CN110628931A - 茄子ssr分子标记核心引物的筛选及应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种茄子SSR分子标记核心引物的筛选及应用；所述茄子SSR分子标记核心引物组，包括17对SSR分子标记核心引物对。本发明通过提取性状差异较大的茄子核心种质的DNA和SSR‑PCR筛选出稳定可靠、多态性高的茄子SSR引物；用本发明筛选出的17对SSR引物对106份茄子栽培品种资源进行分析；经过相似性计算和聚类分析表明，筛选的17对引物可以准确、高效地鉴定茄子品种；进而为SSR分子标记技术应用于茄子种质亲缘关系分析及品种鉴定奠定基础。

Description

茄子SSR分子标记核心引物的筛选及应用
技术领域
本发明属于分子标记技术开发及应用技术领域，具体涉及一种茄子SSR分子标记核 心引物的筛选及应用。
背景技术
茄子(Solanum melongene L.)是茄科(Solanaceae)茄属(Solanum L.)作物，染色体数为2n＝2x＝24，其果实为浆果，喜高温。茄子古称酪酥、昆仑瓜，俗称吊菜子、矮 瓜、落苏，一年生草本植物，热带为多年生灌木。茄子起源于亚洲南部热带地区，古印 度为其最早的驯化地，中国栽培茄子的历史悠久，是茄子的第二起源地，不但品种类型 繁多，且种质资源十分丰富。
茄子是我国的重要蔬菜，也是亚洲和地中海地区的一种重要蔬菜。据FAO数据，茄子栽培遍布世界40多个国家，中国是世界最大的茄子生产国，2008年总产量1827.6万 吨，约占世界总产量55.8％。我国不仅是茄子的第一大生产国，还拥有极其丰富的地方 品种。《中国蔬菜品种志》收录的茄子地方品种有217个，分属圆茄、卵茄、长茄以及 野生茄4大类，其中圆茄有45个品种，卵茄49个品种，长茄116个品种，野生茄子品 种有7个。
我国茄子种质资源的收集工作一直在持续坚持，1986～1990期间茄子入库1013份， 而到1995末就增加到1452份，此时占入库总数的5.29％，至2008年底国家种质库共 存茄子品种资源有1601份。茄属资源的调查收集工作在各省均有开展，尤其以西南地 区最为丰富。云南省最多，临近的广西、贵州、四川和西藏等均是巨大的茄属种质资源 宝库。在茄属中，我国约40种，14个变种，云南统计到29种，西藏统计到l0种。
茄子在我国长期的栽培驯化过程中，随各地生态环境和消费习惯的不同，形成了众 多相对稳定的地方品种类型。茄子种质资源丰富，利用传统的形态学方法不仅费时费力， 占用大量的土地资源，而且在对性状的描述上，不同的观测者由于标准不一样会造成一 定的差异。而近几年随着分子标记发展，已经越来越多的应用到茄子乃至蔬菜的品种鉴定中，它具备了快速，简单，鉴定结果准确等众多优点。
SSR称为简单序列重复(simple sequence repeats，缩写SSR)或简单序列长度多态性 (simple sequence length polymorphism，缩写SSLP)或微卫星标记(Microsatellite)。微卫 星是指以少数几个核苷酸(多数为2～4个)为单位多次串连重复的DNA序列，由于基因 组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星 侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR 扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异， 个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长 度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目 变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。 该技术具有PCR操作简单、快速、成本低的特点，同时具有稳定可靠，特异性强和共 显性的优点。
前人的工作集中在利用SSR等标记对茄子种质资源进行鉴定以及遗传多样性的分析。 卢婷等用25对SSR引物对66份茄子材料的遗传多样性进行了分析，认为茄子种间遗传距离较大，栽培种内遗传基础相对狭窄。Polignano等对茄子属及其近缘种属的98份材 料进行种间以及种内的多样性研究，对农艺性状进行定量测定和定性描述，使用主成分 分析将它们聚类为三个差异显著的集群，并将有关果实的描述单独作为一个分类变量。 SharmaP.使用23对STMS引物对中的11对多态性引物评价了92个茄子品种进行遗传 多样性的研究，评估结果表明美国茄子间有最大的平均相似性。汪国平等利用已完成测 序的番茄基因组发展大量的SSR标记，并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上，结 果表明1046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物，425对引 物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高，标记的通用率为40.6％。部分学者利用SSR 标记进行纯度鉴定，王利英等利用已有的236对SSR分子标记对3个茄子品种进行多态 性标记筛选，并进行待测品种的分子标记纯度鉴定以及田间纯度鉴定，获得15对多态 性引物且应用SSR进行品种纯度鉴定与田间纯度鉴定的结果一致。刘军等建立了基于分 子标记的茄子杂交种子纯度快速检测技术体系，对两个群体进行检测，发现分子标记鉴 定结果与田间鉴定结果一致。
遗传多样性和亲缘关系分析是种质资源研究和评价的主要内容之一。茄子的遗传多 样性对茄子种质资源的收集、保存、分类、鉴定以及杂交育种工作都是非常必要的。国内外茄子种质的多样性为改良栽培品种、选育新品种及开展遗传规律研究提供丰富的遗传变异和基因资源，基因型的差异可以用作杂交种有前景的亲本，以获得较高的杂种优 势反应，从而促进茄子育种。茄子分子标记对于品种鉴定和亲缘关系分析也有着重要的 作用。
发明内容
本发明的目的在于提供一种茄子SSR分子标记核心引物的筛选及应用。
本发明的目的是通过以下技术方案来实现的：
第一方面，本发明涉及一种茄子SSR分子标记核心引物组，包括17对SSR分子标 记核心引物对：序列如SEQ ID NO.1、2所示的引物对SM1，序列如SEQ ID NO.3、4 所示的引物对SM2，序列如SEQ ID NO.5、6所示的引物对SM3，序列如SEQ ID NO.7、 8所示的引物对SM4，序列如SEQ ID NO.9、10所示的引物对SM5，序列如SEQ ID NO. 11、12所示的引物对SM6，序列如SEQ ID NO.13、14所示的引物对SM7，序列如SEQ ID NO.15、16所示的引物对SM8，序列如SEQ ID NO.17、18所示的引物对SM9，序 列如SEQ ID NO.19、20所示的引物对SM10，序列如SEQ ID NO.21、22所示的引物 对SM11，序列如SEQ ID NO.23、24所示的引物对SM12，序列如SEQ ID NO.25、26 所示的引物对SM13，序列如SEQ ID NO.27、28所示的引物对SM14，序列如SEQ ID NO. 29、30所示的引物对SM15，序列如SEQ ID NO.31、32所示的引物对SM16，序列如 SEQ ID NO.33、34所示的引物对SM17。
第二方面，本发明涉及一种茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，所述方法包括如下步骤：
S1、提取性状差异大的茄子核心种质的DNA；
S2、以步骤S1获得的DNA为模板，利用合成的若干茄子SSR引物分别对所述DNA 进行PCR扩增，利用3％琼脂糖凝胶电泳进行扩增产物检测，初筛出条带清晰、多态性 好的SSR引物；
S3、再次以步骤S1获得的DNA为模板，利用步骤S2中初筛得到的SSR引物分别 对所述DNA进行PCR扩增，利用聚丙烯凝胶酰胺电泳进行复筛，筛选出条带清晰、多 态性好的SSR引物，即所述茄子SSR分子标记核心引物。
作为本发明的一个实施方案，所述性状差异大的茄子是根据果实形状、果实有/无棱、 果皮颜色、果面条纹、叶的颜色、果实纵径6个性状选出的差异较大茄子。
作为本发明的一个实施方案，所述性状差异大的茄子包括黑龙快圆茄、西安绿茄、乾德长茄550、白雪公主、美娇、玫瑰紫花茄、扬州长茄、长茄2、紫龙9号、先锋长 茄和京茄106号。
作为本发明的一个实施方案，步骤S2、S3中，PCR扩增的反应体系总共10μl，包 括:5μl内含TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP的Mix，1μl dd H2O，2μl浓度为10ng/μl 的模板DNA，上下游引物各1μl。
作为本发明的一个实施方案，步骤S2、S3中，PCR扩增条件为：94℃预变性4min； 94℃变性45s，不同的引物退火温度退火45s，72℃延伸45s，35次循环；最后72℃延 伸10min，4℃保存。
本发明还涉及一种前述的茄子SSR分子标记核心引物组在茄子种质资源遗传多样性分析或品种亲缘关系鉴定中的应用。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
1)本发明通过提取性状差异较大的茄子核心种质的DNA和SSR-PCR筛选出稳定 可靠、多态性高的茄子SSR引物，为SSR分子标记技术应用于茄子种质亲缘关系分析 及品种鉴定奠定基础；具体是以茄子叶片为试验材料，采用高效植物DNA提取试剂盒 提取茄子DNA，利用优化的反应体系筛选引物；从供试材料中选取形态学上差异较大 的12份茄子材料用于引物筛选，从133对茄子SSR引物中筛选出了17对扩增条带清晰、 多态性较好的引物；
2)本发明用17对SSR引物对106份茄子栽培品种资源进行分析；经过相似性计算和聚类分析表明，筛选的17对引物可以准确、高效地鉴定茄子品种，来自国内外的106 份茄子供试材料间的亲缘关系密切，茄子的遗传背景较为狭窄。
附图说明
通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述，本发明的其它特征、目 的和优点将会变得更明显：
图1为部分SSR引物筛选结果示意图；其中，A为无多态性的SSR引物P64的筛 选结果；B为多态性的SSR引物P46的筛选结果；数字1-12代表不同的茄子品种M 代表Marker；
图2为SSR引物对106份茄子的扩增电泳图谱；
图3为基于SSR分子标记的106个茄子品种的聚类分析图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明进行详细说明。以下实施例将有助于本领域的技术人员进 一步理解本发明，但不以任何形式限制本发明。应当指出的是，对本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干调整和改进。这些都属于本发 明的保护范围。
实施例
本实施例涉及茄子SSR分子标记核心引物及其筛选，以及在品种亲缘关系鉴定中的 应用；具体如下：
1材料与方法
1.1材料
本试验所用133对SSR引物由上海生工生物技术有限公司合成。为了从133对引物中筛选出多态性较高的引物，从106个茄子品种中根据果实形状、果实棱(有/无)、果 皮颜色(白/绿/紫)、果面条纹、叶的颜色、果实纵径6个性状选出了差异较大的12个 品种(见表2)进行SSR引物的筛选。引物验证及亲缘关系分析的研究材料为106种茄 子种质样本(见表1)，均来自农业农村部植物新品种测试上海分中心。
表1 茄子品种列表
表2 性状差异较大的茄子品种
1.2试验仪器及试剂
1.2.1主要仪器
试验所用主要仪器为BIO-RAD电泳仪及配套电泳槽、BIO-RAD凝胶成像系统、北 京六一垂直电泳仪、PCR仪、离心机等。
1.2.2试验试剂
PCR反应所用Mix来自北京擎科生物，天根植物基因组DNA提取试剂盒，DNA Marker来自TAKARA公司，琼脂糖来自Biowest，4S Red核酸染料购自上海生工生物 技术有限公司等。
1.3试验方法
1.3.1茄子基因组DNA的提取
待苗长至具有4-5片真叶时，剔除表型不一的杂株，选长势良好的植株，单株采样，每株2～3片叶子，装入封口袋。采用天根高效植物基因组DNA提取试剂盒的方法提取 叶片基因组DNA，主要步骤为：
1.处理材料：取嫩绿的茄子叶片≤0.1g，加入液氮充分碾磨。加入400μl缓冲液FGA和6μlRNase A(10mg/ml)，旋涡振荡40HZ 40s，室温放置10min。
2.加入130μl缓冲液LP2，充分混匀，旋涡振荡40HZ40s。
3.12,000rpm(～13,400×g)离心5min，将上清移至新的离心管中。
4.加入1.5倍体积的缓冲液LP3，立即充分振荡混匀30HZ15 sec，此时可能会出现絮状沉淀。
5.将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中)， 分两次过柱，5000g开始，5s升1000g，8000g25s。倒掉废液，吸附柱CB3放入收集管 中。
6.向吸附柱CB3中加入600μl漂洗液PW，12,000rpm(～13,400×g)离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
7.重复操作步骤6。
8.将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm(～13,400×g)离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置2分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
9.将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μl洗脱缓冲液TB，室温放置2-5min，12,000rpm(～13,400×g)离心2min，将溶液收集 到离心管中。
1.3.2PCR体系
本实验中PCR反应体系总共10μl，包括:5μl Mix(内含TaqDNA聚合酶，Mg2+， dNTP)，1μl dd H2O，2μl模板DNA(浓度为10ng/μl)，上下游引物各1μl。
PCR扩增体系为：94℃预变性4min；94℃变性45s，不同的引物退火温度退火45s，72℃延伸45s，35次循环；最后72℃延伸10min，4℃保存。
1.3.3琼脂糖凝胶电泳检测
本试验所用电泳为3％的琼脂糖凝胶电泳，电泳缓冲液为1×TAE。
1.制备3％琼脂糖：3g琼脂糖置于锥形瓶中，加入100ml1×TAE。微波炉加热煮沸 3次至琼脂糖全部融化，摇匀，即成3％琼脂糖凝胶液。
2.胶板制备(100ml)：取电泳槽内的有机玻璃内槽(制胶槽)洗干净，晾干，放入制胶 玻璃板。将内槽置于水平位置，并在固定位置放好梳子。将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液加入10μl 4SRed染料后混匀。小心地倒入内槽玻璃板上，使胶液缓慢展开，直到整 个玻璃板表面形成均胶层。室温下静置直至凝胶完全凝固，垂直轻拔梳子，将凝胶及内 槽放入电泳槽中，添加1×TAE电泳缓冲液至没过胶板为止。
3.加样：每加完一个样品，应更换一个枪头，以防污染。
4.电泳：加样后的凝胶板立即通电进行电泳，电压150V。当溴酚蓝移动到距离胶板下沿约1cm处时，停止电泳。
5.电泳完毕后，取出凝胶拍照，采用凝胶成像系统拍照并命名保存。
1.3.4引物筛选
将133对备选SSR引物用于12个形态性状差异较大的茄子品种的特异谱带筛选，寻找扩增条带清晰的共显性多态标记，用于后续的茄子品种亲缘关系的鉴定。
1.3.5聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
1.3.5.1聚丙烯酰胺凝胶的制备
1)所需试剂：
1、1％琼脂糖
2、6％PAGE：1.7gTBE(完全溶于水)+15ml PAGE(定容到100ml)
3、PAGE：6％PAGE+1％APS：(称取1.5g溶于1.5ml水)+TEMED 200μl
4、1×TBE缓冲液：17.04gTBE完全溶于水后定容到1l
2)步骤：
1、清洗干净两块玻璃板，用擦镜纸将大板涂上亲和硅烷，耳板涂上剥离硅烷，静置晾干20分钟。
2、晾干后按要求装配好垂直电泳板，玻璃板底部用1％的琼脂糖封边约20分钟，防止封闭不严而使聚丙烯酰胺液漏出。
3、在琼脂糖封边的20分钟里，可以给扩增好的DNA加上2μl 6×Loading Buffer,(每 个样品中加入2μl即可)。注意在加LB过程中不能污染PCR产物，且需使PCR产物尽 量处于低温状态。
4、待封边的琼脂糖凝固后，取出6％PAGE倒于烧杯中，而后迅速同时将1ml 1％APS和TEMED 200μl加入6％PAGE中，用注射器轻轻搅动使之混合，立即注于装好的玻璃 板中。玻璃板垂直放置，沿管壁注入，注意不要进入气泡。胶液注到离玻璃板口处时， 迅速插入样梳，再向玻璃板补一枪PAGE即可，静置一小时及以上。
1.3.5.2聚丙烯酰胺凝胶电泳
1、在上、下槽内加入TBE缓冲液，随后轻轻的将样梳取出，若有气泡则需用移液 枪将气泡除去。
2、用微量注射器距梳孔三分之二处进样和加入Marker，加样量为2μl。
3、全部样品加完后，接通电源，进行电泳，恒压150V，当溴酚蓝指示剂距离玻璃 板下边缘2cm时，可终止电泳。
4、玻璃板剥离与染色：电泳结束后，撬开玻璃板，染色。
1.3.5.3银染
1.固定：
固定液：冰醋酸：50ml去离子水：500ml摇床震荡20min
2.洗胶：
把经固定的玻璃板置于盛有500ml的去离子水的塑料盘中清洗两次，每次2min。
3.染色：
染色液：0.5g硝酸银+500ml去离子水(0.1％)
把清洗干净的玻璃板置于盛有染色液的塑料盘中，摇床震荡30min。
4.洗胶：
把经固定的玻璃板置于盛有500ml水的塑料盘中清洗一次，4s。
5.显色：
显色液：2.5ml 37％甲醛+5gNaOH+500ml水
把清洗干净的玻璃板置于盛有显色液的塑料盘中显色。显色时间根据条带和背景颜 色深浅调整，达到条带清晰的目的，一般显色2min30s即可。
6.终止显色：
把染色完毕的玻璃板放回盛有固定液的塑料盘中，摇床震荡5min。后用水清洗1min。 将清洗后的玻璃板取出，用纸将玻璃板背面擦干，放置在扫描仪上进行拍照。
2结果与分析
2.1茄子基因组DNA提取及检测结果
将提取到的DNA用微量紫外分光光度计检测质量，OD260/280介于1.8～2.0之间，OD260/230都大于2，表明提取的DNA质量较纯(见表3)。由于浓度不一，所以统一稀 释到10ng/μl，便于SSR引物的筛选。
表3 12个性状差异较大茄子品种DNA浓度及纯度检测
编号 ng/μl OD260/OD280 OD260/OD230
1 321.1 1.84 2.32
2 463.8 1.84 2.30
3 476.6 1.83 2.28
4 385.4 1.85 2.32
5 336.1 1.86 2.32
6 336.1 1.88 2.37
7 272.0 1.85 2.29
8 413.3 1.84 2.33
9 394.8 1.86 2.40
10 388.4 1.85 2.32
11 376.4 1.85 2.34
12 302.2 1.86 2.28
2.2SSR引物初筛
利用形态差异较大的12个品种为茄子初筛材料，对133对茄子SSR引物进行筛选，利用3％琼脂糖凝胶电泳进行扩增产物检测，最终选出了条带清晰、多态性丰富的24对 SSR引物。部分引物筛选结果如图1。
2.3SSR引物复筛
利用聚丙烯凝胶酰胺电泳对24对多态性较好的引物进行复筛，从中选出扩增条带清 晰、多态性丰富的SSR引物17对(见表4)。
表4 17对SSR引物序列
利用17对SSR引物对106份茄子品种资源DNA进行PCR扩增，PCR产物进行6％ 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳3小时，电泳结束后银染检测，拍照记录结果。截取SSR 引物对茄子品种扩增电泳图谱见图2。
由于茄子引物的等位变异没有参考标准，所以先将每对引物对茄子跑出来的胶出现 的条带都找出来，标明出现次数，按照出现的频次排序，同时找出一些跑的清晰、分离明显、漂亮的胶图，结合频次和跑胶的质量，选择出现频次高、清晰可靠的条带作为引 物的等位变异，最终也能得到引物对应的全部标准条带。其中等位变异点有138个，得 到6139个条带，平均每个标记8.1个等位变异点，变化范围5-9个。
2.4聚类分析
利用Image-Lab软件结合人工读胶，将每个品种在电泳图上同一位置的清晰条带记 为“1"，无带或不易分辨的弱带记为“0"，建立0-1原始矩阵。
数据计算采用NTSYSpc 2.10e统计软件，对建立好的0-1原始矩阵进行聚类分析(图 3)。由图可知供试材料的遗传相似系数范围在0.682～1.000,平均相似系数在0.84。在相 似系数0.700处将材料分为两大类，第一类只包含一个材料--五指茄，第二类包含105个材料，出现这种极端现象的一个原因可能是，五指茄它原产于中美洲，近些年才经广 东、广西及云南等地成功引种进入我国市场，所以，在遗传背景上五指茄就与其他茄子 有所不同，继而在聚类分析图上表现为相似性系数小。
以上对本发明的具体实施例进行了描述。需要理解的是，本发明并不局限于上述特 定实施方式，本领域技术人员可以在权利要求的范围内做出各种变形或修改，这并不影响本发明的实质内容。
序列表
<110> 上海市农业科学院
<120> 茄子SSR分子标记核心引物的筛选及应用
<130> DD06105
<160> 34
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
agtaggctaa acgacctcta aatttgc 27
<210> 2
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gtttggtgtt gacaaaaaga acctgac 27
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
agtcaataac ctcccacatc ccac 24
<210> 4
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gtttgcttga gcaccatgtg tttgat 26
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aagaatcggt cctctttgca ttgt 24
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
tgcttttcac ctctccgcta tctc 24
<210> 7
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
atcaatagct tgccacttgg cttaac 26
<210> 8
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gtttaggaaa cctaacccaa acctggaa 28
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
atgaagcaga tctttcgact gcac 24
<210> 10
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gtttaggcca aggatgtcaa actggt 26
<210> 11
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ataccaaaga cacgttggga tcat 24
<210> 12
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gtttctagga gagcatctcc ctccct 26
<210> 13
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
acatatccaa ctgacctcgg aaga 24
<210> 14
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gtttaaccgc tttgtcccca aatacag 27
<210> 15
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
acaaggctca aagtcacaag tcaa 24
<210> 16
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gtttggctct gcccctaaca tctacaaa 28
<210> 17
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
atgatttggg cagccacttt tgta 24
<210> 18
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
gtttggaacc aactaaactt agggca 26
<210> 19
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
acaacatttc taagggcctt cacg 24
<210> 20
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
gtttgggcat atttggcact tgttgaat 28
<210> 21
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
agcacaaagg agagaaagca attt 24
<210> 22
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
gtttagaagc tgttatcgaa tcgttgcc 28
<210> 23
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
ataagccaaa gcaagcacac ttga 24
<210> 24
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
gtttgagctg aaggtatgca agctgga 27
<210> 25
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
agagacaggg agagtgcatt ctatg 25
<210> 26
