CN113355430A - 一种用于鉴定猪背膘厚度的snp标记及其应用方法 - Google Patents

一种用于鉴定猪背膘厚度的snp标记及其应用方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于鉴定猪背膘厚度的SNP标记及其应用方法，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪9号染色体上，落于AMOTL1基因内部，且具有T/C多态性，可以通过选择该位点的基因型为TT的猪来筛选低背膘厚的猪种。本发明提供的与猪背膘厚相关的SNP标记，丰富了现有检测手段，提高了优良种猪的选育速度，加速了猪产肉性状的遗传进展。本发明提供的鉴定猪背膘厚的方法，通过检测相应SNP位点的基因型，进而利用不同基因型预测个体的表型值，提高了选种准确性。

Description

一种用于鉴定猪背膘厚度的SNP标记及其应用方法
技术领域
本发明属于猪分子育种技术领域，具体涉及用于鉴定猪背膘厚度的SNP标记及其应用方法。
背景技术
农业是关乎国民经济的基础产业，而畜牧业是农业的重要组成部分，是丰富城乡居民的“菜篮子”，也是满足肉蛋奶供应的主要载体。现代畜牧业的发展程度直接关系到农业生产能力，是一个国家国民生活水平高低的重要标志。生猪养殖业在我国畜牧业中占据着重中之重的位置。养猪业的稳定发展，对于国民经济水平的全面提升，满足人们的日常生活需求具有极其重要的意义。
猪背膘厚度属于中高等遗传力性状，可直接反应胴体品质及瘦肉率的高低,所以在实际生产和育种过程中都十分重视对背膘厚度性状的选择。但实践证明，即使饲喂同一品种，同一日龄的猪群，不同体重的猪背膘厚度也有所差异。在猪的遗传育种过程中，为了提高选育的准确性，须将每头猪背膘厚度校正到同一水平来进行比较。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是基因组中最常见的遗传变异，在分子育种相关研究中具有非常重要的作用，如QTL定位、全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS)、选择信号分析和基因组选择育种等。随着基因组学的发展，高密度的SNP芯片越来越多地应用到猪育种工作中。通过对约克夏猪群体进行候选SNP位点关联分析研究，挖掘影响猪背膘厚性状的重要候选基因以及相关功能位点，可在分子水平上为猪进一步的遗传改良工作提供科学依据。
因此，有必要挖掘功能明确、效应显著、可直接用于育种的与猪背膘厚性状显著相关的SNP位点，以为实际生产和育种提供参考依据。
发明内容
为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，首次在AMOTL1基因内发现了与猪背膘厚显著相关的SNP标记，该标记具体位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处，存在T/C多态性，可以通过选择该位点的基因型为TT的猪来筛选低背膘厚的猪种，以缩短育种周期，提高猪养殖业的经济效益与社会价值，从而完成了本发明。
具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：
本发明提供了一种用于鉴定猪背膘厚的SNP标记，其中，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上，在AMOTL1基因内部。
其中，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处，存在T/C多态性。
其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP位点的基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的背膘厚度。
其中，用于检测所述SNP位点基因型的方法中涉及PCR扩增反应和单碱基延伸反应，
所述PCR扩增反应的扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQID NO.3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ IDNO.5和SEQ ID NO.6所示。
本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚的方法，其中，所述方法包括确定待测猪个体位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处SNP标记的基因型的步骤。
本发明还提供了一种筛选低背膘厚的猪群体的方法，其中，所述方法包括以下步骤：
步骤i，提取待测猪的基因组DNA；
步骤ii，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤iii，确定待测猪SNP标记的基因型；
步骤iv，根据基因型筛选猪群体。
其中，步骤ii中，所述PCR扩增产物包括位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP标记。
其中，步骤iv中，若待测猪个体上述SNP位点处的基因型为TT，则具有较低的背膘厚，可以选择；若待测猪上述SNP位点处的基因型为TC或CC，则具有较高的背膘厚，应该淘汰。
本发明所具有的有益效果包括：
(1)本发明提供的与猪背膘厚相关的SNP标记，丰富了现有检测手段，提高了优良种猪的选育速度，加速了猪产肉性状的遗传进展；
(2)本发明提供的与猪背膘厚相关的SNP标记，可以通过鉴定该SNP标记不同基因型来筛选低背膘厚猪品系，所得的低背膘厚猪品系具有非常重要的经济效益与社会价值；
(3)本发明提供的鉴定猪背膘厚的方法，通过检测相应SNP位点的基因型，进而利用不同基因型预测个体的表型值，提高了选种准确性。
具体实施方式
下面通过优选实施方式和实施例对本发明进一步详细说明。通过这些说明，本发明的特点和优点将变得更为清楚明确。
