CN112011523B - 一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用 - Google Patents

一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用 Download PDF

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    • C12P7/24Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carbonyl group
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Abstract

本发明公开了一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用,属于基因工程技术领域。本发明通过定点突变的方法,将乙酰丙酮裂解酶第15位的赖氨酸变为谷氨酰胺,将乙酰丙酮裂解酶突变体用于乙酰丙酮的合成后,提高了乙酰丙酮的产量,达到94.8mg/L,对乙酰丙酮裂解酶的工程改造和乙酰丙酮的生物合成提供了良好范例。

Description

一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基 因、表达载体、细胞及应用
技术领域
本发明涉及一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用,属于基因工程技术领域。
背景技术
乙酰丙酮是一个有机化合物,其标准命名为2,4-戊二酮,在医药、农业、电子、化工、材料等多个行业具有广泛应用。市场上的乙酰丙酮,主要是靠化学合成法获得,如丙酮路线合成法,丙酮-醋酐路线合成法,丙酮-醋酸乙酯路线合成法,乙酰乙酸乙酯-乙烯酮路线合成法,乙酰乙酸乙酯(甲酯)-醋酐路线合成法和丙炔-醋酸路线合成法等。化学合成法普遍存在得率低、能耗高、成本高、环保压力大等缺点,不符合当今低碳经济的需求。
生物法合成效率高、能耗低、成本低、能够避免大量污染物的生成,和化学法相比优势明显。但乙酰丙酮的生物合成方法尚未引起广泛关注。乙酰丙酮裂解酶存在于约翰逊不动杆菌Acinetobacter johnsonii等微生物体内,可以将乙酰丙酮分解为乙酸和甲基乙二醛,但是可逆反应是否能实现,还没有相关研究。在中国专利CN201810865467.0中,人们通过对来自Acinetobacter johnsonii的乙酰丙酮裂解酶基因核苷酸序列进行优化,在大肠杆菌体内过表达后,首次实现了以葡萄糖为底物发酵生产乙酰丙酮。但是,乙酰丙酮的合成效率还比较低。
发明内容
为解决上述问题,本发明提供一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用。
首先,本发明提供一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体,其氨基酸序列中含有SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列。
所述提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体,其完整氨基酸序列为:将氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示乙酰丙酮裂解酶第15位的赖氨酸变为谷氨酰胺。
第二,本发明还提供一种上述提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体的编码基因,该基因含有SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
所述基因是将如SEQ ID NO.4所示的编码乙酰丙酮裂解酶的基因的第43位碱基变为腺嘌呤。
第三,本发明还提供上述提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的表达载体。
所述表达载体,出发质粒为pETDuet-1。
第四,本发明还提供表达上述提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞。
所述细胞,宿主菌为大肠杆菌,优选E.coli BL21(DE3)。
第五,本发明还提供上述表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞在生产乙酰丙酮中的应用。
所述应用中,所述细胞宿主菌为大肠杆菌。
所述应用中,具体为,用表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的大肠杆菌发酵生产乙酰丙酮。
所述应用中,所述发酵,发酵温度为30~37℃,发酵时间为24~72h。
有益效果
本发明通过定点突变的方式,将乙酰丙酮裂解酶第15位的赖氨酸变为谷氨酰胺,将改造后的酶在E.coli BL21(DE3)内表达后,乙酰丙酮产量提高了78.8%,达到94.8mg/L。
附图说明
图1是大肠杆菌中乙酰丙酮突变体发酵后产物乙酰丙酮GC-MS检测结果。
具体实施方式
定义和缩写
本发明中使用下列的缩写或简称:
乙酰丙酮裂解酶基因:dke1
大肠杆菌(Escherichia coli):E.coli
“过量表达”或“过表达”指特定的基因在生物体中大量表达,表达量超过正常水平(即,野生型表达水平),可以通过增强内源表达或引入外源基因来实现。
下面通过实例来进一步阐明本发明。但本发明并不限于以下实施例。
下述实施例中所使用的实验方法若无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所使用的材料、试剂等若无特殊说明,均可从商业途径获得。
所用酶试剂购自MBI Fermentas公司,提取质粒所用的试剂盒和回收DNA片段所用的试剂盒购自美国OMEGA公司,相应的操作步骤按照产品说明书进行;所有培养基如无特别说明均用去离子水配制。
培养基配方:
LB液体培养基:5g/L酵母粉,10g/L NaCl,10g/L蛋白胨,pH 7。
LB固体培养基:5g/L酵母粉,10g/L NaCl,10g/L蛋白胨,15g/L琼脂,pH 7。
摇瓶发酵培养基:20g/L葡萄糖,5g/L酵母粉,10g/L NaCl,10g/L蛋白胨,pH 7。
在实际培养过程中,可向上述培养基中添加一定浓度的抗生素以维持质粒的稳定性,如100μg·mL-1氨苄青霉素。
实施例1制备提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的表达载体
对来源于约翰逊不动杆菌的乙酰丙酮裂解酶基因序列进行密码子优化,并通过苏州金唯智公司合成该基因(SEQ ID NO.4)。以合成的基因为模板,利用定点突变,设计引物。
通过PCR扩增分别获得dke1基因上游片段(引物为F:CGGGATCCGATGGACTACTGCAACA和R:TTGTTGTCAGAGATTTGAACGTATTCTT)和下游片段(引物为F:AAGAATACGTTCAAATCTCTGACAAAA和R:CGGAATTCTTAAGCAGCTTCGTTTTTGGTA),再利用回收试剂盒回收目的片段。以获得的上下游片段为底物,通过搭桥PCR(引物为F:CGGGATCCGATGGACTACTGCAACA和R:CGGAATTCTTAAGCAGCTTCGTTTTTGGTA)获得第15位的赖氨酸变为谷氨酰胺的乙酰丙酮裂解酶突变基因序列Dke1K15Q,序列如SEQ ID NO.2所示。PCR条件为95℃ 3min,35个循环(95℃ 30s、53℃ 30s、72℃ 1min),72℃ 5min,16℃保温。PCR扩增体系为模板1μL,上下游引物各1μL,2×Prime STAR max 25μL,ddH2O 22μL。
将获得的Dke1K15Q片段和质粒pETDuet-1用BamHI和EcoRI酶切,回收酶切产物;再进行连接:回收的载体与dke1基因片段按照摩尔比1:5的比例,16℃连接6h以上;回收连接产物,得到提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的表达载体,命名为pETDuet-Dke1K15Q
实施例2制备表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞
将实施例1中获得的载体pETDuet-Dke1K15Q导入E.coli BL21(DE3)感受态细胞,涂布在含有100μg·mL-1氨苄青霉素的LB固体平板;涂布后的平板置于37℃恒温培养箱,继续培养至长出单克隆。挑取单克隆在固体LB平板上划线,37℃恒温培养箱继续培养至再次长出单克隆,以单克隆为模板,通过菌落PCR验证(引物为F:GATGCGTCCGGCGTAGAGC和R:GCTAGTTATTGCTCAGCGG),验证正确后,获得含有乙酰丙酮裂解酶突变体的大肠杆菌E.coliBL21(pETDuet-Dke1K15Q)。
实施例3表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞在生产乙酰丙酮中的应用
将实施例2获得的工程大肠杆菌E.coli BL21(pETDuet-Dke1K15Q)单克隆在LB培养中进行活化,活化后的菌株按活化液与发酵培养基体积比1:100的比例接种到含有50mL发酵培养基的250mL摇瓶中(内含100μg·mL-1氨苄青霉素),37℃、180rpm条件下振荡培养。OD600达到0.6左右时,温度调节至30℃,并加入0.05mM IPTG进行诱导,诱导后24h终止发酵。
乙酰丙酮产物的检测:
发酵结束后,取1mL发酵液高速离心保留上清。通过GC-MS进样1μL进行产物分析,对乙酰丙酮产物定性证明。GC-MS的气相色谱柱为HP-5MS 5%Phenyl Methyl Silox(30m×0.25mm,0.25μm),程序升温从50℃开始保持5min,以15℃/min的速度升温到240℃,保持5min。利用HPLC对乙酰丙酮产物进行定量分析。液相色谱色谱柱为HPX-87H,280nm紫外检测器,流动相为5mMH2SO4,流速0.6ml/min,温度60℃,进样量50μL,测得乙酰丙酮产量为94.8mg/L,相比利用未突变酶进行生产提高了78.8%。
对比例1
按照实施例相同的策略,将乙酰丙酮裂解酶第17位氨基酸由丝氨酸突变为天冬氨酸,上游片段扩增引物为F:CGGGATCCGATGGACTACTGCAACA和R:GAACGGAACGTAGTTGTTGTCATCGATTTTAACGTATTCTTC,下游片段扩增引物为F:GAAGAATACGTTAAAATCGATGACAACAACTACGTTCCGTTC和R:CGGAATTCTTAAGCAGCTTCGTTTTTGGTA,搭桥PCR引物为F:CGGGATCCGATGGACTACTGCAACA和R:CGGAATTCTTAAGCAGCTTCGTTTTTGGTA。
按照实施例相同的策略生产乙酰丙酮,获得乙酰丙酮的产量为7mg/L,相比利用未突变酶进行生产降低了86.8%。
以上所述仅为本发明的实施例,并非因此限制本发明的专利范围,凡是利用本发明说明书及附图内容所作的等效结构或等效流程变换,或直接或间接运用在其他相关的技术领域,均同理包括在本发明的专利保护范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
<120> 一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体、其基因、表达载体、细胞及应用
<130>
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 153
<212> PRO
<213> 乙酰丙酮裂解酶突变体
<220>
<221> PRO
<222> (1)..(153)
<400> 1
mdycnkkhta eeyvqisdnn yvpfpeafsd ggitwqllhs spetsswtai fncpagssfa 60
shihagpgey fltkgkmevr ggeqeggsta yapsygfess galhgktffp vesqfymtfl 120
gplnfiddng kviasigwae aqgawlatkn eaa 153
<210> 2
<211> 462
<212> DNA
<213> 乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因
<220>
<221> DNA
<222> (1)..(462)
<400> 2
atggactact gcaacaaaaa acacaccgct gaagaatacg ttcaaatctc tgacaacaac 60
tacgttccgt tcccggaagc gttctctgac ggtggtatca cctggcagct gctgcactct 120
tctccggaaa cctcttcttg gaccgctatc ttcaactgcc cggctggttc ttctttcgct 180
tctcacatcc acgctggtcc gggtgaatac ttcctgacca aaggtaaaat ggaagttcgt 240
ggtggtgaac aggaaggtgg ttctaccgct tacgctccgt cttacggttt cgaatcttct 300
ggtgctctgc acggtaaaac cttcttcccg gttgaatctc agttctacat gaccttcctg 360
ggtccgctga acttcatcga cgacaacggt aaagttatcg cttctatcgg ttgggctgaa 420
gctcagggtg cttggctggc taccaaaaac gaagctgctt aa 462
<210> 3
<211> 153
<212> PRO
<213> 乙酰丙酮裂解酶
<220>
<221> PRO
<222> (1)..(153)
<400> 3
mdycnkkhta eeyvkisdnn yvpfpeafsd ggitwqllhs spetsswtai fncpagssfa 60
shihagpgey fltkgkmevr ggeqeggsta yapsygfess galhgktffp vesqfymtfl 120
gplnfiddng kviasigwae aqgawlatkn eaa 153
<210> 4
<211> 462
<212> DNA
<213> 编码乙酰丙酮裂解酶的基因
<220>
<221> DNA
<222> (1)..(462)
<400> 4
atggactact gcaacaaaaa acacaccgct gaagaatacg ttaaaatctc tgacaacaac 60
tacgttccgt tcccggaagc gttctctgac ggtggtatca cctggcagct gctgcactct 120
tctccggaaa cctcttcttg gaccgctatc ttcaactgcc cggctggttc ttctttcgct 180
tctcacatcc acgctggtcc gggtgaatac ttcctgacca aaggtaaaat ggaagttcgt 240
ggtggtgaac aggaaggtgg ttctaccgct tacgctccgt cttacggttt cgaatcttct 300
ggtgctctgc acggtaaaac cttcttcccg gttgaatctc agttctacat gaccttcctg 360
ggtccgctga acttcatcga cgacaacggt aaagttatcg cttctatcgg ttgggctgaa 420
gctcagggtg cttggctggc taccaaaaac gaagctgctt aa 462

