JPH11253167A - 半矮性遺伝子の近傍に位置するマイクロサテライトマーカーおよびこれを用いた半矮性遺伝子の検定方法 - Google Patents
半矮性遺伝子の近傍に位置するマイクロサテライトマーカーおよびこれを用いた半矮性遺伝子の検定方法Info
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- JPH11253167A JPH11253167A JP10063201A JP6320198A JPH11253167A JP H11253167 A JPH11253167 A JP H11253167A JP 10063201 A JP10063201 A JP 10063201A JP 6320198 A JP6320198 A JP 6320198A JP H11253167 A JPH11253167 A JP H11253167A
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 イネの半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の近傍０．
５センチモルガン以内に位置するマイクロサテライトマ
ーカー、該マーカーを増幅するためのプライマーを提供
し、該マーカーを用いた半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有
無を簡便かつ安定的に判別する方法、該マーカーを用い
たイネ品種の識別方法を提供する。 【解決手段】 ｓｄ−１と０．３ｃＭの距離に位置する
マイクロサテライトマーカーを特定し、このマイクロサ
テライトマーカーをＰＣＲで特異的に増幅させ、増幅Ｄ
ＮＡ断片の長さの違いを検出することによって、ｓｄ−
１の有無を判別する。 【効果】 ＤＮＡレベルで安定かつ簡便にｓｄ−１の有
無を判別することが可能となる。また、米の純度管理が
できる。
５センチモルガン以内に位置するマイクロサテライトマ
ーカー、該マーカーを増幅するためのプライマーを提供
し、該マーカーを用いた半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有
無を簡便かつ安定的に判別する方法、該マーカーを用い
たイネ品種の識別方法を提供する。 【解決手段】 ｓｄ−１と０．３ｃＭの距離に位置する
マイクロサテライトマーカーを特定し、このマイクロサ
テライトマーカーをＰＣＲで特異的に増幅させ、増幅Ｄ
ＮＡ断片の長さの違いを検出することによって、ｓｄ−
１の有無を判別する。 【効果】 ＤＮＡレベルで安定かつ簡便にｓｄ−１の有
無を判別することが可能となる。また、米の純度管理が
できる。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、イネのマイクロサ
テライトマーカー、マイクロサテライトマーカーのプラ
イマー、該マイクロサテライトマーカーのプライマーを
用いて半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を判別する方法
及び該マイクロサテライトマーカーのプライマーを用い
てイネの品種を判別する方法に関する。本発明はマイク
ロサテライトマーカーを用いるイネの品種育成・育成さ
れたイネの種子生産におけるイネおよび種子純度の管
理、さらに流通するコメの純度の管理に利用される。
テライトマーカー、マイクロサテライトマーカーのプラ
イマー、該マイクロサテライトマーカーのプライマーを
用いて半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を判別する方法
及び該マイクロサテライトマーカーのプライマーを用い
てイネの品種を判別する方法に関する。本発明はマイク
ロサテライトマーカーを用いるイネの品種育成・育成さ
れたイネの種子生産におけるイネおよび種子純度の管
理、さらに流通するコメの純度の管理に利用される。
【０００２】
【従来の技術】イネの重要な農業形質の一つに草丈が挙
げられる。イネの草丈は１０ｃｍ程度から２ｍ程度のも
のまで、また、特殊な条件では５ｍを越えるものまで非
常に大きな変異を示す。草丈は収量と密接に関連してお
り、適度な草丈を持つ品種を育成することで単位面積当
たりの収量を大きく向上させることが出来る。すなわ
ち、耐倒伏性が向上し、より肥料の多い条件で安定した
栽培が可能となり、さらに、草型の改善により物質生産
能力が向上することによって多収が達成される。この様
に草丈が適度にコントロールされた品種を半矮性品種と
呼び、この様な品種は適度に草丈を短くする半矮性遺伝
子を有している。台湾の在来品種である低脚烏尖を用い
た品種改良によってミラクルライスと呼ばれるＩＲ８が
育成され、その後、これを母本とした数多くの半矮性の
多収品種が育成されてきた。低脚烏尖の持つ半矮性遺伝
子は劣性のｓｄ−１として同定され、第１染色体に座乗
することが明らかとなった。半矮性品種の育成過程でｓ
ｄ−１の有無を明らかにする必要があるが、ｓｄ−１は
劣性遺伝子であるため、交配後代の遺伝子型をホモに
し、草丈を解析しなければｓｄ−１の有無を同定するこ
とが出来なかった。また、草丈は量的形質と呼ばれ、複
数の遺伝子の相互作用で決定される。この様に草丈に関
与する遺伝子が多数存在するため、交配後代ではこれら
の遺伝子が複雑に分離を起こし、様々な草丈のものが出
現する。従って、単純な草丈の分析ではｓｄ−１の有無
を特定することは困難であった。
げられる。イネの草丈は１０ｃｍ程度から２ｍ程度のも
のまで、また、特殊な条件では５ｍを越えるものまで非
常に大きな変異を示す。草丈は収量と密接に関連してお
り、適度な草丈を持つ品種を育成することで単位面積当
たりの収量を大きく向上させることが出来る。すなわ
ち、耐倒伏性が向上し、より肥料の多い条件で安定した
栽培が可能となり、さらに、草型の改善により物質生産
能力が向上することによって多収が達成される。この様
に草丈が適度にコントロールされた品種を半矮性品種と
呼び、この様な品種は適度に草丈を短くする半矮性遺伝
子を有している。台湾の在来品種である低脚烏尖を用い
た品種改良によってミラクルライスと呼ばれるＩＲ８が
育成され、その後、これを母本とした数多くの半矮性の
多収品種が育成されてきた。低脚烏尖の持つ半矮性遺伝
子は劣性のｓｄ−１として同定され、第１染色体に座乗
することが明らかとなった。半矮性品種の育成過程でｓ
ｄ−１の有無を明らかにする必要があるが、ｓｄ−１は
劣性遺伝子であるため、交配後代の遺伝子型をホモに
し、草丈を解析しなければｓｄ−１の有無を同定するこ
とが出来なかった。また、草丈は量的形質と呼ばれ、複
数の遺伝子の相互作用で決定される。この様に草丈に関
与する遺伝子が多数存在するため、交配後代ではこれら
の遺伝子が複雑に分離を起こし、様々な草丈のものが出
現する。従って、単純な草丈の分析ではｓｄ−１の有無
を特定することは困難であった。
【０００３】近年、ＤＮＡ分析に基づき遺伝子の有無を
判別するいわゆるマーカー育種技術が開発されてきた。
この方法では、まず、対象とする遺伝子と近接して染色
体に座乗するＤＮＡを探索する。このＤＮＡは対象とす
る遺伝子に近接していればいるほど効果が高い。育種に
利用するためには、このＤＮＡと対象とする遺伝子との
距離は、５ｃＭ以内でなければ実用的に利用することが
出来ず、１センチモルガン（ｃＭ）以内であることが望
ましい。このＤＮＡを分析することで、対象とする遺伝
子の有無を判別し、育種を効率化させる技術がマーカー
育種技術である。
判別するいわゆるマーカー育種技術が開発されてきた。
この方法では、まず、対象とする遺伝子と近接して染色
体に座乗するＤＮＡを探索する。このＤＮＡは対象とす
る遺伝子に近接していればいるほど効果が高い。育種に
利用するためには、このＤＮＡと対象とする遺伝子との
距離は、５ｃＭ以内でなければ実用的に利用することが
出来ず、１センチモルガン（ｃＭ）以内であることが望
ましい。このＤＮＡを分析することで、対象とする遺伝
子の有無を判別し、育種を効率化させる技術がマーカー
育種技術である。
【０００４】ｓｄ−１と近接するＤＮＡ断片がMaedaら
（（1997） Breeding Science 47, 317-320）によって
見出された。このＤＮＡは１０ｍｅｒのオリゴヌクレオ
チドをプライマーとし、低温でアニールさせることを特
徴とするＲａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙ
ｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）法と呼ばれるＰＣ
Ｒ法を応用した方法によって増幅することが出来、さら
には低脚烏尖由来のｓｄ−１の有無を増幅ＤＮＡ断片の
長さで判別することが出来た。しかしながら、このＲＡ
ＰＤ法では短いオリゴヌクレオチドをプライマーとして
用いるためＰＣＲが不安定であった。このため、不純物
を多く含むＤＮＡを鋳型とした場合に、目的とするＤＮ
Ａが増幅されないことが頻発するという欠点があった。
育種に於いては大量の材料を扱う必要があり、実用的に
利用することは困難であった。また、半矮性遺伝子ｓｄ
−１を有する遺伝資源としては低脚烏尖以外にも数多く
知られているが、これらの品種の持つｓｄ−１を識別で
きるかどうかは全く不明であった。
（（1997） Breeding Science 47, 317-320）によって
見出された。このＤＮＡは１０ｍｅｒのオリゴヌクレオ
チドをプライマーとし、低温でアニールさせることを特
徴とするＲａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙ
ｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）法と呼ばれるＰＣ
Ｒ法を応用した方法によって増幅することが出来、さら
には低脚烏尖由来のｓｄ−１の有無を増幅ＤＮＡ断片の
長さで判別することが出来た。しかしながら、このＲＡ
ＰＤ法では短いオリゴヌクレオチドをプライマーとして
用いるためＰＣＲが不安定であった。このため、不純物
を多く含むＤＮＡを鋳型とした場合に、目的とするＤＮ
Ａが増幅されないことが頻発するという欠点があった。
育種に於いては大量の材料を扱う必要があり、実用的に
利用することは困難であった。また、半矮性遺伝子ｓｄ
−１を有する遺伝資源としては低脚烏尖以外にも数多く
知られているが、これらの品種の持つｓｄ−１を識別で
きるかどうかは全く不明であった。
【０００５】大きな多型性を示すＤＮＡマーカーとして
マイクロサテライトマーカーが知られている。マイクロ
サテライトとは、１〜数塩基のＤＮＡの単純繰り返し配
列を指す。この繰り返し数が、植物品種によって大きく
異なっており、しかも、植物品種に固有である。このこ
とを利用して品種の識別を行う技術に利用されるものが
マイクロサテライトマーカーである。すなわち、マイク
ロサテライトマーカーとはマイクロサテライトと、その
マイクロサテライトの両側に隣接するＤＮＡ配列を指
す。マイクロサテライトそのものは生物のゲノム中に多
数散在するが、その両側に隣接するＤＮＡの配列は各マ
イクロサテライトマーカーに特異的である。従って、個
々のマイクロサテライトマーカーはＰＣＲによって容易
に増幅することが可能で、増幅されたマイクロサテライ
トマーカーの長さの違いによって容易に個体や品種を識
別することができる。これまで、この様に有効なマイク
ロサテライトでｓｄ−１近傍に座乗するものは全く知ら
れていなかった。
マイクロサテライトマーカーが知られている。マイクロ
サテライトとは、１〜数塩基のＤＮＡの単純繰り返し配
列を指す。この繰り返し数が、植物品種によって大きく
異なっており、しかも、植物品種に固有である。このこ
とを利用して品種の識別を行う技術に利用されるものが
マイクロサテライトマーカーである。すなわち、マイク
ロサテライトマーカーとはマイクロサテライトと、その
マイクロサテライトの両側に隣接するＤＮＡ配列を指
す。マイクロサテライトそのものは生物のゲノム中に多
数散在するが、その両側に隣接するＤＮＡの配列は各マ
イクロサテライトマーカーに特異的である。従って、個
々のマイクロサテライトマーカーはＰＣＲによって容易
に増幅することが可能で、増幅されたマイクロサテライ
トマーカーの長さの違いによって容易に個体や品種を識
別することができる。これまで、この様に有効なマイク
ロサテライトでｓｄ−１近傍に座乗するものは全く知ら
れていなかった。
【０００６】
【発明が解決しようとする課題】本発明の課題は、イネ
の半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の近傍０．５センチモルガ
ン以内に位置するマイクロサテライトマーカーとマイク
ロサテライトマーカーを増幅するためのプライマーを提
供し、このマイクロサテライトマーカーを用いた半矮性
遺伝子（ｓｄ−１）の有無を簡便かつ安定的に判別する
方法、さらには、ｓｄ−１近傍に位置するマイクロサテ
ライトマーカーを用いたイネ品種の識別方法を提供する
ことを目的とする。
の半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の近傍０．５センチモルガ
ン以内に位置するマイクロサテライトマーカーとマイク
ロサテライトマーカーを増幅するためのプライマーを提
供し、このマイクロサテライトマーカーを用いた半矮性
遺伝子（ｓｄ−１）の有無を簡便かつ安定的に判別する
方法、さらには、ｓｄ−１近傍に位置するマイクロサテ
ライトマーカーを用いたイネ品種の識別方法を提供する
ことを目的とする。
【０００７】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、 複数の
低脚烏尖由来のｓｄ−１を有する品種と、ｓｄ−１を持
たない品種のＤＮＡを鋳型とし、Maedaら（（1997） Br
eeding Science 47, 317-320）によって開発された方法
を用いて遺伝子解析を行う過程で、各品種のＤＮＡから
増幅されたＤＮＡ断片がマイクロサテライトを含むこと
を見出した。さらに、マイクロサテライトを除く部分の
塩基配列がそれぞれの品種間で極めて類似していること
を見出し、これらのＤＮＡが同一の染色体領域に由来す
る対立遺伝子であることを明らかにした。さらに、本発
明者らは、増幅したＤＮＡ断片のマイクロサテライトの
両側に存在するＤＮＡ配列を利用してプライマーを合成
し、マイクロサテライトを含む領域を安定して増幅させ
ることに成功し、ｓｄ−１近傍に座乗するマイクロサテ
ライトマーカーを開発するに至った。さらに、このマイ
クロサテライトマーカーを用いて増幅されるＤＮＡ断片
の長さを解析することでｓｄ−１の有無を安定して識別
できることを見出した。
低脚烏尖由来のｓｄ−１を有する品種と、ｓｄ−１を持
たない品種のＤＮＡを鋳型とし、Maedaら（（1997） Br
eeding Science 47, 317-320）によって開発された方法
を用いて遺伝子解析を行う過程で、各品種のＤＮＡから
増幅されたＤＮＡ断片がマイクロサテライトを含むこと
を見出した。さらに、マイクロサテライトを除く部分の
塩基配列がそれぞれの品種間で極めて類似していること
を見出し、これらのＤＮＡが同一の染色体領域に由来す
る対立遺伝子であることを明らかにした。さらに、本発
明者らは、増幅したＤＮＡ断片のマイクロサテライトの
両側に存在するＤＮＡ配列を利用してプライマーを合成
し、マイクロサテライトを含む領域を安定して増幅させ
ることに成功し、ｓｄ−１近傍に座乗するマイクロサテ
ライトマーカーを開発するに至った。さらに、このマイ
クロサテライトマーカーを用いて増幅されるＤＮＡ断片
の長さを解析することでｓｄ−１の有無を安定して識別
できることを見出した。
【０００８】すなわち、本発明は、（１）イネの半矮性
遺伝子（ｓｄ−１）の近傍０．５センチモルガン（ｃ
Ｍ）以内に位置し、（ＧＴ／ＣＡ）２塩基の繰り返しか
らなるマイクロサテライトとその両側に隣接する１５塩
基以上の長さを有するＤＮＡを含むマイクロサテライト
マーカー、（２）配列番号１の１から２９５番目の配列
と配列番号１の３３１から５０６番目の配列よりそれぞ
れ任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さを有
する塩基配列を有する１組のマイクロサテライトマーカ
ーのプライマー、（３）配列番号２の１から２９３番目
の配列と配列番号２の３１７から４９２番目の配列より
それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長
さを有する塩基配列を有する１組のマイクロサテライト
マーカーのプライマー、（４）それらマイクロサテライ
トマーカーのプライマーを用い、イネのＤＮＡを鋳型と
してＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違い
を検出して、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し
配列の違いを識別し、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無
を判別する方法、（５）及びそれらマイクロサテライト
マーカーのプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型とし
てＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを
検出し、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列
の違いを識別し、イネの品種を判別する方法、である。
遺伝子（ｓｄ−１）の近傍０．５センチモルガン（ｃ
Ｍ）以内に位置し、（ＧＴ／ＣＡ）２塩基の繰り返しか
らなるマイクロサテライトとその両側に隣接する１５塩
基以上の長さを有するＤＮＡを含むマイクロサテライト
マーカー、（２）配列番号１の１から２９５番目の配列
と配列番号１の３３１から５０６番目の配列よりそれぞ
れ任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さを有
する塩基配列を有する１組のマイクロサテライトマーカ
ーのプライマー、（３）配列番号２の１から２９３番目
の配列と配列番号２の３１７から４９２番目の配列より
それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長
さを有する塩基配列を有する１組のマイクロサテライト
マーカーのプライマー、（４）それらマイクロサテライ
トマーカーのプライマーを用い、イネのＤＮＡを鋳型と
してＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違い
を検出して、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し
配列の違いを識別し、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無
を判別する方法、（５）及びそれらマイクロサテライト
マーカーのプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型とし
てＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを
検出し、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列
の違いを識別し、イネの品種を判別する方法、である。
【０００９】
【発明の実施の形態】本発明で言う、半矮性遺伝子（ｓ
ｄ−１）とはイネの第１染色体に座乗する劣性遺伝子
で、ホモとなることでイネの稈長を短くし草丈を低くす
る特性を持つ。また、本発明のマイクロサテライトマー
カーは、（ＧＴ／ＣＡ）の２塩基の繰り返し配列からな
るマイクロサテライト（配列番号１の番号２９６から３
３０又は配列番号２の番号２９４から３１６）と、それ
らを挟むＤＮＡとからなる。このマイクロサテライトを
挟むＤＮＡとしては、配列番号１の番号１から２９５と
番号３３１から５０６、もしくは配列番号２の１から２
９３と３１７から４９２が挙げられる。これらの配列の
内、少なくともマイクロサテライトに隣接する１５塩基
以上の長さを有するＤＮＡ配列がマイクロサテライトマ
ーカーを特異的に増幅させるために必要である。従っ
て、本発明のマイクロサテライトマーカーとは、マイク
ロサテライトとその両側に隣接する１５塩基以上の長さ
を有するＤＮＡ配列を指す。
ｄ−１）とはイネの第１染色体に座乗する劣性遺伝子
で、ホモとなることでイネの稈長を短くし草丈を低くす
る特性を持つ。また、本発明のマイクロサテライトマー
カーは、（ＧＴ／ＣＡ）の２塩基の繰り返し配列からな
るマイクロサテライト（配列番号１の番号２９６から３
３０又は配列番号２の番号２９４から３１６）と、それ
らを挟むＤＮＡとからなる。このマイクロサテライトを
挟むＤＮＡとしては、配列番号１の番号１から２９５と
番号３３１から５０６、もしくは配列番号２の１から２
９３と３１７から４９２が挙げられる。これらの配列の
内、少なくともマイクロサテライトに隣接する１５塩基
以上の長さを有するＤＮＡ配列がマイクロサテライトマ
ーカーを特異的に増幅させるために必要である。従っ
て、本発明のマイクロサテライトマーカーとは、マイク
ロサテライトとその両側に隣接する１５塩基以上の長さ
を有するＤＮＡ配列を指す。
【００１０】マイクロサテライトマーカーのマイクロサ
テライトを除く領域において、配列番号１の２９４と２
９５に相当する配列が配列番号２では欠失している。こ
の様に、マイクロサテライトを挟むＤＮＡ配列はマイク
ロサテライトマーカーを単離したイネ品種によって塩基
の一部欠失、付加、置換が認められ、９０％以上の相同
性を持つものは実質的に本発明に言うマイクロサテライ
トマーカーに含まれる。
テライトを除く領域において、配列番号１の２９４と２
９５に相当する配列が配列番号２では欠失している。こ
の様に、マイクロサテライトを挟むＤＮＡ配列はマイク
ロサテライトマーカーを単離したイネ品種によって塩基
の一部欠失、付加、置換が認められ、９０％以上の相同
性を持つものは実質的に本発明に言うマイクロサテライ
トマーカーに含まれる。
【００１１】次に、マイクロサテライトマーカーの単離
方法について説明する。本発明のマイクロサテライトマ
ーカーは、イネから抽出したＤＮＡを鋳型としてＲＡＰ
Ｄ法によって増幅できる。ＤＮＡを抽出するための組織
としては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用
できる。すなわち、配列番号３で示される１０ｍｅｒの
短いオリゴヌクレオチドをプライマーとし、アニール温
度を３５℃から４５℃としてＰＣＲを行う。これによっ
て、長さが約３００ｂｐから約２ｋｂｐの範囲にある１
０本程度の複数のＤＮＡ断片が増幅される。この中の約
５００ｂｐのＤＮＡ断片（ＯＰＶ１０５００； Maedaら
（1997）Breeding Science 47, 317-320）にマイクロサ
テライトマーカーが含まれる。例えば、品種"あそみの
り"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配列番号
１に示されるマイクロサテライトマーカーが、また品
種"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には
配列番号２に示されるものが増幅されてくる。
方法について説明する。本発明のマイクロサテライトマ
ーカーは、イネから抽出したＤＮＡを鋳型としてＲＡＰ
Ｄ法によって増幅できる。ＤＮＡを抽出するための組織
としては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用
できる。すなわち、配列番号３で示される１０ｍｅｒの
短いオリゴヌクレオチドをプライマーとし、アニール温
度を３５℃から４５℃としてＰＣＲを行う。これによっ
て、長さが約３００ｂｐから約２ｋｂｐの範囲にある１
０本程度の複数のＤＮＡ断片が増幅される。この中の約
５００ｂｐのＤＮＡ断片（ＯＰＶ１０５００； Maedaら
（1997）Breeding Science 47, 317-320）にマイクロサ
テライトマーカーが含まれる。例えば、品種"あそみの
り"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配列番号
１に示されるマイクロサテライトマーカーが、また品
種"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には
配列番号２に示されるものが増幅されてくる。
【００１２】本発明でマイクロサテライトマーカーを含
むことが明らかとなったＯＰＶ１０５００は、ｓｄ−１
から０．３ｃＭの位置に座乗することが遺伝分析によっ
て明らかにされている（Maedaら（1997）Breeding Scie
nce 47, 317-320）。従って、本発明のマイクロサテラ
イトマーカーもＯＰＶ１０５００と同じ位置に座乗する
ことになる。遺伝子分析による位置関係は分析に用いる
個体の集団の種類や個体数によって変動することが知ら
れている。従って、上記の０．３ｃＭの値には誤差が含
まれるが、０．５ｃＭを越えることは無く、育種上は極
めて有効な距離に位置する。
むことが明らかとなったＯＰＶ１０５００は、ｓｄ−１
から０．３ｃＭの位置に座乗することが遺伝分析によっ
て明らかにされている（Maedaら（1997）Breeding Scie
nce 47, 317-320）。従って、本発明のマイクロサテラ
イトマーカーもＯＰＶ１０５００と同じ位置に座乗する
ことになる。遺伝子分析による位置関係は分析に用いる
個体の集団の種類や個体数によって変動することが知ら
れている。従って、上記の０．３ｃＭの値には誤差が含
まれるが、０．５ｃＭを越えることは無く、育種上は極
めて有効な距離に位置する。
【００１３】マイクロサテライトマーカーを増幅するた
めのプライマーとして、マイクロサテライトマーカーに
含まれるマイクロサテライトを挟み、かつ、互いに向か
い合う２個のプライマーが必要である。プライマーの長
さとしては１５から４０ｍｅｒ程度の長さのものを用い
ることで、安定してＰＣＲによる増幅が行える。プライ
マーの配列は、例えば、配列番号１の１から２９５番
目、配列番号１の３３１から５０６番目、配列番号２番
の１から２９３番目および配列番号２の３１７から４９
２番目より任意に選ばれる連続する塩基配列によって決
定される。例えば、マイクロサテライトマーカーを増幅
させるためのプライマーとして、配列番号４と配列番号
５で示されるオリゴヌクレオチドを用い、イネ品種"あ
そみのり"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配
列番号１が、イネ品種"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを
鋳型とした場合には配列番号２で示されるマイクロサテ
ライトマーカーがＰＣＲによって増幅される。また、配
列番号６と配列番号７で示されるプライマーとして用い
た場合には、例えば、"あそみのり"からは配列番号１の
番号２４０から４２８が、また、"ＩＲ２４"からは配列
番号２の２４１から４１４番目の配列が増幅される。
めのプライマーとして、マイクロサテライトマーカーに
含まれるマイクロサテライトを挟み、かつ、互いに向か
い合う２個のプライマーが必要である。プライマーの長
さとしては１５から４０ｍｅｒ程度の長さのものを用い
ることで、安定してＰＣＲによる増幅が行える。プライ
マーの配列は、例えば、配列番号１の１から２９５番
目、配列番号１の３３１から５０６番目、配列番号２番
の１から２９３番目および配列番号２の３１７から４９
２番目より任意に選ばれる連続する塩基配列によって決
定される。例えば、マイクロサテライトマーカーを増幅
させるためのプライマーとして、配列番号４と配列番号
５で示されるオリゴヌクレオチドを用い、イネ品種"あ
そみのり"から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配
列番号１が、イネ品種"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを
鋳型とした場合には配列番号２で示されるマイクロサテ
ライトマーカーがＰＣＲによって増幅される。また、配
列番号６と配列番号７で示されるプライマーとして用い
た場合には、例えば、"あそみのり"からは配列番号１の
番号２４０から４２８が、また、"ＩＲ２４"からは配列
番号２の２４１から４１４番目の配列が増幅される。
【００１４】次に、マイクロサテライトマーカーを用い
たｓｄ−１の有無を判別する方法について説明する。ま
ず、イネからＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織
としては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用
でき、また精米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方
法としてはどの様な方法も用いることができ、粗精製の
ＤＮＡを用いることもできる。次に、抽出されたＤＮＡ
を鋳型としてマイクロサテライトマーカーをＰＣＲ法に
よって増幅する。さらに、増幅されたマイクロサテライ
トマーカーの分子サイズを電気泳動等によって測定し、
その分子サイズによって低脚烏尖由来のｓｄ−１の有無
を判定する。例えば、配列番号６と配列番号７で示され
るオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた場合、
１８９ｂｐのＤＮＡ断片が増幅された個体はｓｄ−１を
含まず、１７４ｂｐのＤＮＡ断片が増幅された個体はｓ
ｄ−１を含むと判定する。また、１８９ｂｐと１７４ｂ
ｐのＤＮＡ断片の両方が増幅された個体はｓｄ−１をヘ
テロに持つと判定する。この様に、２つの対立する遺伝
子座を同時に検出することが出来るマーカーを共優性の
マーカーと言う。このとき、分子サイズを測定する電気
泳動方法として、アガロースゲル、変性および非変性の
アクリルアミドゲルを用いる方法が行える。また、蛍光
色素を利用する方法も用いることができる。
たｓｄ−１の有無を判別する方法について説明する。ま
ず、イネからＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織
としては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用
でき、また精米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方
法としてはどの様な方法も用いることができ、粗精製の
ＤＮＡを用いることもできる。次に、抽出されたＤＮＡ
を鋳型としてマイクロサテライトマーカーをＰＣＲ法に
よって増幅する。さらに、増幅されたマイクロサテライ
トマーカーの分子サイズを電気泳動等によって測定し、
その分子サイズによって低脚烏尖由来のｓｄ−１の有無
を判定する。例えば、配列番号６と配列番号７で示され
るオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた場合、
１８９ｂｐのＤＮＡ断片が増幅された個体はｓｄ−１を
含まず、１７４ｂｐのＤＮＡ断片が増幅された個体はｓ
ｄ−１を含むと判定する。また、１８９ｂｐと１７４ｂ
ｐのＤＮＡ断片の両方が増幅された個体はｓｄ−１をヘ
