CN113151412B - 用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 - Google Patents
用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113151412B CN113151412B CN202110371867.8A CN202110371867A CN113151412B CN 113151412 B CN113151412 B CN 113151412B CN 202110371867 A CN202110371867 A CN 202110371867A CN 113151412 B CN113151412 B CN 113151412B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- real
- quantitative pcr
- time fluorescent
- fluorescent quantitative
- residual dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供用于检测MDCK细胞残留DNA含量的特异性引物和探针,所述特异性引物为下述序列或为下述序列的互补链序列:上游引物MDCK ND‑F:5’‑CATAACCAAAAGGGACGAAC‑3’;下游引物MDCK ND‑R:5’‑TTCCGAGGTTTATAGAGAGTTGT‑3’;所述探针序列为:5’‑ACCTCACTCATTTACGCCCAC‑3’。本发明还提供相应的试剂盒。本发明的试剂盒能够很好的检测MDCK细胞残留DNA含量,灵敏度高,用时短。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,涉及用于检测MDCK细胞残留DNA含量的特异性引物和探针及实时荧光定量PCR试剂盒。
背景技术
生物制品的质量控制不仅是对终产品的质量控制,更是对整个生产过程的质量控制,用于生产生物技术药物的细胞基质一直因其安全性而备受关注,生产用基质细胞经历了从原代细胞,二倍体细胞到传代细胞的发展历程,人们对其潜在风险的认识也在不断变化。
细胞基质作为主要原材料,其存在的潜在危险因素包括:促生长蛋白及细胞残留蛋白、潜在病毒、细胞DNA。质量的优劣直接影响生物制品的质量和产量,尤其是生物制品的安全性。虽然至今没有因为生物制品中DNA残留量而引发不良反应或安全事故,但其用量随着临床治疗的需求越来越大,需要长期反复用药的生物制品也越来越多,同时,疫苗的使用者为健康人群,这些都使得药品监管部门更加重视生物技术产品的安全性,其中DNA残留量的质量控制一直是人们关注的热点。几十年来对于残余DNA问题的争论一直在继续,有的观点认为应将残余DNA作为一种重要危险因素,也有人倾向于将残余DNA作为一般杂质控制。各国研究机构围绕着残余DNA问题都做了大量的工作,国内外也有很多有关细胞基质及残余DNA的文献和技术指南发表。但根据现有研究结果,现在认为应将其视为一般杂质,并控制其在生物制品中的含量达到纯化工艺可控制的最低量,中国药典第3部对宿主DNA残留的要求为单次注射剂量小于10ng/剂。残余DNA的分析检测也经历了一系列的变革,很多方法被研发和革新。现有的检测手段包括DNA探针杂交法、荧光比色法、荧光定量PCR方法,因为荧光定量PCR方法灵敏度高和可定量分析等特点,应用日益广泛。
发明内容
为了解决现有技术中存在的问题,本发明提供了一种基于实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA的试剂盒及检测方法。
本发明提供用于检测MDCK细胞残留DNA含量的特异性引物和探针,所述特异性引物为下述序列或为下述序列的互补链序列:
上游引物MDCK ND-F:5’-CATAACCAAAAGGGACGAAC-3’;
下游引物MDCK ND-R:5’-TTCCGAGGTTTATAGAGAGTTGT-3’;
所述探针序列为:5’-ACCTCACTCATTTACGCCCAC-3’。
作为优选,探针中5’端标记的荧光报告基团为FAM,3’端标记的荧光淬灭基团为TAMRA。
作为优选,所述上游引物和所述下游引物为向5’端和/或3’端方向延伸一至数个碱基或删减一至数个碱基得到的序列。
本发明提供一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,所述实时荧光定量PCR试剂盒包括上述的特异性引物和探针。
作为优选,在20μl PCR反应体系中,所述上游引物的用量为0.4μl,所述下游引物的用量为0.4μl,所述探针的用量为0.2μl。
作为优选,所述实时荧光定量PCR试剂盒还包括阳性质粒标准品,所述阳性质粒标准品是以MDCK细胞DNA为模板,使用上述的引物和探针进行PCR扩增并回收,与pMD18-T质粒进行连接,转化大肠杆菌感受态细胞中诱导表达得到的。
作为优选,所述试剂盒还包括Taq DNA酶、UDG酶、dNTP、Tris-HCl、KCl、MgCl及其缓冲液,空白标准品;所述空白标准品为灭菌去离子水。
本发明提供上述的特异性引物和探针、实时荧光定量PCR试剂盒在如下任一中的应用,所述应用不以疾病的诊断和治疗为目的:
(1)定性或定量检测或辅助检测MDCK细胞残留DNA含量;
(2)制备定性或定量检测或辅助MDCK细胞残留DNA含量的产品。
本发明提供一种定量检测MDCK细胞残留DNA含量的方法,该方法不以疾病的诊断和治疗为目的,分别以系列浓度的上述的标准品和待测样本DNA为模板,以ddH2O为阴性对照,利用上述的特异性引物和探针进行实时荧光定量PCR,获得Ct值;以标准品的质粒浓度的对数为横坐标,以Ct值为纵坐标得到标准曲线,将待测样本的Ct值代入标准曲线,获得待测样本中残留DNA含量。
作为优选,所述实时荧光定量PCR的反应条件为:
本发明的试剂盒能够很好的检测MDCK细胞残留DNA含量,灵敏度高,成本低,检测迅速。
附图说明
附图用来提供对本发明的进一步理解,并且构成说明书的一部分,与本发明的实施例一起用于解释本发明,并不构成对本发明的限制。在附图中:
图1为ND序列克隆的PCR扩增电泳图和重组阳性转化子的筛选图。
图2为克隆得到的目的基因序列的测序结果图。
图3为五种浓度梯度的标准品的扩增曲线。
图4为仪器自带软件绘制标准品的标准曲线。
图5为本发明检测方法的灵敏度结果图。
图6为本发明检测方法的稳定性评价结果图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。所用引物和探针序列合成由安徽通用生物技术有限公司完成;一代测序工作由华大基因技术有限公司完成。
实施例1扩增引物和探针的设计与合成
本发明选择的检测序列为MDCK细胞的保守基因ND序列。
本发明通过对NCBI数据库中ND基因序列进行检索,查找犬的ND基因序列(Ganbank登录号:NC_002008.4),用Olige7软件对ND基因序列进行引物和探针的设计,选取评分好数条引物对和探针,然后对其进行引物BLAST特异性比对,选择特异性高的引物送至公司合成,再进行引物筛选,而后进行探针的合成,选择最适合扩增条件的引物和探针进行后续的实验。
ND序列片段为:
5’-CATAACCAAAAGGGACGAACCTGAGCTCTCATACTTATATCACTAATTCTATTTATTGGCTCAACTAATCTACTTGGACTATTACCTCACTCATTTACGCCCACAACACAACTCTCTATAAACCTCGGAA-3’。
最适合扩增条件的引物与探针序列如下:
上游引物MDCK ND-F:5’-CATAACCAAAAGGGACGAAC-3’;
下游引物MDCK ND-R:5’-TTCCGAGGTTTATAGAGAGTTGT-3’;
探针P:5’-FAM-ACCTCACTCATTTACGCCCAC-TAMRA-3’。
对合成回来的引物根据要求加入去离子水,将其稀释为10um的工作液浓度备用。
实施例2标准品的制备
本发明建立用于检测MDCK细胞DNA残留量的试剂盒,所用方法为实时荧光定量PCR的绝对定量方法;所以必须制备试剂盒检测所需的标准品。
本发明利用基因重组技术,将ND基因序列经PCR扩增,将PCR扩增产物连接克隆至pMD18-T载体中,构建阳性重组质粒,并进行相应的PCR鉴定和测序鉴定,最后经定量后作为待建立方法的标准品;空白标准品为灭菌去离子水。具体步骤如下:
1、重组阳性质粒pMD18-T-ND的构建和转化
(1)ND序列的PCR扩增
利用细胞DNA提取试剂盒(迪宁)对收集的MDCK细胞(购自兰州百灵生物技术有限公司)进行基因组DNA的提取,具体的操作步骤详见说明书。将提取后的基因组DNA用实施例1中的上游引物和下游引物进行扩增,PCR反应体系的总体积20ul,各反应组分如下:
PCR反应条件:94℃预变性5min;94℃30s、56℃30s、72℃30s,40个循环;72℃10min。(2)ND序列的PCR产物的回收纯化与连接
基因的PCR产物采用2%琼脂糖凝胶电泳进行回收,采用胶回收试剂盒,操作过程按照胶回收试剂盒上的使用说明书进行;将回收基因产物与pMD18-T克隆载体连接,连接体系如下:
总体系10ul,包括目的基因:4ul,载体pMD18-T:1ul,SolutionⅠ:5ul。
混合均匀后置于4℃,过夜连接,获得pMD18-T-ND连接产物。
(3)pMD18-T-ND质粒的转化以及PCR鉴定
将pMD18-T-ND连接产物转化至DH5α感受态细胞中,具体方法为:
①将10μl的pMD18-T-ND连接产物加入到50μl冰浴上融化的DH5α感受态细胞,轻轻混匀,在冰浴中放置30分钟。
②然后置于42℃水浴中热激90s,紧接着将其转移到冰浴中5分钟。
③冰浴完成之后,加入950μl无菌的LB液体培养基后置于37℃200rpm培养1h。
④将离心管在12000rpm离心30秒,倒去上清,剩余100μl用1ml的移液器吹打混匀使菌体悬浮起来,将悬浮起来的细胞均匀涂在LB固体培养基上,LB固体培养基含有100μg/mL Amp、7mg/mL IPTG和40mg/mL X-gal;
⑤将涂抹均匀后的培养基倒置于37℃培养箱中,16-24h后取出置于室内;
⑥待到X-gal显色完全时,挑取白色的单克隆在100μg/mLAmp的LB液体培养基的离心管中,37℃摇床220rpm培养12小时。