Claims (10)

1.一种提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体,其特征在于:所述乙酰丙酮裂解酶突变体的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.根据权利要求1所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体,其特征在于:所述提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体,其完整氨基酸序列为:将氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示乙酰丙酮裂解酶第15位的赖氨酸变为谷氨酰胺。
3.一种权利要求1或2所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体的编码基因,其特征在于:所述编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
4.根据权利要求3所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体的编码基因,其特征在于:所述基因是将如SEQ ID NO.4所示的编码乙酰丙酮裂解酶的基因的第43位碱基变为腺嘌呤。
5.一种权利要求3或4所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的表达载体,其特征在于:所述载体包括权利要求3或4所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因。
6.根据权利要求5所述的表达载体,提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的表达载体,其特征在于:出发质粒为pETDuet-1。
7.一种表达权利要求3或4所述的提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞。
8.根据权利要求7所述的表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞,其特征在于:宿主菌为大肠杆菌。
9.一种权利要求7或8所述的表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞在生产乙酰丙酮中的应用。
10.根据权利要求9所述的表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的细胞在生产乙酰丙酮中的应用,其特征在于:用表达提高乙酰丙酮合成效率的乙酰丙酮裂解酶突变体编码基因的大肠杆菌发酵生产乙酰丙酮,发酵温度为30~37℃,发酵时间为24~72h。
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