CN111705053A - 一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 - Google Patents
一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111705053A CN111705053A CN202010536461.6A CN202010536461A CN111705053A CN 111705053 A CN111705053 A CN 111705053A CN 202010536461 A CN202010536461 A CN 202010536461A CN 111705053 A CN111705053 A CN 111705053A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- solution
- bacterial dna
- kit
- buffer
- lysate
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 title claims abstract description 33
- 238000000605 extraction Methods 0.000 title abstract description 22
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims abstract description 82
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract description 45
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims abstract description 43
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 35
- 239000006166 lysate Substances 0.000 claims abstract description 26
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 claims abstract description 21
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 18
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 12
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 36
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 32
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 31
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 claims description 26
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 claims description 26
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 claims description 26
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 claims description 26
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 claims description 26
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 claims description 26
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 17
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 15
- 239000003480 eluent Substances 0.000 claims description 14
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 claims description 13
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 claims description 12
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims description 12
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 claims description 9
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 claims description 8
- 239000012487 rinsing solution Substances 0.000 claims description 8
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 claims description 7
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 7
- 239000002699 waste material Substances 0.000 claims description 6
- 238000004321 preservation Methods 0.000 claims description 3
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 claims description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 claims 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 abstract 1
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 21
- 229910021642 ultra pure water Inorganic materials 0.000 description 13
- 239000012498 ultrapure water Substances 0.000 description 13
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 12
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 10
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 10
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 9
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 7
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 7
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 6
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 5
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 5
- 239000012224 working solution Substances 0.000 description 5
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 4
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 4
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 238000005336 cracking Methods 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 3
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 3
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 3
- HKLYDUXIXBVZOQ-UHFFFAOYSA-N 2-aminoethane-1,1,1-triol Chemical class NCC(O)(O)O HKLYDUXIXBVZOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 2
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 230000001376 precipitating effect Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 2
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005303 weighing Methods 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 1
- 241001052560 Thallis Species 0.000 description 1
- 238000007605 air drying Methods 0.000 description 1
- 238000003287 bathing Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 230000003544 deproteinization Effects 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000003912 environmental pollution Methods 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- FYFFGSSZFBZTAH-UHFFFAOYSA-N methylaminomethanetriol Chemical compound CNC(O)(O)O FYFFGSSZFBZTAH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003950 pathogenic mechanism Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 238000002791 soaking Methods 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- RPACBEVZENYWOL-XFULWGLBSA-M sodium;(2r)-2-[6-(4-chlorophenoxy)hexyl]oxirane-2-carboxylate Chemical compound [Na+].C=1C=C(Cl)C=CC=1OCCCCCC[C@]1(C(=O)[O-])CO1 RPACBEVZENYWOL-XFULWGLBSA-M 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学领域,具体涉及一种快速提取细菌DNA的试剂盒及提取方法。