CN112852993B - 一种与小麦穗型性状连锁的snp标记、可鉴别小麦穗型的caps标记、试剂盒和方法 - Google Patents

Abstract

本发明“一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记、可鉴别小麦穗型的CAPS标记、试剂盒和方法”属于作物遗传育种及分子生物学技术领域。所述与小麦穗型性状连锁的SNP标记为小麦5A染色体第650129722碱基处的G突变为A。本发明还提供包括所述SNP标记的可鉴别小麦穗型的CAPS标记及其引物，所述引物包括序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的Sp‑CAPS‑2for和Sp‑CAPS‑2re。该CAPS标记为小麦穗型突变基因功能性分子标记，可用于分子标记辅助选择，筛选小麦穗型新材料。本发明所述野生型和突变体中经该功能性CAPS标记鉴定的位点，可通过回交选择实现小麦的穗型改良。

Description

一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记、可鉴别小麦穗型的CAPS 标记、试剂盒和方法

技术领域

本发明属于作物遗传育种及分子生物学技术领域，特别涉及一种与小麦穗型性状连锁的 SNP标记、可鉴别小麦穗型的CAPS标记、试剂盒和方法。

背景技术

小麦是我国以及世界最重要的粮食作物之一，对保障我国粮食安全至关重要。穗型决定了小麦的穗粒数，因而与小麦产量密切相关。研究表明穗粒数的增加可大大促进小麦产量的提高(Reynolds et al.,2005；张运校等,2020)。穗粒数的改良是育种过程中关注的重要目标性状之一(王志芬等,2001)。通过改良穗型性状来提高穗粒数具有重要的意义。

小麦穗型由穗轴节片长度以及小穗排列方式决定，可分为纺锤型、长方型、棍棒型、椭圆型和圆锥型等(李莎莎,2016)。长方穗型外观规则，穗的上下粗细较为一致，通常穗粒数和穗粒重较大，具有较高的生产应用潜力；棍棒穗型小麦的穗上部穗轴节片短，下部穗轴节片长，表现为上密下疏、上大下小的特殊形态结构，因而往往穗粒均匀性较差；椭圆型小麦一般穗长较短，中部宽而上下窄，通常小穗密度较大；纺锤型小麦的穗中间大两头尖，小穗数和穗粒数较低，增产潜力较小。研究表明穗型为长方型、棍棒型、椭圆型和纺锤型的四个小麦品种的穗长依次为长方型＞纺锤型＞棍棒型＞椭圆型，小穗数依次为长方型＞椭圆型＞纺锤型＞棍棒型，小穗密度依次为椭圆型＞棍棒型＞纺锤型＞长方型(Li et al.,2016)。对长方、粗纺和长纺穗型的多个小麦品种进行穗部性状研究，结果表明长纺穗型育种价值最高，长方型次之，粗纺型最差(王保利,1989)。

目前研究者已经定位了数个小麦穗型相关位点。密穗型小麦的特征为穗长很短、小穗密度较大，受穗长影响其籽粒较小、千粒重偏低，但其穗粒数往往较大(张小英等,2005)。 compactum(C)位点控制密穗性状，在密穗小麦中是其显性等位基因(Johnson etal.,2008)。 Johnson等将C位点定位在2D染色体长臂的着丝粒区域，并研究了该位点与大麦zeocriton (Zeo)基因及一粒小麦softglume(Sog)基因间的同源性(Johnson et al.,2008)。遗传图谱比较表明，Zeo位于染色体的末端区域，Sog虽然位于着丝粒区域，但其位于染色体短臂上，因此zeo和sog均不太可能是C位点的同源基因(Johnson et al.,2008)。Goncharov等对古代小麦(Triticum antiquorum)和印度圆粒小麦(Triticumsphaerococcum)的紧凑穗型进行研究，发现他们与紧凑小麦杂交表现出双基因的分离比，表明在这两个物种的紧凑穗型不是由密穗小麦C位点控制的，该位点被命名为C2(Goncharov et al.,2005)。矮秆波兰小麦(Triticum turgidum ssp.polonicum)是栽培四倍体小麦的一个亚种，由于具有细长的颖片，形成了其独特的穗型。P1位点控制波兰小麦中细长颖片表型，被定位在7A染色体靠近着丝粒区域，是一个不完全显性基因(Okamoto etal.,2013)。P1位点具有多效性，不仅影响了颖片长度还会影响其他形态性状，细长颖片表型与穗长、粒长、粒重的增加及籽粒育性、粒数和芒长的降低存在相关性(Okamoto et al.,2013)。

除了以上穗型位点外，还有数个穗长QTL与产量相关。HeadLength 1(HL1)位点来自于小麦骨干亲本“南大2419”，可以增加穗长、株高和百粒重，但对穗数、小穗数和穗粒数没有影响(Wu et al.,2014)。HL1是一个部分显性基因，其显性度为0.6，Wu等将HL1定位在2D染色体短臂上0.9cM的区间内(Wu et al.,2014)。HeadLength 2(HL2)来自于小麦品种“望水白(WSB)”，具有增加穗长及小穗数等效应。WSB中的等位基因使穗长平均增加 28％，使穗粒数增加穗粒数增加了6.6-13.1，相当于增加穗产量12.8-21.3％。HL2虽然使穗粒数增加了，但其小穗密度有所降低，这种形态结构有助于提高对小麦赤霉病的抗性(Yao etal., 2019)。Yao等将HL2定位在7D染色体短臂上7.1Mb的区间内，该区间存在55个注释基因，但其中并没有与花序发育相关基因(Yao et al.,2019)。HL2位点对赤霉病抗性及产量的提高在育种中的意义较大。Chai等在小麦2D染色体短臂上分别鉴定了两个对株高和穗长具有多效性影响的QTL，将其命名为QPht/Sl.cau-2D.1和QPht/Sl.cau-2D.2，其中QPht/Sl.cau-2D.2 位于已知矮秆基因Rht8区间内。QPht/Sl.cau-2D.2近等基因系在细胞长度上存在显著差异，与之前对Rht8的研究一致，而QPht/Sl.cau-2D.1近等基因系的细胞长度没有差异，表明这两个QTL可能具有不同的分子机制(Chai et al.,2018)。刘书含等在大穗材料高麦1号与密小穗的F₂分离群体中发掘了数个控制穗长的QTL，分别位于小麦1B、2D、3A、4A、6B和7B 染色体上。其中3A染色体上的QTL与附近分子标记连锁最为紧密，且其加性效应更大，能够解释15.26％的表型变异(刘书含等，2016)

由于小麦基因组复杂，基因定位研究相对滞后，目前已报道的影响小麦穗型的位点较少。

因此本领域亟需开发与小麦穗型相关的新的标记位点。

发明内容

针对本领域存在的上述不足和需求，本发明提供了小麦穗型突变体的突变位点功能性 CAPS标记及其应用。

本发明的技术方案如下：

一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记，其特征在于，为小麦5A染色体第650129722碱基处的G突变为A。本发明最大的创新在于发现了该SNP标记，同时建立了该SNP标记与小麦穗型性状的关联性。

G突变为A的突变型穗型为斯卑尔托穗型；野生型穗型为长方穗型。

一种可鉴别小麦穗型的CAPS标记，其特征在于，包括所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记。

小麦5A染色体650129719-650129723碱基处G突变为A的突变位点序列为CTGAG；

小麦5A染色体650129719-650129723碱基处野生型位点序列为CTGGG。

所述的一种可鉴别小麦穗型的CAPS标记的特异性引物的上下游序列分别如SEQID NO.1和SEQ ID NO.2所示。

一种可鉴别小麦穗型的试剂盒，其特征在于，包括所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP 标记，或，所述的可鉴别小麦穗型的CAPS标记。

所述的一种可鉴别小麦穗型的试剂盒包括可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物；

优选地，所述可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物的上下游序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。

优选地，所述的一种可鉴别小麦穗型的试剂盒还包括：PCR反应试剂、内切酶、电泳试剂；

优选地，所述PCR反应试剂包括：PCR缓冲液、dNTP、Taq酶、双蒸水；

优选地，所述内切酶为DdeI内切酶；

优选地，所述电泳试剂为琼脂糖、EB、电泳缓冲液。

一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，采用所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记，或，所述的可鉴别小麦穗型的CAPS标记对待测小麦材料进行检测。

所述的一种鉴别小麦穗型的方法包括：采用可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物对待测小麦材料的DNA进行PCR扩增；

优选地，所述可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物的上下游序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

优选地，所述方法还包括：对PCR扩增产物进行酶切再电泳；或，对PCR扩增产物进行测序；

优选地，所述酶切指用DdeI内切酶进行酶切；

优选地，电泳结果显示约200bp条带的小麦的基因型为突变型，穗型为突变型穗型；

电泳结果显示约400bp条带的小麦的基因型为野生型，穗型为野生型穗型；

电泳结果显示约200bp和约400bp的小麦的基因型为杂合型，穗型为突变型穗型；

在具体的实施例中，所述约200bp条带实际包含2段序列：分别如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示；

在具体的实施例中，所述约400bp条带如SEQ ID NO.5所示；

优选地，所述突变型穗型为斯卑尔托穗型；

优选地，所述PCR反应体系包括：0.5μL/μL 2×High-Fidelity Master Mix，正反向引物各 10mM，待测小麦材料的DNA4ng/μL，其余为双蒸水；

优选地，所述PCR反应条件为：98℃预变性2min；以98℃变性10s，60℃退火10s， 72℃延伸10s为1个循环，共30个循环；72℃再延伸1min；

优选地，所述酶切反应体系包括：PCR扩增产物0.87μL/μL，NEB DdeI内切酶0.03μL/μL， CutSmart Buffer 0.1μL/μL；

优选地，所述酶切反应条件为：室温酶切过夜；

优选地，所述电泳条件为：电压120-150V下，w/v1.5％的琼脂糖凝胶电泳15-18min；

优选地，所述待测小麦材料的DNA可提取自小麦的根、茎、叶、花、穗、籽粒。

一种小麦分子辅助育种方法，其特征在于，采用所述的方法在小麦生长周期的任意阶段筛选出野生型穗型或突变型穗型的小麦用于小麦育种。

本与穗型性状连锁的功能性CAPS标记引物对，包括Sp-CAPS-2for和Sp-CAPS-2re；其中，Sp-CAPS-2for由序列表中序列1所示的引物1或其衍生物组成；Sp-CAPS-2re由序列表中序列2所示的引物2或其衍生物组成。

突变体中经Sp-CAPS-2for和Sp-CAPS-2re引物扩增的产物，经DdeI酶酶切可切开成条带较小的片段；野生型的则不能切开。

Sp-CAPS-2for和Sp-CAPS-2re在突变体中的扩增产物经DdeI酶酶切可切开成条带较小的片段，野生型的则不能切开。

所述的CAPS标记引物在以下方面的应用：鉴定或辅助鉴定小麦穗型；制备鉴定或辅助鉴定小麦穗型产品；检测或筛选或选育不同穗型小麦；制备检测或筛选或选育不同穗型小麦产品；鉴定或辅助鉴定小麦穗型基因型。

本发明提供了鉴定该穗型位点的功能性CAPS标记引物对，包括Sp-CAPS-2for和Sp-CAPS-2re；其中，Sp-CAPS-2for由序列表中序列1所示的引物1或其衍生物组成； Sp-CAPS-2re由序列表中序列2所示的引物2或其衍生物组成。

本发明提供的CAPS标记在突变体中经Sp-CAPS-2for和Sp-CAPS-2re引物扩增的产物，经DdeI酶酶切可切开成条带较小的片段；野生型的则不能切开。

本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦穗型的方法，包括如下步骤：用所述引物对待测小麦进行PCR反应，然后用DdeI酶酶切，斯卑尔托穗型的可切开成条带较小的片段，方穗型的则不能切开。利用本发明所述的CAPS标记、野生型和突变体材料，可通过分子标记辅助选择实现对小麦穗型的改良。穗型对产量相关性状具有重要作用，开发和鉴定与穗型性状紧密连锁的分子标记，并验证其有效性，具有重要的应用前景。本发明中开发的标记和相关方法可应用于小麦穗型性状的分子改良。

附图说明

图1.je0275与野生型表型。A、整株表型；B、穗型。

图2.je0275与野生型表型统计。A、穗长；B、有效小穗数；C、小穗密度；D、千粒重；E、籽粒饱满程度。

图3.本发明实验例利用Sp-CAPS-2标记分型情况。A、PCR结果；B、酶切结果。

图4.本发明实验例利用Sp-CAPS-2标记群体部分分型结果。A：野生型基因型，B：je0275 基因型，H：杂合型，-1：缺失；带型缺失可能的原因是DNA质量问题，酶切后条带弱，从电泳照片上无法显示。

具体实施方式

生物材料来源

小麦野生型：京411，已经通过品种审定的小麦品种(购自北京市种子公司)。

小麦穗型突变体je0275：由京411经EMS诱变的穗型变异突变体，申请人承诺自本发明申请日起20年内向公众发放用于验证本发明的效果。公众也可通过下述方法获得小麦穗型突变体je0275：诱变方法如下：将野生型干种子在水中浸泡10小时，随后用1.0％EMS处理4 小时，黑暗条件下50rpm轻微震荡，处理后的种子在流水下冲洗4小时，再种植到地里。连续种植6代后，筛选出稳定的穗型变异突变体je0275。

“京411”和“je0275”的杂交F1代群体的单株：为“京411”和“je0275”的杂交F1 代群体的植株，申请人承诺自本发明申请日起20年内向公众发放该F1代群体植株的种子用于验证本发明的效果。公众也可通过下述方式获得：以“京411”为母本，以“je0275”为父本进行杂交，母本植株上所结的籽粒即为F1代的种子，种下即可得到F1代植株。

第1组实施例、本发明的SNP标记

本组实施例提供一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记。本组所有的实施例都具备如下共同特征：所述与小麦穗型性状连锁的SNP标记为小麦5A染色体第650129722碱基处的G突变为A。

本领域技术人员可根据本发明披露的SNP标记的突变碱基、突变位点及其所在基因组位置的前后关联序列设计引物、获得可用引物、利用获得的可用引物进行PCR扩增、对PCR 扩增产物进行电泳检测或测序，并结合本发明关于该SNP标记与小麦穗型性状连锁的记载，最终根据电泳检测结果或测序结果获知具体的小麦穗型以达到鉴别小麦穗型的目的。

任何基于本发明披露的SNP标记的突变碱基、突变位点及其所在基因组位置的前后关联序列设计引物、获得可用引物、利用获得的可用引物进行PCR扩增、对PCR扩增产物进行电泳检测或测序，并根据电泳检测结果或测序结果鉴别小麦穗型的行为均落入本发明的保护范围。

在具体的实施例中，G突变为A的突变型穗型为斯卑尔托穗型；野生型穗型为长方穗型。

第2组实施例、本发明的CAPS标记

本组实施例提供一种可鉴别小麦穗型的CAPS标记，其特征在于，包括第1组实施例任一项所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记。

在一些实施例中，小麦5A染色体650129719-650129723碱基处G突变为A的突变位点序列为CTGAG；

小麦5A染色体650129719-650129723碱基处野生型位点序列为CTGGG。

在优选的实施例中，所述的一种可鉴别小麦穗型的CAPS标记的特异性引物的上下游序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。

本领域技术人员可根据本发明披露的CAPS标记的突变碱基、突变位点及其所在基因组位置的前后关联序列设计引物并获得可用引物。理论上一段足够长的目标序列上可设计出无数对引物，任何基于本发明的CAPS标记的突变碱基、突变位点及其所在基因组位置的前后关联序列设计引物、获得可用引物、利用获得的可用引物进行PCR扩增、对PCR扩增产物进行电泳检测或测序，并根据电泳检测结果或测序结果鉴别小麦穗型的行为均落入本发明的保护范围。

第3组实施例、本发明的试剂盒

本组实施例提供一种可鉴别小麦穗型的试剂盒。本组实施例的共同特征在于，所述试剂盒包括第1组实施例任一项所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记，或，第2组实施例任一项所述的可鉴别小麦穗型的CAPS标记。

在具体的实施例中，所述的一种可鉴别小麦穗型的试剂盒包括可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物；

优选地，所述可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物的上下游序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。

优选地，所述的一种可鉴别小麦穗型的试剂盒还包括：PCR反应试剂、内切酶、电泳试剂；

优选地，所述PCR反应试剂包括：PCR缓冲液、dNTP、Taq酶、双蒸水；

优选地，所述内切酶为DdeI内切酶；

优选地，所述电泳试剂为琼脂糖、EB、电泳缓冲液。

第4组实施例、本发明的鉴别小麦穗型的方法

本组实施例提供一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，采用第1组实施例任一项所述的一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记，或，第2组实施例任一项所述的可鉴别小麦穗型的 CAPS标记对待测小麦材料进行检测。

在具体的实施例中，所述的一种鉴别小麦穗型的方法包括：采用可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物对待测小麦材料的DNA进行PCR扩增；

优选地，所述可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物的上下游序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

优选地，所述方法还包括：对PCR扩增产物进行酶切再电泳；或，对PCR扩增产物进行测序；

优选地，所述酶切指用DdeI内切酶进行酶切；

优选地，电泳结果显示约200bp的小麦的基因型为突变型，穗型为突变型穗型；

电泳结果显示约400bp的小麦的基因型为野生型，穗型为野生型穗型；

电泳结果显示约200bp和约400bp的小麦的基因型为杂合型，穗型为突变型穗型；

优选地，所述突变型穗型为斯卑尔托穗型；

优选地，所述PCR反应体系包括：0.5μL/μL 2×High-Fidelity Master Mix，正反向引物各 10mM，待测小麦材料的DNA4ng/μL，其余为双蒸水；

优选地，所述PCR反应条件为：98℃预变性2min；以98℃变性10s，60℃退火10s， 72℃延伸10s为1个循环，共30个循环；72℃再延伸1min；

优选地，所述酶切反应体系包括：PCR扩增产物0.87μL/μL，NEB DdeI内切酶0.03μL/μL， CutSmart Buffer 0.1μL/μL；

优选地，所述酶切反应条件为：室温酶切过夜；

优选地，所述电泳条件为：电压120-150V下，w/v1.5％的琼脂糖凝胶电泳15-20min；

优选地，所述待测小麦材料的DNA可提取自小麦的根、茎、叶、花、穗、籽粒。

第5组实施例、本发明的小麦分子辅助育种方法

本组实施例提供一种小麦分子辅助育种方法，其特征在于，采用第4组实施例任一所述的方法在小麦生长周期的任意阶段筛选出野生型穗型或突变型穗型的小麦用于小麦育种。

实验例1、野生型和突变体je0275表型比较

1.实验材料与方法

将野生型京411与突变体je0275种植于中国农业科学院作物科学研究所中圃场试验田，每行种植20株，行长2米，于6月小麦成熟时鉴定植株的穗型。2018-2020年连续种植3年鉴定材料表型，突变体je0275与野生型相比穗型差异明显，突变体表现为细长矛状的斯卑尔托穗型，而野生型表现为长方穗型，可用肉眼进行鉴定(图1)。

2.实验结果

表型鉴定结果表明，野生型京411为长方穗型，穗长为9.40cm，小穗数为18.90个，小穗密度为2.02个/cm；突变体je0275为斯卑尔托穗型，穗长为11.67cm，小穗数为16.60个，小穗密度为1.42个/cm。与野生型相比，je0275的穗子变尖，穗长显著增加而小穗数及小穗密度则显著降低。在籽粒性状方面，je0275的千粒重及籽粒饱满程度与野生型无显著差异(图 2)。

实验例3、斯卑尔托穗型突变位点功能性标记开发

1、实验材料与方法

经过比对后发现，突变后位点序列“CTGAG”可被内切酶DdeI切割，而野生型序列“CTGGG”则无法被该内切酶切割，因此可将该片段PCR扩增后，进行酶切来区分其基因型。通过设计基因组特异性引物PCR扩增含突变位点的一个小片段，随后利用DdeI内切酶切割该片段，进行琼脂糖电泳来区分基因型。

按照以上方法，开发了基因组特异性标记Sp-CAPS-2，其引物名称及序列如下：Sp-CAP S-2for：5’-ACCAAGTAGTGCGCCGGATACAT-3’，Sp-CAPS-2re：5’-TAGTGTCAAGTTCATGAGCAGTC-3’。该CAPS标记PCR产物大小为372bp，突变体PCR产物经DdeI酶切后产生180bp及192bp的两个片段，由于两个片段大小相似，在1.5％的琼脂糖凝胶中表现为一条约200bp的条带(图3)。

上述Sp-CAPS-2标记使用I52×High-Fidelity Master Mix进行PCR反应，反应体系为： 2×High-Fidelity Master Mix 25μL，正反向引物各2μL(10mM),基因组DNA 200ng，超纯水补足50μL。PCR反应程序为：98℃预变性2min；98℃变性10s，60℃退火10s，7 2℃延伸10s，共30个循环；72℃再延伸1min。酶切反应体系为：PCR产物8.7μL，NEB DdeI内切酶0.3μL，CutSmart Buffer 1μL，过夜酶切。

2、实验结果

按照以上条件PCR及酶切，酶切后使用1.5％的琼脂糖凝胶电泳，野生型表现出约400 bp的一条带，突变体表现出约200bp的一条带，杂合型则表现出400bp+200bp的两条带，能够清楚的进行基因型分析，可用于后续群体的分型(图4)。

实验例4、分离群体表型验证开发的CAPS标记

1、实验材料与方法

2016年将je0275与野生型进行杂交，收获杂交种，2016秋播时将杂交种播种，2017年收获F₁代的种子，2017年秋播时将F₁代种子播种，每行种植20株，行长2米，2018年得到 F₂分离群体。2018年3月对该群体取叶片，后续提取其基因组DNA，并利用Sp-CAPS-2标记鉴定单株基因型，结合6月份成熟时单株的穗型来验证该CAPS标记的准确性。

2、实验结果

该分离群体Sp-CAPS-2标记分型结果如下：野生型基因型共54个“京411”单株，突变体共51个“je0275”单株，杂合型共136个“京411”和“je0275”的杂交F1代群体的单株。其中野生型的54个单株穗型均表现为野生型穗型，突变体及杂合型的187个单株均表现为突变体穗型(斯卑尔托穗型)，标记分型结果与表型完全对应，能够验证Sp-CAPS-2标记的准确性可达100％，表明该标记能够有效的对野生型及je0275进行基因型鉴定。

SEQUENCE LISTING

<110> 中国农业科学院作物科学研究所

<120> 一种与小麦穗型性状连锁的SNP标记、可鉴别小麦穗型的CAPS标记、试剂盒

和方法

<130> P210079/ZWK

<160> 5

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 可鉴别小麦（Triticum aestivum L.）穗型的CAPS标记引物Sp-CAPS-2for

<400> 1

accaagtagt gcgccggata cat 23

<210> 2

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 可鉴别小麦（Triticum aestivum L.）穗型的CAPS标记引物Sp-CAPS-2re

<400> 2

tagtgtcaag ttcatgagca gtc 23

<210> 3

<211> 197

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 小麦（Triticum aestivum L.）突变型穗型的特征条带1

<400> 3

accaagtagt gcgccggata catatgtatc ggtggtttgt ccgatggttg atatctggtg 60

ggtggtggtg gtgttttttg ccagatgagg aactggacca aggaggagtt cgtgcacatc 120

ctccgccgcc agagcacggg gttcgccagg gggagctcca agtaccgcgg cgtcacgctc 180

cacaagtgcg gccgctg 197

<210> 4

<211> 174

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 小麦（Triticum aestivum L.）突变型穗型的特征条带2

<400> 4

gaggcaagga tgggccagct gctcggcaag aagtaagcag gcacacacac agctcacgca 60

ctaaaattaa ttcacttcgc ccacattatc atagtagtag tttcttttat caaatgccat 120

tgacaagatt cagttgaaat gaaatttcac agactgctca tgaacttgac acta 174

<210> 5

<211> 372

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 小麦（Triticum aestivum L.）野生型穗型的特征条带

<400> 5

accaagtagt gcgccggata catatgtatc ggtggtttgt ccgatggttg atatctggtg 60

ggtggtggtg gtgttttttg ccagatgagg aactggacca aggaggagtt cgtgcacatc 120

ctccgccgcc agagcacggg gttcgccagg gggagctcca agtaccgcgg cgtcacgctc 180

cacaagtgcg gccgctggga ggcaaggatg ggccagctgc tcggcaagaa gtaagcaggc 240

acacacacag ctcacgcact aaaattaatt cacttcgccc acattatcat agtagtagtt 300

tcttttatca aatgccattg acaagattca gttgaaatga aatttcacag actgctcatg 360

aacttgacac ta 372

Claims (16)

1.一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，采用与小麦穗型性状连锁的SNP标记，或涉及该SNP位点的CAPS标记对待测小麦材料进行检测，所述SNP位点为小麦5A染色体第650129722碱基处的G突变为A；所述CAPS标记为：小麦5A染色体650129719-650129723碱基处G突变为A的突变位点序列为CTGAG，小麦5A染色体650129719-650129723碱基处野生型位点序列为CTGGG。

2.根据权利要求1所述的鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，包括：采用可扩增所述可鉴别小麦穗型的CAPS标记的引物对待测小麦材料的DNA进行PCR扩增。

3.权利要求2所述的一种鉴别小麦穗型的方法，所述引物对序列如SEQ ID NO.1-2所示。

4.根据权利要求2或3所述的鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述方法还包括：对PCR扩增产物进行酶切再电泳；或，对PCR扩增产物进行测序。

5.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述酶切指用DdeI内切酶进行酶切。

6.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，电泳结果显示200bp条带的小麦的基因型为突变型，穗型为突变型穗型；

电泳结果显示400bp条带的小麦的基因型为野生型，穗型为野生型穗型；

电泳结果显示200bp和400bp的小麦的基因型为杂合型，穗型为突变型穗型。

7.根据权利要求6所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述200bp条带包含分别如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的两条特征序列。

8.根据权利要求6所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述400bp条带的特征序列如SEQ ID NO.5所示。

9.根据权利要求6所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述突变型穗型为斯卑尔托穗型。

10.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述PCR反应体系包括：0.5μL/μL 2×High-Fidelity Master Mix，正反向引物各10mM，待测小麦材料的DNA4ng/μL，其余为双蒸水。

11.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述PCR反应条件为：98℃预变性2min；以98℃变性10s，60℃退火10s，72℃延伸10s为1个循环，共30个循环；72℃再延伸1min。

12.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述酶切反应体系包括：PCR扩增产物0.87μL/μL，NEB DdeI内切酶0.03μL/μL，CutSmart Buffer 0.1μL/μL。

13.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述酶切反应条件为：室温酶切过夜。

14.根据权利要求4所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述电泳条件为：电压120-150V下，w/v1.5％的琼脂糖凝胶电泳15-18min。

15.根据权利要求2所述的一种鉴别小麦穗型的方法，其特征在于，所述待测小麦材料的DNA可提取自小麦的根、茎、叶、花、穗、籽粒。

16.一种小麦分子辅助育种方法，其特征在于，采用权利要求1-15任一所述的方法在小麦生长周期的任意阶段筛选出野生型穗型或突变型穗型的小麦用于小麦育种。

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