在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
本发明人研究发现，AMOTL1(Angiomotin-like 1)基因编码一种外周膜蛋白质，这种蛋白由紧密连接蛋白构成，可以参与调节细胞旁通透性及细胞极性。该基因可以抑制Wnt/β-连环蛋白信号通路，阻止CTNNB1向细胞核的转移，且circ-Amotl1可通过结合PDK1促进Akt1的磷酸化和入核过程，抑制细胞凋亡，促进心肌修复。
基于上述原因，发明人认为AMOTL1基因在一定程度上影响了机体的肌肉发育，推测其会影响动物的生长性状。因此，本发明人对该基因的多态性与猪背膘厚性状进行了关联分析，首次在该基因中确定了与猪背膘厚显著相关的SNP位点。
本发明的第一方面，提供了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上，在AMOTL1基因内部。
优选地，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处，存在T/C多态性。
其中，所述SNP标记在Ensembl上对应的位点号为rs81408425。
更优选地，所述与猪背膘厚显著相关的SNP标记位于核苷酸片段的第151个核苷酸处，该位点碱基的差异导致猪背膘厚的不同，所述核苷酸片段的序列如SEQ ID NO.1所示。
根据本发明一种优选的实施方式，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP位点的基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的背膘厚度。
其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP位点具有三种基因型，TT、TC和CC，其中，TT基因型是该位点为碱基T的纯合子，CC基因型是该位点为碱基C的纯合子，TC基因型是该位点为T和C的杂合子。
因此，可以通过选育位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP位点的TT型个体作为种猪，以筛选出更低背膘厚的猪个体。
本发明中基因分型利用的是基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术，其主要步骤是：首先PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上延伸1个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶后在质谱仪的真空管经瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，核酸分子解吸附并转变为亚稳态离子，电场中离子飞行时间与离子质量成反比，通过飞行时间检测器检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。
由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，因此由SNP多态性引起的碱基差异通过分子量的差异而体现。
由上述可知，在对SNP位点进行基因分型的过程中涉及猪基因组DNA的提取、PCR扩增反应和单碱基延伸反应等步骤。
根据本发明一种优选的实施方式，所述PCR扩增反应的扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
在进一步优选的实施方式中，所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。
在本发明中，SNP标记的单碱基引物具有3条，分别为UEP(P3)、EXT1(P4)和EXT2(P5)，其中，UEP为延伸引物，EXT1和EXT2为针对位点不同基因型设计的检测引物。上述引物对优选采用Sequenom公司的引物设计软件Assay design3.1，综合考虑引物设计的各项原则设计得到。
本发明还提供了一种与猪背膘厚相关的SNP位点基因分型的检测方法，所述方法包括以下步骤：
(1)提取猪的基因组DNA；
(2)以待测猪的基因组DNA为模板，利用扩增引物和延伸引物进行检测，确定猪位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处SNP标记的基因型。
其中，所述确定猪位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处SNP标记的基因型的方法还包括直接测序法或者通过试剂盒测定。
相应地，本发明还提供了一种基因分型试剂盒，优选用于对第一方面所述的SNP标记进行基因分型，
所述基因分型试剂盒包括PCR扩增引物和单碱基延伸引物。
优选地，所述PCR扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ IDNO.5和SEQ ID NO.6所示。
更优选地，所述基因分型试剂盒还包括PCR扩增缓冲液、MgCl2、dNTP、DNA聚合酶、SAP缓冲液和SAP(碱性磷酸酶)。
本发明还提供了一种用于检测第一方面所述SNP标记的引物对，其中，
所述引物对为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
在本发明中，采用上述引物对对猪的基因组DNA进行扩增，能够获得含有上述SNP标记位点的核苷酸片段(如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列)，进而能够判定相应SNP位点的T/C多态性。
本发明还提供了一种上述SNP标记或引物对在鉴定猪背膘厚或者在猪繁殖育种中的应用。
其中，所述猪繁殖育种优选为分子标记辅助选择育种。
本发明还提供了一种检测第一方面所述SNP标记的方法，所述方法包括以下步骤：
步骤1，提取猪基因组DNA。