该试剂盒内的试剂包括裂解液,所述裂解液由TE缓冲液、SDS和NaCl溶液组成,所述裂解液中SDS的浓度为0.08‑0.12g/mL,所述NaCl的浓度为1.5‑2.5mol/L,所述裂解液对革兰氏阴性菌的处理时间为5‑8min。本发明的试剂盒和细菌DNA提取方法可实现细菌DNA的快速提取,尤其适用于革兰氏阴性菌DNA的提取。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域,具体涉及一种快速提取细菌DNA的试剂盒及提取方法。
背景技术
近年来,细菌的基因组研究取得了飞速的进展。通过基因组研究,将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律,从而得以发展新的诊断、预防及治疗微生物感染的制剂、疫苗及药品。而如何从固体或液体中的细菌样品中提取高质量的是基因检测及其他分子生物学研究的重要前提。
目前传统的提取方法操作步骤繁琐,工作量大,且提取效率低下,难以实现工业化应用。另外,传统方法大都使用大量的有机溶剂,不仅易造成环境污染,而且有损操作者健康。
中国专利文献CN101824450A公开了一种基于磁珠提取细菌基因组DNA的试剂盒,该试剂盒包括溶菌酶工作液、细菌重悬裂解液、RNA酶工作液、菌体蛋白沉淀液、磁珠、异丙醇、漂洗液和DNA洗脱液,其中细菌重悬裂解液为:10-20mmol/L三羟甲基氨基甲烷盐、pH值7.0-8.0、1.4mmol/L螯合剂、50-100mmol/L Na盐、质量浓度2-4%的十二烷基硫酸钠和终浓度0.1-0.4mg/mL的蛋白酶K;溶菌酶工作液为:10-20mmol/L三羟基甲基氨基甲烷盐,pH值7.0-8.0、1-4mmol/L螯合剂、体积分数0.8-1.2%Trition-X-100,溶菌酶的终浓度为20-30mg/mL。当采用该试剂盒对革兰氏阳性菌的基因组DNA进行提取时,先用高效的溶菌酶工作液在37℃条件下对革兰氏阳性菌处理10-30min,之后再加入细菌重悬裂解液在65-70℃条件下处理10-20min;之后再加入RNA酶、菌体蛋白沉淀液、磁珠、异丙醇、漂洗液等进行纯化,可制备得到细菌基因组DNA溶液。采用该试剂盒对革兰氏阳性菌的基因组DNA进行提取时,虽然裂解所需的时间较短,但后续的步骤需要的时间较长且需要与特定的溶菌酶工作液配合使用,对革兰氏阴性菌的基因组DNA提取的适用性较差。
中国专利文献CN104975007A公开了一种磁珠法提取革兰氏阴性菌基因组的方法,该方法包括下述步骤:向菌体沉淀中加入0.5-1mL溶菌酶溶液(0.1-0.3mol/L氯化钠,0.1-0.2mol/LEDTA,10-20mg/ml溶菌酶,pH=7-9)悬浮沉淀,37℃温浴2-4h;加入0.5-1mL十二烷基硫酸钠溶液(0.1-0.2mol/L氯化钠,0.1-1mol/L三羟甲基氨基甲烷,5-20%质量体积比的十二烷基硫酸钠,pH=7-9),反复颠倒混匀10-20min;之后再加入酚、氯仿和异戊醇混合液抽提;再采用磁珠法对基因组DNA进行提取。该磁珠法提取革兰氏阴性菌基因组的方法的提取时间长。
中国专利文献CN105132410B公开了一种微生物基因组DNA的提取方法,包括下述步骤:(1)向菌体中加入STES缓冲液(0.2M Tris-HCl、0.5M NaCl、0.01M EDTA和0.1wt%SDS)重悬,得到菌悬液;向菌悬液中加入玻璃珠,然后以TE缓冲液溶解,得到待提取菌液;(2)加入酚/氯仿溶液,震荡、离心,收集水相;(3)向收集得到的水相中加入氯仿/异戊醇溶液,震荡、离心,收集水相;(4)加入异丙醇或无水乙醇,室温下沉淀,离心,收集沉淀;(5)使用乙醇溶液洗涤,加入无菌水溶解DNA沉淀,磁珠纯化即得微生物基因组DNA。该方法虽可用于微生物基因组DNA的提取,但提取方法复杂,提取效率低。
中国专利文献CN110551717A公开了一种快速提取细菌基因组DNA的方法,包括下述步骤:(1)破壁:将菌体浸于DNA提取液(150±20mM Tris、30±5mM EDTA、1%SDS,用盐酸调pH值为7.7-8.0)中,60-80℃条件下放置5-30min,破碎细胞;(2)沉淀:将步骤(1)处理的菌液离心或静置,转移上清液,并向上清液中加入异丙醇,离心,弃上清;(3)晾干,加入ddH2O溶解DNA即得含有细菌基因组DNA的溶液。该方法虽可提取得到细菌DNA,但提取得到的DNA的纯度较低。此外,当该方法用于提取大肠杆菌的基因组DNA时,需要采用DNA提取液对革兰氏阴性菌(大肠杆菌)的菌体处理10min以上,处理的时间较长。
发明内容
本发明提供一种快速提取细菌DNA的试剂盒,该试剂盒可实现细菌DNA的快速提取,尤其适用于革兰氏阴性菌DNA的提取。该试剂盒中的裂解液通过采用较高浓度的SDS和NaCl,可使革兰氏阴性菌的裂解在5-8min内完成。
本发明还提供了一种快速提取细菌DNA的方法,通过水浴裂解、去蛋白、异丙醇沉淀等步骤,直接裂解细胞壁,经过离心柱离心释放出细菌基因组DNA,过程中即使有使用有机溶剂,其量也是很少,减少了有毒试剂的危害。该方法操作简单,在微量的样本中也能高效提取全基因组。
本发明的快速提取细菌DNA的试剂盒采用如下技术方案:一种快速提取细菌DNA的试剂盒,所述试剂盒内的试剂包括裂解液,所述裂解液由TE缓冲液、SDS和NaCl溶液组成,所述裂解液中SDS的浓度为0.08-0.12g/mL,所述NaCl的浓度为1.5-2.5mol/L,所述裂解液对革兰氏阴性菌的处理时间为5-8min。
作为进一步优选的技术方案,所述试剂盒内的试剂还包括下述中的任意一种或几种的组合:溶菌酶溶液、蛋白酶K、BC buffer、PE solution、漂洗液和TE洗脱液,所述溶菌酶溶液的浓度为40-60mg/mL,所述BC buffer为体积比为酚:氯仿:异戊醇=25:24:1的混合液,所述PE solution为体积分数50%-70%异丙醇,所述漂洗液为65-80%乙醇;所述蛋白酶K的浓度为15-25mg/mL。
作为进一步优选的技术方案,所述裂解液中SDS的浓度为0.1g/mL,所述NaCl的浓度为2mol/L;所述所述PE solution为60%异丙醇,所述漂洗液为75%乙醇,所述蛋白酶K的浓度为20mg/mL,所述溶菌酶溶液的浓度为50mg/mL、通过将溶菌酶加入到Enzymatic lysisbuffer中配制得到,所述TE缓冲液为10mmol/L、pH=8.0的Tris-HCl和1mmol/L的EDTA。
本发明的快速提取细菌DNA的方法采用如下技术方案:一种快速提取细菌DNA的方法,采用如上述任意一项所述的快速提取细菌DNA的试剂盒对细菌DNA进行提取。
作为进一步优选的技术方案,包括下述步骤:(1)向细菌菌体中加入裂解液震荡混匀,50-60℃水浴至细胞完全裂解;(2)加入BC Buffer,充分颠倒混匀;(3)加入的无水乙醇,充分颠倒混匀;(4)将离心柱放入收集管中,将步骤(3)所得溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再10000-15000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液;(5)将离心柱放回收集管,加入PE Solution,8000-12000rpm离心1min,倒掉滤液;(6)将离心柱放回收集管,加入漂洗液,8000-12000rpm离心1min,倒掉滤液;(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液;(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入TE洗脱液静置1min,10000-15000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集即得DNA溶液。
作为进一步优选的技术方案,采用所述快速提取细菌DNA的方法提取革兰氏阳性菌的DNA时,在加入所述裂解液之前还包括向菌体中加入TE缓冲液和溶菌酶溶液重悬菌体,37℃水浴10-60min的步骤。
作为进一步优选的技术方案,所述TE缓冲液和溶菌酶溶液的体积比为1:1,所述溶菌酶溶液与所述裂解液的体积比为10:25。
作为进一步优选的技术方案,提取革兰氏阴性细菌的基因组DNA时,所述步骤(1)的保温时间为5-8min;提取革兰氏阳性细菌的基因组DNA时,所述步骤(1)的保温时间为30-60min。
作为进一步优选的技术方案,所述裂解液、蛋白酶K溶液、BC Buffer、无水乙醇、PESolution、漂洗液和TE洗脱液的体积比为25:2:20:20:50:50:6。
本发明的有益效果是:本发明的试剂盒可实现细菌DNA的快速提取,尤其适用于革兰氏阴性菌DNA的提取。该试剂盒中的裂解液通过采用较高浓度的SDS和NaCl,可使革兰氏阴性菌的裂解在5-8min内完成。
本发明试剂盒的操作方法步骤简单,可以有效提升细菌中基因组的提取效率,提取的产物纯度高,重复性好。另外,该试剂盒所需试剂均为常规试剂,成本低,适用于高通量实验。
本发明的快速提取细菌DNA的方法,通过水浴裂解、去蛋白、异丙醇沉淀等步骤,直接裂解细胞壁,经过离心柱离心释放出细菌基因组DNA,过程中即使有使用有机溶剂,其量也是很少,减少了有毒试剂的危害。该方法操作简单,在微量的样本中也能高效提取全基因组。
本发明的快速提取细菌DNA的方法所需时间短(本领域常用离心柱法提取革兰氏阴性菌DNA需要2小时左右)、可有效减少提取过程中核酸的损失,增加提取效率,可快速提取样品中细菌基因组DNA,且提取的DNA的电泳条带清晰完整,重复性好,可用于分子生物学检测。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为采用本发明的试剂盒和方法提取的大肠杆菌基因组的琼脂糖凝胶电泳条带。
图2为本发明的试剂盒和方法提取的单增李斯特菌基因组的琼脂糖凝胶电泳条带。
具体实施方式
下面将结合具体实施例,对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。若未特别指明,实例中所用的技术手段均为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1细菌基因组提取试剂盒中试剂的配制:
1.裂解液由TE缓冲液(10mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),1mmol/L EDTA),10%SDS,2mol/LNaCl组成,且每种成分单独配置。
(1)TE缓冲液具体配置方法为:首先1mol/L Tris-HCl(pH 8.0)的配制:称取6.06gTris,加超纯水40mL溶解,滴加浓HCl调pH至8.0,定容至50mL;
其次0.5mol/L EDTA(pH 8.0)的配制:称取9.306g EDTA-Na2·2H2O,加超纯水35mL,剧烈搅拌,用约NaOH颗粒调pH至8.0,定容至50mL;
最后TE缓冲液配置:取1mL1mol/L Tris-HCl(pH 8.0)和0.2mL 0.5mol/L EDTA(pH8.0),用超纯水定容至100mL。
(2)10%SDS配置:取1g SDS粉末,用超纯水溶解定容至10mL。
(3)2mol/L NaCl配置:称取1.17g固体NaCl,用超纯水溶解定容至10mL
2.BC buffer的配置:取10mL酚:氯仿(25:24)与0.2mL异戊醇即可。
3.PE solution的配置:体积分数为60%的异丙醇,即量取60mL异丙醇与40mL超纯水,混合均匀。
4.漂洗液的配置:体积分数为75%的乙醇,即量取75mL无水乙醇与25mL超纯水,混合均匀。
5.TE洗脱液即TE缓冲液的配置在上述裂解液的配置中已描述。
实施例2
使用实施例1中的试剂盒提取5份大肠杆菌样品基因组。
(1)分别取1mL过夜培养的大肠杆菌菌液,加入1.5mL离心管中,室温8000rpm离心1min,弃上清,收集菌体。加入100μL TE,50μL 2mol/L NaCl,100μL 10%SDS,20μL 20mg/mL蛋白酶K溶液)震荡混匀。57℃水浴5min至细胞完全裂解。
(2)加入200μl BC Buffer,充分颠倒混匀。
(3)加入200μL的无水乙醇,充分颠倒混匀。
(4)将离心柱放入收集管中,用移液器将溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再12000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液。
(5)将离心柱放回收集管,加入500μL PE Solution,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(6)将离心柱放回收集管,加入500μL漂洗液,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液。
(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入60μL TE洗脱液静置1min,12000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集DNA溶液。
(9)琼脂糖凝胶电泳检测:对所得5份回收产物,分别取上样,进行琼脂糖凝胶电泳,结果显示所获得全基因组产物平行性好,条带清晰,无拖尾和杂带,表明提取的基因组完整性好,且无其它污染。
实施例3
使用实施例1中的试剂盒提取5份单增李斯特样品基因组。
(1)分别取1mL过夜培养的单增李斯特菌液,加入1.5mL离心管中,室温8000rpm离心1min,弃上清,收集菌体。加入100μL TE,100μL溶菌酶溶液(使用前将相应的溶解酶加入到Enzymatic lysis buffer中,配置成50mg/mL的溶解酶溶液)重悬菌液,37℃水浴10min。再加入50μL 2mol/L NaCl,100μL 10%SDS,20μL 20mg/mL蛋白酶K溶液,震荡混匀。57℃水浴0.5-1h至细胞完全裂解。
(2)加入200μL BC Buffer,充分颠倒混匀。
(3)加入200μL的无水乙醇,充分颠倒混匀。
(4)将离心柱放入收集管中,用移液器将溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再12000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液。
(5)将离心柱放回收集管,加入500μL PE Solution,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(6)将离心柱放回收集管,加入500μL漂洗液,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液。
(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入60μL TE洗脱液静置1min,12000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集DNA溶液。
(9)琼脂糖凝胶电泳检测:对所得5份回收产物,分别取上样,进行琼脂糖凝胶电泳,结果显示所获得全基因组产物平行性好,条带清晰,无拖尾和杂带,表明提取的基因组完整性好,且无其它污染。
实施例4
4.1试剂盒中的试剂
1.裂解液由TE缓冲液(10mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),1mmol/L EDTA),8%SDS(取0.8g SDS粉末,用超纯水溶解定容至10mL),1.5mol/L NaCl组成,且每种成分单独配置。
2.BC buffer的配置:取10mL酚:氯仿(25:24)与0.2mL异戊醇即可。
3.PE solution的配置:体积分数为50%的异丙醇,即量取50mL异丙醇与50mL超纯水,混合均匀。
4.漂洗液的配置:体积分数为65%的乙醇,即量取65mL无水乙醇与35mL超纯水,混合均匀。
5.TE洗脱液即10mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),1mmol/L EDTA。
4.2使用上述4.1中的试剂盒提取5份大肠杆菌样品基因组。
(1)分别取1mL过夜培养的大肠杆菌菌液,加入1.5mL离心管中,室温8000rpm离心1min,弃上清,收集菌体。加入100μL TE,50μL 1.5mol/L NaCl,100μL 8%SDS,20μL 15mg/mL蛋白酶K溶液)震荡混匀。57℃水浴5min至细胞完全裂解。
(2)加入200μl BC Buffer,充分颠倒混匀。
(3)加入200μL的无水乙醇,充分颠倒混匀。
(4)将离心柱放入收集管中,用移液器将溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再12000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液。
(5)将离心柱放回收集管,加入500μL PE Solution,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(6)将离心柱放回收集管,加入500μL漂洗液,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液。
(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入60μL TE洗脱液静置1min,12000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集DNA溶液。
(9)琼脂糖凝胶电泳检测:对所得5份回收产物,分别取上样,进行琼脂糖凝胶电泳(电泳图谱与图1无明显实质性差异),结果显示所获得全基因组产物平行性好,条带清晰,无拖尾和杂带,表明提取的基因组完整性好,且无其它污染。
实施例5
5.1试剂盒中的试剂
1.裂解液由TE缓冲液(10mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),1mmol/L EDTA),12%SDS(取1.2g SDS粉末,用超纯水溶解定容至10mL),2.5mol/L NaCl组成,且每种成分单独配置。
2.BC buffer的配置:取10mL酚:氯仿(25:24)与0.2mL异戊醇即可。
3.PE solution的配置:体积分数为70%的异丙醇,即量取70mL异丙醇与30mL超纯水,混合均匀。
4.漂洗液的配置:体积分数为80%的乙醇,即量取80mL无水乙醇与20mL超纯水,混合均匀。
5.TE洗脱液即10mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),1mmol/L EDTA。
5.2使用上述4.1中的试剂盒提取5份大肠杆菌样品基因组。
(1)分别取1mL过夜培养的大肠杆菌菌液,加入1.5mL离心管中,室温8000rpm离心1min,弃上清,收集菌体。加入100μL TE,50μL 2.5mol/L NaCl,100μL 12%SDS,20μL 25mg/mL蛋白酶K溶液)震荡混匀。57℃水浴5min至细胞完全裂解。
(2)加入200μl BC Buffer,充分颠倒混匀。
(3)加入200μL的无水乙醇,充分颠倒混匀。
(4)将离心柱放入收集管中,用移液器将溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再12000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液。
(5)将离心柱放回收集管,加入500μL PE Solution,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(6)将离心柱放回收集管,加入500μL漂洗液,10000rpm离心1min,倒掉滤液。
(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液。
(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入60μL TE洗脱液静置1min,12000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集DNA溶液。
(9)琼脂糖凝胶电泳检测:对所得5份回收产物,分别取上样,进行琼脂糖凝胶电泳(电泳图谱与图1无明显实质性差异),结果显示所获得全基因组产物平行性好,条带清晰,无拖尾和杂带,表明提取的基因组完整性好,且无其它污染。
实施例6
对实施例2-5提取得到的DNA的纯度和总量进行测定,测定结果详见下表1
表1
样品 | OD260/280 | 提取得到的DNA总量 |
实施例2 | 1.82 | 19μg |
实施例3 | 1.81 | 17μg |
实施例4 | 1.86 | 16μg |
实施例5 | 1.84 | 18μg |
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (9)
1.一种快速提取细菌DNA的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒内的试剂包括裂解液,所述裂解液由TE缓冲液、SDS和NaCl溶液组成,所述裂解液中SDS的浓度为0.08-0.12g/mL,所述NaCl的浓度为1.5-2.5mol/L,所述裂解液对革兰氏阴性菌的处理时间为5-8min。
2.根据权利要求1所述的快速提取细菌DNA的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒内的试剂还包括下述中的任意一种或几种的组合:溶菌酶溶液、蛋白酶K、BC buffer、PEsolution、漂洗液和TE洗脱液,所述溶菌酶溶液的浓度为40-60mg/mL,所述BC buffer为体积比为酚:氯仿:异戊醇=25:24:1的混合液,所述PE solution为体积分数50%-70%异丙醇,所述漂洗液为65-80%乙醇;所述蛋白酶K的浓度为15-25mg/mL。
3.根据权利要求2所述的快速提取细菌DNA的试剂盒,其特征在于,所述裂解液中SDS的浓度为0.1g/mL,所述NaCl的浓度为2mol/L;所述PE solution为60%异丙醇,所述漂洗液为75%乙醇,所述蛋白酶K的浓度为20mg/mL,所述溶菌酶溶液的浓度为50mg/mL、通过将溶菌酶加入到Enzymatic lysis buffer中配制得到,所述TE缓冲液为10mmol/L、pH=8.0的Tris-HCl和1mmol/L的EDTA。
4.一种快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,采用如权利要求1-3中任意一项所述的快速提取细菌DNA的试剂盒对细菌DNA进行提取。
5.根据权利要求4所述的快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,包括下述步骤:(1)向细菌菌体中加入裂解液震荡混匀,50-60℃水浴至细胞完全裂解;(2)加入BC Buffer,充分颠倒混匀;(3)加入无水乙醇,充分颠倒混匀;(4)将离心柱放入收集管中,将步骤(3)所得溶液和半透明纤维状悬浮物全部加入离心柱中,静置2min,再10000-15000rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液;(5)将离心柱放回收集管,加入PE Solution,8000-12000rpm离心1min,倒掉滤液;(6)将离心柱放回收集管,加入漂洗液,8000-12000rpm离心1min,倒掉滤液;(7)重复上述(6)步骤离去残留的漂洗液;(8)取出离心柱,放入一个新的离心管中,加入TE洗脱液静置1min,10000-15000rpm室温离心1min,洗脱DNA,收集即得DNA溶液。
6.根据权利要求5所述的快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,采用所述快速提取细菌DNA的方法提取革兰氏阳性菌的DNA时,在加入所述裂解液之前还包括向菌体中加入TE缓冲液和溶菌酶溶液重悬菌体,37℃水浴10-60min的步骤。
7.根据权利要求6所述的快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,所述TE缓冲液和溶菌酶溶液的体积比为1:1,所述溶菌酶溶液与所述裂解液的体积比为10:25。
8.根据权利要求5所述的快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,提取革兰氏阴性细菌的基因组DNA时,所述步骤(1)的保温时间为5-8min;提取革兰氏阳性细菌的基因组DNA时,所述步骤(1)的保温时间为30-60min。
9.根据权利要求4-8中任意一项所述的快速提取细菌DNA的方法,其特征在于,所述裂解液、蛋白酶K、BC Buffer、无水乙醇、PE Solution、漂洗液和TE洗脱液的体积比为25:2:20:20:50:50:6。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010536461.6A CN111705053A (zh) | 2020-06-12 | 2020-06-12 | 一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010536461.6A CN111705053A (zh) | 2020-06-12 | 2020-06-12 | 一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111705053A true CN111705053A (zh) | 2020-09-25 |
Family
ID=72540234
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202010536461.6A Pending CN111705053A (zh) | 2020-06-12 | 2020-06-12 | 一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111705053A (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114703173A (zh) * | 2022-03-18 | 2022-07-05 | 福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 | 一种λ噬菌体DNA提取试剂盒及提取方法 |
CN117487796A (zh) * | 2023-11-06 | 2024-02-02 | 江苏伟禾生物科技有限公司 | 一种细胞dna快提取试剂盒及其使用方法 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101824450A (zh) * | 2010-04-23 | 2010-09-08 | 北京博迈世纪生物技术有限公司 | 基于磁珠提取细菌基因组试剂盒及其提取方法 |
CN102242115A (zh) * | 2011-07-21 | 2011-11-16 | 河南惠尔纳米科技有限公司 | 磁珠法提取细菌质粒dna的试剂盒及其提取方法 |
WO2017117697A1 (zh) * | 2016-01-07 | 2017-07-13 | 中国人民解放军第二军医大学 | 一种用于核酸扩增的酵母样真菌总dna快速提取方法 |
CN107964545A (zh) * | 2017-12-12 | 2018-04-27 | 杭州联川生物技术股份有限公司 | 一种基于磁珠技术提取真菌/细菌基因组dna的试剂盒及其方法 |
CN108220284A (zh) * | 2018-01-23 | 2018-06-29 | 南昌大学 | 一种磁珠法细菌基因组dna提取试剂盒及应用 |
-
2020
- 2020-06-12 CN CN202010536461.6A patent/CN111705053A/zh active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101824450A (zh) * | 2010-04-23 | 2010-09-08 | 北京博迈世纪生物技术有限公司 | 基于磁珠提取细菌基因组试剂盒及其提取方法 |
CN102242115A (zh) * | 2011-07-21 | 2011-11-16 | 河南惠尔纳米科技有限公司 | 磁珠法提取细菌质粒dna的试剂盒及其提取方法 |
WO2017117697A1 (zh) * | 2016-01-07 | 2017-07-13 | 中国人民解放军第二军医大学 | 一种用于核酸扩增的酵母样真菌总dna快速提取方法 |
CN107964545A (zh) * | 2017-12-12 | 2018-04-27 | 杭州联川生物技术股份有限公司 | 一种基于磁珠技术提取真菌/细菌基因组dna的试剂盒及其方法 |
CN108220284A (zh) * | 2018-01-23 | 2018-06-29 | 南昌大学 | 一种磁珠法细菌基因组dna提取试剂盒及应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
熊明华 等: "一种快速经济提取革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌基因组DNA的方法", 《基因组学与应用生物学》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114703173A (zh) * | 2022-03-18 | 2022-07-05 | 福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 | 一种λ噬菌体DNA提取试剂盒及提取方法 |
CN114703173B (zh) * | 2022-03-18 | 2023-06-06 | 福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 | 一种λ噬菌体DNA提取试剂盒及提取方法 |
CN117487796A (zh) * | 2023-11-06 | 2024-02-02 | 江苏伟禾生物科技有限公司 | 一种细胞dna快提取试剂盒及其使用方法 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US5010183A (en) | Process for purifying DNA and RNA using cationic detergents | |
US5155018A (en) | Process and kit for isolating and purifying RNA from biological sources | |
WO1997010331A1 (en) | Method for purifying nucleic acids from homogeneous mixtures | |
CN111705053A (zh) | 一种快速提取细菌dna的试剂盒及提取方法 | |
CN112195177B (zh) | 一种核酸提取方法及试剂盒 | |
CN113151397B (zh) | 一种基于磁珠法提取病毒样本的核酸提取试剂盒 | |
CN108220284A (zh) | 一种磁珠法细菌基因组dna提取试剂盒及应用 | |
CN110904098A (zh) | 一种裂解结合液及粪便磁珠法核酸提取 | |
CN111676214A (zh) | 一种磁珠法提取细菌基因组dna的试剂盒及提取方法 | |
CN110452902B (zh) | 一种革兰氏阴性菌全基因组dna提取试剂盒 | |
JP2023527475A (ja) | 核酸抽出方法及び用途 | |
CN116376898A (zh) | 一种用于提取原核生物总rna的裂解缓冲液及其应用 | |
CN114350649A (zh) | 一种核酸提取试剂盒及核酸提取方法 | |
CN112501156B (zh) | 一种海洋贝类生物沉积物总dna的高效提取方法 | |
CN111778237B (zh) | 一种动物深加工制品的高纯核酸提取方法及试剂体系 | |
CN112646806A (zh) | 一种土壤dna快速提取方法及试剂盒 | |
CN116926065B (zh) | 一种适用于病原微生物和宿主残留检测的核酸提取试剂盒及其提取方法 | |
CN116286798B (zh) | 一种适用于细菌dna提取纯化的试剂盒及方法 | |
CN106591284A (zh) | 一种食品中常见病原菌基因组快速提取试剂盒及方法 | |
CN114214390B (zh) | 用于高通量测序的微生物饲料添加剂的核酸提取方法 | |
CN112481252A (zh) | 一种大规模提取用于转染哺乳动物细胞的无内毒素质粒的方法 | |
CN109439658A (zh) | 一种裂解液及其在液态奶中提取核酸的方法 | |
CN115011588B (zh) | 细菌基因组dna提取试剂盒及其使用方法 | |
CN114231526B (zh) | 一种高丰度粪便微生物基因组dna提取的方法 | |
WO2024092946A1 (zh) | 具有普适性的提取微生物dna的试剂盒及方法与应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20200925 |
|
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |