CN112813171B - 圆口铜鱼mhc基因引物及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了圆口铜鱼MHC基因引物及其应用。圆口铜鱼MHC基因引物:YKTY‑MHC II(表2)，利用其PCR扩增后可直接测序获得圆口铜鱼序列；进一步基于由此获得的圆口铜鱼序列可进行圆口铜鱼的遗传多样性分析。可以作为分子标记在圆口铜鱼环境适应性上开展研究和应用，也可应用于圆口铜鱼遗传多样性、种群进化和物种保护等方向。

Description

圆口铜鱼MHC基因引物及其应用
技术领域
本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及圆口铜鱼MHC基因引物及其应用。
背景技术
圆口铜鱼Coreius guichenoti(Sauvage et Dabry)，1874，隶属鲤形目(Cypriniformes)鲤 科(Cobitidae)鮈亚科(Gobioninae)铜鱼属(Coreius)，英文名largemouth bronze gudgeon，俗称肥沱、方头、水密子、圆口、麻花鱼等(丁瑞华，1994)。分布于长江上游和 金沙江下游以及岷江、嘉陵江、乌江等支流中，是长江上游特有鱼类。
近年来，微卫星DNA和线粒体DNA序列是当前种群遗传学研究中经常使用的标记。但 是这些标记所反应的座位一般为“中性进化”的位点，不能提供有关个体与环境在交互中选 择压力，或者种群对未来适应性改变的信息(Meyers and Bull,2002)。与“中性”标记不 同，MHC是一种受选择的基因，其变异能够反应种群内及种群间的适应过程。具有高度多态性、确切地与环境因素及抗病密切相关，在遗传多样性、种群进化和物种保护中广泛应用(Piertney and Oliver M K,2006)。
发明内容
本发明的目的在于提供了圆口铜鱼MHC基因引物及其应用，该引物扩增的MHC基因部分序列可以作为分子标记在圆口铜鱼环境适应性上开展研究和应用，也可应用于圆口铜鱼 遗传多样性、种群进化和物种保护等方向。
为实现上述发明目的，本发明采用的技术方案为：
提供一种圆口铜鱼MHC基因引物的设计方法，步骤如下：
(1)选取鲤鱼、草鱼及斑马鱼基因序列，通过比对，选择保守区设计兼并引物；
(2)以步骤(1)获得的兼并引物进行PCR扩增，获得扩增序列；
(3)基于步骤(2)的扩增序列，设计圆口铜鱼MHC基因引物:YKTY-MHC II，引物 如下：
Figure BDA0002840693230000021
。
提供一种圆口铜鱼MHC基因引物，引物序列如下：
Figure BDA0002840693230000022
MHC基因引物在圆口铜鱼遗传多样性分析上的应用，具体应用方法为：
1.圆口铜鱼基因组DNA的提取；
2.PCR扩增
利用圆口铜鱼MHC基因引物，以圆口铜鱼的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得扩增产物；
3.扩增产物测序
将扩增产物避光保存，送公司进行测序；
4.遗传多样性分析。
按上述方案，步骤1采用酚氯仿法提取圆口铜鱼鳍条组织的基因组DNA。
按上述方案，步骤2的扩增体系组成为：PCR反应体系40μL：圆口铜鱼基因组DNA 4μL，正反向引物各2.0μL(10pmol/μL)，0.4μL Ex-Taq酶(5U/μL)，4μL 10×PCRbuffer (Mg2+plus)，3.0μL dNTPs(2.5μmol/μL)，用灭菌双蒸水补足至40μL。
按上述方案，所述圆口铜鱼基因组DNA浓度为10ng/μL，引物浓度为10pmol/μL，Ex-Taq酶浓度5U/μL，dNTPs的浓度为2.5μmol/μL。
按上述方案，所述的扩增程序为：扩增程序如下：94℃预变性3min；94℃变性30s，退火温度53℃，复性45s，72℃延伸1min，35个循环；最终72℃延伸5min。
按上述方案，所述步骤4的遗传多样性分析为：根据获得基因序列，基于分子方差分析 方法，评估群体遗传多样性的层次构成，同时，获得Fst值，并用自展分析方法进行Fst值 的显著性检验，以此来评价群体间是否发生分化；
计算Reynolds’s遗传距离，并根据Reynolds’s遗传距离构建UPGMA树，用单倍型多样 性(Hd)和核苷酸多样性(π)二个指数来衡量圆口铜鱼遗传多样性，通过Mega 6.0中的Kimura two-parameter模型计算群体间的遗传距离，构建单倍型间的系统发生关系，采用邻 接法来构建聚类树。
本发明的有益效果：
本发明提供了一种扩增专一性强的圆口铜鱼MHC基因引物:YKTY-MHC II，利用其PCR扩增后可直接测序获得圆口铜鱼序列；进一步基于由此获得的圆口铜鱼序列可进行圆口 铜鱼的遗传多样性分析。可以作为分子标记在圆口铜鱼环境适应性上开展研究和应用，也可 应用于圆口铜鱼遗传多样性、种群进化和物种保护等方向。
附图说明
图1为圆口铜鱼MHC class II扩增序列示意图；
图2为圆口铜鱼31个单倍型的NJ树，节点处数字是1000次自举检验的置信值。
具体实施方式
为了更好地理解本发明，下面结合实施例进一步阐明本发明的内容，但本发明的内容不 仅仅局限于下面的实施例。
以下实施例中未注明具体条件的实施方法，通常可按常规条件，如J.萨姆布鲁克(Sambrook)等编写的《分子克隆实施指南》中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件运行。
实施例1
圆口铜鱼MHC基因引物的获得：
(1)根据已报道的鲤鱼(NCBI序列号：X95433)、草鱼(NCBI序列号：GU441573)及斑马鱼(NCBI序列号：AY103492)基因序列，通过mega 3.0软件比对，选择保守区设计兼并引物。
(2)MHC基因引物设计：根据序列比对，选取符合引物设计的序列，使用PrimerPremier 5.0进行引物设计；主要参数设置为：引物长度17～25bp，20bp为最适长度，最适退火温度55～65℃；GC含量一般在40％～60％之间，尽量避免二级结构出现。
依据比对后保守区序列，初步设计出兼并引物3对，如表1所示：
表1圆口铜鱼MHC class II基因兼并引物
Figure BDA0002840693230000041
说明如下：兼并引物3-MHC II B，扩增片段包括MHC Class II B基因第2和3个外显 子(exon2,exon3)部分序列及两个外显子之间的全部内含子(intron)序列；兼并引物3-MHC II exon3，扩增片段包括MHC Class II B基因第3和第4个外显子(exon2,exon3)部分序列及 两个外显子之间的第3个内含子(intron3)的全部序列；兼并引物2-MHC II，扩增片段包括 MHC Class II B基因第2和第3个内含子(intron2,intron 3)部分序列及内含子之间的第3个 外显子(exon3)的全部序列(图1)。
(3)对设计的3对兼并引物进行PCR扩增：采用设计的3对兼并引物，分别以圆口铜鱼基因组DNA为模板进行PCR扩增；PCR反应体系40μL：模板DNA 4μL(10ng/μL)，正 反向引物各2.0μL(10pmol/μL)，0.4μL Ex-Taq酶(5U/μL)，4μL 10×PCRbuffer(Mg2+ plus)，3.0μLdNTPs(2.5μmol/μL)，用灭菌双蒸水补足至40μL；PCR反应在ABI 9700PCR 仪中进行，扩增程序如下：94℃预变性3min；94℃变性30s，退火温度采用梯度55℃- 50℃，每个循环降低0.2℃，最后50℃下重复10次，每次循环复性45s，72℃延伸1min， 35个循环；最终72℃延伸5min；
序列测试及分析：
测序仪检测扩增产物：将每条兼并引物PCR扩增产物避光保存，送测序公司经过测序仪测序后，获得多条圆口铜鱼序列数据。序列分析：对获得圆口铜鱼每一条序列数据分别与NCBI网站进行相似性比对，去除比对结果中非MHC序列后，最终获得圆口铜鱼MHC 基因序列。
(4)由于上述3对兼并引物对圆口铜鱼MHC基因的扩增出多条非MHC基因的序 列，为圆口铜鱼MHC基因扩增带来不便和工作量及测序成本的增加，因此，依据测序获得 圆口铜鱼序列，设计出专一扩增圆口铜鱼MHC基因引物:YKTY-MHC II(表2)，PCR扩增 后可直接测序获得圆口铜鱼序列。
表2圆口铜鱼MHC class II基因引物表
Figure BDA0002840693230000051
利用上述获得的圆口铜鱼YKTY-MHC II引物，以圆口铜鱼一个个体总DNA为模板，在53C°退火温度下进行PCR扩增：PCR反应体系40μL：模板DNA 4μL(10ng/μL)，正反 向引物各2.0μL(10pmol/μL)，0.4μL Ex-Taq酶(5U/μL)，4μL 10×PCRbuffer(Mg2+ plus)，3.0μLdNTPs(2.5μmol/μL)，用灭菌双蒸水补足至40μL；PCR反应在ABI 9700PCR 仪中进行，扩增程序如下：94℃预变性3min；94℃变性30s，退火温度53℃，复性45s， 72℃延伸1min，35个循环；最终72℃延伸5min。扩增产物送测序公司测序后，序列数据 与NCBI网站进行相似性比对后，确认为圆口铜鱼MHC基因序列，如Seq ID NO:9所示。
实施例2圆口铜鱼MHC基因序列的应用
采用实施例1的圆口铜鱼YKTY-MHC II引物，对圆口铜鱼5个群体150个个体的基因组DNA进行PCR扩增，扩增产物经过测序后检测圆口铜鱼种群遗传多样性，具体包括如下 步骤：
1.基因组DNA的提取
采用酚氯仿法提取圆口铜鱼鳍条组织的基因组DNA。
2.PCR扩增
利用圆口铜鱼引物对，以圆口铜鱼每个个体的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得 扩增产物。PCR扩增体系及程序：模板DNA 4μL(10ng/μL)，正反向引物各2.0μL (10pmol/μL)，0.4μL Ex-Taq酶(5U/μL)，4μL 10×PCRbuffer(Mg2+plus)，3.0μL dNTPs (2.5μmol/μL)，用灭菌双蒸水补足至40μL；PCR反应在ABI 9700PCR仪中进行，扩增程 序如下：94℃预变性3min；94℃变性30s，退火温度53℃，复性45s，72℃延伸1min，35 个循环；最终72℃延伸5min。
3.扩增产物测序
将扩增产物避光保存，送公司进行测序。
4.遗传多样性分析
根据获得基因序列，基于分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)方法， 用Arlequin软件评估群体遗传多样性的层次构成；同时，此软件也用来计算Fst值，并用自 展分析方法(bootstrapping analysis,1000replicates)进行Fst值的显著性检验，以此来评价群体 间是否发生分化。用Arlequin计算Reynolds’s遗传距离(Reynolds et al.,1983)，并根据 Reynolds’s遗传距离用MEGA6.0构建UPGMA树。序列使用Clustal X进行比对，并在软件 Mega 6.0中对照测序图谱进行手动校对。用单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)二个 指数来衡量圆口铜鱼遗传多样性，用软件DNASP 5分析。通过Mega 6.0中的Kimura two- parameter模型计算群体间的遗传距离，构建单倍型间的系统发生关系，采用邻接法来构建 聚类树，系统树种节点的自举置信水平应用自引导(Bootstrap)估计，循环验证次数为 1000。
5.遗传多样性分析结果
对5个圆口铜鱼群体进行对比分析，结果显示，5个圆口铜鱼群体159条序列共定义了 31个单倍型，分析31个单倍型在5个群体中的分布，共享单倍型有3个，比例约为10.0％。其中，Hap1、Hap2分布广泛，均在5个群体中有分布；Hap10在YJK群体和JH3 群体中分布。ST群体35个样本定义了最多的单倍型和多态位点，具体是13个单倍型和21 个多态位点，而JH1群体样本23个样本定义了4个单倍型和9个多态位点。所有群体的单 倍型多样性(Hd)均较高，其中，ST群体以0.724最高，JH1群体以0.567为最低；核苷酸 多样性均较高，5个群体中，JH2群体以0.01726为最高，YJK群体以0.01353为最低。各 群体混合样本测序数、单倍型数(h)、多态性位点数、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性 (π)信息见表3所示。
表3基于MHC Class II基因序列的圆口铜鱼遗传多样性参数
Figure BDA0002840693230000061
5个圆口铜鱼群体159条序列共定义了31个单倍型，分析31个单倍型在5个群体中的 分布，结果如表4所示，共享单倍型有3个，比例约为10.0％。其中，Hap1、Hap2分布广 泛，均在5个群体中有分布；Hap10在YJK群体和JH3群体中分布。
表4圆口铜鱼31个MHC Class II基因单倍型在5个群体中的分布
Figure BDA0002840693230000062
Figure BDA0002840693230000071
圆口铜鱼5个群体AMOVA分析显示，遗传变异是变异来自于各群体内(Fst＝0.01224，P＞0.05)(表5)。这一结果说明各群体间的差异不显著，遗传分化不明显。表6 显示各群体之间的Fst值很小，群体间的Fst值差异均不显著。这与各群体间的平均遗传距 离结果也一致，各群体间遗传距离在0.014～0.017之间，差异不大，与群体间遗传距离在同一水平。
表5圆口铜鱼5个群体的分子方差分析(AMOVA)
Figure BDA0002840693230000072
表6 5个群体之间的Fst值(对角线下)和平均遗传距离(对角线上)
Figure BDA0002840693230000081
用Mega 6软件根据Kimura 2-parameter模型，构建单倍型的NJ分子系统树(图2)。在系统树中，同一群体样本的单倍型并未聚在一起，这说明5个群体的单倍型差异并不大。NJ聚类图显示，单倍型Hap3、Hap10可能是比较原始的单倍型。
主要组织相容性复合体(MHC)是脊椎动物基因组中紧密连锁的基因家族，其遗传变 异水平与脊椎动物的疾病抵抗能力密切相关，直接影响着个体乃物种的适应性。利用MHC 基因对圆口铜鱼群体进行遗传多样性进行研究，结果发现圆口铜鱼5个群体159个个体定义 了31个单倍型，平均单倍型多样性指数为0.653，核苷酸多样性指数为0.0151，揭示了圆口 铜鱼群体免疫区域遗传多样性丰富。群体分化指数(FST)常用来表示两个群体间的遗传分 化程度，在0～1的范围内，FST值越大，两群体间的分化程度越高。通过MHC基因序列评估圆口铜鱼群体多样性，其研究结果圆口铜鱼群体间没有出现明显遗传分化。
说明书核苷酸和氨基酸序列表
<110> 水利部中国科学院水工程生态研究所
<120> 圆口铜鱼MHC基因引物及其应用
<160> 9
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Coreius guichenoti
<400> 1
tgaaggcaat catccaactg 20
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
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<210> 3
<211> 20
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<400> 3
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<211> 20
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
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<211> 20
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 8
cacacaggag atcttctctc yaga 24
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<212> DNA
<213> Coreius guichenoti
<400> 9
tgaaggcaat catccaactg tgttgatgtg cagcgcatat gaattctacc ctgaaaaaat 60
caaagtgtcc tggctgagag acggtaaagt ggtgaccaca gatgtgacct caacaatgga 120
gatggctgat ggggactggt actatcagat ccactctgag ctggaataca ctcctaaatc 180
tggagagaag atctcctgcg tggtggagca cgccagctca actcaaccta ttgttgaaga 240
ctggagtaag acgaaacatt tactttacag tcattccttt attaatggat ttgacatatt 300
tatgggagca aattgaaaat atggaaatta ctttgttatt agacttgcag aactaaacaa 360
atattaaacg taaatactga gaatgtacta ttatcattca ctaacagaac atgatttccg 420
tcacccacag at 432

Claims (4)

1.利用MHC基因引物进行圆口铜鱼遗传多样性分析的方法，其特征在于：具体方法为：
步骤1：圆口铜鱼基因组DNA的提取；
步骤2：PCR扩增
利用圆口铜鱼MHC基因引物，以圆口铜鱼的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得扩增产物，所述圆口铜鱼MHC基因引物的引物序列如下：
Figure FDA0004159274050000011
；
步骤3：扩增产物直接测序获得圆口铜鱼序列
将扩增产物避光保存，送公司进行测序；
步骤4：遗传多样性分析。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤1采用酚氯仿法提取圆口铜鱼鳍条组织的基因组DNA。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤2所述的扩增程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，退火温度53℃，复性45s，72℃延伸1min，35个循环；最终72℃延伸5min。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤4的遗传多样性分析为：根据获得基因序列，基于分子方差分析方法，评估群体遗传多样性的层次构成，同时，获得Fst值，并用自展分析方法进行Fst值的显著性检验，以此来评价群体间是否发生分化；
计算Reynolds’s遗传距离，并根据Reynolds’s遗传距离构建UPGMA树，用单倍型多样性和核苷酸多样性二个指数来衡量圆口铜鱼遗传多样性，通过Mega 6.0中的Kimura two-parameter模型计算群体间的遗传距离，构建单倍型间的系统发生关系，采用邻接法来构建聚类树。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113367122A (zh) * 2021-06-01 2021-09-10 水利部中国科学院水工程生态研究所 一种中华鲟f2精子超低温冷冻保存方法

Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU5256900A (en) * 1999-06-10 2001-01-02 Genomar As Promoters from atlantic salmon
CN1810972A (zh) * 2005-12-15 2006-08-02 中国水产科学研究院黄海水产研究所 牙鲆抗病相关mhc基因标记及其辅助育种方法
EP1980625A1 (en) * 2007-04-10 2008-10-15 Stichting Biomedical Primate Research Center Means and methods for haplotyping MHC-DRB loci in mammals and uses thereof
CN101709302A (zh) * 2009-12-10 2010-05-19 中国水产科学研究院南海水产研究所 军曹鱼MHC-Ⅱβ基因序列
CN102010868A (zh) * 2010-08-24 2011-04-13 中山大学 一种石斑鱼mhc iib基因及其克隆方法和应用
JP2015027283A (ja) * 2013-07-31 2015-02-12 学校法人東海大学 カニクイザルｍｈｃ遺伝子のマルチプレックスｄｎａタイピング方法及びプライマーセット
CN105063031A (zh) * 2015-08-05 2015-11-18 中国长江三峡集团公司 一种圆口铜鱼微卫星标记及其应用
CN105316409A (zh) * 2015-11-03 2016-02-10 浙江大学 扬子鳄抗细菌潜力检测的ⅱ类mhc基因的特异性引物及分型方法
CN108559782A (zh) * 2018-04-26 2018-09-21 水利部中国科学院水工程生态研究所 短体副鳅微卫星位点及其引物和应用
CN108998547A (zh) * 2018-09-18 2018-12-14 中国水产科学研究院长江水产研究所 一种用于圆口铜鱼亲子鉴定的微卫星标记方法

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3448632B2 (ja) * 1997-12-22 2003-09-22 農林水産省農林水産技術会議事務局長 古典的ｍｈｃクラスｉ抗原をコードする遺伝子
WO2004024956A1 (en) * 2002-09-10 2004-03-25 Unni Grimholt Disease resistance in salmon
US7563572B2 (en) * 2004-08-02 2009-07-21 University Of Utah Research Foundation Method for long range allele-specific PCR
JP4958019B2 (ja) * 2008-11-27 2012-06-20 有限会社ジェノテックス ミトコンドリアｄｎａ可変領域塩基配列による水産魚介類の標識および識別のための方法
CN101892319A (zh) * 2010-08-09 2010-11-24 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 德国镜鲤抗逆基因标记及其核心选育群体构建方法
US10337072B2 (en) * 2015-01-08 2019-07-02 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Copy number detection and methods

Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU5256900A (en) * 1999-06-10 2001-01-02 Genomar As Promoters from atlantic salmon
CN1810972A (zh) * 2005-12-15 2006-08-02 中国水产科学研究院黄海水产研究所 牙鲆抗病相关mhc基因标记及其辅助育种方法
EP1980625A1 (en) * 2007-04-10 2008-10-15 Stichting Biomedical Primate Research Center Means and methods for haplotyping MHC-DRB loci in mammals and uses thereof
CN101709302A (zh) * 2009-12-10 2010-05-19 中国水产科学研究院南海水产研究所 军曹鱼MHC-Ⅱβ基因序列
CN102010868A (zh) * 2010-08-24 2011-04-13 中山大学 一种石斑鱼mhc iib基因及其克隆方法和应用
JP2015027283A (ja) * 2013-07-31 2015-02-12 学校法人東海大学 カニクイザルｍｈｃ遺伝子のマルチプレックスｄｎａタイピング方法及びプライマーセット
CN105063031A (zh) * 2015-08-05 2015-11-18 中国长江三峡集团公司 一种圆口铜鱼微卫星标记及其应用
CN105316409A (zh) * 2015-11-03 2016-02-10 浙江大学 扬子鳄抗细菌潜力检测的ⅱ类mhc基因的特异性引物及分型方法
CN108559782A (zh) * 2018-04-26 2018-09-21 水利部中国科学院水工程生态研究所 短体副鳅微卫星位点及其引物和应用
CN108998547A (zh) * 2018-09-18 2018-12-14 中国水产科学研究院长江水产研究所 一种用于圆口铜鱼亲子鉴定的微卫星标记方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Development of twenty-nine polymorphic microsatellite loci from largemouth bronze gudgeon (Coreius guichenoti);Meihua Xiong等;《J Genet》;第93卷(第3期);e100-3 *
The major histocompatibility complex in fish;Y Grimholt等;《Rev Sci Tech》;第17卷(第1期);第121-127页 *
长江中上游圆口铜鱼群体遗传结构研究;熊美华等;《长江流域资源与环境》(第7期);1536-1543 *
长江草鱼群体MHC Class Ⅱ B基因的克隆、表达及多态性分析;张燕;《中国优秀硕士学位论文全文数据库》;20110615(第6期);D052-21 *

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