CN111295394A - 抗cd8抗体及其用途 - Google Patents

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CN111295394A CN201880051235.XA CN201880051235A CN111295394A CN 111295394 A CN111295394 A CN 111295394A CN 201880051235 A CN201880051235 A CN 201880051235A CN 111295394 A CN111295394 A CN 111295394A
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J·L·格罗根
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M·L·阿尔伯特
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Abstract

提供的是结合人CD8且并不刺激或抑制CD8+T细胞激活的抗CD8抗体。还提供的是编码此类抗CD8抗体的核酸,包含此类核酸的载体,包含其的宿主细胞,和生成此类抗CD8抗体的方法。还提供的是与可检测标记物缀合的抗CD8抗体。提供的是在受试者中使用此类抗CD8抗体来检测CD8+T细胞,在具有癌症的受试者中监测疾病进展,和在具有癌症的受试者中监测治疗进展的方法。

Description

抗CD8抗体及其用途
对相关申请的交叉援引
本申请要求2017年8月11日提交的美国临时申请No.62/544,671和2017年12月11日提交的美国临时申请No.62/597,337的权益,据此通过援引将其完整收录。
发明领域
本发明涉及抗CD8抗体和在体内使用此类抗体来对CD8+T细胞成像的方法。
发明背景
肿瘤组织中免疫细胞的数目,类型,和空间分布的表征能提供关于癌症诊断,预后,疗法选择,和对疗法的响应的关键信息。具体而言,一致地报告CD8+细胞毒性淋巴细胞在各种癌症中具有诊断和预后意义。当前检测CD8+细胞的方法需要自外周血或感兴趣组织分离细胞。此类采样方法容易出错且并不提供反映体内CD8+细胞的数目,定位,和运动的动态信息。用于在体内检测免疫细胞的一种例示性非侵入性方法是使用带放射性标记物的示踪剂的正电子发射断层摄影术(PET)。然而,此类示踪剂的使用受到放射性同位素半衰期和细胞分裂(其导致探针在体内稀释)限制。因而,本领域仍然需要用于在体内监测CD8+细胞的数量和时间分布的变化的方法和试剂。
发明概述
在一些实施方案中,本文中提供的是一种抗CD8抗体,其结合人CD8且并不刺激或抑制CD8+T细胞激活。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不诱导CD8+T细胞增殖。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不诱导CD8+T细胞的IFN-γ生成。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不结合CD4+T细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不结合CD3-细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不自循环消减CD8+T细胞。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体是嵌合抗体,人源化抗体,或人抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体是单价抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该单价抗体包含:包含第一Fc域的抗体重链,抗体轻链,和第二Fc域,其中该抗体重链与该抗体轻链配对,且其中该第一Fc域和该第二Fc域形成二聚体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第一Fc域包含空腔,且其中该第二Fc域包含可安置在第一Fc域中的空腔中的隆起。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第一Fc域包含T366S,L358A,和Y407V突变,其中该第二Fc域包含T366W突变,且其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第二Fc域包含空腔,且其中该第一Fc域包含可安置在第二Fc域中的空腔中的隆起。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第一Fc域包含T366W突变,其中该第二Fc域包含T366S,L358A,和Y407V突变,且其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体是人IgG抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该人IgG抗体是IgG1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第一和第二Fc域包含L234A和L235A突变。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该第一和第二Fc域每个包含P329G突变。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体以小于约10nM的KD结合人CD8。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体以小于约200nM的KD结合食蟹猴(cynomolgus)CD8。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体以小于约200nM的KD结合恒河猴(rhesus)CD8。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体并不结合小鼠CD8或大鼠CD8。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12或SEQ IDNO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4-8任一中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12或SEQ IDNO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4-8任一中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:5中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ IDNO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:6中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:7中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ IDNO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:5中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:6中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:7中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ IDNO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQID NO:14,16,18,20,22,24,和26任一中所列重链可变域；和/或SEQ ID NO:15,17,19,21,23,25,和27任一中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:14,16,18,20,22,24,和26任一中所列重链可变域；和SEQID NO:15,17,19,21,23,25,和27任一中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:14中所列重链可变域；和SEQ ID NO:15中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:16中所列重链可变域；和SEQ ID NO:17中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:18中所列重链可变域；和SEQ ID NO:19中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:20中所列重链可变域；和SEQ ID NO:21中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ IDNO:22中所列重链可变域；和SEQ ID NO:23中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:24中所列重链可变域；和SEQ IDNO:25中所列轻链可变域。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含SEQ ID NO:26中所列重链可变域；和SEQ ID NO:27中所列轻链可变域。
在某些实施方案中,提供的是一种分离的核酸,其编码依照(或应用于)任何上述实施方案的抗CD8抗体。在某些实施方案中,提供的是一种表达载体,其包含依照(或应用于)任何上述实施方案的核酸。在某些实施方案中,提供的是一种宿主细胞,其包含依照(或应用于)任何上述实施方案的核酸或表达载体。
还提供的是一种生成依照(或应用于)任何上述实施方案的抗CD8抗体的方法,该方法包含:a)在抗体生成的条件下培养依照(或应用于)任何上述实施方案的宿主细胞；和b)回收由该宿主细胞生成的抗CD8抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该宿主细胞是真核细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该真核细胞是CHO细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该宿主细胞是原核细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该原核细胞是大肠杆菌细胞。
在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体包含接头。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该接头是去铁草酰胺化合物(例如N-琥珀酰基-去铁草酰胺)。在某些实施方案中,依照(或应用于)任何上述实施方案的抗CD8抗体是与标记物缀合的。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗CD8抗体是经由该接头与该标记物缀合的。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该标记物是荧光染料,放射性核素,或酶。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该标记物是放射性核素。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该放射性核素是89Zr,18F,64Cu,或124I。
提供的是一种在受试者中检测CD8+细胞的方法,该方法包含:a)将依照(或应用于)任何上述实施方案的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者；和b)检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的CD8+细胞的结合,其中检测到结合指示存在CD8+细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的CD8+细胞的结合包含对该受试者中的CD8+细胞成像。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,对该受试者中的CD8+细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该CD8+细胞是CD8+T细胞。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该受试者是人或非人灵长动物。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该非人灵长动物是食蟹猴或恒河猴。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该受试者是人。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该受试者具有癌症。
提供的是一种预测具有癌症的受试者对免疫疗法或癌症疫苗的响应性的方法,该方法包含:a)将依照(或应用于)任何上述实施方案的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者；和b)检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,其中检测到结合指示该受试者很可能响应该免疫疗法或该癌症疫苗。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+T细胞成像。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,对该受试者中的CD8+T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该方法进一步包含下述步骤:(c)将治疗有效量的免疫治疗剂或癌症疫苗施用于其中已经检测到结合的受试者。
还提供的是一种在具有癌症的受试者中监测疾病进展的方法,该方法包含:a)将依照(或应用于)任何上述实施方案的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者,和b)于第一时间点和第二时间点检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+T细胞成像。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,对该受试者中的CD8+T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该方法进一步包含下述步骤:(c)将治疗有效量的免疫治疗剂或癌症疫苗于施用其中于该第二时间点该肿瘤组织中CD8+T细胞的水平高于于该第一时间点该肿瘤组织中CD8+T细胞的水平的受试者。
提供的是一种在已经或正在接受免疫治疗剂或癌症疫苗的具有癌症的受试者中监测治疗进展的方法,该方法包含:i)连同该免疫治疗剂或该癌症疫苗将依照(或应用于)任何上述实施方案的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者,和ii)于第一时间点和第二时间点检测该带标记物的抗CD8抗体对该肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+T细胞成像。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,对该受试者中的CD8+T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,在该免疫治疗剂或该癌症疫苗之前施用该带标记物的抗CD8抗体,其中该第一时间点在施用该带标记物的抗CD8抗体之后且在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之前,且其中该第二时间点在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之后。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,在该带标记物的抗CD8抗体之前施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗,其中该第一时间点在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之后且在施用该带标记物的抗CD8抗体之后,且其中该第二时间点在该第一时间点之后。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,将该免疫治疗剂施用于该受试者。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PDL1抗体,抗PD1抗体,抗TIGIT抗体,TIGIT拮抗剂,抗CSF-1R抗体,CSF-1R拮抗剂,抗CEA抗体,CEA拮抗剂,抗CTLA4抗体,CTLA4拮抗剂,抗OX40抗体,或OX40激动剂。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,与一种或多种治疗剂组合施用该抗PD-L1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该一种或多种治疗剂是
Figure BDA0002380468760000091
(厄洛替尼(erlotinib)),
Figure BDA0002380468760000092
(维罗非尼(vemurafenib)),
Figure BDA0002380468760000093
(奥滨尤妥珠单抗(obinutuzumab)),
Figure BDA0002380468760000094
(贝伐单抗(bevacizumab)),
Figure BDA0002380468760000095
(考比替尼(cobimetinib)),
Figure BDA0002380468760000096
(阿来替尼(alectinib)),
Figure BDA0002380468760000097
(ado-曲妥珠单抗美坦新(ado-trastuzumab emtansine)),
Figure BDA0002380468760000098
(曲妥珠单抗(trastuzumab)),
Figure BDA0002380468760000099
(帕妥珠单抗(pertuzumab)),波妥珠单抗(polatuzumab),INF-α,抗CD40剂,抗OX40抗体,OX40激动剂,抗CSF-1R抗体,抗CEA抗体,IDO抑制剂,或抗TIGIT抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是特异性结合CD3的双特异性抗原结合分子。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该双特异性抗原结合分子是抗体或其抗原结合片段。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是特异性结合CD16的双特异性抗原结合分子。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该双特异性抗原结合分子是抗体或其抗原结合片段。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该双特异性抗原结合分子特异性结合CD16A。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,将该癌症疫苗施用于该受试者。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该癌症疫苗是个性化癌症疫苗(PCV)。
本文中提供的是一种鉴定与对用免疫治疗剂的治疗的响应性有关的肠微生物菌株的方法,该方法包含:a)自具有癌症的受试者的群体获得肠微生物组样品,该群体包含响应用该免疫治疗剂的治疗的受试者和不响应用该免疫治疗剂的治疗的受试者；b)分析响应该治疗的受试者的肠微生物组样品和不响应该治疗的受试者的肠微生物组样品；和c)鉴定与响应该治疗的受试者有关的肠微生物菌株；其中响应性是通过检测依照(或应用于)任何上述实施方案的带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合而测定的,且其中检测到结合指示该受试者响应该免疫治疗剂。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该方法进一步包含制备包含与对该免疫治疗剂的响应性有关的肠微生物菌株的基于微生物组的药物。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PD-1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)。
还提供的是一种在不响应免疫治疗剂或预测不响应该免疫治疗剂的受试者中治疗癌症的方法,该方法包含:a)对该受试者施用包含与患者对该免疫治疗剂的响应性有关的肠微生物菌株的基于微生物组的药物；和b)将该免疫治疗剂施用于该受试者。进一步提供的是一种在不响应免疫治疗剂或预测不响应该免疫治疗剂的受试者中治疗癌症的方法,该方法包含:a)使用与患者响应性有关的肠微生物菌株对该受试者实施粪微生物移植(FMT)；和b)将该免疫治疗剂施用于该受试者。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PD-1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。在依照(或应用于)任何上述实施方案的某些实施方案中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
附图简述
图1提供包含节-入-穴突变和LALAPG效应器功能突变的独臂抗CD8抗体的一种例示性示意图。
图2A提供人CD8(SEQ ID NO:32),恒河猴CD8(SEQ ID NO:31),和食蟹猴CD8(SEQID NO:32)的氨基酸序列的比对。
图2B显示为了测定huOKT8.v11是否能结合表达重组人CD8,恒河猴CD8,或食蟹猴CD8的CHO细胞而实施的实验的结果。
图3A提供为了评估在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下对经由抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD8+T细胞应答而实施的实验的结果。
图3B提供为了评估在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下对经由抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD8+T细胞IFN-γ应答而实施的实验的结果。
图3C提供为了评估在破伤风类毒素刺激后在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下的CD8+T细胞增殖而实施的实验的结果。
图3D提供为了评估在破伤风类毒素刺激后与OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)一起温育的CD8+T细胞中CD25表达的水平而实施的实验的结果。
图3E提供为了测定OKT8.v11-OA-LALAPG是否自循环消减CD8+T细胞而实施的实验的结果。
图3F提供为了测定OKT8.v11-OA是否结合CD4+T细胞或CD3-T细胞而实施的FACS实验的结果。
图4A提供为了评估在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下对经由抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD4+T细胞应答而实施的实验的结果。
图4B提供为了评估在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下对经由抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD4+T细胞IFN-γ应答而实施的实验的结果。
图4C提供为了评估在破伤风类毒素刺激后在OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)存在下的CD4+T细胞增殖而实施的实验的结果。
图4D提供为了评估在破伤风类毒素刺激后与OKT8.v11-OA-LALAPG或抗gD-OA(同种型对照)一起温育的CD4+T细胞中CD25表达的水平而实施的实验的结果。
图5A显示为了测定HPB-ALL或Daudi异种移植小鼠的血液集合中存在的89Zr-huOKT8.v1-OA的量而实施的实验的结果。
图5B显示为了测定HPB-ALL或Daudi异种移植小鼠的肿瘤组织中存在的89Zr-huOKT8.v1-OA的量而实施的实验的结果。
图6A显示为了测定HPB-ALL异种移植小鼠的血液集合中的89Zr-huOKT8.v1-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图6B显示为了测定由HPB-ALL异种移植小鼠中的肿瘤组织吸收的89Zr-huOKT8.v1-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图6C显示注射89Zr-huOKT8.v1-OA的HPB-ALL肿瘤异种移植小鼠的PET MIP。PET扫描是在注射后第5天实施的。
图7A显示为了测定HPB-ALL异种移植小鼠的血液集合中的89Zr-huOKT8.v9-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图7B显示为了测定由HPB-ALL异种移植小鼠中的肿瘤组织吸收的89Zr-huOKT8.v1-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图8A显示为了测定HPB-ALL异种移植小鼠中的肿瘤组织中和血液集合(心内容物)中存在的89Zr-OA-CD8-FvFc的量而实施的实验的结果。
图8B显示于注射89Zr-OA-CD8-FvFc后第0天,第1天,第2天,和第5天HPB-ALL肿瘤异种移植小鼠的PET MIPS。
图9A显示为了测定携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠的血液集合中的89Zr-huOKT8.v11-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图9B显示为了测定由携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠中的肿瘤组织吸收的89Zr-huOKT8.v11-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图9C显示为了测定由携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠中的肾组织吸收的89Zr-huOKT8.v11-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图9D显示为了测定由携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠中的肝组织吸收的89Zr-huOKT8.v11-OA或89Zr-gD-OA的量而实施的实验的结果。
图9E提供注射89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA的携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠的PET图像。PET扫描是在注射后第7天实施的。
图10A显示为了测定由PF382异种移植裸或SCID小鼠中的肿瘤组织吸收的89Zr-OA-CD8-FvFc的量而实施的实验的结果。
图10B显示为了测定来自PF382异种移植裸或SCID小鼠的血液集合中的89Zr-OA-CD8-FvFc的量而实施的实验的结果。
图11A提供异种移植小鼠中的HPB-ALL,PF382,TALL-1,和Daudi肿瘤中的89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG吸收的直接比较。
图11B提供异种移植小鼠中的HPB-ALL,PF382,TALL-1,和Daudi肿瘤中的89Zr-gD-OA吸收的直接比较。
图11C提供来自携带HPB-ALL,PF382,TALL-1,或Daudi肿瘤异种移植物的小鼠的血液集合中的89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的量的直接比较。
图11D提供来自携带HPB-ALL,PF382,TALL-1,或Daudi肿瘤异种移植物的小鼠的血液集合中的89Zr-gD-OA的量的直接比较。
图12显示为了评估89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或124I-huOKT8.v11-OA-LALAPG在HBP-ALL异种移植小鼠中的CD8+肿瘤组织中是否可检测而实施的实验的结果。
图13A显示在给药2mg/kg 89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG后第7天恒河猴的PET MIP图像。
图13B显示在给药89Zr-gD-OA后第7天恒河猴的PET MIP图像。
图14A提供在给药0.05mg/kg 89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG后第5天食蟹猴的PETMIP图像。
图14B显示在给药0.23mg/kg 89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG后第5天食蟹猴的PETMIP图像。
图14C显示在给药0.33mg/kg 89Zr-gD-OA后第3天食蟹猴的PET MIP图像。
发明详述
本文中提供的是特异性结合人CD8,但是并不激活或消减CD8+T细胞,诱导CD8+T细胞增殖,或刺激IFNγ生成的抗CD8抗体(包括独臂抗体)。此类抗CD8抗体能够结合非人灵长动物,诸如恒河猴和食蟹猴中的CD8。具有这些特征中一项或多项的抗CD8抗体对于检测CD8+细胞(例如CD8+T细胞)的存在,定位,和/或数量会是有用的。提供的是在用于在体内检测CD8+T细胞的方法中使用该抗CD8抗体的方法。还提供的是在预测具有癌症的受试者对用免疫治疗剂的治疗的响应性的方法中使用本文中的抗CD8抗体的方法。另外,提供的是使用本文中的抗CD8抗体在接受用免疫治疗剂的治疗的具有癌症的受试者中监测疾病进展和/或治疗进展的方法。
定义
术语“抗体”在本文中以最广义使用且涵盖各种抗体结构,包括但不限于单克隆抗体,单价抗体(例如单臂抗体),和抗体片段,只要它们展现期望的抗原结合活性,即结合CD8(诸如人CD8,食蟹猴CD8,和/或恒河猴CD8)。
全长抗体典型地是由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的异四聚体糖蛋白(IgM抗体由5个基本的异四聚体单元连同称作J链的另外的多肽组成,而且因此含有10个抗原结合位点,而分泌型IgA抗体能聚合以形成包含2-5个基本的4链单元连同J链的多价装配物)。然而,还涵盖其它抗体型式,包括但不限于例如单价抗体,独臂抗体,Fab,和(Fab’)2。在IgG的情况中,4链单元一般是约150,000道尔顿。每条L链通过一个共价二硫键与H链连接,而两条H链通过一个或多个二硫键(取决于H链同种型)彼此连接。每条H和L链还具有间隔规律的链内二硫桥。每条H链在N端具有一个可变域(VH),接着是三个(对于α和γ链每一种)或四个(对于μ和ε同种型)恒定(CH)域。每条L链在N端具有一个可变域(VL),接着是在其另一端的一个恒定域(CL)。VL与VH对齐,而CL与重链第一恒定域(CH1)对齐。认为特定的氨基酸残基在轻链和重链可变域之间形成界面。一个VH和一个VL配对到一起形成一个抗原结合位点。对于不同类的抗体的结构和特性,参见例如Basic and ClinicalImmunology,8th edition,Daniel P.Stites,Abba I.Terr and Tristram G.Parslow(eds.),Appleton&Lange,Norwalk,CT,1994,page 71and Chapter 6。
基于其恒定域氨基酸序列,来自任何脊椎动物物种的L链可归入两种截然不同型中的一种,称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。取决于其重链恒定域(CH)氨基酸序列,免疫球蛋白可归入不同的类或同种型。有五类免疫球蛋白:IgA,IgD,IgE,IgG,和IgM,分别具有称作α,δ,ε,γ,和μ的重链。基于CH序列和功能的相对微小差异,γ和α类进一步分为亚类,例如人表达下面的亚类:IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA1,和IgA2。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链的可变域(分别是VH和VL)一般具有相似的结构,每个域包含四个保守的框架区(FR)和三个高变区(HVR)(参见例如Kindt et al.,Kuby Immunology,6th ed.,W.H.Freemanand Co.,page 91(2007))。单个VH或VL域可能足以赋予抗原结合特异性。而且,可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。参见例如Portolano et al.,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson et al.,Nature352:624-628(1991)。
如本文中使用的,术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变(“互补决定区”或“CDR”)和/或形成结构上定义的环(“高变环”)和/或含有抗原接触残基(“抗原接触”)的每个区。一般地,抗体包含六个HVR:三个在VH中(H1,H2,H3),三个在VL中(L1,L2,L3)。本文中的例示性HVR包括:
(a)高变环,存在于氨基酸残基26-32(L1),50-52(L2),91-96(L3),26-32(H1),53-55(H2),和96-101(H3)(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))；
(b)CDR,存在于氨基酸残基24-34(L1),50-56(L2),89-97(L3),31-35b(H1),50-65(H2),和95-102(H3)(Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.,Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))；
(c)抗原接触,存在于氨基酸残基27c-36(L1),46-55(L2),89-96(L3),30-35b(H1),47-58(H2),和93-101(H3)(MacCallum et al.,J.Mol.Biol.262:732-745(1996))；和
(d)(a),(b),和/或(c)的组合,包括HVR氨基酸残基46-56(L2),47-56(L2),48-56(L2),49-56(L2),26-35(H1),26-35b(H1),49-65(H2),93-102(H3),和94-102(H3)。
除非另外指明,HVR残基和可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中依照Kabat等人,见上文编号。
本文中提供的抗CD8抗体包括“嵌合”抗体,其中重和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类或亚类的抗体中的对应序列相同或同源,而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类或亚类的抗体中的对应序列相同或同源,以及此类抗体的片段,只要它们展现本发明的生物学活性(参见美国专利No.4,816,567；和Morrison et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。本文中感兴趣的嵌合抗体包括包含衍生自非人灵长动物(例如旧大陆猴类(Old World Monkey),猿等)的可变域抗原结合序列和人恒定区序列的“灵长类化”抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选完整抗体的抗原结合或可变区。抗体片段的例子包括Fab,Fab',F(ab')2,和Fv片段；双抗体；线性抗体(参见美国专利No.5,641,870,实施例2；Zapata et al.,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995))；单链抗体分子；和自抗体片段形成的多特异性抗体。
木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段,称作“Fab”片段,和残余“Fc”片段,该名称反映易于结晶的能力。Fab片段由整个L链连同H链的可变区结构域(VH)和第一恒定域(CH1)组成。每个Fab片段就抗原结合而言是单价的,即它具有一个抗原结合位点。胃蛋白酶处理抗体产生一个较大F(ab')2片段,它粗略对应于两个通过二硫键连接的Fab片段,具有二价抗原结合活性且仍然能够交联抗原。Fab’片段因在CH1域的羧基末端具有另外少数残基而与Fab片段不同,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab’-SH是本文中对其中恒定域半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab’的称谓。F(ab')2抗体片段最初是作为在它们之间具有铰链半胱氨酸的成对Fab’片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
Fc片段包含通过二硫化物保持在一起的所有H链的羧基端部分。抗体的效应器功能是由Fc区中的序列决定的,该区还是受到在某些类型的细胞上找到的Fc受体(FcR)识别的部分。
“变异Fc区”包含由于至少一处如本文中定义的“氨基酸修饰”而与天然序列Fc区不同的氨基酸序列。优选地,变异Fc区与天然序列Fc区相比或与亲本多肽的Fc区相比具有至少一处氨基酸替代,例如在天然序列Fc区中或在亲本多肽的Fc区中约1处至约10处氨基酸替代,优选约1处至约5处氨基酸替代。在一个实施方案中,变异Fc区在本文中会与天然序列Fc区拥有至少约80％同源性,至少约85％同源性,至少约90％同源性,至少约95％同源性或至少约99％同源性。依照另一个实施方案,变异Fc区在本文中会与亲本多肽的Fc区拥有至少约80％同源性,至少约85％同源性,至少约90％同源性,至少约95％同源性或至少约99％同源性。
非人(例如啮齿动物)抗体的“人源化”形式是含有最低限度衍生自非人抗体的序列的嵌合抗体。在很大程度上,人源化抗体是如下人免疫球蛋白(受体抗体),其中来自受体高变区的残基用来自具有期望抗体特异性,亲和力,和能力的非人物种(供体抗体),诸如小鼠,大鼠,家兔或非人灵长动物高变区的残基替换。在一些情况中,人免疫球蛋白的框架区(FR)残基用对应的非人残基替换。而且,人源化抗体可以包含在受体抗体中或在供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰是为了进一步改进抗体的性能。一般而言,人源化抗体会包含至少一个,通常两个基本上整个如下的可变域,其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还会包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fc),通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见Jones et al.,Nature321:522-525(1986)；Riechmann et al.,Nature 332:323-329(1988)；和Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。
就本文中鉴定的多肽和抗体序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”或“同源性”定义为作为序列同一性的一部分考虑任何保守替代,在比对序列之后,候选序列中与所比较的多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为了确定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以以本领域技术内的多种方式来实现,例如使用公众可得的计算机软件,诸如BLAST,BLAST-2,ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员能确定用于测量比对的适宜参数,包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需要的任何算法。然而,为了本文中的目的,％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写且源代码已经与用户文档一起提交美国版权局(Washington D.C.,20559),在那里它以美国版权登记号TXU510087注册。公众经由Genentech,Inc.(South San Francisco,California)可得到ALIGN-2程序。ALIGN-2程序应当汇编成供在UNIX操作系统,优选数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变化。
如本文中使用的,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶物上的表位或对其“特异性的”可以例如由对靶物具有至少约10-4M,或者至少约10-5M,或者至少约10-6M,或者至少约10-7M,或者至少约10-8M,或者至少约10-9M,或者至少约10-10M,或者至少约10-11M,或者至少约10-12M,或更大的KD的分子展现。在一个实施方案中,术语“特异结合”指如下的结合,其中分子结合特定多肽或特定多肽上的表位,并不实质性结合任何其它多肽或多肽表位。KD可以通过本领域知道的方法来测定,诸如ELISA,表面等离振子共振(SPR),荧光激活细胞分选(FACS)分析,或放射性免疫沉淀(RIA)。特异性结合可以例如通过测定分子的结合并与对照分子的结合比较来测量,对照分子一般是没有结合活性的结构相似的分子。例如,特异性结合可以通过与对照分子的竞争来测定,对照分子与靶物相似,例如过量的未标记靶物。在这种情况中,若经标记靶物对探针的结合受到过量的未标记靶物的竞争性抑制,则指示特异性结合。
如本文中使用的,“处理/治疗”是用于获得有益的或想要的结果(包括临床结果)的办法。为了本发明的目的,有益的或想要的临床结果包括但不限于下面的一项或多项:缓解一种或多种源自疾病的症状,减轻疾病的程度,稳定疾病(例如预防或延迟疾病的恶化),预防或延迟疾病的扩散(例如转移),预防或延迟疾病的复发,延迟或减缓疾病的进展,改善疾病状态,提供疾病的消退(部分的或全部的),降低治疗疾病所需要的一种或多种其它药疗的剂量,延迟疾病的进展,提高或改善生命质量,提高重量增益,和/或延长存活。“处理/治疗”还涵盖降低癌症的病理学后果(诸如例如肿瘤体积)。本文中提供的方法涵盖处理/治疗的这些方面中的任一项或多项。
如本文中公开的抗CD8抗体(或其片段)或组合物的“有效量”是足以实现具体描述的目的(例如用于在体内对CD8+T细胞成像)的量。“有效量”可以根据描述的目的(诸如在体内对CD8+T细胞成像)凭检验和通过已知方法来确定。
术语“治疗有效量”指例如免疫治疗剂(诸如本文中别处描述的免疫治疗剂)有效“治疗”受试者(例如哺乳动物,诸如人)中的疾病或病症的量。在癌症的情况中,治疗有效量的免疫治疗剂能减少癌细胞的数目；降低肿瘤尺寸或重量；抑制(例如一定程度地减缓和优选停止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(例如一定程度地减缓和优选停止)肿瘤转移；一定程度地抑制肿瘤生长；和/或一定程度地缓解一种或多种与癌症有关的症状。就免疫治疗剂能阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒害性的。在一个实施方案中,治疗有效量是生长抑制量。在另一个实施方案中,治疗有效量是延长患者的存活的量。在另一个实施方案中,治疗有效量是改善患者的无进展存活的量。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如牛,绵羊,猫,犬,和马),灵长动物(例如人和非人灵长动物,诸如恒河猴和食蟹猴),家兔,和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中,个体或受试者是人。
如本文中使用的,“响应性”指当受试者正在或已经经历用治疗剂(例如免疫治疗剂)的治疗时有利响应的发生。有利响应的一个例子是在用治疗剂(例如免疫治疗剂)的治疗期间或之后在受试者中对肿瘤生长的抑制,而不利响应的一个例子是在用治疗剂(例如免疫治疗剂)的治疗期间或之后受试者中的肿瘤的继续生长或加速生长。
如本文中使用的,“监测疾病进展”指以连续时间间隔评估受试者(例如诊断有癌症的受试者)以确定疾病症状是否恶化,稳定,或改善(即变成不太严重)。例如,在受试者中监测癌症的进展在某些情况中可以包括监测肿瘤的重量或尺寸的变化(诸如肿瘤消退或肿瘤生长),进展前时间,存活持续时间,无进展存活的长度,总体响应率,响应持续时间,生活质量,疾病标志物的表达和/或活性(例如某些基因和/或蛋白质的表达),或本领域知道的其它标准。可采用另外的办法在具有癌症的患者中监测疾病进展,包括例如经由本文中别处进一步详细描述的成像技术测量对治疗的响应。
如本文中使用的,“监测治疗进展”指在治疗(例如用免疫治疗剂的治疗)期间或之后以连续时间间隔评估受试者(例如诊断有癌症的受试者)以确定疾病症状是否作为治疗的结果而恶化,稳定,或改善(即变成不太严重)。例如,可以使用与用于监测疾病进展的那些相同的标准来监测受试者(例如已经或正在接受用免疫治疗剂的治疗的受试者)中的治疗进展。
如本文中使用的,“药学可接受的”或“药理学相容的”意味着材料不是生物学或其它方面不想要的,例如可以将材料掺入施用于患者的药物组合物,并不引起任何显著的不想要的生物学效应或与含有它的组合物的任何其它成分以有害方式相互作用。药学可接受载剂或赋形剂优选达到毒理学和制造测试的期望标准和/或包括在由美国食品和药品管理局制定的无活性组分指导上。
如本文中使用的,“连同/联合”指例如本文中描述的抗CD8抗体的施用相对于第二药剂,例如免疫治疗剂的施用的时机。例如,本文中描述的抗CD8抗体连同免疫治疗剂或癌症疫苗(例如个性化癌症疫苗或“PCV”)的施用意味着可以在施用免疫治疗剂或癌症疫苗之前,在施用免疫治疗剂或癌症疫苗之后,与免疫治疗剂或癌症疫苗的施用并行,或与免疫治疗剂或癌症疫苗的施用同时施用抗CD8抗体。可以在施用抗CD8抗体和免疫治疗剂或癌症疫苗之前或之后施用另外的药剂。另外/或者,可以在抗CD8抗体和免疫治疗剂或癌症疫苗的序贯施用之间施用其它药剂。
术语“检测”意图包括确定物质(诸如CD8)的存在或缺失或量化物质的量。该术语如此指使用本发明的材料,组合物,和方法进行定性和定量测定。一般而言,用于检测的特定技术对于本发明的实践不是至关紧要的。例如,依照本发明的“检测”可包括:观察CD8多肽的存在或缺失或CD8多肽的水平的变化。在一些实施方案中,“检测”可包括检测野生型CD8水平(例如mRNA或多肽水平)。检测可包括量化当与对照相比时介于10％和90％之间的任何值,或介于30％和60％之间的任何值,或超过100％的变化(升高或降低)。检测可包括量化介于2倍至10倍之间(含端点),或更多(例如100倍)的任何值的变化。
当在本文中使用时,词语“标记物”指与抗体直接或间接缀合的可检测化合物或组合物。标记物可以自身是通过自身可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物),或者在酶标记物的情况中,可以催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。
在本文中提到“约”数值或参数指这个技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的通常误差范围。在本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)指向该数值或参数本身的方面。例如,提到“约X”的描述包括“X”的描述。
理解的是,本文中描述的发明的各方面和实施方案包括“包含”,“由……组成”,和“本质上由……组成”方面和实施方案。
据此通过援引完整收录本文中引用的所有参考文献,包括专利申请和出版物。
抗CD8抗体
a.功能特征
本文中提供的抗CD8抗体具有一项或多项下面的特征:(a)抗体并不抑制或刺激CD8+T细胞激活；(b)抗体并不诱导CD8+T细胞增殖；(c)抗体并不诱导IFNγ生成；(d)抗体特异性结合人CD8；(e)抗体特异性结合恒河猴CD8；(f)抗体特异性结合食蟹猴CD8；(g)抗体并不结合CD4+细胞；(g)抗体并不结合CD3-细胞；和(h)抗体并不自循环消减CD8+T细胞。可以使用公知的方法,例如下文实施例中使用的方法来评估此类特征。在某些实施方案中,在纯化的CD8+T细胞,抗CD3抗体,和本文中提供的抗CD8抗体存在下在体外评估CD8+T细胞的IFN-γ释放。在某些实施方案中,在纯化的CD8+T细胞,抗CD3抗体,和本文中提供的抗CD8抗体存在下在体外评估CD8+T细胞增殖。在某些实施方案中,在外周血单个核细胞(PBMC),破伤风类毒素,和本文中提供的抗CD8抗体存在下在体外评估CD8+T细胞增殖。在某些实施方案中,通过测量在本文中提供的抗CD8抗体存在下用破伤风类毒素刺激外周血单个核细胞(PBMC)后T细胞上的CD25表达(例如经由FACS)来评估CD8+T细胞激活。在某些实施方案中,经由FACS评估并不自循环消减CD8+T细胞。例如,在将本文中提供的抗CD8抗体施用(诸如注射)于受试者(诸如非人灵长动物)后,使用带标记物的抗CD8抗体对含有总淋巴细胞群体的样品实施FACS。
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)人CD4+T细胞。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)人CD3-细胞。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)人CD4+T细胞或人CD3-细胞。在一些实施方案中,如实施例中讨论的,经由荧光激活细胞分选(FACS)检测本文中提供的抗CD8抗体对人CD4+T细胞或人CD3-细胞的特异性结合的缺乏。
抗CD8抗体是以足够亲和力和特异性结合CD8的抗体。在某些实施方案中,抗CD8抗体以约1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM任一(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合人CD8。在某些实施方案中,抗CD8抗体以约1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM任一(例如10-8M或更少,例如10-8M至10- 13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合恒河猴CD8。在某些实施方案中,抗CD8抗体以1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合食蟹猴CD8。
在某些实施方案中,抗CD8抗体(a)以约1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合人CD8；(b)以约1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合恒河猴CD8,且(c)以约1μM,100nM,50nM,40nM,30nM,20nM,10nM,5nM,1nM,0.5nM,0.1nM,0.05nM,或0.001nM(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M),包括这些值之间的任何范围的KD结合食蟹猴CD8。可以通过本领域知道的任何方法测定本文中提供的抗CD8抗体对人CD8,恒河猴CD8和/或食蟹猴CD8的KD,包括但不限于例如ELISA,荧光激活细胞分选(FACS)分析,放射性免疫沉淀(RIA),和表面等离振子共振(SPR)。在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体对人CD8,恒河猴CD8和/或食蟹猴CD8的KD是经由SPR测定的。在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体对人CD8,恒河猴CD8和/或食蟹猴CD8的KD是经由FACS测定的。
在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)小鼠CD8。在某些实施方案中,抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)大鼠CD8。在某些实施方案中,抗CD8抗体并不结合(例如特异性结合)小鼠CD8或大鼠CD8,例如如经由SPR和/或FACS测定的。
本文中提供的是具有一项或多项上文描述的功能特征的例示性抗CD8抗体。在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含至少一种,两种,三种,四种,五种,或六种选自下述的CDR:(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:4,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7,或SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含六种选自下述的CDR:(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:4,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ IDNO:7,或SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含至少一种,至少两种,或所有三种选自下述的VH CDR:(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ IDNO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含至少一种,至少两种,或所有三种选自下述的VL CDR:(a)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(b)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:4,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7,或SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)VH域,该VH域包含至少一种,至少两种,或所有三种选自下述的VH CDR:(i)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(ii)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(iii)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和(b)VL域,该VL域包含至少一种,至少两种,或所有三种选自下述的VL CDR:(iv)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(v)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(vi)包含SEQID NO:4,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7,或SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:4中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:5中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:6中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:7中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中,提供的是一种抗CD8抗体,其包含(a)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；(c)包含SEQ IDNO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；(d)包含SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(e)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
下文表1中提供SEQ ID NO:1-13的氨基酸序列:
表1
Figure BDA0002380468760000241
Figure BDA0002380468760000251
在一些实施方案中,抗CD8抗体包含具有SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ IDNO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26任一中所列氨基酸序列的重链可变域(VH)。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含具有SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25,或SEQ ID NO:27任一中所列氨基酸序列的轻链可变域(VL)。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含具有SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26任一中所列氨基酸序列的重链可变域(VH)和具有SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ IDNO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25,或SEQ ID NO:27任一中所列氨基酸序列的轻链可变域(VL)。
在一些实施方案中,抗CD8抗体包含如上文提供的任何实施方案中的VH和如上文提供的任何实施方案中的VL。
在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:26和SEQID NO:27中分别所列VH和/或VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。
在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27中分别所列VH和VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。
下文提供SEQ ID NO:14-27的氨基酸序列:
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:14)
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DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISQYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHNEFPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:17)