其中，采用现有技术中常用的方法或试剂盒提取猪的基因组DNA，优选采集猪耳组织进行基因组DNA的提取。
步骤2，对基因组DNA进行扩增。
在本发明中，优选采用如核苷酸序列SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物P1和P2对猪基因组DNA进行扩增，获得包括上述SNP标记的核苷酸片段。
其中，所述PCR扩增的体系包括10×PCR Buffer(15mM MgCl2)、MgCl2(25mM)、dNTPmix(25mM)、引物混合物(0.5μM)、HotstarTaq(5U/μl)和水(HPLC grade)。
所述PCR扩增的反应条件为：94℃900s；94℃20s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃180s；4℃∞。
步骤3，检测SNP位点的多态性。
其中，对扩增得到的PCR产物进行测序分析，判读SNP标记位点的多态性。
本发明还提供了一种第一方面所述SNP标记的获取方法，所述方法包括以下步骤：
步骤I，选取猪群体，提取个体的基因组DNA，并测定表型数据。
其中，采用现有技术中常用的方法或试剂盒提取猪的基因组DNA，优选采集猪耳组织进行基因组DNA的提取。
所述表型数据为猪的活体背膘厚，具体测定方法如下：
在猪个体体重处于85～105kg范围时，测定活体背膘厚，优选采用B超扫描测定群体中猪个体的倒数第3～4肋间处背膘厚，以毫米为单位。然后，按如下校正公式计算猪达100kg体重的活体背膘厚：
校正后背膘厚与实测背膘厚的关系式为：
校正背膘厚＝实测背膘厚×CF(其中：CF＝A÷{A+[B×(实测体重-100)]})。
其中，A/B为不同猪种背膘厚度校正系数。
公猪CF值＝[实测体重(kg)/测定日龄(d)]×1.826040；
母猪CF值＝[实测体重(kg)/测定日龄(d)]×1.714615。
对测定后的表型数据进行质量控制：清除表型值缺失的个体，清除与平均值的偏差大于3倍标准差的个体。
步骤II，进行基因型检测。
根据本发明一种优选的实施方式，优选按照包括以下步骤的方法进行基因分型检测：
步骤II-1，对基因组DNA进行扩增。
在本发明中，优选采用如核苷酸序列SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物P1和P2对猪基因组DNA进行扩增，获得包括上述SNP标记的核苷酸片段。
其中，所述PCR扩增的体系包括10×PCR Buffer(15mM MgCl2)、MgCl2(25mM)、dNTPmix(25mM)、引物混合物(0.5μM)、HotstarTaq(5U/μl)和水(HPLC grade)。
所述PCR扩增的反应条件为：94℃900s；94℃20s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃180s；4℃∞。
步骤II-2，对扩增产物进行SAP消化处理。
其中，对PCR扩增产物进行碱性磷酸酶(SAP)处理，是为了除去游离的dNTP和剩余扩增引物。
在本发明中，所述进行碱性磷酸酶处理的体系包括超纯水、10×SAP Buffer和SAP(1.7U/μl)。将上述体系混匀、离心后加入PCR反应监测板中，置于PCR仪，反应条件为：37℃孵育40min使SAP酶充分发挥作用，85℃孵育5min使SAP酶失活，4℃维持。
步骤II-3，对消化处理后的产物进行单碱基延伸反应。
其中，进行单碱基延伸反应能够检测单碱基或插入/缺失多态性。
在本发明中，所述基因分型优选采用基因分型试剂盒进行，如基因分型384孔试剂盒Complete iPLEX Gold Genotyping Reagent Set 384Kit。
所述单碱基延伸的体系包括超纯水、10×iPLEX Buffer plus、iPLEXterminator、引物混合物(0.6～1.3μM)和iPLEX酶。
所述单碱基延伸的反应条件为：94℃30s；94℃5s，(56℃5s，72℃5s，5个循环)，40个循环；72℃180s；4℃∞。
优选地，所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。
步骤II-4，将延伸产物进行质谱检测。
其中，将延伸产物稀释后，使用树脂进行脱盐，以降低质谱仪的背景噪声；然后将样品点在样品靶上，自然结晶，采用质谱仪进行质谱检测，收集数据，获得SNP标记的基因型。
优选地，在分型过滤时，清除基因型检出率小于95％的SNP位点；清除检出率小于95％的个体；清除最小等位基因频率(Minimum Allele Frequency，MAF)小于1％的个体；检验Hardy-Weinberg平衡。
步骤III，进行基因型数据和表型数据的关联分析。
根据本发明一种优选的实施方式，利用GEMMA软件的混合线性模型进行统计分析，所述分析模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε
其中：y代表个体表型值；W代表协变量；a代表对应系数；x代表SNP基因型；β代表对应的SNP效应；μ代表剩余多基因效应；ε代表剩余残差效应。
通过上述分析，可以获得与猪背膘厚显著相关的SNP标记，以及低背膘厚的基因型。
本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚的方法，所述方法包括确定待测猪个体位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处SNP标记的基因型的步骤。
其中，若待测猪个体上述SNP位点处的基因型为TT，则具有较低的背膘厚；若待测猪上述SNP位点处的基因型为TC或CC，则具有较高的背膘厚。
本发明还提供了一种筛选低背膘厚的猪群体的方法，所述方法包括以下步骤：
步骤i，提取待测猪的基因组DNA。
其中，采用现有技术中常用的方法或试剂盒提取待测猪的DNA，优选采集猪耳组织。
步骤ii，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增。
其中，利用上述检测SNP标记的引物对进行PCR扩增，所得到的扩增产物包括位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP标记。
步骤iii，确定待测猪SNP标记的基因型。
其中，对确定SNP标记基因型的方法不做特别限定，只要能够获得基因型即可，例如，可以采用直接测序法、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-RFLP)、飞行时间质谱或上述基因分型试剂盒等技术。
步骤iv，根据基因型筛选猪群体。
其中，若待测猪个体上述SNP位点处的基因型为TT，则具有较低的背膘厚，可以选择；若待测猪上述SNP位点处的基因型为TC或CC，则具有较高的背膘厚，应该淘汰。
优选地，通过选育该SNP位点为TT基因型的个体作为种猪，可以筛选低背膘厚度的猪。
实施例
以下通过具体实例进一步描述本发明，不过这些实例仅仅是范例性的，并不对本发明的保护范围构成任何限制。
实施例1
1、试验猪群体
本实施例所采用的试验猪群体为河北衡水种猪场的约克夏纯种猪，共384头，其中公猪27头，母猪357头。
2、背膘厚(ABFT)的测定与校正
在猪个体体重处于85～105kg范围时，测定活体背膘厚，采用B超扫描测定群体中猪个体的倒数第3～4肋间处背膘厚，以毫米为单位。然后，按如下校正公式计算猪达100kg体重的活体背膘厚：
校正后背膘厚与实测背膘厚的关系式为：
校正背膘厚＝实测背膘厚×CF(其中：CF＝A÷{A+[B×(实测体重-100)]})。
其中，A/B为不同猪种背膘厚度校正系数，约克夏猪(大白猪)的A为13.706，B为0.119624；
公猪CF值＝[实测体重(kg)/测定日龄(d)]×1.826040；
母猪CF值＝[实测体重(kg)/测定日龄(d)]×1.714615。
对测定后的表型数据进行质量控制：清除表型值缺失的个体，清除与平均值的偏差大于3倍标准差的个体。
3、提取猪基因组DNA
采集384头猪耳组织样4份/头，其中1份用于个体DNA提取；
参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，提取按以下步骤顺序进行：
(1)先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。
(2)采集组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
(3)加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至耳样组织溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(4)加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(5)加人200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(6)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
(7)向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(8)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(9)重复操作步骤(8)。
(10)将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
(11)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。
经过Nanodrop-100分光光度计检测质量与浓度后将浓度同一稀释到50ng/μL于-20℃下保存备用。
4、基于Sequenom平台的SNP分型检测
采用基因分型384孔试剂盒Complete iPLEX Gold Genotyping Reagent Set384Kit进行分型检测。
(1)以提取的384个约克夏纯种猪的DNA为模板，用PCR扩增引物P1和P2进行扩增，采用的扩增体系如下：
Figure BDA0002403256430000131
Figure BDA0002403256430000141
所述PCR扩增的反应条件为：94℃900s；94℃20s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃180s；4℃∞。
(2)对PCR扩增产物进行SAP消化处理，反应体系如下：
Figure BDA0002403256430000142
将上述体系混匀、离心后加入PCR反应监测板中，置于PCR仪，反应条件为：37℃孵育40min，85℃孵育5min，4℃维持。
(3)向消化处理后的体系中加入单碱基延伸引物，进行延伸反应，反应体系如下：
Figure BDA0002403256430000143
其中，单碱基延伸引物为P3、P4和P5。
单碱基延伸的反应条件为：94℃30s；94℃5s，(56℃5s，72℃5s，5个循环)，40个循环；72℃180s；4℃∞。
(4)将反应产物(共9μL)稀释3倍，使用树脂进行脱盐，将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶；上机进行质谱检测，收集数据，判读rs81408425位点的基因型。
清除最小等位基因频率(Minimum Allele Frequency，MAF)小于1％的个体，并且检验Hardy-Weinberg平衡。
5、统计分析
5.1、采用PopGene 3.2计算rs81408425位点在试验群体中的基因型频率和等位基因频率，结果如表1所示。
表1
Figure BDA0002403256430000151
由表1可知，在rs81408425位点检测到三个基因型：CC、TC和TT基因型，C的等位基因频率为86.83％，T的等位基因频率为13.17％。