テロに持つと判定する。この様に、２つの対立する遺伝
子座を同時に検出することが出来るマーカーを共優性の
マーカーと言う。このとき、分子サイズを測定する電気
泳動方法として、アガロースゲル、変性および非変性の
アクリルアミドゲルを用いる方法が行える。また、蛍光
色素を利用する方法も用いることができる。
【００１５】さらに、本発明のマイクロサテライトマー
カーを用いたｓｄ−１の判別方法の特徴として、次のこ
とが挙げられる。マイクロサテライトの繰り返し数は品
種によって固有であるので、ＰＣＲによって増幅された
マイクロサテライトマーカーの長さの違いを検出し、こ
の長さの違いによってイネの品種の違いを識別し、品種
を特定することが出来る。さらに、マイクロサテライト
マーカーは共優性のマーカーであるので、２種類のイネ
が掛け合わされたヘテロな遺伝子構成のイネ（例えば、
ハイブリッドライス）も用いられた親品種と共に、特定
することができる。
カーを用いたｓｄ−１の判別方法の特徴として、次のこ
とが挙げられる。マイクロサテライトの繰り返し数は品
種によって固有であるので、ＰＣＲによって増幅された
マイクロサテライトマーカーの長さの違いを検出し、こ
の長さの違いによってイネの品種の違いを識別し、品種
を特定することが出来る。さらに、マイクロサテライト
マーカーは共優性のマーカーであるので、２種類のイネ
が掛け合わされたヘテロな遺伝子構成のイネ（例えば、
ハイブリッドライス）も用いられた親品種と共に、特定
することができる。
【００１６】
【実施例】以下に本発明を実施例に基づき詳細に説明す
る。 ［実施例１］イネ品種"ＩＲ２４"および"あそみのり"の
成葉から、 Lichtenstein & Draper（（1985） DNA clo
ning vol.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Pr
ess, Oxford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮ
Ａを抽出した。配列番号３に記載の配列を持つ１０ｍｅ
ｒのプライマーを用い、上記ＤＮＡを鋳型としてＲＡＰ
Ｄ法によってＤＮＡ断片を増幅させた。ＰＣＲはＧｅｎ
ｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使用して行った。
反応液１５μｌ中には１５ｎｇ ＤＮＡ，０．３ｕｎｉ
ｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｔａｑ(TAKARA社)，１．５ｎｍｏ
ｌｅ ｄＮＴＰ，３ｐｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ，１０ｍ
Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣ
ｌ，２ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９
５℃で１０秒間のディネーチャー、４０℃で３０秒間の
アニール、７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルと
し、４５サイクル反応させた。反応液を１％Ａｇａｒｏ
ｓｅ電気永動で分画し、分画された複数のＤＮＡ断片の
中から分子量が約５００ｂｐのＤＮＡ断片をゲルから回
収した。回収したＤＮＡ断片をＴＡクローニングキット
（In Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩに
サブクローニングし、得られたクローンの塩基配列を３
７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ABI社）を用いて決定
した。"あそみのり"由来のＤＮＡ断片は配列番号１に示
すように５０６ｂｐからなり、マイクロサテライト（配
列番号１の２９６から３３０番目）を含んでいた。同様
に、"ＩＲ２４"由来のＤＮＡ断片は配列番号２に示すよ
うに４９２ｂｐから成り、配列番号の２９４から３１６
番目で示されるマイクロサテライトを含んでいた。
る。 ［実施例１］イネ品種"ＩＲ２４"および"あそみのり"の
成葉から、 Lichtenstein & Draper（（1985） DNA clo
ning vol.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Pr
ess, Oxford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮ
Ａを抽出した。配列番号３に記載の配列を持つ１０ｍｅ
ｒのプライマーを用い、上記ＤＮＡを鋳型としてＲＡＰ
Ｄ法によってＤＮＡ断片を増幅させた。ＰＣＲはＧｅｎ
ｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使用して行った。
反応液１５μｌ中には１５ｎｇ ＤＮＡ，０．３ｕｎｉ
ｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｔａｑ(TAKARA社)，１．５ｎｍｏ
ｌｅ ｄＮＴＰ，３ｐｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ，１０ｍ
Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣ
ｌ，２ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９
５℃で１０秒間のディネーチャー、４０℃で３０秒間の
アニール、７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルと
し、４５サイクル反応させた。反応液を１％Ａｇａｒｏ
ｓｅ電気永動で分画し、分画された複数のＤＮＡ断片の
中から分子量が約５００ｂｐのＤＮＡ断片をゲルから回
収した。回収したＤＮＡ断片をＴＡクローニングキット
（In Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩに
サブクローニングし、得られたクローンの塩基配列を３
７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ABI社）を用いて決定
した。"あそみのり"由来のＤＮＡ断片は配列番号１に示
すように５０６ｂｐからなり、マイクロサテライト（配
列番号１の２９６から３３０番目）を含んでいた。同様
に、"ＩＲ２４"由来のＤＮＡ断片は配列番号２に示すよ
うに４９２ｂｐから成り、配列番号の２９４から３１６
番目で示されるマイクロサテライトを含んでいた。
【００１７】［実施例２］実施例１のイネ品種"あそみ
のり"および"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号４と配列番号５で示される配列を持つオリ
ゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてマイク
ロサテライトマーカーを増幅した。ＤＮＡの抽出方法は
実施例１と同様である。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６０
０システム(ABI社)を使用して行った。 反応液１０μｌ
中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ Ａｍｐｌ
ｉＴａｑ(ABI社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐ
ｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ（配列番号４），８ｐｍｏｌｅ
ｐｒｉｍｅｒ（配列番号５），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−
ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０
秒間のディネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、
７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サ
イクル反応させた。反応液を３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａ
ｇａｒｏｓｅ （FMC社）で分画した。"あそみのり"由来
のＤＮＡからは４０２ｂｐ、"ＩＲ２４"由来のＤＮＡか
らは３９２ｂｐのＤＮＡ断片がそれぞれ増幅された。
のり"および"ＩＲ２４"から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号４と配列番号５で示される配列を持つオリ
ゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてマイク
ロサテライトマーカーを増幅した。ＤＮＡの抽出方法は
実施例１と同様である。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６０
０システム(ABI社)を使用して行った。 反応液１０μｌ
中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ Ａｍｐｌ
ｉＴａｑ(ABI社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐ
ｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ（配列番号４），８ｐｍｏｌｅ
ｐｒｉｍｅｒ（配列番号５），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−
ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０
秒間のディネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、
７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サ
イクル反応させた。反応液を３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａ
ｇａｒｏｓｅ （FMC社）で分画した。"あそみのり"由来
のＤＮＡからは４０２ｂｐ、"ＩＲ２４"由来のＤＮＡか
らは３９２ｂｐのＤＮＡ断片がそれぞれ増幅された。
【００１８】［実施例３］ｓｄ−１を持たない品種とし
て、"台中６５号"、 "農林２９号"および"フジミノリ"
を、また、低脚烏尖由来のｓｄ−１を有する品種とし
て、"低脚烏尖"、"台中在来１号"および"Ｔ６５（ｓｄ
−１）"（Ｔ６５にｓｄ−１を戻し交雑で導入した準同
質遺伝子系統）を用いた。これらの品種の幼植物体よ
り、Edwardsらの方法（(1992) Nucleic Acid Resarch 1
9, 1349) に従って全ＤＮＡを粗抽出した。プライマー
として、配列番号６と配列番号７のＤＮＡ配列を有する
オリゴヌクレオチドを用いた。反応液１０μｌ中には１
０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓＴＡＫＡＲＡ Ｔａ
ｑ(TAKARA社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏ
ｌｅ ｐｒｉｍｅｒ（配列番号６），８ｐｍｏｌｅ ｐ
ｒｉｍｅｒ（配列番号７），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣ
ｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭＭｇ
Ｃｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間の
ディネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、７２℃
で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル
反応させた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒ
ｏｓｅ （FMC社）で分画した。低脚烏尖由来のｓｄ−１
を持たない品種からは４０２ｂｐのＤＮＡ断片が、ｓｄ
−１を有する品種では３９２ｂｐのＤＮＡ断片が増幅さ
れた。増幅ＤＮＡ断片の長さの違いによって、これらの
品種のｓｄ−１の有無を識別することが出来た。
て、"台中６５号"、 "農林２９号"および"フジミノリ"
を、また、低脚烏尖由来のｓｄ−１を有する品種とし
て、"低脚烏尖"、"台中在来１号"および"Ｔ６５（ｓｄ
−１）"（Ｔ６５にｓｄ−１を戻し交雑で導入した準同
質遺伝子系統）を用いた。これらの品種の幼植物体よ
り、Edwardsらの方法（(1992) Nucleic Acid Resarch 1
9, 1349) に従って全ＤＮＡを粗抽出した。プライマー
として、配列番号６と配列番号７のＤＮＡ配列を有する
オリゴヌクレオチドを用いた。反応液１０μｌ中には１
０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓＴＡＫＡＲＡ Ｔａ
ｑ(TAKARA社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏ
ｌｅ ｐｒｉｍｅｒ（配列番号６），８ｐｍｏｌｅ ｐ
ｒｉｍｅｒ（配列番号７），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣ
ｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭＭｇ
Ｃｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間の
ディネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、７２℃
で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル
反応させた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒ
ｏｓｅ （FMC社）で分画した。低脚烏尖由来のｓｄ−１
を持たない品種からは４０２ｂｐのＤＮＡ断片が、ｓｄ
−１を有する品種では３９２ｂｐのＤＮＡ断片が増幅さ
れた。増幅ＤＮＡ断片の長さの違いによって、これらの
品種のｓｄ−１の有無を識別することが出来た。
【００１９】［実施例４］国立遺伝学研究所から配布さ
れているイネの遺伝変異を広くカバーするテスター系統
を用いた。このテスター系統はアジア各地の在来種を採
種・保存しているもので５９系統からなる。これらの系
統は国立遺伝学研究所の遺伝実験生物保存センター植物
保存研究室より分譲を受けた。これらの幼植物体より、
Edwardsらの方法（(1992) Nucleic Acid Resarch 19, 1
349) に従って全ＤＮＡを粗抽出した。プライマーとし
て、配列番号６と配列番号７のＤＮＡ配列を有するオリ
ゴヌクレオチドを用いた。反応液１０μｌ中には１０ｎ
ｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓＴＡＫＡＲＡ Ｔａｑ(TA
KARA社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏｌｅ
ｐｒｉｍｅｒ（配列番号６），８ｐｍｏｌｅ ｐｒｉ
ｍｅｒ（配列番号７），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ
（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭＭｇＣ
ｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のデ
ィネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、７２℃で
３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反
応させた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒｏ
ｓｅ （FMC社）で分画した。約１６０ｂｐから２１０ｂ
ｐの増幅ＤＮＡ断片が分画された。３％Ｍｅｔａｐｈｏ
ｒ Ａｇａｒｏｓｅを用いた場合には、８種類の長さの
ＤＮＡ断片が識別でき、これによって、供試した５９系
統は８種類に分類された。
れているイネの遺伝変異を広くカバーするテスター系統
を用いた。このテスター系統はアジア各地の在来種を採
種・保存しているもので５９系統からなる。これらの系
統は国立遺伝学研究所の遺伝実験生物保存センター植物
保存研究室より分譲を受けた。これらの幼植物体より、
Edwardsらの方法（(1992) Nucleic Acid Resarch 19, 1
349) に従って全ＤＮＡを粗抽出した。プライマーとし
て、配列番号６と配列番号７のＤＮＡ配列を有するオリ
ゴヌクレオチドを用いた。反応液１０μｌ中には１０ｎ
ｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓＴＡＫＡＲＡ Ｔａｑ(TA
KARA社)，１．５ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏｌｅ
ｐｒｉｍｅｒ（配列番号６），８ｐｍｏｌｅ ｐｒｉ
ｍｅｒ（配列番号７），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ
（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭＭｇＣ
ｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のデ
ィネーチャー、６０℃で３０秒間のアニール、７２℃で
３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反
応させた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒｏ
ｓｅ （FMC社）で分画した。約１６０ｂｐから２１０ｂ
ｐの増幅ＤＮＡ断片が分画された。３％Ｍｅｔａｐｈｏ
ｒ Ａｇａｒｏｓｅを用いた場合には、８種類の長さの
ＤＮＡ断片が識別でき、これによって、供試した５９系
統は８種類に分類された。
【００２０】
【発明の効果】本発明により、イネの半矮性遺伝子（ｓ
ｄ−１）の近傍０．５センチモルガン以内に位置するマ
イクロサテライトマーカーとこのマイクロサテライトマ
ーカーを増幅するためのプライマーが提供され、さら
に、このマイクロサテライトマーカーをＰＣＲによって
増幅し、増幅されたＤＮＡ断片のサイズを調べること
で、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を簡便かつ安定的
に、しかも精度高く判別することが出来る。さらに、本
発明の方法によりイネの品種を識別することも可能とな
り、イネ品種の育成の効率化・イネの種子の純度管理が
可能となり、さらに、流通しているコメの純度を調べる
ことも可能となる。
ｄ−１）の近傍０．５センチモルガン以内に位置するマ
イクロサテライトマーカーとこのマイクロサテライトマ
ーカーを増幅するためのプライマーが提供され、さら
に、このマイクロサテライトマーカーをＰＣＲによって
増幅し、増幅されたＤＮＡ断片のサイズを調べること
で、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を簡便かつ安定的
に、しかも精度高く判別することが出来る。さらに、本
発明の方法によりイネの品種を識別することも可能とな
り、イネ品種の育成の効率化・イネの種子の純度管理が
可能となり、さらに、流通しているコメの純度を調べる
ことも可能となる。
【００２１】
【００２２】配列番号：１ 配列の長さ：５０６ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"あそみのり" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：296..330 特徴を決定した方法：S 配列： GGACCTGCTG ACATTGTTAA TGGTATCGCT GGAATCGCAA GGACCTGAAT TCAAAGAAAA 60 TCATAGTATT ATTATGAAGG TGAAGTTCCA ATCCAGATGT CAAGAATATA TGACAAAAGC 120 CTGTACAAAT GGTTGACAGG GCTAAATGTA GATCGTTAGT TTATTTCAGA GTTCACCAAT 180 ATCAAACAAA GAAAGAAATG GATGCCCTCC ATCAAGAAGT GGCTTTATCC AAAACAAAAG 240 TGCCTATTGC CTACTCACTC ATATTCAAAC ATTTTGGCAC AACAAATTTA CAAAGTGTGT 300 GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT AACTGAAAGG CAAAAATATC AGCCTTACAC 360 TATCACTGTA ATTGACTAGC TAGTTTAGGT GAAAATTATA GAAACGAAGA CACTGTACAG 420 CATCAATGAA AGTAAAATTA GCTAGCAAAA GGACATACCT CCAATCCTGC ATACACTAGT 480 ACAAATAAAG CATATCCAGC AGGTCC 506
【００２３】配列番号：２ 配列の長さ：４９２ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ２４" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：294..316 特徴を決定した方法：S 配列： GGACCTGCTG ACATTGTTAA TGGTATCGCT GGAATCGCAA GGACCTGAAT TCAAAGAAAA 60 TCATAGTATT ATTATGAAGG TGAAGTTCCA ATCCAGATGT CAAGAATATA TGACAAAAGC 120 CTGTACAAAT GGTTGACAGG GCTAAATGTA GATCGTTAGT TTATTTCAGA GTTCACCAAT 180 ATCAAACAAA GAAAGAAATG GATGCCCTCT ATCAAGAAGT GGCTTTATCC AAAACAAAAG 240 TGCCTATTGC CTACTCACTC ATATTCAAAC ATTTTGGCAC AACAAATTTA CAATGTGTGT 300 GTGTGTGTGT GTGTGTAACT GAAAGGCAAA AATATCAGCC TTACACTATC ACTGTAATTG 360 ACTAGCTAGT TTAGGTGAAA ATTATAGAAA CAAAGACACT GTACAGCATC AATGAAAGTA 420 AAATTAGCTA GCAAAAGGAC ATACCTCCAA TCCTGCATAC ACTAGTACAA ATAAAGCATA 480 TCCAGCAGGT CC 492
【００２４】配列番号：３ 配列の長さ：１０ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGACCTGCTG 10
【００２５】配列番号：４ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGACCTGCTG ACATTGTTAA TGG 23
【００２６】配列番号：５ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGACCTGCTG GATATGCTTT ATTTG 25
【００２７】配列番号：６ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TGCCTATTGC CTACTCACTC 20
【００２８】配列番号：７ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CATTGATGCT GTACAGTGTC 20
Claims (10)
- 【請求項１】 イネの半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の近傍
０．５センチモルガン（ｃＭ）以内に位置し、（ＧＴ／
ＣＡ）２塩基の繰り返しからなるマイクロサテライトと
その両側に隣接する１５塩基以上の長さを有するＤＮＡ
を含むマイクロサテライトマーカー。 - 【請求項２】 マイクロサテライトが配列表の配列番号
１の２９６から３３０番目、又は配列番号２の２９４か
ら３１６番目の配列を有することを特徴とする、請求項
１に記載のマイクロサテライトマーカー。 - 【請求項３】 配列番号１の２９６から３３０番目の配
列を有するマイクロサテライトの両側に隣接する１５塩
基以上の長さを有するＤＮＡが、配列番号１の１から２
９５番目の配列の中の１５塩基以上の長さの配列と配列
番号１の３３１から５０６番目の配列の中の１５塩基以
上の長さの配列を含むことを特徴とする請求項２に記載
のマイクロサテライトマーカー。 - 【請求項４】 配列番号１の２９６から３３０番目の配
列を有するマイクロサテライトの両側に隣接する１５塩
基以上の長さを有するＤＮＡが、配列番号２の１から２
９３番目の配列の中の１５塩基以上の長さの配列と配列
番号２の３１７から４９２番目の配列の中の１５塩基以
上の長さの配列を含むことを特徴とする請求項２に記載
のマイクロサテライトマーカー。 - 【請求項５】 配列番号１の１から２９５番目の配列と
配列番号１の３３１から５０６番目の配列よりそれぞれ
任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さを有す
る塩基配列を有する１組のマイクロサテライトマーカー
のプライマー。 - 【請求項６】 配列番号２の１から２９３番目の配列と
配列番号２の３１７から４９２番目の配列よりそれぞれ
任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さを有す
る塩基配列を有する１組のマイクロサテライトマーカー
のプライマー。 - 【請求項７】 請求項５に記載のマイクロサテライトマ
ーカーのプライマーを用い、イネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを検
出して、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列
の違いを識別し、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を判
別する方法。 - 【請求項８】 請求項６に記載のマイクロサテライトマ
ーカーのプライマーを用い、イネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを検
出して、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列
の違いを識別し、半矮性遺伝子（ｓｄ−１）の有無を判
別する方法。 - 【請求項９】 請求項５に記載のマイクロサテライトマ
ーカーのプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを検
出し、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列の
違いを識別し、イネの品種を判別する方法。 - 【請求項１０】 請求項６に記載のマイクロサテライト
マーカーのプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型とし
てＰＣＲを行い、増幅されたＤＮＡ断片の長さの違いを
検出し、マイクロサテライトマーカー中の繰り返し配列
の違いを識別し、イネの品種を判別する方法。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP10063201A JPH11253167A (ja) | 1998-03-13 | 1998-03-13 | 半矮性遺伝子の近傍に位置するマイクロサテライトマーカーおよびこれを用いた半矮性遺伝子の検定方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP10063201A JPH11253167A (ja) | 1998-03-13 | 1998-03-13 | 半矮性遺伝子の近傍に位置するマイクロサテライトマーカーおよびこれを用いた半矮性遺伝子の検定方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH11253167A true JPH11253167A (ja) | 1999-09-21 |
Family
ID=13222370
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10063201A Pending JPH11253167A (ja) | 1998-03-13 | 1998-03-13 | 半矮性遺伝子の近傍に位置するマイクロサテライトマーカーおよびこれを用いた半矮性遺伝子の検定方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH11253167A (ja) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2003070934A1 (fr) * | 2002-02-25 | 2003-08-28 | Plant Genome Center Co., Ltd. | Methode d'analyse du genotype de la region situee autour du gene sd-1 vegetal et methode d'analyse des caracteristiques d'un vegetal semi-nain utilisant la methode d'analyse du genotypage |
-
1998
- 1998-03-13 JP JP10063201A patent/JPH11253167A/ja active Pending
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2003070934A1 (fr) * | 2002-02-25 | 2003-08-28 | Plant Genome Center Co., Ltd. | Methode d'analyse du genotype de la region situee autour du gene sd-1 vegetal et methode d'analyse des caracteristiques d'un vegetal semi-nain utilisant la methode d'analyse du genotypage |
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