施方案中，X29是A或G。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型 SIRPα D1结构域包含不超过六个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1 结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少 1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10 M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中， SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5 nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约 500pM和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10 pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，包括SIRPα D1结构域变体的本公开的多肽还包含表3中所示的野生型人SIRPα的具有SEQ ID NO:24的序列的D2结构域、具有SEQ ID NO:25的序列的D3结构域或具有SEQ ID NO:24的序列的D2 结构域和具有SEQ ID NO:25的序列的D3结构域。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体还包含D2结构域的片段或变体或D3结构域的片段或变体。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体还包含D2结构域的片段或变体和 D3结构域的片段或变体。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体通过接头连接至D2或D3结构域。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体通过接头连接至D2和D3结构域。
表3.SIRPα D2和D3结构域的氨基酸序列
Figure BDA0003440597580000381
在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体的本公开的多肽附接至 Fc结构域变体以便改善多肽的药代动力学性质，例如增加血清半衰期。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体附接至不能二聚化的Fc结构域变体。在一些实施方案中，Fc结构域变体用于增加本文所述多肽的血清半衰期。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体的本公开的多肽不包括表4中所示的SEQ ID NO:26-36中任一个的序列。
表4.
Figure BDA0003440597580000391
Figure BDA0003440597580000401
在一些实施方案中，本文所述的多肽和多肽构建体在体外用于结合测定，诸如免疫测定。例如，在一些实施方案中，本文所述的多肽和多肽构建体在液相中使用或与固相载剂结合。在一些实施方案中，用于免疫测定的多肽以各种方式被可检测地标记。
在一些实施方案中，本文所述的多肽和多肽构建体与各种载剂结合并用于检测特定抗原表达细胞的存在。载剂的实例包括玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、葡聚糖、尼龙、淀粉酶、天然和改性纤维素、聚丙烯酰胺、琼脂糖和磁铁矿。载剂的性质可以是可溶的或不可溶的。
各种不同的标记和标记方法是已知的。标记的实例包括酶、放射性同位素、荧光化合物、胶体金属、化学发光化合物和生物发光化合物。可利用各种技术将标记结合到本文公开的多肽上。
在一些实施方案中，多肽与低分子量半抗原偶联。然后通过第二反应特异性检测这些半抗原。例如，在一些实施方案中，半抗原生物素与抗生物素蛋白一起使用，或者将半抗原二硝基苯酚、吡哆醛或荧光素用特异性抗半抗原抗体(例如分别为抗二硝基苯酚抗体、抗吡哆醛抗体和抗荧光素抗体)检测。
具有改变的糖基化模式的SIRPα D1结构域变体
在一些实施方案中，本文公开了包含信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体的多肽，所述变体包含SIRPα D1结构域或其片段，所述SIRPα D1结构域相对于野生型SIRPα D1结构域在残基80处具有氨基酸突变；并且相对于野生型SIRPα D1结构域在选自由以下组成的组的残基处具有至少一个另外的氨基酸突变：残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66和残基92。
在一些实施方案中，本文还公开了包含Fc结构域变体的多肽，其中Fc 结构域变体二聚体包含两个Fc结构域变体，其中每个Fc结构域变体独立地选自(i)由L234A、L235A、G237A和N297A突变组成的人IgG1 Fc区；(ii) 由A330S、P331S和N297A突变组成的人IgG2Fc区；或(iii)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区。
在一些实施方案中，本文公开的组合物中的多肽包含具有减少的或最小的糖基化的SIRPα D1结构域变体。十种野生型人SIRPα蛋白(表1中的SEQ ID NO:1-10)中每一种的D1结构域在序列N80ITP中的氨基酸N80处含有单个潜在的N连接的糖基化位点。SIRPα D1结构域在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中的表达产生16kDa的主要条带(非糖基化的)和通过Endo Hf去除的较高分子量的次要条带。Endo Hf是内切糖苷酶H和麦芽糖结合蛋白的重组蛋白融合体。Endo Hf在高甘露糖的壳二糖核心和来自N连接糖蛋白的一些杂合寡糖内切割。这意味着氨基酸位置83处的脯氨酸可降低糖基化的效率，从而导致蛋白质具有不同程度的糖基化并因此具有异质性。对于药物开发，异质性可在过程开发中引起挑战。因此，为了研究产生同质、非糖基化形式的 SIRPα D1结构域变体的可能性，在一些实施方案中，将SIRPα D1变体的氨基酸N80突变为Ala。在一些实施方案中，为了制备非糖基化的SIRPα D1 结构域变体，SIRPα D1结构域变体中的氨基酸N80被任何氨基酸替代，包括任何天然和非天然存在的氨基酸，例如N80A和N80Q。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含N80A突变和至少1个额外突变(例如，至少2、 3、4、5、6、7、8、9或10个额外突变或更多个)。在一些实施方案中，额外突变在CD47结合位点中。在一些实施方案中，额外突变在D1结构域的疏水核心中。
在一些实施方案中，本文公开的组合物中的多肽包含相对于野生型 SIRPα D1结构域具有增加的糖基化的SIRPα D1结构域变体。增加最终产物的同质性的另一选择是增强氨基酸N80处的糖基化效率并产生相对于野生型具有增加的糖基化的SIRPα D1结构域变体。在一些实施方案中，序列 NITP83中的氨基酸P83影响氨基酸N80处的糖基化程度。在一些实施方案中，将P83改变为任何氨基酸增加N80处的糖基化效率。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体中的氨基酸P83被任何氨基酸替代，包括天然和非天然氨基酸，例如P83V、P83A、P83I和P83L。在一些实施方案中，本公开的多肽在这样的细胞中表达，所述细胞被优化成不会使由此类细胞表达的蛋白质糖基化，例如通过细胞系的基因工程化(例如基因工程化的酵母或哺乳动物宿主)或细胞培养条件的修改诸如添加几夫碱或通过使用天然非糖基化宿主诸如原核生物(大肠杆菌等)。
表5列出了SIRPα D1结构域变体中相对于每个D1结构域变体序列的特定氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包括表5中所列的一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个或更多个)取代。在一些实施方案中， SIRPα D1结构域变体未被糖基化或最低限度地被糖基化。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体被完全糖基化或几乎被完全糖基化。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多十四个氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多十个氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体相对于野生型D1结构域包含至多七个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的 SIRPα D1结构域变体与野生型D1结构域的序列具有至少90％(例如，至少 92％、95％、97％或大于97％)氨基酸序列同一性。
在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体是嵌合SIRPα D1结构域变体，其包含两个或更多个野生型D1结构域或其变体的一部分(例如，一个野生型 D1结构域或其变体的一部分和另一野生型D1结构域或其变体的一部分)。在一些实施方案中，嵌合SIRPα D1结构域变体包含野生型D1结构域或其变体的至少两个部分(例如，三个、四个、五个或更多个部分)，其中每个部分来自不同的野生型D1结构域。在一些实施方案中，嵌合SIRPα D1结构域变体进一步包括表5中所列的一个或多个氨基酸取代。
表5.SIRPα D1结构域变体中的氨基酸取代
Figure BDA0003440597580000421
Figure BDA0003440597580000431
Figure BDA0003440597580000441
Figure BDA0003440597580000451
Figure BDA0003440597580000461
Figure BDA0003440597580000471
Figure BDA0003440597580000481
Figure BDA0003440597580000491
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGX12ITX13ADAGTY YCX14KX15RKGSPDDVEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:37)，其中 X1为L,I或V；X2为V,L或I；X3为A或V；X4为A,I或L；X5为I,T,S 或F；X6为E,V或L；X7为K或R；X8为E或Q；9为H、P或R；X10为L、 T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:1的序列的野生型SIRPαD1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEGX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGX12ITX13ADAGTY YCX14KX15RKGSPDDVEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:40)，其中 X1为L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、 T、S或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R； X10为L、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或 V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:4的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKFVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRIGX12ITX13ADAGTY YCX14KX15RKGSPDDVEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:41)，其中 X1为L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、 T、S或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R； X10为L、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、 I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或 V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:5的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFPIRIGX12ITX13ADAGTY YCX14KX15RKGSPDDVEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:42)，并且其中X1为L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、 T、S或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R； X10为L、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、 I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或 V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:6的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPG RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSDX10TX11RNNMDFSIRISX12ITX13ADAGTYY CX14KX15RKGSPDDVEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:45)，其中X1为L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、 S或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为L、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、 K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:9的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在本公开的该方面的任一上述实施方案中，多肽包含具有SEQ ID NO: 37、40-42和45中任一个的序列的SIRPα D1结构域变体，其中X1是L、I 或V。在任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中， X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是A、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中，X7是K或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是L、 T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中， X12是N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、 W或Y。在任一上述实施方案中，X13是P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y。在任一上述实施方案中，X14是V或 I。在任一上述实施方案中，X15是F、L、V。在任一上述实施方案中，X16是F或V。
在一些实施方案中，本文提供的多肽相对于具有SEQ ID NO:1、4-6和 9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本文提供的多肽相对于具有SEQ ID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1、4-6和9中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9 M、小于5x10-10M、小于1x10- 10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和 100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500 pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISX12ITX13ADAGTYY CX14KX15RKGSPDTEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:38)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、 K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:2的序列的野生型SIRPαD1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILLCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPAR X6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISX12ITX13ADAGTYYC X14KX15RKGSPDTEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:39)，其中X1为L、 I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S或F； X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T 或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、 Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、 M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且 X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:3的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISX12ITX13ADAGTYY CX14KX15RKGSPDTEX16KSGAGTELSVRGKPS(SEQ IDNO:43)，其中X1为L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、 K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:7的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVSVAAGESX3ILHCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISX12ITX13ADAGTYY CX14KX15RKGSPDTEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:46)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为V、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、 K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:10的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在本公开的该方面的任一上述实施方案中，多肽包含具有SEQ ID NO: 38、39、43和46中任一个的序列的SIRPα D1结构域变体，其中X1是L、I 或V。在任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中， X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是V、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中，X7是K或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是S、 T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中， X12是N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、 W或Y。在任一上述实施方案中，X13是P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、 L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y。在任一上述实施方案中，X14是V或I。在任一上述实施方案中，X15是F、L或V。在任一上述实施方案中，X16是F或V。
在一些实施方案中，多肽包含相对于具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域具有不超过十个氨基酸取代的 SIRPα D1结构域变体。在一些实施方案中，多肽包含相对于具有SEQ ID NO: 2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域具有不超过七个氨基酸取代的SIRPα D1结构域变体。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2、3、7和10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约 500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和10 nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约 1nM和500pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约100pM和50 pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEEX1QX2IQPDKSVLVAAGETX3TLRCTX4TSLX5PVGPIQWFRGAGPA RX6LIYNQX7X8GX9FPRVTTVSEX10TX11RENMDFSISISX12ITX13ADAGTYY CX14KX15RKGSPDTEX16KSGAGTELSVRAKPS(SEQ IDNO:44)，其中X1为 L、I或V；X2为V、L或I；X3为A或V；X4为A、I或L；X5为I、T、S 或F；X6为E、V或L；X7为K或R；X8为E或Q；X9为H、P或R；X10为S、T或G；X11为K或R；X12为N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y；X13为P、A、C、D、E、F、G、H、I、 K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y；X14为V或I；X15为F、L或V；并且X16为F或V；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:44的序列，其中X1是L、I 或V。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是V、L或I。在任一上述实施方案中，X3是A或V。在任一上述实施方案中，X4是A、I或L。在任一上述实施方案中，X5为I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X6是E、V或L。在任一上述实施方案中，X7是K或R。在任一上述实施方案中，X8是E或Q。在任一上述实施方案中，X9是H、P或R。在任一上述实施方案中，X10是S、T或G。在任一上述实施方案中，X11是K或R。在任一上述实施方案中，X12是N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、 Q、R、S、T、V、W或Y。在任一上述实施方案中，X13是P、A、C、D、 E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W或Y。在任一上述实施方案中，X14是V或I。在任一上述实施方案中，X15是F、L或V。在任一上述实施方案中，X16是F或V。
在一些实施方案中，多肽包含相对于具有SEQ ID NO:8的序列的野生型 SIRPα D1结构域具有不超过十个氨基酸取代的SIRPα D1结构域变体。在一些实施方案中，多肽包含相对于具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1 结构域具有不超过七个氨基酸取代的SIRPα D1结构域变体。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:8的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于 5x10- 9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11 M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约 50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEX1X2QX3IQPDKX4VX5VAAGEX6X7X8LX9CTX10TSLX11PVGPIQWFR GAGPX12RX13LIYNQX14X1 5GX16FPRVTTVSX17X18TX19RX20NMDFX21IX22IX23X24ITX25ADAGTYYCX26KX27RKGSPDX28X29EX30KSGAGTELSVRX31KPS (SEQ ID NO:47)，其中X1为E或G；X2为L,I或V；X3为V,L或I；X4为 S或F；X5为L或S；X6为S或T；X7为A或V；X8为I或T；X9为H、R 或L；X10为A、V、I或L；X11为I、T、S或F；X12为A或G；X13为E、 V或L；X14为K或R；X15为E或Q；X16为H、P或R；X17为D或E；X18为S、L、T或G；X19为K或R；X20为E或N；X21为S或P；X22为S或R； X23为S或G；X24为任何氨基酸；X25为任何氨基酸；X26为V或I；X27为F、 L、V；X28为D或不存在；X29为T或V；X30为F或V；并且X31为A或G；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型 SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:47的序列，其中X1是E或G。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是L、I或V。在任一上述实施方案中，X3是V、L或I。在任一上述实施方案中，X4是S或F。在任一上述实施方案中，X5为L或S。在任一上述实施方案中，X6是S或T。在任一上述实施方案中，X7是A或V。在任一上述实施方案中，X8是I或T。在任一上述实施方案中，X9是H或R。在任一上述实施方案中，X10是A、V、 I或L。在任一上述实施方案中，X11是I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X12是A或G。在任一上述实施方案中，X13是E、V或L。在任一上述实施方案中，X14是K或R。在任一上述实施方案中，X15是E或Q。在任一上述实施方案中，X16是H、P或R。在任一上述实施方案中，X17是D或E。在任一上述实施方案中，X18是S、L、T或G。在任一上述实施方案中，X19是K或R。在任一上述实施方案中，X20是E或N。在任一上述实施方案中， X21是S或P。在任一上述实施方案中，X22是S或R。在任一上述实施方案中，X23是S或G。在任一上述实施方案中，X24是N、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、P、Q、R、S、T、V、W或Y。在任一上述实施方案中， X25是P、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、 W或Y。在任一上述实施方案中，X26是V或I。在任一上述实施方案中， X27是F、L、V。在任一上述实施方案中，X28是D或不存在。在任一上述实施方案中，X29是T或V。在任一上述实施方案中，X30是F或V。在任一上述实施方案中，X31是A或G。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1-10 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1 结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1-10中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少 1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10 M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中， SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5 nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约 500pM和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10 pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，多肽包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体：
EEELQX1IQPDKSVX2VAAGEX3AX4LX5CTX6TSLX7PVGPIQWFRGAGP X8RX9LIYNQX10X11GX12FPRVTTVSX13X14TKRX15NMDFSIX16IX17X18ITPAD AGTYYCX19KFRKGX20X21X22DX23EFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO: 48)，其中X1为V或I；X2为L或S；X3为T或S；X4为T或I；X5为R或 H；X6为A、V或I；X7为I、R、Y、K或F；X8为G或A；X9为E或V；X10为K或R；X11为E、D或Q；X12为H或P；X13为D或E；X14为S、L 或T；X15为N或E；X16为R或S；X17为G或S；X18为N或A；X19为V 或I；X20为S、I或M；X21为P或不存在；X22为D或P；并且X23为V或 T，或其片段。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPIQWFRGAGPGR X4LIYNQX5X6GX7FPRVTTVSDX8TKRNNMDFSIRIGX9ITPADAGTYYCX10 KFRKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:49)，其中X1是V、L 或I；X2是A、I、V或L；X3是I、F、S或T；X4是E、V或L；X5是K或 R；X6是E或Q；X7是H、P或R；X8是L、T、S或G；X9是A；并且X10是V或I；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:49的序列，其中X1是V、L 或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是A、I、V或L。在任一上述实施方案中，X3是I、F、S或T。在任一上述实施方案中，X4是E、 V或L。在任一上述实施方案中，X5为K或R。在任一上述实施方案中，X6是E或Q。在任一上述实施方案中，X7是H、P或R。在任一上述实施方案中，X8是L、T、S或G。在任一上述实施方案中，X9是A。在任一上述实施方案中，X10是V或I。
在一些实施方案中，多肽包含与SEQ ID NO:49包含至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、 96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域，其中X1、 X2、X3、X4、X5、X6、X7、X8、X9、和X10中的每一个不是野生型氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有 SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100 nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM 和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEELQX1IQPDKSVSVAAGESAILHCTX2TSLX3PVGPIQWFRGAGPAR X4LIYNQX5X6GX7FPRVTTVSEX8TKRENMDFSISISX9ITPADAGTYYCX10K FRKGSPDTEFKSGAGTELSVRAKPS,(SEQ ID NO:50)，其中X1为V或I； X2为V或I；X3为I或F；X4为E或V；X5为K或R；X6为E或Q；X7为 H或P；X8为S或T；X9为N或A；并且X10为V或I；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:50的序列，其中X1是V或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是V或I。在任一上述实施方案中，X3是I或F。在任一上述实施方案中，X4是E或V。在任一上述实施方案中，X5为K或R。在任一上述实施方案中，X6是E或Q。在任一上述实施方案中，X7是H或P。在任一上述实施方案中，X8是S或R。在任一上述实施方案中，X9是N或A。在任一上述实施方案中，X10是V或I。
在一些实施方案中，多肽包含与SEQ ID NO:50包含至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、 96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域，其中X1、 X2、X3、X4、X5、X6、X7、X8、X9、和X10中的每一个不是野生型氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:2 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有 SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100 nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM 和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPIQWFRGAGPGR X4LIYNQX5EGX6FPRVTTVSDX7TKRNNMDFSIRIGX8ITPADAGTYYCX9KF RKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:221)，其中X1是V或I； X2是A或I；X3是I或F；X4是E或V；X5是K或R；X6是H或P；X7是 L或T；X8是N或A；并且X9是V或I；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:51的序列，其中X1是V或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是A或I。在任一上述实施方案中，X3是I或F。在任一上述实施方案中，X4是E或V。在任一上述实施方案中，X5为K或R。在任一上述实施方案中，X6是H或P。在任一上述实施方案中，X7是L或T。在任一上述实施方案中，X8是N或A。在任一上述实施方案中，X9是V或I。在任一上述实施方案中，X4不是V。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:51的序列，其中X8是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X8是A且X1是V或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X8是A且X2是A或I。在任一上述实施方案中，X8是A且X3是I或F。在任一上述实施方案中，X8是A且X4是E 或V。在一些实施方案中，X4不是V。在任一上述实施方案中，X8是A且 X5是K或R。在任一上述实施方案中，X8是A且X6是H或P。在任一上述实施方案中，X8是A且X7是A或V。在任一上述实施方案中，X8是A且 X9是V或I。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:51的序列，其中X8是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X8是A且X1是I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X8是A且X2是I。在任一上述实施方案中， X8是A且X3是F。在任一上述实施方案中，X8是A且X4是V。在任一上述实施方案中，X8是A且X5是R。在任一上述实施方案中，X8是A且X6是P。在任一上述实施方案中，X8是A且X7是T。在任一上述实施方案中， X8是A且X9是I。
在一些实施方案中，多肽包含与SEQ ID NO:51包含至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、 96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域，其中X1、 X2、X3、X4、X5、X6、X7、X8、和X9中的每一个不是野生型氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有 SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100 nM和50nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM 和100pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPIQWFRGAGPGR ELIYNQX4EGX5FPRVTTVSDX6TKRNNMDFSIRIGX7ITPADAGTYYCVKFR KGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:222)，其中X1是V、L或 I；X2是A、I或L；X3是I、T、S或F；X4是K或R；X5是H或P；X6是 L、T或G；X7是N或A；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:1的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:222的序列，其中X1是V、L 或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是A、I或L。在任一上述实施方案中，X3是I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X4是K或R。在任一上述实施方案中，X5是H或P。在任一上述实施方案中，X6是L、T 或G。在任一上述实施方案中，X7是N或A。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:222的序列，其中X1是V或 I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是A或I。在任一上述实施方案中，X3是I或F。在任一上述实施方案中，X4是K或R。在任一上述实施方案中，X5是H或P。在任一上述实施方案中，X6是L或T。在任一上述实施方案中，X7是N或A。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:222的序列，其中X7是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X1是V或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X2是A或I。在任一上述实施方案中，X7是A且X3是I或F。在任一上述实施方案中，X7是A且X4是K或R。在任一上述实施方案中，X7是A且X5是H或P。在任一上述实施方案中，X7是A且X6是L或T。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:222的序列，其中X7是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X1是I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X2是I。在任一上述实施方案中， X7是A且X3是F。在任一上述实施方案中，X7是A且X4是R。在任一上述实施方案中，X7是A且X5是P。在任一上述实施方案中，X7是A且X6是T。
在一些实施方案中，多肽包含与SEQ ID NO:222包含至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、 95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域，其中X1、X2、X3、X4、X5、X6、和X7中的每一个不是野生型氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有 SEQ ID NO:1中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，片段包括长度小于10个氨基酸、长度约10个氨基酸、长度约20个氨基酸、长度约30个氨基酸、长度约40 个氨基酸、长度约50个氨基酸、长度约60个氨基酸、长度约70个氨基酸、长度约80个氨基酸、长度约90个氨基酸、长度约100个氨基酸、或长度超过约100个氨基酸的多肽。片段保留与CD47结合的能力。优选地，SIRPα D1 结构域变体多肽及其片段以比SIRPα多肽结合CD47更高的亲和力结合 CD47。例如，在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10 M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50 nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM和100 pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在另一方面，本公开的特征在于包含具有以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：
EEELQX1IQPDKSVSVAAGESAILHCTX2TSLX3PVGPIQWFRGAGPARE LIYNQX4EGX5FPRVTTVSEX6TKRENMDFSISISX7ITPADAGTYYCVKFRK GSPDTEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:212)，其中X1是V、L或I； X2是V、I或L；X3是I、T、S或F；X4是K或R；X5是H、P或R；X6是 S、T或G；X7是N或A；并且其中所述变体相对于具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:212的序列，其中X1是V、L 或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是V、I或L。在任一上述实施方案中，X3是I、T、S或F。在任一上述实施方案中，X4是K或R。在任一上述实施方案中，X5是H或P。在任一上述实施方案中，X6是S、T 或G。在任一上述实施方案中，X7是N或A。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:212的序列，其中X1是V或 I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X2是V或I。在任一上述实施方案中，X3是I或F。在任一上述实施方案中，X4是K或R。在任一上述实施方案中，X5是H或P。在任一上述实施方案中，X6是S或T。在任一上述实施方案中，X7是N或A。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:212的序列，其中X7是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X1是V或I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X2是V或I。在任一上述实施方案中，X7是A且X3是I或F。在任一上述实施方案中，X7是A且X4是K或R。在任一上述实施方案中，X7是A且X5是H或P。在任一上述实施方案中，X7是A且X6是S或T。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:212的序列，其中X7是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X1是I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X7是A且X2是I。在任一上述实施方案中， X7是A且X3是F。在任一上述实施方案中，X7是A且X4是R。在任一上述实施方案中，X7是A且X5是P。在任一上述实施方案中，X7是A且X6是T。
在一些实施方案中，多肽包含与SEQ ID NO:212具有至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、 95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域，其中X1、X2、X3、X4、X5、X6、和X7中的每一个不是野生型氨基酸。
在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:2 中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过十个氨基酸取代。在一些实施方案中，本公开的该方面的多肽相对于具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域包含不超过七个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域大至少10倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有SEQ IDNO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少100倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，多肽以比具有 SEQ ID NO:2中任一个的序列的野生型SIRPα D1结构域大至少1000倍的结合亲和力结合CD47。在一些实施方案中，片段包括长度小于10个氨基酸、长度约10个氨基酸、长度约20个氨基酸、长度约30个氨基酸、长度约40 个氨基酸、长度约50个氨基酸、长度约60个氨基酸、长度约70个氨基酸、长度约80个氨基酸、长度约90个氨基酸、长度约100个氨基酸、或长度超过约100个氨基酸的多肽。片段保留与CD47结合的能力。优选地，SIRPα D1 结构域变体多肽及其片段以比SIRPα多肽结合CD47更高的亲和力结合 CD47。例如，在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以小于1x10-8M、小于5x10-9M、小于1x10-9M、小于5x10-10M、小于1x10-10 M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以介于约500nM和100nM之间、介于约100nM和50 nM之间、介于约50nM和10nM之间、介于约10nM和5nM之间、介于约5nM和1nM之间、介于约1nM和500pM之间、介于约500pM和100 pM之间、介于约100pM和50pM之间或介于约50pM和10pM之间的KD结合CD47。
在一些实施方案中，本文描述了包含具有根据以下序列的SIRPα D1结构域变体的多肽：EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPIQ WFRGAGPGRX4LIYNQX5X6GX7FPRVTTVSDX8TKRNNMDFSIRIGX9X10X11 X12ADAGTYYCX13KFRKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:218)，其中X1是V、L或I；X2是A、V、L或I；X3是I、S、T或F；X4是E、L或V；X5是K或R；X6是E或Q；X7是H、R或P；X8是S、G、 L或T；X9是任何氨基酸；X10是任何氨基酸；X11是任何氨基酸；X12是任何氨基酸；并且X13是V或I；并且其中所述SIRPα D1结构域变体相对于具有根据SEQ ID NO:1的序列的野生型SIRPα D1结构域包含至少一个氨基酸取代。
在一些实施方案中，多肽包含SEQ ID NO:212的序列，其中X1，其中 X9是A。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X9是N。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X10是I。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X9是N且X10是P。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X9是N且X11是除S、T或C之外的任何氨基酸。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X11是T。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X11是除T之外的氨基酸。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X12是P。在本公开的该方面的任一上述实施方案中，X9是N且X12是除P之外的任何氨基酸。
在一些实施方案中，本文描述了包含具有根据以下的序列的SIRPα D1 结构域变体的多肽：EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPI QWFRGAGPGRX4LIYNQX5X6GX7FPRVTTVSDX8TKRNNMDFSIRIGX9ITX10ADAGTYYCX11KFRKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:219)，其中X1是V、L或I；X2是A、V、L或I；X3是I、S、T或F；X4是E、 L或V；X5是K或R；X6是E或Q；X7是H、R或P；X8是S、G、L或T； X9是N；X10是除P之外的任何氨基酸；并且X11是V或I；并且其中所述SIRPα D1结构域变体相对于具有根据SEQ ID NO:1的序列的野生型SIRP α D1结构域包含至少两个氨基酸取代。
在本公开的另一方面，本文公开了组合物，其包含具有SEQ ID NO:48 的氨基酸序列的SIRPα D1结构域变体多肽或其片段。在一些实施方案中，与SIRPα多肽结合CD47的亲和力相比，SIRPα D1结构域变体多肽或其片段以更高的亲和力结合CD47。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽以小于1x10-8M、或小于1x10-9M、小于1x10-10M或小于1x10-11M的KD结合CD47。在一些实施方案中，上述SIRPα D1结构域变体多肽与第二多肽附接或融合。在一些实施方案中，第二多肽包括但不限于Fc多肽、Fc变体或前述的片段。
不限制前述，在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽选自表6 中所示的SEQID NO:53-87和213中的任一个。
表6.SIRPα变体多肽
Figure BDA0003440597580000671
Figure BDA0003440597580000681
Figure BDA0003440597580000691
Figure BDA0003440597580000701
Figure BDA0003440597580000711
在一些实施方案中，多肽包含与表6中提供的任何变体具有至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、 95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域变体。
在一些实施方案中，多肽包含与表6中的SEQ ID NO:80、81或85具有至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、 93％、94％、95％、96％、97％、98％、99(SEQ ID NO:223)％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域。
Fc结构域变体和包含其的融合多肽
在一些实施方案中，本文公开了包含信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体的多肽，所述变体包含SIRPα D1结构域或其片段，所述SIRPα D1结构域相对于野生型SIRPα D1结构域在残基80处具有氨基酸突变；并且相对于野生型SIRPα D1结构域在选自由以下组成的组的残基处具有至少一个另外的氨基酸突变：残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66和残基92。
在一些实施方案中，本文还公开了Fc结构域变体二聚体，其中所述Fc 结构域变体二聚体包含两个Fc结构域变体，其中每个Fc结构域变体独立地选自(i)由突变L234A、L235A、G237A和N297A组成的人IgG1 Fc区；(ii) 由突变A330S、P331S和N297A组成的人IgG2Fc区；或(iii)包含突变S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A的人IgG4 Fc区。
靶向细胞表面抗原的抗体可触发与免疫细胞上的Fc受体(FcR)接合相关的免疫刺激性和效应子功能。存在许多对特定类别的抗体具有特异性的Fc 受体，包括IgG(γ受体)、IgE(η受体)、IgA(α受体)和IgM(μ受体)。Fc区与细胞表面上的Fc受体的结合可引发许多生物反应，包括抗体包被的颗粒的吞噬作用(抗体依赖性细胞介导的吞噬作用或ADCP)、免疫复合物的清除、抗体包被的细胞被杀伤细胞裂解(抗体依赖性细胞介导的细胞毒性或ADCC)和炎性介质的释放、胎盘转移和免疫球蛋白产生的控制。另外，补体的C1 组分与抗体的结合可激活补体系统。补体的激活对于细胞病原体的裂解是重要的。然而，补体的激活也可以刺激炎症反应，并且也可以参与自身免疫超敏反应或其他免疫病症。具有降低的或消除的结合某些Fc受体的能力的变体Fc区可用于开发治疗性抗体和Fc-融合多肽构建体，其通过靶向、激活或中和配体功能起作用，同时不损伤或破坏局部细胞或组织。
在一些实施方案中，SIRPα D1多肽构建体包含与Fc结构域变体连接的非天然存在的SIRPα D1结构域变体，所述Fc结构域变体形成具有消除或降低的效应子功能的Fc结构域。
在一些实施方案中，Fc结构域变体是指包括第二和第三抗体恒定结构域 (例如，CH2和CH3)的多肽链。在一些实施方案中，Fc结构域变体还包括铰链结构域。在一些实施方案中，Fc结构域变体是任何免疫球蛋白抗体同种型，包括IgG、IgE、IgM、IgA和IgD。另外，在一些实施方案中，Fc结构域变体是任何IgG亚型(例如IgG1、IgG2、IgG2a、IgG2b、IgG2c、IgG3和IgG4)。在一些实施方案中，Fc结构域变体相对于野生型Fc结构域单体序列包含多达十个氨基酸修饰(例如插入、缺失和/或取代)(例如1-10、1-8、1-6、1-4个氨基酸取代、添加或插入、缺失或其组合)，其改变Fc结构域和Fc受体之间的相互作用。
如本文所用，术语“Fc结构域二聚体”是指两个Fc结构域的二聚体。在野生型Fc结构域二聚体中，两个野生型Fc结构域通过两个CH3抗体恒定结构域之间的相互作用以及在两个二聚化Fc结构域的铰链结构域之间形成的一个或多个二硫键而二聚化。
如本文所用，术语“Fc结构域二聚体变体”包含至少一个Fc结构域变体。在一些实施方案中，Fc结构域二聚体变体包含突变以缺乏效应子功能的Fc 结构域变体，例如“死的Fc结构域二聚体变体”。在一些实施方案中，Fc结构域二聚体变体中的每个Fc结构域在CH2抗体恒定结构域中包含氨基酸取代，以减少Fc结构域二聚体变体与Fc受体(诸如Fcγ受体(FcγR)、Fcα受体 (FcαR)或Fcε(FcεR))之间的相互作用或结合。
在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体(例如，表2、5和6中所述的任一变体)与免疫球蛋白的Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段融合。在一些实施方案中，免疫球蛋白的Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段能够与另一Fc结构域变体形成Fc结构域二聚体。在一些实施方案中，免疫球蛋白的Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段不能与另一Fc结构域变体形成Fc 结构域二聚体。在一些实施方案中，Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段与本公开的多肽融合以增加多肽的血清半衰期。在一些实施方案中，与本公开的多肽融合的Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段与第二Fc结构域变体二聚化以形成结合Fc受体的Fc结构域二聚体变体，可替代地，Fc结构域变体结合Fc受体。在一些实施方案中，与多肽融合以增加多肽的血清半衰期的Fc结构域变体或Fc结构域变体的片段不诱导任何免疫系统相关的反应。
在一些实施方案中，本文提供的SIRPα多肽或构建体包含与第一Fc结构域变体连接的SIRPα D1结构域或其变体和与第二Fc结构域变体连接的抗体可变结构域，其中第一和第二Fc结构域变体组合以形成Fc结构域二聚体变体(例如异二聚体Fc结构域二聚体变体)。Fc结构域二聚体是在免疫球蛋白的C末端发现的蛋白质结构。Fc结构域二聚体包括通过CH3抗体恒定结构域之间的相互作用二聚化的两个Fc结构域。野生型Fc结构域二聚体形成结合Fc受体的最小结构，所述Fc受体例如FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIa、 FcγRIIIb和FcγRIV。
Fc结构域二聚体不直接参与抗体与其靶标的结合，但可参与各种效应子功能，诸如抗体参与抗体依赖性细胞毒性。在一些实施方案中，本公开的 SIRPα多肽或构建体中的Fc结构域包含氨基酸取代、添加或插入、缺失或其任何组合，其导致降低的效应子功能，诸如降低的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、降低的补体依赖性细胞溶解(CDC)、降低的抗体依赖性细胞介导的吞噬作用(ADCP)或其任何组合。在一些实施方案中，本公开的SIRPα多肽或构建体的特征在于降低的与人Fc受体的结合(例如，最小结合或不存在结合)和降低的与补体蛋白C1q的结合(例如，最小结合或不存在结合)。在一些实施方案中，本公开的SIRPα构建体的特征在于降低的与人 FcγRI、FcγRIIA、FcγRIIB、FcγRIIIB或其任何组合和C1q的结合(例如，最小结合或不存在结合)。为改变或降低抗体依赖性效应子功能，诸如ADCC、 CDC、ADCP或其任何组合，在一些实施方案中，本公开的SIRPα构建体中的Fc结构域是IgG类别且在E233、L234、L235、G236、G237、D265、D270、 N297、E318、K320、K322、A327、A330、P331或P329处包含一个或多个氨基酸取代(根据Kabat的EU索引编号(Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991)))。
在一些实施方案中，与包含天然Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的非天然Fc区的多肽构建体表现出降低的或消除的与Fcγ受体CD16a、 CD32a、CD32b、CD32c和CD64中的至少一种的结合。在一些情况下，本文所述的多肽构建体表现出降低的或消除的与CD16a、CD32a、CD32b、 CD32c和CD64 Fcγ受体的结合。
CDC是指一种细胞毒性形式，其中补体级联被补体组分C1q与抗体Fc 结构域的结合激活。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的非天然Fc区的多肽构建体在C1q结合方面表现出至少5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大的降低。在一些情况下，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的非天然Fc区的多肽构建体表现出降低的CDC。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的非天然Fc区的多肽构建体在CDC方面表现出至少5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、 60％、70％、80％、90％或更大的降低。在一些情况下，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的非天然Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体表现出可忽略的CDC。
在一些实施方案中，相对于野生型序列，本文所述的Fc结构域变体或 Fc结构域二聚体变体被最低限度糖基化或具有降低的糖基化。在一些实施方案中，去糖基化通过N297A的突变或通过将N297突变为不是N的任何氨基酸来实现。在一些实施方案中，去糖基化通过破坏基序N-Xaa1-Xaa2-Xaa3 来实现，其中N＝天冬酰胺；Xaa1＝除P(脯氨酸)以外的任何氨基酸；Xaa2＝T (苏氨酸)、S(丝氨酸)或C(半胱氨酸)；并且Xaa3＝除P(脯氨酸)以外的任何氨基酸。在一个实施方案中，N-Xaa1-Xaa2-Xaa3基序是指根据Kabat等人, 1991指定的残基297-300。在一些实施方案中，N、Xaa1、Xaa2或Xaa3中任一个或多个的突变导致Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的去糖基化。
在一些实施方案中，抗体IgG恒定区的变体(例如Fc结构域变体或Fc 结构域二聚体变体)具有降低的特异性结合Fcγ受体的能力或具有降低的诱导吞噬作用的能力。在一些实施方案中，抗体IgG恒定区的变体(例如Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体)具有降低的特异性结合Fcγ受体的能力并且具有降低的诱导吞噬作用的能力。例如，在一些实施方案中，Fc结构域变体被突变以缺乏效应子功能，典型的是“死的”Fc结构域变体。例如，在一些实施方案中，Fc结构域变体包括已知使Fc结构域二聚体和Fcγ受体之间的相互作用最小化的特定氨基酸取代。在一些实施方案中，Fc结构域变体来自 IgG1抗体并且包括氨基酸取代L234A、L235A、G237A和N297A中的一个或多个(根据Kabat等人,1991的EU编号系统指定)。在一些实施方案中，此类IgG1 Fc结构域变体中包含一个或多个额外突变。人IgG1 Fc结构域变体的此类额外突变的非限制性实例包括E318A和K322A。在一些情况下，人 IgG1Fc结构域变体与野生型人IgG1序列相比总共具有多达12、11、10、9、 8、7、6、5或4个或更少的突变。在一些实施方案中，此类IgG1 Fc结构域变体中包含一个或多个额外缺失。例如，在一些实施方案中，表7中SEQ ID NO:88中提供的Fc结构域IgG1重链恒定区的C末端赖氨酸被缺失，以例如当多肽在细菌或哺乳动物细胞中产生时增加多肽的同质性。在一些情况下，人IgG1 Fc结构域变体与野生型人IgG1序列(参见例如以下SEQ ID NO: 161)相比总共具有多达12、11、10、9、8、7、6、5或4个或更少的缺失。在一些实施方案中，IgG1 Fc结构域变体具有根据SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:136或SEQ ID NO:137中的任一个的序列。
SEQ ID NO:161:
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSH EDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNG KEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTC LVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
在一些实施方案中，Fc结构域变体来自IgG2或IgG4抗体并且包括氨基酸取代A330S、P331S或A330S和P331S两者。上述氨基酸位置根据Kabat 等人(1991)定义。对于给定的抗体，氨基酸残基的kabat编号可以通过将抗体序列的同源区域与“标准”Kabat编号序列进行比对来确定。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含人IgG2 Fc结构域序列，其包含A330S、P331S和N297A氨基酸取代中的一个或多个(根据Kabat,等人(1991)的EU编号系统指定)。在一些实施方案中，在此类IgG2 Fc结构域变体中包含一个或多个额外突变。人IgG2Fc结构域变体的此类额外突变的非限制性实例包括V234A、 G237A、P238S、V309L和H268A(根据Kabat,等人(1991)的EU编号系统指定)。在一些情况下，人IgG2 Fc结构域变体与野生型人IgG2序列相比总共具有多达12、11、10、9、8、7、6、5、4、3个或更少的突变。在一些实施方案中，此类IgG2 Fc结构域变体中包含一个或多个额外缺失。例如，在一些实施方案中，表7中SEQ ID NO:89中提供的Fc结构域IgG2重链恒定区的C末端赖氨酸被缺失，以例如当多肽在细菌或哺乳动物细胞中产生时增加多肽的同质性。在一些情况下，人IgG2 Fc结构域变体与野生型人IgG2 序列(参见例如以下SEQ ID NO:162)相比总共具有多达12、11、10、9、8、7、6、5或4个或更少的缺失。
SEQ ID NO:162:
ERKCCVECPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVS HEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTFRVVSVLTVVHQDWLN GKEYKCKVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLT CLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
当Fc结构域变体是IgG4 Fc结构域变体时，在一些实施方案中，此类 Fc结构域变体包含S228P突变(如根据Kabat,等人(1991)指定)。在一些情况下，人IgG4 Fc结构域变体与野生型人IgG4序列相比总共具有多达12、 11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个突变。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含人IgG4 Fc序列，其包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236氨基酸取代中的一个或多个(根据Kabat,等人(1991)的EU编号系统指定)。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含人IgG4 Fc序列，其包含 S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A氨基酸取代中的一个或多个(根据Kabat,等人(1991)的EU编号系统指定)。
在一些实施方案中，Fc结构域变体包含IgG1 Fc区的突变L234A、 L235A、G237A或N297A中的至少一个或IgG2 Fc区的突变A330S、P331S 或N297A中的至少一个。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含IgG1 Fc 区的突变L234A、L235A、G237A或N297A中的至少两个或IgG2 Fc区的突变A330S、P331S或N297A中的至少两个。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含IgG1 Fc区的突变L234A、L235A、G237A或N297A中的至少三个或由IgG2 Fc区的突变A330S、P331S和N297A组成。在一些实施方案中， Fc结构域变体由突变L234A、L235A、G237A和N297A组成。
在一些实施方案中，与野生型人IgG Fc区相比，Fc结构域变体表现出降低的与受试者的Fc受体的结合。在一些实施方案中，与野生型人IgG Fc 区相比，Fc结构域变体表现出消除的与受试者的Fc受体的结合。在一些实施方案中，与野生型人IgG Fc区相比，Fc结构域变体表现出吞噬作用降低。在一些实施方案中，与野生型人IgG Fc区相比，Fc结构域变体表现出消除的吞噬作用。
SEQ ID NO:88和SEQ ID NO:89提供了Fc结构域IgG1和IgG2重链恒定区的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是如表7中所示的 SEQ ID NO:90-95的任何变体。
表7.Fc结构域变体的氨基酸序列
Figure BDA0003440597580000781
Figure BDA0003440597580000791
抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(在本文中也称为ADCC)是指一种细胞毒性形式，其中分泌的Ig结合到某些细胞毒性细胞(例如天然杀伤(NK)细胞和嗜中性粒细胞)上存在的Fc受体(FcR)上，使得这些细胞毒性效应细胞能够特异性地结合携带抗原的靶细胞，并随后杀伤靶细胞。抗体依赖性细胞介导的吞噬作用(在本文中也称为ADCP)是指一种细胞毒性形式，其中分泌的Ig 结合到存在于某些吞噬细胞(例如巨噬细胞)上的Fc受体(FcR)上，使得这些吞噬效应细胞能够特异性地结合携带抗原的靶细胞，并随后吞噬和消化靶细胞。针对靶细胞表面的配体特异性高亲和力IgG抗体可刺激细胞毒性或吞噬细胞并可用于这种杀伤。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体表现出降低的ADCC或ADCP。在一些实施方案中，与包含野生型Fc 区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体在ADCC或ADCP方面表现出至少5％、10％、15％、20％、 30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大的降低。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体表现出消除的ADCC或ADCP。
补体定向的细胞毒性(在本文中也称为CDC)是指一种细胞毒性形式，其中补体级联被补体组分C1q与抗体Fc结构域的结合激活。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体在C1q结合方面表现出至少5％、10％、 15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大的降低。在一些情况下，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体表现出降低的CDC。在一些实施方案中，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体在CDC方面表现出至少5％、 10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大的降低。在一些情况下，与包含野生型Fc区的多肽构建体相比，包含本文所述的Fc 结构域变体或Fc结构域二聚体变体的多肽构建体表现出可忽略的CDC。
本文的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体包括与野生型人IgG Fc 区相比表现出降低的与Fcγ受体的结合的那些。例如，在一些实施方案中，与野生型人IgG Fc区所表现出的与Fcγ受体的结合相比，Fc结构域变体或 Fc结构域二聚体变体表现出更小的与Fcγ受体的结合，如实施例中所述。在一些情况下，Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体与Fcγ受体的结合降低 10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％(完全消除的效应子功能)。在一些实施方案中，降低的结合是针对任一种或多种Fcγ受体，例如CD16a、CD32a、CD32b、CD32c或 CD64。
在一些情况下，本文公开的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体与其野生型人IgG Fc区相比表现出吞噬作用降低。此类Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体与其野生型人IgG Fc区相比表现出吞噬作用降低，其中吞噬活性降低例如10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、 96％、97％、98％、99％或100％。在一些情况下，Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体与其野生型人IgG Fc区相比表现出消除的吞噬作用。
在一些实施方案中，本文公开的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体与一个或多个融合配偶体偶联。在一些情况下，融合配偶体是治疗性部分。在一些情况下，选择融合配偶体以能够靶向表达的蛋白质、纯化、筛选、展示等。在一些实施方案中，融合配偶体还影响与Fc受体的结合程度或吞噬作用减少的程度。如本文所述，在一些实施方案中，当Fc结构域变体或Fc 结构域二聚体变体与融合配偶体偶联时，其形成如下所述的多肽构建体。
在一些实施方案中，融合配偶体通过接头序列与Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体序列连接。在一些实施方案中，接头序列通常包含少量氨基酸，诸如少于十个氨基酸，尽管也使用更长的接头。在一些情况下，接头具有小于10、9、8、7、6或5个氨基酸或更短的长度。在一些情况下，接头具有至少10、11、12、13、14、15、20、25、30或35个氨基酸或更长的长度。任选地，在一些实施方案中，使用可切割的接头。
在一些实施方案中，融合配偶体是将Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体蛋白质和任何相关融合配偶体定向至所需细胞位置或细胞外介质的靶向或信号序列。在一些实施方案中，某些信号序列靶向分泌到生长培养基中或位于细胞内膜和外膜之间的周质空间中的蛋白质。在一些实施方案中，融合配偶体是编码能够纯化或筛选的肽或蛋白质的序列。此类融合配偶体包括但不限于多组氨酸标签(His-标签)(例如His6(SEQ ID NO:223)和His10(SEQ ID NO:224))或用于固定化金属亲和色谱(IMAC)系统(例如Ni+2亲和柱)的其他标签、GST融合体、MBP融合体、Strep-标签、细菌酶BirA的BSP生物素化靶序列、以及抗体靶向的表位标签(例如c-myc标签、flag-标签等)。
在一些实施方案中，此类标签可用于纯化、筛选或两者。例如，在一些实施方案中，Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体使用His-标签通过将其固定至Ni+2亲和柱来纯化，然后在纯化后，将相同的His-标签用于将抗体固定至Ni+2包被的板以进行ELISA或其他结合测定，如本文别处所述。在一些实施方案中，融合配偶体使得能够使用选择方法来筛选如本文所述的Fc 结构域变体或Fc结构域二聚体变体。
可使用能够实现多种选择方法的各种融合配偶体。例如，通过将Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体文库的成员与基因III蛋白融合，可以使用噬菌体展示。在一些实施方案中，融合配偶体Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体被标记。可替代地，在一些实施方案中，融合配偶体与表达载体上的特定序列结合，使得融合配偶体和相关的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体能够与编码它们的核酸共价或非共价连接。
在一些实施方案中，当融合配偶体是治疗性部分时，所述治疗性部分是例如肽、蛋白质、抗体、siRNA或小分子。与本公开的Fc结构域变体或Fc 结构域二聚体变体偶联的治疗性抗体的非限制性实例包括但不限于识别 CD47的抗体。与本公开的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体偶联的治疗性多肽的非限制性实例包括但不限于CD47结合多肽，包括SIRPα多肽。在此类情况下，CD47结合多肽与本公开的Fc结构域变体或Fc结构域二聚体变体附接或融合。CD47结合多肽的实例包括但不限于抗CD47抗体或其片段，以及CD47的配体诸如SIRPα或其片段。CD47结合多肽的其他实例包括但不限于SIRPα的天然存在形式及其突变体。
在一些实施方案中，本文公开了包含Fc结构域二聚体变体的多肽，其中所述Fc结构域二聚体变体包含两个Fc结构域变体，其中每个Fc结构域变体独立地选自(i)由L234A、L235A、G237A和N297A突变组成的人IgG1 Fc 区；(ii)由A330S、P331S和N297A突变组成的人IgG2 Fc区；或(iii)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区。在一些实施方案中，Fc结构域变体是相同的(即，同源二聚体)。在一些实施方案中， Fc结构域变体是不同的(即，异源二聚体)。在一些实施方案中，Fc结构域二聚体中的至少一个Fc结构域变体是由突变L234A、L235A、G237A和N297A 组成的人IgG1 Fc区。在一些实施方案中，Fc结构域二聚体中的至少一个Fc 结构域变体是由突变A330S、P331S和N297A组成的人IgG2 Fc区。在一些实施方案中，与野生型型式的人IgG Fc区相比，Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与Fcγ受体的结合。在一些实施方案中，与野生型型式的人IgG Fc区相比，Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与CD16a、CD32a、CD32b、CD32c和CD64 Fcγ受体的结合。在一些实施方案中，与野生型型式的人IgG Fc融合体相比，Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与C1q的结合。在一些实施方案中，Fc结构域二聚体变体中的至少一个Fc结构域变体是包含突变S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和 N297A的人IgG4Fc区。在一些实施方案中，与野生型人IgG4 Fc区相比， Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与Fcγ受体的结合。在一些实施方案中，与野生型型式的其人IgG4 Fc区相比，Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与CD16a和CD32b Fcγ受体的结合。在一些实施方案中， Fc结构域二聚体变体以大于约5x10-6M的KD结合Fcγ受体。
在一些实施方案中，Fc结构域二聚体变体还包含CD47结合多肽。在一些实施方案中，与野生型型式的人IgG Fc区相比，Fc结构域二聚体变体表现出消除的或降低的与Fcγ受体的结合。在一些实施方案中，CD47结合多肽在啮齿动物和非人灵长类动物中不引起急性贫血。在一些实施方案中， CD47结合多肽不引起人急性贫血。
在一些实施方案中，CD47结合多肽是信号调节蛋白α(SIRP-α)多肽或其片段。在一些实施方案中，SIRPα多肽包含含有以下氨基酸序列的SIRPα D1结构域变体：EEELQX1IQPDKSVLVAAGETATLRCTX2TSLX3PVGPIQWF RGAGPGRX4LIYNQX5EGX6FPRVTTVSDX7TKRNNMDFSIRIGX8ITPADAG TYYCX9KFRKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(SEQ ID NO:221)，其中 X1是V或I；X2是A或I；X3是I或F；X4是E或V；X5是K或R；X6是 H或P；X7是L或T；X8是除了N之外的任何氨基酸；并且X9是V或I。在一些实施方案中，SIRPα多肽包含SIRPα D1结构域变体，其中X1是V 或I；X2是A或I；X3是I或F；X4是E；X5是K或R；X6是H或P；X7是L或T；X8不是N；并且X9是V。
在一些实施方案中，本文公开了一种多肽，其包含：SIRPα D1结构域变体，其中所述SIRPα D1结构域变体是非天然存在的高亲和力SIRPα D1结构域，其中所述SIRPα D1结构域变体以大于天然存在的D1结构域的亲和力至少10倍的亲和力结合人CD47；和Fc结构域变体，其中所述Fc结构域变体与包含第二Fc结构域变体的第二多肽连接以形成Fc结构域二聚体变体，其中所述Fc结构域二聚体变体具有消除或降低的效应子功能。在一些实施方案中，非天然存在的高亲和力SIRPα D1结构域在残基80处包含氨基酸突变。
在一些实施方案中，本文公开了一种SIRPα D1结构域变体，其中所述 SIRPα D1结构域变体以小于250nM的KD结合来自第一物种的CD47；并且其中所述SIRPα D1结构域变体以小于250nM的KD结合来自第二物种的 CD47；并且来自第一物种的CD47的KD和来自第二物种的CD47的KD在彼此的100倍以内；其中所述第一物种和所述第二物种选自由以下组成的组：人、啮齿动物和非人灵长类动物。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体结合来自至少3个不同物种的CD47。在一些实施方案中，非人灵长类动物是食蟹猴。
在一些实施方案中，本文公开了一种多肽，其包含(a)以小于250nM的 KD结合人CD47的SIRPα D1结构域；和(b)与SIRPα D1结构域的N末端或 C末端连接的Fc结构域或其变体，其中所述多肽在啮齿动物和非人灵长类动物中不引起急性贫血。在一些实施方案中，所述多肽是人SIRP-α的非天然存在的变体。在一些实施方案中，体内施用所述多肽导致施用后第一周内血红蛋白降低小于50％。在一些实施方案中，在人体内施用所述多肽导致在施用后第一周内血红蛋白降低小于50％。在一些实施方案中，多肽还包含至少一个Fc结构域二聚体变体，其中所述Fc结构域二聚体变体包含选自以下的Fc结构域变体：(i)由L234A、L235A、G237A和N297A突变组成的人IgG1 Fc区；(ii)由A330S、P331S和N297A突变组成的人IgG2 Fc区；或(iii)包含 S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区。在一些实施方案中，Fc结构域变体是由突变L234A、L235A、G237A和N297A 组成的人IgG1Fc区。在一些实施方案中，Fc结构域变体是由突变A330S、 P331S和N297A组成的人IgG2 Fc区。
本公开的SIRPα构建体包括SIRPα结构域或其变体，其C末端通过接头使用常规遗传或化学手段(例如化学缀合)连接至Fc结构域或其变体的N末端。在一些实施方案中，接头(例如间隔物)插入在多肽和Fc结构域或其变体之间。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体的本公开的多肽与不能形成二聚体的Fc结构域变体融合。在一些实施方案中，本公开的多肽与Fc结构域或其变体融合，所述Fc结构域或其变体能够与另一Fc结构域或其变体形成二聚体，例如异源二聚体。在一些实施方案中，本发明的多肽与Fc 结构域或其变体融合，并且该融合蛋白形成同源二聚体。在一些实施方案中，本公开的多肽与第一Fc结构域或其变体融合，并且不同的蛋白质或肽(例如，抗体可变区)与第二Fc结构域或其变体融合。在一些实施方案中，SIRPα D1 结构域或其变体与第一Fc结构域或其变体连接并且治疗性蛋白质(例如细胞因子、白介素、抗原、类固醇、抗炎剂或免疫调节剂)与第二Fc结构域或其变体连接。在一些实施方案中，第一和第二Fc结构域或其变体形成异源二聚体。
在不限制前述内容的情况下，在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽(例如，表2、5和6中所述的任一变体)与Fc多肽或Fc变体多肽(诸如 Fc结构域或其变体)融合。包含SIRPα D1结构域变体多肽和融合Fc结构域变体多肽的多肽实例包括但不限于表8中所示的SEQ ID NO:96-137、214和 216。
表8.与Fc结构域变体融合的包含SIRPα D1结构域变体的多肽
Figure BDA0003440597580000851
Figure BDA0003440597580000861
Figure BDA0003440597580000871
Figure BDA0003440597580000881
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Figure BDA0003440597580000901
Figure BDA0003440597580000911
Figure BDA0003440597580000921
Figure BDA0003440597580000931
Figure BDA0003440597580000941
Figure BDA0003440597580000951
在一些实施方案中，多肽包含与表8中提供的任何变体具有至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、 95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1变体结构域。
在一些实施方案中，多肽包含与表8中的SEQ ID NO:98-104、107-113、 116-122或135-137具有至少85％序列同一性(例如，至少86％、87％、88％、 89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性)的SIRPα D1结构域变体。
在一些实施方案中，多肽包含(a)信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体，其中所述SIRPαD1结构域变体包含氨基酸序列，
EEX1X2QX3IQPDKX4VX5VAAGEX6X7X8LX9CTX10TSLX11PVGPIQWFRGAG PX12RX13LIYNQX14X1 5GX16FPRVTTVSX17X18TX19RX20NMDFX21IX22IX23X24I TX25ADAGTYYCX26KX27RKGSPDX28X29EX30KSGAGTELSVRX31KPS(SEQ ID NO:47)，其中X1是E或G；X2是L、I或V；X3是V、L或I；X4是S 或F；X5是L或S；X6是S或T；X7是A或V；X8是I或T；X9是H、R或 L；X10是A、V、I或L；X11是I、T、S或F；X12是A或G；X13是E、V 或L；X14是K或R；X15是E或Q；X16是H、P或R；X17是D或E；X18是S、L、T或G；X19是K或R；X20是E或N；X21是S或P；X22是S或R； X23是S或G；X24是任何氨基酸；X25是任何氨基酸；X26是V或I；X27是F、 L或V；X28是D或不存在；X29是T或V；X30是F或V；并且X31是A或 G；并且其中所述SIRPα D1结构域变体相对于具有根据SEQ ID NO:1至10 中任一个的序列的野生型SIRPαD1结构域包含至少两个氨基酸取代；以及 (b)具有两个Fc结构域变体的Fc结构域二聚体变体，其中每个Fc结构域变体独立地为(i)包含N297A突变的人IgG1 Fc区；(ii)包含L234A、L235A和 G237A突变的人IgG1 Fc区；(iii)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1Fc区；(iv)包含N297A突变的人IgG2 Fc区；(v)包含A330S和 P331S突变的人IgG2 Fc区；(vi)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区；(vii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc 区；或(viii)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区。
在一些实施方案中，多肽包含SIRPα D1结构域变体，其中所述SIRPα D1 结构域变体包含根据SEQ ID NO:47的氨基酸序列；具有两个Fc结构域的 Fc结构域二聚体，其中所述Fc结构域中的一个是包含人IgG1 Fc区的Fc结构域变体，所述人IgG1 Fc区包含L234A、L235A、G237A和N297A突变。
Fc结构域的二聚化
在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体多肽(例如，表2、5和6中所述的任一变体)在N末端或C末端与第一Fc结构域(例如，Fc结构域变体) 融合。在一些实施方案中，第一Fc结构域是不能形成二聚体的变体。在一些实施方案中，第一Fc结构域与第二Fc结构域形成二聚体。在一些实施方案中，第一和第二Fc结构域包含促进第一和第二结构域Fc结构域之间的异源二聚化的氨基酸取代。
在一些实施方案中，Fc结构域二聚体中的两个Fc结构域中的每一个包含促进两个单体的异源二聚化的氨基酸取代。在一些实施方案中，SIRPα构建体例如由包含与第一Fc结构域融合的SIRPα D1结构域变体多肽的第一亚基和包含第二Fc结构域的第二亚基(例如，没有SIRPα D1结构域变体多肽或任何其他多肽)形成。在一些实施方案中，构建体具有连接至Fc结构域二聚体的单个SIRPα D1结构域变体多肽(例如，单臂)。在一些实施方案中，构建体具有连接至Fc结构域二聚体的两个SIRPα D1结构域变体多肽(例如，双臂)。在一些实施方案中，KD约500nM的SIRPα D1结构域变体可特别用于双臂构建体。在一些实施方案中，KD约50nM的SIRPα D1结构域变体可特别用于双臂构建体。在一些实施方案中，KD约5nM的SIRPα D1结构域变体可用于双臂构建体和单臂构建体。在一些实施方案中，KD约500pM 的SIRPαD1结构域变体可用于双臂构建体和单臂构建体。在一些实施方案中，KD约100pM的SIRPα D1结构域变体可用于双臂构建体和单臂构建体。在一些实施方案中，KD约50pM的SIRPα D1结构域变体可用于双臂构建体和单臂构建体。在一些实施方案中，KD约10pM的SIRPα D1结构域变体可用于双臂构建体和单臂构建体。
在一些实施方案中，通过在两个Fc结构域中引入不同但相容的取代，诸如“杵臼(knob-into-hole)”残基对和电荷残基对，促进Fc结构域的异源二聚化。杵(knob)和臼(hole)相互作用有利于异源二聚体形成，而杵-杵和臼-臼相互作用由于空间冲突和有利相互作用的缺失而阻碍同源二聚体形成。臼是指当蛋白质中的原始氨基酸被具有较小侧链体积的不同氨基酸替代时产生的空隙。杵是指当蛋白质中的原始氨基酸被具有较大侧链体积的不同氨基酸替代时产生的凸起。例如，在一些实施方案中，被替代的氨基酸在Fc结构域的CH3抗体恒定结构域中并且参与两个Fc结构域的二聚化。在一些实施方案中，在一个CH3抗体恒定结构域中产生臼以容纳另一CH3抗体恒定结构域中的杵，使得杵和臼氨基酸用于促进或有利于两个Fc结构域的异源二聚化。在一些实施方案中，在一个CH3抗体恒定结构域中产生臼以更好地容纳另一CH3抗体恒定结构域中的原始氨基酸。在一些实施方案中，在一个CH3抗体恒定结构域中产生杵以与另一CH3抗体恒定结构域中的原始氨基酸形成另外的相互作用。
在一些实施方案中，通过用具有较小侧链的氨基酸诸如丙氨酸、缬氨酸或苏氨酸替代具有较大侧链的氨基酸诸如酪氨酸或色氨酸来构建臼，例如 CH3抗体恒定结构域中的Y407V突变。类似地，在一些实施方案中，通过用具有较大侧链的氨基酸替代具有较小侧链的氨基酸来构建杵，例如CH3 抗体恒定结构域中的T366W突变。在一些实施方案中，一个Fc结构域包含杵突变T366W，而另一Fc结构域包含臼突变T366S、L358A和Y407V。在一些实施方案中，包含SIRPα D1结构域变体的本公开的多肽与包含杵突变 T366W的Fc结构域融合以限制不需要的杵-杵同源二聚体形成。杵臼氨基酸对的实例包括但不限于表9，并且表10提供了杵臼Fc结构域变体和SIRPα-Fc 融合体的实例。
表9.杵臼氨基酸对
Figure BDA0003440597580000971
表10.示例性Fc结构域变体和SIRPα D1结构域变体-Fc结构域变体融合多肽
Figure BDA0003440597580000981
Figure BDA0003440597580000991
Figure BDA0003440597580001001
除了杵臼策略，在一些实施方案中，还使用静电转向来控制Fc结构域的二聚化。静电转向是指利用肽、蛋白质结构域和蛋白质中带相反电荷的氨基酸之间有利的静电相互作用来控制更高有序的蛋白质分子的形成。特别地，为了使用静电转向来控制Fc结构域的二聚化，用带正电荷或带负电荷的氨基酸残基替代构成CH3-CH3界面的一个或多个氨基酸残基，使得相互作用变得静电有利或不利，这取决于所引入的特定带电荷的氨基酸。在一些实施方案中，界面中带正电荷的氨基酸(诸如赖氨酸、精氨酸或组氨酸)被带负电荷的氨基酸(诸如天冬氨酸或谷氨酸)替代。在一些实施方案中，界面中带负电荷的氨基酸被带正电荷的氨基酸替代。在一些实施方案中，将带电荷的氨基酸引入相互作用的CH3抗体恒定结构域中的一个或两个。在一些实施方案中，将带电荷的氨基酸引入两个Fc结构域的相互作用的CH3抗体恒定结构域促进Fc结构域的异源二聚体的选择性形成，如通过由带电荷的氨基酸之间的相互作用产生的静电转向效应控制的。静电转向氨基酸对的实例包括但不限于表11。
表11.静电转向氨基酸对
Figure BDA0003440597580001011
可使用用于控制Fc结构域的异源二聚化的其他方法，特别是在构建双特异性抗体的上下文中。
在一些实施方案中，相对于人IgG1的序列，第一Fc结构域和第二Fc 结构域各自包括以下氨基酸取代中的一个或多个：T366W、T366S、L368A、 Y407V、T366Y、T394W、F405W、Y349T、Y349E、Y349V、L351T、L351H、 L351N、L351K、P353S、S354D、D356K、D356R、D356S、E357K、E357R、 E357Q、S364A、T366E、L368T、L368Y、L368E、K370E、K370D、K370Q、 K392E、K392D、T394N、P395N、P396T、V397T、V397Q、L398T、D399K、 D399R、D399N、F405T、F405H、F405R、Y407T、Y407H、Y407I、K409E、 K409D、K409T和K409I。
在一些实施方案中，Fc结构域包含：(a)相对于野生型人IgG1的以下氨基酸取代中的一个：T366W、T366S、L368A、Y407V、T366Y、T394W、 F405W、Y349T、Y349E、Y349V、L351T、L351H、L351N、L351K、P353S、S354D、D356K、D356R、D356S、E357K、E357R、E357Q、S364A、T366E、 L368T、L368Y、L368E、K370E、K370D、K370Q、K392E、K392D、T394N、 P395N、P396T、V397T、V397Q、L398T、D399K、D399R、D399N、F405T、 F405H、F405R、Y407T、Y407H、Y407I、K409E、K409D、K409T或K409I；或(b)(i)相对于人IgG1 Fc区的N297A突变；(ii)相对于人IgG1 Fc区的L234A、 L235A和G237A突变；(iii)相对于人IgG1 Fc区的L234A、L235A、G237A和N297A突变；(iv)相对于人IgG2 Fc区的N297A突变；(v)相对于人IgG2 Fc 区的A330S和P331S突变；(vi)相对于人IgG2 Fc区的A330S、P331S和N297A 突变；(vii)相对于人IgG4 Fc区的S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变；或(viii)相对于人IgG4 Fc区的S228P、E233P、F234V、L235A、delG236 和N297A突变。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含：(a)相对于野生型人IgG1的以下氨基酸取代中的一个：T366W、T366S、L368A、Y407V、 T366Y、T394W、F405W、Y349T、Y349E、Y349V、L351T、L351H、L351N、 L351K、P353S、S354D、D356K、D356R、D356S、E357K、E357R、E357Q、 S364A、T366E、L368T、L368Y、L368E、K370E、K370D、K370Q、K392E、 K392D、T394N、P395N、P396T、V397T、V397Q、L398T、D399K、D399R、 D399N、F405T、F405H、F405R、Y407T、Y407H、Y407I、K409E、K409D、 K409T或K409I；并且(b)还包含(i)相对于人IgG1 Fc区的N297A突变；(ii) 相对于人IgG1 Fc区的L234A、L235A和G237A突变；(iii)相对于人IgG1 Fc 区的L234A、L235A、G237A和N297A突变；(iv)相对于人IgG2 Fc区的N297A 突变；(v)相对于人IgG2 Fc区的A330S和P331S突变；(vi)相对于人IgG2 Fc 区的A330S、P331S和N297A突变；(vii)相对于人IgG4 Fc区的S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变；或(viii)相对于人IgG4 Fc区的S228P、E233P、 F234V、L235A、delG236和N297A突变。
在一些实施方案中，第一和第二Fc结构域包含不同的氨基酸取代。在一些实施方案中，第一Fc结构域包含T366W。在一些实施方案中，第二Fc 结构域包含T366S、L368A和Y407V。在一些实施方案中，第一Fc结构域包含D399K。在一些实施方案中，第二Fc结构域包含K409D。
接头
在一些实施方案中，本文公开了包含信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体的多肽，所述变体包含SIRPα D1结构域或其片段，所述SIRPα D1结构域相对于野生型SIRPα D1结构域在残基80处具有氨基酸突变；并且相对于野生型SIRPα D1结构域在选自由以下组成的组的残基处具有至少一个另外的氨基酸突变：残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66和残基92。
在一些实施方案中，本文还公开了包含Fc变体的多肽，其中所述Fc 变体包含Fc结构域二聚体，所述Fc结构域二聚体包含两个Fc结构域变体，其中每个Fc结构域变体独立地选自(i)由L234A、L235A、G237A和N297A 突变组成的人IgG1 Fc区；(ii)由A330S、P331S和N297A突变组成的人IgG2 Fc区；或(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区。
在本公开中，接头用于描述多肽或蛋白质结构域或相关的非蛋白质部分之间的键联或连接。在一些实施方案中，接头是Fc结构域(或其变体)和SIRPα D1结构域变体之间的键联或连接。在一些实施方案中，接头连接SIRPα D1 结构域变体的C末端和Fc结构域变体的N末端，使得两个多肽以串联方式彼此连接。
在一些实施方案中，接头是简单的共价键，例如肽键、合成聚合物、或由化学反应(例如化学缀合)产生的任何种类的键。当接头是肽键时，在一些实施方案中，一个蛋白质结构域的C末端的羧酸基团与另一蛋白质结构域的 N末端的氨基基团在缩合反应中反应以形成肽键。在一些实施方案中，肽键由合成手段通过常规有机化学反应形成，或通过宿主细胞的自然产生而形成，其中编码串联的两种蛋白质(例如Fc结构域变体和SIRPα D1结构域变体)的DNA序列的核酸分子可通过宿主细胞中必需的分子机制(例如DNA聚合酶和核糖体)直接转录和翻译成编码两种蛋白质的连续多肽。
当接头是合成聚合物时，在一些实施方案中，聚合物在每个末端用反应性化学官能团官能化以与两种蛋白质的连接末端处的末端氨基酸反应。
当接头(除了上述肽键)由化学反应制得时，在一些实施方案中，化学官能团(例如，胺、羧酸、酯、叠氮化物或其他官能团)分别以合成方式附接至一种蛋白质的C末端和另一种蛋白质的N末端。在一些实施方案中，然后两个官能团通过合成化学手段反应以形成化学键，从而将两种蛋白质连接在一起。
间隔物
在本公开中，在一些实施方案中，Fc结构域单体和本公开的SIRPα D1 变体多肽之间的接头是包含约1-200个氨基酸的氨基酸间隔物。合适的肽间隔物包括含有柔性氨基酸残基诸如甘氨酸和丝氨酸的肽接头。表12中提供了接头序列的实例。在一些实施方案中，间隔物含有GS、GG、GGS、GGG、 GGGGS(SEQ ID NO:163)、GGSG(SEQ ID NO:164)或SGGG(SEQ IDNO:165)的基序，例如多个或重复基序。在一些实施方案中，间隔物含有2 至12个氨基酸，包括GS基序，例如GS、GSGS(SEQ ID NO:166)、GSG SGS(SEQ ID NO:167)、GSGSGSGS(SEQ IDNO:168)、GSGSGSGSGS (SEQ ID NO:169)或GSGSGSGSGSGS(SEQ ID NO:170)。在一些实施方案中，间隔物含有3至12个氨基酸，包括GGS基序，例如GGS、GGSGGS (SEQ ID NO:171)、GGSGGSGGS(SEQ ID NO:172)和GGSGGSGGSGG S(SEQ ID NO:173)。在一些实施方案中，间隔物含有4至12个氨基酸，包括GGSG(SEQ ID NO:164)基序，例如GGSG(SEQ ID NO:164)、GGSGGGSG(SEQ ID NO:174)或GGSGGGSGGGSG(SEQ ID NO:175)。在一些实施方案中，间隔物含有GGGGS(SEQ ID NO:163)基序，例如GGG GSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO:176)。在一些实施方案中，间隔物含有除甘氨酸和丝氨酸以外的氨基酸，例如AAS(SEQ ID NO:177)、AAAL(SE Q IDNO:178)、AAAK(SEQ ID NO:179)、AAAR(SEQ ID NO:180)、 EGKSSGSGSESKST(SEQ ID NO:181)、GSAGSAAGSGEF(SEQ ID NO: 182)、AEAAAKEAAAKA(SEQ ID NO:183)、KESGSVSSEQLAQFRSLD (SEQ ID NO:184)、GGGGAGGGG(SEQ ID NO:185)、GENLYFQSGG(S EQID NO:186)、SACYCELS(SEQ ID NO:187)、RSIAT(SEQ ID NO: 188)、RPACKIPNDLKQKVMNH(SEQ ID NO:189)、GGSAGGSGSGSSGG SSGASGTGTAGGTGSGSGTGSG(SEQ ID NO:190)、AAANSSIDLISVPV DSR(SEQ ID NO:191)或GGSGGGSEGGGSEGGGSEGGGSEGGGSEGGG SGGGS(SEQID NO:192)。
在一些实施方案中，间隔物含有EAAAK(SEQ ID NO:193)的基序，例如多个或重复基序。在一些实施方案中，间隔物含有富含脯氨酸的序列诸如 (XP)n的基序，例如多个或重复基序，其中X是任何氨基酸(例如A、K或 E)，n是1-5，和PAPAP(SEQ ID NO:194)的基序。
表12.接头序列
Figure BDA0003440597580001051
Figure BDA0003440597580001061
在一些实施方案中，根据所涉及的两种蛋白质和最终蛋白质融合多肽中所需的柔性程度来调节所使用的肽间隔物和氨基酸的长度。在一些实施方案中，调节间隔物的长度以确保适当的蛋白质折叠并避免聚集体形成。在一些实施方案中，间隔物是A或AAAL(SEQID NO:178)。
载体、宿主细胞和蛋白质产生
在一些实施方案中，本文公开了包含信号调节蛋白α(SIRP-α)D1变体的多肽，所述变体包含SIRPα D1结构域或其片段，所述SIRPα D1结构域相对于野生型SIRPα D1结构域在残基80处具有氨基酸突变；并且相对于野生型SIRPα D1结构域在选自由以下组成的组的残基处具有至少一个另外的氨基酸突变：残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66和残基92。
在一些实施方案中，本文还公开了包含Fc变体的多肽，其中所述Fc 变体包含具有两个Fc结构域单体的Fc结构域二聚体，其中每个Fc结构域单体独立地选自(i)由突变L234A、L235A、G237A和N297A组成的人IgG1 Fc 区；(ii)由突变A330S、P331S和N297A组成的人IgG2 Fc区；或(iii)包含突变S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A的人IgG4 Fc区。
在一些实施方案中，本公开的多肽由宿主细胞产生。宿主细胞是指包括由其对应的核酸表达本文所述的多肽和融合多肽所需的必要细胞组分(例如细胞器)的媒介物。在一些实施方案中，核酸包含在通过转化、转染、电穿孔、磷酸钙沉淀、直接显微注射、感染等引入宿主细胞的核酸载体中。在一些实施方案中，核酸载体的选择取决于待使用的宿主细胞。在一些实施方案中，宿主细胞是原核(例如细菌)或真核(例如哺乳动物)来源的。
在一些实施方案中，多肽，例如包含SIRPα D1结构域变体(例如表2、5 和6中提供的任何变体)和融合配偶体(诸如Fc变体)的多肽构建体，通过在诱导或引起所述多肽构建体表达的适当条件下培养用核酸、优选含有编码所述多肽构建体(例如Fc变体、接头和融合配偶体)的核酸的表达载体转化的宿主细胞来产生。在一些实施方案中，适于表达的条件随所选择的表达载体和宿主细胞而变化。在一些实施方案中，使用多种适当的宿主细胞，包括但不限于哺乳动物细胞、细菌、昆虫细胞和酵母。例如，在可从美国典型培养物保藏中心获得的
Figure BDA0003440597580001071
细胞系目录中描述了可用于本公开的各种细胞系。在一些实施方案中，本公开的Fc结构域变体在这样的细胞中表达，所述细胞被优化成不会使由此类细胞表达的蛋白质糖基化，通过细胞系的基因工程化或细胞培养条件的修改诸如添加几夫碱或通过使用天然非糖基化宿主诸如原核生物(大肠杆菌等)，并且在一些情况下，不需要修饰Fc中的糖基化序列。
核酸载体构建和宿主细胞
编码本公开的多肽的氨基酸序列的核酸序列可以通过多种方法制备。这些方法包括但不限于寡核苷酸介导的(或定点)诱变和PCR诱变。在一些实施方案中，使用标准技术(例如基因合成)获得编码本公开的多肽的核酸分子。可替代地，使用标准技术(例如，QuikChangeTM诱变)使编码野生型SIRPα D1 结构域的核酸分子突变以包括特定氨基酸取代。在一些情况下，使用核苷酸合成仪或PCR技术合成核酸分子。
在一些实施方案中，将编码多肽构建体(例如包含SIRPα D1结构域变体 (例如表2、5和6中提供的任何变体)和融合配偶体(诸如Fc变体)的多肽构建体)的核酸掺入表达载体中以表达蛋白质。多种表达载体可用于蛋白质表达。表达载体可包含自我复制的染色体外载体或整合到宿主基因组中的载体。载体还可以包括各种组分或元件。例如，在一些实施方案中，载体组分包括但不限于转录和翻译调节序列，诸如启动子序列、核糖体结合位点、信号序列、转录起始和终止序列、翻译起始和终止序列、3'和5'非翻译区(UTR) 和增强子或激活物序列；复制起点；选择标记物基因；以及编码感兴趣的多肽的核酸序列和转录终止序列。在一些实施方案中，表达载体包含与控制或调节序列、选择性标记物、任何融合配偶体、额外元件或其任何组合可操作地连接的蛋白质。术语“可操作地连接”是指核酸与另一核酸序列处于功能关系中。通常，这些表达载体包含可操作地连接至编码Fc变体的核酸的转录和翻译调节核酸，并且通常适合用于表达蛋白质的宿主细胞。选择基因或标记物(诸如但不限于抗生素抗性基因或荧光蛋白基因)可用于选择含有表达载体的宿主细胞，例如通过抗生素或荧光表达。可使用各种选择基因。
在一些实施方案中，优化载体的组分或元件，使得表达载体与宿主细胞类型相容。可用于本公开的表达载体包括但不限于能够在哺乳动物细胞、细菌、昆虫细胞、酵母和体外系统中表达蛋白质的那些。
在一些实施方案中，哺乳动物细胞用作宿主细胞以产生本公开的多肽。哺乳动物细胞类型的实例包括但不限于人胚胎肾(HEK)(例如HEK293、HEK 293F)、中国仓鼠卵巢(CHO)、HeLa、COS、PC3、Vero、MC3T3、NS0、Sp2/0、 VERY、BHK、MDCK、W138、BT483、Hs578T、HTB2、BT20、T47D、 NS0(不内源性产生任何免疫球蛋白链的鼠骨髓瘤细胞系)、CRL7O3O和HsS78Bst细胞。在一些实施方案中，大肠杆菌细胞用作宿主细胞以产生本公开的多肽。大肠杆菌菌株的实例包括但不限于大肠杆菌294(
Figure BDA0003440597580001081
31,446)、大肠杆菌λ1776(
Figure BDA0003440597580001083
31,537、大肠杆菌BL21(DE3)(
Figure BDA0003440597580001082
BAA-1025) 和大肠杆菌RV308(
Figure BDA0003440597580001084
31,608)。
不同的宿主细胞对于蛋白质产物的翻译后加工和修饰(例如糖基化)具有特征性和特异性机制。在一些实施方案中，选择适当的细胞系或宿主系统以确保表达的多肽的正确修饰和加工。一旦将载体引入宿主细胞中用于蛋白质产生，将宿主细胞在适于诱导启动子、选择转化体或扩增编码所需序列的基因而改良的常规营养培养基中培养。
在一些实施方案中，多肽构建体，例如包含SIRPα D1结构域变体(例如表2、5和6中提供的任何变体)和融合配偶体(诸如Fc变体)的多肽构建体，在哺乳动物表达系统中表达，包括其中使用病毒诸如逆转录病毒或腺病毒将表达构建体引入哺乳动物细胞的系统。在一些实施方案中，使用人、小鼠、大鼠、仓鼠或灵长类动物细胞。合适的细胞还包括已知的研究细胞，包括但不限于Jurkat T细胞、NIH3T3、CHO、COS和293细胞。或者，在一些实施方案中，蛋白质在细菌细胞中表达。细菌表达系统是本领域熟知的，并且包括大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、乳脂链球菌 (Streptococcuscremoris)和青紫链球菌(Streptococcus lividans)。在一些情况下，包含Fc结构域变体的多肽构建体在昆虫细胞(诸如但不限于Sf9和Sf21细胞) 或酵母细胞(诸如但不限于来自酵母属(Saccharomyces)、毕赤酵母属(Pichia)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces)、汉逊酵母属(Hansenula)和耶氏酵母属 (Yarrowia)的生物体)中产生。在一些情况下，使用无细胞翻译系统在体外表达包含Fc结构域变体的多肽构建体。来源于两种原核生物(例如大肠杆菌)和真核生物(例如，小麦胚芽、兔网织红细胞)细胞的体外翻译系统是可用的，并且在一些实施方案中，基于感兴趣的蛋白质的表达水平和功能特性进行选择。例如，如本领域技术人员所理解的，一些展示技术例如核糖体展示需要体外翻译。此外，在一些实施方案中，Fc结构域变体通过化学合成方法产生，诸如但不限于液相肽合成和固相肽合成。在使用非糖基化系统诸如细菌提取物进行体外转录的情况下，Fc即使在天然糖基化位点存在下也不会被糖基化，因此Fc的失活将等同地获得。
在一些实施方案中，多肽构建体包含以类似于天然存在的氨基酸的方式起作用的非天然氨基酸、氨基酸类似物、氨基酸模拟物或其任何组合。天然编码的氨基酸通常是指20种常见氨基酸(丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、色氨酸、酪氨酸和缬氨酸)以及吡咯赖氨酸和硒代半胱氨酸。氨基酸类似物是指具有与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构(例如与氢结合的碳、羧基、氨基和R基团) 的化合物，诸如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲硫氨酸甲基锍。在一些实施方案中，此类类似物具有修饰的R基团(诸如正亮氨酸)或修饰的肽骨架，但通常保留与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构。
蛋白质产生、回收和纯化
在一些实施方案中，用于产生本公开的多肽的宿主细胞在适于培养所选宿主细胞的培养基中生长。用于哺乳动物宿主细胞的合适培养基的实例包括最小必需培养基(MEM)、Dulbecco改良的Eagle培养基(DMEM)、Expi293TM表达培养基、补充有胎牛血清(FBS)的DMEM、和RPMI-1640。用于细菌宿主细胞的合适培养基的实例包括Luria肉汤(LB)加上必需的补充物，诸如选择剂，例如氨苄青霉素。在一些实施方案中，宿主细胞在合适的温度(诸如约20℃至约39℃，例如约25℃至约37℃，优选37℃)和CO2水平(诸如约5％至10％)下培养。在一些实施方案中，培养基的pH为约pH 6.8至pH 7.4，例如pH 7.0，这主要取决于宿主生物体。如果在表达载体中使用诱导型启动子，则可以在适于启动子激活的条件下诱导蛋白质表达。
在一些实施方案中，蛋白质回收涉及破坏宿主细胞，例如通过渗透压休克、超声处理或裂解。一旦细胞被破坏，通过离心或过滤除去细胞碎片。然后可以进一步纯化蛋白质。在一些实施方案中，本公开的多肽通过各种蛋白质纯化方法进行纯化，例如通过色谱(例如离子交换色谱、亲和色谱和尺寸排阻柱色谱)、离心、差异溶解度或通过任何其他用于纯化蛋白质的标准技术。例如，在一些实施方案中，通过适当选择和组合亲和柱诸如蛋白A柱(例如， POROS蛋白A色谱)与色谱柱(例如，POROS HS-50阳离子交换色谱)、过滤、超滤、脱盐和透析程序来分离和纯化蛋白质。在一些实施方案中，多肽与标记物序列(诸如肽)缀合以促进纯化。标记物氨基酸序列的实例是六组氨酸肽 (His6-标签(SEQ ID NO:223))，其可以微摩尔亲和力结合镍功能化的琼脂糖亲和柱。作为替代方案，可以使用对应于来源于流感血凝素蛋白的表位的血凝素“HA”标签。
在一些实施方案中，本公开的多肽，例如包含SIRPα D1结构域变体(例如表2、5和6中提供的任何变体)和融合配偶体(诸如Fc变体)的多肽构建体由受试者(例如人)的细胞例如在基因疗法的上下文中通过施用含有编码本公开的多肽的核酸分子的载体诸如病毒载体(例如逆转录病毒载体、腺病毒载体、痘病毒载体(例如痘苗病毒载体，诸如改良安卡拉痘苗(MVA))、腺相关病毒载体和α病毒载体)来产生。载体一旦在受试者的细胞内(例如，通过转化、转染、电穿孔、磷酸钙沉淀、直接显微注射、感染等)可用于表达本文公开的多肽。在一些情况下，多肽由细胞分泌。在一些实施方案中，如果疾病或病症的治疗是期望的结果，则不需要进一步的动作。在一些实施方案中，如果需要收集蛋白质，则从受试者采集血液并通过各种方法从血液纯化蛋白质。
治疗癌症的方法
本文提供了一种治疗个体(例如人类个体)的癌症的方法，其包含向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体(例如本文所述的SIRPα D1 结构域变体)和Fc结构域变体(例如本文所述的Fc结构域变体)的多肽和(b) 治疗性抗体。
肺癌
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体(例如，人类个体)的肺癌(例如，非小细胞肺癌或“NSCLC”)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含 SIRPα D1结构域变体(例如本文所述的SIRPα D1结构域变体)和Fc结构域变体(例如本文所述的Fc结构域变体)的多肽(例如，融合多肽)和(b)破坏PD-1 和PD-L1之间的相互作用的治疗性抗体，其中所述个体在先前对肺癌(例如， NSCLC)的疗法中(或之后)进展(例如，证实的疾病进展)。在一些实施方案中，先前疗法是免疫检查点抑制剂(CPI)疗法。另外地或可替代地，在一些实施方案中，个体具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。在一些实施方案中，个体未接受先前的CPI疗法。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)包含 SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和 N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含 A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU 索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、 L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含Fc结构域变体，其为包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91 的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含 SEQ ID NO:136或SEQ ID NO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)形成同源二聚体。在一些实施方案中，阻断PD-1和PD-L1 之间相互作用的治疗性抗体是抗PD-1抗体。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗。
在一些实施方案中，派姆单抗皮下施用。在一些实施方案中，派姆单抗通过静脉输注施用。在一些实施方案中，派姆单抗根据其标签说明书施用。在一些实施方案中，派姆单抗(例如通过IV输注)以约200mg的剂量每三周一次(Q3W)施用于个体。在一些实施方案中，派姆单抗施用于个体长达24 个月。在一些实施方案中，派姆单抗施用于个体至少24个月。在一些实施方案中，派姆单抗的剂量修改是根据当地包装插页进行的。有关派姆单抗制备、配药、剂量和施用时间表的完整信息可参见当地包装插页(对于美国，参见例如，www(dot)accessdata(dot)fda(dot)gov/drugsatfda_docs/label/2016/12551 4s012lbl(dot)pdf；对于欧洲，参见例如，www(dot)ema(dot)europa(dot)eu/en/d ocuments/product-information/keytruda-epar-product-information_en(dot)pdf)。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以10.0m g/kg的剂量每周一次(即每7天一次或“qw”)施用于个体。
在一些实施方案中，肺癌是NSCLC。在一些实施方案中，NSCLC是局部晚期NSCLC。在一些实施方案中，NSCLC是转移性NSCLC。在一些实施方案中，个体患有转移性NSCLC且在先前用PD-1或PD-L1抑制剂的疗法开始的8周内未证实疾病进展。在一些实施方案中，个体具有≥1％的PD-L1 肿瘤比例评分(TPS)评分。在一些实施方案中，个体患有TPS评分<50％的局部晚期或转移性NSCLC。在一些实施方案中，个体在针对其转移性疾病的全身性疗法之后进展。在一些实施方案中，个体患有TPS评分≥1％的局部晚期或转移性NSCLC，并且个体在先前对NSCLC的检查点抑制剂(CPI)疗法中进展。
在一些实施方案中，个体在其中进展的先前对肺癌(例如NSCLC)的CP I疗法是包括用纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗、西米普利单抗、替雷利珠单抗(tislelizumab，也称为BGB-A317)、特瑞普利单抗(toripalimab)、信迪利单抗(sintilimab)、卡瑞利珠单抗(camrelizumab，也称为SHR-1210或INCSHR-1210)、斯巴达珠单抗(spartalizumab，也称为PD R001)、TSR-042和/或FAZ053治疗的疗法。在一些实施方案中，如果个体证实了进展性疾病(PD)，例如，如通过实体瘤中的反应评价(RECIST)标准(例如，1.0或1.1版)或修改的RECIST标准(参见，例如，Therasse等人(2000) J.Natl CancerInst.92:205-216；Eisenhauer等人(2009)Eur J.Cancer.4 5:229-247；以及Jang等人(2013)Chin J.Cancer Res.25(6):689-694)、世界卫生组织(WHO)标准(参见，例如，WHO.Handbook for Reporting Re sults of Cancer Treatment.Geneva:World HealthOrganization Offset Public ation；1979.第48页；以及Miller等人(1981)Cancer.47:207-214)，或H wang等人(2017)“Response Evaluation of Chemotherapy for LungCance r.”Tuberc Respir Dis(Seoul).80(2):136-142描述的任一组反应标准和其中引用的参考文献，则个体被认为在先前对肺癌(例如，NSCLC)的CPI疗法中已经进展。在一些实施方案中，个体对肺癌(例如NSCLC)的标准疗法(例如治愈性疗法)具有抗性。在一些实施方案中，不存在可用于治疗肺癌(例如NS CLC)的标准疗法(例如治愈性疗法)。
在一些实施方案中，使用用于检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的人组织切片中的PD-L1的体外诊断免疫组织化学(IHC)测定来评估个体的PD-L1 肿瘤比例评分(TPS)。在一些实施方案中，IHC测定是PD-L1 IHC 22C3 Ph arm Dx。PD-L1 IHC 22C3 Pharm Dx是一种定性免疫组织化学测定，其中鼠单克隆抗PD-L1抗体(克隆22C3)用于在使用ENVISIONTMFLEX可视化系统的DAKOTM AUTOSTAINER LINK 48自动染色系统上检测从个体(例如患者)获得的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肺癌组织(例如NSCLC组织)中的PD-L1(即人PD-L1)。在一些实施方案中，TPS是来自个体(例如患者)的肺癌(例如NSCLC)组织样品中PD-L1蛋白表达的量度。在一些实施方案中，T PS是在任何强度下显示部分或完全膜染色的活肿瘤细胞的百分比。如果TP S≥50％的活肿瘤细胞在任何强度下表现出膜染色，则样本应被视为PD-L1阳性。在一些实施方案中，肿瘤相关免疫细胞(诸如浸润淋巴细胞或巨噬细胞) 不包括在用于确定TPS的评分中。在一些实施方案中，肺癌(例如NSCLC) 样品的标记由病理学家进行。在一些实施方案中，染色通过10倍-40倍放大的光学显微镜进行评估。关于PD-L1 IHC22C3 Pharm Dx测定、进行测定的试剂和设备、测定结果的解释和TPS评分的进一步细节在www(dot)acces sdata(dot)fda(dot)gov/cdrh_docs/pdf15/p150013b(dot)pdf以及Reck等人(2016) “Pembrolizumab versus Chemotherapy for PD-L1–Positive Non–Small-Cell Lung Cancer.”NEJM.375:1823-1833中提供。
头颈癌
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体(例如，人类个体)的头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌或“HNSSC”)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a) 包含SIRPα D1结构域变体(例如，本文所述的SIRPα D1结构域变体)和Fc 结构域变体(例如，本文所述的Fc结构域变体)的多肽(例如，融合多肽)和(b) 破坏PD-1和PD-L1之间的相互作用的治疗性抗体，其中所述个体在先前对头颈癌(例如，HNSCC)的疗法中或在先前疗法之后进展(例如，证实的疾病进展)。在一些实施方案中，先前疗法是含铂疗法。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO: 85的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、 L235A、G237A和N297A突变的人IgG1Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、 E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQID NO:85 的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含 Fc结构域变体，其为包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽 (例如融合多肽)包含SEQ ID NO:136或SEQ ID NO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)形成同源二聚体。在一些实施方案中，阻断PD-1和PD-L1之间相互作用的治疗性抗体是抗PD-1抗体。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗。在一些实施方案中，HNSCC是PD-L1 阴性的。在一些实施方案中，HNSCC是PD-L1阳性的。关于“PD-L1阴性”和“PD-L1阳性”的更多细节在本文别处提供。
在一些实施方案中，派姆单抗皮下施用。在一些实施方案中，派姆单抗通过静脉输注施用。在一些实施方案中，派姆单抗根据其标签说明书施用。在一些实施方案中，派姆单抗(例如通过IV输注)以约200mg的剂量每三周一次(Q3W)施用于个体。在一些实施方案中，派姆单抗施用于个体长达24 个月。在一些实施方案中，派姆单抗施用于个体至少24个月。在一些实施方案中，派姆单抗的剂量修改是根据当地包装插页进行的。有关派姆单抗制备、配药、剂量和施用时间表的完整信息可参见当地包装插页(对于美国，参见例如，www(dot)accessdata(dot)fda(dot)gov/drugsatfda_docs/label/2016/12551 4s012lbl(dot)pdf；对于欧洲，参见例如，www(dot)ema(dot)europa(dot)eu/en/d ocuments/product-information/keytruda-epar-product-information_en(dot)pdf)。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以10.0m g/kg的剂量每周一次(即每7天一次或“qw”)施用于个体。
在一些实施方案中，个体患有复发性HNSCC。在一些实施方案中， HNSCC是转移性HNSCC。在一些实施方案中，个体接受了先前的免疫检查点抑制剂(“CPI”)疗法，即个体是“经历CPI的”个体。在一些实施方案中，个体患有复发性或转移性HNSCC且在先前的CPI疗法开始的8周内未证实疾病进展。在一些实施方案中，先前的CPI疗法是或包含PD-1或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，先前的CPI是或包括用纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗、西米普利单抗、替雷利珠单抗(也称为 BGB-A317)、特瑞普利单抗、信迪利单抗、卡瑞利珠单抗(也称为SHR-1210 或INCSHR-1210)、斯巴达珠单抗(也称为PDR001)、TSR-042和/或FAZ053 的治疗。在一些实施方案中，个体未接受先前的CPI疗法(例如，个体“未经历免疫检查点抑制剂”或“未经历CPI”)。
在一些实施方案中，在其中个体进展或之后个体进展的先前的含铂疗法为包括用卡铂、顺铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂、吡铂和/或沙铂治疗的疗法。在一些实施方案中，如果个体证实了进展性疾病(PD)，例如，如通过实体瘤中的应答评价(RECIST)标准(例如，1.0或1.1版)或修改的 RECIST标准(参见，例如，Therasse等人(2000)J.NatlCancer Inst.92: 205-216；Eisenhauer等人(2009)Eur J.Cancer.45:229-247；以及Jang等人 (2013)Chin J.Cancer Res.25(6):689-694)、世界卫生组织(WHO)标准(参见，例如，WHO.Handbook for Reporting Results of Cancer Treatment.Geneva: World HealthOrganization Offset Publication；1979.第48页；和Miller等人 (1981)Cancer.47:207-214))、或Wray等人(2016)“Therapy Response Assessment and Patient Outcomes inHead and Neck Squamous Cell Carcinoma: FDG PET Hopkins Criteria VersusResidual Neck Node Size and Morphologic Features.”Am J.Roentgenology.207:641-647描述的一组反应标准，则个体被认为在先前对头颈癌(例如，HNSCC)的含铂疗法中或之后已经进展。在一些实施方案中，个体对头颈癌(例如HNSCC)的标准疗法(例如治愈性疗法)具有抗性。在一些实施方案中，没有可用于治疗头颈癌(例如HNSCC)的标准疗法 (例如治愈性疗法)。
胃癌/胃食管(GEJ)癌
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体(例如，人类个体)的胃癌/胃食管(GEJ)癌(例如，HER2阳性胃腺癌或GEJ腺癌)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体(例如，本文所述的SIRPα D1结构域变体)和Fc结构域变体(例如，本文所述的Fc结构域变体)的多肽(例如，融合多肽)和(b)治疗性抗HER2抗体，其中所述个体在先前对胃癌/GEJ癌(例如，胃癌/GEJ腺癌)的疗法中或在先前疗法之后进展(例如，证实的疾病进展)，并且其中所述先前疗法是抗HER2抗体疗法和/或基于氟嘧啶的疗法。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ IDNO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc 区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含Fc结构域变体，其为包含L234A、L235A、G237A和N297A 突变的人IgG1 Fc区，其中编号根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中， Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SEQ ID NO:136或SEQ ID NO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)形成同源二聚体。在一些实施方案中，与融合多肽组合施用于个体的治疗性抗HER2抗体是曲妥珠单抗。
在一些实施方案中，曲妥珠单皮下施用抗。在一些实施方案中，曲妥珠单抗通过静脉输注施用。在一些实施方案中，曲妥珠单抗根据其标签说明书施用。在一些实施方案中，曲妥珠单抗每三周一次(Q3W)施用于个体(例如通过静脉输注)。在一些实施方案中，曲妥珠单抗的初始(即，第一)剂量为约8 mg/kg，并且每个后续剂量(即，第一剂量之后)为约6mg/kg。在一些实施方案中，曲妥珠单抗的剂量修改是根据当地包装插页进行的。有关曲妥珠单抗制备、配药、剂量和施用时间表的完整信息可参见当地包装插页(对于美国，参见例如，www.accessdata(dot)fda(dot)gov/drugsatfda_docs/label/2017/103792 s5337lbl(dot)pdf；对于欧洲，参见例如，www(dot)ema(dot)Europa(dot)eu/en /documents/product-information/herceptin-epar-product-information_en(dot)pd f)。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以10. 0mg/kg的剂量每周一次(即每7天一次或“qw”)施用于个体。
在一些实施方案中，通过免疫组织化学(IHC)或原位杂交(ISH，例如荧光 ISH或“FISH”)评估胃癌或GEJ癌的HER2状态(即HER2阳性状态或HER2 阴性状态)。在一些实施方案中，根据Abrahao-Machado等人(2016)World J.Gastroenterol.22(19):4619-4625和其中引用的参考文献中所述的标准评价胃癌或GEJ癌的HER2状态。在一些实施方案中，HER2阳性胃癌或HER 2阳性GEJ癌是HER2阳性胃腺癌/HER2阳性GEJ腺癌。在一些实施方案中， HER2阳性胃癌/HER2阳性GEJ癌(例如腺癌)是转移性胃癌/GEJ癌(例如转移性腺癌)。在一些实施方案中，个体患有转移性胃癌/GEJ癌(例如，腺癌)并且已证明至少稳定疾病(SD)的反应(即，优于进展性疾病(PD)的反应)作为对先前疗法的最佳反应。
在一些实施方案中，个体在先前用抗HER2抗体的疗法期间或在先前疗法之后进展(例如，证实的疾病进展)。在一些实施方案中，先前的抗HER2 抗体疗法包括用曲妥珠单抗、帕妥珠单抗和/或玛格妥昔单抗治疗。另外地或可替代地，在一些实施方案中，个体在先前基于氟嘧啶的疗法的治疗期间或在先前疗法之后进展(例如，证实的疾病进展)。在一些实施方案中，先前的基于氟嘧啶的疗法包括用例如卡培他滨、氟尿苷、4-氟尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、卡莫氟、去氧氟尿苷、替加氟(Tegafur)、UFT(即，替加氟与尿嘧啶的1:4摩尔组合)、S-1(替加氟、吉美嘧啶和奥替拉西的组合)和/或FOLFOX(亚叶酸、 5-氟尿嘧啶和奥沙利铂的组合)治疗。在一些实施方案中，个体在用抗HER2 抗体和基于氟嘧啶的疗法的治疗中或治疗后进展。在一些实施方案中，抗 HER2抗体和基于氟嘧啶的疗法组合施用(例如，其中两种药剂是单一治疗方案的一部分)。在一些实施方案中，抗HER2抗体和基于氟嘧啶的疗法各自在单独的治疗方案中施用(例如，在两个单独的先前疗法或两个单独的先前疗法线中)。
在一些实施方案中，如果个体证实了进展性疾病(PD)，例如，如通过实体瘤中的反应评价(RECIST)标准(例如，1.0或1.1版)或修改的RECIST标准 (参见，例如，Therasse等人(2000)J.Natl Cancer Inst.92:205-216；Eisenhauer 等人(2009)Eur J.Cancer.45:229-247；以及Jang等人(2013)Chin J.Cancer Res.25(6):689-694)、世界卫生组织(WHO)标准(参见，例如，WHO.Handbook for Reporting Results of Cancer Treatment.Geneva:World Health Organization Offset Publication；1979.第48页；以及Miller等人(1981)Cancer.47: 207-214)、或Kurokawa等人(2013)Ann Surg Oncol.20(9):3009-3014；Yanagawa等人(2012)J Nucl Med.53(6):872-880；Lordick等人(2016)Ann Oncol.27(suppl 5):v50-v57；或Kim等人(2015)Oncology.88:69-75中描述的任一组反应标准，则个体被认为在先前对胃癌/GEJ癌(例如，HER2阳性胃癌/GEJ癌)的抗HER2抗体疗法和/或先前基于氟嘧啶的疗法中已经进展。在一些实施方案中，个体对胃癌/GEJ癌(例如，HER2阳性胃癌/HER2阳性GEJ 癌)的标准疗法(例如，治愈性疗法)具有抗性。在一些实施方案中，没有可用于治疗胃癌/GEJ癌(例如，HER2阳性胃癌/HER2阳性GEJ癌)的标准疗法(例如治愈性疗法)。
淋巴瘤
(i)侵袭性非霍奇金淋巴瘤
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体(例如，人类个体)的侵袭性非霍奇金淋巴瘤或“NHL”(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”，例如，原发性DLBCL或转化的DLBCL或套细胞淋巴瘤(MCL))的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体(例如，本文所述的SIRPα D1结构域变体)和Fc结构域变体(例如，本文所述的Fc结构域变体)的多肽(例如，融合多肽)和(b)治疗性抗CD20抗体，其中所述侵袭性NHL是复发性和 /或难治性侵袭性NHL(例如，其中个体在先前对侵袭性NHL的治疗期间或之后复发和/或对于先前对侵袭性NHL的治疗是难治性的)，并且其中没有对侵袭性NHL(例如DLBCL，诸如原发性DLBCL、转化的DLBCL或套细胞淋巴瘤)的可用疗法(例如治愈性疗法)。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、 G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引； (ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat 的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人 IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据 Kabat的EU索引。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽) 包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含Fc结构域变体，其为包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SEQ ID NO:136或SEQ IDNO:135的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)形成同源二聚体。在一些实施方案中，治疗性抗 CD20抗体是利妥昔单抗。在一些实施方案中，侵袭性NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，例如，原发性DLBCL或转化的DLBCL。在一些实施方案中，侵袭性NHL是套细胞淋巴瘤(MCL)。
在一些实施方案中，利妥昔单抗皮下施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗通过静脉输注施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗根据其标签说明书施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗(例如，通过静脉输注)以约375mg/ m2的剂量施用于个体。在一些实施方案中，对于治疗的前四周(例如，28天)，利妥昔单抗的前四次剂量(即，剂量1-4)每周一次(例如，每7天一次或“qw”) 施用于个体(例如，以约375mg/m2的剂量)，并且接下来的八次剂量(即，剂量5-12)每四周一次(例如，每28天一次或“q4w”)施用于个体。在一些实施方案中，对于治疗的前四周(例如，28天)，利妥昔单抗的前四次剂量(即，剂量 1-4)每周一次(例如，每7天一次或“qw”)施用于个体(例如，以约375mg/m2的剂量)，并且接下来的四次剂量(即，剂量5-8)每四周一次(例如，每28天一次或“q4w”)施用于个体。在一些实施方案中，利妥昔单抗的剂量修改是根据当地包装插页进行的。有关利妥昔单抗制备、配药、剂量和施用时间表的完整信息可参见当地包装插页(对于美国，参见例如，www(dot)accessdata(do t)fda(dot)gov/drugsatfda_docs/label/2012/103705s5367s5388lbl(dot)pdf；对于欧洲，参见例如，www(dot)ema(dot)europa(dot)eu/en/documents/product-informa tion/mabthera-epar-product-information_en(dot)pdf)。在一些实施方案中，多肽 (例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以10.0mg/kg或15.0mg/kg的剂量每周一次(即，每7天一次或“qw”)施用于个体。
在一些实施方案中，如果个体先前无淋巴瘤病史，那么所述个体被诊断为患有原发性DLBCL(例如，原发性复发性和/或难治性DLBCL)。在一些实施方案中，如果个体具有淋巴瘤病史，例如惰性淋巴瘤，诸如边缘区淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤/慢性淋巴细胞性白血病、滤泡性淋巴瘤或淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤，那么所述个体被诊断为患有转化的DLBCL。在一些实施方案中，如果发现个体具有一种或多种以下染色体异常：t(11；14)、t(14；18)，则所述个体被诊断为患有套细胞淋巴瘤(MCL)。在一些实施方案中，如果在来自个体的白血病细胞样品中检测到SOX11过表达，则所述个体被诊断患有套细胞淋巴瘤(MCL)。用于诊断原发性DLBC L、转化的DLBCL和MCL的其他标准是本领域已知的，并由技术人员常规使用。参见，例如，Balsas等人(2017)Blood.130(4):501-513；NationalGu ideline Alliance(UK).Non-Hodgkin's Lymphoma:Diagnosis and Management.London:National Institute for Health and Care Excellence(UK)；2016 Jul.(NICE Guideline,No.52.)3,Staging；Dreyling等人Am Soc Clin On col EducBook.2014:191-8；等等。
在一些实施方案中，如果个体对先前疗法达成最不稳定疾病(SD)的治疗反应，但在先前疗法停止后例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月中的任一个内停止反应(例如，证实的疾病进展)，那么认为所述个体在先前对侵袭性NHL(例如，原发性DLBCL、转化的DLBCL或MCL)的疗法后复发。在一些实施方案中，如果个体对先前疗法无反应(例如，在先前疗法期间或之后未能达到至少稳定疾病(SD)的治疗反应)，那么认为所述个体对于先前对侵袭性NHL的疗法是难治性的。在一些实施方案中，对于侵袭性 NHL疗法的治疗反应根据Cheson等人(2014)“Recommendations for Initial Evaluation,Staging and ResponseAssessment of Hodgkin and Non-Hodgk in Lymphoma:The Lugano Classification.”J.Clin Oncol.32:3059-3067中描述的标准进行评估。
在一些实施方案中，个体在用至少一种先前对侵袭性NHL的疗法(例如，至少一种先前标准批准的疗法、至少两种先前标准批准的疗法、至少三种标准批准的疗法等)治疗后是难治性的或已复发。DLBCL(例如，原发性或转化的DLBCL)和MCL的标准疗法包括但不限于例如利妥昔单抗、RCHP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星和泼尼松)；R-CHOP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松)；R-CHOEP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、依托泊苷和泼尼松，其通常在21天周期中施用6个周期)；EPOCH-R(即利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、依托泊苷和泼尼松，其通常在4天内作为连续输注施用)；R-GCVP(即利妥昔单抗、吉西他滨、环磷酰胺、长春新碱和泼尼松龙)；R-CEPP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、依托泊苷、丙卡巴肼和泼尼松)；R-CEOP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、表柔比星、长春新碱和泼尼松)；R-CVP(即利妥昔单抗、环磷酰胺、长春新碱和泼尼松)；利妥昔单抗和苯达莫司汀；利妥昔单抗和来那度胺；DHAP(即地塞米松、高剂量阿糖胞苷和顺铂)；RDHAP(即DHAP与利妥昔单抗的组合)；ICE(即异环磷酰胺、卡铂和依托泊苷)；RICE(即ICE与利妥昔单抗的组合)；DICE(即ICE与地塞米松的组合)；DICE和美司钠；BEAM(即卡莫司汀、依托泊苷、阿糖胞苷和美法仑)；R-BEAM(即BEAM与利妥昔单抗的组合)；ESHAP(即依托泊苷、甲强龙、高剂量阿糖胞苷和顺铂)；R-ESHAP(即 ESHAP与利妥昔单抗的组合)；MIME(即甲基-乙二醛-双(脒基腙)、异环磷酰胺、甲氨蝶呤和依托泊苷)；parsaclisib(也称为INCB050465)；MATRIX(即甲氨蝶呤、阿糖胞苷、噻替派和利妥昔单抗)；hyper-CVAD或HCVAD(即，超分级环磷酰胺、长春新碱、多柔比星和地塞米松)RHCVAD(即，HCVAD 与利妥昔单抗的组合)；RHCVAD/MA(即RHCVAD与甲氨蝶呤和阿糖胞苷交替)；DHAP(即地塞米松、顺铂和阿糖胞苷)；R-DHAP(即DHAP与利妥昔单抗的组合)；依鲁替尼；利妥昔单抗、奥比妥珠单抗、CVAD(即环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙)；RCVAD(即CVAD与利妥昔单抗的组合)；GemOx(即吉西他滨和奥沙利铂)；R-GemOx(即GemOx与利妥昔单抗的组合)；DHAX(即地塞米松、阿糖胞苷和奥沙利铂)；R-DHAX(即DHAX 与利妥昔单抗的组合)；GIFOX(即吉西他滨、异环磷酰胺和奥沙利铂)； RGIFOX(即，GIFOX与利妥昔单抗的组合)；硼替佐米和GIFOX；ASCT(即，自体干细胞移植)HD-ASCT(即，ASCT与高剂量疗法(例如，高剂量化学疗法) 的组合)；CAR T-细胞疗法(例如，tisagenlecleucel或axicabtagene)；维布妥昔单抗和来那度胺。在一些实施方案中，先前对侵袭性NHL的疗法包括先前治疗中的任两种或更多种(在单一治疗方案中一起给予，或在分开的治疗方案中给予)。在一些实施方案中，对于患有侵袭性NHL(例如复发性/难治性侵袭性NHL)的个体没有可用的治疗选择(例如治愈性治疗选择)。在一些实施方案中，个体患有没有治愈性疗法可用的DLBCL(例如，原发性DLBCL或转化的DLBCL)或MCL。在一些实施方案中，个体患有在标准批准的疗法(例如，治愈性疗法)后复发或对标准批准的疗法(例如，治愈性疗法)难治性的 DLBCL(例如，原发性DLBCL或转化的DLBCL)或MCL。
(ii)惰性淋巴瘤
在一些实施方案中，提供了一种治疗个体(例如，人类个体)的惰性淋巴瘤的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPα D1结构域变体(例如，本文所述的SIRPα D1结构域变体)和Fc结构域变体(例如，本文所述的 Fc结构域变体)的多肽(例如，融合多肽)和(b)治疗性抗CD20抗体，其中所述惰性淋巴瘤是复发性和/或难治性惰性淋巴瘤(例如，其中所述个体在至少一种先前对惰性淋巴瘤的治疗(例如，标准批准的疗法)期间或之后已复发和/或对于至少一种先前对惰性淋巴瘤的治疗(例如，标准批准的疗法)是难治性的。在一些实施方案中，所述个体在多于一种对惰性淋巴瘤的标准批准的疗法(例如2、3或更多种标准疗法)期间或之后复发和/或对于多于一种对惰性淋巴瘤的标准疗法(例如2、3或更多种标准疗法，例如治愈性疗法)是难治性的。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含 SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SIRPα D1结构域变体，其包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含Fc结构域变体，其为包含L234A、L235A、G237A 和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，施用于个体的多肽(例如融合多肽)包含SEQ ID NO:136或SEQ ID NO: 135的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)形成同源二聚体。在一些实施方案中，治疗性抗CD20抗体是利妥昔单抗。
在一些实施方案中，利妥昔单抗皮下施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗通过静脉输注施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗根据其标签说明书施用。在一些实施方案中，利妥昔单抗(例如，通过静脉输注)以约375mg/ m2的剂量施用于个体。在一些实施方案中，对于治疗的前四周(例如，28天)，利妥昔单抗的前四次剂量(即，剂量1-4)每周一次(例如，每7天一次或“qw”) 施用于个体(例如，以约375mg/m2的剂量)，并且接下来的八次剂量(即，剂量5-12)每四周一次(例如，每28天一次或“q4w”)施用于个体。在一些实施方案中，对于治疗的前四周(例如，28天)，利妥昔单抗的前四次剂量(即，剂量 1-4)每周一次(例如，每7天一次或“qw”)施用于个体(例如，以约375mg/m2的剂量)，并且接下来的四次剂量(即，剂量5-8)每四周一次(例如，每28天一次或“q4w”)施用于个体。在一些实施方案中，利妥昔单抗的剂量修改是根据当地包装插页进行的。有关利妥昔单抗制备、配药、剂量和施用时间表的完整信息可参见当地包装插页(对于美国，参见例如，www(dot)accessdata(do t)fda(dot)gov/drugsatfda_docs/label/2012/103705s5367s5388lbl(dot)pdf；对于欧洲，参见例如，www(dot)ema(dot)europa(dot)eu/en/documents/product-informa tion/mabthera-epar-product-information_en(dot)pdf)。在一些实施方案中，多肽 (例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以10.0mg/kg或15.0mg/kg的剂量每周一次(即，每7天一次或“qw”)施用于个体。
在一些实施方案中，惰性淋巴瘤是惰性非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，惰性NHL是边缘区淋巴瘤(MZL)。在一些实施方案中，惰性 NHL是滤泡性淋巴瘤(FL)。关于边缘区淋巴瘤和滤泡性淋巴瘤(以及DLBCL 和套细胞淋巴瘤)的诊断和分类的细节提供于以下中：例如，Ayyappan等人 (2018)Curr Oncol Rep.20(4):33；Dreyling等人(2013)ESMO Consensus Guidelines:Marginal Cell Lymphoma,Mantle Cell Lymphoma,Peripheral T-cell Lymphoma.”Ann Oncol.24(4):857-877；Vose,JM(2017)“Mantle celllymphoma:2017update on diagnosis,risk-stratification,and clinicalmanagement.”Am J.Hematol.92(8):806-813；Ciobanu等人(2013)“Indolent Lymphoma:Diagnosis and Prognosis in Medical Practice.”Maedica(Buchar)8(4) 338-342等等。
在一些实施方案中，如果个体对先前疗法达成最不稳定疾病(SD)的治疗反应，但在先前疗法停止后例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或 12个月中的任一个内停止反应(例如，证实的疾病进展)，那么认为所述个体在先前对惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的疗法后复发。在一些实施方案中，如果个体对先前疗法无反应(例如，在先前疗法期间或之后未能达到至少稳定疾病(SD)的治疗反应)，那么认为所述个体对于先前对惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的疗法是难治性的。在一些实施方案中，对于惰性淋巴瘤(例如惰性 NHL)疗法的治疗反应根据Cheson等人(2014)“Recommendations for Initial Evaluation,Staging andResponse Assessment of Hodgkin and Non-Hodgkin Lymphoma:The LuganoClassification.”J.Clin Oncol.32:3059-3067中描述的标准进行评估。
在一些实施方案中，个体在用至少一种先前对惰性淋巴瘤(例如惰性 NHL)的疗法(例如，至少一种先前标准批准的疗法、至少两种先前标准批准的疗法、至少三种标准批准的疗法等)治疗后是难治性的或已复发。惰性淋巴瘤(例如惰性NHL，诸如边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)的标准疗法包括但不限于例如侵袭性NHL(例如DLBCL或套细胞淋巴瘤)的标准疗法，其在本文别处详细描述。惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的其他标准疗法包括但不限于例如氟达拉滨、FR(即氟达拉滨和利妥昔单抗)；FCR(即FR与环磷酰胺组合)； FCM(即氟达拉滨、环磷酰胺、米托蒽醌)；FCMR(即FCM与利妥昔单抗组合)；替伊莫单抗；托西莫单抗；伏立诺他；依维莫司；硼替佐米；navitoclax (也称为ABT-263)；高剂量疗法(HDT)；自体干细胞移植；以及同种异体干细胞移植。在一些实施方案中，先前对惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的疗法包括先前标准疗法(包括本文别处描述的侵袭性NHL疗法)中的任两种或更多种。在一些实施方案中，惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的两种或更多种标准疗法(包括侵袭性NHL的标准疗法)在单一治疗方案中一起给予。在一些实施方案中，惰性NHL的两种或更多种标准疗法(包括侵袭性NHL的标准疗法)在分开的治疗方案中给予。在一些实施方案中，对于患有惰性淋巴瘤(例如惰性 NHL)(例如复发性/难治性惰性NHL)的个体不存在可用的治疗选择(例如治愈性治疗选择)。
在本文提供的任一治疗方法的一些实施方案中，在100mg/5ml I型透明玻璃小瓶中提供融合多肽以供使用(例如静脉施用)，所述玻璃小瓶用20mm 特氟隆涂覆的橡胶隔片塞和铝密封件密封。在一些实施方案中，在400mg/20 ml I型透明玻璃小瓶中提供融合多肽以供使用(例如静脉施用)，所述玻璃小瓶用20mm特氟隆涂覆的橡胶隔片塞和铝密封件密封。在一些实施方案中，将融合多肽在2-8℃(36-46℉)下储存在其原始容器中直至使用(例如静脉施用)。
在本文所述的任一治疗方法的一些实施方案中，多肽(例如，包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体的融合多肽)皮下施用。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)通过静脉输注施用。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注)以0.3mg/kg、1.0mg/kg、3.0mg/kg、10.0mg/kg、 15.0mg/kg或30.0mg/kg(包括这些值之间的任何范围)的剂量施用于个体(例如人类个体)。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注) 例如以0.3mg/kg、1.0mg/kg、3.0mg/kg、10.0mg/kg、15.0mg/kg或30.0mg/kg (包括这些值之间的任何范围)的剂量每周一次(即每7天一次或“qw”)施用于个体。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)(例如经由静脉输注)例如以 0.3mg/kg、1.0mg/kg、3.0mg/kg、10.0mg/kg、15.0mg/kg或30.0mg/kg(包括这些值之间的任何范围)的剂量每隔一周(即，每14天一次或“q2w”或“QoW”)施用于个体。在一些实施方案中，在多肽(例如融合多肽)和治疗性抗体(例如抗PD1抗体(派姆单抗)、抗HER2抗体(曲妥珠单抗)或抗CD20抗体 (利妥昔单抗))的给药时间表一致的日子，依次施用多肽和治疗性抗体。在一些实施方案中，多肽(例如融合多肽)在治疗性抗体之前(例如之前约30分钟) 施用。在一些实施方案中，在错过多肽剂量的情况下，治疗性抗体在错过剂量后约24小时施用。
在一些实施方案中，患有NSCLC、HNSCC、胃癌或GEJ癌的个体对本文提供的治疗方法的治疗反应根据以下评估：RECIST 1.1版标准，例如如T herasse等人(2000)J.NatlCancer Inst.92:205-216；Eisenhauer等人(200 9)Eur J.Cancer.45:229-247所述，来源于RECIST 1.1的免疫相关反应标准(irRECIST)，例如，如改编自Nishino,等人(2013)“Developing a Commo n Language for Tumor Response to Immunotherapy:Immune-Related Respo nse Criteria Using Unidimensional Measurements.”Clinical CancerResearch 19(14):3936–43。在一些实施方案中，患有侵袭性淋巴瘤(例如侵袭性NHL 如DLBCL或MCL)的个体对本文提供的治疗方法的治疗反应根据以下评估： Lugano标准，例如如Cheson等人(2014)“Recommendations for Initial Eva luation,Staging andResponse Assessment of Hodgkin and Non-Hodgkin L ymphoma:The LuganoClassification.”J.Clin Oncol.32:3059-3067中所述。在一些实施方案中，根据Lugano标准(参见Cheson等人2014)评估患有惰性淋巴瘤(例如惰性NHL，诸如FL或MZL)的个体对于本文提供的治疗方法的治疗反应。
在一些实施方案中，接受HNSCC、NSCLC、胃癌或GEJ癌治疗的个体具有至少一个如RECIST 1.1版标准所定义的可测量病变，例如如Therasse 等人(2000)J.Natl CancerInst.92:205-216；Eisenhauer等人(2009)Eur J. Cancer.45:229-247中所述。在一些实施方案中，接受淋巴瘤(例如侵袭性淋巴瘤(例如DLBCL或MCL)或惰性淋巴瘤(例如FL或MZL)的治疗的个体具有至少一个由Lugano标准定义的可测量病变，例如如Cheson等人(2014)“Recommendations for Initial Evaluation,Staging and Response Assessment ofHodgkin and Non-Hodgkin Lymphoma:The Lugano Classification.”J.Clin Oncol.32:3059-3067中所述。
在一些实施方案中，接受根据本文方法的治疗的个体具有充足的骨髓功能、肾功能、肝功能和心脏功能。在一些实施方案中，个体具有0或1的东部合作肿瘤学组(ECOG)体力状态(PS)评分(参见例如 www(dot)npcrc(dot)org/files/news/ECOG)_performance_status(dot)pdf)。在一些实施方案中，个体不患有需要类固醇的症状性中枢神经系统(CNS)转移或软脑膜疾病。在一些实施方案中，接受根据本文方法的肺癌治疗的个体(例如NSCLC)不患有ALK或EGFR基因组肿瘤畸变。在一些实施方案中，接受根据本文方法的治疗的个体不具有需要类固醇的(非感染性)肺炎史或目前患有肺炎。在一些实施方案中，接受根据本文方法的治疗的个体不患有高级别淋巴瘤(例如，伯基特淋巴瘤、淋巴母细胞淋巴瘤或里氏转化)、慢性淋巴细胞性白血病或浆细胞白血病。在一些实施方案中，个体未经历需要同种异体干细胞拯救的高剂量化疗。在一些实施方案中，根据本文的方法接受肺癌(例如，NSCLC)、头颈癌(例如，HNSCC)或胃癌/GEJ癌(例如，HER2阳性胃腺癌/GEJ 腺癌)治疗的个体先前未经历对>25％骨髓的辐射。在一些实施方案中，个体在治疗开始的2周内未接受放射疗法。在一些实施方案中，个体未接受先前用任何抗CD47或抗SIRPα药剂的治疗。在一些实施方案中，个体在治疗开始的4周内未接受全身性抗癌疗法(对于丝裂霉素C或亚硝基脲为6周)。在一些实施方案中，个体对抗体或输注的治疗性蛋白质或包含治疗性蛋白质的制剂中的任何赋形剂没有不耐受或没有严重过敏或过敏反应。在一些实施方案中，个体并未因先前用抗PD-1、抗PD-L1或抗PD-L2药剂或用旨在调节另一免疫细胞靶标(例如CTLA-1、OX40、41BB等)的疗法产生的3级或更高级免疫相关不良事件(AE)而中断治疗。在一些实施方案中，个体未接受实验抗体或活疫苗(例如包括但不限于麻疹、腮腺炎、风疹、水痘/带状疱疹、黄热病、狂犬病、卡介苗(BCG)、伤寒和鼻内流感疫苗)。在一些实施方案中，个体没有经历当前用于初步诊断的积极疗法(例如肺癌(NSCLC)、头颈癌 (HNSCC)、胃癌/GEJ癌(HER2阳性胃/GEJ腺癌)、侵袭性淋巴瘤(原发性 DLBCL或转化的DLBCL或套细胞淋巴瘤)或惰性淋巴瘤(例如惰性NHL，诸如边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)。在一些实施方案中，个体在治疗开始的 14天内没有接受血液产品输注。在一些实施方案中，个体没有活动性自身免疫性病症(包括但不限于例如克罗恩病、类风湿性关节炎、硬皮病、系统性红斑狼疮、格雷夫病、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性血小板减少症) 和损及或损害免疫系统的其他病症(低丙球蛋白血症除外)的病史。在一些实施方案中，个体不患有活动的、不受控制的、临床上显著的细菌、真菌或病毒感染，包括乙型肝炎(HBV)、丙型肝炎(HCV)、已知的人免疫缺陷病毒(HIV) 或获得性免疫缺陷综合征(AIDS)相关的疾病。在一些实施方案中，个体不患有活动性移植物抗宿主病(GVHD)或未经历对GVHD的免疫抑制疗法。在一些实施方案中，个体在先前的12个月内没有以下中的任一项：心肌梗死、严重/不稳定型心绞痛、冠状动脉/外周动脉旁路移植术、症状性充血性心力衰竭、脑血管意外、短暂性脑缺血发作、深静脉血栓形成或症状性肺栓塞。在一些实施方案中，个体在治疗开始之前的最近3年内未被诊断出任何其他恶性肿瘤，除了例如已经经历潜在治愈性疗法的充分治疗的非黑色素瘤皮肤癌或原位癌(例如乳腺癌、原位宫颈癌)。
试剂盒和制品
在本发明的另一实施方案中，提供了一种包含多肽(例如，本文所述的融合多肽)的制品或试剂盒，所述多肽包含SIRPα D1结构域变体和Fc结构域变体。在一些实施方案中，SIRPα D1结构域变体包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:85。在一些实施方案中，Fc结构域变体是(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；(iii)包含S228P、E233P、 F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的 EU索引；或(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A 突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。在一些实施方案中，Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽包含SEQ IDNO:135或SEQ ID NO:136的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽形成同源二聚体。在一些实施方案中，试剂盒或制品根据本文提供的治疗方法使用。
在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含抗PD1抗体。在一些实施方案中，抗PD1抗体是派姆单抗。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有根据本文的方法使用多肽(例如融合多肽)联合抗PD1抗体(例如派姆单抗)来治疗个体的肺癌(例如NSCLC，包括转移性NSCLC)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如融合多肽)联合抗PD1抗体(例如派姆单抗)来治疗个体的肺癌(例如NSCLC，包括转移性NSCLC)或延迟其进展的说明书，所述个体已接受先前对NSCLC的疗法。在一些实施方案中，个体在先前对肺癌的疗法(例如，先前的免疫检查点抑制剂疗法)期间(或之后)已经进展(例如，证实的疾病进展)。在一些实施方案中，个体具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有根据本文的方法使用多肽(例如融合多肽)联合抗PD1抗体(例如派姆单抗)来治疗个体的HNSCC或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如，融合多肽)联合抗PD1抗体(例如，派姆单抗)来治疗已经接受先前的免疫检查点抑制剂疗法(例如，针对HNSCC)的个体的HNSCC 或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如，融合多肽)联合抗PD1抗体(例如，派姆单抗)来治疗未接受先前的免疫检查点抑制剂疗法(例如，针对HNSCC)的个体的HNSCC 或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如融合多肽)联合抗PD1抗体(例如派姆单抗)来治疗个体的头颈癌(例如HNSCC，包括转移性HNSCC)或延迟其进展的说明书，所述个体在先前的铂疗法(例如含铂疗法)中(或之后)已经进展(例如证实的疾病进展)。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于通过IV输注以200mg的剂量每3周一次(Q3W)施用派姆单抗的说明书。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于通过IV输注以10mg/kg的剂量每周一次(QW)施用多肽 (例如融合多肽)的说明书。
在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含抗HER2抗体。在一些实施方案中，抗HER2抗体是曲妥珠单抗。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有根据本文提供的方法使用多肽(例如融合多肽)联合抗HER2 抗体(例如曲妥珠单抗)来治疗个体的HER2阳性胃癌或HER2阳性GEJ癌(例如HER2阳性胃腺癌或HER2阳性GEJ腺癌)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如融合多肽) 联合抗HER2抗体(例如曲妥珠单抗)来治疗个体的HER2阳性胃癌或HER2 阳性GEJ癌(例如HER2阳性胃腺癌或HER2阳性GEJ腺癌)或延迟其进展的说明书，所述个体在先前对胃癌或GEJ癌的疗法中(或之后)已经进展(例如证实的疾病进展)。在一些实施方案中，先前的疗法包含抗HER2抗体和/或先前的基于氟嘧啶的疗法。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于经由静脉输注每三周一次(q3W)施用曲妥珠单抗的说明书，其中曲妥珠单抗的初始剂量为8mg/kg，并且曲妥珠单抗的每个随后剂量(即，在初始剂量之后) 为6mg/kg。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于通过IV输注以10 mg/kg的剂量每周一次(QW)施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含抗CD20抗体。在一些实施方案中，抗CD20抗体是利妥昔单抗。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有根据本文的方法使用多肽(例如融合多肽)联合抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)来治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤或“NHL”(例如，原发性DLBCL或转化的DLBCL、或套细胞淋巴瘤)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如融合多肽)联合抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)来治疗对于先前对侵袭性NHL的疗法(例如先前标准疗法/治愈性疗法)已复发或难治性的个体或没有可用的侵袭性NHL疗法(例如治愈性疗法)的个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤或“NHL” (例如原发性DLBCL或转化的DLBCL、或套细胞淋巴瘤)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有根据本文的方法使用多肽(例如融合多肽)联合抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)来治疗个体的惰性淋巴瘤(例如惰性NHL，诸如边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒包含包装插页或标签，其具有使用多肽(例如融合多肽)联合抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)来治疗对于先前对惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)的疗法(例如先前标准疗法，例如治愈性疗法) 已复发或难治性的个体或没有可用的惰性淋巴瘤(例如惰性NHL)疗法(例如治愈性疗法)的个体的惰性淋巴瘤(例如惰性NHL，诸如边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤)或延迟其进展的说明书。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于在治疗的前四周(例如，28天)以375mg/m2的剂量每周一次(例如，每7 天一次或“qw”)向个体施用利妥昔单抗，然后在前四次剂量后以375mg/m2的剂量每四周一次(例如，每28天一次或“q4w”)向个体施用利妥昔单抗最多四次额外剂量，或在前四次剂量后施用最多8次额外剂量的说明书。在一些实施方案中，试剂盒或制品还包含用于通过IV输注以10mg/kg或15mg/kg 的剂量每周一次(QW)施用多肽(例如融合多肽)的说明书。
在本文提供的任一试剂盒或制品的一些实施方案中，多肽(例如融合多肽) 和治疗性抗体(例如派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗)在同一容器或分开的容器中。合适的容器包括例如瓶、小瓶、袋和注射器。容器可以由各种材料形成，诸如玻璃、塑料(诸如聚氯乙烯或聚烯烃)或金属合金(诸如不锈钢或哈氏合金)。在一些实施方案中，容器包含制剂以及保持在容器上或与容器相关联可指示使用说明的标签。制品或试剂盒还可包括从商业和用户观点来看期望的其他材料，包括其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针、注射器和具有使用说明书的包装插页。在一些实施方案中，制品还包含一种或多种其他药剂 (例如化疗剂和抗肿瘤剂)。用于一种或多种药剂的合适容器包括例如瓶、小瓶、袋和注射器。
本说明书被认为足以使本领域技术人员能够实施本发明。除了在此示出和描述的那些之外，根据前面的描述，本发明的各种修改对于本领域技术人员将变得显而易见，并且落入所附权利要求的范围内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请出于所有目的通过引用整体并入本文。
实施例
实施例1:药物A与确定的抗癌抗体组合在晚期恶性肿瘤患者中的1期研究。
本实施例描述了评价药物A与派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合用于晚期恶性肿瘤患者的安全性、功效、药效学(PD)和药代动力学(PK)的1 期临床研究。药物A是由高亲和力CD47结合SIRPα D1结构域变体与经修饰以消除与Fcγ受体的结合的人免疫球蛋白Fc结构域变体融合组成的融合蛋白(图1)。
研究目的
主要目的
本研究的主要目的是评价每周一次和/或每2周一次与派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合施用的药物A在患有晚期恶性肿瘤(包括非小细胞肺癌(NSCLC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、HER2过表达胃癌和非霍奇金淋巴瘤(NHL))的患者中的安全性和耐受性。
次要目的
本研究的次要目的是：
·评价药物A与抗癌治疗剂组合在晚期恶性肿瘤患者中的抗肿瘤作用。
·评价药物A与其他抗癌治疗剂组合的总体安全性。
·表征药物A与抗癌治疗剂组合的最大耐受剂量(MTD)/最佳生物剂量 (OBD)。
·表征药物A与抗癌治疗剂派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合的单剂量和多剂量药代动力学。
·评价药物A的免疫原性。
探索性目的
本研究的探索性目的是探索药物A与抗癌治疗剂组合在晚期恶性肿瘤患者中的药效学作用。
患者
入选标准
所有患者均符合研究剂量递增阶段的以下标准：
·晚期/转移性实体瘤恶性肿瘤或复发性/难治性CD20+B细胞非霍奇金淋巴瘤的组织学或细胞学诊断：
ο对标准疗法具有抗性或没有可用的治愈性疗法；或
ο满足下述剂量扩展的任何标准(a-d)
·病变可以是可测量的或不可测量的。
所有患者均符合研究剂量扩展阶段的以下标准：
a)在先前的检查点疗法中进展的局部晚期或转移性NSCLC(TPS≥1％)，或因转移性疾病接受全身疗法后进展的局部晚期或转移性NSCLC (TPS<50％)；患者适合使用派姆单抗治疗；或
b)在含铂化疗中或之后疾病进展的复发性或转移性HNSCC，并且适合用派姆单抗治疗；或
c)HER2过表达转移性胃腺癌或胃食管连接部(GEJ)腺癌，其在对其转移性疾病的用含氟嘧啶的方案的全身疗法和/或用抗HER2抗体的疗法后进展，并且适于用曲妥珠单抗治疗；
d)复发性或难治性、原发性或转化的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL) 或套细胞淋巴瘤，无可用的治愈性疗法；或惰性淋巴瘤(边缘区、滤泡)，对标准批准的治疗是复发性的或难治性的。
·患者具有至少一个根据RECIST 1.1版或Lugano标准(2014)定义的可测量病变。
此外，所有患者均符合以下标准：
·充足的骨髓功能，包括：
ο绝对嗜中性粒细胞计数(ANC)≥1,500/mm3(≥1.5x109/L)；仅非霍奇金淋巴瘤，ANC≥1,000/mm3(≥1.0x109/L)；
ο血小板≥75,000/mm3(≥75x109/L)；仅非霍奇金淋巴瘤：血小板≥50,000/mm3(≥50x109/L)；
ο血红蛋白≥9g/dL(≥90g/L)；仅非霍奇金淋巴瘤：血红蛋白≥8g/dL(≥80 g/L)。
·充足的肾功能，包括：
ο血清肌酐≤1.5x正常上限(ULN)或估计肌酐清除率≥60mL/min，使用该机构的方法标准计算。
·充足的肝功能，包括：
ο总血清胆红素≤1.5x ULN(如果患者有记录的吉尔伯特综合征，≤3.0x ULN)；
ο天冬氨酸和丙氨酸转氨酶(AST和ALT)≤3.0x ULN；如果肿瘤继发肝脏受累，≤5.0x ULN；
ο碱性磷酸酶≤2.5x ULN(如果骨或肝转移，≤5.0x ULN)。
·QT间期校正的心率Fridericia(QTcF)间期≤480msec(基于一式三份 ECG的平均值)。
·年龄≥18岁。
·东部肿瘤合作组(ECOG)体力状态(PS)为0或1。
·消除了任何先前疗法对基线严重度或≤1级(NCI CTCAE v.4.03)的急性影响，但研究者判断不构成安全风险的AE除外。
·进入研究前可用的存档(或新鲜)转移性活检样品(仅扩展阶段)。
·筛查时血清妊娠试验(针对育龄女性)呈阴性。
排除标准
本研究未纳入具有以下任何特征的患者：
·患有需要类固醇的已知症状性CNS转移或软脑膜疾病的患者。如果先前诊断出脑转移的患者在进入研究前完成了治疗并从放射治疗或手术的急性作用中恢复过来，对于这些转移瘤中断皮质类固醇治疗并且在临床上对于抗惊厥药稳定至少4周并且在入组前神经系统稳定，则符合条件。
·患有ALK或EGFR基因组肿瘤畸变的患者(NSCLC，仅限第2部分扩展)，或任何有(非感染性)肺炎病史且需要类固醇或目前患有肺炎的患者。
·患有高级别淋巴瘤(包括伯基特淋巴瘤、淋巴母细胞淋巴瘤、里氏转化)、CLL或浆细胞白血病的患者
·需要同种异体干细胞拯救的先前高剂量化疗。
·先前对>25％的骨髓(仅限非淋巴瘤患者)的放射或在研究治疗开始2周内接受先前放射疗法的任何患者。注意：参与者必须已从所有辐射相关毒性中恢复，不需要皮质类固醇，且未患有放射性肺炎。允许对非CNS疾病的姑息性放射(≤2周的放射治疗)进行1周的清除。
·先前用任何抗CD47或抗SIRPα药剂治疗。
·在研究治疗开始的4周内进行全身抗癌疗法(对于丝裂霉素C或亚硝基脲为6周)。如果在4周内给予全身抗癌疗法，如果药物的4-5倍消除半衰期已经过去，则患者入选。
·先前用以下的治疗(仅限扩展阶段)：
οPD-1或PD-L1抑制剂(NSCLC；HNSCC)，用于在开始的8周内疾病进展的转移性疾病。
ο曲妥珠单抗(胃癌/GEJ癌)，用于以疾病进展为最佳反应的转移性疾病。
·对抗体或输注的治疗性蛋白不耐受或有严重过敏或过敏反应的患者，或对研究药物中包含的任一物质(包括赋形剂)有严重过敏或过敏反应的患者；或由于先前用抗PD-1、抗PD-L1或抗PD-L2药剂或旨在调节另一免疫细胞靶标(例如CTLA-1、OX40、41BB等)的药剂的疗法而产生的3级或更高级免疫相关AE而中断治疗的患者。
·在研究药物第一剂量前最后28天内进行任何实验抗体或活疫苗。不允许使用减毒活疫苗。
·用于初步诊断的当前主动治疗。
·在第1周期第1天的14天内输注血液产品。
·自身免疫性病症(或活动性)(包括但不限于：克罗恩病、类风湿性关节炎、硬皮病、系统性红斑狼疮、格雷夫病)和损及或损害免疫系统的其他病症 (低丙球蛋白血症除外)的病史。
·自身免疫性溶血性贫血或自身免疫性血小板减少症的病史。
·患有活动的、不受控制的、临床上显著的细菌、真菌或病毒感染，包括乙型肝炎(HBV)、丙型肝炎(HCV)、已知的人免疫缺陷病毒(HIV)或获得性免疫缺陷综合征(AIDS)相关的疾病的患者。
·患有活动性移植物抗宿主病(GVHD)或正经历对于GVHD的免疫抑制的患者。
·在先前的12个月内出现以下中的任一项：心肌梗死、严重/不稳定型心绞痛、冠状动脉/外周动脉旁路移植术、症状性充血性心力衰竭、脑血管意外、短暂性脑缺血发作、深静脉血栓形成或症状性肺栓塞。
·在另一介入治疗性临床研究中进行当前主动治疗。
·在入组前的过去3年内诊断出任何其他恶性肿瘤，除了经历潜在治愈性疗法的充分治疗的非黑色素瘤皮肤癌或原位癌(例如，乳腺癌、原位宫颈癌)。
·其他严重的急性或慢性医学或精神病学病症，包括近期(过去一年内) 或主动自杀意念或行为，或实验室异常，其增加了与研究参与或研究产品施用相关的风险或干扰了研究结果的解释，并且在研究者的判断下，使患者不适于进入本研究。
·未使用高效避孕措施或未同意在最后一剂研究产品后至少90天内继续使用高效避孕措施的育龄男性和女性。
·妊娠或哺乳患者。
研究治疗
如图2所示，本研究具有三个治疗组(药物A+派姆单抗；药物A+曲妥珠单抗；药物A+利妥昔单抗)。所述研究包括初始剂量递增部分，随后是剂量扩展部分。每次剂量递增组约有12名晚期恶性肿瘤患者。每个扩展组在多个地点约有20-40名患者。
药物A每周一次(或每2周一次)以IV输注的形式在门诊病人的基础上施用约60分钟。使用输注泵是优选的施用方法，以确保研究产品的准确递送，但允许重力滴注。
药物A在100mg/5mL或400mg/20mL 1型透明玻璃小瓶中提供，用 20mm特氟隆涂覆的橡胶血清塞和防篡改铝密封件密封。每个单次使用小瓶递送100mg药物A(5mL)或400mg药物A(20mL)并且旨在用于静脉(IV) 施用。
周期定义为从第1天给药到下一个第1天给药的时间。如果没有治疗延迟，则每周一次给药的周期为21天，每2周一次给药的周期为28天。
所有试验治疗均在门诊病人的基础上施用。在第1周期第1天(C1D1) 输注药物A后，在门诊观察患者至少2小时，并且此后如临床上指示。
不需要药物A的预先用药。遵循派姆单抗、曲妥珠单抗和利妥昔单抗组合疗法包装插页中的指南。
在剂量递增和扩展阶段，根据标签说明书施用组合伴侣疗法：
ο曲妥珠单抗：初始剂量为8mg/kg，在90分钟内静脉输注施用，然后每3周一次在30至90分钟内静脉输注(IV)施用6mg/kg。
ο派姆单抗：每3周一次30分钟内静脉输注施用200mg IV，长达24 个月。
ο利妥昔单抗：375mg/m2，每周一次静脉输注施用4次剂量，接着每月一次，共8次剂量(以50mg/hr的速率开始并且每30分钟增加50mg/hr增量，在没有输注毒性的情况下达到最大400mg/hr)。如果对于利妥昔单抗的第一次输注是耐受的，则随后的输注以100mg/hr的速率开始，并以30分钟的间隔增加100mg/hr增量，在没有毒性的情况下达到最大400mg/hr。
在给药时间表一致的施用日，组合伴侣在药物A疗法结束后约30分钟开始。在此类施用日，如果由于毒性而错过药物A的剂量，则伴侣药物在错过剂量后24小时施用。在永久中断药物A的情况下，则患者中断研究的治疗阶段。在永久中断伴侣药物的情况下，如果根据研究者的意见，患者从药物A中获得临床益处，则患者持续单一药剂药物A长达24个月。
剂量递增组分
对于药物A，考虑到所观察到的药物A单一药剂剂量限制毒性(DLT)特征和所提出的组合药剂的已知安全性特征(表A)，初始剂量递增组分始于低于单一药剂最大耐受剂量(MTD)或最大施用剂量(MAD)的一个剂量水平(每个剂量水平3-6名患者)。如果药物A剂量在组合中是安全的和耐受良好的，则将药物A的剂量水平增加至组合药物的MTD或MAD。
未达到药物A作为单一药剂的MTD。作为单一药剂的药物A的MAD 为30mg/kg，每隔一周一次(QOW或Q2W)IV施用。
表A.药物A的剂量递增。
队列 剂量mg/kg 施用途径 给药频率
1 0.3 IV 每周一次
2 1.0 IV 每周一次
3 3.0 IV 每周一次
4 10.0 IV 每周一次
5 30.0 IV 每2周一次
扩展阶段
药物A作为静脉(IV)输注以10mg/kg的剂量每周一次(QW)在门诊病人基础上施用约60分钟。
在扩展阶段，如上所述，根据其标签说明书施用组合伴侣疗法。
药物A+派姆单抗扩展组包括多达20名转移性NSCLC患者和多达20名复发性或转移性头颈部鳞状细胞癌患者。
药物A+曲妥珠单抗扩展组包括多达20名HER2过表达(HER2阳性)胃癌患者。
药物A+利妥昔单抗扩展组包括约10名复发性或难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和约10名惰性淋巴瘤患者。
每名患者接受药物A直至疾病进展、不可接受的毒性、撤回同意或研究终止。如果根据研究者的估计，患者从研究治疗中获得临床益处，则患者在放射学进展后接受研究治疗。
功效分析
在ITT群体和可评价群体中分析总体反应率(ORR)、疾病控制率(DCR)、反应持续时间(DoR)、无进展存活(PFS)和总体存活(OS)。
使用实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1版对实体瘤评估客观肿瘤反应。肿瘤评估包括所有已知或疑似疾病部位。成像包括乳腺、腹部和骨盆CT或 MRI扫描；已知或疑似脑转移患者的脑CT或MRI扫描；已知或疑似骨转移患者的骨扫描和/或骨X光检查。此外，对于淋巴瘤患者，测试包括PET扫描和骨髓评价。在以下肿瘤评估中使用了用于表征基线时每个识别和报告的病变的相同成像技术。
通过在基线时、在治疗期间、每当疑似疾病进展(例如，症状恶化)时和在退出研究时(如果在前6周内未进行)进行的放射学肿瘤评估来评估抗肿瘤活性。
使用RECIST 1.1版或在相关的情况下使用Lugano标准(Cheson等人,J.Clin.Oncol(2014)32:27:3059-3068.)对反应进行评估。
肿瘤大小的变化被分类为完全反应(CR)、部分反应(PR)、稳定疾病(SD) 或进展性疾病(PD)，后者包括新病变的出现。在扩展队列中，使用免疫相关 RECIST 1.1进行二次分析。为便于二次分析，在扩展队列中，仅收集了所有靶病变和新的可测量病变的直径(非结节病变最长直径，结节病变最短直径)。此外，在扩展队列中，需要从首次记录日期起至少4周通过成像确认进展和反应。
PK/PD和生物标记物分析
使用验证的方法测量药物A的药物浓度。使用验证的配体结合ELISA 分析药物A血清浓度。使用标准非区室方法从各自的浓度-时间数据确定PK 参数。实际样品收集时间用于参数计算。对于药物A，计算PK参数，包括最大浓度(Cmax)、达到最大浓度的时间(Tmax)、浓度-时间曲线下面积(AUClast， AUCinf和/或AUCτ)。适当时，计算其他PK参数，包括清除率(CL)、分布体积(Vz)、终末消除半衰期(t1/2)和累积比(Rac)。
进行PK/PD分析以使用适当的基于模型的方法来探索暴露-反应关系以辅助OBD确定。药效学数据(受体占据和免疫表型)通过时间和剂量以图形方式和描述性统计进行总结。
探索使用适当的基于模型的方法的PK/PD分析以更好地理解暴露-反应关系。分析给药前和给药后的CD47靶占据水平，并进行循环白细胞群体的免疫表型分析。通过流式细胞术测量外周血T淋巴细胞和红细胞中的CD47 靶标占据。分析治疗前后肿瘤活检组织中浸润的白细胞群体和免疫调节分子，以及治疗前后血清中的特异性细胞因子和趋化因子。在治疗前后进行外周血和肿瘤活检样品中的探索性分子分析(包括但不限于另外的免疫标记物)。
通过免疫组织化学(IHC)测定测量肿瘤组织上的CD8、CD68、CD163和 PD-L1。通过图像分析获得CD8、CD68和CD163的阳性百分比值。PD-L1(克隆22C3)肿瘤比例评分(TPS)和联合阳性评分(CPS)通过病理学家审查获得。使用HERCEPTESTTM测定HER2水平。使用NANOSTRING IO360TM表达套组评估来自成对肿瘤活检的RNA表达。使用NANOSTRINGnSOLVERTM分析软件进行使用预定义基因特征的细胞类型丰度和途径谱分析。
在基线访视时收集血液样品并保留用于与药物反应相关的药物基因组学分析。例如，检查SIRPα基因多态性、推定的安全性生物标记物、药物代谢酶基因、药物转运蛋白基因或被认为与药物作用机制相关的基因。
结果
患者特征
本研究入组了八十二名晚期实体瘤恶性肿瘤患者。患者基线特征提供于表B中。
表B.患者基线特征
Figure BDA0003440597580001411
安全性
药物A与曲妥珠单抗或派姆单抗组合耐受良好，并且大多数治疗相关不良事件(TRAE)具有低等级和频率。表C中提供了药物A+曲妥珠单抗组合在两名或更多名患者中发生的治疗相关不良事件，并且表D中提供了药物A +派姆单抗组合。药物A+曲妥珠单抗组合中最常见的TRAE是疲劳(26.7％)。药物A+派姆单抗组合最常见的TRAE是AST增加(15.4％)。
表C.在使用药物A+曲妥珠单抗组合治疗的两名或更多名患者中发生的治疗相关不良事件。
Figure BDA0003440597580001412
Figure BDA0003440597580001421
表D.在使用药物A+派姆单抗组合治疗的两名或更多名患者中发生的治疗相关不良事件。
Figure BDA0003440597580001422
3级严重度的TRAE为低频率。在药物A+曲妥珠单抗组合中，报告了一起发热性中性粒细胞减少症的治疗相关严重不良事件。在药物A+派姆单抗组合中，报告了三起治疗相关严重不良事件：一起自身免疫性溶血性贫血，一起发热性中性粒细胞减少症和一起中性粒细胞减少症。
功效
剂量递增
剂量递增组分共有22名患者。在药物A+曲妥珠单抗组合队列(n＝10)中， 8名可评估患者中，3名表现出稳定疾病(SD)(2名患者患有乳腺癌，1名患者患有GEJ)。在药物A+派姆单抗组合队列(n＝12)中，10名可评估患者中，1 名表现出部分反应(PR)(CPI难治性NSCLC)，并且3名表现出稳定疾病(1名患者患有阑尾癌，2名患者患有NSCLC)。
剂量扩展
剂量扩展阶段总共有60名患者。
患有HER2阳性胃癌/GEJ癌的药物A+曲妥珠单抗组合队列(n＝20)：在 18名可评估患者中，4名表现出部分反应(已证实)，并且5名表现出稳定疾病。图3A提供了疾病评估相对于基线的变化百分比。ORR为22％，DCR 为28％，并且mPFS为2.2个月。图3B提供了研究期间每名患者的疾病评估相对于基线的变化百分比。图3C提供了该队列中入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人, EuropeanJournal of Cancer 45(2009)228–247。)
患有HNSCC的药物A+派姆单抗组合队列(n＝20)：在19名可评估患者中，3名表现出部分反应(2名证实，1名未证实)，并且6名表现出稳定疾病。图4A提供了疾病评估相对于基线的变化百分比。所有患者的ORR为16％，并且未经历检查点疗法的患者的ORR为30％；所有患者的DCR为26％，未经历检查点疗法的患者的DCR为30％；并且所有患者的mPFS为2.1个月。此外，报告每个患者的PD-L1染色的组合阳性评分(CPS)。图4B提供了研究期间每名患者的疾病评估相对于基线的变化百分比。图4C提供了该队列中入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人,European Journalof Cancer 45(2009)228–247。)
患有NSCLC的药物A+派姆单抗组合队列(n＝20)：在18名可评估患者中，8名表现出稳定疾病。图5A提供了疾病评估相对于基线的变化百分比。疾病控制率(DCR)为17％，并且mPFS为2个月。此外，报告每个患者的PD-L1 染色的肿瘤比例评分(TPS)。图5B提供了研究期间每名患者的疾病评估相对于基线的变化百分比。图5C提供了该队列中入组患者的治疗持续时间。根据实体瘤反应评价标准(RECIST)1.1版评估肿瘤(E.A.Eisenhauer等人,European Journal of Cancer 45(2009)228–247。)
药代动力学
来自组合队列药物A+曲妥珠单抗和药物A+派姆单抗的药物A PK观察在基于已建立的群体PK模型预测的95％区间内(Jin F.等人,(2018)Soc Immunotherpay of CancerConference,#P340)(图6A)。预测药物A(10mg/kg QW)的稳态半衰期为约16天。如图6B所示，在两个组合队列中，表达CD47 的CD4+T细胞上的接近完全的CD47靶标占据在整个药物A给药间隔期间得以维持。
抗肿瘤反应
如图7A所示，来自用药物A+派姆单抗治疗的5名NSCLC患者、用药物A+派姆单抗治疗的6名HNSCC患者和用药物A+曲妥珠单抗治疗的 1名胃癌患者的成对活检显示治疗后肿瘤相关巨噬细胞和浸润淋巴细胞增加。图7B(用药物A+派姆单抗治疗的NSCLC PD-L1(-)患者)和图7C(用药物A+派姆单抗治疗的HNSCC PD-L1(+)患者)中提供了显示治疗前和治疗期间CD68和CD8染色的个体患者的图像。CD68和CD163标记物表示巨噬细胞；CD8标记物表示T淋巴细胞。
结论
药物A与派姆单抗或曲妥珠单抗组合表现出具有有利的PK/PD特征的优异耐受性。在晚期NSCLC、HNSCC和胃/GEJ患者中观察到客观反应，包括对于先前的CPI和HER2靶向疗法复发性/难治性的疾病。
药物A(10mg/kg QW；摩尔当量20mg/kg抗体)与曲妥珠单抗或派姆单抗的标准方案组合耐受良好，具有有利的血液学安全性特征。
药物A与曲妥珠单抗组合在HER2阳性患者中显示出抗癌活性，这些患者在先前的HER2靶向疗法中已进展(例如，在先前的HER2靶向疗法中已进展的HER2阳性胃/GEJ肿瘤)。
药物A与派姆单抗组合在以下患者中显示抗癌活性：
·≥2L HNSCC，与派姆单抗单一药剂经历相比具有优势。
·NSCLC，包括对先前的检查点抑制剂疗法具有抗性/难治性的肿瘤。
药物A与曲妥珠单抗或派姆单抗组合显示抗体样PK和完全CD47靶标占据。
来自成对肿瘤活检的初步数据表明在药物A治疗后肿瘤内巨噬细胞和 CD8+T细胞增加。
总之，本实例中提供的数据证明了在患有晚期恶性肿瘤(包括非小细胞肺癌(NSCLC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、HER2过表达胃癌和非霍奇金淋巴瘤(NHL))的患者中，与派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合施用的药物A的功效和安全性。不希望受理论束缚，如图8所示，认为药物A，当与抗癌治疗性抗体诸如派姆单抗、曲妥珠单抗或利妥昔单抗组合施用时，使对癌症的先天和适应性免疫反应最大化。特别地，据信药物A：1)通过阻断CD47 增强癌细胞的巨噬细胞吞噬作用；2)增加炎性M1肿瘤相关巨噬细胞(TAM) 与抑制性M2 TAM的比率；和3)激活树突细胞(DC)并增强T细胞的交叉致敏。此外，据信药物A与抗癌抗体组合避免了与其他CD47靶向方法相关的剂量限制性毒性，同时使先天和适应性免疫反应最大化。
实施例2A:药物A与派姆单抗或曲妥珠单抗组合的1期研究的进一步安全性结果
如实施例1所述，52名实体瘤患者接受药物A与派姆单抗的组合，并且30名实体瘤患者接受药物A与曲妥珠单抗的组合。治疗相关不良反应 (TRAE)(包括疲劳、AST增加、血小板减少、ALT增加、贫血和/或瘙痒)低等级且频率低。
接受药物A+派姆单抗的患者中的35名(67.3％)和接受药物A+曲妥珠单抗的患者中的22名(73.3％)出现任意TRAE。接受药物A+派姆单抗的患者最常出现的TRAE是低等级天冬氨酸转氨酶(AST)增加(17.3％)，并且接受药物 A+曲妥珠单抗的患者最常出现的TRAE是低等级疲劳(30％)。严重度≥3级的 TRAE为低频率。参见下表E和F。
表E:接受药物A+曲妥珠单抗的患者中的TRAE
Figure BDA0003440597580001451
Figure BDA0003440597580001461
表F:接受药物A+派姆单抗的患者中的TRAE
不良事件 总计N(％) ≥3级
AST增加 9(17.3) –
ALT增加 7(13.5) 1(1.9)
疲劳 6(11.5) –
贫血 5(9.6) 1(1.9)
瘙痒 5(9.6) –
皮疹 5(9.6) –
输注反应 4(7.7) –
血小板减少 4(7.7) 2(3.8)
碱性磷酸酶增加 3(5.8) –
关节痛 3(5.8) –
发热 3(5.8) –
WBC减少 3(5.8) –
食欲下降 2(3.8) –
肌痛 2(3.8) –
恶心 2(3.8) –
中性粒细胞减少症 2(3.8) 1(1.9)
对于表E和F，RASH：皮疹、皮疹性黄斑皮疹、水疱皮疹、皮疹瘙痒性皮炎；血小板减少：血小板减少、血小板减少症；瘙痒：瘙痒、全身性瘙痒。
在接受药物A+派姆单抗的患者中报告了四起与治疗相关的严重不良事件(TRSAE)：1名患者出现自身免疫性溶血性贫血/全血细胞减少症；1名患者出现发热性中性粒细胞减少症；1名患者出现中性粒细胞减少症；1名患者出现周围神经病变。在接受药物A+曲妥珠单抗的患者中报告了一起 TRSAE。患者出现发热性中性粒细胞减少症。
药物A在临床施用的暴露范围(即，10mg/kg qw–30mg/kg qow)内显示有利的暴露-安全性关系，没有观察到暴露依赖性血细胞减少症。
实施例2B:≥2L头颈部鳞状细胞癌患者中药物A与派姆单抗组合的1 期研究的进一步结果
如实施例1所述，20名≥2L HNSCC患者接受药物A与派姆单抗组合。接受药物A+派姆单抗的所有患者(包括≥2L NSCLC患者，如下文实施例2C 中进一步详细描述的)的基线特征示于表G中。
表G:接受药物A+派姆单抗的所有患者*的基线特征
Figure BDA0003440597580001471
Figure BDA0003440597580001481
*患者包括患有≥2L HNSCC和≥2L NSCLC的那些患者(参见实施例2C)。
在反应可评价的患者中观察到HNSCC患者中的抗癌功效。临床活性基于研究者使用RECIST 1.1标准评估的反应(E.A.Eisenhauer,等人,European Journal of Cancer 45(2009)228–247)。在10名未经历检查点抑制剂的患者 (即，未接受先前的免疫检查点抑制剂治疗的患者)中，总体反应率(ORR)为 40％(95％CI：12.2，73.8)；中位PFS(mPFS)为4.61个月(95％CI：0.53； 7.53)，并且中位总体存活(mOS)未达到14.4个月中位随访期或17.9个月随访期。疾病控制率(DCR)为50％(95％CI：18.7：81.3)：4/10的未经历检查点抑制剂的患者实现了部分反应(“PR”)(2名证实)；2/10实现了稳定疾病 (“SD”)；4名证实了进展性疾病(“PD”)。反应持续时间(DOR)为4.31个月。在经历检查点抑制剂的10名患者(即，接受先前的免疫检查点抑制剂治疗的患者)中，ORR为0％；mPFS为2.0个月[95％CI：0.9；3.6]，并且mOS为7.4 个月(95％CI：3.1；NC)。经历检查点抑制剂的亚组中的3名患者实现了SD，并且7名患者证实了PD。参见图9A，其示出了药物A+派姆单抗组合在反应可评价的患者中的临床活性，和图9B，其示出了在用药物A和派姆单抗治疗的≥2L HNSCC患者中的最佳总体反应和反应持续时间。关于所有患者 (即，经历检查点抑制剂和未经历检查点抑制剂)的ORR、DCR、DOR、mPFS 和mOS的额外细节提供于图9A中。
在肿瘤活检中观察到完全的外周CD47靶标占据和增加的浸润免疫细胞。这些数据证实了药物A+派姆单抗组合治疗在未经历检查点抑制剂的晚期HNSCC患者(包括PD-L1阴性患者)中的临床活性。临床活性与历史对照 (即派姆单抗单一药剂经历)相比是有利的。初步生物标记物分析表明，CD47 和SIRPα基因表达和肿瘤浸润CD8+细胞CD68+细胞和CD163+细胞的基线水平与肿瘤反应无关，如通过靶病变大小相对于基线的变化％所测量的。
实施例2C:药物A与派姆单抗组合在先前的检查点抑制剂疗法中进展的≥2LNSCLC患者中的1期研究的进一步结果
如实施例1所述，20名≥2L NSCLC患者接受药物A与派姆单抗的组合。 17名在先前的检查点抑制剂疗法中已经进展，并且3名患者未经历检查点抑制剂。)接受药物A+派姆单抗的所有患者(包括正在治疗HNSCC的那些患者)的基线特征示于上表G中。NSCLC患者中的临床活性基于研究者使用 RECIST 1.1标准评估的反应。总体反应率(ORR)为5％(95％CI：0.1，24.9)， 1名患者实现了部分反应(PR)，9名患者实现了稳定疾病(SD)，10名患者证实了进展性疾病(PD)。实现PR的患者最初表现出进展性疾病，接着是稳定疾病和随后的部分反应。实现PR的患者的肿瘤比例评分为0％。疾病控制率 (DCR)为35％(95％CI：15.4，59.2)。中位无进展存活为2.01个月(95％CI： 1.88，5.56)，并且中位总体存活为9.11个月(95％CI：7.17，NC)。参见图10A，其示出了药物A+派姆单抗组合在反应可评价的≥2L NSCLC患者中的临床活性，和图10B，其示出了在用药物A和派姆单抗治疗的≥2L NSCLC患者中的最佳总体反应和反应持续时间。
这些数据证实了药物A+派姆单抗组合治疗在≥2L NSCLC患者中的临床活性，包括对先前的检查点抑制剂疗法具有抗性/难治性的那些患者。初步生物标记物分析表明，CD47和SIRPα基因表达和肿瘤浸润CD8+细胞CD68+细胞和CD163+细胞的基线水平与肿瘤反应无关，如通过靶病变大小相对于基线的变化％所测量。
实施例2D:药物A与曲妥珠单抗组合在≥2L HER2阳性胃癌/GEJ癌患者中的1期研究的进一步结果
如实施例1所述，25名≥2L HER2+胃癌或HER2+胃食管癌患者接受了药物A与曲妥珠单抗组合。接受药物A+曲妥珠单抗的所有患者的基线特征示于下表H中：
表H:基线特征
Figure BDA0003440597580001491
Figure BDA0003440597580001501
胃癌/GEJ癌患者中的临床活性基于研究者使用RECIST 1.1标准评估的反应。在反应可评价的患者中观察到抗癌功效。ORR为21.1％(95％CI：6.1， 45.6)，mPFS为2.2个月(95％CI：1.9；5.4)，mOS为11.5个月(95％CI：3.36； 14.0)。在19名反应可评价的患者中，4名实现了部分反应(3名证实)；5名实现了稳定疾病；并且10名证实了进展性疾病。疾病控制率(DCR)为26.3％ (95％CI：9.1，51.2)，并且反应持续时间为9.38个月。参见图11A，其示出了药物A+曲妥珠单抗组合在反应可评价的≥2L HER2+胃癌或≥2L HER2+GEJ 癌患者中的临床活性，和图9B，其示出了在用药物A和曲妥珠单抗治疗的≥2L HER2+胃癌或≥2L HER2+GEJ癌患者中的最佳总体反应和反应持续时间。
在肿瘤活检中观察到完全的外周CD47靶标占据和增加的浸润免疫细胞。这些数据证实了药物A+曲妥珠单抗组合治疗在患有HER2+胃癌或胃食管癌的患者中的临床活性，所述患者在先前的HER2靶向疗法中已经进展。临床活性与历史对照相比是有利的。初步生物标记物分析表明，CD47和 SIRPα基因表达和肿瘤浸润CD8+细胞CD68+细胞和CD163+细胞的基线水平与肿瘤反应无关，如通过靶病变大小相对于基线的变化％所测量。
实施例2E:药物A与利妥昔单抗组合在非霍奇金淋巴瘤患者中的1期研究的进一步结果
本实施例提供了药物A与利妥昔单抗组合的非霍奇金淋巴瘤(NHL)的侵袭性和惰性组织学的安全性和抗肿瘤活性的临床研究的进一步结果，如实施例1所述。
入组本研究的患者年龄≥18岁，并且患有复发性或难治性CD20阳性B 细胞NHL，对其没有可用的治愈性疗法，或者对标准批准的疗法是复发性或难治性的。要求患者具有充足的器官功能和血红蛋白≥8g/dL；绝对中性粒细胞计数≥1,000/mm3，并且血小板≥50,000/mm3。排除接受先前的任何抗CD47 或抗SIRPα药物治疗的患者。
患者接受药物A(10mg/kg QW或15mg/kg QW)与利妥昔单抗(375 mg/m2，每周4次剂量，随后每月一次，共8次剂量)的组合。安全性确认群体的主要终点为第一周期剂量限制性毒性(DLT)。在所有患者中评估肿瘤反应(使用NHL的Lugano工作组2014反应标准)、不良事件(使用NCI CTCAE v 4.03表征)、药代动力学(PK)和药效学(PD)标记物。
向33名NHL患者(23名男性，10名女性；中位先前疗法线＝3)施用药物 A与利妥昔单抗组合。向22名患者(11名患有弥漫性大B细胞淋巴瘤 (DLBCL)；4名患有套细胞淋巴瘤(MCL)；5名患有滤泡性淋巴瘤(FL)；以及 2名患有边缘区淋巴瘤(MZL))给予药物A10mg/kgQW+利妥昔单抗，并且向 11名患者(6名患有DLBCL；1名患有MCL；3名患有FL；以及1名患有MZL)给予药物A15mg/kg QW+利妥昔单抗。患者的基线特征在表I中示出，并且患者药物暴露和处置在表J中示出。
表I:对于NHL接受药物A+利妥昔单抗的患者的基线特征
Figure BDA0003440597580001521
表J:患者药物暴露和处置
Figure BDA0003440597580001522
^由于利妥昔单抗输注反应而中断；*由于疾病进展而死亡。
没有患者需要剂量减少，并且治疗中断的最常见原因是疾病进展。
药物A与利妥昔单抗组合耐受良好，并且大多数治疗相关不良事件(TRAE)具有低等级和低频率。二十六名(78.8％)患者出现任意不良事件。十五名(45.5％)患者出现任意TRAE。药物A与利妥昔单抗组合的最常见TRAE 为1-2级皮疹(18％)、疲劳(9％，n＝3)、贫血(6％，n＝2)、恶心(6％，n＝2)和中性粒细胞减少症(6％，n＝2)。TRAE≥3级严重度具有低频率(见表K)。未报告治疗相关严重不良事件。研究中有2例死亡，均由于疾病进展。
表K:治疗相关不良事件
不良事件 总计N(％) ≥3级
皮疹 6(18％) –
疲劳 3(9％) –
恶心 2(6％) –
中性粒细胞计数减少 2(6％) 2(6％)
贫血 2(6％) 1(3％)
未报告药物A剂量限制性毒性。未达到药物A与利妥昔单抗组合的最大耐受剂量(MTD)。药物A的最大施用剂量(即与利妥昔单抗组合施用)为15 mg/kg QW。在评价的药物A暴露范围内(10mg/kg QW-15mg/kg QW)没有观察到显著的暴露-血细胞减少症关系。
在患有复发性/难治性侵袭性组织学(即，DLBCL和MCL)和复发性/难治性惰性组织学(即，FL和MZL)的反应可评价患者中的所有组织学中观察到抗肿瘤活性。根据Lugano2014反应标准评价反应(参见Cheson等人(2014) “Recommendations for InitialEvaluation,Staging and Response Assessment of Hodgkin and Non-HodgkinLymphoma:The Lugano Classification.”J.Clin Oncol.32:3059-3067)。如表L和图12所示，用10mg/kg QW药物A+利妥昔单抗治疗的患者的总体反应率(ORR)为40.9％。3名患者(即一名患有套细胞淋巴瘤(MCL)、一名患有滤泡性淋巴瘤(FL)、以及一名患有MZL)实现了完全反应(CR)，6名患者(两名患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、两名患有 MCL、以及两名患有FL)实现了部分反应(PR)。6名患者(两名患有DLBCL、一名患有MCL、两名患有FL、以及一名患有MZL)证实了稳定疾病(SD)。用15mg/kg QW药物A+利妥昔单抗治疗的患者中的ORR为54.6％。2名患者(均患有FL)实现了CR。4名患者(一名患有MZL、两名患有DLBCL、一名患有MCL)实现了PR。1名患者(患有FL)证实了SD。参见下表L和图12。图13A提供了关于施用10mg/kg药物A+利妥昔单抗的患者的治疗持续时间的进一步细节，并且图13B提供了关于施用15mg/kg药物A+利妥昔单抗的患者的治疗持续时间的进一步细节。
表L:药物A+利妥昔单抗组合–反应可评价患者的临床活性
Figure BDA0003440597580001541
侵袭性＝复发性难治性DLBCL或复发性难治性套细胞淋巴瘤；惰性＝复发性难治性滤泡性淋巴瘤或复发性难治性边缘区淋巴瘤；ORR＝客观反应率 (完全反应+部分反应)；mDOR＝中位反应持续时间(月)；mPFS＝中位无进展存活(月)；m随访＝中位随访时间(月)；NC＝无法计算。
在所评价的暴露范围(10mg/kg QW-15mg/kg QW)内，与具有SD和PD 最佳反应的受试者相比，在CR和PR最佳反应的受试者中观察到药物A暴露增加。在整个给药间隔观察到有利的药物A药代动力学和CD47受体占据。
药物A与利妥昔单抗的标准方案的组合具有耐受良好，具有有利的血液学安全性，并且没有达到最大耐受剂量。最大施用剂量为15mg/kg QW(摩尔当量30mg/kg QW抗体)，在评价的暴露范围内未观察到暴露依赖性贫血、血小板减少症或中性粒细胞减少症。药物A与利妥昔单抗组合在复发性/难治性NHL患者中表现出具有持久反应的新兴抗癌活性，这些患者的肿瘤在先前的CD20靶向疗法中已经进展，这与历史对照相比是有利的。初步数据表明，药物A耐受良好，并且在反应者相对于非反应者中观察到较高的药物 A暴露。
除非明确指出相反，本文描述的每个实施方案可以与任何其他一个或多个实施方案组合。特别地，被指示为优选或有利的任何特征或实施方案可以与被指示为优选或有利的任何其他一个或多个特征或一个或多个实施方案组合，除非明确指出相反。
本申请中引用的所有参考文献通过引用明确地并入本文。
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Claims (58)

1.一种治疗个体的非小细胞肺癌(NSCLC)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗PD-1抗体
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述个体的NSCLC在先前的免疫检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述先前的检查点抑制剂疗法包含一种或多种选自由以下组成的组的药剂：纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、阿维单抗、德瓦鲁单抗和西米普利单抗。
4.一种治疗个体的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗PD-1抗体，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在先前的铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述个体接受了先前的免疫检查点抑制剂疗法。
6.如权利要求4所述的方法，其中所述个体未接受先前的免疫检查点抑制剂疗法。
7.如权利要求4-6中任一项所述的方法，其中所述先前的铂疗法包含一种或多种选自由以下组成的组的治疗剂：顺铂、卡铂和奥沙利铂。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述抗PD-1抗体是派姆单抗。
9.如权利要求8所述的方法，其中派姆单抗通过静脉(IV)输注每3周一次(Q3W)以200mg的剂量施用于所述个体。
10.一种治疗个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗HER2抗体，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的胃癌/GEJ癌在先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗和/或先前用抗HER2抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体是人。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述先前用基于氟嘧啶的疗法的治疗或所述先前用抗HER2抗体的治疗包含一种或多种选自由以下组成的组的治疗剂：曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、5-氟尿嘧啶、卡培他滨、玛格妥昔单抗和FOLFOX。
12.如权利要求10或11所述的方法，其中所述抗HER2抗体是曲妥珠单抗。
13.如权利要求12所述的方法，其中曲妥珠单抗以8mg/kg的初始剂量和对于每个后续剂量6mg/kg的剂量施用于所述个体，并且其中曲妥珠单抗通过IV输注每3周一次(Q3W)施用于所述个体。
14.一种治疗个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述侵袭性NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述DLBCL是原发性DLBCL或转化的DLBCL。
17.如权利要求14所述的方法，其中所述侵袭性NHL是套细胞淋巴瘤(MCL)。
18.如权利要求14-17中任一项所述的方法，其中所述先前对侵袭性NHL的治疗包括利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、吉西他滨、来那度胺、泼尼松、泼尼松龙、依托泊苷、丙卡巴肼、表柔比星、苯达莫司汀、顺铂、奥沙利铂、阿糖胞苷、异环磷酰胺、卡铂、地塞米松、美司钠、卡莫司汀、美法仑、甲强龙、甲基-乙二醛-双(脒基腙)、噻替派、甲氨蝶呤、依鲁替尼、奥比妥珠单抗、替沙来塞、阿卡他近、维布妥昔单抗及其组合。
19.一种治疗个体的惰性淋巴瘤的方法，其包括向所述个体施用有效量的(a)包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，和(b)抗CD20抗体，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性和/或难治性的，并且其中所述个体是人。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述惰性淋巴瘤是惰性非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
21.如权利要求20所述的方法，其中所述惰性NHL是边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤。
22.如权利要求19-21中任一项所述的方法，其中所述先前对惰性淋巴瘤的治疗包括环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、吉西他滨、来那度胺、泼尼松、泼尼松龙、依托泊苷、丙卡巴肼、表柔比星、苯达莫司汀、顺铂、奥沙利铂、阿糖胞苷、异环磷酰胺、卡铂、地塞米松、美司钠、卡莫司汀、美法仑、甲强龙、甲基-乙二醛-双(脒基腙)、噻替派、甲氨蝶呤、依鲁替尼、利妥昔单抗、奥比妥珠单抗、替沙来塞、阿卡他近、维布妥昔单抗、氟达拉滨、米托蒽醌、依维莫司、硼替佐米、那维克拉及其组合。
23.如权利要求14-22中任一项所述的方法，其中所述抗CD20抗体是利妥昔单抗。
24.如权利要求23所述的方法，其中利妥昔单抗通过IV输注以375mg/m2的剂量施用于所述个体，其中利妥昔单抗每周一次施用于所述个体，持续四周，并且此后每月一次。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ IDNO:85的氨基酸序列。
26.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ IDNOL:81的氨基酸序列。
27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述Fc结构域变体是包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。
29.如权利要求1-25和27-28中任一项所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:136的氨基酸序列。
30.如权利要求1-24和26-28中任一项所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列。
31.如权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽形成同源二聚体。
32.如权利要求1-31中任一项所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽以10mg/kg的剂量每周一次(QW)施用于所述个体。
33.如权利要求14-31中任一项所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽以15mg/kg的剂量每周一次(QW)施用于所述个体。
34.如权利要求32或33所述的方法，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽通过IV输注施用于所述个体。
35.一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与派姆单抗组合用于治疗有需要的个体的非小细胞肺癌(NSCLC)，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且其中所述个体是人。
36.如权利要求35所述的试剂盒，其中所述个体的NSCLC在先前的检查点抑制剂(CPI)疗法中已经进展和/或具有小于50％的PD-L1肿瘤比例评分(TPS)。
37.一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与派姆单抗组合用于治疗有需要的个体的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的HNSCC在先前的铂疗法中或在所述铂疗法后已经进展，并且其中所述个体是人。
38.如权利要求34-37中任一项所述的试剂盒，其还包括用于通过IV输注每3周一次(Q3W)以200mg的剂量施用派姆单抗的说明书。
39.一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与曲妥珠单抗组合用于治疗有需要的个体的HER2阳性胃癌/胃食管连接部(GEJ)癌，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的HER2阳性胃癌/GEJ癌在先前的基于氟嘧啶的疗法或先前用抗HER2抗体的治疗后已经进展，并且其中所述个体是人。
40.如权利要求39所述的试剂盒，其还包含用于以8mg/kg的初始剂量和对于每个后续剂量以6mg/kg的剂量施用曲妥珠单抗的说明书，并且其中曲妥珠单抗通过IV输注每3周一次(Q3W)施用于所述个体。
41.一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与利妥昔单抗组合用于治疗有需要的个体的侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的侵袭性NHL对于先前对侵袭性NHL的治疗是复发性和/或难治性的并且不存在可用的治愈性疗法，并且其中所述个体是人。
42.如权利要求41所述的试剂盒，其中所述侵袭性NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。
43.如权利要求42所述的试剂盒，其中所述DLBCL是原发性DLBCL或转化的DLBCL。
44.如权利要求41所述的试剂盒，其中所述侵袭性NHL是套细胞淋巴瘤。
45.一种试剂盒，其包含在药学上可接受的载剂中的包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽，所述试剂盒用于与利妥昔单抗组合用于治疗有需要的个体的惰性淋巴瘤，
其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的氨基酸序列；
其中所述Fc结构域变体是
(i)包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(ii)包含A330S、P331S和N297A突变的人IgG2 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；
(iii)包含S228P、E233P、F234V、L235A和delG236突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；或
(iv)包含S228P、E233P、F234V、L235A、delG236和N297A突变的人IgG4 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引；并且
其中所述个体的惰性淋巴瘤对于先前对惰性淋巴瘤的治疗是复发性或难治性的，并且其中所述个体是人。
46.如权利要求45所述的试剂盒，其中所述惰性淋巴瘤是惰性非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
47.如权利要求46所述的试剂盒，其中所述惰性NHL是边缘区淋巴瘤或滤泡性淋巴瘤。
48.如权利要求41-47中任一项所述的试剂盒，其还包含用于通过IV输注以375mg/m2的剂量施用利妥昔单抗的说明书，其中利妥昔单抗每周一次施用于所述个体，持续四周，并且此后每月一次。
49.如权利要求35-48中任一项所述的试剂盒，其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQID NO:85的氨基酸序列。
50.如权利要求35-48中任一项所述的试剂盒，其中所述SIRPαD1结构域变体包含SEQID NO:81的氨基酸序列。
51.如权利要求35-50中任一项所述的试剂盒，其中所述Fc结构域变体是包含L234A、L235A、G237A和N297A突变的人IgG1 Fc区，其中编号是根据Kabat的EU索引。
52.如权利要求51所述的试剂盒，其中所述Fc结构域变体包含SEQ ID NO:91的氨基酸序列。
53.如权利要求35-49和51中任一项所述的试剂盒，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:136的氨基酸序列。
54.如权利要求35-48和50-51中任一项所述的试剂盒，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽包含SEQ ID NO:135的氨基酸序列。
55.如权利要求35-53中任一项所述的试剂盒，其中所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽形成同源二聚体。
56.如权利要求35-54中任一项所述的试剂盒，其还包括用于以10mg/kg的剂量每周一次(QW)向所述个体施用所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽的说明书。
57.如权利要求41-54中任一项所述的试剂盒，其还包括用于以15mg/kg的剂量每周一次(QW)向所述个体施用所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽的说明书。
58.如权利要求55或56所述的试剂盒，其还包括用于通过IV输注向所述个体施用所述包含SIRPαD1结构域变体和Fc结构域变体的多肽的说明书。
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