CN111733256A - 一种基于Cytb基因片段的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法 - Google Patents

一种基于Cytb基因片段的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法 Download PDF

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唐晟凯
刘燕山
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Abstract

本发明公开了一种基于Cytb基因序列的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法。该方法包含以下步骤:(1)分别提取蛇鮈和长蛇鮈的基因组DNA;(2)PCR扩增蛇鮈和长蛇鮈的细胞色素b基因片段;(3)扩增产物纯化后,直接测序,蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示。COI基因序列第15位点碱基是G的为蛇鮈,若该位点是C的为长蛇鮈。该方法可以简便、快速、准确、有效地鉴别蛇鮈和长蛇鮈,结果稳定性好,重复率高,填补了目前国内分子生物学标准鉴别蛇鮈和长蛇鮈的空白,也有利于开展蛇鮈和长蛇鮈资源调查及渔业资源物种多样性和遗传多样性保护。

Description

一种基于Cytb基因片段的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法
技术领域
本发明属于遗传学领域,涉及一种基于Cytb基因片段的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法。
背景技术
蛇鮈(Saurogobio dabryi)和长蛇鮈(Saurogobio dumerili)是我国淡水水体中常见的两种小型鱼类,隶属于鲤形目鮈亚科蛇鮈属,常栖息于江河、湖泊的中下层水域。蛇鮈和长蛇鮈均为杂食性鱼类,分布广泛,数量较多,是鱼类群落结构中的常见种类。两种鱼类均可供食用,具有一定的经济价值。多年来,受过度捕捞、环境污染、水利工程建设等不利因素的影响,鱼类的栖息环境受到破坏,渔业资源量急剧下降,加强渔业资源保护迫在眉睫。开展渔业资源调查是保护及修复渔业资源的基础和前提。蛇鮈和长蛇鮈生态位相近,形态和体色相似,在鱼类调查中很难区分和鉴别。目前,分子生物学技术被广泛用于鱼类的种类鉴别。线粒体DNA具有进化速率快、母系遗传、几乎无重组等特点,是鱼类鉴别中常用的分子标记。细胞色素b基因(Cytochrome b gene,Cytb)是线粒体DNA的13个蛋白质编码基因之一,进化速率适中,被广泛用于鱼类鉴别。但目前尚未见以Cytb作为检测靶点用于蛇鮈和长蛇鮈鉴别的相关报道。
发明内容
本发明的目的是针对鱼类形态区分和鉴定的困难,提供一种蛇鮈和长蛇鮈的分子遗传鉴别方法。
本发明的另一目的是提供一种用于蛇鮈和长蛇鮈的分子遗传鉴别的引物对。
本发明的又一目的是提供该引物对的应用。
本发明的目的通过以下技术方案实现:
一种蛇鮈和长蛇鮈的分子遗传鉴别方法,包含以下步骤:
(1)分别提取待鉴定的蛇鮈和长蛇鮈的基因组DNA;
(2)以提取的基因组DNA为模板,PCR扩增蛇鮈和长蛇鮈的细胞色素b基因片段,所述的上游引物为F:SEQ ID NO.1,下游引物为R:SEQ ID NO.2;
(3)扩增产物纯化后,直接测序,蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示。Cytb基因序列第15位点碱基是G的为蛇鮈,该位点碱基是C的为长蛇鮈。
作为本发明方法的优选,所述的PCR反应体系为50μL:100ng/μL的模板DNA 1μL,PCR混合液25μL,10μmol/L的上、下游引物各1μL,灭菌去离子水22μL。所述的PCR混合液由1.25IU的Taq酶,20mmol/L Tris-HCl,pH8.9,100mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.4mmol/LdNTP组成。PCR扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,56℃退火40s,72℃延伸50s,经30个循环后再72℃延伸8min。
一种用于蛇鮈与长蛇鮈的分子遗传鉴别的引物对,能够同时扩增出包含蛇鮈和长蛇鮈Cytb基因第15位点的基因片段的PCR引物;蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示。
作为本发明的一种优选,所述的引物对的上游引物为F:SEQ ID NO.1,下游引物为R:SEQ ID NO.2。
本发明所述的引物对在分子遗传鉴别蛇鮈与长蛇鮈中的应用。
本发明所述的引物对在制备蛇鮈与长蛇鮈分子遗传鉴别试剂中的应用。
一种蛇鮈与长蛇鮈分子遗传鉴别试剂,包含本发明所述的引物对。
所述的蛇鮈与长蛇鮈分子遗传鉴别试剂,还优选包括PCR混合液,所述的PCR混合液由1.25IU的Taq酶,20mmol/L Tris-HCl,pH8.9,100mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.4mmol/L dNTP组成。
有益效果:
本发明针对蛇鮈与长蛇鮈细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因序列差异,首次以蛇鮈与长蛇鮈的Cytb基因序列作为依据,从而定性鉴别蛇鮈与长蛇鮈。该方法可以快速、简便、准确、有效地鉴别蛇鮈与长蛇鮈,结果稳定性好,重复率高,填补了目前国内分子生物学标准鉴别蛇鮈与长蛇鮈的空白,也有利于开展渔业资源调查及鱼类物种多样性和遗传多样性研究。
附图说明
图1为本发明中Cytb基因测序序列比对结果,相同的碱基用连接号标识,差异的碱基用星号标识。蛇鮈与长蛇鮈从第15位点(Cytb-15)开始,碱基序列出现差异,其中蛇鮈的第15位点碱基为G,长蛇鮈的第15位点碱基为C。
具体实施方式
以下结合实施例来进一步阐明本发明,但并不是对本发明做任何形式的限定,仅仅作示例说明。
实施例1
1、引物设计
设计一对特异性PCR扩增引物,引物序列为:F:5’-CAACACCAGTT-AATATCTCAGCA-3’(SEQ ID NO.1),下游引物为R:5’-GGCCTCGTTGTTTTGAA-GTG-3’(SEQ ID NO.2)。
2、样本采集
取待鉴定的蛇鮈与长蛇鮈个体各40尾。
3、基因组DNA提取
利用基因组提取试剂盒提取蛇鮈与长蛇鮈的基因组DNA,将DNA溶于TE溶液。DNA完整性采用1.0%的琼脂糖凝胶电泳鉴定,紫外分光光度计测其OD值并稀释至100ng/μL,-20℃保存备用。
4、PCR扩增与检测
已提取的DNA为模板,用上述引物(F和R)进行PCR扩增。PCR反应体系为50μL:1μL模板DNA(100ng/μL);PCR混合液25μL(1.25IU的Taq酶,20mmol/L Tris-HCl,pH8.9,100mmol/LKCl,3mmol/L MgCl2,0.4mmol/L dNTP);上、下游引物(10μmol/L)各1μL;灭菌去离子水22μL。扩增反应程序为:PCR扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,55℃退火40s,72℃延伸50s,经30个循环后再72℃延伸8min。
PCR产物在1.5%琼脂糖凝胶电泳中检测分离,120V电压下电泳30min之后,经凝胶成像分析系统确定PCR扩增产物的大小及特异性。
5、测序比对
检测后的PCR扩增产物纯化后送至生物公司纯化双向测序,经分析获得长度为836bp基因序列片段,蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示。比对分析后可以发现Cytb基因从第15位点(Cytb-15)的碱基序列存在差异:40尾蛇鮈第15位点(Cytb-15)碱基是G,40尾长蛇鮈第15位点(Cytb-15)碱基是C。
实施例2
按照实施例1方法,将样本扩大到蛇鮈和长蛇鮈个体各80尾,结果依然显示蛇鮈的Cytb基因第15位点(Cytb-15)碱基是G,长蛇鮈第15位点(Cytb-15)碱基是C。
序列表
<110> 江苏省淡水水产研究所
<120> 一种基于Cytb基因片段的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
caacaccagt taatatctca gca 23
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ggcctcgttg ttttgaagtg 20
<210> 3
<211> 836
<212> DNA
<213> 蛇鮈(Artificial Sequence)
<400> 3
tgatgaaact ttgggtccct attaggatta tgcctaattg cacaaatcct aacggggcta 60
tttttagcca tgcactacac ctcggacatc tcaaccgctt tctcatcagt agcccatatt 120
tgccgagacg taaattacgg ctgacttatt cgcaacttac acgctaacgg agcatccttc 180
ttttttattt gtatttatat acatgtcgcc cgaggcctat actacggatc atatctttat 240
aaagaaacct gaaacatcgg agtagtcctt ctattacttg taataataac agccttcgtt 300
gggtatgtcc tcccatgagg tcaaatatct ttttgagggg ctacagttat tacaaaccta 360
ctttcagcgg tcccctacat aggagacacc ctcgtccaat gaatctgagg gggcttctca 420
gtagataacg caaccctaac acgattcttc gccttccact tcctactacc ctttattatt 480
gctgccgcaa ccctccttca cctcctgttt ttacacgaaa ccggatcaaa taatccagtt 540
ggcctaaatt cagacgcaga caaaatctcc ttccacccct acttttctta caaagatctc 600
ctaggatttg ttctaatgtt actagcctta acatcactag cactcttctc ccctaacctc 660
ctaggggacc ccgacaactt tacgcccgcc aacccgatag ttaccccgcc acacatcaag 720
ccggaatggt acttcttatt tgcctacgcc atcctacgct ctattccgaa caagctgggg 780
ggtgttctcg ccctcctgtt ctctatctta atcctaatag tagtaccaat tctcca 836
<210> 4
<211> 836
<212> DNA
<213> 长蛇鮈(saurogobio dumerili)
<400> 4
tgatgaaact ttggctccct tctgggccta tgcttaatcg cacaaatcct aacaggactc 60
ttcctagcta tacactatac ctcagacatc tcaaccgcat tctcatcagt cgcccacatt 120
tgccgagacg taaactatgg ttgacttatc cgaaacctgc acgccaacgg agcgtccttc 180
ttctttattt gtatctacat acatgtcgcc cggggccttt attatggctc ctacctctac 240
aaagaaacct gaaacattgg agtggtcctc ctcctacttg taataataac agccttcgtc 300
gggtatgttc tcccatgagg ccaaatatcc ttctgagggg ccacagtaat tacaaacctc 360
ctctcagcag tcccctatat aggtgacaca ctcgttcaat gaatctgagg gggcttctca 420
gtagacaacg caacactaac acgattcttc gccttccact tcctattccc attcatcatt 480
gccgccgcaa cccttctcca ccttctattc ctacacgaga caggatcaag taacccagcc 540
ggcctaaact ccgatgcaga caaaatctct ttccacccat acttttcata taaagacctc 600
ctaggattcg tactaatact actagccttg acatccctag cactattctc cccaaaccta 660
ttaggagacc cagacaactt cacacccgcc aacccaatag ttacaccccc acatatcaag 720
cccgaatgat attttttatt tgcctacgcc atcctacgct ctattccaaa caagctgggg 780
ggcgttcttg cactcctatt ttctatccta atcctcatag tagtcccaat cttaca 836

Claims (10)

1.一种蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法,其特征在于包含以下步骤:
(1)分别提取待鉴定的蛇鮈和长蛇鮈的基因组DNA;
(2)以提取的基因组DNA为模板,PCR扩增蛇鮈和长蛇鮈的细胞色素b基因片段,PCR扩增蛇鮈或长蛇鮈上游引物为F:SEQ ID NO.1,下游引物为R:SEQ ID NO.2;
(3)扩增产物纯化后,直接测序,蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示;Cytb基因第15位点碱基是G的为蛇鮈,该位点是C的为长蛇鮈。
2.根据权利要求1所述的分子遗传方法,其特征在于所述的PCR反应体系为50μL:100ng/μL的模板DNA 1μL,PCR混合液25μL,10μmol/L的上、下游引物各1μL,灭菌去离子水22μL;所述的PCR混合液由1.25IU的Taq酶,20mmol/L Tris-HCl,pH8.9,100mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.4mmol/L dNTP组成;PCR扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,56℃退火40s,72℃延伸50s,经30个循环后再72℃延伸8min。
3.一种用于蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别的引物对,其特征在于所述的引物对由能够同时扩增出包含蛇鮈和长蛇鮈Cytb基因第15位点的基因片段的PCR上游引物和下游引物组成;蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示。
4.根据权利要求3所述的引物对,其特征在于上游引物为F:SEQ ID NO.1,下游引物为R:SEQ ID NO.2。
5.权利要求3或4所述的引物对在分子鉴别蛇鮈和长蛇鮈中的应用。
6.权利要求3或4所述的引物对在制备蛇鮈和长蛇鮈分子鉴别试剂中的应用。
7.一种蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别试剂,其特征在于包含权利要求3或4所述的引物对。
8.根据权利要求7所述的蛇鮈和长蛇鮈分子鉴别试剂,其特征在于还包括PCR混合液,所述的PCR混合液由1.25IU的Taq酶,20mmol/L Tris-HCl,pH8.9,100mmol/L KCl,3mmol/LMgCl2,0.4mmol/L dNTP组成。
9.蛇鮈和长蛇鮈Cytb基因第15位点作为检测靶点在鉴别蛇鮈和长蛇鮈中的应用。
10.蛇鮈和长蛇鮈Cytb基因第15位点作为检测靶点在制备蛇鮈和长蛇鮈鉴别试剂中的应用。
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