CN108977440A - 一种用于检测中麦895抗条锈病qtl的分子标记及使用方法 - Google Patents

一种用于检测中麦895抗条锈病qtl的分子标记及使用方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于检测中麦895抗条锈病QTL的分子标记及使用方法。本专利利用小麦660K SNP芯片分析扬麦16/中麦895双单倍体群体(Doubled Haploid，DH)基因型，构建高密度连锁图谱，结合田间条锈病抗性鉴定，在2A染色体长臂(2AL)上定位到一个主效抗条锈病位点QYr.caas‑2AL，解释表型变异高达44.0％～56.4％，抗性等位基因来自中麦895。在此基础上，本发明开发了与QYr.caas‑2AL紧密连锁的CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences)标记Yr‑2AL‑CAPS，为抗条锈病小麦育种提供了良好工具。

Description

一种用于检测中麦895抗条锈病QTL的分子标记及使用方法
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于检测中麦895抗条锈病QTL的分子标记及使用方法。
背景技术
小麦条锈病是一种由小麦条锈菌(Puccinia striiformis f.sp.tritici)引起的、世界范围内广泛发生的真菌病害。条锈病对小麦生产危害巨大，在病害流行年份可造成小麦严重减产甚至绝收。中国是小麦条锈病发病面积最广、损失程度最重的国家，年发生面积约420万hm2，主要发生在西北和西南地区，包括陕西、甘肃、河南南部、湖北、四川和云南等地。
选育并合理运用抗病品种是防治小麦条锈病最经济有效的方法。国内外对条锈病抗性遗传进行了大量研究。迄今，已正式命名的小麦条锈病抗性基因有70多个。由于小麦条锈菌生理小种复杂多变，一些抗病基因已丧失抗性，发掘新的抗病基因并开发其连锁标记对丰富条锈病抗源、更好进行抗病育种意义重大。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于检测中麦895抗条锈病QTL的分子标记及使用方法。
本发明首先保护特异引物对；所述特异引物对由引物P4659F和引物P4659R组成；
所述引物P4659F为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；
(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代且与序列1具有相同功能的DNA分子；
所述引物P4659R为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子。
所述引物P4659F和所述引物P4659R的摩尔比为1:1。
所述特异引物对的用途为如下(b1)-(b6)中的至少一种：
(b1)筛选或辅助筛选抗条锈病小麦；
(b2)抗条锈病小麦育种；
(b3)检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL的基因型；
(b4)制备用于筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的试剂盒；
(b5)制备用于抗条锈病小麦育种的试剂盒；
(b6)制备用于检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的试剂盒。
本发明还保护所述特异引物对的应用，如下(b1)-(b6)中的至少一种：
(b1)筛选或辅助筛选抗条锈病小麦；
(b2)抗条锈病小麦育种；
(b3)检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL的基因型；
(b4)制备用于筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的试剂盒；
(b5)制备用于抗条锈病小麦育种的试剂盒；
(b6)制备用于检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的试剂盒。
本发明还保护含有所述特异引物对的试剂盒；所述试剂盒的应用为如下(c1)-(c3)中的至少一种：
(c1)筛选或辅助筛选抗条锈病小麦；
(c2)抗条锈病小麦育种；
(c3)检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型。
本发明还保护筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的方法(方法甲)，包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，用BSiE I酶切扩增产物，如果酶切产物中具有416bp的DNA片段且不具有231bp和185bp的DNA片段，则待测小麦为或候选为抗条锈病小麦。
本发明还保护筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的方法(方法乙)，包括如下步骤：检测待测小麦基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲和特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲且不具有特异DNA片段乙，则待测小麦为或候选为抗条锈病小麦；
所述特异DNA片段甲为序列3或其反向互补序列；
所述特异DNA片段乙为序列4或其反向互补序列。
本发明还保护检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的方法(方法丙)，包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，用BSiE I酶切扩增产物，如果酶切产物中具有416bp的DNA片段且不具有231bp和185bp的DNA片段，则待测小麦为或候选为携带抗条锈病QTL QYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦。
本发明还保护检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的方法(方法丁)，包括如下步骤：检测待测小麦基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲和特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲且不具有特异DNA片段乙，则待测小麦为或候选为携带抗条锈病QTL QYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦；
所述特异DNA片段甲为序列3或其反向互补序列；
所述特异DNA片段乙为序列4或其反向互补序列。
以上任一所述方法中，所述PCR扩增的反应体系具体可为：模板DNA(30ng/μL)2μL，引物P4659F(10μM)0.5μL，引物P4659R(10μM)0.5μL，2×PCR Mix(0.1UμL-1Taq酶、500μmolL-1dNTPs、20mmol L-1Tri-HCl、10mmol L-1KCl、3mmol L-1MgCl2)10μL，ddH2O 7μL。
以上任一所述方法中，所述PCR扩增的反应程序具体可为：95℃预变性5min；94℃变性30s，62℃退火30s，72℃延伸1min 30s，共35个循环；72℃延伸5min；4℃保存。
本发明还保护以上任一所述的特异DNA片段甲和/或特异DNA片段乙。
本发明还保护以上任一所述的方法在抗条锈病小麦育种中的应用。
本发明还保护以上任一所述的特异DNA片段甲和/或特异DNA片段乙在抗条锈病小麦育种中的应用。
本发明还保护抗条锈病小麦育种方法，为方法A或方法B；
所述方法A包括如下步骤：将按照方法甲或方法乙筛选得到的抗条锈病小麦作为育种材料；
所述方法B包括如下步骤：将按照方法丙或方法丁筛选得到的携带抗条锈病QTLQYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦作为育种材料。
在实际应用中，可用含QYr.caas-2AL抗病等位基因的抗条锈病亲本中麦895与不含该等位基因的感病亲本杂交，在分离世代用方法丙或方法丁选择含QYr.caas-2AL抗病等位基因的单株，直至选育出含QYr.caas-2AL纯合抗病等位基因的稳定品系。分离世代含QYr.caas-2AL纯合抗病等位基因的单株酶切产物仅显示一个大小为416bp的条带，杂合单株显示三个条带，大小分别为416bp、231bp和185bp；含QYr.caas-2AL纯合感病等位基因的单株显示两个条带，大小分别为231bp和185bp。在实际应用中，可根据实际情况，选择呈现一个条带的QYr.caas-2AL抗病等位基因纯合单株和三个条带的杂合单株或仅选择抗病等位基因纯合单株。对于选择的杂合单株，需在其下一代再进行一次标记检测并选择含QYr.caas-2AL纯合抗病等位基因的单株，也可用所选亲本与中麦895的F1与所选亲本回交，用上述方法选择BC1F1中QYr.caas-2AL位点杂合单株，并在其下一代再进行一次标记检测并选择含QYr.caas-2AL纯合抗病等位基因单株。
以上任一所述416bp的DNA片段为序列3或其反向互补序列。
以上任一所述231bp的DNA片段为序列5或其反向互补序列。
以上任一所述185bp的DNA片段为序列6或其反向互补序列。
以上任一所述QYr.caas-2AL位于小麦2A染色体长臂(2AL)上，LOD值为26.6～30.9，解释表型变异44.0％～56.4％，抗性等位基因来自中麦895。
以上任一所述条锈病可为但不限于由条锈菌生理小种CYR32和CYR33引发的条锈病。
以上任一所述小麦可为但不限于如下品种中的任一种或任几种：扬麦16、中麦895、扬麦16/中麦895DH群体，以及实施例部分表2中所示的133份小麦品种。
本专利利用小麦660K SNP芯片分析扬麦16/中麦895双单倍体群体(DoubledHaploid，DH)基因型，构建高密度连锁图谱，结合田间条锈病抗性鉴定，在2A染色体长臂(2AL)上定位到一个主效抗条锈病位点QYr.caas-2AL，解释表型变异达44.0％～56.4％，抗性等位基因来自中麦895。在此基础上，本发明开发了与QYr.caas-2AL紧密连锁的CAPS(cleaved amplifiedpolymorphic sequences)标记，为小麦育种提供了良好工具。
附图说明
图1为QYr.caas-2AL及其连锁SNP标记在2A连锁图(部分)中的位置。
图2为引物P4659扩增中麦895、扬麦16结果。M:DL2000DNAmarker；1:中麦895；2:扬麦16。
图3为中麦895、扬麦16P4659扩增产物BSiE I识别序列及切割位点。筐内序列为BSiE I识别序列；三角符号为BSiEI切割位点；下划线所示中麦895碱基为突变位点，该突变导致BSiE I不能识别。
图4为中麦895、扬麦16和DH群体部分家系Yr-2AL-CAPS检测结果。M:DL2000DNAmarker；1:中麦895；2～4:基因型与中麦895相同的DH家系；5:扬麦16；6～8:基因型与扬麦16相同的DH家系。1～4条带大小为416bp；5～8条带大小为231bp和185bp。
图5为Yr-2AL-CAPS不同基因型品种条锈病严重度平均值比较。*表示在0.05水平差异显著。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
条锈病严重度(disease severity，DS)：条锈孢子堆面积占叶片总面积的百分数。
中麦895：中国农业科学院作物科学研究所和中国农业科学院棉花研究所合作选育的高产、抗病、广适性小麦新品种，田间表现抗条锈病。参考文献：何中虎,阎俊,张勇.高产矮秆抗倒广适小麦新品种中麦895的选育及栽培要点[J].作物杂志,2013(5):154–155.公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
扬麦16：江苏里下河地区农业科学研究所育成的春性中筋小麦新品种，田间表现感条锈病。参考文献：陆成彬,程顺和,张伯桥,等.优质中筋小麦新品种扬麦16特征特性与高产栽培技术[J].江苏农业科学,2006(3):112.公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
铭贤169：参考文献：黄亮,刘太国,肖星芷,等.中国79个小麦品种(系)抗条锈病评价及基因分子检测[J].中国农业科学,2017,50(16):3122–3134.公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
条锈菌生理小种CYR32和CYR33：参考文献：黄亮,刘太国,肖星芷,等.中国79个小麦品种(系)抗条锈病评价及基因分子检测[J].中国农业科学,2017,50(16):3122–3134.公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
实施例3中所示的133份小麦材料记载于文献：朱展望,徐登安,程顺和,等.中国小麦品种抗条锈病基因Fhb1的鉴定与溯源[J].作物学报,2018,44(4):473–482.公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
实施例1、抗条锈病QTL QYr.caas-2AL及其连锁标记的获得
供试材料：中麦895、扬麦16和以扬麦16为母本，中麦895为父本采用小麦玉米杂交技术构建的DH群体(含174个家系)。
田间条锈病抗性鉴定：2016～2017年度种植于湖北武汉，2017～2018年度种植于陕西杨凌。试验区种植感病品种铭贤169作为诱发行，用条锈菌生理小种CYR32和CYR33接种于诱发行，促进发病。试验采用完全随机区组设计，两次重复，单行区，行长1m，行距0.25m，每行播种50粒种子，每隔18行加2行亲本作对照。待感病品种铭贤169条锈病严重度达到最大时，调查各家系条锈病严重度。
田间数据分析：用SAS 9.2软件PROC CORR模型计算条锈病严重度的Pearson相关系数。相关分析表明，2016～2017年度武汉重复间相关系数为0.80(P<0.01)，2017～2018年度杨凌重复间相关系数为0.76(P<0.01)，两个环境下条锈病严重度相关系数为0.75(P<0.01)，说明该群体田间表型数据的有效性。
遗传图谱构建：除去标记缺失率高于20％的DH系，除去无多态性、缺失率大于10％及两种基因型比例大于7:3或小于3:7的偏分离标记。用IciMappingV4.0的BIN-Mapping功能对剩余的多态性标记进行优化处理，以用于遗传图谱构建。利用JoinMap V4.0和MSTmapOnline进行遗传图谱的构建。
QTL定位：用IciMapping V4.0复合区间作图(CIM)对扬麦16/中麦895DH群体条锈病抗性进行QTL定位，选取LOD值2.5作为阈值。QTL定位发现位于2AL上的主效抗病位点(图1)，两侧标记为AX-109522844和AX-94458894，LOD值为26.6～30.9，解释表型变异44.0％～56.4％，该位点记为QYr.caas-2AL。两侧标记AX-109522844和AX-94458894的遗传位置分别为64.94cM和65.10cM，在中国春参考基因组(IWGSC RefSeqv1.0)上的物理位置分别为2A染色体709.7Mb和711.0Mb。选取该位点附近的多个SNP标记，用于QYr.caas-2AL紧密连锁的CAPS标记开发。
实施例2、Yr-2AL-CAPS标记方法的建立
一、基因组特异引物设计
AX-95094659在连锁图2A上的遗传位置为65.86cM，在中国春参考基因组(IWGSCRefSeq v1.0)上的物理位置为711.1Mb，与QYr.caas-2AL两侧标记AX-109522844和AX-94458894遗传位置和物理位置均极为接近，可用于标记开发。用SNP AX-95094659的侧翼序列(序列7)，在EnsemblPlants数据库(http://plants.ensembl.org)比对，获取其同源序列，设计其2A染色体特异引物P4659(序列1和序列2)，由北京擎科新业生物技术有限公司合成。
P4659F：5’-TAACTTTGTTCGCACGGACCAA-3’(序列1)；
P4659F：5’-TCACTCACAAACTCAACTCCTTCG-3’(序列2)。
二、检测方法建立
供试材料：中麦895、扬麦16和以扬麦16为母本、中麦895为父本采用小麦玉米杂交技术构建的DH群体(含174个家系)。
1、提取待测小麦的基因组DNA，加ddH2O稀释其浓度至30ng/μL。
2、以步骤1得到的基因组DNA为模板，采用引物特异引物P4659进行PCR扩增，得到PCR产物。
PCR体系见表1。
PCR程序：95℃预变性5min；94℃变性30s，62℃退火30s，72℃延伸1min30s，共35个循环；72℃延伸5min；4℃保存。
表1、引物P4659的PCR体系
3、用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测步骤2得到的PCR产物并将产物测序。中麦895和扬麦16扩增片段长度均为416bp(图2)，经测序，中麦895的扩增片段见序列3，扬麦16扩增片段见序列4。
4、用BSiE I内切酶(识别序列和酶切位点为5′-CGRY/CG-3′)分别对扬麦16(5′-CGACCG-3′)和中麦895(5′-CGACCA-3′)的PCR产物60℃下过夜(12h)酶切(图3)。酶切反应体系10μL，含PCR产物4μL，10×Buffer 1μL，BSiE I 0.3μL，ddH2O 4.7μL。
5、用2.0％琼脂糖凝胶电泳检测步骤4的酶切产物并对其进行测序。结果表明：扬麦16PCR产物经BSiE I酶切后可得到大小为231bp的片段(序列5)和185bp的片段(序列6)，而中麦895扩增产物不会被酶切(图4)。酶切产物电泳条带差异可区分扬麦16和中麦895在该位点基因型，该标记记为Yr-2AL-CAPS。
174个家系Yr-2AL-CAPS标记基因型与AX-95094659芯片基因型有8个家系存在差异，放入原图谱位置相近，说明芯片标记AX-95094659成功转化为CAPS标记。
因此，可以用如下方法判断待测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL的等位基因：
用P4659扩增待测小麦的基因组DNA，得到扩增产物，用BSiE I酶切扩增产物，得到酶切产物，琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，根据电泳结果判断待测小麦的抗条锈病QTLQYr.caas-2AL的等位基因：
如果测材料扩增产物不被BSiEI酶切，电泳显示单一条带，大小为416bp，则待测材料该位点基因型与中麦895相同，推测含有QYr.caas-2AL抗病等位基因，抗条锈病；
如果待测材料扩增产物能被BSiE I酶切，电泳显示两个条带，大小分别为231bp和185bp，则待测材料该位点基因型与扬麦16相同，推测含有QYr.caas-2AL感病等位基因，感条锈病。
实施例3、实际样本检测
供试材料：我国不同省份小麦品种133份，具体见表2。
1、条锈病抗性鉴定
133份小麦品种于2015～2016年度和2016～2017年度种植于武汉，进行条锈病抗性田间鉴定。试验区种植感病品种铭贤169作为诱发行，用条锈小种CYR32和CYR33接种于诱发行，促进发病。试验采用完全随机区组设计，两次重复，单行区，行长1m，行距0.25m，每行播种50粒种子。待群体条锈病发病至最大严重度时，调查各品种条锈病严重度。两年条锈病严重度平均值用于后续分析。
2、Yr-2AL-CAPS标记检测
按照实施例2中的方法进行检测，以中麦895和扬麦16作为对照。
133份小麦品种标记检测结果和条锈病严重度平均值如表2所示。
结果表明，38份与中麦895基因型相同，推测含QYr.caas-2AL抗病等位基因，DS平均值为35.8％；95份与扬麦16基因型相同，推测含QYr.caas-2AL感病等位基因，DS平均值为48.0％。含QYr.caas-2AL抗病等位基因品种DS平均值比含QYr.caas-2AL感病等位基因品种低25.4％。用SAS9.2统计软件PROC TTEST模型进行t检验，其差异在0.05水平显著(P＝0.011)(图5)。
表2、133份小麦品种Yr-2AL-CAPS标记检测结果及其条锈病DS值
*注：“+”表示该位点基因型与中麦895相同，推测含QYr.caas-2AL抗病等位基因，“-”表示该位点基因型与扬麦16相同，推测含QYr.caas-2AL感病等位基因。
序列表
<110> 中国农业科学院作物科学研究所
<120> 一种用于检测中麦895抗条锈病QTL的分子标记及使用方法
<160> 7
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
taactttgtt cgcacggacc aa 22
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tcactcacaa actcaactcc ttcg 24
<210> 3
<211> 416
<212> DNA
<213> 小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 3
taactttgtt cgcacggacc aaactgtagt agctgaacct gacgctgtgc aactgttcct 60
tctgtcatct ttcaggtgaa gatcagcagc attgagggag acactgtagc tatctatttc 120
tcggcctcat ggtgcccgcc atgccagcgg tttacaccaa agcttattga agcatacaaa 180
gaactttcct caaatggcaa gagctttgag gtgatctttg tttcaggcga ccaagatgag 240
gaagcattca atgcctattt tgcaaagatg ccgtggttgg cagttccttt ctccgactct 300
gaaggccgta aaagccttga tgagcggttt gaggtcaacg gtattccaca ccttgtattc 360
cttgatgcaa aaactggcga agttcttact gacgaaggag ttgagtttgt gagtga 416
<210> 4
<211> 416
<212> DNA
<213> 小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 4
taactttgtt cgcacggacc aaactgtagt agctgaacct gacgctgtgc aactgttcct 60
tctgtcatct ttcaggtgaa gatcagcagc attgagggag acactgtagc tatctatttc 120
tcggcctcat ggtgcccgcc atgccagcgg tttacaccaa agcttattga agcatacaaa 180
gaacttacct caaatggcaa gagctttgag gtgatctttg tttcaggcga ccgagatgag 240
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gaaggccgta aaagccttga tgagcggttt gacgtcaacg gtattccaca ccttgttttc 360
cttgatgcaa aaactggcga agttcttact gacgaaggag ttgagtttgt gagtga 416
<210> 5
<211> 231
<212> DNA
<213> 小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 5
taactttgtt cgcacggacc aaactgtagt agctgaacct gacgctgtgc aactgttcct 60
tctgtcatct ttcaggtgaa gatcagcagc attgagggag acactgtagc tatctatttc 120
tcggcctcat ggtgcccgcc atgccagcgg tttacaccaa agcttattga agcatacaaa 180
gaacttacct caaatggcaa gagctttgag gtgatctttg tttcaggcga c 231
<210> 6
<211> 185
<212> DNA
<213> 小麦(Triticum aestivum L.)
<400> 6
cgagatgagg aagcattcaa tgcctatttt gcaaagatgc cgtggttggc agttcctttc 60
tccgactccg aaggccgtaa aagccttgat gagcggtttg acgtcaacgg tattccacac 120
cttgttttcc ttgatgcaaa aactggcgaa gttcttactg acgaaggagt tgagtttgtg 180
agtga 185
<210> 7
<211> 71
<212> DNA
<213> 小麦(Triticum aestivum L.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (36)..(36)
<223> r=a or g
<400> 7
caagagcttt gaggtgatct ttgtttcagg cgaccragat gaggaagcat tcaatgccta 60
ttttgcaaag a 71

Claims (10)

1.特异引物对；所述特异引物对由引物P4659F和引物P4659R组成；
所述引物P4659F为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；
(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代且与序列1具有相同功能的DNA分子；
所述引物P4659R为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子。
2.权利要求1所述特异引物对的应用，为如下(b1)-(b6)中的至少一种：
(b1)筛选或辅助筛选抗条锈病小麦；
(b2)抗条锈病小麦育种；
(b3)检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL的基因型；
(b4)制备用于筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的试剂盒；
(b5)制备用于抗条锈病小麦育种的试剂盒；
(b6)制备用于检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的试剂盒。
3.含有权利要求1所述特异引物对的试剂盒；所述试剂盒的应用为如下(c1)-(c3)中的至少一种：
(c1)筛选或辅助筛选抗条锈病小麦；
(c2)抗条锈病小麦育种；
(c3)检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型。
4.筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的方法，包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用权利要求1所述的特异引物对进行PCR扩增，用BSiE I酶切扩增产物，如果酶切产物中具有416bp的DNA片段且不具有231bp和185bp的DNA片段，则待测小麦为或候选为抗条锈病小麦。
5.筛选或辅助筛选抗条锈病小麦的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲和特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲且不具有特异DNA片段乙，则待测小麦为或候选为抗条锈病小麦；
所述特异DNA片段甲为序列3或其反向互补序列；
所述特异DNA片段乙为序列4或其反向互补序列。
6.检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的方法，包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用权利要求1所述的特异引物对进行PCR扩增，将扩增产物使用BSiE I酶切，如果酶切产物中具有416bp的DNA片段且不具有231bp和185bp的DNA片段，则待测小麦为或候选为携带抗条锈病QTL QYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦。
7.检测或辅助检测小麦抗条锈病QTL QYr.caas-2AL基因型的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲和特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲且不具有特异DNA片段乙，则待测小麦为或候选为携带抗条锈病QTLQYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦；
所述特异DNA片段甲为序列3或其反向互补序列；
所述特异DNA片段乙为序列4或其反向互补序列。
8.权利要求5中所述的特异DNA片段甲和/或特异DNA片段乙。
9.权利要求4至7任一所述的方法，或，权利要求8所述的特异DNA片段甲和/或特异DNA片段乙，在小麦育种中的应用。
10.抗条锈病小麦育种方法，为方法A或方法B；
所述方法A包括如下步骤：将按照权利要求4或5所述方法筛选得到的抗条锈病小麦作为育种材料；
所述方法B包括如下步骤：将按照权利要求6或7所述方法筛选得到的携带抗条锈病QTLQYr.caas-2AL抗病等位基因的小麦作为育种材料。
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