CN111979356A - 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法 - Google Patents

一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法 Download PDF

Info

Publication number
CN111979356A
CN111979356A CN202010900766.0A CN202010900766A CN111979356A CN 111979356 A CN111979356 A CN 111979356A CN 202010900766 A CN202010900766 A CN 202010900766A CN 111979356 A CN111979356 A CN 111979356A
Authority
CN
China
Prior art keywords
iridovirus
fluorescent
large yellow
yellow croaker
lyciv
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202010900766.0A
Other languages
English (en)
Inventor
陈新华
郭睿
何天良
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Fujian Agriculture and Forestry University
Original Assignee
Fujian Agriculture and Forestry University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Fujian Agriculture and Forestry University filed Critical Fujian Agriculture and Forestry University
Priority to CN202010900766.0A priority Critical patent/CN111979356A/zh
Publication of CN111979356A publication Critical patent/CN111979356A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明以大黄鱼虹彩病毒LYCIV中的ORF021R和ORF129R保守区序列作为扩增靶序列,设计合成了两对特异性引物及对应的TaqMan探针,建立了LYCIV双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法,并开发成简便、快速、实用的检测试剂盒。

Description

一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测 试剂盒及制备方法
技术领域
本发明涉及大黄鱼虹彩病毒的检测方法,特别涉及大黄鱼虹彩病毒(LargeYellow Croaker Iridovirus,LYCIV)的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法。
背景技术
大黄鱼虹彩病毒(Large Yellow Croaker Iridovirus,LYCIV)是虹彩病毒科细胞肿大病毒属的成员,夏季高水温期为大黄鱼虹彩病毒病主要流行季节,高发期水温25℃-28℃,该病主要危害体长10cm左右的当年春苗,蔓延迅速,半个月内死亡率可达30%-50%。对于病毒性疫病,尚没有特效的治疗方法,病毒的早期检测和诊断仍是最重要的防治手段。因此,建立快速灵敏实用的大黄鱼虹彩病毒PCR检测技术,不仅有助于及时对大黄鱼虹彩病毒进行诊断、监控和防治,减少经济损失,而且也是今后加强科学养殖管理,建立苗种检疫体系所必须的。
目前,对大黄鱼虹彩病毒的检测主要采用透射电镜(Transmission ElectronMicroscope,TEM)观察和常规聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)检测等技术方法。但这些方法有的耗时长,操作繁琐,有的准确度不高,灵敏度低。而TaqMan探针法荧光定量PCR技术巧妙的利用了PCR技术的DNA高效扩增、TaqMan探针与DNA模板的高特异性杂交和光谱技术的敏感性及定量分析的优点,选用双重探针可以同时检测病原的2个基因片段的特异性位点,相较单探针具有更高的准确性和特异性,尤其在鉴别同属近缘不同病毒时更具优势,克服了单探针法在检测同属近缘病毒时可能存在的假阳性及常规PCR检测准确度不高和灵敏度低的不足,极大地提高了检测的准确性、特异性和灵敏性。当前,荧光定量PCR技术已广泛应用于各种病毒的检测,如呼吸道合胞病毒、副流感病毒、肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒、腺病毒等,但还未见双重TaqMan探针法荧光定量PCR应用于大黄鱼虹彩病毒检测的报道。
发明内容
本发明的目的在于提供一种特异性高,简便快捷的大黄鱼虹彩病毒的双重探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法。
本发明所述大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒设有盒体、裂解液、吸附液、洗涤液、荧光定量PCR反应液、阳性对照和阴性对照。
所述裂解液的配方为:终浓度5mol/L盐酸胍,0.1mol/L EDTA,去离子水定容至1L,pH为8.0。
所述吸附液的组成为玻璃粉、浓硝酸与水,所述玻璃粉、浓硝酸与水的配比为1g:(5-6)mL:(10-12)mL,其中玻璃粉以质量计算,浓硝酸和水以体积计算,所述浓硝酸的质量分数可为55%-70%。
所述洗涤液的配方为:终浓度0.1mol/L 氯化钠,1mmol/L EDTA,10mmol/L Tris-HCl,去离子水定容至1L,pH为7.5,再加入等体积的无水乙醇。
荧光定量PCR反应液的配方为:每19μL中包含2×定量PCR预混液10μL(TaKaRaPremix Ex Taq (probe PCR)),正向引物F1 0.4μL,F2 0.4μL,反向引物R1 0.4μL,R2 0.4μL,荧光探针Q1 0.2μL,荧光探针Q2 0.6μL,双蒸水6.6μL;所述正向引物和反向引物的序列为:
正向引物F1(SEQID NO:1)5’-CTGAGGGTGGTCGTCTGGTT-3’
正向引物F2(SEQID NO:2)5’-CAACCACCTGCCGGTTACAG-3’
反向引物R1(SEQID NO:3)5’-ATGGCGACCCTGCTACTTCT-3’
反向引物R2(SEQID NO:4)5’-GTGACGGTGGAATAGCAGGC-3’
所述引物对F1和R1所扩增出的LYCIV-ORF021R基因片段的核苷酸序列为SEQID NO:5。
所述引物对F2和R2所扩增出的LYCIV-ORF129R基因片段的核苷酸序列为SEQIDNO:6。
SEQID NO:5序列为:
ctgagggtgg tcgtctggtt gtcgatttcc aggttataga aggtggtggc gtgagtacacgccacagtca gcaacagaag aagtagcagg gtcgccat;
SEQID NO:6序列为:
caaccacctg ccggttacag gccacgcacc ccggcaccac tttaccagcc gcttgttattccccccacac caccttacca gccgcctgct attccaccgt cac;
荧光探针Q1(SEQID NO:7)5’-AAGGTGGTGGCGTGAGTACACGCCA-3’;
荧光探针Q2(SEQID NO:8)5’-CCGGCACCACCTTACCAGCCGCCTGCT-3’;
荧光探针Q1(SEQID NO:7)5’端标记6-FAM荧光基团,荧光探针3’端标记能够淬灭荧光基团荧光信号的淬灭基团BHQ1。
荧光探针Q2(SEQID NO:8)5’端标记VIC荧光基团,荧光探针3’端标记能够淬灭荧光基团荧光信号的淬灭基团BHQ1。
所述阳性对照为质粒溶液稀释液,其中pMD18-T-LYCIV-ORF021R和pMD18-T-LYCIV-ORF129R的DNA拷贝数比为1:1;所述阴性对照为无菌水。
本发明所述大黄鱼虹彩病毒的检测方法包括以下步骤:
1)选取待测样品,加入裂解液进行裂解;第1次离心,收集上清,加吸附液,混匀,静置后,第2次离心,收集沉淀物,用洗涤液洗涤沉淀物后,再第3次离心,再收集沉淀物,加水充分悬浮沉淀物,即得PCR模板;
2)将步骤1)所得PCR模板1μL加入PCR反应液中进行荧光定量PCR反应,设立阳性对照和阴性对照,PCR反应的程序为:95℃ 25s;95℃ 5s,60℃ 35s,收集荧光信号,40个循环;