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT(SEQ ID NO:18)
DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISQYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHNEFPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:19)
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT(SEQ ID NO:20)
DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISQYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVNEFPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:21)
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:22)
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EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYARKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCTRGYGYYVFDTWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT(SEQ ID NO:24)
DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISQYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVNEFPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:25)
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT(SEQ ID NO:26)
DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISKYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVNEFPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:27)
b.药动学特征
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体由肾和肝清除。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体由肾或肝清除。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体由(诸如主要由)肾系统清除。
c.单价抗CD8抗体
在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗体是包含全长重链,轻链,和Fc的独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗体包含全长重链,全长重链包含VH域,VH域包含SEQ ID NO:14,16,18,20,22,24,和26任一中所列氨基酸序列。另外/或者,独臂抗体包含全长轻链,全长轻链包含VL域,VL域包含SEQ ID NO:15,17,19,21,23,25,和27任一中所列氨基酸序列。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:14中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:15中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:16中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:17中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:18中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:19中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:20中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:21中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:22中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:23中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:24中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:25中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中,全长重链包含SEQ ID NO:26中所列VH序列且全长轻链包含SEQ ID NO:27中所列VL序列,包括那些序列的翻译后修饰。
在一些实施方案中,全长重链包含一处或多处“节”突变,且Fc包含一处或多处“穴”突变。在一些实施方案中,全长重链包含一处或多处“穴”突变,且Fc包含一处或多处“节”突变。图1中提供本文中提供的独臂抗CD8抗体的一种例示性示意图。
在某些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含L234A突变的变异IgG1 Fc域,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含(诸如进一步包含)包含L235A突变的变异IgG1 Fc域,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含(诸如进一步包含)包含P329G突变的变异IgG1 Fc域,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含L234A,L235A,和P329G突变的变异IgG1 Fc域,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含包含L234A,L235A,和P329G突变中一项或多项(诸如L234A,L235A,和P329G突变中任两项或所有三项)的变异IgG1 Fc域。
在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。下文提供SEQ ID NO:28,29,和30中所列氨基酸序列:
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDTYIHWVRQAPGQGLEWIGRIDPANDNTLYASKFQGRATITADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCGRGYGYYVFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAAGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALGAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:28)
DVQITQSPSSLSASVGDRVTITCRTSRSISQYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVNEFPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:29)
DKTHTCPPCPAPEAAGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALGAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:30)
d.抗体片段
在一些实施方案中,提供的是抗CD8抗体的片段。在一些实施方案中,抗体片段是抗原结合片段。在一些实施方案中,抗原结合片段选自由Fab片段,Fab’片段,Fab’-SH,F(ab’)2片段,scFv,或Fv组成的组。
已经开发了用于生成抗体片段的多种技术。传统上,这些片段经由完整抗体的蛋白水解消化而衍生(参见例如Morimoto et al.,Journal of Biochemical andBiophysical Methods 24:107-117(1992)和Brennan et al.,Science 229:81(1985))。然而,现在可以由重组宿主细胞直接生成这些片段。例如,可以自上文讨论的抗体噬菌体文库分离抗体片段。或者,可以直接自大肠杆菌回收Fab’-SH片段并化学偶联以形成F(ab’)2片段(Carter et al.,Bio/Technology10:163-167(1992))。依照另一种办法,可以直接自重组宿主细胞培养物分离F(ab’)2片段。用于生成抗体片段的其它技术对于熟练从业人员会是显然的。在其它实施方案中,选择的抗体是单链Fv片段(scFv)。参见WO 93/16185；美国专利No.5,571,894；和美国专利No.5,587,458。例如,抗体片段还可以是“线性抗体”,如例如美国专利No.5,641,870中描述的。此类线性抗体片段可以是单特异性的或双特异性的。
对于某些抗体片段的综述,参见Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。对于scFv片段的综述,参见例如Pluckthün,in The Pharmacology of MonoclonalAntibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.(Springer-Verlag,New York),pp.269-315(1994)；还参见WO 93/16185；和美国专利No.5,571,894和5,587,458。对于包含补救受体结合表位残基且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论,参见美国专利No.5,869,046。
e.抗体变体和抗体修饰
在某些实施方案中,涵盖本文中描述的抗CD8抗体的氨基酸序列变体。例如,可能想要改善抗CD8抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将适宜的修饰引入编码蛋白质的核苷酸序列或通过肽合成来制备抗CD8抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗CD8抗体的(诸如一种或多种CDR和/或框架序列中的或VH和/或VL域中的)氨基酸序列内的残基的删除,和/或插入和/或替代。可以做出删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的构建物,前提是最终的构建物拥有期望的特征(例如如本文中别处描述的)。
“抗CD8抗体变体”意味着拥有本文中描述的期望特征的多肽,例如抗CD8抗体包含与本文中描述的抗CD8抗体的VH和/或VL具有至少约80％氨基酸序列同一性的VH和/或VL域。此类抗CD8抗体变体包括例如其中对或自VH和/或VL域添加或删除一个或多个氨基酸残基的抗体。通常,抗CD8抗体变体会与本文中描述的抗CD8抗体具有至少约80％氨基酸序列同一性,或者至少约85％,90％,95％,96％,97％,98％,或99％任一氨基酸序列同一性。任选地,变异抗CD8抗体会具有与本文中提供的抗CD8抗体序列相比不多于一处保守氨基酸替代,或者与本文中提供的抗CD8抗体序列相比不多于约2,3,4,5,6,7,8,9,或10处任一保守氨基酸替代。
在某些实施方案中,提供了具有一处或多处氨基酸替代,插入,和/或删除的抗CD8抗体变体。对于替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表2中在标题“保守替代”下显示。更加实质性变化在表2中在标题“例示性替代”下提供且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣抗体并对产物筛选期望的活性,例如保留/改善抗原结合,降低免疫原性,或改善ADCC或CDC。
表2
原始残基 例示性替代 保守替代
Ala(A) Val；Leu；Ile Val
Arg(R) Lys；Gln；Asn Lys
Asn(N) Gln；His；Asp,Lys；Arg Gln
Asp(D) Glu；Asn Glu
Cys(C) Ser；Ala Ser
Gln(Q) Asn；Glu Asn
Glu(E) Asp；Gln Asp
Gly(G) Ala Ala
His(H) Asn；Gln；Lys；Arg Arg
Ile(I) Leu；Val；Met；Ala；Phe；正亮氨酸 Leu
Leu(L) 正亮氨酸；Ile；Val；Met；Ala；Phe Ile
Lys(K) Arg；Gln；Asn Arg
Met(M) Leu；Phe；Ile Leu
Phe(F) Trp；Leu；Val；Ile；Ala；Tyr Tyr
Pro(P) Ala Ala
Ser(S) Thr Thr
Thr(T) Val；Ser Ser
Trp(W) Tyr；Phe Tyr
Tyr(Y) Trp；Phe；Thr；Ser Phe
Val(V) Ile；Leu；Met；Phe；Ala；正亮氨酸 Leu
抗CD8抗体变体的生物学特性的实质性修饰可以通过选择在它们对维持下述各项的效果方面差异显著的替代来实现:(a)替代的区域中多肽骨架的结构,例如作为片层或螺旋构象,(b)靶位点处分子的电荷或疏水性,或(c)侧链的体积。氨基酸可以依照它们的侧链的特性的相似性分组(A.L.Lehninger,Biochemistry,second ed.,pp.73-75,WorthPublishers,New York(1975)):
(1)非极性的:Ala(A),Val(V),Leu(L),Ile(I),Pro(P),Phe(F),Trp(W),Met(M)；
(2)不带电荷的极性的:Gly(G),Ser(S),Thr(T),Cys(C),Tyr(Y),Asn(N),Gln(Q)；
(3)酸性的:Asp(D),Glu(E)；
(4)碱性的:Lys(K),Arg(R),His(H)。
或者,天然发生残基可以基于共同的侧链特性分入各组:
(1)疏水性的:正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性亲水性的:Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的:Asp,Glu；
(4)碱性的:His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基:Gly,Pro；
(6)芳香族的:Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类中的一个的成员交换另一个类的。
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含与SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中,具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VH序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代),插入,或删除,但是包含该序列的抗CD8抗体保留结合CD8(例如人CD8,恒河猴CD8,和/或食蟹猴CD8)的能力。在某些实施方案中,在SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26中替代,插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中,替代,插入,或删除存在于CDR以外的区域中(即在FR中)。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQ IDNO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26中所列VH序列,包括该序列的翻译后修饰。
在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含与SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25或SEQ ID NO:27的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)序列。在某些实施方案中,具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代),插入,或删除,但是包含该序列的抗CD8抗体保留结合CD8(例如人CD8,恒河猴CD8,和/或食蟹猴CD8)的能力。在某些实施方案中,在SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25或SEQ ID NO:27中替代,插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中,替代,插入,或删除存在于CDR以外的区域中(即在FR中)。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25或SEQ ID NO:27中所列VL序列,包括该序列的翻译后修饰。
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含与SEQ ID NO:20的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中,具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VH序列相对于SEQ ID NO:20含有替代(例如保守替代),插入,或删除,但是包含该序列的抗CD8抗体保留结合CD8(例如人CD8,恒河猴CD8,和/或食蟹猴CD8)的能力。在某些实施方案中,在SEQ ID NO:20中替代,插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中,替代,插入,或删除存在于CDR以外的区域中(即在FR中)。任选地,抗CD8抗体重链包含SEQ ID NO:20中的VH序列,包括该序列的翻译后修饰。另外/或者,本文中提供的抗CD8抗体包含与SEQ ID NO:21的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)序列。在某些实施方案中,具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于SEQ ID NO:21含有替代(例如保守替代),插入,或删除,但是包含该序列的抗CD8抗体保留结合CD8(例如人CD8,恒河猴CD8,和/或食蟹猴CD8)的能力。在某些实施方案中,在SEQ ID NO:21中替代,插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中,替代,插入,或删除存在于CDR以外的区域中(即在FR中)。任选地,抗CD8抗体轻链包含SEQ IDNO:21中的VL序列,包括序列的翻译后修饰。
一种类型的替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地,为进一步研究选择的所得变体会相对于亲本抗体具有某些生物学特性中的修饰(例如改善)(例如升高的亲和力,降低的免疫原性)和/或会实质性保留亲本抗体的某些生物学特性。一种例示性替代变体是亲和力成熟抗体,其可以方便地生成,例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术,诸如本文中描述的那些。简言之,突变一个或多个HVR残基并在噬菌体上展示变异抗体并筛选特定生物学活性(例如结合亲和力)。
可以在HVR中做出改变(例如替代),例如为了改善抗体亲和力。可以在HVR“热点”(即由在体细胞突变过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基,参见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或SDR(a-CDR)中做出此类改变,对所得变异VH或VL测试结合亲和力。已经描述了通过二级文库的构建和再选择的亲和力成熟,例如Hoogenboom et al.,in Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien etal.,ed.,Human Press,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中,通过多种方法任一(例如易错PCR,链改组,或寡核苷酸定向诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后创建二级文库。然后筛选文库以鉴定具有期望亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一种方法牵涉HVR定向办法,其中随机化数个HVR残基(例如一次4-6个残基)。可以特异性鉴定抗原结合中牵涉的HVR残基,例如使用丙氨酸扫描诱变或建模。特别是,常常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中,替代,插入,或删除可以在一个或多个CDR中发生,只要此类改变并不实质性降低抗体结合CD8的能力。例如,可以在CDR中做出并不实质性降低结合亲和力的保守改变(例如如本文中提供的保守替代)。此类改变可以在CDR“热点”或SDR以外。在上文提供的变异VH和VL序列的某些实施方案中,每种HVR或是未改变的,或是含有不多于一处,两处或三处氨基酸替代。
一种对于鉴定抗体中诱变可以靶向的残基或区域有用的方法称作“丙氨酸扫描诱变”,如由Cunningham and Wells(1989)Science,244:1081-1085描述的。在这种方法中,鉴定一个残基或一组靶残基(例如带电荷的残基,诸如Arg,Asp,His,Lys,和Glu)并用中性或带负电荷的氨基酸(例如丙氨酸或多丙氨酸)替换以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代展现功能敏感性的氨基酸位置处引入别的替代。或者/另外,研究抗原-抗体复合物的晶体结构以鉴定抗体和抗原之间的接触点。可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基作为替代的候选。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为一个残基至含有一百个或更多残基的多肽的氨基和/或羧基末端融合,以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N末端甲硫氨酰残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C末端与酶(例如用于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽融合。
f.Fc区变体
在某些实施方案中,可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中,由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如人IgG1,IgG2,IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含拥有一些但不是所有效应器功能的Fc变体,使其成为如下应用的期望候选物,其中抗体的体内半衰期是重要的,而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如,可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此很可能缺乏ADCC活性),但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII,而单核细胞表达FcγRI,FcγRII和FcγRIII。在Ravetch andKinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表2中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子描述于美国专利No.5,500,362(参见例如Hellstrom,I.et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986)和Hellstrom,I.et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA82:1499-1502(1985)；5,821,337(参见Bruggemann,M.et al.,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者,可以采用非放射性测定方法(参见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.,Mountain View,CA；和CytoTox
Figure BDA0002380468760000361
非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外,可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性,例如在动物模型中,诸如披露于Clynes et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以进行C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q并因此缺乏CDC活性。参见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体活化,可以实施CDC测定法(参见例如Gazzano-Santoro et al.,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg,M.S.et al.,Blood101:1045-1052(2003)；和Cragg,M.S.and M.J.Glennie,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域知道的方法实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见例如Petkova,S.B.et al.,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基234,235,237,238,265,269,270,297,327和329中一个或多个的替代的(参见例如美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265,269,270,297和327中两处或更多处具有替代的Fc突变体,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的,包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
在某些实施方案中,此类Fc突变体包含氨基酸位置234,235,和329中两个或更多个处的替代。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含变异IgG1 Fc域,其包含L234A突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含变异IgG1 Fc域,其包含(诸如进一步包含)L235A突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含变异IgG1 Fc域,其包含(诸如进一步包含)P329G突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含变异IgG1 Fc域,其包含L234A,L235A,和P329G突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在某些实施方案中,抗CD8抗体包含变异IgG1 Fc域,其包含L234A,L235A,和P329G突变中一项或多项(诸如L234A,L235A,和P329G突变中任两项或所有三项)。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体描述于US2005/0014934A1(Hinton et al.),新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer etal.,J.Immunol.117:587(1976)和Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn的结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中一个或多个处具有替代,例如Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还参见Duncan and Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；和WO 94/29351,其关注Fc区变体的其它例子。
g.“节-入-穴”变体
在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体的Fc域包含“节-入-穴”突变。“节-入-穴”是一种用于工程化改造抗体重链同二聚体进行异二聚化(例如为了有效生成双特异性抗体,多特异性抗体,或独臂抗体)的设计策略。一般地,此类技术牵涉引入第一多肽(诸如第一抗体重链中的第一CH3域)的界面处的隆起(“节”)和第二多肽(诸如第二抗体重链中的第二CH3域)的界面中的对应空腔(“穴”),使得隆起能安置在空腔中从而促进异二聚体形成和阻碍同二聚体形成。通过将来自第一多肽(诸如第一抗体重链中的第一CH3域)的界面的较小氨基酸侧链用较大侧链(例如精氨酸,苯丙氨酸,酪氨酸或色氨酸)替换来构建隆起。通过将较大氨基酸侧链用较小侧链(例如丙氨酸,丝氨酸,缬氨酸,或苏氨酸)替换在第二多肽(诸如第二抗体重链中的第二CH3域)的界面中创建与隆起相同或相似尺寸的补偿性空腔。可以通过改变编码多肽的核酸(例如通过位点特异性诱变)或通过肽合成来生成隆起和空腔。在一些实施方案中,节修饰包含Fc域的两个亚基之一中的氨基酸替代T366W,而穴修饰包含Fc域的两个亚基之另一中的氨基酸替代T366S,L368A和Y407V。在一些实施方案中,Fc域的包含节修饰的亚基另外包含氨基酸替代S354C,而且Fc域的包含穴修饰的亚基另外包含氨基酸替代Y349C。引入这两个半胱氨酸残基导致形成Fc区的两个亚基之间的二硫桥,如此进一步稳定二聚体(Carter,J.Immunol.Methods 248:7-15(2001))。节-入-穴突变的例示性套组包括但不限于下文表3中显示的那些:
表3
Figure BDA0002380468760000381
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含包含第一Fc域的抗体重链,抗体轻链,和第二Fc域,其中抗体重链与抗体轻链配对,且其中第一Fc域和第二Fc域在界面处相遇。在一些实施方案中,第一Fc域的界面包含空腔,且其中第二Fc域的界面包含隆起,隆起可安置在第一Fc域的界面中的空腔中；或其中第二Fc域的界面包含空腔,且其中第一Fc域的界面包含隆起,隆起可安置在第二Fc域的界面中的空腔中。在一些实施方案中,第一Fc域包含T366S,L358A,和Y407V突变,第二Fc域包含T366W突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。在一些实施方案中,第一Fc域包含T366W突变,且第二Fc域包含T366S,L358A,和Y407V突变,其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。
关于“节-入-穴”技术的别的细节描述于例如美国专利No.5,731,168；美国专利No.7,695,936；WO 2009/089004；US 2009/0182127；Marvin and Zhu,ActaPharmacologica Sincia(2005)26(6):649-658；Kontermann,Acta PharmacologicaSincia(2005)26:1-9；Ridgway et al.,Prot Eng 9:617-621(1996)；
和Carter,J Immunol Meth 248:7-15(2001)。
抗体衍生物
在某些实施方案中,可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的另外的非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG),乙二醇/丙二醇共聚物,羧甲基纤维素,右旋糖苷,聚乙烯醇,聚乙烯吡咯烷酮,聚-1,3-二氧杂环戊烷,聚-1,3,6-三氧杂环己烷,乙烯/马来酸酐共聚物,聚氨基酸(均聚物或随机共聚物),和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇,丙二醇均聚物,环氧丙烷/环氧乙烷共聚物,聚氧乙烯化多元醇(例如甘油),聚乙烯醇,及其混合物。由于其在水中的稳定性,聚乙二醇丙醛在制造中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量的,而且可以是分支的或不分支的。附着于抗体的聚合物的数目可以变化,而且如果附着了多于一个聚合物的话,它们可以是相同或不同的分子。一般而言,可以基于如下考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型,包括但不限于抗体要改进的特定特性或功能,抗体衍生物是否会用于限定条件下的治疗,等。
在另一个实施方案中,提供了抗体和可以通过暴露于辐射而选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中,非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的,而且包括但不限于对普通细胞没有损害,但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
包含可检测标记物的免疫缀合物
提供的是免疫缀合物,其包含与可检测标记物缀合的本文中描述的抗CD8抗体。术语“标记物”或“可检测标记物”指在对细胞,组织,器官等等上的靶分子(诸如CD8)的位置和/或数量的诊断,检测或显现/成像中有用的原子,分子,或化合物。可依照本文中的实施方案使用的可检测标记物包括但不限于放射性物质(例如放射性同位素,放射性核素,放射性标记物或放射性示踪剂),染料(例如IndoCyanine Green(ICG)),造影剂,荧光化合物或分子,生物发光化合物或分子,酶和增强剂(例如顺磁性离子)。另外,一些纳米颗粒,例如量子点和金属纳米颗粒对于作为检测剂使用可能是合适的。
可以作为依照本文中的实施方案的可检测标记物使用的放射性物质包括但不限于18F,32P,33P,45Ti,47Sc,52Fe,59Fe,62Cu,64Cu,67Cu,67Ga,68Ga,75Sc,77As,86Y,89Sr,89Zr,90Y,90Nb,94Tc,99Tc,99mTc,99Mo,105Pd,105Rh,111Ag,111In,123I,124I,125I,131I,142Pr,143Pr,149Pm,153Sm,154-158Gd,161Tb,166Dy,169Er,175Lu,177Lu,186Re,188Re,189Re,194Ir,198Au,199Au,211At,211Pb,212Bi,212Pb,213Bi,223Ra,和225Ac。可以作为可检测标记物使用的例示性顺磁性离子物质包括但不限于过渡和镧系金属(例如具有6至9,21至29,42至44,或57至71的原子序数的金属)的离子。这些金属包括Cr,V,Mn,Fe,Co,Ni,Cu,La,Ce,Pr,Nd,Pm,Sm,Eu,Gd,Tb,Dy,Ho,Er,Tm,Yb和Lu的离子。
当可检测标记物是放射性金属或顺磁性离子时,在一些实施方案中,标记物能与具有如下长尾的试剂起反应,该长尾具有附着于其的一个或多个螯合基团以结合这些离子。长尾可以是聚合物,诸如聚赖氨酸,多糖,或其它衍生链或可衍生链,其具有可以结合螯合基团(即用于结合离子)的悬挂基团。可以依照本文中的实施方案使用的螯合基团的例子包括但不限于乙二胺四乙酸(EDTA),二亚乙基三胺五乙酸(DTPA),DOTA,NOIA,NOGADA,NETA,NODA,NOTA,去铁胺(DfO),DFO*(即DFO-星),DFO-方酰胺,卟啉,聚胺,冠醚,双硫代缩氨基脲/半卡巴腙,聚肟,和类似基团。可以通过容许以免疫反应性的最小损失和最小聚集和/或内部交联与分子形成键的基团连接螯合物与本文中提供的抗CD8抗体。相同的螯合物在与非放射性金属(例如锰,铁和钆)络合时在连同本文中描述的抗CD8抗体使用时对于磁共振成像(MRI)是有用的。大环螯合物,诸如NOIA,NOGADA,DOTA,NODA,NOTA,和TETA与多种金属和放射性金属一起使用,包括但不限于例如镓,钇和铜的放射性核素。可以使用对于稳定结合放射性核素(诸如镭-223)以进行放射性碘治疗(RAIT)感兴趣的其它环形螯合物(诸如大环聚醚)。在某些实施方案中,可以使用螯合模块将正电子发射断层摄影术(PET)成像剂(诸如铝-18F复合物)附着于本文中提供的抗CD8抗体用于PET分析。
可以作为依照本文中的方法和组合物的实施方案的可检测标记物使用的例示性造影剂包括但不限于钡,泛影酸盐(diatrizoate),乙碘油(ethiodized oil),柠檬酸镓(gallium citrate),碘卡酸(iocarmic acid),碘西他酸(iocetamic acid),碘达胺(iodamide),胆影酸/碘肥胺(iodipamide),碘沙酸(iodoxamic acid),碘古酰胺(iogulamide),碘己基(iohexyl),碘帕醇(iopamidol),碘番酸(iopanoic acid),碘普西酸(ioprocemic acid),碘西法酸(iosefamic acid),碘丝酸(ioseric acid),碘砜葡胺(iosulamide meglumine),碘琥酸(iosemetic acid),碘酞硫(iotasul),碘替酸(iotetricacid),碘他拉酸(iothalamic acid),碘曲西酸(iotroxic acid),碘克沙酸(ioxaglicacid),羟泛影酸(ioxotrizoic acid),碘泊酸盐(ipodate),葡甲胺(meglumine),甲泛葡胺metrizamide),甲泛影钠(metrizoate),丙碘酮(propyliodone),氯化亚铊(thallouschloride),或组合其。
可以作为依照本文中的方法和组合物的可检测标记物使用的生物发光和荧光化合物或分子和染料包括但不限于例如荧光素,异硫氰酸荧光素(FITC),OREGON GREENTM,罗丹明,德克萨斯红,IRDye800CW,AlexaFluor647,异硫氰酸四罗丹明(TRITC),Cy3,Cy5,等等),荧光标志物(例如绿色荧光蛋白(GFP),藻红蛋白,等等),受肿瘤相关蛋白酶激活的自淬灭荧光化合物,酶(例如萤光素酶,辣根过氧化物酶,碱性磷酸酶,等等),纳米颗粒,生物素,洋地黄毒苷/地高辛配基或其组合。
可以作为依照本文中的方法和组合物的可检测标记物使用的酶包括但不限于例如辣根过氧化物酶,碱性磷酸酶,酸性磷酸酶,葡萄糖氧化酶,β-半乳糖苷酶,β-葡萄糖醛酸酶或β-内酰胺酶。此类酶可以与色原体,荧光化合物或发光化合物组合使用以生成可检测信号。
在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体是与纳米颗粒,即其尺寸以纳米测量的微观颗粒缀合的。例如,纳米颗粒是具有至少一个小于约100nm的维度的颗粒。纳米颗粒可用作可检测物质,因为它们小得足以散射可见光而非吸收它。例如,金纳米颗粒拥有显著的可见光消光特性且在溶液中呈现深红色至黑色。结果是,与纳米颗粒缀合的本文中提供的抗CD8抗体可用于受试者中的T细胞的体内成像。在尺寸范围的较小端,纳米颗粒常常称作簇。已经形成金属,电介质,和半导体纳米颗粒,以及杂合结构(例如核-壳纳米颗粒)。纳米球,纳米竿,和纳米杯只是已经生长的一些形状。半导体量子点和纳米晶体是另外的类型的纳米颗粒的例子。此类纳米尺度颗粒在与本文中提供的抗CD8抗体缀合时可用作成像剂用于体内检测T细胞,如本文中描述的。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和标记物的缀合物,诸如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP),琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC),亚氨基硫烷(IT),亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯),活性酯(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺基酯),醛(诸如戊二醛),双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺),双重氮衍生物(诸如双-(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺),二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯),和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如,可以如Vitetta et al.,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核素与抗体缀合的一种例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如,可使用酸不稳定接头,肽酶敏感性接头,光不稳定接头,二甲基接头或含二硫化物接头(Chari et al.,Cancer Res.52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。本文中的免疫缀合物包括但不限于用交联试剂制备的此类缀合物,交联试剂包括但不限于BMPS,EMCS,GMBS,HBVS,LC-SMCC,MBS,MPBH,SBAP,SIA,SIAB,SMCC,SMPB,SMPH,sulfo-EMCS,sulfo-GMBS,sulfo-KMUS,sulfo-MBS,sulfo-SIAB,sulfo-SMCC,和sulfo-SMPB,和SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯),它们是商品化的(例如来自PierceBiotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含接头,它是去铁草酰胺化合物(参见例如Vugts et al.(2017)Eur J Nucl Med MolImaging 44:286-295和Rudd et al.(2016)Chem Commun.52:11859-12000)。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体包含N-琥珀酰基-去铁草酰胺(DFO)接头。在一些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体经由去铁草酰胺化合物(例如N-琥珀酰基-去铁草酰胺)与放射性核素(例如包括但不限于89Zr,124I,或18F)缀合。
在某些实施方案中,本文中提供的抗CD8抗体与可检测标记物直接偶联(即没有接头)。
生成抗CD8抗体的方法
可以使用重组方法和组合物生成本文中描述的抗CD8抗体,例如如美国专利No.4,816,567中描述的。在一个实施方案中,提供了编码本文中描述的抗CD8抗体的分离的核酸。此类核酸可以编码包含抗体的VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如抗体的轻和/或重链)。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区的分离的核酸,其中该核酸包含与编码SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26的核酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的序列。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8轻链可变区的分离的核酸,其中该核酸包含与编码SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ IDNO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25,或SEQ ID NO:27的核酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的序列。
在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和抗CD8轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链可变区的核酸包含与编码SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26的核酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的序列且编码轻链可变区的核酸包含与编码SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25,或SEQ ID NO:27的核酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的序列。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区的分离的核酸,其中该核酸包含编码SEQ ID NO:14,SEQ IDNO:16,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:24,或SEQ ID NO:26的序列。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8轻链可变区的分离的核酸,其中该核酸包含编码SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:25,或SEQ ID NO:27的序列。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:14且编码轻链的核酸编码SEQ IDNO:15。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:16且编码轻链的核酸编码SEQ ID NO:17。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:18且编码轻链的核酸编码SEQ ID NO:19。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:20且编码轻链的核酸编码SEQ ID NO:21。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:22且编码轻链的核酸编码SEQ IDNO:23。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:24且编码轻链的核酸编码SEQ ID NO:25。在某些实施方案中,提供了编码抗CD8重链可变区和轻链可变区的分离的核酸,其中编码重链的核酸编码SEQ ID NO:26且编码轻链的核酸编码SEQ ID NO:27。
在又一个实施方案中,提供了包含本文中描述的核酸的一种或多种载体(例如表达载体)。在又一个实施方案中,提供了包含此类核酸或载体的宿主细胞。在一个此类实施方案中,宿主细胞包含(例如已经转化有):(1)包含编码包含抗CD8抗体的VL的氨基酸序列和包含抗CD8抗体的VH的氨基酸序列的核酸的载体,或(2)包含编码包含抗CD8抗体的VL的氨基酸序列的核酸的第一载体和包含编码包含抗CD8抗体的VH的氨基酸序列的核酸的第二载体。在一个实施方案中,宿主细胞是真核的,例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如Y0,NS0,Sp20细胞)。在一个实施方案中,宿主细胞是原核的,例如大肠杆菌细胞。在一个实施方案中,提供了一种生成抗CD8抗体的方法,其中该方法包含在适合于抗体表达的条件下培养如上文提供的包含编码抗体的核酸的宿主细胞,和任选地自宿主细胞(或宿主细胞培养液)回收抗体。
为了重组生成抗CD8抗体,分离例如如上文描述的编码抗体的核酸并插入一种或多种载体用于进一步在宿主细胞中克隆和/或表达。可以使用常规规程容易地分离此类核酸并测序(例如通过使用能够特异性结合编码抗体的重和轻链的基因的寡核苷酸探针)。
对于克隆或表达编码抗体的载体合适的宿主细胞包括本文中描述的原核或真核细胞。例如,可以在细菌中生成抗体,特别是在不需要糖基化和Fc效应器功能时。对于在细菌中表达抗体片段和多肽,参见例如美国专利No.5,648,237,5,789,199,和5,840,523。还参见Charlton,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,NJ,2003),pp.245-254,其描述在大肠杆菌中表达抗体片段。表达后,可以在可溶性级分中自细菌细胞糊分离抗体且可以进一步纯化。
在原核生物以外,真核微生物,诸如丝状真菌或酵母对于编码抗体的载体是合适的克隆或表达宿主,包括其糖基化途径已经“人源化”,导致生成具有部分或完全人糖基化样式的抗体的真菌和酵母株。参见Gerngross,Nat.Biotech.22:1409-1414(2004),和Li etal.,Nat.Biotech.24:210-215(2006)。
对于表达糖基化抗体合适的宿主细胞还衍生自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已经鉴定了可以与昆虫细胞联合使用的众多杆状病毒株,特别是用于转染草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞。
还可以利用植物细胞培养物作为宿主。参见例如美国专利No.5,959,177,6,040,498,6,420,548,7,125,978,和6,417,429(描述用于在转基因植物中生成抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
还可以使用脊椎动物细胞作为宿主。例如,适应悬浮生长的哺乳动物细胞系可能是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其它例子是经SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或如例如Graham et al.,J.Gen.Viral.36:59(1977)中描述的293细胞)；幼仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞托里(Sertoli)细胞(TM4细胞,如例如Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980)中描述的)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人宫颈癌细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK)；牛鼠肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠乳房肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞,如例如Mather et al.,Annals N.Y.Acad.Sci.383:44-68(1982)中描述的；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞,包括DHFR-CHO细胞(Urlaub et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216(1980))；和骨髓瘤细胞系,诸如Y0,NS0和Sp2/0。对于适合于抗体生成的某些哺乳动物宿主细胞系的综述,参见例如Yazaki and Wu,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,NJ),pp.255-268(2003)。
使用抗CD8抗体进行CD8+细胞检测,定位,和/或成像的方法
本文中提供的是使用抗CD8抗体或包含抗CD8抗体和本文中的可检测标记物的免疫缀合物进行CD8+细胞检测,定位,和/或成像的方法。在一些实施方案中,该方法包含在体外或离体样品中检测CD8的存在。在一些实施方案中,该方法包含将抗CD8抗体或免疫缀合物添加至体外或离体样品。包括但不限于例如Western印迹,免疫组织化学分析,ELISA测定法,等等的此类方法任选地包含在将抗CD8抗体或免疫缀合物添加至体外或离体样品后实施清洗。在一些实施方案中,检测抗CD8抗体对CD8的结合包含检测附着至免疫缀合物的标记物。在一些实施方案中,该方法包含应用结合抗CD8:CD8复合物的包含本文中的可检测标记物的第二药剂,而且检测抗CD8抗体对CD8的结合包含检测第二药剂的可检测标记物。本领域普通技术人员会容易理解,第二药剂并不与抗CD8抗体竞争对CD8的结合或与CD8竞争对抗CD8抗体的结合。
在一些实施方案中,该方法包含在体内对CD8的存在的检测,定位,或成像。在一些实施方案中,该方法包含将本文中描述的抗CD8抗体或免疫缀合物施用于受试者。在一些实施方案中,受试者是人。在一些实施方案中,受试者是非人哺乳动物,例如大鼠,小鼠,豚鼠,仓鼠,家兔,犬,猫,牛,马,山羊,绵羊,驴,猪,猴,猿,或其它非人灵长动物。在一些实施方案中,非人灵长动物是恒河猴或食蟹猴。在一些实施方案中,将抗CD8抗体或免疫缀合物口服,表面,或局部施用于受试者。在一些实施方案中,经由输注(诸如静脉内输注)将抗CD8抗体或免疫缀合物施用于受试者。在一些实施方案中,输注是腹膜内的。在一些实施方案中,该方法包含将抗CD8抗体或免疫缀合物施用于受试者和自受试者取出样品用于分析(即检测抗CD8抗体或免疫缀合物对CD8的结合)。
在一些实施方案中,在体内实施CD8+细胞的检测,定位和/或成像,例如使用本文中别处进一步详细描述的技术。
在一些实施方案中,在体内检测CD8的存在包含将CD8(诸如CD8+细胞)定位至器官或组织。在一些实施方案中,该方法包含测定受试者中的器官或组织中CD8+细胞的数目。在某些实施方案中,受试者具有癌症,而且在体内检测CD8的存在包含将CD8+细胞定位至肿瘤。在一些实施方案中,CD8+细胞是CD8+T细胞,例如肿瘤浸润性CD8+T细胞。在一些实施方案中,该方法包含测定具有癌症的受试者中的肿瘤中CD8+T细胞的数目。在一些实施方案中,该方法包含在多个连续时间点测定具有癌症的受试者中的肿瘤中CD8+T细胞的数目。
用于体内检测CD8的技术
在一些实施方案中,经由免疫PET(正电子发射断层摄影术),SPECT(单光子发射计算机断层摄影术),也称作NMR(核磁共振)的MRI(磁共振成像),近红外(NIR),或契伦科夫(Cerenkov)发光成像(CLI)中至少一项检测在体内抗CD8抗体对CD8(诸如CD8+细胞,例如CD8+T细胞)的结合。在一些实施方案中,经由两种或更多种形式的成像来检测抗CD8抗体对CD8的结合。在一些实施方案中,经由近红外(NIR)和/或CLI检测抗CD8抗体对CD8的结合。在一些实施方案中,经由免疫SPECT和/或NIR荧光检测抗CD8抗体对CD8的结合。在一些实施方案中,经由免疫SPECT和计算机断层摄影术检测抗CD8抗体对CD8的结合。
免疫PET基于用发射正电子的放射性核素标记的抗体(诸如本文中提供的抗CD8抗体)或其片段的巧合检测。此类放射性核素包括但不限于例如18F,64Cu,76Br,86Y,88Y,89Zr,99mTc,111In,177Lu,123I,124I,125I,和131I。所发射的正电子会运动几毫米的距离,取决于初始正电子能量和周围的密度(参见例如Guus et al.(2007)The Oncologist,12:1379-1389中的表2)。在失去它的动能后,正电子与电子组合,导致所谓的湮没过程,其产生两个光子,每个具有511keV的能量。两个光子以相反方向同时发射。可以通过用PET照相机检测湮没光子对来监测患者中发射正电子的放射性核素标记的抗CD8抗体的分布。PET照相机由围绕患者的身体放置的一圈检测器组成。如果在很短的时间间隔(典型地是5-15纳秒)内由身体的相对侧上的检测器登记两个光子的话,假设沿着两个检测器之间的线的某处发生了湮没事件。通过计算所有线的交叉,能确定放射源(放射性标记的单抗)的位置。对于量化,PET能在实施适宜的校正时提供可靠的信息(参见Verel et al.(2005)J Nucl Med,46suppl 1:164S-171S)。关于免疫PET的另外的细节提供于例如van Dongen et al.(2007)TheOncologist 12(12):1379-1389；Reddy et al.(2010)Semin Nucl Med 40(3):182-189；Boerman et al.(2011)J Nucl Med 52(8):1171-1172；Santangelo et al.(2015)NatureMethods 12:427-432。
免疫SPECT成像需要将用发射伽马的放射性核素标记的抗体(诸如本文中提供的抗CD抗体)或其片段施用于受试者,典型地经由注射入血流。发射伽马的放射性核素的例子包括但不限于例如99mTc,111In,123I,131I,153Sm,或186Re。接着,使用伽马照相机自多个角度获取多个2D图像。然后使用计算机将断层摄影术重建算法应用于多个投射,产生3D数据集。然后可以操作这个数据集以显示沿着身体的任何选定轴的薄片,与自其它断层摄影术技术获得的那些类似。为了获取SPECT图像,围绕患者旋转伽马照相机。在旋转期间在限定点获取投射,典型地每3-6度。在大多数情况中,使用完整360度旋转以获得最佳重建。获得每个投射所需的时间也是可变的,但是典型地是15-20秒。这产生15-20分钟的总扫描时间。在一些情况中,可以构建SPECT伽马扫描仪与常规CT扫描仪一起运转,进行图像融合。这容许可以在SPECT闪烁照相术上看见肿瘤或组织的位置,但是难以就其它解剖结构而言精确定位。关于免疫SPECT的另外的详情可见于例如Laverman et al.(2015)J Nucl Med56(5):778-783；Lutje et al.(2014)Cancer Res 74(21):6216-6223；Muselaers et al.(2013)EurUrology 64(4):1101-1106；等等。
也称作NMR(核磁共振)的体内MRI(磁共振成像)的原理基于操作受试者的身体中存在的原子核中含有的质子和中子(最常见的是在氢原子中找到的那些)的磁特性。这些核的运动产生较小的磁距。当受试者的身体置于MRI扫描仪的磁场中时,这些核的磁距与磁场的方向对齐。然后在扫描仪中将射频(RF)脉冲应用于受试者的身体,其激发核,使得较低和较高能量自旋状态之间有跃迁。一旦给予RF脉冲,核返回它们的平衡状态(称作弛豫的过程),释放它们吸收的额外能量并发射RF信号。由扫描仪的RF线圈检测此信号,然后用于生成身体的组织的详细图像。通过使用MRI造影剂,能改善此图像的对比度和因此特定身体结构的可见度。经由MRI可检测的标记物的例子包括但不限于例如超顺磁性氧化铁(包括氧化铁纳米颗粒,诸如Molday ION罗丹明-B羧基),基于19F的探针,顺磁性金属(例如钆,锰,氧化锰,镝),(U)SPIO,PARA(CEST),DIA(CEST),和PFC。关于使用带标记物的抗体进行体内MRI和/或经由MRI可检测的标记物的另外的信息讨论于例如Srivastava(2015)Dis ModelMech 8(4):323-336；Zhou et al.(2013)Wiley Interdiscip Rev NanomedNanobiotechnol 5(1):1-18；Sohn et al.(2015)Nanomedicine 11(1):127-135；Bates etal.(2014)PloS ONE 9(5):e97220；Zhu et al.(2015)Int J Mol Sci 16:9573-9587；和Zhang et al.(2014)Int J Medicine 9:33-41。
NIR成像利用近红外光进入活组织的深光子穿透来提供深度<1cm的内源和/或外源造影剂的成像。在这个领域内,NIR荧光成像聚焦于用发射介于700和900nm之间的荧光的外源造影剂标记的抗体的检测。典型的荧光成像系统详细描述于别处(De Grand et al.(2003)Technol Cancer Res Treat 2:553-62；Nakayama et al.(2002)Mol Imaging 1:365-77；Ntziachristos et al.(2003)Eur Radiol 13:195-208；Tanaka et al.(2006)AnnSurg Oncol 13:1671-81；Themelis et al.(2009)J Biomed Opt 4:064012；和Troyan etal.(2009)Ann Surg Oncol 16:2943-52)。简言之,它由激发混浊介质内的荧光团的光谱分解光源(滤过宽带源,发光二极管[LED],或激光二极管)组成。然后将自此荧光团发出的光在电荷耦合装置(CCD)照相机上成像,特别注意滤掉强大的激发光。红外染料的例子包括但不限于Tracy 652,Tracy 645,罗丹明染料,花青染料,Cy7,Cy7.5,Alexa
Figure BDA0002380468760000491
DyLight,和ATTO。由于生物学分子在这个区域中的低吸收,介于约650和约950nm之间的近红外(NIR)波长中的细胞和组织成像对于体内成像是有利的。关于使用带标记物的抗体在体内进行NIR成像和用于体内NIR成像的可检测标记物的别的细节提供于Cillers et al.(2017)Mol Pharmaceuticals 14(5):1623-1633；Hilderbrand et al.(2010)Curr Opin Chem Biol 14(1):71-79；Hong et al.(2017)NatBiomed Eng 1,0010DOI:10.1038/s41551-016-0010；Pansare et al.(2012)Chem Mater24(5):812-827；Hickson(2009)Urol Oncol Semin Orig Invest 27:295-297；Zhang etal.(2012)Curr Protoc Cytom,Chapter 12:Unit 12.7；Quek et al.(2012)Nanomaterials2:92-112；Luker et al.(2008)J Nucl Med 49:1-4；和Liu et al.(2016)NPG Asia Materials 8,e295。
契伦科夫发光成像(CLI)是一种分子光学成像技术,其基于由正电子发射断层摄影术(PET)成像剂(诸如本文中别处描述的那些)发射的光学契伦科夫光子的检测。其它CLI成像剂包括但不限于例如131I,18F,和90Y。当带电荷的粒子以比光在介质中的速度要快的速度运动穿过电介质(即能被电场极化的介质)时生成契伦科夫辐射。在传播时,带电荷的粒子(带正电荷的正电子或带负电荷的电子)通过置换介质中的原子的正和负电荷而诱发局部极化(参见例如Grootendorst et al.(2016)Clin Transl Imaging 4(5):353-366中的图1)。当粒子的速度超过光的速度时,极化沿着粒子的轨迹变得不对称,在离粒子较远的距离导致偶极电场。随着粒子通过,原子的电子返回它们的基态,由此作为光学光子发射转移的能量。使用超高灵敏度光学照相机,诸如电子倍增电荷耦合装置(EMCCD)照相机通过检测来自PET示踪剂的契伦科夫光能获取CLI图像。能在光子辐射度中半定量分析CLI图像。PET测量湮没光子,而CLI测量契伦科夫光子；由于两种技术均测量由发射正电子的放射性药品生成的光子,CLI和PET直接相关。数项研究在体外,离体和在体内对于不同放射性药品显示CLI和PET之间的强关联,如此证明CLI用于活受试者的分子成像的可行性。关于CLI或详述CLI和PET之间的关联的出版物包括例如Xu et al.(2012)J Nucl Med 53(2):312-317；Liuet al.(2010)PLoS ONE 5(3):e9470；Zhang et al.(2013)PLoS ONE 8(4):e62007；Hu etal.(2015)Eur Radiol 25(6):1814-1822；Robertson et al.(2011)J Nucl Med 52(11):1764-1769；Timmermand et al.(2015)J Nucl Med 56(3):444-449；Cao et al.(2014)Biomed Opt Express 5(10):3660-3670和Thorek et al.(2014)J Nucl Med 55(1):95-98。
预测具有癌症的受试者对用免疫治疗剂的治疗的响应性的方法
还提供的是预测具有癌症的受试者对用免疫治疗剂的治疗的响应性的方法。在一些实施方案中,该方法包含施用带标记物的抗CD8抗体(例如包含本文中别处描述的可检测标记物的免疫缀合物)和检测带标记物的抗CD8抗体对受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,其中检测到结合指示受试者很可能响应免疫疗法。在一些实施方案中,抗CD8抗体是用可检测标记物(例如89Zr,124I,18F,等)标记的,而且带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
在一些实施方案中,该方法包含将治疗有效量的免疫治疗剂或癌症疫苗(例如个性化癌症疫苗或“PCV”)施用于检测到带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合的受试者。
在某些实施方案中,免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在一些实施方案中,免疫检查点抑制剂是治疗性抗CTLA-4抗体,诸如伊匹单抗(ipilimumab)
Figure BDA0002380468760000501
在一些实施方案中,免疫检查点抑制剂是治疗性抗PD-1抗体。在某些实施方案中,治疗性抗PD-1抗体是纳武单抗(nivolumab)
Figure BDA0002380468760000502
在某些实施方案中,治疗性抗PD-1抗体是派姆单抗(pembrolizumab)
Figure BDA0002380468760000511
在某些实施方案中,治疗性抗PD-1抗体是匹迪单抗(pidlizumab)。
在一些实施方案中,免疫检查点抑制剂是治疗性抗PD-L1抗体。在某些实施方案中,治疗性抗PD-L1抗体是BMS-936559。在某些实施方案中,治疗性抗PD-L1抗体是阿维单抗(avelumab)
Figure BDA0002380468760000512
在某些实施方案中,治疗性抗PD-L1抗体是度伐单抗(durvalumab)
Figure BDA0002380468760000513
在一些实施方案中,治疗性抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)
Figure BDA0002380468760000514
关于治疗性免疫检查点抑制剂的别的细节提供于例如Byun et al.(2017)NatRev Endocrinol 13:195-207；La-Beck et al.(2015)Pharmacotherapy35(10):963-976；Buchbinder et al.(2016)Am J Clin Oncol 39(1):98-106；Michot et al.(2016)Eur JCancer 54:139-148；和Topalian et al.(2016)Nat Rev Cancer16:275-287。
在一些实施方案中,将免疫检查点抑制剂与一种或多种另外的治疗剂(诸如化疗剂)组合施用于受试者。在一些实施方案中,与一种或多种另外的治疗剂(诸如化疗剂)组合施用于受试者的免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体(诸如阿特珠单抗)。化疗剂的例子包括厄洛替尼(erlotinib)(
Figure BDA0002380468760000515
Genentech/OSI Pharm.),硼替佐米(bortezomib)(
Figure BDA0002380468760000516
Millennium Pharm.),双硫仑(disulfiram),没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechin gallate),salinosporamide A,carfilzomib,17-AAG(格尔德霉素(geldanamycin)),根赤壳菌素(radicicol),乳酸脱氢酶A(LDH-A),氟维司群(fulvestrant)(
Figure BDA0002380468760000517
AstraZeneca),舒尼替尼(sunitib)(
Figure BDA0002380468760000518
Pfizer/Sugen),来曲唑(letrozole)(
Figure BDA0002380468760000519
Novartis),甲磺酸伊马替尼(imatinibmesylate)(
Figure BDA00023804687600005110
Novartis),finasunate(
Figure BDA00023804687600005111
Novartis),奥沙利铂(oxaliplatin)(
Figure BDA00023804687600005112
Sanofi),5-FU(5-氟尿嘧啶),甲酰四氢叶酸(leucovorin),雷帕霉素(Rapamycin)(西罗莫司(Sirolimus),
Figure BDA00023804687600005113
Wyeth),拉帕替尼(Lapatinib)(
Figure BDA00023804687600005114
GSK572016,Glaxo Smith Kline),Lonafamib(SCH66336),索拉非尼(sorafenib)(
Figure BDA00023804687600005115
Bayer Labs),吉非替尼(gefitinib)(
Figure BDA00023804687600005116
AstraZeneca),AG1478,烷化剂类(alkylating agents),诸如塞替派(thiotepa)和
Figure BDA00023804687600005117
环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯类(alkylsulfonates),诸如白消安(busulfan),英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines),诸如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa),和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines),包括六甲蜜胺(altretamine),三乙撑蜜胺(triethylenemelamine),三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide),三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin),卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；肾上腺皮质类固醇类(adrenocorticosteroids),包括泼尼松(prednisone)和泼尼松龙(prednisolone)；醋酸环丙孕酮(cyproterone acetate)；5α-还原酶,包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat,romidepsin,panobinostat,丙戊酸(valproic acid),mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin),滑石(talc)duocarmycin(包括合成类似物,KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards),诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil),萘氮芥(chlomaphazine),胆磷酰胺(chlorophosphamide),雌莫司汀(estramustine),异环磷酰胺(ifosfamide),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride),美法仑(melphalan),新氮芥(novembichin),苯芥胆甾醇(phenesterine),泼尼莫司汀(prednimustine),曲磷胺(trofosfamide),尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas),诸如卡莫司汀(carmustine),氯脲菌素(chlorozotocin),福莫司汀(fotemustine),洛莫司汀(lomustine),尼莫司汀(nimustine),和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类,诸如烯二炔类抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin),尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew,Chem Intl Ed Engl 33:183-186,1994)；蒽环类抗生素(dynemicin),包括dynemicin A；二膦酸盐类(bisphosphonates),诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团),阿克拉霉素(aclacinomysins),放线菌素(actinomycin),氨茴霉素(authramycin),偶氮丝氨酸(azaserine),博来霉素(bleomycin),放线菌素C(cactinomycin),carabicin,洋红霉素(caminomycin),嗜癌霉素(carzinophilin),色霉素(chromomycinis),放线菌素D(dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),地托比星(detorubicin),6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸,
Figure BDA0002380468760000531
(多柔比星(doxorubicin)),吗啉代多柔比星,氰基吗啉代多柔比星,2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星),表柔比星(epirubicin),依索比星(esorubicin),伊达比星(idarubicin),麻西罗霉素(marcellomycin),丝裂霉素(mitomycin)诸如丝裂霉素C,霉酚酸(mycophenolic acid),诺拉霉素(nogalamycin),橄榄霉素(olivomycin),培洛霉素(peplomycin),泊非霉素(porfiromycin),嘌呤霉素(puromycin),三铁阿霉素(quelamycin),罗多比星(rodorubicin),链黑菌素(streptonigrin),链佐星(streptozocin),杀结核菌素(tubercidin),乌苯美司(ubenimex),净司他丁(zinostatin),佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类,诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物,诸如二甲叶酸(denopterin),甲氨蝶呤(methotrexate),蝶酰三谷氨酸(pteropterin),三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine),6-巯基嘌呤(mercaptopurine),硫咪嘌呤(thiamiprine),硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物,诸如安西他滨(ancitabine),阿扎胞苷(azacitidine),6-氮尿苷,卡莫氟(carmofur),阿糖胞苷(cytarabine),双脱氧尿苷(dideoxyuridine),去氧氟尿苷(doxifluridine),依诺他滨(enocitabine),氟尿苷(floxuridine)；雄激素类,诸如卡鲁睾酮(calusterone),丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate),表硫雄醇(epitiostanol),美雄烷(mepitiostane),睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide),米托坦(mitotane),曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂,诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
Figure BDA0002380468760000541
多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素,疣孢菌素(verracurin)A,杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoids),例如泰素(TAXOL)(帕利他赛(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.),
Figure BDA0002380468760000542
(无克列莫佛(Cremophor)的),帕利他赛的清蛋白改造的纳米颗粒剂型(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和泰索帝
Figure BDA0002380468760000543
(多西他赛(docetaxel,doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；
Figure BDA0002380468760000544
(吉西他滨(gemcitabine))；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物,诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；
Figure BDA0002380468760000545
(长春瑞滨(vinorelbine))；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他滨(capecitabine)
Figure BDA0002380468760000546
伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇(retinoids),诸如视黄酸(retinoic acid)；和任何上述各项的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括(i)起调节或抑制激素对肿瘤作用的作用的抗激素剂,诸如抗雌激素类和选择性雌激素受体调控物类(SERM),包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括
Figure BDA0002380468760000547
柠檬酸他莫昔芬),雷洛昔芬(raloxifene),屈洛昔芬(droloxifene),iodoxyfene,4-羟基他莫昔芬,曲沃昔芬(trioxifene),那洛昔芬(keoxifene),LY117018,奥那司酮(onapristone),和
Figure BDA0002380468760000548
(柠檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；(ii)抑制在肾上腺中调节雌激素生成的酶芳香酶的芳香酶抑制剂,诸如例如4(5)-咪唑,氨鲁米特(aminoglutethimide),
Figure BDA0002380468760000549
(醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)),
Figure BDA00023804687600005410
(依西美坦(exemestane)；Pfizer),福美坦(formestanie),法倔唑(fadrozole),
Figure BDA00023804687600005411
(伏罗唑(vorozole)),
Figure BDA0002380468760000551
(来曲唑(letrozole)；Novartis),和
Figure BDA0002380468760000552
(阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；(iii)抗雄激素类,诸如氟他米特(flutamide),尼鲁米特(nilutamide),比卡米特(bicalutamide),亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin),曲普瑞林(tripterelin),醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate),己烯雌酚(diethylstilbestrol),倍美力(premarin),氟甲睾酮(fluoxymesterone),全反式视黄酸,芬维A胺(fenretinide),以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；(iv)蛋白质激酶抑制剂；(v)脂质激酶抑制剂；(vi)反义寡核苷酸,特别是抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的那些,诸如例如PKC-α,Ralf和H-Ras；(vii)核酶,诸如VEGF表达抑制剂(例如
Figure BDA0002380468760000553
)和HER2表达抑制剂；(viii)疫苗,诸如基因疗法疫苗,例如
Figure BDA0002380468760000554
Figure BDA0002380468760000555
rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂,诸如
Figure BDA0002380468760000556
rmRH；和(ix)和任何上述各项的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括抗体,诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath),贝伐珠单抗(bevacizumab)(
Figure BDA0002380468760000557
Genentech),西妥昔单抗(cetuximab)(
Figure BDA0002380468760000558
Imclone),帕尼单抗(panitumumab)(
Figure BDA0002380468760000559
Amgen),利妥昔单抗(rituximab)(
Figure BDA00023804687600005510
Genentech/Biogen Idec),帕妥珠单抗(pertuzumab)(
Figure BDA00023804687600005511
2C4,Genentech),曲妥珠单抗(trastuzumab)(
Figure BDA00023804687600005512
Genentech),托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar,Corixia),和抗体药物缀合物,吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)(
Figure BDA00023804687600005513
Wyeth)。具有作为与本发明化合物组合的药剂的治疗潜力的另外的人源化单克隆抗体包括:阿泊珠单抗(apolizumab),阿塞珠单抗(aselizumab),atlizumab,巴匹珠单抗(bapineuzumab),bivatuzumab mertansine,莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine),西利珠单抗(cedelizumab),培舍珠单抗(certolizumabpegol),cidfusituzumab,cidtuzumab,达克珠单抗(daclizumab),依库珠单抗(eculizumab),依法珠单抗(efalizumab),依帕珠单抗(epratuzumab),厄利珠单抗(erlizumab),非维珠单抗(felvizumab),芳妥珠单抗(fontolizumab),吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin),英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin),伊匹木单抗(ipilimumab),拉贝珠单抗(labetuzumab),林妥珠单抗(lintuzumab),马妥珠单抗(matuzumab),美泊利单抗(mepolizumab),莫维珠单抗(motavizumab),motovizumab,那他珠单抗(natalizumab),尼妥珠单抗(nimotuzumab),nolovizumab,numavizumab,ocrelizumab,奥马珠单抗(omalizumab),帕利珠单抗(palivizumab),帕考珠单抗(pascolizumab),pecfusituzumab,pectuzumab,培克珠单抗(pexelizumab),ralivizumab,雷珠单抗(ranibizumab),reslivizumab,瑞利珠单抗(reslizumab),resyvizumab,罗维珠单抗(rovelizumab),卢利珠单抗(ruplizumab),西罗珠单抗(sibrotuzumab),西利珠单抗(siplizumab),索土珠单抗(sontuzumab),tacatuzumab tetraxetan,tadocizumab,他利珠单抗(talizumab),特非珠单抗(tefibazumab),托珠单抗(tocilizumab),托利珠单抗(toralizumab),tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin),tucusituzumab,umavizumab,乌珠单抗(urtoxazumab),优特克单抗(ustekinumab),维西珠单抗(visilizumab),和抗白介素-12(ABT-874/J695,Wyeth Research and Abbott Laboratories),其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列全长IgG1λ抗体。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”,其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物,而且另外称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506),MAb455(ATCC CRL HB8507),MAb 225(ATCC CRL 8508),MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533,Mendelsohn等人)及其变体,诸如嵌合化225(C225或西妥昔单抗；
Figure BDA0002380468760000561
)和重构人225(H225)(参见WO96/40210,Imclone Systerms Inc.)；IMC-11F8,一种完全人的EGFR靶向抗体(Imclone)；结合II型突变体EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体,如美国专利No.5,891,996中描述的；和结合EGFR的人抗体,诸如ABX-EGF或帕尼单抗(Panitumumab)(参见WO98/50433,Abgenix/Amgen)；EMD55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab),一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体,HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1,E2.4,E2.5,E6.2,E6.4,E2.11,E6.3和E7.6.3且描述于US 6,235,883的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒剂缀合,如此生成免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2,Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子,诸如美国专利No.5,616,582；5,457,105；5,475,001；5,654,307；5,679,683；6,084,095；6,265,410；6,455,534；6,521,620；6,596,726；6,713,484；5,770,599；6,140,332；5,866,572；6,399,602；6,344,459；6,602,863；6,391,874；6,344,455；5,760,041；6,002,008；和5,747,498,以及PCT公开文本WO 98/14451,WO 98/50038,WO 99/09016,和WO99/24037中描述的化合物。特定的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774,厄洛替尼(erlotinib),
Figure BDA0002380468760000571
Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI 1033,2-丙烯酰胺,N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-,二氢氯化物,Pfizer Inc.)；ZD1839,吉非替尼(gefitinib)
Figure BDA0002380468760000572
4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉,AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉,Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺,Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如拉帕替尼(lapatinib)(
Figure BDA0002380468760000575
GSK572016或N-[3-氯4-[(3-氟苯基)甲氧基]苯基]-6-[5-[[[2-甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”,包括前一段中提到的EGFR靶向药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如自Takeda可得的TAK165；CP-724,714,一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达细胞二者的双重HER抑制剂,诸如EKB-569(自Wyeth可得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；自Glaxo-SmithKline可得),一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(自Novartis可得)；泛HER抑制剂,诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂,诸如自ISIS Pharmaceuticals可得的,抑制Raf-1信号传导的反义药剂ISIS-5132；非HER靶向TK抑制剂,诸如甲磺酸伊马替尼(
Figure BDA0002380468760000573
自Glaxo Smith Kline可得)；多靶向酪氨酸激酶抑制剂,诸如舒尼替尼(sunitinib)(
Figure BDA0002380468760000574
自Pfizer可得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂,诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584,自Novartis/Schering AG可得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(自Pharmacia可得)；喹唑啉类,诸如PD 153035,4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类,诸如CGP 59326,CGP60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶类,4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶类；姜黄素(二阿魏酰甲烷,4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lambert)；反义分子(例如那些与编码HER的核酸结合的)；喹喔啉类(美国专利No.5,804,396)；tryphostins(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂,诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼
Figure BDA0002380468760000581
PKI 166(Novartis)；GW2016(GlaxoSmith Kline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone),雷帕霉素(西罗莫司,
Figure BDA0002380468760000582
)；或如任何下列专利公开文本中描述的:美国专利No.5,804,396；WO1999/09016(American Cyanamid)；WO1998/43960(American Cyanamid)；WO1997/38983(Warner Lambert)；WO1999/06378(Warner Lambert)；WO1999/06396(WarnerLambert)；WO1996/30347(Pfizer,Inc)；WO1996/33978(Zeneca)；WO1996/3397(Zeneca)和WO1996/33980(Zeneca)。
化疗剂还包括地塞米松(dexamethasone),干扰素,秋水仙素(colchicine),氯苯氨啶(metoprine),环孢霉素(cyclosporine),两性霉素(amphotericin),甲硝唑(metronidazole),阿仑单抗(alemtuzumab),阿利维A酸(alitretinoin),别嘌醇(allopurinol),氨磷汀(amifostine),三氧化二砷(arsenic trioxide),天冬酰胺酶(asparaginase),活的BCG,贝伐珠单抗(bevacuzimab),贝沙罗汀(bexarotene),克拉屈滨(cladribine),里本灵(clofarabine),darbepoetin alfa,地尼白介素(denileukin),右雷佐生(dexrazoxane),阿法依伯汀(epoetin alfa),厄洛替尼(elotinib),非格司亭(filgrastim),醋酸组氨瑞林(histrelin acetate),ibritumomab,干扰素α-2a,干扰素α-2b,来那度胺(lenalidomide),左旋咪唑(levamisole),美司钠(mesna),甲氧沙林(methoxsalen),诺龙(nandrolone),奈拉滨(nelarabine),诺非单抗(nofetumomab),奥普瑞白介素(oprelvekin),palifermin,帕米膦酸盐(pamidronate),培加酶(pegademase),培门冬酶(pegaspargase),PEG非格司亭(pegfilgrastim),培美曲塞二钠(pemetrexeddisodium),普卡霉素(plicamycin),卟吩姆钠(porfimer sodium),喹纳克林(quinacrine),拉布立酶(rasburicase),沙格司亭(sargramostim),替莫唑胺(temozolomide),VM-26,6-TG,托瑞米芬(toremifene),tretinoin,ATRA,戊柔比星(valrubicin),唑来膦酸盐(zoledronate),和唑来膦酸(zoledronic acid),及其药学可接受盐。
化疗剂还包括氢化可的松(hydrocortisone),醋酸氢化可的松(hydrocortisoneacetate),醋酸可的松(cortisone acetate),替可的松匹伐酯(tixocortol pivalate),曲安奈德(triamcinolone acetonide),曲安西龙醇(triamcinolone alcohol),莫米松(mometasone),安西奈德(amcinonide),布地奈德(budesonide),地奈德(desonide),fluocinonide,fluocinolone acetonide,倍他米松(betamethasone),倍他米松磷酸钠(betamethasone sodium phosphate),地塞米松(dexamethasone),地塞米松磷酸钠(dexamethasone sodium phosphate),氟可龙(fluocortolone),氢化可的松-17-丁酸盐(hydrocortisone-17-butyrate),氢化可的松-17-戊酸盐(hydrocortisone-17-valerate),aclometasone dipropionate,戊酸倍他米松(betamethasone valerate),二丙酸倍他米松(betamethasone dipropionate),泼尼卡酯(prednicarbate),氯倍他松-17-丁酸盐(clobetasone-17-butyrate),氯倍他松-17-丙酸盐(clobetasol-17-propionate),己酸氟考龙(fluocortolone caproate),特戊酸氟考龙(fluocortolone pivalate)和醋酸氟甲叉龙(fluprednidene acetate)；免疫选择性抗炎肽(ImSAID),诸如苯丙氨酸-谷氨酰胺-甘氨酸(FEG)及其D-异构体形式(feG)(IMULAN BioTherapeutics,LLC)；抗风湿药物,诸如硫唑嘌呤(azathioprine),环孢素(ciclosporin)(环孢霉素(cyclosporine)A),D-青霉胺,金盐,羟氯喹,来氟米特(leflunomide)米诺环素(minocycline),柳氮磺吡啶(sulfasalazine),肿瘤坏死因子α(TNFα)阻断剂,诸如依那西普(etanercept)(Enbrel),英夫利昔单抗(infliximab)(Remicade),阿达木单抗(adalimumab)(Humira),certolizumabpegol(Cimzia),golimumab(Simponi),白介素-1(IL-1)阻断剂,诸如阿那白滞素(anakinra)(Kineret),T细胞共刺激阻断剂,诸如abatacept(Orencia),白介素-6(IL-6)阻断剂,诸如tocilizumab
Figure BDA0002380468760000591
白介素-13(IL-13)阻断剂,诸如lebrikizumab；干扰素α(IFN)阻断剂,诸如Rontalizumab；β7-整联蛋白阻断剂,诸如rhuMAb Beta7；IgE途径阻断剂,诸如抗M1 prime；分泌型同三聚LTa3和膜结合型异三聚LTa1/β2阻断剂,诸如抗淋巴毒素α(LTa)；放射性同位素,例如At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,Pb212和Lu放射性同位素；混杂调查性药剂,诸如thioplatin,PS-341,丁酸苯酯,ET-18-OCH3,或法尼基转移酶抑制剂(L-739749,L-744832；多酚,诸如槲皮素(quercetin),白藜芦醇(resveratrol),piceatannol,没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechine gallate),茶黄素(theaflavin),黄烷醇(flavanol),原花青素(procyanidins),白桦脂酸(betulinicacid)及其衍生物；自噬抑制剂,诸如氯喹；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol),
Figure BDA0002380468760000601
)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinic acid)；乙酰喜树碱,东莨菪亭(scopolectin),和9-氨基喜树碱)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；替加氟(tegafur)
Figure BDA0002380468760000602
贝沙罗汀(bexarotene)
Figure BDA0002380468760000603
二膦酸盐类(bisphosphonates),诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如
Figure BDA0002380468760000604
),依替膦酸钠(etidronate)
Figure BDA0002380468760000605
NE-58095,唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)
Figure BDA0002380468760000606
阿伦膦酸盐(alendronate)
Figure BDA0002380468760000607
帕米膦酸盐(pamidronate)
Figure BDA0002380468760000608
替鲁膦酸盐(tiludronate)
Figure BDA0002380468760000609
或利塞膦酸盐(risedronate)
Figure BDA00023804687600006010
和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗,诸如
Figure BDA00023804687600006011
疫苗；哌立福辛(perifosine),COX-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib)),蛋白体抑制剂(例如PS341)；CCI-779；tipifarnib(R11577)；orafenib,ABT510；Bcl-2抑制剂,诸如oblimersen sodium
Figure BDA00023804687600006012
pixantrone；法尼基转移酶抑制剂,诸如lonafarnib(SCH 6636,SARASARTM)；和任何上述各项的药学可接受盐,酸或衍生物；以及上述两项或更多项的组合,诸如CHOP(环磷酰胺,多柔比星,长春新碱,和泼尼松龙组合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)组合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
化疗剂还包括具有止痛,退热和消炎效果的非类固醇消炎药。NSAID包括酶环氧合酶的非选择性抑制剂。NSAID的具体例子包括阿司匹林(aspirin),丙酸衍生物诸如布洛芬(ibuprofen),非诺洛芬(fenoprofen),酮洛芬(ketoprofen),氟比洛芬(flurbiprofen),奥沙普秦(oxaprozin)和荼普生(naproxen),乙酸衍生物诸如吲哚美辛(indomethacin),舒林酸(sulindac),依托度酸(etodolac),双氯芬酸(diclofenac),烯醇酸衍生物诸如吡罗昔康(piroxicam),美洛昔康(meloxicam),替诺昔康(tenoxicam),屈恶昔康(droxicam),氯诺昔康(lornoxicam)和伊索昔康(isoxicam),灭酸衍生物诸如甲灭酸(mefenamic acid),甲氯芬那酸(meclofenamic acid),氟芬那酸(flufenamic acid),托芬那酸(tolfenamicacid),和COX-2抑制剂诸如塞来考昔(celecoxib),依托考昔(etoricoxib),罗美考昔(lumiracoxib),帕瑞考昔(parecoxib),罗非考昔(rofecoxib),罗非昔布(rofecoxib),和伐地考昔(valdecoxib)。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体(诸如阿特珠单抗)与一种或多种下面的治疗剂组合施用:抗HER2抗体(例如曲妥珠单抗(
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Genentech)或帕妥珠单抗(
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Genentech)),PD1结合拮抗剂(例如MDX-1106(纳武单抗(nivolumab)),MK-3475(派姆单抗(pembrolizumab),lambrolizumab),CT-011(匹迪单抗(pidilizumab)),或AMP-224),和PD-L2结合拮抗剂。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体(诸如阿特珠单抗)与生长抑制剂组合施用。“生长抑制剂”在本文中使用时指在体外或在体内抑制细胞生长的化合物或组合物。例示性的生长抑制剂包括例如长春药类(vincas)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)),紫杉烷类(taxanes)(多西他赛(Docetaxel)(
Figure BDA0002380468760000613
Rhone-Poulenc Rorer)和帕利他赛(paclitaxel)(
Figure BDA0002380468760000614
Bristol-Myers Squibb))和拓扑异构酶II抑制剂诸如多柔比星(doxorubicin),表柔比星(epirubicin),柔红霉素(daunorubicin),依托泊苷(etoposide),和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烷化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen),泼尼松(prednisone),达卡巴嗪(dacarbazine),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),顺铂(cisplatin),甲氨蝶呤(methotrexate),5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil),和ara-C。别的信息可鉴于Mendelsohnand Israel,eds.,The Molecular Basis of Cancer,第1章,题为“Cell cycleregulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”,Murakami et al.(W.B.Saunders,Philadelphia,1995),例如第13页。
在一些实施方案中,免疫治疗剂是树突细胞激活剂或树突细胞生长因子。在一些实施方案中,免疫治疗剂是疫苗佐剂。在一些实施方案中,免疫治疗剂是T细胞刺激剂或生长因子。在一些实施方案中,免疫治疗剂是中和或抑制遏制性免疫细胞,细胞因子,和/或酶的药剂。
在一些实施方案中,该方法包含施用选自由抗TIGIT抗体,TIGIT拮抗剂,抗CSF-1R抗体,CSF-1R拮抗剂,抗CEA抗体,CEA拮抗剂,抗CTLA4抗体,CTLA4拮抗剂,抗OX40抗体,OX40激动剂,与一种或多种化疗剂组合的任何抗PDL1抗体,与一种或多种化疗剂组合的任何抗PD1抗体,和与一种或多种化疗剂组合的阿特珠单抗组成的组的免疫治疗剂。在一些实施方案中,抗PD1或抗PDL1抗体是与
Figure BDA0002380468760000621
(厄洛替尼),
Figure BDA0002380468760000622
(维罗非尼),
Figure BDA0002380468760000623
(奥滨尤妥珠单抗),
Figure BDA0002380468760000624
(贝伐单抗),
Figure BDA0002380468760000625
(考比替尼),
Figure BDA0002380468760000626
(阿来替尼),
Figure BDA0002380468760000627
(ado-曲妥珠单抗美坦新),
Figure BDA0002380468760000628
(曲妥珠单抗),
Figure BDA0002380468760000629
(帕妥珠单抗),波妥珠单抗,INF-α,抗CD40药剂,抗OX40抗体(例如OX40激动剂),抗CSF-1R抗体,抗CEA抗体,IDO抑制剂,或抗TIGIT抗体中一项或多项组合的。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿特珠单抗且阿特珠单抗是与
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(厄洛替尼),
Figure BDA00023804687600006211
(维罗非尼),
Figure BDA00023804687600006212
(奥滨尤妥珠单抗),
Figure BDA00023804687600006213
(贝伐单抗),
Figure BDA00023804687600006214
(考比替尼),
Figure BDA00023804687600006215
(阿来替尼),
Figure BDA00023804687600006216
(ado-曲妥珠单抗美坦新),
Figure BDA00023804687600006217
(曲妥珠单抗),
Figure BDA00023804687600006218
(帕妥珠单抗),波妥珠单抗,INF-α,抗CD40药剂,抗OX40抗体(例如OX40激动剂),抗CSF-1R抗体,抗CEA抗体,IDO抑制剂,抗CTLA4抗体,或抗TIGIT抗体中一项或多项组合的。
监测疾病进展的方法
本文中提供的是在具有癌症的受试者中监测疾病进展的方法。此类方法包含将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者和于第一时间点和第二时间点检测带标记物的抗CD8抗体对受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合。在一些实施方案中,该方法进一步包含将治疗有效量的免疫治疗剂(例如本文中别处描述的免疫治疗剂)施用于受试者,其中受试者中的疾病已经进展。在一些实施方案中,该方法包含(a)在施用免疫治疗剂之前将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者和检测带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,(b)施用免疫治疗剂,(c)于在施用免疫治疗剂后的时间点将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者和检测带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,和(d)测量在施用免疫治疗剂之前和之后肿瘤组织中的CD8+T细胞的标记的差异。
在某些实施方案中,免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在某些实施方案中,免疫检查点抑制剂是抗PD1抗体(诸如但不限于本文中描述的抗PD1抗体)。在某些实施方案中,免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体(诸如但不限于本文中描述的抗PD-L1抗体)。在某些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。在一些实施方案中,与第二治疗剂(诸如但不限于本文中别处描述的免疫治疗剂和/或化疗剂)组合将抗PD-L1抗体(诸如阿特珠单抗)施用于受试者。在一些实施方案中,第二治疗剂是免疫治疗剂。在一些实施方案中,免疫治疗剂是抗PD-L1抗体或抗PD1抗体,其与抗TIGIT抗体,TIGIT拮抗剂,抗CSF-1R抗体,CSF-1R拮抗剂,抗CEA抗体,CEA拮抗剂,抗OX40抗体,OX40激动剂,抗CTLA4抗体,CTLA4拮抗剂,
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(厄洛替尼),
Figure BDA0002380468760000632
(维罗非尼),
Figure BDA0002380468760000633
(奥滨尤妥珠单抗),
Figure BDA0002380468760000634
(贝伐单抗),
Figure BDA0002380468760000635
(考比替尼),
Figure BDA0002380468760000636
(阿来替尼),
Figure BDA0002380468760000637
(ado-曲妥珠单抗美坦新),
Figure BDA0002380468760000638
(曲妥珠单抗),
Figure BDA0002380468760000639
(帕妥珠单抗),波妥珠单抗,INF-α,抗CD40药剂,或IDO抑制剂中一项或多项进一步组合。
在一些实施方案中,当于第二时间点肿瘤组织中CD8+T细胞的水平高于于第一时间点肿瘤组织中CD8+T细胞的水平时检测到疾病进展。在某些实施方案中,于第三,第四,或第五后续时间点检测肿瘤组织中CD8+T细胞的水平。在一些实施方案中,时间点相隔至少1天,3天,1周,2周,3周,4周,1个月,2个月,3个月,4个月,5个月,6个月,9个月,12个月,1.5年,2年,2.5年,3年或多于3年任一。在一些实施方案中,在将免疫治疗剂施用于患者后检测肿瘤组织中CD8+T细胞的水平。
在一些实施方案中,抗CD8抗体是用可检测标记物(例如89Zr,124I,18F,或本文中别处描述的其它可检测标记物)标记的且肿瘤组织中CD8+T细胞的水平是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
监测治疗进展的方法
本文中提供的是在先前接受或当前接受用免疫治疗剂(例如本文中别处描述的免疫治疗剂)的治疗的具有癌症的受试者中监测治疗进展的方法。此类方法包含连同免疫治疗剂将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者,和于第一时间点和第二时间点检测带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合。在一些实施方案中,在免疫治疗剂之前施用带标记物的抗CD8抗体,而且第一时间点在施用带标记物的抗CD8抗体之后且在施用免疫治疗剂之前,而且第二时间点在施用免疫治疗剂之后。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点肿瘤组织中较低水平的CD8+T细胞指示积极的治疗进展(例如有益的或想要的临床结果)。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点肿瘤组织中较高水平的CD8+T细胞指示缺乏治疗进展(例如缺乏有益的或想要的临床结果)。在一些实施方案中,在带标记物的抗CD8抗体之前施用免疫治疗剂,第一时间点在施用免疫治疗剂之后且在施用带标记物的抗CD8抗体之后,而且第二时间点在第一时间点之后。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点肿瘤组织中较低水平的CD8+T细胞指示积极的治疗进展(例如有益的或想要的临床结果)。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点肿瘤组织中较高水平的CD8+T细胞指示缺乏治疗进展(例如缺乏有益的或想要的临床结果)。在某些实施方案中,于第三,第四,或第五后续时间点检测肿瘤组织中CD8+T细胞的水平。在一些实施方案中,时间点相隔至少1天,3天,1周,2周,3周,4周,1个月,2个月,3个月,4个月,5个月,6个月,9个月,12个月,1.5年,2年,2.5年,3年或多于3年任一。
在某些实施方案中,免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在某些实施方案中,免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体(例如如本文中别处描述的)。在某些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。在一些实施方案中,与第二治疗剂(例如如本文中别处描述的)组合将抗PD-L1抗体(诸如阿特珠单抗)施用于受试者。
在一些实施方案中,抗CD8抗体是用本文中描述的可检测标记物(例如89Zr,124I,18F,等)标记的且肿瘤组织中CD8+T细胞的水平是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
预测具有癌症的受试者对用癌症疫苗的治疗的响应性的方法和在已经对其施用癌症疫苗的具有癌症的受试者中监测疾病进展的方法
本文中提供的是预测具有癌症的受试者对用癌症疫苗的治疗的响应性的方法。在一些实施方案中,癌症疫苗是个性化癌症疫苗(“PCV”)。例示性的PCV描述于例如Ott etal.(2017)Nature 547:217-221和Sahin et al.(2017)Nature 547:222-226。在一些实施方案中,该方法包含施用带标记物的抗CD8抗体(例如包含本文中描述的抗CD8抗体和本文中描述的可检测标记物的免疫缀合物)和检测带标记物的抗CD8抗体对受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,其中检测到结合指示受试者很可能响应免疫疗法。在一些实施方案中,抗CD8抗体是用例如89Zr,124I,18F,或其它可检测标记物标记的,而且带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。在一些实施方案中,与一种或多种本文中描述的免疫治疗剂和/或化疗剂组合施用癌症疫苗。
本文中还提供的是在具有癌症的受试者中监测疾病进展的方法。此类方法包含将抗CD8抗体(诸如已经用本文中别处描述的可检测标记物标记的抗CD8抗体)施用于受试者和于第一时间点和第二时间点检测带标记物的抗CD8抗体对受试者中的肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合。在一些实施方案中,该方法进一步包含施用治疗有效量的癌症疫苗。在一些实施方案中,癌症疫苗是个性化癌症疫苗(“PCV”)。
本文中提供的是在先前接受或当前接受用癌症疫苗的治疗的具有癌症的受试者中监测治疗进展的方法。在某些实施方案中,癌症疫苗是个性化癌症疫苗(“PCV”)。在一些实施方案中,该方法包含(a)在施用癌症疫苗(例如PCV)之前将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者和检测带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,(b)施用癌症疫苗(例如PCV),(c)于在施用癌症疫苗(例如PCV)后的时间点将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者和检测带标记物的抗CD8抗体对肿瘤组织中的CD8+T细胞的结合,和(d)测量在施用癌症疫苗(例如PCV)之前和之后肿瘤组织中的CD8+T细胞的标记的差异。
在一些实施方案中,抗CD8抗体是用例如89Zr,124I,18F,或本文中描述的其它可检测标记物标记的,而且肿瘤组织中CD8+T细胞的水平是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
监测自身免疫疾,移植物排斥,和移植物抗宿主病的方法
本文中提供的是在具有自身免疫病(例如自身免疫性关节炎),移植物排斥,或移植物抗宿主病的受试者中监测治疗进展和疾病进展的方法。此类疾病均牵涉CD8+T细胞作为破坏性炎症过程的一部分。参见Petrelli and Femke,CD8+T cells in humanautoimmune arthritis:the usual suspects；Nature Reviews Thumatology 12:421-428(2016)。此类方法包含在有或没有介入性治疗的情况下将带标记物的抗CD8抗体施用于受试者,和于第一时间点和第二时间点检测带标记物的抗CD8抗体对组织中的CD8+T细胞的结合。在一些实施方案中,自第一时间点和第二时间点CD8+T细胞增多指示自身免疫疾,移植物排斥,或移植物抗宿主病已经进展。在一些实施方案中,在带标记物的抗CD8抗体之前施用用于治疗自身免疫疾,移植物排斥,或移植物抗宿主病的介入性疗法,第一时间点在施用用于治疗自身免疫病,移植物排斥,或移植物抗宿主病的介入性疗法之后且在施用带标记物的抗CD8抗体之后,而且第二时间点在第一时间点之后。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点组织中较低水平的CD8+T细胞指示积极的治疗进展(例如有益的或想要的临床结果)。在一些实施方案中,与第一时间点相比于第二时间点组织中较高水平的CD8+T细胞指示缺乏治疗进展(例如缺乏有益的或想要的临床结果)。在某些实施方案中,于第三,第四,或第五后续时间点检测组织中CD8+T细胞的水平。在一些实施方案中,时间点相隔至少1天,3天,1周,2周,3周,4周,1个月,2个月,3个月,4个月,5个月,6个月,9个月,12个月,1.5年,2,年,2.5年,3年或多于3年任一。
在一些实施方案中,抗CD8抗体是用本文中描述的可检测标记物(例如89Zr,124I,18F,等)标记的，而且组织中CD8+T细胞的水平是经由PET或PET/CT检测的。在一些实施方案中,抗CD8抗体是单价抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
药学组合物
还提供的是组合物,包括药学配制剂,其包含抗CD8抗体或包含编码抗CD8抗体的序列的多核苷酸。在某些实施方案中,组合物包含一种或多种结合CD8的抗体,或包含编码一种或多种结合CD8的抗体的序列的一种或多种多核苷酸。这些组合物可以进一步包含合适的载剂,诸如药学可接受赋形剂,包括缓冲剂,它们是本领域公知的。
通过混合具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学可接受载剂(Remington’s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980))以冻干配制剂或水溶液的形式制备如本文中描述的抗CD8抗体的药学配制剂。一般地,药学可接受载剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括但不限于缓冲剂,诸如磷酸盐,柠檬酸盐,和其它有机酸；抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚,丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯,诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质,诸如血清清蛋白,明胶,或免疫球蛋白；亲水性聚合物,诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸,诸如甘氨酸,谷氨酰胺,天冬酰胺,组氨酸,精氨酸,或赖氨酸；单糖,二糖,和其它碳水化合物,包括葡萄糖,甘露糖,或糊精；螯合剂,诸如EDTA；糖,诸如蔗糖,甘露醇,海藻糖或山梨醇；成盐相反离子,诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂,诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载剂进一步包含间质药物分散剂,诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP),例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白,诸如rHuPH20(
Figure BDA0002380468760000671
Baxter International,Inc.)。某些例示性sHASEGP和使用方法(包括rHuPH20)描述于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一个方面,将sHASEGP与一种或多种另外的糖胺聚糖酶,诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干抗体配制剂描述于美国专利No.6,267,958。水性抗体配制剂包括那些描述于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的,后者的配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可以含有多于一种所治疗特定适应症(例如癌症)所必需的活性组分(例如免疫治疗剂),优选那些活性互补且彼此没有不利影响的。例如,可能想要进一步提供抑制素/斯汀类药物。合适地,此类活性组分以对于意图的目的有效的量组合存在。
活性组分可以包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊),在胶状药物投递系统中(例如脂质体,清蛋白微球体,微乳剂,纳米颗粒和纳米胶囊),或在粗滴乳状液中。此类技术公开于Remington's Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质,基质为成形物品形式,例如膜或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现,例如通过穿过无菌滤膜过滤。
制品和试剂盒
在另一个方面,提供的是一种制品或试剂盒,其装有对于预测具有癌症的受试者对免疫治疗剂的响应性,在具有癌症的受试者中监测疾病进展,和/或在具有癌症的受试者中监测治疗进展有用的材料。
在某些实施方案中,制品或试剂盒包含容器,其装有本文中描述的一种或多种抗CD8抗体或组合物。在某些实施方案中,制品或试剂盒包含容器,其装有本文中描述的编码一种(或多种)抗CD8抗体的核酸或组合物。在一些实施方案中,试剂盒包括生成如本文中描述的抗CD8抗体的细胞系的细胞。在一些实施方案中,试剂盒包括单价抗CD8抗体。在一些实施方案中,单价抗CD8抗体是独臂抗体。在一些实施方案中,独臂抗CD8抗体包含包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:28中所列氨基酸序列的全长重链,包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:29中所列氨基酸序列的轻链,和包含(诸如由其组成)SEQ ID NO:30中所列氨基酸序列的Fc。
在一些实施方案中,试剂盒包括一种或多种阳性对照,例如CD8(或其片段)或CD8+细胞。在一些实施方案中,试剂盒包括阴性对照,例如实质性没有CD8的表面或溶液。
在某些实施方案中,制品或试剂盒包含容器和在容器上的或与容器相关的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶,管形瓶,注射器,IV溶液袋,等。容器可以自多种材料形成,诸如玻璃或塑料。容器装有自身或与另一种组合物组合有效治疗,预防和/或诊断癌症的组合物且可以具有无菌存取口(例如,容器可以是具有皮下注射针可刺穿的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。组合物中的至少一种药剂是本文中描述的抗CD8抗体。标签或包装插页指示组合物用于预测具有癌症的受试者对免疫治疗剂的响应性,在具有癌症的受试者中监测疾病进展,和/或在具有癌症的受试者中监测治疗进展。
此外,制品或试剂盒可以包含(a)其中装有组合物的第一容器,其中组合物包含本文中描述的抗CD8抗体；和(b)其中装有组合物的第二容器,其中组合物包含别的细胞毒剂或其它方面的治疗剂。在一些实施方案中,治疗剂是如本文中描述的免疫治疗剂。
本文中提供的制品或试剂盒可以进一步包含包装插页,其指示组合物可用于预测具有癌症的受试者对免疫治疗剂的响应性,在具有癌症的受试者中监测疾病进展,和/或在具有癌症的受试者中监测治疗进展。另外,制品可以进一步包含第二(或第三)容器,其装有药学可接受缓冲液,诸如注射用抑菌水(BWFI),磷酸盐缓冲盐水,林格(Ringer)氏溶液和右旋糖/葡萄糖溶液。它可以进一步包括从商业和用户立场看想要的其它材料,包括其它缓冲剂,稀释剂,滤器,针,和注射器。
理解的是,任何上述制品或试剂盒可以包括本文中提供的免疫缀合物代替(或补充)抗CD8抗体。在某些实施方案中,试剂盒包含本文中提供的包含去铁草酰胺化合物(例如N-琥珀酰基-去铁草酰胺)的抗CD8抗体。参见例如Vugts et al.(2017)Eur J Nucl MedMol Imaging 44:286-295和Rudd et al.(2016)Chem Commun 52:11859-12000。在某些实施方案中,试剂盒包含免疫缀合物,即与可检测标记物,例如本文中别处描述的可检测标记物缀合的抗CD8抗体。在某些实施方案中,可检测标记物是89Z,124I,或18F。
实施例
实施例1:OKT8的人源化和亲和力成熟
通过使用人κI/VH1框架将鼠CDR嫁接到人框架上将OKT8抗体的鼠可变区人源化。人源化OKT8抗体充当用于生成具有改良结合性能的变体的体外基于噬菌体展示的亲和力成熟实验的基础。下文表4和5中显示此类变体。
表4
Figure BDA0002380468760000701
表5
Figure BDA0002380468760000711
经由表面等离振子共振(SPR)测定变体huOKT8.v9-huOKT8.v12和huOKT8.A-huOKT8.M的KD。表6中显示SPR分析的结果。
表6
Figure BDA0002380468760000712
选择huOKT8.v9和huOKT8.v11用于进一步表征。
实施例2:人源化的亲和力成熟的OKT8变体抗体的表征
提供人CD8,恒河猴CD8,和食蟹猴CD8的氨基酸序列比对的图2A显示在人CD8和食蟹猴CD8之间有94％氨基酸同一性,在人CD8和恒河猴CD8之间有94％氨基酸同一性。
在一系列表面等离振子共振(SPR)和FACS分析中,与人CD8比较,对OKT8.v9和OKT8.v11抗体评估对食蟹猴CD8和恒河猴CD8的结合。下文表7中显示结果。
表7
Figure BDA0002380468760000721
Figure BDA0002380468760000722
＝无可检测的结合
如通过SPR测定的,与huOKT8.v1(即在亲和力成熟的早期阶段期间生成的变体)相比,OKT.v9 Fab展现对人CD8的结合的37倍改善和对食蟹猴CD8的结合的50倍改善。如通过SPR测定的,与huOKT8.v1相比,OKT.v11 Fab展现对人CD8的结合的55倍改善和对食蟹猴CD8的结合的230倍改善。OKT8.v11显示没有与小鼠CD8或大鼠CD8的交叉反应性,如用自小鼠血液或大鼠血液分离的CD8+细胞经由FACS测定的。
使用自人,恒河猴,或食蟹猴获得的新鲜血液分离的原代外周血单个核细胞(PBMC)实施互补SPR和FACS分析。如图2B中显示的,huOKT8.v11结合人CD8,食蟹猴CD8,和恒河猴CD8。
将huOKT8.v11重定型为包含节-入-穴突变(即“穴”重链中的T366S L358A Y407V和“节”Fc中的T366W),以及L234A,L235A,和P329G效应器功能突变的独臂IgG1抗体以生成huOKT8.v11-OA-LALAPG。然后在一系列体外T细胞功能和细胞因子释放测定法中进一步表征huOKT8.v11-OA-LALAPG。
首先,在huOKT8.v11-OA-LALAPG存在下评估对通过抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD8+T细胞应答。依照制造商的说明书使用人CD8+T细胞富集试剂盒(STEMCELLTMTechnologies；Seattle,WA)自人血沉棕黄层分离CD8+T细胞。简言之,以50μL/mL血液将RosetteSepTM富集混合物添加至血液,温和混合,然后于室温温育20分钟。用等体积的补充有2％胎牛血清的磷酸盐缓冲盐水(PBS)稀释样品。然后将稀释的样品在等体积的
Figure BDA0002380468760000731
Paque Plus(GE Healthcare；St.Louis,MO)上铺层,并关闭刹车于室温以1200x g离心20分钟。梯度离心后,收集界面,成团粒,并用铵-氯化物-钾裂解缓冲液裂解红血细胞。通过流式细胞术评估分离的CD8+细胞群体的纯度。将细胞用来自BD Biosciences(SanJose,CA)的抗CD8抗体(克隆RPA T8)藻红蛋白(PE)染色。将细胞于4℃在黑暗中温育20分钟,并用荧光激活细胞分选(FACS)染色缓冲液(BD Biosciences)清洗两次。在BDBiosciences FACSCaliburTM流式细胞仪上运行样品。每位供体的分离的CD8+T细胞的纯度大于95％。用抗CD3抗体(克隆SP34,BD Biosciences)预包被为多克隆T细胞刺激指派的孔,起始浓度5μg/mL,在PBS中,体积100μL/孔,3倍连续稀释,提供7点滴定曲线,范围为7ng/mL至5μg/mL。为了预包被,将板于4℃温育过夜。在添加细胞前,通过吸取自孔去除抗CD3抗体。以5x 106个细胞/mL的浓度制备纯化的CD8+细胞,然后在100μL的体积中以0.5x 106个细胞/孔添加至96孔平底聚苯乙烯组织培养板,补充有为1μg/mL的浓度制备的抗CD28抗体(克隆CD28.2,BD Biosciences),终体积200μL每孔。将板在有5％CO2的增湿温箱中温育3天。3天后,收集100μL上清液用于测量干扰素伽马(IFN-γ)浓度。使用DuoSet人IFN-γ试剂盒(R&DSystems；Minneapolis,MN)实施ELISA。接着,将50μL体积中的1μCi[3H]胸苷添加至孔,然后将板放回温箱。16小时过夜培养后,收获细胞,并通过液体闪烁计数测量[3H]胸苷掺入。仅仅在100μg/mL的高浓度测试OKT8.v11-OA-LALAPG的作用。
在100μg/ml OKT8.v11-OA-LALAPG或100μg/ml同种型对照(抗糖蛋白D-OA,或“抗gD-OA”)存在下在体外用不同浓度的抗CD3抗体激活纯化的CD8+T细胞。OKT8.v11-OA-LALAPG在任何浓度的抗CD3不影响CD8+T细胞的增殖(图3A)或CD8+T细胞的IFN-γ应答(图3B)。在测试的所有浓度在OKT8.v11-OA-LALAPG存在下的CD8+T细胞增殖和IFN-γ应答与同种型对照相当。
接着,在体外用破伤风类毒素激活CD8+T细胞以评估OKT8.v11-OA-LALAPG对抗原呈递细胞依赖性方式的抗原特异性刺激的影响。简言之,如先前所述自血沉棕黄层分离外周血单个核细胞(PBMC)。以2.5μM的浓度将PBMC用羧基荧光素琥珀酰亚胺基酯(CFSE)于室温标记5分钟,然后在刺激前在PBS中清洗5次。如下在体外使用破伤风类毒素(衍生自破伤风梭状芽胞杆菌(Clostridium tetani)；Calbiochem,EMD Millipore；Billerica,MA)实施抗原特异性细胞刺激。将PBMC(1x 106,在100μL体积中)添加至96孔平底聚苯乙烯组织培养板。为抗原特异性刺激指派的孔以5μg/mL的浓度以200μL/孔的终体积包括破伤风类毒素。以200μg/mL的2倍浓度制备OKT8.v11-OA-LALAPG或同种型对照抗gD-OA,然后每个连续稀释10倍。然后将100μL抗体添加至适宜的孔,使最终的孔体积达到200μL。所得10点滴定曲线范围为3ng/mL至100μg/mL。将板在有5％CO2的增湿温箱中温育6天。使用流式细胞术通过CFSE稀释来评估增殖。分别将细胞用抗CD8 PE共染色以评估CD8+T细胞的增殖。另外将细胞用抗CD25(克隆M-A251)别藻蓝蛋白(APC)(BD Biosciences)染色以评估细胞激活状态,CD25高表达标记激活。
在OKT8.v11-OA-LALAPG或同种型对照抗gD-OA存在下于图3C和3D中所示浓度用破伤风类毒素刺激CD8+T细胞。通过羧基荧光素二乙酸琥珀酰亚胺基酯(CFSE)稀释评估图3C中所示增殖应答。将如通过经历多于一轮CFSE稀释的细胞测定的增殖CD8+T细胞的频率针对媒介处理的细胞标准化,并作为媒介的百分比表述数据。OKT8.v11-OA-LALAPG在测试的最高浓度(100μg/mL)不影响增殖。见图3C。OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA的作用在所有浓度相当。在图3D中,通过测量作为激活标志物的CD25表达来评估增殖CD8+T细胞的激活状态。将CD25高细胞的频率针对媒介处理的细胞标准化,并作为媒介的百分比表述数据。OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA在测试的任何浓度均不影响CD8+T细胞的激活。
如上文所述(使用人CD4+T细胞富集试剂盒(STEMCELL Technologies)分离CD4+T细胞,并使用来自BD Biosciences(San Jose,CA)的抗CD4(克隆SK3)-PerCP抗体经由流式细胞术评估),在OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA同种型对照存在下评估对通过抗CD3的多克隆T细胞刺激的CD4+T细胞应答。OKT8.v11-OA-LALAPG在任何浓度的抗CD3不影响CD4+T细胞增殖(见图4A)或CD4+T细胞的IFN-γ应答(图4B)。OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA同种型对照的作用在所有浓度相当。
如上文所述实施用破伤风类毒素体外激活CD4+T细胞以测定OKT8.v11-OA-LALAPG对抗原呈递细胞依赖性方式的抗原特异性刺激的影响。(使用人CD4+T细胞富集试剂盒(STEMCELL Technologies)分离CD4+T细胞,并使用来自BD Biosciences(San Jose,CA)的抗CD4(克隆SK3)-PerCP抗体经由流式细胞术评估)。如上文所述,在所示浓度的OKT8.v11-OA-LALAPG或同种型对照gD-OA存在下实施CD4+T细胞刺激。将如通过经历多于一轮CFSE稀释的细胞测定的增殖CD4+T细胞的频率针对媒介处理的细胞标准化,并作为媒介的百分比表述数据。OKT8.v11-OA-LALAPG在测试的最高浓度(100μg/mL)不影响增殖。见图3C。OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA的作用在所有浓度相当。在图3D中,通过测量作为激活标志物的CD25表达来评估增殖CD4+T细胞的激活状态。将CD25高细胞的频率针对媒介处理的细胞标准化,并作为媒介的百分比表述数据。OKT8.v11-OA-LALAPG和抗gD-OA在测试的任何浓度均不影响CD4+T细胞的激活。
实施另外的实验以测定OKT8.v11-OA-LALAPG是否自循环消减CD8+T细胞。简言之,在注射100mg/kg OKT8.v11-OA-LALAPG前,在注射后第1天,和在注射后第15天自食蟹猴获得血液样品。在样品分析期间,经由流式细胞术鉴定总淋巴细胞群体,使用由CD45荧光染色和侧向散射特征(SSC)划界(CD45亮SSC暗)组成的淋巴细胞门控策略以描绘淋巴细胞群体。接着,经由使用荧光标记的抗CD8或荧光标记的抗CD4抗体鉴定B细胞群体。如图3E中所示,CD8+门的均值荧光强度(MIF)随时间没有显著差异,指示OKT8.v11-OA-LALAPG并不自循环消减CD8+T细胞。
别的FACS分析确认OKT8.v11不结合CD4+T细胞或CD3-T细胞(见图3F)。
实施例3:各种抗体型式用于分子成像的评估
使用带标记物的抗CD8抗体实施初步免疫PET研究以评估不同抗体型式对于小鼠中的分子成像的适合性。
使用仓鼠抗小鼠抗体21ED3生成两种鼠抗CD8构建物,即89Zr-mCD8-DANA(即带有DANA效应器功能突变的IgG1型式)或89Zr-mCD8-(Fab’)2。将每种构建物注射入携带特征在于升高的CD8+T细胞浸润的鼠CT26结肠癌肿瘤的小鼠。由于DANA和(Fab’)2型式的较差稳定性,没有检测到CD8+T细胞的肿瘤浸润。
在人CD8模型中,在将人PBMC脾内注射入SCID米色小鼠后测试18F-OKT8.v11-Fab。然而,在植入有人PBMC的小鼠的脾中没有检测到18F-CD8-Fab的可见吸收。
在又一种人CD8模型中,将89Zr-huOKT8.v1-OA(即独臂抗体)注射入携带HPB-ALL(人T细胞白血病)CD8+异种移植肿瘤或Daudi(人伯基特氏淋巴瘤)CD8-异种移植肿瘤的小鼠。然后在给药时,初始给药后第1天,第2天,和第5天经由PET扫描监测小鼠。图5A和5B分别显示肿瘤组织和心组织中作为时间的函数作为组织中％初始剂量每克的89Zr-huOKT8.v1-OA的吸收。89Zr-huOKT8.v1-OA展现肿瘤组织中的CD8依赖性吸收。见图5A。与之对比,在HPB-ALL异种移植小鼠或Daudi异种移植小鼠中的非肿瘤组织中观察到89Zr-OA-CD8.v1的最小吸收。见图5B。
为了确认89Zr-huOKT8.v1-OA吸收的CD8特异性,在注射89Zr-huOKT8.v1-OA,89Zr-huOKT8.v9-OA,或对照抗体靶向糖蛋白D的89Zr-gD-OA的HPB-ALL异种移植小鼠中实施互补实验。注射后在给药时,初始给药后第1天,第2天,和第5天经由PET扫描监测小鼠。2天后在血液集合中检测到最小限度89Zr-huOKT8.v1-OA,89Zr-huOKT8.v9-OA,或89Zr-gD-OA。见图6A和7A,其显示血液中作为时间的函数作为组织中％初始剂量每克的89Zr-huOKT8.v1-OA,89Zr-huOKT8.v9-OA,和89Zr-gD-OA的吸收。在CD8+HPB-ALL肿瘤组织中观察到89Zr-huOKT8.v1-OA的吸收,峰吸收约25％。见图6B。对89Zr-huOKT8.v9-OA观察到相当的峰吸收。见图7B。与之对比,在HPB-ALL肿瘤组织中仅仅观察到对照89Zr-gD-OA的残留吸收。见图6B和7B。而且,89Zr-huOKT8.v1-OA和89Zr-huOKT8.v9-OA的清除主要通过肾(89Zr-huOKT8.v1-OA见图4C)。与主要通过肝清除的成像工具不同,89Zr-huOKT8.v1-OA或89Zr-huOKT8.v9-OA的使用不会遮蔽肝或腹部中CD8+细胞的检测。而且,没有观察到与背景小鼠组织的交叉反应性(见图6C)。
还如上所述测试89Zr-OA-CD8-FvFc,即单价单链Fc-Fv融合物。89Zr-OA-CD8-FvFc展现CD8+肿瘤组织,而非心组织中的吸收。见图8A。肿瘤组织中89Zr-OA-CD8-FvFc的峰吸收与89Zr-huOKT8.v1-OA和89Zr-huOKT8.v9-OA相当。然而,89Zr-OA-CD8-FvFc的清除主要通过肝,而非肾(见图8B),指示89Zr-OA-CD8-FvFc可能遮蔽肝或腹部中CD8+细胞的检测。
实施例4:小鼠模型中89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的检测灵敏度和范围的评估
如上文讨论的,将huOKT8.v11重定型为包含节-入-穴突变(即“穴”重链中的T366SL358A Y407V和“节”Fc中的T366W),以及L234A,L235A,和P329G效应器功能突变的独臂IgG1抗体以生成huOKT8.v11-OA-LALAPG(示意性描绘见图1)。使用嵌合HPB-ALL/Daudi异种移植物在一系列免疫PET实验中评估放射性标记的huOKT8.v11-OA-LALAPG的检测灵敏度和范围。简言之,注射规定比的HPB-ALL细胞和Daudi细胞的小鼠显示发生以不同水平表达CD8的肿瘤,如表8中显示的。
表8
Figure BDA0002380468760000771
对携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠(n＝4/组)注射89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA。注射后,在给药时,初始给药后第1天,第2天,第5天,第7天,和第9天经由PET扫描监测小鼠,并测量肿瘤组织,肝组织,肾组织,和血液集合中的89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA吸收。如图9B中显示的,肿瘤组织中的89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG吸收随肿瘤组织中的CD8+细胞水平而变化。89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的峰吸收为100％HPB-ALL肿瘤中的超过40％,25％HPB-ALL肿瘤中的约20％,5％HPB-ALL肿瘤中的约15％和0％HPB-ALL肿瘤中的0％。在嵌合肿瘤的组织中检测到89Zr-gD-OA的最小吸收。在携带嵌合HPB-ALL/Daudi肿瘤的小鼠的血液中检测到最小89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA。见图9A。在携带嵌合HPB-ALL/Daudi肿瘤的小鼠的肾组织中检测到89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA的中等吸收(见图9C),而在肝组织中检测到89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA的最小吸收(见图9D)。图9C和9D中显示的结果指示89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA的清除主要通过肾。图9E提供注射89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA的携带100％HPB-ALL,25％HPB-ALL,5％HPB-ALL,或0％HPB-ALL嵌合肿瘤的小鼠的PET图像(n＝4/组)。在注射后第7天实施PET。总之,图9A-9E中显示的结果证明使用89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG能测量CD8浓度的两倍变化。
在携带以100％HPB-ALL肿瘤的水平的约20％表达CD8的PF382(人T细胞白血病)异种移植肿瘤的SCID和裸小鼠中实施互补实验。对小鼠(n＝4/组)注射89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG或89Zr-gD-OA并在给药时,初始给药后第1天,第2天,第5天,第7天,和第9天经由PET扫描监测。如图10A中显示的,来自SCID和裸异种移植小鼠二者的PF382肿瘤组织中89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的水平作为时间的函数升高,峰吸收为第5天时的～15％。与之对比,在PF382肿瘤组织中检测到89Zr-gD-OA的最小吸收。血液集合中89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA的水平随时间而降低(见图10B)。
图11A提供异种移植小鼠中的HPB-ALL,PF382,TALL-1,和Daudi肿瘤中89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA吸收的直接比较。TALL-1肿瘤中的CD8水平低于PF382肿瘤中的CD8水平。89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的峰吸收为HPB-ALL肿瘤中的超过40％,PF382肿瘤中的约15％,TALL-1肿瘤中的约12％,和Daudi肿瘤中的小于5％。图11B中显示使用89Zr-gD-OA的对照实验的结果。来自异种移植小鼠的血液集合中89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG和89Zr-gD-OA的水平是最小限度的且随时间而降低(见图11C和11D)。
总之,上文讨论的结果确认了用89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG能测量组织CD8浓度。
使用89Zr标记的基于huOKT8.v17的试剂或124I标记的基于huOKT8.v17的试剂对携带HPB-ALL肿瘤异种移植物的小鼠实施另外的成像实验。将3mg/kg带标记物的抗体施用于每只小鼠。平行实施同种型对照实验,其中对HPB-ALL异种移植小鼠给予3mg/kg 89Zr-gD或124I-gD。如图12中显示的,89Zr标记的huOKT8.v17和124I标记的huOKT8.v17二者在CD8+肿瘤组织中均是可检测的。在给予124I标记的抗体的小鼠中观察到较少的非特异性信号。
实施例5:非人灵长动物中用89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG的分子成像
在恒河猴中用89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG实施成像实验以测定是否能在正常情况下富含CD8的组织中检测吸收。对恒河猴(5kg)注射含有1mCi辐射剂量的10mg 89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG。图13A显示初始给药2mg/kg后第7天的PET MIP图像。能清楚地看得见富含CD8的淋巴结,脾,和胸腺。还看得见89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG在肝和肾的清除。与之对比,在注射89Zr-gD-OA后第5天的PET MIP图像中看不见富含CD8的组织(见图13B)。只能看见在肝和肾的清除。
如表9中汇总的,还在食蟹猴中实施另外的组织分布成像实验以找到成像灵敏度的动态范围。
表9
Figure BDA0002380468760000791
图14A,14B,和14C中分别提供初始给药0.05mg/kg89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG,0.23mg/kg 89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG,和89Zr-gD-OA后第5天的PET MIP图像。使用图14A和14B中使用的标称剂量的89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG能看得见富含CD8的淋巴结和脾。在注射0.3mg/kg 89Zr-gD-OA的猴中看不见此类富含CD8的组织(见图14C)。
实施例6:小鼠和非人灵长动物中的药动学和毒动学分析
在小鼠中实施huOKT8.v1-OA-LALAPG,huOKT8.v9-OA-LALAPG,和huOKT8.v11-OA-LALAPG的药动学研究。如表10中显示的,所有三种变体的C最大,AUC无穷,CL,半衰期,和Vss是相似的。
表10
Figure BDA0002380468760000801
下文表11中提供在食蟹猴中实施的别的药动学研究的结果。
表11
Figure BDA0002380468760000802
89Zr-huOKT8.v11-OA-LALAPG在0.05mg/kg至1mg/kg的剂量范围上展现线性药动学。CL为～15mL/天/kg。没有观察到细胞因子血浆水平变化。
接着,在食蟹猴中实施实验以评估不带标记物的huOKT8.v11-OA-LALAPG(即包含N-琥珀酰基-去铁草酰胺接头的huOKT8.v11-OA-LALAPG)的毒性和毒动学。在第1和15天以表12中显示的剂量水平和剂量浓度经由缓慢推注静脉内注射将不带标记物的huOKT8.v11-OA-LALAPG施用于猴一次。
表12
Figure BDA0002380468760000803
*于给药期的研究第1和15天以5mL/kg的体积对动物给药,总共两剂。
**测试物品剂量浓度基于所供应的测试物品的标称浓度(20mg/mL)。
***高剂量是覆盖所需安全系数(10倍)和亲和力补偿(13倍)所必须的。
huOKT8.v11-OA-LALAPG在高至100mg/kg(即测试的最高剂量)的浓度得到较好耐受,指示未观察到影响水平(NOAEL)为至少100mg/kg/剂。没有观察到测量的任何安全性终点的影响。12只给药huOKT8.v11-OA-LALAPG的猴中的10只对于抗药物抗体(ADA)呈阳性。
实施例7:人药动学预测和安全系数估值
基于通过物种不变时间方法(固定指数0.85的CL和1.0的体积分布)根据食蟹猴药动学参数的预测,huOKT8.v11-OA-LALAPG预测具有人中～6.3mL/天/kg的CL和10.4天的半衰期。预测基于人～70kg和食蟹猴～3.0kg的假设体重。
下文表13中提供huOKT8.v11-OA-LALAPG在人中的另外的预测药动学指标。
表13
Figure BDA0002380468760000811
NOAEL食蟹猴＝100mg/kg
*HED(mg/kg)＝NHP剂量/转换系数3.1；因此SFHED＝HED/剂量人
**SF剂量＝剂量食蟹猴/剂量人
***SFC最大＝C最大,食蟹猴/C最大,人
§SFAUC＝AUC食蟹猴/AUC人
表12中的预测基于实施例6中的食蟹猴TK数据,使用物种不变时间方法(指数0.85)。预测基于人～70kg和食蟹猴～3.0kg的假设体重。食蟹猴的剂量和剂量方案＝100mg/kg；Q2W；人剂量方案＝Q3W。安全系数估值覆盖所需安全系数(10倍)和亲和力补偿(13倍)。
实施例8:使用CD8成像进行微生物组研究和免疫表型鉴定的方法
可使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如本文中描述的)来评估CD8+细胞对肿瘤和淋巴结的浸润。使用此类成像来鉴定作为预测患者预后和/或对癌症免疫疗法的响应的微生物组签名的基础的免疫表型。
而且,可使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如本文中描述的)来鉴定与CD8+T细胞生物分布的特定全身样式有关的微生物组签名。例如,使用此类成像来测定CD8+T细胞在肿瘤和其它淋巴结中的流行度。使用此类成像来选择最强健的微生物组生物标志物,即使当与结局的直接关联嘈杂或微弱的时候。
驻留肠的细菌可能影响患者对癌症免疫疗法的响应。参见例如Gopalakrishnanet al.(2018)Science 359(6371):97-103。因而,鉴定与患者对癌症免疫疗法的响应性有关的关键微生物菌株对于为癌症患者鉴定适宜治疗方案可能是有用的。可使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如如本文中描述的)来鉴定与患者对免疫疗法(例如本文中讨论的免疫疗法)的响应性相关的微生物组概况(例如肠菌群组合物)。
简言之,自要经历免疫疗法(例如本文中别处描述的免疫疗法)的癌症患者获取肠微生物组样品(例如粪样品)。在他们经历癌症免疫疗法前将抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如如本文中描述的)施用于每位患者,并评估每位患者中CD8+细胞对肿瘤和淋巴结的浸润。接着,每位患者接受癌症免疫疗法(例如本文中描述的免疫疗法)。在癌症免疫疗法后再次将抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如如本文中描述的)施用于患者,并第二次评估每位患者中CD8+细胞对肿瘤和淋巴结的浸润。评估免疫疗法后患者的肿瘤和淋巴结中CD8浸润的水平,并测定每位患者的微生物组概况(例如肠微生物组样品中存在的微生物的类型,以及每种类型的微生物的丰度)。鉴定展现CD8+T细胞对肿瘤和淋巴结的浸润的患者的肠微生物组样品中存在的关键微生物菌株。
在鉴定具有CD8+T细胞对淋巴结和/或肿瘤的浸润的患者中的关键微生物菌株后,自从此类患者获得的供体粪便生成包含关键微生物菌株的微生物组药物。将微生物组药物施用于不展现CD8+T细胞对淋巴结或肿瘤的浸润的患者。或者,使用自展现CD8+T细胞对淋巴结和/或肿瘤的浸润的患者收集的供体粪便对不展现CD8+T细胞对淋巴结和/或肿瘤的浸润的患者实施FMT(粪微生物群落移植)规程。在某些实施方案中,FMT或微生物组药物将在癌症免疫疗法时不展现CD8+对淋巴结和/或肿瘤的浸润的患者转化成确实响应癌症免疫疗法的患者。
在某些实施方案中,在FMT前或在施用微生物组药物前对不展现CD8+对淋巴结和/或肿瘤的浸润的患者实施CD8成像。在FMT或施用微生物组药物后,患者接受免疫疗法。在免疫疗法后,对患者实施成像从而测定FMT或微生物组药物是否导致升高的CD8+对淋巴结和/或肿瘤的浸润。在某些实施方案中,如果在FMT或其它微生物组药物后响应癌症免疫疗法治疗观察到升高的CD8+浸润,那么认为FMT或其它微生物组药物是成功的。
连同微生物组研究和发现使用的CD8成像剂可以是本文中公开的任何抗CD8抗体(例如huOKT8v.1,huOKT8v.9,huOKT8v.10,huOKT8v.11,huOKT8v.12,huOKT8v.15,和huOKT8v.17)。
在某些实施方案中,癌症免疫疗法是检查点抑制剂。在某些实施方案中,癌症免疫疗法是T细胞靶向疗法。在某些实施方案中,T细胞靶向疗法是T细胞双特异性,三特异性,或多特异性抗体或其抗原结合片段。在某些实施方案中,癌症免疫疗法是NK细胞靶向疗法。在某些实施方案中,NK细胞靶向疗法是双特异性,三特异性,或多特异性抗体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中,可使用使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如如本文中描述的)的CD8成像来评估施用检查点抑制剂或免疫调控分子,诸如CD16或CD3靶向模块之前,期间,和之后的肿瘤和淋巴结CD8+浸润。使用此类成像来测定与检查点抑制剂或免疫调控分子,诸如CD16或CD3靶向模块的功效有关的微生物组生物标志物。
如在这个实施例中使用的检查点抑制剂可以是任何检查点抑制剂。在某些实施方案中,检查点抑制剂是抗PD1或抗PDL1抗体。在某些实施方案中,检查点抑制剂是阿特珠单抗
Figure BDA0002380468760000831
免疫调控分子可以是影响CD8细胞增殖和浸润的任何分子。例子包括T细胞双特异性分子,诸如结合CD3和肿瘤相关抗原的抗体和结合CD16和肿瘤相关抗原的分子。
实施例9:使用CD8成像来测定癌症免疫疗法的功效的方法
使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如本文中描述的)来评估CD8+细胞对肿瘤和淋巴结的浸润。使用此类成像来鉴定预测患者预后和/或对癌症免疫疗法的响应的免疫表型。例如,使用此类成像来测定CD8+T细胞在肿瘤和其它淋巴结中的流行度。使用此类成像来选择癌症免疫疗法药剂或包括一种或多种癌症免疫疗法药剂的组合癌症药剂。
在本文中公开的所有实施方案中,癌症免疫疗法是例如本文中公开的任何抗PD1药剂或抗PDL1药剂,诸如用于治疗癌症的单克隆抗体,结合T细胞和肿瘤相关蛋白的双特异性抗体,结合NK细胞和肿瘤相关蛋白的双特异性抗体,CAR-T细胞疗法,非特异性癌症免疫疗法和佐剂,和免疫检查点抑制剂。结合T细胞和肿瘤相关蛋白的双特异性抗体包括例如抗CD3双特异性抗体。结合NK细胞和肿瘤相关蛋白的双特异性抗体包括例如抗CD16(FcγRIII)双特异性抗体,抗CD16A双特异性抗体,抗CD56双特异性抗体,抗NKp46双特异性抗体,和任何其它NK细胞结合性双特异性抗体。
在某些实施方案中,使用抗CD8抗体或其它CD8成像模块(例如如本文中描述的)的CD8成像可用于如本文中描述的治疗,诊断,预后,伴随诊断,和监测癌症进展/消退。
实施例仅仅出于例示目的而提供,并非意图以任何方式限制本发明的范围。确实,在本文中显示和描述的那些以外的各种修饰会根据前述描述而对本领域技术人员变得显而易见且落在所附权利要求的范围内。

Claims (104)

1.一种抗CD8抗体,其结合人CD8且并不刺激或抑制CD8+ T细胞激活。
2.权利要求1的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不诱导CD8+ T细胞增殖。
3.权利要求1或2的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不诱导CD8+ T细胞的IFN-γ生成。
4.权利要求1-3任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不结合CD4+ T细胞。
5.权利要求1-4任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不结合CD3-细胞。
6.权利要求1-5任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不自循环消减CD8+ T细胞。
7.权利要求1-6任一项的抗CD8抗体,其中该抗体是嵌合抗体,人源化抗体,或人抗体。
8.权利要求1-7任一项的抗CD8抗体,其中该抗体是单价抗体。
9.权利要求8的抗CD8抗体,其中该单价抗体包含:包含第一Fc域的抗体重链,抗体轻链,和第二Fc域,其中该抗体重链与该抗体轻链配对,且其中该第一Fc域和该第二Fc域形成二聚体。
10.权利要求9的抗CD8抗体,其中该第一Fc域包含空腔,且其中该第二Fc域包含可安置在第一Fc域中的空腔中的隆起。
11.权利要求10的抗CD8抗体,其中该第一Fc域包含T366S,L358A,和Y407V突变,其中该第二Fc域包含T366W突变,且其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。
12.权利要求9的抗CD8抗体,其中该第二Fc域包含空腔,且其中该第一Fc域包含可安置在第二Fc域中的空腔中的隆起。
13.权利要求12的抗CD8抗体,其中该第一Fc域包含T366W突变,其中该第二域包含T366S,L358A,和Y407V突变,且其中氨基酸残基是依照EU编号系统编号的。
14.权利要求1-13任一项的抗CD8抗体/方法,其中该抗CD8抗体是人IgG抗体。
15.权利要求14的抗CD8抗体,其中该人IgG抗体是IgG1抗体。
16.权利要求9-13和15的抗CD8抗体,其中该第一和第二Fc域包含L234A和L235A突变。
17.权利要求15或权利要求16的抗CD8抗体,其中该第一和第二Fc域每个包含P329G突变。
18.权利要求1-17任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体以小于约10nM的KD结合人CD8。
19.权利要求1-18任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体以小于约200nM的KD结合食蟹猴(cynomolgus)CD8。
20.权利要求1-19任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体以小于约200nM的KD结合恒河猴(rhesus)CD8。
21.权利要求1-20任一项的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体并不结合小鼠CD8或大鼠CD8。
22.权利要求1-21任一项的抗CD8抗体,其包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4-8任一中所列氨基酸序列的CDR-L3。
23.一种抗CD8抗体,其包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4-8任一中所列氨基酸序列的CDR-L3。
24.权利要求22或23的抗CD8抗体,其包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4-8任一中所列氨基酸序列的CDR-L3。
25.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4中所列氨基酸序列的CDR-L3。
26.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:5中所列氨基酸序列的CDR-L3。
27.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:6中所列氨基酸序列的CDR-L3。
28.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:7中所列氨基酸序列的CDR-L3。
29.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
30.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
31.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和/或
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
32.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:4中所列氨基酸序列的CDR-L3。
33.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:5中所列氨基酸序列的CDR-L3。
34.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:6中所列氨基酸序列的CDR-L3。
35.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:7中所列氨基酸序列的CDR-L3。
36.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
37.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:11中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:13中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:1中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
38.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
重链可变域,该重链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:9中所列氨基酸序列的CDR-H1；(2)包含SEQ ID NO:10中所列氨基酸序列的CDR-H2；和(3)包含SEQ ID NO:12中所列氨基酸序列的CDR-H3；和
轻链可变域,该轻链可变域包含(1)包含SEQ ID NO:2中所列氨基酸序列的CDR-L1；(2)包含SEQ ID NO:3中所列氨基酸序列的CDR-L2；和(3)包含SEQ ID NO:8中所列氨基酸序列的CDR-L3。
39.权利要求22或23的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:14,16,18,20,22,24,和26任一中所列重链可变域；和/或
SEQ ID NO:15,17,19,21,23,25,和27任一中所列轻链可变域。
40.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:14,16,18,20,22,24,和26任一中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:15,17,19,21,23,25,和27任一中所列轻链可变域。
41.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:14中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:15中所列轻链可变域。
42.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:16中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:17中所列轻链可变域。
43.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:18中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:19中所列轻链可变域。
44.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:20中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:21中所列轻链可变域。
45.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:22中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:23中所列轻链可变域。
46.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:24中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:25中所列轻链可变域。
47.权利要求24的抗CD8抗体,其中该抗CD8抗体包含:
SEQ ID NO:26中所列重链可变域；和
SEQ ID NO:27中所列轻链可变域。
48.一种分离的核酸,其编码权利要求1-47任一项的抗CD8抗体。
49.一种表达载体,其包含权利要求48的核酸。
50.一种宿主细胞,其包含权利要求48的核酸或权利要求49的表达载体。
51.一种生成权利要求1-47任一项的抗CD8抗体的方法,该方法包含:
a)在抗体生成的条件下培养权利要求49的宿主细胞；和
b)回收由该宿主细胞生成的抗CD8抗体。
52.权利要求51的方法,其中该宿主细胞是真核细胞
53.权利要求52的方法,其中该真核细胞是CHO细胞。
54.权利要求51的方法,其中该宿主细胞是原核细胞。
55.权利要求54的方法,其中该原核细胞是大肠杆菌细胞。
56.权利要求1-47任一项的抗CD8抗体,其中该抗体包含接头。
57.权利要求56的抗CD8抗体,其中该接头是N-琥珀酰基-去铁草酰胺。
58.权利要求1-47和56-57任一项的抗CD8抗体,其是与标记物缀合的。
59.权利要求58的抗CD8抗体,其中该标记物是荧光染料,放射性核素,或酶。
60.权利要求59的抗CD8抗体,其中该标记物是放射性核素。
61.权利要求60的抗CD8抗体,其中该放射性核素是89Zr,18F,64Cu,或124I。
62.一种在受试者中检测CD8+细胞的方法,该方法包含:
a)将权利要求58的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者；和
b)检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的CD8+细胞的结合,其中检测到结合指示存在CD8+细胞。
63.权利要求62的方法,其中检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的CD8+细胞的结合包含对该受试者中的CD8+细胞成像。
64.权利要求63的方法,其中对该受试者中的CD8+细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。
65.权利要求62-64任一项的方法,其中该CD8+细胞是CD8+ T细胞。
66.权利要求62-65任一项的方法,其中该受试者是人或非人灵长动物。
67.权利要求66的方法,其中该非人灵长动物是食蟹猴或恒河猴。
68.权利要求66的方法,其中该受试者是人。
69.权利要求62-68任一项的方法,其中该受试者具有癌症。
70.一种预测具有癌症的受试者对免疫疗法或癌症疫苗的响应性的方法,该方法包含:
a)将权利要求58的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者；和
b)检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合,其中检测到结合指示该受试者很可能响应该免疫疗法或该癌症疫苗。
71.权利要求70的方法,其中检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+ T细胞成像。
72.权利要求71的方法,其中对该受试者中的CD8+ T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。
73.权利要求70-72任一项的方法,其进一步包含下述步骤:
(c)将治疗有效量的免疫治疗剂或癌症疫苗施用于其中已经检测到结合的受试者。
74.一种在具有癌症的受试者中监测疾病进展的方法,该方法包含:
a)将权利要求58的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者,和
b)于第一时间点和第二时间点检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合。
75.权利要求74的方法,其中检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+ T细胞成像。
76.权利要求75的方法,其中对该受试者中的CD8+ T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。
77.权利要求74-76任一项的方法,其进一步包含下述步骤:
(c)将治疗有效量的免疫治疗剂或癌症疫苗施用于其中于该第二时间点该肿瘤组织中CD8+ T细胞的水平高于于该第一时间点该肿瘤组织中CD8+ T细胞的水平的受试者。
78.一种在已经或正在接受免疫治疗剂或癌症疫苗的具有癌症的受试者中监测治疗进展的方法,该方法包含:
i)连同该免疫治疗剂或该癌症疫苗将权利要求58的带标记物的抗CD8抗体施用于该受试者,和
ii)于第一时间点和第二时间点检测该带标记物的抗CD8抗体对该肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合。
79.权利要求78的方法,其中检测该带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合包含对该受试者中的CD8+ T细胞成像。
80.权利要求79的方法,其中对该受试者中的CD8+ T细胞成像包含对该受试者实施正电子发射断层摄影术(PET)扫描或正电子发射断层摄影术/计算机断层摄影术(PET/CT)扫描。
81.权利要求78-80任一项的方法,其中在该免疫治疗剂或该癌症疫苗之前施用该带标记物的抗CD8抗体,其中该第一时间点在施用该带标记物的抗CD8抗体之后且在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之前,且其中该第二时间点在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之后。
82.权利要求78-80的方法,其中在该带标记物的抗CD8抗体之前施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗,其中该第一时间点在施用该免疫治疗剂或该癌症疫苗之后且在施用该带标记物的抗CD8抗体之后,且其中该第二时间点在该第一时间点之后。
83.权利要求73,77,和78任一项的方法,其中将该免疫治疗剂施用于该受试者。
84.权利要求83的方法,其中该免疫治疗剂是抗PDL1抗体,抗PD1抗体,抗TIGIT抗体,TIGIT拮抗剂,抗CSF-1R抗体,抗CSF-1R拮抗剂,抗CEA抗体,抗CEA拮抗剂,抗CTLA4抗体,CTLA4拮抗剂,抗OX40抗体,或OX40激动剂。
85.权利要求84的方法,其中该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。
86.权利要求的方法且其中与一种或多种治疗剂组合施用该抗PD-L1抗体。
87.权利要求86的方法,其中该一种或多种治疗剂是
Figure FDA0002380468750000091
(厄洛替尼(erlotinib)),
Figure FDA0002380468750000092
(维罗非尼(vemurafenib)),
Figure FDA0002380468750000093
(奥滨尤妥珠单抗(obinutuzumab)),
Figure FDA0002380468750000101
(贝伐单抗(bevacizumab)),
Figure FDA0002380468750000102
(考比替尼(cobimetinib)),
Figure FDA0002380468750000103
和
Figure FDA0002380468750000104
(阿来替尼(alectinib)),
Figure FDA0002380468750000105
(ado-曲妥珠单抗美坦新(ado-trastuzumab emtansine)),
Figure FDA0002380468750000106
(曲妥珠单抗(trastuzumab)),
Figure FDA0002380468750000107
(帕妥珠单抗(pertuzumab)),波妥珠单抗(polatuzumab),INF-α,抗CD40剂,抗OX40抗体,OX40激动剂,抗CSF-1R抗体,抗CEA抗体,IDO抑制剂,或抗TIGIT抗体。
88.权利要求83的方法,其中该免疫治疗剂是特异性结合CD3的双特异性抗原结合分子。
89.权利要求88的方法,其中该双特异性抗原结合分子是抗体或其抗原结合片段。
90.权利要求83的方法,其中该免疫治疗剂是特异性结合CD16的双特异性抗原结合分子。
91.权利要求90的方法,其中该双特异性抗原结合分子是抗体或其抗原结合片段。
92.权利要求90或91的方法,其中该双特异性抗原结合分子特异性结合CD16A。
93.权利要求66,68,和70任一项的方法,其中将该癌症疫苗施用于该受试者。
94.权利要求79的方法,其中该癌症疫苗是个性化癌症疫苗(PCV)。
95.一种鉴定与对用免疫治疗剂的治疗的响应性有关的肠微生物菌株的方法,其包含:
a)自具有癌症的受试者的群体获得肠微生物组样品,该群体包含响应用该免疫治疗剂的治疗的受试者和不响应用该免疫治疗剂的治疗的受试者；
b)分析响应该治疗的受试者的肠微生物组样品和不响应该治疗的受试者的肠微生物组样品；和
c)鉴定与响应该治疗的受试者有关的肠微生物菌株；其中响应性是通过检测权利要求58的带标记物的抗CD8抗体对该受试者中的肿瘤组织中的CD8+ T细胞的结合而测定的,且其中检测到结合指示该受试者响应该免疫治疗剂。
96.权利要求95的方法,其进一步包含制备包含与对该免疫治疗剂的响应性有关的肠微生物菌株的基于微生物组的药物。
97.权利要求95或96的方法,其中该免疫治疗剂是抗PD-1抗体。
98.权利要求95或96的方法,其中该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。
99.权利要求98的方法,其中该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)。
100.一种在不响应免疫治疗剂或预测不响应该免疫治疗剂的受试者中治疗癌症的方法,其包含:
a)对该受试者施用包含与患者对该免疫治疗剂的响应性有关的肠微生物菌株的基于微生物组的药物；和
b)将该免疫治疗剂施用于该受试者。
101.一种在不响应免疫治疗剂或预测不响应该免疫治疗剂的受试者中治疗癌症的方法,其包含:
a)使用与患者响应性有关的肠微生物菌株对该受试者实施粪微生物移植(FMT)；和
b)将该免疫治疗剂施用于该受试者。
102.权利要求100或101的方法,其中该免疫治疗剂是抗PD-1抗体。
103.权利要求100或101的方法,其中该免疫治疗剂是抗PD-L1抗体。
104.权利要求103的方法,其中该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
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