CN111961732B - 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用 - Google Patents

一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111961732B
CN111961732B CN202010850223.2A CN202010850223A CN111961732B CN 111961732 B CN111961732 B CN 111961732B CN 202010850223 A CN202010850223 A CN 202010850223A CN 111961732 B CN111961732 B CN 111961732B
Authority
CN
China
Prior art keywords
chicken
molecular marker
weight
influencing
meat production
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202010850223.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111961732A (zh
Inventor
贾俊静
黄英
王坤
何洋
豆腾飞
简宗辉
孙帅
闫世雄
荣华
曹玮娜
徐志强
谷大海
葛长荣
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Yunnan Agricultural University
Original Assignee
Yunnan Agricultural University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Yunnan Agricultural University filed Critical Yunnan Agricultural University
Priority to CN202010850223.2A priority Critical patent/CN111961732B/zh
Publication of CN111961732A publication Critical patent/CN111961732A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111961732B publication Critical patent/CN111961732B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域。本发明影响鸡全净膛重的分子标记是通过对大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡组建的F2代资源群体741只试验鸡进行全基因组关联(GWAS)分析得到，在鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本1号染色体上的第100911059bp处有一个T>C的核苷酸单碱基突变(命名为：Chr.1100911059T>C)，定位在其附近的基因为软骨凝集蛋白（Chondrolectin，CHODL）基因，突变显著影响了鸡的全净膛重。本发明公开了该分子标记的获得及应用。本发明还提供了一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测方法，利用该方法可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于鸡产肉性能遗传改良中，从而提高鸡的产肉量。