3)PCR反应结束后,分析可视化荧光定量分析软件中扩增曲线,以标准曲线中Ct值大小判断病毒的有无。阴性对照应无Ct值,阳性对照Ct值<35,且出现S型典型扩增曲线。待测样品Ct值≤35且出现典型扩增曲线,可判定为阳性;若待测样品无扩增曲线,或Ct值>35,可判定为阴性。
在步骤1)中,所述第1次离心可为12,000rpm,第1次离心时间可为3min;所述静置时间可为5min,静置期间摇匀1-3次;所述第2次离心可为10,000rpm,第2次离心时间可为15s;第3次离心可为10,000rpm,第3次离心时间可为30s。
在步骤2)中的阳性对照制备方法可为:
1)引物设计,具体方法为:
根据已公开的大黄鱼虹彩病毒基因组序列(GenBank登录号AY779031),采用PrimerPremier 5设计能特异性鉴别大黄鱼虹彩病毒的正向引物F1、F2和反向引物R1、R2:
正向引物F1(SEQID NO:1)5’-CTGAGGGTGGTCGTCTGGTT-3’;
正向引物F2(SEQID NO:2)5’-CAACCACCTGCCGGTTACAG-3’;
反向引物R1(SEQID NO:3)5’-ATGGCGACCCTGCTACTTCT-3’;
反向引物R2(SEQID NO:4)5’-GTGACGGTGGAATAGCAGGC-3’。
2)重组质粒pMD18-T-LYCIV-ORF021R(或pMD18-T-LYCIV-ORF129R)的构建步骤为:
使用本发明设计的大黄鱼虹彩病毒特异检测引物,以大黄鱼虹彩病毒检测阳性的大黄鱼内脏组织样品DNA为模板,经过PCR反应,获得一段98 bp(或103 bp)的ORF021R(或ORF129R)基因片段SEQID NO:5(或SEQID NO:6),然后将PCR产物电泳目的条带使用GelExtraction Kit(OMEGA,USA)切胶回收并连接到pMD18-T载体(TaKaRa, Dalian, China)上,转化至Trans1-T1 Phage Resistant化学感受态细胞(TransGen Biotech,China)中,筛选阳性克隆并测序验证;
3)阳性对照的制备
提取构建好的pMD18-T-LYCIV-ORF021R(或pMD18-T-LYCIV-ORF129R)质粒,用分光光度计检测质粒的质量和浓度,按照如下公式计算出目的基因的拷贝数,然后用灭菌超纯水稀释成浓度为1×108拷贝/μL。将2种含相同拷贝数的质粒溶液1:1混匀,即为阳性对照。将该阳性对照稀释到1×107拷贝/μL后继续做10倍系列稀释,得1×106-1×102拷贝/μL质粒,用于制作标准曲线。
Figure 100002_DEST_PATH_IMAGE002
本发明的优点在于:本发明以大黄鱼虹彩病毒LYCIV中的ORF021R和ORF129R保守区序列作为扩增靶序列,设计合成了两对特异性引物及对应的TaqMan探针,建立了LYCIV双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法,并开发成简便、快速、实用的检测试剂盒,经实验,该试剂盒的检测灵敏度为100拷贝/μL,模板制备时间约30min,半个工作日即可得到准确的结果,无非特异性扩增,适用于LYCIV感染的苗种、成鱼的检疫,及水质环境的监测。
附图说明
图1是大黄鱼虹彩病毒(LYCIV)双重TaqMan探针实时荧光定量PCR检测试剂盒横截面剖视图(即盒内设置的组成及位置示意图)。在图1中,各标记为:1:盒体、2:裂解液、3:吸附液、4:洗涤液、5:操作说明书、6:荧光定量PCR反应液、7:阴性对照、8:阳性对照。
图2为实施例2同时利用LYCIV的2个基因的引物和对应探针进行的特异性检测的标准曲线,上方标准曲线所检测基因片段为ORF021R,下方标准曲线所检测基因片段为ORF129R,黑色为质粒标准品,灰色为蛙病毒(TFV)或传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)。两个基因除了在构建的质粒标准品中成功扩增,未能同时在同科TFV和同属ISKNV中的检测灵敏度以上扩增。
图3为实施例2同时利用LYCIV的2个基因的引物和对应探针进行的灵敏度检测的标准曲线,上方标准曲线所检测基因片段为ORF021R,下方标准曲线所检测基因片段为ORF129R,灰色为ORF021R质粒标准品,黑色为ORF129R质粒标准品,R2为标准曲线相关系数,Eff%为基因扩增效率。图中从左到右检测拷贝数依次为1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、1×107,即灵敏度为100拷贝/μL。
图4为实施例4应用大黄鱼虹彩病毒双重TaqMan探针法荧光定量PCR批量检测大黄鱼虹彩病毒的标准曲线。黑色为质粒标准品,灰色为具有病毒疑似症状的病灶组织样品及其对应的10-1,000倍稀释样本。
具体实施方式
实施例1 pMD18-T-LYCIV-ORF021R(或pMD18-T-LYCIV-ORF129R)重组质粒的构建
1)从获取的样品中提取病毒模板:取约15mg(1/2米粒大小)样品,滴入10滴裂解液(约300μL)并用牙签掏碎;12,000rpm离心3min,将上清液转至新管,加入20μL吸附液并混匀;室温放置5min后,10,000rpm离心15s,弃上清,滴入10滴洗涤液于沉淀中,并使沉淀充分悬浮;10,000rpm离心30s,去上清;加20μL无菌水,充分悬浮沉淀;10,000rpm离心30s,吸取上清液4μL用于PCR实验。
2)引物设计和质粒构建
(1)结合生物信息学手段,对细胞肿大病毒属病毒的基因组序列进行分析,确定了以LYCIV-ORF021R和LYCIV-ORF129R基因保守区序列作为扩增靶序列,并分别设计了一对特异性引物,其序列为:
正向引物F1(SEQID NO:1)5’-CTGAGGGTGGTCGTCTGGTT-3’
正向引物F2(SEQID NO:2)5’-CAACCACCTGCCGGTTACAG-3’
反向引物R1(SEQID NO:3)5’-ATGGCGACCCTGCTACTTCT-3’
反向引物R2(SEQID NO:4)5’-GTGACGGTGGAATAGCAGGC-3’
(2)PCR扩增LYCIV-ORF021R(或PCR扩增LYCIV-ORF129R,使用引物对F2和R2,扩增体系和后续程序等不变),使用如下体系进行PCR:
2×PCR预混液 25μL
正向引物F1 1μL
反向引物R1 1μL
组织DNA模板 2μL
灭菌超纯水 21μL
PCR反应程序为:94℃ 4min;94℃ 30s,60℃ 30s,72℃ 30s,32个循环;72℃ 5min。
(3)扩增后的PCR产物,经胶回收后连接至pMD18-T载体,构建pMD18-T-LYCIV-ORF021R(或pMD18-T-LYCIV-ORF129R)质粒,并经测序进行序列验证。
实施例2 特异性及灵敏度检测
1)特异性检测
分别用阳性对照及稀释液,阴性对照,传染性脾肾坏死病毒模板,蛙病毒模板按双重TaqMan探针法荧光定量PCR反应体系进行PCR扩增,分析可视化荧光定量分析软件中扩增曲线,并依据标准曲线中检测样品所对应的Ct值大小判断病毒有无。实验结果(参见图2)说明该双重TaqMan探针法荧光定量PCR能特异性检测大黄鱼虹彩病毒,同时所筛选的两个基因在检测灵敏度以上未能同时在TFV和ISKNV中扩增。
2)灵敏度检测
将阳性对照及10倍系列稀释液,即浓度1×107、1×106、1×104、1×103、1×102拷贝数/μL作为双重TaqMan探针法荧光定量PCR模板,每个浓度模板取1μL用于标准曲线的构建,并在荧光定量PCR仪上进行扩增。实验结果(参见图3)说明每个反应管内的荧光信号达到阈值所需的循环数(Ct)和起始模板拷贝数的对数存在明显的线性关系(R2=0.996和R2=0.993),检测的最小模板浓度为100拷贝/μL。
实施例3 所述大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法
通过上述一系列试验最后确定一种简单快速的检测方法,从制备模板到检测出结果仅需半个工作日。
1)检测试剂配制:
裂解液:终浓度5mol/L盐酸胍,0.1mol/L EDTA,去离子水定容至1L,pH为8.0。
吸附液:将玻璃粉、浓硝酸与水按1g:(5-6)mL:(10-12)mL的比例配制吸附液,其中玻璃粉以质量计算,浓硝酸和水以体积计算,所述浓硝酸的质量分数可为55%-70%。
洗涤液:终浓度0.1mol/L 氯化钠,1mmol/L EDTA,10mmol/L Tris-HCl,去离子水定容至1L,pH为7.5,再加入等体积的无水乙醇,摇匀。
荧光定量PCR反应液:每19μL中包含2×定量PCR预混液10μL,正向引物F1 0.4μL,F2 0.4μL,反向引物R1 0.4μL,R2 0.4μL,荧光探针Q1 0.2μL,荧光探针Q2 0.6μL,双蒸水6.6μL。
阳性对照:质粒溶液稀释液,其中pMD18-T-LYCIV-ORF021R和pMD18-T-LYCIV-ORF129R的DNA拷贝数比为1:1。
阴性对照:无菌水。
灭菌牙签,灭菌后烘干。
2)主要仪器及耗材
荧光定量PCR仪,台式高速离心机,涡旋震荡器,移液枪,0.5mL离心管,1.5mL离心管,200μL PCR管,灭菌枪头,不锈钢镊子,一次性滴管,一次性手套。
3)检测步骤
1. 待测样品的选取:约15mg(约1/2米粒大小)鱼组织。鱼苗可整只检测,长度4cm-30cm鱼可用镊子取脾、肾等组织。
2. 将取得的鱼组织置于1.5mL离心管内,滴入10滴裂解液,用牙签捣碎(约1-2min)。
3. 12,000rpm离心3min,将上清转移至新管内,加20μL吸附液(内含白色物质,用前充分摇匀),混匀后室温静置5min,期间摇匀3次。
4. 10,000rpm离心15s,弃上清,再离心3s,用移液枪吸干残余液体,滴入10滴洗涤液于沉淀中,用移液枪轻轻搅动至沉淀充分悬浮起来。
5. 10,000rpm离心30s,弃上清,再离心3s,用移液枪吸干残余液体,将沉淀置于PCR仪中60℃烘3min(打开离心管盖)。
6. 加20μL蒸馏水,充分悬浮沉淀,10,000rpm离心30s,吸取上清1μL于PCR反应管(内含19μL荧光定量PCR反应液),用涡旋震荡器混匀,5,000rpm离心3s,即可上机检测。阳性对照和阴性对照不需处理,直接取1μL于反应管做荧光定量PCR即可。PCR反应的程序为:95℃ 25s;95℃ 5s,60℃ 35s,收集荧光信号,40个循环。
7. PCR反应结束后,分析可视化荧光定量分析软件中扩增曲线,以标准曲线中Ct值大小判断病毒的有无。阴性对照应无Ct值,阳性对照Ct值<35,且出现S型典型扩增曲线。待测样品Ct值≤35且出现典型扩增曲线,可判定为阳性;若待测样品无扩增曲线,或Ct值>35,可判定为阴性。
实施例4应用大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测大黄鱼虹彩病毒
对大黄鱼虹彩病毒高发期,海水网箱养殖的具有疑似症状的大黄鱼进行双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测,并将每个样品所提DNA进行10倍系列稀释3个梯度作模板,上机进行双重TaqMan探针法荧光定量PCR,结果说明(参见图4)养殖中发病大黄鱼虹彩病毒的病毒量至少约为105拷贝/μL,本发明所建立方法可以满足生产上大黄鱼虹彩病毒的病原检疫需要,对常规提取的DNA,再稀释100-1,000倍亦可以成功检出大黄鱼虹彩病毒。
以上所述仅为本发明的较佳实施例,凡依本申请专利范围所做的均等变化与修饰,皆应属本发明的涵盖范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 福建农林大学
<120> 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方
<130> 8
<160> 8
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
ctgagggtgg tcgtctggtt 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
caaccacctg ccggttacag 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
atggcgaccc tgctacttct 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
gtgacggtgg aatagcaggc 20
<210> 5
<211> 98
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
ctgagggtgg tcgtctggtt gtcgatttcc aggttataga aggtggtggc gtgagtacac 60
gccacagtca gcaacagaag aagtagcagg gtcgccat 98
<210> 6
<211> 103
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
caaccacctg ccggttacag gccacgcacc ccggcaccac tttaccagcc gcttgttatt 60
ccccccacac caccttacca gccgcctgct attccaccgt cac 103
<210> 7
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
aaggtggtgg cgtgagtaca cgcca 25
<210> 8
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ccggcaccac cttaccagcc gcctgct 27

Claims (4)

1.一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含特异性引物和探针,其序列如下:
正向引物F1:5’-CTGAGGGTGGTCGTCTGGTT-3’;
正向引物F2:5’-CAACCACCTGCCGGTTACAG-3’;
反向引物R1:5’-ATGGCGACCCTGCTACTTCT-3’;
反向引物R2:5’-GTGACGGTGGAATAGCAGGC-3’;
荧光探针Q1:5’-AAGGTGGTGGCGTGAGTACACGCCA-3’;
荧光探针Q2:5’-CCGGCACCACCTTACCAGCCGCCTGCT-3’;
所述荧光探针Q1的5’端标记6-FAM荧光基团,3’端标记能够淬灭荧光基团荧光信号的淬灭基团BHQ1;
荧光探针Q2的5’端标记VIC荧光基团, 3’端标记能够淬灭荧光基团荧光信号的淬灭基团BHQ1。
2.一种如权利要求1所述试剂盒的制备方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)制备盒体;
(2)配制检测试剂:
裂解液的配方为:终浓度5mol/L盐酸胍,0.1mol/L EDTA,去离子水定容至1L,pH为8.0;
吸附液的组成为玻璃粉、浓硝酸与水,所述玻璃粉、浓硝酸与水的配比为1g:5~6 mL:10~12 mL,所述浓硝酸的质量分数为55%-70%;
洗涤液的配方为:终浓度0.1mol/L 氯化钠,1mmol/L EDTA,10mmol/L Tris-HCl,去离子水定容至1L,pH为7.5,再加入等体积的无水乙醇;
荧光定量PCR反应液的配方为:每19μL中包含2×定量PCR预混液10μL,正向引物F1 0.4μL,F2 0.4μL,反向引物R1 0.4μL,R2 0.4μL,荧光探针Q1 0.2μL,荧光探针Q2 0.6μL,双蒸水6.6μL;
阳性对照为DNA拷贝数比1:1的pMD18-T-LYCIV-ORF021R和pMD18-T-LYCIV-ORF129R的混合溶液;
阴性对照为无菌水;
(3)将裂解液、吸附液、洗涤液、操作说明书、荧光定量PCR反应液、阴性对照、阳性对照置入盒体内,即得到大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒。
3.根据权利要求2所述的制备方法,其特征在于,所述阳性对照的制备方法为:
1)引物设计,具体方法为:
根据已公开的大黄鱼虹彩病毒基因组序列,采用Primer Premier 5设计能特异性鉴别大黄鱼虹彩病毒的正向引物F1、F2和反向引物R1、R2:
正向引物F1:5’-CTGAGGGTGGTCGTCTGGTT-3’;
正向引物F2:5’-CAACCACCTGCCGGTTACAG-3’;
反向引物R1:5’-ATGGCGACCCTGCTACTTCT-3’;
反向引物R2:5’-GTGACGGTGGAATAGCAGGC-3’;
2)重组质粒pMD18-T-LYCIV-ORF021R或pMD18-T-LYCIV-ORF129R的构建步骤为:
使用大黄鱼虹彩病毒特异检测引物,以大黄鱼虹彩病毒检测阳性的大黄鱼内脏组织样品DNA为模板,经过PCR反应,获得一段98 bp或103 bp的ORF021R或ORF129R基因片段,然后将PCR产物电泳目的条带使用Gel Extraction Kit切胶回收并连接到pMD18-T载体上,转化至Trans1-T1 Phage Resistant化学感受态细胞中,筛选阳性克隆并测序验证;
3)阳性对照的制备
提取构建好的pMD18-T-LYCIV-ORF021R或pMD18-T-LYCIV-ORF129R质粒,用分光光度计检测质粒的质量和浓度,按照如下公式计算出目的基因的拷贝数,然后用灭菌超纯水稀释成浓度为1×108拷贝/μL;将2种含相同拷贝数的质粒溶液1:1混匀,即为阳性对照;将该阳性对照稀释到1×107拷贝/μL后继续做10倍系列稀释,得1×106-1×102拷贝/μL质粒,用于制作标准曲线:
Figure DEST_PATH_IMAGE002
4.一种利用权利要求1所述试剂盒判定大黄鱼虹彩病毒的方法,其特征在于,以标准曲线中Ct值大小判断病毒的有无;阴性对照应无Ct值,阳性对照Ct值<35,且出现S型典型扩增曲线;待测样品Ct值≤35且出现典型扩增曲线,可判定为阳性;若待测样品无扩增曲线,或Ct值>35,可判定为阴性。
CN202010900766.0A 2020-08-31 2020-08-31 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法 Pending CN111979356A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010900766.0A CN111979356A (zh) 2020-08-31 2020-08-31 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010900766.0A CN111979356A (zh) 2020-08-31 2020-08-31 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN111979356A true CN111979356A (zh) 2020-11-24

Family

ID=73447782

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010900766.0A Pending CN111979356A (zh) 2020-08-31 2020-08-31 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111979356A (zh)

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1827778A (zh) * 2005-03-02 2006-09-06 国家海洋局第三海洋研究所 鱼类虹彩病毒实时荧光定量pcr检测方法
CN101948937A (zh) * 2010-10-15 2011-01-19 国家海洋局第三海洋研究所 流行性造血器官坏死病毒的pcr检测试剂盒及检测方法
CN102312020A (zh) * 2011-09-26 2012-01-11 国家海洋局第三海洋研究所 神经坏死病毒的rt-pcr检测方法
CN109897918A (zh) * 2018-08-06 2019-06-18 北京市水产技术推广站 鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量检测方法
CN110592274A (zh) * 2018-06-13 2019-12-20 杭州众测生物科技有限公司 大黄鱼虹彩病毒(lyciv)的raa恒温荧光检测方法及试剂
WO2020034317A1 (zh) * 2018-08-16 2020-02-20 金宇保灵生物药品有限公司 塞内卡病毒和口蹄疫病毒双重实时荧光定量pcr检测试剂及试剂盒

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1827778A (zh) * 2005-03-02 2006-09-06 国家海洋局第三海洋研究所 鱼类虹彩病毒实时荧光定量pcr检测方法
CN101948937A (zh) * 2010-10-15 2011-01-19 国家海洋局第三海洋研究所 流行性造血器官坏死病毒的pcr检测试剂盒及检测方法
CN102312020A (zh) * 2011-09-26 2012-01-11 国家海洋局第三海洋研究所 神经坏死病毒的rt-pcr检测方法
CN110592274A (zh) * 2018-06-13 2019-12-20 杭州众测生物科技有限公司 大黄鱼虹彩病毒(lyciv)的raa恒温荧光检测方法及试剂
CN109897918A (zh) * 2018-08-06 2019-06-18 北京市水产技术推广站 鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量检测方法
WO2020034317A1 (zh) * 2018-08-16 2020-02-20 金宇保灵生物药品有限公司 塞内卡病毒和口蹄疫病毒双重实时荧光定量pcr检测试剂及试剂盒

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
张文等: "鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量PCR检测方法的建立", 《病毒学报》 *
陈新华等: "大黄鱼虹彩病毒PCR快速检测试剂盒的研制", 《生物技术》 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107513584B (zh) 一种检测肠道病毒的五重荧光定量试剂盒
CN108384899B (zh) 一种检测新型鹅星状病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用
CN110699489B (zh) 非洲猪瘟病毒cd2v基因的实时荧光pcr检测引物探针组、试剂盒及方法
CN113249524A (zh) 一种用于检测多种猪圆环病毒的三重实时荧光定量pcr引物和探针组合物及其应用
CN115466800A (zh) 一种检测猴痘病毒及其亚型的多重荧光定量pcr试剂盒
CN110628944A (zh) 鸭3型腺病毒与鸭新型呼肠孤病毒鉴别诊断试剂盒
CN111979355A (zh) 一种大黄鱼虹彩病毒的TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法
CN113046484B (zh) 用于检测非洲猪瘟病毒p72基因的引物探针、试剂盒及方法
CN108411041B (zh) 一种检测新型鸡呼肠孤病毒的荧光定量rt-pcr试剂盒及应用
CN110607398B (zh) 一种荧光可视化快速检测猪流行性腹泻病毒的rt-lamp试剂盒
CN112853004A (zh) 对虾白斑综合症病毒lamp检测简并引物组、试剂盒及方法
CN101178350B (zh) 检测狂犬病毒的试剂盒
CN108060265A (zh) 用于检测感染毛蚶的牡蛎疱疹病毒的引物组和探针及其应用
CN117025846A (zh) 一种多重ddPCR检测新型冠状病毒的引物组及其应用
CN116814857A (zh) 猫细小病毒及其试剂盒和荧光重组酶聚合酶扩增的方法
Chen et al. Development of a polymerase chain reaction for the detection of abalone herpesvirus infection based on the DNA polymerase gene
CN111979356A (zh) 一种大黄鱼虹彩病毒的双重TaqMan探针法荧光定量PCR检测试剂盒及制备方法
CN113355460B (zh) 用于检测新型鹅呼肠孤病毒的引物、试剂盒及其检测方法与应用
CN113430274B (zh) 一种检测肝肠胞虫的rpa引物、探针、试剂盒及方法
CN105779443B (zh) 鉴定或辅助鉴定牡蛎疱疹病毒的引物组合物
CN109628640B (zh) 一种快速检测鲤春病毒血症病毒的rpa-lfd引物、方法和试剂盒
CN106929601B (zh) 一种高灵敏人乳头瘤病毒6,11型核酸检测试剂盒
Frost et al. An enrichment method for capturing mumps virus whole genome sequences directly from clinical specimens
CN111961757A (zh) 检测鸭坦布苏病毒的双基因探针法实时荧光定量pcr试剂盒及应用
CN111254226A (zh) 用于快速检测犬瘟热病毒的引物组、荧光可视化rt-lamp试剂盒及方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20201124