CN111226118A

CN111226118A - 用于牙龈炎的唾液细胞外rna生物标记物

Info

Publication number: CN111226118A
Application number: CN201880067411.9A
Authority: CN
Inventors: 大卫·T·W·王; 卡罗利娜·埃尔兹别塔·卡乔尔-乌尔班诺维奇; 哈什·马亨德拉·特里维迪; 詹姆斯·G·马斯特斯
Original assignee: University of California; Colgate Palmolive Co
Current assignee: University of California; Colgate Palmolive Co
Priority date: 2017-10-27
Filing date: 2018-10-26
Publication date: 2020-06-02
Also published as: US20190127800A1; WO2019084351A1; US20210404005A1; US11124833B2; US20210404006A1; EP3701269A1

Abstract

本文描述的是用于检测受试者中的牙龈炎和监测牙龈炎的方法。

Description

用于牙龈炎的唾液细胞外RNA生物标记物

背景技术

牙周疾病是最常见的炎性疾病，影响全世界高达90％的人群(Pihlstrom等人，2005，Lancet，366，1809-20)。牙龈炎，该疾病的可逆形式，由细菌生物膜的积累诱导，并且占牙周疾病患者的大多数情况(＞75％)(Albandar等人，1999，J Periodontol 70，30-43；Tomar等人，2000，J Periodontol.，71，743-751)。如果未进行治疗，则牙龈炎可以进展为牙周炎，其涉及骨和附着丧失，并且它大多数情况下是不可逆的。牙周炎可以进展到诱导牙齿活动和牙齿脱落的程度。它还可以经由缺血性中风、心血管事件或癌症不利地影响全身健康(Binder等人，2015，Oncotarget 6，22613-23；Mitsuhashi等人，2015，Oncotarget，6，7209-7220)。关于牙周炎的常见危险因素可以分成遗传的(例如遗传变异)和获得性的那些(例如社会经济因素、口腔卫生不良、吸烟和糖尿病)(Chapple等人，2017，Journal ofClinical Periodontology，44(Suppl 18)，S39-S51)。

开发用于牙周疾病的唾液生物标记物的探索一直难以实现(Giannobile等人，2009，Periodontol 2000，50，52-64)。尽管唾液生物标记物用于检测牙龈炎的科学接纳(Henskens等人，2003，J Periodontal Res.，28，43-48；Kinney等人，2011，J.Dent.Res.，90，752-8；Lee等人，2012，J Periodontol.，83，79-89；Shaila等人，2013；J Indian SocPeriodontol.，17，42-46；Morelli等人，2014，J Periodontol.，85，1770-8)，但明确验证的生物标记物的缺乏，阻止了监管机构的批准以及将诊断测试转变为临床实践。目前，用于牙龈炎的早期检测和诊断的黄金标准主要包括全面的牙周检查，连同在牙齿检查期间执行的主观视觉检查(即发红、肿胀或牙龈出血)。在探测时出血确认牙龈炎的存在。不幸的是，牙龈炎中疼痛的不存在经常致使个体不知道其病理性牙龈状况，特别是如果他们没有定期去看牙医。因此，期望开发客观且科学可靠的生物标记物，用于牙龈炎的早期检测和监测，因为许多牙龈炎病例未得到治疗(Albandar等人，1999，J Periodontol 70，30-43；Tomar等人，2000，J Periodontol.，71，743-751)。

因此，本领域需要用于检测牙龈炎的改善组合物和方法。本发明满足了这种未满足的需求。

发明内容

在一个方面，本发明提供了诊断受试者中的牙龈炎的方法。该方法包括检测受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1；检测与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的，并且当与比较物对照中的生物标记物水平比较时，当受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到受试者中的牙龈炎。在一个实施例中，比较物对照是没有牙龈炎的受试者或人群的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。在一个实施例中，该方法包括治疗受试者的牙龈炎的进一步步骤。

在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物的水平是增加的。在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物的水平是降低的。

在一个实施例中，通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的mRNA水平，来确定唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。在一个实施例中，通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的多肽水平，来确定唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

在一个实施例中，比较物对照是选自阳性对照、阴性对照、历史对照、历史基准、或生物样品中的参考分子的水平的至少一种。在一个实施例中，受试者是人。

在一个方面，本发明提供了监测受试者中对牙龈炎治疗的应答的方法。该方法包括检测在治疗开始后获得的受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1；检测与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的，并且当与比较物对照的生物标记物水平比较时，当受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到受试者响应治疗。在一个实施例中，比较物对照是在治疗开始之前获得的受试者的唾液样品。在一个实施例中，比较物对照包含在治疗期间的较早时间点获得的受试者的唾液样品。

在一个方面，本发明提供了这样的方法，其包括获得受试者的唾液样品；并且检测受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。在一个实施例中，通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的mRNA水平，来确定唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。在一个实施例中，通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的多肽水平，来确定唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

在一个方面，本发明提供了治疗牙龈炎的方法，其包括向受试者施用牙龈炎治疗，所述受试者被鉴定为在受试者的唾液样品中具有选自以下的至少一种生物标记物的差异水平：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

在一个方面，本发明提供了用于检测牙龈炎的试剂盒，其包含检测唾液样品中选自以下的至少一种生物标记物的存在的试剂：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

在一个方面，本发明提供了治疗受试者中的牙龈炎的方法，其包括检测受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1；检测与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的，当与比较物对照中的生物标记物水平比较时，当受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到受试者中的牙龈炎；并且向受试者施用牙龈炎治疗。

附图说明

当与附图结合阅读时，本发明的实施例的下述详细描述将得到更好理解。应当理解，本发明并不限于附图中所示的实施例的精确布置和工具。

图1描绘了示例实验的结果，其描绘了前25个唾液exRNA生物标记物候选物(Affymetrix HTA 2.0微阵列分析)。

图2描绘了示例实验的结果，其描绘了10种唾液exRNA生物标记物变化与初始微阵列数据的一致性。

图3描绘了示例实验的结果，其描绘了通过qRT-PCR验证HTA 2.0Affymetrix阵列概况分析结果。具有倍数变化和p值的10个exRNA的列表。该图呈现了关于基线-第6周期间，在以2为底的对数级别上，关于10种唾液exRNA生物标记物各自的倍数变化和95％置信区间(CI)。

图4描绘了示例实验的结果，其证实了来自没有牙周疾病的健康受试者的唾液exRNA生物标记物分类牙龈炎的性能[基线至6周]，[4种exRNA：NONHSAT006501.2(m1)；NONHSAT071649(m2)、NM_001146157(m7)、NM_019060(m10)][0.91AUC，71％灵敏度，100％特异性]。

图5描绘了关于在验证阶段包括的受试者的人口统计学和临床数据的概括。

图6描绘了示例实验的结果，其证实了随着时间过去牙龈指数和菌斑指数得分的比较。

图7描绘了示例实验的结果，其证实了在每个时间点和纵向(根据参考基因ACTB的标准化的ΔCt值)，对8种验证的唾液exRNA的生物标记物表达水平的比较。P值代表随着时间过去的每种标记物[基线-第3周(B-3)和基线-第6周(B-6)]。该图呈现了跨越所有3个时间点(基线、第3周和第6周)，关于每种标记物的统计上显著的总体趋势，增加或降低。

图8描绘了随着时间过去(在筛选、基线、第3周和第6周时)临床评估人员调查的示例实验的结果。

具体实施方式

本发明提供了检测且测量基于唾液的生物标记物用于检测受试者中的牙龈炎的方法。例如，在一些实施例中，本文所述的生物标记物可以用于评价牙龈炎的状态，监测牙龈炎消退或监测对牙龈炎治疗的应答。本发明的标记物可以用于筛选，评价风险，诊断且监测牙龈炎。使用本发明的标记物检测或诊断受试者中的牙龈炎可以用于建立且评估用于牙龈炎的治疗计划。

因此，通过检查相关的生物标记物及其表达，本发明提供了诊断且提供关于牙龈炎的预后的组合物和方法。在一个实施例中，生物标记物表达包括转录成信使RNA(mRNA)和翻译成蛋白质，以及转录成RNA的类型，例如长链非编码RNA(lncRNA)、转移RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)，其并未翻译成蛋白质。

在一个实施例中，用于检测牙龈炎或者用于监测牙龈炎消退或对治疗的应答的生物标记物包括但不限于图1或图2中提供的生物标记物，包括但不限于SPRR1A、FAM25C、CNFN、S100A12、FAM25A、CRCT1、ANXA1、MUC21、LCE3E、SRRM5、AC073046.25、SLPI、KRT4、LGALS3、CCL4L1、OR1L3、SOX4、RP5-965F6.2、PET100、NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和AL832615。

在一个实施例中，生物标记物包括选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649和NONHSAT005224的一种或多种lncRNA。在一个实施例中，生物标记物包括选自LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1的一种或多种mRNA。

在一些实施例中，本文所述的生物标记物是细胞外生物标记物。例如，在一些实施例中，本文所述的生物标记物是在唾液上清液中检测到的细胞外生物标记物。

在一些实施例中，生物标记物与一种或多种受试者特征结合使用，以检测或诊断牙龈炎。例如，受试者特征包括但不限于性别、年龄、种族、身高、重量、饮食、遗传学、吸烟、口呼吸、睡眠时口呼吸、肥胖、心脏病、骨质疏松症、高血压、糖尿病、肠道疾病、肌肉和关节疾病、肿瘤、精神病、龋齿、牙齿缺失、口腔卫生水平、牙齿护理利用水平以及使口干燥的药物的使用。

在一些实施例中，生物标记物与用于牙龈炎的一种或多种测定结合使用，所述测定包括但不限于

牙龈指数(GI)、Quigley和Hein菌斑指数(PI)、Turesky改良的Quigly和Hein指数、牙龈出血指数、Navy指数、改良Navy指数、探诊出血(BOP)和探诊深度(PD)。

相应地，在本发明的一些实施例中，提供了用于诊断牙龈炎的方法。该方法包括：a)提供来自受试者的唾液样品；b)用测定分析唾液样品，所述测定特异性检测唾液样品中的本发明的至少一种生物标记物；c)将受试者生物标记物谱与对照生物标记物谱进行比较，其中受试者生物标记物谱与对照生物标记物谱之间的统计学显著差异指示牙龈炎。在一些实施例中，该方法还包括d)基于其实行治疗方案的步骤。

在一个实施例中，生物标记物类型包含RNA生物标记物。在各种实施例中，通过质谱法、PCR微阵列、热测序、毛细管阵列测序、固相测序等等中的至少一种来检测RNA。

在另一个实施例中，生物标记物类型包含多肽生物标记物。在各种实施例中，通过ELISA、蛋白质印迹、流式细胞术、免疫荧光、免疫组织化学、质谱法等等中的至少一种来检测多肽。

定义

除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解相同的含义。与本文描述的那些相似或等价的任何方法和材料都可以用于本发明的实践或测试中。

如本文使用的，词语“优选的”和“优选地”指在某些情况下提供某些益处的本发明的实施例。然而，在相同或其它情况下，其它实施例也可能是优选的。此外，一个或多个优选实施例的叙述并不意味着其它实施例是不可用的，并且并不预期从本发明的范围中排除其它实施例。

除非另有说明，否则本说明书中给出的组合物组分的所有百分比都按重量计，基于100％的总组合物或制剂重量。

如本文使用的，下述术语各自在本节段中具有与其相关的含义。

冠词“一个”和“一种”在本文中用于指一个或多于一个(即，至少一个)该冠词的语法对象。例如，“元件”意指一个元件或多于一个元件。

当涉及可测量值例如量、时间持续时间等等时，如本文使用的“约”意欲涵盖与指定值±20％、±10％、±5％、±1％或±0.1％的变化，因为此类变化对于执行所公开的方法是适当的。

当在生物、组织、细胞或其组分的上下文中使用时，术语“异常的”指这样的生物、组织、细胞或其组成部分，其在至少一种可观察或可检测的特征(例如年龄、治疗、天数等)方面不同于展示“正常的”(预期的)分别特征的那些生物、组织、细胞或其组分。对于一种细胞或组织类型正常或预期的特征对于不同的细胞或组织类型可能是异常的。

如本文使用的，术语“改变”、“缺陷”、“变异”或“突变”指细胞中的基因中的突变，其影响它编码的多肽的功能、活性、表达(转录或翻译)或构象。由本发明涵盖的突变可以是细胞中的基因的任何突变，其导致所编码多肽的功能、活性、表达或构象的增强或破坏，包括编码蛋白质的表达的完全不存在，并且可以包括例如错义和无义突变、插入、缺失、移码和过早终止。不限于此，由本发明涵盖的突变可以改变mRNA的剪接(剪接位点突变)或引起读码框中的移位(移码)。

术语“扩增”指样品中存在的靶核苷酸序列的拷贝数通过其倍增的操作。

如该术语在本文中使用的，术语“涂抹器”意指用于向受试者施用本发明的组合物的任何装置，包括但不限于皮下注射器、吸管、离子电渗疗法装置、贴剂等等。

如本文使用的，术语“抗体”指与抗原特异性结合的免疫球蛋白分子。抗体可以是源自天然来源或重组来源的完整免疫球蛋白，并且可以是完整免疫球蛋白的免疫反应性部分。抗体通常是免疫球蛋白分子的四聚体。本发明中的抗体可以以各种形式存在，包括例如多克隆抗体、单克隆抗体、Fv、Fab和F(ab)₂，以及单链抗体和人源化抗体(Harlow等人，1999，于：Using Antibodies：A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor LaboratoryPress，NY；Harlow等人，1989，于：Antibodies：A Laboratory Manual，Cold SpringHarbor，New York；Houston等人，1988，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85：5879-5883；Bird等人，1988，Science 242：423-426)。

如本文使用的，“抗体重链”指以其天然存在的构象存在于所有抗体分子中的两种类型的多肽链中的较大者。

如本文使用的，“抗体轻链”指以其天然存在的构象存在于所有抗体分子中的两种类型的多肽链中的较小者。κ和λ轻链指两种主要的抗体轻链同种型。

如本文使用的，术语“合成抗体”意指使用重组DNA技术生成的抗体，例如，如本文所述由细菌噬菌体表达的抗体。该术语还应当解释为意指这样的抗体，其已通过合成编码该抗体的DNA分子生成，并且所述DNA分子表达抗体蛋白，或指定该抗体的氨基酸序列，其中所述DNA或氨基酸序列已使用本领域可获得且众所周知的合成DNA或氨基酸序列技术获得。

如本文关于抗体使用的，术语“特异性结合”意指识别特异性抗原，但基本上不识别或结合样品中其它分子的抗体。例如，与来自一个物种的抗原特异性结合的抗体也可以与来自一个或多个物种的抗原结合。但是，此类跨物种反应性本身并不改变抗体作为特异性的分类。在另一个例子中，与抗原特异性结合的抗体也可以与抗原的不同等位基因形式结合。然而，此类交叉反应性本身并不改变抗体作为特异性的分类。在一些情况下，术语“特异性结合”或“特异性地结合”可以用于指抗体、蛋白质或肽与第二化学物种的相互作用，以意指该相互作用取决于化学物种上的特定结构(例如，抗原决定簇或表位)的存在；例如，抗体识别并结合特定性蛋白质结构，而不是一般的蛋白质。如果抗体对于表位“A”是特异性的，则在含有标记的“A”和抗体的反应中，含有表位A(或游离的、未标记的A)的分子的存在将减少与抗体结合的标记的A的量。

如本文使用的，术语“标记物”或“生物标记物”意欲包括根据本发明可用于确定牙龈炎的存在和/或严重性和/或阶段的参数(例如，RNA、多肽等)。

如果来自患者的样品中的标记物的水平与参考样品或比较物中的水平相差的量大于用于评价标记物的测定的标准误差，例如至少10％、25％、50％、75％或100％，则标记物或生物标记物的水平“显著”不同于参考样品或比较物中的标记物或生物标记物的水平。

术语“对照或参考标准或比较物”描述了这样的材料，其不包含本发明的一种或多种标记物(或生物标记物)，或者包含正常、低或高水平的一种或多种标记物(或生物标记物)的一种或多种标记物(或生物标记物)表达产物，使得对照或参照标准或比较物可以充当与样品针对其进行比较的比较物。

短语“确定标记物(或生物标记物)的表达水平”意指使用技术人员可利用的技术来检测任何标记表达产物的足够部分，评价样品中的标记物在核酸或蛋白质水平下的表达程度。

“差异增加的表达”或“上调”指生物标记物产物水平比对照增加至少10％或更多，例如20％、30％、40％或50％、60％、70％、80％、90％或更多，和/或1.1倍、1.2倍、1.4倍、1.6倍、1.8倍、2.0倍或更多，以及其间的任何和所有整体或部分增量。

“差异降低的表达”或“下调”指生物标记物产物水平比对照减少或降低至少10％或更多，例如20％、30％、40％或50％、60％、70％、80％、90％或更多，和/或2.0倍、1.8倍、1.6倍、1.4倍、1.2倍、1.1倍或更多，以及其间的任何和所有整体或部分增量。

“疾病”是动物的健康状态，其中受试者无法维持体内稳态，并且如果疾病没有得到改善，则受试者的健康继续恶化。

如本文使用的，“免疫测定”指生物化学测试，其使用抗体与其相关抗原的反应，例如抗体与蛋白质的特异性结合，来测量样品例如生物样品中物质的存在或浓度。抗原的存在或抗原的存在量两者均可以进行测量。

如本文使用的，“指导材料”包括出版物、记录、图解或任何其它表达介质，其可以用于传达试剂盒中的本发明的组分用于检测本文公开的生物标记物的有用性。本发明的试剂盒的指导材料可以例如附着至含有本发明的组分的容器，或者连同含有该组分的容器一起运输。可替代地，指导材料可以与容器分开运输，目的是指导材料和组分由接受者协同使用。

当在本文中使用时，术语“标记”指可检测的化合物或组合物，其直接或间接缀合至探针，以生成“标记的”探针。标记可以是自身可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)，或者在酶促标记的情况下，可以催化可检测的底物化合物或组合物(例如，抗生物素蛋白-生物素)的化学改变。在某些情况下，可以标记引物以检测PCR产物。

一种或多种生物标记物的“水平”意指样品中的生物标记物的绝对量或相对量或浓度。

如本文使用的，术语“标记物(或生物标记物)表达”涵盖基因的转录、翻译、翻译后修饰和表型表现，包括将基因中编码的信息转化成RNA或蛋白质的所有方面。作为非限制性例子，标记物表达包括转录成信使RNA(mRNA)和翻译成蛋白质，以及转录成RNA的类型，例如转移RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)，其并未翻译成蛋白质。

术语“微阵列”和“阵列”广泛地指“DNA微阵列”和“DNA芯片”两者，并且涵盖所有本领域公认的固体支持物、以及所有本领域公认的用于将核酸分子附着至其或用于在其上合成核酸的方法。在一些情况下，阵列包括在不同的已知位置偶联至底物表面的多个不同的核酸探针。这些阵列，也描述为“微阵列”或通俗的“芯片”，已在本领域中得到一般描述，例如，美国专利号5,143,854、5,445,934、5,744,305、5,677,195、5,800,992、6,040,193、5,424,186以及Fodor等人，1991，Science，251：767-777，其各自以引用的方式整体并入用于所有目的。阵列一般可以使用各种技术进行生产，例如掺入光刻方法和固相合成方法的组合的机械合成方法或光引导合成方法。使用机械合成方法用于合成这些阵列的技术在例如美国专利号5,384,261和6,040,193中描述，所述美国专利以引用的方式整体并入本文用于所有目的。在一个实施例中，阵列是平面阵列表面。在一些实施例中，阵列在实际上任何形状的表面或者甚至多个表面上制造。阵列可以是珠、凝胶、聚合物表面、纤维例如光纤、玻璃或任何其它适当基质上的核酸。(参见美国专利号5,770,358、5,789,162、5,708,153、6,040,193和5,800,992，其在此以引用的方式整体并入用于所有目的。)阵列可以以允许诊断用途的方式进行包装，或者可以是全包式装置；例如以引用的方式整体并入用于所有目的的美国专利号5,856,174和5,922,591。阵列从例如Affymetrix(Santa Clara，Calif.)和Applied Biosystems(Foster City，Calif.)商购可得，并且针对各种目的，包括基因分型、诊断、突变分析、标记物表达、以及用于各种真核和原核生物的基因表达监测。可以通过改变个别特征的尺寸来改变固体支持物上的探针数量。在一个实施例中，特征尺寸为20乘25微米的平方，在其它实施例中，特征可以为例如8乘8、5乘5或3乘3微米的平方，导致约2,600,000、6,600,000或18,000,000种个别的探针特征。

“测量(Measuring)”或“测量(measurement)”、或者“检测(detecting)”或“检测(detection)”，意指评价临床或受试者衍生的样品中的给定物质的存在、不存在、数量或量(其可以是有效量)，包括得出此类物质的定性或定量浓度水平，或者以其它方式评估受试者的临床参数的值或分类。

如本文使用的，术语“调节”意指与在不存在治疗或化合物的情况下受试者中的mRNA、多肽或应答的活性和/或水平相比，和/或与在其它方面相同但未治疗的受试者中的mRNA、多肽或应答的活性和/或水平相比，介导受试者中的mRNA、多肽或应答的活性和/或水平中的可检测增加或降低。

“正常”受试者没有牙龈炎的临床表现。在一些情况下，“正常”受试者具有小于约3mm的牙龈袋深度。

术语“患者”、“受试者”、“个体”等等在本文可互换使用，并且指顺应本文所述方法的任何动物或其细胞，无论是在体外还是原位。在一些非限制性实施例中，患者、受试者或个体是人。

如本文使用的，术语“提供预后”指提供糖尿病的可能病程和结果的预测，包括严重性、持续时间、恢复机会等的预测。该方法也可以用于设计合适的治疗计划，例如，通过指示状况是否仍处于早期阶段、或状况是否已进展至其中积极疗法将是无效的阶段。

生物标记物的“参考水平”意指指示特定疾病状态、表型或其缺乏，以及疾病状态、表型或其缺乏的组合的生物标记物的水平。生物标记物的“阳性”参考水平意指指示特定疾病状态或表型的水平。生物标记物的“阴性”参考水平意指指示缺乏特定疾病状态或表型的水平。

根据本发明，术语“风险分层”包括为了牙龈炎的诊断和(后遗症)的疗法/治疗的目的而寻找患者，目的是允许尽可能有利的牙龈炎过程。

如本文使用的，“样品”或“生物样品”意指从个体中分离的生物材料。生物样品可以含有适合于检测所需生物标记物的任何生物材料，并且可以包含得自个体的细胞和/或非细胞材料。生物样品的一个例子是整个唾液样品。生物样品的另一个例子是无细胞唾液样品。生物样品的另一个例子是唾液上清液，例如将唾液样品离心后获得的上清液。生物样品的另一个例子是从唾液样品中获得的团块中的材料，例如将唾液样品离心后获得的团块(即，唾液团块)。

如本文使用的，“标准对照值”指在唾液样品中、在整个唾液中或在唾液团块中或在唾液上清液中可检测的预定量的特定蛋白质或核酸。该标准对照值适用于本发明的方法，以便比较唾液样品中存在的目的蛋白质或核酸(例如标记物、生物标记物)的量。充当标准对照的建立样品在唾液中提供了目的蛋白质或核酸的典型量，其对于具有合理匹配的背景(例如性别、年龄、种族和病史)的典型健康人是典型的。标准对照值可以根据目的蛋白质或核酸和样品的性质(例如整个唾液、唾液上清液等)而变。

范围：在本公开内容自始至终，本发明的各个方面可以以范围形式来呈现。应当理解，以范围形式的描述仅为了方便和简洁，而不应当被解释为对本发明范围的僵硬限制。相应地，范围的描述应当被视为已具体公开了所有可能的子范围、以及该范围内的各个数值。例如，范围例如1至6的描述应当被视为具有特定公开的子范围，例如1至3、1至4、1至5、2至4、2至6、3至6等，以及该范围内的单个数目，例如1、2、2.7、3、4、5、5.3和6。无论范围的宽度如何，这都适用。

描述

本发明基于对唾液上清液样品中存在或不存在的细胞外生物标记物的鉴定，所述细胞外生物标记物可以将受试者鉴定患有牙龈炎，监测受试者中的牙龈炎消退，并且监测受试者中对牙龈炎治疗的应答。

在一个实施例中，本发明提供了用于检测牙龈炎的生物标记物。在一个实施例中，生物标记物包括选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649和NONHSAT005224的一种或多种lncRNA。在一个实施例中，生物标记物包括选自LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1的一种或多种mRNA。

在一个实施例中，本发明提供了检测或诊断受试者中的牙龈炎的方法，其包括测量受试者的唾液样品中的以下至少一种的水平：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。在一个实施例中，本发明提供了检测或诊断受试者中的牙龈炎的方法，其包括测量受试者的唾液样品中的以下至少一种的水平：NONHSAT006501.2；NONHSAT071649；FAM25A；和CRCT1。

在一个实施例中，本发明提供了监测受试者中的牙龈炎消退或对牙龈炎治疗的应答的方法，其包括测量受试者的唾液样品中的以下至少一种的水平：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

生物标记物

本发明提供了用于检测牙龈炎的生物标记物。在一个实施例中，生物标记物包括选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649和NONHSAT005224的一种或多种lncRNA。在一个实施例中，生物标记物包括选自LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1的一种或多种mRNA。

在一个实施例中，生物标记物包含NONHSAT006501.2。在一些实施例中，NONHSAT006501.2也可以被称为具有S73288的GenBank登录号、或具有SPRR1A的基因符号、或具有NONHSAG002962.2的非编码基因ID、或具有lnc-SPRR1A-1-1_dupl，lnc-S的lncipedia ID。在一个实施例中，NONHSAT006501.2包含以下的核苷酸序列：

GTAATGTGGTCCACAGCCATGCCCTTGAGGAGCTGGCCACTGGATACTGAACACCCTACTCCATTCTGCTTATGAATCCCATTTGCCTATTGACCCTGCAGTTAGCATGCTGTCACCCTGAATCATAATCGCTCCTTTGCACCTCTAAAAAGATGTCCCTTACCCTCATTCTGGAGGGCTCCTGAGCCTCTGCGTAAGGCTGAACGTCTCACTGACTGAGCTAGTCTTCTTGTTGCTCGGGTGCATTTGAGGATGGATTTGGGGAAGGATCAAGTGAACCATCCCTAGTCTTCCTTCAATAAATAACTTTTAACTCC(SEQ ID NO：1)。然而，NONHSAT006501.2并不限于SEQ ID NO：1的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含NONHSAT071649。在一些实施例中，NONHSAT071649也可以被称为OTTHUMT00000328143、或具有AC073046.25的基因符号、或具有lnc-TET3-2-1_dup1的lncipedia ID。在一个实施例中，NONHSAT071649包含以下的核苷酸序列：

CGCTCCGCCCCGGAGGCGGCGGGCAGGCAGCACTGCCTTCTCCAGCGTCCAGACCCTGGAGGAAAAATACCAGGAGAAACTGCTCACTCAGCTCTGCCCCCACCACACCCCTACCTGCTCAACTCATGCCTGGGTCCAGGGTGGGTGAGGGTGAAGAACCCACCGGGCCAAGATGATCCCTTTTCTGAGGGCTGCTGCTGGTGTCCTCCCCCAGATCCTGGGCCCCAGCAGGTGGGAGAGTGGCCCCCTACGGAGTCCGATCAGACTGCTGCAGAGGAGGTGAAGAGGGGTTGAGAAGAGGCATCCATCCACGAGACTGAAGCCACTTGCCTTCACCCTTGTAGACTCTTGACTGTTCTAGGCGAGAAGGACCTGTTGGTGGCCTTTGGA(SEQ ID NO：2)。然而，NONHSAT071649并不限于SEQ ID NO：2的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含NONHSAT005224。在一些实施例中，NONHSAT005224也可以被称为OTTHUMT00000033693、或具有RP5-965F6.2的基因符号、或具有lnc-ST7L-2-1_dup1的lncipedia ID。在一个实施例中，NONHSAT005224包含以下的核苷酸序列：

TTTCTCAGCCTGGAGACTGAAAGCTCTCTTTGGCTGTTGGCCCTCCCAGGCAGAGTCCACTGGCTGTTAGGGTGAAATGGGGCTGATGCTTCCTGGAATCCACCAGAAGTATGCAAATTGCACCATCTCTTTCAGCTGCCTGCGCCTGCATTCCATCGAGGATTCCGGCTCGTCCCCCAGTGGCAACAACTAGAGAGGAGGTGAGGATCCCCGGCGCTGCCATCTGATAGGCTGTCTCCCTAGCTCCTCTTGCACTGGCAATCCTTTCATCACACAGGCCTTGTTTTGAAGGGACCTATTCCACCCACAGTCGTTTCTCACCTCTAGGAGGCCAAAAAGCTGTAGTCATTGCTGTGGTATCAGGAACTCGAGTTCCTCTCAGAGGTGTTGTGAAGAGCTTCCCTTCCAACAGTACATGGCCTAAATACCAGGGAGGAAGTTTCTGACTTTTTCCATCTTCAGTAAAACAGAACCTCTGTTGTGGATGCAGTGGCTTTGCAAGGAGAGTGGCATTGTCTCTTGGTGAATGTAGTTGTTCAAGTCATGG(SEQ ID NO：3)。然而，NONHSAT005224并不限于SEQ ID NO：3的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含LGALS3。在一些实施例中，LGALS3也可以被称为具有NR_003225的GenBank登录号。在一个实施例中，LGALS3包含以下的核苷酸序列：

GTGTGCAAATAGAGGAATAAATAGCAGGGCAGCAACTATGTCTGGAGGTCATTGTCTTTCCTGTCTCAGTAGTAATCAATCACTGCTTATCTTCAAAAACCCAGAGTAGGGGATGGGGCAGTTAGTGGGGACAGAGGGCAGATGGGTAAGATTCAGAGCACAGGCTAGTGTGACGGAAGTTTAAACTTGTGAGTTAAATAGGGTTTGGCAATCTAGCTGGATAGCATCCCTGCCCCTTGAAGAGATGTTTTTGTGGCGCCACACTACTGACTTAGGCATAATGCCTAGAGATGGATTAGAACTGCACAATGAACTAGTGGTGAGGTTCAGTTTAATGGAAATTGGTGAAAGCTTTTAGGATAAAATGATAATCTTTGTTTCTTTCAGGAAAATGGCAGACAATTTTTCGGTAAGTGTTTTATGCCTGTTTCTTCCCCTTGATCAGCTCCACATGGTTGAGGGTTGGGGGTTTTGTTTTTACCATGACTTTCCCTTTTCACTCTCCCACTGCGTGGCTTCCCCTGGACTCATTTGTCCAATGAGGGCTTGCAAGCTGGAGCCTTGTTTTTCCAGCAGCAGATTTGGGAAGAAAGCCAGGCAGAGCGAGGCCTGGGACTCACTCACAGTAACCCTTTCACCAAAAGGCCCAGGGCGGAAGGGAGTGGACTCTGCCGGCAGGAGCTGAGAAATCCTCTGAGTAGCGGGAAGTGCGGTACAGTCTGGGCATTCTGATGTTTGTGATTGTTTTTCTCACGGTGATGAAAAAGTATGTGCTATAAGTAGAGGAGCGCTAACTCCTGACTTGAGCTAATTATGAAAATGCAGCCCTCCCTGATCTGAGACGTTGGGAGGCAAGAATAAAGTGAAAAAGTATATGTAATCCCAACATCTAATTTTAGTCTTAGAAACTCAAACTATTAATAAGTGGAAAAAGTTTAATGATATGCATGTAATGCCTTTGCCATATTCCTCTCCTTCTTAGATCACATATTCCTATTTTCCTGAAAATTCTGCTTTTGAGAATGCTTTCTGTCCCGTAATTGTGTATGTCTTTCTTTCCAGCTCCATGATGCGTTATCTGGGTCTGGAAACCCAAACCCTCAAGGATGGCCTGGCGCATGGGGGAACCAGCCTGCTGGGGCAGGGGGCTACCCAGGGGCTTCCTATCCTGGGGCCTACCCCGGGCAGGCACCCCCAGGGGCTTATCCTGGACAGGCACCTCCAGGCGCCTACCCTGGAGCACCTGGAGCTTATCCCGGAGCACCTGCACCTGGAGTCTACCCAGGGCCACCCAGCGGCCCTGGGGCCTACCCATCTTCTGGACAGCCAAGTGCCACCGGAGCCTACCCTGCCACTGGCCCCTATGGCGCCCCTGCTGGGCCACTGATTGTGCCTTATAACCTGCCTTTGCCTGGGGGAGTGGTGCCTCGCATGCTGATAACAATTCTGGGCACGGTGAAGCCCAATGCAAACAGAATTGCTTTAGATTTCCAAAGAGGGAATGATGTTGCCTTCCACTTTAACCCACGCTTCAATGAGAACAACAGGAGAGTCATTGTTTGCAATACAAAGCTGGATAATAACTGGGGAAGGGAAGAAAGACAGTCGGTTTTCCCATTTGAAAGTGGGAAACCATTCAAAATACAAGTACTGGTTGAACCTGACCACTTCAAGGTTGCAGTGAATGATGCTCACTTGTTGCAGTACAATCATCGGGTTAAAAAACTCAATGAAATCAGCAAACTGGGAATTTCTGGTGACATAGACCTCACCAGTGCTTCATATACCATGATATAATCTGAAAGGGGCAGATTAAAAAAAAAAAAAGAATCTAAACCTTACATGTGTAAAGGTTTCATGTTCACTGTGAGTGAAAATTTTTACATTCATCAATATCCCTCTTGTAAGTCATCTACTTAATAAATATTACAGTGAATTACCTGTCTCAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA(SEQ ID NO：4)。然而，LGALS3并不限于SEQ ID NO：4的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含AF156166。在一些实施例中，AF156166也可以被称为具有AF156166的GenBank登录号。在一个实施例中，AF156166包含以下的核苷酸序列：

GAGACTGCATAGGGCTCGGCGTGGATCTTGTTAATGCTGATTCTGGTACAGTAGGTCTAGGGCGGGGCCTGAGATTCTGCATTTCTAACAAGAACCCAGGTGATGCTGACGCTGCTGGGCCAAAAAAGACACTTTGAGTAGCAAGGGTTAGGCAACCTTTAAAGGGCCCTTCAAGAGTCTAAGATTCCATGAAGGATACTATTTCCTCTACAAGCTTGTGAAAGTCTTCCAGTGCTACTGGGAATGGGGTACAGGGATAAATCTCACTGTTTTGACCTCACAGAAGTAAACCCCTAGAATCATGTTCTCAAAATGAAACACTGGATTGCTGAACTGATGGCATTGAGAATTAAGGCTCCAAAATCCTGGGAGTTTCATACCTAACTCCACTGCCTTTGCCTTATGATGCACACTGCTCCCTCTATCCCTCCCTCCCAGGGTCTGCAGAGATGAACTATGCTGTTTTAGGTCTCATTGGTCCTTATACCTTCCCTAAACCAGGAGGACTTTGGAGCCTGCTGACACAGGGAGTTCTACATGTCTAAGCACGCAGCTGCTAGAGTCCTCAGCCATCTGAGCTAAATAGCTGCTCAGAGACAATTAGTACACCTCCGTATYTTACAGATAAAGGAACTGAAGTCCAAACAAGCCAAGCTACCCAACCAAGGCTCACAGCAGGCAAGAGGATAAAAACCATGTCCTTTGACTCCCAGGTTAGTTTT(SEQ ID NO：5。然而，AF156166并不限于SEQ ID NO：5的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含SOX4。在一些实施例中，SOX4也可以被称为具有AJ420500的GenBank登录号。在一个实施例中，SOX4包含以下的核苷酸序列：

CCACGCGTCCGCATATTTTTTCTTTTGTCCCTTTTTTTCTTTCCTTTCTTTTTACTTCCTTTATTTCTTTATTCCTTCCTTTTCCTTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAGTTGTTGTTACCCACGCCATTTTACGTCTCCTTCACTGAAGGGCTAGAGTTTTAACTTTTAATTTTTTATATTTAAATGTAGACTTTTGACACTTTTAAAAAACAAAAAAAGACAAGAGAGATGAAAACGTTTGATTATTTTCTCAGTGTATTTTTGTAAAAAATATATAAAGGGGGTGTTAATCGGTGTAAATCGCTGTTTGGATTTCCTGATTTTATAACAGGGCGGCTGGTTAATATCTCACACAGTTTAAAAAATCAGCCCCTAATTTCTCCATGTTTACACTTCAATCTGCAGGCTTCTTAAAGTGACAGTATCCCTTAACCTGCCACCAGTGTCCACCCTCCGGCCCCCGTCTTGTAAAAAGGGGAGGAGAATTAGCCAAACACTGTAAGCTTTTAAGAAAAACAAAGTTTTAAACGAAATACTGCTCTGTCCAGAGGCTTTAAAACTGGTGCAATTACAGCAAAAAGGGATTCTGTAGCTTTAACTTGTAAACCACATCTTTTTTGCACTTTTTTTATAAGCAAAAACGTGCCGTTTAAACCACTGGATCTATCTAAATGCCGATTTGAGTTCGCGACACTATGTACTGCGTTTTTCATTCTTGTATTTGACTATTTAATCCTTTCTACTTGTCGCTAAATATAATTGTTTTAGTCTTATGGCATGATGATAGCATATGTGTTCAGGTTTATAGCTGTTGTGTTTAAAAATTGAAAAAAGTGGAAAACATCTTTGTACATTTAAGTCTGTATTATAATAAGCAAAAAGATTGTGTGTATGTATGTTTAATATAACATGACAGGCACTAGGACGTCTGCCTTTTTAAGGCAGTTCCGTTAAGGGTTTTTGTTTTTAAACTTTTTTTTGCCATCCATCCTGTGCAATATGCCGTGTAGAATATTTGTCTTAAAATTCAAGGCCACAAAAACAATGTTTGGGGGAAAAAAAAGAAAAAATCATGCCAGCTAATCATGTCAAGTTCACTGCCTGTCAGATTGTTGATATATACCTTCTGTAAATAACTTTTTTTGAGAAGGAAATAAAATCAGCTGGAACTGAACCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGG(SEQ ID NO：6)。然而，SOX4并不限于SEQ ID NO：6的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含FAM25A。在一些实施例中，FAM25A也可以被称为具有NM_001146157、XM_001723781、XM_002343005、XM_926530或XM_937048的GenBank登录号。在一个实施例中，FAM25A包含以下的核苷酸序列：

TCAGCATCCTAGTTCACCACTGTCTGCTGCCACACGATGCTGGGAGGCCTGGGGAAGCTGGCTGCCGAAGGCCTGGCCCACCGCACCGAGAAGGCCACCGAGGGAGCCATTCATGCCGTGGAAGAAGTGGTGAAGGAGGTGGTGGGACACGCCAAGGAGACTGGAGAGAAAGCCATTGCTGAAGCCATAAAGAAAGCCCAAGAGTCAGGGGACAAAAAGATGAAGGAAATCACTGAGACAGTGACCAACACAGTCACAAATGCCATCACCCATGCAGCAGAGAGTCTGGACAAACTTGGACAGTGAGTGCACCTGCTACCACGGCCCTTCCCCAGTCTCAATAAAAAGCCATGACATGTGTA(SEQ ID NO：7)。然而，FAM25A并不限于SEQ ID NO：7的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含AL832615。在一些实施例中，AL832615也可以被称为具有AL832615的GenBank登录号。在一个实施例中，AL832615包含以下的核苷酸序列：

GTGGCTCTTGAGCATGGGTGGGGGAAGCCCCCACATATCTGAGTCAGTGCCACCTGGACACTACCCTTGGAGCATCCTGCTGAGGTGGCCATTCAGGTTTTCTTTCCTTTCCTTTTATTCCACTGTTTGCCTCGGACATGAAACATCTCACAGACTGCCTGGAAGAAGGTGGAGCAGACTGGGGTTAATGGTCAGCAGCAGCAGCATCCCCACCACTGGGGCTATCCCTTTTTAGGCCCTTACCATGGGCCAAACACTGAGCCGTGTGCTTCGTGTAACTTCTAAGCACGCTTACCTGATAGAGTGCCAGCAAAGACTCAAAGAGGTGCCTGGGCTTGGCACATAGTAGCTATTGCTACTATTATGAATGTTGTTTTGTCTTTGTTTTTGTTTTGAGACAGGGCCTCACTCTGTTGCCCAGGTTGGAGTACAGCAGTGCCATCATGGCTCACTGAGGCCTCAACCTCCCTGGGTTTGGGCAGTCCTCCCGCCTCGGCCTCCCGAGTGGCTGGGACTACAGGTGTGCGCCACCAAGCCCGGCCGGTTTTTTGTATTTTCAGTAGAGACTGGTTTTGCCAAGTCGCCCAGGCTGGTTTCGAACTCTGTGATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAGCCCCGTCTCTACTGAAAATACAAAAAATTGGCCGGGCGCGGTGGCGGGCGCCTGTGGTCCCAGCTGCTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAAGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCGGTCCGCAGTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGCCAAGCTCACCCAGAAATAACCCCGTGCATATATGGTCAACAGATCTTTGACAAGGCCATCAAGGATATACAATGTAGATTCTTTTATTCCTTTACTTTCTTAATAGACTTGCTTTCACTGTACTGTAAAAAAAAAAAAGGCACAATGTAGAAAGGAAACTCTCTTCAATGAATGGTGTTGGGGAAAGTGCATGAAAAAGAATGAAATTGCACACTTGTTTTACATCATATACAGAAAATTAGCTCAAAGTGGATTAAAGATTTAAATGTAATATCTGAAACCATGTAAATCCTGGAAGTAAACATAGGGAAAAATCTCCTCGACATTGGTCATAATTGGCAATATTTTTTTTGATGTAACACCAAAGCACAGGCAACAAAAGTGAAAATAAATAAATGGGACTACATCAATCTTAAAAGGTTTTACACAGCAAAGGAAACCATGACAAAATGAAAAGGCAACCTACGGGATGGAAGAAAATATTTGCGACCCATATATTTGATAAGGGGTTATTTGAAAAAATATAAGGAATTCACACAATTCAATAGCAAAAATTAATAAATACATGAATAACGCAATTAAAAATAGGCAAAGGACCCCAATGGACTTTTTTCCCCAAGGAAGATATACAAATGGCCAGCCAGCATATGAAAAGGTGCTCAACACCACTAATCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACCACAGTGAGATATTGCCTCATAGGGTAGGATGGCTCTTATAAAAAAACGACAAGAGATAACAAGTGTTGGCGAAAGCATAGAGGAAAGAGAACCCTTGTACACTGTTGGTTGGAATGTAAAGTGGTATAACCTTTACAGAAAACAGTATGGAGGTTCCTCAAAAAATTAGAAGCAGAACTACCATACGATTCAGCAATCAGGTTAGAACCTTGAAGAGAGATCTGCGCCCCATGTTTATTACAACACTATTCACAATACCCAAGATATGGAAACAGCCTAAGTGTCCAGCAACAGATGAATGGATAAATAAAATACATATAAACAATGGACTATTAGCCATTCAAAAGAAGAAACTCCTGTCCTGGATAAACCTGGAGGACATTACGCTAAGTGAAATAAGCCAGACACCGAAAGACAAGTTTTGTATGATCTCACTTATATGTGGGATCTAAGAGAGTCAAACTCATAAAAACAGATAGTAGAATGGTGGTTGCCAAGGGCTGGAGGTGGGGAAAATGGGAAGCTATTAATCAAAGGGTGTAAACTTTCAGTTATAAGATGAACAAATTCTGGAGATTTAATGTACAGCATAGGTGGTAATGGATGTAATAAATTTGATTGTGATAATTAGTACACAATATATACATATATGAAATCATCACATTGTATGCATTAAATATACACAATCCTTGTCAACTCAATATTTTTAAAAAAATGTTTAAAATGCCTAGGTCATAAGAATTCTGAGAATGAAATACAACAACATACATGAATGGACCTGCTACACAGAAGGTGCTAAATAGGTTTGTTTTGTTTTATTTTATTTCAACTCTGGCAGATGTAGACCTATTGGGAAAGAATATAGAATGCACTTGTGCACAAGGATTATCTATACGATGGTTAAATATCCTGCATACATGCCATGTCATTTCTACTCCTCAGTCAATGGATAATAAAAGCAGAACCAGCCTTCTGGTGGTCACAAAACATTTTGACATGAGAAAGGCTGATCATGAGCAATCTGGCAATGTACATCCCAGAGCGTGCATGCCCTTTGACCCACAGCTACCATGATGTCATGTCTAGCAATTAGTCCTAAGGAGATGATCAGAGATGTGTAAAGAGATTTCATTCTAACAGCATCCTCTGTAGTGGTATATGTCAGGGGCTGGTAAGCCATGTCCAGAGGAGCAGGCTGCATCTGGTCCACCACCTGTTTTTGTAAAGTTTATCAGAACACAGTCATGCCCATTCATTTACAAATTGTGTATGGCTTCTTTCCCTGCAACAGCAGAGTTGAGTGTTGCAACAGAAACCTATGGCCTGCAGAGTTTAAAATATCTACCCTTTGGCCTTTTATAAAAAAAGTTTACTGATTCCTGGTGAGTATATTAAAAAGTTAGGAAAACCTAAATCTTCCAGAGTGGAGAATTAGAAAGTAAGACGTGTTGTATATAAGACAGACAGTTTGTGTGTGCGTTTATTTATAAATATATTATTTTGAAATAATGTTGTCGACATATGTTGCAGGTCTTAAAAATTGGTCAATATATAGTGTTAATCAAAAAATGGCAAATTGTAAAATGTAGACAGAATGTGATTGTGTATTTTGTGCATACACCAACAGAAAAGGGTGCTAGGAAACCTGTGGACCAACATACTAAGTGTGGCTCTTTTGATGGTGGTATCATGGATTTTTAAAAATCTTCTTGGTTTTCTGTAGATTCTGACTTTCCTGTAATGAGTATGAATAAGTATGTATTTCTTGAGAAATGAGAAAATAACTTTATCTTCCCAGATTTCTCATAATTGAAAATGTTGGAATAAATGGTCCTGGGACAGATCTTTCCATTGAGAAGGGCGGAAGGGAAACCCTGGGGATTCAGCTGGGTTTCTGTTGCATTTCTGGTAACACACAGTTGTGAAAAGCCAGTGTTGGCCATTCCCCAGGACAGTCTGGGGTAGAGGAGGTCAGGATTTAACTACTTGAGGGTCCGGGGAACAGATGTGGCCACAGTCCTTCCTGACTCACTGTTTTCCCTTCCACAGTCCCCGTCTTCTCTTCACTGATGCACATAGATGCCTGACCAGAGGAGAGATTTAGTTTTCGTCCAAGGATTATCTGTTATGTTGCAGTTCTGAAATTCCCATAACGTTTAGGCTAGAACACAAGTGATTTCATTATCTCCAATGTGTATGGCTTGATAGAAATAGATTCCATTATGTAGCACCTTAAATCCAGATAAAACATAAGGAATTTCTATTCCATGTTTGTATGATCAATGTTAATAATCTAAGAAAATCTAAAAAGAAGCTACTTCCTCTATTACAGTATGAAATAAATATGCTGAATGATTTGTCTTGGGGGGTGGAATGGAAAGGTATAAGACTGAGGAGGGTGCCTGTGGGAACAGTGATAGGAATCCTTTCTTAAGGGTTGGGTTTTACATACGTCTTTTAAAATAGATGATATCATTAATAAATTATCTGTGGGCATCATGAAAAAAGTGTATAACGTACAACTTTATGAGCTTGACAGTTGGTGAAAACTTTTCTGTTTAAAATTTTATTTGGCCCTCCCCAAAAGAAATGTTTATTTATGAGTATTAGGATAGTTCCAGCAGTAATGCCTCAAAAGAACCAGGAGGTATAGTGTTGTCTAAAATGTGGACTCAGGAGCCAGACTGCCTGGCTGTGCAACTAGCCTTGTCACTTCCTAGATATGTGGCAAGTTAATTAACTTCTCAGTGTTCTTATCTGTAGAATGGGGATAATCCTAATATACATCTCAGGGTTATATTACAAATTTGAGAAGTTAATTTTGTAAAGGACTTAGAATGATATCTGGCAAATAAAAGTGTTCATAAAAGCAAAAAAA(SEQID NO：8)。然而，AL832615并不限于SEQ ID NO：8的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含SLPI。在一些实施例中，SLPI也可以被称为具有NM_003064的GenBank登录号。在一个实施例中，SLPI包含以下的核苷酸序列：

CAGAGTCACTCCTGCCTTCACCATGAAGTCCAGCGGCCTCTTCCCCTTCCTGGTGCTGCTTGCCCTGGGAACTCTGGCACCTTGGGCTGTGGAAGGCTCTGGAAAGTCCTTCAAAGCTGGAGTCTGTCCTCCTAAGAAATCTGCCCAGTGCCTTAGATACAAGAAACCTGAGTGCCAGAGTGACTGGCAGTGTCCAGGGAAGAAGAGATGTTGTCCTGACACTTGTGGCATCAAATGCCTGGATCCTGTTGACACCCCAAACCCAACAAGGAGGAAGCCTGGGAAGTGCCCAGTGACTTATGGCCAATGTTTGATGCTTAACCCCCCCAATTTCTGTGAGATGGATGGCCAGTGCAAGCGTGACTTGAAGTGTTGCATGGGCATGTGTGGGAAATCCTGCGTTTCCCCTGTGAAAGCTTGATTCCTGCCATATGGAGGAGGCTCTGGAGTCCTGCTCTGTGTGGTCCAGGTCCTTTCCACCCTGAGACTTGGCTCCACCACTGATATCCTCCTTTGGGGAAAGGCTTGGCACACAGCAGGCTTTCAAGAAGTGCCAGTTGATCAATGAATAAATAAACGAGCCTATTTCTCTTTGCAC(SEQ ID NO：9)。然而，SLPI并不限于SEQ ID NO：9的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

在一个实施例中，生物标记物包含CRCT1。在一些实施例中，CRCT1也可以被称为具有NM_019060的GenBank登录号。在一个实施例中，CRCT1包含以下的核苷酸序列：

GCCCATTCCAGTTGGAGAACGTAGTGAGTCTTTCAGTGGAGCCAGGGTCTGGTTTGTCGTGAGGAGCTCCGCGATGTCCTCTCAACAGAGCGCCGTTTCCGCCAAAGGCTTTTCCAAGGGGTCGTCCCAGGGCCCCGCTCCGTGTCCCGCCCCGGCGCCCACCCCGGCGCCCGCCTCCTCCTCCTCCTGCTGCGGCTCCGGCAGGGGCTGCTGCGGCGACTCAGGCTGCTGCGGCTCCAGCTCCACCAGTTGCTGCTGCTTCCCAAGGAGACGCCGCCGACAGCGGAGTAGTGGTTGCTGCTGCTGCGGGGGCGGCAGCCAGAGGTCCCAGCGCTCCAACAACCGGAGCTCAGGATGCTGCTCCGGCTGCTGAGAGGCCCGCAACCCCCAGCGCTGCGCTAGAGAAACCCGCCCAGCCCAGAGCGGGCCCGCCCCGCTGCGGCTCCCACGCGGGGCTGGGCCTCGGAGTTTGCCCCGTAAAGCGAATTGCACTTTGATGTTCAGAAACCCACTTTGTTCTCAGCCACGCAAAACTCCCTGACCCCGATGTGATTTTTCTCCCCGGGGATTCGAGAGCCATGCGTGGGACACTGGACCCTACTGTCTACACGGGCTTGCACACAGCAGGTGCTCAGCAAATGTCTATTGATTTGATTGTCTTTTGAAGATGTCATAATAAAGCTTCTACCTCCTGAAAAA(SEQ ID NO：10)。然而，CRCT1并不限于SEQ ID NO：10的序列，而是涵盖其它同种型或变体。

鉴定标记物或生物标记物

本发明包括用于鉴定在健康受试者的样品和患有牙龈炎的受试者的样品之间差异表达的标记物的方法。在一些实施例中，本发明包括用于鉴定随着时间过去从受监测或用牙龈炎治疗的受试者获得的样品之间差异表达的标记物的方法。

本发明考虑了通过全基因组核酸微阵列、PCR或免疫测定鉴定差异表达的标记物。本发明还考虑了使用本领域技术人员已知的方法，来检测且测量差异表达的标记物表达产物例如RNA和蛋白质的水平，以测量一种或多种差异表达的标记物表达产物的水平。

检测或测量基因表达的方法可以利用集中于细胞组分的方法(细胞检查)，或者集中于检查细胞外组分的方法(流体检查)。由于基因表达涉及许多不同分子的有序生产，因此细胞或流体检查可以用于检测或测量各种分子，包括RNA、蛋白质以及由于蛋白质的功能而可能被修饰的许多分子。集中于核酸的典型诊断方法包括扩增技术，例如PCR和RT-PCR(包括定量变体)，以及杂交技术，例如原位杂交、微阵列、印迹及其它。集中于蛋白质的典型诊断方法包括结合技术例如ELISA、免疫组织化学、微阵列和功能技术例如酶促测定。

可以在各种核酸检测测定中评价被鉴定为差异表达的基因，以检测或定量给定样品中的一个或多个基因的表达水平。例如，传统的RNA印迹、核酸酶保护、RT-PCR、微阵列和差异展示方法可以用于检测基因表达水平。用于测定mRNA的方法包括RNA印迹、狭缝印迹、斑点印迹、以及与寡核苷酸的有序阵列的杂交。可以使用用于特异性地且定量地测量特定蛋白质或mRNA或DNA产物的任何方法。然而，方法和测定用基于阵列或芯片杂交的方法得到最有效地设计，用于检测大量基因的表达。可以使用任何杂交测定形式，包括基于溶液和基于固体支持物的测定形式。

也可以测定本文鉴定的基因的蛋白质产物，以确定表达的量。用于测定蛋白质的方法包括蛋白质印迹、免疫沉淀和放射性免疫测定。所分析的蛋白质可以位于细胞内(最常见的是免疫组织化学的应用)或细胞外(最常见的是免疫测定如ELISA的应用)。

生物样品可以是含有唾液的任何生物组织或液体。通常，样品将是“临床样品”，其是源自患者的样品。生物样品可以含有适合于检测所需生物标记物的任何生物材料，并且可以包含得自个体的细胞和/或非细胞材料。生物样品的一个例子是整个唾液样品。生物样品的另一个例子是无细胞唾液样品。生物样品的另一个例子是唾液上清液，例如将唾液样品离心后获得的上清液。生物样品的另一个例子是从唾液样品中获得的团块中的材料，例如将唾液样品离心后获得的团块(即，唾液团块)。在另一个例子中，生物样品是通过离心另一种生物样品而获得的团块，所述另一种生物样品包括但不限于血液、龈沟液等等。

对照组样品可以来自正常受试者，或来自患有已知严重程度的牙龈炎的受试者的样品。在一些实施例中，对照样品是在开始治疗方案之前从受试者获得的基线样品。在一些实施例中，对照样品是在较早时间点从受试者获得的样品。

如下所述，待测试样品的表达模式与对照的表达模式的比较可以用于诊断牙龈炎、监测牙龈炎或评估对牙龈炎治疗的应答。在一些情况下，对照组仅用于建立关于本发明测定的初始截断或阈值的目的。因此，在一些情况下，本发明的系统和方法可以诊断牙龈炎而无需与对照组进行比较。

诊断方法

本发明涉及与牙龈炎有关的生物标记物的鉴定。相应地，本发明的特征在于通过检测本文公开的生物标记物，用于鉴定患有牙龈炎、或处于发展牙龈炎的风险中的受试者的方法，所述受试者包括无症状或仅显示出牙龈炎的非特异性指标的那些受试者。

这些生物标记物还可用于监测经历关于牙龈炎的治疗和疗法的受试者，并且选择或修改在患有牙龈炎的受试者中将是有效的疗法和治疗，其中此类治疗和疗法的选择和使用减缓牙龈炎的进展或预防其发作。

本发明提供了用于牙龈炎的诊断和预后的改进方法。发展牙龈炎的风险可以通过以下进行评价：测量一种或多种本文所述的生物标记物，并且将测量的值与比较物值、参考值或指标值进行比较。可以用数学算法或公式进行此类比较，以便将来自多重个别生物标记物和其它参数的结果的信息组合到单个测量或指数内。可以任选地选择被鉴定为具有牙龈炎的风险增加的受试者，以接受治疗方案，例如预防试剂或治疗试剂、牙科手术、牙周手术或口腔卫生咨询，以预防、治疗或延迟牙龈炎的发作。

在受试者发展牙龈炎之前鉴定其允许选择和启动各种治疗干预或治疗方案，以便延迟、减少或预防该受试者转变为疾病状态。监测至少一种生物标记物的水平还允许监测牙龈炎的治疗过程。例如，样品可以由经历关于牙龈炎的治疗方案或治疗干预的受试者提供。此类治疗方案或治疗干预可以包括药剂、治疗剂或预防剂的施用；专业的牙齿清洁；洗牙和牙根平整；氯己定冲洗液的使用；含有亚锡、锌、三氯生和/或过氧化氢的牙膏的使用；含有三氯生、氯化十六烷基吡啶、其它季铵盐(例如BKC)和/或精油的漱口水的使用；以及居家口腔卫生方案。可以在治疗之前、治疗期间或治疗之后的各个时间点从受试者获得样品。

因此，本发明的生物标记物可以用于生成受试者的生物标记物谱或特征：(i)没有牙龈炎或预期不发展牙龈炎，和/或(ii)患有牙龈炎或预期发展牙龈炎。可以将受试者的生物标记物谱与预定的或比较物生物标记物谱或者参考生物标记物谱进行比较，以诊断或鉴定处于发展牙龈炎的风险中的受试者，以监测疾病的进展以及疾病的进展速率，并且监测治疗有效性。关于本发明的生物标记物的数据也可以与其它数据或测试结果组合或关联，所述其它数据或测试结果例如但不限于临床参数的测量或用于牙龈炎的其它算法。其它数据包括性别、年龄、种族、身高、重量、饮食、遗传学、吸烟、口呼吸、睡眠时口呼吸、肥胖、心脏病、骨质疏松症、高血压、糖尿病、肠道疾病、肌肉和关节疾病、肿瘤、精神病、龋齿、牙齿缺失、口腔卫生水平、牙齿护理利用水平以及使口干燥的药物的使用等等。在一些实施例中，数据包括用于牙龈炎的一种或多种测定的结果，所述测定包括但不限于

牙龈指数(GI)、Quigley和Hein菌斑指数(PI)、Turesky改良的Quigly和Hein指数、牙龈出血指数、Navy指数、改良Navy指数、探诊出血(BOP)和探诊深度(PD)。数据还可以包括受试者信息，例如病史和任何相关的家族史。

本发明还提供了用于鉴定用于治疗或预防牙龈炎的试剂的方法，所述试剂适合于特定受试者或在其它方面对于特定受试者定制。在这方面，可以获取来自暴露于治疗剂或药物的受试者的测试样品，并且可以确定一种或多种生物标记物的水平。可以将一种或多种生物标记物的水平与在治疗前和治疗后源自受试者的样品进行比较，或者可以与源自一个或多个受试者的样品进行比较，所述受试者已显示由于此类治疗或暴露在危险因素方面的改善。

在各种实施例中，本文公开了可以用于确定受试者是否患有牙龈炎的方法。在一些实施例中，这些方法可以利用生物样品(例如尿、唾液、血液、血清、羊水、龈沟液或眼泪)，用于检测样品中的本发明的一种或多种标记物。

在一个实施例中，用于检测牙龈炎的生物标记物包括但不限于以下的至少一种：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物是上调的。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物的水平是增加的。

在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物是下调的。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物的水平是降低的。

在一个实施例中，该方法包括检测受试者的生物样品中的一种或多种标记物。在一个实施例中，生物样品是唾液。在各种实施例中，将受试者的生物样品中的本发明的一种或多种标记物的水平与比较物中的生物标记物的水平进行比较。比较物的非限制性示例包括但不限于阴性对照、阳性对照、标准对照、标准值、受试者的预期正常背景值、受试者的历史正常背景值、参考标准、参考水平、受试者是其成员的人群的预期正常背景值、或受试者是其成员的人群的历史正常背景值。

在另一个实施例中，本发明是通过评价受试者的生物样品中的本发明的一种或多种标记物的水平，来监测受试者中的牙龈炎进展或消退的方法。在一个实施例中，本发明提供了通过评价受试者的生物样品中的本发明的一种或多种标记物的水平，来监测受试者中的牙龈炎治疗的应答的方法。

在一个实施例中，本发明提供了通过检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物是下调的，来确定牙龈炎在受试者中正在消退。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，检测到选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物的水平是降低的。

在一个实施例中，本发明提供了通过检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物是上调的，来确定牙龈炎在受试者中正在消退。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，检测到选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物的水平是增加的。

在一个实施例中，本发明提供了通过检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物是下调的，来确定受试者响应牙龈炎治疗。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，检测到选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物的水平是降低的。

在一个实施例中，本发明提供了通过检测到与比较物对照相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物是上调的，来确定受试者响应牙龈炎治疗。例如，在一个实施例中，该方法包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，检测到选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物的水平是增加的。

在一些实施例中，比较物对照是一种或多种生物标记物的基线水平，例如在治疗开始之前获得的一种或多种生物标记物的基线水平。在一些实施例中，比较剂对照是在治疗方案中的较早时间点获得的样品中的一种或多种生物标记物的水平。

在各个实施例中，受试者是人受试者，并且可以具有任何种族、性别和年龄。

从本文所述的本发明的方法获得的信息可以单独使用，或者与来自受试者或得自受试者的生物样品的其它信息(例如疾病状态、疾病史、生命体征、血液化学等)组合使用。

在本发明方法的各种实施例中，当与比较物比较时，本发明的一种或多种标记物的水平增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少100％时，确定本发明的一种或多种标记物的水平是增加的。

在本发明方法的其它各种实施例中，当与比较物比较时，本发明的一种或多种标记物的水平降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少100％时，确定本发明的一种或多种标记物的水平是降低的。

在本发明的方法中，就从患者获得的生物样品中的本发明的一种或多种标记物的水平，评价来自受试者的生物样品。可以通过评价生物样品中的本发明的一种或多种生物标记物的多肽量、生物样品中的本发明的一种或多种生物标记物的RNA量、生物样品中的本发明的一种或多种生物标记物的酶促活性量或其组合，来确定生物样品中的本发明的一种或多种标记物的水平。

检测生物标记物

在一个实施例中，本发明包括检测体液中的RNA，其中所述体液是唾液，并且RNA在唾液中进行检测。在另一个实施例中，本发明包括检测体液中的细胞外RNA，其中所述体液是唾液，并且细胞外RNA在唾液的无细胞的流体相部分中进行检测。在一些实施例中，mRNA的检测在唾液的一部分(例如上清液、无细胞的流体相)中进行，其中微生物和外来物质如食物残渣的存在降到最低，其允许以简单和准确的方式分析分子。在一些实施例中，无细胞的流体相部分源自未刺激的唾液。

在一个实施例中，检测本文的细胞外RNA以及信息RNA在体液唾液中执行，所述唾液满足廉价、非侵入性和可接近的体液的需求，以充当用于调查分析的理想介质。

一般可以通过本领域技术人员已知的各种测定、方法和检测系统来测量且检测生物标记物。各种方法包括但不限于折射率光谱(RI)、紫外光谱(UV)、荧光分析、电化学分析、放射化学分析、近红外光谱(Near-IR)、红外(IR)光谱、核磁共振光谱(NMR)、光散射分析(LS)、质谱法、热解质谱法、比浊法、色散型拉曼光谱、气相色谱、液相色谱、气相色谱-质谱联用、液相色谱-质谱联用、基质辅助激光解吸电离飞行时间(MALDI-TOF)-质谱联用、离子喷雾光谱-质谱联用、毛细管电泳、比色法和表面等离振子共振(例如根据由Biacore LifeSciences提供的系统)。还参见PCT公开WO/2004/056456和WO/2004/088309。在这方面，可以使用上述检测方法或技术人员已知的其它方法来测量生物标记物。可以使用专门设计或定制以检测其的试剂来类似地检测其它生物标记物。

可以在本发明的组合物和方法中组合不同类型的生物标记物及其测量。在各种实施例中，测量生物标记物的蛋白质形式。在各种实施例中，测量生物标记物的核酸形式。在示例性的实施例中，核酸形式是RNA。在各种实施例中，蛋白质生物标记物的测量与核酸生物标记物的测量结合使用。

用于检测mRNA的方法，例如RT-PCR、实时PCR、分支DNA、NASBA及其它，是本领域众所周知的。使用由关于生物标记物序列的数据库条目提供的序列信息，可以使用本领域普通技术人员众所周知的技术，检测(如果存在的话)且测量生物标记物序列的表达。例如，序列数据库条目中的序列或本文公开的序列可以用于构建探针，用于在例如RNA印迹杂交分析或特异性地且在一些情况下定量扩增特定核酸序列的方法中，用于检测生物标记物RNA序列。作为另一个例子，该序列可以用于构建引物，用于在例如基于扩增的检测方法如基于逆转录的聚合酶链反应(RT-PCR)中特异性扩增生物标记物序列。当基因表达中的改变与基因扩增、缺失、多态性和突变相关时，可以通过比较测试细胞和参考细胞群体中的检查DNA序列的相对量，来进行测试和参考群体中的序列比较。除RNA印迹和RT-PCR之外，还可以使用例如其它靶扩增方法(例如TMA、SDA、NASBA)、信号扩增方法(例如bDNA)、核酸酶保护测定、原位杂交等等来测量RNA。

样品中的生物标记物的浓度可以通过任何合适的测定确定。合适的测定可以包括下述方法中的一种或多种：酶测定、免疫测定、质谱法、色谱、电泳或抗体微阵列法、或其任何组合。因此，如本领域技术人员将理解的，本发明的系统和方法可以包括本领域已知的检测样品中的生物标记物的任何方法。

本文描述的本发明还涉及用于多路分析平台的方法。在一个实施例中，该方法包括用于标记物的多路分析测量的分析方法。在另一个实施例中，该方法包括一组相容的分析策略，用于唾液中的标记物和/或代谢产物的多路测量。

试剂盒

本发明还涉及可用于本发明的方法中的试剂盒。此类试剂盒包含可用于本文其它地方所述的任何方法中的组分的各种组合，包括例如用于定量分析本发明的生物标记物(例如多肽和/或核酸)的材料、用于评价本发明的生物标记物(例如多肽和/或核酸)的活性的材料和指导材料。例如，在一个实施例中，试剂盒包含可用于定量生物样品中的所需核酸的组分。在另一个实施例中，试剂盒包含可用于定量生物样品中的所需多肽的组分。在一个进一步的实施例中，试剂盒包含可用于评价生物样品中的所需多肽的活性(例如，酶促活性、底物结合活性等)的组分。

在一个进一步的实施例中，试剂盒包含用于监测施用于有此需要的受试者的治疗的有效性的测定的组分，所述测定的组分含有指导材料、以及用于确定从受试者获得的生物样品中的本发明的生物标记物的水平在治疗施用期间或治疗施用之后是否得到调节的组分。在各种实施例中，为了确定本发明的生物标记物的水平在从受试者获得的生物样品中是否得到调节，将生物标记物的水平与试剂盒中包含的至少一种比较物对照的水平进行比较，所述比较物对照例如阳性对照、阴性对照、历史对照、历史基准、或生物样品中的另一种参考分子的水平。在一些实施例中，确定生物标记物与参考分子的比率，以帮助监测治疗。

治疗

在一些方面，本发明提供了使用本文所述的一种或多种生物标记物，用于治疗诊断有牙龈炎的受试者的方法。例如，在一个实施例中，该方法包括治疗受试者的方法，其包括检测到与比较物对照中的水平相比，受试者的唾液样品中的一种或多种生物标记物的水平是差异表达的，并且向受试者施用牙龈炎治疗。施用于受试者的示例性治疗包括但不限于治疗剂的施用、牙科手术、牙周手术、外科手术、以及改善口腔卫生的沟通或训练。

示例性手术包括但不限于专业菌斑清洁、洗牙、牙根平整、牙齿修复、刮除术、翻瓣术、骨和组织移植物、引导组织再生、口腔冲洗、齿间刷洗和使用木制或塑料牙签的刷洗。

在一些实施例中，治疗包括向受试者施用疾病调节剂。该试剂可以是被诊断或鉴定为患有疾病或处于患有疾病的风险中的受试者中使用的治疗剂或预防剂。例如，在一些实施例中，治疗剂或预防剂可以是牙膏、漱口水、牙贴或适合于递送至牙龈的其它制剂的形式。在一些实施例中，修改疗法指改变疗法的持续时间、频率或强度，例如改变剂量水平。示例性的治疗试剂或预防试剂包括但不限于防腐剂和抗微生物剂，例如三氯生、氯己定和过氧化氢；菌斑减少剂；抗炎剂，例如百里香酚、薄荷脑、桉油精和水杨酸甲酯；抗生素剂，例如米诺环素和多西环素；非甾体抗炎药(NSAID)；氯己定冲洗液；含有亚锡、锌、三氯生和/或过氧化氢的牙膏；以及含有三氯生、氯化十六烷基吡啶、其它季铵盐(例如BKC)和/或精油的漱口水。

在各种实施例中，实现治疗包括促使受试者改变生活方式，或与受试者交流改变生活方式的需要，例如，改善口腔卫生、更频繁地使用牙线或更频繁地刷牙。疗法还可以包括牙科手术、牙周手术或外科手术。示例性手术包括但不限于专业菌斑清洁、洗牙、牙根平整、牙齿修复、刮除术、翻瓣术、骨和组织移植物、引导组织再生、口腔冲洗、齿间刷洗和使用木制或塑料牙签的刷洗。

生物标记物水平的测量允许监测疾病的治疗过程。可以通过检测在一段时间内从受试者获得的样品中的一种或多种生物标记物的有效量，并且比较检测到的生物标记物的量，来监测用于疾病的治疗方案的有效性。例如，可以在受试者接受治疗之前获得第一样品，并且在受试者的治疗之后或治疗期间获取一个或多个后续样品。跨越样品的生物标记物水平中的变化可以提供有关治疗的有效性的指示。

为了鉴定适合于特定受试者的治疗剂或药物，来自受试者的测试样品也可以暴露于治疗剂或药物，并且可以确定一种或多种生物标记物的水平。可以将生物标记物水平与在治疗或暴露于治疗剂或药物之前和之后源自受试者的样品进行比较，或者可以与源自一个或多个受试者的样品进行比较，所述受试者已显示由于此类治疗或暴露相对于疾病的改善。因此，在一个方面，本发明提供了评价治疗就受试者而言的功效的方法，其包括获取来自受试者的第一样品中的生物标记物实验对象组的第一测量；实现就受试者而言的治疗；获取来自受试者的第二个样品中的生物标记物实验对象组的第二测量，并且比较第一测量和第二测量，以评价治疗的功效。

另外，可以通过从得自受试者的样品中检测生物标记物(其可以是两种或更多种)的有效量，并且使受试者衍生的样品暴露于测试化合物，所述测试化合物确定受试者衍生的样品中的生物标记物的量，来鉴定适合于施用于特定受试者的治疗试剂或预防试剂。相应地，可以基于从受试者获得的样品中的生物标记物的量，并且与参考值进行比较，来选择用于在患有疾病的受试者或处于发展疾病的风险中的受试者中使用的治疗或治疗方案。可以平行评估两种或更多种治疗或治疗方案，以确定哪种治疗或治疗方案对于在受试者中使用将是最优选的，以延迟疾病的发作或减缓疾病的进展。在各种实施例中，作出关于是开始还是继续治疗疾病的建议。

在各种示例性的实施例中，实现治疗包括向受试者施用疾病调节药物。可以用一种或多种疾病调节药物治疗受试者，直到所测量的生物标记物的改变水平返回到人群中测量的基线值，所述人群未患有该疾病、经历较不严重的疾病阶段或形式、或者由于用疾病调节药物的治疗显示疾病生物标记物中的改善。另外，与生物标记物或临床参数的改变水平有关的改善可能是用疾病调节药物治疗的结果。

许多化合物例如疾病调节药物可以用于治疗受试者，并且使用本发明的方法监测进展。在一些实施例中，疾病调节药物包含防腐剂和抗微生物剂，例如三氯生、氯己定和过氧化氢；菌斑减少剂；抗炎剂，例如百里香酚、薄荷脑、桉油精和水杨酸甲酯；抗生素剂，例如米诺环素和多西环素；非甾体抗炎药(NSAID)。

这些药物和其它药物的有益效应可以通过临床和实验室生物标记物的评价得以显现。

本文公开的任何药物或药物组合可以施用于受试者，以治疗疾病。本文的药物可以以多种方式进行配制，经常根据本领域中的各种已知制剂或者如本文公开或提及的。

在各种实施例中，不将本文公开的任何药物或药物组合施用于受试者，以治疗疾病。在这些实施例中，从业者可以避免施用药物或药物组合，可以建议不向受试者施用药物或药物组合，或者可以阻止受试者被施用药物或药物组合。

在各种实施例中，除推荐或已施用的那些药物之外，还可以任选地施用一种或多种另外的药物。另外的药物通常不是不推荐或应该避免的任何药物。

实例

通过参考下述实验实例进一步详细描述本发明。这些实例仅提供用于说明的目的，并且除非另有说明，否则并不预期是限制性的。因此，本发明决不应解释为限于下述实例，而是应该解释为涵盖由于本文提供的教导而变得显而易见的任何和所有变化。

无需进一步描述，认为本领域的普通技术人员使用先前描述和下述说明性实例，可以制备且利用本发明并且实践请求保护的方法。因此，下述工作实例不应解释为以任何方式限制本公开内容的剩余部分。

实例1：检测牙龈炎且监测疾病消退的唾液exRNA生物标记物

细胞外RNA(exRNA)作为体液中的生物标记物是新兴的分子靶，其可以是用于疾病检测和监测的有用生物标记物。NIH的细胞外RNA通讯联盟(Extracellular RNACommunication Consortium)(ERCC)证明了exRNA在体液包括唾液中的存在、生物学和翻译效用(Ainsztein等人，2015，J Extracell Vesicles 4，27493)。人唾液转录组在2004年首次得到描述(Li等人，2004，J Dent Res，83，199-203)，随后为接下来的几年的深入调查(Nussbaumer等人，2006，Forensic Sci Int，157，181-6)。可以在整个唾液中检测炎症mRNA标记物，以监测II型糖尿病患者中的牙周疾病状态(Gomes等人，2006，J PeriodontalRes.，41，177-83)。人β防御素-1和-2在牙龈组织中的mRNA表达与牙龈炎、侵袭性和慢性牙周炎相关。另外，Toll样受体(TRL)TRL7、TRL9、IFN-α1信使RNA(mRNA)(Kajita等人，2007，Oral Microbiol Immunol，22，398-402)和MYD88 mRNA(Ghaderi等人，2014，J Indian SocPeriodontol.，18，150-154)的表达水平在牙龈炎中明显低于牙周炎病变中。另外，四种miRNA(hsa-miR-451、hsa-miR-223、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-3917)是显著过表达的，而7种(hsa-miR-1246、hsa-miR-1260、hsa-miR-141、hsa-miR-1260b、hsa-miR-203、hsa-miR-210、hsa-miR-205)与健康牙龈相比，在牙龈炎中是>2倍表达不足的(Stoecklin-Wasmer等人，2012，J Dent Res.，91，934-40)。然而，在文献中无法找到关于长链非编码(1nc)RNA作为用于牙周疾病的生物标记物的太多证据(Wang等人，2016，Cell Death Dis.，7，e2327)，尤其是对于牙龈炎，因为它仍是一个新的蓬勃发展的领域。Bochenek等人报道了与动脉粥样硬化、牙周炎和几种形式的癌症相关的大型非编码RNA ANRIL的下调(Bochenek等人，2013，Hum Mol Genet.22，4516-27)。

进行本文呈现的实验，以检查唾液细胞外RNA(exRNA)生物标记物是否可以开发用于牙龈炎检测，并且监测疾病的进展或消退。使用Affymetrix的表达微阵列，从总共100个牙龈炎和非牙龈炎的人类参与者中开发了唾液exRNA生物标记物候选物。在研究设计中，牙龈炎的诊断符合临床和研究标准两者。在临床群组中测试了前十种差异表达的exRNA，以确定发现的用于牙龈炎的唾液exRNA标记物是否与临床牙龈炎和疾病进展/消退相关。为此，从30个随机选择的牙龈炎受试者中收集未刺激的唾液，在基线、3周和6周时获取牙龈和菌斑指数得分，并且借助于定量逆转录聚合酶链反应测定唾液exRNA。在本文中证实，对于牙龈炎开发的10种唾液exRNA生物标记物中的8种随着时间过去在统计上显著改变，与疾病消退一致。八种唾液exRNA中的四种的实验对象组[NONHSAT006501.2；NONHSAT071649；FAM25A；NM_019060]可以检测到牙龈炎，具有0.91AUC(曲线下面积)的临床表现，具有71％灵敏度和100％特异性。本文所述的实验证实，用于牙龈炎检测的唾液exRNA生物标记物已得到开发。它们的临床价值和效用已在初步临床研究中得到证实，并且与牙龈炎消退相关。这些唾液exRNA提供强大的潜力，以进展用于确定性验证和临床实验室开发测试(LDT)。这项研究解决了评价宿主因素作为检测牙龈炎的伴随诊断的未满足的临床需求，所述牙龈炎可以在临床或治疗上进行治疗，以中止疾病进展和/或恢复至健康的牙周组织。

现在描述在这些实验中使用的材料和方法。

发现阶段

基于PRoBE(前瞻性样本收集和回顾性盲评估)研究设计(Pepe等人，2008)，前瞻性地从750个人受试者中收集了唾液。根据研究和临床标准，将受试者分类为健康或牙龈炎。研究标准由如下的边缘出血指数(MBI)和囊袋深度(PD)的评估组成：1)健康(非牙周疾病)：MBI＜5％；PD＜4mm；2)牙龈炎：MBI＞5％；PD＜4mm。通过检查整个牙列的六个部位/牙齿(近中颊、中颊、远中颊、近中舌、中舌、远中舌)来评价临床标准。另外，在全口腔评估中还评价下述参数：囊袋探测深度、在探测时出血的存在/不存在、菌斑指数和边缘出血指数、牙龈组织炎症的视觉体征和放射照相骨水平。受试者的牙周状况的临床分类(即健康、牙龈炎)是客观评估和临床判断的累积评价，其呈现了受试者的牙周状态的整体评价。

另外，为了被包括在研究中，所有受试者都必须具有至少20颗牙齿，并且在调查前三个月不能接受牙周治疗或抗生素疗法。志愿者先前未经历影响牙周状态的药物例如消炎药的任何长期使用。如果受试者是吸烟者，具有代谢性骨疾病、自身免疫性疾病、不稳定型糖尿病或绝经后骨质疏松症的历史，则将他们排除在外。不包括怀孕的女性。

基于唾液标准操作程序(SOP)(Henson等人，2010)，通过包括蛋白酶抑制剂混合物(抑肽酶、PMSF和原钒酸钠)和RNA酶抑制剂(SUPERase·In；Ambion，Austin TX)，来处理所有唾液样品，用于蛋白质和RNA的同时稳定。使用包括DNA酶I消化的RNeasy Micro Kit(Qiagen)，提取唾液exRNA。使用GeneChip Human Transcriptome Affymetrix HTA 2.0表达阵列，对具有良好纯度QC(OD260/280～1.8)的样品进行概况分析。从50个牙龈炎和50个年龄/性别匹配的具有健康牙周组织的对照受试者的发现群组中，鉴定唾液exRNA生物标记物候选物。牙龈炎和健康组之间的顶部10种差异表达的exRNA生物标记物候选物前进至借助于定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)的验证，使用初步临床调查研究中的30个随机选择的牙龈炎受试者的独立群组。

初步临床调查研究

临床阶段

为了分析唾液样品，本研究中包括了30个诊断有牙龈炎的志愿者(18-65岁)。该项目的持续时间为7周(包括1周预审清除期)，并且包括通过用牙膏刷牙的牙龈炎治疗。包括标准涵盖：良好的一般健康，≥20颗天然无冠牙齿(排除第三磨牙)的存在，对个人护理消费品或其成分无过敏史，如通过

牙龈指数(GI)(

，1967，Journal ofPeriodontology，38，610-616)确定的至少1.0的初始牙龈炎指数，以及如通过Quigley和Hein菌斑指数(PI)(Turesky改良)(Quigley&Hein，1962，JADA，65，26-29；Turesky等人，1970，J.Periodontol，41，41-43)确定的至少1.5的初始菌斑指数。个体无一具有需要任何前驱给药的任何医学状况的历史，或者等于或深于5mm的任何囊袋(除了第三磨牙之外)的存在。其它排除标准涉及五个或更多个龋齿病变，硬或软口腔组织的其它疾病，唾液功能受损，在首次研究就诊之前30天内的目前可能影响唾液流量的药物的使用或抗生素和抗微生物药的使用。牙周炎患者从研究中排除。

在给定日时，使每个志愿者经受检查，包括在筛选(Scr)、基线(B)、3和6周时的GI和PI测量。另外，在B、3和6周时通过吐痰方法获得未刺激的唾液样品，并且立即在-20℃下冷冻直至进一步加工。然后将样品解冻，在4℃下以2600g离心15分钟，并且在-80℃下贮存直至分析。

实验室阶段

对于初始验证阶段，执行直接唾液转录组分析(DSTA)，其使用无细胞唾液上清液代替分离的mRNA用于唾液转录组学检测(Lee等人，2011)。在这项研究中，通过来自在B、3和6周时的临床阶段的30个牙龈炎样品中的逆转录定量实时PCR(RT-qPCR)，评估了使用Affymetrix微阵列HTA2.0发现的用于牙龈炎的10种唾液exRNA生物标记物候选物。通过使用通过Roche Applied Science的

480Real-Time PCR System，伴随固定的热循环程序，进行与解链曲线分析相关的qPCR。RT-qPCR中使用的所有引物都通过使用PRIMER3软件进行设计，并且在BLAST搜索后由Sigma进行生产。

统计分析

在转录组分析的发现阶段，使用克-瓦二氏检验(Kruskal-wallis test)来比较两组(健康和牙龈炎)之间的范畴标记物。通过方差分析(ANOVA)的统计比较在p＜0.05的显著性水平下执行。另外，还调查了exRNA生物标记物变化与初始微阵列数据之间的关联。其后，使用线性回归分析来构建对于牙龈炎检测具有最佳临床表现的生物标记物的最终实验对象组。配对t检验连同95％置信区间(CI)用于比较在不同时间段内的GI和PI得分。另外，添加了广义估计方程(GEE)模型，以显示跨越所有3个时间点(B-第3周-第6周)的总体趋势。最后，使用κ统计量检查两个不同临床研究者之间的个体内和个体间变异性(McHugh等人，2012，Biochem.Med.(Zagreb)，22，276-282)。

现在描述实验的结果。

HTA微阵列概况分析

使用Affymetrix HTA微阵列对50个牙龈炎和50个健康个体的概况分析的发现阶段揭示了25种唾液exRNA生物标记物候选物，其在牙龈炎和健康受试者之间是差异表达的(p＜0.05)：4种具有增加的表达，而21种具有降低的表达[1.4-2.9绝对倍数变化](图1)。前10种唾液exRNA生物标记物基因前进至验证阶段，包括3种lnc RNA[NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224]和7种mRNA[AF156166、AJ420500、NR_003225、NM_001146157、AL832615、NM_003064、NM_019060]。

通过qRT-PCR就牙龈炎验证10种唾液exRNA生物标记物候选物。

图2呈现了来自广义估计方程(GEE)模型的标记物的斜率方向。随着时间过去，10种exRNA生物标记物中的八种是显著增加的[NONHSAT071649(m2)、NONHSAT005224(m3)、AF156166(m5)、AJ420500(m6)]、或降低的[NONHSAT006501.2(ml)、NR_003225(m4)、NM_001146157(m7)、NM_019060(m10)](p＜0.001)。经验证的exRNA靶各自与HTA 2.0微阵列数据一致(图2)。

qRT-PCR结果显示与通过HTA 2.0Affymetrix阵列分析所揭示的相似的趋势，即NONHSAT006501.2(m1)显示5.59倍的平均降低(p＜0.001)，而NONHSAT071649(m2)揭示5.54倍的平均增加(p＜0.001)(图3)。另外，图3呈现了对于B、3和6周时间点，在以2为底的对数级别上，关于每种标记物的倍数变化和95％置信区间(CI)的图。

线性回归分析

评估了发现的唾液exRNA用于牙龈炎检测的潜在临床区分能力。8种经验证的exRNA的线性回归分析揭示，四种exRNA标记物模型[NONHSAT006501.2(m1)、NONHSAT071649(m2)、NM_001146157(m7)、NM_019060(m10)]可以潜在地提供0.91AUC(曲线下面积)的区分性能，具有71％灵敏度和100％特异性(图4)。

临床结果

图5呈现了对于涉及验证阶段的30个受试者(平均年龄28.2±7.77，F＝17；M＝13M)收集的临床和人口统计学数据(即受试者的年龄，性别，在基线时、在3和6周后的GI和PI得分)。GI和PI(图6)两者均显示随着时间过去显著降低的得分[即关于B-第6周的GI(0.001)和关于B-第6周的PI(＜0.001)]，这是由于通过用牙膏刷牙的良好口腔卫生方案。经过6周的时期，GI得分改善了60％，且PI改善了93.3％。

在每个时间点和纵向评价组间的生物标记物表达水平

在每个时间点和纵向测量8种唾液exRNA生物标记物的水平(图7)。所有8种经验证的exRNA生物标记物随着时间过去(B-第3周和B-第6周)是统计学显著不同的(GEE p值＜0.001)，显示随着时间过去增加的[NONHSAT071649(m2)、NONHSAT005224(m3)、AF156166(m5)、AJ420500(m6)]或降低的趋势[NONHSAT006501.2(m1)、NR_003225(m4)、NM_001146157(m7)、NM_019060(m10)](图7)。

潜在的临床评估者偏见的调查

除了时间点6周之外，不存在临床评估者之间显著的检查者间的差异(图8)。尽管事实上所有检查者都进行了最初校准。

差异表达的唾液exRNA分析

HTA阵列概况分析揭示最初25种唾液exRNA生物标记物候选物在牙龈炎和非牙龈炎健康受试者之间是差异表达的(p＜0.05)(图1)。其中，根据其与炎症和牙周疾病的已知相关、以及在牙龈炎和具有健康牙周组织的对照组之间在其表达水平中的p值(p＜0.05)和最高的绝对倍数变化，选择了十种作为候选生物标记物，用于临床研究中的进一步验证。有趣的是，仅极少数先前已在体液中得到报道，但在人唾液中则没有报道。

最初在临床研究中验证的10种选择的唾液exRNA中的八种[3种lnc exRNA：NONHSAT006501.2(m1)，NONHSAT071649(m2)，NONHSAT005224(m3)，以及5种mRNA：NR_003225(m4)，AF156166(m5)，AJ420500(m6)，NM_001146157(m7)，NM_019060(m10)]，在与HTA微阵列发现数据相同的方向上，显示在一段时间内(基线-第3周和基线-第6周)统计学显著差异的表达水平(p＜0.05)(图2)。因此，qRT-PCR分析进一步支持了微阵列发现的发现，然而，与原始数据相比，具有其改变水平中的增加。这种变化可能是exRNA模式中的个体间变异性的结果。

用于牙龈炎的生物标记物实验对象组

顶部排序的、最初验证的唾液exRNA标记物的线性回归分析揭示，四种exRNA标记物模型[NONHSAT006501.2(m1)、NONHSAT071649(m2)、NM_001146157(m7)、NM_019060(m10)]可以潜在地提供0.91AUC的区分性能，具有71％灵敏度和100％特异性(图3)。

最初验证的exRNA用于牙龈炎的潜在功能的描述

长链非编码RNA(lncRNA)近年来已引起广泛的兴趣，因为与特定疾病或发育过程的诱导潜在地相关，但特定致病性作用机制的了解仍是有限的。研究lncRNA、其生物学和功能的领域仍是新兴的(Kung等人，2013，Genetics，193，651-669)。

·NONHSAT006501.2(m1)「基因和mRNA登录：S73288，基因符号：SPRR1A，非编码基因ID：NONHSAG002962.2，lnc-SPRR1A-1-1_dup1，lnc-S]据报道与表皮炎发展、角质形成细胞分化和角质化有关(Gibbs等人，1993，Genomics，16，630-7；Stemmler等人，2009，Int.J.Immunogenet.，36，217-22)；

·NONHSAT071649(m2)[基因登录：OTTHUMT00000328143，基因符号：AC073046.25，lnc-TET3-2：1]是十-十一前易位(TET)基因家族的成员，其在DNA甲基化过程中起作用(Langemeijer等人，2009，Cell Cycle，8，4044-8)；

·NONHSAT005224(m3)「基因登录：OTTHUMT00000033693，基因符号：RP5-965F6.2]是新的lncRNA，并且尚未在出版物中得到报道。

信使RNA(mRNA)是用于非侵入性诊断应用的新兴靶。在正常和癌症患者中的唾液衍生的mRNA的鉴定(Li等人，2004，J Dent Res，83，199-203；Hu等人，2008，Clin.Chem.，54，824-832)和其它法医应用(Juusola等人，2005，Forensic Sci.Int.，152，1-12)已开辟了用于进一步的临床使用的新途径。

NR_003225(m4)[基因登录：NR_003225，基因符号：LGALS3]是非编码RNA，其编码碳水化合物结合蛋白的半乳凝素家族的成员，所述蛋白在细胞凋亡、先天性免疫、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞趋化作用和内吞作用的负调节中起作用。它显示出针对细菌和真菌的抗微生物活性(Raz等人，1991，Cancer Res.，51，2173-8)。它还与类风湿关节炎的风险增加相关(Atabaki等人，2017，Biomed Rep.6，251-255)。因此，在其为牙龈组织的炎性状况的牙龈炎中，在初始微阵列数据和qRT-PCR结果两者中均观察到NR_003225的水平降低。

AF156166(m5)[基因登录：AF156166]是智人的推定的肿瘤抑制基因mRNA。然而，在文献中没有找到关于这种特异性exRNA的太多信息(Boultwood等人，2000，Genomics 66，26-34)。

AJ420500(m6)「基因登录：AJ420500，基因符号：SOX4]在导致细胞死亡以及肿瘤发生的细胞凋亡途径中起作用，并且可能介导甲状旁腺激素(PTH)和PTH相关蛋白(PTHrP)在骨发育中的下游效应。它还与肥胖和2型糖尿病有关(Ragvin等人，2010，Proc Natl AcadSci USA，107，775-80)。

NM_001146157(m7)[基因登录：NM_001146157、XM_001723781、XM_002343005、XM_926530、XM_937048，基因符号：FAM25A]当其下调时，它代表关于炎症和传染病的风险增加，伴随免疫应答中的降低(Wang等人，2014，PLoS One，9，e92504；Mauritz等人，2010，JBiomed Opt.，15，030517；Deloukas等人，2004，Nature，429，375-81)。

NM_019060(m10)[基因登录：NM_019060，基因符号：CRCT1]。这种mRNA最近已与食道癌(Wu等人，2016，Tumour Biol.，37，8271-9)和口咽鳞状细胞癌(Masterson等人，2015，Cancer Sci.，106，1568-75)相联系。然而，潜在机制仍然是不明确的。它促进肿瘤细胞凋亡，并且上调凋亡相关蛋白的表达(Wu等人，2016，Tumour Biol.，37，8271-9)。

上述独特的唾液exRNA在区分患有牙龈炎和具有健康牙周组织的患者，以及监测牙龈炎的消退方面可以是非常有用的。唾液转录组的使用可以进一步前进至翻译和临床应用。

这些实验证实，用于牙龈炎的10种检查的唾液exRNA生物标记物中的8种在一段时间内(基线至第3周和基线至第6周)是显著增加或降低的，其方向与基于使用不同技术微阵列平台的独立发现样品相同。四种exRNA标记物模型[NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NM_001146157、NM_019060]可能潜在地提供0.91AUC的区别性能，具有71％灵敏度和100％特异性。基于使用良好的口腔卫生方案(即用牙膏刷牙)，在这6周过程中随着时间过去得到改善的临床结果(GI和PI中的降低)，这项研究提供了充分的证据：8种经验证的唾液exRNA标记物可能在反映口腔健康方面是有用的，并且可以用于监测在一段时间内的疾病消退。

本文引用的每个和每一个专利、专利申请和出版物的公开内容在此以引用的方式整体并入本文。在本公开内容中的定义与所引用的参考文献的定义冲突的情况下，以本公开内容为准。尽管本发明已参考具体实施例进行公开，但显而易见的是，本发明的其它实施例和变化可以由本领域的其它技术人员进行设计，而不脱离本发明的真实精神和范围。所附权利要求预期被解释为包括所有此类实施例和等价变化。

序列表

<110> Colgate Palmolive Company/UCLA

<120> 用于牙龈炎的唾液细胞外RNA生物标记物

<130> T11969-00-WO-01-OC

<150> 62/577,877

<151> 2017-10-27

<160> 10

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 317

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 1

gtaatgtggt ccacagccat gcccttgagg agctggccac tggatactga acaccctact 60

ccattctgct tatgaatccc atttgcctat tgaccctgca gttagcatgc tgtcaccctg 120

aatcataatc gctcctttgc acctctaaaa agatgtccct taccctcatt ctggagggct 180

cctgagcctc tgcgtaaggc tgaacgtctc actgactgag ctagtcttct tgttgctcgg 240

gtgcatttga ggatggattt ggggaaggat caagtgaacc atccctagtc ttccttcaat 300

aaataacttt taactcc 317

<210> 2

<211> 390

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 2

cgctccgccc cggaggcggc gggcaggcag cactgccttc tccagcgtcc agaccctgga 60

ggaaaaatac caggagaaac tgctcactca gctctgcccc caccacaccc ctacctgctc 120

aactcatgcc tgggtccagg gtgggtgagg gtgaagaacc caccgggcca agatgatccc 180

ttttctgagg gctgctgctg gtgtcctccc ccagatcctg ggccccagca ggtgggagag 240

tggcccccta cggagtccga tcagactgct gcagaggagg tgaagagggg ttgagaagag 300

gcatccatcc acgagactga agccacttgc cttcaccctt gtagactctt gactgttcta 360

ggcgagaagg acctgttggt ggcctttgga 390

<210> 3

<211> 547

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 3

tttctcagcc tggagactga aagctctctt tggctgttgg ccctcccagg cagagtccac 60

tggctgttag ggtgaaatgg ggctgatgct tcctggaatc caccagaagt atgcaaattg 120

caccatctct ttcagctgcc tgcgcctgca ttccatcgag gattccggct cgtcccccag 180

tggcaacaac tagagaggag gtgaggatcc ccggcgctgc catctgatag gctgtctccc 240

tagctcctct tgcactggca atcctttcat cacacaggcc ttgttttgaa gggacctatt 300

ccacccacag tcgtttctca cctctaggag gccaaaaagc tgtagtcatt gctgtggtat 360

caggaactcg agttcctctc agaggtgttg tgaagagctt cccttccaac agtacatggc 420

ctaaatacca gggaggaagt ttctgacttt ttccatcttc agtaaaacag aacctctgtt 480

gtggatgcag tggctttgca aggagagtgg cattgtctct tggtgaatgt agttgttcaa 540

gtcatgg 547

<210> 4

<211> 1973

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 4

gtgtgcaaat agaggaataa atagcagggc agcaactatg tctggaggtc attgtctttc 60

ctgtctcagt agtaatcaat cactgcttat cttcaaaaac ccagagtagg ggatggggca 120

gttagtgggg acagagggca gatgggtaag attcagagca caggctagtg tgacggaagt 180

ttaaacttgt gagttaaata gggtttggca atctagctgg atagcatccc tgccccttga 240

agagatgttt ttgtggcgcc acactactga cttaggcata atgcctagag atggattaga 300

actgcacaat gaactagtgg tgaggttcag tttaatggaa attggtgaaa gcttttagga 360

taaaatgata atctttgttt ctttcaggaa aatggcagac aatttttcgg taagtgtttt 420

atgcctgttt cttccccttg atcagctcca catggttgag ggttgggggt tttgttttta 480

ccatgacttt cccttttcac tctcccactg cgtggcttcc cctggactca tttgtccaat 540

gagggcttgc aagctggagc cttgtttttc cagcagcaga tttgggaaga aagccaggca 600

gagcgaggcc tgggactcac tcacagtaac cctttcacca aaaggcccag ggcggaaggg 660

agtggactct gccggcagga gctgagaaat cctctgagta gcgggaagtg cggtacagtc 720

tgggcattct gatgtttgtg attgtttttc tcacggtgat gaaaaagtat gtgctataag 780

tagaggagcg ctaactcctg acttgagcta attatgaaaa tgcagccctc cctgatctga 840

gacgttggga ggcaagaata aagtgaaaaa gtatatgtaa tcccaacatc taattttagt 900

cttagaaact caaactatta ataagtggaa aaagtttaat gatatgcatg taatgccttt 960

gccatattcc tctccttctt agatcacata ttcctatttt cctgaaaatt ctgcttttga 1020

gaatgctttc tgtcccgtaa ttgtgtatgt ctttctttcc agctccatga tgcgttatct 1080

gggtctggaa acccaaaccc tcaaggatgg cctggcgcat gggggaacca gcctgctggg 1140

gcagggggct acccaggggc ttcctatcct ggggcctacc ccgggcaggc acccccaggg 1200

gcttatcctg gacaggcacc tccaggcgcc taccctggag cacctggagc ttatcccgga 1260

gcacctgcac ctggagtcta cccagggcca cccagcggcc ctggggccta cccatcttct 1320

ggacagccaa gtgccaccgg agcctaccct gccactggcc cctatggcgc ccctgctggg 1380

ccactgattg tgccttataa cctgcctttg cctgggggag tggtgcctcg catgctgata 1440

acaattctgg gcacggtgaa gcccaatgca aacagaattg ctttagattt ccaaagaggg 1500

aatgatgttg ccttccactt taacccacgc ttcaatgaga acaacaggag agtcattgtt 1560

tgcaatacaa agctggataa taactgggga agggaagaaa gacagtcggt tttcccattt 1620

gaaagtggga aaccattcaa aatacaagta ctggttgaac ctgaccactt caaggttgca 1680

gtgaatgatg ctcacttgtt gcagtacaat catcgggtta aaaaactcaa tgaaatcagc 1740

aaactgggaa tttctggtga catagacctc accagtgctt catataccat gatataatct 1800

gaaaggggca gattaaaaaa aaaaaaagaa tctaaacctt acatgtgtaa aggtttcatg 1860

ttcactgtga gtgaaaattt ttacattcat caatatccct cttgtaagtc atctacttaa 1920

taaatattac agtgaattac ctgtctcaat atgtcaaaaa aaaaaaaaaa aaa 1973

<210> 5

<211> 722

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 5

gagactgcat agggctcggc gtggatcttg ttaatgctga ttctggtaca gtaggtctag 60

ggcggggcct gagattctgc atttctaaca agaacccagg tgatgctgac gctgctgggc 120

caaaaaagac actttgagta gcaagggtta ggcaaccttt aaagggccct tcaagagtct 180

aagattccat gaaggatact atttcctcta caagcttgtg aaagtcttcc agtgctactg 240

ggaatggggt acagggataa atctcactgt tttgacctca cagaagtaaa cccctagaat 300

catgttctca aaatgaaaca ctggattgct gaactgatgg cattgagaat taaggctcca 360

aaatcctggg agtttcatac ctaactccac tgcctttgcc ttatgatgca cactgctccc 420

tctatccctc cctcccaggg tctgcagaga tgaactatgc tgttttaggt ctcattggtc 480

cttatacctt ccctaaacca ggaggacttt ggagcctgct gacacaggga gttctacatg 540

tctaagcacg cagctgctag agtcctcagc catctgagct aaatagctgc tcagagacaa 600

ttagtacacc tccgtatytt acagataaag gaactgaagt ccaaacaagc caagctaccc 660

aaccaaggct cacagcaggc aagaggataa aaaccatgtc ctttgactcc caggttagtt 720

tt 722

<210> 6

<211> 1233

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 6

ccacgcgtcc gcatattttt tcttttgtcc ctttttttct ttcctttctt tttacttcct 60

ttatttcttt attccttcct tttccttttt ttcttttttt tttctttttt tttttttttt 120

ggtagttgtt gttacccacg ccattttacg tctccttcac tgaagggcta gagttttaac 180

ttttaatttt ttatatttaa atgtagactt ttgacacttt taaaaaacaa aaaaagacaa 240

gagagatgaa aacgtttgat tattttctca gtgtattttt gtaaaaaata tataaagggg 300

gtgttaatcg gtgtaaatcg ctgtttggat ttcctgattt tataacaggg cggctggtta 360

atatctcaca cagtttaaaa aatcagcccc taatttctcc atgtttacac ttcaatctgc 420

aggcttctta aagtgacagt atcccttaac ctgccaccag tgtccaccct ccggcccccg 480

tcttgtaaaa aggggaggag aattagccaa acactgtaag cttttaagaa aaacaaagtt 540

ttaaacgaaa tactgctctg tccagaggct ttaaaactgg tgcaattaca gcaaaaaggg 600

attctgtagc tttaacttgt aaaccacatc ttttttgcac tttttttata agcaaaaacg 660

tgccgtttaa accactggat ctatctaaat gccgatttga gttcgcgaca ctatgtactg 720

cgtttttcat tcttgtattt gactatttaa tcctttctac ttgtcgctaa atataattgt 780

tttagtctta tggcatgatg atagcatatg tgttcaggtt tatagctgtt gtgtttaaaa 840

attgaaaaaa gtggaaaaca tctttgtaca tttaagtctg tattataata agcaaaaaga 900

ttgtgtgtat gtatgtttaa tataacatga caggcactag gacgtctgcc tttttaaggc 960

agttccgtta agggtttttg tttttaaact tttttttgcc atccatcctg tgcaatatgc 1020

cgtgtagaat atttgtctta aaattcaagg ccacaaaaac aatgtttggg ggaaaaaaaa 1080

gaaaaaatca tgccagctaa tcatgtcaag ttcactgcct gtcagattgt tgatatatac 1140

cttctgtaaa taactttttt tgagaaggaa ataaaatcag ctggaactga accctaaaaa 1200

aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa agg 1233

<210> 7

<211> 362

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 7

tcagcatcct agttcaccac tgtctgctgc cacacgatgc tgggaggcct ggggaagctg 60

gctgccgaag gcctggccca ccgcaccgag aaggccaccg agggagccat tcatgccgtg 120

gaagaagtgg tgaaggaggt ggtgggacac gccaaggaga ctggagagaa agccattgct 180

gaagccataa agaaagccca agagtcaggg gacaaaaaga tgaaggaaat cactgagaca 240

gtgaccaaca cagtcacaaa tgccatcacc catgcagcag agagtctgga caaacttgga 300

cagtgagtgc acctgctacc acggcccttc cccagtctca ataaaaagcc atgacatgtg 360

ta 362

<210> 8

<211> 4471

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 8

gtggctcttg agcatgggtg ggggaagccc ccacatatct gagtcagtgc cacctggaca 60

ctacccttgg agcatcctgc tgaggtggcc attcaggttt tctttccttt ccttttattc 120

cactgtttgc ctcggacatg aaacatctca cagactgcct ggaagaaggt ggagcagact 180

ggggttaatg gtcagcagca gcagcatccc caccactggg gctatccctt tttaggccct 240

taccatgggc caaacactga gccgtgtgct tcgtgtaact tctaagcacg cttacctgat 300

agagtgccag caaagactca aagaggtgcc tgggcttggc acatagtagc tattgctact 360

attatgaatg ttgttttgtc tttgtttttg ttttgagaca gggcctcact ctgttgccca 420

ggttggagta cagcagtgcc atcatggctc actgaggcct caacctccct gggtttgggc 480

agtcctcccg cctcggcctc ccgagtggct gggactacag gtgtgcgcca ccaagcccgg 540

ccggtttttt gtattttcag tagagactgg ttttgccaag tcgcccaggc tggtttcgaa 600

ctctgtgatc ccagcacttt gggaggccga ggcgggtgga tcatgaggtc aggagatcga 660

gaccatcctg gctaacaagg tgaagccccg tctctactga aaatacaaaa aattggccgg 720

gcgcggtggc gggcgcctgt ggtcccagct gctcgggagg ctgaggcggg agaatggcgt 780

gaacccggga agcggagctt gcagtgagcc gagattgcgc cactgcggtc cgcagtccag 840

cctgggcgac agagcgagac tctgtctcaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aatgccaagc 900

tcacccagaa ataaccccgt gcatatatgg tcaacagatc tttgacaagg ccatcaagga 960

tatacaatgt agattctttt attcctttac tttcttaata gacttgcttt cactgtactg 1020

taaaaaaaaa aaaggcacaa tgtagaaagg aaactctctt caatgaatgg tgttggggaa 1080

agtgcatgaa aaagaatgaa attgcacact tgttttacat catatacaga aaattagctc 1140

aaagtggatt aaagatttaa atgtaatatc tgaaaccatg taaatcctgg aagtaaacat 1200

agggaaaaat ctcctcgaca ttggtcataa ttggcaatat tttttttgat gtaacaccaa 1260

agcacaggca acaaaagtga aaataaataa atgggactac atcaatctta aaaggtttta 1320

cacagcaaag gaaaccatga caaaatgaaa aggcaaccta cgggatggaa gaaaatattt 1380

gcgacccata tatttgataa ggggttattt gaaaaaatat aaggaattca cacaattcaa 1440

tagcaaaaat taataaatac atgaataacg caattaaaaa taggcaaagg accccaatgg 1500

acttttttcc ccaaggaaga tatacaaatg gccagccagc atatgaaaag gtgctcaaca 1560

ccactaatca tcagagaaat gcaaatcaaa accacagtga gatattgcct catagggtag 1620

gatggctctt ataaaaaaac gacaagagat aacaagtgtt ggcgaaagca tagaggaaag 1680

agaacccttg tacactgttg gttggaatgt aaagtggtat aacctttaca gaaaacagta 1740

tggaggttcc tcaaaaaatt agaagcagaa ctaccatacg attcagcaat caggttagaa 1800

ccttgaagag agatctgcgc cccatgttta ttacaacact attcacaata cccaagatat 1860

ggaaacagcc taagtgtcca gcaacagatg aatggataaa taaaatacat ataaacaatg 1920

gactattagc cattcaaaag aagaaactcc tgtcctggat aaacctggag gacattacgc 1980

taagtgaaat aagccagaca ccgaaagaca agttttgtat gatctcactt atatgtggga 2040

tctaagagag tcaaactcat aaaaacagat agtagaatgg tggttgccaa gggctggagg 2100

tggggaaaat gggaagctat taatcaaagg gtgtaaactt tcagttataa gatgaacaaa 2160

ttctggagat ttaatgtaca gcataggtgg taatggatgt aataaatttg attgtgataa 2220

ttagtacaca atatatacat atatgaaatc atcacattgt atgcattaaa tatacacaat 2280

ccttgtcaac tcaatatttt taaaaaaatg tttaaaatgc ctaggtcata agaattctga 2340

gaatgaaata caacaacata catgaatgga cctgctacac agaaggtgct aaataggttt 2400

gttttgtttt attttatttc aactctggca gatgtagacc tattgggaaa gaatatagaa 2460

tgcacttgtg cacaaggatt atctatacga tggttaaata tcctgcatac atgccatgtc 2520

atttctactc ctcagtcaat ggataataaa agcagaacca gccttctggt ggtcacaaaa 2580

cattttgaca tgagaaaggc tgatcatgag caatctggca atgtacatcc cagagcgtgc 2640

atgccctttg acccacagct accatgatgt catgtctagc aattagtcct aaggagatga 2700

tcagagatgt gtaaagagat ttcattctaa cagcatcctc tgtagtggta tatgtcaggg 2760

gctggtaagc catgtccaga ggagcaggct gcatctggtc caccacctgt ttttgtaaag 2820

tttatcagaa cacagtcatg cccattcatt tacaaattgt gtatggcttc tttccctgca 2880

acagcagagt tgagtgttgc aacagaaacc tatggcctgc agagtttaaa atatctaccc 2940

tttggccttt tataaaaaaa gtttactgat tcctggtgag tatattaaaa agttaggaaa 3000

acctaaatct tccagagtgg agaattagaa agtaagacgt gttgtatata agacagacag 3060

tttgtgtgtg cgtttattta taaatatatt attttgaaat aatgttgtcg acatatgttg 3120

caggtcttaa aaattggtca atatatagtg ttaatcaaaa aatggcaaat tgtaaaatgt 3180

agacagaatg tgattgtgta ttttgtgcat acaccaacag aaaagggtgc taggaaacct 3240

gtggaccaac atactaagtg tggctctttt gatggtggta tcatggattt ttaaaaatct 3300

tcttggtttt ctgtagattc tgactttcct gtaatgagta tgaataagta tgtatttctt 3360

gagaaatgag aaaataactt tatcttccca gatttctcat aattgaaaat gttggaataa 3420

atggtcctgg gacagatctt tccattgaga agggcggaag ggaaaccctg gggattcagc 3480

tgggtttctg ttgcatttct ggtaacacac agttgtgaaa agccagtgtt ggccattccc 3540

caggacagtc tggggtagag gaggtcagga tttaactact tgagggtccg gggaacagat 3600

gtggccacag tccttcctga ctcactgttt tcccttccac agtccccgtc ttctcttcac 3660

tgatgcacat agatgcctga ccagaggaga gatttagttt tcgtccaagg attatctgtt 3720

atgttgcagt tctgaaattc ccataacgtt taggctagaa cacaagtgat ttcattatct 3780

ccaatgtgta tggcttgata gaaatagatt ccattatgta gcaccttaaa tccagataaa 3840

acataaggaa tttctattcc atgtttgtat gatcaatgtt aataatctaa gaaaatctaa 3900

aaagaagcta cttcctctat tacagtatga aataaatatg ctgaatgatt tgtcttgggg 3960

ggtggaatgg aaaggtataa gactgaggag ggtgcctgtg ggaacagtga taggaatcct 4020

ttcttaaggg ttgggtttta catacgtctt ttaaaataga tgatatcatt aataaattat 4080

ctgtgggcat catgaaaaaa gtgtataacg tacaacttta tgagcttgac agttggtgaa 4140

aacttttctg tttaaaattt tatttggccc tccccaaaag aaatgtttat ttatgagtat 4200

taggatagtt ccagcagtaa tgcctcaaaa gaaccaggag gtatagtgtt gtctaaaatg 4260

tggactcagg agccagactg cctggctgtg caactagcct tgtcacttcc tagatatgtg 4320

gcaagttaat taacttctca gtgttcttat ctgtagaatg gggataatcc taatatacat 4380

ctcagggtta tattacaaat ttgagaagtt aattttgtaa aggacttaga atgatatctg 4440

gcaaataaaa gtgttcataa aagcaaaaaa a 4471

<210> 9

<211> 598

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 9

cagagtcact cctgccttca ccatgaagtc cagcggcctc ttccccttcc tggtgctgct 60

tgccctggga actctggcac cttgggctgt ggaaggctct ggaaagtcct tcaaagctgg 120

agtctgtcct cctaagaaat ctgcccagtg ccttagatac aagaaacctg agtgccagag 180

tgactggcag tgtccaggga agaagagatg ttgtcctgac acttgtggca tcaaatgcct 240

ggatcctgtt gacaccccaa acccaacaag gaggaagcct gggaagtgcc cagtgactta 300

tggccaatgt ttgatgctta acccccccaa tttctgtgag atggatggcc agtgcaagcg 360

tgacttgaag tgttgcatgg gcatgtgtgg gaaatcctgc gtttcccctg tgaaagcttg 420

attcctgcca tatggaggag gctctggagt cctgctctgt gtggtccagg tcctttccac 480

cctgagactt ggctccacca ctgatatcct cctttgggga aaggcttggc acacagcagg 540

ctttcaagaa gtgccagttg atcaatgaat aaataaacga gcctatttct ctttgcac 598

<210> 10

<211> 699

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的

<400> 10

gcccattcca gttggagaac gtagtgagtc tttcagtgga gccagggtct ggtttgtcgt 60

gaggagctcc gcgatgtcct ctcaacagag cgccgtttcc gccaaaggct tttccaaggg 120

gtcgtcccag ggccccgctc cgtgtcccgc cccggcgccc accccggcgc ccgcctcctc 180

ctcctcctgc tgcggctccg gcaggggctg ctgcggcgac tcaggctgct gcggctccag 240

ctccaccagt tgctgctgct tcccaaggag acgccgccga cagcggagta gtggttgctg 300

ctgctgcggg ggcggcagcc agaggtccca gcgctccaac aaccggagct caggatgctg 360

ctccggctgc tgagaggccc gcaaccccca gcgctgcgct agagaaaccc gcccagccca 420

gagcgggccc gccccgctgc ggctcccacg cggggctggg cctcggagtt tgccccgtaa 480

agcgaattgc actttgatgt tcagaaaccc actttgttct cagccacgca aaactccctg 540

accccgatgt gatttttctc cccggggatt cgagagccat gcgtgggaca ctggacccta 600

ctgtctacac gggcttgcac acagcaggtg ctcagcaaat gtctattgat ttgattgtct 660

tttgaagatg tcataataaa gcttctacct cctgaaaaa 699

Claims

1.一种诊断受试者中的牙龈炎的方法，所述方法包括：

a.检测受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1；

b.检测与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，所述受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的，以及

c.当与所述比较物对照中的生物标记物水平比较时，当所述受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到所述受试者中的牙龈炎。

2.根据权利要求1所述的方法，其包括治疗受试者的牙龈炎的进一步步骤。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT071649、NONHSAT005224、AF156166和SOX4的至少一种生物标记物的水平是增加的。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其包括检测到与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，选自NONHSAT006501.2、LGALS3、FAM25A和CRCT1的至少一种生物标记物的水平是降低的。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述比较物对照是没有牙龈炎的受试者或人群的唾液样品中的所述至少一种生物标记物的水平。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的mRNA水平，来确定所述唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的多肽水平，来确定所述唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述比较物对照是选自阳性对照、阴性对照、历史对照、历史基准、或生物样品中的参考分子的水平的至少一种。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

10.一种监测受试者中对牙龈炎治疗的应答的方法，所述方法包括：

a.检测在治疗开始后获得的受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1；

c.当与比较物对照的生物标记物水平比较时，当受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到所述受试者响应治疗。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述比较物对照包含在治疗开始之前获得的所述受试者的唾液样品。

12.根据权利要求10或权利要求11所述的方法，其中所述比较物对照包含在治疗期间的较早时间点获得的所述受试者的唾液样品。

13.一种方法，其包括：

a.获得受试者的唾液样品；以及

b.检测所述受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平，其中所述至少一种生物标记物选自NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

14.根据权利要求13所述的方法，其中通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的mRNA水平，来确定所述唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

15.根据权利要求13或权利要求14所述的方法，其中通过测量唾液样品中的至少一种生物标记物的多肽水平，来确定所述唾液样品中的至少一种生物标记物的水平。

16.一种治疗牙龈炎的方法，其包括向受试者施用牙龈炎治疗，所述受试者被鉴定为在受试者的唾液样品中具有选自以下的至少一种生物标记物的差异水平：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

17.一种用于检测牙龈炎的试剂盒，其包含检测唾液样品中选自以下的至少一种生物标记物的存在的试剂：NONHSAT006501.2、NONHSAT071649、NONHSAT005224、LGALS3、AF156166、SOX4、FAM25A、AL832615、SLPI和CRCT1。

18.一种治疗受试者中的牙龈炎的方法，所述方法包括：

b.检测与比较物对照中的至少一种生物标记物的水平相比，受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的，

c.当与比较物对照中的生物标记物水平比较时，当受试者的唾液样品中的至少一种生物标记物的水平是差异表达的时，检测到所述受试者中的牙龈炎；和

d.向所述受试者施用牙龈炎治疗。