CN110863064B - 大麦穗部性状基因位点的连锁标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

大麦穗部性状基因位点的连锁标记及其应用,包括两个连锁标记M36和M53,M36的PCR扩增引物M36‑F序列如SED IQ NO:1,引物M36‑R序列如SED IQ NO:2所示,连锁标记M53的PCR扩增引物M53‑F序列如SED IQ NO:3,引物M53‑R序列如SED IQ NO:4所示。基于大麦穗部性状基因位点的连锁标记可以将其应用于区分大麦早世代材料中杂合和显性纯合个体、基因组作图、真假杂交种鉴定方面,以及小穗数(SNS)、小穗小花数(FNS)、退化小穗数(DSNS)、穗粒数(GNS)、千粒重(TGW)、粒长(GL)6个穗部性状的基因位点鉴定及其聚合育种选择中的应用。

Description

大麦穗部性状基因位点的连锁标记及其应用
技术领域
本发明涉及大麦穗部性状基因位点的连锁标记领域,特别涉及大麦穗部性状基因位点的连锁标记及其应用。
背景技术
大麦是世界第四大禾谷类作物,其籽粒为食品、饲料、麦芽、啤酒生产的原料。大麦籽粒的产量由产量相关的农艺性状决定。杨金华等与146个大麦品种、许如根等与98个二棱大麦和89个六棱大麦为研究材料,都对千粒重、穗粒数和籽粒产量3个性状进行关联分析,结果显示千粒重和穗粒数都对籽粒产量有正向效应,并且千粒重对籽粒产量的效应高于穗粒数对籽粒产量的效应。同时许如根等发现二棱大麦的千粒重和粒长高于六棱大麦,但六棱大麦的穗粒数约是二棱大麦的2倍。包海柱等对15个啤酒大麦、郜战宁等对28个推广大麦品种进行相关分析表明千粒重与穗粒数呈显著负相关。沈真辉等、王家曦等共对33个大麦种系进行关联分析,发现增加小花数和小穗数可提高穗粒数和千粒重,但也发现增加小花数会降低结实率。沈会权等、王蕾等、刘新春等共对108份大麦的籽粒进行测定和关联分析表明粒长与千粒重呈极显著正相关。李静烨等对25份大麦材料的小穗数,穗粒数,千粒重3个穗部性状进行QTLs的遗传关联分析,鉴定到位于4HS上的2个小穗数QTLs和3个穗粒数QTLs连锁,位于7HL上的小穗数QTL和千粒重QTL连锁。Fatemeh Vafadar Shamasbi等以Clipper×Sahara 3771的双单倍体大麦群体为材料,将穗粒数和千粒重QTL定位在2H染色体上,并且都与VRS1基因连锁。千粒重QTL两侧的标记为CDO474B和VRS1,两标记相距11.1cM,穗粒数QTL两侧的标记为VRS1和KSUF15,两标记相距5.3cM。Rajiv Sharma等以HEB-25大麦巢式关联群体为材料进行全基因组进行关联分析,在2H、3H、7H染色体上检测到跟大麦籽粒产量相关的性状的QTLs,这些性状和HvCEN、VRS1、FLORICAULA(FLO)、HvGI、VRS4、VRN-H3基因连锁。前人研究证实大麦的一些农艺性状通过互相连锁的方式调控籽粒的产量,并且大麦遗传背景的差异控制着性状间的连锁关系。而大多数籽粒产量相关的性状是数量性状,其特点是受多个基因位点控制,而且容易受环境条件的影响,表型不像质量性状一样容易区分。通过对上述研究的总结可以证实大麦穗粒数、千粒重、小穗数、粒长、退化小穗数,小穗小花数6个性状属于籽粒产量相关的性状,并且6个性状间存在关联性。
在6个性状中,穗粒数、千粒重、小穗数、粒长4个性状符合正态分布,退化小穗数,小穗小花数2个性状偏正态分布,数值分布趋向质量性状。小穗数,退化小穗数,穗粒数,小穗小花数4个性状的表型易受环境影响,易导致观察和测定不准确;千粒重,粒长2个性状需要成熟后才能测定表型值;且各数量性状间具有关联作用,表型性状缺乏标准的判断规则。这些因素会加长育种时间,增加育种工作量,以及耗费的人力物力增大,因此根据性状的表型值选择相关性状基因位点的传统方法具有局限性。
发明内容
为解决上述现有技术存在的问题,本发明的目的在于提供大麦穗部性状基因位点的连锁标记,基于两个标记区分大麦早世代材料中杂合和显性纯合个体、基因组作图、真假杂交种鉴定方面,以及小穗数(SNS)、小穗小花数(FNS)、退化小穗数(DSNS)、穗粒数(GNS)、千粒重(TGW)、粒长(GL)6个穗部性状的基因位点鉴定及其聚合育种选择中的应用。
为达到上述目的,本发明的技术方案是:
大麦穗部性状基因位点的连锁标记,包括两个连锁标记M36和M53,所述大麦穗部性状为6个,分别是穗数、小穗小花数、退化小穗数、穗粒数、千粒重、粒长,所述连锁标记M36位于chr2HS:55177423bp-55177574bp基因组区间,所述连锁标记M53位于chr2HS:55404150bp-55404247bp基因组区间,所述大麦6个穗部性状的基因位点位于大麦chr2HS:55177423bp-55404247bp基因组区间,所述连锁标记M36、M53和大麦6个穗部性状的基因位点紧密连锁。
进一步的,所述连锁标记M36的PCR扩增引物M36-F序列如SED IQ NO:1,引物M36-R序列如SED IQ NO:2所示,所述连锁标记M53的PCR扩增引物M53-F序列如SED IQ NO:3,引物M53-R序列如SED IQ NO:4所示。
进一步的,所述连锁标记M36选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为93.9%,理论假阳性率为6.1%;选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为92.0%,理论假阳性率为8%;连锁标记M53选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为92.9%,理论假阳性率为7.1%;选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为94.9%,理论假阳性率为5.1%。
进一步的,连锁标记M36和M53联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为99.76%,联合选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为99.77%;连锁标记M36和M53联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论假阳性率为0.24%,联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论假阳性植株率为0.23%。
基于大麦穗部性状基因位点的连锁标记的应用,其特征在于,所述应用包括连锁标记M36和/或M53在区分大麦早世代材料中杂合和显性纯合个体,真假杂交种鉴定方面的应用。
基于大麦穗部性状基因位点的连锁标记的应用,其特征在于,所述应用包括连锁标记M36和/或M53在基因组作图,小穗数、小穗小花数、退化小穗数、穗粒数、千粒重、粒长6个穗部性状的基因位点鉴定及其聚合育种选择中的应用。
相对于现有技术,本发明的有益效果为:
①相对于前人的研究,本发明的两个标记与6个性状的连锁强度高。qSNS、qDSNS、qGL与标记M36的遗传距离为3.1cM,与标记M53的遗传距离为3.6cM;qGNS、qFNS、qTGW与标记M36的遗传距离为4.1cM,与标记M53的遗传距离为2.6cM。
②两个标记单独选择理论选择效率高,都达到90%以上。
③双标记联合选择的理论效率达到99%以上。双标记联合选择的理论效率高于单个标记的选择效率,因此推荐同时用标记M36和标记M53对大麦6个农艺性状的基因位点进行联合筛选。
④可以用两个标记同时对6个性状进行选择,可节约1/3的成本。
本发明利用利用所设计引物扩增Ynbs-B和保大麦8号的基因池获得了有明显差异的扩增片段。基于Ynbs-B和保大麦8号杂交F2群体的QTL定位分析证实大麦6个穗部性状的基因位点与两个标记紧密连锁,如图3所示,图3为本发明具于Ynbs-B和保大麦8号杂交F2群体绘制的大麦6个穗部性状基因位点的遗传图谱。
6个QTLs与两侧标记的遗传距离都小于5cM,所以6个QTLs与标记M36、标记M53两个分子标记紧密连锁,符合作为辅助选择的标记。建立了基于两个标记的大麦6个穗部性状的辅助选择技术体系,利用该技术体系可以有效提高大麦育种和遗传群体构建效率。
附图说明
图1为本发明标记M36的亲本和F2群体部分单株的电泳图,其中泳道1为水,泳道2为保大麦8号带型,泳道3为分枝穗带型,泳道9为marker,其余泳道为部分F2群体单株带型;
图2为本发明标记M53的亲本和F2群体部分单株的电泳图,其中泳道1为水,泳道2为保大麦8号带型,泳道3为分枝穗带型,泳道4为marker,泳道5~13为部分F2群体单株带型;
图3为本发明具于Ynbs-B和保大麦8号杂交F2群体绘制的大麦6个穗部性状基因位点的遗传图谱。
具体实施方法
下面结合附图1-3和具体实施方式对本发明技术方案做进一步详细描述:
一、连锁标记开放过程:
1、设计PCR扩增引物:
在大麦成熟期调查小穗数,退化小穗数,穗粒数,小穗小花数,穗型5个性状,种子风干后测量千粒重和粒长2个性状,材料在不同生育期的农艺性状均按照大麦种质资源数据质量控制规范统一观察记录。其中小穗数指穗轴节上着生的三联或多联小穗数,小穗小花数指每个三联或多联小穗上着生的小花数。表型数据用SSPS软件中的皮尔逊双尾检测分析性状间的相关性,结果显示小穗数,穗粒数,千粒重,粒长4个性状与穗型呈极显著负相关,说明分枝穗穗型对这4个性状的影响呈负效应;而与退化小穗数,小穗小花数2个性状呈极显著正相关,说明分枝穗穗型对这2个性状的影响呈正效应,见表1。
表1大麦6个穗部性状与穗型的相关性分析结果
Figure BDA0002333829070000061
通过分析穗型与穗部性状的相关性表明穗型与6个性状关联,推测穗分枝基因位点与6个性状的基因位点连锁。基于课题组以SLAF-seq技术开发SNP标记精细定位的Ynbs穗分枝基因位点区间,以该区间的序列设计了131对PCR扩增引物。引物委托擎科生物科技有限公司合成。
2、特异性标记的筛选
用CTAB法提取裸大麦穗分枝突变体-Ynbs-B与保大麦8号亲本及其F2群体的单株DNA,并用1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。在上述2个亲本间进行PCR扩增产物多态性筛选。PCR反应体系:First-Primer:0.5μL、Reserve-Primer:0.5μL、DNA模板:2μL、Mix:5μL、ddH2O:2μL,总体积10μL。体系配置完成后加一滴石蜡油。于PCR扩增仪中进行35个循环,反应程序如下:94℃预变性3min,94℃变性45s,退火15s,72℃延伸10s进行,72℃终延伸10min。
将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,并将具有多态性的引物进行F2代578个单株DNA进行PCR扩增。将扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳。配制聚丙烯酰胺凝胶浓度为8%(100mL)40%丙烯酰胺溶液20mL、10×TBE10mL、10%过硫酸氨900μL、TEMED44μL、ddH2O定容至100mL。220V,180mA条件下预电泳10min,每个点样孔内扩增产物的上样量为2μL。然后220V,180mA条件下电泳1h40min,最后硝酸银染色,拍照,胶用保鲜膜盖上保存,统计各单株的带型。
3、遗传图谱的绘制
用Excel统计标记的带型,按照软件QTL IciMapping的统计规则将保大麦8号亲本的带型记为2,将杂合带型记为1,将分枝穗亲本带型记为0。经统计,M36标记中共有保大麦8号的带型167株,杂合带型277株,分枝穗带型136株,部分单株的标记带型如图1所示,其中泳道1为水,泳道2为保大麦8号带型,泳道3为分枝穗带型,泳道9为marker,其余泳道为部分F2群体单株带型。M53标记中共有保大麦8号带型176株,杂合带型269株,分枝穗带型133株,部分单株的标记带型如图2所示,其中泳道1为水,泳道2为保大麦8号带型,泳道3为分枝穗带型,泳道4为marker,泳道5~13为部分F2群体单株带型。用软件QTL IciMapping中的复合区间作图模块进行QTL定位分析,遗传图谱如图3所示。相关参数见表2。在6个QTLs位点中,标记M36与小穗数、退化小穗数,粒长3个性状的QTL位点的遗传距离为3.1cM,与穗粒数、小穗小花数、千粒重3个性状的QTL位点的遗传距离为4.1cM。标记M53与小穗数、退化小穗数,粒长3个性状的QTL位点的遗传距离为3.6cM;与穗粒数、小穗小花数、千粒重3个性状的QTL位点的遗传距离为2.6cM。退化小穗数的PVE(贡献率)达到87.33,小穗小花数的PVE达到78.02,穗粒数的PVE达到65.78,穗粒数和粒长的PVE为32.88和39.77,而千粒重的PVE为5.99,为6个性状中的最低值。
表2大麦Ynbs-B×BDM8群体的遗传图谱参数
Figure BDA0002333829070000081
4、计算标记的理论选择效率
标记M36选择小穗数,退化小穗数,粒长3个性状的理论阳性植株率为93.9%,理论假阳性率为6.1%;选择小穗小花数,穗粒数,千粒重3个性状的理论阳性植株率为92.0%,理论假阳性率为8%。标记M53选择小穗数,退化小穗数,粒长3个性状的理论阳性植株率为92.9%,理论假阳性率为7.1%;选择小穗小花数,穗粒数,千粒重3个性状的理论阳性植株率为94.9%,理论假阳性率为5.1%。
标记M36和M53联合选择小穗数,退化小穗数,粒长3个性状的理论阳性植株率为99.76%,联合选择小穗小花数,穗粒数,千粒重3个性状的理论阳性植株率为99.77%。标记M36和M53联合选择小穗数,退化小穗数,粒长3个性状的理论假阳性率为0.24%,联合选择小穗数,退化小穗数,粒长3个性状的理论假阳性植株率为0.23%。
二、大麦6个穗部性状基因位点连锁标记的使用方法:
1、待测材料基因组DNA的提取和检测
1.1基因组DNA的提取步骤
①将新鲜叶片于研钵中,加入液氮快速研磨成粉末状,转入2mL离心管,加入65℃预热的CTAB提取液900μL充分混匀,65℃保温40-60min,在此期间每10min轻轻颠倒离心管1次;
②水浴完成后,冷却至室温,于高速离心机中以12000r/min离心15min;
③取上清液转入新的离心管中,加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)溶液,摇床轻摇25min。12000r/min离心15min;
④吸出上清液转入新的1.5mL离心管中,加入1.5倍体积-20℃预冷的异丙醇,缓慢混匀,于-20℃冰箱中沉淀10min;
⑤12000r/min离心15min,弃上清,留沉淀,加入500μL的70%乙醇洗涤2~3次,自然干燥2小时;
⑥加1μL 10mg/mL RNA酶将RNA去除;
⑦加50μL的TE溶解液,于室温放置8小时溶解DNA。
1.21%琼脂糖凝胶电泳检测
①称取1g琼脂糖于三角烧瓶中,加入100mL 1×TBE缓冲液,于在微波炉中加热,每15s摇晃一次,直至溶液呈透明状;
②待温度降至65℃左右加入6μL核酸染料,轻轻摇匀;
③将凝胶溶液缓慢倒入插好梳子的制胶板,常温静置30min,使其充分凝固;
④将凝胶放在电泳槽中,小心拔除梳子,在电泳槽中加入1×TBE缓冲液至完全淹没凝胶;
⑤在第一个点样孔内加入2μL的2000bp DNAmaker;
⑥将2μL DNA样品与2μL 6×loading buffer混合后,缓慢加入点样孔内;
⑦接通电源,将电泳设备调至电压150V,电流110mA的状态下,电泳40min;
⑧在凝胶成像仪上观察条带及大小,并记录。
2、标记PCR扩增引物序列的合成
标记PCR扩增的引物序列:
M36-F 5’-AAGAGACCACACACACACACT-3’
M36-R 5’-CTTTGAACTTTTGGAAGAAAC-3’
M53-F 5’-CTGAGTTCGACAAATCGTTTA-3’
M53-R 5’-GATGGAGATGTGTGCTATTGT-3’
3、PCR扩增条件及其程序
3.1PCR反应体系的配制:(10μL)
①按如下比例配制PCR反应体系:
Figure BDA0002333829070000101
Figure BDA0002333829070000111
②完成后添加一滴石蜡油。
③设置PCR扩增仪程序如下:
Figure BDA0002333829070000112
④PCR产物于-20℃保存。
4、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
①将电泳槽组装好并进行封胶处理,避免漏胶;
②8%聚丙烯酰胺凝胶配制(100mL)
按如下体积加入各溶液于容量瓶中并充分摇匀。
Figure BDA0002333829070000113
③将配制好的凝胶溶液缓慢灌入电泳槽中,插入梳子,待观察其不漏胶后在通风橱放置30min,待其充分凝固;
④拔除梳子,加入0.5×TBE电泳缓冲液;
⑤电压220V,电流180mA下预电泳10min;
⑥在第一个点样孔内加入2μL DNAmaker;
⑥将2μLDNA样品缓慢加入点样孔内;
⑦接通电源,将电泳设备调至电压220V,电流180mA的状态下,电泳1h 40min;
⑧进行银染、显色;
⑨对胶进行观察;
⑩拍照,记录;
Figure BDA0002333829070000121
胶用保鲜膜盖上保存。
5、符合度植株的挑选
符合度植株指其性状的基因位点与参照基因位点一致的植株。以聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果挑选符合度植株。分别以高值亲本标记带型为参照挑选杂交群体中的高值单株,与高值亲本标记带型一致的植株为高值亲本符合度植株。以低值亲本标记带型为参照挑选杂交群体中的低值单株,与低值亲本标记带型一致的植株为高值亲本符合度植株。
三、连锁标记的应用案例:
以Ynbs-A和保大麦8号及其杂交F2群体验证双标记联合检测的效率,在471个F2单株中共选择出保大麦8号亲本带型的植株108株,分枝穗亲本带型的植株101株。
小穗数、穗粒数、千粒重、粒长4个性状遵循正态分布,用亲本99%置信区间的表型值估测双标记对其单株的选择效果。保大麦8号亲本的小穗数99%置信区间为17.66~19.85,穗粒数99%置信区间为38.35~46.25,千粒重99%置信区间为31.64~36.65,粒长99%置信区间为0.88~0.92。分枝穗亲本的小穗数99%置信区间为7.51~9.26,穗粒数99%置信区间为18.97~31.75,千粒重99%置信区间为25.33~28.57,粒长99%置信区间为0.69~0.72。
小穗小花数和退化小穗数不符合正态分布,需另外制定鉴定标准。保大麦8号亲本为三联小穗,小穗小花数为3,分枝穗为多联小穗,小穗小花数大于3,则以3为鉴定标准。保大麦8号亲本退化小穗数最大值为7,分枝穗退化小穗数最小值为7,则以7为鉴定标准。亲本相关统计数据见表3。
表3大麦亲本6个穗部性状的数据统计结果
Figure BDA0002333829070000131
1、双标记联合对小穗数检测的效率
保大麦8号为高值亲本,则F2单株表型值大于或等于17.66的植株为高值亲本符合度植株,有92株。分枝穗为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于9.26的植株为低值亲本符合度植株,有71株。符合度占总数的77.99%。
2、双标记联合对小穗小花数检测的效率
保大麦8号为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于3的植株为低值亲本符合度植株,有107株。分枝穗为高值亲本,则F2单株表型值大于3的植株为高值亲本符合度植株,有100株。符合度占总数的99.04%。
3、双标记联合对退化小穗数检测的效率
保大麦8号为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于7的植株为低值亲本符合度植株,有108株。分枝穗为高值亲本,则F2单株表型值大于7的植株为高值亲本符合度植株,有101株。符合度占总数的100%。
4、双标记联合对穗粒数检测的效率
保大麦8号为高值亲本,则F2单株表型值大于或等于38.35的植株为高值亲本符合度植株,有83株。分枝穗为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于31.75的植株为低值亲本符合度植株,有76株。符合度占总数的76.07%。
5、双标记联合对千粒重检测的效率
保大麦8号为高值亲本,则F2单株表型值大于或等于31.64的植株为高值亲本符合度植株,有70株。分枝穗为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于28.57的植株为低值亲本符合度植株,有61株。符合度占总数的62.68%。
6、双标记联合对粒长检测的效率
保大麦8号为高值亲本,则F2单株表型值大于或等于0.88的植株为高值亲本符合度植株,有24株。分枝穗为低值亲本,则F2单株表型值小于或等于0.72的植株为低值亲本符合度植株,有38株。符合度占总数的29.66%。
经数据分析表明M36和M53两个分子标记可有效选择大麦6个穗部性状的基因位点,其中对退化小穗数和小穗小花数2个性状的选择效率最高,可达到99%以上,对小穗数、穗粒数、粒长和千粒重的选择效率分别达到了77.99%、76.08%、62.68%、29.66%。QTLs的贡献率(PVE)与两个标记的选择效率正向关联性,除千粒重QTL的贡献率相对较低外,其余5个性状QTL的贡献率均较高。两个标记对粒长的选择效率偏低可能与该QTL位点的加性效应(Add)和显性效应(Dom)较低有关。6个性状均与产量有较高的关联性,是大麦育种中主要筛选的性状。虽然两个标记对粒长的选择效率偏低,但所选择位点是一个新位点,在育种中也具有应用价值。因此,两个标记及其辅助选择技术在大麦育种中具有较高的推广价值。
四、与目前传统育种技术相比,其优点是:
大麦穗部性状基因位点的连锁标记在区分大麦早世代材料中杂合和显性纯合个体,真假杂交种鉴定,基因组作图,小穗数(SNS)、小穗小花数(FNS)、退化小穗数(DSNS)、穗粒数(GNS)、千粒重(TGW)、粒长(GL)6个穗部性状的基因位点鉴定,基因聚合育种选择中的应用。具体优点如下:
①相对于前人的研究,本发明的两个标记与6个性状的连锁强度高。qSNS、qDSNS、qGL与标记M36的遗传距离为3.1cM,与标记M53的遗传距离为3.6cM;qGNS、qFNS、qTGW与标记M36的遗传距离为4.1cM,与标记M53的遗传距离为2.6cM。
②两个标记单独选择理论选择效率高,均达到90%以上。
③双标记联合选择的理论效率达到99%以上。
④用两个标记同时对6个性状进行选择,可节约1/3的成本。
以上所述,仅为本发明的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何不经过创造性劳动想到的变化或替换,都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此,本发明的保护范围应该以权利要求书所限定的保护范围为准。
Figure BDA0002333829070000171
Figure BDA0002333829070000181
序列表
<110> 云南农业大学
<120> 大麦穗部性状基因位点的连锁标记及其应用
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aagagaccac acacacacac t 21
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ctttgaactt ttggaagaaa c 21
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ctgagttcga caaatcgttt a 21
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gatggagatg tgtgctattg t 21

Claims (5)

1.大麦穗部性状基因位点的连锁标记的PCR扩增引物,其特征在于,包括两个连锁标记M36和M53的PCR扩增引物,所述连锁标记M36的PCR扩增引物M36-F序列如SED IQ NO:1所示,引物M36-R序列如SED IQ NO:2所示,所述连锁标记M53的PCR扩增引物M53-F序列如SED IQNO:3所示,引物M53-R序列如SED IQ NO:4所示,所述大麦穗部性状为6个,分别是穗数、小穗小花数、退化小穗数、穗粒数、千粒重、粒长,所述连锁标记M36位于chr2HS:55177423bp-55177574bp基因组区间,所述连锁标记M53位于chr2HS:55404150bp-55404247bp基因组区间,所述大麦6个穗部性状的基因位点位于大麦chr2HS:55177423bp-55404247bp基因组区间,所述连锁标记M36、M53和大麦6个穗部性状的基因位点紧密连锁。
2.根据权利要求1所述的大麦穗部性状基因位点的连锁标记的PCR扩增引物,其特征在于,所述连锁标记M36选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为93.9%,理论假阳性率为6.1%;选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为92.0%,理论假阳性率为8%;连锁标记M53选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为92.9%,理论假阳性率为7.1%;选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为94.9%,理论假阳性率为5.1%。
3.根据权利要求1所述的大麦穗部性状基因位点的连锁标记的PCR扩增引物,其特征在于,连锁标记M36和M53联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论阳性植株率为99.76%,联合选择小穗小花数、穗粒数、千粒重3个性状的理论阳性植株率为99.77%;连锁标记M36和M53联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论假阳性率为0.24%,联合选择小穗数、退化小穗数、粒长3个性状的理论假阳性植株率为0.23%。
4.基于权利要求1所述的大麦穗部性状基因位点的连锁标记的PCR扩增引物的应用,其特征在于,所述应用包括连锁标记M36和/或M53的PCR扩增引物在区分大麦早世代材料中杂合和显性纯合个体方面的应用。
5.基于权利要求1所述的大麦穗部性状基因位点的连锁标记的PCR扩增引物的应用,其特征在于,所述应用包括连锁标记M36和/或M53的PCR扩增引物在基因组作图,小穗数、小穗小花数、退化小穗数、穗粒数、千粒重、粒长6个穗部性状的聚合育种选择中的应用。
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