CN111850134A - 一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针、检测试剂盒及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及检测技术领域,具体而言,涉及一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针、检测试剂盒及其应用。该检测试剂盒包含正反向引物及探针、侧流层析试纸条;所述反向引物5'端用生物素进行标记;所述探针5'端用Fluorescein Isothiocyanate(FITC)标记,中间区域C碱基(距5'端至少30bp、距3'端至少15bp)用[THF]进行替换,3'端用C3‑spacer进行末端封闭。本发明使用RPA‑LFS(The isothermal recombinase polymerase amplification and the lateral flow strip)方法能够在不依赖仪器设备的非实验室环境下,实现实时、实地、即时的快速现场检测,且准确率高。
Description
技术领域
本发明涉及检测技术领域,尤其涉及一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针、检测试剂盒及其应用。
背景技术
虹鳟(Oncorhynchus mykiss),属于鲑科(Salmonidae)、大马哈鱼属(Oncorhynchus),自19世纪起在美国开始淡水养殖,我国曾从朝鲜、美国、日本等国多次引种,目前在20多个省市区都有人工养殖,是国内养殖范围较广的冷水鱼类。生食淡水养殖的虹鳟鱼掺假的三文鱼,相比海水养殖的三文鱼,极易带来寄生虫感染的风险。因此,迫切需要建立快速准确的检测手段,用于鉴定三文鱼中掺假的虹鳟。
随着分子生物学技术的发展,以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)为基础的DNA分析成为目前物种鉴定方法的主流。例如,DNA条形码技术和荧光定量PCR等。但DNA条形码技术需要对PCR扩增产物进行测序,成本高且耗时较长;荧光定量 PCR对设备和操作水平的要求较高;近年由于重组酶聚合酶等温扩增技术(RPA技术)、侧流层析试纸条检测技术(LFS)的兴起,本发明通过RPA-LFS技术快速鉴定虹鳟鱼,以期为三文鱼中是否有虹鳟鱼掺假检测带来新的技术参考。
发明内容
本发明的目的是为了解决现有技术中存在的缺点,而提出的一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针、检测试剂盒及其应用。
为了实现上述目的,本发明采用了如下技术方案:
一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针,其正向引物和反向引物分别为om-F、om-R,且序列分别为
ATGCATGCAATCCGTAGCTACCCTCTCCCCTCCAC、 Biotin-AAGCTAATATTTTCTGTGCCAAGCAGTCAGTGGGT,其探针为om-P,
且序列为
FITC-ACTAGGATTTATGGCTGAACGTTTCTATAG[THF]GTTTTGCTGAGTAGAC-/C 3-spacer/。
一种虹鳟鱼特异性的检测试剂盒,其包含正反向引物及探针、侧流层析试纸条,所述反向引物5'端用生物素进行标记,所述探针5' 端用Fluorescein Isothiocyanate(FITC)标记,且距5'端30bp、距3'端16bp的C碱基处使用[THF]进行替换,所述3'端用C3-spacer 进行末端封闭,所述正反向引物长度为35bp,所述探针长度46bp,所述检测试剂盒包括胶回收试剂、核酸提取试剂、RPA扩增试剂。
优选地,所述RPA扩增试剂为重组酶聚合酶等温扩增试剂。
本发明的有益效果:
本发明使用RPA结合胶体金试纸条快速检测虹鳟鱼,能够在不依赖仪器设备的非实验室环境下,实现实时、实地、即时的快速现场检测,且准确率高,耗时短。
附图说明
图1为虹鳟鱼和大西洋鲑鱼mb基因序列不保守区比对结果;
图2为本发明实施例中RPA扩增产物的侧流层析试纸条检测结果;
图3为本发明实施例中RPA-LFS反应温度和反应时间筛选结果;
图4为本发明实施例中RPA-LFS最低检出限检测结果;
图5为试纸条组装检测原理示意图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。
一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针,其正向引物和反向引物分别为om-F、om-R,且序列分别为
ATGCATGCAATCCGTAGCTACCCTCTCCCCTCCAC、 Biotin-AAGCTAATATTTTCTGTGCCAAGCAGTCAGTGGGT,其探针为om-P,
且序列为
FITC-ACTAGGATTTATGGCTGAACGTTTCTATAG[THF]GTTTTGCTGAGTAGAC-/C 3-spacer/。
一种虹鳟鱼特异性的检测试剂盒,其包含正反向引物及探针、侧流层析试纸条,所述反向引物5'端用生物素进行标记,所述探针5' 端用Fluorescein Isothiocyanate(FITC)标记,且距5'端30bp、距3'端16bp的C碱基处使用[THF]进行替换,所述3'端用C3-spacer 进行末端封闭,所述正反向引物长度为35bp,所述探针长度46bp,所述检测试剂盒包括胶回收试剂、核酸提取试剂、RPA扩增试剂,所述RPA扩增试剂为重组酶聚合酶等温扩增试剂。
试验材料
