CN111607664A

CN111607664A - 一种与小麦条锈病相关的1ds染色体上的snp分子标记的应用

Info

Publication number: CN111607664A
Application number: CN202010667452.0A
Authority: CN
Inventors: 贾梦洁; 朱展望; 王文学; 李君辉; 刘易科; 佟汉文; 陈泠; 张宇庆; 何伟杰; 邹娟; 高春保
Original assignee: Hubei Academy Of Agricultural Sciences Institute Of Food Crops
Current assignee: Hubei Academy Of Agricultural Sciences Institute Of Food Crops
Priority date: 2020-07-13
Filing date: 2020-07-13
Publication date: 2020-09-01
Anticipated expiration: 2040-07-13
Also published as: CN111607664B

Abstract

本发明公开了一种与小麦条锈病相关的1DS染色体上的SNP分子标记的应用。本发明所保护的一个技术方案是检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备鉴定或辅助鉴定条锈病抗性产品中的应用。可将检测SNPIWA1787位点多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与小麦抗条锈病相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定小麦抗条锈病品种产品。

Description

一种与小麦条锈病相关的1DS染色体上的SNP分子标记的应用

技术领域

本发明涉及QTL相关SNP分子标记的应用，特别涉及与小麦条锈病相关的1DS染色体上的SNP分子标记的应用。

背景技术

小麦条锈病是一种由小麦条锈菌(Puccinia striiformisWestend.f.sp.tritici)引起的、世界范围内广泛发生的真菌病害。条锈病对小麦生产危害巨大，在病害流行年份可造成小麦严重减产甚至绝收。小麦条锈病发病面积广、损失严重，防治成本及难度增加，为顺应节本增效及生态保护理念，选育并合理运用抗病品种是防治小麦条锈病最经济有效的方法。国内外对条锈病抗性遗传进行了大量研究，迄今，已正式命名的小麦条锈病抗性基因有80多个。由于小麦条锈菌生理小种复杂多变，一些抗病基因已丧失抗性，发掘新的抗病基因并开发其连锁标记对丰富条锈病抗源、更好进行抗病育种意义重大。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分子标记，是指由于单个核苷酸的变异引起基因组水平上的DNA序列多态性，而形成的遗传标记。现阶段，可用电泳、直接测序、DNA芯片、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)等对SNP进行检测，电泳方法效率较低，其他方法对设备和技术要求高、成本较高。PARMS(Penta-primer amplificationrefractory mutation system)检测技术，具有成本低、通量高、实验操作安全和荧光信号采集数据准确等优势。PARMS是一种基于扩增受阻突变体系PCR(ARMS PCR)的检测技术，与常规ARMS PCR不同的是，PARMS检测技术增加了两条带有不同荧光的检测引物，可以分别检测两条等位基因正向引物5’端的互补序列，经过与同一条反向引物PCR扩增以后，待检测位点的多态性即可通过不同的荧光信号得以检测出来。PARMS已陆续应用于分子辅助育种、目标性状基因定位、种子纯度及真实性鉴定等工作。

发明内容

本发明所要解决的一个技术问题是如何鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性。

为了解决上述技术问题，本发明提供了下述A1-A3的任一种应用、A4的方法：

A1、检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质(即等位基因)在鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性中的应用，所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，位于小麦染色体1DS上，物理位置为8.6Mb,其核苷酸种类为A或G，为序列表序列4第101位核苷酸。

A2、检测小麦基因组中所述SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性产品中的应用。

A3、检测小麦基因组中所述SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质(即等位基因)在小麦育种中的应用或在制备小麦育种产品中的应用。

A4、鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性的方法，包括检测待测小麦的基因型，根据待测小麦的基因型鉴定或辅助鉴定小麦的条锈病抗性；所述基因型为小麦基因组中所述SNPIWA1787位点的基因型。

本发明所要解决的另一个技术问题是如何进行小麦育种。

为了解决上述技术问题，本发明提供了下述技术方案：

B1、A4所述的方法在小麦育种中的应用。

B2、小麦育种的方法，包括：检测小麦基因组A1所述SNP IWA1787位点的多态性，选择小麦基因组中所述SNP IWA1787位点为G的纯合型的小麦作为亲本进行育种。

下述含有检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)的物质的C1)-C3)中任一种产品也属于本发明的保护范围：

C1)检测与小麦抗条锈病相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

C2)鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性的产品；

C3)用于小麦育种的产品。

上述应用、方法和产品中，所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其位于小麦1D染色体短臂上抗条锈病QTL QYr.hbaas-1DS内，为序列表4第101位核苷酸，其为A或G。所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)具体可为检测IWA1787位点的核苷酸种类。小麦基因组中SNP IWA1787位点的基因型可为GG、AA或AG。所述GG是小麦基因组中所述SNP IWA1787位点为G的纯合型，所述AA是小麦基因组中所述SNP IWA1787位点为A的纯合型，所述AG是小麦基因组中所述SNP IWA1787位点为A和G的杂合型。A4所述方法中，所述根据待测小麦的基因型鉴定或辅助鉴定小麦的条锈病抗性可为基因型为GG的待测小麦条锈病抗性高于或候选高于基因型为AA的待测小麦条锈病的抗性。

上述应用、方法和产品中，所述小麦育种为培育抗条锈病小麦或选育抗条锈病小麦。

上述应用、方法和产品中，所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)的物质可为通过下述至少一种方法确定IWA1787的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。

上述应用、方法和产品中，所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型(即等位基因)的物质如下D1)、D2)或D3)：

D1)所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述SNP IWA1787位点在内的小麦基因组DNA片段的PCR引物；

D2)所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质为含有所述PCR引物的PCR试剂；

D3)含有D1)所述PCR引物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。

上述PCR引物为P1或P2：

P1、所述PCR引物为由核苷酸序列是序列表中序列1的第22-42位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中序列2的第22-42位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA组成的引物组；

P2、所述PCR引物为由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA和由序列表中序列3所示的单链DNA组成的引物组。

上述应用、方法和产品中，所述PCR引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如³²P；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(DIG)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(FRET)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、X射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。如所述PCR引物可为由核苷酸序列是序列表中序列1的第22-42位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中序列2的第22-42位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA组成的引物组，所述PCR引物也可为由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA和由序列表中序列3所示的单链DNA的引物组。序列表中序列1由42个核苷酸组成，第1-21位核苷酸为FAM序列(作为标记物)，第22-42位核苷酸为特异序列；序列表中序列2由42个核苷酸组成，第1-21位核苷酸为HEX序列(作为标记物)，第22-42位核苷酸为特异序列。

上述应用和方法和产品中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒、仪器和分析软件的组合产品，如由PCR引物、PARMS master mix试剂、酶标仪和在线软件SNP decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)组成的产品，由PCR引物、PARMS master mix试剂、在线软件SNP decoder和荧光定量PCR仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质。

上述应用、方法和产品中，所述抗条锈病的小麦品种中的抗条锈病是相对于杂交亲本小麦而言。如果两个杂交亲本小麦对条锈病的抗性相同，所述抗条锈病小麦品种的条锈病抗性可等于或高于杂交亲本小麦的条锈病抗性；如果两个杂交亲本小麦对条锈病的抗性不相同，所述抗条锈病小麦品种的条锈病抗性可等于或高于两个杂交亲本小麦中条锈病抗性较低的杂交亲本小麦。

本发明的一个实施例中，使用带有荧光标记的PARMS PCR引物扩增包括SNPIWA1787位点在内的小麦基因组DNA，利用酶标仪或荧光定量PCR仪对PARMS_PCR反应产物进行荧光数据读取，用在线软件SNP decoder进行荧光信号处理，确定了IWA1787位点的核苷酸类型。实验证明，在由240份国内外小麦品种(系)组建的GWAS群体中，使用PARMS PCR引物对SNP IWA1787位点分型结果与使用90K SNP芯片对SNP IWA1787位点的分型结果基本一致，说明PARMS PCR引物可以有效地检测SNP IWA1787位点的单核苷酸类型。其中SNPIWA1787位点为G的纯合型小麦品种(204个)的条锈病最大严重度平均值(MDS BLUP)为48.58％，SNPIWA1787位点为A的纯合型小麦品种(31个)的条锈病最大严重度平均值(MDS BLUP)为58.97％，GG基因型待测小麦品种的条锈病抗性显著高于或候选高于AA基因型的待测小麦品种，说明SNPIWA1787是与小麦条锈病抗性相关的SNP分子标记，可用于鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性，可用于小麦条锈病抗性品种的筛选，可用于小麦分子标记辅助育种，可用于抗条锈病小麦的选育和培育。IWA1787的多态性直接以DNA的形式表现，在小麦的各个组织及各个发育阶段均可检测到，有利于方便快捷地预测小麦条锈病抗性。在实际应用中，为了提高准确率，可将检测SNP IWA1787位点多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与小麦抗条锈病相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定小麦抗条锈病品种的产品。

附图说明

图1为引物组PARMS_IWA1787对待测小麦基因型的检测结果。左上方为IWA1787基因型为GG的小麦，右下方为IWA1787基因型为AA的小麦。

具体实施方式

下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。下述实施例中，如无特殊说明，序列表中各核苷酸序列的第1位均为相应DNA/RNA的5′末端核苷酸，末位均为相应DNA/RNA的3′末端核苷酸。

下述实施例中的铭贤169记载在“黄亮,刘太国,肖星芷,等.中国79个小麦品种(系)抗条锈病评价及基因分子检测[J].中国农业科学,2017,50(16):3122–3134.”一文中，公众可从申请人处获得该生物材料，该生物材料只为重复本发明的相关实验所用，不可作为其它用途使用。

在本发明的实施例中，所述条锈病由条锈菌生理小种CYR32、CYR33和CYR34引发。条锈菌生理小种CYR32、CYR33和CYR34记载在“张怀志,谢菁忠,陈永兴,刘旭,王勇,闫素红,杨兆生,赵虹,王西成,贾联合,曹廷杰,刘志勇.利用BSR-Seq定位小麦品种郑麦103抗条锈病基因YrZM103[J].作物学报,2017,43(11):1643-1649.”一文中，公众可以从中国农业科学院院植物保护研究所获得，该生物材料只为重复本发明的相关实验所用，不可作为其它用途使用。

实施例1、QYr.hbaas-1DS及其关联SNP标记的发现

供试材料：国内外小麦品种(系)240份组建的GWAS群体，见表1。所用材料记载于文献(Zhu Z,Chen L,Zhang W,Yang L,Li J,Liu Y,Tong H,Fu L,Liu J,Rasheed A,Xia X,He Z,Hao Y,Gao C,2020.Genome-wide association analysis of Fusarium headblight resistance in Chinese elite wheat lines.Frontiers in Plant Science,11:206)中，公众均可以从湖北省农业科学院粮食作物研究所处获得。

表1 GWAS群体品种(系)及其来源

^a为PARMS标记检测结果；^b为90K SNP芯片分型结果；^c5个环境下条锈病MDS BLUP值(Best linear unbiased prediction)，“NN”为数据缺失。

一、QYr.hbaas-1DS及其关联SNP标记的发现

1、条锈病抗性鉴定

2015-2016年度在四川郫县和四川新都，2013-2014年度、2016-2017年度和2018-2019年度在湖北武汉对该群体条锈病抗性进行田间接种鉴定。这五个环境的试验采用完全随机区组设计，两次重复。每小区2行，行长1m，行间距25cm。小区周围种植条锈病高感品种铭贤169作为诱发行。2013-2014年度湖北武汉用条锈菌生理小种CYR32和CYR33混合接种铭贤169，其余年份地点用CYR32和CYR34混合小种接种。当铭贤169的条锈病严重程度达到最高时，调查各小区条锈病最大严重度(MDS)，即发病最严重时叶片上条锈病孢子堆面积占总叶片面积的百分数。用R程序包lme4计算5个环境下表型BLUP值作为平均值，结果见表1中的条锈病MDS BLUP^c。

2、基因型分析

GWAS群体用90K SNP芯片进行基因型分析，选择其中22922个分型结果好的SNP用于后续分析，去掉缺失率超过20％、最小等位基因频率小于5％的标记，共剩余14577个SNP用于GWAS。

3、GWAS分析

采用Tassel v5.2.53和GAPIT软件kinship(K)+PCA方法的混合线性模型进行关联分析。当P≤0.001时，认为该标记与性状显著关联。

4、QYr.hbaas-1DS及其连锁SNP标记

关联分析发现位于1DS上抗条锈病位点，在四川郫县2015-2016环境下以及5个环境的BLUP值与条锈病抗性显著相关，解释表型变异4.9-6.0％，代表性关联标记为IWA1787。SNP位点IWA1787是小麦1D染色体短臂上抗条锈病QTL QYr.hbaas-1DS内的一个二等位多态性的SNP位点，抗条锈病QTL QYr.hbaas-1DS在小麦品种中国春参考基因组序列(IWGSC，http://www.wheatgenome.org)上物理位置为8.6Mb，SNP位点IWA1787的核苷酸种类为A或G(表2)。其侧翼序列如序列表中序列4所示，序列4中，r为a或g。IWA1787位点位于序列4的第101位，该处核苷酸为A或G。

表2 QYr.hbaas-1DS及其连锁SNP标记

^a代表性SNP标记，^b下划线所示为抗病等位基因，^c中国春参考基因组物理位置(IWGSC，http://www.wheatgenome.org)，^d解释表型变异。

二、PARMS_IWA1787标记专用引物的设计及其方法的建立

1、基因组特异引物设计

设计SNP IWA1787的染色体特异引物PARMS_IWA1787(序列1、序列2和序列3)，由生工生物工程股份有限公司(http://www.sangon.com)合成。

鉴定SNP位点IWA1787的PARMS引物为PARMS_IWA1787引物组如下：

PARMS_IWA1787A:5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAACAAAATGGAAACGGGTCA-3’(序列1)；

PARMS_IWA1787B:5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAACAAAATGGAAACGGGTCG-3’(序列2)；

PARMS_IWA1787C:5’-TGGTCGGTGTTTCGGTGAAT-3’(序列3)。

PARMS_IWA1787A中下划线序列为FAM序列；PARMS_IWA1787B中下划线序列为HEX序列。

上述序列1与序列3所示的单链DNA分子扩增SNP位点IWA1787为A的片段，用酶标仪或荧光定量PCR仪可读取到PARMS master mix中与FAM序列结合的荧光基团的荧光信号；

上述序列2与序列3所示的单链DNA分子扩增SNP位点IWA1787为G的片段，用酶标仪或荧光定量PCR仪可读取到PARMS master mix中与HEX序列结合的荧光基团的荧光信号。

2、检测方法建立

供试材料：国内外小麦品种(系)240份(表1)组建的GWAS群体。

表1的240份小麦品种，该标记GWAS群体检测结果与SNP IWA1787分型结果基本一致，说明该标记转化成功(表1)。

因此，SNP IWA1787标记可用于辅助检测待测小麦是否抗条锈病，并用于抗条锈病分子育种；具体方法如下：

检测待测小麦基因组中SNP位点IWA1787的基因型，按照如下方法判断：

SNP位点IWA1787基因型为GG的待测小麦的条锈病抗性高于或候选高于IWA1787基因型为AA的待测小麦。

上述检测待测小麦基因组中SNP位点IWA1787的基因型的方法有两种，一种为90KSNP芯片分析确定SNP位点IWA1787的基因型(以下简称IWA1787芯片基因型)，另一种是如下PARMS_IWA1787检测确定SNP位点IWA1787的基因型的方法：提取待测小麦的基因组DNA，加ddH₂O溶解作为模板，采用引物组PARMS_IWA1787进行PARMS反应。

上述PARMS反应体系如表3所示；

表3引物PARMS_IWA1787的PARMS反应体系

其中，2×PARMS master mix为武汉市景肽生物科技有限公司产品，货号为E001-2。

PARMS反应程序如表4所示：

表4引物PARMS_IWA1787的PARMS反应程序

利用酶标仪或荧光定量PCR仪对PARMS反应产物进行荧光数据读取，用在线软件SNP decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)进行荧光信号处理，若显示只有与FAM序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为AA(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为A的纯合型，以下简称PARMS_IWA1787基因型AA)；若显示只有与HEX序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为GG(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为G的纯合型，以下简称PARMS_IWA1787基因型GG)；若显示既有与FAM序列结合的荧光基团的荧光信号又有与HEX序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为AG(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为A和G的杂合型)。结果如图1所示，左上方为IWA1787基因型为GG的品种，右下方为IWA1787基因型为AA的品种；表明该标记可以区分IWA1787基因型，并进一步区分抗条锈病QTL QYr.hbaas-1DS的等位基因，该标记命名为PARMS_IWA1787。

实施例2、实际样本检测

供试材料：表1所示的GWAS群体品种。

一、条锈病抗性鉴定

同实施例1。

二、PARMS_IWA1787标记检测

提取待测小麦的基因组DNA，加ddH₂O溶解作为模板，采用实施例1的PARMS_IWA1787引物组进行实施例1的PARMS反应。利用酶标仪或荧光定量PCR仪对PARMS反应产物进行荧光数据读取，用在线软件SNP decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)进行荧光信号处理；若显示只有与FAM序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为AA(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为A的纯合型，以下简称PARMS_IWA1787基因型AA)；若显示只有与HEX序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为GG(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为G的纯合型，以下简称PARMS_IWA1787基因型GG)；若显示既有与FAM序列结合的荧光基团的荧光信号又有与HEX序列结合的荧光基团的荧光信号，则所述待测小麦SNP位点IWA1787的基因型为AG(即小麦基因组中SNP位点IWA1787为A和G的杂合型)。

240份小麦品种SNP位点IWA1787的基因型检测结果如表1的“PARMS_IWA1787检测^a”列，条锈病MDS平均值如表1的“条锈病MDS BLUP^c”列所示。根据基因型分型结果，计算各基因型条锈病MDS的BLUP平均值，见表5。结果表明，PARMS_IWA1787基因型为AA的小麦品种条锈病MDS BLUP显著高于PARMS_IWA1787基因型为GG的小麦品种条锈病MDS BLUP，说明SNP位点IWA1787为GG基因型小麦的条锈病抗性显著高于SNP位点IWA1787为AA基因型的小麦。

表5 PARMS_IWA1787不同基因型品种条锈病抗性差异

PARMS_IWA1787基因型	品种个数	条锈病MDS BLUP(％)
			AA	31	58.97
GG	204	48.58

序列表

<110> 湖北省农业科学院粮食作物研究所

<120> 一种与小麦条锈病相关的1DS染色体上的SNP分子标记的应用

<130> GNCSQ201005

<160> 4

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 42

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial sequence）

<400> 1

gaaggtgacc aagttcatgc tgaacaaaat ggaaacgggt ca 42

<210> 2

<211> 42

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial sequence）

<400> 2

gaaggtcgga gtcaacggat tgaacaaaat ggaaacgggt cg 42

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial sequence）

<400> 3

tggtcggtgt ttcggtgaat 20

<210> 4

<211> 201

<212> DNA

<213> 小麦（Triticum aestivum L.）

<400> 4

atcaaatggt tttcatcagg tgttacagac cacccaagat ttattaagac tgtaaacaag 60

ggtgaaaata cagaatacta gaacaaaatg gaaacgggtc rctccaatta ttgcagagaa 120

ctgagaaagg gaaatgtaga caggtacatg attattcacc gaaacaccga ccagcgccat 180

tttgtcactc atcctgtgac a 201

Claims

1.检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性中的应用；所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第101位核苷酸。

2.检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性产品中的应用；所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第101位核苷酸。

3.检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质在小麦育种中的应用或在制备小麦育种产品中的应用，所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第101位核苷酸。

4.鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性的方法，包括检测待测小麦的基因型，根据待测小麦的基因型鉴定或辅助鉴定小麦的条锈病抗性；所述基因型为小麦基因组中SNP IWA1787位点的基因型；所述SNP IWA1787位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第101位核苷酸。

5.权利要求4所述的方法在小麦育种中的应用。

6.小麦育种的方法，包括：检测小麦基因组中权利要求1中所述SNP IWA1787位点的多态性，选择小麦基因组中所述SNP IWA1787位点为G的纯合型小麦作为亲本进行育种。

7.含有检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质的产品，为C1)-C3)中任一种产品：

C2)鉴定或辅助鉴定小麦条锈病抗性的产品；

C3)用于小麦育种的产品。

8.根据权利要求1-3和5中任一所述的应用、权利要求4或6所述的方法或权利要求7所述的产品，其特征在于：所述小麦育种为培育抗条锈病小麦或选育抗条锈病小麦。

9.根据权利要求1-3、5和8中任一所述的应用、权利要求4、6或8所述的方法或权利要求7或8所述的产品，其特征在于：所述检测小麦基因组中SNP IWA1787位点的多态性或基因型的物质为如下D1)、D2)或D3)：

D3)含有D1)所述PCR引物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。

10.根据权利要求9所述的应用、方法或产品，其特征在于：所述PCR引物为P1或P2：