⑦根据步骤(1)中的PCR扩增方法进行菌液PCR扩增,筛选出阳性转化子。
图1为ND序列克隆的PCR扩增电泳图和重组阳性转化子的筛选图。其中,左图中扩增的目的基因片段长度为130bp;在左图中,M.DL2000;泳道1.以水作为模板的扩增产物;泳道2-5.DNA为模板的PCR扩增产物;右图为含有Amp抗性的平板进行阳性转化子的筛选。
2、重组阳性质粒的提取和标准品的获取和定量
(1)采用质粒抽提试剂盒提取重组阳性质粒,同时取10ul纯化质粒送至华大基因技术有限公司进行测序,将测序结果和原序列用DNAMAN软件进行同源性比对及重合率分析,确定插入片段的基因序列与目的序列一致。
图2为克隆得到的目的基因序列的测序结果图。
(2)使用ND5000超微量紫外可见分光光度计对提取的质粒测定浓度,质粒的浓度为20ng/ul,根据A260/A280判断质粒的纯度,DNA应满足OD260/OD280=1.8-2.0,实际测得A260/A280=1.83。
(3)在进行实时荧光定量PCR时,需要以“拷贝数”为单位,因此需要将单位转换成copies/μL。
质粒拷贝数计算:
质粒的分子量=2692bp×660(每对碱基的平均分子量)
质粒copies/μL=阿伏伽德罗常数×质粒摩尔数
其中阿伏伽德罗常数=6.02×1023copies/mol。
拷贝数计算公式:6.02×1023拷贝数/摩尔×(浓度)/(MWg/mol)=copies/ml
即(6.02×1023)×(g/ml)/(DNA length×660)=copies/ml
或(6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×660)=copies/ul
质粒浓度为20ng/μL时,换算为单位copies/μL,即为:20×10-9g/uL×6.02×1023copies/mol÷(2692bp×660g/bp·mol)=0.7×1010copies/μL。
实施例3实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA方法的建立
1、待测样本DNA的提取
提取待测生物制品(需要用MDCK细胞培养获得的制品,比如疫苗或者抗体)的中间品、半成品和成品中样本基因组DNA,用作实时荧光定量PCR扩增的模板,待测样本中DNA的提取用的是微量DNA提取试剂盒,操作过程按照试剂盒上的使用说明书进行。
2、标准品的稀释
在进行实时荧光定量PCR之前,先将上述得到的标准品定量到20ng/μl,再进行10倍、100倍、1000倍、10000倍工作浓度稀释,用于标准曲线定量。
3、实时荧光定量PCR反应体系和反应条件
分别以5个浓度的标准品、空白标准品、待测样本DNA为模板,以实施例1中的上游引物-F和下游引物-R为扩增引物,以荧光标记的探针-P进行实时荧光定量PCR扩增。反应体系为20uL,各反应组分如下:
反应条件如下:
4、标准曲线的绘制
以稀释的5个浓度梯度的标准品为模板,将空白标准品作为空白对照,根据步骤3的反应体系及反应条件,进行实时荧光定量PCR扩增,得到Ct值。分别以质粒浓度的对数为横坐标,以Ct为纵坐标,绘制标准曲线,用实时荧光定量PCR仪自带的分析软件,根据标准品的浓度和Ct值算出标准方程为Y=-3.4X+24.29;标准曲线的相关系数R2应大于0.98,实测为:R2=0.998。
图3为五种浓度梯度的标准品的扩增曲线。其中,A:0.7×1010copies/ul;B:0.7×109copies/ul;C:0.7×108copies/ul;D:0.7×107copies/ul;E:0.7×106copies/ul;F:空白对照。
图4为ASA-9600实时荧光定量PCR仪器自带软件绘制标准品的标准曲线。
5、待测样本浓度的检测
根据上述的反应体系和反应条件,对提取的待测样本DNA进行实时荧光定量PCR检测,将得到的待测样本DNA的Ct值代入步骤4的标准曲线方程中,计算出待测样本DNA的浓度。
实施例4实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA方法的灵敏度的方法试验
将实施例3稀释得到的0.2pg的标准品继续按照10的倍数进行稀释,按照实施例3中的反应体系和反应条件,对后续稀释的标准品进行实时荧光定量PCR扩增,以确定本发明检测方法的最低检出限。
用上述体系检出的最低阳性质粒的浓度为0.2fg/μL(图5),根据实施例2中的公式计算拷贝数为:
质粒copies/μL=0.2×10-6×10-9g/uL×6.02×1023copies/mol÷(2692bp×660g/bp·mol)=0.7×102copies/μL。
图5为本发明检测方法的灵敏度结果图。其中,对应模板的拷贝数A:0.7×105copies/ul;B:0.7×104copies/ul;C:0.7×103copies/ul;D:0.7×102copies/ul;F:空白对照。
实施例5实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA方法的稳定性评价
用本发明建立的q-PCR方法,对20ng、2ng、200pg、20pg、2pg标准品进行本发明方法的稳定性评价,同一批次内进行3个重复,以及进行3次批件重复;结果显示,同一个批次内的3个重复和3次批间重复Ct值误差均小于0.5,变异系数均小于5%(表1-表4),表明该方法具有较高的稳定性和重复性。
图6为本发明检测方法的稳定性评价结果图。其中,a-c分别为第一批、第二批和第三批试剂盒对5个浓度测试的扩增曲线;对应模板的拷贝数A:0.7×1010copies/ul;B:0.7×109copies/ul;C:0.7×108copies/ul;D:0.7×107copies/ul;E:0.7×106copies/ul;F:空白对照。
表1第一批试剂盒对5个浓度测试的CT值
标记 | Ct | 标准差(Ct) | 定量 | 子集编号 | 样品名称 | |
A1 | FAM | 8.90 | 0.06 | - | S I | -1 |
A2 | FAM | 8.94 | 0.06 | - | S I | -1 |
A3 | FAM | 8.90 | 0.06 | - | S I | -1 |
A6 | FAM | 12.48 | 0.20 | - | S I | -2 |
A7 | FAM | 12.65 | 0.20 | - | S I | -2 |
A8 | FAM | 12.63 | 0.20 | - | S I | -2 |
B1 | FAM | 15.86 | 0.05 | - | S I | -3 |
B2 | FAM | 15.89 | 0.05 | - | S I | -3 |
B3 | FAM | 15.93 | 0.05 | - | S I | -3 |
B6 | FAM | 19.72 | 0.10 | - | S I | -4 |
B7 | FAM | 19.70 | 0.10 | - | S I | -4 |
B8 | FAM | 19.66 | 0.10 | - | S I | -4 |
C2 | FAM | 23.14 | 0.14 | - | S I | -5 |
C3 | FAM | 23.23 | 0.14 | - | S I | -5 |
C4 | FAM | 23.35 | 0.14 | - | S I | -5 |
C9 | FAM | - | 18.06 | - | S I | 水 |
C10 | FAM | - | 18.06 | - | S I | 水 |
C11 | FAM | - | 18.06 | - | S I | 水 |
表2第二批试剂盒对5个浓度测试的CT值
标记 | Ct | 标准差(Ct) | 定量 | 子集编号 | 样品名称 | |
D2 | FAM | 8.95 | 0.10 | - | S I | -1 |
D3 | FAM | 8.87 | 0.10 | - | S I | -1 |
D4 | FAM | 8.86 | 0.10 | - | S I | -1 |
D5 | FAM | 12.44 | 0.06 | - | S I | -2 |
D7 | FAM | 12.52 | 0.06 | - | S I | -2 |
D8 | FAM | 12.57 | 0.06 | - | S I | -2 |
E2 | FAM | 15.87 | 0.03 | - | S I | -3 |
E3 | FAM | 15.89 | 0.03 | - | S I | -3 |
E4 | FAM | 15.82 | 0.03 | - | S I | -3 |
E5 | FAM | 19.63 | 0.07 | - | S I | -4 |
E7 | FAM | 19.75 | 0.07 | - | S I | -4 |
E8 | FAM | 19.69 | 0.07 | - | S I | -4 |
F1 | FAM | 23.11 | 0.16 | - | S I | -5 |
F3 | FAM | 23.36 | 0.16 | - | S I | -5 |
F4 | FAM | 23.17 | 0.16 | - | S I | -5 |
F9 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
F10 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
F11 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
表3第三批试剂盒对5个浓度测试的CT值
标记 | Ct | 标准差(Ct) | 定量 | 子集编号 | 样品名称 | |
F12 | FAM | 23.33 | 0.11 | - | S I | -5 |
G1 | FAM | 8.88 | 0.02 | - | S I | -1 |
G3 | FAM | 8.87 | 0.02 | - | S I | -1 |
G4 | FAM | 8.87 | 0.02 | - | S I | -1 |
G5 | FAM | 12.50 | 0.07 | - | S I | -2 |
G7 | FAM | 12.57 | 0.07 | - | S I | -2 |
G8 | FAM | 12.54 | 0.07 | - | S I | -2 |
G12 | FAM | 23.27 | 0.11 | - | S I | -5 |
H1 | FAM | 15.85 | 0.09 | - | S I | -3 |
H3 | FAM | 15.78 | 0.09 | - | S I | -3 |
H4 | FAM | 15.79 | 0.09 | - | S I | -3 |
H6 | FAM | 19.68 | 0.06 | - | S I | -4 |
H7 | FAM | 19.69 | 0.06 | - | S I | -4 |
H8 | FAM | 19.79 | 0.06 | - | S I | -4 |
H9 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
H10 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
H11 | FAM | - | 0.00 | - | S I | 水 |
H12 | FAM | 23.48 | 0.11 | - | S I | -5 |
表4 ND批间重复试验
实施例6基于实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA试剂盒
本发明基于实时荧光定量PCR检测MDCK残留DNA试剂盒包括以下组分:
1、标准品
标准品(20ng/μl):本发明实施例2制备的重组阳性质粒;
空白标准品:灭菌去离子水。
2、PCR扩增试剂
引物:
上游引物MDCK ND-F:5’-CATAACCAAAAGGGACGAAC-3’;
下游引物MDCK ND-R:5’-TTCCGAGGTTTATAGAGAGTTGT-3’;
定量PCR扩增试剂:Taq DNA酶、UDG酶、dNTP、Tris-HCl、KCl、MgCl2及其缓冲液。
3、检测探针;
探针P:5’-FAM-ACCTCACTCATTTACGCCCAC-TAMRA-3’。
应用该试剂盒检测MDCK残留DNA的方法与实施例3相同。
最后应说明的是:以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,对于本领域的技术人员来说,其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 兰州百源基因技术有限公司
<120> 用于检测MDCK细胞残留DNA含量的特异性引物和探针及实时荧光定量PCR试剂盒
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 130
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cataaccaaa agggacgaac ctgagctctc atacttatat cactaattct atttattggc 60
tcaactaatc tacttggact attacctcac tcatttacgc ccacaacaca actctctata 120
aacctcggaa 130
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cataaccaaa agggacgaac 20
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ttccgaggtt tatagagagt tgt 23
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acctcactca tttacgccca c 21
Claims (10)
1.一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述实时荧光定量PCR试剂盒包括特异性引物和探针;
所述特异性引物为下述序列:
上游引物MDCK ND-F:5’- CATAACCAAAAGGGACGAAC -3’;
下游引物MDCK ND-R:5’- TTCCGAGGTTTATAGAGAGTTGT -3’;
所述探针序列为:5’-ACCTCACTCATTTACGCCCAC -3’。
2.根据权利要求1所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:探针中5’端标记的荧光报告基团为FAM,3’端标记的荧光淬灭基团为TAMRA。
3.根据权利要求1或2所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:在20μl PCR反应体系中,所述上游引物的用量为0.4μl,所述下游引物的用量为0.4μl,所述探针的用量为0.2μl。
4.根据权利要求1或2所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述实时荧光定量PCR试剂盒还包括阳性质粒标准品,所述阳性质粒标准品是以MDCK细胞DNA为模板,使用权利要求1中所述的引物进行PCR扩增并回收,与pMD18-T质粒进行连接,转化大肠杆菌感受态细胞中诱导表达得到的。
5.根据权利要求3所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述实时荧光定量PCR试剂盒还包括阳性质粒标准品,所述阳性质粒标准品是以MDCK细胞DNA为模板,使用权利要求1中所述的引物进行PCR扩增并回收,与pMD18-T质粒进行连接,转化大肠杆菌感受态细胞中诱导表达得到的。
6.根据权利要求4所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括Taq DNA酶、UDG酶、 dNTP、Tris-HCl、KCl、MgCl2,空白标准品;所述空白标准品为灭菌去离子水。
7.根据权利要求5所述的一种用于定量检测MDCK细胞残留DNA含量的实时荧光定量PCR试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括Taq DNA酶、UDG酶、 dNTP、Tris-HCl、KCl、MgCl2,空白标准品;所述空白标准品为灭菌去离子水。
8.权利要求1-7任一所述的实时荧光定量PCR试剂盒在如下任一中的应用,所述应用不以疾病的诊断和治疗为目的:
(1)定性或定量检测或辅助检测MDCK细胞残留DNA含量;
(2)制备定性或定量检测或辅助检测MDCK细胞残留DNA含量的产品。
9.一种定量检测MDCK细胞残留DNA含量的方法,该方法不以疾病的诊断和治疗为目的,其特征在于:分别以系列浓度的权利要求5中所述的标准品和待测样本DNA为模板,以ddH2O为阴性对照,利用权利要求1中所述的特异性引物和探针进行实时荧光定量PCR,获得Ct值;以标准品的质粒浓度的对数为横坐标,以Ct值为纵坐标得到标准曲线,将待测样本的Ct值代入标准曲线,获得待测样本中残留DNA含量。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于:所述实时荧光定量PCR的反应条件为:
Hold cycle1 污染消化 37℃ 2min
预变性 94℃ 5min
Cycle cycle45 循环反应 94℃ 30s
56℃ 30s
72℃ 30s 收集荧光信号。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110371867.8A CN113151412B (zh) | 2021-04-07 | 2021-04-07 | 用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110371867.8A CN113151412B (zh) | 2021-04-07 | 2021-04-07 | 用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN113151412A CN113151412A (zh) | 2021-07-23 |
CN113151412B true CN113151412B (zh) | 2023-06-16 |
Family
ID=76888870
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202110371867.8A Active CN113151412B (zh) | 2021-04-07 | 2021-04-07 | 用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN113151412B (zh) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114622005A (zh) * | 2022-04-06 | 2022-06-14 | 湖州申科生物技术有限公司 | 用于检测mdck细胞dna片段大小分布的引物对及检测方法 |
CN114634975B (zh) * | 2022-05-18 | 2022-08-12 | 北京万泰生物药业股份有限公司 | 一种检测细胞dna含量的方法及其试剂盒 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001032876A2 (en) * | 1999-11-03 | 2001-05-10 | Mitokor | Compositions and methods for determining interactions of mitochondrial components, and for identifying agents that alter such interactions |
CN105648102A (zh) * | 2016-03-29 | 2016-06-08 | 武汉生物制品研究所有限责任公司 | 检测疫苗中mdck细胞dna残留的试剂盒 |
-
2021
- 2021-04-07 CN CN202110371867.8A patent/CN113151412B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001032876A2 (en) * | 1999-11-03 | 2001-05-10 | Mitokor | Compositions and methods for determining interactions of mitochondrial components, and for identifying agents that alter such interactions |
CN105648102A (zh) * | 2016-03-29 | 2016-06-08 | 武汉生物制品研究所有限责任公司 | 检测疫苗中mdck细胞dna残留的试剂盒 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Development of conventional and real time PCR assays for rapid species authentication of mammalian cell lines commonly used in veterinary diagnostic laboratories;Amaresh Das等;《Res Vet Sci》;20191031;第126卷;摘要,第171页右栏第3段(即2.3节),第176左栏第2段 * |
Universal real-time PCR assay for quantitation and size evaluation of residual cell DNA in human viral vaccines;Murielle André等;《Biologicals》;20160531;第44卷(第3期);第139-149页 * |
基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ基因序列的细胞种属鉴别及细胞交叉污染分析;王革等;《微生物学免疫学进展》;20190630;第47卷(第4期);第44-47页 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN113151412A (zh) | 2021-07-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN110777220B (zh) | 一种引物组、探针、rpa试纸条试剂盒、鉴别方法 | |
CN113151412B (zh) | 用于检测mdck细胞残留dna含量的特异性引物和探针及实时荧光定量pcr试剂盒 | |
CN108220480B (zh) | 一种用于特异性检测hpv18的rpa荧光定量引物对、探针及试剂盒 | |
CN112375849A (zh) | 非洲猪瘟病毒三重荧光pcr检测试剂盒及其应用 | |
CN110229919B (zh) | 用于检测牛支原体的组合物、试剂盒和方法 | |
CN112481417B (zh) | 新冠肺炎病毒分型及突变位点快速检测方法及试剂盒 | |
CN108192965B (zh) | 一种检测线粒体基因组a3243g位点异质性的方法 | |
CN114774565A (zh) | 一种基于RPA-CRISPR-Cas12a体系可视化检测阴道毛滴虫的试剂盒及方法 | |
CN109837345B (zh) | 检测小鼠细胞残留dna的引物及方法 | |
WO2019001187A1 (zh) | 一种快速区分五种小鼠呼吸道病原的多重液相基因芯片检测引物、试剂盒及方法 | |
CN114381552A (zh) | 一种基于CRISPR-Cas12a检测猪圆环4型病毒的引物、探针及检测方法 | |
CN111549165A (zh) | 腐皮镰刀菌的rt-qpcr检测的引物、探针、试剂盒及方法 | |
CN109536625B (zh) | 一种牛支原体的iiPCR检测方法及检测试剂盒 | |
CN111471795A (zh) | 燕麦镰刀菌的rt-qpcr检测的引物、探针、试剂盒及方法 | |
CN110735003A (zh) | 细胞制品中真菌污染检测的通用引物、试剂盒及检测方法 | |
CN113512608B (zh) | 转基因烟草的lamp检测引物体系、试剂盒及方法 | |
CN109266723A (zh) | 稀有突变检测方法、其试剂盒及应用 | |
CN115976272A (zh) | 一种快速检测对虾血细胞虹彩病毒的TaqMan荧光定量PCR方法 | |
CN114134212A (zh) | 用于质粒定量的引物探针组合和试剂盒 | |
CN112063757A (zh) | 一种用于检测非洲猪瘟病毒的引物、试剂盒及其应用 | |
CN117660701B (zh) | 一种检测丽水穿山甲病毒的lamp引物组、试剂盒及方法 | |
CN110564877A (zh) | 以转酮醇酶基因为靶标检测绵羊肺炎支原体的组合物、试剂盒和方法 | |
CN110499376B (zh) | 以LppA基因为检测靶标进行牛支原体检测的组合物、试剂盒和方法 | |
CN113337637B (zh) | 一种分子检测SARS-CoV-2冠状病毒的引物组和试剂盒 | |
CN113957158B (zh) | 一种用于检测施氏鲟线粒体基因的引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |