CN113165866A - 细胞内递送生物分子以增强抗原呈递细胞功能 - Google Patents
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Abstract
本申请提供增强的抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂、和/或抗原、和/或佐剂；制造此类修饰的抗原呈递细胞的方法；以及使用此类修饰的抗原呈递细胞如用于调节个体的免疫应答的方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年10月4日提交的美国临时申请号62/741,491、2019年1月18日提交的美国临时申请号62/794,518和2019年9月11日提交的美国临时申请号62/898,935的优先权。所述申请各自的内容通过引用以其整体特此并入。
技术领域
本公开文本总体上涉及抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂；制造此类增强的抗原呈递细胞的方法；以及使用此类增强的抗原呈递细胞的方法，如用于调节个体的免疫应答。
背景技术
可以将免疫疗法分为两个主要干预类型，即被动干预或主动干预。被动方案包括施用预激活和/或工程化的细胞、疾病特异性治疗性抗体和/或细胞因子。主动免疫疗法策略涉及在体内刺激免疫系统效应子功能。当前几种主动方案包括使用疾病相关肽、裂解物或同种异体全细胞的疫苗接种策略；作为肿瘤抗原递送的媒介物的自体DC的输注；以及免疫检查点调节剂的输注。参见Papaioannou,Nikos E.等人Annals of translationalmedicine 4.14(2016)。
本文引用的所有参考文献(包括专利申请和出版物)均通过引用以其整体并入。
发明内容
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的肿瘤归巢的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，其中增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是与的基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森(Tapasin)、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种调节抗原呈递细胞的免疫活性的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂下调干扰素β的表达。在一些实施方案中，下调干扰素β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的活力的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。在一些实施方案中，上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂上调CCL2的表达。在一些实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的浆细胞样DC(pDC)形成的方法，所述方法包括：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。在一些实施方案中，上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些方面，本发明提供一种抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。在一些实施方案中，下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在上文方面的一些实施方案中，所述抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在上文方面和实施方案的一些实施方案中，所述抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特(resiquimod)。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
在上文方面的一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。
在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原是疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中。在一些实施方案中，所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。在一些实施方案中，所述PBMC被工程化以呈递抗原。
在上文方面和实施方案的一些实施方案中，所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
在上文方面和实施方案的一些实施方案中，所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。
在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原是疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些方面，本发明提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述细胞是通过本文所述的任何方法来制备。在一些方面，本发明提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是通过本文所述的任何方法来制备。
在一些方面，本发明提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述个体施用抗原呈递细胞，其中所述抗原呈递细胞是通过根据本文所述的任一种方法的过程来制备。在一些方面，本发明提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述个体施用树突细胞，其中所述树突细胞是通过根据本文所述的任一种方法的过程来制备。
附图说明
图1A显示用于评价抗原呈递细胞(APC)中共刺激分子的过表达是否可以增强APC诱导体外抗原特异性T细胞应答的能力的实验的代表性示意图。图1B显示在共递送或不共递送共刺激分子的情况下，加载抗原的APC对IFN-γ分泌的诱导的结果。
图2A显示用于评价APC中共刺激分子的过表达是否可以增强APC诱导体内CD8+ T细胞应答的能力的实验的代表性示意图。图2B显示在共递送或不共递送共刺激分子的情况下，加载抗原的APC对CD8+ T细胞中IFN-γ产生的诱导的结果。
图3A显示用于比较在静脉内或结内施用SQZ加载抗原的APC时抗原特异性CD8+ T细胞应答的实验的代表性示意图。图3B显示静脉内或结内施用的加载抗原的APC对CD8+ T细胞中IFN-γ产生的诱导的结果。
图4A显示用于评价SQZ介导的加载是否可以用于增强APC中归巢分子的水平的实验的代表性示意图。图4B显示在SQZ加载编码CD62L的mRNA之后4小时和24小时，APC中CD62L表达的表面水平。图4C显示在SQZ加载编码CCR7的mRNA之后4小时和24小时，APC中CCR7表达的表面水平。
图5A显示在人PBMC中进行编码CD86的mRNA的SQZ介导的加载之后4小时，在细胞表面上表达CD86的PBMC的每个子集的百分比。图5B显示在人PBMC进行编码IFNα2的mRNA的SQZ介导的加载之后4小时，表达IFNα2的PBMC的每个子集的百分比。
图6A显示在人PBMC中进行编码CD86的mRNA的SQZ介导的加载之后的指示时间点，在细胞表面上表达CD86的PBMC的T细胞子集的百分比。图6B显示在人PBMC中进行编码4-1BBL的mRNA的SQZ介导的加载之后的指示时间点，在细胞表面上表达4-1BBL的PBMC的T细胞子集的百分比。
图7显示在用于SQZ加载的mRNA的指示浓度下，在人PBMC中进行分别编码未修饰eGFP或用5-甲氧基尿苷骨架(5moU)修饰的eGFP的mRNA的SQZ介导的加载之后4小时，PBMC的T细胞子集中的GFP平均荧光强度(MFI)。
图8A显示在向人PBMC中SQZ加载编码IL-12a和编码IL-12b的mRNA并在37℃下孵育4小时后培养上清液中IL-12的水平。图8B显示在向人PBMC中SQZ加载编码IFNα的mRNA并在37℃下孵育4小时后培养上清液中IFNα的水平。图8C显示在向人PBMC中SQZ加载编码IFNα的mRNA并在37℃下孵育4小时后培养上清液中IFNα的水平。图8C显示在向人PBMC中SQZ加载编码IL-2的mRNA并在37℃下孵育4小时后培养上清液中IL-2的水平。
具体实施方式
抗原呈递细胞(APC)在诱导CTL的内源激活中具有关键作用。在此工作中，描述实施
平台以增强抗原呈递细胞的活力和/或功能。工程化的抗原呈递细胞可以用于调节针对各种适应症(包括癌症和感染性疾病)的免疫应答。通过使得增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能进行有效胞质溶胶递送，该平台已显示增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的能力。在一些实施方案中，抗原呈递细胞的增强的活力和/或功能包括但不限于增加的持久性、循环时间或体内寿命。
本申请在一些方面提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，使所述增强的抗原呈递细胞与调节抗原呈递细胞的体外维持和/或功能的另外的药剂进一步接触。
在其他方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原的活力和/或功能的所述药剂能够通过以形成扰动的输入抗原呈递细胞；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述抗原和所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞；从而生成包含增强所述抗原的活力和/或功能的所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞。
在又其他方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞；以及c)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。
通用技术
本领域技术人员大体上良好理解本文描述或提及的技术和程序并且一般使用常规方法来采用，所述常规方法如例如以下文献中描述的广泛使用的方法：MolecularCloning:A Laboratory Manual(Sambrook等人,第4版,Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Cold Spring Harbor,纽约,2012)；Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人编辑,2003)；丛书Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.)；PCR2:A Practical Approach(M.J.MacPherson、B.D.Hames和G.R.Taylor编辑,1995)；Antibodies,A Laboratory Manual(Harlow和Lane编辑,1988)；Culture of AnimalCells:A Manual of Basic Technique and Specialized Applications(R.I.Freshney,第6版,J.Wiley and Sons,2010)；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait编辑,1984)；Methods in Molecular Biology,Humana Press；Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis编辑,Academic Press,1998)；Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather和P.E.Roberts,Plenum Press,1998)；Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle、J.B.Griffiths和D.G.Newell编辑,J.Wiley and Sons,1993-8)；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir和C.C.Blackwell编辑,1996)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller和M.P.Calos编辑,1987)；PCR:The Polymerase Chain Reaction(Mullis等人编辑,1994)；CurrentProtocols in Immunology(J.E.Coligan等人编辑,1991)；Short Protocols inMolecular Biology(Ausubel等人编辑,J.Wiley and Sons,2002)；Immunobiology(C.A.Janeway等人,2004)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:A PracticalApproach(D.Catty.编辑,IRL Press,1988-1989)；Monoclonal Antibodies:A PracticalApproach(P.Shepherd和C.Dean编辑,Oxford University Press,2000)；UsingAntibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow和D.Lane,Cold Spring Harbor LaboratoryPress,1999)；The Antibodies(M.Zanetti和J.D.Capra编辑,Harwood AcademicPublishers,1995)；以及Cancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita等人编辑,J.B.Lippincott Company,2011)。
定义
出于解释本说明书的目的，以下定义将适用，并且在适当时，以单数形式使用的术语也包括复数含义，反之亦然。在下文阐述的任何定义与通过引用并入本文的任何文献发生冲突的情况下，应该以阐述的定义为准。
如本文所用，除非另外指出，否则单数形式“一个/一种(a)”、“一个/一种(an)”和“所述(the)”包括复数个指示物。
应理解，本文所述的本发明的方面和实施方案包括“包含”方面和实施方案，、“由方面和实施方案组成”，以及“基本上由方面和实施方案组成”。
如本文所用术语“约”是指本技术领域技术人员容易得知的相应值的常用误差范围。本文提及“约”一值或参数时包括(并描述)涉及该值或参数本身的实施方案。
如本文所用术语“抗原呈递细胞”或“APC”是指在MHC复合物上呈递可以引发抗原特异性T细胞应答的抗原的细胞。抗原呈递细胞可以是经典抗原呈递细胞，但是在一些实施方案中，抗原呈递细胞可以使被工程化以呈递抗原的任何细胞。在非限制性例子中，工程化以在MHC复合物上呈递抗原的T细胞是抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，从个体分离抗原呈递细胞。在一些实施方案中，抗原呈递细胞对于个体是自体的，其中所述细胞源自特定个体，通过本文所述的任何方法进行操纵，并将其返回所述特定个体。在一些实施方案中，抗原呈递细胞是同种异体的，其中群体源自一名个体，通过本文所述的任何方法进行操纵，并将其施用至另一个体。
如本文所用，“外周血单核细胞”或“PBMC”是指具有圆形核的血细胞的异质性群体。可以在PBMC群中发现的细胞的例子包括淋巴细胞，如T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和树突细胞。如本文所用的“PBMC群”或“多个PBMC”是指PBMC制剂，其包含至少两种类型的血细胞的细胞。在一些实施方案中，多个PBMC包含T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的两种或更多种。在一些实施方案中，多个PBMC包含T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的三种或更多种。在一些实施方案中，多个PBMC包含T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的四种或更多种。在一些实施方案中，多个PBMC包含T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和树突细胞。
PBMC可以通过本领域已知的手段来分离。例如，基于与其他血细胞相比的PBMC的密度，PBMC可以源自个体的外周血。在一些实施方案中，PBMC使用Ficoll(例如，ficoll梯度)源自个体的外周血。在一些实施方案中，PBMC使用
细胞分离系统源自个体的外周血。
如本文所用术语“孔”是指材料内的开口，包括但不限于洞、裂缝、空腔、孔口、断裂、间隙或穿孔。在一些例子中，(在指示的情况下)所述术语是指本公开文本的表面内的孔。在其他例子中，(在指示的情况下)孔可以是指细胞膜中的孔。
如本文所用术语“膜”是指含有孔的选择性屏障或薄片。所述术语包括用作边界或衬里的柔韧的片状结构。在一些例子中，所述术语是指含有孔的表面或过滤器。该术语与术语“细胞膜”不同。
如本文所用术语“过滤器”是指多孔物品，其允许选择性通过孔。在一些例子中，所述术语是指含有孔的表面或膜。
如本文所用术语“异质性”是指在结构或组成方面混合或不均匀的事物。在一些例子中，所述术语是指给定表面内具有多样性大小、形状或分布的孔。
如本文所用术语“同质性”是指在整个结构或组成方面一致或均匀的事物。在一些例子中，所述术语是指给定表面内具有一致大小、形状或分布的孔。
术语“异源的”在关于核酸序列(如编码序列和控制序列)时表示通常不接合在一起和/或通常与特定细胞无关的序列。因此，核酸构建体或载体的“异源”区域是在另一核酸分子内或与另一核酸分子附接的核酸区段，在自然界中未发现所述核酸区段与其他分子缔合。例如，核酸构建体的异源区域可以包括编码序列，所述编码序列侧接有在自然界中未发现与所述编码序列缔合的序列。异源编码序列的另一个例子是如下构建体，其中编码序列自身在自然界中未被发现(例如，具有与天然基因不同的密码子的合成序列)。类似地，出于本发明的目的，用通常不存在于细胞中的构建体转化的细胞将被认为是异源的。等位基因变异或天然存在的突变事件不产生如本文所用的异源DNA。
术语“异源的”在关于氨基酸序列(如肽序列和多肽序列)时表示通常不接合在一起和/或通常与特定细胞无关的序列。因此，肽序列的“异源”区域是在另一氨基酸分子内或与另一氨基酸分子附接的氨基酸区段，在自然界中未发现所述氨基酸区段与其他分子缔合。例如，肽构建体的异源区域可以包括肽的氨基酸序列，所述肽侧接在自然界中未发现与所述肽的氨基酸序列缔合的序列。异源肽序列的另一个例子是如下构建体，其中肽序列自身在自然界中未被发现(例如，具有与天然基因所编码不同的氨基酸的合成序列)。类似地，出于本发明的目的，用表达通常不存在于细胞中的氨基酸构建体的载体转化的细胞将被认为是异源的。等位基因变异或天然存在的突变事件不产生如本文所用的异源肽。
术语“外源”在关于涉及细胞的药剂(如抗原或佐剂)使用时，是指从细胞外部(即，从细胞外部)递送的药剂。细胞可能具有或可能不具有已经存在的药剂，并且在已递送外源药剂后可能产生或可能不产生所述药剂。
如本文所用，术语“抑制”可以是指阻断、减少、消除或以其他方式拮抗特定靶标的存在或活性的行为。抑制可以是指部分抑制或完全抑制。例如，抑制免疫应答可以是指导致免疫应答的阻断、减少、消除或任何其他拮抗的任何行为。在其他例子中，抑制核酸的表达可以包括但不限于减少核酸的转录、降低mRNA丰度(例如，使mRNA转录沉默)、降解mRNA、抑制mRNA翻译等。
如本文所用，术语“压制”可以是指降低、减少、禁止、限制、减轻或以其他方式减小特定靶标的存在或活性的行为。在一些例子中，术语“压制”可以是指降低、减少、禁止、限制、减轻或以其他方式减小全身性免疫应答的行为。压制可以是指部分压制或完全压制。例如，压制免疫应答可以是指导致降低、减少、禁止、限制、减轻或以其他方式减小免疫应答的任何行为。在其他例子中，压制核酸的表达可以包括但不限于减少核酸的转录、降低mRNA丰度(例如，使mRNA转录沉默)、降解mRNA、抑制mRNA翻译等。
如本文所用，术语“增强”可以是指改进、加强、提高或以其他方式增加特定靶标的存在或活性的行为。在一些例子中，术语“增强”可以是指改进、加强、提高或以其他方式增加全身性免疫应答的行为。例如，增强免疫应答可以是指导致改进、加强、提高或以其他方式增加免疫应答的任何行为。在一个示例性例子中，增强免疫应答可以是指采用抗原和/或佐剂来改进、加强、提高或以其他方式增加免疫应答。在其他例子中，增强核酸的表达可以包括但不限于增加核酸的转录、增加mRNA丰度(例如，增加mRNA转录)、减少mRNA降解、增加mRNA翻译等。
如本文所用，术语“调节”可以是指变动、改变、变更或以其他方式修改特定靶标的存在或活性的行为。例如，调节免疫应答可以是指导致变动、改变、变更或以其他方式修改免疫应答的任何行为。在其他例子中，调节核酸的表达可以包括但不限于改变核酸的转录、改变mRNA丰度(例如，增加mRNA转录)、相应地改变mRNA降解、改变mRNA翻译等。
如本文所用，术语“诱导”可以是指引发、促进、刺激、建立或以其他方式产生结果的行为。例如，诱导免疫应答可以是指导致引发、促进、刺激、建立或以其他方式产生所需免疫应答的任何行为。在其他例子中，诱导核酸的表达可以包括但不限于引发核酸的转录、引发mRNA翻译等。
如本文所用术语“同源的”是指源自相同生物体的分子。在一些例子中，所述术语是指通常在给定生物体内发现或表达的核酸或蛋白质。
如本文所用术语“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的聚合形式的核苷酸，即核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸。因此，该术语包括但不限于单链、双链或多链DNA或RNA、基因组DNA、cDNA、DNA-RNA杂合体或者包含嘌呤和嘧啶碱基或其他天然的、化学或生化修饰的、非天然的或衍生的核苷酸碱基的聚合物。多核苷酸的骨架可以包含糖和磷酸基团(如通常可在RNA或DNA中所发现的)，或者修饰或取代的糖或磷酸基团。可替代地，多核苷酸的骨架可以包含合成亚基(如氨基磷酸酯和硫代磷酸酯)的聚合物，并且因此可以是寡脱氧核苷氨基磷酸酯(P-NH2)或混合的氨基磷酸酯-磷酸二酯寡聚物。另外，通过合成互补链并使所述链在适当条件下退火，或者通过使用DNA聚合酶及适当引物从头合成互补链，可以从化学合成的单链多核苷酸产物获得双链多核苷酸。
术语“多肽”与“蛋白质”可互换使用，是指氨基酸残基的聚合物，并且并不限于最小长度。此类氨基酸残基聚合物可以含有天然或非天然氨基酸残基，并且包括但不限于氨基酸残基的肽、寡肽、二聚体、三聚体和多聚体。所述定义涵盖全长蛋白质及其片段二者。所述术语还包括多肽的表达后修饰，例如，糖基化、唾液酸化、乙酰化、磷酸化等。此外，出于本发明的目的，“多肽”是指如下蛋白质，其包括对天然序列的修饰，如缺失、添加和取代(通常为保守性的)，只要所述蛋白质维持所需活性即可。这些修饰可以是故意的，如通过定点诱变进行，或者可能是偶然的，如通过产生蛋白质的宿主的突变或由于PCR扩增所致的误差而发生。
如本文所用，术语“佐剂”是指调节和/或引起免疫应答的物质。通常，佐剂是与抗原结合施用，以实现如与单独的抗原相比，针对所述抗原的免疫应答的增强。本文中描述多种佐剂。
术语“CpG寡脱氧核苷酸”和“CpG ODN”是指含有由磷酸基隔开的胞嘧啶和鸟嘌呤的二核苷酸(本文中也称为“CpG”二核苷酸或“CpG”)的DNA分子。本公开文本的CpG ODN含有至少一个未甲基化的CpG二核苷酸。也就是说，CpG二核苷酸中的胞嘧啶没有被甲基化(即，不是5-甲基胞嘧啶)。CpG ODN可以具有部分或完全硫代磷酸酯(PS)骨架。
如本文所用，术语“抗体”是指免疫球蛋白分子及免疫球蛋白(Ig)分子的抗原结合部分或片段，即，含有特异性结合抗原的抗原结合位点的分子。术语抗体不仅涵盖完整的多克隆或单克隆抗体，而且涵盖其片段，如dAb、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、单链(scFv)或单结构域抗体(sdAb)。通常，“抗原结合片段”含有免疫球蛋白重链和/或轻链的至少一个CDR，其与目的抗原的至少一个表位结合。就此而言，抗原结合片段可以包含来自结合抗原的抗体的可变重链(VH)和可变轻链(VL)序列的1、2、3、4、5或所有6个CDR，如对于含有VH和VL的抗体通常为六个CDR(对于重链和轻链中的每一个，“CDR1”、“CDR2”和“CDR3”)，或者对于含有单一可变结构域的抗体为三个CDR。抗体片段或抗原结合片段包括单结构域抗体，如仅含VH或仅含VL的那些，包括例如骆驼科动物抗体(VHH)、鲨鱼抗体(VNAR)、纳米抗体或者工程化VH或VK结构域。
如本文所用，“药学上可接受的”或“药理学上相容的”意指并非在生物学上或其他方面不期望的材料，例如，可以将所述材料掺入施用至患者的药物组合物中而不引起任何显著的不期望生物学影响，或者所述材料不以有害方式与含有它的组合物中的任何其他组分相互作用。药学上可接受的载体或赋形剂优选地符合毒理学和制造测试要求的标准，和/或包括在美国食品药品监督管理局编制的非活性成分指南(Inactive Ingredient Guide)中。
对于本文所述的任何结构和功能特征，确定这些特征的方法是本领域中已知的。
用于增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述药剂包含蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述蛋白质或多肽是治疗性蛋白、抗体、融合蛋白、抗原、合成蛋白、报告标记或可选标记。在一些实施方案中，所述蛋白质是基因编辑蛋白或核酸酶，如锌指核酸酶(ZFN)、转录激活因子样效应子核酸酶(TALEN)、大范围核酸酶或CRE重组酶。在一些实施方案中，所述基因编辑蛋白或核酸酶是Cas9。在其他实施方案中，所述药剂包含具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的Cas9。在一些实施方案中，所述融合蛋白可以包括但不限于嵌合蛋白药物(如抗体药物缀合物)或重组融合蛋白(如用OST或链霉亲和素标记的蛋白质)。在一些实施方案中，所述药剂是转录因子。在一些实施方案中，所述药剂包含核酸。在一些实施方案中，所述药剂是核酸。示例性核酸包括但不限于重组核酸、DNA、重组DNA、cDNA、基因组DNA、RNA、siRNA、mRNA、saRNA、miRNA、lncRNA、tRNA和shRNA。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是同源的。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是异源的。在一些实施方案中，所述药剂是质粒。在一些实施方案中，所述药剂是核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物包含具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的Cas9和指导RNA。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC内所含的混合细胞群。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂调节免疫活性。在其他实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b或IL-15中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种干扰素调节因子(IRF)(如IRF3或IRF5)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4和/或TLR-9)的表达和/或活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节STING、RIG-I、AIM2、LRRF1P1或NLPR3中的一种或多种的表达和/或活性。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强抗原呈递。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调MHC-I和/或MHC-II的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调T细胞受体(TCR)的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的激活。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD25、KLRG1、CD80或CD86中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD80和/或CD86的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的归巢。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂调节Bcl-2、Bcl-3或Bcl-xL中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂诱导细胞命运或表型的改变。在一些实施方案中，诱导细胞命运或表型的改变的所述药剂调节Oct4、Sox2、c-Myc、Klf-4、Nanog、Lin28、Lin28B、T-bet或GATA3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质、核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。
在可以与本文所述的任何方法组合的一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至用于T细胞激活的位点。在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至淋巴结。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质、核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成具有增强的活力和/或功能的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。在可以与任何其他实施方案组合的一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含内源核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含修饰的核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种是膜结合的，如结合至修饰的抗原呈递细胞的膜。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种通过GPI锚与膜结合。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含跨膜结构域序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含GPI锚信号序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含鼠B7-1(B7TM)的跨膜结构域和胞质尾。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL18或IL-21中的一种或多种不与IL-2Rα链(CD25)结合和/或不结合IL-15Rα(CD215)。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种与IL-2Rβγc结合的亲和力高于相应的天然对应物，例如但不限于亲和力比天然对应物高5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％、2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，包含修饰的氨基酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型氨基酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，包含修饰的核苷酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型核苷酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，所述药剂包含以下的一种或多种模拟物：IL-2、IL-7、IL12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21，其中所述模拟物包含展示约以下中的任一项的核苷酸或蛋白质序列：与IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21的相应野生型序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，所述药剂包含IL-2模拟物。在一些实施方案中，所述药剂包含Neoleukin-2/15(Neo2/15)。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的肿瘤归巢的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成具有增强的肿瘤归巢的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：LMP2、LMP7、MECL-1或β5t。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节抗原呈递细胞的免疫活性的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂下调干扰素-β的表达。在其他实施方案中，下调干扰素-β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞中归巢受体的表达的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFNλ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。在其他实施方案中，上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂包含编码一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。在其他实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调以下中的一种或多种的表达：CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5。在其他实施方案中，上调CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述药剂增强所述增强的抗原呈递细胞归巢至淋巴结。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。在其他实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞中归巢受体的表达的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CCL2、CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5。在一些实施方案中，CCL2、CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CCL2、CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞中归巢受体的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞中归巢受体的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。在其他实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂包含编码CCL2的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递T细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成增强的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递T细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成增强的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的功能降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的功能降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的浆细胞样DC(pDC)形成的方法，所述方法包括：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。在其他实施方案中，上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成的所述药剂包含编码E2-2的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，E2-2的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，E2-2的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：Batf3、IRF8或Id2。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IRF4、RBJ、MgI或Mtg16。在一些实施方案中，IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的方法，所述方法包括：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。在其他实施方案中，下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的所述药剂包含靶向STAT3和/或Xbp1的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物。在一些实施方案中，STAT3和/或Xbp1的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，STAT3和/或Xbp1的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含被递送至抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的两种或更多种药剂。在其他实施方案中，根据上述修饰的抗原呈递细胞，增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述两种或更多种药剂选自以下中的一种或多种：肿瘤归巢剂、抗凋亡剂、T细胞激活剂、抗原加工剂、免疫活性调节剂、归巢受体或下调T细胞抑制的药剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂是改变细胞命运或细胞表型的药剂。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是体细胞重编程因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是去分化因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是转分化因子。在一些实施方案中，改变细胞表型的所述药剂是分化因子。在其他实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28或LIN28B中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是T-bet、GATA3中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5或HOXA9中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或细胞表型的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，本发明提供本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，其中将如本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何药剂通过除了将细胞通过缩窄部以外的手段递送至所述细胞，或者细胞外递送至所述细胞。在一些实施方案中，本发明提供本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，其中将如本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何药剂通过除了将细胞通过缩窄部以外的手段递送至所述细胞，或者细胞外递送至所述细胞，并且其中通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，本发明提供本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，其中将如本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何药剂通过除了将细胞通过缩窄部以外的手段递送至所述细胞，或者细胞外递送至所述细胞，并且其中所述抗原呈递细胞包含佐剂，其中通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，本发明提供本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，其中将如本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何药剂通过除了将细胞通过缩窄部以外的手段递送至所述细胞，或者细胞外递送至所述细胞，并且其中通过包括以下的方法将所述抗原和佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原和佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原和所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述抗原和所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，本发明提供本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，其中所述抗原呈递细胞包含抗原和/或佐剂，通过包括以下的方法将所述药剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原和所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。在一些实施方案中，将所述抗原和/或佐剂通过除了将细胞通过缩窄部以外的手段递送至所述细胞，或者细胞外递送至所述细胞。
在根据本文所述的任何一个实施方案的一些实施方案中，在包括以下的方法中将增强抗原的活力和/或功能的所述抗原、佐剂和/或药剂递送至抗原呈递细胞中：使输入抗原呈递细胞通过能量场。在一些实施方案中，所述能量场是光场、声场、磁场或电场中的一种或多种。在一些实施方案中，在包括以下的方法中将增强抗原的活力和/或功能的所述抗原、佐剂和/或药剂递送至抗原呈递细胞中：使输入抗原呈递细胞通过电场。在一些实施方案中，所述电场是在约0.1kV/m至约100MV/m之间，或其间的任何数字或数字范围。在根据本文所述的任何一个实施方案的一些实施方案中，通过电穿孔将增强抗原的活力和/或功能的所述抗原、佐剂和/或药剂递送至抗原呈递细胞中。
因此在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述抗原对于所述修饰的抗原呈递细胞是外源的并且包含免疫原性表位，并且所述佐剂存在于细胞内。外源抗原是来自所述抗原呈递细胞外部的来源的被引入要修饰的细胞中的一种或多种抗原。外源抗原可以包括如下抗原，所述抗原在引入所述外源抗原之前或之后可能存在于所述抗原呈递细胞中(即也存在于内源来源中)，并且因此可能由所述抗原呈递细胞产生(例如，由所述抗原呈递细胞的基因组编码)。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原的两个集合，第一集合包含所述抗原的内源来源，并且第二集合包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原在个体的疾病细胞中异位表达或过表达，并且所述修饰的抗原呈递细胞源自所述个体，并且包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原或其中所含免疫原性表位的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原是包含新表位的新生抗原(例如，自身改变的蛋白质或其部分)，并且所述修饰的抗原呈递细胞包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原或其包含新表位的片段的外源来源。在一些实施方案中，所述佐剂对于所述修饰的抗原呈递细胞是外源的。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或免疫原性表位和/或所述佐剂结合至所述抗原呈递细胞的表面。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述佐剂结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpGODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列，所述申请通过引用以其整体并入本文。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含选自A类、B类和C类CpG ODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含含有免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在患病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含与异源肽序列融合的免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原，其中所述抗原包含免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位对于其所递送至的细胞是异源的。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种包含多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，在向个体施用包含多种包含多个免疫原性表位的抗原的修饰的抗原呈递细胞后，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含所述佐剂。例如，在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：在约1pM与约10pM之间、在约10pM与约100pM之间、在约100pM与约1nM之间、在约1nM与约10nM之间、在约10nM与约100nM之间、在约100nM与约1μM之间、在约1μM与约10μM之间、在约10μM与约100μM之间、在约100μM与约1mM之间或在1mM与约10mM之间。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中所述药剂与佐剂的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含复合物，所述复合物包含：a)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂，b)所述药剂和至少另一种药剂，c)所述药剂和所述抗原，d)所述药剂和所述佐剂，和/或e)所述药剂、所述抗原和所述佐剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含另外的药剂，如与不含所述另外的药剂的相应修饰的抗原呈递细胞相比，所述另外的药剂增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能。在一些实施方案中，所述另外的药剂是稳定剂或辅因子。在一些实施方案中，所述药剂是白蛋白。在一些实施方案中，所述白蛋白是小鼠、牛或人白蛋白。在一些实施方案中，所述另外的药剂是二价金属阳离子、葡萄糖、ATP、钾、甘油、海藻糖、D-蔗糖、PEG1500、L-精氨酸、L-谷氨酰胺或EDTA。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以调节MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的T细胞包含进一步修饰以调节MHC II类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHCII类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHC II类表达。在一些实施方案中，与个体中响应于在同种异体背景下施用不含所述进一步修饰的相应修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答相比，个体中响应于在同种异体背景下施用所述修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答有所降低。在一些实施方案中，与不含所述进一步修饰的相应修饰的T细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性相比，所述修饰的抗原呈递细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性有所增加。
在某些方面，提供一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、抗原和佐剂能够通过以形成扰动的输入抗原呈递细胞；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂、所述抗原和所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞；从而生成包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂的所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约1pM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约0.1μM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约0.1μM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约0.1μM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述抗原的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。
在一些实施方案中，本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法包括采用使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部的过程。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据本文所述的任何方法通过采用包括使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程制备，所述过程包括使所述输入抗原呈递细胞通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入抗原呈递细胞通过所述缩窄部时，向所述输入抗原呈递细胞施加变形力，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动。
输入抗原呈递细胞可以从多种来源获得，包括外周血单核细胞(PBMC)、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织和肿瘤。在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，所述输入抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。在本发明的一些实施方案中，可以使用本领域中可得的PBMC亚型群的任何数量的细胞系，如T细胞系或B细胞系。在本发明的一些实施方案中，PBMC的各种亚型群可以从自受试者收集的一单位血液获得，所述血液是使用技术人员已知的任何数量的技术(如FicollTM分离)来收集。在一些实施方案中，通过单采术获得来自个体循环血液的细胞。单采术产物通常含有淋巴细胞，包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞、其他有核白细胞、红细胞和血小板。在一些实施方案中，可以洗涤通过单采术收集的细胞以去除血浆级分，并且将所述细胞置于适当缓冲液或介质中用于后续处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液缺少钙并且可能缺少镁，或者可能缺少多种(如果并非全部)二价阳离子。如本领域普通技术人员可容易了解，洗涤步骤可以通过本领域中技术人员已知的方法来完成，如通过根据制造商的说明书使用半自动化“流通式”离心机(例如，Cobe 2991细胞处理器、Baxter CytoMate或Haemonetics Cell Saver 5)来完成。在洗涤后，可以将细胞重悬于多种生物相容缓冲液中，如无Ca2+、无Mg2+的PBS、PlasmaLyte A或者具有或不具有缓冲液的其他盐水溶液。可替代地，可以去除单采术样品中不期望的组分并将细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，通过裂解红细胞并耗尽单核细胞(例如，通过经由PERCOLLTM梯度离心或通过逆流离心淘洗)，从外周血淋巴细胞分离T细胞。T细胞的特定子群体(如CD3+、CD28+、CD4+、CD8+、CD45RA+,CD45RO+ T细胞和γδ-T细胞)可以通过阳性或阴性选择技术进一步分离。例如，在一些实施方案中，通过与抗CD3/抗CD28(即，3×28)缀合的珠(如
M-450 CD3/CD28 T)一起孵育足以对所需T细胞进行阳性选择的时间段来分离T细胞。在一些实施方案中，所述时间段为约30分钟。在一些实施方案中，所述时间段的范围为30分钟至36小时或更长以及其间的所有整数值。在一些实施方案中，所述时间段为至少1、2、3、4、5或6小时。在一些实施方案中，所述时间段为10至24小时。在一些实施方案中，所述孵育时间段为24小时。对于从患有白血病的患者分离T细胞，使用更长孵育时间(如24小时)可以增加细胞产量。在其中如与其他细胞类型相比T细胞较少的任何情况下，如在从肿瘤组织或从免疫受损的个体分离肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)时，可以使用更长孵育时间来分离T细胞。此外，使用更长孵育时间可以增加捕获CD8+ T细胞的效率。因此，通过简单地缩短或延长允许T细胞与CD3/CD28珠结合的时间和/或通过增加或降低珠与T细胞的比率，可以在培养启动时或在所述过程期间的其他时间点优先选择或淘汰T细胞的子群体。另外，通过增加或降低珠或其他表面上抗CD3和/或抗CD28抗体的比率，可以在培养启动时或在其他所需时间点优先选择或淘汰T细胞的子群体。熟练的技术人员将认识到，在本发明的背景下也可以使用多轮选择。在一些实施方案中，可能需要进行选择程序并在激活和扩增过程中使用“未选择的”细胞(阴性选择)。也可以使“未选择的”细胞再经历几轮选择。
通过阴性选择富集T细胞群可以用针对阴性选择的细胞独有的表面标记的抗体的组合来完成。一种方法是通过阴性磁性免疫粘附或流式细胞术进行细胞分选和/或选择，其使用针对存在于阴性选择的细胞上的细胞表面标记的单克隆抗体的鸡尾酒剂。例如，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体鸡尾酒剂通常包括针对以下的抗体：CD 14、CD20、CD11b、CD 16、HLA-DR和CD8。在一些实施方案中，可能需要对通常表达CD4+、CD25+、CD62Lhi、GITR+和FoxP3+的调节T细胞进行富集或阳性选择。可替代地，在一些实施方案中，通过抗CD25缀合的珠或其他类似的选择方法耗尽T调节细胞。
对于通过阳性或阴性选择分离所需细胞群，可以改变细胞浓度和表面(例如，颗粒，如珠)。在一些实施方案中，可能需要显著减小珠与细胞混合在一起的体积(即，增加细胞浓度)，以确保细胞与珠的最大接触。例如，在一些实施方案中，使用约20亿个细胞/mL的浓度。在一些实施方案中，使用约10亿个细胞/mL的浓度。在一些实施方案中，使用超过约1亿个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约以下中的任一项的细胞浓度：1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万或5000万个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约以下中的任一项的细胞浓度：7500万、8000万、8500万、9000万、9500万或1亿个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约1亿2500万或约1亿5000万个细胞/mL的浓度。使用高浓度可以导致增加的细胞产量、细胞激活和细胞扩增。此外，使用高细胞浓度允许更有效地捕获可能弱表达目的靶抗原的细胞，如CD28阴性T细胞，或者从存在许多肿瘤细胞的样品(即，白血病血液、肿瘤组织等)捕获。此类细胞群可能具有治疗价值并且将是期望获得的。例如，使用高细胞浓度允许更有效地选择通常具有较弱CD28表达的CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的任何方法，其中所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，所述输入抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。在一些实施方案中，所述PBMC被工程化以呈递抗原。在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢。在一些实施方案中，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述药剂增强T细胞激活。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工和加载至MHC-1中。在一些实施方案中，所述药剂调节免疫活性。在一些实施方案中，所述药剂是归巢受体。在一些实施方案中，所述药剂下调T细胞抑制。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进或抑制所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
因此在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述抗原对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的并且包含免疫原性表位，并且所述佐剂存在于细胞内。外源抗原是来自所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部的来源的被引入要修饰的细胞中的一种或多种抗原。外源抗原可以包括如下抗原，所述抗原在引入所述外源抗原之前或之后可能存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中(即也存在于内源来源中)，并且因此可能由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC产生(例如，由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的基因组编码)。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原的两个集合，第一集合包含所述抗原的内源来源，并且第二集合包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原在个体的疾病细胞中异位表达或过表达，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC源自所述个体，并且包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其中所含免疫原性表位的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原是包含新表位的新生抗原(例如，自身改变的蛋白质或其部分)，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其包含新表位的片段的外源来源。在一些实施方案中，所述佐剂对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或免疫原性表位和/或所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpG ODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列，所述申请通过引用以其整体并入本文。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含选自A类、B类和C类CpG ODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含含有免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在患病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含与异源肽序列融合的免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原包含免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文所述的增强单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的活力和/或功能的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种含有多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，在向个体施用包含多种包含多个免疫原性表位的抗原的所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC后，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，本文所述的增强调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的方法包括采用使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的过程。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据本文所述的任何方法通过采用包括使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程制备，所述过程包括使所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过所述缩窄部时，向所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC施加变形力，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动。
在一些实施方案中，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述细胞是通过本文所述的任何方法来制备。
在一些实施方案中，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是通过本文所述的任何方法来制备。
在一些实施方案中，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述个体施用抗原呈递细胞，其中所述抗原呈递细胞是通过根据本文所述的任何方法的过程来制备。
在一些实施方案中，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述个体施用树突细胞，其中所述树突细胞是通过根据本文所述的任何方法的过程来制备。
修饰的抗原呈递细胞
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原的活力和/或功能的所述药剂能够通过以形成扰动的输入抗原呈递细胞；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述抗原和所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞；从而生成包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞。
在根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞的一些实施方案中，所述药剂包含蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述蛋白质或多肽是治疗性蛋白、抗体、融合蛋白、抗原、合成蛋白、报告标记或可选标记。在一些实施方案中，所述蛋白质是基因编辑蛋白或核酸酶，如锌指核酸酶(ZFN)、转录激活因子样效应子核酸酶(TALEN)、大范围核酸酶或CRE重组酶。在一些实施方案中，所述基因编辑蛋白或核酸酶是Cas 9。在其他实施方案中，所述药剂包含具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的Cas9。在一些实施方案中，所述融合蛋白可以包括但不限于嵌合蛋白药物(如抗体药物缀合物)或重组融合蛋白(如用OST或链霉亲和素标记的蛋白质)。在一些实施方案中，所述药剂是转录因子。在一些实施方案中，所述药剂包含核酸。在一些实施方案中，所述药剂是核酸。示例性核酸包括但不限于重组核酸、DNA、重组DNA、cDNA、基因组DNA、RNA、siRNA、mRNA、saRNA、miRNA、lncRNA、tRNA和shRNA。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是同源的。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是异源的。在一些实施方案中，所述药剂是质粒。在一些实施方案中，所述药剂是核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物包含具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的Cas9和指导RNA。
在根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞的一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC内所含的混合细胞群。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂调节免疫活性。在其他实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b或IL-15中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种干扰素调节因子(IRF)(如IRF3或IRF5)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4和/或TLR-9)的表达和/或活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节STING、RIG-I、AIM2、LRRF1P1或NLPR3中的一种或多种的表达和/或活性。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强抗原呈递。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调MHC-I和/或MHC-II的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调T细胞受体(TCR)的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的激活。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD25、KLRG1、CD80或CD86中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD80和/或CD86的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的归巢。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂调节Bcl-2、Bcl-3或Bcl-xL中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂诱导细胞命运或表型的改变。在一些实施方案中，诱导细胞命运或表型的改变的所述药剂调节Oct4、Sox2、c-Myc、Klf-4、Nanog、Lin28、Lin28B、T-bet或GATA3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的基因编辑复合物。
在根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞的一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至用于T细胞激活的位点。在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至淋巴结。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质、核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成具有增强的活力和/或功能的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。在可以与任何其他实施方案组合的一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含内源核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含修饰的核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种是膜结合的，如结合至修饰的抗原呈递细胞的膜。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种通过GPI锚与膜结合。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含跨膜结构域序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含GPI锚信号序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含鼠B7-1(B7TM)的跨膜结构域和胞质尾。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种不与IL-2Rα链(CD25)结合和/或不结合IL-15Rα(CD215)。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种与IL-2Rβγc结合的亲和力高于相应的天然对应物，例如但不限于亲和力比天然对应物高5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％、2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，包含修饰的氨基酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型氨基酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，包含修饰的核苷酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型核苷酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，所述药剂包含以下的一种或多种模拟物：IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21，其中所述模拟物包含展示约以下中的任一项的核苷酸或蛋白质序列：与IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21的相应野生型序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，与相应的野生型对应物相比，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种或者IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的模拟物展示结构修饰。在一些实施方案中，所述药剂包含IL-2模拟物。在一些实施方案中，所述药剂包含Neoleukin-2/15(Neo-2/15)。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强肿瘤归巢的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含抗凋亡剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞的活力的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原加工的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：LMP2、LMP7、MECL-1或β5t。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含调节免疫活性的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂下调干扰素-β的表达。在其他实施方案中，下调干扰素-β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞中归巢受体的表达的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。在其他实施方案中，上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂包含编码一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。在其他实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂包含编码CCL2的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含激活T细胞的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含激活T细胞的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递T细胞，其包含激活T细胞的药剂，其中所述修饰的抗原呈递T细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递T细胞，如增强的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含下调T细胞抑制的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。
在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递T细胞，其包含下调T细胞抑制的药剂，其中所述修饰的抗原呈递T细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递T细胞，如增强的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。
在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其包含促进DC形成的药剂，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其包含促进浆细胞样DC(pDC)形成的药剂，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。在其他实施方案中，上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在某些方面，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其包含促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：Batf3、IRF8或Id2。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其包含促进CD11b+DC形成的药剂，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在某些方面，提供一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其包含抑制pDC和经典DC形成的药剂，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。在其他实施方案中，下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含被递送至抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的两种或更多种药剂。在其他实施方案中，根据上述修饰的抗原呈递细胞，增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述两种或更多种药剂选自以下中的一种或多种：肿瘤归巢剂、抗凋亡剂、T细胞激活剂、抗原加工剂、免疫活性调节剂、归巢受体或下调T细胞抑制的药剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂是改变细胞命运或细胞表型的药剂。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是体细胞重编程因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是去分化因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是转分化因子。在一些实施方案中，改变细胞表型的所述药剂是分化因子。在其他实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28或LIN28B中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是T-bet、GATA3中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5或HOXA9中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或细胞表型的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
因此在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述抗原对于所述修饰的抗原呈递细胞是外源的并且包含免疫原性表位，并且所述佐剂存在于细胞内。外源抗原是来自所述抗原呈递细胞外部的来源的被引入要修饰的细胞中的一种或多种抗原。外源抗原可以包括如下抗原，所述抗原在引入所述外源抗原之前或之后可能存在于所述抗原呈递细胞中(即也存在于内源来源中)，并且因此可能由所述抗原呈递细胞产生(例如，由所述抗原呈递细胞的基因组编码)。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原的两个集合，第一集合包含所述抗原的内源来源，并且第二集合包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原在个体的疾病细胞中异位表达或过表达，并且所述修饰的抗原呈递细胞源自所述个体，并且包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原或其中所含免疫原性表位的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原是包含新表位的新生抗原(例如，自身改变的蛋白质或其部分)，并且所述修饰的抗原呈递细胞包含在要修饰的抗原呈递细胞外部产生并引入所述抗原呈递细胞中的所述抗原或其包含新表位的片段的外源来源。在一些实施方案中，所述佐剂对于所述修饰的抗原呈递细胞是外源的。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的T细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或免疫原性表位和/或所述佐剂结合至所述修饰的T细胞的表面。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述佐剂结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpG ODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含选自A类、B类和C类CpGODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含含有免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在患病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含与异源肽序列融合的免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原，其中所述抗原包含免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种包含多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，在向个体施用包含多种包含多个免疫原性表位的抗原的修饰的抗原呈递细胞后，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含所述佐剂。例如，在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：在约1pM与约10pM之间、在约10pM与约100pM之间、在约100pM与约1nM之间、在约1nM与约10nM之间、在约10nM与约100nM之间、在约100nM与约1μM之间、在约1μM与约10μM之间、在约10μM与约100μM之间、在约100μM与约1mM之间或在1mM与约10mM之间。
在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中所述药剂与佐剂的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含复合物，所述复合物包含：a)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂，b)所述药剂和至少另一种药剂，c)所述药剂和所述抗原，d)所述药剂和所述佐剂，和/或e)所述药剂、所述抗原和所述佐剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞还包含另外的药剂，如与不含所述另外的药剂的相应修饰的抗原呈递细胞相比，所述另外的药剂增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能。在一些实施方案中，所述另外的药剂是稳定剂或辅因子。在一些实施方案中，所述药剂是白蛋白。在一些实施方案中，所述白蛋白是小鼠、牛或人白蛋白。在一些实施方案中，所述另外的药剂是二价金属阳离子、葡萄糖、ATP、钾、甘油、海藻糖、D-蔗糖、PEG1500、L-精氨酸、L-谷氨酰胺或EDTA。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以调节MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的T细胞包含进一步修饰以调节MHC II类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHC II类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHC II类表达。在一些实施方案中，与个体中响应于在同种异体背景下施用不含所述进一步修饰的相应修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答相比，个体中响应于在同种异体背景下施用所述修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答有所降低。在一些实施方案中，与不含所述进一步修饰的相应修饰的T细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性相比，所述修饰的抗原呈递细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性有所增加。
在某些方面，提供一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂、抗原和佐剂，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂能够通过以形成扰动的输入抗原呈递细胞；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述抗原和所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞；从而生成包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂的所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约1pM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约0.1μM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约0.1μM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约0.1μM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述抗原的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。
在一些实施方案中，本文所述的修饰的抗原呈递细胞是通过采用使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部的过程来制备。在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据通过采用包括使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程制备的本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述过程包括使所述输入抗原呈递细胞通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入抗原呈递细胞通过所述缩窄部时，向所述输入抗原呈递细胞施加变形力，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动。
输入抗原呈递细胞可以从多种来源获得，包括外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织和肿瘤。在一些实施方案中，所述输入抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞或单核细胞。在本发明的一些实施方案中，可以使用本领域中可得的PBMC亚型群的任何数量的细胞系，如T细胞系或B细胞系。在本发明的一些实施方案中，PBMC的各种亚型群可以从自受试者收集的一单位血液获得，所述血液是使用技术人员已知的任何数量的技术(如FicollTM分离)来收集。在一些实施方案中，通过单采术获得来自个体循环血液的细胞。单采术产物通常含有淋巴细胞，包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞、其他有核白细胞、红细胞和血小板。在一些实施方案中，可以洗涤通过单采术收集的细胞以去除血浆级分，并且将所述细胞置于适当缓冲液或介质中用于后续处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液缺少钙并且可能缺少镁，或者可能缺少多种(如果并非全部)二价阳离子。如本领域普通技术人员可容易了解，洗涤步骤可以通过本领域中技术人员已知的方法来完成，如通过根据制造商的说明书使用半自动化“流通式”离心机(例如，Cobe2991细胞处理器、Baxter CytoMate或Haemonetics Cell Saver 5)来完成。在洗涤后，可以将细胞重悬于多种生物相容缓冲液中，如无Ca2+、无Mg2+的PBS、PlasmaLyte A或者具有或不具有缓冲液的其他盐水溶液。可替代地，可以去除单采术样品中不期望的组分并将细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，通过裂解红细胞并耗尽单核细胞(例如，通过经由PERCOLLTM梯度离心或通过逆流离心淘洗)，从外周血淋巴细胞分离T细胞。T细胞的特定子群体(如CD3+、CD28+、CD4+、CD8+、CD45RA+,CD45RO+ T细胞和γδ-T细胞)可以通过阳性或阴性选择技术进一步分离。例如，在一些实施方案中，通过与抗CD3/抗CD28(即，3×28)缀合的珠(如
M-450 CD3/CD28 T)一起孵育足以对所需T细胞进行阳性选择的时间段来分离T细胞。在一些实施方案中，所述时间段为约30分钟。在一些实施方案中，所述时间段的范围为30分钟至36小时或更长以及其间的所有整数值。在一些实施方案中，所述时间段为至少1、2、3、4、5或6小时。在一些实施方案中，所述时间段为10至24小时。在一些实施方案中，所述孵育时间段为24小时。对于从患有白血病的患者分离T细胞，使用更长孵育时间(如24小时)可以增加细胞产量。在其中如与其他细胞类型相比T细胞较少的任何情况下，如在从肿瘤组织或从免疫受损的个体分离肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)时，可以使用更长孵育时间来分离T细胞。此外，使用更长孵育时间可以增加捕获CD8+ T细胞的效率。因此，通过简单地缩短或延长允许T细胞与CD3/CD28珠结合的时间和/或通过增加或降低珠与T细胞的比率，可以在培养启动时或在所述过程期间的其他时间点优先选择或淘汰T细胞的子群体。另外，通过增加或降低珠或其他表面上抗CD3和/或抗CD28抗体的比率，可以在培养启动时或在其他所需时间点优先选择或淘汰T细胞的子群体。熟练的技术人员将认识到，在本发明的背景下也可以使用多轮选择。在一些实施方案中，可能需要进行选择程序并在激活和扩增过程中使用“未选择的”细胞(阴性选择)。也可以使“未选择的”细胞再经历几轮选择。
通过阴性选择富集T细胞群可以用针对阴性选择的细胞独有的表面标记的抗体的组合来完成。一种方法是通过阴性磁性免疫粘附或流式细胞术进行细胞分选和/或选择，其使用针对存在于阴性选择的细胞上的细胞表面标记的单克隆抗体的鸡尾酒剂。例如，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体鸡尾酒剂通常包括针对以下的抗体：CD 14、CD20、CD11b、CD 16、HLA-DR和CD8。在一些实施方案中，可能需要对通常表达CD4+、CD25+、CD62Lhi、GITR+和FoxP3+的调节T细胞进行富集或阳性选择。可替代地，在一些实施方案中，通过抗CD25缀合的珠或其他类似的选择方法耗尽T调节细胞。
对于通过阳性或阴性选择分离所需细胞群，可以改变细胞浓度和表面(例如，颗粒，如珠)。在一些实施方案中，可能需要显著减小珠与细胞混合在一起的体积(即，增加细胞浓度)，以确保细胞与珠的最大接触。例如，在一些实施方案中，使用约20亿个细胞/mL的浓度。在一些实施方案中，使用约10亿个细胞/mL的浓度。在一些实施方案中，使用超过约1亿个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约以下中的任一项的细胞浓度：1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万或5000万个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约以下中的任一项的细胞浓度：7500万、8000万、8500万、9000万、9500万或1亿个细胞/mL。在一些实施方案中，使用约1亿2500万或约1亿5000万个细胞/mL的浓度。使用高浓度可以导致增加的细胞产量、细胞激活和细胞扩增。此外，使用高细胞浓度允许更有效地捕获可能弱表达目的靶抗原的细胞，如CD28阴性T细胞，或者从存在许多肿瘤细胞的样品(即，白血病血液、肿瘤组织等)捕获。此类细胞群可能具有治疗价值并且将是期望获得的。例如，使用高细胞浓度允许更有效地选择通常具有较弱CD28表达的CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，所述输入抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞或单核细胞。在一些实施方案中，所述PBMC被工程化以呈递抗原。在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢。在一些实施方案中，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述药剂增强T细胞激活。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工和加载至MHC-1中。在一些实施方案中，所述药剂调节免疫活性。在一些实施方案中，所述药剂是归巢受体。在一些实施方案中，所述药剂下调T细胞抑制。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进或抑制所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
因此在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述抗原对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的并且包含免疫原性表位，并且所述佐剂存在于细胞内。外源抗原是来自所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部的来源的被引入要修饰的细胞中的一种或多种抗原。外源抗原可以包括如下抗原，所述抗原在引入所述外源抗原之前或之后可能存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中(即也存在于内源来源中)，并且因此可能由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC产生(例如，由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的基因组编码)。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原的两个集合，第一集合包含所述抗原的内源来源，并且第二集合包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原在个体的疾病细胞中异位表达或过表达，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC源自所述个体，并且包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其中所含免疫原性表位的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原是包含新表位的新生抗原(例如，自身改变的蛋白质或其部分)，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其包含新表位的片段的外源来源。在一些实施方案中，所述佐剂对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或免疫原性表位和/或所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpGODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpG ODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含选自A类、B类和C类CpG ODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含含有免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在患病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含与异源肽序列融合的免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原包含免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种含有多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，在向个体施用包含多种包含多个免疫原性表位的抗原的所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC后，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，调节单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的功能的方法包括采用使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的过程。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据本文所述的任何方法通过采用包括使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程制备，所述过程包括使所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过所述缩窄部时，向所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC施加变形力，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动。
在一些实施方案中，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述个体施用本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述施用本文所述的任何修饰的树突细胞。
组合物
在某些方面，提供一种组合物(例如，药物组合物)，其包含修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞包含根据本文所述的任何实施方案的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述组合物是包含所述修饰的抗原呈递细胞和药学上可接受的载体的药物组合物。
用于调节免疫应答的方法
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，其包括向所述个体施用根据本文所述的任何实施方案的修饰的抗原呈递细胞、根据本文所述的任何实施方案的组合物或根据本文所述的任何实施方案的药物组合物。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成修饰的抗原呈递细胞；以及c)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成修饰的抗原呈递细胞；以及c)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，所述抗原被封装在纳米颗粒中。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，所述药剂被封装在纳米颗粒中。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，所述佐剂被封装在纳米颗粒中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述药剂包含蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质或多肽。在一些实施方案中，所述蛋白质或多肽是治疗性蛋白、抗体、融合蛋白、抗原、合成蛋白、报告标记或可选标记。在一些实施方案中，所述蛋白质是基因编辑蛋白或核酸酶，如锌指核酸酶(ZFN)、转录激活因子样效应子核酸酶(TALEN)、大范围核酸酶或CRE重组酶。在一些实施方案中，所述基因编辑蛋白或核酸酶是CRISPR。在其他实施方案中，所述药剂包含具有或不具有用于同源重组的ssODN的CRISPR。在一些实施方案中，所述融合蛋白可以包括但不限于嵌合蛋白药物(如抗体药物缀合物)或重组融合蛋白(如用OST或链霉亲和素标记的蛋白质)。在一些实施方案中，所述药剂是转录因子。在一些实施方案中，所述药剂包含核酸。在一些实施方案中，所述药剂是核酸。示例性核酸包括但不限于重组核酸、DNA、重组DNA、cDNA、基因组DNA、RNA、siRNA、mRNA、saRNA、miRNA、lncRNA、tRNA和shRNA。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是同源的。在一些实施方案中，所述核酸与细胞中的核酸是异源的。在一些实施方案中，所述药剂是质粒。在一些实施方案中，所述药剂是核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法的一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，其中所述修饰的抗原呈递细胞或增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂调节免疫活性。在其他实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b或IL-15中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种干扰素调节因子(IRF)(如IRF3或IRF5)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种toll样受体(TLR)(如TLR-4和/或TLR-9)的表达和/或活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的表达。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节一种或多种模式识别受体(PRR)的活性。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂调节STING、RIG-I、AIM2、LRRF1P1或NLPR3中的一种或多种的表达和/或活性。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强抗原呈递。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调MHC-I和/或MHC-II的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递的所述药剂上调T细胞受体(TCR)的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的激活。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD25、KLRG1、CD80或CD86中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD80和/或CD86的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的激活。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的激活的所述药剂调节CD25、KLRG1、CD80或CD86中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的归巢。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂调节Bcl-2、Bcl-3或Bcl-xL中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，其中所述增强的抗原呈递细胞包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，并且其中所述输入抗原呈递细胞是PBMC，所述药剂诱导细胞命运或表型的改变。在一些实施方案中，诱导细胞命运或表型的改变的所述药剂调节Oct4、Sox2、c-Myc、Klf-4、Nanog、Lin28、Lin28B、T-bet或GATA3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物包含具有或不具有用于同源重组或同源定向修复的ssODN的Cas9和指导RNA。
在根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法的一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至用于T细胞激活的位点。
在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞归巢至淋巴结。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂调节CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述药剂是蛋白质、核酸或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA或mRNA。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞至用于T细胞激活的位点的归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成具有增强的活力和/或功能的所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。在可以与任何其他实施方案组合的一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含内源核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含修饰的核苷酸或蛋白质序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种是膜结合的，如结合至修饰的抗原呈递细胞的膜。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种通过GPI锚与膜结合。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含跨膜结构域序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含GPI锚信号序列。在一些实施方案中，IL-2、IL-7、IL-12a、IL12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种包含鼠B7-1(B7TM)的跨膜结构域和胞质尾。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL18或IL-21中的一种或多种不与IL-2Rα链(CD25)结合和/或不结合IL-15Rα(CD215)。在一些实施方案中，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种与IL-2Rβγc结合的亲和力高于相应的天然对应物，例如但不限于亲和力比天然对应物高5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％、2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，包含修饰的氨基酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型氨基酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，包含修饰的核苷酸序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种展示约以下中的任一项：与相应野生型核苷酸序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，所述药剂包含以下的一种或多种模拟物：IL-2、IL-7、IL12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21，其中所述模拟物包含展示约以下中的任一项的核苷酸或蛋白质序列：与IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21的相应野生型序列的80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相似性。在一些实施方案中，与相应的野生型对应物相比，包含修饰的序列的IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种或者IL-2、IL-7、IL-12a、IL-12b、IL-15、IL-18或IL-21中的一种或多种的模拟物展示结构修饰。在一些实施方案中，所述药剂包含IL-2模拟物。在一些实施方案中，所述药剂包含Neoleukin-2/15(Neo2/15)。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及；b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成具有增强的肿瘤归巢的所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的肿瘤归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞的活力的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：LMP2、LMP7、MECL-1或β5t。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强抗原加工和/或加载的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原加工和/或加载增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素、III型干扰素和Shp2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，调节免疫活性的所述药剂下调干扰素-β的表达。在其他实施方案中，下调干扰素-β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的功能和/或成熟的所述药剂上调IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达。在一些实施方案中，增强抗原呈递细胞中归巢受体的表达的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IFN-α2、IFN-β、IFN-γ、IFN-λ1、IFN-λ2或IFN-λ3中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的成熟增强约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。在其他实施方案中，上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂包含编码一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，一种或多种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的抗原呈递细胞的循环半衰期和/或体内持久性增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。在其他实施方案中，上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂包含编码CCL2的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CCL2的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的归巢和/或选择性归巢增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递细胞的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递T细胞，其中所述修饰的抗原呈递T细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，增强T细胞激活的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递T细胞诱导的T细胞激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的抗原呈递T细胞的激活增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNARNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递细胞相比，由包含所述药剂的抗原呈递细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是树突细胞。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递T细胞，其中所述修饰的抗原呈递T细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递T细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递T细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递T细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递T细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递T细胞，从而生成所述修饰的抗原呈递T细胞。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种小分子：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。
在一些实施方案中，下调T细胞抑制的所述药剂包含靶向以下中的一种或多种的一种或多种抗体或其片段：LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA、GITR或ICOS中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，LAG3、VISTA、TIM1、B7H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的活性降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，由包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞诱导的T细胞抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的抗原呈递T细胞相比，包含所述药剂的所述抗原呈递T细胞的抑制降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。在其他实施方案中，上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成的所述药剂包含编码E2-2的一种或多种mRNA。在一些实施方案中，E2-2的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，E2-2的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：Batf3、IRF8或Id2。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。在其他实施方案中，上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，促进CD11b+DC形成的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：IRF4、RBJ、MgI或Mtg16。在一些实施方案中，IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，其中所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞是通过包括以下的过程来制备：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞，从而生成所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。在一些实施方案中，抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。在其他实施方案中，下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。在一些实施方案中，所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。在一些实施方案中，所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。在一些实施方案中，抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的所述药剂包含靶向STAT3和/或Xbp1的一种或多种Cas9-gRNA RNP复合物。在一些实施方案中，STAT3和/或Xbp1的表达降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，STAT3和/或Xbp1的表达降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成降低约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，与不含所述药剂的相应单核细胞或单核细胞-树突祖细胞相比，来自包含所述药剂的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成降低约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含被递送至抗原呈递细胞的增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的两种或更多种药剂。在其他实施方案中，根据上述修饰的抗原呈递细胞，增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述两种或更多种药剂选自以下中的一种或多种：肿瘤归巢剂、抗凋亡剂、T细胞激活剂、抗原加工剂、免疫活性调节剂、归巢受体或下调T细胞抑制的药剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂是改变细胞命运或细胞表型的药剂。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是体细胞重编程因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是去分化因子。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是转分化因子。在一些实施方案中，改变细胞表型的所述药剂是分化因子。在其他实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是OCT4、SOX2、CMYC、KLF-4、NANOG、LIN28或LIN28B中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是T-bet、GATA3中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5或HOXA9中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或表型的所述药剂是GM-CSF、MCSF或RANKL中的一种或多种。在一些实施方案中，改变细胞命运或细胞表型的所述药剂包含编码以下中的一种或多种的一种或多种mRNA：OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％。在一些实施方案中，OCT4、SOX2、C-MYC、KLF-4、NANOG、LIN28、LIN28B、T-bet、GATA3、EOMES、RUNX1、ERG、LCOR、HOXA5、HOXA9、GM-CSF、M-CSF或RANKL中的一种或多种的表达增加约以下中的任一项：2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍、1000倍或更多。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞；以及c)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂被封装在纳米颗粒中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法包括施用修饰的抗原呈递细胞和佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是与所述修饰的抗原呈递细胞并行或同时施用。在一些实施方案中，所述佐剂和所述修饰的抗原呈递细胞依序施用。在一些实施方案中，在施用所述修饰的抗原呈递细胞之前施用所述佐剂。在一些实施方案中，在施用所述修饰的抗原呈递细胞之后施用所述佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是全身(例如，静脉内)施用。在一些实施方案中，所述佐剂是局部(例如，瘤内)施用。在一些实施方案中，所述佐剂并非含于细胞中，例如，所述佐剂是在溶液中游离的。在一些实施方案中，所述佐剂含于细胞(如抗原呈递细胞)中。在一些实施方案中，根据本文所述的任何细胞内递送方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞中。在一些实施方案中，包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的过程来制备：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂被封装在纳米颗粒中。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。因此在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原和/或所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：a)使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原和/或佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原和/或所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成包含所述抗原和/或佐剂的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞中所含的所述佐剂与步骤b)中的所述佐剂是相同化合物。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞中所含的所述佐剂与步骤b)中的所述佐剂是不同化合物。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成修饰的抗原呈递细胞，如增强的抗原呈递细胞；c)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体；以及d)将佐剂施用至所述个体。在一些实施方案中，所述佐剂是与所述修饰的抗原呈递细胞并行或同时施用。在一些实施方案中，所述佐剂和所述修饰的抗原呈递细胞依序施用。在一些实施方案中，在施用所述修饰的抗原呈递细胞之前施用所述佐剂。在一些实施方案中，在施用所述修饰的抗原呈递细胞之后施用所述佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是全身(例如，静脉内)施用。在一些实施方案中，所述佐剂是局部(例如，瘤内)施用。在一些实施方案中，所述佐剂并非含于细胞中，例如，所述佐剂是在溶液中游离的。在一些实施方案中，所述佐剂含于细胞(如抗原呈递细胞)中。在一些实施方案中，根据本文所述的任何细胞内递送方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞中。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，所述佐剂被封装在纳米颗粒中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述免疫应答有所增强。在一些实施方案中，增强的免疫应答针对所述抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法采用使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞是通过采用包括使输入抗原呈递细胞通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程来制备，所述过程包括使所述输入抗原呈递细胞通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入抗原呈递细胞通过所述缩窄部时，向所述输入抗原呈递细胞施加变形力，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含佐剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的多个区室中。在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，其中所含的所述佐剂结合至所述修饰的抗原呈递细胞的表面。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是PBMC。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC包括T细胞、B细胞、NK细胞、或单核细胞、巨噬细胞或树突细胞中的一种或多种。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法采用包含佐剂的修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpG ODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含选自A类、B类和C类CpG ODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法采用还包含抗原的修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法采用包含含有免疫原性表位的抗原的修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在疾病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含免疫原性表位，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用还包含抗原的修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含多种包含多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约1pM与约10mM之间的浓度包含所述佐剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含所述抗原。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞以在约0.1μM与约10mM之间的浓度包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂。例如，在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，佐剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：小于约1pM、约10pM、约100pM、约1nM、约10nM、约100nM、约1μM、约10μM、约100μM、约1mM或约10mM。在一些实施方案中，抗原在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是超过约10mM。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂在所述修饰的抗原呈递细胞中的浓度是以下中的任一项：在约1pM与约10pM之间、在约10pM与约100pM之间、在约100pM与约1nM之间、在约1nM与约10nM之间、在约10nM与约100nM之间、在约100nM与约1μM之间、在约1μM与约10μM之间、在约10μM与约100μM之间、在约100μM与约1mM之间或在1mM与约10mM之间。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与抗原的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是约10000:1至约1:10000之间的任一项。例如，在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中所述药剂与佐剂的摩尔比是约以下中的任一项：10000:1、约1000:1、约100:1、约10:1、约1:1、约1:10、约1:100、约1:1000或约1:10000。在一些实施方案中，在所述修饰的抗原呈递细胞中增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与佐剂的摩尔比是以下中的任一项：在约10000:1与约1000:1之间、在约1000:1与约100:1之间、在约100:1与约10:1之间、在约10:1与约1:1之间、在约1:1与约1:10之间、在约1:10与约1:100之间、在约1:100与约1:1000之间、在约1:1000与约1:10000之间。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含复合物，所述复合物包含：a)增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂；b)增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂和增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的至少另一种药剂，c)增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂和至少一种抗原，d)增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂和至少一种佐剂，和/或e)增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、至少一种抗原和至少一种佐剂。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞还包含另外的药剂，如与不含所述另外的药剂的相应修饰的抗原呈递细胞相比，所述另外的药剂增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能。在一些实施方案中，所述另外的药剂是稳定剂或辅因子。在一些实施方案中，所述药剂是白蛋白。在一些实施方案中，所述白蛋白是小鼠、牛或人白蛋白。在一些实施方案中，所述另外的药剂是二价金属阳离子、葡萄糖、ATP、钾、甘油、海藻糖、D-蔗糖、PEG1500、L-精氨酸、L-谷氨酰胺或EDTA。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以调节MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHC I类表达。在一些实施方案中，所述修饰的T细胞包含进一步修饰以调节MHC II类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以降低MHC II类表达。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含进一步修饰以增加MHCII类表达。在一些实施方案中，与个体中响应于在同种异体背景下施用不含所述进一步修饰的相应修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答相比，个体中响应于在同种异体背景下施用所述修饰的抗原呈递细胞产生的先天免疫应答有所降低。在一些实施方案中，与不含所述进一步修饰的相应修饰的T细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性相比，所述修饰的抗原呈递细胞在它们所施用的个体中的循环半衰期和/或体内持久性有所增加。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法包括将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞对于所述个体是同种异体的。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞对于所述个体是自体的。在一些实施方案中，预调理所述个体以调节炎症和/或免疫应答。在一些实施方案中，预调理所述个体以降低炎症和/或免疫应答。在一些实施方案中，预调理所述个体以增加炎症和/或免疫应答。在一些实施方案中，将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体导致对抗原具有特异性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的激活和/或扩增。在一些实施方案中，将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体导致对抗原具有特异性的辅助T(Th)细胞的激活和/或扩增。在一些实施方案中，施用至所述个体的所述修饰的抗原呈递细胞的量在约1x106与约1x1012个细胞之间。在一些实施方案中，施用至所述个体的所述修饰的抗原呈递细胞的量小于约以下中的任一项：1x106、1x107、1x108、1x109、1x1010、1x1011和约1x1012个细胞。在一些实施方案中，施用至所述个体的所述修饰的抗原呈递细胞的量为约以下中的任一项：1x106与1x107之间、1x107与1x108之间、1x108与1x109之间、1x109与1x1010之间、1x1010与1x1011之间以及1x1011与1x1012个细胞之间。在一些实施方案中，所述方法包括多次施用所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述方法包括约2、3、4、5、6、7、8、9、10或超过约10次施用中的任一项。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞的接连两次施用之间的时间间隔在约1天与约1个月之间。在一些实施方案中，所述施用是每天、每2天、每3天、每4天、每5天、每6天、每周、每两周或每个月。在一些实施方案中，给予连续施用持续长达一年或更长时间。
在根据本文所述的任一种方法的一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是从相同个体分离。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞对于所述个体是自体的。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是从另一个体分离。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞对于所述个体是同种异体的。在根据本文所述的任一种方法的一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞是局部施用。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞是瘤内或结内施用。在根据本文所述的任一种方法的一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞是全身施用。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞是静脉内、动脉内、皮下、肌内或腹膜内施用。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法还包括向所述受试者施用第二佐剂。在一些实施方案中，所述第二佐剂是全身(例如，静脉内)施用。在一些实施方案中，所述第二佐剂是局部(例如，瘤内)施用。在一些实施方案中，所述第二佐剂并非含于细胞中，例如，所述第二佐剂是在溶液中游离的。在一些实施方案中，所述第二佐剂是IFN-α或CpG ODN。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞中所含的所述佐剂与所述第二佐剂是相同化合物。例如，在实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含CpG ODN，并且所述第二佐剂也是所述CpG ODN。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞中所含的所述佐剂与所述第二佐剂是不同化合物。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含CpG ODN，并且所述第二佐剂是IFN-α。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞和所述第二佐剂是并行或同时施用。在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞和所述第二佐剂是依序施用。在一些实施方案中，在施用所述第二佐剂之前施用所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，在施用所述第二佐剂之后施用所述修饰的抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的抗原呈递细胞调节个体的免疫应答的任何方法，所述方法还包括将免疫检查点抑制剂施用至所述个体。在一些实施方案中，将所述修饰的抗原呈递细胞和所述免疫检查点抑制剂并行施用至所述个体。在一些实施方案中，将所述修饰的抗原呈递细胞和所述免疫检查点抑制剂同时施用至所述个体。在一些实施方案中，将所述修饰的抗原呈递细胞和所述免疫检查点抑制剂依序施用至所述个体。在一些实施方案中，在将所述免疫检查点抑制剂施用至所述个体之后将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。在一些实施方案中，在将所述免疫检查点抑制剂施用至所述个体之前将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。在一些实施方案中，所述免疫检查点抑制剂被靶向以下中的任一种：PD-1、PD-L1、CTLA-4、TIM-3、LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)和BTLA。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与进一步施用至所述个体的所述免疫检查点抑制剂相同或相似。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含抑制PD-1的药剂，并且进一步施用的所述免疫检查点抑制剂也抑制PD-1。在一些实施方案中，增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂与进一步施用至所述个体的所述免疫检查点抑制剂不同。例如，在一些实施方案中，所述修饰的抗原呈递细胞包含抑制PD-1的药剂，并且进一步施用的所述免疫检查点抑制剂抑制CTLA-4。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞与增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂缔合，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)将输入抗原呈递细胞与以下一起孵育足够时间：i)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，ii)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂和抗原，iii)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂和佐剂，或者iv)增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂、抗原和佐剂，以允许增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和/或所述佐剂与所述输入抗原呈递细胞的细胞表面缔合，从而生成修饰的抗原呈递细胞；以及b)将所述修饰的抗原呈递细胞施用至所述个体。
在某些方面，提供一种调节个体的免疫应答的方法，所述方法包括：向所述受试者施用修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞与增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂缔合，其中所述修饰的抗原呈递细胞是通过包括以下步骤的方法来制备：a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂能够通过以形成扰动的输入抗原呈递细胞；以及b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述抗原和所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞；从而生成包含增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂、所述抗原和所述佐剂的所述修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约1pM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约1pM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约1pM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂的浓度在约0.1μM-10mM之间，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原的浓度在约0.1μM-10mM之间，并且与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述佐剂的浓度在约0.1μM-10mM之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述抗原的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述药剂与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。在一些实施方案中，与所述扰动的输入抗原呈递细胞一起孵育的所述抗原与所述佐剂的比率在约10000:1至约1:10000之间。
在一些实施方案中，根据本文所述的调节个体的免疫应答的任何方法，其中所述修饰的抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，所述输入抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞是混合细胞群。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中，其中所述混合细胞群是PBMC群。在一些实施方案中，所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。
在一些实施方案中，根据本文所述的采用修饰的PBMC调节个体的免疫应答的任何方法，所述PBMC被工程化以呈递抗原。在一些实施方案中，所述药剂增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢。在一些实施方案中，所述药剂是抗凋亡剂。在一些实施方案中，所述药剂增强T细胞激活。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工。在一些实施方案中，所述药剂增强抗原加工和加载至MHC-1中。在一些实施方案中，所述药剂调节免疫活性。在一些实施方案中，所述药剂是归巢受体。在一些实施方案中，所述药剂下调T细胞抑制。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进或抑制所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。在一些实施方案中，通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
因此在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述抗原对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的并且包含免疫原性表位，并且所述佐剂存在于细胞内。外源抗原是来自所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部的来源的被引入要修饰的细胞中的一种或多种抗原。外源抗原可以包括如下抗原，所述抗原在引入所述外源抗原之前或之后可能存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中(即也存在于内源来源中)，并且因此可能由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC产生(例如，由所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的基因组编码)。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原的两个集合，第一集合包含所述抗原的内源来源，并且第二集合包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原在个体的疾病细胞中异位表达或过表达，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC源自所述个体，并且包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其中所含免疫原性表位的外源来源。在一些实施方案中，所述抗原是包含新表位的新生抗原(例如，自身改变的蛋白质或其部分)，并且所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含在要修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC外部产生并引入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中的所述抗原或其包含新表位的片段的外源来源。在一些实施方案中，所述佐剂对于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是外源的。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原或免疫原性表位和/或所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。
在一些实施方案中，根据本文中采用还包含抗原的修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。
在一些实施方案中，所述抗原存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述抗原结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原或其中所含的免疫原性表位结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文中采用还包含佐剂的修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的多个区室中。
在一些实施方案中，所述佐剂存在于所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。在一些实施方案中，所述囊泡是内体。在一些实施方案中，所述佐剂结合至所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。在一些实施方案中，所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG寡脱氧核苷酸(ODN)、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。在一些实施方案中，所述佐剂是CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN的长度不超过约50(如不超过约45、40、35、30、25、20或更少中的任一项)个核苷酸。在一些实施方案中，所述CpG ODN是A类CpG ODN、B类CpG ODN或C类CpG ODN。在一些实施方案中，所述CpG ODN包含如美国临时申请US 62/641,987中披露的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多个不同的CpG ODN。例如，在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含选自A类、B类和C类CpG ODN的多个不同的CpG ODN。
在一些实施方案中，根据本文中采用还包含抗原的修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述抗原是疾病相关抗原。在其他实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原源自裂解物。在一些实施方案中，所述裂解物源自个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自被病原体(如细菌或病毒)感染的个体的活体组织检查。在一些实施方案中，所述裂解物源自荷瘤个体的活体组织检查(即肿瘤活体组织检查裂解物)。因此在一些实施方案中，所述裂解物是肿瘤裂解物。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含含有免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自疾病相关抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自从患病细胞分离的肽或mRNA。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自在患病细胞中异位表达或过表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自新生抗原，例如，癌症相关的新生抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位包含新表位，例如，癌症相关的新表位。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自非自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述免疫原性表位源自肿瘤抗原、病毒抗原、细菌抗原或真菌抗原。在一些实施方案中，所述抗原包含与异源肽序列融合的免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。例如，在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同病毒抗原。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。在一些实施方案中，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种不同抗原。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原包含免疫原性表位。在一些实施方案中，所述抗原是多肽并且所述免疫原性表位是免疫原性肽表位。在一些实施方案中，所述免疫原性肽表位与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合。在一些实施方案中，与N末端侧翼多肽和/或C末端侧翼多肽融合的所述免疫原性肽表位是非天然存在的序列。在一些实施方案中，N末端和/或C末端侧翼多肽源自免疫原性合成长肽(SLP)。在一些实施方案中，所述N末端和/或C末端侧翼多肽源自疾病相关的免疫原性SLP。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原能够被加工为MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述抗原包含多个免疫原性表位，并且能够被加工为MHC I类限制性肽和MHC II类限制性肽。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位中的一些源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位全都源自相同来源。在一些实施方案中，所述多个免疫原性表位都不是源自相同来源。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC包含多种含有多个免疫原性表位的抗原。在一些实施方案中，在向个体施用包含多种包含多个免疫原性表位的抗原的所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC后，所述多个免疫原性表位都没有降低所述个体针对任何其他免疫原性表位的免疫应答。
在一些实施方案中，根据本文中采用修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC调节个体的免疫应答的任何方法，本文中的所述修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是通过如下方法来制备，所述方法包括采用使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的过程。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。在一些实施方案中，所述细胞变形缩窄部含于微流体通道中，如本文所述的任何微流体通道。所述微流体通道可以含于本文所述的任何微流体装置中，如下文标题为微流体装置的章节中所述。因此，在一些实施方案中，根据本文所述的任何方法通过采用包括使输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过的细胞变形缩窄部的微流体通道的过程制备，所述过程包括使所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过微流体通道，所述微流体通道包括含于本文所述的任何微流体系统中的细胞变形缩窄部。在一些实施方案中，在输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC通过所述缩窄部时，向所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC施加变形力，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动。
抗原
在一些实施方案中，本发明采用将抗原递送至抗原呈递细胞以调节免疫应答，其中通过本文所述的任何方法将所述抗原递送至抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述抗原呈递细胞包含增强抗原呈递细胞的活力或功能的一种或多种药剂。在一些实施方案中，所述抗原是单一抗原。在一些实施方案中，所述抗原是抗原混合物。抗原是刺激特异性免疫应答(如细胞或抗体介导的免疫应答)的物质。抗原与免疫细胞表达的对特定抗原具有特异性的受体(如T细胞受体(TCR))结合。随后，抗原-受体结合触发细胞内信号传导途径，其导向下游免疫效应子途径，如细胞激活、细胞因子产生、细胞迁移、细胞毒性因子分泌和抗体产生。
在一些实施方案中，所述抗原是多肽抗原。在一些实施方案中，所述抗原是疾病相关抗原。在一些实施方案中，抗原源自外来来源，如细菌、真菌、病毒或过敏原。在一些实施方案中，抗原源自内部来源，如自身蛋白(即自身抗原)或自身蛋白的一部分。在一些实施方案中，所述抗原是突变的或以其他方式改变的自身抗原。在一些实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，所述抗原位于细胞裂解物中。自身抗原是存在于生物体自身细胞之上或之中的抗原。自身抗原通常不刺激免疫应答，但是在自身免疫性疾病(如I型糖尿病或类风湿性关节炎)的情况下或者在过表达或异常/异位表达时可能会刺激免疫应答。
在一些实施方案中，所述抗原与病毒相关。在一些实施方案中，所述抗原是病毒抗原。示例性病毒抗原包括HPV抗原、SARS-CoV抗原和流感抗原。
在一些实施方案中，所述抗原与微生物(例如，细菌)相关。在一些实施方案中，调节的免疫应答包括增加的针对微生物(例如，细菌)的病原性免疫应答。
在某些方面，本发明采用将抗原进一步递送至包含增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂的抗原呈递细胞中的方法，所述方法包括使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述细胞的扰动，使得所述抗原进入所述细胞，其中使所述细胞悬浮液与所述抗原接触。在一些实施方案中，在体外、离体或在体内将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞。在一些实施方案中，在将增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，纯化要递送的抗原。在一些实施方案中，所述抗原按重量(干重)计是至少约60％的目的抗原。在一些实施方案中，所述纯化的抗原是至少约75％、90％或99％的目的抗原。在一些实施方案中，所述纯化的抗原是至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、98％、99％或100％(w/w)的目的抗原。通过任何已知方法确定纯度，所述已知方法包括但不限于柱色谱法、薄层色谱法(TLC)、高效液相色谱法(HPLC)、核磁共振(NMR)谱、质谱法或SDS-PAGE凝胶电泳。将纯化的DNA或RNA定义为不含外源核酸、碳水化合物和脂质的DNA或RNA。
佐剂
佐剂可以用于加强免疫细胞应答(例如T细胞应答)，如针对抗原的免疫应答。多种佐剂也可以用于增强免疫应答，并且可以与抗原结合使用，例如用于如与针对单独抗原的免疫应答相比，增强抗原特异性免疫应答。在一些实施方案中，本发明采用递送佐剂以增强免疫应答，其中通过本文所述的任何方法将所述佐剂递送至抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述佐剂增强针对抗原的免疫应答。在一些实施方案中，所述佐剂促进抗原呈递细胞对抗原的免疫原性呈递。在一些实施方案中，所述佐剂是与抗原同时引入。在一些实施方案中，所述佐剂和抗原是依序引入。在一些实施方案中，在引入抗原之前引入所述佐剂。在一些实施方案中，在引入抗原之后引入所述佐剂。在一些实施方案中，如与不存在所述佐剂的情况下的抗原呈递细胞归巢相比，所述佐剂改变抗原呈递细胞归巢(例如，抗原呈递细胞归巢至靶组织，如肿瘤)。在一些实施方案中，如与不存在所述佐剂的情况下的抗原呈递细胞增殖相比，所述佐剂增加抗原呈递细胞增殖。
在某些方面，本发明采用生成还包含抗原的修饰的抗原呈递细胞的方法，其中使输入抗原呈递细胞通过缩窄部，其中所述缩窄部使所述输入抗原呈递细胞变形，从而引起所述细胞的扰动，使得增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂和所述抗原进入所述输入抗原呈递细胞，从而生成还包含所述抗原的增强的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述输入抗原呈递细胞被工程化以呈递所递送的抗原。
在某些方面，本发明采用将佐剂进一步递送至包含增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂的抗原呈递细胞中的方法，所述方法包括使包含所述抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述抗原呈递细胞的扰动，使得所述佐剂进入所述细胞，其中使所述细胞悬浮液与所述佐剂接触。在一些实施方案中，在体外、离体或在体内将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞中。在一些实施方案中，在将增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞。
微流体系统及其部件
用于提供细胞变形缩窄部的微流体通道
在一些实施方案中，本发明提供通过使包含抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部来调节免疫应答的方法，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述抗原呈递细胞的扰动，使得增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂进入所述抗原呈递细胞，其中所述缩窄部含于微流体通道内。在一些实施方案中，可以将多个缩窄部平行和/或串联置于微流体通道内。用于本文所公开方法的含有细胞变形缩窄部的示例性微流体通道披露于WO 2013059343中。用于本文所公开方法的具有孔的示例性表面描述于WO2017041050中。
在一些实施方案中，所述微流体通道包括内腔并且被配置使得悬浮于缓冲液中的PBMC可以通过，其中所述微流体通道包括缩窄部。所述微流体通道可以由多种材料中的任一种制成，所述材料包括硅、金属(例如，不锈钢)、塑料(例如，聚苯乙烯)、陶瓷、玻璃、结晶基底、无定形基底、或聚合物(例如，聚-甲基丙烯酸甲酯(PMMA)、PDMS、环烯烃共聚物(COC)等)。所述微流体通道的制造可以通过本领域已知的任何方法进行，所述方法包括干法蚀刻、湿法蚀刻、光刻、注射模制、激光烧蚀或SU-8掩模。
在一些实施方案中，所述微流体通道内的缩窄部包括入口部分、中心点和出口部分。在一些实施方案中，所述微流体通道内的缩窄部的长度、深度和宽度可以变化。在一些实施方案中，所述微流体通道内的缩窄部的直径随抗原呈递细胞的直径而变。在一些实施方案中，所述微流体通道内的缩窄部的直径是抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。在一些实施方案中，缩窄部大小是抗原呈递细胞直径的约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或约99％。在一些实施方案中，缩窄部大小是抗原呈递细胞的最小横截面距离的约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或约99％。在一些实施方案中，所述通道包含在约2μm与约10μm之间或者其间的任何宽度或宽度范围的缩窄部宽度。例如，缩窄部宽度可以是以下中的任一种：约2μm、约3μm、约4μm、约5μm、约6μm或约7μm。在一些实施方案中，所述通道包含约10μm的缩窄部长度和约4μm的缩窄部宽度。所述通道的横截面、入口部分、中心点和出口部分也可以变化。例如，横截面的形状可以是环形、椭圆形、细长狭缝、正方形、六角形或三角形。入口部分限定缩窄部角度，其中所述缩窄部角度被优化以减少通道堵塞，并且被优化用于增强将化合物递送至抗原呈递细胞中。出口部分的角度也可以变化。例如，出口部分的角度被配置以减小可以导致非层流的湍流的可能性。在一些实施方案中，入口部分和/或出口部分的壁是线性的。在其他实施方案中，入口部分和/或出口部分的壁是弯曲的。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞中的任一种的一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约2μm至约15μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约3μm至约10μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约3μm至约6μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约3.5μm至约4.5μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约4μm至约10μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约4.2μm至约6μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约4.2μm至约4.8μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是以下中的任一项：约2μm至约14μm、约4μm至约12μm、、约6μm至约9μm、约4μm至约6μm、约4μm至约5μm、约3.5μm至约7μm、约3.5μm至约6.3μm、约3.5μm至约5.6μm、约3.5μm至约4.9μm、约4.2μm至约6.3μm、约4.2μm至约5.6μm或约4.2μm至约4.9μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是以下中的任一项：约2μm、2.5μm、3μm、3.5μm、4μm、4.5μm、5μm、5.5μm、6μm、6.5μm、7μm、7.5μm、8μm、8.5μm、9μm、9.5μm、10μm、10.5μm、11μm、11.5μm、12μm、12.5μm、13μm、13.5μm、14μm、14.5μm或15μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是以下中的任一项：约4.0μm、4.1μm、4.2μm、4.3μm、4.4μm、4.5μm、4.6μm、4.7μm、4.8μm、4.9μm或5.0μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约4.5μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径是以下中的任一项：约3.0μm、3.1μm、3.2μm、3.3μm、3.4μm、3.5μm、3.6μm、3.7μm、3.8μm、3.9μm或4.0μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约3.5μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约4.0μm。
在根据本文所述的方法或修饰的抗原呈递细胞中的任一种的一些实施方案中，所述缩窄部包含长度并且所述缩窄部的长度为约2μm至约50μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的直径为约5μm至约40μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约10μm至约30μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约8μm至约12μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约13μm至约15μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约18μm至约22μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约23μm至约27μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约28μm至约32μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度是以下中的任一项：约2μm、5μm、8μm、9μm、10μm、11μm、12μm、13μm、14μm、15μm、16μm、17μm、18μm、19μm、20μm、22μm、24μm、25μm、26μm、28μm或30μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约10μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约20μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的长度为约30μm。
在根据本文所述的方法或修饰的抗原呈递细胞中的任一种的一些实施方案中，所述缩窄部包含深度并且所述缩窄部的深度为约1μm至约200μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约20μm至约120μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约20μm至约80μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约40μm至约60μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约60μm至约80μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约35μm至约45μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约55μm至约65μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约75μm至约85μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度是以下中的任一项：约1μm、5μm、10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、175μm或200μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度是以下中的任一项：约40μm、45μm、50μm、55μm、60μm、65μm、70μm、75μm、80μm、90μm或100μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约40μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约80μm。在一些实施方案中，所述缩窄部的深度为约60μm。
在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状选自：环形、椭圆形、圆形、正方形、矩形、星形、三角形、多边形、五边形、六角形、七边形和八边形。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是狭缝。在一些实施方案中，所述狭缝包含约3μm-5μm的宽度和/或约20μm-120μm的深度。在一些实施方案中，所述狭缝包含约3.5μm的宽度和/或约80μm的深度。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞通过多个缩窄部，其中所述多个缩窄部是串联和/或平行排列。在一些实施方案中，所述缩窄部包含入口部分和出口部分，其中所述入口部分限定入口角度并且所述入口角度在约0度至约90度之间。在一些实施方案中，所述入口角度在约20度至约22度之间。在一些实施方案中，所述出口部分限定出口角度并且所述出口角度在约0度至约90度之间。在一些实施方案中，所述出口角度在约20度至约22度之间。
在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞以在约100mm/sec至约10m/sec之间的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞以在约2m/sec至约10m/sec之间的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞以在约0.001mL/cm2/sec至约200L/cm2/sec之间的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞以约100L/cm2/sec的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约0℃至约37℃的温度下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，在范围为约0℃至约37℃的温度下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约0℃至约10℃的温度下使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约2℃至约8℃的温度下使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为以下中的任一项的温度下使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞通过缩窄部：约2℃至约6℃、约5℃至约10℃、约10℃至约15℃、约15℃至约20℃、约20℃至约25℃、约25℃至约30℃、约30℃至约35℃或约35℃至约37℃。在一些实施方案中，在以下中的任一项的温度下使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞通过缩窄部：约0℃、1℃、2℃、3℃、4℃、5℃、6℃、7℃、8℃、9℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃或37℃。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，在通过缩窄部后，将修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞在37℃温度下孵育足够时间，以允许修饰的细胞正常化至37℃。在一些实施方案中，在通过缩窄部后，将修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞在25℃温度下孵育足够时间，以允许修饰的细胞正常化至25℃。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以在约100mm/sec至约10m/sec之间的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，所述流速在约100mm/sec至约1cm/sec之间、约1cm/sec至约10cm/sec之间、约10cm/sec至约100cm/sec之间、约100cm/sec至约1m/sec之间或在1m/sec至约10m/sec之间。在一些实施方案中，所述流速在约2m/sec至约5m/sec之间。在一些实施方案中，所述流速在约0.1m/sec至约0.5m/sec之间、0.5m/sec至约1m/sec之间、约1m/sec至约1.5m/sec之间、约1.5m/sec至约2m/sec之间、约2m/sec至约2.5m/sec之间、约2.5m/sec至约3m/sec之间、约3m/sec至约3.5m/sec之间、约3.5m/sec至约4m/sec之间、约4m/sec至约4.5m/sec之间、约4.5m/sec至约5m/sec之间、约5m/sec至约6m/sec之间、约6m/sec至约7m/sec之间、约7m/sec至约8m/sec之间、约8m/sec至约9m/sec之间或约9m/sec至约10m/sec之间。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以约以下中的任一项的流速通过缩窄部：1m/sec、2m/sec、3m/sec、4m/sec、5m/sec、6m/sec、7m/sec、8m/sec、9m/sec或10m/sec。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以在约0.001mL/min至约200mL/min之间或其间的任何流速或流速范围的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，所述流速在约0.001mL/min至约175mL/min之间、约0.001mL/min至约150mL/min之间、约0.001mL/min至约125mL/min之间、约0.001mL/min至约100mL/min之间、约0.001mL/min至约50mL/min之间、约0.001mL/min至约25mL/min之间、约0.001mL/min至约10mL/min之间、约0.001mL/min至约7.5mL/min之间、约0.001mL/min至约5.0mL/min之间、约0.001mL/min至约2.5mL/min之间、约0.001mL/min至约1mL/min之间、约0.001mL/min至约0.1mL/min之间或约0.001mL/min至约0.01mL/min之间。在一些实施方案中，所述流速在约0.001mL/min至约200mL/min之间、约0.01mL/min至约200mL/min之间、约0.1mL/min至约200mL/min之间、约1mL/min至约200mL/min之间、约10mL/min至约200mL/min之间、约50mL/min至约200mL/min之间、约75mL/min至约200mL/min之间、约100mL/min至约200mL/min之间、约150mL/min至约200mL/min之间、约0.5mL/min至约200mL/min之间、约1mL/min至约200mL/min之间、约2.5mL/min至约200mL/min之间、约5mL/min至约200mL/min之间、约7.5mL/min至约200mL/min之间、约10mL/min至约200mL/min之间、约25mL/min至约200mL/min之间或约175mL/min至约200mL/min之间。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以约以下中的任一项的流速通过缩窄部：1mL/min、10mL/min、20mL/min、30mL/min、40mL/min、50mL/min、60mL/min、70mL/min、80mL/min、90mL/min、100mL/min、110mL/min、120mL/min、130mL/min、140mL/min、150mL/min、160mL/min、170mL/min、180mL/min、190mL/min或200mL/min。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以在约10mL/min至约200mL/min之间的流速通过缩窄部。在一些实施方案中，使输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞以约100mL/min的流速通过缩窄部。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，所述缩窄部可以具有本领域中已知的任何形状；例如3维形状或2维形状。缩窄部的2维形状(如横截面形状)可以是但不限于环形、椭圆形、圆形、正方形、星形、三角形、多边形、五边形、六角形、七边形或八边形。缩窄部的3维形状可以是但不限于圆柱形、圆锥形或骰子形。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是矩形。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约2μm至约10μm的宽度和/或约1μm至约200μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约2.5μm至约6μm的宽度和/或约20μm至约120μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3μm至约5μm的宽度和/或约40μm至约100μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3μm至约4μm的宽度和/或约40μm至约100μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3.5μm至约4.5μm的宽度和/或约40μm至约100μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3.3μm至约3.7μm的宽度和/或约20μm至约80μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3.5μm的宽度和/或约80μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述狭缝包含约10μm至约30μm的长度。在一些实施方案中，所述狭缝包含约2μm至约50μm的长度。在一些实施方案中，所述狭缝包含以下中的任一项的长度：约2μm至约5μm、约5μm至约10μm、约10μm至约15μm、约15μm至约20μm、约20μm至约25μm、约25μm至约30μm、约30μm至约35μm、约35μm至约40μm、约40μm至约45μm或约45μm至约50μm。在一些实施方案中，所述狭缝包含约10μm的长度。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3μm至约5μm的宽度、约10μm至约30μm的长度和/或约20μm至约120μm的深度的狭缝。在一些实施方案中，所述缩窄部的横截面形状是包含约3.5μm的宽度、约30μm的长度和/或约80μm的深度的狭缝。
在一些实施方案中，所述缩窄部包含入口部分和出口部分。所述缩窄部的入口和出口可以具有多个角度。在一些实施方案中，所述缩窄部具有相同的入口和出口角度。在一些实施方案中，所述缩窄部具有不同的入口和出口角度。缩窄部角度可以被选择以在输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞通过时使缩窄部的堵塞降至最低。在一些实施方案中，经过表面的流速在约100mm/sec至约10m/sec之间。在一些实施方案中，所述流速在约2m/sec至约5m/sec之间。在一些实施方案中，经过表面的流速在约0.001mL/min至约100mL/min之间或其间的任何流速或流速范围。在一些例子中，所述入口和/或出口部分的角度可以在约0与约90度之间。在一些实施方案中，所述入口和/或出口部分可以超过90度。在一些实施方案中，所述入口部分限定入口角度并且所述入口角度在约0度至约90度之间。在一些实施方案中，所述入口角度是以下中的任一项：在约10度至约40度之间、约12度至约45度之间、在约15度至约30度之间。在一些实施方案中，所述入口角度在约20度至约22度之间。在一些实施方案中，所述出口部分限定出口角度并且所述出口角度在约0度至约90度之间。在一些实施方案中，所述出口角度是以下中的任一项：在约10度至约40度之间、约12度至约45度之间、在约15度至约30度之间。在一些实施方案中，所述出口角度在约20度至约22度之间。在一些实施方案中，所述入口部分限定入口角度并且所述入口角度在约20度至约22度之间，并且所述出口部分限定出口角度并且所述出口角度在约20度至约22度之间。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，缩窄部边缘是平滑的，例如圆形的或弯曲的。平滑缩窄部边缘具有连续、平坦且均匀的表面，没有隆起、脊状物或不均匀的部分。在一些实施方案中，所述缩窄部边缘是尖锐的。尖锐缩窄部边缘具有带尖的或呈锐角的薄边缘。在一些实施方案中，缩窄部通道是直的。直的缩窄部通道不含曲线、弯曲、角度或其他不规则性。在一些实施方案中，缩窄部通道是弯曲的。弯曲的缩窄部通道是弯的或者偏离直线。在一些实施方案中，缩窄部通道具有多条曲线，例如约2、3、4、5、6、7、8、9、10条或更多条曲线。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中的任一种的一些实施方案中，使包含输入抗原呈递细胞、单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过多个缩窄部，其中所述多个缩窄部是串联和/或平行排列。在一些实施方案中，所述多个缩窄部是串联排列。在一些实施方案中，所述多个缩窄部是平行排列。在一些实施方案中，所述多个缩窄部是串联和/或平行排列。在一些实施方案中，串联排列的多个缩窄部包含串联的约以下中的任一项：2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、75、100、500、1,000或更多个缩窄部。在一些实施方案中，平行排列的多个缩窄部可以包含串联的约以下中的任一项：2、5、10、50、75、100、500、1,000或更多个缩窄部。
用于提供细胞变形缩窄部的具有孔的表面
在一些实施方案中，本发明提供通过使包含抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部来调节免疫应答的方法，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述抗原呈递细胞的扰动，使得增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂进入所述抗原呈递细胞，其中所述缩窄部是孔或含于孔内。在一些实施方案中，所述孔含于表面中。用于本文所公开方法的具有孔的示例性表面描述于WO 2017041050中。
如本文所公开的表面可以由多种材料中的任一种制成，并且采取多种形式中的任一种。在一些实施方案中，所述表面是过滤器。在一些实施方案中，所述表面是膜。在一些实施方案中，所述过滤器是切向流过滤器。在一些实施方案中，所述表面是海绵或海绵样基质。在一些实施方案中，所述表面是基质。
在一些实施方案中，所述表面是曲折路径表面。在一些实施方案中，曲折路径表面包含醋酸纤维素。在一些实施方案中，所述表面包含选自但不限于以下的材料：合成或天然聚合物、聚碳酸酯、硅、玻璃、金属、合金、硝酸纤维素、银、醋酸纤维素、尼龙、聚酯、聚醚砜、聚丙烯腈(PAN)、聚丙烯、PVDF、聚四氟乙烯、混合纤维素酯、瓷和陶瓷。
本文公开的表面可以具有本领域中已知的任何形状；例如3维形状。所述表面的2维形状可以是但不限于环形、椭圆形、圆形、正方形、星形、三角形、多边形、五边形、六角形、七边形或八边形。在一些实施方案中，所述表面的形状是圆形。在一些实施方案中，表面3维形状是圆柱形、圆锥形或骰子形。
所述表面可以具有各种横截面宽度和厚度。在一些实施方案中，表面横截面宽度在约1mm与约1m之间或其间的任何横截面宽度或横截面宽度范围。在一些实施方案中，所述表面具有限定的厚度。在一些实施方案中，表面厚度是均匀的。在一些实施方案中，表面厚度是可变的。例如，在一些实施方案中，所述表面的部分比所述表面的其他部分更厚或更薄。在一些实施方案中，表面厚度变化约1％至约90％或其间的任何百分比或百分比范围。在一些实施方案中，所述表面的厚度在约0.01μm至约5mm之间或其间的任何厚度或厚度范围。
在一些实施方案中，所述缩窄部是孔或含于孔内。所述孔的横截面宽度与要处理的抗原呈递细胞的类型相关。在一些实施方案中，孔径随要处理的抗原呈递细胞或抗原呈递细胞簇的直径而变。在一些实施方案中，孔径使得抗原呈递细胞在通过所述孔时发生扰动。在一些实施方案中，孔径小于抗原呈递细胞的直径。在一些实施方案中，孔径是抗原呈递细胞的直径的约10％至约99％。在一些实施方案中，孔径是抗原呈递细胞直径的约10％、约15％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或约99％。最佳孔径或孔横截面宽度可以基于应用和/或PBMC细胞类型而变化。在一些实施方案中，孔径为约2μm至约14μm。在一些实施方案中，孔径为约2μm、约3μm、约4μm、约5μm、约8μm、约10μm、约12μm或约14μm。在一些实施方案中，横截面宽度为约2μm至约14μm。在一些实施方案中，孔横截面为约2μm、约3μm、约4μm、约5μm、约8μm、约10μm、约12μm或约14μm。
所述孔通道的入口和出口可以具有多个角度。孔角度可以被选择以使抗原呈递细胞通过时所述孔的堵塞降至最低。在一些实施方案中，经过表面的流速在约0.001mL/cm2/sec至约100L/cm2/sec之间或其间的任何流速或流速范围。例如，入口或出口部分的角度可以在约0与约90度之间。在一些实施方案中，入口或出口部分可以超过90度。在一些实施方案中，所述孔具有相同的入口和出口角度。在一些实施方案中，所述孔具有不同的入口和出口角度。在一些实施方案中，孔边缘是平滑的，例如圆形的或弯曲的。平滑孔边缘具有连续、平坦且均匀的表面，没有隆起、脊状物或不均匀的部分。在一些实施方案中，孔边缘是尖锐的。尖锐孔边缘具有带尖的或呈锐角的薄边缘。在一些实施方案中，孔通道是直的。直的孔通道不含曲线、弯曲、角度或其他不规则性。在一些实施方案中，孔通道是弯曲的。弯曲的孔通道是弯的或者偏离直线。在一些实施方案中，孔通道具有多条曲线，例如约2、3、4、5、6、7、8、9、10条或更多条曲线。
所述孔可以具有本领域中已知的任何形状，包括2维或3维形状。孔形状(例如，横截面形状)可以是但不限于环形、椭圆形、圆形、正方形、星形、三角形、多边形、五边形、六角形、七边形和八边形。在一些实施方案中，所述孔的横截面的形状是圆形。在一些实施方案中，所述孔的3维形状是圆柱形或圆锥形。在一些实施方案中，所述孔具有有凹槽的入口和出口形状。在一些实施方案中，在给定表面内的孔之间，孔形状是同质的(即一致的或规则的)。在一些实施方案中，在给定表面内的孔之间，孔形状是异质的(即混合的或变化的)。
本文所述的表面可以具有一系列总孔数。在一些实施方案中，所述孔占总表面积的约10％至约80％。在一些实施方案中，所述表面含有约1.0x105至约1.0x1030个总孔或其间的任何数字或数字范围。在一些实施方案中，所述表面包含在约10与约1.0x1015之间的孔/mm2表面积。
所述孔可以以多种方式分布在给定表面内。在一些实施方案中，所述孔在给定表面内平行分布。在一个这种例子中，所述孔在给定表面内在同一方向上并排分布并且相隔相同距离。在一些实施方案中，所述孔分布是有序的或同质性的。在一个这种例子中，所述孔在给定表面内以规则的系统的模式分布，或者相隔相同距离。在一些实施方案中，所述孔分布是随机的或异质性的。在一个这种例子中，所述孔在给定表面内以不规则的无序模式分布，或者相隔不同距离。在一些实施方案中，多个表面串联分布。所述多个表面的表面大小、形状和/或粗糙度可以是同质性或异质性的。所述多个表面还可以含有具有同质性或异质性孔径、形状和/或数量的孔，从而使得能将一系列化合物同时递送至不同抗原呈递细胞类型中。
在一些实施方案中，单独孔具有均匀的宽度尺寸(即沿孔通道长度的恒定宽度)。在一些实施方案中，单独孔具有可变宽度(即沿孔通道长度增加或减小的宽度)。在一些实施方案中，给定表面内的孔具有相同的单独孔深度。在一些实施方案中，给定表面内的孔具有不同的单独孔深度。在一些实施方案中，所述孔彼此紧邻。在一些实施方案中，所述孔彼此间隔一定距离。在一些实施方案中，所述孔彼此间隔约0.001μm至约30mm的距离或其间的任何距离或距离范围。
在一些实施方案中，所述表面用材料涂布。所述材料可以选自本领域中已知的任何材料，包括但不限于特氟隆(Teflon)、粘合剂涂层、表面活性剂、蛋白质、粘附分子、抗体、抗凝血剂、调节细胞功能的因子、核酸、脂质、碳水化合物或跨膜蛋白。在一些实施方案中，所述表面用聚乙烯吡咯烷酮(PVP)涂布。在一些实施方案中，所述材料共价附接至所述表面。在一些实施方案中，所述材料非共价附接或吸附至所述表面。在一些实施方案中，表面分子在抗原呈递细胞通过所述孔时被释放。
在一些实施方案中，表面具有修改的化学特性。在一些实施方案中，表面是极性的。在一些实施方案中，表面是亲水的。在一些实施方案中，表面是非极性的。在一些实施方案中，表面是疏水的。在一些实施方案中，表面带电荷。在一些实施方案中，表面带正电荷和/或带负电荷。在一些实施方案中，表面可以在一些区域带正电荷且在其他区域带负电荷。在一些实施方案中，表面具有总体正电荷或总体负电荷。在一些实施方案中，表面可以是以下中的任一种：平滑的、电抛光的、粗糙的或等离子体处理的。在一些实施方案中，表面包含两性离子或偶极化合物。在一些实施方案中，表面是等离子体处理的。
在一些实施方案中，表面含于更大模块内。在一些实施方案中，表面含于注射器(如塑料或玻璃注射器)内。在一些实施方案中，表面含于塑料过滤器支架内。在一些实施方案中，表面含于移液器尖端内。
细胞扰动
在一些实施方案中，本发明提供通过使包含抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部来调节免疫应答的方法，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述抗原呈递细胞的扰动，使得增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂进入所述抗原呈递细胞，其中所述抗原呈递细胞中的扰动是抗原呈递细胞中的缺口，所述缺口允许材料从所述抗原呈递细胞外部移动至所述抗原呈递细胞中(例如，洞、裂缝、空腔、孔口、孔、断裂、间隙、穿孔)。变形可以由例如机械应变和/或剪切力引起。在一些实施方案中，所述扰动是抗原呈递细胞膜内的扰动。在一些实施方案中，所述扰动是短暂的。在一些实施方案中，抗原呈递细胞扰动持续约1.0x10-9秒至约2小时或者其间的任何时间或时间范围。在一些实施方案中，抗原呈递细胞扰动持续约1.0x10-9秒至约1秒、约1秒至约1分钟或约1分钟至约1小时。在一些实施方案中，抗原呈递细胞扰动持续以下中的任一项：约1.0x107至约1.0x10-3之间、约1.0x106至约1.0x10-2之间、约1.0x105至约1.0x10-2之间、约1.0x104至约1.0x10-2之间、约1.0x103至约1.0x10-2之间、约1.0x102至约1.0x10-2之间、约1.0x101至约1.0x10-2之间或约1.0x100至约1.0x10-1秒之间。在一些实施方案中，抗原呈递细胞扰动持续以下中的任一项：约1.0x107至约1.0x10-1、约1.0x106至约1.0x10-1、约1.0x105至约1.0x10-1、约1.0x104至约1.0x10-1、约1.0x103至约1.0x10-1、约1.0x102至约1.0x10-1或约1.0x101至约1.0x10-1秒。通过本文所述方法产生的抗原呈递细胞扰动(例如，孔或洞)并非由于蛋白质亚基组装形成多聚孔结构(如由补体或细菌溶血素产生的多聚孔结构)而形成。
在抗原呈递细胞通过缩窄部时，所述缩窄部暂时对抗原呈递细胞膜造成损伤，从而允许材料被动扩散通过扰动。在一些实施方案中，抗原呈递细胞的变形仅持续大约100μs的短时间段，以使通过细胞信号传导机制激活细胞凋亡途径的机会降至最低，但其他持续时间是可能的(例如，范围为几纳秒至几小时)。在一些实施方案中，抗原呈递细胞的变形持续约1.0x10-9秒至约2小时或者其间的任何时间或时间范围。在一些实施方案中，抗原呈递细胞的变形持续约1.0x10-9秒至约1秒、约1秒至约1分钟或约1分钟至约1小时。在在一些实施方案中，抗原呈递细胞的变形持续以下中的任一项：约1.0x10-9至约1.0x10-1、约1.0x10-9至约1.0x10-2、约1.0x10-9至约1.0x10-3、约1.0x10-9至约1.0x10-4、约1.0x10-9至约1.0x10-5、约1.0x10-9至约1.0x10-6、约1.0x10-9至约1.0x10-7或约1.0x10-9至约1.0x10-8秒之间。在一些实施方案中，抗原呈递细胞的变形持续以下中的任一项：约1.0x10-8至约1.0x10-1、约1.0x10-7至约1.0x10-1、约1.0x10-6至约1.0x10-1、约1.0x10-5至约1.0x10-1、约1.0x10-4至约1.0x10-1、约1.0x10-3至约1.0x10-1或约1.0x10-2至约1.0x10-1秒。在一些实施方案中，使抗原呈递细胞变形包括使抗原呈递细胞变形持续范围为但不限于以下的时间：约1μs至至少约750μs，例如，至少约1μs、10μs、50μs、100μs、500μs或750μs。
在一些实施方案中，增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂通入抗原呈递细胞中与所述抗原呈递细胞通过缩窄部和/或所述抗原呈递细胞的扰动同时发生。在一些实施方案中，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后发生。在一些实施方案中，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后大约几分钟内发生。在一些实施方案中，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-2秒至至少约30分钟发生。例如，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-2秒至约1秒、约1秒至约1分钟或约1分钟至约30分钟发生。在一些实施方案中，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-2秒至约10分钟、约1.0x10-2秒至约5分钟、约1.0x10-2秒至约1分钟、约1.0x10-2秒至约30秒、约1.0x10-2秒至约10秒、约1.0x10-2秒至约1秒或约1.0x10-2秒至约0.1秒发生。在一些实施方案中，化合物通入抗原呈递细胞中是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-1秒至约10分钟、约1秒至约10分钟、约10秒至约10分钟、约50秒至约10分钟、约1分钟至约10分钟或约5分钟至约10分钟发生。在一些实施方案中，抗原呈递细胞在其通过缩窄部之后的扰动在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后大约五分钟内被矫正。
在一些实施方案中，通过缩窄部之后的细胞活力为约5％至约100％。在一些实施方案中，通过缩窄部之后的细胞活力为至少约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％。在一些实施方案中，所述细胞活力是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-2秒至至少约10天测量的。例如，所述细胞活力是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.0x10-2秒至约1秒、约1秒至约1分钟、约1分钟至约30分钟或约30分钟至约2小时测量的。在一些实施方案中，所述细胞活力是在所述抗原呈递细胞通过收缩部之后约1.0x10-2秒至约2小时、约1.0x10-2秒至约1小时、约1.0x10-2秒至约30分钟、约1.0x10-2秒至约1分钟、约1.0x10-2秒至约30秒、约1.0x10-2秒至约1秒或约1.0x102秒至约0.1秒测量的。在一些实施方案中，所述细胞活力是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约1.5小时至约2小时、约1小时至约2小时、约30分钟至约2小时、约15分钟至约2小时、约1分钟至约2小时、约30秒至约2小时或约1秒至约2小时测量的。在一些实施方案中，所述细胞活力是在所述抗原呈递细胞通过缩窄部之后约2小时至约5小时、约5小时至约12小时、约12小时至约24小时或约24小时至约10天测量的。
递送参数
多种参数可能影响通过本文所述的方法将药剂递送至抗原呈递细胞以供调节免疫应答。在一些实施方案中，在通过缩窄部之前、同时或之后，使细胞悬浮液与增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂接触。抗原呈递细胞可以通过悬浮于包括要递送的化合物的溶液中的缩窄部，但是可以在抗原呈递细胞通过缩窄部之后将所述化合物添加至所述细胞悬浮液。在一些实施方案中，将要递送的化合物涂布在缩窄部上。
可能影响将化合物递送至抗原呈递细胞中的参数的例子包括但不限于缩窄部的尺寸、缩窄部的入口角度、缩窄部的表面特性(例如，粗糙度、化学修饰、亲水性、疏水性等)、操作流速(例如，细胞通过缩窄部的通行时间)、抗原呈递细胞浓度、化合物在细胞悬浮液中的浓度以及抗原呈递细胞在通过缩窄部之后恢复或孵育的时间量，上述参数可能影响将所递送的化合物通入抗原呈递细胞中。影响将化合物递送至抗原呈递细胞中的其他参数可以包括抗原呈递细胞在缩窄部中的速度、缩窄部中的剪切速率、细胞悬浮液的粘度、与流动速度垂直的速度分量以及在缩窄部中的时间。此类参数可以被设计以控制化合物的递送。在一些实施方案中，抗原呈递细胞浓度的范围为约10至至少约1012个细胞/mL或其间的任何浓度或浓度范围。在一些实施方案中，递送化合物浓度的范围可以为约10ng/mL至约1g/mL或其间的任何浓度或浓度范围。在一些实施方案中，递送化合物浓度的范围可以为约1ng/mL至约10g/mL或其间的任何浓度或浓度范围。在一些实施方案中，递送化合物浓度的范围可以为约1pM至至少约2M或其间的任何浓度或浓度范围。
可以调整本公开文本的方法中使用的温度以影响化合物递送和细胞活力。在一些实施方案中，所述方法是在约-5℃与约45℃之间进行。例如，所述方法可以在以下温度下进行：室温(例如，约20℃)、生理温度(例如，约37℃)、高于生理温度(例如，高于约37℃至45℃或更高)、或降低温度(例如，约-5℃至约4℃)、或这些示例性温度之间的温度。
可以利用多种方法驱使抗原呈递细胞通过缩窄部。例如，可以通过入口侧上的泵(例如，压缩机)施加压力，可以通过出口侧上的真空泵施加真空，可以通过管施加毛细管作用，和/或所述系统可以进行重力给料。也可以使用基于位移的流动系统(例如，注射泵、蠕动泵、手动注射器或移液器、活塞等)。在一些实施方案中，通过正压或负压使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，通过恒定压力或可变压力使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，使用注射器来施加压力。在一些实施方案中，所述压力是使用气体(例如，来自气瓶)施加的正压。在一些实施方案中，使用泵施加压力。在一些实施方案中，所述泵是蠕动泵或隔膜泵。在一些实施方案中，使用真空施加压力。在一些实施方案中，通过重力使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，通过离心力使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，通过毛细管压力使抗原呈递细胞通过缩窄部。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞中的任一种的一些实施方案中，在范围为约1psi至约120psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在根据本文所述的任一种方法的一些实施方案中，在范围为约30psi至约120psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约45psi至约105psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约60psi至约100psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在约90psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约2psi至约10psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约20psi至约200psi的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为以下的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部：约2psi至约10psi、约10psi至约20psi、约20psi至约30psi、约30psi至约40psi、约40psi至约50psi、约50psi至约60psi、约60psi至约70psi、约70psi至约80psi、约80psi至约90psi、约90psi至约100psi、约100psi至约110psi、约110psi至约120psi。在一些实施方案中，在约以下中的任一项的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部：2psi、5psi、10psi、15psi、20psi、25psi、30psi、35psi、40psi、45psi、50psi、55psi、60psi、65psi、70psi、75psi、80psi、85psi、90psi、95psi、100psi、105psi、110psi、115psi或120psi。
在根据本文所述的方法、组合物或修饰的抗原呈递细胞中的任一种的一些实施方案中，在范围为约130kPa至约2000kPa的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约200kPa至约830kPa的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约300kPa至约730kPa的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为约415kPa至约690kPa的压力下使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在约620kPa的压力下使抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在范围为以下中的任一项的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部：约100kPa至约150kPa、约150kPa至约200kPa、约200kPa至约250kPa、约250kPa至约300kPa、300kPa至约350kPa、约350kPa至约400kPa、400kPa至约450kPa、约450kPa至约500kPa、500kPa至约550kPa、约550kPa至约600kPa、600kPa至约650kPa、约650kPa至约700kPa、700kPa至约750kPa、约750kPa至约800kPa、800kPa至约850kPa、约850kPa至约900kPa、900kPa至约950kPa、约950kPa至约1000kPa、约1000kPa至约1500kPa或约1500kPa至约2000kPa。在一些实施方案中，在约以下中的任一项的压力下使输入抗原呈递细胞通过缩窄部：200kPa、250kPa、300kPa、350kPa、400kPa、415kPa、450kPa、500kPa、550kPa、600kPa、620kPa、650kPa、700kPa、750kPa、800kPa、850kPa、900kPa或1000kPa。
在一些实施方案中，流体流动引导抗原呈递细胞通过缩窄部。在一些实施方案中，在抗原呈递细胞通过缩窄部之前，所述流体流动是湍流。湍流是一种流体流动，其中在给定点的速度在量值和方向方面不规律地变化。在一些实施方案中，通过缩窄部的流体流动是层流。层流涉及在固体边界附近不间断的流体流动，其中每个点的流动方向保持不变。在一些实施方案中，在抗原呈递细胞通过缩窄部之后，所述流体流动是湍流。抗原呈递细胞通过缩窄部的速度可以变化。在一些实施方案中，抗原呈递细胞以一致的细胞速度通过缩窄部。在一些实施方案中，抗原呈递细胞以波动的细胞速度通过缩窄部。
在其他实施方案中，使用组合处理通过使包含抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过缩窄部调节免疫应答，其中所述缩窄部使所述抗原呈递细胞变形，从而引起所述抗原呈递细胞的扰动，使得增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂进入所述抗原呈递细胞，例如，本文所述的方法，之后使其暴露于缩窄部下游的电场。在一些实施方案中，在通过缩窄部之后，使抗原呈递细胞通过由至少一个电极生成的电场。在一些实施方案中，所述电场有助于将化合物递送至抗原呈递细胞内部的第二位置，如抗原呈递细胞核。例如，细胞变形缩窄部与电场的组合物将编码转录因子的质粒递送至抗原呈递细胞(例如，细胞核)中，导致从头产生转录因子。在一些实施方案中，一个或多个电极靠近细胞变形缩窄部以生成电场。在一些实施方案中，所述电场是在约0.1kV/m至约100MV/m之间，或其间的任何数字或数字范围。在一些实施方案中，使用集成电路来提供电信号以驱动所述电极。在一些实施方案中，使抗原呈递细胞暴露于所述电场，持续在约1ns至约1s之间的脉冲宽度以及在约100ns至约10s之间或其间的任何时间或时间范围的时间段。
用于递送至抗原呈递细胞的细胞悬浮液
所述细胞悬浮液可以是混合的或纯化的抗原呈递细胞群。在一些实施方案中，所述细胞悬浮液是混合细胞群，如全血。在一些实施方案中，所述细胞悬浮液是混合细胞群，如PBMC。在一些实施方案中，所述细胞悬浮液是纯化细胞群，如以下中的任一种的纯化群体：T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞或树突细胞。
细胞悬浮液的组成(例如，渗透压、盐浓度、血清含量、细胞浓度、pH等)可以影响增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂的递送。在一些实施方案中，悬浮液包含全血。在一些实施方案中，悬浮液包含PBMC。可替代地，细胞悬浮液是生理盐水溶液或除血液以外的生理介质中的细胞混合物。在一些实施方案中，细胞悬浮液包含水溶液。在一些实施方案中，所述水溶液包含细胞培养基、磷酸盐缓冲盐水(PBS)、盐、金属离子、糖、生长因子、动物来源的产物、增量材料、表面活性剂、润滑剂、脂质、维生素、氨基酸、蛋白质、细胞周期抑制剂和/或影响肌动蛋白聚合的药剂。在一些实施方案中，所述细胞培养基是DMEM、
IMDM、RPMI、X-Vivo 10或X-Vivo 15。另外，溶液缓冲液可以包括一种或多种润滑剂(
或其他表面活性剂)，其可以被设计为例如减少或消除缩窄部或孔的堵塞并改进细胞活力。示例性表面活性剂包括但不限于泊洛沙姆、聚山梨醇酯、糖或糖醇，如甘露醇、山梨醇、动物来源的血清和白蛋白。
在具有某些类型的抗原呈递细胞的一些配置中，可以在一种或多种溶液中孵育抗原呈递细胞，所述溶液有助于将增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂递送至所述抗原呈递细胞的内部。在一些实施方案中，所述水溶液包含影响肌动蛋白聚合的药剂。在一些实施方案中，影响肌动蛋白聚合的药剂是拉春库林A、松胞菌素和/或秋水仙素。例如，可以在递送前将抗原呈递细胞在解聚溶液(如拉春库林A(0.lμg/mL))中孵育1小时，以使肌动蛋白细胞骨架解聚。作为另一例子，可以在递送前将抗原呈递细胞在10μM秋水仙素(Sigma)中孵育2小时，以使微管网络解聚。
在一些实施方案中，将细胞群在用于所公开的方法中之前进行富集。例如，细胞是从体液(例如，外周血)获得，并且任选地进行富集或纯化以浓缩抗原呈递细胞。细胞可以通过本领域中已知的任何方法来富集，所述方法包括但不限于磁性细胞分离、荧光激活的细胞分选(FACS)或密度梯度离心。
细胞悬浮液的粘度也可以影响本文所公开的方法。在一些实施方案中，细胞悬浮液的粘度的范围为约8.9x10-4Pa·s至约4.0x10-3Pa·s或其间的任何值或值的范围。在一些实施方案中，所述粘度的范围为以下中的任一项：在约8.9x10-4Pa·s至约4.0x10-3Pa·s之间、约8.9x10-4Pa·s至约3.0x10-3Pa·s之间、约8.9x10-4Pa·s至约2.0x10-3Pa·s之间或约8.9x10-3Pa·s至约1.0x10-3Pa·s之间。在一些实施方案中，所述粘度的范围为以下中的任一项：约0.89cP至约4.0cP之间、约0.89cP至约3.0cP之间、约0.89cP至约2.0cP之间、或约0.89cP至约1.0cP之间。在一些实施方案中，观察到剪切稀化效应，其中细胞悬浮液的粘度在剪切应变的条件下降低。粘度可以通过本领域中已知的任何方法来测量，所述方法包括但不限于粘度计(如玻璃毛细管粘度计)或流变仪。粘度计在一种流动条件下测量粘度，而流变仪用于测量随流动条件变化的粘度。在一些实施方案中，测量剪切稀化溶液(如血液)的粘度。在一些实施方案中，在约-5℃与约45℃之间测量粘度。例如，在以下温度下测量粘度：室温(例如，约20℃)、生理温度(例如，约37℃)、高于生理温度(例如，高于约37℃至45℃或更高)、降低温度(例如，约-5℃至约4℃)或这些示例性温度之间的温度。
系统和试剂盒
在一些方面，本发明提供一种系统，其包含根据本文所述的任何实施方案(如用于本文所述的任何方法中)的以下中的一种或多种：缩窄部、抗原呈递细胞悬浮液、增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的一种或多种药剂。在一些实施方案中，所述系统还包含抗原和/或佐剂。所述系统可以包括针对相关组合物和本文所公开的方法描述的任何实施方案，包括标题为“微流体系统及其部件”的上文章节中公开的那些。在一些实施方案中，细胞变形缩窄部被定大小用于递送至抗原呈递细胞。在一些实施方案中，对递送参数(如操作流速、细胞和化合物浓度、温度、细胞在缩窄部中的速度以及细胞悬浮液的组成(例如，渗透压、盐浓度、血清含量、细胞浓度、pH等))进行优化，以获得用于调节免疫应答的化合物的最大反应。
还提供用于调节个体的免疫应答的试剂盒或制品。在一些实施方案中，所述试剂盒包含修饰的抗原呈递细胞，所述抗原呈递细胞包含增强所述修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的一种或多种药剂，所述修饰的抗原呈递细胞包括本文所述的任何修饰的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，所述系统还包含抗原和/或佐剂。在一些实施方案中，所述试剂盒包含以下中的一种或多种：缩窄部、抗原呈递细胞悬浮液、增强修饰的抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，它们用于生成修饰的抗原呈递细胞，所述修饰的抗原呈递细胞具有增强的抗原呈递细胞的活力和/或功能，如增强的肿瘤归巢、增强的活力、增强的抗原加工和/或加载至MHC分子上、调节的免疫活性、增强的归巢受体、增强的T细胞激活能力、下调的T细胞抑制以及改变的分化，其用于调节个体的免疫应答。在一些实施方案中，所述试剂盒包含在合适的包装中的本文所述的组分(例如微流体通道或含有孔的表面、细胞悬浮液和/或化合物)。合适的包装材料是本领域中已知的，并且包括例如小瓶(如密封小瓶)、容器、安瓿、瓶子、罐子、软包装(例如，密封的Mylar袋或塑料袋)等。还可以对这些制品进行灭菌和/或密封。
本发明还提供试剂盒，其包含本文所述的方法的组分并且还可以包含用于进行所述方法以调节个体的免疫应答的说明书和/或用于将抗原和/或佐剂引入抗原呈递细胞中的说明书。本文所述的试剂盒还可以包括其他材料，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针、注射器和包装插页，所述包装插页具有用于进行本文所述的任何方法的说明书；例如，用于调节个体的免疫应答的说明书或用于修饰抗原呈递细胞以含有抗原和/或佐剂的说明书。
示例性实施方案
实施方案1.一种增强抗原呈递细胞的肿瘤归巢的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案2.根据实施方案1所述的方法，其中增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。
实施方案3.根据实施方案2所述的方法，其中上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案4.根据实施方案3所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案5.根据实施方案3所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案6.一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案7.根据实施方案6所述的方法，其中所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。
实施方案8.根据实施方案7所述的方法，其中上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案9.根据实施方案8所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案10.根据实施方案8所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案11.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案12.根据实施方案11所述的方法，其中增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。
实施方案13.根据实施方案12所述的方法，其中上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案14.根据实施方案13所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案15.根据实施方案13所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案16.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案17.根据实施方案16所述的方法，其中增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。
实施方案18.根据实施方案17所述的方法，其中上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案19.根据实施方案18所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案20.根据实施方案18所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案21.一种调节抗原呈递细胞的免疫活性的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案22.根据实施方案21所述的方法，其中调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。
实施方案23.根据实施方案22所述的方法，其中上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案24.根据实施方案23所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案25.根据实施方案21所述的方法，其中调节免疫活性的所述药剂下调干扰素β的表达。
实施方案26.根据实施方案25所述的方法，其中下调干扰素β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
实施方案27.根据实施方案23所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案28.根据实施方案23所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案29.一种增强抗原呈递细胞的活力的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案30.根据实施方案29所述的方法，其中增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。
实施方案31.根据实施方案30所述的方法，其中上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案32.根据实施方案31所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案33.根据实施方案31所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案34.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案35.根据实施方案34所述的方法，其中增强所述抗原呈递细胞的归巢受体的所述药剂上调CCL2的表达。
实施方案36.根据实施方案35所述的方法，其中上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案37.根据实施方案34所述的方法，其中增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂上调CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。
实施方案38.根据实施方案37所述的方法，其中上调CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达的所述药剂包含核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物中的一种或多种。
实施方案39.根据实施方案37或38所述的方法，其中所述药剂增强所述增强的抗原呈递细胞归巢至淋巴结。
实施方案40.根据实施方案39所述的方法，其中所述抗原呈递细胞是树突细胞。
实施方案41.根据实施方案36和38-40中任一项所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案42.根据实施方案36和38-40中任一项所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案43.一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
实施方案44.根据实施方案43所述的方法，其中激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。
实施方案45.根据实施方案44所述的方法，其中上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案46.根据实施方案43所述的方法，其中激活T细胞的所述药剂上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达。
实施方案47.根据实施方案46所述的方法，其中上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案48.根据实施方案45或47所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案49.根据实施方案45或47所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案50.一种增强抗原呈递T细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递T细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递T细胞。
实施方案51.根据实施方案50所述的方法，其中下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。
实施方案52.根据实施方案51所述的方法，其中下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
实施方案53.根据实施方案52所述的方法，其中所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案54.根据实施方案52所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案55.一种促进来自单核细胞的DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞。
实施方案56.根据实施方案55所述的方法，其中促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。
实施方案57.根据实施方案56所述的方法，其中上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案58.根据实施方案57所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案59.根据实施方案57所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案60.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的浆细胞样DC(pDC)形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
实施方案61.根据实施方案60所述的方法，其中促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。
实施方案62.根据实施方案61所述的方法，其中上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案63.根据实施方案62所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案64.根据实施方案62所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案65.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
实施方案66.根据实施方案65所述的方法，其中促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。
实施方案67.根据实施方案66所述的方法，其中上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案68.根据实施方案67所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案69.根据实施方案67所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案70.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
实施方案71.根据实施方案70所述的方法，其中促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。
实施方案72.根据实施方案71所述的方法，其中上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
实施方案73.根据实施方案72所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案74.根据实施方案72所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案75.一种抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
实施方案76.根据实施方案75所述的方法，其中抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。
实施方案77.根据实施方案76所述的方法，其中下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
实施方案78.根据实施方案77所述的方法，其中所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。
实施方案79.根据实施方案77所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
实施方案80.根据实施方案55-79中任一项所述的方法，其中包含所述药剂的所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞分化为树突细胞(DC)。
实施方案81.根据实施方案80所述的方法，其中所述DC是pDC、CD8a+/CD10+DC和/或CD11b+DC。
实施方案82.根据实施方案1-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞还包含抗原。
实施方案83.根据实施方案82所述的方法，其中在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。
实施方案84.根据实施方案83所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
实施方案85.根据实施方案1-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞还包含佐剂。
实施方案86.根据实施方案85所述的方法，其中在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。
实施方案87.根据实施方案86所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
实施方案88.根据实施方案85-87中任一项所述的方法，其中所述佐剂是CpG ODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。
实施方案89.根据实施方案82-86中任一项所述的方法，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
实施方案90.根据实施方案1-54和82-89中任一项所述的方法，其中所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。
实施方案91.根据实施方案90所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。
实施方案92.根据实施方案91所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。
实施方案93.根据实施方案86-92中任一项所述的方法，其中所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
实施方案94.根据实施方案82-93中任一项所述的方法，其中所述抗原结合至所述抗原呈递细胞的表面。
实施方案95.根据实施方案82-94中任一项所述的方法，其中所述抗原是疾病相关抗原。
实施方案96.根据实施方案82-95中任一项所述的方法，其中所述抗原是肿瘤抗原。
实施方案97.根据实施方案82-96中任一项所述的方法，其中所述抗原源自裂解物。
实施方案98.根据实施方案97所述的方法，其中所述裂解物是肿瘤裂解物。
实施方案99.根据实施方案1-39和41-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。
实施方案100.根据实施方案1-39和41-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中。
实施方案101.根据实施方案100所述的方法，其中所述混合细胞群是PBMC群。
实施方案102.根据实施方案99或101所述的方法，其中所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。
实施方案103.根据实施方案99、101或102所述的方法，其中所述PBMC被工程化以呈递抗原。
实施方案104.根据实施方案55-81中任一项所述的方法，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。
实施方案105.根据实施方案104所述的方法，其中在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。
实施方案106.根据实施方案105所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
实施方案107.根据实施方案55-81或104-106中任一项所述的方法，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。
实施方案108.根据实施方案107所述的方法，其中在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。
实施方案109.根据实施方案108所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
实施方案110.根据实施方案107-109中任一项所述的方法，其中所述佐剂是CpGODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。
实施方案111.根据实施方案106-110中任一项所述的方法，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
实施方案112.根据实施方案55-81和104-111中任一项所述的方法，其中所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。
实施方案113.根据实施方案112所述的方法，其中所述缩窄部的直径为所述输入单核细胞或单核细胞树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。
实施方案114.根据实施方案113所述的方法，其中所述缩窄部的直径为所述输入单核细胞或单核细胞树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。
实施方案115.根据实施方案104-114中任一项所述的方法，其中所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
实施方案116.根据实施方案104-115中任一项所述的方法，其中所述抗原结合至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。
实施方案117.根据实施方案104-116中任一项所述的方法，其中所述抗原是疾病相关抗原。
实施方案118.根据实施方案104-117中任一项所述的方法，其中所述抗原是肿瘤抗原。
实施方案119.根据实施方案104-117中任一项所述的方法，其中所述抗原源自裂解物。
实施方案120.根据实施方案119所述的方法，其中所述裂解物是肿瘤裂解物。
实施方案121.一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述细胞是通过根据实施方案1-54和82-103中任一项所述的方法来制备。
实施方案122.一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是通过根据实施方案55-81和104-120中任一项所述的方法来制备。
实施方案123.一种调节个体的免疫应答的方法，其包括：向所述个体施用抗原呈递细胞，其中所述抗原呈递细胞是通过根据实施方案1-54和82-103中任一项所述的方法来制备。
实施方案124.一种调节个体的免疫应答的方法，其包括：向所述个体施用树突细胞，其中所述树突细胞是通过根据实施方案55-81和104-120中任一项所述的方法来制备。
实施例
本领域技术人员将认识到，在本发明的范围和精神内可以有若干种实施方案。现将参考以下非限制性实施例更详细地描述本发明。以下实施例进一步说明了本发明，但是当然不应该解释为以任何方式限制其范围。
实施例1
为了确定是否可以通过某些共刺激分子的过表达(或上调)增强抗原呈递细胞激活抗原特异性T细胞应答的能力，将向原代人混合PBMC群体加载上调CD80和/或CD86的药剂，并且将通过ELISA测量应答细胞IFN-γ分泌。
原代人混合PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。具体而言，将通过SQZ细胞内递送10-50μM的OVA蛋白以及CD80和CD86 mRNA中的每一种，并且将在SQZ条件与对照(其中在不存在SQZ处理(Endo)的情况下将CD80和CD86 mRNA与PBMCAPC一起孵育)之间比较如通过ELISA所测量的IFN-γ水平。可以通过流式细胞术测定CD80和CD86上调。然后将PBMCAPC与OVA特异性CD8+应答细胞以1:1的刺激物:效应子比率共培养，并且在不存在或存在IL-2(100U/mL)的情况下进行培养。在18h后，从每种条件收获上清液，并且可以通过IFN-γELISA(Biolegend)评估IFN-γ产生的水平。
在替代实验中，代替CD80和CD86 mRNA，所述上调可以通过以下方式来实现：使用SQZ加载CD80和CD86质粒DNA，和/或通过使用SQZ加载与CD80和CD86的单链寡核苷酸供体模板偶联的基因编辑复合物使用CRISPR同源定向修复。将进行进一步实验以评估是否可以通过使用类似方法上调IL-2来进一步增强抗原呈递细胞激活抗原特异性T细胞应答的能力，所述类似方法即使用SQZ加载IL-2 mRNA、质粒DNA和/或通过使用SQZ加载与IL-2的单链寡核苷酸供体模板偶联的基因编辑复合物使用CRISPR同源定向修复。
实施例2
为了确定是否可以通过在混合PBMC的单核细胞子群体中促进M1巨噬细胞表型进一步增强由混合PBMCAPC引发的抗原特异性免疫应答，将向原代人混合PBMC群体加载上调TLR4(LPS的靶标)、IFN-γ和IL-12的表达的药剂，并且可以通过IFN-γ产生、四聚体染色或针对抗原特异性T细胞的细胞毒性的流式细胞术来测量抗原特异性免疫应答。
原代人混合PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。具体而言，将通过SQZ细胞内递送10-50μM的OVA蛋白以及TLR4、IFN-γ和/或IL-12的mRNA中的每一种，并且将在SQZ条件与对照(其中在不存在SQZ处理(Endo)的情况下将TLR4、IFN-γ和/或IL-12 mRNA与PBMCAPC一起孵育)之间比较如通过IFN-γ产生、四聚体测定或T细胞介导的细胞毒性所测量的抗原特异性免疫应答的水平。可以通过流式细胞术(TLR4、IFN-γ细胞内染色)或ELISA(IFN-γ分泌、IL-12)测定TLR4、IFN-γ和/或IL-12上调。然后可以将PBMCAPC与OVA特异性CD8+应答细胞以1:1的刺激物:效应子比率共培养，并且在不存在或存在IL-2(100U/mL)的情况下进行培养。在18h后，从每种条件收获上清液，并且可以通过IFN-γELISA(Biolegend)评估IFN-γ产生的水平。
在替代实验中，代替TLR4、IFN-γ和/或IL-12 mRNA，TLR4、IFN-γ和IL-12的上调可以通过使用SQZ直接加载TLR4、IFN-γ和/或IL12蛋白来实现。
实施例3
为了确定是否可以通过抑制或下调某些免疫检查点调节剂增强抗原呈递细胞激活抗原特异性T细胞并诱导抗原特异性T细胞毒性的能力，将向原代人混合PBMC群体加载抑制或下调PD-1的药剂，并且将在共培养后通过流式细胞术来测量抗原特异性T细胞的细胞毒性。
原代人混合PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。具体而言，将通过SQZ细胞内递送10-50μM的OVA蛋白和针对PD-1的shRNA中的每一种，并且将在SQZ条件与对照(其中在不存在SQZ处理(Endo)的情况下将PD1 shRNA与PBMCAPC一起孵育)之间比较如通过流式细胞术所测量的T细胞介导的细胞毒性的水平。可以通过流式细胞术测定PD-1下调。然后将PBMCAPC与OVA特异性CD8+应答细胞以1:1的刺激物:效应子比率共培养，并且在不存在或存在IL-2(100U/mL)的情况下进行培养。在18h后，可以用四聚体染色和流式细胞术测定PBMCAPC在激活抗原特异性T细胞和抗原特异性T细胞毒性中的作用。
在替代实验中，代替PD-1shRNA，对PD-1的抑制可以通过小分子抑制剂的SQZ加载来实现，或者PD-1的下调可以通过使用SQZ加载PD-1siRNA或者基因编辑酶或复合物(如CRIPSR、ZFN和TALEN)中的一种或多种来实现。
实施例4
此实施例部分证实，可以通过某些共刺激分子的过表达(或上调)增强抗原呈递细胞激活体外抗原特异性T细胞应答的能力。
材料和方法
为了确定是否可以通过共刺激分子的过表达增强抗原呈递细胞激活抗原特异性T细胞应答的能力，使用SQZ将OVA抗原与IL-2 mRNA一起或与IL-12 mRNA一起递送至树突细胞，之后与OVA特异性OT-I细胞共培养，随后使用ELISA测量IFN-γ分泌。具体而言，在第-8天，从C56BL/6J小鼠收获骨髓来源的鼠DC(BMDC)并将其维持在含有完全生长RMPI 1640+2-巯基乙醇(55μM)、重组鼠GM-CSF(20ng/mL)和重组小鼠IL-4(10ng/mL)的培养基中。在第-5天，通过添加携带两倍浓度的2-巯基乙醇、GM-CSF和IL-4的半体积RPMI来补充GM-CSF和IL-4(补充)。在第-1天重复GM-CSF和IL-4补充。在第0天，收集BMDC，并且在LPS(100EU/mL)和IFN-γ(100ng/mL)中在37℃下成熟1h，且每15min进行搅动。随后，将成熟的BMDC与10μg/mL的Ova蛋白一起孵育(Ova胞吞作用)，仅SQZ加载Ova(5μg/mL)，仅SQZ加载IL-2 mRNA(50μg/mL)，仅SQZ加载IL-12 mRNA(50μg/mL)，或者SQZ加载(i)Ova和小鼠IL-2 mRNA或(ii)OVA和小鼠IL-12 mRNA(50μg/mL)。作为阳性对照，将BMDC用含有Ova最小表位的肽进行脉冲处理(SIINFEKL脉冲)。然后将如上文加工的BMDC与纯化的OT-I细胞以1:10的比率以一式三份共培养。在共培养1天后，收集上清液并通过ELISA测量IFN-γ分泌，其结果指示在过表达或不过表达共刺激分子的情况下由加载抗原的BMDC刺激的体外抗原特异性T细胞应答的量。
结果
IFN-γELISA结果显示，尽管如与跟Ova一起孵育的BMDC相比，由具有通过SQZ递送的Ova(Ova SQZ)的BMDC诱导的Ova特异性应答有少量增加；与仅加载Ova的BMDC相比，在具有通过SQZ共递送的Ova和IL-12 mRNA的BMDC中，Ova特异性应答显著更高(约4倍)(***p<0.001)(图1B)。一并考虑，这些数据显示，在除了抗原(如OVA)的SQZ加载以外，SQZ加载某些共刺激分子(如IL-12)时，可以进一步增强由抗原呈递细胞触发的体外抗原特异性T细胞应答。令人惊讶地，在SQZ加载Ova和IL-2mRNA SQZ的BMDC与仅加载Ova的BMDC之间，Ova特异性应答的增加没有显著不同(图1)。
实施例5
此实施例部分证实，可以通过共刺激分子的过表达(或上调)增强抗原呈递细胞在体内激活CD8+ T细胞应答的能力。
材料和方法
为了确定是否可以通过共刺激分子的过表达增强抗原呈递细胞激活CD8+ T细胞应答的能力，使用SQZ将OVA抗原和编码IL-12的mRNA共递送至树突细胞，之后将所述树突细胞注射至小鼠中，随后使用细胞内细胞因子染色(ICS)和流式细胞术分析CD8+ T细胞应答。具体而言，在第-8天，从C56BL/6J小鼠收获骨髓来源的鼠DC(BMDC)并将其维持在含有完全生长RMPI 1640+2-巯基乙醇(55μM)、重组鼠GM-CSF(20ng/mL)和重组小鼠IL-4(10ng/mL)的培养基中。在第-5天，通过添加携带两倍浓度的2-巯基乙醇、GM-CSF和IL-4的半体积RPMI来补充GM-CSF和IL-4(补充)。在第-1天重复GM-CSF和IL-4补充。在第0天，收集BMDC，并且在LPS(100EU/mL)和IFN-γ(100ng/mL)中在37℃下成熟1h，且每15min进行搅动。随后，将成熟的BMDC与10μg/mL的Ova蛋白一起孵育(Ova胞吞作用)，仅SQZ加载Ova(5μg/mL)，或者SQZ加载Ova和小鼠IL-12 mRNA(50μg/mL)。作为阳性对照，将BMDC用含有Ova最小表位的肽进行脉冲处理(SIINFEKL脉冲)。然后将加工的BMDC注射至相应的受体小鼠中(3E7个细胞/小鼠；5只小鼠/组)。在7天后，收获脾细胞，用Ova最小表位(SIINFEKL)再激发，并且通过细胞内细胞因子染色(ICS)测量IFN-γ且使用流式细胞术进行定量(图2A)。IFN-γICS的定量指示在过表达或不过表达共刺激分子的情况下由加载抗原的BMDC刺激的体内CD8+ T细胞应答的量。
结果
IFN-γICS分析显示，尽管与跟Ova一起孵育的BMDC相比，由通过SQZ加载Ova的BMDC(仅Ova SQZ)诱导的CD8+ T细胞应答有少量增加；与仅加载Ova的BMDC相比，在通过SQZ加载Ova和IL-12 mRNA的BMDC中应答的增加更高(约2倍)(#P<0.005)(图2B)。一并考虑，这些数据显示，在除了抗原(如OVA)的SQZ加载以外，SQZ加载共刺激分子(如IL-12)时，可以进一步增强由抗原呈递细胞触发的CD8+ T细胞应答。
实施例6
树突细胞(DC)在淋巴结(LN)中最有效地启动T细胞应答，在淋巴结中DC遇到其同源T细胞的概率最高。因此，在疫苗接种后，SQZ加载抗原的DC可以启动更强效的T细胞应答，并改进DC至LN的运输。为了评价这种假设，静脉内(IV)或结内(iLN)施用SQZ加载的DC，并且在两种施用途径之间比较T细胞应答的量值。
材料和方法
在GM-CSF和IL-4中将DC从鼠骨髓分化8天。在分化第8天，使DC在LPS和IFNg中成熟1h，然后SQZ加载5ug/mL卵白蛋白(OVA)。然后将这些SQZ加载的DC以两个不同剂量(1M/小鼠或500k/小鼠)通过IV或iLN注射施用至C57BL/6J小鼠。七天后，从疫苗接种的小鼠收获脾并生成脾细胞的单细胞悬浮液(图3A)。然后将这些脾细胞用1ug/mL SIINFEKL进行离体再刺激，SIINFEKL是已知的与OVA相关的H-2kb限制的CD8 T细胞表位。在再刺激1小时后，添加蛋白质转运抑制剂(GOLGIPLUGTM和GOLGISTOPTM)以防止细胞因子的分泌并允许其在刺激后在细胞内积累。在另外培养4小时后，然后收获脾细胞并加工用于细胞内细胞因子染色，以允许在该细胞群内鉴定IFN-γ阳性CD8 T细胞和检测IFN-γ应答。
结果
如图3B中所示，在两个剂量下，iLN施用SQZ加载的DC产生比IV施用更多的抗原特异性CD8 T细胞。用iLN施用实现的应答的范围比用IV施用实现的那些应答高3.6至4.7倍。这些结果表明，改进的DC至LN的运输可以使得SQZ加载抗原的DC能启动更强效的T细胞应答。
实施例7
树突细胞(DC)在淋巴结(LN)中最有效地启动T细胞应答，在淋巴结中DC遇到其同源T细胞的概率最高。因此，在疫苗接种后，加载抗原的DC可以启动更强效的T细胞应答并改进DC至LN的运输。某些归巢分子(如CD62L和/或CCR7)的过表达可以帮助改进至LN的运输。CD62L允许淋巴细胞经由高内皮细胞微静脉从血液进入次级淋巴组织，而CCR7允许淋巴细胞运输至脾和LN的T细胞区域。在此项研究中，向DC分别SQZ加载CD62L mRNA或CCR7 mRNA，以研究SQZ介导的加载是否可以促进这些归巢分子的更高表达水平。
材料和方法
在GM-CSF和IL-4中将DC从鼠骨髓分化8天。在分化第8天，向DC中SQZ加载100ug/mL的编码CD62L的mRNA或编码CCR7的mRNA。使用流式细胞术，在SQZ后的4h和24h评价CD62L和CCR7的表面表达(图4A)。
结果
SQZ加载CD62L mRNA的DC显示比未处理DC和SQZ加载无关mRNA构建体的DC更高的CD62L表达(图4B)。在SQZ后4h，与其他阴性对照组相比时，CD62L mRNA SQZ组中的CD62L表达变成三倍。在24h，在未处理和无关mRNA处理的DC中，CD62L的表达似乎自然地增加。无论如何，与对照相比，SQZ加载CD62L mRNA的DC仍显示CD62L表达的约1.5倍增强。这些结果证实，SQZ介导的加载可以用于通过mRNA递送实现增强的归巢分子的表达(图4B)。另一方面，相对于未处理对照和无关mRNA对照，仅在SQZ后的4小时时间点观察到通过CCR7 mRNA的SQZ加载增强的CCR7表达(图4C)。截至24h，不管负荷为何，所有SQZ组都显示类似的CCR7表面表达(图4C)。
实施例8
抗原呈递细胞(如树突细胞(DC))的成熟伴随有表型成熟配体，如CD80、CD86、CD83，它们是共刺激分子，在T淋巴细胞的激活中具有重要作用。4-1BB配体(4-1BBL，或CD137L)是共刺激配体，其介导T细胞的激活。干扰素(如IFN-α2)在抗原呈递细胞(如树突细胞)的分化和成熟中具有重要作用。在此项研究中，向PBMC分别SQZ加载CD86 mRNA和IFN-α2mRNA，以研究SQZ介导的加载是否可以促进这些分子在PBMC的不同子集中的更高表达水平。
材料和方法
原代人PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。将PBMC保持未处理(NC)；在室温下用空有效载荷进行SQZ加工(空SQZ)，或SQZ加载编码CD86的mRNA(100ug/mL)或编码IFNα2的mRNA(100ug/mL)。在SQZ加工后4小时，针对B细胞(CD19+)、T细胞(CD86+)、NK细胞(CD56+)和单核细胞(CD14+)的组成分析加载的PBMC，以及通过流式细胞术分析CD86的相应表面表达。为了测量IFN-α2的表达，将细胞与GOLGIPLUGTM或GOLGISTOPTM一起孵育4小时以抑制分泌。然后通过细胞内染色分析积累的IFN-α2。
结果
如图5A中所示，与未处理PBMC和用空有效载荷进行SQZ加工的PBMC相比，PBMC中CD86 mRNA的SQZ加载显著增加B细胞(CD19+)、T细胞(CD86+)、NK细胞(CD56+)中展示表面CD86表达的细胞的量。单核细胞(CD14+)固有地表达CD86，并且CD86 mRNA的SQZ加载未显著调节表面表达(图5A)。如图5B中所示，与未处理PBMC和用空有效载荷进行SQZ加工的PBMC相比，PBMC中CD86 mRNA的SQZ加载显著增加B细胞(CD19+)、T细胞(CD86+)、NK细胞(CD56+)和单核细胞(CD14+)的所有子集中展示细胞内IFN-α2表达的细胞的量。
实施例9
抗原呈递细胞(如树突细胞(DC))的成熟伴随有表型成熟配体，如CD80、CD86、CD83，它们是共刺激分子，在T淋巴细胞的激活中具有重要作用。4-1BB配体(4-1BBL，或CD137L)是共刺激配体，其介导T细胞的激活。在过表达时，这些共刺激分子(例如CD86、4-1BBL)可以改进抗原呈递细胞的成熟和/或功能。在此项研究中，向PBMC分别SQZ加载CD86和4-1BBL mRNA，以研究在通过SQZ加工递送编码这些共刺激分子的mRNA后，随时间而变的表面表达水平。
材料和方法
原代人PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。在室温下将PBMC用空有效载荷进行SQZ加工(空SQZ)或SQZ加载编码CD86的mRNA或编码4-1BBL的mRNA(100ug/mL)。在SQZ加工后，通过流式细胞术针对CD86或4-1BBL随时间(4小时、24小时、48小时和72小时)而变的表面表达分析PBMC。
结果
如图6A中所示，在SQZ加工后4小时和24小时，与用空有效载荷进行SQZ加工的PBMC(0％)相比，PBMC中CD86 mRNA的SQZ加载显著增加展示表面CD86表达的T细胞子集(CD3+)的量(>50％)。在SQZ加工后24小时后和在72小时，SQZ加载的T细胞子集中CD86+细胞的量略微逐渐减少，约30％的PBMC仍展示表面CD86表达。如图6B中所示，在SQZ加工后4小时，与用空有效载荷进行SQZ加工的PBMC(0％)相比，PBMC中4-1BBL mRNA的SQZ加载增加展示表面CD86表达的T细胞子集(CD3+)的量(>20％)。然而，在SQZ加工后72小时，小于2％的PBMC展示表面4-1BBL。这些结果表明，通过mRNA的SQZ加载诱导的蛋白质表达的程度和持续时间对于不同的候选mRNA有所变化。
实施例10
为了确定mRNA的修饰是否可能在通过SQZ加载进行mRNA递送后影响翻译效率，向人PBMC中SQZ加载未修饰eGFP或用5-甲氧基尿苷骨架(5mou)修饰的eGFP。
材料和方法
原代人PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。在室温下用编码未修饰eGFP的mRNA或编码5mou修饰的eGFP的mRNA以各种mRNA浓度(0至200ug/mL)对PBMC进行SQZ加工。在SQZ加工后，使用流式细胞术通过平均荧光强度(MFI)针对eGFP表达分析PBMC。
结果
如图7中所示，PBMC中eGFP或5mou-eGFP mRNA的SQZ加载增加T细胞子集(CD3+)中的MFI。对于eGFP或5mou-eGFP，MFI随着SQZ加工中所用mRNA浓度的增加而增加。然而，在所测试浓度下，通过eGFP的SQZ加载实现的MFI的增加高于通过5mou-eGFP的SQZ加载实现的MFI的增加，表明mRNA的5mou修饰在SQZ介导的递送后未增强翻译。
实施例11
为了研究抗原呈递细胞中细胞因子的SQZ加载是否可以增加细胞因子的表达和/或分泌，向PBMC分别SQZ加载IL-2、IFNα或IL-12a mRNA。
材料和方法
原代人PBMC群体是从多个人供体分离(10M个细胞/mL)。将PBMC保持未处理(NC)，在室温下用空有效载荷进行SQZ加工(空SQZ)，或SQZ加载编码IL-12的mRNA(50ug/mL IL-12αmRNA+50ug/mL IL-12β)、编码IFNα的mRNA(100ug/mL)或编码IL-2的mRNA(100ug/mL)。在SQZ加工后，将PBMC在37℃下孵育四小时。收集上清液并通过ELISA测量IL-12、IFNα或IL-2的表达。
结果
如图8A、图8B和图8C中所示，PBMC中IL-2、IFNα或IL-12a mRNA的SQZ加载显著增加SQZ加工的PBMC在相应上清液中的IL-2、IFNα或IL-12a的分泌。这些结果表明，PBMC中SQZ介导的mRNA递送可以用于增加细胞因子的表达和分泌。
Claims (124)
1.一种增强抗原呈递细胞的肿瘤归巢的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
2.根据权利要求1所述的方法，其中增强所述抗原呈递细胞的肿瘤归巢的所述药剂上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达。
3.根据权利要求2所述的方法，其中上调CXCR3、CCR5、VLA-4或LFA-1中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
6.一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使抗凋亡剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗凋亡剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述抗凋亡剂上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达。
8.根据权利要求7所述的方法，其中上调XIAP、cIAP1/2、存活蛋白、生存蛋白、cFLIP、Hsp72或Hsp90中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
11.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
12.根据权利要求11所述的方法，其中增强抗原加工的所述药剂上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达。
13.根据权利要求12所述的方法，其中上调LMP2、LMP7、MECL-1或β5t中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
15.根据权利要求13所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
16.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
17.根据权利要求16所述的方法，其中增强抗原加工和/或加载至MHC分子上的所述药剂上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达。
18.根据权利要求17所述的方法，其中上调TAP、泰帕森、ERAAP、钙网蛋白、Erp57或PDI中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
21.一种调节抗原呈递细胞的免疫活性的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使调节免疫活性的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与调节免疫活性的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
22.根据权利要求21所述的方法，其中调节免疫活性的所述药剂上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达。
23.根据权利要求22所述的方法，其中上调I型干扰素、II型干扰素或III型干扰素中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
25.根据权利要求21所述的方法，其中调节免疫活性的所述药剂下调干扰素β的表达。
26.根据权利要求25所述的方法，其中下调干扰素β的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
27.根据权利要求23所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
28.根据权利要求23所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
29.一种增强抗原呈递细胞的活力的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强所述抗原呈递细胞的活力的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
30.根据权利要求29所述的方法，其中增强所述抗原呈递细胞的活力的所述药剂上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达。
31.根据权利要求30所述的方法，其中上调丝氨酸蛋白酶抑制蛋白的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
33.根据权利要求31所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
34.一种增强抗原呈递细胞的功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使增强归巢和/或触发选择性归巢的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
35.根据权利要求34所述的方法，其中增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂上调CCL2的表达。
36.根据权利要求35所述的方法，其中上调CCL2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
37.根据权利要求34所述的方法，其中增强归巢和/或触发选择性归巢的所述药剂上调CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达。
38.根据权利要求37所述的方法，其中上调CD62L、CCR2、CCR7、CX3CR1或CXCR5中的一种或多种的表达的所述药剂包含核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物中的一种或多种。
39.根据权利要求37或38所述的方法，其中所述药剂增强所述增强的抗原呈递细胞归巢至淋巴结。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述抗原呈递细胞是树突细胞。
41.根据权利要求36和38-40中任一项所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
42.根据权利要求36和38-40中任一项所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
43.一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使激活T细胞的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与激活T细胞的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
44.根据权利要求43所述的方法，其中激活T细胞的所述药剂上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达。
45.根据权利要求44所述的方法，其中上调CD27、CD28、CD40、CD122、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)/OX40L(CD252)、GITR或ICOS中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
46.根据权利要求43所述的方法，其中激活T细胞的所述药剂上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达。
47.根据权利要求46所述的方法，其中上调CD70、CD80、CD86、CD40L、4-1BBL(CD137L)、OX40L(CD252)、GITRL或ICOSL中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
48.根据权利要求45或47所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
49.根据权利要求45或47所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
50.一种增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的方法，所述方法包括：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使下调T细胞抑制的药剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与下调T细胞抑制的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞，从而生成增强的抗原呈递细胞。
51.根据权利要求50所述的方法，其中下调T细胞抑制的所述药剂下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达。
52.根据权利要求51所述的方法，其中下调LAG3、VISTA、TIM1、B7-H4(VTCN1)或BTLA中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
53.根据权利要求52所述的方法，其中所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。
54.根据权利要求52所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
55.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞与促进DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
56.根据权利要求55所述的方法，其中促进DC形成的所述药剂上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达。
57.根据权利要求56所述的方法，其中上调PU.1、Flt3、Flt3L或GMCSF中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
59.根据权利要求57所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
60.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的浆细胞样DC(pDC)形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进pDC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进pDC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
61.根据权利要求60所述的方法，其中促进pDC形成的所述药剂上调E2-2的表达。
62.根据权利要求61所述的方法，其中上调E2-2的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
64.根据权利要求62所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
65.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD8a+/CD10+DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD8a+/CD10+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
66.根据权利要求65所述的方法，其中促进CD8a+/CD10+DC形成的所述药剂上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达。
67.根据权利要求66所述的方法，其中上调Batf3、IRF8或Id2中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
68.根据权利要求67所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
69.根据权利要求67所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
70.一种促进来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的CD11b+DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的扰动，所述扰动足够大，使促进CD11b+DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与促进CD11b+DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
71.根据权利要求70所述的方法，其中促进CD11b+DC形成的所述药剂上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达。
72.根据权利要求71所述的方法，其中上调IRF4、RBJ、MgI或Mtg16中的一种或多种的表达的所述药剂是核酸、蛋白质或核酸-蛋白质复合物。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述核酸是DNA、mRNA、siRNA、shRNA或miRNA。
74.根据权利要求72所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
75.一种抑制来自单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的pDC和经典DC形成的方法，所述方法包括：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞的直径而变，从而引起所述输入单核细胞的扰动，所述扰动足够大，使抑制pDC和经典DC形成的药剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞与抑制pDC和经典DC形成的所述药剂一起孵育足够时间，以允许所述药剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞。
76.根据权利要求75所述的方法，其中抑制pDC和经典DC形成的所述药剂下调STAT3和/或Xbp1的表达。
77.根据权利要求76所述的方法，其中下调STAT3和/或Xbp1的表达的所述药剂是核酸、蛋白质、肽、核酸-蛋白质复合物或小分子。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述核酸是siRNA、shRNA或miRNA。
79.根据权利要求77所述的方法，其中所述核酸-蛋白质复合物是具有或不具有用于同源重组的ssODN的基因编辑复合物。
80.根据权利要求55-79中任一项所述的方法，其中包含所述药剂的所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞分化为树突细胞(DC)。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述DC是pDC、CD8a+/CD10+DC和/或CD11b+DC。
82.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞还包含抗原。
83.根据权利要求82所述的方法，其中在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。
84.根据权利要求83所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述抗原呈递细胞：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
85.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞还包含佐剂。
86.根据权利要求85所述的方法，其中在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将增强所述抗原呈递细胞的活力和/或功能的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。
87.根据权利要求86所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述抗原呈递细胞：
a)使包含输入抗原呈递细胞的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入抗原呈递细胞的直径而变，从而引起所述输入抗原呈递细胞的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述抗原呈递细胞中；以及
b)将所述扰动的输入抗原呈递细胞与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入抗原呈递细胞。
88.根据权利要求85-87中任一项所述的方法，其中所述佐剂是CpG ODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。
89.根据权利要求82-88中任一项所述的方法，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
90.根据权利要求1-52和82-89中任一项所述的方法，其中所述缩窄部的直径小于所述输入抗原呈递细胞的直径。
91.根据权利要求90所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约99％。
92.根据权利要求91所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入抗原呈递细胞的直径的约20％至约60％。
93.根据权利要求85-92中任一项所述的方法，其中所述抗原和/或所述佐剂存在于所述抗原呈递细胞的胞质溶胶和/或囊泡中。
94.根据权利要求82-93中任一项所述的方法，其中所述抗原结合至所述抗原呈递细胞的表面。
95.根据权利要求82-94中任一项所述的方法，其中所述抗原是疾病相关抗原。
96.根据权利要求82-95中任一项所述的方法，其中所述抗原是肿瘤抗原。
97.根据权利要求82-96中任一项所述的方法，其中所述抗原源自裂解物。
98.根据权利要求97所述的方法，其中所述裂解物是肿瘤裂解物。
99.根据权利要求1-39和41-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞是外周血单核细胞(PBMC)。
100.根据权利要求1-39和41-54中任一项所述的方法，其中所述抗原呈递细胞位于混合细胞群中。
101.根据权利要求100所述的方法，其中所述混合细胞群是PBMC群。
102.根据权利要求99或101所述的方法，其中所述PBMC是T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞和/或树突细胞。
103.根据权利要求99、101或102所述的方法，其中所述PBMC被工程化以呈递抗原。
104.根据权利要求55-81中任一项所述的方法，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含抗原。
105.根据权利要求104所述的方法，其中在将促进或抑制DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述抗原。
106.根据权利要求105所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述抗原递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述抗原能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述抗原一起孵育足够时间，以允许所述抗原进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
107.根据权利要求55-81和104-106中任一项所述的方法，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC还包含佐剂。
108.根据权利要求107所述的方法，其中在将所述抗原递送至所述细胞之前、同时或之后和/或在将促进DC形成的所述药剂递送至所述细胞之前、同时或之后，递送所述佐剂。
109.根据权利要求108所述的方法，其中通过包括以下的方法将所述佐剂递送至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC：
a)使包含输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的细胞悬浮液通过细胞变形缩窄部，其中所述缩窄部的直径随所述悬浮液中输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径而变，从而引起所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的扰动，所述扰动足够大，使所述佐剂能够通入所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC中；以及
b)将所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC与所述佐剂一起孵育足够时间，以允许所述佐剂进入所述扰动的输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC。
110.根据权利要求107-109中任一项所述的方法，其中所述佐剂是CpG ODN、IFN-α、STING激动剂、RIG-I激动剂、多聚I:C、咪喹莫特和/或雷西莫特。
111.根据权利要求106-110中任一项所述的方法，其中所述抗原能够被加工为MHC I类限制性肽和/或MHC II类限制性肽。
112.根据权利要求55-81和104-111中任一项所述的方法，其中所述缩窄部的直径小于所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径。
113.根据权利要求112所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约99％。
114.根据权利要求113所述的方法，其中所述缩窄部的直径是所述输入单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的直径的约20％至约60％。
115.根据权利要求104-114中任一项所述的方法，其中所述抗原和/或所述佐剂存在于所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的胞质溶胶和/或囊泡中。
116.根据权利要求104-115中任一项所述的方法，其中所述抗原结合至所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC的表面。
117.根据权利要求104-116中任一项所述的方法，其中所述抗原是疾病相关抗原。
118.根据权利要求104-117中任一项所述的方法，其中所述抗原是肿瘤抗原。
119.根据权利要求104-117中任一项所述的方法，其中所述抗原源自裂解物。
120.根据权利要求119所述的方法，其中所述裂解物是肿瘤裂解物。
121.一种修饰的抗原呈递细胞，其包含增强抗原呈递细胞的活力和/或功能的药剂，其中所述细胞是通过根据权利要求1-54和82-103中任一项所述的方法来制备。
122.一种修饰的单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC，其中所述单核细胞或单核细胞-树突祖细胞或DC是通过根据权利要求55-81和104-120中任一项所述的方法来制备。
123.一种调节个体的免疫应答的方法，其包括：
向所述个体施用抗原呈递细胞，其中所述抗原呈递细胞是通过根据权利要求1-54和82-103中任一项所述的方法来制备。
124.一种调节个体的免疫应答的方法，其包括：
向所述个体施用树突细胞，其中所述树突细胞是通过根据权利要求80-81和104-120中任一项所述的方法来制备。
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