虹鳟鱼和大西洋鲑鱼基因组均由本实验室保存;实际检测的鱼样本通过线上淘宝网店和附近餐馆购买;nfo kit购自英国TwistDX公司;侧流层析试纸条购自杭州优思达生物技术有限公司; PCR清洁试剂盒购自莫纳生物科技有限公司;Qubit 4购自Thermo Scientific;MonAmpTMSYBR Green qPCR Mix和MonAmpTMPCR Mix均购自莫纳生物科技有限公司;本研究所用引物和探针均由通用生物系统(安徽)有限公司合成;罗氏LightCycler480荧光定量PCR仪,购自罗氏制药。
试验方法
引物及探针设计
从NCBI上获取虹鳟鱼线粒体细胞色素b(mb)区域基因序列 (GenbankNo.FR908943.1)和大西洋鲑鱼mb基因序列(Genbank No. AGKD04001111.1),用DNAMAN对序列进行比对找到同源性低的区域,比对结果如1所示,用Primer-Blast通过不同参数设计得到理论上可行的特异性引物,用Geneious软件在正反向引物间设计特异性探针,用Primer5.0验证引物探针特性,应在理论上尽量避免正方向引物二聚体、发夹结构、错配、探针和反向引物的二聚体等发生,引物和探针序列如表1所示。
表1引物和探针序列
RPA-LFS检测引物和探针
引物和探针筛选使用nfo kit,其反应体系:om-F(10 μM)2.1μL、om-R(10μM)2.1μL、om-P(10μM)0.6μL、 Rehydration Buffer 29.5μL、ddH2O 11.2μL、加入冻干粉,混匀、Template 2μL、MgOAc(280mM)2.5μL共50μL反应体系;反应温度:37℃;反应时间:30min;反应结束即刻置于冰上终止反应,分别使用琼脂糖凝胶电泳和侧流层析试纸条对扩增产物进行检测,检测结果如图2所示。
最佳反应温度和时间
将反应混合物立即在37℃下孵育30min,采用方阵法确定RPA 反应的最佳反应温度(30℃、35℃、37℃、40℃、42℃、45℃),反应时间(5min、10min、15min、20min、25min、30min、35min), RPA-LFS最佳反应温度和时间分别为:37~42℃和15min,结果如图 3所示。
最低检出限测定
由于三文鱼中掺假虹鳟鱼的量不确定,实验室条件下在方法建立过程中检测的模板浓度通常较高,在实际检测中对于不通含量的掺假均需要非常灵敏的检出,所以要对最低检出下限进行测定。制备102~ 10-2ng/μL浓度的虹鳟鱼基因组DNA样本进行RPA-LFS,结果如图4 所示,结果表明:应用建立的RPA-LFS检测方法,其最低检出限为 10-1ng/μL浓度的虹鳟鱼基因组DNA。
虹鳟鱼RPA-LFS检测方法在三文鱼样本检测中的评估
目前DNA条形码检测是公认的比较灵敏准确的方法,用DNA条形码检测结果最为对照,能够说明RPA-LFS用于检测的准确度,在具有相同检测准确的条件下使用RPA-LFS方法能够在不依赖仪器设备的非实验室环境下实现实时、实地、即时的快速现场检测,分别使用RPA-LFS和DNA条形码同时检测通过线上淘宝网店和附近餐馆购买的 36份鱼样本。其中,DNA条形码技术所用引物序列为Fish_Univ_F:
5’-CACGACGTTGTAAAACGACACYAAICAYAAAGAYATIGGCAC-3’;
Fish_Univ_R:5’
-GGATAACAATTTCACACAGGACITCAGGGTGWCCGAARAAYCARAA-3’。鱼样本检测结果为:4份虹鳟鱼和32份大西洋鲑鱼,且两种方法所述结果一致,结果如表2所示。
表2虹鳟鱼RPA-LFS方法在鱼样本检测中的应用评估
试纸条检测原理
吸取无需纯化的扩增产物5μL加入95μL缓冲液中,插入试纸条,在试纸条吸水纸的虹吸作用下,扩增产物与金标抗体、缓冲液向吸水纸端流动,当有扩增产物存在时,扩增产物一端修饰有FITC,与鼠抗FITC金标抗体结合,接着液相继续向吸水纸端流动到达检测线,固定在检测线上的链霉亲和素另一端修饰有生物素的扩增产物捕获,这样就使被扩增产物一端结合的胶体金都停留在检测线处,产生红色的条带。多余的胶体金继续层析,最终被质控线上的抗鼠抗体的Fc 片段抗体捕获,使质控线同样显色。当扩增产物不存在时,胶体金颗粒无法停留在检测线处,而被质控线上的抗鼠抗体捕获,所以质控线的显色情况可以用来对试纸条的质量进行指控,示意图如图5所示。以上所述,仅为本发明较佳的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内,根据本发明的技术方案及其发明构思加以等同替换或改变,都应涵盖在本发明的保护范围之内。
Claims (3)
1.一种虹鳟鱼特异性正反向引物及探针,其特征在于,其正向引物和反向引物分别为om-F、om-R,且序列分别为ATGCATGCAATCCGTAGCTACCCTCTCCCCTCCAC、Biotin-AAGCTAATATTTTCTGTGCCAAGCAGTCAGTGGGT,其探针为om-P,且序列为FITC-ACTAGGATTTATGGCTGAACGTTTCTATAG[THF]GTTTTGCTGAGTAGAC-/C3-spacer/。
2.一种虹鳟鱼特异性的检测试剂盒,其特征在于,其包含权利要求1所述的正反向引物及探针、侧流层析试纸条,所述反向引物5'端用生物素进行标记,所述探针5'端用Fluorescein Isothiocyanate(FITC)标记,且距5'端30bp、距3'端16bp的C碱基处使用[THF]进行替换,所述3'端用C3-spacer进行末端封闭,所述正反向引物长度为35bp,所述探针长度46bp,所述检测试剂盒包括胶回收试剂、核酸提取试剂、RPA扩增试剂。
3.根据权利要求2所述的检测试剂盒,其特征在于,所述RPA扩增试剂为重组酶聚合酶等温扩增试剂。
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