Description

一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域，特别涉及一 种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用。
背景技术
随着全球人口持续增长，鸡肉和鸡蛋是除牛奶外单位货币可购买的动物蛋 白克数最高的两类蛋白，在生产成本方面具有较大的竞争力。在中国，鸡肉是 第二大肉类产品，占肉类产量的15％，其比率在逐年升高。2019年，我国猪牛 羊禽肉产量7649万吨，其中，牛肉产量667万吨，增长3.6％；羊肉产量488 万吨，增长2.6％；禽肉产量2239万吨，增长12.3％；禽蛋产量3309万吨，增 长5.8％；牛奶产量3201万吨，增长4.1％；猪肉产量4255万吨，下降21.3％。 可见，家鸡产业已成为保障动物蛋白需求的支柱产业。
我国拥有家鸡品种资源最多的国家，为家鸡的研究与开发利用提 供了宝贵的遗传资源。但我国家鸡市场仍有一半是国外高度选育的白 羽肉鸡，极易受到外国种源价格的影响，且品种多元化，而本土种业 整体上没有真正建立起以本土品种为核心技术的产业发展模式，导致 本地资源开发利用严重滞后，利用家鸡资源培育新品种的工作开展不 到位，育种方式落后，一些自动化程度高、测定准确的性状量化测定 设备设施少，对肉品质、繁殖、饲料转化率以及抗病等重要经济性状 的遗传进展缓慢。这导致家鸡育种选择强度低、育种周期长、育种成 本高，整体育种效率低。面对巨大的鸡肉需求量和不断增加的现状，虽然我国家鸡企业满足了部分优质鸡肉内需，但整体上市场缺口依旧 极大，种源及产量严重不足，亟需开展培植家鸡种业、做强家鸡种业、 培育新品种(配套系)等方面的工作。
屠宰性能是家禽育种中重要的表型性状，与经济性能有极大关联，是反映 产肉性能的最重要同时也是最直观的指标，其中全净膛重可反映家鸡的生长发 育和产肉情况。因此，采用全基因组关联分析的方法找到与家鸡全净膛重相关 的SNP分子标记，对我国家鸡育种有着重要的意义。
发明内容
鉴于以上技术背景，本发明的首要目的在于提供一个影响鸡全净膛重的 SNP分子标记及。本发明基于云南地方鸡种与隐性白洛克肉鸡F2代资源群体， 运用全基因组关联分析的方法寻找与鸡全净膛重相关的SNP分子标记，以此作 为鸡全净膛重相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用。
本发明的另一目的在于提供上述影响鸡全净膛重的分子标记在鉴定鸡产肉 性能和遗传育种中的应用。
本发明的再一目的在于提供一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测 方法。
本发明的第四个目的在于提供一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型在 鉴定鸡产肉性能中的应用。
本发明的第五个目的在于提供一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型在 鸡遗传育种中的应用。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的：
一种影响鸡全净膛重的SNP分子标记的获得方法，其在于下列步骤：
1)组建大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡F2代资源群体，获得741只试验 鸡，均于90日龄时测定全净膛重；
2)提取F2代群体鸡基因组DNA；
3)构建DNA文库，进行全基因组重测序；
4)对测序原始数据质控、过滤后，利用BWA、Samtools等软件进行SNP 检测；
5)结合全净膛重数据，采用GEMMA软件进行表型和基因型以及协变量的 关联分析，确定与鸡全净膛重相关联的SNP。利用ANNOVAR软件对目标区域 内的基因进行功能注释。
本发明通过全基因组关联分析(GWAS)的方法得到与鸡全净膛重相关联的 SNP分子标记，在鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本1号染色体上的第 100911059bp处有一个T>C的核苷酸单碱基突变(命名为：Chr.1 100911059T>C)， 定位在其附近的基因为软骨凝集蛋白(Chondrolectin，CHODL)基因，突变显 著影响了鸡的全净膛重。
所述的影响鸡全净膛重的分子标记在鉴定鸡产肉性能和遗传育种中应用。
一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测方法，以待测鸡的全基因组 DNA为模板，采用特异性引物进行扩增，对扩增后的产物进行测序；若Chr.1 100911059T>C为C碱基，则为CC基因型；若Chr.1 100911059T>C为T碱基， 则为TC基因型。
采用的特异性引物包含引物primer-F和primer-R，其核酸序列如下：
上游引物primer-F：5’-CGCAGATACCAGGGAGATCA-3’；
下游引物primer-R：5’-CAGAAGCAGGGAGGTGATTG-3’。
一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型在鉴定鸡产肉性能中的应用，所 述基因分型是利用一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测方法获得的。
一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型在鸡遗传育种中的应用，所述基 因分型是利用一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测方法获得的，淘汰 TC基因型，保留CC基因型，以逐代提高该位点的等位基因C的频率，从而提 高后代鸡的产肉性能。
所述的种鸡优选为大围山微型鸡；
本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：
本发明研究并确定影响全净膛重相关的分子标记，验证其对全净膛重的影 响效应，最终建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于鸡产肉性能 的遗传改良中，从而提高选择强度，降低育种周期，进而提高育种效率，降低 育种成本。
附图说明
图1为在鸡1号染色体上关于全净膛重的全基因组关联(GWAS)分析图；其 中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示-logP值。
图2为有关鸡全净膛重主效突变位点Chr.1 100911059T>C不同基因型的测 序结果峰图；
其中(a)表示基因型为TC型的测序结果峰图,(b)表示基因型为CC型的测序 结果峰图。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案和有益效果更加清楚，下面将对本发明的 优选实施例进行详细的说明，以方便技术人员理解。
实验例1试验鸡群饲养与全净膛重测定
(1)实验动物
本发明所使用的试验鸡群体是由大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡杂交而来 的F2代资源群体。
F0代是从大围山微型鸡(来源于云南农业大学实习鸡场)和隐性白洛克肉 鸡(来源于昆明云岭广大种禽饲料有限公司)分别选取种鸡，所选公母鸡具有 本品种特征，产蛋量高，体重中等，血统纯正。大围山微型鸡一个未经选育的 小型鸡种，其个体小(平均体重0.7-1.2kg)、耗料少、基础代谢低等优点，是培 育优质、节粮型家鸡新品种(系)的优良素材。隐性白洛克肉鸡属于快大白羽 肉鸡，是从白洛克中选育而成，其羽毛的白色为隐性性状。
大围山微型鸡-隐性白洛克肉鸡资源群按F-2远缘半同胞设计方案组建正 交系和反交系各4个，正交系：大围山微型鸡♂×隐性白洛克肉鸡♀；反交系： 隐性白洛克肉鸡♂×大围山微型鸡♀。正交系和反交系均按照公母鸡1：3比例 配组而成。F0代采用人工授精共产生F1后代数为正交80只，反交146只。正 交系挑选公母鸡各20只(1:1配对)进行F1代的横交，反交系挑选公母鸡各30 只(1:1配对)进行F1代的横交，得到F2代资源群741只鸡，其中正交259只， 反交482只。
(2)饲养实验
试验鸡于云南农业大学实习鸡场进行饲养，饲养至12周龄。日粮饲喂分为 两个阶段：0-4周龄为雏鸡阶段，日粮营养水平代谢能为12.00MJ/Kg，粗蛋白为 19.80％；5-12周龄为生长鸡阶段，日粮营养水平代谢能为12.10MJ/Kg，粗蛋白 为18.00％。
(3)全净膛重测定
试验鸡于12周龄时进行屠宰，测定全净膛重，测定前12小时停止提供日 粮和饮水。
实验例2影响鸡全净膛重的分子标记的获得
(1)血液样品采集
采用含有EDTA-二钾的真空采血管进行试验鸡翅静脉采血。
(2)基因组DNA的提取及鉴定
采用GentraPuregene Blood Kit(Qiagen)柱式离心法试剂盒提取血液基因组DNA，待DNA完全溶解后用NannoDrop核酸分析仪检测其浓度，并在1％琼脂 糖凝胶电泳条件下检测DNA条带的完整性。
(3)DNA文库构建与测序
文库的构建利用NEBNext DNA librarykit(NewEnglandBiolabs)完成，具体操 作步骤为：首先将基因组DNA随机打断成小片段，然后在长度为500bp左右的 片段上连接上Illumina双末端接头，经过PCR扩增和纯化后得到DNA文库， 使用Illumina Hiseq 2500高通量测序仪对试验样本进行测序。
(4)基因组内变异检测
1)数据质控
对测序得到的原始reads，我们首先利用FastQC软件对数据的质量进行质量 分析。根据数据的质量，我们接下来利用NGSQC Toolkit对原始reads进行质控， 主要剔除在建库和测序中残留的引物和接头和质量较低的reads。
2)测序reads比对和变异检测
采用Ensembl数据库中原鸡基因组Gallus_gallus.GRCg6a，利用BWA软件 对参考基因组构建索引。将质控之后的高质量reads利用BWA-MEM比对到鸡 的参考基因组上，再利用Samtools软件按照参考基因组的物理位置信息对比对 好的BAM文件进行排序，并进行SNP分析，得到SNP数据集。
3)全基因组关联分析
GEMMA(http://www.xzlab.org/software.html)是一款专门用于GWAS分析 的软件，利用该软件采用混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM)同时对群 体结构和个体亲缘关系进行校正，性别作为固定效应，同时减少计算时间。使 用GEMMA对群体的全净膛重进行关联分析，筛选出潜在的符合哈迪-温伯格平 衡检验P＜1×10-6(卡方检验)和最小等位基因频率(MAF)≤0.05的SNP。
4)基因组变异的功能注释
基于Ensembl数据库中的鸡基因组注释信息，利用ANNOVAR软件对所检 测到的所有SNP变异进行注释。
(5)不同基因型与全净膛重的关联性分析
根据表1可知，分子标记的SNP位点Chr.1 100911059T>C与全净膛重极显 著相关(P<0.001)，在其附近区域的基因是软骨凝集蛋白(Chondrolectin，CHODL) 基因，说明此分子标记显著影响鸡的产肉性能，可通过对此SNP位点的辅助选 择，改良鸡的产肉性能，进而加快育种进程。
另外根据表1还可知，CC型比TC型的平均全净膛重高，说明纯合子CC 对平均全净膛重是最有利的。通过表2进一步得知，杂合子TC与纯合子CC基 因型全净膛重显著差异，这进一步说明纯合子CC对全净膛重最有利，可提高鸡 的产肉性能。因此，CC基因型的鸡的产肉性能是最好的，我们在进行育种的过 程中需要淘汰TC型的种鸡，保留CC型的种鸡，以逐代提高该纯合基因型的频 率。
表1分子标记的SNP位点Chr.1 100911059T>C与全净膛重的相关性
Figure BDA0002644478730000071
表2分子标记的SNP位点Chr.1 100911059T>C不同基因型组间差异性
Figure BDA0002644478730000081
实验例3一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型检测方法
(1)实验动物
本发明所使用的试验鸡群群体为云南农业大学的150日龄大围山微型鸡种 鸡200只(公母各100只)，为种鸡核心群。进行屠宰实验，测定全净膛重。
(2)目的DNA序列扩增及测序
1)引物设计
通过NCBI网站下载鸡的1号染色体上软骨凝集蛋白(Chondrolectin，CHODL) 基因的DNA序列，并利用引物设计软件primer premier 6.0设计引物。
设计的引物的DNA序列如下所示：
上游引物primer-F：5’-CGCAGATACCAGGGAGATCA-3’；
下游引物primer-R：5’-CAGAAGCAGGGAGGTGATTG-3’。
2)PCR扩增
10uL的反应体系中加入DNA模板1.0μL，双蒸水10.5uL，2×TSINGKETM Master Mix12.5μL，引物primer-F和primer-R各0.5μL。PCR反应条件为：94℃ 预变性5min，94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，经35个循环，72℃延 伸7min，4℃保温。
3)DNA序列测定
最后对PCR扩增后的产物进行测序，序列测定由擎科公司完成，基因片段测 序要求为双向测通。
测序结果如SEQ ID NO:1所示：
注：序列表中标注的N为突变位点。
(3)分子标记的SNP位点g.328T>C基因型分析
根据表3可知，大围山微型鸡种鸡中分子标记的SNP位点g.328T>C基因 型CC型比TC的平均全净膛重高，说明纯合子CC对平均全净膛重是最有利的。 这进一步说明纯合子CC可提高鸡的产肉性能。
表3分子标记的SNP位点g.328T>C不同基因型全净膛重差异
Figure BDA0002644478730000091
实验例4分子标记的SNP位点g.328T>C效应分析
本发明提供一个能显著提高鸡生长发育SNP分子标记，使用该SNP分子标 记进行标记辅助选择，能够极大地加快鸡生长发育育种进程。若本发明将影响 鸡产肉性能的分子标记的TC型个体全部选育成CC型个体，则大围山微型鸡种 鸡群体平均全净膛重可以提高84.72g，可显著提高种鸡的产肉性能。
本SNP分子标记个体中，通过优选云南地方鸡该SNP的优势等位基因(C)， 可最终实现提高商品鸡的经济效益，从而增加企业的收益。
上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实 施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、 替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 云南农业大学
<120> 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用
<130> 2020-7-24
<160> 1
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 581
<212> DNA
<213> Gallus gallus
<220>
<221> misc_feature
<222> (328)..(328)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 1
cgcagatacc agggagatca taaaatcatt aaggttagaa aagacctcca agattaccta 60
gaccaactac caatgcatcc ccactgtgcc cactaaccac atccctcagt gccacatcta 120
tacgtttctt gaaaacctcc agggatggtt aatccatcac tttccttccc tgggcagcct 180
gtgctggtgc ctcaccactc tttctgagaa gaaatgttaa caagaaatat ccaacctgaa 240
cctcctctgg tgcaacttga ggccattacc tgttatccta ttgctgctgc cggggagaag 300
aggccaaccc ccacctcacc acaacctnct ttcaggtgat tgtagagtgc tacaaggtct 360
cccctgagat tccttttctc cagactaaac aatcccagct ctctcagcca cttctcataa 420
gacttgtgct ccagacccct cacagcttca ttgctcttct ctgaacatgc tccagagcct 480
tgatgtcttt ctcataatga agagcccaaa actgaacaca gtactggagg tatggcctca 540
ccagagctga ggacagggtt ccaatcacct ccctgcttct g 581

Claims (2)

1.一种影响鸡全净膛重的SNP分子标记在鉴定大围山微型鸡鸡产肉性能或大围山微型鸡鸡产肉性能调控相关的的遗传育种中的应用，其特征在于：所述分子标记位于鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本1号染色体上的第100911059bp 处有一个T>C的核苷酸单碱基突变，命名为：Chr.1 100911059T>C，定位在其附近的基因为软骨凝集蛋白基因，突变显著影响了鸡的全净膛重。
2.一种影响鸡全净膛重的分子标记基因分型在鉴定大围山微型鸡鸡产肉性能或大围山微型鸡鸡产肉性能调控相关的遗传育种中的应用，其特征在于：所述分子标记位于鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本1号染色体上的第100911059bp 处有一个T>C的核苷酸单碱基突变，命名为：Chr.1 100911059T>C；所述的基因分型通过以下方法获得：以待测鸡的全基因组DNA为模板，采用特异性引物进行扩增，对扩增后的产物进行测序；特异性引物包含引物primer-F和primer-R，其核酸序列如下：
上游引物primer-F：5’-CGCAGATACCAGGGAGATCA-3’；
下游引物primer-R：5’-CAGAAGCAGGGAGGTGATTG-3’；
若Chr.1 100911059T>C为C碱基，则为CC基因型；若Chr.1 100911059T>C为T碱基，则为TC基因型；CC基因型的全净膛重优于TC基因型；育种时，淘汰TC基因型，保留CC基因型。
CN202010850223.2A 2020-08-21 2020-08-21 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用 Active CN111961732B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010850223.2A CN111961732B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010850223.2A CN111961732B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111961732A CN111961732A (zh) 2020-11-20
CN111961732B true CN111961732B (zh) 2022-05-31

Family

ID=73391465

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010850223.2A Active CN111961732B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111961732B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111961732B (zh) * 2020-08-21 2022-05-31 云南农业大学 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010017670A1 (zh) * 2008-08-13 2010-02-18 Li Ning 一种检测鸡对能量的吸收转化能力的方法
CN102250889A (zh) * 2011-07-14 2011-11-23 四川农业大学 鸡屠体性状相关的snp及其应用
CN111961732A (zh) * 2020-08-21 2020-11-20 云南农业大学 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010017670A1 (zh) * 2008-08-13 2010-02-18 Li Ning 一种检测鸡对能量的吸收转化能力的方法
CN102250889A (zh) * 2011-07-14 2011-11-23 四川农业大学 鸡屠体性状相关的snp及其应用
CN111961732A (zh) * 2020-08-21 2020-11-20 云南农业大学 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Ensembl.rs317815424 SNP.《Ensembl》.2020, *
Junjing Jia 等.Selection for growth rate and body size have altered the expression profiles of somatotropic axis genes in chickens.《Plos one》.2018,第13卷(第4期),e0195378. *
李丰耘 等.畜禽数量性状全基因组关联分析统计模型和试验设计的研究进展.《中国家禽》.2019,(第4期), *
李耀辉.两个品种鸡主要生产性状的比较及BMP6基因多态性分析.《中国优秀硕士学位论文全文数据库 农业科技辑》.2017,(第4期),D050-116. *
葛玉祥 等.单核苷酸多态性在鸡生长发育中的应用.《安徽农业科学》.2013,第41卷(第8期), *

Also Published As

Publication number Publication date
CN111961732A (zh) 2020-11-20

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103898107B (zh) 影响猪生长性状的主效snp标记及其在种猪生产性能遗传改良中的应用
CN111910008B (zh) 一种鸡生长发育相关的分子标记及其应用
CN111926085B (zh) 一种影响鸡肌肉亮度的分子标记及其应用
CN111926086B (zh) 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用
CN104561367B (zh) 一种影响猪脂肪沉积性状的snp及其应用
CN113913538B (zh) 一种与鸡屠体性状相关的snp分子标记及应用
CN108676897B (zh) 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用
CN107164463B (zh) 一种用于测定和/或遗传改良猪生长性状的snp标记
CN112195253B (zh) 一种提高鸡肉脂肪酸c14:0含量的snp位点及其选育优质鸡品系的方法
CN108410994A (zh) 一种影响湖羊产羔性状的snp标记及其应用
CN103911373A (zh) 影响猪肉脂肪酸组分的主效snp标记及其在种猪肉质性状遗传改良中的应用
CN108913779B (zh) 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用
WO2022258078A1 (zh) 一种鉴定性连锁矮小基因的引物组及其应用
CN108251418B (zh) 与肉鸡生长速度相关的snp分子标记及其应用
CN111961732B (zh) 一种影响鸡全净膛重的分子标记及其应用
CN115341035A (zh) 用于选择母鸡产蛋蛋重的snp分子标记
CN101921848B (zh) 一种检测黄牛mgat2基因单核苷酸多态性的方法
CN103074426B (zh) 一种鸡Pax7基因31 bp indel多态性的快速检测方法及其应用
CN109439763B (zh) 一种鉴定817肉鸡和黄脚土鸡的分子标记及应用
CN111910009B (zh) 一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用
CN116179714B (zh) 一种与鸡屠宰和肉质性状相关的分子标记及优质、屠宰加工型新品系选育方法
CN114921568B (zh) 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用
CN114480669B (zh) 与鸡胸肌肉色性状相关的分子标记及其应用
CN112176073B (zh) 鸡屠体性状相关的pros1基因分子标记及应用
CN116356038A (zh) 一种筛选具有快速生长性能的红鳍东方鲀个体的育种方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant