CN113278623A

CN113278623A - 一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1及其应用和性别鉴定方法

Info

Publication number: CN113278623A
Application number: CN202110477820.XA
Authority: CN
Inventors: 郭梁; 张殿昌; 杨静文; 刘宝锁; 张楠; 朱克诚; 郭华阳; 刘波
Original assignee: South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences; Southern Marine Science and Engineering Guangdong Laboratory Guangzhou
Current assignee: South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences; Southern Marine Science and Engineering Guangdong Laboratory Guangzhou
Priority date: 2021-04-29
Filing date: 2021-04-29
Publication date: 2021-08-20
Anticipated expiration: 2041-04-29
Also published as: CN113278623B

Abstract

本发明公开了一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，所述基因Hsd17b1的碱基序列如SEQ ID NO：1所示。还公开了一种与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点，所述SNP位点位于上述卵形鲳鲹性别决定基因的第393位，其碱基为G或A。还进一步公开了上述卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1或上述的SNP位点在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。以及一种卵形鲳鲹性别鉴定的方法，本发明提高了适用性，降低了成本，提高了准确性，实现了在普通实验室实现任意群体来源的卵形鲳鲹性别的低成本批量检测。

Description

一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1及其应用和性别鉴定方法

技术领域

本发明属于卵形鲳鲹性别鉴定技术领域，具体涉及一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1及其应用和性别鉴定方法。

背景技术

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)，属鲈形目，鲹科，鲳鲹属，俗称金鲳、黄腊鲳、黄腊鲹。从2000年以后，国内开始大规模养殖，目前已经发展成为我国及东南亚重要的海水养殖品种，2016年国内的产量为12万吨，是我国单品种养殖量最大的海水养殖品种之一。虽然其养殖规模逐年增大，但是育种工作却相对滞后。开展现代育种工作，必须实现活体鉴定性别，而卵形鲳鲹雌雄个体在早期胚胎发育和幼鱼阶段并不表现出形态学上的差异，从体型大小和生殖器官体表特征也无法性别进行鉴定。

连锁不平衡是指不同座位上两个位点同时遗传的频率明显高于随机频率现象，连锁的程度与群体的遗传背景密切相关。性别标记的开发正是利用连锁的特性，将与性别决定基因紧密连锁的变异开发为标记，因此最理想的情况是将性别决定基因开发为性别特异性标记，并在不同背景的群体中进行验证，以获得最广泛的适用性，而其他利用性别决定基因侧翼紧密连锁的位点开发的性别标记准确性则随群体不同而不同。因此这类侧翼标记的准确性必须经过在特定群体中检验后方可使用。

现有技术方案一：

现有技术方案一分三步：1、从待鉴定性别的个体提取DNA；2、利用聚合酶链式反应扩增特异性片段；3、利用自动测序仪ABI 3730XL检测单个碱基变异。该方案的缺点在于，所使用的的检测仪器为自动测序仪，而该仪器的运行需要特殊的环境，普通实验室并不能提供这样的环境，因此该方案的实施无法在普通实验室开展。

现有技术方案二：

现有的技术方案分三步：1、从待鉴定性别的个体提取DNA；2、利用聚合酶链式反应扩增特异性片段；3、利用琼脂糖凝胶检测插入缺失变异。

该方案的缺点在于，所检测的插入缺失并不一定与性别完全连锁，即性别判定的准确率与所检测群体的遗传背景相关，因此该方案不具有普遍适用性。

因此，现有技术一的问题在于普通实验室并不配备一代测序仪，导致该检测方法的使用范围受到限制，且一代测序仪检测一个样本的成本价约为10元，价格较高。现有技术二的问题在于检测位点并不与性别完全连锁，导致检测的错误率较高。

发明内容

本发明的目的在于提供一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1及其在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。

本发明的目的还在于提供一种与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点及其在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。

本发明的最后一个目的在于提供一种利用上述基因Hsd17b1或SNP位点鉴别卵形鲳鲹性别的方法。

本发明的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，所述基因Hsd17b1的碱基序列如SEQ ID NO：1所示。

本发明还提供了一种与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点，所述SNP位点位于上述卵形鲳鲹性别决定基因的第493位，其碱基为G或A。

具体的，所述基因Hsd17b1的基因组序列如下所示。加粗表示起始密码子和终止密码子，阴影字体表示其中一种可变剪接异构体的转录本序列，下划线表示可变5’端剪接保留的一段内含子序列，方括号表示存在于5’端可变剪接识别位点的SNP位点，两个等位基因分别为G和A。

其在该基因的第493位，碱基为G或A。

本发明的上述第二个目的可以通过以下技术方案来实现：上述的卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1或上述的SNP位点在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。

本发明的上述第三个目的可以通过以下技术方案来实现：一种卵形鲳鲹性别鉴定的方法，包括以下步骤：利用竞争性等位基因特异性PCR检测上述的SNP位点，并采集荧光信号，获得卵形鲳鲹的性别；或利用高分辨率溶解曲线检测上述的SNP位点；或通过检测Hsd17b1性腺转录本鉴定性别；或利用普通测序检测性腺Hsd17b1表达情况来鉴定卵形鲳鲹的性别。

优选的，利用竞争性等位基因特异性PCR检测SNP位点，并采集荧光信号，然后利用KASP标记分型，结果表明：杂合基因型和纯合基因型分别聚为两组，离坐标轴近的一组为纯合基因型，是雄性，另一组是杂合基因型，是雌性。

优选的，利用高分辨率溶解曲线检测SNP位点，利用罗氏480定量PCR仪检测荧光信号，结果表明：出现两类荧光变化曲线，变化快的一组为雌性，另一组为雄性。

优选的，通过检测性腺转录本鉴定性别，包括以下步骤：获取离体待检卵形鲳鲹样品性腺，提取总RNA，并反转录为cDNA，利用高通量测序仪进行转录组测序，利用软件BWA以卵形鲳鲹基因组或Hsd17b1序列为参考序列进行比对，分辨是否有序列跨过或覆盖如SEQID NO：1所示序列的第493～555位，当同时存在覆盖和跨过的序列则是雌性，当只存在跨过的序列则是雄性。

优选的，利用普通测序检测性腺Hsd17b1表达情况来鉴定卵形鲳鲹的性别，包括以下步骤：获取离体待检卵形鲳鲹样品性腺，提取总RNA，并反转录为cDNA，利用普通PCR扩增，利用琼脂糖凝胶比较表达量，有明显条带的个体是雌性，没有明显条带的个体是雄性。

进一步的，上述卵形鲳鲹性别鉴定的方法，包括以下步骤：

(1)收集卵形鲳鲹个体，提取组织DNA，利用Illumina测序平台进行重测序，每个个体至少获得10Gb原始数据；

(2)利用Juice v1.6软件将Hi-C数据比对至已经公开的卵形鲳鲹基因组，利用3D-DNA软件将contig进行重新挂载，利用PBJelly软件和原始基因组PacBio数据进行补洞，并利用用于组装原始基因组的PacBio测序数据和Illumina测序数据进行单碱基的校正，获得新的基因组参考序列，新的基因组包含24条染色体级别的scaffold；

(3)将步骤(2)中获得的重测序数据利用BWA软件比对到新的参考基因组，利用GATK软件检测SNP和Indel，并过滤低质量的变异位点，共获得14M个SNP和3M个Indel；

(4)利用Plink软件进行性别与基因型的关联分析，基因型包含SNP和Indel，其中与性别最相关的SNP位点位于卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1如SEQ ID NO：1所示碱基的第493位，其碱基为G或A，所述SNP位点的p值为1.361×10^-19，所检测的个体基因型与性别完全一致，Indel与性别最相关的位点的p值为3.366×10^-09，78.7％的个体性别与基因型一致，说明SNP位点是唯一与性别完全连锁的位点，并不存在与性别完全连锁的Indel，性别检测只能将SNP位点转化为标记；

(5)利用竞争性等位基因特异性PCR检测SNP位点，并采集荧光信号，获得卵形鲳鲹的性别；或利用高分辨率溶解曲线检测SNP位点；或通过检测性腺转录本鉴定性别；或利用普通测序检测性腺Hsd17b1表达情况来鉴定卵形鲳鲹的性别。

与现有技术相比，本发明具有如下优点：

(1)本发明获得了卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，以及与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点；

(2)将本发明中的基因Hsd17b1以及SNP位点用于卵形鲳鲹性别鉴别时，本发明集合了现有技术方案一和现有技术方案二的优点，相比于现有技术方案一，提高了适用性，降低了成本，相比于现有技术方案二，提高了准确性，提高了卵形鲳鲹性别检测的准确性和方便性；

(3)本发明检测方法中采用等位基因特异性PCR时，所需仪器为定量PCR仪，该仪器广泛配置于普通实验室，且检测单个样本的成为约为1元；

(4)本发明实现了在普通实验室实现任意群体来源的卵形鲳鲹性别的低成本批量检测。

附图说明

图1为实施例1中的曼哈顿图，表示关联分析定位性别决定基因及最相关位点；

图2为实施例1中开发的KASP标记分型结果，靠近坐标原点的点表示空白对照，坐标中间的点表示杂合基因型，是雌性，靠近水平坐标轴的点表示纯合基因型，是雄性；

图3为实施例2中利用罗氏480定量PCR仪检测荧光信号，随温度升高，荧光信号迅速发生变化的一组是杂合基因型，是雌性，另一组是纯合基因型，是雄性；

图4为实施例3中通过检测性腺转录本鉴定性别情况，方框表示新的基因组参考序列的位置Chr16：18219150-Chr16：18219212，也是Hsd17b1基因序列的第493～555；

图5为实施例4中利用琼脂糖凝胶比较表达量，有明显条带的个体是雌性，没有明显条带的个体是雄性。

具体实施方式

下面结合具体实施例进一步说明本发明的应用方法。下述实施例和附图仅用于示例性说明，不能理解为对本发明的限制。除非特别说明，下述实施例中使用的试剂原料为常规市购或商业途径获得的生化试剂原料，使用的实验仪器均为实验室常规仪器，除非特别说明，下述实施例中使用的方法和设备为本领域常规使用的方法和设备。

实施例1

本实施例提供的卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，所述基因Hsd17b1的碱基序列如SEQ ID NO：1所示。

本实施例提供的与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点，所述SNP位点位于上述卵形鲳鲹性别决定基因的第493位，其碱基为G或A。

具体的，所述基因Hsd17b1的基因组序列和SNP位点如下所示。加粗表示起始密码子和终止密码子，阴影字体表示其中一种可变剪接异构体的转录本序列，下划线表示可变5’端剪接保留的一段内含子序列，方括号表示存在于5’端可变剪接识别位点的SNP位点，两个等位基因分别为G和A。

其在该基因的第493位，碱基为G或A。

采用该基因或SNP位点鉴别卵形鲳鲹性别的方法如下：

(1)收集广东、广西和海南养殖群体8个，每个群体随机选取10个个体，共获得80个个体，用于性别相关位点检测，收集阳江的两个养殖群体，各50个个体，共100个个体，解剖根据性腺形态鉴定性别；

(2)提取组织DNA，利用Illumina测序平台进行重测序，每个个体至少获得10Gb原始数据；

(3)利用Juice v1.6软件将Hi-C数据(SRA数据库：SRR8168440)比对至已经公开的卵形鲳鲹基因组(EMBL数据库：UWUD01000000)，利用3D-DNA软件将contig进行重新挂载，利用PBJelly软件和原始基因组PacBio数据(sra数据库：SRR7943174)进行补洞，并利用用于组装原始基因组的PacBio测序数据(sra数据库：SRR7943174)和Illumina测序数据(sra数据库：SRR8185380和SRR8185379)进行单碱基的校正，获得新的基因组参考序列，新的基因组包含24条染色体级别的scaffold；

(4)将步骤(2)中获得的重测序数据利用BWA软件比对到新的参考基因组，利用GATK软件检测SNP和Indel，并过滤低质量的变异位点，共获得14M个SNP和3M个Indel；

(5)利用Plink软件进行性别与基因型的关联分析，基因型包含SNP和Indel，其中与性别最相关的SNP位点(Chr16：18219150，即步骤(3)中获得新的基因组参考序列的第18219150位，如SEQ ID NO：1所示序列的第493位)p值为1.361×10^-19，所检测的个体基因型与性别完全一致，该位点就是现有技术一中检测的位点，Indel与性别最相关的位点的p值为3.366×10^-09，78.7％的个体性别与基因型一致，说明位点Chr16：18219150是唯一与性别完全连锁的位点，并不存在与性别完全连锁的Indel，性别检测只能将位点Chr16：18219150转化为标记。

曼哈顿图如图1所示，表示关联分析定位性别决定基因及最相关位点。

(6)利用竞争性等位基因特异性PCR检测Chr16：18219150(即SNP位点)，使用试剂盒购买自北京程嘉生物技术有限公司。

引物(primer mix)配置如下：

PCR反应体系为：

PCR反应组分	10μL体系
		HiGeno 2X Probe mix	5
Primer mix(5X)	1
		DNA	1
ddH<sub>2</sub>O	3

PCR扩增程序为：

(7)利用ABI7500采集荧光信号，程序为35℃，1min，

开发的KASP标记分型结果如图2所示，检测个体分为两组，靠近坐标轴的一组为纯合基因型，是雄性，另一组是杂合基因型，是雌性。

实施例2

卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1以及与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点同实施例1。

与实施例1不同的是：利用高分辨率溶解曲线检测SNP，步骤(6)和(7)可以利用高分辨率溶解曲线替代，该检测方法使用罗氏480定量仪，也可以实现普通实验室的检测，使用试剂盒为天根生化科技(北京)有限公司的HRM分析试剂盒。

引物合成：

正向引物P1-F：5’-CATGGACAAGAAGGTGGTGC-3’(SEQ ID NO：5)；

反向引物P1-R：5’-TACCCAGTGCAAGCTCTCTC-3’(SEQ ID NO：6)。

位点Chr16：18219150如下(下划线和着重号分别表示上下游引物位置)：

反应体系如下：

PCR反应组分	20μL体系
		2×HRM analysis PreMix	10μL
P1-F(10uM)	0.6μL
		P1-R(10uM)	0.6μL
DNA	1μL
		ddH<sub>2</sub>O	7.8μL

PCR程序：

利用罗氏480定量PCR仪检测荧光信号，结果如图3所示，随温度升高荧光值首先变化的一组是杂合基因型，是雌性，另一组是雄性。

实施例3

与实施例1不同的是：通过检测性腺转录本鉴定性别，该方案实现了通过转录本判断性别的目的。

利用Hsd17b1决定雌雄的原理是：Hsd17b1这个基因存在两种转录本，两种转录本的差别就是62bp的序列。一种转录本不包含这段62bp的序列，对应的蛋白质功能是正常的，另一种转录本包含了62bp的序列，对应的蛋白质功能是不正常的。而产生两种转录本的原因在于SNP位点(Chr16：18219150，即SEQ ID NO：1所示的第493位)，碱基是G的时候产生正常的转录本，碱基是A时，产生异常的转录本。

具体包括以下步骤：

步骤1：解剖获取离体待检样品性腺；

步骤2：提取总RNA，并反转录为cDNA；

步骤3：利用高通量测序仪进行转录组测序；

步骤4：利用软件BWA等以卵形鲳鲹基因组(比如实施例1中的步骤(3)获得的新的参考组基因序列)或Hsd17b1序列为参考序列进行比对，分辨是否有序列跨过或覆Chr16：18219150-Chr16：18219212(Hsd17b1如SEQ NO：1所示序列中第493～555)，如果同时存在覆盖和跨过或只存在跨过或大部分序列是跨过则是雌性，如果只存在跨过的序列则是雄性，结果如图4所示。

实施例4

与实施例1不同的是：利用普通测序检测性腺Hsd17b1表达情况，具体包括以下步骤：

步骤1：解剖获取待检样品性腺；

步骤2：提取总RNA，并反转录为cDNA；

步骤3：利用普通PCR扩增，P6或者P7单独或者组合均能达到目的；

引物合成：

P6-F：5’-TCAAAGGCGTCTTCCTCACT-3’(SEQ ID NO：7)；

P6-R：5’-CTTGCAAGTGCAAAAGTGGA-3’SEQ ID NO：8；

P7-F：5’-CGCTCCAGCTGCTCTCTACT-3’SEQ ID NO：9；

P7-R：5’-GAGTGTGCGGGTATCAACCT-3’SEQ ID NO：10。

检测序列如下：

步骤4：利用琼脂糖凝胶比较表达量，有明显条带的个体是雌性，没有明显条带的个体是雄性，结果如图5所示。

以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 中国水产科学研究院南海水产研究所

南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）

<120> 一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1及其应用和性别鉴定方法

<160> 10

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 3442

<212> DNA

<213> 卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)

<400> 1

ttttcttaga agctacattt cactgaaaga aagaaggtca tgatggtctc agagcagcag 60

caagtctaga atatacacct tcacaataca tttaatttac actatcaaat ataaaaaagc 120

ttcacgcaat taggggaatg tttcccatcc atccatagga aaaaaaagat cacaccacac 180

taacaaggac atgggaaaaa tgggaggata ccacctggct gataacagac agatgtttag 240

aaaaaactgg ccttgtgata gcaaaagatg tgcgaacact gaaaagaaga gctttcacat 300

gccaccacct cattgtctgg cccatgtcaa aggcgtcttc ctcacttcgc tccagctgct 360

ctctactgaa gcgtaacact ggtgagtcgg gctccatgga caagaaggtg gtgctgatca 420

caggctgctc ctcgggaatc ggtctcagcc tggctgtccg gttagcatct gaccccgaca 480

aaacattcaa aggtaacagc ccacatctac acacaatgat ggactttgtt gtatttccga 540

gagagcttgc actgggtaag ggatctgtgg ttaatctgtg gttttaactc cacggagaca 600

ctgtataata gtatgtaatg ctatacactc atcaagcact ttattagaaa cagcacacta 660

atgccaggta gggctttcct ttgctctcac agcagcttca ggtcattgtg catgcacaga 720

ttccacatga tgttggaaat attcctttga gattctggtc catgttgaca tgatcgattg 780

tgtttagtct atgccacaat gaggaacctg gccaagaagg agcgtctttt agagtgcgtg 840

aaaggcctgc acaaggacac cttggacatt ctccaaatgg acgtgactga ccgacagtcc 900

attcttgatg caagggacaa ggttgtggag aagcgtgtgg acattctggg tatgcctaag 960

tgtctgtgtg ttgttaggaa gattgcaatt tctgtacgtt aatgagcttt atcctcacaa 1020

cttacagtgt gtaatgctgg tgtgggttgg atggggccgc tggagctgca gtccttggac 1080

tccatgaggc acattctgga ggtcaacctc ttaggtacca tccagaccat tcaggccttc 1140

ctaccagaga tgaaggctga gagccagggc cgcattctgg tcactggcag caccggaggg 1200

cttcacggtg agacaagcaa acggtggagg agtctctgaa tgtcaacagc attccacatg 1260

tgcagtttct gtaatgattt gatagaaatc atgtaaacaa accttggtaa gacttgctgc 1320

catgcatgac attgccaaaa taacccatct cagtgctttc tgtgttctca caggtctccc 1380

ttttaatgag gtgtactgtg ccagtaaatt tgcaattgag ggagcatgtg agagtctggc 1440

tgtcctcctg caacacttca atatccagtg agttttgaag cttgctgcat cttgctccct 1500

gagtttagtg ctattggctg tgtatggttt attaattttt atattgttga tggggagcga 1560

ctattgattt gatgcttcat cctgcagtgt gagtctcatt gagtgtggtc cagtcaacac 1620

tgacttcctg ctcaacctgc agaaggcgga gcttggggat acaactcacc aacaggttga 1680

tacccgcaca ctcagcctct atgaaaaata cctgcatcac tgtggctcag ttttccaaaa 1740

tgcagcacag gacactgagg acattgtaaa ggtatgttgt acattgacag cagatcataa 1800

ctgcagtagt aaaatgtatt gatgagttta tcacaacata aataatatat aaaattcagt 1860

gtgacagtat aagagcatct ctaaatgtca ctgttgtgtt tatttttgtc tccaaggtat 1920

ttctagatgc catccagtca cccagccctg cattcagata cttcaccagt ggtgtcgttc 1980

cacctctcac ccaactgaag atcacagagc cagatggctc gcagtgcatc cgtgctatga 2040

gtaaaataat cttctcagct gaggaacaat aacttccact tttgcacttg caagcctcca 2100

cttcatgcac agtctttgtc ttcatctact ttatgtgcag aggttaatat tttgctgttt 2160

tagtttagat tttcagggta aagttgatgc cctctgactg actgctgttg ctcagctgga 2220

aagggcagtg agttcagagt tttgtgtgta gagctcccac aagggagtaa cttcatgtct 2280

ctatttttta tttcacttat cagaagttac attccttatc acgaaaaagt ataaaaatgg 2340

agaaatattt gatagggatt atgttttatg ttttgagtga tacagcagct tttgcattcc 2400

agacgtttga tagtgttctt acactcagtg gtgggcatat tttcactggg atgtttctgg 2460

actcattgtt gaagtttaca tatgtaatat gtgactggct atttttagca gacagggaca 2520

acttccttgc tccaaagcat gacatttaaa aaaaaatcaa gctcccaggt gtttctccac 2580

