CN111690767B - 一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用，所述耐盐性具体体现为盐胁迫环境中的叶片衰老程度。叶片衰老程度用叶片叶绿素含量来表征，叶绿素含量高代表叶片衰老程度低，叶绿素含量低代表叶片衰老程度高。本发明提供了用于检测特异SNP的物质在鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性中的应用；所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸。AA基因型小麦的耐盐性高于GG基因型小麦。本发明为耐盐小麦育种提供了分子辅助选择手段。

Description

一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用，所述耐盐性具体体现为盐胁迫环境中的叶片衰老程度。
背景技术
土壤盐渍化是植物面临的最重要的非生物胁迫之一。世界上约20％的可灌溉耕地和8％的旱作土地都受到盐渍化的侵害。我国的盐渍化土地分布也十分广泛，总面积达到14.87亿亩(约合1亿公顷)，且盐渍化土壤的面积还在逐年扩大。
小麦是三大粮食作物之一，世界上35％以上的人口以小麦作为口粮，我国北方人民也多以面食为主食。小麦属于中度耐盐的作物，也是我国盐渍化土壤主要的栽培作物之一。土壤盐渍化会严重影响小麦生长，降低小麦产量。小麦遭遇盐胁迫后，随着盐离子在叶片中积累，老叶会加速衰老。当老叶衰老死亡的速率大于新叶产生的速率时，光合作用产生的能量不能提供整株植物的生长，会导致生长速率进一步减慢。依据小麦苗期耐盐性分级标准，盐胁迫后叶片是否保持健康绿色是评价小麦耐盐性的重要指标。小麦中的研究也发现，叶片中叶绿素含量与死亡叶片的比例具有明显的线性关系，所以老叶的叶绿素含量可以用来评价小麦对高浓度Na+的组织耐受性。小麦苗期耐盐性鉴定还发现叶片的叶绿素含量与生物量相关的性状如地上部干重、根干重和总干重都具有极显著的相关关系。发掘盐胁迫后能够延缓小麦叶片衰老相关的分子标记对小麦耐盐育种具有重要意义。
随着测序技术的快速发展与小麦基因组数据的不断更新、完善，单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)标记被广泛应用于小麦QTL定位研究中。
发明内容
本发明的目的是提供一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用，所述耐盐性具体体现为盐胁迫环境中的叶片衰老程度。叶片衰老程度用叶片叶绿素含量来表征，叶绿素含量高代表叶片衰老程度低，叶绿素含量低代表叶片衰老程度高。
本发明提供了用于检测特异SNP的物质在鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性中的应用。
所述检测特异SNP的物质为检测待测小麦基于特异SNP的基因型的物质。
所述应用中，AA基因型小麦的耐盐性高于GG基因型小麦。
所述用于检测特异SNP的物质具体可为后续所述的引物组。
本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；AA基因型小麦的耐盐性高于GG基因型小麦。
本发明还保护一种小麦育种的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；选择AA基因型小麦进行育种。AA基因型小麦为候选的耐盐性强的小麦。所述育种的目的为获得耐盐性强的小麦。
本发明还保护一种特异DNA分子，如序列表的序列1或序列表的序列2所示。
本发明还保护所述特异DNA分子在鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性中的应用。
本发明还保护一种引物组，由引物FAM-KASP-F1、引物HEX-KASP-F2和引物KASP-R组成；
引物FAM-KASP-F1为如下(a1)或(a2)或(a3)：
(a1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a2)序列表的序列3中第22-44位所示的单链DNA分子；
(a3)将(a1)或(a2)经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能的DNA分子；
引物HEX-KASP-F2为如下(b1)或(b2)或(b3)：
(b1)序列表的序列4所示的单链DNA分子；
(b2)序列表的序列4中第22-44位所示的单链DNA分子；
(b3)将(b1)或(b2)经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能的DNA分子；
引物KASP-R为如下(c1)或(c2)：
(c1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；
(c2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能的DNA分子。
本发明还保护所述引物组的应用，为如下(d1)或(d2)或(d3)或(d4)：
(d1)鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性；
(d2)筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种；
(d3)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性的产品；
(d4)制备用于筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种的产品。
本发明还保护一种试剂盒，包括所述引物组。
所述试剂盒还包括KASP所需其他试剂。
所述试剂盒还包括KASP Master Mix。
本发明还保护所述试剂盒的应用，为如下(d1)或(d2)：
(d1)鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性；
(d2)筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种。
本发明还保护一种鉴定或辅助鉴定待测小麦耐盐性的方法，包括如下步骤：
(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述引物组进行KASP；
(2)完成步骤(1)后，进行荧光扫描，确定待测小麦的基因型；
(3)根据基因型结果进行判断：AA基因型小麦的耐盐性高于GG基因型小麦。
KASP的反应体系具体可为(10μL)：DNA模板2μL、引物混合物0.14μL、KASP MasterMix 5μL、ddH2O 2.86μL。DNA模板中，DNA浓度为50-100ng/μL。引物混合物提供的有效成分为FAM-KASP-F1、HEX-KASP-F2和KASP-R。引物混合物中，FAM-KASP-F1和HEX-KASP-F2的浓度均为12μM，KASP-R的浓度为30μM。
KASP的反应条件具体可为：30℃60sec；94℃15min；94℃20sec、某一温度60sec(第一个循环的温度为61℃，每个循环降低0.6℃)，10个循环；94℃20sec、55℃60sec，30个循环；30℃60sec。
以上任一所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸。所述特异SNP为A/G多态。
所述特异SNP位于小麦1A染色体。
所述特异SNP位于小麦1A染色体短臂。
所述耐盐性为苗期耐盐性。
所述耐盐性高体现为在盐胁迫环境中衰老延迟。
所述耐盐性高体现为在盐胁迫环境中叶片衰老延迟。
所述耐盐性高体现为在盐胁迫环境中叶绿素含量高。
所述耐盐性高体现为在盐胁迫环境中叶片叶绿素含量高。
所述耐盐性强体现为在盐胁迫环境中衰老延迟。
所述耐盐性强体现为在盐胁迫环境中叶片衰老延迟。
所述耐盐性强体现为在盐胁迫环境中叶绿素含量高。
所述耐盐性强体现为在盐胁迫环境中叶片叶绿素含量高。
KASP，全称为竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)。
以上任一所述待测小麦为中麦175和小偃60的杂交后代。
以上任一所述待测小麦为中麦175和小偃60的杂交后代的自交后代。
以上任一所述待测小麦为小偃54和京411的杂交后代。
以上任一所述待测小麦为小偃54和京411的杂交后代的自交后代。
以上任一所述小麦为中麦175和小偃60的杂交后代。
以上任一所述小麦为中麦175和小偃60的杂交后代的自交后代。
以上任一所述小麦为小偃54和京411的杂交后代。
以上任一所述小麦为小偃54和京411的杂交后代的自交后代。
本发明的发明人通过遗传群体QTL作图筛选出盐胁迫环境下延缓小麦叶片衰老相关的SNP标记，进一步的将其转化为KASP标记，可以利用KASP检测，简单方便。与利用Taqman探针的荧光PCR相比，KASP通过通用荧光探针来替代针对位点的荧光探针，大大节约了成本。本发明为耐盐小麦育种提供了分子辅助选择手段。
附图说明
图1为实施例1中通过KASP检测24个株系基于特异SNP的基因型的结果。
图2为实施例2中GG基因型株系在盐胁迫条件下的SPAD值平均值和AA基因型株系在盐胁迫条件下的SPAD值平均值的比较。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、盐胁迫条件下小麦叶片衰老相关SNP标记的发现与KASP标记开发
一、获得重组自交系
小麦品种中麦175(母本)和小麦品种小偃60(父本)进行杂交，获得F1，F1自交产生F2，采用单粒传法获得由350个株系组成的F7代重组自交系(RIL)群体。
二、小麦叶片衰老相关性状的鉴定
供试种子：254个株系(从步骤一获得的重组自交系中随机选取)的植株种子，中麦175植株种子，小偃60植株种子。
挑选饱满一致的供试种子，用10％H2O2消毒灭菌30min，用去离子水冲洗数次，将种子均匀摆放于铺有网格的培养盘上，23℃萌发3天，此时种子根伸入到网格下面的水中。然后，转移至光照培养箱中(20℃光照16h/15℃黑暗8h)培养7天。然后，选择长势一致的幼苗去掉胚乳后转移至15L水培培养盒(45cm×30cm×15cm)中进行水培试验。
水培试验分成两组，盐处理组(S)和对照组(CK)。对照组采用Hoagland营养液进行培养(每隔3天更换一次培养液)，培养总时间为21天。盐处理组，第1天采用Hoagland营养液进行培养，第2天采用含50mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，第3天采用含100mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，第4天采用含150mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，之后持续采用含150mM NaCl的Hoagland营养液进行培养(每隔3天更换一次培养液)，培养总时间为21天。培养条件：22℃光照16h/18℃黑暗8h。各个供试植株随机排布在培养盒中，更换培养液时调换位置，保证环境条件一致。进行三次重复试验，每次重复试验中，每个株系每组设置4个单株。
Hoagland营养液的配方见表1。
表1
试剂 工作浓度
KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub> 0.2mM
MgSO<sub>4</sub>·7H<sub>2</sub>O 1mM
KCl 1.5mM
CaCl<sub>2</sub> 1.5mM
H<sub>3</sub>BO<sub>3</sub> 1.0μM
(NH<sub>4</sub>)<sub>6</sub>Mo<sub>7</sub>O<sub>24</sub>·4H<sub>2</sub>O 0.05μM
CuSO<sub>4</sub>·5H<sub>2</sub>O 0.5μM
ZnSO<sub>4</sub>·7H<sub>2</sub>O 1μM
MnSO<sub>4</sub>·H<sub>2</sub>O 1μM
FeEDTA 0.1mM
Ca(NO<sub>3</sub>)<sub>2</sub>·4H<sub>2</sub>O 1mM
pH 5.8-6.0
完成水培试验后，中麦175及部分株系出现老叶变黄的表型。
完成水培试验后：①计数每株植株的黄叶数YN，每个株系的黄叶数取4株的平均值；②用叶绿素仪SPAD-502测定植株第1片叶均匀分布的三个点的SPAD值，其平均值作为该植株的SPAD值，每个株系的SPAD值取4株的平均值。
盐处理组，中麦175的SPAD值为16.24±4.65，黄叶数YN为1.15±0.21。
盐处理组，小偃60的SPAD值为38.06±3.92，黄叶数YN为0.44±0.47。
三、基因型扫描与遗传连锁图谱构建
利用小麦55K SNP芯片获得两个亲本和350个株系的基因型，构建RIL群体的遗传连锁图谱。
1、获得两个亲本和350个株系的基因型
分别提取350个RIL株系植株和2个亲本植株的总DNA。
利用琼脂糖凝胶检测DNA样品的完整性，利用NanoDrop检测DNA浓度与质量(A260/280和A260/230)。检测合格(DNA总量大于1μg，DNA完整，无RNA污染，A260/280和A260/230符合要求)后，根据美国昂飞公司操作手册AXIOM Array 2.0的要求，将样品DNA与小麦55K SNP芯片杂交，得到的原始数据经SNP标记质控后，获得两个亲本与350个株系的基因型。
2、构建RIL群体的遗传连锁图谱
根据芯片获得的基因型信息筛选亲本间表现出多态性的标记，并去除最小等位基因频率小于0.4、缺失率大于1％、杂合度高于10％的标记和杂合度高于3％的株系。剩余的所有标记使用QTL分析软件IciMapping 4.1的BIN功能聚类(Winfield,M.O.,Allen,A.M.,Burridge,A.J.,Barker,G.L.,Benbow,H.R.,Wilkinson,P.A.,Coghill,J.,Waterfall,C.,Davassi,A.,Scopes,G,High-density SNP genotyping array for hexaploid wheat andits secondary and tertiary gene pool,Plant Biotechnology Journal,2016,14(5):1195-1206.)，具有相同分离类型的标记只保留一个标记代表该BIN标记。利用卡方检验标记分离的显著性。利用IciMapping 4.1中MAP的功能，先将BIN标记分成不同的连锁群(LOD值设置为3.0)，再利用nnTwoOpt算法进行排序，以SARF为标准对标记排序进行调整，根据标记的物理位置矫正染色体的长短臂，最后输出遗传连锁图谱。
四、盐胁迫条件下小麦叶片衰老相关性状的连锁分析
将步骤三中构建的遗传连锁图谱与步骤二中的表型数据[包括3次对照和盐胁迫实验的表型值(CK1、CK2、CK3、S1、S2、S3)和它们的平均值(CKMean和SMean)与最优线性无偏估计值(CKBlue和SBlue)]相结合，制作输入文件，利用QTL分析软件IciMapping 4.1中的双亲群体QTL定位功能(QTL mapping in biparental populations,BIP)，以基于逐步回归的完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)进行加性效应QTL定位(步长设置为1.0，PIN为0.001，LOD值设定为2.5，方法选用ICIM-ADD)。
QTL作图显示：利用第3次实验的表型值YN-S3、3次实验的平均值YN-SMean和最优无偏估计值YN-SBlue均可在1A染色体短臂上检测到与黄叶数相关的QTL，其加性效应来自中麦175，定位区间为38.5-40.5cM，对表型变异的解释率分别为6.04％、7.63％和8.03％，对应的LOD值分别为3.84、5.98和5.30；利用第2、3次实验的表型值SPAD-S2和SPAD-S3、3次实验的平均值SPAD-SMean和最优线性无偏估计值SPAD-SBlue均可在1A染色体短臂上检测到与第1片叶叶绿素相关的QTL，其加性效应来自小偃60，定位区间为37.5-40.5cM，对表型变异的解释率分别为6.12％、7.77％、8.93％和7.57％，对应的LOD值分别为3.32、4.26、6.14和4.27。综上可知，1A染色体短臂上存在一个与盐胁迫后小麦叶片衰老相关的稳定主效QTL，将其命名为QLs-1A。与QLs-1A紧密连锁的SNP标记(遗传位置为40.42cM)如序列表的序列1所示(R为A或G)，其中第36位核苷酸为特异SNP，为A/G多态。
基于特异SNP，中麦175的基因型为GG。
基于特异SNP，小偃60的基因型为AA。
五、KASP标记开发
为保证特异SNP在基因组上的特异性，将序列1与小麦基因组参考序列(iwgsc_refseqv1.0)进行比对，得到总长度为300bp的DNA序列(如序列表的序列2所示，R为A或G)，该序列对应于小麦中国春基因组1A染色体上29112747-29113046位核苷酸。特异SNP位于小麦1A染色体上的第29112891位(对应于序列2的第156位)。
六、设计KASP引物组
针对SNP标记设计KASP引物组，包含2个上游引物(FAM-KASP-F1和HEX-KASP-F2)和1个通用下游引物(KASP-R)。
FAM-KASP-F1(序列3)：5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAGAATAAGGGCATGAAGATCA-3′；HEX-KASP-F2(序列4)：5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGAATAAGGGCATGAAGATCG-3′；KASP-R(序列5)：5′-TCCATCACTCCCATCTTGCT-3′。
七、通过KASP检测基于特异SNP的基因型
供试植株：24个株系(从步骤一获得的重组自交系中随机选取)的植株。
通过KASP分别检测各个供试植株基于特异SNP的基因型。
1、提取供试植株叶片的基因组DNA。
2、将步骤1提取的DNA作为模板，进行KASP。
反应体系(10μL)：DNA模板2μL、引物混合物0.14μL、KASP Master Mix 5μL、ddH2O2.86μL。DNA模板中，DNA浓度为50-100ng/μL。
设置两个阴性对照。阴性对照，即用等体积ddH2O代替DNA模板。
引物混合物提供的有效成分为FAM-KASP-F1、HEX-KASP-F2和KASP-R。引物混合物中，FAM-KASP-F1和HEX-KASP-F2的浓度均为12μM，KASP-R的浓度为30μM。
2×KASP reaction mix，又称为KASP 2×Master Mix，为LGC公司产品(货号KBS-1016-002)。2×KASP reaction mix包括荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B，以及高保真的Taq酶，dNTP等。荧光探针A的序列为5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3′，5′末端连接1个荧光基团FAM；荧光探针B的序列为5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3′，5′末端连接1个荧光基团HEX；淬灭探针A的序列为5′-AGCATGAACTTGGTCACCTTC-3′，3′末端连接淬灭基团BHQ；淬灭探针B的序列为5′-AATCCGTTGACTCCGACCTTC-3′，3′末端连接淬灭基团BHQ。
采用实时荧光定量PCR仪(StepOnePlusTM Applied Biosystems)进行。反应条件：30℃60sec；94℃15min；94℃20sec、某一温度60sec(第一个循环的温度为61℃，每个循环降低0.6℃)，10个循环；94℃20sec、55℃60sec，30个循环；30℃60sec。
利用实时荧光定量PCR配套的分析软件StepOne Software v2.3对PCR产物进行分型，结果以散点图的形式展示，每个点代表一个样本，相同基因型的点集中在一个区域，显示蓝色说明基因型为AA，显示红色说明基因型为GG。
FAM，蓝色(聚集于Y轴)，代表AA基因型。
HEX，红色(聚集于X轴)，代表GG基因型。
结果见图1和表2。经检测，KASP检测的基因型结果与小麦55K SNP芯片检测的基因型结果一致，证明KASP标记可以实现基于特异SNP的基因型的成功分型。
表2
Figure BDA0002587115830000081
实施例2、利用“小偃54×京411”重组自交系群体进行验证
小麦品种小偃54(母本)和小麦品种京411(父本)进行杂交，获得F1，F1自交产生F2，采用单粒传法获得由182个株系组成的F11代“小偃54×京411”重组自交系(RIL)群体(XuYunfeng,An Diaoguo,Liu Dongcheng,Zhang Aimin,Xu Hongxing,Li Bin,Euphytica,2012,186(1):233-245.)，从中随机取178个株系。
分别检测178个株系的性状和基因型。检测小偃54和京411的性状和基因型。
一、检测性状
挑选饱满一致的种子，用10％H2O2消毒灭菌30min，用去离子水冲洗数次，将种子均匀摆放于铺有网格的培养盘上，23℃萌发3天，此时种子根伸入到网格下面的水中。然后，转移至光照培养箱中(20℃光照16h/15℃黑暗8h)培养7天。然后，选择长势一致的幼苗去掉胚乳后转移至15L水培培养盒(45cm×30cm×15cm)中进行盐处理水培试验。
盐处理水培试验：第1天采用Hoagland营养液进行培养，第2天采用含50mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，第3天采用含100mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，第4天采用含150mM NaCl的Hoagland营养液进行培养，之后持续采用含150mM NaCl的Hoagland营养液进行培养(每隔3天更换一次培养液)，培养总时间为21天。培养条件：22℃光照16h/18℃黑暗8h。各个供试植株随机排布在培养盒中，更换培养液时调换位置，保证环境条件一致。试验中，每个株系设置4个单株。
完成盐处理水培试验后，用叶绿素仪SPAD-502测定植株第1片叶均匀分布的三个点的SPAD值，其平均值作为该植株的SPAD值，每个株系的SPAD值取4株的平均值。
二、检测基因型
采用实施例1的步骤七的方法检测基于特异SNP的基因型。
三、结果分析
小偃54的基因型为AA，盐胁迫后SPAD值为30.55。
京411的基因型为GG，盐胁迫后SPAD值为13.91。
178个株系的性状和基因型结果见表3。82个株系(46.1％)为AA基因型；96个株系(53.9％)为GG基因型。AA基因型株系在盐胁迫条件下的SPAD值显著高于GG基因型的株系。
表3
Figure BDA0002587115830000091
Figure BDA0002587115830000101
Figure BDA0002587115830000111
GG基因型株系在盐胁迫条件下的SPAD值平均值和AA基因型株系在盐胁迫条件下的SPAD值平均值比较见表4和图2。基于特异SNP位点的基因型在“小偃54×京411”重组自交系群体中也与盐胁迫后小麦叶片的衰老显著相关。与AA基因型株系相比，GG基因型株系在盐胁迫后的叶片衰老速度显著加速；与GG基因型株系相比，AA基因型株系在盐胁迫后的叶片衰老速度显著延缓。这表明从“中麦175×小偃60”RIL群体中鉴定得到的与盐胁迫后老叶衰老相关的SNP标记在“小偃54×京411”重组自交系群体中同样适用，实验结果与预期一致。说明本发明中开发成功的KASP标记可以对盐胁迫条件下延缓老叶衰老相关性状实现辅助选择作用。
表4盐胁迫后不同基因型株系第1片叶SPAD值的统计分析结果
Figure BDA0002587115830000121
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国科学院遗传与发育生物学研究所
<120> 一种小麦分子标记及其在鉴定小麦耐盐性中的应用
<130> GNCYX201694
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 1
agcctacgca gagggagaat aagggcatga agatcrgatg agctgaatct agcaagatgg 60
gagtgatgga a 71
<210> 2
<211> 300
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 2
gtgctagggc atgtgatcat acaccacttg cttttcccta gtttttgtta gtatatggtt 60
ttcgttcagg tgttgaagcg acgaagatgg agaaggtaga acgcatgttg aagaacctga 120
agcctacgca gagggagaat aagggcatga agatcrgatg agctgaatct agcaagatgg 180
gagtgatgga accgcaagcc cttgccaagg tcatatcgga gaagcctgtc attgtggagg 240
ccatggtgga gaccttgggc gggatttggt gcctaatcag gggcatggaa tgcaaggagt 300
<210> 3
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 3
gaaggtgacc aagttcatgc tggagaataa gggcatgaag atca 44
<210> 4
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 4
gaaggtcgga gtcaacggat tggagaataa gggcatgaag atcg 44
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 5
tccatcactc ccatcttgct 20

Claims (8)

1.用于检测特异SNP的物质在鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性中的应用；
所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸；
基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦的耐盐性高于基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为GG基因型的小麦。
2.一种鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性的方法，包括如下步骤：
检测待测小麦基于特异SNP的基因型；
所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸；
基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦的耐盐性高于基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为GG基因型的小麦。
3.一种小麦育种的方法，包括如下步骤：
检测待测小麦基于特异SNP的基因型；
所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸；
基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦的耐盐性高于基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为GG基因型的小麦；
选择基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦进行育种。
4.用于检测特异SNP的引物组，由引物FAM-KASP-F1、引物HEX-KASP-F2和引物KASP-R组成；
引物FAM-KASP-F1为序列表的序列3所示的单链DNA分子；
引物HEX-KASP-F2为序列表的序列4所示的单链DNA分子；
引物KASP-R为序列表的序列5所示的单链DNA分子；
所述特异SNP为小麦基因组中的序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸；
基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦的耐盐性高于基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为GG基因型的小麦。
5.权利要求4所述引物组的应用，为如下（d1）或（d2）或（d3）或（d4）：
（d1）鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性；
（d2）筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种；
（d3）制备用于鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性的产品；
（d4）制备用于筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种的产品。
6.一种试剂盒，包括权利要求4所述引物组。
7.权利要求6所述试剂盒的应用，为如下（d1）或（d2）：
（d1）鉴定或辅助鉴定小麦耐盐性；
（d2）筛选或选育具有不同耐盐性的小麦单株或株系或品系或品种。
8.一种鉴定或辅助鉴定待测小麦耐盐性的方法，包括如下步骤：
（1）以待测小麦的基因组DNA为模板，采用权利要求4所述引物组进行KASP；
（2）完成步骤（1）后，进行荧光扫描，确定待测小麦的基因型；
（3）根据基因型结果进行判断：基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为AA基因型的小麦的耐盐性高于基因组DNA中序列表的序列1所示DNA分子的第36位核苷酸为GG基因型的小麦。
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