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gtttgcagtt cataaggttg catcaatac 29
<210> 27
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
acgggagttg tttgttggaa gtcctg 26
<210> 28
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
gtttccaaat ttttgggtcg tgacagtt 28
<210> 29
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
aggcgttcag cagagaagaa atta 24
<210> 30
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
gtttgcttcc ttaagtggca tctgaaa 27
<210> 31
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
atttactatg ctacttcaca cccacc 26
<210> 32
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gtttactgat cgcaggaaaa gggaaag 27
<210> 33
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
attgacggtg gaaaaggagt tggt 24
<210> 34
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gtttggcggc ttgatgattt aagttttg 28

Claims (7)

1.一种茄子SSR分子标记核心引物组，其特征在于，包括17对SSR分子标记核心引物对：序列如SEQ ID NO.1、2所示的引物对SM1，序列如SEQ ID NO.3、4所示的引物对SM2，序列如SEQ ID NO.5、6所示的引物对SM3，序列如SEQ ID NO.7、8所示的引物对SM4，序列如SEQ IDNO.9、10所示的引物对SM5，序列如SEQ ID NO.11、12所示的引物对SM6，序列如SEQ IDNO.13、14所示的引物对SM7，序列如SEQ ID NO.15、16所示的引物对SM8，序列如SEQ IDNO.17、18所示的引物对SM9，序列如SEQ ID NO.19、20所示的引物对SM10，序列如SEQ IDNO.21、22所示的引物对SM11，序列如SEQ ID NO.23、24所示的引物对SM12，序列如SEQ IDNO.25、26所示的引物对SM13，序列如SEQ ID NO.27、28所示的引物对SM14，序列如SEQ IDNO.29、30所示的引物对SM15，序列如SEQ ID NO.31、32所示的引物对SM16，序列如SEQ IDNO.33、34所示的引物对SM17。
2.一种茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
S1、提取性状差异大的茄子核心种质的DNA；
S2、以步骤S1获得的DNA为模板，利用合成的若干茄子SSR引物分别对所述DNA进行PCR扩增，利用3％琼脂糖凝胶电泳进行扩增产物检测，初筛出条带清晰、多态性好的SSR引物；
S3、再次以步骤S1获得的DNA为模板，利用步骤S2中初筛得到的SSR引物分别对所述DNA进行PCR扩增，利用聚丙烯凝胶酰胺电泳进行复筛，筛选出条带清晰、多态性好的SSR引物，即所述茄子SSR分子标记核心引物。
3.根据权利要求2所述的茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，其特征在于，所述性状差异大的茄子是根据果实形状、果实有/无棱、果皮颜色、果面条纹、叶的颜色、果实纵径6个性状选出的差异较大茄子。
4.根据权利要求3所述的茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，其特征在于，所述性状差异大的茄子包括黑龙快圆茄、西安绿茄、乾德长茄550、白雪公主、美娇、玫瑰紫花茄、扬州长茄、长茄2、紫龙9号、先锋长茄和京茄106号。
5.根据权利要求2所述的茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，其特征在于，步骤S2、S3中，PCR扩增的反应体系总共10μl，包括:5μl内含TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP的Mix，1μl ddH2O，2μl浓度为10ng/μl的模板DNA，上下游引物各1μl。
6.根据权利要求2所述的茄子SSR分子标记核心引物的筛选方法，其特征在于，步骤S2、S3中，PCR扩增条件为：94℃预变性4min；94℃变性45s，不同的引物退火温度退火45s，72℃延伸45s，35次循环；最后72℃延伸10min，4℃保存。
7.一种如权利要求1所述的茄子SSR分子标记核心引物组在茄子种质资源遗传多样性分析或品种亲缘关系鉴定中的应用。
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