agatttttgt atgaatgaat ggtactcaat gttgtccttc ttttctgttg ttggctttac 2640

cttatgccct aaatttccca tttagtcata aatgaataaa gtacttaaaa tgaactattg 2700

tcctgtacag gtgtttatgt taactttctc tgggaaggga aagtgaatac taaatagtag 2760

aggtatgtat atgtcaaaaa atatgtggaa ctacataaca atgaggaaat gtagtatgtg 2820

gttgaaacag acaaaacttt ttttaaggag ggtaaaaatc ctgtttgcct tcaaacagct 2880

ggttgagttt gaaaatgtcc tctcacctac aagtggattt tctgtcctgt gtacatactg 2940

gaacaaacaa tggccacgtt tatactatgc tgaatagatt ctgctatggg tttgatatgt 3000

gttcatatat atttttaatc cttgaaatga cccttgtgtg tgggtctttg tcacacaggt 3060

ttgcttgaca aaagtgatct tatatattga tatcttgctg ttttgtacac tctggtaggt 3120

attttaaatc tagacataca gttatattca ttgatcgctt aaatgaagac ctgtcaatga 3180

ttaatacatc tgttaaaaag caagtgaact ggaaacgcag actatgatgt catcacacac 3240

cacttacatc aagtgacttc atgaaaccag tgtgggatag ttcagtgaat ttactgaatg 3300

tcctggaaag acaaataaga atctaacaga aatactgtga ttaaggactt gggaaatgga 3360

gaatgaccta tagtagattt ctttttcaat agatatctat aagagatcat gtaaaatcaa 3420

tggaaagtta agaaatgtgt tt 3442

<210> 2

<211> 45

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

gaaggtgacc aagttcatgc tttgtgtgta gatgtgggct gttac 45

<210> 3

<211> 45

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

gaaggtcgga gtcaacggat tttgtgtgta gatgtgggct gttat 45

<210> 4

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

catggacaag aaggtggtgc tga 23

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

catggacaag aaggtggtgc 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

tacccagtgc aagctctctc 20

<210> 7

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

tcaaaggcgt cttcctcact 20

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 8

cttgcaagtg caaaagtgga 20

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 9

cgctccagct gctctctact 20

<210> 10

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 10

gagtgtgcgg gtatcaacct 20

Claims

1.一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，其特征是：所述基因Hsd17b1的碱基序列如SEQID NO：1所示。

2.一种与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点，其特征是：所述SNP位点位于权利要求1所述卵形鲳鲹性别决定基因的第493位，其碱基为G或A。

3.权利要求1所述的卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1或权利要求2所述的SNP位点在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。

4.一种卵形鲳鲹性别鉴定的方法，其特征是包括以下步骤：利用竞争性等位基因特异性PCR检测权利要求2中所述的SNP位点，并采集荧光信号，获得卵形鲳鲹的性别；或利用高分辨率溶解曲线检测权利要求2中所述的SNP位点；或通过检测权利要求1中的所述Hsd17b1性腺转录本鉴定性别；或利用普通测序检测性腺中权利要求1所述Hsd17b1表达情况来鉴定卵形鲳鲹的性别。

5.根据权利要求4所述的卵形鲳鲹性别鉴定的方法，其特征是：利用竞争性等位基因特异性PCR检测SNP位点，并采集荧光信号，然后利用KASP标记分型，结果表明：杂合基因型和纯合基因型分别聚为两组，离坐标轴近的一组为纯合基因型，是雄性，另一组是杂合基因型，是雌性。

6.根据权利要求4所述的卵形鲳鲹性别鉴定的方法，其特征是：利用高分辨率溶解曲线检测SNP位点，利用罗氏480定量PCR仪检测荧光信号，结果表明：出现两类荧光变化曲线，变化快的一组为雌性，另一组为雄性。

7.根据权利要求4所述的卵形鲳鲹性别鉴定的方法，其特征是：通过检测所述Hsdl7b1性腺转录本鉴定性别，包括以下步骤：获取离体待检卵形鲳鲹样品性腺，提取总RNA，并反转录为cDNA，利用高通量测序仪进行转录组测序，利用软件BWA以卵形鲳鲹基因组或Hsd17b1序列为参考序列进行比对，分辨是否有序列跨过或覆盖如SEQ ID NO：1所示序列的第493～555位，当同时存在覆盖和跨过的序列则是雌性，当只存在跨过的序列则是雄性。

8.根据权利要求4所述的卵形鲳鲹性别鉴定的方法，其特征是：利用普通测序检测性腺Hsd17b1表达情况来鉴定卵形鲳鲹的性别，包括以下步骤：获取离体待检卵形鲳鲹样品性腺，提取总RNA，并反转录为cDNA，利用普通PCR扩增，利用琼脂糖凝胶比较表达量，有明显条带的个体是雌性，没有明显条带的个体是雄性。