CN111424036A - 水稻新Wx等位基因及其在育种中的应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种新的Wx等位基因，在野生型等位基因Wx^lv的基础上，第一内含子的第1位的G被T取代，并且翻译的肽链第224位的酪氨酸被丝氨酸取代，所述等位基因Wx^lv的序列如SEQ ID NO:2所示；还涉及上述新Wx等位基因在谷物育种中的应用。该等位基因可赋予稻米不同的外观和食用品质，包括透明度、直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度和黏度。可通过通过杂交育种的方法导入Wx^la等位基因，或者通过遗传操作的方法导入Wx^la等位基因或将原有的其他类型的等位基因定点突变成Wx^la等位基因，改变稻米的外观和食用品质，优化稻米品种。该Wx等位基因也可期望用于其他具有类似代谢路径的谷物中，例如小麦、玉米等。

Description

水稻新Wx等位基因及其在育种中的应用

技术领域

本发明涉及水稻分子育种领域，更特别地，涉及一种水稻新Wx等位基因及其在育种中的作用。

背景技术

大米是世界上重要的谷物之一，是超过三分之一世界人口的主粮。随着经济发展和生活水平改善，大米的品质已经成为大米生产的一个重要因素，影响其市场价值和农民收入。因此，有科学家提出来绿色超级稻的概念，旨在研发出产量高品质好的环境友好型水稻品种。精加工的白米是大米的主要商品形式，其外观和味道是消费者最看重的特征。外观品质主要决定于谷物的形状和透明度而食味品质受到多个理化特征的影响，包括直链淀粉含量(AAC)、胶稠度(GC)、糊化温度(GT)和黏度。弄清大米的食味品质和食味间的关系、揭示它们的遗传基础是实现绿色超级稻育种目标的一项主要任务。

已经有一些关于大米食味品质遗传基础研究的报道。Wx基因编码颗粒结合型淀粉合成酶I(GBSSI)，并且控制胚乳中的直链淀粉含量，已被证明是影响食味品质的主要因子。在糯稻中，Wx基因第二外显子中具有23bp重复，导致翻译提前终止，缺失GBSSI功能。Wx具有一些等位基因，表现出不同的GBSSI活性，影响直链淀粉含量。Wx^lv被报道为大米中Wx基因的祖先等位基因，Wx^a、Wx^b和Wxⁱⁿ是三种主要的Wx等位基因，衍生自Wx^lv。GT主要由ALK基因控制，该基因编码可溶性淀粉合成酶II(SSIIa)，并正向地调节GT。大多数籼稻品种因为增强的ALK，导致中链和长链的支链淀粉含量升高，故而具有高GT。

尽管已经有了以上研究和其他研究，但是大米的食味品质和食味之间的关系以及它们的遗传基础仍然不清楚。感官测试是一种直接评价大米食味的方式，然而该方式无法用于育种和大多数其他研究，因为该方法需要许多专业的品尝员和大量标准一致的米饭。而食味分析仪可以准确地预测米饭的食味值，并且测试条件易于控制，适用于科学研究。

发明内容

在本研究中，我们使用大米食味分析仪进行食味评分，用于研究533份水稻品种中大米食味和食味品质的关系。我们对食味评分和食味品质进行了全基因组分析，以解析遗传对食味品质的重要性，并鉴定了一个新的Wx等位基因，及分析其对大米的食味和食味品质的影响。

基于以上研究，本发明提供了一种水稻新Wx等位基因，在野生型等位基因Wx^lv的基础上，第一内含子的第1位的G到T的变异导致Wx蛋白的表达量下降，并且翻译的肽链第224位的酪氨酸被丝氨酸取代(例如，第六外显子第62位碱基A到C的变异导致)，所述等位基因Wx^lv的序列如SEQ ID NO:2所示。

在一个具体实施方案中，所述新Wx等位基因序列如SEQ ID NO:1所示。

本发明还提供了上述新Wx等位基因在谷物育种中的应用。

在一个优选实施方案中，所述谷物为水稻。

本发明还提供了一种改变大米外观和/或食味品质的方法，包括使生产所述大米的稻种中含有上述新Wx等位基因的步骤。

在一个具体实施方案中，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过向所述稻种中转入所述新Wx等位基因的方法实现。

在一个具体实施方案中，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过对所述稻种原有的Wx等位基因进行定向突变的方法实现。

在一个具体实施方案中，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过将所述稻种与含有所述新Wx等位基因的稻种进行杂交，并通过人工筛选引入所述新Wx等位基因来实现。

本发明提供了新的Wx等位基因Wx^la，该等位基因可赋予稻米不同的外观和食用品质，包括透明度、直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度和黏度。可通过杂交育种的方法导入Wx^la等位基因，或者通过遗传操作的方法导入Wx^la等位基因或将原有的其他类型的等位基因定点突变成Wx^la等位基因，改变稻米的外观和食味品质，优化稻米品种。该Wx等位基因也可期望用于其他具有类似代谢路径的谷物中，例如小麦、玉米等。

附图说明

图1为描述所有栽培稻品种中的品质特征表型之间的皮尔森相关系数的热图；

图2为澳洲稻(Aus)、籼稻(Ind)和粳稻(Jap)的品质特征的表型分布图；

图3为所有栽培稻品种中的AAC关联分析的曼哈顿图(Manhattan plot)，虚线表示显著性阈值(-log₁₀(P)＝7.18)；

图4为染色体6上的显著性峰周围的区域曼哈顿图和连锁不平衡(LD)热图；

图5为所有栽培稻中的不同Wx等位基因的基因型和对应的表型；

图6为具有不同Wx等位基因的水稻所展示的糙米和精米的外观；

图7为不同Wx等位基因的RVA黏度特性；

图8为ZN、ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp所产的精米的外观；

图9为ZN、ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp所产的大米的AAC、GC、GT和味道评分表型；

图10为ZN、ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp所产的大米的黏度特性；

图11为ZN、ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp胚乳在发育过程中GBSSI活性；

图12为三种Wx等位基因编码的GBSSI的三维结构；

图13为通过扫描电镜(SEM)检测的ZN、ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp所产大米淀粉颗粒的显微照片，其中，a、e和i对应ZN-Wx^b，b、f和j对应ZN-Wx^la，c、g和k对应ZN-Wx^mp，d、h和l对应ZN。

具体实施方式

以下结合附图对本发明的原理和特征进行描述，所举实例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。

1、样品来源

本发明使用的水稻材料包括533个栽培稻品种，包括50个澳洲稻品种(aus)、305个籼稻品种(indica)和178个粳稻品种(japonica)。每个栽培稻品种萌发约36粒种子，并于武汉试验田中(N30.49°,E114.36°)种植两年，采收稻谷，干燥并在室温下储存至少3个月，然后用于后续实验。

2、食味评分与食味品质特征之间的关系

为了分析味道评分(TSS)与食用品质特征之间的关系，我们研究了533个水稻品种中的AAC、GC、GT、黏度和味道评分。

使用精米粉根据Bao等(Bao,J等，Analysis of genotypic diversity in thestarch physicochemical properties of nonwaxy rice:Apparent amylose content,pasting viscosity and gel texture.Starch-

58,259-267(2006))的方法测量AAC和GC。将精米浸渍于KOH溶液中，根据分解程度来确定糊化温度，对应分解量分为1-7个级别(Gao,Z等，Map-based cloning of the ALK gene,which controls thegelatinization temperature of rice.Science in China Series C:Life Sciences46,661-668(2003))。米粉黏度特性使用快速黏度分析仪(RVA)评估，包括6个参数，最高黏度(PKV)、热浆黏度(HPV)、崩解值(BDV)、冷胶黏度(CPV)、消减值(SBV)和回复值(CSV)。使用大米食味鉴定团(包含一台食味仪、一台测鲜仪及一台粘度和硬度分析仪)给米饭进行味道评分。食味评分(TSS)在非糯性品种中的变异范围为30-87.8。TSS与GC、PKV和BDV正相关，并且与AAC、SBV和CSV负相关(图1)。在这些品质特征中，BDV和SBV对TSS的贡献最大。

栽培稻中存在亚群分化，尤其是籼稻亚种与粳稻亚种之间。食味品质特征也呈现明显不同的分布(图2)。上述533个水稻品种包括50个澳洲稻(Aus)品种、305个籼稻(Ind)品种和178个粳稻(Jap)品种。籼稻品种的ACC比粳稻更高，这是Wx等位基因的不同分布导致的。粳稻与籼稻相比，具有高TSS和BDV，以及低SBV。

3、与食味品质相关的主效基因Wx

我们针对所有533个水稻品种的9个食味品质特征和食味评分进行全基因组关联研究(GWAS)。

分别对籼稻、粳稻和所有品种进行品质性状的全基因组关联研究，在每个分析组中，仅选择次要位点频率(MAF)＞5％、缺失率＜15％的SNP进行关联分析。我们最终获得了520万个高质量SNP，用于评估群体结构和亲缘关系，以及，用于GWAS。GWAS中的全基因组显著性阈值使用改进的Bonferroni校正确定，对全部品种、籼稻和粳稻计算的全基因组显著性阈值分别为：P＝6.6×10^-8,8.7×10^-8，2.0×10^-7。

根据以上分析，Wx基因被鉴定为AAC、GC、RVA特性和味食评分的主效基因，而ALK被鉴定为影响GT的主效基因。由于Wx基因周围连锁不平衡程度较弱，第6号染色体上AAC的峰值SNP直接定位为于Wx基因的功能变异位点(图3和4)。内含子1中的G-T的SNP变异(Int1-1)将栽培稻分成高AAC基因型和中等AAC基因型，并且，该变异可解释60.2％的AAC表型变异和33.63％的TSS表型变异。我们对所有Wx变体进行了逐步回归分析，并鉴定了另外5个已知的功能变异。其中Int1-1、Ex2-112、Ex4-77和Ex6-62为四个主要变体，它们解释了高达80.64％的AAC表型变异(图5)。不同的Wx等位基因导致了不同的AAC、GC、食味评分、外观和RVA参数(图5-7)。

4、新Wx等位基因Wx^la

除了已知的Wx等位基因以外，我们还鉴定到一个新的Wx等位基因，Wx^la(核酸序列如SEQ ID NO:1所示)。该等位基因与野生型Wx等位基因Wx^lv(核酸序列如SEQ ID NO:2所示)相比，第一内含子的第1位的G到T的变异导致Wx蛋白的表达量下降，并且第六外显子第62位碱基A到C的变异导致翻译的肽链第224位的酪氨酸被丝氨酸取代。该等位基因具有低AAC、高GC、良好的RVA特征和高TSS。由于该等位基因表现出低AAC(lowAAC)和透明(transparentappearance)的外观，我们将它命名为Wx^la(图5和6)。Wx^la同时具有Wx^b的Int1-1突变和Wxⁱⁿ的Ex6-62突变。等位基因Wx^op和Wx^mp也表现出低AAC，但是外观不透明(图6)。Wx^b、Wx^la和Wx^mp两两之间仅存在一个SNP差异，但是带有相应等位基因的栽培稻却表现出非常不同的品质特征。带有Wx^la的Bophopa的AAC、GC和味道评分介于带有Wx^b的Nipponbare和带有Wx^mp的Nangeng5055之间。

5、Wx^la的遗传效应

为了进一步研究Wx的DNA序列变异与食味品质之间的关系，以及为了了解Wx等位基因如何在生理水平控制食味品质，我们在相同的遗传背景下对Wx等位基因的遗传效应进行评价。

从Niponbare(Wx^b)、Buphopa(Wx^la)和Nangeng5055(Wx^mp)扩增含有Wx基因的7.1Kb片段，分别插入到载体pCAMBIA1301S的KpnI与Hind III剪切位点之间，得到互补转化载体。将互补转化载体转入大肠杆菌E.coli strain Trans 5α筛选扩增正确的质粒，然后导入根瘤菌Agrobacterium tumefaciens strain EHA105中。以携带无功能Wx基因(wx)的糯米品种Zhennuo(ZN)作为受体亲本，使用根瘤菌转染，将等位基因Wx^b、Wx^la和Wx^mp转入ZN中，得到相应的阳性株系分别命名为ZN-Wx^b,ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp。

这些Wx等位基因在ZN的遗传背景下表现出明显不同的外观和食味品质(图8-10)。ZN-Wx^la具有与ZN-Wx^b相似的透明外观，而ZN-Wx^mp产生了低透明度的表型(图8)。ZN-Wx^la的食味品质表型值和TSS介于ZN-Wx^b与ZN-Wx^mp之间(图9和10)，表明Wx^la的遗传效应介于Wx^b与Wx^mp之间。

6、Wx^la的表达活性和GBSSI活性

使用Trizol试剂从发育中的种子提取总RNA，用DNaseI处理后，用于合成第一链cDNA，进行实时荧光定量PCR，检测mRNA水平。Wx^b、Wx^la和Wx^mp均具有Int1-1突变，因此，在现有材料中不存在该突变的效应。表达分析显示，ZN-Wx^b、ZN-Wx^la和ZN-Wx^mp在种子发育期间具有相似的Wx成熟mRNA水平。

开花后第5、10、15、20和25天采收发育中的稻穗，去除颖片、稻壳和胚，胚乳在液氮中研磨。研磨得到的粉末使用Granule-Bound Starch Synthase ELISA试剂盒检测GBSSI活性。Wx^la编码的GBSSI的活性显著低于Wx^b，高于Wx^mp(图11)。Wx^la和Wx^mp翻译的GBSSI蛋白的结构并未发生改变，因为这两者均有活性。Ex4-53突变产生的氨基酸替换(Arg-His)并未改变极性，而Ex6-62(Tyr-Ser)产生的氨基酸替换改变了极性(图12)。由于Ex4-53突变的效应比Ex6-62突变的效应强，因此，Ex4-53应当更接近GBSSI蛋白的活性中心。

7、Wx^la对淀粉颗粒的影响

在真空条件下对待扫描的胚乳横截面表面上涂覆金层，使用扫描电镜检测淀粉颗粒显微结构。成熟胚乳横截面的扫描电镜(SEM)显示，ZN-Wx^b和ZN-Wx^la的胚乳中含有致密的多面体淀粉颗粒，而ZN-Wx^mp和ZN中含有松散的不规则淀粉颗粒(图13)。因此，淀粉颗粒的性状和致密性很可能与不同大米的理化性质和透明度有关。合适的直链淀粉含量对于稳定、透明的胚乳的形成也十分重要。

综合以上实验结果可知，Wx^la作为新的Wx等位基因，与已发现的Wx等位基因相比，可赋予稻米不同的外观和食用品质，包括透明度、直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度和黏度。可通过杂交育种的方法导入Wx^la等位基因，或者通过遗传操作的方法导入Wx^la等位基因或将原有的其他类型的等位基因定点突变成Wx^la等位基因，改变稻米的外观和食用品质，优化稻米品种。该Wx等位基因也可期望用于其他具有类似代谢路径的谷物中，例如小麦、玉米等。

以上所述仅为本发明的较佳实施例，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 华中农业大学

湖北双水双绿生物科技有限公司

<120> 水稻新Wx等位基因及其在育种中的应用

<141> 2020-03-16

<160> 2

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 5016

<212> DNA

<213> 水稻(Oryza sativa)

<400> 1

accattcctt cagttctttg tctatctcaa gacacaaata actgcagtct ctctctctct 60

ctctctctgc ttcacttctc tgcttgtgtt gttctgttgt tcatcaggaa gaacatctgc 120

aaggtataca tatatgttta taattctttg tttcccctct tattcagatc gatcacatgc 180

atctttcatt gctcgttttt ccttacaaag tctcatacat gctaatttct gtaaggtgtt 240

gggctggaaa ttaattaatt aattaattga cttgccaaga tccatatata tgtcctgata 300

ttaaatcttc gttcgttatg tttggttagg ctgatcaatg ttattctaga gtctagagaa 360

acacacccag gggttttcca gctagctcca caagatggtg ggctagctga cctagatttg 420

aagtctcact ctttctaatt atttgatatt agatcatttt ctaatatttg cgtctttttt 480

tattctagag tctagatctt gtgttcaact ctcgttaaat catgtctctc gccactggag 540

aaacagatca ggagggttta ttttgggtat aggtcaaagc taagattgaa attcacaaat 600

agtaaaatca gaatccaacc aattttagta gccgagttgg tcaaaggaaa atgtatatag 660

ctagatttat tgttttggca aaaaaaatct gaatatgcaa aatacttgta tatctttgta 720

ttaagaagat gaaaataagt agcagaaaat taaaaaatgg attatatttc ctgggctaaa 780

agaattgttg atttggcaca attaaattca gtgtcaaggc tttgtgcaag aattcagtgt 840

gaaggaatag attctcttca aaacaattta atcattcatc tgatctgctc aaagctctgt 900

gcatctccgg gtgcaacggc caggatattt attgtgcagt aaaaaaatgt catatcccct 960

agccacccaa gaaactgctc cttaagtcct tataagcaca tatggcattg taatatatat 1020

gtttgagttt tagcgacaat ttttttaaaa acttttggtc ctttttatga acgttttaag 1080

tttcactgtc tttttttttt cgaattttaa atgtagcttc aaattctaat ccccaatcca 1140

aattgtaata aacttcaatt ctcctaatta acatcttaat tcatttattt gaaaaccagt 1200

tcaaattctt ttaggctcac caaaccttaa acaattcaat tcagtgcaga gatcttccac 1260

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gtcgtcgtgt acgccaccgg cgccggcatg aacgtcgtgt tcgtcggcgc cgagatggcc 1560

ccctggagca agaccggcgg cctcggtgac gtcctcggtg gcctcccccc tgccatggct 1620

gtaagcacac acaaacttcg atcgctcgtc gtcgctgacc gtcgtcgtct tcaactgttc 1680

ttgatcatcg cattggatgg atgtgtaatg ttgtgttctt gtgttctttg caggcgaatg 1740

gccacagggt catggtgatc tctcctcggt acgaccagta caaggacgct tgggatacca 1800

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ggggtgaggc tttgaaccca gatcgtctag tccaccacct tgtggagtta gccggaagac 3600

ctctgagcat ttctcaattc agtggcaaat gatgtgtata attttgatcc gtgtgtgttt 3660

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ggcaaggtga gggccgtggt gaagttcaac gcgccgcttg ctcatctcat catggccgga 3780

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tttccacatg ggccgtctca gcgtcgacgt aagcctatac atttacataa caatcagata 4080

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gcatgaacca ggacctctcc tggaaggtat aaattacgaa acaaatttaa cccaaacata 4320

tactatatac tccctccgct tctaaatatt caacgccgtt gtctttttta aatatgtttg 4380

accattcgtc ttattaaaaa aattaaataa ttataaattc ttttcctatc atttgattca 4440

ttgttaaata tacttatatg tatacatata gttttacata tttcataaaa ttttttgaac 4500

aagacgaacg gtcaaacatg tgctaaaaag ttaacggtgt cgaatattca gaaacggagg 4560

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atagccaatt atataggcta ataagtttga tgttgtactc ttctgggtgt gcttaagtat 4920

cttatcggac cctgaattta tgtgtgtggc ttattgccaa taatattaag taataaaggg 4980

tttattatat tattatatat gttatattat acttcc 5016

<210> 2

<211> 5032

<212> DNA

<213> 水稻(Oryza sativa)

<400> 2

accattcctt cagttctttg tctatctcaa gacacaaata actgcagtct ctctctctct 60

ctctctctct ctctctctct ctgcttcact tctctgcgtg tgttgttctg ttgttcatca 120

ggaagaacat ctgcaagtta tacatatatg tttataattc tttgtttccc ctcttattca 180

gatcgatcac atgcatcttt cattgctcgt ttttccttac aagtagtctc atacatgcta 240

atttctgtaa ggtgttgggc tggaaattaa ttaattaatt aattgacttg ccaagatcca 300

tatatatgtc ctgatattaa atcttcgttc gttatgtttg gttaggctga tcaatgttat 360

tctagagtct agagaaacac acccaggggt tttccaacta gctccacaag atggtgggct 420

agctgaccta gatttgaagt ctcactcctt ataattattt tatattagat cattttctaa 480

tattcgtgtc tttttttatt ctagagtcta gatcttgtgt tcaactctcg ttaaatcatg 540

tctctcgcca ctggagaaac agatcaggag ggtttatttt gggtataggt caaagctaag 600

attgaaattc acaaatagta aaatcagaat ccaaccaatt ttagtagccg agttggtcaa 660

aggaaaatgt atatagctag atttattgtt ttggcaaaaa aaaatctgaa tatgcaaaat 720

acttgtatat ctttgtatta agaagatgaa aataagtagc agaaaattaa aaaatggatt 780

atatttcctg ggctaaaaga attgttgatt tggcacaatt aaattcagtg tcaaggtttt 840

gtgcaagaat tcagtgtgaa ggaatagatt ctcttcaaaa caatttaatc attcatctga 900

tctgctcaaa gctctgtgca tctccgggtg caacggccag gatatttatt gtgcagtaaa 960

aaaatgtcat atcccctagc cacccaagaa actgctcctt aagtccttat aagcacatat 1020

ggcattgtaa tatatatgtt tgagttttag cgacaatttt tttaaaaact tttggtcctt 1080

tttatgaacg ttttaagttt cactgtcttt ttttttcgaa ttttaaatgt agcttcaaat 1140

tctaatcccc aatccaaatt gtaataaact tcaattctcc taattaacat cttaattcat 1200

ttatttgaaa accagttcaa attcttttag gctcaccaaa ccttaaacaa ttcaattcag 1260

tgcagagatc ttccacagca acagctagac aaccaccatg tcggctctca ccacgtccca 1320

gctcgccacc tcggccaccg gcttcggcat cgccgacagg tcggcgccgt cgtcgctgct 1380

ccgccacggg ttccagggcc tcaagccccg cagccccgcc ggcggcgacg cgacgtcgct 1440

cagcgtgacg accagcgcgc gcgcgacgcc caagcagcag cggtcggtgc agcgtggcag 1500

ccggaggttc ccctccgtcg tcgtgtacgc caccggcgcc ggcatgaacg tcgtgttcgt 1560

cggcgccgag atggccccct ggagcaagac cggcggcctc ggtgacgtcc tcggtggcct 1620

cccccctgcc atggctgtaa gcacacacaa acttcgatcg ctcgtcgtcg ctgaccgtcg 1680

tcgtcttcaa ctgttcttga tcatcgcatt ggatggatgt gtaatgttgt gttcttgtgt 1740

tctttgcagg cgaatggcca cagggtcatg gtgatctctc ctcggtacga ccagtacaag 1800

gacgcttggg ataccagcgt tgtggctgag gtaggagcat atgcgtgatc agatcatcac 1860

aagatcgatt agctttagat gatttgttac atttcgcaag attttaaccc aagtttttgt 1920

ggtgcaattc attgcagatc aaggttgcag acaggtacga gagggtgagg tttttccatt 1980

gctacaagcg tggagtcgac cgtgtgttca tcgaccatcc gtcattcctg gagaaggtgg 2040

agtcatcatt agtttacctt ttttgttttt actgaattat taacagtgca tttagcagtt 2100

ggactgagct tagcttccac tggtgatttc aggtttgggg aaagaccggt gagaagatct 2160

acggacctga cactggagtt gattacaaag acaaccagat gcgtttcagc cttctttgcc 2220

aggtcagtga ttacttctat ctgatgatgg ttggaagcat cacgagttta ccatagtatg 2280

tatggattca taactaattc gtgtattgat gctacctgca ggcagcactc gaggctccta 2340

ggatcctaaa cctcaacaac aacccatact tcaaaggaac ttctggtgag ttacaattga 2400

tctcaagatc ttataacttt cttcgaagga atccatgatg atcagactaa ttccttccgg 2460

tttgttactg acaacaggtg aggatgttgt gttcgtctgc aacgactggc acactggccc 2520

actggcgagc tacctgaaga acaactacca gcccaatggc atctacagga atgcaaaggt 2580

ctatgcttgt tcttgccata ccaactcaaa tctgcatgca cactgcattc tgttcagaaa 2640

ctgactgtct gaatcttttt cactgcaggt tgctttctgc atccacaaca tctcctacca 2700

gggccgtttc gctttcgagg attaccctga gctgaacctc tccgagaggt tcaggtcatc 2760

cttcgatttc atcgacgggt atgagtaaga ttctaagagt aacttactgt caattcgcca 2820

tatatcgatt caatccaaga tccttttgag ctgacaaccc tgcactactg tccatcgttc 2880

aaatccggtt aaatttcagg tatgacacgc cggtggaggg caggaagatc aactggatga 2940

aggccggaat cctggaagcc gacagggtgc tcaccgtgag cccgtatacg ccgaggagct 3000

catctccggc atcgccaggg gatgcgagct cgacaacatc atgcggctca ccggcatcac 3060

cggcatcgtc aacggcatgg acgtcagcga gtgggatcct agcaaggaca agtacatcac 3120

cgccaagtac gacgcaacca cggtaagaac gaatgcattc ttcacaagat atgcaatctg 3180

aattttcttt gaaaaagaaa ttatcatctg tcacttcttg attgattctg acaaggcaag 3240

aatgagtgac aaatttcagg caatcgaggc gaaggcgctg aacaaggagg cgttgcaggc 3300

ggaggcgggt cttccggtcg acaggaaaat cccactgatc gcgttcatcg gcaggctgga 3360

ggaacagaag ggccctgacg tcatggccgc cgccatcccg gagctcatgc aggaggacgt 3420

ccagatcgtt cttctggtat aatataatac actacaagac acacttgcac gatatgccaa 3480

aaattcagaa caaattcagt ggcaaaaaaa aaactcgaat attagggaag gacctaataa 3540

tatcaaataa ttagaagggg tgaggctttg aacccagatc gtctagtcca ccaccttgtg 3600

gagttagccg gaagacctct gagcatttct caattcagtg gcaaatgatg tgtataattt 3660

tgatccgtgt gtgtttcagg gtactggaaa gaagaagttc gagaagctgc tcaagagcat 3720

ggaggagaag tatccgggca aggtgagggc cgtggtgaag ttcaacgcgc cgcttgctca 3780

tctcatcatg gccggagccg acgtgctcgc cgtccccagc cgcttcgagc cctgtggact 3840

catccagctg caggggatga gatacggaac ggtatacaat ttccatctat caattcgatt 3900

gttcgatttc atctttgtgc aatgcaatgc aattgcaaat gcaaatgcat gatgattttc 3960

cttgttgatt tctccagccc tgtgcttgcg cgtccaccgg tgggctcgtg gacacggtca 4020

tcgaaggcaa gactggtttc cacatgggcc gtctcagcgt cgacgtaagc ctatacattt 4080

acataacaat cagatatgac acatcctaat accgataagt cggtacacta ctacacattt 4140

acatggttgc tggttatatg gtttttttgg cagtgcaagg tggtggagcc aagcgacgtg 4200

aagaaggtgg cggccaccct gaagcgcgcc atcaaggtcg tcggcacgcc ggcgtacgag 4260

gagatggtca ggaactgcat gaaccaggac ctctcctgga aggtataaat tacgaaacaa 4320

atttaaccca aacatatact atatactccc tccgcttcta aatattcaac gccgttgtct 4380

tttttaaata tgtttgacca ttcgtcttat taaaaaaatt aaataattat aaattctttt 4440

cctatcattt gattcattgt taaatatact tatatgtata catatagttt tacatatttc 4500

ataaaatttt ttgaacaaga cgaacggtca aacatgtgct aaaaagttaa cggtgtcgaa 4560

tattcagaaa cggagggagt ataaacgtct tgttcagaag ttcagagatt cacctgtctg 4620

atgctgatga tgattaattg tttgcaacat ggatttcagg ggcctgcgaa gaactgggag 4680

aatgtgctcc tgggcctggg cgtcgccggc agcgcgccgg ggatcgaagg cgacgagatc 4740

gcgccgctcg ccaaggagaa cgtggctgct ccttgaagag cctgagatct acatatggag 4800

tgattaatta atatagcagt atatggatga gagacgaatg aaccagtggt ttgtttgttg 4860

tagtgaattt gtagctatag ccaattatat aggctaataa gtttgatgtt gtactcttct 4920

gggtgtgctt aagtatctta tcggaccctg aatttatgtg tgtggcttat tgccaataat 4980

attaagtaat aaagggttta ttatattatt atatatgtta tattatactt cc 5032

Claims (8)

1.一种水稻新Wx等位基因，其特征在于，在野生型等位基因Wx^lv的基础上，第一内含子的第1位的G被T取代，并且被T，并且翻译的肽链第224位的酪氨酸被丝氨酸取代，所述等位基因Wx^lv的序列如SEQ ID NO:2所示。

2.根据权利要求1所述的新Wx等位基因，其特征在于，序列如SEQ ID NO:1所示。

3.权利要求1或2所述的新Wx等位基因在谷物育种中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述谷物为水稻。

5.一种改变大米外观和/或食用品质的方法，其特征在于，包括使生产所述大米的稻种中含有权利要求1或2所述的新Wx等位基因的步骤。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过向所述稻种中转入所述新Wx等位基因的方法实现。

7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过对所述稻种原有的Wx等位基因进行定向突变的方法实现。

8.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，使所述稻种中含有所述新Wx等位基因通过将所述稻种与含有所述新Wx等位基因的稻种进行杂交，并通过人工筛选引入所述新Wx等位基因来实现。

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