CN113502336A - 一种鳜鱼耐低氧性状相关snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C。本发明公开的SNP位点与低氧胁迫下鳜鱼存活率显著相关，该SNP 1919位TT基因型和4784位TC基因型的个体耐低氧能力显著强于基因型为TC和TT的个体，可以进行分子标记辅助育种，不受鳜鱼的年龄、性别等限制，可用于鳜鱼的早期选育，显著促进鳜鱼的育种进程和运输中低氧条件下的存活率，且方法准确可靠，操作简便。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用。
背景技术
鳜(Siniperca chuatsi)俗称桂花鱼、鳌花及花鲫等，属鲈形目(Perciformes)暖鲈科(Percichthyidae)鳜亚科(Sinipercinae)。因其肉质丰腴、无肌间刺、味道鲜美、胆固醇含量低及营养价值高等优点，在我国广泛养殖。据统计，我国鳜养殖量逐年递增，从2003——2019年间，国内鳜产量从15万t增至30多万t。鳜养殖主产区为广东、江西、湖北、安徽及江苏等多个省份，其中广东的鳜产量最高，约占全国总产量的30％。因其独特的摄食习性，多年来我国主要以饵料鱼进行鱖的养殖，这种养殖方式不仅会造成渔业资源的浪费、养殖水环境的污染，还会导致鳜抗病力的下降、疾病的频发等问题，严重制约着我国鳜养殖业的可持续发展。近年来出现耐低氧速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象，良种问题已成为制约鳜鱼养殖业稳定发展的主要因素之一。因此，培育出具有耐低氧快、产量高等优良耐低氧性状的新品系是保障鳜鱼养殖业可持续发展的必要条件。
分子标记辅助选择育种是近年发展起来的一种结合传统遗传育种与现代分子生物学的鱼类遗传育种方法，针对改良选育物种的重要经济性状，利用DNA分子标记对育种材料进行选择的育种方法。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，为鱼类育种开辟了一条新的途径，并表现出其独特的优越性。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNPs)标记作为第三代分子标记具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点，已广泛应用于动植物分子育种研究领域。
目前尚未见到有关鳜鱼耐低氧性状相关基因的SNP分子标记的报道。
发明内容
针对现有技术的不足，本发明提供一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用，目的是利用鳜鱼PARP14基因编码区上与耐低氧性状显著相关的SNP位点进行分子标记辅助育种，同时提供用于检测该SNP分子标记的2对引物，以及提供该SNP分子标记的应用。
本发明是通过以下技术方案实现的：
一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C；所述耐低氧性状为可以在低氧环境中存活。
一种用于检测上述SNP分子标记的引物对，包括用于检测分子标记SNP1的引物对和用于检测分子标记SNP2的引物对；
所述用于检测分子标记SNP1的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ IDNO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列；
所述用于检测分子标记SNP2的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ IDNO.4和SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列。
一种用于检测上述SNP分子标记的试剂盒，所述试剂盒中含有上述引物对。
上述引物对或上述试剂盒在鳜鱼选育中的应用。
一种检测鳜鱼耐低氧性状的方法，通过对待测鳜鱼进行上述SNP分子标记的检测，确定待测鳜鱼的耐低氧能力。
一种检测鳜鱼耐低氧性状的方法，包括以下步骤：
步骤1)提取待测鳜鱼尾鳍DNA；
步骤2)基于权利要求2所述的引物对或权利要求3所述的试剂盒，对待测鳜鱼的基因组DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
步骤3)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的基因型；
步骤4)通过基因型确定待测鳜鱼的耐低氧能力：
所述分子标记SNP1位点的TT基因型个体的耐低氧性状显著高于TC基因型个体；所述分子标记SNP2位点的TC基因型个体的耐低氧性状显著高于TT基因型个体。
本发明的有益效果如下：
本发明以鳜鱼PARP14基因的单核苷酸多态位点为研究目标，发现位于PARP14基因外显子区域的2个SNP位点(SNPg.1919T>C和SNPg.4784T>C)与鳜鱼耐低氧显著相关，其中SNPg.1919T>C位点的TT基因型个体耐低氧性状显著高于TC基因型个体(P<0.05)；SNPg.4784T>C位点的TC基因型个体的耐低氧性状显著高于TT基因型个体(P<0.05)。在以耐低氧性状为选育指标的鳜鱼遗传育种研究过程中，可以优先选择SNPg.1919T>C位基因型为TT且SNPg.4784T>C位点基因型为TC的个体作为育种亲本，这对于鳜鱼优良耐低氧性状新品系的选育具有重要的指导意义。
附图说明
图1为实施例1中标记1919位的测序峰图：A为低氧耐受型，B为低氧敏感型；
图2为实施例1中标记4784位的测序峰图：A为低氧耐受型，B为低氧敏感型；
图3为鳜鱼低氧耐受型和低氧敏感型部分样品基因组DNA电泳检测图：1-10为低氧耐受型，11-20为低氧敏感型；
图4为鳜鱼低氧耐受型和低氧敏感型部分样品PCR产物电泳图：扩增产物对应的条带1-12为300bp，13-24为299bp；
具体实施方式
下面结合附图与具体实施例对本发明所述的技术方案给予进一步详细的说明，但有必要指出以下实施例只用于对发明内容的描述，并不构成对本发明保护范围的限制。
一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列(PARP14基因)自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列(PARP14基因)自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C。
实施例1
1、鳜鱼群体的获得
本实施例所用鱼取自中国水产科学研究院淡水渔业研究中心实验基地，选取自出膜养殖三个月左右的鳜鱼100尾养殖于室内循环水系统内。实验开始，关闭增氧和进水，充入氮气排出水中氧气，用溶氧仪测定水中溶氧(通过美国LDO HQd便携式仪表的LDO101探针测量)，当水中溶氧无法下降(约0.9mg/L)后用透明膜将水族箱密封，让其自然降氧。在实验过程中，观察鱼的活动，当有第一条鳜鱼失去平衡开始下沉时开始计时，取最先沉入池底与最后沉入池底的杂交鳜鱼各50尾，分别作为低氧敏感与低氧耐受群体。
剪取鱼体尾鳍于95％乙醇-20℃保存，用于基因组DNA提取。
2、提取待测鳜鱼尾鳍DNA
(1)取15mg尾鳍，加入400μL ACL Solution，剪碎，再加10μL的Proteinase K，震荡混匀1min，置于55℃裂解约2h，至裂解液澄清。
(2)然后依次加入300μL Ext Solution和300μL AB Solution，用力摇匀，在12,000rpm离心5min。
(3)将枪头穿过上层溶液深入到下层溶液中，将溶液仔细吸出到Gen Clean柱中，尽量避免吸到上层溶液及中间层的层淀。
(4)8,000rpm离心1min，取下Gen Clean柱，倒掉收集管中废液。
(5)将Gen Clean柱放回收集管中，加入500μL Wash Solution，8,000rpm室温离心1min。
(6)重复步骤(5)一次。
(7)取下Gen Clean柱，弃去收集管中的废液。将柱放回收集管中，12,000rpm室温离心1min，以除去残留Wash Solution。
(8)将柱放入新的洁净1.5mL离心管中，在柱中央加入60μL Elution Buffer，室温放置2min。然后12,000rpm室温离心1min。离心管中的液体即为所提取的DNA，-20℃保存。1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA样品，紫外分光光度计检测浓度及纯度。
3、基于SNP引物对，对鳜鱼的基因组DNA进行PCR扩增
PCR产物扩增长度为260bp和300bp。
引物对1：上游引物PARP14-1919-1如SEQ ID NO.2所示，下游引物PARP14-1919-2如SEQ ID NO.3所示。
引物对2：上游引物PARP14-4784-1如SEQ ID NO.4所示，下游引物PARP14-4784-2如SEQ ID NO.5所示。
表1 SNP引物序列表
PCR反应体系为50μL:2×Taq Master Max 25μL，正反向引物各2μL，DNA模板1μL，灭菌水20μL。
PCR反应共计35个循环，循环前95℃预变性5min，每个循环包括94℃变性30s，60℃退火28s，72℃延伸30s；循环结束后于72℃延伸5min。
扩增产物用2％的琼脂糖凝胶进行电泳检测，检测合格后的PCR产物于-20℃保存用于后续的测序反应。
4、对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP的基因型基于Hiseq2000高通量测序平台。对上述的鳜鱼100尾个体的PCR扩增产物于ABI 3730测序仪上进行双向测序，基于测序结果，将鳜鱼SNP位点基因分型。
5、SNP位点基因型与鳜鱼耐低氧性状的相关性分析
采用SPSS 18.0的一般线性模型中的多元方差分析和独立样本T检验各SNPs位点的基因型和各位点的等位基因与数量性状的相关分析，对于表达显著的SNPs位点，采用Ducan法进行多重比较分析。分析结果见下表2。
表2鳜鱼SNP位点与耐低氧性状的相关关系
结果显示：SNPg.1919T>C三种基因型中，在低氧耐受群体中TT基因型占优势，在低氧敏感群体中TC和CC基因型占优势。SNPg.4784T>C两种基因型中，在低氧耐受群体中TC基因型占优势，在低氧敏感群体中CC基因型占优势。表明在培育耐低氧性鳜鱼的过程中，SNPg.1919T>C、SNPg.4784T>C是与耐低氧能力显著相关的SNP位点。
如图1所示为PARP14基因标记1919位的测序峰图，图1(A)为低氧耐受型，图1(B)为低氧敏感型。
如图2所示为PARP14基因标记4784位的测序峰图，图2(A)为低氧耐受型，图2(B)为低氧敏感型。
如图3所示为鳜鱼低氧耐受型和低氧敏感型部分样品基因组DNA电泳检测图，图3中1-10为低氧耐受型，11-20为低氧敏感型。
如图4所示为鳜鱼低氧耐受型和低氧敏感型部分样品PCR产物电泳图，图4中扩增产物对应的条带1-12为300bp，13-24为299bp。
6、SNP位点应用于耐低氧性鳜鱼群体筛选
由上述相关性分析可知，鳜鱼PARP14基因上，SNPg.1919T>C在低氧耐受群体中TT基因型个体明显占优势，SNPg.4784T>C在低氧耐受群体中TC基因型个体明显占优势，且低氧敏感群体中的优势群体为TC和TT基因型个体。因此，在选育过程中，可以优先选择SNPg.1919T>C和SNPg.4784T>C位点基因型分别为TT和TC的个体作为养殖对象，培育耐低氧杂交鳜鱼。
序列表
<110> 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
<120> 一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 5884
<212> DNA
<213> 鳜(Siniperca chuatsi)
<400> 1
cagattaaga aaatagaaaa gtatttccgt gttcgccgca aatcaggcgg aggggactgc 60
ggagcgctga cgcgtgtgga tgataacgtc tacagccttg ctttcaaata tgaggaaaat 120
cagcaggcag tccttcagag atctgagcat attgtggatg gtctggtgat cactgtccga 180
ggcagcctgg aacctcgcac cccctctccc atcaccacct ccactgcagc tcagagccca 240
caggccattc ctgcctcaac tcctccacca agtggtgaag aatatgaact acaacttgat 300
acttacctcc ttcgttacct aaaggaatgt cccaaggctg ggaaagaact agagaaagaa 360
cttgcctctg tggcctgctc tgcccagctt tacccagagg aggagagggt tttagtcagg 420
agtttagctc aacctggtgc tgtagatgaa gctagaaatc ggaaagtcaa ggtaggcaaa 480
atctttgatg gctacctgtg ccactatgag gtggaccctc acaaagttaa agctttgctt 540
cagtcctgca gctctgatca gaccacagat gaggtgaaag tgtacagcga gcttgggatg 600
gctgttgtgg ttgggaaaca ttctcaggtg aacgccaggt tgatggatgt agaggacagg 660
tcaggtttaa gtgagacgca aaccagcatt cgtcgactgg gcaaggccaa gctccgcctc 720
ctctggaaag agattgagca cagtttgcga cgagattttc caggagtgaa ggtcacgcag 780
ggagatgcag gtcagttagt tttggaaggc actgtggagg agattcttaa ggctggagat 840
tggatctctg ataaggagaa tttggtgtta gaaaggacag tttctgatag gagcccacat 900
tttttggcct ttctaaggaa ggcatacgga ggtccggggg tgctaaatga ctttttaggg 960
gttggtaaca aagtggaagt agagttacga gacacagagc tacgtttctt cacactctct 1020
gctgataaac tggatgacac agagaaaaaa ctgcaagaaa aattcaagga agtcaagatt 1080
gatgtgccta actgctctgc tgtgccatct gagcttcggg aaaagctgaa gtccaagaca 1140
aatgagatga accaagggca acatagggct caggtcgtgt ttggctcaga cagcgcagtg 1200
tgcttactgg gccacacgaa agaggttgaa gagctgagtg acgatgtcat acagtttatt 1260
ttggaccagt taagcataga aggcaaagtc attctccctt tcccagagtt agtacaactc 1320
ttaccagaat tgctgcaact gcacaagttt gactattcag gggttacctt ccatccttta 1380
acatctttct ctgggcccat ggtgatgctg gaaggtccat ccctcaaagt gactgaggtc 1440
aggaacaggc tgggtccatt tctggactcc cttgttcagg gtaaagtcac cattgacctg 1500
ccaggtgcag taagatattt taaaagtccc tctggaagag agaacatttt aagtgttgct 1560
cattctcaga agtgtctcat acagcttcaa gaacaaccta acactactag acagaatatg 1620
gcatctggtg cacatttaag taaaggaggc acaacagtgg ctagctacag ccttcgtgac 1680
gggctccagg tgctggtgtg tcagggtgac atcaccaaac aggatgctga tgccctggtg 1740
aacgctgcca atgaagatct ggaccactgt ggaggtgttg ctgctgccct gagtaaagca 1800
ggtggccctc aggtgcagaa ggagagcaga gctttaataa ggcagacagg aaaaatccct 1860
acaggtgaag tggtagtgac cacagggggg gacttaaact gcaagaaact gctgcatgct 1920
gttgggcctg ttggtggaaa atcaggtggc agagaatggg tgttactcaa aaaaactgtc 1980
cattctgctc tgaatttagc agaaatcatg gagttccagt ctatagccat gccctgtatc 2040
agctcaggta tgtttggtgt tcctgtcact gtgtgctctg aggctattgt aactgctgtt 2100
aaagagtttg gcagtcaggg agggcgaagt ctgagcagaa taatcctgat tgataacaga 2160
ggagaggtgg tgagggccat gcaggaagca tgtgacagac ttctccaagt gacacaatcc 2220
ggaaacggtg caccaagtga tttgggattc cagatggatg ttgcccaaga tgacatagaa 2280
aaaggagcca ctgctggagc tcctggagat ggtgtcagtc tagagatcat tcagggaacc 2340
atcgagaccc agcaggtgga tgctctggta tcgcccatgg ttggccatga tcctctctct 2400
acccgtgttg gaaacgcttt gtccaacatg gttggacctc agctgactgc aaagtttcat 2460
aaggaagcag atggagcaac aaagcctggt gacacagtcc tggtagaggg cttgcctgca 2520
cttcaatcta aaggagtgtt cttcctcaac ctctttccct gggataatga ccgacatgga 2580
aatgcagtcc aggttctgag tcagagcatc agaaagattc tggcttcctg tgagatcaga 2640
ggcttcagtt cagttgcttt ccctgtgctt gggaccggtg ctgtcttgtg ttttcctcac 2700
agtgtggctt ccaaggtttt actggaggag ctccgtgtat ttgaacagaa tcgagccaga 2760
agaacatctt tcctggtccg tattgtcatc caccccaatg acaaagaatc tagcaaggcc 2820
ttccagtctg cccaggaaac tttgcatctc agaggattca cgaacgatgc taacccagac 2880
caagcttcct tttaccgcca tgtctcggta actaatgatg aggtcacagc catgctgggt 2940
ggagtcaagc ttcagctggt ccatggtgac atcattaatg agagcactga tgcaattatc 3000
aacacaactg acttctccaa cagccaatcc ggtgtgtcca aagccattct gactgcagca 3060
gggtccactg tccaagccga gttagcacaa gtgggcattc cagcagacta catgtgcacc 3120
acaggacccg ggtcgcttgg gtgtagggaa atcattcatg ctagttttaa gtgtgaccct 3180
cagacgattc ggaactattg caaaaagata ctgaagcagt gtgagcgcaa aggctaccgc 3240
tcagcagcct tcccagctat caatactggt ttggctggta tggactctgc caaagcttgt 3300
aaagccatgc tggatggcat aacctcagct ataacgggct tgaaaccaaa ttccctctca 3360
ctcatccgca ttgtcatcct gcgacaaccg gtcttccagg cattcagatc agagctggag 3420
aaccgctttg gacgaacagc cgcttgcagc ctcagcctga gagaaaaagc tctacaaaag 3480
ctcaggaagt ggcatgacaa gtatttaaga acctccacaa cttcagcacc tcaaggcaaa 3540
acctttatct ccataaagcc actgccagct gtgataagtg tgattagttg tagtcctgac 3600
accatcagga ccatcaaggg agatttggag gggatcctgc agaagcagct ggtagagaga 3660
gaagtggatg tgaaagattt gtccaggctt gatgccatgg agctggaggc agtgcaagca 3720
aaagtcaaag tctcagaaat aagcctggag tacaggagaa gtcaaagttc tgaagatgtg 3780
aatggcaaca gagcaagata ctcagcaaga gctgaagcta gagaccggtc aggaggagag 3840
gtctgcgtgc tgaaaggcct aaaagaggac gttttgagcg tcattgagct tgtaaacaga 3900
gcaatccaaa aagcactttg cgaagacctt caagataaag aagaagcaac gttggctctt 3960
actgtccagt ggtcgattca ggatataaat ggagactggc acgagctgag cctgcatgac 4020
aactatgtgc tggaggaggc tcacgtgaag aaacaagtgt ttgttgatat gatggcatca 4080
gacggcatga tggtgaaaat aaacctgaag acacaagaag ccacaaattg gcaaacaggc 4140
atcacgttca aagtgaaaag gaacaagtct gcattatcca ttgagttgcc aacacaatgg 4200
gaacctatgg acgaagaagt ctttaaaaag atcgaggtgc aacctaactc accagagtac 4260
caggacgtag cccagggttt cctcaaaaca gctaaataca acattcgcaa aattgagcgt 4320
gtgcaaaact tctacctgtg gcatgcctat actgtgtgta agcagcgtat acttgccaag 4380
aatggttcag cagaccttgg ggagaagtct ctctaccatg gcacatcagc agagtcatgc 4440
aactgcattg aaagggacag atttgacagg agcttcgcag gaacacatgc tgctgtatat 4500
ggaaagggag tttacttcgc agtcaatgca agctattcag ccgcatattc cccagctgat 4560
gcgtcaggcc tgaagcggct gtatgttgct cgtgtcctga ccggccgtta cacagtcggt 4620
tcttcttcca tgaaagccac acctcctcga ggctcagacc gcactgactg cttcgacagt 4680
ttggtggacc aacagcagaa tcccaccaag tttgtgatct tccacgatga ccaggcctac 4740
ccagaatacc tcatcacctt tgactgagga aaactgctaa aagtcacagt tcagtacctt 4800
ttttttcctg agctgatttt aagcagtgtt aatttctcag caacacagaa acactttata 4860
gtataacaaa aacaactaga tgtggtgaca aataagacat gatatcatct tagctgaaca 4920
agcacagcac tgcaacagat tatgaagaag gcatgtagta aattagaaca ttcactaact 4980
gtattgaaca gccttttatt gaaagccaaa gctgtaccac aaagagactc cttgaaattt 5040
tccttttcct ttttggaaat cctttttttc tgacttgcac aagtctgctg atataaaacc 5100
tgaaattata tttgctatct tctgaagctg aaagctacat gcaatacggt aaaatgttat 5160
gttagcataa tgccactcct attattataa ctttaatttg gcaaagattg ttctttaagg 5220
gttattttca tatgttatct tattgatagt agtattttac acagaactat attttgttta 5280
aaaatcattt tgatgtttga tgtcatgtat gaaggccatg atagcaagat attttcaatt 5340
ccaattagtt tatgtattta gcagtgtgat ttcagaatca gaatctgaaa tactttattg 5400
atccctgagg ggaaactctt tcgttacagc tgctcactat cacgtcaatg cacacaggaa 5460
tcgaagcact aatagaatag aaatagaaat aataaaataa gttcgcaatg agacaattat 5520
ttctagtaaa aataagagat gtgcaaatca acatataata cgctacaata caactaagtt 5580
ttaaattaag tacaaaagtg gatttacagg ttaagtatag tacggtataa tacaatgtaa 5640
aaatataagt aatagtgcag taacgagtac tgtcaaattc agtgtagcag attaaccaga 5700
ttatgaggca gtggatattg cacagcagta atataagtat taataaacag agaattttgc 5760
acaatatttc aagtggtgct gagactaact gccccctctc agacacattc tgaccagcgt 5820
cacaacaaca atgctttcca aacaccaatc aaattataat gcaatgtaaa gaaacctatt 5880
tgga 5884
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ggtgaacgct gccaatgaag 20
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
agggcatggc tatagactgg a 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
atgaaagcca cacctcctcg 20
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgctgtgctt gttcagctaa g 21
Claims (6)
1.一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记，其特征在于，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C。
2.一种用于检测权利要求1所述SNP分子标记的引物对，其特征在于，包括用于检测分子标记SNP1的引物对和用于检测分子标记SNP2的引物对；
所述用于检测分子标记SNP1的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列；
所述用于检测分子标记SNP2的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列。
3.一种用于检测权利要求1所述SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有如权利要求2所述的引物对。
4.权利要求2所述引物对或权利要求3所述试剂盒在鳜鱼选育中的应用。
5.一种检测鳜鱼耐低氧性状的方法，其特征在于，通过对待测鳜鱼进行如权利要求1所述的SNP分子标记的检测，确定待测鳜鱼的耐低氧能力。
6.根据权利要求5所述的一种检测鳜鱼耐低氧性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
步骤1)提取待测鳜鱼尾鳍DNA；
步骤2)基于权利要求2所述的引物对或权利要求3所述的试剂盒，对待测鳜鱼的基因组DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
步骤3)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的基因型；
步骤4)通过基因型确定待测鳜鱼的耐低氧能力：
所述分子标记SNP1位点的TT基因型个体的耐低氧性状显著高于TC基因型个体；所述分子标记SNP2位点的TC基因型个体的耐低氧性状显著高于TT基因型个体。
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|---|---|---|---|---|
| CN117660667A (zh) * | 2024-02-02 | 2024-03-08 | 中山大学 | 一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记及其应用 |
Citations (2)
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|---|---|---|---|---|
| CN109852710A (zh) * | 2019-04-11 | 2019-06-07 | 深圳华大海洋科技有限公司 | 一种与石斑鱼氨耐受能力相关的snp标记及其用途 |
| CN111187843A (zh) * | 2020-01-14 | 2020-05-22 | 南京师范大学 | 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用 |
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- 2021-07-12 CN CN202110784484.3A patent/CN113502336B/zh active Active
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| CN117660667B (zh) * | 2024-02-02 | 2024-04-12 | 中山大学 | 一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记及其应用 |
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