5.2、利用GEMMA软件的混合线性模型进行统计分析，所述分析模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε
其中：y代表个体表型值；W代表协变量；a代表对应系数；x代表SNP基因型；β代表对应的SNP效应；μ代表剩余多基因效应；ε代表剩余残差效应。
rs81408425突变位点T/C对猪背膘厚度的影响效应如表2所示：
表2
Figure BDA0002403256430000152
其中，P<0.1代表差异显著。
由表2可知，rs81408425位点与猪背膘厚度性状显著相关(P<0.1)。其中，该位点TT型个体背膘厚显著低于CC型和TC型(P<0.1)。由此可见，在猪群体中，继代选育rs81408425位点的TT型个体，可逐步降低猪的背膘厚度，从而提高瘦肉率的目的，增加生猪养殖企业的经济效益。
以上结合具体实施方式和范例性实例对本发明进行了详细说明，不过这些说明并不能理解为对本发明的限制。本领域技术人员理解，在不偏离本发明精神和范围的情况下，可以对本发明技术方案及其实施方式进行多种等价替换、修饰或改进，这些均落入本发明的范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院农业基因组研究所
<120> 一种用于鉴定猪背膘厚度的SNP标记及其应用方法
<130> 2020
<160> 6
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 301
<212> DNA
<213> 核苷酸片段（Sus scrofa）
<400> 1
cagcctcctg tgtcctcatg atgctgaggc tgagggcgtg agaggttctc cctacggcag 60
cctgactcct agagatggat gtgaacgtgc atgtcaggtg aggcagggtt ccaggaggcg 120
gtggaggaca gatggggctt tgaaaggtct cgaggcaggg agctcaagca caagcggcca 180
gatgttgtgc aaagaggtgt gttttccaga accaaatcct gctgcgggtc tgcactgcag 240
agggcgccgg tgactgttct taaacacaga atgtccagcc cccagttgcc ttcttcccat 300
c 301
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P1（人工序列）
<400> 2
acgttggatg aggacagatg gggctttgaa 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P2（人工序列）
<400> 3
acgttggatg cctctttgca caacatctgg 30
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P3（人工序列）
<400> 4
tggggctttg aaaggtct 18
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P4（人工序列）
<400> 5
tggggctttg aaaggtctc 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P5（人工序列）
<400> 6
tggggctttg aaaggtctt 19

Claims (8)

1.一种用于鉴定猪背膘厚的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上，在AMOTL1基因内部。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处，存在T/C多态性。
3.根据权利要求2所述的SNP标记，其特征在于，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP位点的基因型为TT的猪，相较于基因型为TC和CC的猪，具有较低的背膘厚度。
4.根据权利要求3所述的SNP标记，其特征在于，用于检测所述SNP位点基因型的方法中涉及PCR扩增反应和单碱基延伸反应，
所述PCR扩增反应的扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。
5.一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚的方法，其特征在于，所述方法包括确定待测猪个体位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处SNP标记的基因型的步骤。
6.一种筛选低背膘厚的猪群体的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
步骤i，提取待测猪的基因组DNA；
步骤ii，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤iii，确定待测猪SNP标记的基因型；
步骤iv，根据基因型筛选猪群体。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤ii中，所述PCR扩增产物包括位于国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上第30,730,577个核苷酸处的SNP标记。
8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤iv中，若待测猪个体上述SNP位点处的基因型为TT，则具有较低的背膘厚，可以选择；若待测猪上述SNP位点处的基因型为TC或CC，则具有较高的背膘厚，应该淘汰。
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